2F96A

2.1 a crystal structure of pseudomonas aeruginosa rnase t (ribonuclease t)
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
202
structure length
202
Chain Sequence
RHPMARRFRGYLPVVVDVETGGFNSATDALLEIAATTVGMDEKGFLFPEHTYFFRIEPFEGANIEPAALEFTGIKLDHPLRMAVQEEAALTEIFRGIRKALKANGCKRAILVGHNSSFDLGFLNAAVARTGIKRNPFHPFSSFDTATLAGLAYGQTVLAKACQAAGMEFDNREAHSARYDTEKTAELFCGIVNRWKEMGGWM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Structural genomics, hydrolase
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 61
structure length 202
sequence length 202
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2f96A00
3NFAA 3ZSXA 5J2MA 3CYMA 4M45A 4CJFA 3LPUA 4BE0A 5J2NA 1CXUA 4FJGA 4DFPA 3DRSA 3K5OA 3LWMA 1RCHA 3ITHA 3HVRA 1IKYA 2ATQA 4K8ZA 3VQ7A 3OYGA 1RILA 1ASWA 1WSHA 4JLHA 1BGXT 1KCFA 2OYQA 4W5OA 4CFDA 1U47A 4M3WA 3AVIA 2QXFA 4ID1A 4PA1A 3SV3A 2ITGA 3OYCA 1L3TA 1D9DA 3AV9A 4KI4A 4PWDA 4W5NA 2XRIA 4MFBA 3TAMA 5KGXA 3AVGA 3NE6A 1DTTA 2EX3A 3OYDA 4H4MA 3L2VA 4E89A 3U6FA 4CGFA 4CGDA 1Z25A 4FW2A 5KI6A 3EYZA 4OVLA 4QAGA 5FRMA 1TV6A 3KIOA 2HHXA 3IS9A 4FK2A 3I8DA 5C25A 4BWMA 4ZTJA 4J2AA 1ZYQA 4GMJB 4N56A 4O44A 4CGIA 4DTMA 3ALYA 4E1NA 3HPGA 2X74A 2YHBA 3H08A 4DTSA 4DTXA 3TR8A 4F2SA 4L8RB 2HHSA 3V9UA 1Q8IA 2DFHA 4UQGA 3QO9A 3HO1A 4FK0A 2KZMA 1RT7A 2GUIA 5CYMA 1TKZA 1TAQA 1ZBFA 4FJJA 4DWIA 2HVHA 1ASUA 4FLZA 4ELTA 1A5XA 3SUNA 3OYLA 3F73A 4DMNA 1U04A 1WSIA 3LP0A 3AO1A 1NJYA 1VSHA 3A2FA 1WLJA 2JGUA 1KVAA 1DLOA 4PQUA 4I9LA 4CF0A 2W42A 2I5JA 2D0AA 1KSPA 5E41A 1SKSA 4H4OA 4C8LA 4CIGA 2OPQA 2YV0X 2Z1JA 2DFFA 4DSFA 3ZT0A 2FBTA 3HPOA 4OPJA 2OPPA 3MXJA 1NK0A 3ZSZA 1BISA 3SZ2A 1HRHA 4F4KA 1HMVA 3KLGA 4CF1A 1BL3A 4E7HA 4B9MA 4OLAA 3D0PA 1JLEA 4LH5A 4LD0A 4B9VA 3OS1A 1RTJA 4KHWA 1KVCA 3ZSOA 4F8RA 4W5TA 1C0UA 2GBZA 1VRUA 1NK5A 3HJFA 3SUQA 3DLEA 4F3OA 4HTUA 2G8VA 3SUPA 1TGOA 4DSJA 4CK3A 1C0TA 1JL2A 5KRTA 4JS5A 2P5GA 3HPHA 1L3UA 3ULDA 1XI1A 3OY9A 4HCCA 4DSLA 3SYZA 1X9WA 3NF8A 3L3VA 2VWJA 3T3FA 4CJSA 4B9SA 3C6TA 4BACA 4KRFA 2ZQBA 4M3TA 2NUBA 1U49A 1X1PA 4O4GA 3T1AA 5I42A 1QE1A 3RTVA 3DRPA 1ZBLA 1JLQA 1BIUA 1BQNA 1JLCA 3ISNC 5DK5A 3L3UA 1FKOA 4CJQA 4DU3A 2QKBA 4CHNA 4CFAA 2F96A 4DQRA 1Q9XA 2FC0A 4CJKA 4Q0BA 5CY4A 4DQSA 3TAGA 4C8OA 3ZT2A 4BDPA 3L8BA 5HLFA 2B6AA 3LP3A 4E1MA 3E01A 4AHUA 3KKRA 4M42A 1SKWA 3NF7A 4CJWA 3PV8A 2KTQA 3KK3A 1D5AA 2Q3SA 3MEEA 1EKEA 3RMBA 1JLFA 1BCOA 1SL0A 4M3UA 2YHAA 3WNFA 2OZMA 1IKXA 4DTNA 4HHTA 4EZ6A 3U3YA 4CEEA 2OPSA 1QHTA 3O3HA 1EP4A 2KW4A 3PX0A 2IOCA 3D45A 4B08A 4E7JA 5J2QA 4N41A 1VRTA 3MEGA 1K6YA 2LSNA 5CZ2A 3V1RA 4CE9A 4DQPA 1RT5A 1NK6A 4CJEA 3CFOA 3K57A 3AA2A 1UAXA 3V6DA 3TABA 1LW2A 1S5JA 1KTQA 3VQEA 4IKFA 4M3ZA 1EXQA 2X6SA 3U3GA 2XY8A 5C24A 3V1QA 5HP1A 1U4BA 3LAKA 3RMAA 1EX4A 3HL8A 3SJJA 4CHZA 3OS2A 1BI4A 2O4GA 3OYEA 1RBRA 4AHSA 3L2RA 4FJKA 4W5RA 2BANA 4KV8A 1WSFA 3VQCA 4RG8A 3TANA 2FBVA 5I3UA 2OPRA 3C95A 4DTJA 3DLBA 1ASVA 4ICLA 1NKBA 1NJWA 5HRSA 1J54A 3P5JA 3RRGA 2O4IA 4E7LA 1R0AA 2IC3A 4RW6A 4H8KA 4CEAA 3M8PA 4DU1A 2FBXA 4I2PA 3LZJA 4DSIA 3LZIA 2GV9A 3DM2A 4GVMA 4B3OA 3VN5A 4KKOA 1YVUA 3WNEA 1BQMA 4BDZA 1RTDA 1LWCA 3KLFA 3LWLA 3WNHA 3CQ8A 4DLEA 3K59A 1GOBA 3S3NA 4JS4A 2P51A 4FZYA 4CF8A 1JXEA 3AVCA 4RW7A 4KHNA 4KHQA 3LP2A 1TL1A 4AH9A 1WSGA 1Q9YA 1RDDA 4DQIA 4CERA 1RNHA 1HYVA 1J53A 3ZT1A 3SNNA 4KI6A 4Z4GA 1WN7A 1RT4A 4FJ5A 3AA4A 3ZSWA 3RMDA 3TAFA 4CJ5A 1U48A 4AILC 5D3GA 1QQCA 4CJ4A 4FW1A 5EU7A 4G1QA 4PY5A 2RKIA 4TSXA 1XWLA 3PX6A 3DLHA 1JLBA 4KREA 4WE1A 1S6PA 1X9MA 3VQQA 3PX4A 3QESA 1B9FA 4N76A 1C1AA 3NF6A 2JLEA 1KFDA 1HNIA 3I0RA 3F9KA 3SQ2A 2PYLA 2HHQA 3CFPA 3QNNA 3IG1A 4BE2A 4C8KA 4I9QA 3AO4A 3K5MA 3V1OA 4HUGA 1LAVA 4E7IA 2IS3A 3V4IA 1SL1A 2Z1IA 3DYAA 3ZT4A 1WNSA 2WONA 3LDSA 1NJZA 5C42A 3SUOA 4M3XA 1VK0A 2HVIA 4DFMA 4Z4FA 2Z1GA 3DLRA 2G8FA 3M8SA 4DQQA 1QSLA 1C1CA 1G15A 5HRPA 2KFZA 2YNFA 4E7KA 5CYQA 4FJXA 3LANA 4AHRA 1QS4A 3KLEA 2OZSA 5KRSA 4FJIA 2IAJA 1C6VA 4NCBA 2BE2A 3VQ6A 1A5WA 4CEQA 3TAPA 1Y97A 1CZ9A 2D0BA 2IDOA 3T19A 4CJLA 3K58A 3THVA 4FZXC 4K8XA 1J9AA 3CM5A 4CF2A 3DMJA 4OGCA 1UOCA 1TL3A 1S1XA 3VA3A 3KK2A 3V9WA 1ZBUA 1TK0A 4AHCA 4CJ3A 4CF9A 3WNGA 1UA1A 3IRXA 3AVNA 1D9FA 4KTZA 4FJ7A 4F2RA 2QKKA 4DS4A 1HYSA 4FLXA 1RT3A 2XY5A 1WSEA 1KRPA 2PY5A 1HNVA 4CEDA 1QTMA 3QETA 3S3MA 1RBVA 1FK9A 1HJRA 4B9UA 4FJNA 1U45A 4E0DA 4FJHA 3NHGA 3DLKA 4DFJA 2P5OA 3HT3A 3AO3A 4YFUA 3QEVA 3IAYA 3QEPA 2A1SA 2X78A 3AVMA 3EY1A 1XC9A 1RBUA 4NYFA 4KHSA 1YTUA 3HXMA 4CHPA 4FM1A 3V9XA 3SQ0A 4FXDA 3AVFA 2YNHA 4KHYA 3PY8A 4B9NA 4J2EA 3G0ZA 4HUFA 5HRNA 1IH7A 1LAWA 4KPYA 4CIFA 1WAJA 3KD5E 2XHBA 4LSLA 4CEZA 1L3SA 3SQ4A 3DOLA 4CEOA 1UA0A 1VSEA 3VQ4A 1KFSA 3CM6A 1RT2A 1JL1A 5DMRA 4KTWA 4O0IA 3NH2A 1XHXA 1LWEA 4IFYA 1TVRA 4Z4CA 3ZSVA 1QSYA 1ZBIA 3QIPA 4LH4A 1S9GA 1HYZA 2VG7A 4BWJA 1SV5A 5JS2A 3OYIA 3AA3A 1TK5A 2XO7A 4CESA 1CZBA 4O5BA 4N5SA 1BHLA 3LALA 2P1JA 1W9HA 4RW4A 1BIZA 4CJVA 2D5RA 3DOKA 3L2UA 1T7PA 3VQBA 3VQPA 1DTQA 3MXIA 3ASMA 4EP5A 4Z0UA 3AA5X 4E19A 4NYNA 4CJPA 4DSKA 3L2WA 3SPYA 3O4QA 1BCMA 4OJRA 2HNZA 5FDLA 3VQAA 3ZT3A 4CK2A 1SKRA 3O3FA 2Y1JA 2RPIA 4CK1A 4CHYA 4OKKA 3ZSYA 1RT1A 3G10A 4N47A 3LP1A 1JKHA 2RN2A 4JRPA 3TWHA 3SI6A 1REVA 4DTPA 1S1TA 3DLGA 1YTAA 3P83D 3HSTB 1IKVA 3K5LA 3RR8A 2XY7A 4FLWA 2E6MA 1HQEA 3SPZA 4YNQA 2HMIA 1J5OA 1A5VA 4DF4A 3BGRA 3OVNA 4RW9A 3AO2A 1VSDA 3NBPA 3VQ9A 1QSSA 4B9LA 4PUOA 3OYNA 1B92A 1VSJA 4CJRA 4NCGA 4J2BA 4XIUA 3QEXA 1WAFA 4DF8A 3BDPA 4KB0A 1L5UA 1NOZA 3VQ5A 4B8AB 4ID5A 3VQ8A 4Z4EA 1MU2A 3HVTA 1SL2A 1IO2A 4M3YA 4CEFA 4HVJA 4ELVA 5HROA 2YKMA 4OPKA 1D8YA 2VWKA 3KKSA 4M41A 1BI4B 1SUQA 3TARA 4KAZA 3C94A 1NOYA 1ZBHA 3MXMA 4BDYA 2E6LA 3KK1A 3TAEA 4OLBA 4IG3A 1F21A 3PO4A 2ETJA 1KLMA 1RDBA 1VSLA 2YKNA 4LSNA 4CFCA 3S9HA 1LV5A 1NK4A 2F8TA 2YNIA 4DSEA 1KVBA 2VG5A 3HK2A 5J2PA 4DU4A 3M8QA 2G8HA 1RDAA 2IGIA 2Z1HA 1GOAA 2PYJA 4FZZA 2QK9A 4CJUA 4FJ9A 2HHVA 1JLGA 2DFEA 2E4LA 2PZSA 3NF9A 4KB1A 3NGYA 4O0JA 4KHUA 1W0HA 2WOMA 3HYFA 3HM9A 1TKTA 3DRRA 1EETA 3KD1E 3QERA 2KQ2A 1VSKA 2AJQA 1ITGA 4B8CA 4R5PA 4FLVA 2BGGA 3NGZA 3KTQA 4Z4HA 3OYAA 2B4JA 1JLAA 2HNDA 4EZ9A 3C6UA 4CCHA 4DLGA 4KO0A 4I2QA 4AHTA 4J2DA 1TAUA 3FFIA 3AVBA 3EZ5A 3S3OA 4Z4IA 3SV4A 3AVLA 3JSMA 4KTQA 3ZSQA 4Q5VA 2HHUA 3MECA 3HP6A 4E3SA 2G8IA 4CECA 3RR7A 1VSMA 3LPTA 3AVHA 4CFBA 4W5QA 1I39A 1CXQA 5FROA 3MEDA 3QNOA 4DS5A 5KTQA 3V9ZA 3QINA 3O4NA 1VSIA 2ZD1A 2YNGA 4CHOA 2G8KA 1HQUA 3PUFA 3KJVA 1RBTA 3TAQA 4FVMA 1S1UA 1C0MA 1HPZA 5HRRA 5SZTA 3NCIA 1N6QA 1C1BA 4FJLA 1FKPA 3DI6A 4FLTA 4IBNA 4IG0A 4FM2A 3QEIA 4QCLA 2KFNA 3NAEA 1T8EA 3QEWA 4OKJA 3OJUA 1LW0A 2R7YA 4FJMA 3CFRA 1UWBA 5J1EA 1NK9A 1N5YA 3QIOA 4CIEA 3NGIA 1S6QA 4FJ8A 4FK4A 4FYDA 4BE1A 2HB5A 2X6NA 4EP4A 3AO5A 4DG1A 3K5NA 4FCYA 1T05A 1S1VA 1TKDA 2ZE2A 5HBMA 1RTIA 2FBYA 4KFBA 3RWUA 2DY4A 4HCBA 4JRQA 1I3AA 5JS1A 4FLUA 1TKXA 4DFKA 4ELUA 2XY6A 4F3TA 3OYBA 3OYJA 2OA8A 3AVJA 4O55A 4IFVA 3NH1A 3OYKA 3V9SA 1RDCA 2HW3A 2RF2A 3SCXA 4CGGA 3B6PA 4HUEA 4CJTA 3PO5A 1RT6A 3RRHA 3V81A 3ZCMA 3UIQA 1RTHA 2HNYA 2EHGA 5K14A 2Y1IA 2DTUA 3KLIA 1L3VA 4NCAA 4RW8A 1WSJA 5T7BA 4IDKA 1YT3A 1Z26A 4CEBA 1NK7A 2HHWA 3O3GA 2KZZA 3VA0A 4FLYA 1LWFA 3QLHA 4C8NA 1NKEA 1NK8A 3L2QA 5FRNA 2VG6A 4AHVA 3OJSA 3I0SA 3NDKA 3RMCA 4CGJA 1IG9A 1RBSA 3B6OA 3JYTA 3KLHA 1B9DA 1IKWA 1FXXA 3K2PA 3P1GA 3HP9A 1JXBA 4GW6A 4MQ3A 2G8WA 1S1WA 5SWMA 4B9TA 1VSFA 1CLQA 2A1RA 3LAMA 4ZTFA 5CZ1A 3OYHA 1TK8A 3AVKA 1GOCA 4CGHA 4ZHRA 2G8UA 4OGEA 3VQDA 1XHZA 2F8SA 4Y1CA 2D0CA 3OYFA 4I7FA 4LY7A 1X9SA 4DTUA 1NJXA 3OS0A 1KLNA 3NH0A 2B5JA 3ZSRA 4FM0A 4DTRA 2BDPA 4QOZB 4Y1DA 1NKCA 1O1WA 3M8RA 1S9EA 1T03A 4M3RA 3MAQA 3TI0A 2HHTA 4OKEA 4CHQA 3SQ1A 4C8MA 5KGWA 3CG7A 3AVAA 3OYMA 4DTOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J2MA 4M45A 3LPUA 4DFPA 3DRSA 3LWMA 3ITHA 1NGGA 5AQHA 1WSHA 2ZJQL 2OYQA 4WFBL 4PA1A 3SV3A 1E4GT 1L3TA 4PWDA 3VF6A 3TAMA 1Y64A 1FJGK 3THYA 4E89A 3MCPA 1Z25A 4FW2A 3EYZA 2Q97A 4YOWA 5FRMA 3IS9A 4LF6K 4CBXA 2JWKA 3BP8A 4JN4A 1XUPO 3SLCA 3C6AA 2A5XA 1W2BM 2YHBA 1VQ7N 5C2DA 1V4TA 5M1OA 1TKZA 2UXDK 4FLZA 4ELTA 1A5XA 3OYLA 3F73A 3ENOA 3MWPA 1NJYA 2P9NA 4CF0A 4GKKK 1KSPA 4X62K 2GWJA 4C8LA 2Z1JA 2FBTA 3HPOA 3MXJA 3ZSZA 1BISA 3SZ2A 3KLGA 2CH6A 3D0PA 3H45C 4ILHA 4F8RA 4IJNA 4HTUA 4DV4K 1GLCG 3T7ZA 4DSJA 2HOEA 2QI2A 1E4FT 2P5GA 4IO8A 1HPMA 3OY9A 3SYZA 3L3VA 2ASPA 4KRFA 2ZQBA 4O4GA 3RTVA 1XMQK 3DRPA 1ZBLA 1JLQA 2NRWA 2QKBA 1JLCA 4J8FA 1FKOA 4OO1J 3CCRN 3ZX2A 2QEXN 1TYQA 2IVNA 3FR0A 4E1MA 3PSFA 4AHUA 5E26A 2YJFA 4CJWA 5LJVA 3MEEA 1BCOA 4M3UA 2YHAA 1IKXA 4HHTA 4CEEA 3PX0A 3D45A 5J2QA 4B08A 4E7JA 1VRTA 5LJWA 1C0FA 4CZFA 4CJEA 3K57A 2E88A 3G71N 2FXUA 5C24A 3F2KA 3V1QA 2OANA 3F5TA 3LAKA 1EX4A 3HL8A 4CHZA 3OS2A 3OYEA 2O4GA 1QZ6A 3UB5A 2P9SB 1WBBA 4DUYK 3M6GA 4B3RK 3J81O 5I3UA 2OPRA 1W97L 3P5JA 3WT0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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