2E1ZA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a) obtained after co-crystallization with atp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate Kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1zA02
2E2NA 4CD3A 5ADXH 5AQSA 1ATRA 1EQYA 5EX5A 3HZ6A 5BREA 4BR0A 3O08A 3A8YA 1GLLO 4DCHA 3A5OC 2A3ZA 1YAGA 5FPDA 1DEJA 5KQ8A 2GELA 3VENA 3H6EA 3WQTA 4K42A 3AAPA 3VEWA 3FFKB 5TKYA 5BR9A 2ZWHA 3MN9A 5AQRA 4BG8A 4JAXA 1LOTB 3I8BA 4BC3A 2IVNA 4BRNA 2QWLA 4DHYA 5BPMA 1BDGA 3GL1A 2NZTA 4L3QA 1SZ2A 2P9PB 3FZLA 3M1FA 3GDQA 2NRHA 3MN6A 1RDWX 1GLFO 5EXWA 3ZETB 1X3NA 4FWNA 1WOQA 1QZ5A 3IUCA 2V51B 2ZGZA 2V7ZA 3QMLA 2P9IA 1NGCA 2E2PA 1MA9B 4WQ5A 5AFUA 2E2OA 5AQHA 3EN9A 1RGIA 2P9IB 3QBXA 3VEZA 4BQLA 1KXPA 2QWOA 3FZKA 4XEIA 3OHRA 3KHYA 3ZX0A 1NBWA 3ZEUB 3BF3A 5AR0A 3VGKA 4BGAA 1ATSA 3SLCA 2HMPA 1R59O 2IIRA 4H5VA 3H3OB 4AM7A 1Z6RA 4K41A 4PL8A 1C0GA 3CETA 3H1VX 2YJFA 1YUWA 4ISGA 4CZGA 4A2AA 2Q2RA 1P8ZA 1V4TA 2FLOA 4BR2A 2E88A 2CH6A 4H0PA 1KAYA 3S41A 4BRQA 4CZEA 1BO5O 3G25A 3ATVA 4PKHA 5F0XA 4CBUA 3O80A 3ENOA 3U9DA 2HOEA 1NGIA 1Y64A 3H3NO 2CGJA 4EIAA 5E26A 2FXUA 2BUPA 3EKUA 4KBOA 1YXQA 4IZ9A 4ISFA 3R8EA 3LM9A 2F9WA 2E1ZA 2WUSA 1HX1A 3VOVA 3FLCO 4EAHD 3A5LC 2BTFA 3VEYA 4F9OA 5LJWA 3FZFA 4BR5A 2Q0UA 1XC3A 4CI6A 4EFHA 3GOIA 4BQZA 5AQOA 1NM1A 3IDHA 4HTLA 1JCFA 1CZAN 4BVPA 3CI5A 3RSEA 1HKCA 1S22A 1T6CA 4CZKA 4FWLA 2F9TA 4A61A 5BN9A 3DWLA 1U6ZA 4I6MB 2YHYA 1NGJA 3IMXA 4CZFA 4FSVA 2NLXA 3ATUA 4BRCA 5AQJA 2A5XA 1IG8A 2QWMA 3UKUA 2AA4A 3CQYA 5AQQA 1RFQA 2CGKA 2J4RA 1BA1A 5BRHA 3AY9A 4B1XB 1K8KB 4H5NA 4K43A 5F1XA 3L6QA 5BN8A 2D4WA 2AP1A 2QXLA 3AARA 3VF2A 2Q0RA 4H0OA 4ISEA 4RTFD 1WUAA 2P9UB 5AQMA 3DXMA 1BUPA 3EZWA 3MCPA 3BF1A 5ADXA 3DXMB 3ZX3A 2GWKA 3EKSA 4BRFA 1NGFA 3O1WA 4HWIA 4IO8A 4BRIA 3SK3A 5AQZA 5B8HA 3VETA 1GLEG 1HKGA 4K25A 2VCPA 2P9PA 5JLHA 1T6DA 4NB4A 1ATNA 4GNIA 4BRPA 3ZETA 1NWKA 2Q36A 4BRKA 2V52B 5AZJB 5FPNA 4BRDA 4O8KA 2QWRA 3GG4A 3MN5A 1NGBA 2ITMA 3LDQA 4H0TB 4MLHA 5EOYA 3D2EB 2Q97A 4FPBA 3A5MC 1NGDA 1IJJA 1HKBA 3BUZB 3QICA 3WXJA 1SAZA 3WT0A 3ZEUA 4XH1A 5AQWA 3WXKA 3CJBA 1QZ6A 4YDUA 3I33A 4BRHA 4Y0WA 4QS7A 1SQKA 4JNEA 3CJ7A 3L4IA 2KHOA 3CJAA 3QDKA 3TU5A 3D7EO 3FE1A 4B1WB 4B1YB 3LL3A 3ULEA 1JCEA 4FPAA 4BRLA 5AQTA 4WQ5C 3VERA 5FPMA 3ULEB 2E1YA 2CH5A 3HBTA 3FGUA 1DGKN 1T44A 1X9JA 3O4WA 2I7PA 4CBWA 2PBDA 4BR7A 1JCGA 1TUYA 1BWFO 4FWRA 4BC4A 1NGGA 4IXCA 2GEMA 3F9MA 3VEVA 4BVOA 4YDUC 4FOIA 2HF4A 3HTVA 2P9SA 4CZJA 3UE5A 1GLDG 4MO4A 4IWVA 2P9SB 2E2QA 3UB5A 1HUXA 2QWNA 3M6GA 1XUPO 4H0YB 4M7YA 4FOEA 4JN4A 3J8AA 4IJNA 3O5BA 2E8AA 2P9KB 4BROA 4BRAA 1X3MA 3EL2A 1MWKA 3FZHA 2VYPA 3R6MA 3VGMA 1U2VB 2ASPA 3A5NC 3C7NB 3GBTA 3QB0A 4JHDB 4BRGA 2D0PA 3R9PA 3JS6A 2DPNA 3D2FA 1TUUA 3D2FB 1DKGD 1QQMA 1ZXOA 2Q1NA 2IVPA 4H0VB 4I6MA 2GTDA 2W41A 4MO5A 4LC9B 1BA0A 5AQIA 4C23A 1LCUA 2HF3A 1NMDA 1XQSC 2FSJA 1GLAG 3SMPA 1HPMA 2ASOA 5CE3A 4CZMA 5JLFA 2EWSA 2QWQA 3U8XA 3A0IX 3WXLA 1S3XA 5JICA 5AQNA 3VEOA 2V7YA 3MK6A 3DJCA 3GE1A 1K8KA 1ZC6A 4H0XB 3LDOA 4BG9A 4CD1A 2YHWA 3WEEB 4CBXA 2PAVA 4BR9A 4CZIA 5AQGA 2QWPA 4XH5A 5EY4A 2H3GX 1E4GT 5BRFA 2P9UA 2D0OA 3HSCA 1Q18A 1QHAA 2QM1A 3WUHA 3VF4A 2YHXA 4WQ4A 2VWBA 1QQNA 4QS8A 2A6AA 2ZGYA 1BG3A 3JXUA 5AQXA 5AQUA 3QFPA 4J8FA 1V4SA 3CJ9A 5KQDA 5F2RA 2A40A 4BREA 5LJVA 5BRDA 4FWKA 4FWMA 5FPEA 5AQLA 5AZJA 1GLBG 3M3ZA 1C0FA 2A42A 4B1VA 1GLCG 1E4FT 4BC2A 2FSKA 1NGEA 3LM2A 3L0QA 3ZX2A 3D2EA 3LDPA 4BGBA 4WQ4C 4H5TA 3MDQA 1TYQA 3CHWA 3P4IA 2OANA 3MMVA 1TYQB 5AQFA 3ENHA 5AZIA 1MDUB 4XH4A 5JMVA 4NO7A 2FF6A 5AZIB 3W3DA 3CIPA 5AFUH 5AQPA 2CGLA 3BEXA 4GY2B 3EO3A 3VGLA 5KPTA 5KPZA 1NGAA 4E1JA 1NGHA 3H1QA 4AM6A 2QW9A 4FWSA 4M7XA 5BPNA 1BOTO 1ESVA 3MN7A 3UKRA 3TPQA 3B8AX 2W40A 3U4LA 3U9ZA 3UKRB 2YI1A 3DXKA 4B9QA 3HM8A 4MLEA 5AQYA 4BR4A 3DXKB 1QQOA 3KZBA 3CJCA 1GLJO 4EHTA 3CQXA 3VPZA 4RWTA 3CJ1A 4FO0A 4EHUA 3WXIA 3H46O 4CZLA 2I7NA 3BP8A 3FZMA 5BPLA 2ZF5O 3O1BA 4H5RA 1OKJA 2ASMA 3ID8A 3CERA 3VEXA 5EVZA 2A41A 4FWOA 4RCHA 5E84A 2P9KA 4M63C 3VF6A 4BRMA 5LY3A 1ZBSA 3O8MA 3WQUA 4H03B 1H1VA 4FWPA 1G99A 2YCHA 3SJHA 1U2VA 4QS9A 3C7NA 4JHDA 2GWJA 2P9NA 3FR0A 1BU6O 5I9EB 2P9NB 4PL7A 3LDLA 4B1UB 4PKIA 2YJEA 2D1KA 3AAQA 2Q31A 1J6ZA 3C0BA 3W0LA 2E20A 3HI0A 4BC5A 1NLVA 3KVGA 4FWQA 3IFRA 4CZHA 1KAZA 2FSNA 3H45C 1Z05A 4CJ7A 3VESA 4O5FA 1YVNA 3SMSA 4A62A 3WEEA 1HLUA 2P9LA 3O6WA 3QFUA 3RSEB 4Z94A 4JD2A 5KPRA 4PKGA 2P9LB 5ELZA 4DB3A 3LDNA 4A2BA 4JD2B 2FF3B 4IJAA 5AQKA 4FL9A 4WYBA 2UYTA 3UKUB 4H5WA 1HJOA 3DAWA 3QBWA 2GUPA 4B1ZA 1D4XA 1KAXA 1MWMA 4DQ8A 5AQVA 2IVOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6QA 4M3XA 4CD3A 5ADXH 4F2SA 1EQYA 5BREA 3NF8A 1GLLO 3V1OA 3A5OC 2A3ZA 1YAGA 1DEJA 3WQTA 3VENA 1G15A 4RW8A 4K42A 3LPUA 4DTRA 4JKFA 3RVCA 3QEPA 5AQRA 3OTOK 3K0SA 3K9JA 4AH9A 1W0HA 4IG0A 3AA3A 3I8BA 3SQ2A 3OJSA 1X9MA 2BDPA 4UY8O 3SPYA 3PX4A 3SAHA 4N76A 4YOVA 4L3QA 3M1FA 1RT6A 2XY6A 4KTQA 2YHAA 1X3NA 3SBTA 3ZSRA 1WOQA 3IUCA 3H08A 1VQ5N 2V7ZA 3S3OA 4IOXA 3VMFB 4WQ5A 1RT7A 5AFUA 5AQHA 4E1NA 1RGIA 3AO4A 1U45A 1IV0A 2YNHA 2QWOA 4CF8A 3KHYA 3ZX0A 5JVGL 3CCRN 4A57A 2OA8A 3SJJA 1R59O 3DRSA 1BISA 2IIRA 1RTJA 4B3MK 4AM7A 1ASWA 3J7AP 3PX0A 4B9MA 1YUWA 3OYNA 5CYQA 1A5VA 3P83D 1V4TA 1C6VA 1TK8A 4BR2A 1X9WA 3ASMA 1KTQA 3S41A 3MXMA 4O0JA 3MX5A 2AJQA 4BRQA 4CFCA 5C2DA 3ATVA 1U47A 3THXA 2PY5A 4FJIA 4B8AB 4LFBK 5E26A 4OGEA 2BUPA 3L2RA 1YXQA 2X6NA 4FJ7A 3C95A 2WUSA 4ID5A 4DSKA 3DLBA 3L3UA 1VQNN 3VQ6A 3VEYA 4RW7A 3FZFA 1TAUA 3M5RA 1XC3A 1RDBA 3VQPA 1U4BA 3HXMA 2HW3A 3RRGA 1REVA 4GW6A 1NOZA 1JCFA 4NYFA 3RSEA 1JLBA 4GMJB 5HRRA 1T7PA 3HP6A 1XMQK 2E6MA 4OKJA 4DS5A 4W5TA 1NGJA 5C24A 3ZT1A 4CVNE 4FSVA 2NLXA 3ATUA 4CHPA 3IG1A 5AQJA 1IG8A 2F96A 5TKWA 2CGKA 2J4RA 1U48A 5BRHA 5CYMA 1EO1A 2OCEA 1OH8A 4DUYK 3SQ1A 2OPRA 2UXBK 3AARA 4M3TA 4NLCA 3VF2A 4KAZA 3SI6A 3C6UA 1VSHA 3T1YK 3EZWA 1RBUA 3MECA 1NK9A 4F2RA 3ZX3A 2GWKA 2PYJA 1NGFA 3O1WA 2O8EB 4HWIA 4IO8A 3SK3A 5D3GA 3VETA 4KH6A 4K25A 2P9PA 2IDOA 2O4IA 1S6PA 3ISNC 3F73A 4NB4A 4DR6K 4BRPA 2YKNA 1NWKA 2Q36A 4BRKA 2OZSA 4BRDA 4QAGA 3QNNA 3KD1E 3GG4A 3LDQA 5EOYA 3NBPA 2Z1GA 2Q97A 4FPBA 4JYAK 4O5BA 1YJ9N 3DM2A 1W7AA 3QNOA 3EY1A 5AQWA 3WXKA 2GX9A 1LWFA 4YDUA 3WNGA 3HVRA 1N33K 2YV0X 3TU5A 2ZJQL 5J2MA 3NF7A 4B1WB 4EP4A 1JCEA 4BRLA 1HYSA 3VERA 4PQUA 4DR1K 1T44A 3O4WA 2PBDA 5FRNA 1LAVA 4FWRA 3LZJA 3VA3A 4BVOA 2GEMA 4YDUC 4JI1K 3HYFA 4M42A 4BDZA 2P9SA 4CZJA 3PO4A 3ZT0A 1GLDG 3U3YA 2P9SB 3UB5A 1YITN 1QVFM 2P5GA 1N36K 1XUPO 4H0YB 1JKHA 4ILJA 4JN4A 1RT2A 2P5OA 1VHXA 3I8DA 4OJRA 2PYLA 3KD5E 3EL2A 3RR7A 3OYMA 4J2EA 4CK2A 1JL2A 3OYBA 1WBDA 3R9PA 3JS6A 2DPNA 5SZTA 3TTFA 4KB1A 3LANA 2RHKA 4CJ5A 1ZXOA 4JKHA 1RBSA 4CFAA 4IDHA 3ZSXA 3QETA 4I6MA 4DSLA 2W41A 3P39A 4MO5A 2NRZA 3HT3A 1WLJA 4C23A 3CCJN 2FSJA 1WB9A 2DFHA 3N4PA 3SYZA 2VQFK 1S3XA 2V7YA 3GE1A 1BIUA 1ZC6A 1K6YA 4H0XB 1O13A 4BG9A 4H4OA 4K8XA 2YHWA 2FBTA 4CBXA 5HL7L 2QXFA 1VQPN 3DI6A 1O1WA 2G8HA 4BR9A 4HTUA 4DR5K 4DFJA 2WC9A 2H3GX 2P9UA 1HPZA 3HSCA 4NLBA 5KGWA 4CIFA 2YHXA 4Y1DA 4WQ4A 1VSDA 3DLKA 3VTIA 1BG3A 5AQXA 1V4SA 2GV9A 4CEDA 1ASUA 1VRUA 2A40A 3VQ5A 4BREA 3QINA 4FWMA 1WAFA 4HVJA 5FPEA 4OGCA 4KHSA 3M3ZA 1C0FA 4FW2A 2A42A 3KKSA 4OPKA 2QTDA 3C6TA 3LM2A 1ITGA 1F21A 3A2FA 3QEWA 3KJVA 1RT1A 4WQ4C 4H5TA 2OPQA 4TSXA 2OANA 5AQFA 3ENHA 3V6DA 2Y1JA 4JI8K 4X64K 5T7BA 3ZLJA 5SWMA 5AFUH 5J1EA 4HUEA 2QEXN 4WF9L 4YNQA 4GY2B 3VGLA 3LP1A 4WFBL 1YJNN 3H1QA 2HBLA 1BOTO 3KWGA 1RT5A 4DU3A 4LSLA 2W40A 1KCFA 3U9ZA 4PY5A 4BY9C 4B9QA 3MXJA 3OYJA 3DLRA 1TL1A 1BGXT 3CXCM 3MAQA 3VPZA 4GV3A 3AVNA 2IC3A 4EHUA 4OPHA 3WXIA 2WONA 4CZLA 2I7NA 3BP8A 3FZMA 1KVCA 5IWAK 2RPIA 3AVKA 3T1HK 4FWOA 4JI3K 5E84A 5LMNK 3E9OA 1NMNA 5C10A 5C12A 1WBBA 4H03B 1H1VA 4FVMA 2I5JA 2VGNA 2DFEA 3NHGA 3SJHA 4HCCA 2O8DA 4FZZA 4JHDA 4CJ3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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