2D5RA

Crystal structure of a tob-hcaf1 complex
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
RICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for the antiproliferative activity of the Tob-hCaf1 complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 7
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2005-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d5rA00
4DU3A 4KTWA 4RW6A 3KD5E 2EHGA 1DTTA 4LH5A 4DFJA 1REVA 1NK4A 4C8KA 1SL2A 1BCOA 4FJLA 1WNSA 2IS3A 4WE1A 4RW8A 4OJRA 4CK3A 2XY7A 3U6FA 1QTMA 2OZSA 2HHXA 4EP5A 4O0IA 5KI6A 4E7IA 1HYZA 2YNGA 1ASVA 3ITHA 4I2QA 3L2QA 3F73A 5FDLA 3OYAA 3AVIA 2Z1JA 4B08A 3K5OA 4HTUA 3QNNA 3TAFA 2HHUA 3LP1A 1RDBA 1TV6A 2HNZA 1RT7A 2YNFA 3L3VA 3AVBA 1L3TA 3KLIA 3LZIA 3HXMA 2RF2A 4CF8A 4CJFA 5I3UA 3AA3A 1R0AA 1GOAA 4F3OA 1UAXA 2GV9A 4IKFA 1BISA 3NF7A 1Q9YA 4AHVA 4DSEA 4AILC 3BDPA 1IKYA 1S1VA 2X74A 2BANA 3T19A 1S1WA 4XIUA 4Z0UA 4W5RA 3AV9A 3M8SA 1KLNA 4M3TA 1VSLA 1JLFA 4W5OA 4CK1A 4DQQA 1RCHA 2VWJA 4M41A 3TAEA 3K58A 2ITGA 4BWJA 1VSFA 1S1XA 3I0RA 5CYQA 5DK5A 3VQEA 4E89A 3CFRA 4DSKA 1Z26A 3TWHA 2AJQA 4DTJA 1L3SA 1WSFA 3IG1A 4OKEA 4F8RA 1B9DA 1RBSA 3AA2A 4IBNA 4N5SA 2XHBA 4BDZA 4DTMA 4Q0BA 2Z1IA 1Q8IA 1EXQA 3WNGA 4B9VA 4AHUA 2KZMA 4ICLA 2P5OA 1J5OA 4Z4IA 3NHGA 2KTQA 1ASWA 2HB5A 4NYFA 1D5AA 1FKPA 3CFOA 3DLKA 4BDYA 4FW1A 4NCBA 5J2NA 4CJPA 3NH2A 3NH0A 4B8CA 3NAEA 4CEBA 1W9HA 4CGIA 3S3MA 3QEXA 3THVA 4CHQA 3T1AA 1D9FA 4EP4A 2NUBA 1S9EA 4I7FA 3QETA 1UA0A 4W5NA 2BE2A 2OPRA 4FJXA 5HRNA 4J2DA 1WAFA 1RNHA 4FLUA 2A1RA 4CK2A 1I3AA 4BACA 1SKSA 4JRQA 3K5LA 3ISNC 4DTUA 4MFBA 1HQEA 1LAWA 3EZ5A 3LAMA 3QLHA 3OYDA 1FKOA 3OJUA 5SWMA 1U47A 3RMCA 3KTQA 3TANA 2FC0A 1NOZA 1NK5A 2DFFA 1SUQA 4KHWA 3LWLA 4BWMA 3OYKA 4G1QA 4GVMA 2G8WA 4N76A 1CLQA 3V9UA 1KVAA 4C8LA 3ZT2A 3O3HA 3OYCA 1WN7A 2Y1JA 3LZJA 5E41A 1TKTA 3PY8A 3C6UA 4AHRA 4E7LA 2KW4A 3TABA 3SI6A 3ZCMA 3NDKA 4KV8A 1HNIA 4CFCA 2F8TA 1G15A 3TAPA 2HVHA 1BL3A 4OLAA 3ZSQA 3P1GA 2HNDA 1HNVA 1QHTA 4CEQA 4CJRA 1TL1A 2YNIA 4DU4A 4BE1A 4DFPA 4N41A 3OJSA 1T8EA 4CGDA 3CM5A 4H8KA 4N56A 2PY5A 1B9FA 4DTXA 4HUGA 3VQDA 3HPOA 1LAVA 4B9LA 1T7PA 2YHAA 1JLEA 3AVCA 4TSXA 1RT2A 4Z4CA 3RTVA 2OA8A 1S1UA 4RW4A 4B9SA 4KTQA 1BQMA 5K14A 1JLGA 1LW0A 1NJWA 1EETA 4RW9A 3VQ6A 3S3NA 4ZTJA 1KFSA 4FJ5A 4I9QA 4CFDA 1CXUA 4FJNA 1Z25A 1CZ9A 1X9WA 4OPKA 3KKSA 3AVLA 3OS0A 4FJ8A 1XHXA 4KAZA 2RPIA 4HVJA 5C24A 1LWEA 3AVHA 3K57A 3AA5X 3TAGA 3SPYA 1Q9XA 4CFAA 1TGOA 2B4JA 4GMJB 4CGFA 3NGZA 4BE2A 2O4IA 3V81A 4J2BA 1HYVA 3TAMA 4DSLA 1WSGA 3MXJA 5KRSA 2E4LA 2EX3A 4HCCA 1JKHA 1T03A 5FRMA 3QINA 1TK5A 1BCMA 4CIGA 3KLFA 3ZSZA 4M42A 1S5JA 1BGXT 2HHQA 2YKNA 3V1OA 1N5YA 1FK9A 1U45A 1BIUA 3L2VA 4FVMA 4ELUA 4E7KA 4FM2A 2D0AA 2FBTA 4LH4A 3ZSWA 3L2UA 2G8UA 2HNYA 2E6LA 3OY9A 1TAQA 2R7YA 3LALA 3NF9A 2G8HA 3RRGA 3HO1A 4DSJA 3G10A 4CECA 1HQUA 4AHSA 4YNQA 4DS4A 4C8OA 4GW6A 1UOCA 2DTUA 3AVJA 3RR7A 2O4GA 3HK2A 4IG3A 3M8PA 3HM9A 1S9GA 4EZ9A 4CHNA 4M3YA 3TARA 4IFVA 1QSYA 4PWDA 1U49A 1YT3A 3ASMA 3B6OA 1DLOA 3NF8A 1NKBA 3E01A 4Z4EA 5J2PA 1ZYQA 1SV5A 1HPZA 1EKEA 4CJUA 3OYNA 4DQSA 1KRPA 4DU1A 2VG7A 4DS5A 4M3UA 4N47A 4CIFA 5CY4A 4F3TA 2FBVA 1VSIA 5I42A 4YFUA 1RTIA 3KIOA 2Y1IA 3MECA 4J2AA 2B5JA 3OYBA 1EP4A 1XWLA 3OS1A 3V9SA 4FJHA 1ZBHA 1X9SA 3DM2A 3DOKA 1RBUA 3G0ZA 4E3SA 3DLHA 4UQGA 3DYAA 1UA1A 1IKVA 1JLBA 3H08A 3AO3A 3PX4A 4Z4GA 4PUOA 1TKZA 3RMBA 1Y97A 1QS4A 3K2PA 4KHQA 3VQBA 1L3UA 2OPQA 5KGWA 4KHNA 2JGUA 4BDPA 2KZZA 4DSIA 2ETJA 4J2EA 4CGHA 1RTHA 1RBRA 2G8VA 1JXEA 1ZBIA 4E1NA 4CHZA 3HPHA 3M8QA 1KVCA 1W0HA 4H4MA 1GOCA 4W5QA 3SV3A 3SQ1A 3QEIA 1WSJA 3AVGA 2X78A 4ID1A 4E19A 4CJTA 2QKKA 4ELTA 1O1WA 3DRRA 4FM1A 4AH9A 4M45A 3OYMA 4L8RB 1DTQA 4R5PA 1RBVA 2XO7A 3JYTA 2XY6A 2GUIA 1T05A 4FJKA 1BQNA 1VK0A 3IAYA 2P5GA 4Z4HA 3L3UA 1TVRA 2I5JA 3KJVA 3AO2A 3SCXA 1NJZA 4KO0A 4LSNA 4FK0A 3DRPA 3RWUA 2PYLA 3VQAA 3BGRA 1J54A 2Z1GA 1GOBA 2OPSA 3AVAA 3P5JA 3V1QA 1I39A 1WSEA 4CIEA 4JS5A 3QNOA 3RRHA 4DWIA 4CJKA 4KHYA 4CEZA 2DY4A 4LY7A 2VWKA 2IGIA 3QESA 4FJ9A 4O55A 1QQCA 2G8IA 1L5UA 4OKKA 4DLGA 4F2SA 4DF4A 4ELVA 1NJYA 3NCIA 3T3FA 3VQ9A 4DFMA 2E6MA 1D8YA 2HMIA 3DLBA 4W5TA 1ZBUA 2ATQA 3V9XA 3QEVA 4O4GA 2JLEA 3OYIA 5EU7A 3PX0A 1NK9A 3RR8A 5CZ1A 4CHYA 1RILA 1VSEA 4Y1DA 4OPJA 1U48A 5C42A 3OVNA 3O3FA 2VG6A 4K8ZA 1CZBA 3OYFA 4IDKA 1MU2A 4DTSA 4EZ6A 3HVRA 4B9NA 3SQ0A 1JLQA 1HMVA 1VSDA 2HHWA 3CYMA 4F4KA 4FYDA 4KB1A 2F8SA 4MQ3A 3ZT3A 4DG1A 5HBMA 4KFBA 4F2RA 3LP3A 2XRIA 3DOLA 2IDOA 3VA3A 3V6DA 1TK0A 3SQ2A 1RDDA 4DTOA 1TAUA 1B92A 3M8RA 2FBXA 2D0BA 1UWBA 4FK2A 1A5VA 1C6VA 3KK1A 3PO5A 3LWMA 1WSIA 5CYMA 4JRPA 4HUFA 3TI0A 4B9TA 3DMJA 4OVLA 4Z4FA 3SPZA 1VSHA 3LP0A 4E1MA 1C1AA 4CF0A 1BHLA 1IG9A 4KB0A 2BDPA 2HHSA 1EX4A 4CEAA 3VQPA 4O5BA 2GBZA 4FLZA 3HL8A 1L3VA 2P51A 3PV8A 1BI4A 4CGGA 1RTDA 3DI6A 5HRRA 4KREA 2KFZA 3AVKA 3VQCA 3S9HA 2YNHA 5J1EA 3V9ZA 3CFPA 4IG0A 2XY8A 3L2WA 2G8FA 1IKXA 4M3XA 4QCLA 4FLYA 1NK0A 3LPUA 4DLEA 4K8XA 1RT4A 2KFNA 3FFIA 4OGCA 1SL0A 3MEGA 1HYSA 3C94A 1U04A 3LANA 3MEDA 3ALYA 1RTJA 3CG7A 4CJ3A 3JSMA 3VA0A 3TAQA 4FJMA 4Y1CA 1A5WA 4KPYA 5KRTA 4KI6A 3SYZA 2G8KA 1WLJA 1TKDA 4PQUA 3NE6A 4B8AB 1VSMA 1C0UA 3DRSA 4B9UA 2DFEA 5T7BA 4CJ5A 3RMAA 3ZSOA 1LV5A 1JLAA 4FLTA 1KLMA 1NOYA 2HVIA 4BE0A 2OYQA 3SV4A 4RG8A 1IO2A 4LD0A 3K59A 1U4BA 2P1JA 4FW2A 4C8NA 3OYGA 1SL1A 4CF9A 4FLXA 3OS2A 3LPTA 4OLBA 3LDSA 4NYNA 3HJFA 1QE1A 3QEWA 4FK4A 1BI4B 1YVUA 5HP1A 2ZE2A 2PZSA 3SUPA 3VN5A 4I9LA 4E7JA 1S1TA 3A2FA 4PY5A 2IC3A 3HYFA 3C6TA 3SUQA 5D3GA 3QIPA 2F96A 2FBYA 1LW2A 3I0SA 4HUEA 4I2PA 4LSLA 4FM0A 4M3ZA 4FCYA 2OZMA 1C1BA 1ZBFA 3IRXA 2KQ2A 1NJXA 4FJ7A 4FZYA 4DSFA 3NH1A 4DTPA 1JXBA 3ULDA 4FXDA 1JL1A 3SNNA 3HT3A 1NKEA 4FJGA 3KLHA 1NK6A 4PA1A 1CXQA 3IS9A 1VRUA 3DLGA 3HPGA 3KK2A 3QERA 3SUNA 4ZTFA 4DF8A 4CHOA 1RT3A 3U3GA 5CZ2A 1ASUA 4M3RA 3O3GA 1C0MA 1NK8A 3HSTB 4CJLA 2RKIA 2D5RA 2OPPA 3KD1E 2D0CA 3ZT4A 1F21A 1LWCA 1WSHA 4CJEA 1ZBLA 3MAQA 3OYEA 3LP2A 2IAJA 2VG5A 4C8MA 2WONA 5KGXA 2Z1HA 3NGYA 3I8DA 3ZSYA 5HROA 3AO1A 5HRPA 1XI1A 3CM6A 4CFBA 4E0DA 3EYZA 3DLEA 3KKRA 3K5NA 4JLHA 4KHSA 3ZSRA 1RT5A 3KLEA 3AVNA 1HJRA 5KTQA 4KRFA 3PX6A 1HRHA 1WAJA 5C25A 3U3YA 1KFDA 2Q3SA 2YHBA 4CF1A 4CJ4A 1RT6A 2HW3A 1JLCA 1C0TA 3O4QA 1K6YA 2X6SA 3WNEA 4CEEA 1S6PA 3HP9A 5SZTA 1XC9A 4HCBA 1TL3A 3VQ5A 3KK3A 3QEPA 2HHTA 1J9AA 3V9WA 3AVFA 4CJVA 4CF2A 4RW7A 2W42A 3VQ8A 1A5XA 4JS4A 5J2QA 3AA4A 2BGGA 1NKCA 3EY1A 3QO9A 3NFAA 4AHCA 3CQ8A 2ZD1A 1QSLA 1JL2A 5HLFA 4KKOA 4ID5A 4CCHA 4O44A 4DQIA 5FRNA 1RDAA 2LSNA 3SZ2A 4IFYA 3MEEA 2ZQBA 3V4IA 1YTAA 4DQPA 4NCGA 5FROA 3AO5A 4OKJA 3NF6A 4DFKA 2QKBA 5J2MA 1X1PA 1TK8A 5JS2A 4O0JA 1XHZA 2DFHA 3VQ7A 2QXFA 3SQ4A 3S3OA 5JS1A 4CGJA 3V1RA 2A1SA 1IKWA 3L2RA 4H4OA 4CEDA 4QOZB 3ZT1A 3WNFA 3VQ4A 4FZXC 4DTNA 3L8BA 1VRTA 2YKMA 3ZT0A 4DMNA 4HHTA 4FJIA 1YTUA 1ITGA 2X6NA 1J53A 4CEOA 4KHUA 2QK9A 2HHVA 4AHTA 4CHPA 3OYHA 3NGIA 1KCFA 4FLVA 2B6AA 4B9MA 3K5MA 3TR8A 3RMDA 1KTQA 3AO4A 3LAKA 4OGEA 3ZSVA 3MXMA 4FJJA 1TKXA 4KI4A 3VQQA 1FXXA 1IH7A 4ZHRA 2PYJA 4CE9A 3D45A 3DLRA 1S6QA 4DTRA 1VSKA 2YV0X 3ZSXA 3C95A 1RBTA 3HVTA 3OYJA 1KSPA 1N6QA 1NK7A 1QSSA 1KVBA 2XY5A 3SUOA 4CERA 5HRSA 3P83D 3D0PA 3SJJA 1SKWA 1VSJA 4QAGA 1D9DA 1BIZA 3OYLA 3KLGA 3WNHA 4M3WA 1RDCA 4CEFA 5DMRA 4NCAA 1LWFA 3NBPA 2WOMA 3QIOA 4E7HA 3PO4A 1X9MA 3AVMA 4FZZA 4CJSA 1C1CA 4CJWA 3F9KA 1SKRA 4FLWA 3HP6A 4B3OA 2RN2A 3O4NA 3UIQA 2IOCA 3MXIA 1RT1A 3PUFA 4CESA 4Q5VA 3B6PA 4CJQA 4KTZA 4DQRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KTWA 3CD6N 3KD5E 1K9MO 3MN5A 1REVA 3T1HK 3O08A 4FJLA 2WUSA 2XY7A 1RGIA 2OZSA 5F0XA 1HKBA 5KI6A 4WQ4A 2GELA 3ITHA 4I2QA 3BUZB 3QBWA 3CJ1A 3K5OA 3TAFA 3LP1A 3QICA 3L3VA 3AVBA 3LZIA 3HXMA 4BRLA 4NB4A 1Q7YO 1R0AA 4F3OA 4FWSA 2GV9A 3NF7A 2KLAA 4AHVA 1IKYA 4RTFD 2BANA 3T19A 1S1WA 4W5RA 2YX6A 4M3TA 1KLNA 1VSLA 4W5OA 4DQQA 1RCHA 1K8KA 1VSFA 3CFRA 3TWHA 3N4PA 3IG1A 4EAHD 3WXJA 4GVEA 4IBNA 2XHBA 4BDZA 1BDGA 2OCEA 4DTMA 1BU6O 4Q0BA 2Z1IA 2IVOA 4AHUA 2KZMA 2QI2A 4ICLA 2UYTA 3VEWA 4BR7A 3DXKA 1IBKK 3ID6A 4NYFA 3DLKA 5J2NA 4B8CA 4CEBA 3LDLA 3QEXA 1VQMN 5BN8A 3T1AA 1D9FA 4EP4A 1S9EA 1UA0A 2A41A 2UXBK 3VEOA 1WAFA 1RNHA 2A1RA 3F2KA 4BACA 3K5LA 4LFCK 4MFBA 3OBWA 3LAMA 4B3TK 1Q18A 1U47A 4YDUA 5MLCQ 3TANA 1YXQA 4FPBA 1Z05A 2DFFA 1SUQA 3LWLA 3NMUA 4N76A 4G1QA 3BF1A 3V9UA 3OYCA 2Y1JA 1MDUB 3PY8A 4E7LA 2HBMA 3TABA 3SI6A 1G15A 4DB3A 1BL3A 5GIOA 2HNDA 2YNIA 1NGCA 4DU4A 1T8EA 3TU5A 4DR6K 4B1XB 1BWFO 2QWLA 4JAXA 3THXA 2QXLA 4HUGA 3VQDA 1LAVA 3RTVA 5K14A 3VOVA 4FJ5A 4FJNA 3QFPA 2D1KA 1CZ9A 4OPKA 1NNEA 4Z94A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KTW A;  3CD6 N;  3KD5 E;  1K9M O;  3MN5 A;  1REV A;  3T1H K;  3O08 A;  4FJL A;  2WUS A;  2XY7 A;  1RGI A;  2OZS A;  5F0X A;  1HKB A;  5KI6 A;  4WQ4 A;  2GEL A;  3ITH A;  4I2Q A;  3BUZ B;  3QBW A;  3CJ1 A;  3K5O A;  3TAF A;  3LP1 A;  3QIC A;  3L3V A;  3AVB A;  3LZI A;  3HXM A;  4BRL A;  4NB4 A;  1Q7Y O;  1R0A A;  4F3O A;  4FWS A;  2GV9 A;  3NF7 A;  2KLA A;  4AHV A;  1IKY A;  4RTF D;  2BAN A;  3T19 A;  1S1W A;  4W5R A;  2YX6 A;  4M3T A;  1KLN A;  1VSL A;  4W5O A;  4DQQ A;  1RCH A;  1K8K A;  1VSF A;  3CFR A;  3TWH A;  3N4P A;  3IG1 A;  4EAH D;  3WXJ A;  4GVE A;  4IBN A;  2XHB A;  4BDZ A;  1BDG A;  2OCE A;  4DTM A;  1BU6 O;  4Q0B A;  2Z1I A;  2IVO A;  4AHU A;  2KZM A;  2QI2 A;  4ICL A;  2UYT A;  3VEW A;  4BR7 A;  3DXK A;  1IBK K;  3ID6 A;  4NYF A;  3DLK A;  5J2N A;  4B8C A;  4CEB A;  3LDL A;  3QEX A;  1VQM N;  5BN8 A;  3T1A A;  1D9F A;  4EP4 A;  1S9E A;  1UA0 A;  2A41 A;  2UXB K;  3VEO A;  1WAF A;  1RNH A;  2A1R A;  3F2K A;  4BAC A;  3K5L A;  4LFC K;  4MFB A;  3OBW A;  3LAM A;  4B3T K;  1Q18 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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