The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
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| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQE K; 4CW7 B; 5LMU K; 4DR5 K; 4B3M K; 4DV0 K; 4DR7 K; 3T1Y K; 4LFC K; 4CVN E; 2HHH K; 4LF7 K; 1N36 K; 5LL6 Z; 2F4V K; 4LF4 K; 4JI1 K; 1N33 K; 4DV2 K; 2UUB K; 4JI0 K; 4JV5 K; 4DV6 K; 3JAM O; 3J81 O; 1HNZ K; 2UU9 K; 4DR3 K; 4DUZ K; 2UUA K; 4JI4 K; 4YY3 K; 1HNW K; 5BR8 K; 4X62 K; 1XNR K; 1XNQ K; 4DR2 K; 1XMO K; 4OX9 K; 4JI6 K; 4DV4 K; 4B3S K; 4DV5 K; 3J7Y P; 4B3R K; 4X65 K; 1IBK K; 4B3T K; 4NXN K; 4GKK K; 4JI2 K; 4X64 K; 4GKJ K; 4K0K K; 3J80 O; 4DR6 K; 5A2Q O; 5AJ3 K; 4DUY K; 2ZM6 K; 2UUC K; 4X66 K; 1HR0 K; 4JI7 K; 4LFA K; 1FJG K; 4LF6 K; 4AQY K; 4V19 S; 1HNX K; 4KHP K; 1N32 K; 2UXC K; 3OTO K; 4JYA K; 4JI8 K; 5LMN K; 3J7A P; 5IT9 O; 3T1H K; 1IBL K; 4LF5 K; 4DR4 K; 2VQF K; 4YHH K; 1IBM K; 4LF8 K; 4DV3 K; 1N34 K; 2UXB K; 4JI3 K; 1J5E K; 1XMQ K; 4DV7 K; 4JI5 K; 2E5L K; 4LFB K; 4DR1 K; 4DV1 K; 1I94 K; 4LF9 K; 4NXM K; 2UXD K; 5IWA K; 5FLX O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D45 A; 1RDB A; 3ULE A; 4HUG A; 3CD6 N; 2KLA A; 3RTV A; 4J2D A; 4RW8 A; 3UKU A; 4DR7 K; 3G0Z A; 3LPT A; 3V9W A; 2BUP A; 1ESV A; 3CJ9 A; 3O9Q A; 4KV8 A; 3WUH A; 2KZM A; 1EXQ A; 3AVC A; 4IWV A; 5JLH A; 2O4G A; 4DSL A; 2HBJ A; 4NO7 A; 4DSJ A; 2YHY A; 4M7X A; 3KLF A; 4DG1 A; 3U9D A; 3M8Q A; 1CZ9 A; 5EU7 A; 3G10 A; 4BWJ A; 3KLG A; 1VQ8 N; 1KAX A; 1NGH A; 2HHV A; 3RVC A; 2A5X A; 3CFO A; 4RW6 A; 4BRM A; 4CZE A; 3PV8 A; 1S9E A; 3UIQ A; 1ZYQ A; 4RWT A; 3FZK A; 2LSN A; 5CY4 A; 4BRL A; 2OTJ N; 5HBM A; 4BWM A; 5MLC Q; 5KPZ A; 2HOE A; 3C95 A; 2D0P A; 5C25 A; 3V9U A; 2G8F A; 3QFU A; 2YHB A; 2F8T A; 3PLA A; 4HTL A; 2ZGY A; 3ZT1 A; 3RWU A; 4B3T K; 4JD2 A; 3WNF A; 4E1N A; 1BL3 A; 4JI2 K; 3VEZ A; 1NG9 A; 3R8E A; 3K2P A; 3ATU A; 4KPY A; 3NDK A; 4EHU A; 3SQ2 A; 4DUY K; 2RPI A; 4K42 A; 2GBZ A; 4CZK A; 1RT1 A; 2XO7 A; 4O0J A; 2W41 A; 3DXK B; 3V1O A; 3NF9 A; 4H4O A; 4FJ7 A; 1Z05 A; 4DTP A; 2XRI A; 5AFU H; 2NRR A; 5B8H A; 4C1N K; 3R3L A; 4YHH K; 2QTD A; 4BRI A; 3VQA A; 3ZET B; 3MN7 A; 4LF8 K; 3CHW A; 1A5V A; 1NK5 A; 4M42 A; 3QEV A; 4JS5 A; 3AO4 A; 4DV3 K; 4LD0 A; 4DKW A; 5GIN A; 4JI3 K; 1VQ6 N; 1Q9Y A; 4BRA A; 4OJR A; 3OBY A; 1BQN A; 1QTM A; 4CIF A; 3ZSW A; 2ASO A; 4WQ5 C; 5HL7 L; 4MO4 A; 2GX9 A; 3CFR A; 4FWM A; 4ZHR A; 1JL2 A; 1ZBU A; 1TV6 A; 3ITH A; 3QES A; 3QIC A; 1NM1 A; 3AGR A; 3DM2 A; 4M3Z A; 1BI4 A; 4A5B A; 5AQJ A; 1S3X A; 1JCE A; 4BRN A; 3TAN A; 3VEW A; 4ILJ A; 3AV9 A; 2FF6 A; 3LM2 A; 3QEX A; 4CGI A; 2RN2 A; 4M3Y A; 3KWI A; 5AQS A; 1CZA N; 4CK3 A; 2CH5 A; 1FKP A; 4BRE A; 4KKO A; 3ZT4 A; 1WSE A; 3ZT3 A; 2D0O A; 1ASU A; 4M7Y A; 4CHO A; 4CE9 A; 4H5T A; 1VHX A; 4ID1 A; 5AZJ B; 1VQP N; 4BAC A; 3OYG A; 3ASM A; 4BRP A; 1JLG A; 1NGC A; 4B3S K; 3UKR B; 5FPN A; 2GUP A; 1VSE A; 4KFB A; 1NJI O; 3G25 A; 4TSX A; 1TL3 A; 4KHU A; 4YNQ A; 3VEY A; 4BC3 A; 3SUQ A; 4DWI A; 2HHX A; 1GOB A; 3CCJ N; 5EX5 A; 1L3V A; 3LL3 A; 4WQ4 A; 3WXJ A; 4WCE L; 3SAF A; 3NH2 A; 3TAP A; 3VQ7 A; 5LJV A; 1S1W A; 1B9F A; 3ZEU B; 4DFJ A; 1TKT A; 1NGE A; 4YOT A; 1T05 A; 5IT9 O; 4B9M A; 3EZW A; 3CC4 N; 5FRN A; 1RTD A; 2I7N A; 1CZB A; 4BG8 A; 1E3M A; 5KRT A; 4JKG B; 4DU1 A; 3VQP A; 4CZF A; 4LY7 A; 3VQ6 A; 3CFP A; 2AA4 A; 5I9E B; 1NGF A; 4WE1 A; 1J5E K; 4FZY A; 1WOQ A; 3I56 N; 2A1S A; 4DCH A; 4YOY A; 3O3H A; 4B9U A; 4G1Q A; 3V1Q A; 4CJ5 A; 4W5R A; 1GLE G; 5IWA K; 4F2S A; 3VGM A; 5AQL A; 3CI5 A; 3I8D A; 3CQ8 A; 3VN5 A; 4RW4 A; 4BR0 A; 1JJ2 M; 4DTS A; 3SMP A; 3L2U A; 5JIC A; 3L6Q A; 2ASP A; 3QIO A; 5AQO A; 2W6L A; 4DMN A; 1BUP A; 2RF2 A; 4E7I A; 5J2M A; 1GLD G; 2G8I A; 2UUB K; 1TUU A; 2DTU A; 2FBY A; 4ISG A; 3ZT2 A; 5BN8 A; 4K41 A; 3DLK A; 4BC2 A; 2HST A; 3M5R A; 3GDQ A; 1QHA A; 2D0B A; 5AQR A; 3MN5 A; 3THW A; 4YOR A; 1JKH A; 1BQM A; 5JS1 A; 4FJH A; 3T69 A; 3FZM A; 2QWL A; 3SJH A; 4ELV A; 2Z1J A; 1JXB A; 2AP1 A; 4E1J A; 4B3R K; 3ZX3 A; 3U8X A; 3GBT A; 4PQU A; 1VQK N; 4FJI A; 4QS9 A; 1RIL A; 3LP3 A; 4JHD B; 3MAQ A; 3RRG A; 2YNF A; 2XHB A; 5A2Q O; 1J5O A; 5C12 A; 1K8A O; 3AO2 A; 4WQ4 C; 4FWR A; 2QK9 A; 4B1Z A; 5C10 A; 5HRO A; 2QKB A; 2HNZ A; 1C6V A; 2NRT A; 4LFA K; 3OBW A; 1BWF O; 3QIP A; 1LWC A; 4BR2 A; 4L3Q A; 5AQK A; 3VPZ A; 2E1Z A; 2QA4 N; 3EKS A; 1JXE A; 2G8H A; 1RBR A; 5SZT A; 3S3O A; 1RBU A; 1XMQ K; 1U2V A; 2E2P A; 3SUO A; 4C8M A; 4DQI A; 3CYM A; 1X9W A; 4PUO A; 5JS2 A; 3O8M A; 2Q2R A; 3U3G A; 2ZQB A; 1V4T A; 3QO9 A; 4NXM K; 2XY8 A; 1OKJ A; 4CGJ A; 3MXJ A; 1LAW A; 3RR7 A; 2BGG A; 4B08 A; 4BRF A; 5EVZ A; 4PL8 A; 1K73 O; 3FLC O; 4CJW A; 5J2P A; 4MDA A; 3ZSR A; 3M8S A; 4A62 A; 4CW7 B; 4CFC A; 5KTQ A; 1HYZ A; 3CME N; 3O9S A; 1T6C A; 3KLH A; 3HM9 A; 1VSL A; 2P9K A; 1ITG A; 3F73 A; 2F4V K; 5GAE P; 3F2K A; 1H1V A; 3FR0 A; 4IDH A; 4IOX A; 3DI6 A; 3MXM A; 4H03 B; 5M1O A; 2YX6 A; 3AVM A; 1S1V A; 1NK7 A; 3THV A; 5J2Q A; 5F0X A; 1FW6 A; 3SJJ A; 4OKJ A; 4DUZ K; 5M1F A; 5AQF A; 1D9F A; 5GIP A; 3KKR A; 5FRO A; 2OPQ A; 4CED A; 4CEB A; 4DFM A; 1EWR A; 1ZBS A; 3CJ1 A; 3OYB A; 4FLV A; 3QER A; 3THY B; 3HPO A; 1ZBI A; 4RCH A; 2CH6 A; 1BA0 A; 4RW7 A; 4CEC A; 3NH1 A; 3AVL A; 3BF1 A; 2Q3S A; 3KK1 A; 2EHG A; 4OVL A; 1Z6R A; 4DF8 A; 3HVT A; 1IJJ A; 3F9K A; 2HVH A; 3WNE A; 3HL8 A; 2QEX N; 1OH5 A; 4BRG A; 1HR0 K; 3H1Q A; 2DFE A; 4H8K A; 5KI6 A; 1I39 A; 4B1U B; 4B9V A; 1RT5 A; 4U7B A; 1TYQ B; 3LDS A; 1BOT O; 2IS3 A; 5GAH P; 3CC2 N; 2HHQ A; 4BR9 A; 3QNO A; 2YHW A; 4A59 A; 3DYA A; 5KGW A; 3P1G A; 3H3O B; 3OYJ A; 3S3N A; 4JK7 A; 4JN4 A; 3LDP A; 3THX B; 4BC4 A; 2ITG A; 4CBW A; 5CR4 A; 4M3W A; 4CEO A; 2VGM A; 3QIN A; 3ZCM A; 5KQD A; 3EE9 A; 3IG1 A; 4KH5 A; 4CI6 A; 2QKK A; 3SUN A; 4JKF A; 5AQM A; 2UYT A; 3SBG A; 2O8F B; 1KRP A; 5D3G A; 1NBW A; 2P9U A; 1T6D A; 3CCE N; 4M3X A; 1DT9 A; 5HRS A; 4CD1 A; 5FLX O; 4H0T B; 4IZ9 A; 2GEL A; 5FDL A; 1SKS A; 2OZM A; 4XIU A; 5LMU K; 3RR8 A; 2BE2 A; 3L0Q A; 3OYD A; 3Q7C A; 1G15 A; 2P1J A; 4CHN A; 3SAH A; 4LF7 K; 1N36 K; 4MO5 A; 2E6M A; 3CCR N; 1NLV A; 3PIP L; 3SYZ A; 5LL6 Z; 2FXU A; 3B6P A; 3CG7 A; 3HVR A; 1UWB A; 4FWL A; 5HRR A; 4GMJ B; 3O3G A; 2A6A A; 3O9U A; 3M6G A; 3ENH A; 4DV2 K; 3D6R A; 3TAM A; 1UAX A; 3TAR A; 4HUF A; 1S6P A; 2Q36 A; 2YCH A; 3ULD A; 4FJ8 A; 1KXP A; 1LWE A; 1BHL A; 3NF6 A; 5KRS A; 4CZJ A; 4I2P A; 3P83 D; 3IAY A; 4JI4 K; 3RMC A; 4BVP A; 1XMO K; 4NYN A; 1A5X A; 3OYA A; 3ZSY A; 3VQE A; 2FSK A; 4BRO A; 5C2D A; 4C23 A; 3KLE A; 1VK0 A; 4YOU A; 4KHQ A; 2O8D A; 4K25 A; 1D9D A; 2P9P B; 4HTU A; 4K0K K; 4NCB A; 4FM2 A; 3HO1 A; 3ZSQ A; 1NOY A; 2H3G X; 3AAP A; 3PX0 A; 1K8K B; 3VQ9 A; 2Z1G A; 4M63 C; 3HYF A; 1U6Z A; 3J7Z O; 1EO1 A; 2P5G A; 1BGX T; 2E2Q A; 4KTW A; 4KAZ A; 2G8V A; 3HZ6 A; 5EOY A; 3LWL A; 5F1X A; 1IBL K; 1FKO A; 1BG3 A; 3K9J A; 2BDP A; 2BTF A; 4HCC A; 3M8P A; 1VQ9 N; 1IBM K; 4CEZ A; 1GLA G; 5BRD A; 3R1X A; 1S1U A; 4AM7 A; 2PYL A; 3LP1 A; 4C8L A; 4JKH A; 2D0A A; 4OKE A; 3IDH A; 3EN9 A; 3CMA N; 4JI5 K; 2E5L K; 3H1V X; 4KBO A; 4A5A A; 2CGK A; 4O8K A; 1ZBL A; 2KFN A; 1R0A A; 2V7Z A; 3QML A; 4IO8 A; 4B9Q A; 4CF0 A; 4F4K A; 4PY5 A; 5GAG P; 3SCX A; 1YVU A; 4O8U A; 3WXM B; 4RTF D; 4ILG B; 2VWB A; 3ZLJ A; 4CJT A; 3OJS A; 3K5M A; 5C0Y A; 4H0X B; 1LW0 A; 5ADX H; 2P9N A; 4WFN L; 3PO5 A; 3M8R A; 1D5A A; 4IEE A; 1VSD A; 4J2B A; 3EEQ A; 2NRH A; 5BRE A; 3C7N A; 4CGG A; 3O9T A; 4KH6 A; 1XC9 A; 4OO1 J; 4BQL A; 2VGN A; 1QQC A; 4JI0 K; 4QCL A; 4OGE A; 3G71 N; 1N8R O; 1JLQ A; 1NMN A; 1RBV A; 1SKW A; 2UU9 K; 3H6E A; 4IO9 L; 4KI4 A; 4C1N I; 3SBT A; 3WQT A; 3C6T A; 1YIT N; 3HP6 A; 4FO0 A; 4M41 A; 4CCH A; 4DV4 K; 3WEE A; 2A40 A; 1IG8 A; 2QWR A; 3V6D A; 1I3A A; 1WAJ A; 4CJ7 A; 3NVK A; 1XUP O; 4WFA L; 3K58 A; 3C94 A; 1HNI A; 1Y97 A; 3BEX A; 4M3T A; 3WXK A; 1OVQ A; 3BDP A; 5DK5 A; 4JI7 K; 5KPT A; 5TKW A; 4CJ4 A; 3AY9 A; 4OGC A; 4LH4 A; 3D2E B; 4I2Q A; 1WLJ A; 3A0I X; 2KKZ A; 2UXC K; 3QEP A; 4QOZ B; 3SPZ A; 4W5O A; 3T1H K; 4FZX C; 4CZM A; 2HW3 A; 3CIP A; 3HOS A; 4FSV A; 4XH4 A; 2P9L B; 5C15 A; 4W5Q A; 1VQO N; 3K9K A; 4H5R A; 3EL2 A; 2X6N A; 1C0T A; 5BPN A; 1OH6 A; 1JLE A; 1C1C A; 1QHT A; 4LFB K; 2EX3 A; 3V81 A; 4CJU A; 4DV1 K; 3DLL L; 1EWQ A; 3DXM A; 3TAE A; 4KTQ A; 1GLL O; 4KB0 A; 3VQ5 A; 4Z4E A; 1T7P A; 4OLB A; 1KVB A; 4FJG A; 3O9R A; 1Q81 O; 3OS0 A; 3OS2 A; 1S5J A; 5FPE A; 1QVF M; 4FM0 A; 4B1W B; 1YJW N; 5AQU A; 2P9I A; 3U4L A; 1TK8 A; 4CZH A; 3IS9 A; 2ZJP L; 3VMF B; 1WSF A; 4JI1 K; 1ATR A; 4BC5 A; 2JWK A; 5KPR A; 1J9A A; 4EIA A; 2DFH A; 4OPA A; 1IG9 A; 3DRP A; 4Q5V A; 3RSE B; 5H1S Q; 2BH1 A; 2ASM A; 1EKE A; 1CXU A; 3MX5 A; 5DM7 L; 2J4R A; 3VQC A; 3J81 O; 3CER A; 4Z4I A; 1S6Q A; 4E89 A; 5AQH A; 2HNY A; 2P9S A; 1SS6 A; 3H08 A; 4H5V A; 1A5W A; 3L4I A; 4CD3 A; 4KH4 A; 1YUW A; 1WBD A; 1LCU A; 2G8U A; 1YTA A; 1P90 A; 4O55 A; 3DJC A; 4WFB L; 4Q0B A; 3E01 A; 3IKM A; 1ASV A; 4FVM A; 2UUC K; 1KC8 O; 4X66 K; 2QWP A; 3DLG A; 3FZL A; 1KQS M; 4C8K A; 1U4B A; 1NKB A; 3NGI A; 5BPL A; 3A5L C; 4OPJ A; 4DHY A; 3WNG A; 4LF5 K; 4DR4 K; 4JKA A; 4AM6 A; 4CEA A; 2VQF K; 3MED A; 3VF4 A; 4I6M A; 3VGL A; 4GV3 A; 3BF3 A; 4FPA A; 4JK9 A; 2JGU A; 1XQS C; 5I42 A; 4FJX A; 3VER A; 4DB3 A; 3QBX A; 3KZB A; 4B1V A; 3TU5 A; 5HRP A; 3CCV N; 4BDY A; 4W5N A; 3EO3 A; 4O4G A; 4DSF A; 4FWS A; 4PKI A; 2UXD K; 1HQU A; 3CJC A; 4DS4 A; 1FXX A; 4CFB A; 1DKG D; 4ISF A; 4N56 A; 3BZC A; 3JSM A; 3HPG A; 2GEM A; 4M3U A; 1DGK N; 4DV0 K; 3MN9 A; 3L2Q A; 2F9W A; 4RW9 A; 2OPP A; 2RE2 A; 5M1N A; 3MXI A; 1S72 N; 1U45 A; 4JAX A; 3AA2 A; 3D7E O; 3E9L A; 2DY4 A; 1B92 A; 4FW2 A; 4CEE A; 1N33 K; 5AZI A; 2HB5 A; 4KO0 A; 2NRZ A; 2VG5 A; 5TKY A; 3RMD A; 3VGK A; 4LSN A; 2FBT A; 3TTC A; 4YOV A; 2YNG A; 4Z4G A; 1C1A A; 4CZG A; 3K5L A; 1UA0 A; 4B9T A; 3F5T A; 5GIO A; 1EQY A; 1BCO A; 5I3U A; 3ULE B; 1IKV A; 1VAZ A; 3UKU B; 1MA9 B; 3EYZ A; 1BA1 A; 4X65 K; 5C2F A; 1T44 A; 2IAJ A; 2IVN A; 4DFP A; 5DMR A; 1RBT A; 1DTT A; 3C6U A; 1O13 A; 3SLC A; 3CM5 A; 2F8S A; 2CGJ A; 2PBD A; 5AFU A; 3ZSO A; 3CJB A; 3S3M A; 3ALY A; 1J54 A; 3HRG A; 1M1K O; 5AQX A; 4JS4 A; 1ZBF A; 1TKX A; 3A5N C; 4FLX A; 2E2O A; 1HNX K; 1VQ7 N; 3IMX A; 4DQS A; 4M3R A; 4DLG A; 4JKB A; 4BRK A; 4EP4 A; 1JL1 A; 4R79 A; 2X74 A; 4BE1 A; 1QSS A; 4IBN A; 4OPH A; 2Z1H A; 1KTQ A; 2O8B A; 4CEQ A; 5CE3 A; 3PUF A; 3VTI A; 4C8O A; 3KK2 A; 2O8E A; 4ELT A; 1TKD A; 4JD2 B; 1NWK A; 3AO5 A; 2OA8 A; 3NE6 A; 4LH5 A; 4E19 A; 3TTF A; 2G8W A; 1U48 A; 1RDC A; 2YKN A; 1KCF A; 3JYT A; 5C24 A; 2HF4 A; 4I7F A; 4FJK A; 4DQR A; 3CF5 L; 4BY9 C; 3D2F A; 2IIR A; 1HRH A; 5HRN A; 3TSQ A; 2IVO A; 2ZE2 A; 4H0O A; 3L2R A; 4DR5 K; 4BDP A; 3VA0 A; 3BZK A; 4IFY A; 3R6M A; 3T1Y K; 4J2E A; 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