2CGKA

Crystal structure of l-rhamnulose kinase from escherichia coli in an open uncomplexed conformation.
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli bl21(de3)
publication title Structure and Reaction Mechanism of L-Rhamnulose Kinase from Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords L-RHAMNULOSE KINASE
total genus 163
structure length 478
sequence length 478
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2006-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cgkA02
3BP8A 2Q97A 4B1WB 2A40A 3EN9A 3VGMA 3VENA 3VEXA 5JLHA 4FO0A 4CD1A 2QWMA 5EXWA 5EX5A 3AY9A 4CD3A 1D4XA 1JCFA 3HI0A 4EFHA 3SK3A 5AQXA 4ISGA 2P9UB 5KQDA 4QS9A 3W3DA 1JCGA 3H1QA 3O1BA 4F9OA 3VOVA 3VERA 5AQPA 2IVPA 2QWPA 4ISFA 5BN9A 2P9NB 3VETA 2QXLA 3O4WA 5EVZA 3EKSA 5FPMA 4IO8A 5AQSA 2E88A 3P4IA 1T6CA 4NO7A 1IG8A 4GY2B 2ZGYA 1KAZA 3QICA 2CGLA 4WQ5A 3TPQA 1P8ZA 4H0TB 2PBDA 3ZX3A 1YUWA 4FWKA 3HZ6A 4JN4A 5AQUA 4I6MB 3TU5A 3HBTA 3ULEA 3C7NA 5BPLA 3A0IX 4XH4A 1HUXA 3WEEB 2IVNA 3KVGA 1BO5O 3QBWA 3GL1A 2V7YA 3M1FA 5AQVA 1U2VA 4RWTA 2YHYA 3DJCA 4BC2A 2E2NA 3IMXA 4B1UB 1TUUA 5FPDA 4MLHA 3WQTA 4IJAA 4AM7A 4DCHA 4PKIA 1H1VA 4K43A 1BA1A 2VYPA 2E2QA 1ATSA 5AZIA 1T44A 4A62A 1E4GT 1RGIA 3CJAA 1ZXOA 2QWRA 2IIRA 4XEIA 3VPZA 4O5FA 3LM2A 3H3OB 3VEOA 3A8YA 5AFUH 4IXCA 3L6QA 3U4LA 1GLJO 2EWSA 4DB3A 2GTDA 3O5BA 3EL2A 3FZFA 3R6MA 3H1VX 2QM1A 1Z6RA 4WQ5C 4IWVA 3ULEB 4H5NA 5AQNA 4WYBA 3QB0A 3IDHA 2A5XA 3ZX0A 2DPNA 4FWOA 4IZ9A 1U2VB 1HKBA 5BRHA 5AQZA 3H46O 4FWQA 3I33A 4PKGA 2QWOA 4WQ4A 3HSCA 4FWRA 1GLCG 4KBOA 1BA0A 1RFQA 3CIPA 4YDUC 2QWNA 5AZIB 4A2BA 1DEJA 5BRFA 1HPMA 2NRHA 4CZIA 4K25A 1BWFO 4B1VA 4DHYA 2IVOA 3QBXA 4JNEA 4A2AA 5EY4A 1R59O 4BR9A 4BGAA 1NGGA 1YAGA 5AQOA 1RDWX 1HKGA 3DAWA 5BPMA 1Y64A 4EAHD 3O08A 4H5WA 4BVOA 1X9JA 2P9SB 2E2PA 3ID8A 5AQWA 4DQ8A 4CJ7A 1GLEG 4BRPA 1KAXA 4BROA 4FWMA 1HKCA 5E26A 3MN6A 2CH6A 2NZTA 3GOIA 2ASMA 1WUAA 3CJCA 4FL9A 3BEXA 3ENOA 3AAQA 3MN7A 4M63C 1MA9B 4CZGA 3QMLA 2YCHA 1GLAG 1NM1A 2FSJA 3FLCO 3J8AA 4FPBA 4RCHA 5AQFA 1NGFA 3UKRA 4CI6A 1OKJA 3L0QA 3WUHA 4AM6A 1J6ZA 2WUSA 2Q2RA 3VEYA 3ZEUB 2D0OA 5F0XA 2I7NA 4XH1A 1GLLO 4FOEA 3VF2A 3FZMA 3O80A 2BTFA 3VGLA 4BC3A 2J4RA 2QW9A 3R8EA 2D1KA 3SMSA 5KPZA 2PAVA 5FPEA 2YJEA 4JHDA 1GLBG 3AAPA 2CGKA 4H5TA 1V4TA 5AQTA 3B8AX 1NGDA 1TYQA 4H0PA 1YVNA 3HTVA 1NWKA 3VF6A 4BRDA 3D2FA 3R9PA 3VEZA 3DXMA 2FXUA 4H03B 1NMDA 2E20A 3QFUA 3WXIA 4CZHA 5AZJA 4C23A 3GE1A 3FE1A 4CZFA 4Z94A 2QWLA 3U9ZA 3CQYA 5AFUA 5JLFA 1HJOA 4CBXA 3UKRB 4MO5A 1E4FT 4BRHA 5AQRA 1S22A 4CBUA 4BVPA 1NGBA 3WXLA 1U6ZA 2FF6A 4J8FA 4CZLA 3M3ZA 1NLVA 2ZF5O 5B8HA 4B1YB 2V7ZA 1WOQA 1ZC6A 2YJFA 3A5OC 1SQKA 2OANA 2ZGZA 4CZMA 3JXUA 5AQQA 3UKUA 1YXQA 1Z05A 2ZWHA 3BUZB 3IFRA 3C7NB 3LL3A 1XQSC 4JD2A 5ELZA 5F2RA 4BGBA 3G25A 4FSVA 3UE5A 1K8KA 1MWMA 5TKYA 2NLXA 1TYQB 3FGUA 1JCEA 4BR0A 3D2EA 2W41A 3D2FB 2HMPA 1DGKN 3CERA 5AQYA 4BR2A 2ITMA 3DXMB 4EIAA 3D7EO 3U9DA 2F9WA 1EQYA 3DWLA 1ESVA 3A5LC 3CJ7A 4H5VA 2VCPA 2HOEA 5EOYA 2FLOA 5AZJB 2BUPA 3WT0A 2ASPA 4B1XB 3LDOA 1NGCA 2FSKA 4BC4A 3LDPA 4Y0WA 5ADXH 3AARA 1QZ5A 1ZBSA 2P9LA 5LY3A 4BRCA 3EKUA 3MCPA 4NB4A 1IJJA 2GEMA 4B9QA 1BDGA 1TUYA 4GNIA 4E1JA 2Q0RA 4JAXA 2P9UA 4BRQA 1NBWA 3JS6A 2P9PA 3QDKA 4HTLA 5BRDA 4CZEA 4QS8A 3ZX2A 3MN9A 3CJ1A 2YI1A 3UKUB 2P9NA 1BUPA 3I8BA 2V52B 4BRIA 1NGEA 2E8AA 4FPAA 5BPNA 3OHRA 2Q1NA 3QFPA 4CZJA 5BN8A 1C0FA 2CH5A 3LDNA 3CJ9A 5AQGA 4BG9A 3D2EB 4QS7A 1KXPA 2Q31A 3ZETA 2V51B 1QHAA 4WQ4C 3FZKA 4I6MA 4ISEA 3WXKA 3WXJA 3O1WA 2AP1A 3WEEA 3VEVA 4BR4A 3KHYA 5AQIA 5AQLA 5KPRA 4FWSA 3VESA 4BRMA 1QQOA 5E84A 3W0LA 4BQZA 3C0BA 1GLFO 4MLEA 4RTFD 4BRGA 3ATVA 4M7XA 2P9LB 5BREA 1GLDG 2A6AA 4EHTA 1S3XA 5JMVA 4H0VB 4A61A 5AQHA 2QWQA 2HF3A 2E2OA 2P9PB 3EO3A 3IUCA 1Q18A 2FSNA 4LC9B 2KHOA 3H45C 3EZWA 2HF4A 4HWIA 3CETA 3KZBA 4BG8A 2YHWA 3VEWA 1KAYA 1LCUA 3FZHA 3SMPA 3L4IA 4BR7A 4BRFA 3FR0A 5KQ8A 1DKGD 5AR0A 3ZETB 4H0OA 5BR9A 3M6GA 2A3ZA 1LOTB 4BRAA 4H5RA 1QQMA 2E1ZA 2P9KA 4FWPA 4IJNA 2I7PA 2FF3B 4BRNA 2P9IA 2GWJA 3ATUA 4O8KA 4B1ZA 5AQJA 4YDUA 4FWLA 1BU6O 4FOIA 5CE3A 1ATNA 4BC5A 5I9EB 1X3MA 2D4WA 5AQKA 3LDQA 2CGJA 4K42A 2GELA 3SJHA 4JHDB 2H3GX 3DXKA 2A42A 3A5MC 3GBTA 1BOTO 3CHWA 2A41A 4PL8A 3A5NC 3RSEA 2Q0UA 5JICA 1NGAA 1NGJA 3VGKA 3BF1A 4EHUA 3CI5A 5ADXA 2VWBA 4BRKA 3FFKB 3MMVA 1CZAN 2Q36A 2P9SA 3F9MA 3LM9A 3MK6A 1MDUB 2F9TA 2P9KB 2YHXA 2D0PA 1NGIA 1HLUA 2W40A 3O6WA 2AA4A 5LJVA 3UB5A 5KPTA 2P9IB 3LDLA 1G99A 1QZ6A 5FPNA 4L3QA 3SLCA 4BREA 1NGHA 4CBWA 3H6EA 3MN5A 1T6DA 1SAZA 4FWNA 3GG4A 3O8MA 1HX1A 4K41A 1SZ2A 5F1XA 3HM8A 2UYTA 3BF3A 1X3NA 3GDQA 4JD2B 2ASOA 2E1YA 4H0YB 4PKHA 4BRLA 5AQMA 4PL7A 3DXKB 1K8KB 3ENHA 2GWKA 3ZEUA 3S41A 4BQLA 1BG3A 4H0XB 3RSEB 3WQUA 1ATRA 4MO4A 4CZKA 1MWKA 1XC3A 3CQXA 4BR5A 1C0GA 3U8XA 4M7YA 1XUPO 4XH5A 1V4SA 1QQNA 3CJBA 3VF4A 5LJWA 3MDQA 3H3NO 2GUPA 3FZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DOKA 2O8DB 4WFAL 3VENA 2QWMA 1LWCA 4DWIA 1TAUA 1KD1O 3EY1A 1D4XA 3IAYA 1J9AA 4ISGA 1EX4A 3QEWA 4QS9A 1JCGA 3H1QA 3O1BA 2KLAA 1TGOA 2IVPA 1TL3A 5BN9A 2P9NB 1S1VA 3VETA 3RR8A 4FLTA 3M8PA 4IO8A 2E88A 3P4IA 2G8UA 1T6CA 3VQ9A 5M1NA 4NO7A 1IG8A 4IBNA 4LY7A 4WQ5A 1FW6A 3HP6A 2B4JA 1P8ZA 4NXMK 2W6KA 2ZJRL 4BACA 2O8FA 1YUWA 3ULEA 1VK0A 3WNFA 4I6MB 1IKWA 2XO7A 1IKVA 2KTQA 4XH4A 3CCVN 1JL1A 3WEEB 3OTOK 2IVNA 3QBWA 5JVHL 5AQVA 1U2VA 4RWTA 4JI5K 1JLAA 2YHYA 1JL2A 4BC2A 2UUCK 3TTDA 4WCEL 1TV6A 4PKIA 4B9SA 5AZIA 1ATSA 3LWLA 4CF9A 3WNEA 4JI2K 2PYJA 2QWRA 4Z4FA 2IIRA 1WSFA 2PY5A 3H3OB 3VEOA 4C1NI 4IXCA 3TSPA 1GLJO 4DSFA 3AVHA 4NYNA 5CYQA 1A5VA 4Z4CA 3HP9A 1Z6RA 4IWVA 5GIPA 4WYBA 4I9LA 3QIPA 2A5XA 1VQ9N 4GKJK 1HKBA 5AQZA 3KLEA 4N76A 4PKGA 2QWOA 2DTUA 4WQ4A 4J2AA 3LP1A 3T1HK 3J7ZO 5C25A 2UUBK 3AVLA 3LPTA 3K9KA 1C6VA 3HRGA 3OYDA 4FZXC 3C6TA 4DV2K 2NRHA 4FM1A 4CK2A 1BWFO 3DRSA 4F2RA 2HBMA 4DHYA 2IVOA 1XC9A 5GIOA 1BHLA 3CCMN 1R59O 3NF8A 4EZ9A 1N8RO 5AQOA 1YHQN 1JJ2M 4KHNA 2XY5A 3S3OA 1IBMK 2IS3A 4BVOA 2P9SB 1KAXA 2OTLN 5FRNA 4FWMA 3C6AA 4J2DA 5I3UA 3L2RA 3PSIA 2NRVA 5GADP 1X1PA 1ASVA 2BH1A 1XMOK 3CM6A 4JI6K 4CJ3A 4CZGA 3SYZA 3QMLA 4KHSA 1GLAG 4AHRA 1HNIA 3J8AA 1D5AA 4CI6A 3TTFA 3L0QA 2F96A 3LAKA 4AM6A 4ILHA 4YORA 3PX0A 2XHBA 2Q2RA 3O4QA 3TTCA 1RBVA 2GBZA 3PX6A 4BE0A 3CXCM 4FOEA 3VF2A 3AVAA 2HHWA 3G6EN 2BTFA 4FJXA 3PLAA 2RPIA 1VSLA 2QW9A 4DF8A 4KREA 3LZIA 3SMSA 4R79A 4XIUA 2KFNA 2YJEA 2ZJPL 3AAPA 4CEAA 2ZE2A 3B8AX 4JI0K 4ZHRA 4H0PA 3CCQN 4DTUA 1VQPN 4J2BA 3AO5A 2UXCK 3VEZA 2HNDA 3V9WA 3MX2A 2FXUA 4H03B 4E3SA 3WXIA 1YTAA 4KH6A 1GOCA 4NCAA 1UA0A 3GE1A 3FE1A 3VN5A 3TI0A 5JLFA 2OYQA 4MO5A 1E4FT 3OYBA 4BRHA 5AQRA 3CMAN 2IDOA 3T7ZA 2FF6A 4HCBA 2I5JA 1VSFA 4B9LA 3TABA 3O9QA 1VQNN 3A5OC 2YJFA 3QEVA 2ZGZA 2FBYA 3T1AA 2O8FB 3UKUA 1YXQA 5M1KA 5HRPA 1QSSA 1XNRK 1T05A 4NXNK 4OGCA 3IS9A 4FJNA 2HBJA 1LAVA 1XWLA 5TKYA 1SL2A 1RCHA 1TYQB 2EX3A 4ILJA 3NH2A 3D2EA 2WFBA 2IAJA 3PX4A 3QESA 3U9DA 4RG8A 5CYMA 2F9WA 4DV4K 5CZ1A 1BISA 2RE2A 2FLOA 2HHTA 3VQ6A 3WT0A 4CCHA 2IGIA 2FSKA 1RDAA 5SZTA 4W5OA 5J2MA 1UWBA 4DSEA 2BDPA 3NF7A 5GAHP 2P9LA 4M42A 1SL1A 4C8LA 3NH1A 1KTQA 2P9UA 3TAQA 4E7HA 5HOOA 5DMRA 1S1TA 1VQ7N 4HTLA 1S72N 3MN9A 5HBMA 3CJ1A 2YI1A 1BUPA 4FJLA 2E8AA 4B08A 4FPAA 1UA1A 4CZJA 3QFPA 1NKBA 5AQGA 4DQSA 2D5RA 1N36K 1R0AA 1VQLN 1KXPA 3L8BA 4DKWA 2LSNA 4FJ5A 3NDKA 4FK4A 3VEVA 4CHPA 4MQ3A 5SWMA 4CJVA 3VESA 4BRMA 3LALA 1KSPA 1QHTA 4MLEA 4BE2A 4DS5A 4M7XA 1LAWA 2GX9A 4EHTA 4CJLA 3P38A 5JS1A 1C1CA 1HJRA 4W5RA 5JMVA 1N33K 4IG3A 3V4IA 4H0VB 4LFBK 4ZTFA 1VQKN 1UOCA 5AQHA 2QWQA 4Z4EA 2E2OA 2P9PB 3TAPA 3IUCA 2QK9A 1NK4A 1WBDA 3AO4A 3OYKA 3OS0A 1NK7A 4LC9B 5DM7L 3PIPL 2RF2A 4CGFA 3V9SA 1LCUA 3FZHA 1YJ9N 3QERA 3H08A 1XHXA 1VQ6N 1IO2A 4AILC 3NGIA 5KQ8A 1DKGD 1K8AO 3ZETB 4CJPA 4H0OA 3G71N 4C1NK 4AHTA 5BR9A 3M6GA 4CEEA 2A3ZA 2FBVA 5J2NA 2G8KA 4M45A 4CESA 4Z4IA 3VQ7A 3RMDA 3ATUA 2DFHA 1WSEA 3NE6A 5J2PA 4B1ZA 5AQJA 1FKOA 3QLHA 5CE3A 3E1YA 1ITGA 3RRHA 1ATNA 2YHAA 1T3VA 2HW3A 4CEOA 5AQKA 2CGJA 4BE1A 3VQAA 4DTOA 4DR2K 1L3SA 3DLEA 2H3GX 4GV9A 3DXKA 1SKSA 1HMVA 1WNSA 1BIZA 4DR5K 1RDUA 3A5NC 3RSEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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