The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosome aminoacyl-tRNA site
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| total genus |
23
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AJ3 K; 4LF7 K; 4X65 K; 4LFB K; 5IT9 O; 1HNW K; 4LF5 K; 2VQE K; 4DV0 K; 1N34 K; 2UUA K; 4LFC K; 1I94 K; 4CVN E; 4NXN K; 3J7A P; 4DV3 K; 4LF9 K; 4B3R K; 4JI0 K; 4DUZ K; 4DR1 K; 3OTO K; 1XNQ K; 3T1H K; 4DV2 K; 4JI1 K; 5LL6 Z; 4JI4 K; 4JYA K; 1J5E K; 4LF6 K; 4X62 K; 2UXD K; 2F4V K; 4LFA K; 2UU9 K; 4DV4 K; 4V19 S; 1N36 K; 4B3T K; 4YY3 K; 4X64 K; 4GKK K; 4CW7 B; 2VQF K; 1IBM K; 4JI7 K; 5A2Q O; 4JI6 K; 3T1Y K; 4DV1 K; 4DR4 K; 5BR8 K; 1IBL K; 1IBK K; 4JI5 K; 4DV6 K; 3J7Y P; 4AQY K; 4B3S K; 5LMU K; 2HHH K; 4OX9 K; 4KHP K; 4JI2 K; 1XMQ K; 1HNX K; 4DR7 K; 1HNZ K; 4DUY K; 4DR2 K; 4DR6 K; 2UXC K; 1N32 K; 3J81 O; 4NXM K; 2ZM6 K; 1XNR K; 4GKJ K; 4JV5 K; 3J80 O; 4DR3 K; 1XMO K; 5FLX O; 4LF8 K; 4B3M K; 5LMN K; 2UUB K; 1FJG K; 1N33 K; 4DR5 K; 5IWA K; 4LF4 K; 4DV7 K; 4JI3 K; 2UUC K; 4K0K K; 4JI8 K; 2UXB K; 1HR0 K; 3JAM O; 4YHH K; 2E5L K; 4DV5 K; 4X66 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q18 A; 2FC0 A; 4OPA A; 1JL2 A; 3EZW A; 1JLB A; 3UKU A; 3U4L A; 4BR7 A; 4FK2 A; 3K5M A; 1C0G A; 3CPE A; 4LFC K; 1TGO A; 4AM6 A; 3V81 A; 4LF9 K; 4CZF A; 5K14 A; 1BGX T; 1NGH A; 2VG7 A; 4DTR A; 4BC2 A; 3WNE A; 3BEX A; 4E7L A; 1D9F A; 3IDH A; 1NJX A; 3CG7 A; 4FWN A; 3SK3 A; 3T1H K; 1EO1 A; 4CJ4 A; 2O8C A; 4CJR A; 4C1N K; 3FZM A; 4NYN A; 4CEC A; 1HUX A; 1LW0 A; 1XQS C; 2OTL N; 4CFC A; 3AA2 A; 3T7Z A; 4YOU A; 4GKK K; 4CGD A; 4FJG A; 4DU1 A; 2Z1H A; 3C65 A; 5E84 A; 4KV8 A; 1EKE A; 2BDP A; 4H0V B; 3OYC A; 3VQP A; 3M6G A; 4KTZ A; 4FL9 A; 3VES A; 2HHH K; 1XHZ A; 4Z4F A; 3VEY A; 2IVP A; 1RBT A; 1VHX A; 4CJS A; 3LZI A; 1VQ8 N; 4BRC A; 4FJH A; 4LH4 A; 2VCP A; 3U9Z A; 3M5R A; 1BQM A; 4DR2 K; 4DR6 K; 4B08 A; 1YT3 A; 3J81 O; 3TI0 A; 3PO5 A; 4QS9 A; 4KHN A; 4O8U A; 1SKR A; 3K9K A; 5AZJ B; 3DXM A; 3EKU A; 1GLJ O; 1RT5 A; 2UYT A; 2ZGZ A; 5LMN K; 3OYA A; 3VGL A; 4BR2 A; 3DLR A; 1ZBH A; 1M90 O; 4PKG A; 1K8A O; 1EWQ A; 3WEE A; 3D6R A; 3CPW M; 2HNY A; 1ILY A; 4FLV A; 3TAN A; 3NF7 A; 2P9I A; 4JNE A; 1I39 A; 4IEE A; 2PBD A; 5TKY A; 4FM2 A; 1U49 A; 1FKP A; 4IWV A; 3W0L A; 3HPO A; 3R6M A; 4L3Q A; 2E2O A; 5CY4 A; 4A5B A; 1FXX A; 4FJ9 A; 5KPT A; 5AQQ A; 4CZE A; 5JLH A; 4H0Y B; 3L2V A; 3DLH A; 3P38 A; 1SV5 A; 4FCY A; 3CQY A; 1IO2 A; 3A2F A; 3T1A A; 1NGB A; 4CED A; 2VWJ A; 1Q81 O; 3V1Q A; 3LP1 A; 4ELU A; 4DS4 A; 4FLU A; 1HPZ A; 5J2Q A; 4NXN K; 1NBW A; 4PKH A; 2P9S A; 4B1X B; 4CK1 A; 5BRD A; 2ZD1 A; 1XNQ K; 3P31 A; 5AZI A; 3CC7 N; 4K25 A; 1HJR A; 2OPS A; 1WSF A; 3PSF A; 2X74 A; 4M3X A; 1MA9 B; 1C0T A; 2FSN A; 4CD1 A; 5HP1 A; 4DTN A; 1IKX A; 4G9Z A; 2HHU A; 3FGU A; 3QES A; 1XC9 A; 1NK4 A; 4WYB A; 4DV4 K; 1D9D A; 4IFV A; 4B1V A; 3ULE B; 3SCX A; 2HMI A; 2Q3S A; 5KQD A; 2O8D B; 1ZBF A; 4E7J A; 4JK7 A; 1RCH A; 2XY8 A; 5M1P A; 5BN8 A; 2XY7 A; 1GLE G; 2P9I B; 3SPY A; 4FW1 A; 3T19 A; 4WFA L; 3FE1 A; 2KLA A; 4O0J A; 3DXK B; 4CGH A; 3WQT A; 3CCQ N; 1XUP O; 3ENH A; 4JKF A; 1RT4 A; 3Q7B A; 4PUO A; 3BP8 A; 2G8H A; 4RW4 A; 3E9P A; 4NXM K; 3K9J A; 3MED A; 3S9H A; 5BRF A; 4RG8 A; 4PHT X; 2GTD A; 4JK8 A; 4MDA A; 4Z94 A; 2UUB K; 4BQZ A; 3UKR A; 1ITG A; 2YNH A; 4A59 A; 4K8X A; 3F9M A; 3H6E A; 4CJF A; 1K8K B; 1RBU A; 3ZT3 A; 4U67 L; 3MXJ A; 5AQM A; 3QFP A; 5EU7 A; 3SJH A; 5AR0 A; 3FZF A; 5C24 A; 1GLF O; 2FF3 B; 2FF6 A; 4ELT A; 4IO8 A; 5KI6 A; 4OVL A; 2KHO A; 2I7N A; 3ZX0 A; 3J7Y P; 1VSL A; 3SI6 A; 1OKJ A; 5E41 A; 3O3G A; 4DU3 A; 4DWI A; 1TYQ A; 4MLE A; 3EY1 A; 3CCJ N; 2HHV A; 4M3R A; 4CZL A; 1HNW K; 4LF5 K; 5AFU H; 1CLQ A; 2XO7 A; 2PZS A; 3O1W A; 3VQ5 A; 3J7A P; 2O8E B; 4BWJ A; 2GBZ A; 3B8A X; 3ATU A; 3Q7C A; 2QWP A; 5F1X A; 2P9N A; 3LDP A; 3QEW A; 2OZM A; 1A5W A; 1BL3 A; 4YOY A; 4E1N A; 2VG6 A; 3OA9 A; 2OYQ A; 4V19 S; 5J2M A; 4CJU A; 4AF1 A; 5C0Y A; 4HVJ A; 1IBM K; 2Q2R A; 1HYS A; 4HTL A; 4BG9 A; 5FPD A; 4MQ3 A; 5C10 A; 1ZBS A; 2YNF A; 1WB9 A; 2B5J A; 4ILH A; 5EX5 A; 1Q7Y O; 4Y1C A; 4H5V A; 2VG5 A; 2G8U A; 3AVL A; 1RTD A; 4FJL A; 3AO5 A; 4BE2 A; 2W6K A; 4N76 A; 3K5O A; 3DRS A; 4MFB A; 3NH0 A; 1JCE A; 1JLF A; 3CFO A; 3VTH A; 4CEQ A; 3AGK A; 4A2B A; 1HNV A; 2Z1G A; 3OS2 A; 2D0B A; 4ELV A; 3MCA B; 5HRO A; 3FZK A; 1C0M A; 3U9D A; 2D1K A; 1XNR K; 2G8I A; 3R9P A; 1H1V A; 4CZG A; 4JV5 K; 1KC8 O; 3QEX A; 3G0Z A; 1Z6R A; 2P9N B; 2BGG A; 4CHZ A; 1NG9 A; 4LF8 K; 3AO2 A; 5AQO A; 1N33 K; 2A6A A; 3ZT2 A; 3L8B A; 5D3G A; 1NK5 A; 1NKC A; 2HVI A; 3VF6 A; 1W0H A; 4N56 A; 4DTP A; 1OVQ A; 4I6M A; 4B1Y B; 4BRK A; 4KPY A; 3H3O B; 5JVH L; 3TAP A; 3BF1 A; 4BE1 A; 1EET A; 4O5F A; 4BG8 A; 4CHP A; 1LWC A; 2PYL A; 1S1U A; 3E1Y A; 3MX2 A; 4CD3 A; 1HYZ A; 2QWN A; 5BRE A; 4OGC A; 3S3N A; 3JAM O; 3HPH A; 1KTQ A; 4W5O A; 4I2Q A; 4LF7 K; 3ZX3 A; 4R79 A; 4OPJ A; 2VQE K; 4DLE A; 3KK1 A; 2NZT A; 4FSV A; 3OYK A; 3SQ4 A; 1GOC A; 3KIO A; 5CZ2 A; 2E2N A; 3JYT A; 2E6M A; 1T8E A; 1WBB A; 4FWP A; 4FO0 A; 4IO9 L; 1JL1 A; 4YOW A; 3VGK A; 4F2S A; 1J5O A; 3P39 A; 4CJQ A; 3LDS A; 4A5A A; 3LM2 A; 3D2E A; 4ZTF A; 3G4S N; 4YNQ A; 3QBW A; 3TAM A; 2QWQ A; 4BR4 A; 5AQT A; 3D45 A; 3G25 A; 4I6M B; 5LJW A; 1WSJ A; 3LZJ A; 4DU4 A; 3VEN A; 3AAR A; 5KRT A; 1TK5 A; 2GEL A; 4M3T A; 1BOT O; 4M3U A; 1RT7 A; 3WUH A; 3WXM B; 3CMA N; 3DOL A; 1YHQ N; 1BI4 A; 2ETJ A; 4C8K A; 3NAE A; 5CR4 A; 3JXU A; 2JGU A; 5KGX A; 1BCO A; 3CJB A; 1BWF O; 1O13 A; 5SZT A; 3F5T A; 3NHG A; 2ZM6 K; 4AH9 A; 4B9M A; 2HBL A; 4CCH A; 2JWL A; 4GKJ K; 4BVP A; 4ISE A; 5E26 A; 4BRD A; 3OYJ A; 2EWS A; 3ZSV A; 1XMO K; 5DK5 A; 4F3O A; 1FJG K; 3EO3 A; 3QER A; 1IG8 A; 1NMD A; 3AVA A; 3TAQ A; 3NGZ A; 2NRZ A; 4DFJ A; 3BY5 A; 3O08 A; 2HHX A; 1N8R O; 4E19 A; 3CI5 A; 4RCH A; 4CF8 A; 2HBK A; 4K0K K; 3H08 A; 4B8A B; 3VF4 A; 3H1Q A; 2D0A A; 1GLB G; 4RWT A; 5TKW A; 1GOA A; 5HRN A; 3VQD A; 3KK7 A; 2ATQ A; 2FBX A; 4DS5 A; 3FFI A; 1ZC6 A; 1SKS A; 2HVH A; 3M3Z A; 1I94 K; 1BIZ A; 4CEA A; 4AHR A; 1VQ9 N; 3LAM A; 3L2U A; 3KLI A; 1TKD A; 4CK3 A; 3AO3 A; 3M1F A; 3EE8 A; 3MN7 A; 4KTW A; 1KD1 O; 1RTI A; 3O9S A; 4JI4 K; 4CZH A; 3CCU N; 5C2F A; 4A57 A; 2YHX A; 2IOC A; 3CER A; 1I3A A; 3VQE A; 4CFB A; 1RNH A; 1B9F A; 4CIE A; 3HZ6 A; 1O1W A; 3RMC A; 3BF3 A; 3QNO A; 5M1O A; 4B9V A; 1TUU A; 3K2P A; 3O9R A; 2YKN A; 5LY3 A; 1IKW A; 3AA4 A; 3O4Q A; 3TAG A; 2AJQ A; 4BR0 A; 2ZWH A; 1BIS A; 4BRI A; 1IBK K; 1WSE A; 1JLA A; 1S1V A; 1TK0 A; 3CCR N; 3HI0 A; 4JD2 B; 3C6H A; 3QLH A; 4XH5 A; 3I56 N; 4B9Q A; 2IVO A; 4RW9 A; 1OH6 A; 1HKG A; 1A5V A; 3S3M A; 1WSG A; 4BAC A; 4J8F A; 2XY5 A; 5C12 A; 1CZ9 A; 3M8R A; 1UA0 A; 2YJF A; 4UQG A; 2ASM A; 4E7I A; 3CCM N; 4CJK A; 2R7Y A; 1C1B A; 5F0X A; 4IOX A; 4OLB A; 2B4J A; 4DR5 K; 2OA8 A; 4AHS A; 5M1N A; 2HHW A; 1BIU A; 4MLH A; 4EIA A; 1QSS A; 2QK9 A; 3J8A A; 4FK0 A; 2D0O A; 3QFU A; 4CZM A; 1U47 A; 3QIP A; 3VQ4 A; 3QEV A; 4N41 A; 1YVN A; 4FJJ A; 3CFP A; 1HR0 K; 2H3G X; 2ZQB A; 5AQR A; 3VEV A; 4CGG A; 3TR8 A; 2OPR A; 1HKB A; 2IVN A; 4CE9 A; 4O4G A; 1G99 A; 1LCU A; 3QB0 A; 4Q0B A; 1YVU A; 3MEE A; 4FM0 A; 1X9M A; 1BUP A; 2BE2 A; 4GV9 A; 4IZ9 A; 5LJV A; 3PUF A; 4FWK A; 1RIL A; 3ALY A; 1EP4 A; 3OYH A; 3D0P A; 4KKO A; 3RMB A; 4KH4 A; 3LDL A; 4FWO A; 4FJX A; 1U48 A; 3VOV A; 3UB5 A; 2VYP A; 1WSH A; 4DCH A; 3QET A; 2PAV A; 4DTJ A; 1VQ6 N; 1VQM N; 4CJ7 A; 4BQL A; 3T1Y K; 2Q97 A; 4DV1 K; 4FWL A; 1G15 A; 5AZJ A; 4DSL A; 3RSE B; 4H5W A; 3AVJ A; 3HM8 A; 1TKZ A; 4BGB A; 4ICL A; 5GAH P; 1QVG M; 2F7T A; 3CYM A; 3GE1 A; 1SL1 A; 1KCF A; 1U45 A; 1HNX K; 3DWL A; 4GMJ B; 3TSQ A; 5JMV A; 1X9S A; 4IEI A; 2EX3 A; 3SAG A; 3IUC A; 1LV5 A; 3IG1 A; 4IFY A; 4KTQ A; 3CCE N; 3RMD A; 4NCA A; 4BRF A; 4BC5 A; 1NNE A; 3I8B A; 1SL2 A; 4G1Q A; 5FPE A; 2P9U B; 3VQA A; 1D8Y A; 2AA4 A; 2HHT A; 3VQQ A; 4CK2 A; 4CFA A; 2FLO A; 3U8X A; 4C8M A; 1RDC A; 4JS4 A; 4H0P A; 2A5X A; 4C23 A; 2YHB A; 4EZ9 A; 4KHY A; 4DTM A; 3R3L A; 3KD5 E; 3AGR A; 4KHQ A; 5FRO A; 3OBY A; 2PYJ A; 3DLL L; 4NLB A; 1NGG A; 5JS1 A; 3ULE A; 1OH7 A; 2O8D A; 3I33 A; 2O4I A; 3CIP A; 4CVN E; 4W5N A; 2HND A; 4UY8 O; 1JCF A; 2RN2 A; 4LC9 B; 4N47 A; 4CJL A; 1NOY A; 1W9H A; 2LSN A; 3AO1 A; 4RW8 A; 1EXQ A; 5CZ1 A; 3OTO K; 2F8S A; 3CET A; 3KKR A; 4DG1 A; 4CHN A; 4DQS A; 4WCE L; 3R1X A; 1QSY A; 1YI2 N; 3OJU A; 4HCC A; 4K8Z A; 3DXK A; 2UXD K; 2IGI A; 3A5N C; 3IMX A; 2G8K A; 1IKY A; 1YJW N; 3V9S A; 1TVR A; 2WFB A; 3ISN C; 3OYM A; 3F2K A; 4I9Q A; 4B9U A; 2W40 A; 3AVM A; 2KZM A; 2PFU A; 1ATR A; 3L6Q A; 4BRO A; 5CHI A; 3CC4 N; 5KRS A; 1VSE A; 3NE6 A; 4DR4 K; 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4KRE A; 5CE3 A; 4CGF A; 1VSD A; 4M7X A; 3T69 A; 3KWI A; 4DQP A; 1VSM A; 2NRV A; 4IXC A; 1JXB A; 4JI7 K; 2GEM A; 1XWL A; 3FFK B; 3WNH A; 1RFQ A; 3RRH A; 4JI5 K; 3B6P A; 4MO5 A; 1Z25 A; 3MX5 A; 3KK3 A; 1U2V B; 1HKC A; 1VQN N; 1NK9 A; 1JLG A; 2QKK A; 4FLX A; 4BRN A; 4NCG A; 2P9K B; 4WQ5 A; 2OCE A; 1HMV A; 4FZZ A; 2XRI A; 2YNI A; 4C8L A; 3E01 A; 3J80 O; 4RTF D; 1SQK A; 4GNI A; 2OZS A; 3P1G A; 3TSP A; 3O3F A; 3T3F A; 5GAE P; 4BRL A; 4E1M A; 4BRH A; 5B8H A; 2QXL A; 4M41 A; 3AVB A; 3ZT0 A; 2UUC K; 1UWB A; 4BRE A; 4CJW A; 2BUP A; 5F2R A; 5ADX A; 4AIL C; 4QAG A; 3CJ9 A; 3PV8 A; 1J54 A; 5BRH A; 4B1U B; 2UXB K; 3O9U A; 2FSJ A; 4BC3 A; 1LWF A; 1ZBL A; 1YF5 L; 1LOT B; 3VQC A; 2E2Q A; 3HYF A; 1J6Z A; 2VWB A; 3VMF B; 3NVM A; 2E8A A; 1J9A A; 3ZET B; 4KHS A; 1HNI A; 4JKA A; 4E3S A; 2IC3 A; 1BG3 A; 5LL6 Z; 4PQU A; 3FZH A; 1TK8 A; 4FZX C; 3SUO A; 4CBW A; 1SZ2 A; 3NF6 A; 4DTO A; 1BA0 A; 1FW6 A; 2UU9 K; 4NO7 A; 4KHU A; 4CIG A; 2V52 B; 2CGJ A; 4IDK A; 4YY3 K; 3ZX2 A; 4BRG A; 1YUW A; 1LWE A; 3V9Z A; 3LP2 A; 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