2G8HA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8hA00
1S6QA 3ZT3A 3OYMA 2XY8A 2Q3SA 3QERA 1T03A 4CECA 4OPKA 1ZBLA 4KI4A 1BL3A 3OY9A 2QK9A 4CFCA 5J1EA 4MQ3A 4DQPA 3KKSA 4CGJA 2E6LA 4CF8A 3L8BA 3TANA 2HHUA 1TL1A 4DSEA 3K5OA 1XI1A 2G8FA 4AHRA 4EP5A 4Y1CA 4CJ5A 3SQ2A 3MAQA 3SQ4A 5FDLA 3NH0A 5I42A 2ZE2A 4DSKA 3DLEA 2OPQA 3LANA 3VA0A 2OZMA 3OS1A 4K8ZA 4FLWA 1D5AA 3K5MA 1RILA 1CXQA 3OYBA 1X9MA 2BGGA 3L3VA 2HHXA 3HK2A 3HSTB 3LP2A 3ZSVA 3DLKA 1L3TA 3ZSRA 3O3GA 1W9HA 2PYLA 4YFUA 2AJQA 4W5RA 1LW0A 1SV5A 1ASWA 3DRSA 5J2NA 1C1AA 2D0BA 4KREA 3THVA 3CG7A 1JXEA 1QTMA 5DK5A 3KLEA 1UOCA 2HNDA 4JRQA 1IH7A 4KTQA 1S1XA 3V9SA 2VWKA 3EZ5A 2KQ2A 5C42A 1T05A 3PX6A 2XY5A 1X9SA 4CFBA 4ZTFA 4OLBA 1U49A 1NK9A 2YNGA 1XC9A 3WNFA 1FXXA 1WSGA 4DTXA 1FK9A 4FJMA 4CEFA 3VQBA 1GOBA 3OYJA 3MECA 3ZCMA 2D0CA 4E1MA 3NGYA 5HRPA 1NKBA 4FJ8A 2FBTA 3F73A 4PWDA 4CFDA 3VQDA 2VG6A 1BCMA 3KLFA 2JGUA 2QXFA 2FBXA 4BWJA 3LPUA 4ZTJA 3L2VA 1VSKA 3AVIA 3M8SA 4CHYA 3TWHA 4QCLA 2YNFA 1QSLA 1S1WA 3ALYA 4G1QA 4DSJA 4OVLA 3NCIA 3WNGA 1TV6A 4KAZA 4FJJA 3FFIA 5CZ1A 4DSLA 3AVNA 5E41A 4AILC 5HROA 3C94A 3AO5A 3JYTA 3MXIA 3VQ7A 4M3YA 1DTTA 1U04A 4ID5A 3OS2A 3SV4A 3RRHA 4W5NA 3SQ0A 4BE1A 3NHGA 1JLFA 4CFAA 3ZSYA 1S6PA 4DS4A 3DLBA 4FJ9A 5CZ2A 4FYDA 3OYHA 3ZT2A 4CJ4A 2HHSA 3TAMA 4CEEA 2DFFA 3H08A 1QSSA 4J2DA 1UA1A 3K57A 4HCBA 2ETJA 4KHSA 4CF2A 4Z4IA 3LALA 2Y1JA 3QIOA 2HVIA 4R5PA 3ZT4A 3HP9A 1RDAA 4W5OA 2A1RA 4FLYA 4BE0A 1YVUA 1LV5A 1F21A 1IKVA 1RTHA 2KFZA 3LP0A 3PUFA 4E3SA 4DQRA 1VSEA 4Z4FA 3DYAA 4JS4A 4LD0A 3HPOA 4OPJA 2X78A 3U3YA 3SPYA 3AO2A 2G8IA 2KW4A 4C8LA 4W5QA 1RTDA 1HPZA 1NK8A 4J2BA 4DTPA 1NKEA 1FKOA 5CY4A 1A5WA 4FJKA 2P51A 4E1NA 3OYFA 4OKEA 5SWMA 1QSYA 1VRTA 1RNHA 3AVHA 4RW7A 3AVAA 3AA3A 3T19A 1RT6A 1LAVA 4K8XA 3CYMA 3WNEA 1B9DA 1JLCA 4H4OA 4NYFA 1SL1A 4I2QA 3KK1A 1BQNA 3DOLA 3SJJA 3V1OA 3HPGA 1U47A 1K6YA 1ITGA 4JRPA 3JSMA 3AA2A 1KSPA 4KHWA 1JLBA 4DSFA 3M8RA 1L3VA 3PO4A 4BACA 4DU4A 3AO3A 4C8NA 3CFPA 3I0SA 5C25A 3ZSQA 3QESA 1KFDA 1BCOA 4Z4CA 3TAFA 2Z1GA 4IFYA 5CYMA 3KD5E 3LAKA 4N47A 1HQUA 4DTRA 4B9VA 4CJSA 3NBPA 3C6UA 4CF9A 2XHBA 3VQEA 3SV3A 3VQ5A 1TK8A 1HYSA 4HTUA 4DFPA 1Z25A 1QHTA 4CJUA 5HP1A 4CEAA 2F8SA 1NKCA 3VQPA 1TL3A 2XRIA 2YNHA 4ELTA 2Z1IA 5FRMA 3VA3A 4KRFA 2WONA 4FZYA 2I5JA 2IGIA 2IS3A 4LH5A 2OZSA 4FM2A 1IO2A 3HVRA 3QIPA 2DY4A 3BDPA 1BQMA 3HVTA 2VG7A 1KTQA 1Z26A 4KO0A 1XHZA 2X6SA 2Y1IA 1KLNA 4OGEA 1I3AA 2LSNA 4DTSA 3LZJA 4QAGA 4DTNA 3VQAA 4M3ZA 3DM2A 1QS4A 5KI6A 4CJQA 4RW9A 3ZSWA 2DFEA 4DTJA 4QOZB 1RT4A 3PY8A 3V9UA 1VK0A 4KPYA 4KFBA 4WE1A 3KIOA 1C1BA 4FLTA 3OS0A 4CGDA 3CM5A 3P5JA 1EXQA 4CGIA 2ITGA 1VSLA 3HL8A 4BDPA 4FJIA 3RMBA 3QINA 4C8OA 1D8YA 3P83D 3VN5A 3QO9A 5SZTA 4HHTA 1CLQA 3AVKA 4KKOA 3KK3A 2HHTA 1JXBA 3MXJA 2G8HA 3TAQA 3HM9A 4IBNA 2G8UA 4OJRA 4O55A 2R7YA 1LAWA 2Z1HA 3ZT1A 3AV9A 3D0PA 2P5OA 3IAYA 4RW6A 3QETA 3NF8A 4FW1A 4IG0A 3ZSZA 1A5VA 4FLUA 3LWMA 2GV9A 3SUNA 3L2QA 1JLAA 2BDPA 3I0RA 4FM0A 1TKZA 3A2FA 2EX3A 1HYVA 2B4JA 4M3RA 1ASUA 4BDYA 3NGZA 4Z4GA 4CF1A 2HNZA 4AHCA 3DI6A 1KVBA 4CIEA 3TARA 4FZXC 2O4IA 3ISNC 1U45A 1G15A 3AO4A 3D45A 4YNQA 2KZZA 3K2PA 4O0JA 3ZT0A 5KRTA 3MEEA 1SUQA 1D9FA 4Q0BA 4NYNA 3NF9A 1Y97A 1HMVA 4OKKA 4CJRA 2HHWA 3HPHA 2G8VA 3OJUA 2YKNA 1O1WA 3B6OA 4KV8A 4IFVA 3EY1A 4DQQA 3S3MA 1Q9YA 2OPPA 4FXDA 1U48A 4KB1A 1UA0A 1EP4A 1TKXA 3C6TA 5JS2A 3NDKA 4CJVA 1J5OA 3RMAA 1JL2A 3QNOA 1NJZA 4LH4A 4CJPA 4N5SA 1TAUA 4W5TA 4KHYA 2YHAA 1KVAA 3IG1A 3V6DA 4Z4EA 3AA4A 3VQCA 2EHGA 3AVFA 2GUIA 3VQ8A 4E7IA 2OYQA 1BIZA 1HRHA 4GW6A 3OYDA 4CIFA 5J2QA 3DLGA 3T1AA 3NAEA 2PZSA 4B9MA 4IKFA 4DLEA 3ZSXA 2DFHA 1QE1A 1RT1A 1IG9A 1J54A 1TK5A 3K5NA 1JKHA 1I39A 3LDSA 2QKKA 1NK0A 3KJVA 1RBUA 4FJ5A 1JL1A 1ZBHA 4CJ3A 3RMCA 3HJFA 3SUQA 3OYIA 4E0DA 3UIQA 1XWLA 1JLQA 3TABA 4N56A 3LP1A 4KTZA 5D3GA 1YTAA 4RW4A 4GMJB 4EZ9A 4DMNA 4KHUA 2HHQA 5KGWA 1JLGA 4CHPA 1S1VA 3B6PA 1CXUA 3V1QA 1HYZA 4HCCA 4OKJA 2GBZA 5HLFA 1RBVA 3QNNA 1R0AA 4KHNA 4KI6A 3KTQA 1NJXA 1D9DA 1C0UA 4DTMA 1X9WA 4FJHA 4HVJA 3AVGA 4E7KA 3NGIA 4AHUA 1B92A 2XO7A 3O4QA 2VWJA 3RR7A 1BIUA 2BE2A 4Y1DA 1SKWA 1TGOA 2BANA 2FBYA 1WAJA 1W0HA 3QEIA 1KFSA 4O44A 1NK6A 1QQCA 2X74A 2RF2A 4CEBA 1NK7A 4CCHA 4HUEA 3RTVA 2B5JA 3DLHA 4CEDA 4I9QA 4DG1A 5HRNA 1KVCA 4F2SA 4J2EA 4F2RA 4FK0A 2IAJA 3SNNA 3OVNA 4CE9A 4M3UA 1Q9XA 4LSNA 4Z4HA 4C8MA 1RBTA 1A5XA 4AHVA 3V9ZA 4C8KA 4CGGA 4O5BA 1JLEA 3DRRA 4M45A 3OYCA 3EYZA 4E7LA 1N6QA 1YT3A 1C0TA 1RTIA 1VRUA 3PX4A 5JS1A 4LSLA 1BI4A 4FM1A 3AVBA 1RDCA 1HQEA 3MEDA 4BWMA 1UAXA 1WAFA 2RPIA 4DU3A 2XY6A 5I3UA 3TAGA 3LP3A 3SI6A 3RWUA 4OLAA 4M41A 4ZHRA 4CK3A 5T7BA 1IKWA 4BE2A 3RMDA 1RT5A 4B9TA 4KB0A 3V9WA 4PY5A 1WSIA 3NFAA 3HO1A 3VQ6A 3DRPA 3KLHA 1RT3A 3TAPA 4TSXA 2FBVA 2W42A 4HUFA 1KLMA 4DS5A 1C0MA 2G8KA 1RDDA 3P1GA 4E89A 3NF6A 4CHNA 4JS5A 4N76A 1S9EA 4CK2A 4B3OA 4FJ7A 2OPRA 1VSJA 3MEGA 4FVMA 4CK1A 1NJWA 3G0ZA 4O4GA 3T3FA 3NF7A 4E7JA 4J2AA 4DF8A 2KZMA 1VSFA 4CEQA 3SQ1A 1J9AA 4FJGA 4DTOA 4M3XA 4I9LA 4FJLA 3VQ4A 4DFKA 4PQUA 2P5GA 4AH9A 4MFBA 3OJSA 1RBSA 4F3TA 2PYJA 1CZBA 4ICLA 1S1UA 4JLHA 4BDZA 2KFNA 3RRGA 3KLGA 4FK4A 1RTJA 1RDBA 2JLEA 4M3WA 5KGXA 5FROA 3ULDA 4CIGA 3O3FA 1NOZA 1GOCA 3C95A 1Q8IA 3LAMA 5KRSA 2X6NA 4IDKA 4OGCA 3SUOA 3U6FA 2IC3A 3AVJA 3CM6A 2VG5A 4I7FA 2RKIA 3MXMA 1SL2A 3HP6A 4PA1A 1CZ9A 3LWLA 4L8RB 1IKXA 1WLJA 1SKRA 2P1JA 4RW8A 3NH2A 2QKBA 2Z1JA 4B8CA 4HUGA 4CEOA 4E19A 1SL0A 1IKYA 3TI0A 1VSIA 1YTUA 3DLRA 4DFJA 1NOYA 4B9UA 5C24A 3HXMA 2OPSA 3O3HA 4F8RA 4ID1A 4AHSA 1TAQA 4KTWA 4CHOA 2OA8A 3VQ9A 4CJWA 4UQGA 1BISA 3S9HA 4FJXA 1EKEA 3CFOA 3ITHA 3NE6A 3S3NA 3G10A 1BHLA 3TR8A 4CJLA 4FLZA 3PV8A 1T8EA 4B9SA 4FK2A 3NH1A 5FRNA 1LWCA 4N41A 2IOCA 1GOAA 2YV0X 1KRPA 4M42A 4CEZA 4B9LA 4CHZA 4CERA 5K14A 3OYAA 4B9NA 2D5RA 2D0AA 3S3OA 1TK0A 1KCFA 2HNYA 4Z0UA 3LPTA 2IDOA 3V81A 4O0IA 3AO1A 1S1TA 2YNIA 3ZSOA 1RBRA 4DWIA 3QLHA 3SUPA 2G8WA 2KTQA 3L2RA 2WOMA 1UWBA 1VSMA 5HRRA 4LY7A 1EETA 3KK2A 1NJYA 5DMRA 1HJRA 4H4MA 2ZD1A 5HRSA 4FCYA 1TKDA 3RR8A 1WSHA 4FW2A 2F96A 3QEVA 4CESA 2RN2A 4B8AB 4F3OA 1WSEA 3LZIA 4DLGA 3TAEA 4NCAA 3K59A 4CGHA 1U4BA 4E7HA 3KLIA 1REVA 1TKTA 4GVMA 3V1RA 1RT2A 4RG8A 3SCXA 1LWEA 4KHQA 2DTUA 3AVCA 3IRXA 3V4IA 1L3SA 3WNHA 4CJKA 1RCHA 1WNSA 3U3GA 2HMIA 4NCBA 2A1SA 1WSFA 4IG3A 3L3UA 3PO5A 1RT7A 2YHBA 4DQSA 4DF4A 3BGRA 2B6AA 3OYEA 3SZ2A 1ZBIA 1T7PA 4NCGA 2HB5A 1MU2A 4EP4A 3K5LA 3DMJA 3HT3A 1BI4B 4FZZA 2HW3A 3F9KA 5EU7A 4F4KA 1WN7A 1LW2A 1X1PA 4M3TA 3L2WA 1XHXA 1DLOA 4CJTA 3QEPA 3M8QA 3HYFA 4B08A 1ASVA 4CGFA 4FJNA 3L2UA 4CJFA 3QEXA 2ATQA 4XIUA 5J2PA 2PY5A 1NK4A 3AVMA 4H8KA 4CHQA 4FLVA 3O4NA 3E01A 3VQQA 1N5YA 3OYKA 2XY7A 4EZ6A 4CF0A 3OYNA 2F8TA 2NUBA 3AVLA 4AHTA 3K58A 3V9XA 1L5UA 4DU1A 4I2PA 3OYLA 1HNVA 1S9GA 1B9FA 3KD1E 4DFMA 4Q5VA 2O4GA 4ELVA 1J53A 1WSJA 1BGXT 3OYGA 3AA5X 4FLXA 5J2MA 1C6VA 1FKPA 2E4LA 1VSHA 1DTQA 3DOKA 3KKRA 3QEWA 4ELUA 1HNIA 1ZBUA 3M8PA 4DSIA 4DQIA 3CFRA 1TVRA 2YKMA 2ZQBA 5CYQA 5KTQA 3ASMA 3I8DA 3SYZA 3SPZA 2FC0A 3PX0A 1S5JA 1C1CA 1NK5A 2HVHA 1LWFA 1ZBFA 1VSDA 2E6MA 3IS9A 3CQ8A 4DTUA 1EX4A 5HBMA 1SKSA 4CJEA 4PUOA 2HHVA 1L3UA 1ZYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q82O 3ZT3A 3H3NO 3CCVN 4OPKA 1W2BM 1QHAA 2FSJA 5AFUA 4QS9A 3VMFB 5IWAK 3L8BA 5F2RA 3VGKA 4DSEA 1JJ2M 3K5OA 5GAGP 2G8FA 2O8BA 4CZHA 2QWOA 3SQ4A 5FDLA 3NH0A 1TYQA 1IV0A 3DLEA 2QM1A 3OS1A 4IO9L 4K8ZA 4DR3K 1RILA 2NRHA 3OYBA 4JK7A 2HHXA 1JCFA 3LP2A 3UE5A 1L3TA 2BTFA 1W9HA 3EEQA 4YFUA 1LW0A 4LF4K 1C1AA 3CG7A 2HNDA 4JRQA 2KQ2A 5C42A 4LF7K 3PX6A 3G6EN 3R9PA 5AQZA 1EWQA 1FXXA 1NGAA 1FK9A 2YHXA 4FJMA 1NGBA 3HTVA 3OYJA 2D0CA 2FBTA 4MO4A 3F73A 4PWDA 4BR9A 2VG6A 3KLFA 2JGUA 2FBXA 3C6AA 4BWJA 4IOXA 1KXPA 1VSKA 4QCLA 1S1WA 3ALYA 3CF5L 2QXLA 4KAZA 5CZ1A 4DUZK 3AVNA 4IEIA 3C94A 3JYTA 3VQ7A 3SV4A 1U04A 5LJWA 3SQ0A 4BE1A 3NHGA 2CH6A 3C65A 1YF5L 4DS4A 5AQUA 3ZT2A 4CJ4A 4DR6K 4FPAA 5FPDA 3UKUB 3LM9A 2ETJA 3TU5A 4DR5K 4LF9K 2GTDA 4Z4IA 3QIOA 2P9IA 3ZT4A 1YVUA 1SS6A 3DXMB 1ZBSA 4Z4FA 3CQXA 4KH6A 3HPOA 2X78A 3U3YA 1NWKA 3RSEB 5GAHP 4J2BA 1GLAG 5CY4A 3BP8A 2P51A 4E1NA 3CC2N 3P39A 3SLCA 3THWB 5SWMA 1QSYA 1VRTA 1RNHA 3AVHA 4KBOA 3D7EO 1T3VA 2Q0UA 3AARA 4AF1A 1JLCA 2FSKA 4NYFA 2GEMA 1SL1A 3SBGA 3OBYA 3DXMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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