2A1RA

Crystal structure of parn nuclease domain
Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
423
structure length
300
Chain Sequence
MEIIRSNFKSNLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDGPSVGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCTFKYDYTDSKYITKSFNFYVFPKPFNRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFRNGIPYLNQEEERQLRHAKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVIGHNMLLDVMHTVHQFYCPLPADLSEFKEMTTCVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFNPPKVESAEGFPSYQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSFLSPPKIHVSARSKLIEPFFNKLF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (2-3)3H1 (5-11)AH1 (12-21)TIV4 (78-81)TIV1 (22-25)TIV5 (286-289)AH2 (50-62)S2 (24-31)TIV2 (35-38)S4 (82-91)S3 (66-77)TIV3 (77-80)O2 (93-95)TI1 (98-101)AH4 (123-128)AH6 (257-266)AH7 (270-280)S5 (283-286)AH8 (289-301)AH3 (110-119)TI2 (266-269)O1 (46-48)AH5 (136-142)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/rna
source organism Homo sapiens
publication title Structural insight into poly(A) binding and catalytic mechanism of human PARN
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*AP*AP*A)-3'
total genus 86
structure length 300
sequence length 423
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2a1rA01
1TAQA 4CIEA 1IKXA 3U6FA 1TAUA 4FZXC 5JS2A 3HP9A 1G15A 5KTQA 4FLWA 1LAWA 4FCYA 3OVNA 4CGJA 4CEBA 3L2VA 4FVMA 1ASWA 3TR8A 3AA5X 5D3GA 3G10A 4H4MA 1UA0A 3DYAA 3EZ5A 2XY6A 3NCIA 2E6MA 4KTQA 1TGOA 3V9WA 3F9KA 4FJ9A 5FROA 5KRTA 4CHNA 4DF8A 1RILA 4JRQA 1FKPA 1N5YA 4QCLA 4CK1A 4N47A 3WNFA 4GVMA 2P5GA 2E6LA 1U48A 4J2AA 4KHYA 4DQRA 1VRUA 1JLFA 1RDDA 4CGFA 3VQAA 3AV9A 3L2WA 4LH5A 3PV8A 3LP0A 1TVRA 1WSGA 2OZSA 4FLUA 3KK1A 4CEQA 4CJTA 3C6TA 5J2NA 2YNGA 4DTPA 4AHCA 5JS1A 3AO2A 4AHRA 5CY4A 3ZSVA 5KI6A 1RT7A 1D5AA 2HVIA 4BWMA 3PX0A 2VWJA 2KW4A 1S6QA 3C6UA 3FFIA 4G1QA 4O5BA 3OYLA 3AA3A 1T7PA 2KZMA 3QEVA 1SKRA 3HPGA 4CE9A 4B9LA 1IO2A 4C8OA 2ZQBA 2P1JA 2RF2A 3O3HA 1RBVA 3M8RA 3HPHA 4NYFA 3MAQA 4BE0A 3QNOA 4FLXA 3ZSRA 4B9SA 2DFEA 1BHLA 1T8EA 4FJ5A 3D45A 2X74A 1ZBLA 4B9VA 4IFYA 4CJLA 3VQQA 4B08A 2VG6A 3DMJA 1UA1A 2HHUA 4DQPA 2IS3A 4CEAA 1X9SA 2GV9A 3DRRA 4PUOA 3OS1A 4GMJB 4YNQA 1S9EA 5SZTA 3I0SA 3HO1A 1ASVA 1IKVA 2IC3A 1I3AA 1S1VA 3S3MA 4CFBA 3K2PA 1R0AA 1T03A 4ELUA 2YV0X 4H4OA 5FRMA 4NCBA 1VRTA 3AO3A 4DG1A 3AA2A 4KAZA 3DI6A 4RW6A 2GUIA 3KLEA 1KLNA 3S3NA 3BDPA 3O4QA 2QKBA 2BE2A 4YFUA 5DK5A 1SKWA 4JS5A 1A5XA 1VSJA 1WAFA 1KLMA 4FJLA 4HTUA 4DLEA 1NKCA 3E01A 3OYGA 4I9LA 3ZSZA 3K59A 4E7KA 3NE6A 3HL8A 3VQ5A 4CJ5A 2IAJA 2YHAA 3V1OA 2VG5A 1N6QA 1NK4A 2PYJA 4FJKA 5HBMA 2OYQA 2BANA 4ELVA 4DFKA 3QIPA 1QS4A 3A2FA 4W5TA 4DS4A 2F8TA 4DSIA 3NGYA 4RW7A 5DMRA 4BWJA 2QXFA 5C25A 1RTDA 3PO4A 2HHTA 4N41A 1XC9A 3OS2A 2WONA 4BDPA 4DU4A 3OYAA 1SUQA 4CESA 1U49A 1NK6A 4I2QA 4IFVA 4O0JA 3KD5E 4W5QA 4FLYA 4JS4A 4I2PA 1D8YA 4F3OA 4FJNA 5HRSA 4DTJA 2Z1JA 1ZBFA 3OYJA 3RTVA 4N76A 3LALA 3PX4A 3AVCA 3DRPA 4CHYA 3SUPA 4CJQA 1Q8IA 2HHSA 1Q9YA 3AVMA 4CERA 4W5OA 2Z1HA 4F3TA 4J2BA 4KHSA 4CF9A 2XY5A 4KKOA 1NOZA 3OYCA 4DWIA 2ZD1A 4B8CA 3OYBA 1JL1A 1NK5A 1TK0A 4CJKA 2RPIA 3IG1A 4CJUA 3SUOA 4LY7A 3HYFA 4I7FA 4LD0A 3ZT1A 4W5RA 4C8NA 4PQUA 3ASMA 3PX6A 4HUEA 1YTUA 2BGGA 1JLCA 4KTZA 4B9TA 1KVCA 4PA1A 4OLBA 3L8BA 4E3SA 4CF1A 1SL1A 3QETA 1LAVA 3CM5A 1BI4A 5J2QA 1NK0A 1IKYA 4LH4A 4O55A 4J2EA 3HXMA 3LP3A 2HHWA 3LAKA 3EY1A 3OY9A 4NCAA 3OYFA 1VSMA 5HRNA 2QK9A 2KTQA 1WSHA 4DMNA 1BQNA 4ELTA 4K8ZA 3OJUA 4FM1A 3SI6A 1A5VA 4AHUA 4CF0A 5J2PA 3NF6A 2RKIA 4CJRA 4N5SA 3ZT0A 2QKKA 1HJRA 1WN7A 1RBRA 2D0BA 2IDOA 3HPOA 1B9FA 3AVBA 3V1QA 2WOMA 3L3VA 4ID5A 3V9XA 2XY7A 1Z25A 2NUBA 4FZZA 1W9HA 1WSJA 3QEXA 1VSDA 1U04A 3ZT2A 3C95A 4M3UA 1RCHA 2FBXA 2XY8A 3V1RA 4CHZA 3SYZA 3TABA 5I42A 3V4IA 1Z26A 2HNYA 1HYSA 5KGWA 1WSFA 1EX4A 1RDAA 3MEGA 3ZSXA 1B9DA 1RT2A 2ATQA 3KKRA 1LWCA 2F8SA 4IKFA 1VSIA 1HRHA 3ITHA 4OKJA 4KHWA 3IAYA 4DSEA 4CEOA 1JXEA 3AVAA 2G8HA 3MXJA 1DTTA 3AVKA 3I0RA 1RDBA 1JXBA 1QTMA 3K5MA 4CJPA 4KI4A 3OS0A 4N56A 4MQ3A 4FK0A 1BI4B 4EP5A 2O4IA 3QESA 4Z4HA 3CFOA 1S1WA 4CGHA 4OGCA 3VQDA 1KTQA 5T7BA 3VA0A 4DF4A 4K8XA 1B92A 1TKTA 2I5JA 3DLGA 4HHTA 3KJVA 2FBVA 3RRHA 4FJHA 2G8IA 1X1PA 3OYNA 1NK9A 2ITGA 1Q9XA 1BL3A 3VQ4A 4CECA 4CIFA 2O4GA 3DLBA 4GW6A 4DSFA 5HROA 1WSIA 1UWBA 3AVNA 4Y1DA 3KLHA 4B9MA 4Z4IA 3PY8A 4F2RA 1C1BA 2P5OA 1O1WA 1KFSA 4JLHA 4IG3A 4OKEA 4J2DA 3LDSA 1VSKA 3JYTA 2DFFA 4OKKA 3VQPA 4OPKA 3AO1A 4H8KA 1ZYQA 1J53A 3ISNC 4E19A 3LP2A 1BCMA 3WNEA 3RMDA 4PWDA 4FLZA 2G8VA 4KB1A 2HHXA 2KZZA 3DLHA 3DLKA 2ZE2A 3T3FA 2G8KA 3RRGA 4CEEA 3LANA 2EX3A 3NGIA 4BACA 2KQ2A 3SQ4A 4FJJA 4XIUA 4E1MA 4DFPA 4BDZA 1KRPA 2HHVA 3VN5A 2E4LA 1ASUA 4DTOA 3RMBA 5I3UA 4CJ4A 5C42A 4KHNA 2XRIA 1C0TA 3ULDA 3P5JA 4FJXA 1C1AA 2HHQA 1WAJA 4M3TA 1RT3A 2A1RA 4QAGA 4DTUA 3KTQA 3D0PA 1S1TA 5FRNA 3KLFA 3KIOA 4DTXA 3BGRA 4CK2A 1UOCA 1HMVA 3LWMA 4DFMA 4Z4FA 3SQ2A 1L3VA 2RN2A 2YKMA 4DQQA 1HQUA 2KFZA 3K57A 4HCCA 1BIUA 2A1SA 2VWKA 1TV6A 4DU1A 3SV3A 1F21A 4DQIA 1TL3A 4CCHA 1JL2A 2HNZA 3AVGA 3LP1A 4FW2A 3MECA 4O4GA 4M3RA 3S9HA 2IOCA 5CYMA 1XHZA 3AVHA 4M3XA 4CEFA 2G8WA 1T05A 3LAMA 3K5LA 4CF2A 2F96A 2G8UA 1UAXA 3SPYA 1JKHA 2BDPA 4M45A 4DQSA 4CGDA 3C94A 4HUFA 3TANA 3H08A 4CK3A 1A5WA 3AVIA 3CFPA 3OYIA 3V9UA 4C8KA 1KVAA 2YHBA 3KK3A 2OPSA 4AHSA 4O44A 1EP4A 1JLEA 3OYDA 5HRRA 1NKBA 4HCBA 4FW1A 4Z0UA 3MEDA 4AHVA 3SCXA 4DTSA 4M41A 3P1GA 4HUGA 1S6PA 4EZ6A 4M3ZA 3LZIA 2Y1JA 3SPZA 1NK7A 1IG9A 3ZSWA 1RT4A 1S5JA 3CYMA 4OPJA 3ZT3A 4DS5A 2R7YA 3TAGA 3T1AA 1TKDA 3NF9A 5CZ2A 4OLAA 1BCOA 1KFDA 2W42A 4FK2A 3SQ1A 1ZBHA 4QOZB 1EXQA 4CJVA 3NH0A 3L2RA 3OYMA 3HK2A 3QERA 4CGIA 3JSMA 3B6OA 3DOKA 1QHTA 4FJMA 3AVFA 3V9SA 3MXIA 1X9MA 1L5UA 4Y1CA 4E89A 4KV8A 3CQ8A 4ID1A 3TAMA 1K6YA 4CJWA 1LWEA 2JLEA 3QLHA 3VQ9A 2FBTA 4ZTFA 3QIOA 2DY4A 1QQCA 1HNIA 3OJSA 1SL2A 1YTAA 3MEEA 4CJSA 3NDKA 1MU2A 2ETJA 3QEIA 3B6PA 4EP4A 3AO4A 3SV4A 1D9FA 4C8LA 4L8RB 2AJQA 3O4NA 3DM2A 3VA3A 3MXMA 1IH7A 3OYEA 5EU7A 4DTRA 4FJ8A 3TWHA 1KCFA 2YNIA 3QEPA 1HQEA 4DSJA 1HYZA 1TKZA 3SNNA 4KHQA 1RBTA 4C8MA 4AHTA 4PY5A 1JLAA 2IGIA 1C6VA 4CF8A 4AILC 2HMIA 4B8AB 3NH1A 3NH2A 3K5OA 1ZBIA 1FXXA 1WSEA 4MFBA 1HYVA 1ZBUA 1U47A 4KTWA 2EHGA 3AO5A 4LSLA 3K5NA 5HRPA 2HW3A 1I39A 3RR7A 1LWFA 1S1XA 5FDLA 4DFJA 3SJJA 4FZYA 3U3YA 4BDYA 4E1NA 1VSFA 4OGEA 1BGXT 3VQEA 3KK2A 4RW8A 3L2QA 1J5OA 1EKEA 4M42A 1ITGA 1CZ9A 4FM2A 2DFHA 1GOBA 1QSYA 3ZCMA 3KLGA 1W0HA 4CHOA 4CJEA 3IRXA 3NGZA 1L3TA 1HPZA 4ZHRA 4CEZA 4DLGA 1NJZA 1U4BA 4Z4GA 4CEDA 1CXUA 1X9WA 4KHUA 3NF8A 2OA8A 4FLVA 3TAFA 1NJWA 2PY5A 4CHQA 1GOAA 3ZSOA 4FXDA 4B9UA 4IG0A 3DLEA 3TAPA 4CJFA 4RW9A 2KFNA 4CGGA 3RWUA 3V9ZA 1BIZA 3SUQA 2HB5A 1RTIA 3QO9A 1TK5A 2Z1IA 3NFAA 5HP1A 4CFDA 5C24A 4E7JA 3IS9A 2Q3SA 3I8DA 1Y97A 4FLTA 1SKSA 3L3UA 4CFCA 5J2MA 1YT3A 3HP6A 3PO5A 2JGUA 3T19A 3G0ZA 1HNVA 4KB0A 4DSLA 1RTHA 4NCGA 5KGXA 1C1CA 3EYZA 1KVBA 1FKOA 2GBZA 2Z1GA 3F73A 3DRSA 1JLBA 4RW4A 5CYQA 4IDKA 2OPQA 4AH9A 1WNSA 3CM6A 2PYLA 1NK8A 4CHPA 1VSHA 3LPUA 3HT3A 3S3OA 3O3GA 3CFRA 1DLOA 4M3WA 1S1UA 2HVHA 2X6NA 3KKSA 4BE2A 3VQ7A 3TI0A 4E0DA 4FJIA 1XWLA 2FBYA 3LZJA 1BQMA 4Z4EA 1SV5A 5E41A 3K58A 1RT1A 2FC0A 1L3SA 4B9NA 2YNHA 1J54A 1QE1A 2YKNA 4LSNA 3RR8A 1XHXA 2XO7A 3DOLA 4O0IA 1SL0A 4FJ7A 2B6AA 4KI6A 3SQ0A 3VQBA 1LW2A 4KO0A 1WLJA 5CZ1A 1RT5A 2Y1IA 3M8QA 1L3UA 4RG8A 3THVA 4B3OA 3ZT4A 3M8SA 1RBUA 3HM9A 3QINA 4E7HA 2X6SA 3WNHA 1RDCA 1QSSA 4KPYA 3NAEA 4FK4A 3LWLA 3V81A 4UQGA 1XI1A 3CG7A 1TL1A 3WNGA 3ALYA 4E7LA 4DTNA 2YNFA 2B5JA 3TAEA 1NOYA 3OYKA 4F2SA 3TAQA 4WE1A 3NF7A 4R5PA 1TK8A 2B4JA 3KLIA 1VSLA 3AA4A 5K14A 4F4KA 2VG7A 1KSPA 1NJXA 4Z4CA 4OVLA 4EZ9A 1S9GA 3U3GA 1QSLA 1DTQA 3QEWA 2OZMA 3AVJA 4CJ3A 4W5NA 3RMAA 3PUFA 3HVTA 4NYNA 3M8PA 3ZSYA 1BISA 1EETA 4DTMA 3KD1E 3SZ2A 4CIGA 4KFBA 2X78A 1VK0A 3ZSQA 1JLQA 2OPPA 1GOCA 2P51A 3NBPA 2PZSA 1IKWA 4DSKA 3NHGA 2DTUA 2D5RA 4I9QA 3HJFA 1RBSA 1YVUA 3DLRA 2LSNA 2XHBA 3UIQA 5KRSA 4TSXA 3OYHA 1U45A 4CFAA 4Q5VA 4JRPA 1TKXA 2OPRA 4OJRA 3RMCA 3P83D 5HLFA 1D9DA 2G8FA 1JLGA 4FM0A 1J9AA 4Q0BA 4KREA 4DU3A 1CXQA 4FJGA 4KRFA 3HVRA 1CLQA 1RT6A 3V6DA 3LPTA 1RNHA 3QNNA 3VQCA 2D0CA 3O3FA 3SUNA 2D0AA 5J1EA 3VQ6A 3VQ8A 5SWMA 1CZBA 3L2UA 1REVA 4F8RA 2HNDA 4IBNA 4E7IA 3HSTB 1C0MA 1NJYA 1NKEA 3AVLA 4HVJA 1RTJA 4ICLA 3TARA 4M3YA 1FK9A 4BE1A 1C0UA 1VSEA 1LV5A 4ZTJA 1LW0A 4FYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TAUA 3U6FA 4A2BA 3HP9A 3C0BA 1LAWA 4FCYA 3OVNA 5AQIA 4CEBA 1ASWA 3PSFA 1UA0A 1MA9B 4B1WB 3U4LA 4YOTA 3WT0A 2F9WA 5AQSA 4F9OA 4JI7K 4CZEA 4EAHD 4QCLA 2HBKA 4CK1A 4YOXA 4GVMA 2P5GA 2E6LA 2NLXA 2ZJPL 4J2AA 4DQRA 1VRUA 4CGFA 4FWPA 1QHAA 1TVRA 2OZSA 4JKGB 4CJTA 5J2NA 1J5EK 2YNGA 4DTPA 5JS1A 1IG8A 5FPMA 2KW4A 4O5BA 4WYBA 1YVNA 3AA3A 3HPGA 4CE9A 1IO2A 5BR9A 1RBVA 3QNOA 2DFEA 1BHLA 1T8EA 4FJ5A 3D45A 4B08A 2VG6A 3I33A 1UA1A 4DQPA 4CEAA 3CCMN 1X9SA 2QTDA 4PUOA 2NNWA 4CZKA 2P9SA 4YNQA 4GY2B 5AQQA 4YOWA 2IC3A 2DPNA 5C0YA 3K2PA 3RSEA 1T03A 1NWKA 3AO3A 3AA2A 4RW6A 3S3NA 3BDPA 2QKBA 2BE2A 4WFNL 1WAFA 1VSJA 3J8AA 1NKCA 4DR6K 3K59A 2ZGYA 3EN9A 3NE6A 2E1ZA 3HL8A 2YHAA 1N33K 1N6QA 4DUZK 1NK4A 4V19S 4H03B 5HBMA 2BANA 4ELVA 4DFKA 5DMRA 2E20A 1YXQA 3KHYA 4BDPA 1SUQA 2E8AA 2P9SB 3QBXA 4FLYA 3CJ1A 4DTJA 4YOUA 3OYJA 3RTVA 1U2VA 4CHYA 3WXJA 2HHSA 3J7ZO 1VQ5N 3MX2A 3OYCA 2FF3B 2ZD1A 4B8CA 3PLAA 1TK0A 3F9MA 4CJUA 4LY7A 2F4VK 4PQUA 4W5RA 1SZ2A 4C8NA 1JLCA 4CBWA 4E3SA 5KPRA 2Q0UA 3CM5A 5J2QA 1NK0A 1IKYA 4J2EA 3GDQA 3LAKA 3CIPA 1YUWA 1VSMA 1WSHA 4ELTA 4K8ZA 4FM1A 3NF6A 2QKKA 3HPOA 1RBRA 4JKAA 3P39A 4FZZA 4BRLA 1WSJA 3QEXA 3ZT2A 1U04A 4M3UA 2XY8A 2FBXA 5M1PA 1KD1O 3V4IA 1Z26A 2HNYA 4NLBA 4YDUC 1LWCA 3H45C 1VSIA 3ITHA 4DHYA 3AVAA 2G8HA 2JWKA 3AVKA 1RDBA 2HHHK 2O4IA 2W41A 4BRCA 3AY9A 3CFOA 5F0XA 1HYSA 3VQDA 1KTQA 4CZIA 1O13A 2Q31A 2I5JA 3DLGA 3QBWA 2G8IA 1Q9XA 2P9IB 5JVHL 3DLBA 5HROA 3FZLA 5EXWA 2A3ZA 1RDWX 4Y0WA 3U9ZA 1LOTB 2AA4A 3ENBA 4JLHA 4DV4K 3L4QA 2A40A 3KZBA 1MDUB 3VQPA 4CZHA 5AZIA 2E88A 1ZYQA 1J53A 3LP2A 5BREA 4KB1A 4O8UA 3MCAB 4BC4A 2G8KA 3VGKA 4BACA 2KQ2A 4CBUA 4FJJA 4XIUA 4E1MA 2UUBK 2HHVA 4B1XB 4DTOA 1OVYA 5AQGA 5C42A 1C0TA 1C1AA 2A1RA 4IO9L 1GLJO 1GLCG 4MO4A 4NXMK 3I55N 3OHRA 1YAGA 1HJOA 3BGRA 3LWMA 4O8KA 1UOCA 3HRGA 4FOEA 4FOIA 3SQ2A 3K57A 3WXIA 1P90A 4H0YB 4I6MA 1TL3A 1GLDG 4O4GA 4M3RA 3S9HA 3MECA 1E3MA 1X3MA 4M3XA 4NB4A 3THWA 3VTIA 3K5LA 1OVQA 3EL2A 4DQSA 4C8KA 2YHBA 2OPSA 1JLEA 4HCBA 4AHVA 4B9QA 4EZ6A 4HTLA 3MX5A 1IG9A 4OPJA 3CYMA 3T1AA 1TKDA 5CZ2A 3DXMA 5C15A 5GAGP 5AQHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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