2G8FA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
TIV1 (64-67)AH1 (105-123)S1 (68-75)S2 (79-87)TI1 (87-90)S3 (93-103)TI2 (88-91)EMPTYS4 (129-131)TIV2 (76-79)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8fA00
4M3XA 1IO2A 1NKCA 5D3GA 3WNFA 1C1BA 4PWDA 4FLYA 1RT1A 3V4IA 2YNFA 1HRHA 1TKZA 1I39A 1YT3A 1VSLA 3MEDA 4AHVA 4YNQA 1ASUA 1QQCA 4LSNA 4KAZA 3KJVA 4OKEA 1SKRA 4DTRA 4CHNA 5J2QA 2RF2A 3HVTA 1QE1A 1QSYA 1SL2A 4CHQA 1T7PA 4KHYA 3ULDA 1RTJA 3RR8A 4JRQA 1VSDA 3M8PA 3LP2A 1Y97A 1VSMA 3ZSVA 3RRHA 1B9FA 4RW9A 4ELUA 4B8CA 4CEBA 1SKSA 1RBVA 3DRSA 3KTQA 4DWIA 2RPIA 2XY5A 4CGIA 3SI6A 3ZSZA 1J54A 4DTSA 5C24A 1UOCA 3ZT4A 1UA0A 1YTUA 5DK5A 5JS2A 4CESA 4FLZA 3WNHA 3O3FA 1JLFA 3LPTA 1XWLA 3CM6A 3U6FA 4DQPA 3V1OA 1N5YA 3T1AA 1JLQA 4GW6A 3KIOA 1C1AA 1RBUA 3LALA 2EHGA 3ASMA 1S1VA 4C8MA 3HM9A 3ZSXA 1JL2A 3DLBA 3NDKA 1ZBLA 1LV5A 2HW3A 2Y1JA 4ID5A 1Q9YA 4CGDA 4LH5A 4C8LA 1TL3A 3QEIA 3O3HA 4JS5A 4DTJA 3PX0A 3KD1E 3MXMA 2HHVA 1TKTA 1L5UA 1EP4A 2I5JA 3AVBA 4CIEA 1BI4A 3SUNA 3QETA 3QESA 1KRPA 3ZT2A 1VRTA 4AHUA 4IKFA 4B9MA 3DOKA 4DFKA 4DF4A 3TAMA 4B9NA 5CZ1A 2FBVA 3VQEA 4DTMA 3AO1A 4ID1A 4TSXA 1L3TA 4DSKA 3AVAA 4OKKA 3KK3A 2XHBA 1U45A 2YHBA 2XY6A 3I8DA 2AJQA 3NF7A 1JXEA 1C0MA 3F9KA 4E0DA 3VQ5A 4EP5A 2EX3A 1ZBHA 3B6PA 1A5VA 3HP9A 3AO2A 3CG7A 3E01A 3VQBA 4KI6A 3OYMA 4EZ6A 5KRTA 3OYJA 1REVA 5CYQA 1VSKA 4KV8A 2IGIA 1VSIA 5EU7A 4CFCA 4CJUA 3NFAA 3AA3A 4HVJA 3JSMA 2O4GA 1RT4A 4J2DA 4DU1A 3O3GA 3MEEA 1LW0A 3A2FA 4FW1A 4M41A 4B8AB 1WAJA 3L2WA 1NJXA 3QINA 1RDBA 4M45A 1RBTA 3SUQA 1NK6A 3EYZA 4KTQA 4K8ZA 3L2RA 3SNNA 4DTNA 1N6QA 1VSEA 3MECA 1UWBA 5FROA 1WSEA 2YKNA 3HVRA 4KHSA 1EETA 2RN2A 4FYDA 3VA0A 3PO5A 1HYZA 1U48A 2X74A 4Z4EA 3L8BA 2HHXA 5I3UA 4RW4A 4CIFA 1DTQA 4CFAA 3VQ8A 3LAKA 4CK3A 1U4BA 1ASWA 3L2VA 3AVJA 1RTDA 3K59A 2D5RA 3VQPA 1S1TA 4LH4A 3HP6A 3HT3A 3LZJA 3KLIA 3THVA 4FK0A 2XY8A 4MQ3A 1ZBIA 4OGCA 3AVKA 4H4OA 4FW2A 3OYHA 3QNOA 1BQNA 4OVLA 4CJPA 1U04A 1RTHA 4CHZA 3KKSA 3LAMA 4E7KA 3WNGA 2HHUA 4E89A 3V9SA 1U47A 4W5NA 3DRPA 3SV3A 2DFEA 1LW2A 4CJSA 4FCYA 4EP4A 4DLEA 3DMJA 4DQRA 5HRRA 2XY7A 3OS2A 4KHWA 4ICLA 2WONA 4IBNA 5SZTA 3V9XA 1DTTA 4M3YA 1TVRA 3OY9A 4Z4GA 1TAUA 5C25A 1BCOA 3H08A 4QAGA 1NK8A 3ZSQA 3NF9A 3ZT1A 2XO7A 3IRXA 3HXMA 2OZMA 4R5PA 3TANA 2HHWA 5C42A 4DFPA 2BANA 4FK4A 1YTAA 3U3GA 4FLUA 2G8VA 4OKJA 4E1NA 1SV5A 1HQEA 4CGJA 3AVIA 4FLWA 4OLAA 1RNHA 4I2PA 5KGXA 4Y1CA 3SQ2A 1RBRA 4NYFA 4HTUA 2QKKA 3S3MA 1CLQA 3O4NA 2D0CA 3SQ0A 4CEOA 4O0IA 2FBTA 3L2UA 1KVCA 2JGUA 3V1QA 5DMRA 5SWMA 3CM5A 3NH0A 2OPQA 2G8UA 1HJRA 3AA4A 3CQ8A 4MFBA 1W0HA 4NYNA 3OYAA 3TABA 2RKIA 4CJ3A 4J2EA 1JKHA 2A1SA 3OS0A 2Q3SA 1FKOA 3TWHA 4FJJA 4I9QA 4NCGA 1JL1A 1WSIA 4E1MA 5JS1A 4CF2A 3CFPA 4C8KA 2P5OA 1NK5A 4AHCA 1L3SA 1XHXA 2BE2A 1IKVA 3OYKA 3SUPA 3FFIA 3TAFA 2G8HA 4FJ7A 1HYSA 4CHYA 2B4JA 2Y1IA 4CFDA 2G8IA 3T19A 4K8XA 3K2PA 3TI0A 4KTZA 3RWUA 1JLCA 4CK2A 4FVMA 2VG6A 1B92A 4OPJA 2HNYA 4BE1A 1ZYQA 4B9SA 1SKWA 3LWMA 3DI6A 4OLBA 1Z26A 4DF8A 3VQAA 2IDOA 4OJRA 2W42A 3V9UA 3KKRA 1ITGA 5J2NA 1XHZA 1R0AA 3SPZA 3AA5X 3TR8A 1UA1A 2HNDA 3LZIA 3UIQA 4LSLA 3QEXA 1F21A 1GOBA 2ZD1A 3VQ4A 1VSJA 1WSJA 2B5JA 4IG3A 2VWJA 1W9HA 3WNEA 3EY1A 2BDPA 4FJ5A 2IAJA 1LWEA 3LP1A 3DOLA 1IKXA 4ZTJA 1BIZA 1JXBA 4CE9A 4J2AA 1WSHA 4H4MA 2PYJA 3OYCA 4CJTA 3OVNA 3EZ5A 3OJSA 1BIUA 1RTIA 3HPHA 4DSEA 4FJNA 1RDDA 4AHRA 4AH9A 1BI4B 1CZBA 1FXXA 3OYEA 4DU4A 1SL1A 3PX6A 1HYVA 4PUOA 1TL1A 4I9LA 3K57A 4W5OA 3HL8A 4FJ8A 3DLRA 3SUOA 2G8WA 3ZSYA 1S6PA 4W5TA 1JLAA 4DFJA 2HB5A 4FZXC 1NK7A 1QSLA 4RG8A 3VQDA 1NK4A 3K5MA 4DS4A 4DU3A 4JRPA 1RILA 4CJFA 3F73A 1KVBA 3NCIA 3CFOA 3V81A 4FM1A 1NK9A 4KB0A 4M3TA 2G8KA 3HPGA 3DLKA 1RT2A 1WN7A 2P1JA 3K58A 3AV9A 4IFVA 4AILC 4W5QA 1KLMA 1NOZA 4OPKA 1RDAA 1S9GA 1T8EA 4HUGA 1IH7A 4F3TA 4KKOA 4CJLA 3QERA 4DSLA 2D0BA 2P51A 1QTMA 1WSGA 4CJQA 3V9WA 5HROA 1U49A 2P5GA 4FZZA 4KHQA 2NUBA 3BGRA 5HRPA 5CYMA 3IG1A 1NJYA 2HHQA 1LAVA 1TKDA 2YNIA 3L3VA 1JLEA 3KK2A 4WE1A 4CEFA 4LD0A 3QIOA 3VN5A 4CHOA 3OYLA 3KLHA 1BL3A 4N5SA 3NHGA 1GOCA 1T05A 4DSIA 4N76A 2ATQA 2GV9A 1DLOA 2FBXA 4O44A 3SPYA 1EX4A 3QNNA 1S1XA 3OYFA 4Y1DA 4O0JA 4JS4A 3NBPA 2ITGA 1D9DA 5CY4A 1WAFA 4B3OA 5K14A 5FRMA 3M8RA 2KTQA 3K5LA 5J2MA 1EXQA 4O5BA 2VG5A 3RTVA 1C0TA 4DS5A 2D0AA 1TK8A 2QKBA 4M3WA 1S5JA 4W5RA 2KQ2A 1SUQA 4LY7A 4BDZA 3RMDA 1WSFA 2YV0X 3U3YA 2HVIA 4KPYA 1T03A 2HNZA 1BISA 4DLGA 4DSJA 4CGFA 3VQ7A 5KGWA 5I42A 3CYMA 2JLEA 3K5NA 3NAEA 3G10A 3I0RA 4CEQA 4KRFA 1CXUA 1ZBUA 2VWKA 3LDSA 1S9EA 4CGHA 2FBYA 3ZT3A 1KTQA 2X6SA 1HNIA 1RT3A 3QIPA 4Z4IA 1TK0A 3AO3A 1X9WA 3M8QA 4FM2A 1SL0A 1NJWA 4O55A 1XC9A 2KW4A 1IKWA 3M8SA 3MAQA 4FM0A 2Z1HA 3SJJA 1J5OA 4FJIA 1K6YA 1J9AA 3ITHA 4KI4A 2DY4A 4RW7A 5FDLA 4IG0A 5E41A 4J2BA 1RT6A 4Z4FA 4HUFA 3P83D 4B08A 4DSFA 3MEGA 3TARA 4CCHA 4ZHRA 2E4LA 3ISNC 3VA3A 2F8SA 1LAWA 3G0ZA 4DTXA 4F3OA 1KFDA 3DLGA 1TK5A 4QOZB 1G15A 3QO9A 1S6QA 4CEAA 3KK1A 3TAQA 3NGIA 1C1CA 1HPZA 1RDCA 3HPOA 4RW8A 4YFUA 4CF1A 4HHTA 4FK2A 3HO1A 1CXQA 3AVMA 3PV8A 3PO4A 3QEPA 1WNSA 2ZQBA 3DRRA 3P5JA 3DLHA 4KB1A 1S1WA 2OPSA 3VQ9A 3RMAA 2FC0A 3QEWA 4FJKA 1BHLA 3ZCMA 5KTQA 3S3OA 1TAQA 1MU2A 3NGYA 2IS3A 1HNVA 1JLBA 5HBMA 4DG1A 3OYDA 4BE2A 1X9SA 3AVHA 5T7BA 4KHNA 2KZMA 4CF8A 4DQIA 4F2RA 1VSHA 3AVNA 1A5XA 3TAGA 2OPRA 1RT5A 4OGEA 2OA8A 1YVUA 4I2QA 4CERA 3ALYA 2KFZA 3LP3A 4CEZA 4E7JA 4M42A 2Z1GA 3LANA 4BACA 4ELVA 2IOCA 4CJ4A 4JLHA 1CZ9A 4F4KA 4E7IA 3SV4A 3O4QA 3VQCA 1TKXA 3VQQA 3C6UA 4IDKA 1GOAA 1HQUA 4FJ9A 4BE0A 3TAEA 2OYQA 2KZZA 4FZYA 2HVHA 2X78A 3OYBA 4DMNA 3PUFA 1LWFA 1NKBA 1L3UA 3QLHA 4N56A 2OZSA 4QCLA 3ZT0A 2X6NA 3L3UA 4GMJB 3V1RA 4KFBA 5KI6A 3HYFA 5J1EA 3HJFA 3PY8A 4FLXA 1NOYA 2PYLA 2PY5A 2BGGA 4Q0BA 1UAXA 2HHSA 4CF0A 4CIGA 1TGOA 4B9TA 3SQ1A 4NCBA 1RCHA 4I7FA 4CK1A 4KHUA 4KREA 2ZE2A 4E3SA 4BWMA 1QHTA 4E19A 5FRNA 3C6TA 3CFRA 4ELTA 4M3ZA 4FXDA 1Q8IA 1KLNA 2E6MA 1KSPA 1ZBFA 4DQQA 2WOMA 3QEVA 1QSSA 3NE6A 1RBSA 1X9MA 4CJ5A 3MXJA 4Q5VA 5J2PA 3IAYA 4CEEA 2DFFA 2R7YA 4C8NA 4IFYA 1BCMA 2QXFA 3SZ2A 1QS4A 2E6LA 3AVCA 5KRSA 1D9FA 1TV6A 1J53A 4C8OA 4Z0UA 4CJWA 4Z4HA 4RW6A 3KLEA 4KO0A 2YHAA 2GUIA 4CGGA 3MXIA 4UQGA 1L3VA 3BDPA 4EZ9A 3HK2A 3HSTB 1VK0A 1FKPA 3V6DA 1S1UA 2KFNA 2LSNA 5CZ2A 4FJMA 3RMBA 1VSFA 3DYAA 4PA1A 4CFBA 3KD5E 2A1RA 4FJHA 1KFSA 1HMVA 1C0UA 1O1WA 4N47A 4O4GA 3AVLA 3D45A 1KVAA 3K5OA 3L2QA 4ZTFA 1NJZA 4FLVA 2PZSA 3SQ4A 1XI1A 2XRIA 1KCFA 3VQ6A 3OYIA 4XIUA 2OPPA 1NK0A 4HUEA 3OYGA 4Z4CA 4DQSA 4AHTA 4GVMA 3NF8A 3NH1A 3OYNA 4FJLA 3AA2A 2YNHA 3ZSOA 4CECA 4BWJA 3SCXA 4AHSA 4F8RA 4PQUA 1FK9A 1A5WA 2B6AA 4BDYA 4NCAA 4CHPA 1VRUA 3NF6A 3SYZA 4B9LA 5HLFA 3LP0A 2QK9A 2ETJA 3D0PA 4E7LA 5HRNA 3T3FA 1RT7A 1X1PA 3C94A 4H8KA 3JYTA 3NH2A 2HHTA 4M3UA 3LPUA 4DTUA 2DFHA 1LWCA 2IC3A 3OS1A 4CF9A 4F2SA 1IKYA 3AO5A 2DTUA 2F96A 2VG7A 4E7HA 1ASVA 2Z1IA 4CJVA 1C6VA 4M3RA 5HP1A 4N41A 4DTOA 3RMCA 3S3NA 2G8FA 3I0SA 4CEDA 1WLJA 3KLGA 4B9VA 4L8RB 3AVGA 3OJUA 1BGXT 2GBZA 1JLGA 3B6OA 3P1GA 1I3AA 3ZSRA 3V9ZA 3AVFA 1IG9A 4FJGA 4DFMA 4G1QA 4BDPA 4PY5A 2O4IA 2YNGA 4CJEA 4CJRA 3KLFA 2Z1JA 3DM2A 3RR7A 3ZSWA 4HCBA 1D8YA 3LWLA 2YKMA 2F8TA 5HRSA 1B9DA 4CJKA 4FLTA 3DLEA 3NGZA 1EKEA 1NKEA 4FJXA 4B9UA 3C95A 1D5AA 1Q9XA 1Z25A 3PX4A 3RRGA 3S9HA 4DTPA 3IS9A 2HMIA 4HCCA 3AO4A 3TAPA 1BQMA 4KTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NKCA 5D3GA 4J8FA 4B1YB 5FPDA 3ZYYX 4PWDA 1RDUA 4BR4A 3A8YA 1HRHA 1WOQA 3C7NB 3MEDA 4AHVA 5EVZA 3E9PA 3K9KA 1QSYA 4GV9A 4JI0K 3HVTA 4KHYA 1NGDA 1VSDA 3M8PA 3ZSVA 1Y97A 4GNIA 1B9FA 4BQLA 4ELUA 4CZKA 3SI6A 5E84A 4YORA 4DTSA 1YTUA 5DK5A 4CESA 4FLZA 2UUCK 2O8BA 4M63C 3CJBA 2UXBK 3U6FA 2QWMA 3T1AA 3A5OC 3F5TA 3CJ7A 3KIOA 1QHAA 4HTLA 3HM9A 1TYQB 3OBWA 3ZSXA 3L4QA 1JL2A 3FGUA 3DLBA 5AQMA 4NXMK 4DV7K 1Q9YA 4DTJA 3PX0A 1TKTA 2WUSA 1VRTA 3ZEUB 4B9NA 4DFKA 3K0SA 3G71N 2FBVA 1T44A 2YHBA 4JI1K 3VGLA 1KAXA 3NF7A 4EP5A 1QVFM 3E01A 4LF8K 3ENBA 1REVA 1VSKA 4HVJA 3CD6N 3WUHA 4CFCA 3NFAA 3AA3A 3QFPA 1HR0K 2O4GA 1RT4A 4NXNK 1NGAA 4M41A 2E2QA 4KTQA 2NLXA 1DGKN 4DTNA 1D4XA 3MECA 2ZJRL 3PO5A 4GVEA 5I3UA 5AQJA 3LAKA 1W97L 1ASWA 3AVJA 1RTDA 3H1VX 4LH4A 3HP6A 5AQZA 1HKBA 3KLIA 3THVA 3ULEB 2ZM6K 4ISEA 2XY8A 4MQ3A 3VEXA 4JKGA 3ZETA 4H4OA 1BQNA 1NJIO 3CERA 3KKSA 4E7KA 2HHUA 3WNGA 3V9SA 4LF7K 3DRPA 3NVKA 4CJSA 2E2OA 3OS2A 3OTOK 4IBNA 4M3YA 2O8FA 2WTUA 2ASMA 2XO7A 3NF9A 2OZMA 2HHWA 4DFPA 4IOCL 1K8KA 4OKJA 4QS8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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