2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
1RBVA 1S1VA 3AVHA 2YV0X 3QINA 3K5LA 2XY7A 4FJJA 2E6MA 3HP6A 2F8TA 3VQ7A 2IOCA 4M45A 4CJSA 3SI6A 3G0ZA 1U45A 2Y1JA 4B9UA 4FLXA 1BIZA 3PX0A 2HNZA 4CK3A 1QTMA 4E7JA 3WNEA 1BQMA 3ZT4A 5HBMA 4CF0A 3QEPA 3NHGA 2QKKA 1JLFA 4W5TA 3HXMA 1A5XA 1NOZA 4KO0A 4CGDA 3CQ8A 3CM6A 4JLHA 3K57A 4OKJA 4B8CA 3DM2A 4NYFA 1XI1A 3QETA 1VK0A 3QIPA 5CZ2A 4CIGA 3JSMA 3RMDA 1UA0A 1TK8A 4Y1DA 3AA3A 3OS0A 2E4LA 1VSEA 1EX4A 4E19A 5CYMA 4EP5A 3VQDA 3TAQA 4CHOA 1RBRA 1Y97A 4CJ3A 1RDDA 3L3VA 1JXBA 4Q5VA 4AHCA 3S3MA 3LAMA 2Z1GA 4KHYA 5I42A 5JS1A 3DLBA 3AVLA 4BWJA 4B9TA 4I9LA 2FBTA 3OS1A 4ELVA 2B6AA 3DLEA 4CJ4A 3HT3A 3MXMA 4KKOA 3PY8A 3VA0A 4F3OA 4B8AB 4FJ8A 4B3OA 4DF4A 2F96A 4RW4A 4JS4A 2GBZA 4KTZA 4KHWA 4DFPA 1ZBUA 3S3NA 3OYIA 4PY5A 4PQUA 3TR8A 4QOZB 4W5QA 4E7HA 2B4JA 2RN2A 1EETA 3LWLA 1SKSA 3PX4A 5E41A 2NUBA 4OVLA 1RT7A 2OPQA 4CJFA 1NK8A 3VQBA 2HHUA 4CJQA 3VQQA 4HUEA 1NK9A 4B9VA 1WN7A 3KK1A 3V9XA 4LY7A 2DFHA 3VQCA 1QE1A 1TK5A 4KI4A 4W5NA 3RMAA 3VQPA 4CFBA 3NH0A 1WSIA 4DSKA 2RKIA 3S9HA 2HHXA 3NFAA 3AA4A 4QCLA 4NCAA 3ZSQA 2ZQBA 3NGYA 1T7PA 2PZSA 3QEIA 3TAGA 1WSEA 3ZSXA 4R5PA 1JLCA 3LDSA 4E3SA 4B9LA 2WOMA 3AVBA 1BIUA 4BDPA 1L3UA 3AA5X 3T1AA 2X6NA 1JLGA 2ATQA 1QQCA 4CHPA 4GVMA 4K8ZA 4F2RA 3K5MA 1VSJA 4FYDA 1S6QA 1Q8IA 1WSFA 2RF2A 1WAFA 5KGWA 1SL2A 4FM2A 1UAXA 2O4GA 4TSXA 4H4MA 4F2SA 1TV6A 4NCBA 4FJKA 2KFZA 3ZSYA 4CGGA 3F73A 1WSHA 3MXIA 3K2PA 4DTMA 4DFJA 1U49A 1NK0A 2HHWA 1RDAA 4CF2A 1UWBA 1ZBFA 1Z25A 3NGZA 4NCGA 2ZD1A 3LP0A 2A1RA 4IFVA 1K6YA 2HHTA 1N5YA 1L5UA 2HNYA 2OPSA 1I39A 1XWLA 4DFMA 1HYSA 1IH7A 3ZSWA 1NOYA 1BCOA 4M41A 3I0RA 2VWJA 3MEDA 1CZ9A 1U04A 1S9GA 3I8DA 1BI4A 3LALA 1MU2A 1CLQA 4IKFA 3RWUA 4KB0A 4KFBA 4LH4A 3NE6A 1HMVA 1I3AA 3MEEA 3EY1A 4KTQA 4M3TA 2YNGA 1LW2A 3LANA 1VRUA 4CESA 4CGFA 4IG0A 4AHTA 2BANA 4OKEA 4FZZA 1BISA 3O4NA 3RMCA 3KTQA 2X78A 2HNDA 1JXEA 4CHQA 3MAQA 4ELUA 4FZXC 1ITGA 1QSLA 4O4GA 4JS5A 2ETJA 3ZSVA 4MFBA 4DLGA 3RR8A 3BGRA 3HVTA 4CCHA 3HO1A 2HHSA 3KLHA 1BGXT 2FBVA 2P1JA 3OYMA 4DFKA 3LZIA 4CJTA 5KGXA 4LH5A 4DQQA 3WNFA 3TAFA 2G8HA 2IGIA 2X6SA 1R0AA 1EXQA 3TARA 1VSFA 4HUGA 4DQIA 3V1QA 1RTDA 2P51A 3AVKA 3AO1A 4W5RA 5KRSA 4OPKA 3M8RA 3C6TA 3LWMA 3L8BA 4FJ5A 1SL0A 4BACA 2VG5A 3EYZA 3ALYA 4FJ7A 1RILA 4CF9A 3KLEA 3CM5A 1NKEA 4KHUA 1YTUA 2Z1IA 3O4QA 4CIFA 3SZ2A 4CJEA 1LWFA 3QIOA 1RTHA 3LZJA 1CXQA 1CZBA 1S5JA 3QO9A 4ICLA 4N5SA 4AHSA 3V4IA 3DLHA 2EX3A 1RT2A 2D0BA 3HVRA 5FRMA 1RDCA 4CEBA 3NBPA 1QSSA 2Q3SA 4CEOA 2FBXA 4M3YA 4KAZA 4E1MA 3SYZA 1U47A 2KFNA 1IO2A 2D0CA 3VQ8A 3L2QA 4CF1A 2G8WA 3ZT0A 4ZTJA 1RTIA 1NK5A 3QNOA 4LSNA 1Z26A 4KHQA 1B92A 4ELTA 1DTTA 5SZTA 4FJ9A 2YKMA 2JGUA 1C1BA 4Z4HA 5J2NA 3DLRA 5HRRA 4L8RB 2G8IA 3VQ9A 4FLVA 3G10A 2G8VA 1RDBA 4O55A 3L2RA 1W9HA 1RCHA 3AO2A 3PV8A 1XC9A 1VSIA 1JL1A 4BWMA 3KIOA 4OLAA 1JLEA 1TK0A 1HYZA 4KV8A 3RRGA 3D45A 3MECA 1NK7A 4B9NA 1G15A 4CIEA 3OYGA 1IKVA 2YHBA 1VRTA 4NYNA 5CZ1A 4CEZA 4DTRA 3DMJA 4CEEA 4E7KA 3DLGA 3IG1A 5C24A 3HPOA 3WNHA 4DSEA 1BHLA 1UA1A 5CY4A 3V6DA 4PUOA 1J54A 1RBUA 4CF8A 1TVRA 5DMRA 4IG3A 1BI4B 3HPHA 3HYFA 1C6VA 4IBNA 4CFAA 4ZHRA 4HVJA 4RW9A 4FLZA 3SUQA 2HW3A 1BL3A 1D9DA 3VQ4A 3K59A 4HHTA 1A5WA 1UOCA 1LAWA 4FCYA 4N76A 3OJUA 3KLGA 4E1NA 3OVNA 4CGHA 3HP9A 4BDZA 3CFOA 4OJRA 4OPJA 4F4KA 4FW2A 5EU7A 3ZT3A 3ASMA 5HRSA 2EHGA 3M8SA 4BE0A 4KREA 1LAVA 4CGIA 3VQ5A 4FM1A 3AO5A 3V1OA 5J1EA 4C8NA 1X9MA 2OZSA 4FJHA 4OLBA 5FRNA 2XHBA 2IC3A 1RBTA 5J2QA 4KI6A 3A2FA 3AO4A 4Z4IA 1D8YA 4F3TA 4CJ5A 1L3VA 2HVIA 5D3GA 5FDLA 4AILC 3DRSA 4EZ9A 4K8XA 2OPRA 4FK4A 2XY5A 5JS2A 3KKSA 4CHZA 1LV5A 3KKRA 4CHNA 2HHVA 2YNIA 4C8KA 4M3RA 3PUFA 2HMIA 4FLUA 3ITHA 3FFIA 3PO5A 4C8LA 2LSNA 5KTQA 3TAPA 4AHUA 1C0UA 1SL1A 1RT6A 2IDOA 3SV3A 4FXDA 3QLHA 1TGOA 1RT5A 4DU1A 1X9WA 1ZBHA 1HQEA 1TKXA 4M3ZA 1TKZA 4DMNA 1VSKA 2XY6A 3OYKA 1SKRA 1S6PA 2DFFA 3K5OA 4MQ3A 3TAMA 1KRPA 3O3GA 3I0SA 4H4OA 2KZMA 1FKOA 3SJJA 1QS4A 3DOLA 4N41A 1RT3A 3U3YA 2VG7A 4LD0A 1RT4A 3SUOA 2X74A 1HRHA 3VQAA 2IS3A 4AH9A 1QSYA 2ITGA 2I5JA 1A5VA 2GUIA 4BE2A 1TKDA 2OYQA 4O44A 4F8RA 3HM9A 4Z4FA 3VN5A 3NAEA 4PA1A 4FK0A 4M3XA 3VQEA 3EZ5A 4CFDA 4EP4A 4OKKA 3QERA 1NJWA 4RW6A 1NKBA 3DOKA 4DTOA 3CYMA 4B9MA 3KK3A 3KJVA 3NF6A 1X1PA 3V1RA 3L2VA 1DLOA 2DFEA 2E6LA 4KTWA 3NGIA 1LWCA 3KD1E 4FZYA 4FJXA 1TL1A 2KZZA 3NH2A 4M42A 1FXXA 2VG6A 4YFUA 2R7YA 4CJLA 4C8OA 4KRFA 2D0AA 1WNSA 3NH1A 2JLEA 2Z1JA 4FVMA 3NF9A 4E7IA 1ZBIA 3T3FA 4CJVA 1C0TA 3OS2A 3LP1A 4CFCA 3D0PA 2DY4A 1REVA 4CE9A 4HUFA 3U6FA 1X9SA 2P5GA 2O4IA 1FK9A 2OPPA 1SV5A 2KTQA 4ZTFA 4JRQA 1KFDA 2XY8A 5HRNA 3V9WA 5J2MA 4N56A 3RR7A 3B6PA 1ZYQA 2FC0A 2VWKA 4RW8A 1HJRA 2Y1IA 1HQUA 4BDYA 5T7BA 1KLMA 4Z4CA 4CEQA 2D5RA 4E7LA 1VSHA 1GOBA 4EZ6A 2DTUA 2BDPA 3NDKA 5DK5A 2KQ2A 3LP3A 1QHTA 1KCFA 1W0HA 3LPTA 4QAGA 3BDPA 2BE2A 4I2QA 4KHNA 1YTAA 2KW4A 3U3GA 4CJWA 4DSFA 3RMBA 1EP4A 3UIQA 2IAJA 1KTQA 3MEGA 1T05A 4FM0A 2PYLA 4DF8A 4DQPA 4DTXA 1S1XA 3WNGA 2OA8A 3AVJA 3NF8A 1TAQA 1RNHA 3K58A 3LAKA 1YT3A 3AVGA 3OYAA 4DG1A 1DTQA 1JLAA 4CEDA 4CJRA 4UQGA 4FLYA 5HROA 1U48A 3SQ4A 3ZT2A 1JL2A 1KVBA 4FJNA 4FJIA 2BGGA 1KSPA 1NJYA 5KRTA 3SUPA 4ID1A 2PY5A 4RW7A 1F21A 2YKNA 1J53A 1C1CA 3QNNA 3AVNA 1XHZA 3NF7A 1HYVA 4O5BA 1L3TA 5K14A 3DYAA 3SNNA 3LPUA 1J5OA 4DQRA 3QEWA 3TI0A 1IG9A 2G8UA 3HJFA 5I3UA 3AVFA 1GOAA 3TANA 3IRXA 1HPZA 2WONA 3E01A 3JYTA 1TKTA 1JKHA 3H08A 4J2AA 4KPYA 3B6OA 1VSMA 2HB5A 1NK4A 4HCBA 3T19A 3QEVA 4FLTA 3LP2A 2HVHA 3M8PA 3SPYA 4Z0UA 3SQ1A 1D9FA 1B9DA 5CYQA 3ZSZA 3HPGA 1HNVA 3ZCMA 4PWDA 1S1UA 1NK6A 1CXUA 1IKXA 3AVAA 1EKEA 3AV9A 3K5NA 1LW0A 3V9ZA 2GV9A 1ZBLA 4J2EA 3OYLA 4DU3A 4IDKA 4KB1A 3OYDA 2YNFA 4AHRA 3OYNA 1WSJA 3KLIA 2ZE2A 4WE1A 5HRPA 3QEXA 1YVUA 4C8MA 4GW6A 2AJQA 1HNIA 3O3FA 1JLBA 2QXFA 3SUNA 3QESA 3CFRA 1S9EA 1RT1A 4FW1A 5J2PA 4G1QA 4FLWA 1XHXA 3ZT1A 4O0JA 1O1WA 3ZSRA 3THVA 3DI6A 4CJUA 2W42A 3AVCA 3AA2A 4N47A 1WAJA 3OY9A 3KK2A 4DSJA 4CK2A 4CEFA 4DU4A 3V9UA 4FK2A 1L3SA 4FJLA 1JLQA 1T03A 3HL8A 4GMJB 5SWMA 1KVCA 1VSDA 2A1SA 3V9SA 4DWIA 2B5JA 1BCMA 3AO3A 1RBSA 4YNQA 3NCIA 3ULDA 3OJSA 1NKCA 3L2UA 3PO4A 3S3OA 3DRPA 2Z1HA 3F9KA 4DLEA 1VSLA 4E0DA 1TL3A 1ASVA 2FBYA 1TAUA 3PX6A 4O0IA 3OYHA 5C25A 4CGJA 4DTPA 3OYFA 3HK2A 4DTNA 3TABA 1BQNA 2XRIA 3RRHA 4BE1A 3VA3A 2P5OA 4M3WA 2QK9A 1T8EA 1S1TA 3L3UA 4I2PA 3C6UA 3V81A 1FKPA 4DTUA 1ASWA 4CERA 3SV4A 2XO7A 1SKWA 2PYJA 3OYCA 4Z4EA 2F8SA 2YHAA 4FJGA 1Q9YA 1J9AA 4Q0BA 4CECA 3OYEA 3P83D 3C94A 4DS5A 3SCXA 4B08A 4FJMA 3HSTB 1SUQA 4J2BA 1D5AA 3C95A 1ASUA 3KD5E 1N6QA 3AVIA 4LSLA 3VQ6A 2G8KA 4W5OA 3CFPA 3M8QA 3IS9A 5HLFA 2YNHA 1S1WA 1LWEA 1KFSA 2G8FA 4OGEA 4AHVA 2OZMA 3DLKA 4DTJA 4DSIA 4KHSA 3ISNC 3TWHA 4JRPA 1NJZA 3SPZA 4Y1CA 1IKWA 3CG7A 1WLJA 5FROA 4CJKA 4E89A 4ID5A 4M3UA 1NJXA 3SQ0A 3TAEA 3SQ2A 2HHQA 4H8KA 2QKBA 3DRRA 3RTVA 1WSGA 3P5JA 4I7FA 5HP1A 1IKYA 1C1AA 3MXJA 5C42A 3IAYA 4J2DA 1B9FA 4HTUA 4Z4GA 3L2WA 4RG8A 1KLNA 1Q9XA 4IFYA 3P1GA 4XIUA 4DQSA 4CK1A 4DTSA 1KVAA 4DS4A 4CEAA 3OYBA 3KLFA 1RTJA 5KI6A 4CHYA 1U4BA 4CJPA 4DSLA 3O3HA 4B9SA 3AVMA 2RPIA 1GOCA 4OGCA 4HCCA 1C0MA 3ZSOA 4I9QA 3OYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HOSA 4W5NA 3HP6A 3VQ7A 3GBTA 3WEEB 2YCHA 3MN7A 4FLXA 3PX0A 4CK3A 1QTMA 4MLEA 2HBKA 1BQMA 3P31A 4E1JA 5BREA 3QEPA 3NHGA 3K0SA 2QKKA 5CE3A 3HXMA 4CGDA 3CQ8A 3CM6A 4A5AA 4OKJA 3DM2A 1XC3A 3QETA 3RMDA 1TK8A 1S22A 4DQ8A 3L0QA 2JWLA 1VSEA 4GKJK 4E19A 5CYMA 4BR0A 3CPWM 1RDDA 3S3MA 3FR0A 3O9QA 3L6QA 5AJ3K 5AQSA 5JS1A 3AVLA 4BWJA 4B9TA 4I9LA 2B6AA 3HT3A 3H1VX 4B3SK 4F3OA 4B3OA 2F96A 3CI5A 4RW4A 3TU5A 3S3NA 4PY5A 5AQZA 4W5QA 4E7HA 2A6AA 1EETA 2O8DA 4K42A 3CJ1A 4DR3K 2O8FB 1RT7A 4BRCA 4CJFA 1NK8A 2VYPA 4CJQA 3VQQA 4HUEA 2V7ZA 3N4PA 4KI4A 1NG9A 3MX2A 4DSKA 2VGMA 3PSFA 3P4IA 3ZSQA 2E1YA 2ZQBA 4FPAA 2PZSA 3MMVA 3UKUB 5HL7L 3ZSXA 3AVBA 4DV2K 4BDPA 4DR2K 3J8AA 4DR5K 3HZ6A 4IWVA 4CHPA 3CC4N 2QA4N 4F2RA 4BC5A 2O8CB 1X3MA 2RF2A 1WAFA 5LL6Z 3TSPA 3H45C 4FJKA 3ZSYA 4WQ4A 3S41A 2HHWA 3O80A 1OVYA 1RDAA 1UWBA 5AQHA 3VGLA 4FWNA 3T1HK 2HHTA 2KLAA 1L5UA 4BR2A 1HX1A 4FWRA 4DHYA 2QWOA 1HYSA 4JKBA 1IH7A 3TTDA 1KAZA 3ENBA 3MEDA 1U04A 1NGIA 3FZHA 3MK6A 1CLQA 3PSIA 1BOTO 1FW6A 3BP8A 3VTHA 3J80O 3NE6A 4KTQA 3MEEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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