2E4LA

Thermodynamic and structural analysis of thermolabile rnase hi from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
LKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMNYKGHTKEMSDGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYMRQGIMTWIHGWKKKGWMTSNRTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAGHAENERCDQLARAAAEANPTQIDTGYQAES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural, thermodynamic, and mutational analyses of a psychrotrophic RNase HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Shewanella oneidensis
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2e4lA00
3B6OA 5KTQA 3H08A 1G15A 1NJWA 4B9LA 3L2RA 3NGZA 4KV8A 4I2PA 5FROA 1SL0A 2VG7A 4NCGA 1L3TA 1L5UA 4K8XA 4FZZA 2YHBA 4H4MA 1S9EA 4TSXA 4CEQA 4FJLA 2KFZA 4OLBA 3ISNC 2VG5A 1BQNA 3SV4A 4QCLA 1XWLA 2G8HA 2RPIA 3LDSA 1VSIA 1TL3A 3QNOA 3RWUA 5SWMA 3AO5A 3ZSVA 4CGFA 3VQEA 3AV9A 1QSLA 1RTJA 3AA3A 3ZT4A 3T1AA 1KLMA 4CK3A 2VG6A 2HMIA 2WONA 3LAKA 1WSHA 4CHPA 3TI0A 3VA0A 1NOZA 5D3GA 3V4IA 3L2WA 1K6YA 2YNHA 3L3UA 3PX6A 4CJPA 2F8TA 1TK8A 2FC0A 4GVMA 3ZSWA 1EKEA 1ZBHA 4RW4A 1J5OA 4M3XA 3SV3A 3SJJA 1DTTA 4DQPA 4DFKA 4LY7A 4CHOA 3QEIA 4ELVA 5CYQA 4J2DA 5J1EA 1TKZA 1VSHA 4KO0A 1WNSA 4I9LA 3OJSA 3IG1A 3DLKA 2JGUA 3KLIA 3EY1A 3SQ0A 2G8FA 3M8PA 1T8EA 3LPUA 1HJRA 1TKXA 1GOCA 1XI1A 3LP3A 1S1UA 4HUEA 2GBZA 1U47A 4B9SA 3AVIA 3KTQA 4E3SA 4DSIA 2Z1GA 3C95A 1LWFA 4Z4HA 2E6MA 3MEEA 1SKWA 4EZ6A 1SL1A 4DQRA 4DTUA 4FZXC 3SUQA 3SZ2A 4FLUA 3LANA 3PUFA 1W9HA 1UAXA 3DMJA 3VQ8A 4M3ZA 4FYDA 2PY5A 4CESA 3M8RA 2F8SA 1U04A 3NF6A 3RMDA 3VQ4A 2IC3A 5HRSA 3L2QA 4IFVA 1J9AA 3HJFA 2RF2A 2E6LA 2ETJA 3KKSA 4NYNA 3DOLA 4AHUA 2LSNA 2HNYA 1IG9A 1NK6A 2R7YA 3ZSQA 4W5QA 3ALYA 4FJJA 3B6PA 1HQEA 3SQ4A 1JXBA 3OYIA 4C8LA 1RBVA 4HHTA 3V9SA 3HVRA 1FKPA 4CF0A 2HHSA 5CZ1A 2JLEA 3HVTA 1ZBUA 4FJ8A 3I0SA 3SPYA 1WAFA 3IS9A 4O44A 2ITGA 3AVJA 5K14A 3ASMA 2DFHA 2OPPA 4LH5A 4KHWA 3KLFA 3OYBA 1L3SA 2QK9A 1RBTA 4FJXA 3G10A 2YNFA 3HP6A 5HP1A 1HMVA 3ZSYA 1RBRA 3CM5A 4FLXA 1NKEA 3LALA 3S3NA 1EX4A 3NF8A 4CEEA 4CJRA 4E7KA 3I8DA 1S6QA 5HLFA 4F8RA 4N41A 4O0JA 4KHUA 1WAJA 4O4GA 2Z1HA 4Z4FA 1KFDA 3WNGA 2A1SA 3OJUA 3SUOA 2DFEA 1N6QA 1C6VA 3AO3A 4FLZA 3WNEA 2YKMA 1KRPA 4PUOA 1Z26A 2IGIA 3KKRA 4CEAA 4O0IA 1KSPA 2FBTA 4GW6A 5T7BA 2GUIA 3RMBA 1JL2A 3K59A 4B9UA 4PWDA 4Q0BA 1RILA 4ID5A 4B8AB 4PA1A 4CGHA 3OYLA 4FJIA 1GOAA 3DRSA 3IRXA 4FJ5A 1BQMA 1CXUA 2AJQA 3HPHA 4KTWA 1C1CA 3DLBA 4AHCA 1RDBA 1Y97A 4IFYA 3TR8A 4DTMA 4J2AA 4DSEA 3AA4A 5J2QA 5HRRA 2HVHA 1Q9YA 4CEZA 3KJVA 1NJYA 2ZD1A 4C8OA 2IAJA 4F2RA 1B9DA 1C0TA 1ASVA 3LP1A 2IS3A 2YHAA 3NDKA 3SUPA 4CJ3A 4JLHA 3RTVA 3PV8A 4PQUA 4CIGA 1HNIA 4FCYA 4CGJA 3VA3A 2PYJA 3THVA 4LSLA 1RT3A 3T19A 4CJ5A 1HYVA 3AO2A 4CJLA 3HXMA 3QEPA 4UQGA 4CHZA 2Q3SA 4DSLA 1NK4A 4C8KA 2QKBA 4CEOA 2D0BA 2HHQA 1S9GA 2KTQA 3TWHA 2KZMA 1LWCA 1D8YA 1HYSA 2P5OA 3LPTA 1J54A 1HPZA 3OYHA 4DTJA 3U6FA 4DTSA 1RTDA 4EP5A 3MECA 4DG1A 4M41A 4BWMA 1BIUA 1LAWA 3CQ8A 4HUFA 1L3VA 2OPSA 3AO1A 1RT1A 1BHLA 1JLCA 2YKNA 2YNIA 1RT4A 4E1MA 3K57A 4JRPA 3V81A 1ZBIA 3L2VA 4KREA 1YVUA 3K5MA 1YT3A 4FW1A 2HNDA 1BCMA 2ZE2A 4CFCA 1C1BA 4RW8A 3NGIA 3VQBA 3EZ5A 3TAEA 2IDOA 1X1PA 4IBNA 1LV5A 2G8VA 1N5YA 1RT7A 3P83D 3OYEA 4O5BA 4FJKA 3TARA 3KK3A 4CJSA 2XY8A 3HSTB 3OYFA 1RT2A 1RBUA 3NF7A 4WE1A 4YNQA 4DFPA 3MXIA 1U45A 2BE2A 2YV0X 4KHNA 4FW2A 1MU2A 1VSMA 1S1TA 1GOBA 4M45A 3VN5A 1CXQA 4CGGA 1I39A 1RDCA 1S1XA 4IDKA 4DS5A 1RT6A 1BGXT 3QNNA 3ZSRA 4DTOA 2PYLA 4F3OA 1SUQA 1VSDA 1D5AA 2HW3A 1I3AA 1UOCA 1JLAA 4CFDA 3DLRA 3K5OA 2XY6A 5FRMA 3V1RA 4GMJB 3HT3A 3L8BA 3MEDA 3RR7A 1W0HA 5EU7A 4W5OA 1FK9A 3D45A 3WNHA 4CHNA 3NH1A 3AVMA 3VQ9A 4FJNA 4CJ4A 3LP2A 3RRHA 4CGIA 3LWLA 2FBVA 3BDPA 1BL3A 3MEGA 1JLQA 3HM9A 3RMCA 2E4LA 2D0AA 4M3YA 2QXFA 1KVAA 2OZMA 5CZ2A 4I7FA 1JLBA 1VSFA 4CJTA 1IKVA 2B5JA 3AVAA 3M8QA 3AVNA 4Z0UA 1J53A 2Z1JA 1YTUA 1REVA 5SZTA 1KVBA 2ZQBA 3G0ZA 2KW4A 1CZ9A 4C8MA 4PY5A 4CF9A 3OYJA 4NYFA 4JS4A 2DY4A 1B92A 5CYMA 2HNZA 4CK2A 4Q5VA 4E7IA 1ZYQA 1VRUA 4N56A 1NJXA 1Z25A 3BGRA 4FLVA 4FJHA 4N5SA 1HRHA 3ZT2A 2X74A 3NGYA 2HB5A 3KLEA 2OYQA 3F73A 1HQUA 3ZT3A 4Z4CA 4ICLA 1SKSA 1RT5A 3HL8A 3V9UA 3QLHA 4CCHA 3LAMA 4DU1A 2PZSA 3HPOA 3F9KA 3C6UA 2OA8A 3LZJA 1IO2A 5HRPA 3NFAA 3A2FA 3JYTA 2O4GA 3ZSZA 1U48A 3VQDA 4N76A 1BIZA 4Y1CA 4DTRA 2NUBA 4CHYA 3AA5X 1X9SA 3DRPA 4J2BA 4DU4A 2HHWA 4ZHRA 2X6NA 1KLNA 3KK1A 4M3TA 3WNFA 4DWIA 1NK5A 1BCOA 3OYDA 1RCHA 3TAMA 3I0RA 4OKEA 4CEDA 3OYCA 4DS4A 4CFBA 4DQSA 2OZSA 3OYGA 5KRTA 3OYAA 5KRSA 3K58A 4N47A 2FBXA 1WSFA 1EP4A 4RW9A 3RMAA 1D9FA 3NH0A 1F21A 3D0PA 1NK9A 4M3WA 2HHUA 3OVNA 3AVHA 3K5LA 4E89A 4E7LA 1WSIA 3CYMA 3DM2A 3S3MA 5C42A 1X9MA 4CJFA 1QSYA 4L8RB 4KRFA 5HROA 4FLYA 3V1QA 2DTUA 3KIOA 3VQQA 1DLOA 2BDPA 4Z4EA 2HHXA 3HO1A 4DFMA 3AVBA 2G8IA 3ZSXA 3DRRA 1NKCA 4CJEA 5J2MA 1S1WA 4DSJA 3TAGA 3KD1E 2HVIA 4W5NA 3CM6A 4CJWA 4KHQA 3SPZA 1KTQA 4HUGA 3CG7A 1TVRA 1KCFA 4OJRA 4CK1A 1Q9XA 3RR8A 4AH9A 1TL1A 3FFIA 2FBYA 3ZT1A 3OS1A 3QIOA 1IH7A 3C6TA 1U49A 3AA2A 4BE2A 4KB1A 2GV9A 2WOMA 3V9XA 1RBSA 3QETA 3OS2A 1C0UA 1EXQA 3O4QA 4M3RA 1VK0A 2KFNA 3L3VA 1LW0A 4DTXA 1WLJA 3ULDA 4MQ3A 1T03A 3VQCA 4B3OA 3HPGA 3AVFA 1VSKA 3SNNA 1QS4A 4B9VA 2G8KA 4CIFA 4BE0A 2DFFA 1TGOA 5KGXA 2RN2A 4CF8A 1WSEA 3OYNA 2Y1IA 2A1RA 4FJ7A 3QEXA 1U4BA 1EETA 1JKHA 2ATQA 1JLGA 2XY7A 4HTUA 1FXXA 4R5PA 1UA1A 1S5JA 3U3GA 4AILC 5E41A 4QOZB 4B9MA 2D5RA 1BISA 1TKDA 1LWEA 3SI6A 1JLEA 3VQ6A 3NAEA 4BDYA 1VSLA 4M42A 3KK2A 4I9QA 3ZCMA 4XIUA 3L2UA 2I5JA 3AVCA 3ZT0A 4CGDA 2B4JA 2W42A 3K5NA 1RNHA 4E7HA 4ZTJA 2Z1IA 3SYZA 1WSJA 3KLHA 1FKOA 4CEBA 5HRNA 1HYZA 4F2SA 3TABA 1ITGA 3VQAA 4CJQA 1ASWA 1UWBA 2RKIA 3AO4A 1YTAA 3JSMA 3OYKA 1SL2A 1WN7A 1A5VA 3PY8A 1BI4A 3DI6A 4W5TA 4JS5A 4RG8A 4W5RA 4FZYA 4CJKA 1NKBA 3QERA 1RTHA 2VWJA 4DU3A 1JXEA 4ZTFA 1A5XA 1TKTA 4CJVA 2P5GA 4OKKA 3SQ2A 4DTNA 1SKRA 4KI4A 4BWJA 4BE1A 3PO5A 4AHSA 4YFUA 4F3TA 4E19A 5C25A 1S6PA 3CFOA 3MXJA 3O3FA 1NJZA 1QSSA 4BDZA 4DFJA 3V6DA 4FJGA 1KVCA 4Y1DA 3P5JA 4AHTA 3MXMA 4HVJA 5FRNA 1VSJA 4KPYA 4KHYA 1C0MA 3DYAA 4HCCA 4IG3A 1ASUA 1QE1A 3E01A 4DQIA 5CY4A 3RRGA 2X78A 1O1WA 3O4NA 3ITHA 4B8CA 3UIQA 1KFSA 4BDPA 3LP0A 4CHQA 1NK8A 4FK0A 4BACA 4NCBA 5J2PA 4JRQA 2EX3A 4DSKA 1D9DA 1R0AA 4HCBA 2OPRA 4OPJA 4FLTA 3HK2A 4KKOA 1LAVA 4LH4A 3EYZA 1BI4B 3SUNA 1NK0A 1L3UA 1JLFA 3O3GA 3DLHA 3IAYA 4F4KA 4J2EA 4H4OA 2BGGA 3V9WA 3U3YA 1ZBLA 4OGCA 3S3OA 3ZSOA 4DQQA 2O4IA 3TANA 1RDAA 5KGWA 4Z4GA 1SV5A 3MAQA 3AVKA 3PO4A 3DOKA 3HP9A 4KFBA 3S9HA 4FLWA 3K2PA 3QEVA 1JL1A 1S1VA 4QAGA 1XHXA 3AVLA 1QTMA 1VRTA 2IOCA 3O3HA 3PX4A 4FXDA 4OVLA 3TAQA 4EZ9A 3QEWA 4B9NA 4CF1A 3VQ7A 1HNVA 4FJ9A 1NK7A 3OYMA 2HHTA 4CECA 4DF4A 2BANA 1TAQA 3QINA 5FDLA 3CFPA 1CZBA 4H8KA 1Q8IA 2X6SA 3SCXA 4FJMA 4E0DA 3NCIA 5KI6A 1IKWA 3QESA 3TAFA 4LD0A 5I42A 2KQ2A 3DLGA 4O55A 2HHVA 1T05A 1TAUA 4IG0A 4DLGA 1IKYA 1UA0A 2D0CA 4E1NA 4M3UA 3M8SA 4RW6A 3NF9A 1WSGA 3PX0A 2G8UA 1IKXA 4AHVA 1ZBFA 3P1GA 1DTQA 2F96A 5J2NA 3NH2A 1LW2A 3V1OA 4DF8A 1XHZA 4IKFA 4E7JA 3T3FA 4DLEA 2XO7A 1B9FA 3C94A 3TAPA 1QHTA 2VWKA 4RW7A 4CE9A 4DTPA 4NCAA 4KHSA 1CLQA 1RDDA 1A5WA 4CF2A 1TK0A 4KI6A 2B6AA 2XRIA 5DK5A 4C8NA 4FM1A 4ELTA 4Z4IA 2KZZA 3HYFA 4KTZA 4CJUA 2OPQA 3OY9A 3LZIA 4FM2A 1QQCA 4KB0A 1XC9A 4ID1A 2XHBA 4DSFA 4OGEA 1VSEA 3CFRA 3VQ5A 2G8WA 1T7PA 4ELUA 3NBPA 4I2QA 4EP4A 3NHGA 4FM0A 3LWMA 4FK4A 5JS1A 4OKJA 3QIPA 3NE6A 1X9WA 4K8ZA 3OS0A 4AHRA 2Y1JA 4KTQA 3QO9A 4CERA 5HBMA 2QKKA 2EHGA 4G1QA 4MFBA 5I3UA 3VQPA 1TV6A 2P1JA 3KLGA 4B08A 2YNGA 1NOYA 4OLAA 5DMRA 1TK5A 3AVGA 4OPKA 3KD5E 4FVMA 4LSNA 2P51A 4CIEA 3DLEA 3SQ1A 2XY5A 4B9TA 4FK2A 4CEFA 1C1AA 3V9ZA 4KAZA 5C24A 1RTIA 4DMNA 5JS2A 4CFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZFA 3IFRA 4KV8A 4I2PA 5FROA 4K8XA 2YHBA 2KFZA 2VG5A 4FWSA 1BQNA 1DGKN 2G8HA 2ASPA 1TL3A 2P9NB 3AO5A 5FPEA 1QSLA 1RTJA 3AA3A 3T1AA 4CK3A 3T1YK 2WONA 3GBTA 3AGRA 1WSHA 4GKJK 4JI8K 4IJNA 3Q7CA 2QI2A 2YNHA 3L3UA 5JICA 4CJPA 1O13A 2F8TA 4GVMA 5E26A 3VENA 1DTTA 4G9ZA 1VQPN 5TKYA 1KFSA 3RWUA 2JGUA 3KLIA 4RCHA 3THWB 3EKUA 1MA9B 4FWPA 1LCUA 1GOCA 3AGKA 4RWTA 4HUEA 4BQZA 5AQFA 1VQ8N 4EZ6A 5KQ8A 4C1NK 4A57A 2JWKA 3KWIA 3M8RA 4OPHA 2F8SA 3EE9A 1U04A 3VQ4A 5JLFA 3G25A 4IFVA 3CCUN 4BR2A 3C6HA 1NG9A 2E6LA 1RFQA 3CQXA 3CERA 2P9IA 2HNYA 4AHUA 3J80O 1IG9A 3OHRA 4JI6K 1ATNA 4Y0WA 3VF4A 3GG4A 1RBVA 1FKPA 2Q0UA 2A41A 4H5TA 5CZ1A 2IVPA 4FSVA 3SPYA 1WAFA 4LC9B 5K14A 3QFUA 4CZLA 3KLFA 2YHXA 2NRZA 1L3SA 3G10A 3HP6A 1HMVA 5CE3A 4FLXA 1EX4A 4E7KA 1SAZA 4JKDA 1YAGA 4Z4FA 3SUOA 3CI5A 4DCHA 1C6VA 4FLZA 2ZGZA 2YKMA 4PUOA 4CEAA 1KSPA 2FBTA 3ID6A 4B1XB 3I33A 3K59A 4PA1A 3DAWA 3DRSA 1VAZA 4BRFA 4BGAA 1CXUA 1VQ4N 4AHCA 4J2AA 1TUUA 1Q9YA 1RDWX 1B9DA 3A5OC 3EL2A 2IS3A 4CJ3A 4PQUA 3RTVA 5IT9O 4I6MA 4CIGA 3AAPA 3VA3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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