2E4LA

Thermodynamic and structural analysis of thermolabile rnase hi from shewanella oneidensis mr-1
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
LKLIHIFTDGSCLGNPGPGGYGIVMNYKGHTKEMSDGFSLTTNNRMELLAPIVALEALKEPCKIILTSDSQYMRQGIMTWIHGWKKKGWMTSNRTPVKNVDLWKRLDKAAQLHQIDWRWVKGHAGHAENERCDQLARAAAEANPTQIDTGYQAES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Shewanella oneidensis
publication title Structural, thermodynamic, and mutational analyses of a psychrotrophic RNase HI.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2e4lA00
1REVA 3THVA 1U45A 5CZ2A 5HRNA 4BACA 4CGGA 1NK6A 2XY8A 4JS4A 1NJZA 1L3VA 1JLFA 1W0HA 1Z25A 3PX6A 4B9UA 3LP2A 3AO2A 5HLFA 4YNQA 4CJ5A 2W42A 2RF2A 1L5UA 4E89A 4BDPA 1JXBA 3A2FA 4C8LA 1CXQA 3S3OA 3L2QA 3MXIA 1C1BA 1VSLA 1WSEA 4F3TA 1J54A 5KGXA 2YHBA 3KLEA 4DTOA 3SI6A 1TKZA 4M42A 2B5JA 2HNYA 4DQIA 4KV8A 3MAQA 4HHTA 1VSDA 1D9DA 2GUIA 1T8EA 3RMDA 2O4IA 3I8DA 4J2EA 4N41A 3LAMA 3DRSA 4G1QA 1HNIA 1IG9A 1WSGA 5HRPA 1IO2A 4KHSA 4FJ9A 1S1UA 4CEEA 3V9WA 4B9LA 4DG1A 3T19A 2XY5A 3AVGA 4FJJA 3ZSXA 4EP4A 4MQ3A 3OYJA 2ZQBA 4CFDA 2B4JA 4M45A 3HSTB 1Q9XA 4PQUA 4KKOA 3SPYA 3KD5E 2HHXA 4RW8A 1TK0A 3ITHA 4Y1DA 2DY4A 3KKRA 1HJRA 1S1VA 3ZSYA 4O0IA 1T03A 2YKMA 4CJ4A 3G10A 1HNVA 3CYMA 3U3YA 1T05A 4AILC 4IFVA 4KI4A 2HHWA 5HP1A 3HL8A 3NF9A 4DTSA 1KVCA 3OYEA 4CK1A 3MEGA 5SWMA 4CHNA 2VG7A 4CGHA 2QK9A 4Q5VA 4O5BA 4CJEA 3KLGA 4FZYA 4NCAA 3BDPA 1S1TA 1ZBFA 4CEFA 2KQ2A 3OS1A 1NK5A 5D3GA 3L2UA 3L2WA 1JKHA 3OS2A 1KSPA 4AHSA 1C0MA 3O3HA 1QS4A 3O3GA 1VSFA 3SYZA 2P5OA 2BGGA 3HJFA 4Z4GA 1VRUA 1X9WA 4DQPA 4C8KA 4PUOA 2WOMA 1UA0A 3OYFA 3SPZA 1YVUA 4GMJB 1SL0A 3DLKA 3CFRA 1WSIA 4CHYA 3V81A 4FJIA 2ATQA 4CF2A 4Z4CA 1QE1A 3K5OA 1RDCA 4H8KA 3QLHA 3VQAA 1RT3A 2E6MA 3SQ0A 4FJ5A 2G8FA 3B6OA 2XY6A 4C8NA 1LWFA 4R5PA 2G8HA 2PZSA 1KVBA 1BIUA 5J2PA 1Q9YA 2OPPA 1ASVA 4BE2A 4JRPA 4DS4A 4IBNA 3LPTA 2P5GA 1NOZA 2D0AA 3DOLA 3DLHA 2B6AA 5I3UA 1BQMA 3NBPA 4DSKA 3OYHA 3TR8A 3AVCA 4M3RA 4M3ZA 2IDOA 4BDYA 1YT3A 3AA3A 3OVNA 3AV9A 3SUNA 2A1RA 2OA8A 1EETA 4DSFA 4OLBA 4CGIA 4QCLA 4CESA 4Q0BA 3WNFA 1QSLA 1NKEA 1HRHA 1EX4A 4RW4A 4NYFA 1F21A 3JSMA 4ELVA 4M3XA 1NJWA 1TL3A 3V1QA 5HRRA 3OYGA 3ZSQA 1WAJA 4CJRA 2KFNA 4FJHA 1ZBHA 4J2BA 4OVLA 1EP4A 1LAWA 4CEAA 3DLBA 1YTUA 4OLAA 2AJQA 1S5JA 4FM2A 4LD0A 2Z1IA 3SQ1A 3PV8A 3WNEA 3NGZA 4CHOA 4DQQA 1NKCA 3O4QA 1MU2A 3OJUA 3NE6A 4CHQA 1U47A 4CECA 1TGOA 2KZMA 4DSEA 2KZZA 3VN5A 4FM0A 1WNSA 3PX4A 3P1GA 4CEZA 3T3FA 1BCOA 2PY5A 2Y1JA 4KHUA 3LAKA 2YNIA 4CF1A 3SUPA 4ID5A 4N76A 2O4GA 4FLTA 1JLQA 4DTNA 2HHQA 5JS1A 1S6QA 1QHTA 3LWLA 1S6PA 3QIPA 1HQEA 3F9KA 4HUFA 1RDDA 1UAXA 3LPUA 5E41A 3TAPA 2YKNA 3PY8A 2OYQA 4KRFA 3QINA 4NCGA 4AHCA 1SKRA 3G0ZA 3KTQA 3C6UA 4CF8A 1XHXA 4ICLA 4ELUA 3C6TA 2DTUA 4O55A 4CHPA 3K5MA 1FKOA 3VQDA 3V9SA 1G15A 1RT7A 3AO4A 1GOBA 1JXEA 2DFEA 4DQRA 2HW3A 2ZD1A 3ZT2A 5J1EA 2G8WA 4KTWA 4DTUA 1TK5A 4FK0A 1XC9A 1ZBUA 3HPGA 3V9UA 2HNZA 2G8IA 4CGJA 3ZSVA 3HXMA 3OS0A 4KHQA 3VQCA 3CQ8A 5CYQA 1SV5A 2HHTA 4M3TA 4M3WA 2FBTA 3TAMA 4W5TA 3OYLA 4HUEA 1HYVA 4J2DA 4L8RB 3DRPA 4CJUA 5C25A 1XHZA 3AO1A 3DLRA 2RPIA 1ASWA 3AVJA 2EHGA 3M8PA 4KFBA 4AHUA 1JLGA 4QOZB 4B3OA 3DOKA 1RDAA 3SV3A 4N47A 1Z26A 3AVKA 4AHVA 4FJXA 2P51A 3I0SA 4EP5A 5FROA 4DS5A 4ZTJA 2Y1IA 1WSHA 4E3SA 4FLXA 2QKKA 2HVIA 4UQGA 3DYAA 2VG6A 4AHRA 4PA1A 2XY7A 4DLEA 3DI6A 4KAZA 3LZIA 1C0TA 3MXMA 4OGEA 1C6VA 5DMRA 1SUQA 3K2PA 4FLUA 4HTUA 4DSIA 4CEQA 2FBXA 3HPHA 3TAGA 1N6QA 3AVMA 1TAUA 3OJSA 1SL2A 3LP1A 4CJTA 4I9LA 2Z1HA 4DSJA 3VQ6A 4E7HA 4FJMA 4KREA 2Q3SA 4FK2A 1KLMA 1A5WA 3VQPA 3IRXA 1IKVA 4FJ8A 4I7FA 3KK3A 1LWCA 3L2RA 3VQ9A 2E6LA 3SZ2A 1C1AA 3SUQA 4DF4A 1KRPA 4IFYA 4CGDA 3RMAA 1RBRA 3I0RA 1NK8A 4FJ7A 4KI6A 4OPJA 3K5LA 3RRHA 3SUOA 4CJWA 3SQ4A 1SL1A 1KVAA 1N5YA 2OPRA 5SZTA 3NGYA 2WONA 4OKKA 4M3YA 3AVIA 4W5NA 5KTQA 3ZSOA 4DU1A 1IKYA 1WN7A 3WNGA 2FC0A 3TI0A 3SNNA 4OPKA 4C8OA 1B9DA 4K8ZA 1S9GA 1FXXA 2ETJA 4CJFA 3KK1A 3NF8A 1L3UA 1QSSA 2X74A 4E19A 2GBZA 4FJNA 4CJLA 2XHBA 3H08A 3MXJA 2D0CA 2G8VA 4EZ9A 2KTQA 3KKSA 2HHVA 3TABA 1BGXT 3TAEA 2ZE2A 2X6SA 4LH4A 3S9HA 1NOYA 2I5JA 4LY7A 5KI6A 4PY5A 3VA0A 1NJXA 1RCHA 4FK4A 3QNNA 1KCFA 4C8MA 4N56A 3OYCA 4B9TA 1LW2A 1EXQA 4MFBA 1RNHA 1Y97A 4O0JA 3NF6A 4FLZA 3V1RA 1J53A 3M8QA 4B8CA 3AVNA 3HT3A 4CJPA 3LDSA 1BQNA 5JS2A 3M8SA 1IKWA 4CIEA 1JLEA 1WSFA 2HNDA 3L8BA 4DTMA 4DFKA 5J2MA 4FJKA 4BDZA 4FZZA 3K57A 1U04A 1TV6A 3CM5A 3FFIA 1IH7A 4I2QA 3LP3A 2HVHA 4FVMA 3OYKA 2YNFA 3HVRA 3O4NA 3PO5A 1J9AA 2D0BA 3QEPA 4WE1A 1HMVA 3S3MA 4HCBA 2RN2A 1JLBA 4FJLA 4DWIA 3HVTA 4F8RA 4BWMA 1LV5A 1EKEA 1NJYA 5KRSA 3QEWA 4B9SA 4DTRA 1WAFA 3U6FA 3S3NA 1S9EA 3ZSWA 3HO1A 3D45A 5CYMA 4FLVA 4ZHRA 1LAVA 1VK0A 3L2VA 2HMIA 1ZYQA 4ZTFA 4I9QA 3PO4A 4B9NA 4H4OA 1O1WA 1D9FA 1FK9A 3RWUA 1RTHA 2RKIA 3AO3A 1D8YA 3AVFA 1VRTA 3EY1A 2BANA 1S1WA 1C1CA 5CY4A 3KLHA 3C95A 3LWMA 3RTVA 2BE2A 4O44A 1BL3A 4KHYA 1WLJA 5HBMA 3QIOA 4FZXC 1TKTA 4CK3A 5KGWA 1KFDA 1X1PA 4LSLA 4W5OA 2F8TA 1BISA 2G8UA 1B9FA 4CHZA 3OY9A 3NAEA 1NK7A 4KTQA 4F2SA 1RBTA 4DFPA 1TK8A 1BIZA 4KHWA 3MECA 3OYBA 3SV4A 3CFOA 4CJKA 4CF9A 3CM6A 1ITGA 1VSMA 3KJVA 2F96A 4HCCA 4CK2A 4AHTA 1I39A 2YNGA 4I2PA 3VQ7A 1L3TA 4RG8A 3VQ8A 4DFMA 2G8KA 4ELTA 1A5XA 1VSEA 4LH5A 4DU3A 3ZT0A 3U3GA 4HVJA 1RBSA 4E7JA 3VQQA 3OYAA 2VWKA 4DLGA 4CCHA 4KB1A 1T7PA 2VWJA 4W5RA 1X9SA 1RT2A 1VSKA 4E1NA 1RILA 3AVAA 5K14A 2IGIA 2GV9A 3L3VA 4H4MA 4OKJA 3ZSZA 4CGFA 1ASUA 3HP6A 3NDKA 1DLOA 1K6YA 3IG1A 2R7YA 3AVHA 4KO0A 1B92A 1VSHA 2HHSA 3VQBA 4NCBA 2JLEA 2OPSA 2D5RA 3OYMA 2QKBA 2DFFA 2HB5A 3DM2A 3RR8A 3F73A 3LZJA 4DQSA 1RDBA 1RTDA 2X78A 3TARA 4RW6A 3HM9A 4W5QA 1SKSA 3LANA 1D5AA 3VQ5A 2Z1JA 3P83D 3RMBA 3HP9A 4NYNA 4KPYA 4ID1A 4CJSA 2PYJA 4FLWA 3SQ2A 1TAQA 3ZT3A 3OYNA 4CIFA 4IKFA 4E7IA 4CFBA 1NK0A 3VQ4A 3V9ZA 3KD1E 2PYLA 3OYIA 4DF8A 3ZSRA 1DTQA 3KLFA 2NUBA 2YNHA 3TANA 4Z4EA 1JLAA 4PWDA 2OZSA 3EYZA 1KLNA 1XWLA 2Z1GA 1CZ9A 4M3UA 3PUFA 4BE1A 1BCMA 1HQUA 1J5OA 4F4KA 1BI4B 3QO9A 4Z4HA 3KLIA 2YV0X 3K5NA 2BDPA 3CFPA 1CZBA 1NK9A 1RTJA 3SJJA 3LALA 4BWJA 2XRIA 1GOCA 3RR7A 4E1MA 1KTQA 4Z0UA 5I42A 3RRGA 3NH0A 3V9XA 3QESA 2KFZA 4YFUA 4CJQA 4CJ3A 1UA1A 4CFAA 4F3OA 2IC3A 3KIOA 4J2AA 1XI1A 1RT6A 3K58A 3C94A 4GW6A 4CEBA 1X9MA 2IS3A 4CE9A 3HK2A 4JLHA 1RBVA 5C42A 1RTIA 3VQEA 4N5SA 1DTTA 3IAYA 4IDKA 3LP0A 4GVMA 1VSJA 1LW0A 2IOCA 4OGCA 2DFHA 5FDLA 1RT5A 4CFCA 2XO7A 3TWHA 3NH2A 1UOCA 4DU4A 2X6NA 4TSXA 4JS5A 4JRQA 1U48A 3NCIA 1JLCA 1SKWA 3AO5A 3QEIA 3QNOA 4CJVA 4OKEA 1CXUA 4CEOA 2EX3A 4Z4IA 3OYDA 4FJGA 4F2RA 4CIGA 1HYZA 1CLQA 4FW2A 4CEDA 5HROA 4DSLA 4EZ6A 1TKXA 3AVBA 1IKXA 3MEEA 1NK4A 4CERA 1U49A 2VG5A 4RW9A 2OPQA 3TAFA 4FLYA 3DLGA 1GOAA 1NKBA 2E4LA 5J2NA 1S1XA 4DTJA 3VA3A 1RBUA 3AA5X 1I3AA 2HHUA 3NF7A 1W9HA 2P1JA 1FKPA 3E01A 2YHAA 1LWEA 3QEXA 4B9VA 3QEVA 4Y1CA 3ULDA 3NH1A 3DRRA 1YTAA 3B6PA 3PX0A 4BE0A 3MEDA 2KW4A 3NFAA 1QSYA 3IS9A 1BI4A 4B08A 1ZBLA 3V4IA 1JL1A 1ZBIA 5J2QA 1HYSA 5C24A 3P5JA 3NGIA 4KTZA 4AH9A 3DLEA 3ZT1A 4E7KA 3QERA 4E0DA 3ALYA 1L3SA 2FBVA 3NHGA 3QETA 1R0AA 4FM1A 1QTMA 3ZT4A 5FRNA 1U4BA 4FCYA 5FRMA 2QXFA 4DMNA 4KB0A 1WSJA 1Q8IA 1TVRA 3EZ5A 3RMCA 1TL1A 3ASMA 2LSNA 5DK5A 4FXDA 4B8AB 1HPZA 3CG7A 4LSNA 3BGRA 5CZ1A 3ISNC 3T1AA 4IG0A 4FW1A 3V1OA 5T7BA 4FYDA 3O3FA 2IAJA 3ZCMA 1A5VA 1JL2A 3AA4A 1QQCA 1BHLA 4CF0A 3K59A 3AA2A 2JGUA 3SCXA 3UIQA 4Z4FA 4OJRA 1C0UA 3HPOA 3AVLA 1TKDA 3V6DA 4QAGA 5HRSA 4K8XA 3HYFA 4KHNA 4DTPA 4O4GA 3JYTA 4XIUA 1RT4A 2ITGA 5KRTA 3TAQA 3DMJA 4B9MA 2FBYA 4E7LA 3KK2A 5EU7A 2OZMA 4IG3A 4M41A 1UWBA 3D0PA 3M8RA 1KFSA 4DFJA 4HUGA 1VSIA 4RW7A 2A1SA 3L3UA 3WNHA 4DTXA 2F8SA 1RT1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGCA 3MCPA 3THVA 1NK6A 4CGGA 2XY8A 3M5RA 3AO2A 2RF2A 4C8LA 5KQ8A 3J8AA 3Q7CA 3BZKA 4JKGB 2YHBA 3KLEA 1OVYA 3PIOL 4M42A 4IFEA 5AQPA 5HL7L 3FZMA 1D9DA 2D0PA 2O4IA 4J2EA 5BPLA 3MWPA 3DRSA 4G1QA 1HNIA 1WSGA 4DG1A 2XY5A 2J4RA 2B4JA 5BPMA 3KD5E 1QHAA 5FLXO 2HHXA 4QS7A 1OH7A 1TK0A 3KVGA 1ZC6A 3KKRA 3U8XA 3ZSYA 2P9UA 5GAEP 3G10A 1RDWX 2HHWA 4FOEA 3NF9A 1EO1A 4ILJA 4CGHA 5BR9A 3CPWM 3SJHA 1R59O 1NGHA 3DWLA 4BQZA 5ADXH 3L2UA 1JKHA 4CZEA 4AHSA 3CC7N 1C0MA 1QS4A 1VSFA 4CZGA 5LMUK 3T1YK 4PUOA 1SL0A 2HMPA 1DKGD 3THWB 4FJ5A 5JS1A 5BN8A 3SK3A 5AQQA 3Q7BA 3CHWA 2E1ZA 4FVUA 2PZSA 5AQXA 3GG4A 4CBXA 4JKGA 3FE1A 5LJWA 3R8EA 1DEJA 3NBPA 3VTHA 3TTCA 3J7ZO 4M3ZA 1HNWK 1ILYA 2ZJQL 4QCLA 5AQSA 4Q0BA 5M1QA 4RW4A 1F21A 4B3MK 4BR5A 2VWBA 1TL3A 3V1QA 5HRRA 3B8AX 2KFNA 4YOWA 2QWOA 1LAWA 3DLBA 4FM2A 5LL6Z 4CHOA 3MK6A 2A40A 3UE5A 3O4QA 3O1WA 1MU2A 3FZLA 3EKUA 2QWMA 3O4WA 3CCLN 1FW6A 3VMFB 4JHDB 1BCOA 4CF1A 3EO3A 4FWLA 4E1JA 1JLQA 1S6QA 4JV5K 3PSIA 4YOTA 1YUWA 4HUFA 1UAXA 3PY8A 3THWA 3P39A 1HNXK 4AHCA 4YDUC 3C6TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NGC A;  3MCP A;  3THV A;  1NK6 A;  4CGG A;  2XY8 A;  3M5R A;  3AO2 A;  2RF2 A;  4C8L A;  5KQ8 A;  3J8A A;  3Q7C A;  3BZK A;  4JKG B;  2YHB A;  3KLE A;  1OVY A;  3PIO L;  4M42 A;  4IFE A;  5AQP A;  5HL7 L;  3FZM A;  1D9D A;  2D0P A;  2O4I A;  4J2E A;  5BPL A;  3MWP A;  3DRS A;  4G1Q A;  1HNI A;  1WSG A;  4DG1 A;  2XY5 A;  2J4R A;  2B4J A;  5BPM A;  3KD5 E;  1QHA A;  5FLX O;  2HHX A;  4QS7 A;  1OH7 A;  1TK0 A;  3KVG A;  1ZC6 A;  3KKR A;  3U8X A;  3ZSY A;  2P9U A;  5GAE P;  3G10 A;  1RDW X;  2HHW A;  4FOE A;  3NF9 A;  1EO1 A;  4ILJ A;  4CGH A;  5BR9 A;  3CPW M;  3SJH A;  1R59 O;  1NGH A;  3DWL A;  4BQZ A;  5ADX H;  3L2U A;  1JKH A;  4CZE A;  4AHS A;  3CC7 N;  1C0M A;  1QS4 A;  1VSF A;  4CZG A;  5LMU K;  3T1Y K;  4PUO A;  1SL0 A;  2HMP A;  1DKG D;  3THW B;  4FJ5 A;  5JS1 A;  5BN8 A;  3SK3 A;  5AQQ A;  3Q7B A;  3CHW A;  2E1Z A;  4FVU A;  2PZS A;  5AQX A;  3GG4 A;  4CBX A;  4JKG A;  3FE1 A;  5LJW A;  3R8E A;  1DEJ A;  3NBP A;  3VTH A;  3TTC A;  3J7Z O;  4M3Z A;  1HNW K;  1ILY A;  2ZJQ L;  4QCL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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