2G8IA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mn2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8iA00
2D0BA 4CGDA 3SCXA 4CF8A 1L3TA 2XY7A 4B8CA 1TVRA 3V9UA 3TARA 2QKBA 1JXBA 4KB0A 4DQRA 4CJ5A 1DLOA 5HRNA 1J53A 1WSJA 4OPKA 3PV8A 5C24A 1VRUA 1JLEA 4KHNA 4J2DA 3OYDA 2RN2A 4E7LA 3OYLA 4GW6A 1VSMA 1VK0A 3KKRA 4H8KA 3QEWA 3OYAA 1Q9YA 4CEZA 4BDYA 1I3AA 1RBRA 1JLFA 1T8EA 3K57A 3K2PA 3NBPA 4FW1A 4IFYA 4KV8A 4EP4A 4PQUA 4CJ4A 4FLWA 3NGIA 3ZSQA 1NOYA 1BL3A 2BANA 3DLHA 4J2EA 2OZMA 3AVFA 1WAFA 1G15A 3NAEA 1EXQA 3V9WA 3F9KA 2KFNA 5CYQA 4ELUA 1EX4A 3AA3A 3HSTB 4KO0A 2RF2A 4CJPA 4DQSA 4FK0A 3E01A 1D5AA 4DTOA 3RR8A 3V4IA 3QNNA 3THVA 4HCCA 4LH4A 3DRSA 4CE9A 3OS2A 4FJHA 4FJLA 1NKCA 2XY5A 3NF8A 5HRPA 4OKKA 4Z4CA 4DS4A 4Z4GA 3KD5E 1CXQA 4CJKA 3VQ8A 1QSSA 5K14A 2IOCA 3TR8A 1NKEA 5FRMA 3ALYA 3SI6A 1JXEA 3DOLA 4DSEA 2BDPA 3HM9A 1XWLA 4O4GA 1EP4A 3C94A 3U3GA 3WNEA 4CGFA 3SQ1A 1XC9A 4KTQA 2FBVA 3AA5X 3QEXA 2PY5A 4PY5A 1JKHA 4RG8A 1LW2A 4EP5A 1RDBA 1S1VA 3O3GA 3SUPA 3V81A 3LPUA 3ZSZA 3S9HA 4JS5A 1C0MA 4M3TA 2PYJA 1J9AA 1HYZA 4B3OA 4ELTA 5T7BA 5JS2A 4L8RB 1RDCA 4E1MA 5HROA 3O3FA 3ZSOA 3MEGA 3TAPA 2BGGA 3O4NA 3QINA 4DSIA 5EU7A 1S9EA 3B6PA 4CJUA 4CCHA 3BGRA 1WSFA 2ITGA 1GOCA 3L2VA 4CEFA 3EYZA 1S6QA 1KCFA 3NH1A 1S1XA 3HO1A 2HHTA 1ASWA 1JLBA 4DU3A 2XY6A 4I9QA 3MEDA 3TAEA 2VG5A 2DTUA 3LZJA 4FM1A 4EZ6A 1S1TA 1LWEA 3OYFA 3V1RA 4CJRA 4K8XA 1LWCA 5HRSA 4KTWA 2X6SA 3LWLA 1NK5A 4KB1A 4M3XA 2OZSA 4FK4A 2P1JA 2FBXA 3I0SA 3L3VA 1L3VA 4CIEA 3HP6A 2O4IA 4DTNA 1ITGA 2E6MA 1L3UA 1TKXA 1SL0A 5SZTA 1I39A 3P1GA 4NCGA 4KREA 1T05A 3K58A 2DFEA 2XRIA 3OS0A 4JRPA 4F4KA 4M3RA 4CECA 3S3OA 4B08A 1SL1A 4AHVA 3K5NA 4FJGA 1UA0A 4RW7A 1NJWA 1TV6A 4KHYA 3SV3A 4FW2A 4WE1A 4KAZA 3G10A 1TK5A 3NF7A 2HHVA 1RDAA 4AHCA 4CIFA 2IAJA 1RT6A 1QSLA 2RKIA 3SPZA 1UA1A 4W5QA 4OVLA 2A1SA 4CHYA 4CHQA 4DSFA 4DSKA 4N41A 1KLNA 1NJYA 3O4QA 1RT4A 4CJ3A 4CGIA 4BWMA 3PX4A 2HNYA 4CGJA 3OYNA 4FLVA 4KHWA 4W5NA 4IG0A 5KTQA 5J1EA 1ASUA 4Z4IA 1K6YA 2D0AA 2G8KA 1QQCA 3PY8A 1UOCA 1QS4A 2OYQA 2O4GA 3SZ2A 4B9MA 3L2QA 4E7JA 1IH7A 3ZT2A 4KTZA 1QSYA 5JS1A 4E1NA 3LWMA 5I42A 3P83D 4R5PA 3WNFA 4FYDA 3NF6A 3KIOA 2VWJA 3TAMA 1MU2A 1IKYA 1W9HA 3AVJA 4W5TA 3VQ4A 3SQ2A 4N47A 1C1BA 4BE1A 2OA8A 3VQAA 3HJFA 4B9TA 2DY4A 3RMBA 4G1QA 2G8HA 3KD1E 3HVTA 3RWUA 1IO2A 2EHGA 4CJEA 3V1QA 3EY1A 1TKZA 1BHLA 4KHSA 4CK2A 1KVAA 1SL2A 1SKRA 4LH5A 2YNHA 4DTSA 4KI4A 4KI6A 4W5RA 1EETA 2DFFA 4H4OA 3U6FA 1J5OA 4Z4FA 2OPQA 4GVMA 4LSLA 1U04A 3LAMA 3C95A 3M8QA 1XHXA 3IG1A 1ZBHA 1KRPA 2E4LA 3KLEA 1NKBA 4CERA 3KLGA 3DLKA 3LPTA 3HXMA 1NK7A 3C6UA 1VSLA 4DQQA 4ZTJA 2HHXA 4CESA 1TL3A 2HHSA 4I2PA 3CFOA 1KVCA 1WSIA 3ISNC 4B9LA 1N6QA 3DLGA 2VWKA 5KGWA 2IGIA 4CK3A 2R7YA 1KFSA 3VQBA 2B5JA 3IRXA 1IKVA 1BISA 1HPZA 4CEDA 4J2AA 4LD0A 3WNGA 4FZXC 3LP3A 1X9WA 3FFIA 4CEEA 2XY8A 4CIGA 4DLGA 2A1RA 2B6AA 3ZSWA 4M41A 3O3HA 4DTXA 4FJIA 3NFAA 3G0ZA 1RTDA 4AILC 4N5SA 4XIUA 2LSNA 3OY9A 3RTVA 4CEQA 1RBTA 3K5LA 1A5XA 4O55A 3V9XA 4KRFA 1BIZA 2X74A 5HBMA 1RILA 4ELVA 1VSFA 4GMJB 3K5OA 3OVNA 4FJ7A 4FJ9A 3KTQA 3K59A 1BCMA 3ZSXA 5I3UA 3CYMA 3SUQA 4CHNA 1SKWA 1WN7A 3HVRA 4DSJA 4FJKA 1RTHA 2OPPA 4O44A 3U3YA 3ZCMA 4I7FA 5CZ2A 3P5JA 3OS1A 4RW9A 4DF4A 5D3GA 1SKSA 1TK0A 2G8VA 3OYGA 3LDSA 3I0RA 1IKXA 1S9GA 3PO5A 4DWIA 2HHUA 4FM0A 4CJTA 2Z1IA 3QIOA 4E0DA 4FJXA 4OLAA 4DU4A 3M8SA 4DG1A 2P51A 4JRQA 3OJSA 3LAKA 3ZSVA 4FM2A 4K8ZA 3MAQA 3OYCA 4YFUA 5FROA 2YKMA 3OYMA 1WSGA 4NCBA 1RCHA 4F3TA 2KZMA 3OYEA 3PO4A 4OKEA 1RDDA 3AVMA 3A2FA 1A5VA 2YV0X 1FKOA 1VSHA 2YNGA 3KKSA 4Y1CA 3KLHA 1S5JA 3CFPA 2PZSA 2KZZA 1YVUA 2G8WA 1RNHA 2FBTA 4DTMA 1EKEA 3SUOA 5DK5A 3TI0A 4LY7A 1JLCA 1HNVA 2YNFA 1L5UA 3V9ZA 3TABA 4DF8A 4CJSA 2GUIA 4Y1DA 3ASMA 3VQEA 2XHBA 4FLXA 2JLEA 2KW4A 2PYLA 3NGYA 1CXUA 3LZIA 4CJQA 1B92A 4FZYA 3KLIA 1NOZA 4RW6A 1SUQA 1GOBA 4CEBA 3OJUA 1B9DA 1WLJA 2Y1IA 3ITHA 4FVMA 3TAGA 4M45A 1NK4A 3ZT0A 3DYAA 3QEPA 4EZ9A 2KTQA 1U45A 3DLRA 1HNIA 1VSJA 3L8BA 1TAQA 1HYSA 4DTJA 3ZT4A 3V6DA 3SUNA 2G8UA 4M3YA 1BI4B 1C0UA 3ZT1A 2AJQA 3RRGA 1Z26A 4HUEA 3QEIA 3MXIA 1X1PA 4ID5A 4E19A 4HTUA 2B4JA 3AO5A 1JLGA 3DI6A 1NK0A 1HJRA 3AVHA 3AA4A 5KI6A 4DLEA 4KKOA 2BE2A 4MFBA 3ZT3A 2GBZA 1HRHA 1L3SA 1WSEA 4M42A 4I9LA 3NDKA 3L2WA 3AV9A 5CYMA 3KJVA 3L2RA 4CF9A 2IDOA 4CF0A 4FXDA 4ID1A 1KTQA 4I2QA 5SWMA 4DQPA 3PX6A 3T19A 3S3NA 3PUFA 2OPRA 4B9VA 3LALA 1BQNA 4CEOA 1B9FA 4FZZA 4FJ8A 3T1AA 4HUGA 4DFMA 4KHQA 2QK9A 3AVKA 4O5BA 1QHTA 3D0PA 1J54A 1WAJA 4DTRA 3OYBA 1KSPA 4KHUA 2WOMA 3CM5A 4CJLA 3CM6A 1VSEA 2YKNA 1ZBUA 2P5OA 3UIQA 3PX0A 4TSXA 1GOAA 3MXJA 2OPSA 4ICLA 5J2QA 4PWDA 3ZSRA 4CF2A 4ZHRA 2QXFA 3V9SA 1VSIA 1LAWA 3VQQA 3SQ0A 4DS5A 5C25A 1C1AA 1NJXA 1RBUA 1VSKA 4QCLA 1BCOA 1NK6A 1R0AA 2YNIA 4RW4A 3HK2A 3VQ6A 1KLMA 2FBYA 3HPHA 1QE1A 3K5MA 4JLHA 3RMDA 3NH2A 5HLFA 1U48A 3VA0A 4IFVA 1WNSA 5FDLA 5KRTA 4IKFA 4DU1A 1O1WA 1RBVA 3CG7A 2W42A 4Q5VA 1CZBA 4OPJA 1LW0A 4DQIA 3AO4A 5CY4A 1YT3A 4DSLA 1DTQA 3M8RA 3EZ5A 4BDPA 4FJ5A 1BIUA 4KFBA 3RRHA 3V1OA 4YNQA 2YHAA 1YTUA 3D45A 3I8DA 3DOKA 3LP0A 3VN5A 3HPGA 4CFAA 3AVGA 3OYJA 3S3MA 1Q9XA 1C6VA 3AO1A 5J2MA 2Z1GA 1BGXT 4UQGA 4F3OA 2HNDA 1TGOA 4BDZA 3KK1A 3VA3A 1TKDA 3DLBA 2IS3A 4N76A 1W0HA 1Y97A 4BE0A 1C1CA 2VG7A 4CGHA 4O0IA 3QERA 3ULDA 2Q3SA 5E41A 3VQDA 3ZSYA 4J2BA 3MECA 2EX3A 4W5OA 1QTMA 2Y1JA 4HCBA 1LV5A 2VG6A 4AHRA 3AVLA 1HYVA 4CFBA 3WNHA 4PUOA 2E6LA 4IDKA 4AH9A 1CZ9A 1WSHA 3B6OA 3L3UA 4CFDA 3AVNA 2GV9A 4Z0UA 4Q0BA 3SQ4A 4AHTA 2HVIA 4CHOA 4F8RA 1ZBIA 1REVA 4H4MA 2JGUA 4CGGA 1FKPA 3TAFA 3SNNA 4IG3A 1IG9A 4B9SA 3AVBA 3VQ9A 2Z1HA 1C0TA 3NF9A 1FXXA 3OYIA 3IS9A 4M3WA 4IBNA 3NHGA 1U4BA 3VQPA 3NE6A 3TAQA 4DFPA 3JSMA 3QESA 2Z1JA 4AHUA 1XHZA 3F73A 4QOZB 2XO7A 4FLYA 1BI4A 3AO2A 4Z4EA 4RW8A 4FLUA 4DFJA 4BWJA 2P5GA 1HMVA 2ZE2A 3AVCA 3QLHA 3JYTA 2I5JA 1VRTA 4BACA 3BDPA 4F2RA 4OLBA 2HVHA 3L2UA 2G8FA 1RT5A 3VQ7A 3SYZA 1NK9A 4DTPA 3VQCA 4CEAA 1X9MA 4CJVA 4M3ZA 1IKWA 5J2NA 3IAYA 4E7IA 5CZ1A 4N56A 1TKTA 1ZBFA 1Z25A 1D9DA 4OJRA 2KQ2A 3T3FA 2DFHA 1JL1A 4AHSA 4JS4A 4BE2A 5DMRA 4C8KA 4KPYA 1N5YA 3QETA 5KRSA 1JLQA 4FLZA 3DRRA 3RMAA 4PA1A 4B8AB 4NCAA 1ZYQA 2ATQA 5KGXA 2ETJA 2WONA 3RMCA 1TL1A 3OYHA 1D9FA 4Z4HA 4CJWA 1RTIA 5FRNA 1TK8A 1NK8A 2D5RA 3AO3A 1LWFA 2G8IA 3QEVA 4DTUA 1RBSA 1U49A 2ZD1A 2NUBA 2X78A 2FC0A 2HNZA 4CF1A 1D8YA 2YHBA 4QAGA 3KLFA 4OGEA 1KFDA 2IC3A 2X6NA 2KFZA 1ASVA 4OGCA 5HRRA 1X9SA 3TANA 3QIPA 5J2PA 2HMIA 3DLEA 4FLTA 4HHTA 3NH0A 1UWBA 4CJFA 4B9UA 2HB5A 4C8OA 3LANA 4HUFA 1JLAA 3H08A 3KK3A 3RR7A 4B9NA 4C8MA 4CK1A 3C6TA 3DRPA 1KVBA 3LP1A 4NYNA 1CLQA 4LSNA 3M8PA 1YTAA 3HT3A 3HPOA 1T03A 1LAVA 4FJMA 4O0JA 1RT7A 1HQUA 1S1UA 2HHQA 4CHZA 4NYFA 1T7PA 3LP2A 4FJJA 4E7KA 3HP9A 2ZQBA 4HVJA 3KK2A 4C8LA 3QNOA 3AA2A 4E3SA 4E7HA 2F96A 3HL8A 2F8TA 3TWHA 3MEEA 4ZTFA 4CHPA 1DTTA 4C8NA 3VQ5A 3CFRA 4F2SA 2F8SA 1Q8IA 3QO9A 4E89A 4OKJA 2HW3A 1ZBLA 1JL2A 3CQ8A 1BQMA 1RT1A 3HYFA 3AVIA 3OYKA 3SJJA 3MXMA 1FK9A 2D0CA 1RT3A 4DFKA 1SV5A 3NGZA 1S6PA 4DMNA 1F21A 1HQEA 1NJZA 2QKKA 3SV4A 5C42A 1UAXA 2RPIA 4FJNA 3SPYA 1RT2A 3AVAA 3NCIA 1U47A 4FCYA 4M3UA 1A5WA 1VSDA 3DM2A 1TAUA 4FK2A 1S1WA 1RTJA 4MQ3A 1XI1A 2HHWA 4CFCA 3DMJA 5HP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WUSA 4K42A 1IBMK 1TVRA 3V9UA 3TARA 1JXBA 4LFBK 1WSJA 5BR9A 4J2DA 4V19S 4BVPA 2RN2A 3OYLA 3PIOL 4WFNL 4BRCA 4BDYA 1I3AA 3W3DA 3CCSN 1T8EA 1EWRA 1HPMA 4GV9A 4CJ4A 3U9DA 3VMFB 3RSEB 3HJFA 3BY5A 2JWLA 4I6MA 3HBTA 3CJCA 3F9KA 4ELUA 4JI3K 1EX4A 3AA3A 3HSTB 4DQSA 1VQLN 1ATRA 4FK0A 2P9UB 3U4LA 4DTOA 1YF5L 2HF4A 3OS2A 4FJHA 4JKHA 4FJLA 3NF8A 2E2PA 4NLBA 4DS4A 3KD5E 1CXQA 4LF6K 4LF8K 3SI6A 3AAPA 1EP4A 2ASPA 3C94A 4CGFA 4XH4A 3VGMA 4B1XB 3SQ1A 4KTQA 2PY5A 1S1VA 3CHWA 5BN9A 1C0MA 1J9AA 3SMPA 5T7BA 5BN8A 2QA4N 3ZSOA 3O4NA 2VYPA 1YUWA 4DSIA 1S9EA 4JN4A 3L2VA 1MWMA 4YOVA 3NH1A 3HO1A 5HOOA 4DV4K 1FW6A 1WUAA 2W40A 2VG5A 3V1RA 4CJRA 1SZ2A 1LWCA 4KTWA 2X6SA 3LWLA 1NK5A 4A59A 2FBXA 4CIEA 3HP6A 5SZTA 5AQGA 4NCGA 2PAVA 2UXBK 3K58A 4BR5A 4F4KA 5GAHP 4AHVA 4FJGA 3THXB 1XMOK 3CJAA 1GLEG 4FW2A 4QS8A 1RDAA 3LDLA 1QSLA 3SPZA 4DSKA 2A1SA 4N41A 1J6ZA 5E26A 4DV1K 1KLNA 3AGKA 5M1FA 1NJYA 4BWMA 2HNYA 5KTQA 3CF5L 3CCMN 1IBKK 2G8KA 1QQCA 1QS4A 2O4GA 3CC7N 3ZT2A 3LWMA 4DR7K 4R5PA 3WNFA 5AQPA 4FYDA 1OH7A 2VWJA 3AVJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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