2FSJA

Crystal structure of ta0583, an archaeal actin homolog, native data
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
325
structure length
318
Chain Sequence
MVVVGLDVGYGDTKVIGVDGKRIIFPSRWAVTETESWKIPVLSTDGGQTKFIYGKYASGNNIRVPQGDGRLASKEAFPLIAAALWESGIHNPVDLVIGSGTPLGTFDLEVKAAKEALENKVLTVTGPEGEVRQFNITRLIMRPQGVGAALYLLNQGIIEQQPGYGVVIDVGSRTTDVLTINLMDMEPVVELSFSLQIGVGDAISALSRKIAKETGFVVPFDLAQEALSHPVMFRQKQVGGPEVSGPILEDLANRIIENIRLNLRGEVDRVTSLIPVGGGSNLIGDRFEEIAPGTLVKIKPEDLQFANALGYRDAAERS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an archaeal actin homolog
pubmed doi rcsb
molecule keywords hypothetical protein Ta0583
molecule tags Structural protein
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 88
structure length 318
sequence length 325
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17989 ALP_N Actin like proteins N terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2fsjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2fsjA01
4H5NA 5AQJA 3O1WA 1GLBG 3IDHA 4FWNA 4BRCA 4PKGA 3WXJA 4ISEA 1ATSA 2PAVA 3ULEA 4BVPA 4BQZA 5KQDA 3F9MA 2BTFA 5EVZA 2NRHA 3CJ1A 4B9QA 2HF4A 2FSNA 5BPLA 3GDQA 2ZWHA 2CGKA 3UKRB 3O80A 3BF1A 5AQWA 3LM2A 1V4TA 2CH5A 5ADXH 3EO3A 3VF2A 1ZC6A 1HUXA 2W40A 3CJCA 3C7NA 3KVGA 2E88A 3M1FA 4JD2A 4XH1A 3C0BA 3J8AA 4A2BA 4FOIA 1LOTB 4CBUA 2P9NA 3U9DA 4CZLA 3VGKA 4H5TA 3QFUA 4H0TB 5JLFA 4CJ7A 4DQ8A 3MMVA 1NGAA 3DXMB 3MCPA 1KAYA 3G25A 3EZWA 1KAXA 4BRNA 2AA4A 2CGJA 4A62A 5AQLA 2E1YA 3WQTA 4BRQA 1QQMA 1X3NA 4EFHA 1NGGA 4BR5A 5AQQA 2YHXA 2P9KA 1EQYA 3U4LA 4H5RA 3VEYA 3ZEUA 4CZKA 3CETA 4DCHA 4MO4A 2QWMA 2PBDA 3FLCO 3KHYA 4FWRA 4M63C 2A5XA 3D2FB 4QS9A 3LDNA 2ZF5O 3AY9A 4PKIA 1T6CA 3VETA 4CZGA 4IO8A 2QM1A 4BRAA 2FF6A 1YXQA 2ZGYA 4IJNA 3GG4A 5BPNA 2D1KA 3M3ZA 5FPMA 3R8EA 1GLDG 1TYQA 5AQNA 4WQ4C 5BRHA 4JHDB 4XEIA 1V4SA 3UKUB 1NGFA 1IJJA 2WUSA 2HOEA 3FZHA 3ATUA 3VF6A 4O5FA 4B1ZA 3GOIA 3ZETB 2P9SB 3FGUA 1NGEA 5JICA 1GLLO 1GLCG 4HWIA 4CBXA 5EY4A 5F2RA 1H1VA 3H1QA 2KHOA 3A5NC 3BUZB 3MN6A 3DXKB 3H45C 4FWLA 3WT0A 2F9WA 5AQOA 1K8KB 4A2AA 2Q0UA 3QMLA 4HTLA 4CZHA 3DAWA 5AQIA 2P9PB 3O5BA 4L3QA 4Z94A 1U2VA 4NO7A 5JMVA 1CZAN 3AARA 2GUPA 4BVOA 2H3GX 3WQUA 1GLAG 4C23A 1BA1A 4BR0A 4BRMA 1T6DA 5AQKA 1HKBA 4MO5A 4MLEA 4BGBA 2EWSA 1ESVA 5KQ8A 4GNIA 3FR0A 4H5VA 4MLHA 2GEMA 4K41A 2IVPA 3VGMA 3FZLA 3WEEB 1BA0A 4FWSA 5E84A 3M6GA 5AZIB 4BC3A 2P9IB 1XUPO 3EKUA 4J8FA 4PL8A 4DHYA 3D7EO 3L4IA 1NWKA 1E4FT 2FF3B 5FPDA 1MWKA 3I33A 4IZ9A 4BR7A 1NGBA 3O6WA 3SK3A 2HMPA 2V52B 3A0IX 3HBTA 3WXKA 3SLCA 1NLVA 3MN9A 4JN4A 2QWQA 1GLJO 2FSJA 3RSEB 3O4WA 2YHWA 4EAHD 5AQTA 2QWLA 5BR9A 5EXWA 3VERA 1P8ZA 3ATVA 2J4RA 4CD3A 3HI0A 1HJOA 4K25A 4QS7A 4ISGA 1JCEA 2ASMA 5B8HA 1JCFA 1U6ZA 3W3DA 3VESA 2P9PA 5AZJA 1ZXOA 2P9LA 4BGAA 1SQKA 2CH6A 2V51B 3VGLA 4BR2A 3W0LA 3QDKA 1S3XA 2A3ZA 3D2EB 3VEZA 2E20A 3AAQA 3ZX2A 4FO0A 2IVNA 3DWLA 5AQRA 1X9JA 5AQZA 2F9TA 4XH4A 5KPZA 4I6MA 4A61A 4BG9A 3QICA 1IG8A 3LDLA 3CJ9A 1QZ6A 2I7NA 3BF3A 1HKGA 4H0YB 4CZFA 2YJFA 4RCHA 5AZIA 4FPBA 2ITMA 1OKJA 1YAGA 5AQGA 1BU6O 1XC3A 3CHWA 3ENHA 2P9UB 3UE5A 3DJCA 1NBWA 3HSCA 3MN5A 4Y0WA 1E4GT 4PL7A 2GELA 5EOYA 3IUCA 3VENA 1MWMA 4GY2B 3UKRA 3WXIA 5BRFA 4EHTA 3LL3A 3VF4A 1S22A 4IXCA 3MDQA 1X3MA 3FZMA 3GE1A 2A40A 3HM8A 4BQLA 2A41A 5AQVA 5AQPA 4BRDA 2A6AA 3CJBA 4FWKA 5LY3A 2E2NA 4WYBA 1D4XA 1NM1A 3ULEB 5AQSA 4IWVA 2GTDA 4BC5A 4BRHA 4H5WA 3JS6A 4BRIA 2GWKA 5FPNA 5BPMA 1QZ5A 1HKCA 1TUUA 2VCPA 4FSVA 3QBWA 3DXMA 1ATRA 2AP1A 2E2OA 2FLOA 3O1BA 2E8AA 2VWBA 3U8XA 1NGHA 3ENOA 3C7NB 4K42A 3A5LC 4BG8A 4JD2B 3CERA 3VEXA 3SMSA 5LJWA 1BDGA 1MDUB 2A42A 2NZTA 2CGLA 1BOTO 5AFUH 3BP8A 4FWMA 4FWQA 2P9NB 1KAZA 4PKHA 1BG3A 3D2FA 4YDUA 3H3NO 4O8KA 4BR9A 3R6MA 2I7PA 5AQFA 4FL9A 3HTVA 1NGIA 3BEXA 2DPNA 1BO5O 2P9UA 5AQUA 3AAPA 1QQOA 4JAXA 3GBTA 3FFKB 2E2PA 1J6ZA 3EN9A 1KXPA 5LJVA 1DEJA 1NGJA 4JHDA 3CJAA 4BREA 5F1XA 3UKUA 5F0XA 5I9EB 3SJHA 2FSKA 3H1VX 3S41A 3OHRA 3EKSA 5ELZA 2ZGZA 4FOEA 3ZETA 2Q36A 3ZEUB 2P9SA 4KBOA 3VPZA 4E1JA 2QWOA 1BUPA 2D0PA 3FZFA 1NGDA 3I8BA 3DXKA 4BRFA 5AQXA 1TYQB 1K8KA 5EX5A 3MN7A 4F9OA 3L6QA 4BR4A 2OANA 4ISFA 2Q97A 2VYPA 2HF3A 4WQ5C 2V7YA 3CJ7A 4B1UB 3MK6A 3B8AX 3L0QA 2QWRA 2ASPA 3IFRA 1ATNA 3H6EA 3IMXA 1Z6RA 3QB0A 2IVOA 4CBWA 5KPTA 1XQSC 3LDPA 3A5OC 3VEWA 3LM9A 5AFUA 1WOQA 4H0XB 1RGIA 1MA9B 4CZMA 1R59O 3WEEA 2ASOA 1DGKN 2V7ZA 4BRGA 2P9IA 4B1YB 3H3OB 2E1ZA 1HX1A 1U2VB 5JLHA 2BUPA 2Q1NA 3ZX3A 2QXLA 3TPQA 5AQHA 3FE1A 4DB3A 5CE3A 4CI6A 1WUAA 3LDOA 3JXUA 4EIAA 3CIPA 1BWFO 1YUWA 4WQ5A 1HLUA 3TU5A 1GLFO 2NLXA 2QW9A 1Q18A 4BRLA 1LCUA 3QFPA 1ZBSA 4M7XA 2E2QA 4BRKA 5AQMA 3RSEA 1QHAA 1RDWX 4H0VB 4YDUC 2Q2RA 4XH5A 1NGCA 2W41A 1GLEG 4BC2A 3P4IA 1TUYA 4B1VA 2YI1A 3EL2A 4QS8A 5TKYA 2YHYA 1JCGA 3CI5A 3VOVA 2D4WA 3QBXA 2QWPA 3ZX0A 5BREA 1NMDA 4M7YA 2Q31A 4NB4A 1YVNA 2YCHA 2YJEA 3O08A 5ADXA 3FZKA 4EHUA 5AQYA 2FXUA 1DKGD 5E26A 4H0OA 3D2EA 2GWJA 4CZEA 2UYTA 5BN9A 3WUHA 4FWOA 4H03B 4FWPA 3HZ6A 4LC9B 2IIRA 2QWNA 3U9ZA 3LDQA 4CZJA 1Y64A 3ID8A 4FPAA 4JNEA 3H46O 4B1XB 5BRDA 3CQXA 4AM6A 4K43A 4H0PA 4RWTA 5AR0A 2D0OA 4BRPA 4CZIA 3A8YA 3WXLA 1T44A 4AM7A 5AZJB 3SMPA 1QQNA 2P9LB 1Z05A 4IJAA 3KZBA 1HPMA 5BN8A 3UB5A 4WQ4A 3A5MC 4BC4A 4BROA 4CD1A 4I6MB 5FPEA 1RFQA 1G99A 3CQYA 5KPRA 3VEVA 3VEOA 3R9PA 1C0GA 2P9KB 3O8MA 3GL1A 1SZ2A 1SAZA 1C0FA 2Q0RA 4B1WB 4RTFD
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O1WA 5DM7L 4W5RA 2PYJA 2ZD1A 4BVPA 3C94A 3K9KA 2NRRA 3AVLA 1Y97A 4F2SA 3GDQA 3LZIA 3O80A 1S1XA 3BF1A 1VQ7N 4FJXA 2CH5A 1RDCA 3CG7A 4HUEA 3SUQA 2HNYA 2QKBA 4JD2A 3T1HK 5M1NA 3J8AA 4CEQA 4OKEA 1GOCA 5JS1A 1NK5A 1B92A 4M41A 1TK5A 1QTMA 3L3VA 3NGZA 4Y1CA 1SKRA 2P9NA 4ELUA 2HBMA 4CZLA 1YI2N 4GV6A 3OBYA 4DQ8A 3IS9A 4IEIA 1KAYA 1WSGA 3G25A 1KAXA 3DOKA 4DMNA 3F9KA 3CC4N 4JI1K 4BRQA 2VWKA 4ZHRA 4EFHA 1YJWN 4NXMK 4O0JA 4CJWA 4NYFA 2P9KA 1YTUA 3U4LA 3L4QA 4H5RA 4Z0UA 5J2NA 1N5YA 3CETA 4DCHA 1VQMN 3KHYA 4FWRA 4M63C 2A5XA 3D2FB 3WXMB 5LMUK 1YTAA 1KQSM 4QS9A 2ZF5O 3AY9A 3KTQA 3VETA 3CQ8A 4IO8A 3WNEA 1RDBA 2HNDA 2A1RA 4BRAA 4O0IA 2G8IA 1YXQA 1J53A 3GG4A 5BPNA 4DTUA 4DF8A 4WQ4C 4Y1DA 4XEIA 3VF6A 4KH6A 4JRPA 2KFNA 1YT3A 3ENBA 4CEFA 3QLHA 3BUZB 3SQ2A 1C1CA 2DFFA 1VSLA 1ASWA 3KWIA 2F9WA 1N36K 4CF1A 2Q0UA 1NNEA 3OYJA 4CZHA 1C0TA 3PX6A 2WONA 5JMVA 3I55N 1REVA 2GUPA 2NRTA 3K58A 3NCIA 4DFPA 2VGNA 3K2PA 5HP1A 1HNVA 4DV5K 4MLEA 2KW4A 3QETA 1S9EA 5GAHP 4H5VA 1RBRA 2WTUA 4CHYA 4IDKA 3L2VA 1BA0A 3NH2A 1KD1O 5AZIB 4BC3A 3SI6A 1BQMA 2IDOA 4J8FA 1IG9A 4GV9A 1MWKA 3L2QA 3DLGA 2HMPA 2V52B 4CGFA 3DRSA 3OYMA 2W42A 1T05A 3HO1A 1UA1A 1WAJA 3RSEB 3CPWM 5GINA 4JS5A 4IG3A 3LZJA 3VQ9A 4C8OA 2E6LA 3BZCA 1IBLK 4KHYA 2RPIA 1KLMA 4CD3A 4K25A 4QS7A 2YNIA 2ASMA 1ASUA 1J5EK 4OVLA 2HBLA 3TAEA 3NH1A 1LAVA 3W3DA 3O9UA 4DSEA 4B8CA 5AZJA 4NCAA 4NXNK 2P9LA 3MX2A 2V51B 3VGLA 3D2EB 2E20A 3AAQA 3DWLA 1LWFA 4ILJA 4FLVA 4A61A 3QICA 3R3LA 4KH5A 1C1BA 1QZ6A 3BF3A 2ETJA 4RCHA 2QTDA 2ITMA 4FPBA 4A59A 2G8VA 3ZT2A 2F4VK 1XC3A 3ENHA 5I42A 3NFAA 4Y0WA 4NCBA 3HYFA 2HB5A 3L2UA 3VENA 1Q8IA 1I3AA 3PIOL 1S22A 4B3SK 4CJFA 5FRNA 1LWEA 4CGGA 3OVNA 3CCLN 1KVAA 1TL3A 4AHRA 2HHTA 4LF4K 4FWKA 4UY8O 4WYBA 4CFAA 1EETA 1QVGM 1D4XA 1ZBUA 4O55A 4H5WA 4BRIA 4DSFA 3VQEA 1VHXA 5BPMA 1HRHA 1J54A 1S1UA 1TKXA 2OZMA 3QBWA 3ZT1A 4C8NA 1ATRA 2AP1A 2O8BA 4B9TA 2FLOA 3O1BA 4JKHA 2OTLN 2FBTA 4DV0K 4FJKA 5DMRA 3AVAA 4BG8A 1D9DA 3CERA 4C8MA 3T7ZA 3NGIA 1MDUB 5C2FA 4CJ3A 3OYNA 5FROA 3KLIA 5AFUH 3BP8A 1JL1A 3J7AP 1KAZA 4WCEL 4PKHA 1HJRA 3H3NO 2I7PA 3CCQN 1KCFA 2UXDK 3V1QA 4CVNE 2NUBA 3TABA 5J2PA 2FBVA 4Q5VA 1S1TA 2NNWA 3FFKB 3SBTA 1J6ZA 4CJ4A 4JHDA 3DLLL 3SJHA 2FSKA 5ELZA 4CEBA 3NVMA 1LAWA 2P51A 2Q36A 3ZETA 3ZEUB 1BIZA 4AHCA 2D0AA 1CLQA 1KVCA 3P5JA 3VPZA 3O3HA 4X66K 1L3TA 4GVEA 4KHWA 1ZBFA 3L2RA 2D0PA 4JS4A 1NGDA 2YV0X 5GIOA 3DXKA 4JV5K 4K8XA 1EKEA 4CJPA 5HROA 2NRZA 4A5AA 1U45A 4F9OA 2OANA 1WSJA 3HM9A 1HNIA 4B1UB 3B8AX 5C15A 3V1RA 3ZSZA 3ZT0A 2QWRA 3DRPA 1ATNA 1S1VA 3QB0A 2IVOA 3T3FA 3LDPA 2G8HA 1WOQA 4H0XB 4IBNA 4CJTA 4KTQA 4CW7B 1TKDA 5KTQA 3WEEA 4LF6K 1DGKN 1SL0A 4BE0A 3IAYA 2P9IA 4A57A 4JRQA 3H3OB 2E1ZA 4M3TA 1VQ8N 3ZX3A 4DSIA 1HNZK 3TPQA 5HRSA 4CCHA 4DB3A 3KLGA 3MEEA 1WUAA 4E7LA 2UXCK 3CIPA 1BWFO 4DV7K 1YUWA 2QKKA 1HLUA 1UAXA 1SKWA 4N56A 3AA3A 1KC8O 4BRLA 3KJVA 1LCUA 3SYZA 2E2QA 5AQMA 4V19S 1P90A 4H0VB 1TKZA 4L8RB 4DV6K 3HT3A 2VQEK 1NGCA 3KWGA 4BC2A 4AHVA 4B1VA 3DLKA 4YNQA 3VOVA 2D4WA 2QWPA 3ZX0A 1NK8A 1NMDA 4M7YA 2YJEA 4PY5A 4EHUA 5T7BA 4CF9A 1RT3A 4Q0BA 2FBXA 5E26A 3NGYA 4YORA 3SV4A 2UYTA 5KRSA 4DS5A 3CYMA 1Q7YO 4DQSA 1EX4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OVY A;  4WQ5 A;  4N47 A;  3TU5 A;  1GLF O;  4YOU A;  3T69 A;  4JKE A;  1QSL A;  4FK4 A;  5FLX O;  3TTC A;  4BWJ A;  1WBB A;  3ITH A;  4JEP A;  4I2Q A;  1TUY A;  2YI1 A;  1N34 K;  5HRN A;  4QS8 A;  1JCG A;  1O1W A;  3CI5 A;  3QBX A;  1XHZ A;  4NLC A;  3SAG A;  4KHP K;  2Q31 A;  4NB4 A;  1YVN A;  3O08 A;  3K57 A;  3RR7 A;  3FZK A;  4B3M K;  4JI8 K;  1CXU A;  3RR8 A;  3ZSV A;  4CEZ A;  4OLA A;  4FWO A;  4JI3 K;  2P5G A;  3CFR A;  3LDQ A;  2O8F B;  1IBM K;  3PSF A;  1NK6 A;  4DSK A;  3H46 O;  1Q82 O;  2ZM6 K;  5AJ3 K;  4RWT A;  3WXL A;  2HHU A;  4F3T A;  1A5X A;  3CM6 A;  2O4G A;  2GBZ A;  1BHL A;  3KZB A;  5GIP A;  1HPM A;  3VQ6 A;  5BN8 A;  4M3U A;  4M42 A;  1RDA A;  3A5M C;  4MQ3 A;  1N8R O;  3TTD A;  4Z4E A;  4BC4 A;  4LH5 A;  1TAU A;  4CD1 A;  3HPG A;  3C6U A;  5KPR A;  4W5T A;  3VEO A;  1VQK N;  3CFP A;  4FJ7 A;  1LV5 A;  1BIU A;  3MEG A;  3MED A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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