2EHGA

Crystal structure of hyperthermophilic archaeal rnase hi
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
149
structure length
149
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLRDIGCIILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Type 1 RNase H from a Hyperthermophilic Archaeon with Double-stranded RNA-dependent RNase Activity
rcsb
molecule keywords ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
total genus 49
structure length 149
sequence length 149
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2ehgA00
2F96A 1XI1A 1YVUA 1VRUA 1NK5A 4IBNA 4CCHA 2X78A 1VSIA 1VSFA 3AVLA 4CGIA 4FVMA 3RMCA 4GW6A 1NK9A 1RDCA 3OS1A 4KV8A 2EHGA 4DTOA 1LV5A 3T1AA 3HXMA 2XY8A 4NYNA 4CJ5A 4JRPA 3OJSA 3S3MA 1VRTA 4BE2A 3LPTA 3NBPA 1SL1A 5KI6A 1JL1A 2ATQA 2HNZA 1C1AA 5HP1A 1NK0A 4MFBA 4NYFA 3PX4A 1JLBA 1RT6A 1JLFA 1WSFA 4CJPA 3PO5A 4C8KA 2AJQA 3HSTB 4CF8A 4B08A 1U49A 1Q8IA 3AVCA 1RBRA 4CJLA 1UA1A 2P1JA 1GOAA 2Z1IA 1RTIA 1FXXA 3AV9A 3MEDA 3L3VA 4RG8A 3VQ4A 3SCXA 1X9SA 3RWUA 2Y1IA 5D3GA 1HRHA 3U3GA 4CJRA 3AA5X 1KCFA 1TAQA 4MQ3A 1T03A 2OYQA 4W5NA 3EZ5A 4NCAA 4O0JA 3EY1A 4LSNA 2XY7A 3NF7A 2OPRA 4DTMA 1QS4A 3QESA 1NKEA 4R5PA 1KLNA 4FW1A 3PO4A 3DYAA 4UQGA 4E1NA 1HYSA 2HVIA 4TSXA 4KTZA 3ZSWA 1R0AA 1I3AA 2HNYA 1L3SA 1W0HA 2GUIA 4CF0A 4KKOA 3SV4A 1KRPA 4FJ5A 3PUFA 3QIOA 3LDSA 3VQEA 4M45A 4HUFA 4FLTA 2XY6A 5KGXA 2G8VA 3HK2A 1TKZA 1RT7A 4IFVA 3ZSYA 3L2WA 3U3YA 1TVRA 2E6LA 2FBYA 4M3ZA 3SUNA 4E7LA 5HRNA 4DS4A 4M41A 4CK3A 3QEVA 4FZYA 1RILA 4FXDA 4B9VA 1A5WA 4DU1A 3OYDA 1J54A 2KQ2A 4CF2A 1D9DA 3VQ7A 1U47A 3TAFA 4AHCA 2G8FA 4F2SA 4AILC 1EKEA 5HRRA 4DSLA 4KTQA 1S6QA 1UOCA 4LSLA 4CJFA 4CEZA 4XIUA 3OYBA 3T3FA 1O1WA 3V9WA 2HHVA 1ZBFA 2O4GA 4LY7A 2OPPA 5HBMA 1RBUA 4FJ7A 3ZSZA 3KLFA 3KK1A 3RMAA 1B9DA 1K6YA 3OYNA 4HVJA 3SUQA 4OLAA 2QKBA 4O55A 4PWDA 2VG5A 3DOKA 1VSDA 4J2AA 2JLEA 4CESA 1EXQA 3LP2A 4FJLA 4B9UA 4W5QA 4I2PA 4E19A 1NK7A 5DMRA 3ZSXA 2DY4A 3KIOA 1JXEA 2BDPA 3HO1A 3U6FA 4DTJA 1LWEA 5FRNA 3OYKA 4CEEA 3QIPA 1XHXA 4FJGA 4K8ZA 1VSKA 1CZ9A 3ZSRA 3ZT2A 2PZSA 1S1UA 1U45A 4N56A 4DF8A 1Y97A 4B8AB 4CF9A 1TGOA 4CHQA 3S3NA 1HQUA 5CYQA 5C25A 2G8WA 3MAQA 3KD1E 2RPIA 3O4QA 4DQQA 2XRIA 3HP6A 1NOZA 4FJ9A 3WNEA 3PX6A 2IGIA 1JKHA 3V1OA 3RTVA 4J2BA 1LW0A 3O3GA 1NJWA 3C95A 4DTUA 3NH1A 3P1GA 4B9TA 2IAJA 3L8BA 3IRXA 2HHQA 2R7YA 2HHSA 3H08A 1HNIA 3HVTA 4JS5A 3AVAA 3KKRA 2I5JA 4ID5A 4CK1A 3RMBA 4IDKA 3QEWA 3MECA 3T19A 3QO9A 1L3VA 3CM5A 4C8NA 4KPYA 1TK0A 4FM0A 1HYZA 5FDLA 3M8RA 4B8CA 3PV8A 1U48A 1KFSA 4KHWA 1TL3A 2RF2A 3SZ2A 4DSEA 4FJHA 4LD0A 1BCMA 4YNQA 2IDOA 3F73A 5FROA 3E01A 3HVRA 2YKMA 3MXMA 4OGCA 3DRSA 1RCHA 1HYVA 1RT4A 4DTRA 2E6MA 4KFBA 1RTDA 1TKDA 3OYCA 4DSIA 2FBXA 4N47A 4Z4CA 2A1SA 3OYIA 4JS4A 3WNFA 1CXUA 3LALA 4O0IA 4L8RB 4YFUA 4DSJA 1A5VA 4I2QA 3VQ8A 4BE0A 4PUOA 5J2PA 3ZCMA 2HHWA 1FKOA 3G10A 2KFZA 1ZBLA 4CE9A 3ITHA 2EX3A 1IKXA 2WONA 3C6TA 4FJNA 2HHXA 3O3FA 3OYAA 3VQ6A 3SQ4A 1WN7A 3G0ZA 1S1XA 3M8QA 3KJVA 3V9SA 4DTNA 1NKCA 3SPYA 3VQ9A 4DU3A 4DTSA 1RNHA 1KVAA 5JS1A 4CEQA 1I39A 1C1CA 4M3XA 2RKIA 1L3TA 1X1PA 3ULDA 4N41A 1F21A 3QNOA 4CEBA 3AA3A 3LP1A 3KLEA 3CFPA 3DM2A 4FLXA 4FM2A 1RDAA 2KFNA 3RRGA 3VQQA 3K57A 5CY4A 3VA0A 2F8SA 2OPQA 1ZBHA 5K14A 3ZT0A 2HVHA 4FLVA 2DFEA 3QERA 3DOLA 1TAUA 2X6NA 1S1TA 3AO2A 4W5RA 1JLQA 5DK5A 4IG3A 1HQEA 4LH5A 4AHUA 4ID1A 1HMVA 2KW4A 4CJ3A 1FK9A 4F3OA 1B9FA 1ITGA 2G8HA 4HCBA 4M42A 1RDDA 3L2QA 4FJXA 4DFPA 4G1QA 1CZBA 1WSGA 5JS2A 4OKKA 3SI6A 4LH4A 1S9EA 3HP9A 2IOCA 1BCOA 2D0CA 2YHAA 3AVNA 2BE2A 4H4OA 1MU2A 1W9HA 3QEPA 4DSKA 4M3UA 1Q9XA 3O4NA 3AVIA 1IO2A 4O44A 2X6SA 4Z0UA 2G8KA 4HHTA 4BE1A 4ZTFA 1WSIA 3V81A 3O3HA 4FZXC 4Q5VA 4C8OA 4IFYA 4CFDA 4DG1A 4FJKA 4CGFA 5J2NA 1JLGA 3LANA 1T05A 4ZTJA 1QE1A 3CQ8A 3MEEA 1HNVA 4ICLA 3LWLA 4CFCA 4FLYA 3M8SA 1NJYA 4KHUA 3MXJA 3QLHA 3JSMA 3OS2A 4DQPA 2O4IA 3F9KA 3ASMA 3LP0A 2P51A 4H4MA 1NKBA 1SKWA 2PYLA 4CIEA 2D5RA 1YTAA 1A5XA 2D0BA 3RRHA 3NGIA 5I3UA 3VA3A 1KVCA 4I9LA 1RTHA 3HT3A 2HHUA 3RR7A 4GMJB 3LAMA 2ZE2A 4I7FA 4DF4A 2JGUA 1NK8A 3B6PA 4BDZA 4HTUA 3AVHA 3NH2A 4DS5A 4CFAA 3RMDA 3LPUA 4CHPA 3OJUA 4C8MA 3SQ0A 4OKJA 2B4JA 1G15A 5KRSA 2DFFA 1RBTA 4M3YA 1LWFA 4CGJA 5E41A 1REVA 3NCIA 1BIZA 2ZQBA 4CGHA 3KK2A 3CFRA 1SL2A 3AVGA 3DLBA 4DMNA 3KLHA 4OPKA 4K8XA 5FRMA 4KAZA 1D8YA 1RT2A 4CJVA 3L2VA 3HM9A 1B92A 2Z1GA 2P5OA 1N6QA 4C8LA 4M3RA 4RW7A 4KHYA 2NUBA 4E7HA 3P83D 4CIFA 1NJXA 4F4KA 4OJRA 3VN5A 3AA4A 3K5OA 3V6DA 1RBVA 1BGXT 4E1MA 3DI6A 4E3SA 3VQAA 4Q0BA 4Z4IA 1ASWA 4KO0A 3V9ZA 4KI4A 4HUEA 3ZT4A 3AO4A 3VQPA 1CXQA 5SWMA 3UIQA 4B9LA 3PY8A 3AVKA 3NDKA 2ZD1A 2X74A 1EETA 2OZSA 2ETJA 3KTQA 1N5YA 3TAEA 3TANA 3HJFA 1FKPA 4BACA 3KKSA 4AHTA 2YNFA 4FLZA 3V9UA 4DQRA 1SKSA 4KREA 1LWCA 3WNHA 2OA8A 4OVLA 3NGYA 2HHTA 1TK5A 4OGEA 4OKEA 4WE1A 3CFOA 1BI4B 3V1RA 4FJMA 4DWIA 4KHSA 4O5BA 2BGGA 2VG7A 4W5OA 3OYEA 3LZJA 4RW4A 4B9MA 2OZMA 1ZYQA 1C6VA 4Z4EA 3AVMA 2RN2A 4DLEA 1WNSA 3KD5E 3QNNA 1BHLA 3NE6A 2FBVA 1RT3A 2QKKA 3EYZA 1KLMA 1SL0A 4CJUA 4F3TA 3ZSQA 1C0UA 3I0SA 4CIGA 1GOCA 3RR8A 4RW9A 3JYTA 4M3TA 3PX0A 5J2QA 4FLWA 1QTMA 2KZZA 3DLGA 3DMJA 3ZSVA 3BDPA 4CGGA 4KRFA 1IKWA 4DFJA 3TAQA 2QK9A 1BISA 1XC9A 4CK2A 3SV3A 3TI0A 4CJTA 3K5LA 4RW8A 4CJSA 1U4BA 3LP3A 4H8KA 4AHRA 4ELVA 3OYHA 2YNIA 1T7PA 4B9SA 4AH9A 3WNGA 2VG6A 2F8TA 2Z1JA 3A2FA 1TV6A 3VQ5A 4KB0A 1VSLA 4F2RA 2WOMA 1TKXA 4FJIA 3K58A 3V9XA 4CECA 3C94A 4FK0A 1IKVA 3HPOA 4Y1CA 3SQ1A 2DFHA 4N5SA 2YKNA 4FK2A 5KGWA 3NGZA 4DQIA 2OPSA 4HUGA 1NOYA 1TK8A 3L2UA 1WSEA 1C1BA 5HRPA 4KTWA 1ASVA 3AVBA 1KTQA 1ZBUA 5J1EA 4N76A 2G8IA 4B3OA 1WAJA 4F8RA 1DLOA 3AVJA 1YTUA 1C0MA 4CERA 4ELUA 2YHBA 1RT1A 1VSMA 3D45A 1LAVA 2YNGA 5SZTA 1Q9YA 4E7KA 1X9WA 3HYFA 1BQMA 1XWLA 3HL8A 4RW6A 3TAMA 4JRQA 3QEXA 4OLBA 4CEOA 2HW3A 2E4LA 1L3UA 1UA0A 4CHNA 3K2PA 1KSPA 3ZSOA 3ZT3A 1XHZA 2LSNA 1D9FA 4J2DA 3NH0A 3TAGA 1SV5A 3NF6A 1QSLA 1IH7A 3C6UA 3L2RA 4FCYA 3IG1A 1RDBA 3IS9A 4CEAA 3TWHA 1S1VA 3DLKA 5EU7A 4DU4A 3SQ2A 4CJ4A 5I42A 1J5OA 1LW2A 4FJ8A 4DFKA 1KVBA 1RTJA 5C42A 2Z1HA 3OYGA 1UWBA 1JL2A 2XHBA 3KLIA 3QEIA 4CJWA 2YNHA 3CM6A 4DSFA 4EZ9A 1Z26A 3OYMA 1SUQA 3AVFA 3SUOA 2IC3A 2YV0X 3I8DA 3NHGA 4CHYA 4OPJA 4DQSA 4E0DA 4QOZB 4B9NA 4AHVA 4JLHA 5CZ1A 3K59A 3OYJA 1ASUA 1RBSA 4DTXA 5KTQA 2Q3SA 1EX4A 3FFIA 4DLGA 1D5AA 3S3OA 1WSJA 3L3UA 4KHNA 3AA2A 3AO1A 1S1WA 4I9QA 1L5UA 3AO3A 2FBTA 3SNNA 4FZZA 1C0TA 4BDYA 4KB1A 5HRSA 1JXBA 2D0AA 5HROA 4FYDA 4EP5A 4W5TA 3MXIA 1SKRA 1TL1A 3DRRA 4FK4A 2DTUA 1U04A 3I0RA 3OYLA 1VSEA 2B6AA 5C24A 5T7BA 3NFAA 3OS0A 2VWKA 4QCLA 1VK0A 3V4IA 3ZT1A 4FJJA 1YT3A 4DTPA 3M8PA 4PY5A 5CYMA 2HB5A 3DLHA 4CJKA 1ZBIA 3DLRA 2W42A 3DRPA 1NK6A 2VWJA 2HNDA 3KLGA 1HPZA 2QXFA 3VQBA 2KTQA 1DTTA 3TAPA 4FLUA 5J2MA 1UAXA 3AO5A 3VQCA 4CHZA 3SUPA 2P5GA 1WAFA 4QAGA 3B6OA 1S9GA 3QINA 1EP4A 3ISNC 3V1QA 4EP4A 3MEGA 1WSHA 1DTQA 3NAEA 3SJJA 2PY5A 3CG7A 4EZ6A 4KI6A 3TR8A 1JLAA 2A1RA 3OVNA 3LWMA 3QETA 3SYZA 3P5JA 2G8UA 3NF9A 1QSSA 4DFMA 2FC0A 4CGDA 4Z4FA 2B5JA 2ITGA 1TKTA 4PQUA 1BQNA 4Y1DA 3HPGA 1JLCA 3K5MA 4IKFA 1IKYA 1RT5A 1JLEA 4M3WA 4FM1A 3THVA 1CLQA 4CEFA 1IG9A 4BWJA 1VSHA 3DLEA 3LAKA 1VSJA 4CJQA 2GV9A 4E89A 3BGRA 2XO7A 1T8EA 5HLFA 4CHOA 3K5NA 4O4GA 4Z4HA 4Z4GA 1KFDA 4IG0A 4BWMA 3TARA 2XY5A 5CZ2A 1BIUA 3NF8A 4CFBA 1Z25A 3HPHA 4NCGA 4E7JA 1WLJA 4BDPA 1LAWA 1BL3A 3S9HA 4HCCA 1J9AA 1QQCA 3CYMA 4J2EA 4FW2A 1QHTA 2PYJA 3LZIA 1HJRA 1BI4A 1NJZA 2HMIA 4KHQA 3ALYA 5KRTA 3IAYA 4NCBA 4PA1A 1NK4A 4E7IA 4CEDA 2IS3A 3VQDA 1J53A 1GOBA 3KK3A 3TABA 1S6PA 1S5JA 2BANA 4GVMA 4ZHRA 1QSYA 4ELTA 4CF1A 3OYFA 2Y1JA 3D0PA 2KZMA 2GBZA 1X9MA 4AHSA 3OY9A 3SPZA 4CJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G6EN 1VRUA 3ULEB 3EE9A 2X78A 1VSIA 5EX5A 4CCHA 3OS1A 1LV5A 3CI5A 3HXMA 4NYNA 4CJ5A 2NRVA 1VRTA 3NBPA 1JL1A 1C1AA 5GIOA 4NYFA 4C8KA 2AJQA 1YJWN 2ASOA 4B08A 1D4XA 2Z1IA 1RTIA 1FXXA 1NGDA 3AV9A 3MEDA 3RWUA 1HNZK 3AAPA 4X62K 5FPMA 3EY1A 5CE3A 2OPRA 4DTMA 3QESA 3PO4A 4R5PA 1KLNA 5JMVA 3FZFA 3BP8A 1L3SA 3SV4A 4FJ5A 3PUFA 3QIOA 1V4SA 4A2AA 3CJBA 1RT7A 4IFVA 3ZSYA 4FWPA 2E6LA 2FBYA 2IVPA 1HPMA 4BG8A 4B9VA 5C12A 3OYDA 1J54A 2KQ2A 2NZTA 4NLBA 1D9DA 2QWNA 3BF1A 3VTIA 1VQON 5AR0A 1RDUA 4BR0A 2W41A 2E5LK 1QQMA 1ZBFA 4YOVA 3KLFA 3RMAA 1LOTB 4OLAA 3SUQA 1Q82O 4HVJA 4PWDA 2VG5A 3L4IA 3DOKA 4CESA 3LP2A 4FJLA 4E19A 3MCPA 3KIOA 1JXEA 3HO1A 4FJGA 5AZJB 1CZ9A 4HTLA 1S1UA 4A62A 4B8AB 1TGOA 2P9UB 4B3SK 3S3NA 2HBMA 3KD1E 1BA1A 4JI4K 4IEIA 1EWRA 4A59A 2IGIA 1JKHA 3V1OA 4BRLA 4K0KK 4J2BA 3O1WA 5EY4A 3CERA 1NGCA 2IAJA 2FF3B 3MX5A 4JAXA 3H08A 1HNIA 4JS5A 4M7YA 3KKRA 2I5JA 4CK1A 4IDKA 3QEWA 3CJCA 3CM5A 1TK0A 4FM0A 4B8CA 4FWMA 4FSVA 5M1PA 5JICA 4FVUA 3VEOA 3SJHA 4LD0A 3ENOA 3F73A 2I7NA 3HVRA 3BEXA 2YKMA 3MXMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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