2G8FA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8fA00
1VSHA 1HYZA 3MEEA 2XY7A 2ATQA 3P1GA 1VRUA 3OYAA 3AVCA 1ZBHA 4BDYA 4I9QA 4DF4A 3LANA 2XO7A 3ALYA 1LWCA 3LDSA 2WOMA 1BCMA 3MEDA 3SQ0A 1R0AA 3DLBA 3P5JA 2Z1GA 3TAMA 3V9ZA 1NK4A 2HHQA 3AA3A 4DFMA 3L3VA 1SKSA 3SZ2A 1WSFA 3DOLA 2G8VA 3RR7A 1D8YA 3NGIA 3NF8A 4NYFA 2KQ2A 1RBRA 5CYQA 4IKFA 1J53A 2G8HA 3CM5A 4ELVA 1TKTA 4CF1A 5KRTA 1RBVA 3QETA 1IKWA 2FBYA 1A5WA 1HRHA 3IG1A 1S5JA 4HVJA 3KTQA 1SL2A 4RW8A 4DFKA 5J2QA 4HHTA 5JS1A 1L3SA 2F8SA 3KLFA 1LW2A 2G8KA 2KZMA 4CGGA 3BDPA 2BGGA 4C8NA 1Z25A 3RTVA 4CGJA 3M8PA 4DU1A 4G1QA 2IS3A 4CF2A 5KGXA 3ZSWA 2LSNA 4FLWA 3TARA 3NGZA 4GVMA 1L3VA 1EXQA 4F3TA 4AHSA 1BQNA 4IG0A 2B6AA 3DLKA 3VN5A 3U6FA 1J54A 1RT6A 3SI6A 1JLGA 4DMNA 4BWMA 3NGYA 5HBMA 5J1EA 3CFRA 3S3OA 1RTDA 1RT2A 1JLBA 1KVCA 1KCFA 1KLNA 4UQGA 4FJKA 4FZZA 2O4IA 3QEVA 3DI6A 3ZSXA 4CCHA 4NCBA 1J5OA 2XRIA 4B8CA 4W5OA 3O3FA 2IAJA 3ULDA 2QKKA 4DLGA 1UA0A 2FBVA 2OA8A 3HP6A 3AO5A 4CIFA 2X78A 2YV0X 5K14A 3B6OA 4N76A 3E01A 3HO1A 4KTQA 1WSHA 2HNZA 1DTTA 4CESA 1FKOA 3CG7A 4N41A 3TABA 1TVRA 1ZBLA 1TK0A 3OYHA 1GOBA 1S1VA 1DLOA 4CK3A 4M3RA 1TAUA 4CEOA 2PYLA 4FLXA 3SUOA 1NOYA 2P5GA 4E7IA 4CHOA 1JL2A 4CHZA 3L2RA 2VWKA 2DFFA 5EU7A 3EY1A 3V81A 1KFSA 4I2PA 1A5XA 1VSLA 3HPGA 3DM2A 3MEGA 4CFAA 4OVLA 4FK2A 1RCHA 4FW1A 3SPZA 1BCOA 3QIPA 2YKNA 1YTUA 1C6VA 3V9WA 2OZMA 4LSLA 4FCYA 1RT4A 3KKRA 4FYDA 4CF0A 4KHYA 2HMIA 4OPKA 3OS0A 3AVGA 3AVMA 1WSJA 3PO4A 2FC0A 4BE2A 1RBUA 2XY8A 5HRPA 1KSPA 4HUFA 4KHSA 1HJRA 4CHNA 4M3XA 3THVA 1LAVA 4FJGA 4BE1A 1QSYA 2R7YA 2VG7A 4TSXA 4LH5A 3LWLA 1XHXA 3LP0A 2AJQA 3TANA 4KTZA 1QS4A 4B8AB 4BE0A 4CEEA 3D45A 1ZBIA 4CJKA 4DQSA 4OKEA 1D9FA 3NF7A 1XC9A 4YNQA 3AVKA 3NH2A 4Z4CA 3L2VA 5E41A 4FJNA 3HPOA 1BISA 2FBTA 4RW6A 3NF6A 3HP9A 3KLHA 4CF8A 5CZ1A 4I9LA 4KREA 1Y97A 3QERA 4RG8A 3KKSA 4CJ5A 4CK1A 2ZE2A 1YTAA 3WNFA 1ASWA 1VRTA 4PUOA 3MXMA 2HNDA 2OPQA 3VQAA 3RMBA 4Q5VA 2XHBA 4JS4A 2YNGA 3NFAA 4BWJA 4E7LA 4DSFA 4IDKA 1TKZA 3ZT4A 4O55A 4FJ9A 3AA2A 1BIZA 2GUIA 2QK9A 3AVBA 4CFBA 3OYEA 2PY5A 1HYVA 4CJQA 1JLQA 4CK2A 4HTUA 4DTXA 4CECA 3RMCA 4W5NA 3MXJA 1NK8A 3LPTA 3LP2A 4RW7A 3NDKA 2Q3SA 5D3GA 4Z4IA 1WSEA 1NJZA 2QKBA 2HVHA 4OGEA 4EZ9A 4Y1CA 1B9FA 4Y1DA 4B9UA 1NJYA 1JLCA 3A2FA 3VQPA 1BI4A 1L3UA 2JGUA 1Q9XA 4B9LA 1TAQA 4DS4A 1VSDA 4O0IA 3SNNA 1RT7A 4Z0UA 1Z26A 3PX0A 3UIQA 4QAGA 3HYFA 3ZT2A 4AHCA 4M3WA 5I42A 4M42A 4B3OA 1ZBFA 4CJPA 2VG6A 3V1QA 1UAXA 1UWBA 3ZT0A 3AVLA 3AO4A 3PV8A 2E4LA 3WNHA 4KPYA 1WAJA 3AVJA 3CFPA 1O1WA 1S6QA 3LP1A 1TL3A 3CFOA 1HMVA 2GV9A 3AA4A 4H4MA 3M8QA 2X6SA 4CJEA 4FLZA 2KFZA 1BL3A 4Q0BA 1W9HA 4CEBA 4B9MA 4J2BA 1T7PA 1VK0A 2D0CA 3MAQA 1JXEA 4N56A 4B9NA 1HQUA 4DTMA 5HRNA 1RTJA 4KKOA 4C8KA 1C1CA 4J2DA 3HK2A 3CYMA 3LZJA 1QSSA 4FJMA 4PWDA 4CJ4A 3OYBA 2ZD1A 2FBXA 3U3GA 4O0JA 4DTSA 2BE2A 3ZSZA 4E7HA 1EP4A 4OLBA 2RPIA 4CFCA 3ZT1A 1B92A 1YT3A 4E7KA 3MECA 3SJJA 4L8RB 2HHSA 4N47A 3LWMA 1RDAA 1UOCA 1WN7A 4CJTA 3BGRA 3V1RA 1UA1A 3KD1E 3H08A 3TI0A 3OYLA 3VQ6A 3HSTB 4ICLA 3OYFA 4XIUA 4OLAA 1QQCA 3I8DA 3OYGA 1FKPA 2XY5A 4CIEA 2G8FA 1LWEA 4WE1A 2VG5A 2YHAA 3AA5X 3F73A 3QNNA 4FM0A 3DLHA 1ASUA 3O4QA 4KHWA 1CLQA 4K8ZA 5FDLA 4KRFA 4B9SA 4I2QA 4ZHRA 3TAPA 4H8KA 3LALA 5J2NA 1ZYQA 4J2EA 1YVUA 1LV5A 4E1NA 4KFBA 4HCBA 2HNYA 3S3NA 1Q8IA 2D0BA 3VQ7A 3AVFA 4CHPA 4CGHA 1S9GA 1TL1A 3L2QA 3VQ4A 3SUPA 2HHTA 3DOKA 4B9VA 4PQUA 1IH7A 1C1BA 3FFIA 4KTWA 5CYMA 4Z4HA 1NK9A 5J2PA 3V9XA 1S1UA 1K6YA 5J2MA 2F96A 4HCCA 1G15A 2DTUA 3T3FA 4CFDA 4CJVA 2HHWA 3QO9A 2P51A 4DFJA 4CE9A 2OZSA 3KLIA 2OPPA 1X9WA 4W5RA 3ISNC 3RRHA 3TAGA 1LWFA 3C95A 4AHUA 1U04A 4DF8A 1BIUA 3AVNA 2BDPA 5FRNA 1A5VA 3C6UA 2D0AA 4CJWA 1EETA 1KVBA 5DMRA 2EHGA 4W5TA 3PX4A 4DSKA 3SQ4A 4ZTFA 3D0PA 1HYSA 4DG1A 1VSKA 2PYJA 3VQQA 4FM2A 3QESA 1QTMA 1SKRA 1BHLA 1KFDA 2DFEA 5FROA 3O3HA 4CERA 3RR8A 4N5SA 3RWUA 3L8BA 3NAEA 2OPSA 1JLFA 3K5LA 3SYZA 1NK0A 3L2UA 1NK6A 4CIGA 2QXFA 3WNEA 4CEDA 3KIOA 3KLEA 3KK3A 3IS9A 4C8LA 4LH4A 1C0UA 2ETJA 4GMJB 4E3SA 3TAQA 3TAEA 4MFBA 3JSMA 4F8RA 1CXQA 4DS5A 2IDOA 3OS2A 4CJLA 1ASVA 3KLGA 4ELTA 2HVIA 2KW4A 1ZBUA 3EYZA 1RNHA 3SV4A 4FXDA 3I0SA 4LSNA 3C6TA 1BQMA 1SUQA 1VSMA 3L3UA 1X1PA 4B08A 3M8RA 1REVA 4FJLA 4CHQA 4KI4A 3ASMA 3DLEA 2YNHA 3JYTA 1NOZA 4O5BA 1WLJA 2IOCA 3DRRA 3K5OA 5HRRA 1W0HA 3OYJA 2VWJA 1N6QA 4BDPA 3KK2A 4OPJA 4KV8A 1U49A 4DSIA 3K59A 1EKEA 4FW2A 3NH1A 2YKMA 4AILC 1WSGA 4O4GA 3VA0A 1U48A 3AO2A 3OYKA 1IKYA 3HM9A 3HPHA 2G8WA 3V4IA 4DQQA 3OYNA 1LW0A 2G8UA 3OYMA 1S6PA 2P5OA 1U47A 4OJRA 3S9HA 1NKCA 4FLTA 4FZYA 5HLFA 3HVTA 4R5PA 3M8SA 4ELUA 4PA1A 4IFVA 1BGXT 3LP3A 4I7FA 1LAWA 2RN2A 3G10A 4DU4A 3HL8A 4QCLA 4CEZA 3SPYA 1C1AA 3OVNA 4NCAA 3NH0A 4EP4A 1D5AA 3KK1A 1CXUA 2KFNA 2DFHA 3SQ2A 1FXXA 1T03A 1L3TA 4KB0A 4IBNA 3PO5A 1FK9A 3ZT3A 4CGIA 2D5RA 4DTOA 3DLGA 4CJUA 4DQPA 5SZTA 5KRSA 1JXBA 2G8IA 4OKKA 4Z4EA 3KD5E 1RT5A 4AHRA 1N5YA 2Z1HA 5HP1A 4M3UA 1IG9A 3HJFA 3ZSRA 4FLUA 2XY6A 2HB5A 1T8EA 4JS5A 3VQ9A 4F2RA 3DMJA 2JLEA 3VQDA 2Z1IA 1B9DA 4OGCA 4KI6A 3VQBA 3V1OA 5KI6A 1VSEA 3V9UA 4CGDA 3VA3A 4F3OA 1NKBA 1RDDA 2B4JA 4FZXC 4E0DA 3C94A 3LZIA 4E7JA 1RTHA 2PZSA 1HNVA 1HQEA 4NCGA 5I3UA 3ZSQA 1X9SA 4F2SA 3B6PA 4FK0A 1T05A 3NBPA 5SWMA 4FLVA 3NHGA 4KAZA 1F21A 2IGIA 3AV9A 4DTJA 3EZ5A 4CJ3A 1U45A 4DSLA 4C8MA 3SUNA 4JRQA 5HRSA 3OJSA 1SL0A 4EP5A 4DQIA 4RW9A 3V6DA 1X9MA 5CZ2A 4IG3A 1S1TA 1KRPA 3K5NA 3IRXA 1D9DA 1TGOA 2YNIA 3MXIA 3ZSOA 3OYDA 2Z1JA 4DSJA 4EZ6A 4BDZA 1BI4B 1XWLA 5C25A 1RILA 1SL1A 1TKDA 1KTQA 3K5MA 2IC3A 4E19A 3O3GA 4O44A 3ZSVA 4CJRA 3G0ZA 1NJXA 4NYNA 4FJ5A 2KZZA 2BANA 3VQ5A 2HW3A 1ITGA 4JRPA 4M3YA 4E89A 4Z4GA 2X74A 2E6MA 2YHBA 2KTQA 4KO0A 4DU3A 3SCXA 4K8XA 2EX3A 3CM6A 1JLEA 4DFPA 2GBZA 4FK4A 3IAYA 3K57A 1QHTA 4QOZB 3PX6A 1HPZA 4CEFA 3OYIA 2I5JA 1RDCA 3LAKA 3WNGA 3P83D 1SV5A 3LPUA 2Y1JA 2HHXA 4DTNA 1JL1A 3VQCA 1QSLA 4FM1A 3CQ8A 2OYQA 3QEWA 4DLEA 4DTPA 1Q9YA 3DRPA 5FRMA 1JLAA 3ZCMA 4FJXA 1VSIA 4FJHA 3SV3A 4FVMA 3U3YA 2X6NA 3V9SA 3QNOA 3QEPA 1CZ9A 1RT3A 4ID5A 1IO2A 3SQ1A 1WSIA 5DK5A 2ZQBA 1KLMA 4FJJA 3F9KA 2YNFA 4FLYA 2HHUA 3DYAA 4CHYA 1CZBA 5JS2A 4AH9A 4W5QA 1RTIA 3QEIA 4CEAA 2OPRA 1NJWA 1S1WA 3TWHA 1TK8A 4LD0A 3TR8A 1SKWA 4RW4A 4CJFA 3OS1A 3TAFA 3OJUA 2RKIA 3QLHA 2A1RA 4M3TA 1RT1A 1JKHA 1GOCA 2NUBA 4ID1A 4DSEA 3I0RA 5KTQA 3DRSA 3NE6A 4KHNA 4OKJA 4M41A 4DTUA 3HXMA 1RBTA 1QE1A 4KB1A 4DTRA 2WONA 2P1JA 4HUGA 4Z4FA 1MU2A 1XHZA 4DWIA 4MQ3A 1WNSA 4FJIA 3L2WA 2W42A 2E6LA 4CGFA 1NKEA 3DLRA 2HHVA 3OY9A 3T19A 1C0MA 4KHQA 1WAFA 4AHVA 1VSJA 1NK5A 1TV6A 4CJSA 2Y1IA 1VSFA 4YFUA 4IFYA 4FJ8A 1IKXA 4DQRA 4FJ7A 4CF9A 3RMAA 3RMDA 1U4BA 4AHTA 1TK5A 3AO3A 4LY7A 2B5JA 3ITHA 3OYCA 1HNIA 1RDBA 3NF9A 4B9TA 2A1SA 5C24A 4M3ZA 2ITGA 4C8OA 4GW6A 2DY4A 4BACA 2RF2A 3AVAA 1S1XA 1NK7A 1EX4A 3AVIA 3NCIA 4KHUA 4F4KA 3HVRA 5T7BA 4CEQA 4ZTJA 3O4NA 5C42A 3RRGA 2F8TA 3QIOA 3VQ8A 1I39A 1L5UA 3AVHA 3PY8A 5CY4A 1S9EA 3K2PA 1J9AA 4E1MA 1KVAA 4HUEA 1DTQA 3QINA 3PUFA 3ZSYA 3AO1A 3S3MA 3SUQA 4J2AA 3QEXA 4PY5A 3LAMA 4H4OA 1IKVA 1GOAA 2O4GA 4JLHA 5HROA 1RBSA 3VQEA 4M45A 3KJVA 5KGWA 3HT3A 1I3AA 1XI1A 1C0TA 3K58A 1TKXA 3T1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HR0K 2XY7A 2VGNA 3AVCA 1K9MO 3EKSA 3FZKA 3LANA 4BC5A 2XO7A 1LWCA 1R0AA 3DLBA 4B3OA 4FYDA 2HHQA 3AA3A 3L3VA 3SZ2A 2WTUA 3SMPA 3NGIA 2KQ2A 3IUCA 1SS6A 4CI6A 3VERA 1TKTA 4BRCA 5KRTA 1RBVA 1NGDA 2UYTA 3CCRN 4O5FA 1IKWA 1N32K 2UXCK 2E8AA 1A5WA 4IO8A 4MLHA 4PKIA 3KTQA 1SL2A 4RW8A 4DFKA 4XEIA 1L3SA 3VEVA 5JLHA 2QEXN 1LW2A 4CGGA 2A40A 4FPBA 4C8NA 3WEEB 5KPZA 4FLWA 1EXQA 4AM6A 1N34K 3ZEUA 3LM2A 2B6AA 1VQON 1XC3A 4LFBK 2GWKA 4DMNA 3MN6A 5M1NA 3S3OA 1RT2A 1YJ9N 3D6RA 1EWQA 5AQRA 2CGLA 1RGIA 3DI6A 3QEVA 3ZSXA 3MWPA 3CCMN 4B8CA 3O3FA 1LCUA 2IAJA 1VQ8N 4DLGA 1K73O 3I56N 4N76A 1DTTA 3WUHA 3W0LA 1TVRA 4BC2A 1VQNN 2OTLN 3AY9A 4A5AA 2E20A 4E7IA 5EU7A 4BRIA 4I2PA 1A5XA 5BN8A 4OVLA 1RCHA 4QS7A 2IVNA 3SPZA 1YTUA 4H5NA 4DUYK 2HF4A 3VGLA 4CF0A 3OS0A 3AVGA 4JKGB 2Q2RA 3PO4A 3VOVA 3I8BA 1XMQK 2VYPA 3FE1A 4HUFA 3KZBA 4M3XA 4L3QA 4BQLA 1QSYA 3SAHA 1KD1O 1YXQA 4IOAL 3H6EA 1ZBIA 2V7YA 4C1NI 1D9FA 1WBBA 3L2VA 5E41A 3HPOA 1BISA 2FBTA 4RW6A 5EX5A 2QA4N 1XQSC 5CZ1A 1BOTO 1ZXOA 1Y97A 4CJ5A 4CK1A 3CCVN 1FW6A 3WNFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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