2G8FA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8fA00
4H4OA 2A1SA 5CY4A 1RT3A 5KGXA 4CEEA 1RILA 4CERA 4N41A 4CFCA 2G8WA 3C6TA 5C25A 2FBTA 1FXXA 4CJVA 3SI6A 5FROA 4B08A 1R0AA 3HJFA 3SQ1A 4OJRA 5J2PA 2LSNA 2B4JA 3C95A 1EP4A 3U3GA 1QTMA 4E7KA 3KD1E 2E6MA 2RPIA 3AVCA 4IFYA 3AVJA 2BDPA 4CGGA 4B9MA 1UA1A 2JLEA 1T8EA 3AVFA 1VSMA 2HHQA 3E01A 1D8YA 3QIOA 1HMVA 4CHZA 4FJ5A 1JLCA 4DTOA 3HPOA 3VQCA 1I39A 4EP4A 3K58A 4CESA 5JS1A 2GBZA 1FKOA 2Q3SA 3DLGA 4RG8A 4BDYA 1ZBFA 2G8FA 1KSPA 1X9MA 3OJSA 3CM5A 2HVIA 3IS9A 1NJZA 3QEIA 5J2MA 1WAJA 4LSNA 1JL1A 5C42A 1YT3A 4CHQA 3TI0A 3K2PA 4Z4HA 4FK2A 4E7JA 4E1MA 2B6AA 4PQUA 2HB5A 1X9WA 3PO4A 3KLFA 4HHTA 4DQIA 3ZSOA 4FLYA 2ZQBA 4DFMA 2KTQA 3LPTA 3OYHA 4Z4GA 1RTHA 4BE2A 3V4IA 4CGFA 2KFZA 2D5RA 3KIOA 4RW8A 3IRXA 3LWLA 3L8BA 4E7IA 1BQNA 4YFUA 4FLXA 1ZYQA 2HMIA 4G1QA 4OGCA 1RBUA 5DMRA 1IKYA 1IH7A 4CEZA 2E6LA 3EYZA 3LAMA 4CJ3A 3PX6A 2EX3A 3CFPA 1C6VA 3QEVA 2Y1IA 1GOAA 3TWHA 4NCBA 3O3FA 4DFPA 3KLGA 4CEBA 3LP0A 1TGOA 4I2QA 3QNOA 3RMBA 4E0DA 1VRTA 3LPUA 4FW1A 4WE1A 4KFBA 4CJKA 4HUEA 1BI4B 1FK9A 3PX4A 4FZZA 1HYSA 3QNNA 1J53A 4CJWA 1VSDA 5K14A 3VQ9A 3HP9A 4E7HA 1RDBA 1S1VA 4CF2A 4DTUA 5J1EA 5CYQA 3L2VA 4F3TA 5E41A 4BACA 3V9ZA 2ETJA 5CYMA 4KB0A 1JLEA 1FKPA 2DFHA 3AVBA 3AVGA 4DSEA 2YHBA 4AHCA 1CLQA 3OS1A 4Q0BA 3OS0A 2KW4A 3L2WA 5HLFA 1IO2A 4CIEA 3S9HA 4O0IA 2HNZA 4I9LA 4Z4FA 4Z4EA 1VSJA 1U45A 3B6OA 5KTQA 1KLNA 4CFAA 3S3OA 3V9XA 3OYNA 3I0RA 1LWFA 3MECA 4M3UA 1ZBIA 3SCXA 1RT4A 4FJMA 3AA4A 4FLWA 2OPPA 4FJKA 3F9KA 2ATQA 3HT3A 3LAKA 4B9UA 3NF9A 4DTJA 3AO2A 1NK8A 4BDZA 3DLRA 1QHTA 4FJLA 1REVA 1IKVA 3G0ZA 3P5JA 1NKEA 1F21A 3FFIA 3JYTA 4DFKA 4O5BA 2DFEA 1C0UA 3CFOA 3VQ7A 4FLUA 3OYFA 1VSIA 2VG7A 3SZ2A 1SKRA 4ELTA 4BE0A 1G15A 3V81A 1HRHA 3O4NA 4GW6A 1ASUA 1BHLA 1RBSA 4L8RB 3ITHA 1LAVA 1LWEA 1NK0A 2WONA 1KVBA 4FK0A 2HHVA 4CHOA 1YTUA 3D45A 3QLHA 3BDPA 3D0PA 3KK2A 1BQMA 3K57A 1BIUA 4DG1A 3NHGA 4KHWA 3QEXA 3RRGA 4DF8A 1WSHA 2FBYA 3OVNA 3SYZA 3HK2A 3HVRA 4M3ZA 1JLAA 1JLBA 1GOCA 3HM9A 3V9WA 3B6PA 3ZT0A 2G8VA 1S1UA 1Q9YA 4W5NA 2HHUA 4W5TA 4CIGA 1Y97A 3NH0A 4LH5A 2DY4A 5HBMA 5HRSA 4AILC 3K5NA 2D0CA 1HNIA 1Z25A 4F2RA 3AA2A 1JLFA 4N5SA 3OYEA 4FZYA 1GOBA 1SUQA 3VQ8A 4TSXA 2XY7A 1HJRA 5KGWA 3SQ4A 1SKSA 3VQDA 3V9UA 2X74A 5KRTA 4B9NA 3I0SA 3QEPA 1W9HA 3OYGA 1QSYA 3VA0A 2OZMA 2XY8A 1RDDA 1HNVA 1VRUA 2VWKA 2P51A 1ASWA 2B5JA 3WNEA 4AHVA 4DTSA 4O0JA 1MU2A 2QXFA 3IG1A 3NFAA 4DTRA 1CXQA 1D5AA 1S6PA 3KKSA 3KK1A 1SL2A 2BGGA 5JS2A 3H08A 3ZSWA 4Y1CA 1KLMA 1ZBHA 3AVKA 3K5MA 4CJPA 4CGIA 1VSHA 3SUNA 1A5WA 3ISNC 4FJXA 1B9DA 1LW0A 4LSLA 3OYBA 4JRQA 4KB1A 4AHTA 1TAQA 4DQRA 4DSLA 2QKBA 1WLJA 4DTPA 3ZT4A 4DTNA 3ZT3A 3QIPA 4CJLA 1XC9A 3KJVA 1TKZA 2PY5A 1D9FA 3DI6A 5CZ2A 3T1AA 4OKKA 2IAJA 1QS4A 3DRRA 1ASVA 3SPZA 1T7PA 1S6QA 5KRSA 3LP2A 1JXEA 1CZBA 3DOKA 4KTQA 4FJ7A 3V1OA 4DTXA 1SL0A 1J5OA 1YTAA 1B92A 4LH4A 4BWJA 1XI1A 3PX0A 3KLHA 1Z26A 3SQ0A 4M3TA 2X78A 2X6NA 1NJYA 4GMJB 4E19A 3NDKA 3NGIA 4CGJA 3MXJA 5D3GA 3AVLA 3C94A 3TR8A 4RW7A 3VA3A 4NYFA 1TVRA 4CHNA 3HL8A 4FCYA 2HNYA 3ZSRA 2Z1GA 4CF8A 3KLEA 3RMDA 4CGHA 1L3UA 1NK5A 3CG7A 1VSFA 3TAGA 1TKTA 3DYAA 3SPYA 1NJWA 1W0HA 3HPHA 3KTQA 1KTQA 1C0TA 1WNSA 4B3OA 3M8PA 5T7BA 1VK0A 4PUOA 1LWCA 4M45A 3SUPA 1RT6A 4DWIA 3TARA 1WSGA 2IDOA 3QINA 4DS5A 3SUQA 2FC0A 3WNHA 2Y1JA 4IDKA 4KTWA 1NK6A 4B9SA 4FZXC 4J2DA 1S5JA 3VQ6A 1BCMA 4DMNA 1UAXA 3I8DA 1X9SA 1N6QA 1IG9A 3NH1A 2FBXA 1U49A 1BGXT 3ASMA 3O3HA 3AO3A 4NYNA 4YNQA 3TAFA 1NK7A 3LANA 3VQQA 1RT1A 1WN7A 3DM2A 1CXUA 3LZJA 4DF4A 3THVA 3BGRA 4M42A 1S9GA 4OKEA 4Z0UA 2QKKA 4HUFA 3OYCA 2Z1HA 5C24A 2NUBA 1KRPA 3SV4A 3PUFA 1RBRA 1U04A 2KZZA 2JGUA 3KKRA 2OYQA 1NK9A 2BANA 3LDSA 4CFBA 3ZSZA 3CYMA 3P83D 2I5JA 4AHSA 2Z1JA 1NOZA 4KHNA 2ZD1A 3PO5A 4CE9A 4J2BA 3VQ4A 3QERA 4QCLA 4M3WA 4AHUA 2A1RA 1HPZA 1LAWA 1O1WA 3QO9A 4QAGA 3CFRA 4EZ9A 1HYZA 4JS4A 4LD0A 3NGYA 4IFVA 2D0AA 3OJUA 1IKXA 1C1BA 3VQPA 4OPKA 3NE6A 2XY6A 3KD5E 5FRNA 4JRPA 4I2PA 3C6UA 2IOCA 5SWMA 4Y1DA 1BCOA 4DS4A 4KHYA 4CJQA 4N56A 1RTIA 3MEEA 2PYJA 1QSLA 3L3VA 1XHZA 2KZMA 3MXIA 5HRNA 4F4KA 3HVTA 3ZCMA 2VG5A 2D0BA 4JLHA 1RT2A 4F8RA 2DTUA 2YNHA 3AO5A 3ZSYA 4B8AB 3RMAA 1TK5A 1L3SA 3RTVA 5HRRA 3L2RA 1TL3A 2PYLA 3QESA 3LWMA 1YVUA 4CEOA 4ZTJA 4CK3A 2YNGA 3RWUA 2O4GA 2F8SA 3ZT1A 4CK2A 4KI4A 1RBVA 4I7FA 1LW2A 2F8TA 4CK1A 4IG0A 5DK5A 3TAMA 2HHSA 3V1QA 3NF7A 4N47A 4J2EA 1UOCA 1I3AA 3PY8A 1T03A 1U4BA 1BI4A 4CEAA 4I9QA 2IC3A 3P1GA 1HQEA 3VQ5A 3HP6A 4DFJA 1JKHA 2QK9A 3RR8A 2RF2A 3LZIA 2IS3A 4O44A 3TAPA 3S3MA 3VQBA 1D9DA 1JL2A 3NF6A 4M3YA 2HHWA 1WSEA 3KLIA 4E7LA 4KAZA 1T05A 4C8LA 4E3SA 2ITGA 3S3NA 2YV0X 4ELVA 1ZBUA 4FM0A 5HP1A 3CQ8A 5CZ1A 5FRMA 1JXBA 1S1XA 4PY5A 4FJIA 3M8QA 4EP5A 4DQQA 3OYMA 1J54A 1EKEA 1U47A 4OLBA 3AO4A 2VWJA 3HYFA 4BWMA 4UQGA 3JSMA 4LY7A 2XO7A 4OGEA 3MXMA 1TKDA 3O4QA 4O4GA 1L5UA 4C8OA 4CHYA 1LV5A 2GV9A 1BL3A 4F2SA 4FJNA 4ZHRA 2DFFA 1J9AA 1S1WA 1TL1A 3AVHA 3TANA 4B9VA 4DSIA 4KHSA 4R5PA 3ALYA 4OVLA 2R7YA 1HQUA 1KCFA 4C8NA 1RCHA 3EZ5A 4OKJA 4DU1A 1RT5A 4PA1A 3K59A 4FLVA 1X1PA 4DQSA 1SV5A 2HNDA 2G8KA 1DLOA 1RBTA 3MAQA 3LP3A 3DLEA 2F96A 4FM1A 2RKIA 2FBVA 1JLGA 4HTUA 3OYIA 5KI6A 3NAEA 4KTZA 4RW9A 4DLGA 3AVNA 4CHPA 3L2QA 4N76A 2OPRA 4H8KA 3PV8A 2O4IA 3OYLA 4DQPA 4Z4CA 4CJRA 1K6YA 1JLQA 4GVMA 2G8UA 4ELUA 1N5YA 3DLKA 4O55A 3SUOA 3SNNA 4NCAA 3HSTB 4DTMA 4B9LA 3QETA 3AVAA 4K8XA 4KHQA 1KFDA 3OYAA 1S1TA 3DOLA 4RW4A 2XHBA 3HO1A 1RNHA 2RN2A 3AO1A 3HPGA 4FJJA 4E89A 4W5RA 3V9SA 1B9FA 1IKWA 3NF8A 3DLBA 4BDPA 1TV6A 4HCBA 4HVJA 4EZ6A 3DMJA 4CF0A 1NK4A 3AVMA 1UWBA 1KFSA 4ID5A 1UA0A 4CCHA 1XWLA 4W5QA 5I3UA 2ZE2A 3OYDA 3T19A 1C0MA 4H4MA 4FJHA 1SL1A 3T3FA 4F3OA 4OLAA 2HVHA 3DRSA 3O3GA 1Q8IA 4CJ4A 3F73A 1U48A 1RTDA 2P1JA 4CEFA 2E4LA 1DTTA 4CEDA 3VQAA 1C1AA 3M8RA 3ZSXA 4IBNA 3AV9A 5EU7A 3MEGA 4DLEA 4CIFA 1ITGA 4IKFA 1VSKA 1DTQA 4CJEA 1WSJA 3K5OA 1TK0A 4FJGA 3MEDA 4ICLA 4KI6A 4BE1A 4CJ5A 1NJXA 4IG3A 2KQ2A 4QOZB 5HRPA 1RT7A 4B8CA 3SQ2A 4C8KA 1EX4A 4M3RA 4CEQA 5SZTA 3K5LA 2EHGA 1VSLA 1NKBA 5HROA 2P5OA 4KHUA 3ZSQA 4CGDA 3U3YA 4CECA 3NGZA 1CZ9A 4RW6A 3VN5A 2P5GA 1SKWA 4DU4A 3UIQA 4CJSA 2YNIA 3ZT2A 3V1RA 4CF1A 4CJTA 1RDCA 4JS5A 3U6FA 1QQCA 3LP1A 4J2AA 1A5VA 4HUGA 4E1NA 3OYKA 1BISA 3CM6A 5FDLA 3SJJA 2HHTA 1L3TA 4FLTA 2G8HA 3NBPA 4B9TA 3TAQA 2OPQA 1NOYA 4FK4A 3SV3A 4CJFA 4FM2A 4NCGA 4DSJA 1ZBLA 2BE2A 2XRIA 4XIUA 4FJ8A 1C1CA 3EY1A 1WSIA 3TABA 2IGIA 4C8MA 2HW3A 1RDAA 1S9EA 4MQ3A 1EETA 3DRPA 1Q9XA 3LALA 2W42A 4Z4IA 4PWDA 2PZSA 2GUIA 1RTJA 4CFDA 2HHXA 1HYVA 1EXQA 2G8IA 3AVIA 4KKOA 4AH9A 1TK8A 4FVMA 4KO0A 3V6DA 4DU3A 1WAFA 4W5OA 4K8ZA 3VQEA 4Q5VA 3ULDA 3RMCA 1TAUA 4M3XA 1BIZA 3QEWA 1NKCA 4FW2A 4OPJA 3DLHA 3KK3A 2Z1IA 2YHAA 3OS2A 2YKNA 4FXDA 4MFBA 1TKXA 4KV8A 4DSFA 4ID1A 4CF9A 4HCCA 4KREA 2WOMA 2VG6A 3AA5X 3RRHA 5J2QA 3HXMA 1WSFA 1QSSA 1VSEA 2AJQA 2YKMA 3M8SA 1L3VA 4KPYA 1KVCA 4FJ9A 2YNFA 2OZSA 3NH2A 4FLZA 4AHRA 4FYDA 2OPSA 3TAEA 3IAYA 3AA3A 3WNFA 4CJUA 3L3UA 3ZSVA 3OYJA 2X6SA 1QE1A 3L2UA 3NCIA 2XY5A 3A2FA 3G10A 2KFNA 3OY9A 4M41A 1A5XA 4KRFA 3WNGA 4ZTFA 1KVAA 5I42A 4DSKA 2OA8A 3RR7A 1XHXA 5J2NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H4OA 5AQWA 1RT3A 1GLEG 1RILA 4N41A 5KPTA 4CFCA 1OH6A 4IOXA 2G8WA 3C6TA 1K9MO 1FXXA 5FROA 3SQ1A 4OJRA 2DPNA 5AZIB 3H3OB 2LSNA 2B4JA 4GY2B 1QTMA 2BH1A 2E6MA 2RPIA 3CCMN 2BDPA 3FZFA 1T8EA 2JLEA 3AVFA 3QIOA 1HMVA 1JLCA 3HPOA 4FWSA 4FWKA 5FLXO 2Q3SA 1ZBFA 1KSPA 3IS9A 2WFBA 1JL1A 3QICA 3CCSN 3HBTA 4FK2A 4PQUA 1N8RO 2HB5A 1JCFA 1NWKA 5AQRA 4Z94A 4RWTA 2AA4A 1RGIA 3H6EA 2KTQA 3CCUN 4OX9K 1VQ7N 2KFZA 3IRXA 5F1XA 4YFUA 1Y64A 5ADXA 2UXDK 5DMRA 4KHPK 3FZHA 5AQYA 2E5LK 3UB5A 1IH7A 4EFHA 3MX2A 2E6LA 3LAMA 1GOAA 3WT0A 4NCBA 5HOOA 3LP0A 1BOTO 4WE1A 1HYSA 4QS8A 3HP9A 1S1VA 1QHAA 3VGMA 4BACA 2HF4A 4BC3A 1BA1A 2DFHA 3SAFA 3AVGA 3A5LC 2YHBA 1CLQA 4K25A 4ISFA 4I9LA 1VSJA 2HSTA 3CD6N 3OYNA 3G71N 3IDHA 4BR2A 2IVOA 3QFUA 4LC9B 3AA4A 3VESA 3J81O 1N33K 2OPPA 2QXLA 4FJKA 3F9KA 3HT3A 1XC3A 4DTJA 1RFQA 3T7ZA 4DV2K 1NK8A 1IKVA 4GVEA 3OYFA 1VSIA 4JD2A 1HRHA 3O4NA 4FPBA 1ASUA 1BHLA 2IIRA 2AP1A 5EVZA 3H45C 2UU9K 3RVCA 3ZETB 3KK2A 2Q0UA 3K57A 4KHWA 4LF4K 1NG9A 1WSHA 3SYZA 3BZKA 3WXMB 4LF9K 4NB4A 4CD1A 3HM9A 4W5NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H4O A;  5AQW A;  1RT3 A;  1GLE G;  1RIL A;  4N41 A;  5KPT A;  4CFC A;  1OH6 A;  4IOX A;  2G8W A;  3C6T A;  1K9M O;  1FXX A;  5FRO A;  3SQ1 A;  4OJR A;  2DPN A;  5AZI B;  3H3O B;  2LSN A;  2B4J A;  4GY2 B;  1QTM A;  2BH1 A;  2E6M A;  2RPI A;  3CCM N;  2BDP A;  3FZF A;  1T8E A;  2JLE A;  3AVF A;  3QIO A;  1HMV A;  1JLC A;  3HPO A;  4FWS A;  4FWK A;  5FLX O;  2Q3S A;  1ZBF A;  1KSP A;  3IS9 A;  2WFB A;  1JL1 A;  3QIC A;  3CCS N;  3HBT A;  4FK2 A;  4PQU A;  1N8R O;  2HB5 A;  1JCF A;  1NWK A;  5AQR A;  4Z94 A;  4RWT A;  2AA4 A;  1RGI A;  3H6E A;  2KTQ A;  3CCU N;  4OX9 K;  1VQ7 N;  2KFZ A;  3IRX A;  5F1X A;  4YFU A;  1Y64 A;  5ADX A;  2UXD K;  5DMR A;  4KHP K;  3FZH A;  5AQY A;  2E5L K;  3UB5 A;  1IH7 A;  4EFH A;  3MX2 A;  2E6L A;  3LAM A;  1GOA A;  3WT0 A;  4NCB A;  5HOO A;  3LP0 A;  1BOT O;  4WE1 A;  1HYS A;  4QS8 A;  3HP9 A;  1S1V A;  1QHA A;  3VGM A;  4BAC A;  2HF4 A;  4BC3 A;  1BA1 A;  2DFH A;  3SAF A;  3AVG A;  3A5L C;  2YHB A;  1CLQ A;  4K25 A;  4ISF A;  4I9L A;  1VSJ A;  2HST A;  3CD6 N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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