2A1RA

Crystal structure of parn nuclease domain
Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
423
structure length
300
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGPSVGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLRHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (2-3)3H1 (5-11)AH1 (12-21)TIV4 (78-81)TIV1 (22-25)TIV5 (286-289)AH2 (50-62)S2 (24-31)TIV2 (35-38)S4 (82-91)S3 (66-77)TIV3 (77-80)O2 (93-95)TI1 (98-101)AH4 (123-128)AH6 (257-266)AH7 (270-280)S5 (283-286)AH8 (289-301)AH3 (110-119)TI2 (266-269)O1 (46-48)AH5 (136-142)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Homo sapiens
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*AP*AP*A)-3'
total genus 86
structure length 300
sequence length 423
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1rA01
3V9UA 4CGGA 1T03A 2IC3A 1JLEA 1N5YA 3HK2A 1KFDA 3DI6A 4FJJA 1QE1A 4KO0A 3JYTA 2G8WA 1IO2A 4ID1A 1T8EA 1WSGA 4FK0A 1VSLA 5I42A 2D0BA 3P83D 5I3UA 4FLVA 4I9QA 2ZQBA 3F73A 4Z4IA 1NJWA 4E7KA 4EP5A 4M3RA 1JLCA 1Q8IA 3O3GA 1NKBA 1NOYA 4DU4A 5SZTA 2AJQA 4QAGA 2HNDA 1YTUA 3MEGA 4IFVA 5K14A 1CZBA 3DRRA 4HVJA 1KLNA 4DF4A 2OZSA 1VSMA 3KK2A 3S9HA 3ULDA 2OA8A 3KK3A 1RNHA 1LWCA 1IH7A 1C0MA 3DLGA 4EP4A 5KRTA 3AVIA 2KTQA 2ZE2A 3K57A 4FLUA 1BCOA 1C6VA 3LPTA 4F3TA 4FJHA 1ITGA 5SWMA 1ZBFA 3DLEA 2HHTA 4B9TA 2JLEA 4C8LA 1RT3A 4UQGA 3I8DA 4DSKA 4FZYA 4DU3A 5J2PA 2DFEA 3ZT3A 1F21A 4BE0A 5HBMA 4CEFA 4N47A 1ZBIA 1NK0A 1L5UA 1Q9YA 4BDPA 3TAFA 2KZMA 4ZHRA 1BI4A 3LP0A 4OGCA 1RBUA 3IG1A 3OYDA 2P5GA 1EETA 2EX3A 1KFSA 4CFCA 4FJNA 3KD5E 2DTUA 1X9WA 3OYLA 2BGGA 1D8YA 3CG7A 4C8OA 3QEXA 3NGYA 5C42A 4DFJA 2Q3SA 2YKMA 3AO2A 5J2QA 1NJZA 4O4GA 3OYBA 4B9LA 4DSEA 4RW6A 4W5NA 2ITGA 2JGUA 3CM6A 3QEVA 3VA0A 4DS4A 4OLAA 3KIOA 3KKRA 3P1GA 4M41A 3AA4A 4CJ4A 3SYZA 1JXEA 4AILC 3BGRA 3L2RA 4CGIA 3LZJA 1S1TA 4BDZA 3QEIA 4CK1A 4KI6A 4M45A 3OS1A 4DQPA 1ZBUA 3U3YA 3AVBA 4H4OA 4DQSA 4I9LA 4FJMA 1S6PA 3DM2A 1D9DA 1K6YA 4OPJA 3PX4A 3NF6A 2IS3A 4CECA 4KV8A 3MEEA 2YNIA 2PY5A 3DYAA 4FLYA 3QINA 4KHUA 3AVJA 4OPKA 4DFKA 4Z4EA 3L2VA 4FM0A 1NK5A 2XY5A 3L2QA 4RW7A 3TAPA 4CCHA 1BL3A 2IOCA 3SZ2A 4CK3A 4Q0BA 4LY7A 4JLHA 4N5SA 1J5OA 4FVMA 4HTUA 1SKRA 1BIZA 3E01A 1C1CA 3OYFA 3TAEA 4FJ7A 4N76A 1XHXA 2VWKA 3NF8A 4H8KA 3VQEA 1DTTA 4W5TA 4GW6A 1RBTA 4HHTA 4MQ3A 3HT3A 2YNHA 3B6OA 1WAJA 2Z1IA 3ISNC 3LWMA 3TWHA 3BDPA 2LSNA 1REVA 1FKOA 3O3FA 1LV5A 3P5JA 3TR8A 3PO5A 1YTAA 1RBVA 1VSJA 2HNZA 4CEZA 4OKJA 4AHUA 1RT4A 4E1NA 4B8CA 3SUNA 1FKPA 1JXBA 2GUIA 4ELUA 3SQ1A 4ICLA 5EU7A 4K8ZA 4GVMA 2A1SA 2G8HA 4CJEA 4F8RA 1X9MA 5HP1A 3ZT0A 4CEOA 3HPOA 1TKDA 2HMIA 4FXDA 4B9VA 3TABA 1TAUA 4DFPA 4F2SA 3HJFA 3AVMA 3RRHA 1TKTA 4FW2A 4IBNA 4GMJB 3V1OA 4DTPA 1WLJA 1X1PA 1NK7A 5HLFA 1VSDA 3RR7A 4IDKA 3AA3A 1QSLA 2KZZA 1KLMA 3ZT2A 4O55A 1D5AA 4RW9A 4E7HA 3QESA 5CYQA 3NFAA 4O5BA 4JS5A 3PX6A 3TAQA 3O4NA 3CM5A 2OYQA 4CJSA 2W42A 4F2RA 4CF8A 3KLGA 4FLXA 2D0AA 3V9XA 1NKCA 4F3OA 3K2PA 4CESA 1NKEA 3ZSZA 2VWJA 1BGXT 2WOMA 3LP1A 4KKOA 3ZT4A 1YT3A 3NE6A 4E1MA 1UA0A 4DLGA 4FK4A 4DS5A 3VQ9A 5CZ2A 3OYGA 3SQ0A 2BE2A 5CZ1A 2OPRA 4M42A 4IG0A 4FZXC 1HYVA 2Z1JA 3U3GA 3IRXA 1QTMA 4B3OA 1BI4B 2B5JA 1L3VA 1TGOA 3NF9A 3VQAA 3HPGA 5T7BA 1HNVA 2IGIA 2O4GA 3VQDA 1TKXA 2I5JA 4FJ5A 4J2EA 4DFMA 2YV0X 1QSYA 4KPYA 2G8KA 1VK0A 4M3UA 3OYEA 1RCHA 1S1XA 1ASVA 1HRHA 4C8MA 4M3YA 1RTJA 2DFFA 4N56A 4BWMA 4DQRA 3SPZA 3G10A 3DLHA 4DSLA 2OPPA 2HHVA 2P1JA 3AO1A 3K5OA 3OYNA 4H4MA 3MEDA 1G15A 2IDOA 3ZSQA 2BANA 2WONA 2XHBA 1RBRA 4DTMA 1Z26A 2RF2A 3L3UA 4F4KA 4AHVA 1SL1A 4AHRA 2HHQA 4KB1A 1A5WA 2E6LA 1BCMA 1JKHA 1RDCA 1JL2A 1VRUA 3G0ZA 4E19A 4I2PA 2E6MA 3K5NA 3KLIA 3OJUA 4KI4A 4CF1A 3KLFA 1EKEA 1U45A 4CJUA 4M3WA 3AVNA 1O1WA 1IKYA 3RMCA 4E3SA 2FBXA 3SPYA 2RN2A 3T19A 3TANA 4J2AA 4CJPA 1RT7A 4IG3A 3F9KA 4CFBA 3QNOA 1EP4A 3SJJA 5D3GA 2OZMA 3AVHA 3NGIA 3SI6A 3NH0A 4J2DA 4EZ6A 1TL3A 1VRTA 5HRNA 4PY5A 1X9SA 4CEEA 4DTXA 4CJWA 3K5LA 4RG8A 1NK9A 4KRFA 4KHQA 1BQNA 1A5XA 1GOCA 3EZ5A 1JLFA 2Z1HA 3RRGA 2QK9A 4HUEA 3AO3A 4OVLA 2DY4A 4DQQA 3SUQA 4QCLA 3V1RA 3OJSA 4NYFA 4KTZA 3VQBA 5JS1A 3S3OA 2X6NA 3C6UA 1U04A 2GBZA 3WNGA 3NGZA 1WSHA 1Y97A 2D5RA 3VN5A 4CGHA 1VSKA 4B9UA 4B8AB 4O44A 5CYMA 1HNIA 2HVIA 1QS4A 1RTHA 3KLHA 4BWJA 1HYZA 4Z0UA 2OPQA 4DTJA 4CEBA 3HXMA 3V81A 4CJ3A 4HUGA 3SQ2A 2KW4A 1BQMA 2OPSA 3AO4A 4Y1DA 3AVLA 3S3MA 4KHWA 3K5MA 4KHYA 2PZSA 2R7YA 3HO1A 1SUQA 3SUPA 1TAQA 1HQUA 4Z4CA 2FBTA 3V6DA 1MU2A 2YHBA 4NCGA 3M8RA 4JS4A 1LAWA 4DTSA 5HROA 1BISA 2DFHA 4PWDA 1U47A 1JLAA 1LWFA 1RDAA 3RMDA 1CXQA 3ZSVA 3NH1A 3H08A 2QXFA 3PV8A 4FLZA 1WSIA 4LH5A 4B9NA 4N41A 1DTQA 1FXXA 3OYHA 1N6QA 2ZD1A 3I0SA 1CLQA 3M8SA 3HM9A 5J2MA 5KRSA 4E0DA 5FRNA 3FFIA 2XY6A 4Z4FA 3ASMA 4FJIA 4J2BA 4K8XA 4CGDA 3THVA 3U6FA 2HHUA 3T3FA 1KRPA 1WSFA 1XHZA 3CFRA 4CERA 4DTUA 1KCFA 3AV9A 3MXIA 1ZBLA 4CEAA 1A5VA 1XC9A 2G8VA 4CJKA 1T05A 2RKIA 3MXJA 1RILA 4M3ZA 1DLOA 3LP2A 1WN7A 4CHYA 1S9EA 4FJGA 4CEQA 4ELTA 5FROA 1EX4A 2GV9A 1HJRA 3NF7A 1B9DA 3PUFA 1CZ9A 4KHNA 1J54A 1RT2A 3WNHA 2G8IA 3S3NA 1HMVA 3V4IA 1C0TA 1XWLA 2D0CA 1NK8A 3LWLA 3V9WA 2X78A 3MAQA 4DF8A 1L3SA 4Z4GA 1NK6A 3TAGA 1C0UA 3SUOA 4ZTFA 3SCXA 3MXMA 4W5RA 3KJVA 3AA2A 3VQQA 3HP6A 2FC0A 2YHAA 3HVRA 1L3TA 1L3UA 3L2UA 1Q9XA 2B6AA 3QERA 1ZBHA 3SQ4A 2F8SA 3VQ6A 4OKKA 1YVUA 4C8NA 4CJTA 4NYNA 1KTQA 4CIGA 3RMAA 2P5OA 4DSJA 1NJXA 1I3AA 1B92A 3OS0A 3LPUA 1KSPA 3NHGA 3C94A 3RTVA 4CFDA 4CFAA 4Z4HA 1RTIA 5HRSA 3OS2A 3QLHA 1EXQA 3EY1A 3VQCA 5KTQA 1SL2A 1S6QA 4LD0A 2YNFA 4KB0A 3LAMA 3AVGA 4KREA 3AVCA 1QSSA 1J53A 1LW0A 1WSJA 1VSFA 4BE1A 1NOZA 4LH4A 2F8TA 3TI0A 3UIQA 1LW2A 3V1QA 4CIFA 4DTRA 3CFOA 1W9HA 2NUBA 2VG7A 3DOLA 1I39A 3ALYA 3DRSA 3OVNA 2EHGA 4B08A 4DMNA 5HRPA 2HHXA 3VA3A 1S1WA 5KGXA 4BACA 3DLRA 4CE9A 1C1BA 3K59A 3KLEA 4JRPA 4O0IA 3QO9A 1SL0A 3KTQA 4B9MA 2BDPA 2ATQA 2Y1IA 1SKSA 2HNYA 3L2WA 5C24A 3EYZA 3O4QA 1SV5A 1ZYQA 1RTDA 3VQ8A 1CXUA 3C6TA 4KTWA 3KD1E 3HP9A 4RW8A 4FM2A 3QNNA 4CJ5A 1IKVA 4CGFA 4IKFA 4FJLA 1WNSA 4CJQA 2B4JA 1UAXA 4ID5A 1UA1A 1S5JA 2QKBA 1GOAA 1TL1A 3RMBA 2QKKA 3KKSA 2FBVA 3OY9A 4FCYA 4CF2A 4W5OA 4YNQA 3AO5A 3HL8A 3WNEA 4CJLA 2X6SA 3HYFA 3VQPA 3NDKA 3PY8A 3ZT1A 3VQ5A 3OYAA 3DOKA 4FLWA 1IKXA 4M3XA 2O4IA 3ZCMA 1S1VA 4EZ9A 5J2NA 4ZTJA 4KAZA 5J1EA 1HQEA 4CJRA 4DWIA 3OYIA 5HRRA 4O0JA 3OYCA 4FK2A 2IAJA 2YKNA 3AVFA 4PUOA 1JLQA 4G1QA 1BHLA 1XI1A 3K58A 1ASWA 3NBPA 4E7LA 2X74A 1WAFA 4CK2A 2HHSA 3PX0A 3QETA 4KFBA 4CJFA 4HCCA 2HHWA 1QHTA 3LALA 3VQ7A 4FM1A 5DK5A 1JLGA 3TAMA 3CQ8A 2PYJA 1SKWA 2Z1GA 1LWEA 4I7FA 1LAVA 1WSEA 1KVCA 3V9SA 1S1UA 1B9FA 1VSEA 2E4LA 3LP3A 4FYDA 2KQ2A 1HYSA 4AHCA 3DMJA 4NCAA 4CF0A 1JLBA 3B6PA 2XO7A 4DQIA 5FDLA 4CGJA 3I0RA 4R5PA 3SV3A 4AHSA 3TARA 2HB5A 1J9AA 3OYJA 1QQCA 4FZZA 3M8QA 4XIUA 5KI6A 1IKWA 3ITHA 3CFPA 3D45A 3ZSXA 4B9SA 4QOZB 1RT6A 3CYMA 4CHOA 1U4BA 4LSLA 1TV6A 4NCBA 4CHZA 3M8PA 4LSNA 2ETJA 3O3HA 2FBYA 2VG6A 4FLTA 5E41A 2G8UA 3VQ4A 1KVAA 3LDSA 3T1AA 3QEWA 1U48A 4Y1CA 2YNGA 3NH2A 1RT5A 3JSMA 3NCIA 1NJYA 1ASUA 4CIEA 4OLBA 3IAYA 1W0HA 4PQUA 4KTQA 4DTOA 1KVBA 1S9GA 2P51A 3MECA 4I2QA 4CHNA 1UOCA 5KGWA 1UWBA 2F96A 4CHQA 3D0PA 4E89A 3DRPA 4JRQA 3NAEA 4L8RB 4DU1A 3C95A 4FJ9A 4CJVA 4HUFA 4TSXA 2KFZA 2KFNA 4OKEA 3AVAA 3PO4A 3HPHA 5CY4A 5C25A 4DLEA 1T7PA 3RWUA 2HW3A 4PA1A 1TK8A 4MFBA 3ZSYA 5JS2A 3DLKA 3WNFA 2HVHA 1RT1A 2XRIA 4YFUA 1NK4A 2VG5A 1TVRA 2XY8A 3ZSRA 4FJ8A 3SV4A 4AHTA 2PYLA 1JL1A 3V9ZA 4CEDA 5FRMA 1TK0A 4AH9A 3RR8A 4DTNA 1RDBA 5DMRA 1BIUA 1VSIA 4CF9A 3OYMA 4FJXA 4RW4A 3LANA 4DSFA 1R0AA 4WE1A 4OJRA 4Q5VA 1IG9A 4KHSA 4C8KA 1D9FA 3AA5X 4W5QA 1U49A 3OYKA 1GOBA 1VSHA 3AVKA 3IS9A 4CHPA 1HPZA 3L8BA 2Y1JA 3A2FA 4FW1A 3ZSOA 3HVTA 4BE2A 1TKZA 3L3VA 3QIOA 4DG1A 2A1RA 4HCBA 4FJKA 4BDYA 2RPIA 3HSTB 4M3TA 1TK5A 3KK1A 1C1AA 3QIPA 3QEPA 2G8FA 1FK9A 1RBSA 1RDDA 4IFYA 4E7JA 2XY7A 4E7IA 3SNNA 3ZSWA 3DLBA 3LZIA 4ELVA 4DSIA 4OGEA 3LAKA 1Z25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FLOA 5GAHP 3V9UA 1T03A 3AARA 1JLEA 3DI6A 4FJJA 4PL8A 1U2VA 5I42A 3THXA 5I3UA 3F73A 4DR2K 4E7KA 4EP5A 1CZAN 4BR5A 4IOXA 2A3ZA 1NOYA 3AY9A 4MO5A 3MEGA 4IFVA 5K14A 2I7NA 3DRRA 4GY2B 3KK2A 1GLBG 3H1QA 4FPAA 4LC9B 2NLXA 3DLGA 4E1JA 4Y0WA 3WXJA 4JK8A 2OANA 4FLUA 4F3TA 1E4GT 1ITGA 3MN7A 4KH5A 3DLEA 3UKRA 3WXIA 3MWPA 4AM7A 5KQ8A 4DSKA 5HBMA 3HTVA 1TUYA 2IVPA 5A2QO 3TAFA 1DEJA 1RBUA 4DV7K 4AF1A 4A57A 1WB9A 2P5GA 2O8DB 3O9RA 1X9WA 4IWVA 3RVCA 4A59A 1D8YA 4C8OA 3QEXA 5C42A 4DFJA 4YOXA 2YKMA 1ZXOA 3R8EA 3QEVA 3CM6A 3HBTA 1C0FA 2KHOA 3QB0A 4M41A 3AA4A 3FFKB 4AILC 3VMFB 1S1TA 4BRHA 4BDZA 2E5LK 4BR4A 4KI6A 3AVBA 4DQSA 4I9LA 1T6CA 4CECA 3O8MA 4B1ZA 2NNWA 1QQNA 3DYAA 4KHUA 1S22A 4FM0A 2ZWHA 2XY5A 3TAPA 5BRDA 2IOCA 1VQKN 1NGHA 3WEEA 4JLHA 1HR0K 3DLLL 3OYFA 2VWKA 4H8KA 3VQEA 3WXKA 4W5TA 4HHTA 5M1KA 3TWHA 3H3NO 1OH8A 3VEXA 1REVA 2W41A 3ENHA 2ZJRL 4YOYA 5AR0A 4O8KA 1VSJA 2HNZA 3VGKA 1RDUA 4ELUA 2A1SA 3E66A 1X9MA 5HP1A 1NLVA 3ZT0A 2O8CB 2E2NA 1VQ5N 1TAUA 3HJFA 3WXLA 1NGIA 1TKTA 4U67L 1NK7A 5JVHL 4IDKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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