2E20A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate Kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A02
3L6QA 4BGAA 3R8EA 4NB4A 5BN9A 4M63C 4H0TB 2W40A 3HM8A 1RGIA 3WXJA 1ATNA 4FWLA 3MCPA 4M7XA 1V4TA 1HX1A 2ZGYA 3MDQA 4H5NA 2CGKA 5BN8A 2P9KA 3BEXA 5JICA 1NGHA 4WQ4A 5AZIB 4WQ5C 1HKCA 2Q31A 4MLEA 3I8BA 4B1XB 3ENHA 5AFUA 4CD3A 4H5VA 4L3QA 3QDKA 4H0XB 3SMPA 3MN9A 4H0PA 2V7YA 1RFQA 1GLBG 5EOYA 1KAZA 4BC4A 2DPNA 4O8KA 3WEEA 1SAZA 3VF4A 4FO0A 3VEOA 4B1ZA 3ULEB 2CGJA 4K25A 5ELZA 2P9NA 4FWPA 4BQLA 1ZXOA 3U4LA 3VEXA 1T6DA 4BRKA 3R6MA 4CZGA 5AFUH 3H6EA 5BPMA 1NLVA 2A40A 1DEJA 2P9PA 3FE1A 3IDHA 3CJBA 4PKIA 2FSNA 3C7NA 4K43A 2QWOA 2F9WA 4QS7A 3WQUA 4FSVA 3CI5A 3O80A 2FSJA 4CBWA 3CJ7A 4QS9A 4A61A 4DQ8A 3QMLA 1K8KB 1NGFA 3CERA 2VWBA 5E84A 3LDLA 5AQRA 5AQGA 3J8AA 3VF6A 1TYQB 1Q18A 3ZEUA 4BR0A 1LOTB 1JCEA 3H1VX 4BRPA 5AQJA 3GL1A 3AAPA 1GLDG 4LC9B 3BP8A 5JMVA 4B1UB 1HPMA 3KHYA 3CJ9A 4CJ7A 5CE3A 3IFRA 2CH6A 4FPBA 5KQDA 3RSEB 2GEMA 3FGUA 2KHOA 2YHWA 1ZC6A 1QQNA 2QWNA 4BR7A 1GLEG 1QZ5A 4ISGA 4BR9A 5F1XA 3LDPA 3F9MA 3UE5A 1S22A 3ZETB 2QW9A 3UKRA 4E1JA 3H3OB 1U2VB 3HI0A 2QXLA 4YDUC 2FLOA 1G99A 1NGEA 3UKUB 5KQ8A 2A41A 3DAWA 5B8HA 2YHXA 3GDQA 2E1ZA 3H1QA 2CGLA 3FZFA 4EHUA 2P9SA 3DXMB 1GLAG 4YDUA 5F0XA 5AQIA 1MA9B 4H5TA 4IXCA 1GLFO 4XH1A 1J6ZA 4AM7A 5AQXA 4EAHD 2A5XA 4BRLA 1BOTO 1BO5O 3D7EO 1IJJA 4KBOA 4WQ4C 1NGDA 2ZGZA 3O08A 1EQYA 5BR9A 3A8YA 4JD2A 1ESVA 1X3MA 3VGMA 4BG8A 1HLUA 2GTDA 2HOEA 3D2FA 3C0BA 3AARA 3SLCA 5AQHA 4I6MA 1QHAA 3SK3A 2Q2RA 2ZF5O 4WYBA 2D1KA 3H45C 5AZJB 1Z6RA 2Q1NA 4CBXA 3EKSA 4QS8A 3DXKB 1CZAN 1KAYA 4EIAA 1HJOA 4A2AA 5BPLA 3W0LA 1KXPA 2P9IA 3S41A 3CETA 2D0PA 1HKGA 1T44A 5LJWA 3O5BA 2P9UB 3SMSA 4CZJA 2FXUA 3VF2A 3KVGA 3SJHA 4PL7A 3M3ZA 1SZ2A 4BRHA 4FOEA 4CZKA 5EXWA 3VPZA 5FPEA 3R9PA 3EL2A 4JHDB 4XEIA 5BRDA 2GWJA 3FFKB 5EY4A 2WUSA 4CZLA 1HUXA 5KPTA 1ATSA 4B1YB 4H5WA 2E20A 3U8XA 1JCFA 4JAXA 1XC3A 2VCPA 3JS6A 3O6WA 3ATUA 3CHWA 3FZKA 4BVOA 2AA4A 1XQSC 1NGAA 2ASMA 3CQYA 1YXQA 4BROA 5BRFA 1NGGA 2GUPA 2E2OA 5AQLA 3MMVA 3ZX2A 5I9EB 3VEZA 2P9KB 4BC3A 2QWPA 2I7NA 3LM9A 2F9TA 2E8AA 4EFHA 2Q0RA 2P9LA 1JCGA 4H0OA 4H03B 1QQMA 4O5FA 3H3NO 2NZTA 2E2NA 2E2QA 3WXIA 4BREA 1WOQA 4IJNA 5JLFA 2HMPA 3A5LC 1GLCG 3DJCA 3WEEB 3AY9A 1NGIA 2BTFA 4A2BA 2H3GX 5AQTA 1NWKA 4A62A 4CD1A 2QWRA 3BF3A 3HTVA 5AQVA 1X3NA 2YCHA 2P9NB 4RTFD 4CZMA 3D2EA 1C0GA 4H5RA 1D4XA 4CZHA 2E1YA 5TKYA 5AQKA 2FF3B 2P9PB 3P4IA 3VGLA 1U6ZA 3C7NB 2FSKA 5AQZA 4J8FA 5AQUA 2ASPA 1ZBSA 1KAXA 2VYPA 4BGBA 5EX5A 1DGKN 5AZIA 3KZBA 3I33A 4C23A 4B1VA 3OHRA 4XH4A 3CJ1A 1DKGD 1QQOA 4M7YA 3ID8A 4RCHA 4H0VB 3WUHA 3ZEUB 2IVNA 3A5MC 2A42A 3DWLA 3EO3A 4K42A 4BR5A 1Z05A 2E2PA 3MN7A 1C0FA 4JN4A 4Z94A 5KPZA 2Q0UA 2ITMA 3ULEA 5AQYA 3CJCA 3GOIA 1E4GT 1H1VA 5LY3A 2GWKA 4JNEA 4BRFA 3QFPA 5BREA 1Y64A 3QFUA 3MK6A 2ASOA 1NGCA 2YJEA 3L0QA 3TPQA 4BRAA 4FWRA 3UKRB 3CJAA 4PKGA 3H46O 3GG4A 3ZX3A 3FR0A 3M6GA 4IJAA 5AQWA 3IUCA 4BRDA 2E88A 3IMXA 4GY2B 1K8KA 1WUAA 3B8AX 4FOIA 1TUYA 3LDQA 4ISFA 4IZ9A 4H0YB 3VGKA 1NBWA 4HWIA 1XUPO 1BG3A 1TYQA 4BC5A 2P9SB 4F9OA 2V51B 3FLCO 3O1BA 4GNIA 4CBUA 2GELA 3EN9A 2I7PA 3ZX0A 1SQKA 4EHTA 4BR2A 5BRHA 2Q97A 1MWKA 5AQOA 3A0IX 4FWOA 5AR0A 2OANA 1MDUB 4PKHA 3VENA 3RSEA 2PAVA 1QZ6A 5AQPA 3CIPA 4XH5A 3GE1A 3AAQA 4BC2A 5FPMA 1TUUA 3CQXA 4MLHA 5LJVA 3WXKA 2CH5A 3ZETA 4BR4A 4JD2B 1IG8A 1BU6O 1NM1A 4WQ5A 5FPDA 1U2VA 3O4WA 4CZIA 2BUPA 3UB5A 4HTLA 3D2FB 1RDWX 2A3ZA 2QM1A 3W3DA 3A5NC 3UKUA 4ISEA 2V52B 3LM2A 3EKUA 4I6MB 3TU5A 1GLLO 5AQQA 3VESA 5AQNA 3LDOA 2FF6A 2QWMA 3DXMA 1YUWA 4BRGA 3ATVA 3QBWA 3HBTA 1X9JA 4NO7A 1OKJA 2UYTA 2D4WA 3VOVA 2P9IB 5JLHA 4MO4A 4FWSA 5EVZA 4BQZA 3A5OC 3U9DA 2NRHA 1NGJA 2YHYA 3G25A 3BF1A 2HF4A 4PL8A 2QWLA 3BUZB 3LDNA 3VEVA 4BRCA 3O1WA 4BVPA 3VEWA 1HKBA 3MN6A 2PBDA 4FPAA 2IVPA 3FZMA 1BDGA 3VERA 3WT0A 1S3XA 2NLXA 2D0OA 4IWVA 4BRNA 3MN5A 2YJFA 4FWQA 2IIRA 3HSCA 5ADXA 5AQFA 4MO5A 2W41A 1BA1A 3O8MA 1MWMA 3U9ZA 5BPNA 1BUPA 1V4SA 4AM6A 4BRIA 3LL3A 4Y0WA 3M1FA 2ZWHA 5KPRA 1GLJO 4B1WB 4CZFA 5AZJA 1R59O 3QICA 5F2RA 3ENOA 5AQSA 3GBTA 3WXLA 1P8ZA 3DXKA 1YVNA 3QB0A 3VEYA 1ATRA 4FL9A 3VETA 2J4RA 2V7ZA 4FWKA 4K41A 5AQMA 1YAGA 1T6CA 2YI1A 4IO8A 5E26A 4BRMA 5ADXH 4DHYA 2IVOA 1E4FT 4BG9A 2P9LB 3FZLA 3EZWA 2P9UA 2QWQA 4DCHA 4CZEA 3HZ6A 2HF3A 3FZHA 2EWSA 4RWTA 2Q36A 1NGBA 2AP1A 4FWMA 4JHDA 4BRQA 4CI6A 1NMDA 2A6AA 1BA0A 1LCUA 3D2EB 3WQTA 5FPNA 4DB3A 4B9QA 3QBXA 4FWNA 1BWFO 3JXUA 3L4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6QA 2QKKA 5BN9A 4M63C 2Y1JA 2G8KA 3WXJA 1ATNA 3CPWM 1X9MA 4FWLA 3CCEN 3MCPA 4YOXA 4KI6A 4JKCA 4GV9A 1ZBLA 1TK8A 3KTQA 5BN8A 2OPSA 3M8PA 3V9ZA 1J54A 1T8EA 3QEIA 2YKNA 5GAHP 4H5VA 1VSMA 2Z1HA 5C24A 1JLAA 3G0ZA 2ZJPL 3LZJA 3V1RA 4DS5A 4LF8K 2D0CA 4IDHA 1GLBG 1KAZA 4BC4A 1K8AO 4O8KA 4A5BA 3KD1E 4LFBK 4B1ZA 4N5SA 1YF5L 3AVMA 4FJ8A 5ELZA 2P9NA 5TKWA 3U4LA 3VEXA 1T6DA 4BRKA 4ID5A 1KVCA 2BH1A 3CC7N 3H6EA 1NLVA 3FE1A 4IEEA 3IDHA 4N56A 3AV9A 3CJBA 3NVMA 5CR4A 3P38A 4QS7A 1XC9A 1XHXA 4NXNK 1S1TA 4CK3A 4OLAA 1RT3A 2VWBA 5FRMA 2A1SA 3G10A 3CCMN 1TYQB 1Q18A 3SQ2A 4IOCL 3VTIA 1JCEA 4FJLA 3SAHA 1L3SA 1WN7A 1JL2A 3AAPA 2NRXA 4OX9K 5JMVA 4YOTA 2HHVA 4YHHK 4CJWA 4I7FA 3T1YK 4G1QA 4A59A 2YHWA 4H4OA 4CJEA 4BR9A 1ZYQA 3F9MA 3UE5A 3ZETB 3AO5A 2GUIA 3H3OB 4AF1A 2IOCA 3HI0A 4CF9A 3J7ZO 3KD5E 1S9GA 1JJ2M 1S6PA 2FLOA 4CK2A 4DU1A 1NGEA 2HBJA 4B9MA 3HO1A 2VGNA 1EKEA 4E7HA 3H1QA 1N33K 3CM6A 5T7BA 3DRSA 4QCLA 4FJXA 4YDUA 4K8ZA 1VSJA 3DOKA 2VG7A 1NNEA 2XY5A 3L2QA 4HCBA 1MA9B 3OYAA 3LP3A 3OYEA 1RBRA 1TKXA 3KKSA 1J6ZA 5HRSA 2DFFA 3RR7A 3K57A 4KHNA 3VQAA 4AHUA 1EQYA 5BR9A 3A8YA 4JD2A 4O5BA 1ESVA 2QK9A 3V6DA 3VGMA 1NJXA 4JI4K 4BG8A 3D2FA 4OVLA 5DK5A 3SLCA 1YTUA 4E3SA 5AQHA 4I6MA 1QHAA 4O55A 3SK3A 1BL3A 2ZF5O 4DKWA 1Z6RA 4CW7B 3IRXA 2LSNA 4NLCA 3DXKB 2YHAA 1CZAN 4CK1A 1KQSM 1HJOA 5FROA 5BPLA 4C8MA 1NMNA 3CETA 1Q86O 5KTQA 3ZT4A 1B92A 4Y1CA 1IBKK 3LPUA 5CZ1A 4X65K 1T44A 4R79A 5C12A 1GOCA 3DOLA 3PIOL 1SZ2A 4FJNA 5GAEP 1C0UA 4GV3A 4CZKA 3RRGA 5GINA 2P51A 5HOOA 4XEIA 3FFKB 3VQEA 3E01A 1HUXA 4H5WA 1RCHA 3I0RA 1JCFA 3DLKA 2E4LA 2E6MA 4IFYA 4JS5A 4ILJA 4LSLA 4JK8A 3CHWA 4KO0A 1Q9XA 1YXQA 4BROA 3K0SA 4M3ZA 2ATQA 3IS9A 3SV4A 4BC3A 4KHSA 3F5TA 1VQ7N 5KGWA 4DTNA 5C42A 4EFHA 5GIOA 2Q0RA 1EETA 2P9LA 5HRRA 1JCGA 1NK5A 1QQMA 1VQ8N 4O5FA 1BIUA 1D9DA 3TAPA 3WXIA 2E2QA 4J2EA 2Z1JA 3A5LC 1NWKA 2HNDA 2YCHA 1DLOA 4FW1A 1D4XA 3K2PA 4YORA 3PIPL 4M3UA 5JS2A 3R1XA 3P4IA 2P9PB 3AVAA 5M1QA 4GKJK 2UUCK 2FSKA 2VWJA 5AQUA 1ZBUA 4NCAA 3R3LA 2KQ2A 2OZSA 3KLHA 1NK4A 1NK8A 4B9LA 1U47A 3O9UA 3KZBA 2WTUA 3CCUN 3AO4A 4CEBA 4XH4A 3CJ1A 3ZEUB 4B3SK 4RCHA 2HHSA 3WNHA 1VRUA 3KKRA 2HNYA 2IVNA 5LL6Z 4JI5K 2E5LK 2GV9A 1Z05A 2E2PA 3O9TA 4WCEL 5KGXA 1U48A 3LALA 2Q0UA 4DMNA 1GOAA 1YJ9N 4E1NA 3GOIA 4YNQA 2HB5A 4JI7K 2XRIA 4CJVA 3THXB 2PY5A 3SV3A 4LFCK 3MK6A 1NGCA 2YJEA 3AGKA 3NF8A 3V9WA 4FWRA 3VQ9A 2HHQA 4CE9A 4Z4GA 1WSIA 3CCJN 3OYBA 3CMEN 1HRHA 1VQMN 1KLNA 4BRDA 3J7AP 3HP9A 3E1YA 4FLZA 3VGKA 4HUFA 4JYAK 1TYQA 1LWEA 1RT1A 1HNZK 4BC5A 4CF0A 1IKVA 2P9SB 3AGRA 4CBUA 4Q5VA 3RVCA 3M8RA 3L2WA 3TARA 1XWLA 1I94K 1TGOA 4HCCA 2OTLN 4BR2A 4IOXA 5AR0A 4PKHA 1REVA 3VENA 2NRWA 3N4PA 2PAVA 3ZT0A 1LAVA 4BC2A 1TUUA 1LW2A 4BDYA 3QEWA 4GMJB 5LMNK 1W97L 4FM2A 3ZETA 4JS4A 4GV6A 2F7TA 1ITGA 3I56N 1NM1A 1QTMA 3O4WA 4CZIA 4JI0K 4HTLA 3K58A 1U45A 1NOZA 3V9UA 1RDWX 3SUOA 2A3ZA 1QSSA 2KW4A 2KLAA 1XNQK 2JGUA 3EKUA 3TU5A 1GLLO 4FJGA 3UIQA 1I39A 1O13A 3CC4N 2QWMA 4CEZA 4CJPA 4BWMA 3NH0A 3QBWA 3MEDA 5K14A 3SQ0A 1OKJA 2UYTA 2D4WA 1L5UA 3BZKA 1BISA 4IEIA 1KRPA 5JLHA 4B9SA 4JKHA 2ITGA 1HJRA 2BANA 4BDPA 3G4SN 3PO5A 3OBWA 1KSPA 4PUOA 3O1WA 4PA1A 3C94A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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