2B4JA

Structural basis for the recognition between hiv-1 integrase and ledgf/p75
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
153
structure length
135
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein, recombination
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase (IN)
total genus 47
structure length 135
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2b4jA00
4CGFA 2VWKA 3K2PA 4G1QA 3L2RA 3L2UA 1EETA 1BI4A 3C95A 1K6YA 2A1SA 4EZ6A 4FJGA 3ZSVA 4KAZA 2WOMA 3CG7A 3QIOA 4CEZA 5SWMA 4EP4A 3RMAA 4NCBA 3OYHA 3MXMA 4IDKA 3ZT4A 3OVNA 3ULDA 2PYJA 1C0TA 3KK1A 1QSLA 1RT6A 4Z0UA 5J2QA 3AVBA 4FW1A 1QSYA 4OJRA 3CFOA 4H8KA 4C8OA 1IG9A 4KHUA 3S9HA 2P5OA 4O0JA 4DSKA 2YNIA 4HUGA 3QERA 3CFRA 3K59A 1JL2A 4RW4A 5D3GA 4W5RA 2G8WA 4FJJA 4E7IA 1WSFA 3U3YA 1RTHA 1JKHA 2DFFA 3PV8A 4BDPA 4DQPA 3OYAA 4GMJB 1UWBA 4DF4A 3ZCMA 4RW8A 2VG6A 3D45A 1KTQA 4CEDA 4M3TA 4FLVA 4OPJA 1S5JA 5C25A 1RILA 1VSHA 2YV0X 4KB1A 2B4JA 4DG1A 3NDKA 3C6UA 4CCHA 3MXJA 3DI6A 1IKVA 3S3MA 4KO0A 1DTQA 3V4IA 2HHTA 1BIZA 1B92A 3HYFA 1A5XA 4IG0A 3VQQA 4DTUA 2BDPA 4CHZA 3UIQA 1EXQA 4OVLA 3FFIA 4R5PA 4AHUA 4LD0A 4E7LA 1TV6A 1L3TA 4B9TA 1S1UA 2ZE2A 3IAYA 1D5AA 3KKRA 4CGDA 3K5MA 1BQMA 4AHSA 1JLCA 2VWJA 1EP4A 1KFDA 5CYQA 1S1WA 4GW6A 1VSJA 5J2PA 3PUFA 3O3HA 2KZZA 2HNZA 3QEXA 1TVRA 4FJHA 4DTSA 5FRNA 4HTUA 4RW9A 2HW3A 3AVGA 4JRQA 4BWJA 1TK5A 4FJKA 3PO4A 4IFYA 3VQ6A 3PY8A 2FBTA 2Z1HA 4JRPA 3AO1A 3VQCA 4B3OA 2PZSA 4CGIA 4QOZB 1LWEA 3OYLA 4BE0A 4E7HA 3P5JA 1T8EA 3KLIA 3O3GA 3QNNA 1Q8IA 4ELVA 3OYCA 1LWFA 4KPYA 3G10A 4FVMA 3ZSOA 4HCCA 3NBPA 4N76A 3HO1A 4UQGA 4MQ3A 1NK4A 3RR8A 1XWLA 3MXIA 4B8AB 4DFKA 3SUOA 4CJLA 3NH0A 1U48A 2OYQA 4B8CA 3KK2A 3ZSWA 4DTMA 1HYSA 4RW7A 3KIOA 1R0AA 1NJWA 4CECA 3ITHA 2Z1IA 2HHSA 4CHYA 3AVIA 4BE1A 1RTDA 3OY9A 3HXMA 3T3FA 4I7FA 3SPZA 2OPQA 2JGUA 4OPKA 1TKDA 4M3WA 3KLEA 1L3UA 2XY8A 1KSPA 4E0DA 3AVCA 3LZIA 4CIGA 3LP1A 3OS2A 1RT2A 4DSLA 4ZTJA 1U4BA 3IS9A 3L8BA 1REVA 1X9MA 3AVHA 1RBUA 4GVMA 3VQBA 2Z1GA 4CJWA 1JLQA 1RDDA 3WNGA 1J5OA 4FJ7A 2YKNA 1TL1A 1WNSA 5HP1A 5I42A 3NGIA 3V9ZA 4Z4EA 1CXQA 2IGIA 4DS4A 4W5NA 1GOAA 4KTZA 3SUQA 4C8MA 3OYGA 1RBSA 2X78A 3RMCA 3KLFA 1SL2A 3V9WA 2O4IA 2YKMA 4IG3A 4W5QA 5HRNA 1TL3A 3I8DA 3TAPA 2KFZA 3ALYA 4CJTA 2OZSA 2FC0A 1HYZA 3CQ8A 3DMJA 2R7YA 4W5OA 1NK9A 3LWLA 4CF8A 1U04A 4OGEA 3V81A 1IKXA 2FBXA 4RW6A 1JLAA 4N56A 3RMBA 1KVCA 4FLWA 4KHWA 3KKSA 1RT3A 4DTNA 2OZMA 3HJFA 4DSJA 4ID5A 4ELTA 1CZBA 4Z4CA 4FW2A 2YNGA 4MFBA 4FM1A 5HBMA 3K5NA 1RTJA 2VG7A 3AVFA 2P5GA 4DFPA 3OYDA 3TANA 1SKSA 4N47A 2HHUA 3SQ2A 3TR8A 2IC3A 3QETA 4FLUA 3VQAA 2QK9A 4CIFA 4W5TA 1YVUA 4O0IA 1HJRA 1NOZA 2QXFA 4OKKA 4CHQA 2EX3A 3K57A 1C1CA 3B6OA 3LALA 4DFMA 1WSGA 3VN5A 4CJSA 4FJ8A 4FJ9A 3DLEA 3D0PA 3HL8A 3L2WA 4FCYA 4KTQA 4FJIA 3L3UA 2FBYA 3HPOA 4B9LA 2JLEA 4CFCA 1JLFA 1TKXA 3QIPA 4JS4A 5DMRA 5K14A 2XY6A 1NK7A 1HMVA 3OS0A 4E7JA 5HRSA 3TAFA 3TAQA 2E6MA 1LAWA 3ZSQA 1IH7A 2XRIA 1T05A 1JXEA 2IS3A 1ZBLA 3WNEA 3V9UA 1S9GA 1RCHA 5HROA 3V1RA 1WSJA 3QLHA 3VQEA 5HRPA 4F2SA 4BWMA 1ZBIA 2YNFA 3JYTA 1GOBA 4DQRA 3TAMA 4AHRA 4C8KA 1U47A 1BGXT 3LDSA 4DU1A 4FYDA 3VQ9A 1L5UA 2RPIA 1ASVA 3OYEA 4KHNA 1SUQA 4NCAA 5KI6A 2G8IA 3WNHA 3SYZA 2LSNA 4F4KA 3HM9A 3DLHA 1F21A 4Y1DA 3O3FA 3V9SA 2A1RA 1QSSA 2D0BA 4JLHA 3PO5A 3L2VA 1VSMA 4M3XA 1C6VA 3KLGA 3OYJA 4FJLA 1ZBFA 2AJQA 2D0AA 3IRXA 1VSFA 4HVJA 3HPHA 3JSMA 1TAQA 4DS5A 5J2MA 4BDZA 4KI4A 1WSIA 4FZYA 4CJVA 3HVRA 4CEBA 4LH4A 1S1TA 4CGGA 1XC9A 1DLOA 3O4QA 3ZSXA 1NKBA 5CZ1A 4TSXA 4DMNA 1SL1A 1MU2A 3BGRA 4WE1A 4CIEA 2XHBA 1Q9XA 2IOCA 2ATQA 3AO3A 1NK0A 1C0UA 1FXXA 2HHXA 4PQUA 4ZHRA 4NCGA 4ELUA 1RBTA 4DSFA 3NFAA 2G8FA 3DLGA 3G0ZA 4Z4FA 4LH5A 3AA5X 2OPPA 4ID1A 3VQ7A 4DTOA 1VSKA 1O1WA 3HP6A 4DLGA 1LW0A 4E7KA 4DTPA 1ASWA 2D5RA 2G8HA 4OKEA 1TAUA 3SQ0A 1J54A 2RKIA 4M3ZA 5C24A 1IO2A 3ZT0A 4PUOA 3AVKA 3F73A 2DTUA 1WN7A 1S1XA 4FLYA 4XIUA 3PX4A 4EP5A 1LV5A 2G8UA 4I2PA 4OLAA 1T7PA 1JXBA 1VRUA 3DYAA 3KJVA 3RRHA 3RR7A 3V9XA 4CEFA 1W0HA 1SKRA 3AA3A 5CZ2A 3SV3A 1RNHA 2Y1JA 3TARA 3DRSA 5J1EA 1GOCA 3OS1A 3TWHA 1HYVA 4B08A 3EY1A 5HLFA 3KK3A 3T1AA 1LAVA 4CEOA 4FXDA 3SNNA 4FJNA 1KFSA 2DFEA 3VQ4A 3WNFA 2PYLA 3RRGA 4C8NA 4CJ4A 1S1VA 1RTIA 2GUIA 1C0MA 2F96A 3P83D 3ZT2A 1X9WA 1G15A 4K8ZA 4CF2A 4B9VA 2OPSA 2QKKA 3T19A 2HVIA 3AO4A 3OYMA 3L2QA 3VQ8A 4CK2A 1LWCA 4CHPA 3SV4A 3PX0A 1WSEA 1NJXA 2FBVA 2IDOA 3OYIA 3HP9A 1JL1A 2XY5A 1LW2A 2I5JA 4CHOA 1BQNA 4DWIA 3CM6A 4H4MA 4HHTA 1DTTA 1I3AA 3AVMA 5JS1A 3V6DA 1B9FA 2YHBA 2RF2A 1FKPA 4AH9A 3VA0A 4KKOA 1W9HA 4O5BA 1L3SA 2XO7A 1Q9YA 1JLEA 3QEVA 5I3UA 3V1OA 4EZ9A 2YHAA 1VSDA 3QEPA 1NK6A 4KRFA 4OGCA 5KTQA 3LZJA 4CJ5A 4M45A 3AVAA 1D8YA 2IAJA 4FLZA 4B9UA 4Q0BA 3VQDA 4Q5VA 4F2RA 2DFHA 1FKOA 3S3NA 1WAJA 3NF6A 1RT7A 4J2EA 5KRSA 3LP0A 1ZYQA 4F3TA 3NF7A 4E1MA 4FLXA 4KHQA 1J9AA 1HNVA 2Z1JA 4DU4A 4FZZA 4IFVA 4HUEA 3BDPA 2F8TA 4PA1A 4LSLA 1B9DA 4I9QA 2KFNA 4DTXA 3ZSZA 3CFPA 3HT3A 3SUPA 1HQUA 4FK4A 3EYZA 4DTRA 2HNYA 4DSEA 1N5YA 3QNOA 1QS4A 4FLTA 4CJFA 4CJUA 5J2NA 4M42A 1QHTA 4AHTA 1VSEA 2EHGA 1TK0A 1J53A 2OPRA 3KD5E 1I39A 4KB0A 5JS2A 1TKZA 4FM0A 2Y1IA 3ISNC 1KCFA 2W42A 4CGHA 3QINA 4M3RA 5EU7A 4E19A 4E3SA 1RDAA 2G8VA 4O4GA 2BGGA 2BANA 3I0RA 4M41A 1NKEA 3HK2A 1VK0A 4YFUA 4LSNA 1EKEA 1HQEA 1BCOA 1Z26A 3NGZA 5SZTA 2XY7A 4Z4GA 3E01A 4BE2A 1C1AA 3OYNA 1HPZA 2F8SA 4KREA 4CF0A 3OJSA 4CGJA 4QAGA 4B9SA 3LP3A 4FJ5A 4NYNA 3M8RA 3NF8A 4CFDA 2D0CA 1WSHA 3C94A 4AILC 2KW4A 4AHVA 4J2BA 1S9EA 3VA3A 4M3UA 3M8PA 3NHGA 3H08A 2P51A 5DK5A 1RBRA 1VRTA 2KTQA 1JLBA 3LPTA 1CXUA 3NGYA 4CJKA 4ZTFA 4PY5A 3M8QA 1NOYA 1BCMA 4DQIA 3RTVA 4B9MA 2HHQA 3SQ4A 3KTQA 3AO5A 1TKTA 4DLEA 1BL3A 4HUFA 4FJXA 2HVHA 3AVLA 1A5VA 4RG8A 1SL0A 4KI6A 2ITGA 4FZXC 1FK9A 3A2FA 3NH1A 4C8LA 3AVJA 1WAFA 1D9FA 1IKWA 1RT5A 4I9LA 1A5WA 3DLBA 1YT3A 3DRRA 4L8RB 1S6PA 4DQQA 3DM2A 1ASUA 2HNDA 4M3YA 3KLHA 4KFBA 3I0SA 4CHNA 1U45A 1L3VA 3B6PA 1D9DA 1IKYA 3QEWA 3HSTB 3SPYA 1ZBUA 3NAEA 3AA4A 4CERA 1NK8A 4QCLA 1ZBHA 1VSIA 5CYMA 2OA8A 1VSLA 1EX4A 2ZD1A 1UA1A 4FK2A 2DY4A 2ZQBA 4F8RA 3NF9A 3ZSYA 3NE6A 4CF1A 2HMIA 4B9NA 4KTWA 4O55A 4FM2A 3F9KA 3KD1E 2P1JA 4CFBA 2NUBA 5KGWA 3MEGA 4AHCA 1JLGA 5E41A 4DF8A 1UOCA 3SUNA 3DOKA 1HRHA 4J2AA 4NYFA 1QE1A 2E4LA 3ASMA 2RN2A 1RDBA 2KZMA 4CEAA 1UA0A 1KVBA 4DSIA 2YNHA 3NH2A 4KHSA 4YNQA 1RBVA 1KVAA 2X74A 4BDYA 1XHZA 3U3GA 3TABA 3ZSRA 5FDLA 3OYKA 3THVA 1TK8A 4IKFA 2HHVA 5HRRA 4Z4HA 1QQCA 3M8SA 3MEDA 3OJUA 4O44A 3EZ5A 4DFJA 4OLBA 1YTUA 1UAXA 4KV8A 4N41A 4CFAA 4J2DA 1CLQA 4DQSA 3LAKA 4IBNA 4I2QA 4LY7A 1NK5A 4PWDA 2GV9A 3HPGA 2WONA 4H4OA 3K5LA 2PY5A 3PX6A 4K8XA 3QO9A 3AA2A 3CM5A 1ITGA 3ZT1A 4CEEA 3VQ5A 1C1BA 3QEIA 4HCBA 3QESA 3LP2A 1X1PA 5FRMA 4FK0A 2Q3SA 1RT1A 3LAMA 3HVTA 1BISA 4DU3A 3LANA 5C42A 2B6AA 4JS5A 3TAGA 2KQ2A 1KLNA 2X6NA 3DRPA 4F3OA 2O4GA 1SV5A 4ICLA 2BE2A 1BHLA 4CJEA 3TAEA 4CJRA 4FJMA 5T7BA 3SCXA 2HHWA 3U6FA 5CY4A 1U49A 4CF9A 4OKJA 4KHYA 3OYBA 3RWUA 1S6QA 3MEEA 2HB5A 4CE9A 1NJZA 3DLRA 3AVNA 5FROA 1NKCA 1N6QA 3DLKA 5KGXA 3V1QA 3RMDA 1SKWA 4CK3A 3CYMA 4E1NA 4BACA 3AO2A 4CK1A 1XHXA 4CESA 1BI4B 2B5JA 3SZ2A 1QTMA 3VQPA 3SI6A 1RDCA 4CJPA 3P1GA 2VG5A 3MAQA 4Y1CA 2G8KA 1BIUA 1NJYA 5KRTA 3C6TA 1X9SA 2X6SA 4Z4IA 2GBZA 3AV9A 1Y97A 1Z25A 1WLJA 2E6LA 3OYFA 3L3VA 3O4NA 3SQ1A 3DOLA 2ETJA 3MECA 3NCIA 1KRPA 1CZ9A 3ZT3A 3LPUA 4CJQA 1TGOA 4DTJA 2QKBA 1HNIA 3IG1A 3K5OA 4E89A 1XI1A 1KLMA 3S3OA 1T03A 1RT4A 4N5SA 3SJJA 1YTAA 3K58A 4CEQA 3TI0A 4CJ3A 3LWMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JWLA 3L2RA 4FJGA 3L2UA 1NJIO 1EETA 3C95A 3WXJA 2A1SA 4EZ6A 3ZSVA 3QBWA 3QIOA 4CEZA 3RMAA 3VEXA 5BN8A 3E9OA 3ZT4A 4YDUC 2PYJA 3KK1A 1MWKA 4CJ7A 3H1VX 3KHYA 3SAHA 4BRKA 2O8CA 4DSKA 2YNIA 3QERA 5D3GA 4OPAA 1JKHA 3OYAA 2GWKA 4RW8A 4CEDA 1KTQA 2J4RA 4M3TA 1T6CA 1S5JA 3TSPA 4KB1A 3NDKA 5AQQA 5JLHA 4CCHA 2W40A 4PL7A 1ATNA 4DTUA 2QWOA 4OVLA 4DR5K 4LD0A 4DV7K 4B9TA 1S1UA 1QZ6A 4FOIA 4KHPK 2VWJA 3TTCA 2Q1NA 4GW6A 5HL7L 5J2PA 4FJHA 4DTSA 4RW9A 1W2BM 3AVGA 2ZJRL 4BWJA 2CGJA 4YORA 2UXBK 3AO1A 4CGIA 3I33A 1T8EA 3P5JA 3KLIA 3T69A 3O3GA 3R6MA 4FVMA 3O9RA 4JI2K 1XWLA 1GLFO 2E2OA 4FWPA 3CETA 3KK2A 5JICA 1HYSA 4RW7A 3KIOA 1NJWA 1HUXA 2JWKA 2QA4N 2JGUA 4OPKA 2NLXA 1KSPA 4E0DA 1HLUA 3U9DA 3AVCA 1T44A 3LZIA 1RGIA 4EIAA 4ZTJA 1U4BA 3L8BA 2CGLA 3AVHA 3VQBA 3FZFA 3WNGA 1J5OA 5I42A 1TUUA 2P9SB 4EAHD 4C8MA 3OYGA 3RMCA 3PSIA 4IG3A 1TL3A 3I8DA 2Q0RA 2FLOA 3LWLA 1IKXA 4GV6A 5C10A 4N56A 3CCVN 3MN6A 3RMBA 4FLWA 4CZEA 3KKSA 3CXCM 4Z4CA 3CCLN 5AQYA 2OANA 4DFPA 1SKSA 2QK9A 1YVUA 1NOZA 2ASPA 2KLAA 4OKKA 2EX3A 3CC4N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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