2E20A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate Kinase
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A02
2VCPA 2W41A 1HJOA 2FSJA 1XQSC 4FOIA 5AQIA 5AQVA 3ID8A 3KHYA 1OKJA 1WUAA 3RSEA 3H3OB 4CD1A 2PAVA 4ISGA 4BRHA 3QBXA 3EKUA 4JD2B 5EXWA 3MMVA 1SZ2A 2AP1A 3QFPA 3UKUB 2YHYA 1JCFA 1NGEA 1Q18A 4FWMA 1T6CA 1HUXA 2OANA 3CJCA 3HM8A 3HI0A 1GLCG 2PBDA 1NGDA 2W40A 1K8KB 3WXJA 4CBXA 5AZJA 2HOEA 3MN5A 4H0OA 4HTLA 4BR0A 3VEOA 1MWKA 2GWKA 4XEIA 4BVOA 4ISEA 5AQYA 5CE3A 4JHDB 2ZF5O 1J6ZA 4B1ZA 1NWKA 3D2FB 2QXLA 3CJBA 3WXLA 5KQDA 4A61A 3VOVA 4BRDA 3FZHA 2V52B 2BUPA 5FPNA 2Q0RA 1HX1A 3EZWA 3A0IX 2CGKA 4O5FA 2GELA 4FWSA 3VENA 3MN7A 4JAXA 3FGUA 5TKYA 3ZETA 1NGAA 2I7NA 3A5LC 4RTFD 5BPMA 1BUPA 3O6WA 4WQ4C 1T44A 4BQLA 2YHXA 4CZMA 1XC3A 1R59O 4EAHD 3CQXA 4H0XB 2ASMA 3A5MC 2E1YA 1HKCA 2HF3A 4BG9A 4CZHA 2CH5A 4IJAA 4JD2A 3TU5A 2A41A 5FPMA 4EFHA 2ASPA 1QZ5A 3C7NB 4IO8A 3ULEB 3IDHA 3H45C 3EN9A 3O8MA 2P9UB 4H5TA 2KHOA 4HWIA 4IXCA 4BG8A 4MO5A 1SQKA 3A8YA 3EKSA 3QMLA 3VF6A 3VGMA 4EHTA 1K8KA 4DQ8A 4IWVA 4DB3A 3RSEB 2CGJA 3QB0A 2YI1A 3DAWA 4FPBA 3LM2A 4GY2B 5E26A 3O4WA 4FL9A 3BP8A 4JN4A 5FPDA 2NLXA 5AQHA 1NGFA 5AQUA 3ZX2A 4JHDA 3CIPA 2IVPA 1TYQB 1KAYA 3GG4A 3VGKA 2E2OA 3H6EA 1GLJO 3LDQA 1MDUB 2E2PA 2GWJA 1X3MA 1BDGA 3AAQA 5AQWA 5AZJB 3UE5A 4BRIA 5AQTA 4CI6A 3CJ9A 4BRFA 2V51B 4MO4A 2FXUA 2D1KA 4Y0WA 3EO3A 4H0YB 4B1XB 3O08A 2BTFA 2ZGYA 4RCHA 4A2BA 1NGGA 2QWOA 3ZEUA 3WUHA 1MA9B 3D2EA 4FWNA 3HZ6A 5F1XA 2GEMA 4A62A 4BRKA 3VERA 4CZKA 2CH6A 2IVNA 4YDUA 3H3NO 4B1WB 2Q31A 3QDKA 3C7NA 4IZ9A 2F9TA 4BVPA 3LDNA 3CETA 4FWOA 2E1ZA 1BA0A 4H5VA 4QS8A 5BN9A 3VGLA 4XH4A 5BRFA 2FF6A 3VEVA 3H1QA 2ZWHA 3ATVA 3UKRB 5AR0A 1BU6O 3KVGA 1G99A 3WQUA 2VWBA 1YAGA 4CZIA 5AQGA 3CJ7A 5BPNA 2QWMA 5AQJA 3J8AA 5AQSA 1TYQA 3QBWA 5FPEA 1ATRA 4H0TB 4CZFA 2P9PB 4H03B 5LJVA 4CZJA 3CERA 2D0PA 1ATNA 2DPNA 1MWMA 1NMDA 2YCHA 5B8HA 1QQOA 4BC5A 4A2AA 4CD3A 1TUYA 4CZLA 3LDLA 3ENHA 3MN9A 1C0FA 2NZTA 3QFUA 4I6MB 1V4SA 4CBWA 3CQYA 4BQZA 1GLLO 3IMXA 4C23A 5KPZA 4BRAA 5AFUA 5F2RA 2FF3B 3D7EO 1QZ6A 2E2QA 4B1UB 4LC9B 1CZAN 1ZBSA 1TUUA 3R6MA 1SAZA 1XUPO 1U2VB 3VETA 5LY3A 3SJHA 3DXMA 5KQ8A 3M3ZA 3ZEUB 1X3NA 4BGAA 1ZC6A 3D2EB 3L6QA 5JICA 1ZXOA 2P9LA 3A5NC 4FOEA 3UKRA 4WQ4A 3WEEA 3LL3A 4JNEA 4B9QA 4FSVA 3B8AX 2P9IB 4DHYA 4H5WA 2P9PA 1ESVA 4PL8A 4H5RA 3M1FA 3FZLA 3GE1A 3BUZB 4CJ7A 4AM6A 3GDQA 4WYBA 4F9OA 1LOTB 5AQQA 3FE1A 1HPMA 1DGKN 1NGCA 3GOIA 4GNIA 3WXKA 3CJAA 4I6MA 2YHWA 3VEWA 2QM1A 3VEYA 4BRMA 5JLFA 1Y64A 4BC4A 4Z94A 1S22A 4CBUA 2UYTA 1JCEA 2P9SA 4FWRA 4FWPA 1U2VA 5EOYA 1C0GA 1NBWA 2Q97A 5AQPA 4B1YB 3CHWA 2Q0UA 3FZKA 4BRLA 3U9DA 4K41A 5AQLA 4K42A 4NO7A 3VEXA 3A5OC 1RGIA 3FZFA 1GLBG 3ENOA 2HMPA 4H0PA 4IJNA 3CI5A 3HTVA 5AFUH 3WT0A 4FWQA 5BPLA 2P9NA 2P9KA 2P9IA 3MDQA 2I7PA 3UB5A 3DXMB 2FSNA 1JCGA 3ATUA 4BREA 3H46O 3VESA 3IFRA 3MCPA 1U6ZA 3GBTA 5F0XA 2CGLA 4H0VB 2NRHA 5ADXA 1H1VA 3IUCA 1HLUA 4PKHA 1S3XA 3DXKB 2V7YA 2QWNA 1BA1A 2P9LB 2E2NA 2HF4A 4WQ5C 2E88A 3WEEB 1Z6RA 3LM9A 4BR7A 2D4WA 4BROA 3VF2A 1IJJA 1NGJA 3JS6A 5LJWA 3SK3A 2QWQA 3FFKB 3O80A 4WQ5A 1BO5O 4MLEA 3TPQA 4M7YA 5EVZA 3AY9A 4PKIA 1EQYA 3FZMA 1QHAA 3JXUA 3W0LA 3L0QA 3O5BA 4BR4A 5BR9A 1GLAG 5I9EB 1ATSA 1YVNA 5EY4A 4BRQA 4M7XA 4B1VA 4RWTA 5AQNA 3BF1A 1WOQA 4PKGA 1D4XA 4J8FA 2IVOA 4EHUA 3AAPA 4FO0A 4AM7A 4BGBA 5KPRA 3BF3A 1RFQA 2A5XA 2ITMA 3L4IA 2P9SB 3P4IA 1NM1A 3SLCA 4BRCA 3H1VX 4BRPA 1KAZA 3U9ZA 1NGIA 4E1JA 3HBTA 5AQKA 2AA4A 4XH1A 4FWLA 3O1WA 1P8ZA 1E4GT 3M6GA 3SMPA 4BRNA 3BEXA 1LCUA 3R9PA 1QQMA 2J4RA 1GLDG 1HKGA 3VPZA 3DXKA 2E8AA 4BC2A 5ELZA 1BWFO 2Q2RA 5AQZA 5AZIA 3F9MA 1V4TA 3CJ1A 3O1BA 1DKGD 4QS9A 3KZBA 2Q36A 1YUWA 2P9NB 2V7ZA 2GUPA 2P9KB 2QW9A 2EWSA 1NGBA 2GTDA 3AARA 2A6AA 3EL2A 3LDOA 4PL7A 5JMVA 4BRGA 2Q1NA 2H3GX 2YJEA 1QQNA 5ADXH 1GLEG 4BR2A 3DWLA 2YJFA 3MK6A 3QICA 4H5NA 3DJCA 5AQFA 5BRHA 1YXQA 3UKUA 2ZGZA 3GL1A 3OHRA 1IG8A 4K25A 5AQMA 5EX5A 4BR5A 4MLHA 5E84A 3FR0A 1BOTO 4DCHA 5JLHA 2QWRA 2IIRA 3R8EA 4XH5A 3MN6A 4QS7A 1GLFO 2WUSA 4ISFA 2D0OA 2QWLA 5KPTA 3U8XA 1BG3A 1T6DA 2A42A 4BC3A 2QWPA 2ASOA 3LDPA 1E4FT 3WQTA 4K43A 3D2FA 3ZX0A 4KBOA 3S41A 1HKBA 3G25A 1NLVA 1X9JA 3WXIA 4BR9A 3U4LA 2VYPA 1KXPA 2A40A 3SMSA 1NGHA 3VEZA 5AQXA 3ZX3A 3HSCA 5BREA 1Z05A 2A3ZA 4M63C 4CZGA 2F9WA 1RDWX 4YDUC 2E20A 2FSKA 4EIAA 4FWKA 4FPAA 4O8KA 3I33A 5AZIB 3C0BA 5BN8A 3FLCO 5AQRA 3I8BA 2FLOA 1DEJA 4L3QA 3VF4A 3ULEA 3W3DA 4CZEA 5BRDA 2P9UA 1KAXA 3ZETB 4NB4A 5AQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W41A 2GUIA 1HJOA 4NXMK 1VQMN 2RN2A 3HPOA 2DFEA 1R0AA 1BCOA 2PAVA 4DV3K 1S9GA 4BRHA 4CEQA 4CGFA 4DFMA 3I8DA 2JWKA 1NGEA 4N56A 1D9DA 4HUFA 1HUXA 4CBXA 2W40A 1K8KB 3AVIA 4H0OA 4BR0A 5JVHL 1MWKA 4Z4HA 2BGGA 2GWKA 3U3YA 4RW9A 4G9ZA 2DY4A 2I5JA 3OJUA 4DR4K 3LAKA 4CF1A 1NWKA 3CJBA 1F21A 3MEEA 2BUPA 5C25A 2GELA 3MAQA 4Z0UA 3NDKA 1TL3A 1HR0K 2NRVA 2ITGA 3MN7A 3FGUA 5TKYA 2PYLA 1NGAA 1LW2A 3A5LC 2WOMA 3K5OA 4BQLA 2YHXA 4CZMA 2IGIA 4JI8K 4EAHD 1OVQA 1HNIA 2ASMA 3A5MC 2RKIA 4BG9A 4LH4A 3V4IA 2XY7A 3CCLN 4IJAA 2A41A 5FPMA 4EFHA 2D0AA 3C7NB 3SCXA 5C15A 3CXCM 3IDHA 5HRRA 4DQRA 4JK8A 1O13A 4DV6K 4DQ8A 1YJ9N 4KI4A 4CFDA 4DB3A 3HL8A 4Z4CA 3QB0A 4FPBA 3CCVN 1N8RO 4FVMA 1JLCA 4BACA 4KH4A 1TAUA 2NLXA 2G8WA 1QSLA 2YHAA 4E0DA 3CM5A 1GLJO 1Q8IA 4LFBK 5HP1A 3THVA 1MDUB 3DRPA 2E2PA 5DK5A 1NJWA 1OH8A 4BRIA 3CMEN 3L2RA 1TK5A 4H0YB 4NYFA 2BTFA 3TAGA 2X78A 2B5JA 3IG1A 4FWNA 1NK9A 5C12A 3HZ6A 2GEMA 4BRKA 4CZKA 2CH6A 2IVNA 4YDUA 1YTAA 4B1WB 2XRIA 3QDKA 4KRFA 4CW7B 3QEWA 4IZ9A 3VN5A 2E1ZA 4FJ8A 4J2DA 4H5VA 2FBXA 1S1XA 3VGLA 4CJQA 4C8LA 1WB9A 3TAMA 5BRFA 3TARA 1SKWA 3VEVA 4AHTA 3H1QA 2E4LA 3AGKA 2ZWHA 3O9SA 3Q7BA 1T7PA 5AR0A 1VQNN 2FBTA 4ILJA 1TK8A 2YNHA 2HHQA 4IEEA 5BPNA 5AQJA 3J8AA 4NCGA 5FPEA 1ATRA 4CZFA 2P9PB 4CZJA 4KO0A 4GV9A 4IDKA 2O8FB 2D0PA 2DPNA 4E7HA 1MWMA 4JK7A 4GV6A 3SPYA 4LFCK 4A59A 5B8HA 4NLCA 3G6EN 3HRGA 4CD3A 1TUYA 4CZLA 3MN9A 4OKEA 4I6MB 5C2DA 1V4SA 3CQYA 1GLLO 4C23A 2VWJA 2W6LA 4BRAA 4LD0A 3TSPA 4I9QA 4DLEA 2E2QA 3DLRA 4LC9B 1ZBSA 4CECA 2G8VA 5LY3A 4DQPA 5KQ8A 1QVFM 4BGAA 4O0IA 3HSTB 3AVMA 4DV5K 2OTLN 4DTUA 4OPHA 5CYQA 2YNGA 3DLEA 1YIJN 4B9QA 3RR8A 2YKMA 1U49A 3OBYA 1KLNA 4H5RA 1NK8A 3RR7A 3GE1A 3HPHA 1VSFA 4IKFA 3F73A 1VQPN 3M8QA 4B3TK 2YV0X 1HPMA 1NGCA 4B3OA 1VSJA 4I7FA 3ZSXA 2KTQA 5JLFA 1NK0A 4F2SA 4R79A 4A5BA 3T1AA 4FZYA 4IBNA 1X9SA 3O9RA 4C1NI 1JCEA 4FWRA 3RWUA 1C1BA 1U2VA 1SL0A 2OTJN 4C8KA 3CHWA 1NJYA 4CVNE 2F7TA 2KQ2A 3PIOL 1QTMA 4N47A 3LP2A 1JLGA 3J7YP 5KGWA 4DQSA 3FZFA 3ENOA 4F3OA 4WFAL 3SUQA 3HXMA 1T03A 2E5LK 1LWCA 5LMUK 1T3VA 4RW8A 2O8CA 4FJMA 2YNIA 4RW7A 5D3GA 1P90A 3ZT4A 1JCGA 1LV5A 4ELTA 3VESA 1U6ZA 4FLUA 1HLUA 4PKHA 3O4NA 2V7YA 4DR5K 3VQCA 4BR7A 4PA1A 3OYEA 3M8SA 3JS6A 3S3NA 1RT6A 4KFBA 2QTDA 2XY5A 3VQAA 3MXJA 4M7YA 1RT4A 1L3UA 4PKIA 3MXIA 3RMAA 3E9PA 4DFKA 3NF9A 1UA1A 3L0QA 3O5BA 5BR9A 1TKXA 1GLAG 5I9EB 4IFVA 5C42A 4H4MA 1IG9A 4RWTA 4FK0A 2UXCK 4LF4K 3DLGA 4PKGA 1D4XA 4FZXC 4DF8A 4JV5K 4J8FA 2IVOA 4EHUA 3AAPA 1RT3A 2KZZA 5FROA 4NLBA 4E1MA 3L4IA 3P4IA 4PWDA 1K6YA 4FJKA 3VMFB 3U9ZA 4E1JA 5AQKA 1P8ZA 1E4GT 3SMPA 4DSKA 4FJ5A 4HUGA 3R9PA 4E3SA 2P51A 1TK0A 1GLDG 2Q2RA 5AZIA 4DTJA 3F9MA 1V4TA 2HBLA 3CJ1A 3ZCMA 3O1BA 5IWAK 3M8PA 3DMJA 5C10A 1NKCA 4M3XA 4WFNL 1W9HA 3CC2N 3F2KA 4YHHK 2A6AA 1ZBUA 1QS4A 2H3GX 2YJEA 4F2RA 1RT1A 4E7KA 3PY8A 1IKVA 3CFRA 4F3TA 4DTMA 4YOUA 4ID1A 1LAVA 1QQCA 3DJCA 4JKGA 3UKUA 2ZGZA 4X65K 1VQ9N 1S5JA 1IG8A 4K25A 3VQPA 2RHKA 4CF8A 4OKKA 4MLHA 5I3UA 5HBMA 2WFBA 3FR0A 4KHPK 2QXFA 1BOTO 3G0ZA 3ZYYX 4DCHA 5JLHA 3THYA 4F4KA 4JRPA 4KHSA 1RTIA 2IIRA 3R8EA 1ITGA 4QS7A 3KIOA 3KJVA 4BE0A 2HHUA 2QWLA 4L8RB 1S1VA 1T6DA 3SQ4A 3P1GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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