2CGLA

Crystal structure of l-rhamnulose kinase from escherichia coli in complex with l-fructose, adp and a modeled atp gamma phosphate.
Total Genus 165
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
479
structure length
479
Chain Sequence
TFRNCVAVDLGASSGRVMLARYERECRSLTLREIHRFNNGLHSQNGYVTWDVDSLESAIRLGLNKVCAAGIAIDSIGIDTWGVDFVLLDQQGQRVGLPVAYRDSRTNGLMAQAQQQLGKRDIYQRSGIQFLPFNTLYQLRALTEQQPELIPHIAHALLMPDYFSYRLTGKMNWEYTNATTTQLVNINSDDWDESLLAWSGANKAWFGRPTHPGNVIGHWICPQGNEIPVVAVASHDTASAVIASPLNGSRAAYLSSGTWSLMGFESQTPFTNDTALAANITNEGGAEGRYRVLKNIMGLWLLQRVLQERQINDLPALIAATQALPACRFIINPNDDRFINPDEMCSEIQAACREMAQPIPESDAELARCIFDSLALLYADVLHELAQLRGEDFSQLHIVGGGCQNTLLNQLCADACGIRVIAGPVEASTLGNIGIQLMTLDELNNVDDFRQVVSTTANLTTFTPNPDSEIAHYVALIHS
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli bl21(de3)
publication title Structure and Reaction Mechanism of L-Rhamnulose Kinase from Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RHAMNULOKINASE
total genus 165
structure length 479
sequence length 479
ec nomenclature ec 2.7.1.5: Rhamnulokinase.
pdb deposition date 2006-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cglA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2cglA02
3UKUA 2GEMA 1V4TA 4QS8A 3WXLA 4ISGA 5ADXH 4BRKA 1NGEA 2V51B 3CJ9A 4O8KA 3UKRB 1H1VA 2UYTA 1LCUA 3QB0A 2FSKA 3QICA 1K8KA 2W41A 2Q31A 4ISEA 3MCPA 1BA1A 4EFHA 5AQXA 1Z6RA 4B9QA 5JMVA 5AQFA 3H6EA 5BPMA 4L3QA 3VF2A 1BG3A 3I8BA 4BRPA 2J4RA 5KPZA 4XEIA 1Z05A 4FWKA 4B1ZA 3MN7A 4K25A 2Q0UA 5AQMA 4DHYA 5AQWA 2VWBA 1GLFO 2P9SA 3EO3A 5AQIA 2IIRA 3CJAA 3ZX3A 1JCGA 5JICA 1QQNA 3CQYA 5BRFA 3ZX0A 3QFUA 3EZWA 2YHYA 2EWSA 3VERA 5EOYA 1KAZA 2ASOA 2A40A 3DXMA 4K41A 2P9NB 3VGLA 3CJCA 1V4SA 4BRAA 3WQTA 4JD2B 1NGJA 2OANA 3MN9A 3FZLA 5AFUH 4DQ8A 5BPLA 1T6CA 1TYQB 2Q36A 4BRLA 3WQUA 4AM6A 4YDUA 1HX1A 2ZGYA 3VEOA 3FZFA 5EX5A 3ULEA 5BPNA 4GY2B 2CGKA 1BA0A 1NM1A 2FF6A 2QWMA 4BREA 4CZKA 4FWLA 4BRIA 4CZHA 1NGIA 3TU5A 4QS7A 4BRFA 2P9IA 3CIPA 3EL2A 2FXUA 4F9OA 2PAVA 4BQLA 4O5FA 2QWPA 3RSEA 1HJOA 5FPDA 2CGJA 3GG4A 4PKHA 5AQPA 3L0QA 4FOEA 1X3MA 3BUZB 1DGKN 3VPZA 4HTLA 4CZEA 5E26A 1QQOA 2QWNA 5BN8A 3C7NA 4XH4A 2P9KA 5AQTA 2YI1A 3UKUB 1GLCG 2CGLA 4FL9A 1LOTB 3HZ6A 4FWMA 2A5XA 1K8KB 1KAXA 5KQDA 3DXKA 2ZWHA 5AQVA 1C0FA 5AQOA 4FPBA 2P9UA 1GLAG 3KHYA 1YXQA 4PKIA 3WT0A 2V7ZA 1ZC6A 3CJ7A 1BWFO 1NGHA 1ZXOA 5EVZA 2E2OA 1D4XA 5EXWA 4EAHD 4H0OA 3HBTA 4M7YA 3M3ZA 3U9ZA 2BUPA 3UE5A 2E1ZA 4FWRA 3ENOA 5AZIA 3O4WA 5AQZA 2E2QA 4B1YB 2P9SB 2V52B 2YHWA 5JLHA 1DKGD 1BUPA 5AQKA 5AQJA 1NGBA 4BRDA 1T6DA 4GNIA 3FGUA 4BVPA 3O08A 3J8AA 4CJ7A 4B1WB 3GOIA 4BR0A 2P9LA 4J8FA 3O8MA 1U2VA 1HPMA 3LDQA 3D2FB 3FFKB 3IMXA 1MWKA 3A5MC 3FZKA 3G25A 1DEJA 2Q1NA 5TKYA 4IXCA 4IO8A 3H1VX 5AZJA 4BR7A 4Y0WA 2QW9A 4H03B 4JNEA 5EY4A 4BROA 3VEXA 2I7PA 3D2EA 3LM9A 1QHAA 2QWQA 4CBUA 1GLJO 3HI0A 4WYBA 3R9PA 3R6MA 4QS9A 5I9EB 4FWSA 5BREA 5BRHA 2NRHA 1YAGA 2ITMA 4NO7A 2HF4A 4RWTA 2W40A 2ZGZA 2P9KB 3JS6A 4A2BA 4FWPA 4CZMA 1P8ZA 1HKGA 4FPAA 4CBWA 3ZETA 2A42A 1CZAN 3A5OC 1R59O 3MN6A 1KXPA 2IVPA 2PBDA 4CZLA 1GLLO 4BRCA 3IUCA 3R8EA 4BC4A 3DXKB 4H0XB 2AA4A 5LY3A 3FZHA 3U4LA 1MA9B 2P9UB 3WEEA 2ASPA 3W3DA 3HM8A 5BR9A 3AAQA 5BN9A 5AR0A 3FZMA 4BG8A 4CBXA 3P4IA 2I7NA 2IVOA 3A8YA 3KZBA 4BRGA 3DJCA 3H3NO 1BU6O 3ATVA 5AZIB 2ASMA 1E4FT 2Q2RA 2YJEA 1HUXA 5F2RA 1YVNA 1XC3A 4WQ5A 1EQYA 2HMPA 1GLDG 2A6AA 2DPNA 2P9LB 3O80A 4DB3A 4H0VB 1U2VB 3MDQA 2BTFA 4H5TA 3JXUA 3L4IA 5AQQA 3HTVA 4A61A 3ZEUA 2YHXA 3CQXA 4H0YB 4BG9A 3O6WA 1S22A 5AQSA 4HWIA 5AZJB 3QDKA 4H0PA 4EIAA 3LL3A 3F9MA 3LDNA 4H0TB 3CHWA 2QXLA 3D2EB 2QM1A 5LJWA 3LDLA 4Z94A 1RDWX 3ENHA 4BC2A 4BRQA 4B1VA 3WXKA 3M1FA 4WQ4A 4MO4A 4CZIA 3CI5A 1IG8A 2IVNA 3MN5A 2E2PA 3SMPA 3QBXA 1Y64A 3UB5A 3FR0A 2GWJA 3AARA 3QMLA 5KPRA 1NGAA 3VENA 3H46O 5AQLA 3VEWA 1BDGA 3WUHA 4K43A 4B1UB 3SLCA 4CZFA 1RFQA 3DXMB 4XH1A 1TYQA 4KBOA 1NBWA 4A62A 4BQZA 4CD1A 1S3XA 2QWLA 1NGGA 2FSNA 4XH5A 3BF1A 3WEEB 3CJ1A 1X3NA 3BEXA 3GE1A 5AQUA 2NZTA 3VF4A 3VETA 4AM7A 5LJVA 4LC9B 1ESVA 2A41A 4PL8A 3C0BA 4BGBA 1NGDA 3ULEB 4IJAA 1MDUB 2CH5A 2KHOA 2V7YA 5F0XA 4MLEA 5AQYA 4M7XA 2P9IB 4FWQA 4RCHA 3A5LC 4A2AA 1E4GT 3A0IX 1J6ZA 4EHUA 3RSEB 3AAPA 1SQKA 4RTFD 4BVOA 4YDUC 3B8AX 4BR5A 1QZ6A 2QWRA 4BR9A 1XQSC 3VGMA 3C7NB 4EHTA 3LM2A 3H45C 1QZ5A 4BR2A 1NMDA 2P9PA 2FLOA 3M6GA 3WXIA 5E84A 4FOIA 2VYPA 5KPTA 3SJHA 3ZEUB 3DWLA 3VGKA 1NGCA 1RGIA 2F9TA 2E8AA 1T44A 1ATNA 3ID8A 3LDPA 4JN4A 4WQ5C 3VEZA 4BC3A 5F1XA 3IDHA 3GBTA 5AQHA 3W0LA 4FSVA 1IJJA 2CH6A 2GWKA 5B8HA 2D0PA 2HF3A 2H3GX 3FLCO 3SMSA 3H3OB 1X9JA 2D4WA 4PL7A 2WUSA 1HKBA 2HOEA 4I6MA 4JHDA 5KQ8A 2F9WA 3O1WA 2NLXA 5AQNA 4DCHA 1BOTO 3D7EO 5CE3A 3VF6A 3IFRA 1MWMA 2AP1A 3GL1A 4CD3A 3QBWA 2QWOA 1ZBSA 1WOQA 4JAXA 1TUYA 3ZX2A 1GLEG 3D2FA 2FF3B 3CJBA 3HSCA 4MO5A 3UKRA 3MMVA 1ATSA 5AQGA 1GLBG 4WQ4C 3EKUA 4H5VA 3VESA 2YJFA 1WUAA 2E1YA 4PKGA 3EN9A 4M63C 1HLUA 4BR4A 3BP8A 3LDOA 4IWVA 4FWOA 3WXJA 3FE1A 4CZGA 1YUWA 4BRHA 1OKJA 3ATUA 3U8XA 1U6ZA 1XUPO 5FPEA 2D0OA 5ADXA 4H5WA 4IJNA 1JCFA 1SAZA 4C23A 4FWNA 5AQRA 4B1XB 1NLVA 2Q0RA 1HKCA 4FO0A 2A3ZA 3SK3A 4E1JA 2D1KA 3VEVA 1ATRA 3GDQA 2P9NA 4H5NA 3O1BA 3QFPA 1KAYA 2E88A 1G99A 4JD2A 2P9PB 5ELZA 1Q18A 3ZETB 4NB4A 3VEYA 4BGAA 3I33A 3KVGA 2ZF5O 1JCEA 1BO5O 4BRMA 3MK6A 1NWKA 5FPMA 4BRNA 3L6QA 5JLFA 3H1QA 4IZ9A 1NGFA 1TUUA 4ISFA 3EKSA 2GELA 3AY9A 4H5RA 4K42A 2Q97A 2FSJA 1SZ2A 5BRDA 3O5BA 3S41A 1QQMA 4I6MB 4JHDB 3A5NC 3OHRA 2YCHA 4MLHA 1C0GA 3DAWA 3U9DA 3CETA 4BC5A 2GTDA 3CERA 4CZJA 4CI6A 3BF3A 5AFUA 3TPQA 2E2NA 5FPNA 2GUPA 2E20A 2VCPA 3VOVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJTA 4OLAA 2GEMA 1V4TA 4QS8A 4ISGA 3C6UA 5FROA 2OYQA 1SV5A 4O8KA 1LW0A 3NH1A 1NK7A 3IRXA 4LF5K 4CEFA 1L3TA 1XMQK 4CFBA 5AQXA 5JMVA 3H6EA 3DLKA 3HSTB 4WFBL 4OLBA 3WNGA 3I8BA 4RW4A 2OA8A 1JL1A 2J4RA 4CEBA 3V1QA 1L5UA 4FWKA 4B1ZA 2UU9K 3V4IA 5AQMA 3QO9A 2P9SA 3TSUA 3EO3A 5AQIA 4JRQA 4B3MK 3VQAA 3QIOA 2KZMA 2LSNA 3QFUA 2EWSA 5HOOA 4JKHA 4K41A 4FJJA 1V4SA 3KLFA 4BRAA 3OYIA 3CC2N 3LP3A 3VQBA 3QIPA 5AFUH 3TTCA 2Q36A 3LP0A 2ZGYA 4DQRA 1XHZA 3ULEA 3S3OA 4KO0A 4JI7K 1KRPA 2Q3SA 4BREA 1S9EA 4C8LA 4BRIA 5JVGL 1SUQA 4QS7A 4BRFA 1T3VA 3K5MA 1GOCA 4F9OA 2PAVA 3IG1A 1RBSA 4FK2A 1HJOA 4FZZA 3A2FA 4FOEA 2XO7A 3HL8A 3VPZA 3SJJA 1W9HA 3C7NA 1REVA 4XH4A 1TL1A 5KTQA 3THXA 3UKUB 2VG6A 4JI3K 3AVNA 4FL9A 3HOSA 3NE6A 5JS1A 4BDZA 1FKPA 2IGIA 3LAKA 3DXKA 3QERA 1HYZA 5AQVA 3KLGA 5AQOA 3RRGA 4FPBA 4K0KK 4OJRA 1YXQA 4DR4K 3WXMB 2UUAK 3NBPA 1NKEA 1U48A 1BWFO 1ASVA 2ZD1A 4DQPA 3K59A 4ELTA 4M7YA 1U49A 1L3VA 1EWQA 2E1ZA 2XY5A 5AZIA 4KHYA 3O4WA 3CM5A 2DFHA 2V52B 1VQ5N 4NCAA 4DG1A 2NRTA 2W6KA 3T1HK 1A5WA 2X6NA 1HYSA 5AQKA 2HW3A 4W5NA 3AGKA 1VSEA 4BRDA 1TGOA 1T6DA 3FGUA 4FK0A 1RTHA 3EE9A 3O08A 1HRHA 4W5TA 4LF7K 3ULDA 4B9NA 4Z4FA 3D2FB 2E4LA 2B4JA 3FFKB 2QA4N 1Q86O 2YNIA 3G25A 4FM1A 4B9UA 3ZLJA 4AHSA 5SWMA 1DEJA 4JI8K 3E9OA 2OTJN 2HHXA 1X9SA 1N33K 4IOCL 3SV4A 4BR7A 4J2AA 4HUFA 4CEZA 1IKXA 4DV7K 1KLNA 4LFBK 3LM9A 3EY1A 1YITN 3O9SA 4N47A 1GLJO 3R6MA 1EXQA 4FWSA 4HCBA 5BREA 4JK7A 4DR7K 4OPAA 4NO7A 3KK1A 4DU3A 2PYJA 2ZGZA 3JS6A 4CJFA 2IC3A 4DV1K 1S6QA 4CZMA 4FPAA 1CZAN 4HHTA 3A5OC 2Y1JA 2PBDA 4CZLA 1GLLO 4KTWA 3CYMA 3O3GA 4B08A 5HL7L 1TKTA 1HMVA 3MAQA 4LF8K 5LY3A 3FZHA 3U4LA 1VQNN 3WEEA 1K8AO 3QETA 5LMNK 5J1EA 3OS0A 5BN9A 3KZBA 3H3NO 3K9JA 3QEVA 3PX6A 2O4IA 1N6QA 1UA0A 1K73O 3CC7N 5HBMA 3WNHA 1E4FT 1IKWA 2Q2RA 1Q9YA 4B9LA 3OYHA 1XC3A 4CJVA 5JS2A 4E7LA 4DTSA 3SBGA 1GLDG 3RMDA 1QHTA 1RT7A 1U2VB 3VQCA 3ZYYX 2KTQA 2HHSA 3JXUA 1WNSA 4Q0BA 4O44A 1RT3A 3RVCA 4DR2K 2NNWA 3O6WA 4JI4K 1M1KO 5AZJB 2XY8A 3G6EN 4JRPA 1HNZK 5J2MA 5JVHL 4EIAA 4DTRA 3C94A 3LL3A 3F9MA 4H0TB 4O8UA 1Q82O 2QXLA 3D2EB 1JLGA 4BRQA 3ENHA 3ZSVA 3PUFA 3MXIA 3JYTA 3V9ZA 4MO4A 1I94K 3CI5A 1IG8A 3AVIA 4B3TK 4CESA 3SZ2A 3PIOL 1T8EA 3UB5A 1N8RO 1X9WA 4CJSA 3PY8A 3H46O 5AQLA 1O13A 2HNDA 1NJWA 4CZFA 4CJLA 4XH1A 1TYQA 4A62A 3THYA 1T05A 3J80O 4CD1A 1S3XA 3AVFA 1VSFA 4E3SA 2IDOA 4I2QA 3CJ1A 4LH4A 4C1NK 4DV0K 1X3NA 4FJ5A 3C65A 4J2DA 1LV5A 3VF4A 1SS6A 1JLFA 4CHPA 4QOZB 1QVFM 1TKXA 1NGDA 2HHWA 4M3RA 4E89A 3ULEB 2NRVA 2KHOA 5MLCQ 4DR5K 4CJKA 4MLEA 4O55A 5AQYA 2WBNA 3KTQA 1E4GT 3SUOA 1J6ZA 4BE2A 1NJZA 4RTFD 4FLTA 1YT3A 4BR5A 3MXMA 3OY9A 1NJYA 2QKKA 4KV8A 1D8YA 3DLBA 3C7NB 4PWDA 3CCVN 3LM2A 2P9PA 5TKWA 1Q8IA 4ILJA 2D0AA 3VGKA 2F9TA 1ZYQA 5F1XA 4X66K 3NF9A 3GBTA 1SL2A 3EZ5A 5C2FA 2RKIA 2CH6A 1GOBA 1VQ7N 4N41A 4BWMA 3H3OB 3P39A 4WF9L 3AO3A 1X9JA 2D4WA 3AVBA 3LZJA 4JI5K 2WUSA 4JKFA 1HKBA 1NJIO 2HOEA 4JHDA 4FJNA 4JI6K 4DCHA 3OYCA 3I55N 3VF6A 4CJ3A 4BWJA 1FXXA 3M8PA 3BGRA 1ZBSA 1WOQA 3ZX2A 5M1NA 1YTUA 5DM7L 3NAEA 2O8CA 5C2DA 3L3UA 4OGCA 1ATSA 4OKKA 5AQGA 3EKUA 1RBVA 4H5VA 3HOTA 3VA3A 3SUNA 3KD5E 4DLGA 4IOAL 3DYAA 2E1YA 3OYGA 4DU4A 3HJFA 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1WSJA 4MFBA 1IH7A 2FXUA 3EL2A 3L2VA 1VSIA 4OVLA 4DKWA 5AQPA 4NYFA 3BUZB 1DGKN 3KIOA 3CCSN 3KLEA 1IO2A 5I42A 2QK9A 4ID5A 2YI1A 2G8WA 4C1NI 4CEEA 1S9GA 1GLCG 2HBJA 1S1UA 1HNXK 4PUOA 1LOTB 2NRWA 5E41A 5KQDA 4EP4A 3AGRA 2ZWHA 5C25A 1C0FA 1CXQA 4ID1A 4EZ6A 1S1XA 5C15A 2FBYA 4B3OA 4DQSA 1EO1A 1BQMA 1LWFA 1ZC6A 3CJ7A 3JAMO 3K9KA 1ZXOA 2P51A 2E2OA 1D4XA 2GV9A 2VQFK 4OX9K 3M3ZA 4JI1K 4DFJA 4FWRA 5AQZA 2RHKA 1HQUA 4O4GA 4PQUA 4CHQA 1VRTA 5AQJA 3KK7A 4C8OA 2KW4A 1W97L 4GNIA 4BVPA 1KFDA 3VQ7A 4CJ7A 4E0DA 1RBTA 3T69A 3OJSA 1OH6A 4J8FA 3O8MA 1U2VA 1HPMA 2W42A 3IMXA 4B9SA 4JI0K 5GAGP 1MWKA 3A5MC 2O8CB 4DTUA 5BR8K 4IKFA 5TKYA 3L2QA 4IXCA 4IO8A 5AZJA 1C0TA 2QW9A 5M1OA 3PO4A 4B3RK 3PX4A 4DF8A 4JNEA 3T7ZA 1XNQK 4ILGB 3VEXA 5GIOA 2VWJA 4KI4A 3D2EA 1QHAA 3C6HA 4CBUA 1YTAA 3NH0A 2HF4A 1BI4B 3KKRA 3ENBA 4A2BA 4AH9A 1P8ZA 1KQSM 2A42A 4DTOA 3V9UA 3DRRA 4FVUA 3SAGA 1KXPA 2IVPA 3DRPA 3R8EA 4AHTA 4H0XB 3L4QA 4JK9A 1JL2A 1TAQA 4FLVA 2P9UB 4OKJA 3QNNA 5IWAK 4CJEA 5H1SQ 4CVNE 4HTUA 3W3DA 1C1CA 3VQ5A 3HM8A 1NK9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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