2ETJA

Crystal structure of ribonuclease hii (ec 3.1.26.4) (rnase hii) (tm0915) from thermotoga maritima at 1.74 a resolution
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
221
structure length
211
Chain Sequence
MGIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) (tm0915) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.74 A resolution
rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 68
structure length 211
sequence length 221
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2etjA00
3L2VA 3LPTA 4CF0A 4HTUA 4DU1A 1YT3A 2Z1HA 3QEPA 2IGIA 3OS2A 1VRTA 2D0CA 3SNNA 4CECA 1TK5A 4M3TA 2HHSA 2XY7A 3V9XA 1N5YA 1L3TA 5JS2A 3V4IA 3TABA 3O4QA 4N76A 1WSJA 4DTJA 3WNGA 3SZ2A 1XHZA 3KK3A 4KTQA 3V1OA 3PV8A 4KTZA 4I2QA 4DS5A 2G8HA 4CJTA 1JKHA 3V9SA 5I42A 2WONA 4MFBA 3A2FA 2HW3A 4Y1DA 1BIZA 3RR7A 1S1WA 3IG1A 4W5TA 4OGEA 4H4OA 1ZBUA 1DLOA 1NKEA 1S1XA 4F8RA 3OYFA 3NAEA 2P51A 3NCIA 3SJJA 4KV8A 1B9FA 3WNFA 4I9QA 5J1EA 3AO2A 3F73A 4IDKA 4E89A 4CIFA 1SL0A 1CXQA 4E1MA 2BGGA 2YNFA 4B9VA 4L8RB 4C8NA 5HP1A 3L8BA 3OS1A 2PZSA 2E6MA 4CHQA 4UQGA 1KCFA 3KD5E 1I39A 1RT4A 2FBYA 3O3HA 4BACA 3HVTA 3H08A 4HUEA 1NK8A 4KI4A 3DLEA 1XWLA 3TAGA 1BL3A 4FM0A 3P1GA 5C42A 4C8OA 1YVUA 3NF9A 4F3OA 4AILC 2NUBA 3NBPA 2KZMA 4FK0A 4CHNA 1WN7A 2IAJA 4OLAA 2F8SA 4KTWA 2BDPA 3KTQA 4AHCA 4CF2A 3OYMA 4BE1A 4B8AB 4CEFA 1RBRA 3C95A 3OYDA 1VSFA 3SPZA 3HPHA 3SUQA 1A5WA 4HCBA 3KIOA 4W5OA 4OKEA 4B8CA 4FK4A 1NOZA 4CGFA 2Y1JA 1JXBA 3NH0A 2R7YA 5HRRA 3ZT3A 1LV5A 1BGXT 2A1SA 4W5RA 2QK9A 3M8SA 2GBZA 4KI6A 4RW9A 3ZT4A 1NK5A 1REVA 3L3UA 4QCLA 3C6UA 1WSIA 1RTHA 4ELTA 1TK8A 1VSMA 2RPIA 3OYEA 1VSJA 3AVGA 3SYZA 4FVMA 3VN5A 1BCMA 2KQ2A 4CEAA 1SUQA 2YNGA 3IS9A 4E1NA 4JRQA 1NJYA 3K5NA 2QKKA 3T19A 4CHZA 4O55A 4CJVA 3M8RA 1RTDA 1ASVA 4DTOA 4CHYA 1RT3A 3AVIA 5HLFA 3NF7A 4DTUA 4ZTFA 3ZSYA 3V9ZA 3K2PA 2FC0A 2D0AA 3ZT1A 3L2WA 4KHQA 4Z4FA 1ZBIA 2VG5A 4DTNA 1UAXA 3ZSWA 3LWLA 1T8EA 4FJJA 3AVJA 1WSFA 3LANA 2KFNA 1R0AA 4O44A 4FM2A 3OVNA 4PWDA 2ITGA 1C1AA 2FBXA 2P1JA 4FLTA 3I0RA 4CJ3A 3U6FA 4Z0UA 4F3TA 3DM2A 4CERA 4H8KA 4IFVA 1BI4A 4E7KA 1N6QA 3L2UA 4N41A 1TKXA 3KKRA 4KB1A 2KFZA 4GVMA 1HJRA 2OPRA 3K5MA 2I5JA 3TAPA 4FJLA 4KHYA 3QEVA 3CFPA 4Z4GA 4M3YA 5DK5A 3MAQA 3I8DA 3RTVA 2A1RA 4B08A 3DOLA 1LWEA 3AVBA 3HYFA 3QEIA 1UA0A 4CJ5A 4CJEA 3VQ4A 3CG7A 3QLHA 4ID5A 2OPSA 3KK1A 1T05A 1IKWA 1HQUA 3B6OA 3OYNA 3K5LA 1LWFA 4KPYA 3OJUA 3NDKA 2YV0X 4FJ5A 1JLCA 4JLHA 3ZT0A 3SV3A 3L2RA 3PX4A 2G8VA 1QE1A 2ZQBA 3ZSXA 4FZZA 1CXUA 1DTQA 3CM5A 4CFAA 2OA8A 3TWHA 1ZBHA 3U3GA 4DSIA 3O3GA 3CFRA 1D9DA 1WLJA 3ZSRA 1S1TA 3EY1A 4HCCA 1S6PA 3WNHA 4W5NA 1KLMA 3T1AA 3OYKA 1WSEA 4C8MA 4B9NA 2X74A 2F8TA 4DG1A 3AA4A 2X78A 1HNVA 4IG3A 3TAMA 3PO4A 4E7HA 1TL1A 4DTXA 3S3MA 4B3OA 3NGZA 4KKOA 1RBTA 2E4LA 5KRTA 3KKSA 1S1VA 3K59A 4CESA 4CGGA 2Z1IA 1X1PA 3ZT2A 2VWKA 4O4GA 4DQPA 3PX6A 5E41A 1HYVA 1RDCA 2P5GA 1SL2A 4HVJA 5KI6A 1Z26A 1FKPA 3ALYA 2B4JA 2Z1GA 4FLWA 3OYGA 3SQ1A 1GOAA 1NK9A 2YKMA 3IRXA 4MQ3A 2OZSA 3AO3A 3DLHA 3SV4A 3AVFA 4FLYA 4KHSA 4CGJA 3NHGA 4NCBA 1BQNA 4CJUA 1L3SA 2FBTA 1RTIA 2Q3SA 3AVCA 1KTQA 3TAQA 3RRGA 1BCOA 4DFJA 3QNNA 3DI6A 1WSHA 2HMIA 2G8UA 4M3ZA 1IH7A 3VQAA 1C0MA 5C25A 4CFCA 2B5JA 4BDPA 1JLGA 2HNZA 3LAMA 4FJGA 2HVIA 3D45A 3C6TA 3DLKA 4AHUA 2G8KA 1NK0A 2VG7A 3LP0A 1SKRA 4KHNA 2QKBA 2KTQA 2XHBA 4FJHA 1S1UA 3LAKA 3AA2A 3MXIA 3VQ8A 5D3GA 4KRFA 4CJWA 3MECA 3UIQA 5HRPA 5KGWA 3FFIA 4GW6A 4FZYA 4DSEA 2BE2A 3AO4A 1IO2A 1O1WA 4RW8A 4EP5A 3KLEA 1BISA 4E7IA 1KVCA 3QNOA 3EZ5A 1BIUA 5J2MA 2D0BA 1NKBA 4BE2A 4KHWA 1I3AA 3QIOA 4FLZA 2G8WA 1L3VA 4J2EA 3KLIA 3ASMA 2XY6A 3S3OA 4R5PA 1ITGA 4FJNA 3OY9A 3ZCMA 3U3YA 3P83D 1SV5A 4H4MA 2HB5A 4OVLA 1VSKA 4CEBA 5HBMA 3HPOA 4AH9A 1TVRA 4OPJA 3RWUA 4ZTJA 4LY7A 3PO5A 3NH1A 4FK2A 1XHXA 1ASUA 1A5VA 3NGIA 3QERA 1X9WA 4Q0BA 1VRUA 2IDOA 3QEWA 3AVMA 2GV9A 2RN2A 3HXMA 4QOZB 3QINA 1MU2A 3HT3A 2DY4A 4GMJB 4LSNA 3HVRA 3D0PA 3HP6A 4DQSA 3MEEA 2Y1IA 1RDDA 5JS1A 3G10A 5CYQA 4DQRA 1JLBA 1U47A 4F2SA 4I9LA 4CF8A 4OKJA 3DLGA 1KRPA 3LWMA 4WE1A 5J2PA 1NJZA 4I7FA 1JLQA 2QXFA 3VA3A 3DLRA 1JLEA 2ATQA 1RT1A 1RDAA 3O4NA 4FZXC 4CHOA 4PA1A 3LZIA 4FJ9A 4DFKA 2YNHA 1ASWA 1BQMA 2OPQA 5C24A 1CZ9A 3V1QA 1VSIA 1RBSA 1RT2A 2HVHA 3CM6A 3OYLA 4HUGA 4K8ZA 2ETJA 4CK1A 4DS4A 3IAYA 2DFEA 4CIEA 3RMAA 1IKXA 1CZBA 4DSLA 2VG6A 1HYSA 3OYIA 1HPZA 3QESA 3AVNA 4LSLA 4DTMA 4E7LA 1TL3A 2DFHA 5CZ2A 4CJRA 4DTRA 1TKZA 2GUIA 3P5JA 4O0JA 4AHTA 4CEDA 4DF8A 3SUPA 3AVAA 3DOKA 3KD1E 2F96A 2G8IA 1C1BA 3DLBA 4BE0A 1RCHA 2YHBA 4BWMA 3KLHA 1JLFA 4CHPA 3DMJA 4O0IA 1QTMA 2KZZA 4LD0A 4ID1A 1ZBLA 4OPKA 4Y1CA 4F4KA 3MEGA 3NFAA 1NOYA 2EHGA 2HHQA 4BWJA 4RW7A 3SQ0A 1KVBA 4J2BA 3LP2A 1NK6A 4CCHA 2G8FA 2KW4A 4XIUA 3TAFA 3QO9A 1VSLA 3OYAA 3DRSA 4DU3A 3PX0A 3O3FA 4Z4CA 5HROA 4KAZA 4JS4A 3ITHA 4OGCA 1HNIA 1RBVA 3ZSVA 3CFOA 4DMNA 1NK4A 3MXMA 4CJKA 3AVHA 3B6PA 2D5RA 4DSFA 3K57A 5EU7A 4B9LA 3LPUA 1JL1A 3VQ7A 4AHVA 3C94A 4CFDA 4DU4A 2HHWA 1S9EA 5T7BA 1Q9XA 1TKTA 4CEEA 4NYFA 3TARA 1WAFA 4CK3A 3QIPA 4M3XA 4N47A 4B9MA 4RG8A 3THVA 1TKDA 4CJSA 2BANA 4YFUA 1EETA 1KFSA 4CF9A 4FYDA 1T03A 1EXQA 1SKWA 3VQBA 1ZBFA 4DFMA 4E19A 2FBVA 3V1RA 3K5OA 1RT6A 3VQ5A 1QSYA 1RILA 2E6LA 4CGIA 4Z4EA 4J2AA 1RBUA 4KO0A 2ZE2A 4CK2A 2LSNA 4E3SA 4DFPA 1NJXA 2OYQA 4N56A 1QS4A 3HSTB 1NJWA 2OZMA 1X9SA 3AV9A 3VQQA 3OS0A 1LWCA 2HHTA 3VA0A 1NKCA 1DTTA 1HQEA 4BDZA 3SQ2A 1BI4B 3DRRA 4HHTA 2PYJA 4EZ9A 1YTUA 1VSEA 3TANA 1J53A 3AO5A 4C8KA 1D5AA 3ZSOA 1QSSA 2PY5A 3WNEA 4FJ7A 3HK2A 4CGDA 3AA3A 1JXEA 4ELVA 4FM1A 3VQ9A 3LZJA 4B9UA 4ICLA 5CY4A 4M3UA 4CIGA 4KFBA 2HHXA 1VK0A 4OLBA 4KREA 5FRNA 3JSMA 5CZ1A 2VWJA 3SPYA 1LAWA 4IFYA 2AJQA 2DTUA 5K14A 4CEZA 3NH2A 1D8YA 3BDPA 2EX3A 1L3UA 4FLXA 1X9MA 3S9HA 1KSPA 3PY8A 1B92A 4IKFA 1GOBA 1A5XA 2X6NA 1RT5A 1C6VA 1IG9A 4M3WA 4M45A 3V9UA 1UWBA 5FROA 3E01A 4JRPA 1U48A 1TAQA 4B9TA 2PYLA 4FJXA 4O5BA 3ULDA 1SKSA 4I2PA 3TR8A 1Q8IA 1WAJA 2IC3A 3G0ZA 5DMRA 1Q9YA 1J54A 2YNIA 4M42A 3VQCA 4EZ6A 3LP1A 3HM9A 4LH5A 1S5JA 3AVLA 3NF6A 5KRSA 3BGRA 4DSJA 1LW0A 4RW6A 2HHVA 1QSLA 3PUFA 4C8LA 3I0SA 2XY8A 3QETA 3CQ8A 2IS3A 3RRHA 3VQEA 3MEDA 2HHUA 1C1CA 1QQCA 3RMBA 1K6YA 4RW4A 1S6QA 3ISNC 1WSGA 1UOCA 3SCXA 4M41A 2XRIA 4NCGA 4TSXA 4IBNA 1HRHA 3M8QA 3NGYA 4AHRA 1IKYA 4B9SA 1XC9A 3LP3A 4PY5A 4FJIA 1J5OA 4BDYA 2JLEA 4FW1A 3SQ4A 3QEXA 5CYMA 4NYNA 1KLNA 4Z4IA 1EKEA 4FLUA 4CEQA 3LDSA 4ELUA 1WNSA 3VQDA 1J9AA 1LAVA 4ZHRA 1F21A 3OYCA 3OYHA 5J2NA 3K58A 3RR8A 4KB0A 4FJMA 4J2DA 2RF2A 4NCAA 4CJQA 1GOCA 4OJRA 1U49A 1FXXA 2X6SA 3T3FA 4N5SA 3AVKA 1TAUA 1IKVA 1C0UA 3L3VA 3HP9A 2W42A 3M8PA 3NF8A 1L5UA 2JGUA 4YNQA 4DLGA 5FDLA 3VQPA 3HO1A 4CJ4A 4HUFA 3CYMA 4FLVA 1S9GA 4OKKA 1UA1A 1NK7A 4PQUA 4CF1A 1ZYQA 4EP4A 1D9FA 4E0DA 5HRNA 1Z25A 1HYZA 1RT7A 2WOMA 1W0HA 3RMDA 3RMCA 3OYJA 3KJVA 2Z1JA 3DYAA 4Z4HA 4FW2A 3ZSQA 3EYZA 1CLQA 4IG0A 3L2QA 3V6DA 1SL1A 1C0TA 5J2QA 4DSKA 1B9DA 3NE6A 2B6AA 4DF4A 4F2RA 1XI1A 4Q5VA 1T7PA 3HJFA 4DQIA 4QAGA 2IOCA 1U45A 1JL2A 1HMVA 2O4GA 1RNHA 2XY5A 3HPGA 4DTSA 5SZTA 2YHAA 2ZD1A 3AO1A 2OPPA 3HL8A 3VQ6A 3OJSA 4FCYA 1KVAA 3AA5X 3KLGA 4FXDA 1EP4A 3LALA 4CEOA 3TAEA 3S3NA 4JS5A 2RKIA 1TGOA 3KLFA 1U4BA 3TI0A 1G15A 1LW2A 1U04A 4M3RA 3F9KA 4CGHA 4CJLA 3SUOA 1FK9A 1BHLA 1KFDA 1W9HA 4E7JA 3JYTA 2P5OA 2YKNA 1RDBA 1TK0A 1Y97A 4LH4A 1EX4A 4G1QA 5KTQA 3SI6A 1TV6A 5I3UA 3SUNA 4CJFA 1RTJA 3DRPA 1FKOA 3OYBA 4DWIA 4CFBA 5SWMA 4W5QA 4CE9A 3ZSZA 3KK2A 4K8XA 4FJKA 2HNDA 1JLAA 4AHSA 4DLEA 1QHTA 2XO7A 3V81A 4FJ8A 1VSHA 5FRMA 5KGXA 3MXJA 4PUOA 4KHUA 2DFFA 4CJPA 1VSDA 2O4IA 1YTAA 2HNYA 5HRSA 4DQQA 4DTPA 3V9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CR4A 4DU1A 4CF0A 4HTUA 1QQOA 3VETA 1VRTA 2D0CA 2HHSA 4M3TA 5JS2A 3TABA 1XHZA 3GDQA 3VEXA 3D2EA 2E2NA 3VEYA 4MDBA 4OGEA 4CZKA 2HHHK 1NKEA 3ZETB 3OYFA 2P51A 1S22A 5BRDA 5J1EA 4YOWA 4E89A 3K9JA 2P9SA 4L8RB 1DEJA 4BR0A 2PZSA 1KCFA 3FZKA 4YDUA 1I39A 2JWKA 3FGUA 3VPZA 4I6MB 3UE5A 1RT4A 3DWLA 5MLCQ 3BF1A 3HVTA 1Q82O 3VMFB 1VQ8N 2NRWA 3HSCA 3TAGA 4K42A 4BRHA 4FM0A 4DKWA 2HSTA 4AILC 3NBPA 4FK0A 3O9RA 4BE1A 4CI6A 2PFUA 4CZIA 4AQYK 1VSFA 4AF1A 5AQKA 3SUQA 4HCBA 3KIOA 2CH6A 5GIPA 4CGFA 4JI2K 3EE8A 3U9ZA 3NH0A 2R7YA 1LV5A 3ZT3A 3M8SA 3CCEN 4H0PA 4RW9A 3ZT4A 4JKEA 5GAHP 1WSIA 4QS9A 2RPIA 3OYEA 1VSJA 2OANA 2QM1A 1BCMA 4CEAA 3K5NA 3M8RA 1ASVA 4ZTFA 1YI2N 2O8EB 3V9ZA 2D0AA 4KHQA 2VG5A 4DCHA 4EHTA 3AVJA 1WSFA 2KFNA 1KQSM 4BRKA 3THWA 4FM2A 2ITGA 1C1AA 3J7ZO 5I9EB 1VQMN 4FLTA 4B1UB 2HF4A 3U6FA 5M1QA 4IFVA 1BI4A 2HBLA 1N6QA 4N41A 3UKUA 4JI8K 3QEVA 3AY9A 3MAQA 3I8DA 1LWEA 3HYFA 3VQ4A 1BA1A 2OPSA 1YF5L 1IKWA 4DV7K 1HQUA 1Q18A 4KPYA 3FE1A 1JLCA 4JLHA 5EXWA 3ZSXA 4FZZA 1CXUA 3CM5A 5BN9A 3R8EA 4CFAA 4DSIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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