2G8FA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8fA00
2RF2A 3NH1A 3AO2A 4FW1A 4F2RA 3VN5A 3OYKA 4LSLA 5CZ1A 1IG9A 1WN7A 3D0PA 4B9UA 4FZZA 2YNFA 1ASWA 4CHZA 4CJ4A 2KTQA 1EETA 4CEQA 2D0CA 4CJSA 4CJPA 2I5JA 2YKNA 1Q9YA 2HHSA 4ZTFA 2OPRA 4ID1A 1TL1A 1TV6A 2X6SA 3DOLA 4IDKA 3TAQA 1XHZA 3KTQA 3LDSA 1HNVA 2Q3SA 1WAJA 3L3UA 3AVAA 4FLXA 2XY7A 4KRFA 2XY8A 1CZ9A 5KGXA 3DMJA 3DRSA 3HT3A 4FLVA 2BE2A 3PV8A 1C0MA 1Q8IA 3OYDA 3NAEA 1U49A 1TL3A 4FJNA 1WAFA 4DTOA 1X9SA 3AVNA 1L3TA 3CYMA 4KFBA 3C94A 4FJ7A 3MECA 4Z4GA 2W42A 1J54A 4DFJA 1UAXA 4E89A 1J5OA 2E6LA 2KQ2A 4CJ5A 1U4BA 3C6TA 2HHUA 3HJFA 4ZTJA 4ZHRA 2ZD1A 4O44A 4DSJA 4CJKA 3P83D 4FLYA 4FZXC 1X1PA 4HCCA 3K5NA 4BE2A 1RBRA 3BGRA 4DLEA 4N5SA 3SV4A 3OJSA 1IKWA 1TK0A 3DLEA 1VRTA 4RW9A 3CFOA 4IG0A 2DFEA 2DTUA 4DTXA 4C8LA 1TAUA 2IDOA 3WNEA 1RBTA 4RW6A 4C8NA 3KK1A 3DI6A 3B6PA 2YKMA 3B6OA 4I7FA 4XIUA 2G8HA 3RRGA 1IKVA 4DSIA 4AHUA 4CHPA 3K5OA 2F96A 4JLHA 4PA1A 5CYMA 4BE1A 1J53A 4FLWA 4IBNA 1S9GA 3OS2A 3PX4A 2KFNA 1T7PA 2IGIA 3QEIA 4CJUA 1BI4A 1CZBA 4G1QA 1JLQA 3ULDA 1KSPA 1I3AA 4CF1A 3TR8A 3L3VA 3QEXA 5KGWA 3TAPA 1RNHA 4HUFA 1KFDA 2P5GA 3SUPA 3QEWA 4OGCA 2P51A 3HPOA 4CEDA 1IH7A 1JXEA 1YT3A 1KTQA 4AH9A 1QTMA 5CZ2A 1WSFA 4FJKA 2B4JA 4FJHA 1QHTA 1S1TA 4AHSA 4FCYA 4CF8A 1HYVA 1EKEA 1SL1A 4I9QA 1LAWA 1YVUA 4W5QA 4CF9A 4Z4FA 1TKXA 1KLNA 1C0TA 3NCIA 1MU2A 3AVIA 4IFVA 4CJWA 2RPIA 4CESA 1RTJA 4F3TA 2GUIA 3G0ZA 3I8DA 2YHBA 4CJ3A 4OGEA 3MEGA 2WOMA 2ZQBA 1C6VA 4DQIA 1GOBA 4CJTA 3S9HA 5FROA 1LW2A 5HBMA 4BDZA 1VSFA 2D5RA 1QS4A 2X74A 3NF6A 3OYCA 3OYHA 4DF4A 3SQ1A 3OYLA 4NYFA 1DTTA 2HW3A 4CJVA 1RDAA 4Y1DA 4KHQA 3V1QA 4HTUA 4I2PA 3DLRA 2DY4A 1ZBFA 1RDCA 3LALA 3NF8A 3S3MA 4FK4A 4B3OA 2HHQA 4HVJA 4CEEA 4PQUA 4FM0A 1BQMA 3CM6A 1QSLA 2X6NA 3VA0A 3I0SA 4H4OA 1NKCA 2JLEA 3MAQA 4AHVA 4MQ3A 4CGHA 1X9WA 5E41A 1B9DA 3AO5A 4I2QA 1BIZA 4FW2A 3KLFA 2OZSA 4IKFA 3EZ5A 2IAJA 3AV9A 1SUQA 3RMBA 3TANA 1CLQA 4DLGA 2Z1GA 4O5BA 4DQQA 2OA8A 4DU3A 4CK1A 2PZSA 4CJQA 3HSTB 1HNIA 4DTPA 3LANA 4J2EA 3RTVA 5J2MA 3QETA 1TK5A 4M3XA 1UA1A 3HM9A 3IS9A 4O0IA 3SPZA 2FBXA 5HRSA 3LZJA 4M3ZA 3VQBA 1Z26A 1U47A 1GOCA 3AA3A 4CEAA 5EU7A 2Z1HA 3KK2A 4KHSA 2OPPA 1Q9XA 1NK6A 4JRQA 3NGZA 1K6YA 1T05A 3ZT0A 3CG7A 4FVMA 1WLJA 2VG6A 4OKJA 4K8ZA 4PUOA 1EX4A 1S1UA 4CEZA 3LPTA 5J1EA 4E7JA 2ZE2A 3V1OA 1BISA 4E7KA 2ATQA 2OYQA 1RBUA 3HPGA 3M8PA 1VK0A 4M45A 3PUFA 4AHCA 3KD1E 3HL8A 4L8RB 3CM5A 3ZCMA 4DTUA 1C1AA 4CECA 2YHAA 4CJLA 4DSEA 4E3SA 5HROA 3DLHA 4NCBA 3DOKA 1RT1A 3VQ5A 3WNFA 3T3FA 1U45A 4IG3A 3WNHA 4ELUA 2G8UA 1QE1A 4B08A 1RT3A 3OJUA 3DM2A 2XHBA 1JLGA 4FJ8A 4CFCA 1DTQA 3K59A 3VA3A 2VG7A 4B9TA 1RDDA 1NK5A 4KV8A 4DSFA 1VSKA 3ZSXA 1NOZA 4OLAA 1Y97A 3AVCA 1RT2A 3AVKA 4KTZA 4O0JA 3VQ7A 4CIGA 3SYZA 3SPYA 1L3UA 3AVFA 3AVBA 3K57A 1RDBA 1IKXA 5J2PA 1VSEA 3P5JA 3OS1A 3L2QA 1XC9A 1SKSA 4DQPA 4B9NA 2P1JA 1UOCA 3ZSQA 2QK9A 3AVLA 2P5OA 2O4GA 3E01A 4C8MA 3OYJA 4K8XA 1A5WA 3EY1A 4FJIA 1HRHA 3LP3A 4JS4A 3VQPA 2XY6A 2IOCA 2O4IA 4HUGA 4Z4CA 1NOYA 1N6QA 2FBVA 4RW7A 4DQRA 3NGIA 1BCMA 1FK9A 1XHXA 4J2BA 1FKPA 3LAKA 3TABA 4FLUA 1SKRA 2D0BA 3NGYA 3M8RA 3S3NA 4BDYA 3RR7A 3ZSOA 3U3YA 4FLTA 3SUNA 1VSDA 1SL2A 1ZYQA 3D45A 1RTDA 2EHGA 4FJ9A 1RILA 1NK8A 2PYLA 3KD5E 2IS3A 3T19A 4OKKA 2YNGA 1FXXA 1FKOA 1IKYA 4M3TA 3VQAA 3MXJA 4OKEA 5HLFA 4CHQA 3ZT3A 1T03A 3LP1A 4ID5A 4M41A 4CE9A 3QINA 4DTJA 4RW4A 3LWLA 4Q0BA 1TKDA 4DTRA 4DG1A 1S1WA 1RBSA 5C42A 3VQ8A 3KLGA 3HVTA 2A1SA 3AVJA 1HQEA 4KKOA 4LH5A 4FK2A 1TVRA 2HB5A 4DMNA 3DLKA 5I3UA 2G8VA 4BDPA 4LD0A 4CIEA 3HXMA 2YNIA 5DMRA 5FDLA 2FBTA 3H08A 3OYAA 4CGGA 1O1WA 3FFIA 3HVRA 3WNGA 3OYEA 4H8KA 2FBYA 1A5VA 3LWMA 4DU4A 4CFAA 1KRPA 3V1RA 1S1VA 5D3GA 1RTIA 3IAYA 1KCFA 2Z1JA 3QLHA 4EP4A 3HPHA 4DTNA 3SI6A 1U04A 1NKEA 3L8BA 4Z0UA 3CFPA 2FC0A 3SQ0A 1BIUA 4FYDA 4CERA 1ZBLA 3S3OA 2PY5A 3CFRA 1N5YA 1C1BA 4B8CA 1R0AA 1TGOA 3VQ9A 3NDKA 1RT4A 3LAMA 2B6AA 4KB1A 1LWEA 4CEBA 4EP5A 3HP6A 1BCOA 4CCHA 1WNSA 4KB0A 4N56A 4KHWA 1REVA 3DLBA 2ITGA 4FM2A 5C24A 3SQ4A 3P1GA 3RMAA 3HK2A 2JGUA 3AO4A 1LW0A 4B9VA 2LSNA 2GBZA 5KTQA 3QNNA 3PO5A 3V4IA 2XRIA 3L2VA 4QAGA 3QIPA 3KKRA 3OYGA 4LY7A 1SKWA 4M42A 3G10A 1TAQA 1VSJA 1EP4A 1HQUA 3C6UA 4GW6A 3PX0A 4B9MA 2HHXA 2E6MA 3OYIA 4CGFA 3KLIA 1ASUA 3F73A 3SUOA 4KI4A 4CJEA 4CHNA 4FM1A 4CIFA 5CYQA 4E7HA 3AA4A 4PWDA 4DWIA 4DQSA 1ZBIA 3OYFA 1VSLA 1VSIA 1C0UA 4NYNA 4JS5A 3PX6A 2OZMA 1RTHA 4OPKA 3V9ZA 3OYMA 1ZBHA 1XWLA 4ICLA 1UWBA 5SZTA 4DU1A 3QO9A 3L2UA 4B9LA 4O4GA 3VQEA 4LSNA 3SUQA 2VWKA 5KI6A 3HP9A 2R7YA 4FJMA 4MFBA 4M3RA 3LZIA 4E19A 2HVIA 3ITHA 1KVBA 1S6PA 1W0HA 3TAMA 1HYZA 4FJXA 2HHTA 1L3VA 3SNNA 3DRRA 4Y1CA 3MXIA 1BHLA 4E0DA 2XO7A 3AO3A 3NF7A 2Z1IA 4WE1A 3NFAA 1S9EA 3LP0A 5J2NA 2XY5A 2QXFA 4KO0A 4ELTA 3CQ8A 4N41A 3V6DA 4KTQA 1LV5A 4FK0A 1RBVA 2G8FA 1CXUA 1LWCA 4BWJA 2Y1JA 2QKKA 3TAFA 2HNDA 3RMDA 2B5JA 4DFKA 4KTWA 3O3HA 4H4MA 4AHRA 3ZSYA 3TWHA 1UA0A 3DRPA 3O4NA 3ZSZA 3SCXA 3ZT2A 4J2DA 5KRSA 3AO1A 4OPJA 4QCLA 3JSMA 3SQ2A 1VSHA 4BACA 1X9MA 3V9UA 1JLAA 4E7LA 1BL3A 4TSXA 1QSYA 4CEOA 1DLOA 1HJRA 3MXMA 3SJJA 1NJZA 2BGGA 2RN2A 4GVMA 4DSLA 4M3UA 4CHYA 2G8IA 3KIOA 4CGDA 3AA5X 4YFUA 2HMIA 2KW4A 3V9WA 3AVGA 2DFFA 1YTUA 2BANA 1RT5A 3V81A 3ALYA 4PY5A 4N47A 3KLHA 3NH0A 4HUEA 1JLFA 3IRXA 1ASVA 1GOAA 2WONA 4DS5A 1NK4A 5HRRA 2RKIA 5FRMA 4F2SA 4R5PA 5C25A 5JS1A 3RR8A 1QQCA 3RWUA 3VQ6A 2YV0X 1NJWA 1IO2A 4OJRA 4CF0A 1J9AA 3AVMA 1JLCA 3OVNA 4E7IA 4DSKA 3NH2A 1LWFA 1D8YA 4AHTA 5DK5A 4W5OA 3L2WA 1VRUA 1HMVA 3F9KA 2HVHA 1NJYA 1L3SA 4RG8A 3SZ2A 4BE0A 4Q5VA 3OS0A 3VQDA 4DTMA 1L5UA 3QEVA 3TAGA 3NE6A 1HPZA 4J2AA 4RW8A 1F21A 3OYBA 3THVA 3AVHA 2G8KA 3NF9A 3BDPA 1EXQA 3UIQA 4IFYA 1C1CA 1KFSA 1XI1A 1U48A 4OVLA 4B9SA 4C8KA 4Z4HA 4F3OA 1TKZA 1BI4B 4O55A 3L2RA 5J2QA 4KPYA 2KFZA 3A2FA 3C95A 3VQCA 4CFDA 4E1MA 3VQQA 4FJLA 4NCGA 4CK2A 4FXDA 1TKTA 4UQGA 4DFPA 4F4KA 3DLGA 3DYAA 3ISNC 4JRPA 3ZSWA 3OYNA 4KI6A 1NKBA 3MEDA 3EYZA 3IG1A 3NHGA 2F8SA 2AJQA 3LP2A 1RT7A 3RMCA 1RCHA 3TI0A 4FZYA 2NUBA 4NCAA 4KHUA 1B92A 3O3FA 1CXQA 4KAZA 3JYTA 3QIOA 2EX3A 4CF2A 3ZT1A 3QEPA 1JLBA 1NK0A 1NJXA 2VG5A 1SL0A 1T8EA 1A5XA 4W5NA 1I39A 3K2PA 2BDPA 5KRTA 2X78A 1WSIA 3KKSA 2PYJA 4BWMA 2GV9A 4CJRA 4KHYA 2D0AA 2HNZA 3SV3A 1ZBUA 2HHVA 1S5JA 3M8QA 1D9FA 1SV5A 4M3WA 4OLBA 3MEEA 3PY8A 3TARA 1KLMA 4B8AB 1KVCA 2F8TA 4HCBA 3VQ4A 1NK7A 3V9SA 3QERA 3QNOA 2HNYA 4W5TA 4C8OA 3ASMA 3O4QA 4FJGA 3M8SA 1ITGA 4ELVA 5CY4A 4KHNA 1D9DA 3K5MA 1D5AA 2G8WA 3ZT4A 4HHTA 1NK9A 4FJ5A 1JL2A 3ZSVA 5FRNA 1TK8A 4CJFA 5HP1A 1WSGA 2HHWA 3K58A 3AA2A 4KREA 1RT6A 3HYFA 3RRHA 4CEFA 4AILC 4DTSA 4LH4A 3ZSRA 1QSSA 4QOZB 2KZZA 2OPQA 3LPUA 5HRNA 1B9FA 1BGXT 1S1XA 2DFHA 5K14A 5SWMA 1JKHA 3V9XA 4DFMA 3U6FA 4W5RA 3PO4A 1KVAA 1JL1A 4CFBA 3O3GA 4DS4A 4DF8A 1JXBA 1W9HA 4I9LA 3U3GA 3K5LA 4E1NA 2E4LA 2A1RA 1YTAA 3QESA 1Z25A 5T7BA 3TAEA 4YNQA 3I0RA 1LAVA 2ETJA 4F8RA 4M3YA 4CGIA 1HYSA 4CK3A 2OPSA 3KJVA 2VWJA 3HO1A 3KLEA 4FLZA 2YNHA 3KK3A 4EZ6A 5HRPA 4EZ9A 1WSEA 4Z4IA 4CHOA 5JS2A 2KZMA 1WSHA 1JLEA 4GMJB 3NBPA 1WSJA 4CGJA 2QKBA 1BQNA 1VSMA 4Z4EA 1G15A 3OY9A 2Y1IA 5I42A 3T1AA 4FJJA 4N76A 2IC3A 1S6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X9JA 3AO2A 5AQPA 2HBJA 1VQPN 2PAVA 3FZFA 3VEVA 4B9UA 5GAGP 4PL8A 1JCEA 2I5JA 4YORA 4CJPA 3KHYA 1VQ5N 3VOVA 3TAQA 1TV6A 1HNVA 2FLOA 2XY7A 3AVAA 3CCSN 3DMJA 4C1NI 1KAXA 2BE2A 3PV8A 1Q8IA 3WXJA 2UXDK 3OYDA 3NAEA 3AVNA 3CYMA 4C1NK 3MECA 4DFJA 5GAHP 4E89A 1J5OA 4CJ5A 3KWGA 3C6TA 3CCVN 3HJFA 1TYQA 1C0GA 4IO9L 3DXMB 3TTFA 1BG3A 4BE2A 1RBRA 3OJSA 1VRTA 2DFEA 1TAUA 1NGAA 3WNEA 1RBTA 3DI6A 2YKMA 3C7NA 1U2VB 5AQLA 2G8HA 4H0VB 4B3TK 1HUXA 5JVHL 2F9WA 4FLWA 5CR4A 3Q7BA 2IGIA 3T1HK 4G1QA 1WUAA 3IMXA 4CF1A 4IWVA 5KGWA 2YCHA 1RNHA 2P9LB 2P9NB 4MDAA 2P5GA 1TUUA 3HI0A 4OGCA 2P51A 1JXEA 1QTMA 3O8MA 4FJKA 4JK8A 4JKHA 1QHTA 4F9OA 4MDBA 4W5QA 2P9SA 3VEOA 1KLNA 3LM9A 4CJWA 4F3TA 3FZHA 4PHTX 5F1XA 1C6VA 5AQFA 4K42A 4CJTA 2VYPA 3AY9A 5HBMA 2D5RA 2X74A 3NF6A 3PSFA 3OYHA 3OYLA 1RDAA 4FWOA 3V1QA 3DLRA 4FK4A 3LALA 4B3OA 4AM7A 2GUPA 4JI3K 1OH5A 1BQMA 3H46O 4DR5K 1QSLA 2O8CB 5C2FA 2JLEA 1KC8O 5M1KA 2QWMA 3H3OB 1GLJO 1QZ5A 5TKYA 2IAJA 3AV9A 2Z1GA 4O5BA 2OA8A 3LDOA 2Q31A 4JKGA 4K25A 5J2MA 3QETA 3CCRN 1P8ZA 3IS9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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