2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
3NGIA 3M8RA 3ZSQA 3NDKA 4CGFA 3NF8A 4MQ3A 3V1RA 4CFCA 4CJQA 1XHZA 4F3OA 3LANA 1LWFA 4IBNA 4CGGA 1BI4A 2E4LA 4CEEA 5J2QA 4CERA 3TAMA 5HRSA 2VG7A 3B6OA 4PY5A 1LW2A 1QS4A 3TANA 3TAGA 1JKHA 3O3FA 4I2QA 1HPZA 4DSFA 1X1PA 1T8EA 4FM1A 2LSNA 1QHTA 4GMJB 4O5BA 4CJUA 3VQAA 3EYZA 4DF4A 4RW4A 3ZT1A 2W42A 3CQ8A 4W5QA 3OYKA 1KVBA 3M8QA 4M3YA 1ZBFA 4QAGA 4CHOA 4DTMA 3SQ0A 1Z25A 4CF2A 5JS2A 1NKBA 1D9DA 3KIOA 3V4IA 2OYQA 2DTUA 4FVMA 4O44A 4CHZA 3L2RA 5D3GA 4CIFA 4E7JA 3PV8A 4CJ5A 5HBMA 3K5OA 1IH7A 2HHSA 1NJWA 1RT1A 3HP9A 1WSIA 3T1AA 3HPHA 1SKSA 3DLBA 1JL2A 2D0CA 2Z1HA 1NK8A 2E6LA 4FJ9A 3K2PA 4E0DA 1JLGA 2RPIA 3TAFA 4W5OA 1SL0A 4KTZA 2Q3SA 3OYIA 3HYFA 4I2PA 4IG0A 4YNQA 2KW4A 3NF7A 4C8OA 3LALA 4JS4A 4B8CA 3T3FA 4IG3A 4M3UA 1U4BA 4LD0A 3MECA 2YNIA 1RDCA 2GBZA 3OS1A 2QXFA 1UA1A 1WSEA 1C0MA 4BE2A 2G8KA 1RILA 4CK3A 1IKXA 4B9UA 3RMDA 2YNGA 4DTRA 4C8MA 1KRPA 4O4GA 3QEPA 1A5WA 3ZT2A 3NH0A 1L3TA 4DSLA 3WNEA 4HUFA 4FYDA 1ASUA 2NUBA 4FJKA 2KZZA 3AA4A 4RW8A 2HNYA 4ICLA 1RTDA 2OPRA 1S1WA 5J1EA 3OYFA 3L2UA 1YTUA 1YT3A 4DSIA 4FLVA 4FZYA 2P51A 2FC0A 4B08A 3OYBA 2WONA 2XY7A 2KFNA 1MU2A 1YTAA 1BI4B 2G8UA 3SUNA 3AVKA 3CFPA 3LZJA 3LAKA 4B9NA 4OLBA 3ZCMA 4K8ZA 3V81A 1ZYQA 1S6QA 1L3UA 4M41A 4CF0A 4FXDA 4CGDA 1BL3A 1EKEA 4IDKA 2KFZA 2P5OA 1S6PA 4E89A 4FZZA 1J9AA 2VG6A 3HVRA 4CJFA 3E01A 3F9KA 3HL8A 4Y1DA 5DK5A 3QESA 3LPUA 1Y97A 3DLRA 4NCBA 3L8BA 4EZ6A 2IAJA 2X74A 4E1NA 3KLGA 3L2WA 1NOYA 4DU4A 4FW1A 1K6YA 3O4QA 2YNHA 4CEOA 1U04A 3ITHA 4MFBA 4L8RB 2YKMA 2FBVA 3A2FA 3ZSZA 4FLYA 4AH9A 1WLJA 4Z4HA 3AVLA 1WSHA 4C8KA 3HM9A 2YV0X 2G8IA 3AA2A 4FLWA 1KLNA 3FFIA 3MXJA 3I8DA 3AO3A 4DFKA 3V9SA 3AVHA 1UAXA 3DOLA 3C6UA 5CY4A 2R7YA 1ZBLA 2Y1JA 1KLMA 5FDLA 3QNOA 2P1JA 3JSMA 1BQNA 4E7LA 2HVHA 3TR8A 3V9UA 2G8HA 4FJGA 4YFUA 1EXQA 1B9DA 1RTIA 1ZBUA 2DFEA 1RNHA 2KTQA 1NK6A 3TABA 2X78A 3RMCA 1JL1A 1KVAA 4CJWA 1BQMA 4LSLA 5JS1A 1LWEA 3OYDA 4Y1CA 3V9XA 1GOBA 1KVCA 1Z26A 2IGIA 3HPOA 3VA0A 3K57A 4JRPA 3IRXA 1IG9A 2HMIA 2HNZA 2Z1GA 1Q8IA 4B9VA 4NCGA 3QLHA 4FJHA 3MEDA 3VQ7A 1ASWA 1U45A 3V6DA 1I39A 4N56A 1WSGA 3SYZA 4I9QA 4EP5A 2AJQA 3B6PA 3S3MA 1KFDA 3L2QA 2EHGA 1NK0A 4I7FA 3P83D 5FRNA 4RG8A 1U48A 1F21A 1S1TA 4E19A 4DTSA 1RBUA 4DSKA 3HJFA 4DQSA 1J53A 2XO7A 1BGXT 2HB5A 1S5JA 3MEGA 4AHTA 2BDPA 3SV3A 3QEXA 3S3OA 4F2SA 3RTVA 1KTQA 3QIPA 4FJIA 1JLEA 2HVIA 1WN7A 4WE1A 3O3GA 2DY4A 3S9HA 1RDDA 3DI6A 4H4MA 3OYHA 3V9ZA 3RWUA 1CXUA 4E7IA 2ZD1A 1T03A 1L3SA 1RT6A 1W9HA 3CFOA 1HYZA 3PUFA 1XHXA 1S9EA 2ATQA 3NCIA 4OVLA 4DSEA 3TAEA 3IG1A 3TI0A 2VG5A 4OKJA 3AVBA 3I0RA 4AHCA 5KTQA 3OYMA 1XC9A 1JLBA 4Q0BA 1VSJA 3ZSYA 1U47A 1TKDA 3AA5X 4W5RA 4CEZA 3ASMA 3K58A 4AHVA 4CFBA 4I9LA 3CFRA 3AVFA 2RN2A 4CK1A 1KCFA 1NK5A 2PZSA 3LP0A 4BDYA 1LAWA 4AILC 4B9MA 4OPJA 2EX3A 2YHBA 3KKSA 4DFPA 4K8XA 4DU1A 3OYAA 2JGUA 1TGOA 3L3UA 3VQBA 3SQ2A 4NYFA 1NK7A 3AVIA 5HRRA 3LWMA 1WSJA 2X6NA 1N5YA 1REVA 1VSDA 2JLEA 5CZ2A 2E6MA 4CK2A 4FK2A 1I3AA 4KFBA 3SZ2A 4NCAA 2D0BA 1LAVA 5I3UA 3C94A 1JLCA 5FRMA 3AVAA 1SV5A 1HJRA 4H8KA 3OYJA 1RT3A 2BANA 1A5XA 3HO1A 4BE0A 3HVTA 1C1CA 2HNDA 3SNNA 4DSJA 1O1WA 5SZTA 4CEAA 2D5RA 4FCYA 3MXIA 1N6QA 3OJUA 4DTNA 3SJJA 1NKEA 4QOZB 1RDAA 4Z4FA 1NK9A 2Z1IA 4CGIA 1L3VA 2KQ2A 4QCLA 2HHXA 1S1UA 2Z1JA 3C95A 4FJMA 4F2RA 1WAFA 4DQPA 4J2BA 2OZSA 2GUIA 1QE1A 4RW6A 1LWCA 2YKNA 3KLEA 4JS5A 1VRUA 1CLQA 3UIQA 3LP3A 4OJRA 3DRSA 3OYEA 3LZIA 1DTQA 3MEEA 1D8YA 3WNGA 4DQIA 1RT4A 3TAPA 2IC3A 3LAMA 2B4JA 5DMRA 3QERA 4DU3A 3QETA 1IKWA 4KPYA 4B3OA 4CHNA 1W0HA 4JLHA 4E7HA 4FLZA 1RT7A 5HRPA 2G8FA 2IDOA 1L5UA 1Q9XA 4DG1A 1X9SA 4W5TA 2IS3A 4CJSA 3HP6A 4M3RA 3SUPA 1SUQA 3VN5A 1LW0A 3KK1A 3OS2A 3AA3A 4HTUA 4CHQA 1BIUA 3P5JA 1QSYA 1ZBHA 2Y1IA 3PO5A 2QKBA 1BCMA 4F8RA 4FJXA 1DLOA 3RRHA 3LP2A 4ELUA 4OPKA 3NHGA 4B9TA 3ZSOA 4OGEA 4R5PA 1BIZA 2F8SA 2BE2A 1VRTA 4H4OA 4LH4A 1U49A 3CG7A 4CJPA 2ZQBA 2XY6A 3IAYA 3I0SA 4AHUA 4KREA 4CF9A 1S9GA 4XIUA 3TAQA 5I42A 3DMJA 4CCHA 4IKFA 3NBPA 4DTJA 3L2VA 3C6TA 2FBYA 3VQ4A 1T05A 3F73A 3PX0A 3PO4A 4HCCA 2F96A 1B9FA 4TSXA 4CEBA 4NYNA 4JRQA 5EU7A 3M8PA 5HP1A 3U6FA 1NOZA 3EY1A 3OVNA 5T7BA 4HHTA 1SKRA 3RR8A 1VSLA 1G15A 1HYVA 4Z0UA 3NH2A 3OJSA 4E7KA 3ALYA 4PA1A 3SQ4A 1XI1A 4DTXA 1BHLA 1IKVA 3NH1A 2VWJA 3SCXA 2G8WA 3OYLA 4KI6A 3NGYA 3THVA 4KKOA 2OZMA 4KI4A 4CIEA 1BISA 2HHQA 1Q9YA 1NK4A 3MXMA 2HW3A 4ID5A 3DRRA 4FJ7A 1UWBA 1KSPA 2QKKA 4KHUA 3SUOA 3QEWA 1SL2A 3K59A 5J2NA 5J2PA 1RTHA 4FK4A 5HRNA 3D45A 4C8NA 1WSFA 3CM6A 4AHRA 4DTUA 4M3TA 3ZSRA 3OY9A 1QSLA 3VQDA 3QIOA 1EX4A 4CHPA 2FBTA 3RR7A 1EP4A 1ITGA 1TL3A 3HT3A 3O4NA 3VQPA 4KO0A 2HHUA 1RDBA 4ID1A 2XRIA 4FJLA 4Q5VA 3PX6A 4RW9A 3KTQA 2GV9A 4KV8A 2PYLA 1HNVA 2OPSA 1D5AA 4M45A 5KI6A 3G10A 3OYNA 2O4IA 1RBVA 5KGXA 3DRPA 3TARA 1J54A 4Z4IA 3PX4A 1TAUA 3HK2A 4RW7A 1DTTA 3DLKA 4DTOA 4KHSA 1IKYA 1CXQA 4DS4A 4DS5A 4E1MA 4ELVA 3DLGA 2KZMA 1VSFA 1B92A 4N5SA 4CGJA 2OA8A 1WNSA 4DWIA 4CEFA 4G1QA 1ASVA 5CZ1A 3AO1A 2A1SA 4N41A 1VSMA 4CJTA 4HUEA 1GOAA 2B6AA 4CJLA 3TWHA 1J5OA 4EZ9A 3AV9A 5J2MA 4BWJA 5C24A 5SWMA 3CYMA 1C0TA 4BDZA 1R0AA 3DM2A 3V1QA 3VQ8A 2P5GA 4F3TA 3DLHA 2OPQA 1A5VA 1C0UA 3V1OA 1X9MA 3OYGA 1NKCA 3DLEA 3HXMA 1QTMA 4ZHRA 1JXBA 2XY5A 4KHYA 4CESA 3G0ZA 4KHWA 1SKWA 2DFHA 1YVUA 2WOMA 1NJYA 1LV5A 1VSIA 4O0IA 3LDSA 1VSKA 1D9FA 3HPGA 4J2AA 4FK0A 2ETJA 4CJKA 1GOCA 3LWLA 4B9LA 3LP1A 1BCOA 3DOKA 3WNHA 2DFFA 5E41A 5KGWA 4DFMA 3K5LA 1TKZA 2G8VA 3VQEA 3L3VA 2PY5A 4C8LA 1JLQA 4Z4GA 2XY8A 3U3YA 4KRFA 1XWLA 2RKIA 3KLIA 1HQUA 3CM5A 3M8SA 4CECA 3OYCA 4FM0A 3KK3A 2BGGA 4Z4EA 1FK9A 4O55A 4FJ5A 4CJVA 2RF2A 4IFYA 2YHAA 3S3NA 1KFSA 4PQUA 4LSNA 4CJ4A 4PUOA 4BE1A 3KJVA 3HSTB 5CYQA 1VSEA 1TVRA 2OPPA 1HRHA 1RT2A 4M3WA 3SPZA 4DLGA 3OS0A 2B5JA 4B9SA 4DLEA 2ITGA 1IO2A 1JXEA 1TK5A 2D0AA 3VQQA 4CIGA 4CF1A 1NJXA 1RBSA 4OGCA 3QEIA 4Z4CA 3VQ5A 4DQRA 4CJRA 1VSHA 4KB1A 1X9WA 1TK8A 1HMVA 1RCHA 1T7PA 4KTQA 1C1BA 2HHTA 3QNNA 3K5MA 3VQCA 3SPYA 4FJJA 2PYJA 1SL1A 1TV6A 4LY7A 4FLTA 4DTPA 3RMBA 4CGHA 3QINA 4ELTA 5FROA 3WNFA 3SUQA 2X6SA 3IS9A 4J2EA 2XHBA 4W5NA 1TAQA 4CJ3A 3NGZA 4CF8A 3QO9A 5KRTA 3NFAA 4N47A 4CFAA 3ISNC 4OLAA 3AVNA 3VQ9A 1UOCA 3ZSXA 3RRGA 4BDPA 2FBXA 5KRSA 1C1AA 4FM2A 5C25A 4GVMA 3KKRA 1EETA 3MAQA 3RMAA 1FKOA 4FJNA 4PWDA 4M42A 4M3XA 1HQEA 3U3GA 1ZBIA 4J2DA 1VK0A 4B8AB 3NAEA 1FXXA 3P1GA 4E3SA 3ZSWA 1JLFA 3ZT4A 1HNIA 4F4KA 4FLXA 4KHQA 4HVJA 1JLAA 4KTWA 3BDPA 5CYMA 4DMNA 1UA0A 3SI6A 3ZT0A 4CEDA 1CZ9A 3NF6A 4CEQA 4CHYA 3VA3A 1RTJA 3JYTA 1TK0A 4O0JA 3AO2A 4BWMA 3O3HA 2HHVA 3DYAA 4OKKA 4BACA 4LH5A 4EP4A 2YNFA 1HYSA 4KAZA 1C6VA 4KB0A 3EZ5A 1S1VA 2IOCA 4AHSA 3ZSVA 1TKXA 4CE9A 4GW6A 4FLUA 3AVGA 2A1RA 3SV4A 4UQGA 4OKEA 2HHWA 2VWKA 3KK2A 2O4GA 3KLHA 3K5NA 4ZTFA 1QQCA 3AVCA 4ZTJA 1RBRA 2QK9A 4FZXC 5K14A 1CZBA 1S1XA 3T19A 3H08A 5HROA 1TL1A 4DF8A 4FJ8A 2ZE2A 3ZT3A 2F8TA 3VQ6A 3LPTA 4CJEA 1NJZA 4KHNA 1RT5A 3KD5E 3AVJA 4HUGA 5HLFA 3NF9A 3NE6A 4FW2A 3ULDA 5C42A 3KD1E 1RBTA 4IFVA 3PY8A 4HCBA 4M3ZA 4N76A 3D0PA 4DQQA 1QSSA 3V9WA 3SQ1A 1WAJA 3AO5A 3KLFA 3QEVA 4DFJA 1TKTA 3AO4A 4CFDA 3BGRA 3AVMA 2I5JA 1FKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGIA 3C7NB 3NDKA 3HZ6A 4JKGA 4F3OA 5AQOA 1LWFA 3L0QA 4CGGA 4CEEA 3TAMA 5HRSA 3LDQA 4RTFD 3FZHA 1IBKK 5TKYA 2Q0UA 4PY5A 1QS4A 5KQDA 1QHTA 4CJUA 4RW4A 2QWQA 3A8YA 3OYKA 4M3YA 4CF2A 1NKBA 4FVMA 1H1VA 4IZ9A 3LDPA 3L2RA 1E4GT 2JWLA 4E7JA 3K5OA 3KZBA 1NJWA 2VWBA 3A5NC 3VEVA 2RPIA 3ZYYX 4KH4A 1DEJA 3LALA 3TU5A 3T3FA 1U4BA 1NGCA 3MECA 4JI1K 2NLXA 5BRHA 2YNIA 2GBZA 3CCMN 2NRHA 3CPWM 2KHOA 5JLHA 4CVNE 4O4GA 3QEPA 5AQJA 3ZT2A 3NH0A 1JJ2M 3QB0A 3WNEA 1W2BM 3C65A 3U8XA 1VQLN 2NUBA 1P8ZA 2E1YA 4RW8A 3M3ZA 4DSIA 4FZYA 3OYBA 4I6MB 5AJ3K 2XY7A 2KFNA 1MU2A 3AARA 3SUNA 3AVKA 5GADP 3CFPA 3ZCMA 1S22A 3V81A 2WC9A 4YDUC 4M41A 1QVGM 1BL3A 4IDKA 2P5OA 4FWSA 1J9AA 4CJFA 4CZIA 1TUUA 4K42A 3QESA 1Y97A 3DLRA 4NCBA 1VQ5N 3L8BA 1MWKA 2IAJA 3ZEUA 1TYQA 1NOYA 4FW1A 1N34K 4CEOA 1U04A 4O8KA 4L3QA 1WLJA 2E88A 4FLWA 1KLNA 4DFKA 3AVHA 1UAXA 2HMPA 2Y1JA 3IDHA 2QI2A 5GIOA 2G8HA 1XNRK 1EXQA 2KTQA 1VHXA 5CR4A 2A41A 2A42A 5AZIA 4CJWA 1LWEA 2V7YA 1Z26A 3BZCA 3HPOA 3VA0A 1IBLK 3K57A 4JRPA 2HMIA 1Q8IA 2YCHA 3QLHA 4FSVA 5GAGP 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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