2G8IA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mn2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8iA00
2E6MA 3AVBA 1NJXA 4EZ6A 2PY5A 1D5AA 3O3FA 2VG5A 4W5OA 4CF1A 1XHZA 2HHWA 1VK0A 3SI6A 3HJFA 4CF0A 5KRTA 4FZZA 3IG1A 4CESA 4QCLA 3F9KA 2ATQA 2D0AA 3JSMA 3AVAA 4FJMA 5KI6A 4N76A 4IFVA 1C0UA 3HPOA 2X6SA 1UA1A 1SKSA 3LZIA 3AVMA 2DFFA 3K58A 4CECA 4EZ9A 3WNGA 3CFRA 3OYMA 3SPZA 2G8IA 1RBVA 4HHTA 3SV3A 5KTQA 2OZSA 3HSTB 4CHOA 3HP6A 2G8KA 2HHQA 3HVRA 1L5UA 3K59A 3TAMA 3AVHA 4AHVA 4L8RB 5FRNA 4E19A 1S1TA 1VSMA 4CJEA 3OYEA 2P5OA 4M45A 1YTUA 4F8RA 4F4KA 4FJLA 4CFDA 1LAWA 2B6AA 1IH7A 3C94A 3LALA 4JLHA 4W5QA 4DF8A 1NK7A 3C6UA 3U6FA 3AO5A 3QETA 3V9ZA 1RBSA 4E7LA 1DTTA 2G8FA 4FJIA 2XO7A 4DTJA 3L2UA 2PZSA 2D0BA 3VQBA 1QSSA 1S1WA 3M8QA 1U45A 3OY9A 3QLHA 3OYDA 4KFBA 4FLUA 4LY7A 1L3VA 1C1AA 3B6PA 1KFDA 3QESA 4Z4GA 3KK2A 3NF9A 4DSKA 3OYAA 1B92A 2GV9A 2QKKA 1RDAA 1C6VA 2X6NA 3AA2A 1KVCA 4CEBA 4FJHA 2F8TA 1D8YA 4KHQA 2FBTA 1ZBHA 1HQEA 3V1OA 4DTMA 4PWDA 2E6LA 3ITHA 3K57A 4M42A 4DFKA 3DRSA 2RF2A 2HMIA 1GOBA 3IRXA 3LDSA 1LW2A 4IBNA 4FZYA 2Z1JA 2HNDA 1VSJA 3NF7A 4KI6A 2HHSA 4BWJA 1FXXA 1T05A 4DFMA 2HNZA 4IDKA 2KZMA 3M8RA 4KTZA 5J2NA 2OPQA 4OGEA 2DTUA 1REVA 4B8CA 3CQ8A 3QNNA 4CHNA 4FK0A 4J2AA 4C8OA 1HYVA 3ALYA 3AA3A 1JL2A 3VQ9A 1C0TA 1HJRA 3L2WA 4FLWA 4B9LA 1HMVA 1TV6A 3V81A 2PYJA 4BDPA 4H4OA 4OPJA 3VQDA 4IG3A 3RMDA 1C1BA 4OGCA 2G8VA 1BIUA 2I5JA 2OPPA 1HNIA 1D9FA 1VSFA 1IKWA 1FKPA 2Z1HA 3OS2A 1RTJA 3NBPA 3TARA 3I0SA 3QINA 4ID5A 4IFYA 1TK8A 3AA4A 1IKXA 3P1GA 1HQUA 1KTQA 1LW0A 4M3RA 4Z4FA 4W5RA 5FROA 1BHLA 1ZBUA 5J1EA 3I8DA 3VN5A 2AJQA 4CERA 2YHBA 5CZ2A 3DRRA 4CJVA 1XHXA 2PYLA 1C0MA 4C8NA 2WOMA 1RT2A 3LWLA 3F73A 4M3YA 4C8LA 3DLRA 3LPUA 4BWMA 4M3ZA 4FLXA 3PUFA 2JGUA 3ZSRA 3QEXA 3SUPA 1J5OA 3FFIA 1VSDA 1CZ9A 1Z26A 2B5JA 3VQCA 2D0CA 3ZT3A 3OYBA 1N6QA 3V9UA 4HTUA 3IAYA 2E4LA 1UOCA 3D45A 5KRSA 1W9HA 3V9SA 3S3OA 1TKDA 5FRMA 1A5XA 2FBVA 4AHSA 4HUFA 4B9NA 4FJ5A 4CFCA 3OYFA 4FCYA 3KK3A 1WAFA 4FJJA 4KV8A 1NK9A 1GOCA 4NCAA 3SYZA 4FW1A 3QEWA 4NYFA 4I7FA 1VSHA 2Z1GA 3AVGA 4CGGA 3NHGA 3OS1A 1XC9A 3PX6A 2G8WA 4LD0A 3TAEA 1S1UA 5CY4A 4B08A 4WE1A 4NCGA 1RDCA 3O3HA 1BI4A 3DOKA 1TGOA 1KLMA 1WSFA 4EP5A 4LH4A 4HCCA 3ASMA 1T7PA 4Z4IA 3MEEA 4OLAA 1UAXA 3NF6A 2Q3SA 4O44A 1NK6A 1RBUA 3OJSA 3NFAA 3V1QA 3AO3A 4LSNA 3BGRA 3SQ0A 4DQRA 3NCIA 1JLFA 4FLVA 4Z4EA 4E7KA 3DLBA 2HHUA 3OYJA 1MU2A 5EU7A 3BDPA 4CJ4A 1HPZA 3ZT2A 3RRHA 2HHVA 4FJGA 4F2SA 3ZSXA 1NK0A 1KRPA 3RMAA 3JYTA 1WSGA 4FM1A 4DSJA 1IO2A 1VSLA 1QQCA 2BGGA 3WNFA 3KD5E 3B6OA 3LP2A 3O3GA 1JLCA 2DY4A 1TKXA 2FBXA 4KRFA 1NJYA 4ELTA 4J2EA 2F96A 4F2RA 1T8EA 1JLEA 3KLHA 3SQ4A 1WSHA 1QE1A 1CZBA 3QO9A 3HT3A 4EP4A 3V1RA 1A5WA 1U4BA 2KFZA 1FK9A 4CIFA 3VQ6A 4CFBA 3KLFA 3PX0A 1A5VA 4CHQA 1J54A 3L2QA 3OYCA 2XY8A 3L2RA 3MXJA 4DLGA 5I3UA 5I42A 2Y1IA 3CFPA 5HBMA 3PY8A 4ELVA 3LWMA 1ASUA 1S5JA 2IGIA 4Q5VA 2RPIA 4CJPA 4OVLA 2DFHA 4CIGA 4FM2A 2DFEA 5HRRA 2G8HA 4C8KA 5DMRA 2HVHA 1DLOA 4I2PA 3DI6A 3O4QA 3TABA 4DTNA 1TAUA 4QAGA 1XWLA 4O0IA 3SV4A 2G8UA 1LWEA 5E41A 4FVMA 4KKOA 2WONA 5HLFA 1HYSA 4FLZA 1BGXT 4CFAA 2XHBA 2XY7A 1RT4A 1TAQA 3LPTA 4N56A 3VQ4A 3V4IA 3LP0A 4NCBA 4CJKA 1BL3A 3P83D 3KTQA 1GOAA 4BACA 3SPYA 2W42A 4I9QA 1YT3A 3CYMA 3NE6A 1ASWA 1Q9YA 4N47A 4AHRA 3NH1A 2KZZA 2RKIA 4FK2A 4IG0A 4DQSA 2HW3A 4MFBA 4RW4A 1IKYA 2EHGA 4KO0A 4BE0A 3TAGA 4FK4A 1RNHA 2B4JA 3G10A 2OA8A 1SKRA 3VQPA 1NK8A 3T1AA 3AVKA 1TL1A 4LSLA 5FDLA 4F3TA 1S9GA 3THVA 3QIOA 3PX4A 1VSIA 2VG6A 1JKHA 1T03A 3ZSZA 4AHTA 4DF4A 4DSLA 1RT7A 3HP9A 3U3YA 2JLEA 2YNIA 3ZSQA 4BDYA 1XI1A 3KLEA 4KTWA 3OYHA 1TKTA 3K5MA 3OYLA 3A2FA 3O4NA 3OYNA 1QTMA 4E3SA 1CLQA 3AA5X 4DQPA 4FJXA 4I9LA 2VG7A 2EX3A 2IS3A 5C25A 3DLEA 4B3OA 4DSEA 4N5SA 2NUBA 1F21A 1RTHA 1X9SA 4FLYA 1CXQA 3K2PA 5HP1A 4J2DA 1ASVA 4RW7A 3DOLA 3AVNA 1DTQA 4RW6A 4Y1DA 4CEQA 5HRPA 3V9XA 4E7IA 3PO5A 4KHYA 4CIEA 1EX4A 3NH0A 2VWJA 3S3NA 1IKVA 3IS9A 4CGFA 3KKRA 4JS4A 1JXEA 1Y97A 3RRGA 5JS1A 4W5TA 4KTQA 1S1XA 2XY6A 3RMBA 3ZSVA 4Z4CA 4DTXA 1D9DA 4KHWA 1IG9A 1YVUA 3KLGA 1VSKA 3HL8A 4RW8A 2YV0X 4OKJA 4Q0BA 2Z1IA 3L3VA 4Z4HA 5SWMA 2HVIA 1JL1A 4OJRA 4Z0UA 4CJ3A 1RTDA 5SZTA 4LH5A 4ID1A 2HHXA 3VQ5A 3WNHA 3SNNA 4E7HA 1NK4A 4O0JA 1K6YA 1L3SA 3MECA 4NYNA 3MXIA 1BI4B 3HYFA 4FZXC 1NKBA 1TVRA 3ISNC 3CG7A 4YNQA 4N41A 3SUOA 3DLHA 3VQ7A 1KFSA 1G15A 2O4GA 3C95A 1BIZA 3DM2A 3VQEA 1RCHA 4CK2A 1RDBA 3RWUA 3V6DA 4KB0A 3VQAA 1U04A 4O4GA 3QIPA 1BISA 4MQ3A 4E1MA 3T19A 1ZBIA 1RT3A 2GBZA 3L3UA 3S9HA 4ELUA 2YNFA 4Y1CA 4PY5A 1SUQA 3ZSWA 1WSJA 2ITGA 3U3GA 4PUOA 4O5BA 1O1WA 4CJRA 3K5LA 3HO1A 4RG8A 3HM9A 4E7JA 3KKSA 3MXMA 4KAZA 1ZBLA 3M8PA 4KHUA 1TK5A 3CM5A 2VWKA 4CJLA 4DU1A 1CXUA 3CM6A 3NGIA 2BDPA 3AV9A 1LV5A 2ETJA 2X74A 3MEGA 3AVCA 3NGYA 1SKWA 4M3UA 3SZ2A 4DSFA 2ZE2A 1JLGA 2P5GA 1UWBA 3C6TA 3K5NA 4H4MA 3OYGA 3EYZA 4DU4A 1QS4A 4CEOA 1EXQA 1I39A 1LWCA 1RT5A 3TWHA 1J9AA 3T3FA 3TANA 1X9MA 1RT6A 3KJVA 4FYDA 3G0ZA 5D3GA 3SQ1A 4W5NA 3ZSOA 4DTPA 1L3TA 1Q8IA 3HPGA 4CE9A 3ZT4A 1TKZA 5J2QA 4OPKA 1WLJA 2KTQA 1TL3A 5CYQA 3AO4A 4M3WA 4CGHA 1HYZA 3AVJA 5C24A 3ULDA 1TK0A 2KQ2A 2XRIA 3TAPA 4AHUA 1LAVA 1WSEA 4I2QA 4ICLA 4KPYA 4OKKA 2OPRA 4GVMA 3RR7A 3OJUA 4DU3A 1N5YA 2LSNA 1QSYA 4B9MA 1B9DA 1S6PA 4DS5A 4GW6A 1S6QA 1B9FA 3TI0A 1SL2A 1NJWA 1BQNA 1WSIA 2OYQA 4H8KA 1Z25A 3DMJA 4DQIA 3SCXA 4J2BA 2O4IA 3DLKA 3AVIA 3ZT0A 5CYMA 4UQGA 3KK1A 2OPSA 1ZYQA 4G1QA 1NOYA 3NF8A 4CCHA 4E0DA 4CGIA 4DSIA 1RT1A 4AH9A 3AO2A 4CF8A 4E1NA 3CFOA 4CF2A 4PQUA 3VA3A 3QEVA 1KLNA 3UIQA 3ZCMA 4CK1A 3QNOA 1KVAA 1NOZA 3DRPA 4CJQA 3HVTA 1EKEA 3I0RA 3LANA 4DTUA 5HROA 1VRUA 4CK3A 1C1CA 4DS4A 3QEIA 3TAFA 4E89A 3S3MA 4B9TA 3HPHA 3NGZA 1NKCA 4QOZB 2IDOA 3VQ8A 2A1SA 1QHTA 4BE2A 1R0AA 3L8BA 4F3OA 2QXFA 1HRHA 3EY1A 1KSPA 4B9UA 2HHTA 2KW4A 4FJ7A 4FLTA 4KHSA 5KGWA 4CEDA 4FJ9A 4C8MA 2IC3A 2QKBA 3TAQA 3TR8A 3RTVA 3HK2A 2R7YA 4DFJA 3LZJA 3SUQA 4RW9A 4CJWA 4CEAA 1VRTA 1S1VA 5KGXA 3OYIA 3DYAA 1JLBA 3KLIA 2ZQBA 3PV8A 1SL1A 4K8XA 4PA1A 1VSEA 4FJNA 2IAJA 3D0PA 4KI4A 1SL0A 1EETA 1NJZA 1BCOA 1RBTA 5CZ1A 5DK5A 4HUEA 1WN7A 1JLQA 4M3TA 2KFNA 5C42A 3NAEA 1BCMA 2YNHA 2GUIA 2RN2A 3KIOA 4ZTFA 1RDDA 2ZD1A 5K14A 4M3XA 3WNEA 5T7BA 1ZBFA 4DFPA 1KCFA 3LP3A 1HNVA 2X78A 4AHCA 4B9VA 2P1JA 4BE1A 5HRNA 2BE2A 3VA0A 1SV5A 4OKEA 3P5JA 2YKNA 4CEFA 1RILA 3LAKA 3E01A 3H08A 3ZSYA 4CJ5A 1YTAA 4CJFA 1QSLA 2OZMA 3LAMA 4HUGA 3AVLA 4CGJA 4YFUA 3AVFA 3RMCA 5J2MA 4CGDA 4K8ZA 4CHPA 4DWIA 2HB5A 2YHAA 3LP1A 4CF9A 3HXMA 4CEZA 1FKOA 2YKMA 4FXDA 3SQ2A 1Q9XA 4KB1A 4FW2A 4ZTJA 4CEEA 1UA0A 3SJJA 4XIUA 4JRQA 5JS2A 1JLAA 3NDKA 4DQQA 5J2PA 4DTRA 4HCBA 4M41A 4CHYA 4JS5A 2F8SA 3AO1A 4FM0A 1ITGA 3ZT1A 2FC0A 4DTSA 3VQQA 1U47A 2XY5A 3DLGA 4OLBA 1BQMA 4ZHRA 2IOCA 4B8AB 4CHZA 4GMJB 3SUNA 2YNGA 4KREA 2HNYA 1S9EA 1X1PA 3OS0A 2FBYA 1LWFA 3RR8A 3PO4A 3MAQA 3KD1E 4DMNA 4KHNA 4DLEA 1W0HA 3L2VA 3OVNA 1EP4A 4CJUA 3V9WA 3QEPA 3MEDA 2A1RA 3K5OA 2QK9A 4DG1A 4O55A 1RBRA 3NH2A 1U48A 2D5RA 1WAJA 2Y1JA 4TSXA 4IKFA 4DTOA 4R5PA 1I3AA 1KVBA 4FJ8A 4HVJA 2P51A 1X9WA 4B9SA 2BANA 3EZ5A 1NK5A 3OYKA 1J53A 4BDZA 4AILC 3M8SA 1U49A 3QERA 1RTIA 4CJSA 5HRSA 4FJKA 1NKEA 1JXBA 1WNSA 1L3UA 4CJTA 4JRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUBK 3ID8A 3FLCO 5LJWA 4DV2K 1WUAA 2HHWA 1VQ5N 1VK0A 5KPZA 2QWQA 3L4QA 4FZZA 3F9KA 3JSMA 3AY9A 3J7AP 4PL8A 3H46O 5AQKA 2X6SA 1UA1A 3LZIA 2F9WA 3CFRA 3OYMA 4B1ZA 4JKHA 3CCRN 4IEEA 5AQYA 4CHOA 3WUHA 3HVRA 3P31A 3K59A 4AHVA 3OYEA 2QW9A 4F8RA 1GLFO 1YJNN 4FJLA 3J7ZO 5GAHP 3LALA 4DF8A 1NK7A 3C6UA 4JK7A 2NRTA 3IDHA 2PZSA 2D0BA 2Q1NA 1YJWN 3OY9A 3OYDA 4JKGA 3ULEB 4RWTA 1NMDA 3B6PA 3CMAN 3A5MC 4Z4GA 2E8AA 2HBMA 1NGIA 3I56N 4AF1A 2X6NA 5BPNA 3T7ZA 4FJHA 4B3RK 4BG9A 4M42A 3DRSA 2HMIA 3LDSA 3U9ZA 4BWJA 4KTZA 2DTUA 1E4FT 3R1XA 1T6CA 4FK0A 5AR0A 4JK8A 4AQYK 4C8OA 1HYVA 1SAZA 4RTFD 4ISGA 3VQDA 1BIUA 2I5JA 4IZ9A 3CCMN 3WT0A 3NBPA 3I0SA 3QINA 3VESA 1T44A 3AA4A 1IKXA 1KAXA 5M1PA 1KTQA 4W5RA 1BHLA 4CJVA 1C0MA 3BZKA 1VHXA 1RT2A 3F73A 4JI3K 3QEXA 3FFIA 3M3ZA 4CD3A 3OYBA 4FO0A 1UOCA 1NLVA 5LMNK 4AHSA 1QQOA 4FJ5A 4O8KA 1VQON 3KK3A 1WAFA 4WFNL 1VSHA 4GKKK 3CC4N 3PX6A 3TAEA 2O8CA 4B08A 4B1YB 3ZEUA 3DOKA 3VEWA 1TGOA 1T7PA 1HNWK 5BRFA 1YXQA 4CZIA 3OYJA 5EU7A 4CJ4A 1HPZA 3ZT2A 2FF3B 1VQ4N 3JYTA 2P9KB 3WNFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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