The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interactions of designer antibiotics and the bacterial ribosome aminoacyl-tRNA site
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| total genus |
23
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1H K; 1XNQ K; 3T1Y K; 4JI1 K; 2UXB K; 4LF6 K; 5LMN K; 4X66 K; 4GKK K; 5LMU K; 2VQF K; 1XMQ K; 4JI7 K; 1J5E K; 4DUY K; 2UXC K; 5FLX O; 4JI0 K; 4YY3 K; 5BR8 K; 5IWA K; 4DR1 K; 4JI5 K; 4LF5 K; 4DR2 K; 4JYA K; 1HNX K; 4DR3 K; 4DV0 K; 4DV4 K; 2ZM6 K; 4X65 K; 4LF7 K; 4OX9 K; 4B3T K; 1N32 K; 1XNR K; 4DR7 K; 1IBM K; 4DV2 K; 3J7Y P; 2UU9 K; 1N33 K; 4DV7 K; 5LL6 Z; 3JAM O; 4JI4 K; 4DV6 K; 4B3M K; 4DR5 K; 4LFC K; 4B3S K; 4JI6 K; 5AJ3 K; 4JV5 K; 4X62 K; 2UXD K; 1HNZ K; 4CW7 B; 4NXN K; 5IT9 O; 1I94 K; 4DV3 K; 4B3R K; 4DV5 K; 3J80 O; 4X64 K; 1HR0 K; 1HNW K; 4GKJ K; 4CVN E; 4KHP K; 2E5L K; 4LFB K; 1FJG K; 2UUC K; 3J81 O; 2UUB K; 2VQE K; 4V19 S; 4AQY K; 1XMO K; 5A2Q O; 1N34 K; 2HHH K; 4NXM K; 4DV1 K; 4K0K K; 4JI3 K; 4LF4 K; 3OTO K; 4LF9 K; 1N36 K; 4DR6 K; 2F4V K; 1IBK K; 4DUZ K; 4DR4 K; 4JI2 K; 1IBL K; 4JI8 K; 2UUA K; 4YHH K; 4LF8 K; 4LFA K; 3J7A P; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QML A; 1DTT A; 1YTA A; 1Q18 A; 2A41 A; 3HK2 A; 1ATN A; 3MEG A; 3SV3 A; 3N4P A; 4K25 A; 4BRE A; 1EWQ A; 1Y64 A; 3M1F A; 3F9K A; 2IIR A; 1X9J A; 1TAU A; 2O8E A; 1G99 A; 2Z1I A; 1QQO A; 3IG1 A; 1VSE A; 1OKJ A; 1RDB A; 1NJI O; 1SQK A; 3DXK B; 5KI6 A; 2OPR A; 3VN5 A; 4A2A A; 1BIZ A; 1W2B M; 3CQ8 A; 4RWT A; 4M41 A; 4YOT A; 3VQ7 A; 4J2D A; 3HVR A; 2ZM6 K; 4M42 A; 3O4Q A; 2XY8 A; 4F9O A; 5LJW A; 3S3O A; 3O3F A; 2A42 A; 1RDW X; 4OVL A; 1IBM K; 4FJJ A; 5MLC Q; 3JYT A; 3FZF A; 4RW7 A; 4DV2 K; 4JK9 A; 3H6E A; 3ENO A; 1GLD G; 1RT6 A; 3L4Q A; 2QWP A; 3LAM A; 4GVE A; 2JWL A; 2IAJ A; 2YHA A; 1UOC A; 3SAG A; 4IO8 A; 2NLX A; 1NGD A; 3RTV A; 4XH5 A; 1LW0 A; 4JI6 K; 3G71 N; 3WNF A; 3LAL A; 2VWB A; 1RNH A; 3A5M C; 5AQO A; 1XUP O; 5BRE A; 3D2E B; 1ITG A; 4E7L A; 2VYP A; 4KAZ A; 3K57 A; 3AVI A; 1D9F A; 1VQM N; 1HRH A; 4X64 K; 4FM2 A; 3ZT3 A; 4CJ3 A; 2QK9 A; 3THW A; 3H08 A; 3KK1 A; 4DFK A; 1HLU A; 1WBB A; 1SZ2 A; 3OYE A; 3O9S A; 3VQ8 A; 3MED A; 4BG8 A; 1VQP N; 1L3V A; 1BIS A; 3VQP A; 4JK8 A; 1DGK N; 2WC9 A; 4I7F A; 3B8A X; 4DSL A; 1IH7 A; 4N41 A; 3HPH A; 4BRQ A; 4NCA A; 3OY9 A; 3V9Z A; 1RTH A; 1N8R O; 4CJT A; 3E9O A; 4CER A; 1LAV A; 4DG1 A; 1Q81 O; 3CC7 N; 4KKO A; 1CLQ A; 4H0V B; 3ZSQ A; 3BEX A; 1QQC A; 1NK8 A; 3AO5 A; 3SCX A; 2KQ2 A; 4DSJ A; 4CHP A; 5CYM A; 5C12 A; 1D8Y A; 1KLM A; 3K9K A; 4YOW A; 2CH6 A; 1T3V A; 2B5J A; 3A0I X; 3KLF A; 1ILY A; 1RBR A; 3SV4 A; 1FW6 A; 3VPZ A; 3WUH A; 1W7A A; 3VQC A; 2FBT A; 3CHW A; 4LH4 A; 3PX4 A; 1RT5 A; 2YHX A; 1VSL A; 3VEW A; 4B1Y B; 3VES A; 5EOY A; 4FLZ A; 4JKC A; 4KTQ A; 3DAW A; 3CJ9 A; 4NCG A; 3A5L C; 1HKB A; 1JCG A; 3MK6 A; 2AA4 A; 4M3Y A; 3CER A; 3SZ2 A; 4BQZ A; 1ATR A; 3QFP A; 2KLA A; 2HHW A; 4CJ4 A; 3OYK A; 4CJQ A; 2IVN A; 1WSJ A; 4BVO A; 4M3Z A; 4JKG A; 4H0P A; 1X9W A; 4FJI A; 3NVK A; 2QW9 A; 3MCA B; 4JKB A; 1QTM A; 5AFU H; 3G0Z A; 4PL7 A; 5EXW A; 2HVI A; 4CJS A; 3KK7 A; 4HHT A; 3ZEU B; 3NH1 A; 2P1J A; 1A5X A; 3M3Z A; 4CES A; 3PX0 A; 2XRI A; 3PIO L; 4FWQ A; 5GAH P; 3Q7C A; 4C1N I; 1YJN N; 3O1B A; 4FLW A; 4FJM A; 1JL2 A; 2YHW A; 2FBX A; 3EY1 A; 3U3G A; 5KTQ A; 3O4W A; 3AGR A; 3QBX A; 5AQX A; 3FZK A; 4NB4 A; 4CJL A; 1REV A; 4KFB A; 1M1K O; 3UE5 A; 5KPZ A; 3EE9 A; 3QB0 A; 3KJV A; 3F5T A; 1RBV A; 3LDN A; 3T3F A; 1BQM A; 3AY9 A; 5ELZ A; 4DS4 A; 3QEW A; 1SL0 A; 1HKG A; 1XNQ K; 1R0A A; 4XH4 A; 2E88 A; 2NZT A; 4DU1 A; 2A1S A; 2QTD A; 3TTF A; 1GLL O; 4LD0 A; 4BC3 A; 2QWO A; 5LMU K; 4NYF A; 3T69 A; 4DSE A; 5KQ8 A; 4TSX A; 3OVN A; 4J2E A; 3OYJ A; 1S1X A; 2PAV A; 2PZS A; 1VQ4 N; 5AQR A; 1YXQ A; 4CGJ A; 1N6Q A; 1VQ6 N; 4L3Q A; 1NOZ A; 4CFC A; 1NLV A; 4HCC A; 3SBG A; 3T7Z A; 4F2R A; 3A8Y A; 2QXF A; 3CCR N; 1NGF A; 2R7Y A; 3PUF A; 2QWN A; 4WFB L; 3CJ7 A; 4E1N A; 2P9S A; 3LP1 A; 3TR8 A; 5KGW A; 4AHT A; 3HM9 A; 3O9T A; 3AVK A; 4H03 B; 5HOO A; 3H45 C; 1NJY A; 4OPK A; 2HND A; 1KCF A; 5E26 A; 4N47 A; 3EL2 A; 3TU5 A; 1JLF A; 3VOV A; 4B9N A; 5CYQ A; 3HP9 A; 3OYM A; 2DFH A; 1JLE A; 3DOL A; 3WQT A; 2V7Y A; 4E89 A; 4MDA A; 3S41 A; 3IFR A; 4H4M A; 4LFC K; 1E4G T; 4E0D A; 3DI6 A; 1VSM A; 4CJP A; 5AQF A; 5AQP A; 4K8Z A; 2WUS A; 4FJG A; 2FC0 A; 1NJX A; 5GIO A; 4FO0 A; 1NMN A; 4ZHR A; 3CCS N; 5IT9 O; 1RT3 A; 2KFZ A; 4MLH A; 2Q36 A; 3AVF A; 3UIQ A; 4AM7 A; 2W42 A; 3VER A; 3J8A A; 3VEN A; 4LFB K; 3TSQ A; 2D0A A; 3V4I A; 4GNI A; 3LM9 A; 5A2Q O; 4FZZ A; 3MDQ A; 4ILH A; 1NOY A; 2E4L A; 3SAH A; 1NK4 A; 2PY5 A; 3O1W A; 4B1X B; 2FBY A; 2BTF A; 4C23 A; 1YTU A; 4JI8 K; 3AA2 A; 4CJR A; 1J6Z A; 4H5N A; 4KB0 A; 3V9U A; 3PV8 A; 2FF3 B; 3C6A A; 5M1Q A; 4YDU C; 2VCP A; 4NLC A; 4I2Q A; 2P9K A; 5FRM A; 2DFF A; 4J2B A; 5J2Q A; 3VQB A; 5DM7 L; 4X66 K; 1RIL A; 3AVL A; 4CF9 A; 3MWT A; 2Y1J A; 5J1E A; 3CC2 N; 3OYB A; 4FYD A; 3VEV A; 4C8N A; 3AA3 A; 1N5Y A; 5AZI A; 4OGE A; 4LC9 B; 2NUB A; 3IS9 A; 4W5O A; 4BR0 A; 2D1K A; 1S1V A; 1BDG A; 3R1X A; 3P31 A; 3VF2 A; 4AIL C; 4JD2 B; 5AFU A; 3U6F A; 2RKI A; 2HBM A; 1YUW A; 3FZL A; 3O9U A; 2OTJ N; 1JLG A; 5JMV A; 4FCY A; 2VG5 A; 4B3T K; 4WYB A; 2WFB A; 3J7Z O; 4KRF A; 2ZE2 A; 3SUP A; 3U9Z A; 3SJJ A; 1E3M A; 1N33 K; 3DLL L; 3ULE A; 3RR8 A; 1U2V A; 2D5R A; 3EE8 A; 3GL1 A; 1BIU A; 4JLH A; 1TL1 A; 5C10 A; 1TK8 A; 3ZSO A; 4X62 K; 1OH6 A; 3KKS A; 4FLX A; 1BI4 A; 3CXC M; 4DTN A; 1BA1 A; 4Y1C A; 4K42 A; 3RSE A; 4DTP A; 4F4K A; 2RPI A; 4CZL A; 2NNW A; 2DY4 A; 3ID8 A; 1W97 L; 4O44 A; 3U8X A; 2P9P B; 3DLB A; 1DLO A; 1HNW K; 3PSF A; 4DB3 A; 1VQ5 N; 3K2P A; 3CQY A; 3THV A; 2UUC K; 2UUB K; 4AM6 A; 4EHT A; 2IDO A; 1YIT N; 4DTO A; 4NXM K; 3AVB A; 5J2N A; 2XHB A; 4WFN L; 4Q0B A; 4R5P A; 1VRT A; 1V4T A; 4AHV A; 4N76 A; 4DUZ K; 3K0S A; 2RF2 A; 3H46 O; 4JAX A; 4MFB A; 3DJC A; 4LF8 K; 3FZH A; 4JRQ A; 1L5U A; 3PX6 A; 3LDL A; 4JS5 A; 3KLE A; 3CCV N; 4LF6 K; 4BRI A; 4ZTF A; 3SUQ A; 4BRG A; 4WE1 A; 3ZYY X; 1BU6 O; 4JKG B; 2KZZ A; 4ELT A; 4LH5 A; 2PBD A; 4JEP A; 1I39 A; 4KHY A; 2CH5 A; 3LWM A; 1MU2 A; 4FJ7 A; 2ZQB A; 4KPY A; 1DKG D; 2HBL A; 3L8B A; 4RG8 A; 5BRD A; 1HMV A; 5AQJ A; 4IFE A; 3WXK A; 1CXQ A; 4DV4 K; 1YJW N; 5HRR A; 3BF3 A; 1WN7 A; 5BN8 A; 1U45 A; 4DTU A; 3PO4 A; 4OJR A; 4WCE L; 3EKS A; 2JLE A; 4XH1 A; 3J7Y P; 4DSF A; 2YX6 A; 1NK9 A; 2E2Q A; 4CJW A; 1WNS A; 1TAQ A; 4CEA A; 2D0O A; 3AGK A; 4WQ4 A; 3CM6 A; 3ZT4 A; 3SNN A; 4XEI A; 4OLB A; 4DFJ A; 4DR5 K; 1J54 A; 3EZ5 A; 4FJX A; 3KZB A; 1HJO A; 1G15 A; 1QE1 A; 4CIG A; 2O8B A; 3C6U A; 5M1N A; 5I3U A; 5KQD A; 4KTW A; 1LWC A; 4AHS A; 2OAN A; 3UKU A; 3OS0 A; 3L2W A; 4QOZ B; 2J4R A; 3I33 A; 1SL2 A; 1GLA G; 3NF6 A; 3VGK A; 3OYH A; 3TAQ A; 3QIO A; 4AQY K; 5CZ2 A; 3FLC O; 3MX5 A; 3U3Y A; 3K5N A; 3RRG A; 2GWJ A; 5GAD P; 2P9S B; 3D0P A; 5C2F A; 3ZSX A; 4NO7 A; 1YIJ N; 5B8H A; 3IKM A; 5EU7 A; 1K8A O; 2WOM A; 3VQD A; 1D5A A; 2UUA K; 1HX1 A; 2V51 B; 3FE1 A; 3ALY A; 4BE1 A; 3MXM A; 3DLK A; 1BOT O; 3O8M A; 2I5J A; 4FL9 A; 2XY6 A; 2HVH A; 1NG9 A; 1U6Z A; 1WAJ A; 4GVM A; 1YVU A; 5AQT A; 1OH8 A; 3HPG A; 4FLT A; 4FJL A; 1VHX A; 4J8F A; 4GKK K; 5CHI A; 2X6S A; 4FK4 A; 2P5G A; 1JXE A; 4CF0 A; 1J5E K; 2G8W A; 3M8P A; 3TPQ A; 3K59 A; 4KV8 A; 5JVG L; 3ATU A; 4PKI A; 3VQQ A; 4GV3 A; 4BRM A; 4M63 C; 4G9Z A; 3LPT A; 4LY7 A; 5C0Y A; 3K5M A; 3DRP A; 2OYQ A; 2VGM A; 3CI5 A; 4K41 A; 1Q9Y A; 3KK3 A; 3C95 A; 1S1W A; 1T7P A; 1KXP A; 4FLY A; 2PYJ A; 2X6N A; 1XNR K; 3NF9 A; 4B8C A; 3UKR A; 3CG7 A; 2GUI A; 2YV0 X; 4OPJ A; 1Q8I A; 4DTM A; 3SK3 A; 5KGX A; 1OVQ A; 3HOS A; 3V9S A; 4H5V A; 1QVF M; 1VSD A; 3FGU A; 3OYC A; 4B3M K; 3LDS A; 1IKY A; 3PO5 A; 4FPA A; 4BQL A; 3C0B A; 3H1Q A; 4CZF A; 5HRN A; 4FJ5 A; 3V81 A; 1YAG A; 3CIP A; 1YF5 L; 4NXN K; 5AQY A; 5C24 A; 4H4O A; 4DV3 K; 1KVA A; 4WF9 L; 2HNZ A; 1WSI A; 1IKV A; 2DFE A; 1TUU A; 3G10 A; 5AZI B; 5AQG A; 3PLA A; 1Q7Y O; 4DMN A; 4BR2 A; 3WXI A; 3CCE N; 2AJQ A; 3ENB A; 1XI1 A; 1VSK A; 4DQR A; 1OH7 A; 3I8B A; 3P4I A; 2QWM A; 3IRX A; 4CIE A; 3NGI A; 3NH2 A; 2ASO A; 3KHY A; 4HUF A; 3H1V X; 3AAQ A; 3NH0 A; 1S3X A; 1BCO A; 2IVO A; 4OLA A; 4PY5 A; 2O8F A; 2RE2 A; 3SAF A; 4B9V A; 2FSJ A; 4M3R A; 3D7E O; 5LY3 A; 4IKF A; 4FWM A; 1U2V B; 3S3M A; 4AF1 A; 1T6C A; 4CJV A; 2P9N A; 4HVJ A; 4OO1 J; 1NGC A; 1QS4 A; 3L3U A; 4QAG A; 3CET A; 3OYD A; 5F1X A; 4FK0 A; 3CJ1 A; 1WLJ A; 4DQQ A; 4O4G A; 4CK2 A; 2BUP A; 2RHK A; 4FJN A; 1Z25 A; 3CFP A; 4BWM A; 2Z1J A; 1C0T A; 4E7J A; 1U4B A; 4PKH A; 1T03 A; 4FPB A; 1A5W A; 1JCF A; 3PY8 A; 3LAK A; 1KFS A; 2FSN A; 4N56 A; 4Z0U A; 4FOE A; 2P9U A; 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1N32 K; 2EWS A; 3AVM A; 3EZW A; 4RW6 A; 3QEI A; 2OPP A; 4DLE A; 1NM1 A; 4A5A A; 4DV7 K; 4DQS A; 2E1Z A; 4MLE A; 1C1B A; 4BG9 A; 1BWF O; 3GBT A; 3ZT0 A; 3IUC A; 1LWF A; 4FWL A; 5CR4 A; 4BRA A; 3PSI A; 2EHG A; 2P9L A; 1ZBH A; 1NKE A; 3MXJ A; 1RDA A; 3PIP L; 3BZC A; 3OYI A; 5C42 A; 3EEQ A; 3QEP A; 2IGI A; 4BC4 A; 4JHD A; 5BRF A; 4DV5 K; 3MMV A; 2G8F A; 1UWB A; 3J80 O; 3TAF A; 3SI6 A; 1HR0 K; 4KTZ A; 4KHP K; 3DXM A; 2F9T A; 4CCH A; 2WON A; 3NFA A; 1HJR A; 1XC3 A; 3AAP A; 3RMC A; 3K5O A; 4M45 A; 4C1N K; 4KB1 A; 2A1R A; 2D0P A; 3KKR A; 1N36 K; 1S22 A; 4JI2 K; 1WSF A; 3DLR A; 1LWE A; 1NGE A; 1YVN A; 3VEX A; 1TKX A; 3BZK A; 4LFA K; 3UKR B; 3KVG A; 5E84 A; 1SL1 A; 4B9S A; 2O8E B; 3AO1 A; 1IG9 A; 5AZJ A; 5EX5 A; 3VGL A; 3OYA A; 3DYA A; 1C0G A; 2HF3 A; 1U47 A; 3VTI A; 5FDL A; 3MAQ A; 2HHQ A; 1CZA N; 1SUQ A; 4FLU A; 4DTR A; 4B1W B; 2E6L A; 4JI7 K; 3G4S N; 3HXM A; 3SQ1 A; 3MN6 A; 4BC2 A; 4E7K A; 4KBO A; 3TAR A; 4O0I A; 2VG7 A; 3V1O A; 3HYF A; 1WSH A; 1L3T A; 3O4N A; 5I9E B; 4BVP A; 2OZS A; 2KZM A; 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