2DPNA

Crystal structure of the glycerol kinase from thermus thermophilus hb8
Total Genus 161
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
FLLALDQGTTSSRAILFTLEGRPVAVAKREFRQLYPKPGWVEHDPLEIWETTLWAAREVLRRAGAEAGEVLALGITNQRETTLLWDRKTGKPLHNAIVWQDRRTTPLCEALRAKGLEPLFRERTGLLFDPYFSGTKLVWLLENVPGLKARAEGGGVAFGTVDTWLIWNLTGGKVHATDPTNASRTLLFNLHTLAWDPELLEALGIPAALLPEVRPSDGDFGETLPELLGAPVPIRGVLGDQQAALFGQAALGGGEGKCTYGTGAFLLLNTGKRPVLSEKGLLATVAWSLGGRATYALEGSLFVAGAAVGWLKEVGLIRESAEVEALAASVEDTGDVYFVPAFTGLGAPYWDPYARGTLLGLTRGTSRAHLARAALEGVAFQVRDVVLAMEEEAGVRLKVLKADGGMAQNRLFLKIQADLLGVPVAVPEVTETTALGAALMAGVGAGALSPEDVAGRFREAERFLPTMPEGRREALYRRWREAVERAKGWARE
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
publication title Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 161
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA01
1R59O 2E2NA 3A5LC 1NGFA 1X3NA 2V52B 3G25A 3ZEUA 1V4TA 4CZLA 4BC2A 5LJWA 3BUZB 2Q2RA 3ZX3A 2PAVA 3OHRA 3FZLA 2E1ZA 2QW9A 3CERA 5TKYA 4BQZA 3VEYA 2KHOA 1HUXA 1NGGA 1NGBA 5E84A 3EKUA 5AQPA 2HF3A 5KQDA 4BGBA 2P9SB 4K42A 1V4SA 3ATUA 3IDHA 5AQNA 2ZGYA 3CJBA 2FXUA 2YJEA 3DXMB 3VGKA 2J4RA 4BRMA 4FPBA 3DWLA 2ZWHA 3TU5A 4BRCA 2OANA 3QICA 4RTFD 3LM2A 3LDPA 3ZETB 2CH6A 1NGCA 4C23A 3ATVA 3CJ7A 3CJAA 1MA9B 3VESA 3ENHA 2W40A 3W3DA 4O8KA 3VENA 3D2EA 3UKUA 5EY4A 2ASPA 2VYPA 2NZTA 4FPAA 5KPRA 4A61A 1HKCA 1Z6RA 4FWKA 4CZHA 3O1WA 4AM7A 1LCUA 3EO3A 1TYQB 4BVPA 4K41A 1C0FA 2I7NA 4BC4A 4B1VA 2E2QA 5AQQA 2ASOA 4FWNA 5FPMA 3VEVA 3GDQA 2E1YA 5BPNA 3FLCO 5KPZA 3QDKA 4H5NA 4XH4A 5AQKA 1X3MA 4XH5A 1MWKA 1QQMA 1ZXOA 3CHWA 2IVOA 3WEEA 1P8ZA 4DCHA 1H1VA 3O5BA 4CZEA 2DPNA 3CJCA 1KAZA 2QWMA 2E8AA 3UB5A 5AZJA 4BR2A 3C0BA 1BOTO 1RDWX 3QB0A 2CGJA 5AQUA 1Q18A 3GL1A 1NGIA 4CZJA 1BUPA 4BRHA 2P9UB 5AFUH 3SK3A 5AQXA 3GOIA 3CIPA 5BRHA 2Q97A 1GLLO 5BPMA 1MWMA 3LDQA 2ASMA 2P9NA 2YHXA 3O08A 3TPQA 5KPTA 3DXKA 3HM8A 5ADXH 3VF6A 3CI5A 2P9LB 3QBWA 3H3NO 3ZX2A 3VOVA 3HSCA 4H5TA 5AZIB 4WQ4A 5BN9A 4GNIA 5BREA 4B1UB 3EKSA 2I7PA 5EX5A 4J8FA 4PKIA 4NB4A 2QWQA 4RWTA 4H0XB 4H0PA 3R6MA 3O80A 4WYBA 4FWPA 1T6DA 4XEIA 1HJOA 1GLCG 1T6CA 5AQIA 3ZETA 1GLAG 2P9PA 4ISEA 1E4GT 4KBOA 4PL7A 1BO5O 1WUAA 5BN8A 4B1XB 4BRLA 1ESVA 2A41A 2ZF5O 1YVNA 5AQRA 4RCHA 1XQSC 5LJVA 4CZKA 5AQFA 1BG3A 3D2FB 5JLFA 4H03B 3FZFA 3MMVA 4EHUA 5F2RA 3QMLA 1BWFO 2QWPA 4EFHA 1HX1A 1NBWA 1ATSA 4I6MA 3HZ6A 3L4IA 4JN4A 2GEMA 2Q36A 2YCHA 1NGAA 4BR0A 1KAXA 1XUPO 3EL2A 2QWRA 4FSVA 3VEOA 1NGDA 4CZIA 3A8YA 2V7YA 4MLHA 1KXPA 2HMPA 2D1KA 3AAQA 3RSEB 1ATNA 3WUHA 4M7YA 5KQ8A 2E88A 3H1VX 2QWOA 4PKGA 3MN7A 3LDOA 1CZAN 3L6QA 5AQOA 1Z05A 4EIAA 4XH1A 2E2OA 2P9KB 2IVPA 2EWSA 5BR9A 4QS8A 1YAGA 1X9JA 2P9UA 3IFRA 2VCPA 1MDUB 2P9IB 4BR9A 5EOYA 4BR7A 5AQZA 3WQUA 5AQLA 1DKGD 1TUYA 3ULEB 4DHYA 2QWLA 3CJ9A 4FL9A 3GG4A 3EN9A 3QFUA 5AQYA 4BRKA 4IZ9A 3MDQA 3C7NA 1LOTB 5F1XA 4IJAA 1S3XA 5AZIA 3DJCA 3U8XA 4E1JA 4CBUA 4JHDB 2Q0UA 1BA1A 4PL8A 3HTVA 3J8AA 4FWOA 5AQTA 4H5VA 4JD2A 1K8KA 3KHYA 4BREA 1WOQA 3FFKB 3FZKA 3H46O 4FO0A 2A40A 3SMSA 1BA0A 3R8EA 1C0GA 1GLEG 4WQ5A 1QZ5A 2AP1A 4F9OA 4CZFA 2E2PA 4L3QA 3HBTA 2GWJA 2YJFA 3D2FA 3FZMA 4BG8A 3JS6A 3IUCA 4IXCA 1GLDG 5B8HA 1TUUA 1NLVA 5ELZA 4BR5A 2F9TA 2Q1NA 3IMXA 2A6AA 3AAPA 3CETA 5FPDA 4DB3A 3VEZA 4EHTA 4K25A 1IJJA 4B9QA 2GWKA 3O1BA 3B8AX 3U9ZA 4IO8A 2P9SA 3BF1A 3SMPA 4BRFA 1HPMA 4WQ4C 3BF3A 3DXMA 2CH5A 4BRAA 3KZBA 4ISGA 3DAWA 3H1QA 3O4WA 2BTFA 3RSEA 3A5NC 4IWVA 4YDUA 1S22A 2H3GX 3U4LA 4BRDA 4BC5A 3BP8A 1QHAA 3CQXA 2P9KA 1JCGA 1ATRA 2YHYA 3WEEB 1TYQA 1E4FT 3A0IX 4HWIA 2HOEA 2P9IA 4O5FA 4B1WB 4BRPA 4BROA 3QFPA 1HKGA 2YHWA 3QBXA 2A3ZA 3M6GA 3UKRB 4CBXA 2F9WA 3VGLA 4AM6A 2QXLA 5AQSA 1G99A 1JCEA 5AQWA 4EAHD 3VPZA 1ZBSA 1QQNA 3CJ1A 4BRIA 4BQLA 2D0OA 4FOEA 1IG8A 3FGUA 4JHDA 4HTLA 2NRHA 2P9NB 1NGJA 4FWRA 3DXKB 3M1FA 4Z94A 3LDNA 4CJ7A 4CZGA 3LDLA 1QZ6A 3VF2A 3WXIA 2WUSA 3D7EO 2CGLA 3AARA 5E26A 3U9DA 3A5OC 2Q0RA 4DQ8A 1SAZA 2ITMA 4A2BA 5EVZA 2GUPA 2BUPA 4B1YB 4BVOA 2FSJA 2NLXA 2FSKA 2FLOA 4H5RA 3I33A 5AFUA 1J6ZA 3WQTA 5AQHA 2P9PB 3H3OB 2P9LA 3VETA 4BG9A 3O6WA 1GLJO 3LM9A 3P4IA 3KVGA 5ADXA 1U2VB 4B1ZA 3UE5A 1GLFO 3SJHA 1BDGA 4NO7A 3FZHA 4BR4A 1T44A 5FPNA 5F0XA 4FOIA 3FE1A 1NWKA 2QWNA 4BRNA 1Y64A 3ZEUB 4LC9B 4FWMA 1SQKA 3VF4A 4BGAA 1HLUA 1QQOA 2IIRA 3I8BA 4MLEA 4CD1A 3WT0A 5AQMA 5FPEA 2GTDA 4CI6A 2CGKA 2IVNA 4I6MB 3VERA 4BC3A 3R9PA 3HI0A 4FWLA 2W41A 2ZGZA 4MO4A 2PBDA 3MN6A 2FSNA 1BU6O 5AQJA 4WQ5C 1D4XA 3GE1A 3WXJA 4H0TB 3ID8A 1RGIA 3GBTA 4H5WA 3JXUA 3EZWA 2QM1A 2YI1A 5CE3A 3H6EA 3MCPA 5EXWA 4BRQA 3A5MC 1GLBG 1KAYA 3UKRA 3ENOA 2D4WA 4QS7A 3D2EB 1YXQA 3AY9A 2D0PA 5AQGA 3UKUB 5JMVA 3H45C 1YUWA 4CZMA 1HKBA 5BPLA 2V51B 2AA4A 2V7ZA 3MK6A 2VWBA 3W0LA 3VEXA 4A2AA 4IJNA 1NMDA 3S41A 4H0YB 3WXKA 3L0QA 4M63C 2A5XA 4QS9A 3VGMA 1EQYA 2A42A 3WXLA 3M3ZA 3SLCA 1NGHA 2FF3B 1U6ZA 4YDUC 1OKJA 3C7NB 5I9EB 4JNEA 4M7XA 4GY2B 4PKHA 5AR0A 4H0VB 4ISFA 1DGKN 4BRGA 2FF6A 3O8MA 5JLHA 1JCFA 3FR0A 3BEXA 2E20A 2UYTA 4A62A 4MO5A 1NM1A 2Q31A 4JD2B 1K8KB 3F9MA 1RFQA 1SZ2A 3ULEA 3ZX0A 5AZJB 4FWSA 3LL3A 4CBWA 5LY3A 5BRFA 4CD3A 4JAXA 1XC3A 1DEJA 4H0OA 3MN9A 4Y0WA 1ZC6A 2GELA 1NGEA 5BRDA 5AQVA 3MN5A 3CQYA 4K43A 1U2VA 3VEWA 2HF4A 5JICA 4FWQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YV0X 3A5LC 1NGFA 1X3NA 3UIQA 2O8BB 1S72N 5GADP 2OCEA 4OPJA 3O3FA 1NJWA 3AVJA 3VEYA 5E84A 5AQPA 3K5NA 1JLBA 3HM9A 4BE0A 4DTUA 1U45A 1VQLN 3PY8A 3IDHA 5AQNA 1U49A 2RN2A 3CJBA 3BZKA 2ZWHA 3NE6A 3PIPL 3QICA 1EXQA 4RTFD 1KVCA 1NGCA 3V81A 2HW3A 3CJ7A 1J9AA 3LAMA 4DSLA 3ENHA 4DSKA 5EY4A 1VSLA 3U3YA 4K8XA 5CYQA 4A61A 1Z6RA 4FWKA 4UY8O 3EYZA 3OS0A 2NRXA 4K41A 4CJWA 4ELTA 4DV6K 1NJXA 1WLJA 5FPMA 4AH9A 3SBTA 2Y1IA 1Q9YA 5EU7A 5BPNA 3CCJN 1WB9A 4B08A 5KPZA 4H5NA 4FVUA 3VN5A 1IKXA 4CGJA 4XH4A 1X3MA 1XWLA 3L3UA 4B8AB 1ZXOA 1KQSM 2IVOA 1P8ZA 2HHVA 2F8TA 2DPNA 3A2FA 3Q7CA 1SKWA 3RTVA 1JLCA 4FK0A 3C0BA 1BOTO 2GUIA 4G1QA 4FLTA 4JRPA 1NGIA 1BUPA 4BRHA 4CJTA 4N5SA 2G8VA 4WF9L 1RDDA 4BDYA 3HL8A 1GLLO 1Q9XA 2YHXA 4KREA 3DXKA 3HM8A 3SCXA 2FBVA 5ADXH 2HMIA 4B3TK 4FCYA 4E1NA 3QBWA 3ZX2A 4HUEA 4LF7K 4J2BA 1KTQA 4CJ4A 1IV0A 4B1UB 4FW2A 4BWMA 5GAGP 3ALYA 1YI2N 5I3UA 4KH6A 2UUCK 1P90A 2O8EB 4I7FA 3R6MA 4FWPA 1T6DA 4UQGA 4FJIA 1GLCG 1TL3A 3I8DA 4KBOA 4PL7A 3J81O 1L3UA 5BN8A 1BIZA 2ZF5O 2A41A 3CCVN 3CCRN 3VQ4A 1XQSC 2JWKA 5M1QA 5LJVA 5HBMA 3K0SA 1C0TA 4H03B 4R5PA 1KFDA 1QVGM 5F2RA 1BWFO 2PZSA 3K9KA 3MEGA 4ZTJA 3PIOL 4KO0A 4FZYA 3O4NA 4EFHA 4O0IA 1HX1A 1NBWA 1ATSA 4JKGB 1LWCA 2GEMA 2YCHA 3OYDA 1KAXA 3EL2A 3NMUA 1OVYA 2XY8A 4K8ZA 3VEOA 1IKYA 3NFAA 3PX0A 2O8CB 2B4JA 1KXPA 3BDPA 4H4OA 2QWOA 1A5VA 4M3ZA 3IS9A 4A57A 5KRSA 2HBJA 4CHNA 1Z05A 2KTQA 4EIAA 2E2OA 4H8KA 1YAGA 5HLFA 4LF6K 3PUFA 3VTIA 4DSFA 4GMJB 5AQLA 1TUYA 3MXJA 3WXMB 2HHTA 2A1RA 2QKBA 3NVKA 2YHAA 4DWIA 3C7NA 4CJ3A 3O3HA 3C6HA 1LAWA 4E1JA 4JS4A 1NK7A 4OKEA 2IS3A 3OVNA 3HTVA 3WNHA 4JI5K 1VSMA 2O8EA 4JLHA 3QINA 5BR8K 4BREA 2EX3A 4JKDA 3ZSRA 3FFKB 2IOCA 4FO0A 2A40A 1RBTA 3KK3A 2AP1A 4DS5A 4DTMA 4LFCK 4I9QA 1HMVA 4W5TA 3AO3A 4JKAA 3VQCA 3SAHA 2GWJA 4FJHA 1VHXA 1YJ9N 1NLVA 3AVFA 3V6DA 2GV9A 4EHTA 3SQ0A 4B9TA 4GKJK 3L2RA 4KTWA 4LF9K 1ASUA 5LL6Z 3LDSA 1YJNN 3MEDA 3DXMA 4BRAA 2O8CA 5KRTA 3H1QA 4DTRA 3A5NC 4IWVA 1S22A 3K57A 4BRDA 4BC5A 4BWJA 2WOMA 2O4GA 3IKMA 3CQXA 2F8SA 3R3LA 2NUBA 3WNEA 5I42A 1E4FT 1KC8O 3A0IX 4KRFA 4HWIA 3OYGA 5C42A 4CK3A 3QFPA 5HROA 1Y97A 1VQ5N 5C2FA 2A3ZA 3M6GA 4GVEA 4CF8A 1VQ7N 3TTFA 1HYVA 5AQWA 1ZBSA 3CJ1A 4DTSA 4BQLA 2D0OA 3ZSXA 4DV5K 2DTUA 5FLXO 2P9NB 3VQ9A 4CK1A 4FWRA 3QESA 3LDNA 4JI7K 2WUSA 3MCAB 3AARA 4CFAA 4DQ8A 2ITMA 1T05A 5GIOA 2F4VK 3Q7BA 1L5UA 1IH7A 1VRUA 3CCSN 2O8DB 1QQCA 4H5RA 2HHSA 1QSSA 5AFUA 3OBYA 1NJZA 3OS2A 1EX4A 2P9PB 2WONA 5KTQA 4O4GA 3BGRA 3KWIA 3O6WA 3HXMA 5K14A 2ZJQL 1GLJO 1VSDA 3NVMA 4F4KA 1HYSA 4ILHA 2NRWA 1RT5A 2ETJA 4B1ZA 1FW6A 3SJHA 4BR4A 5F0XA 1XMOK 3FE1A 1NWKA 4BRNA 2Q3SA 4LC9B 1SQKA 4FW1A 4JKBA 2F7TA 4KH4A 4V19S 4CD1A 4B3MK 2GTDA 3D45A 3CXCM 3VERA 1YF5L 4CHQA 1FKOA 3HI0A 4FWLA 3PSFA 5FROA 3NBPA 1W9HA 1D4XA 3GE1A 3LP0A 3ID8A 4WFNL 1C6VA 4DV1K 5HRNA 5EXWA 2XRIA 3U3GA 1YXQA 2WFBA 5FRNA 2D0PA 3MX2A 5JMVA 4N47A 5BPLA 3C65A 2AA4A 3MK6A 3DMJA 5T7BA 3RRHA 4IG3A 4JKCA 2XY6A 3RMCA 5GAEP 4B3OA 2UUBK 3KTQA 1JL2A 4M63C 2A5XA 4QS9A 1EQYA 3DI6A 1NGHA 3AO1A 3BY5A 4M42A 2F96A 1NU0A 1WSIA 1NKBA 4DU4A 1OH7A 4YOUA 4BRGA 4ISFA 3KLHA 5C0YA 1S6QA 4HUFA 4CIEA 3LZIA 3BEXA 1DLOA 1BI4B 3VQ6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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