2G8IA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with mn2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8iA00
4IFVA 4CEZA 3NE6A 3SI6A 3TAMA 3MEEA 2LSNA 3O3HA 1FKOA 4HUGA 3QESA 4B9VA 4FK2A 4M3YA 5HRNA 3OVNA 5JS2A 4DLGA 1JLGA 1QSYA 5SWMA 3THVA 1IH7A 1Y97A 3O4QA 4DSJA 3HVTA 5I42A 5DMRA 3CFPA 3LP3A 4W5NA 4KRFA 3O4NA 1NJZA 2OPQA 1C1CA 1WSEA 3V9ZA 4CJ5A 2BGGA 5KGXA 1NOZA 4FM2A 4DSFA 1RT4A 1JLEA 4AILC 3G10A 4ICLA 1QTMA 1RNHA 2ITGA 3I0SA 3I8DA 3T3FA 3NH2A 3QNNA 4FVMA 1NK5A 1ZBHA 4AHCA 3WNFA 3QINA 4CF0A 1RDDA 1LWCA 4DMNA 4GMJB 3NBPA 1LW2A 1UOCA 3AVLA 3ZT4A 3VQ7A 1IKXA 4CJLA 4DFKA 4BDZA 1U47A 4C8LA 4HUFA 4BACA 3V9WA 3DM2A 4C8MA 2A1RA 1HNVA 1HQEA 4H4OA 4E7JA 1J5OA 3PX0A 1CZ9A 3CQ8A 1RTIA 1F21A 4FW1A 4I2QA 5J2PA 1NK7A 4FJ5A 4FJ9A 5HRRA 5I3UA 4BWMA 3TWHA 3OYLA 3OYGA 4HVJA 2B6AA 2NUBA 3VQ5A 3TABA 3NF7A 5HBMA 3F73A 3DYAA 4E3SA 1TL1A 3ZSYA 4F8RA 4Y1DA 3AO1A 3QEWA 3AVKA 4B8AB 4DF4A 4J2BA 1DTQA 1KFDA 1B9FA 1RT3A 3OYFA 4CHQA 4E19A 4CJEA 2YNFA 3NFAA 4IDKA 4RW9A 4CFDA 3TI0A 3LPTA 1NKCA 3PY8A 1BIUA 2PYLA 1RBRA 1O1WA 1TK8A 4KHUA 4KI6A 1JL1A 1QSSA 4C8OA 2OPPA 4AHVA 4BE0A 4R5PA 4DS5A 4ZTFA 4I2PA 3O3GA 4NCGA 1A5XA 1RTHA 2IGIA 3AO4A 4CGDA 4DF8A 3MAQA 3M8PA 4M3WA 4CJ3A 2EX3A 1IKVA 4I9LA 5J2QA 4O5BA 4OGEA 4CJUA 4EP4A 4FW2A 4CFBA 3NGYA 3VQ9A 3L2UA 3QNOA 1BQMA 1RILA 3LP2A 4CJTA 2YHBA 2Z1GA 4FLYA 3SPYA 1NJYA 4CF1A 2FBYA 2YNIA 4CF9A 1T03A 4B9MA 2F8TA 3AVCA 1W0HA 3LAMA 3KD1E 3VQ4A 4JRQA 3ZSWA 4FJHA 3DLHA 3HM9A 1NKBA 3HO1A 3SPZA 4PY5A 3V9UA 4DTOA 4FLZA 4CJFA 1S6QA 3ZCMA 4KHWA 3U3GA 1X9MA 3AVMA 3U3YA 3FFIA 1NOYA 2DFHA 4CK3A 1EP4A 4UQGA 3D0PA 1HYZA 1SV5A 1CXQA 5DK5A 3LWMA 4BDYA 1C6VA 3QLHA 3AA3A 4HTUA 2G8UA 2HHWA 3RRGA 1TKTA 3AVIA 3P1GA 4O0JA 2HHXA 3U6FA 1BIZA 3QIOA 1NKEA 1C0UA 3OYNA 1BL3A 3MECA 4DG1A 1B92A 2X78A 2BE2A 1VSKA 1LV5A 1A5WA 1Q9YA 4HCCA 1VRUA 3LWLA 2HHUA 1L5UA 3EY1A 3C6TA 3SUNA 1J9AA 3TAQA 4FJLA 4CECA 4CFCA 4GVMA 4B08A 3SUPA 4OVLA 3L8BA 1VSHA 3OYJA 3K5OA 3VQCA 3I0RA 2W42A 3NAEA 4DFJA 4HHTA 2X74A 4Z0UA 3CM5A 3HVRA 4DQSA 1C1BA 1KVCA 3OYCA 1KCFA 4JS4A 1UA0A 1J54A 3AVGA 4LD0A 2BDPA 2KFZA 4KHQA 1RBTA 5J1EA 1RTDA 3WNEA 1SKSA 2KFNA 3NGIA 4DQQA 1IKYA 4KREA 1EX4A 2G8KA 1L3VA 4M3XA 3OY9A 4KHSA 2QKBA 4IG0A 4M42A 4KO0A 4Z4CA 4KI4A 1JXBA 1HYSA 4DQRA 1JLAA 1VSJA 2A1SA 1KVBA 3A2FA 4DSEA 3OYEA 3L3VA 2PZSA 1X9WA 3TARA 2D0AA 4FLVA 2G8FA 4E7HA 2FBXA 3LPUA 4EP5A 3V9SA 4CJ4A 4FXDA 1N6QA 4DTMA 4J2AA 3QO9A 4OJRA 4AH9A 1A5VA 3OYIA 3K5LA 1IKWA 3CG7A 4CGJA 3EZ5A 1NK8A 3LANA 2XY5A 3P5JA 4NYNA 1XI1A 3BGRA 3QEVA 2F96A 1HYVA 1VSFA 3LALA 3T1AA 4Z4IA 3DLGA 2FBTA 3QIPA 4MFBA 2XY6A 3KLIA 3OYKA 4C8NA 1WAJA 4BDPA 1L3SA 1LWFA 1S5JA 4IG3A 3SV4A 2Y1JA 1WN7A 1EETA 1EKEA 3M8QA 4KPYA 3L2RA 4KHNA 3ZSVA 1B9DA 3SQ4A 1XWLA 1JKHA 4FJXA 3CM6A 4OLBA 3AO3A 1RBVA 3KLHA 1ASUA 3ZT0A 4DTJA 1HQUA 3IRXA 5K14A 4Q5VA 3ZSQA 5KGWA 2Y1IA 3H08A 4OKEA 2R7YA 3PX6A 2VWKA 2P1JA 1J53A 1QS4A 5KRTA 1TAQA 1TGOA 3KK2A 3DLBA 1RT1A 1RT2A 1S9EA 3UIQA 3S3NA 4FJMA 1JL2A 3OYDA 4DFMA 3RMBA 1KSPA 2VWJA 5KTQA 3ALYA 3TANA 4CJVA 3KJVA 4DSIA 1FKPA 3PV8A 3IS9A 3KD5E 4DSLA 1S1UA 2OA8A 1QHTA 1S6PA 3TR8A 3LP1A 3DOLA 1WSHA 3QETA 4WE1A 4CEQA 3HPGA 2HW3A 3RWUA 4NCBA 4ID1A 2HHTA 3VA3A 4LH4A 3MXJA 2KZZA 2HNZA 1YT3A 1JLBA 4CHYA 4MQ3A 3VQDA 3RMDA 4I9QA 1C0MA 1RBSA 4E7IA 1KTQA 1RDBA 1SKWA 2FC0A 3DRPA 4CGFA 3L3UA 4FCYA 3V81A 4DQPA 1DTTA 2GUIA 2O4IA 2DY4A 2QXFA 5HRSA 1N5YA 3EYZA 4M3TA 1WSJA 2GV9A 4BWJA 1BCMA 4CJQA 4N56A 1DLOA 3OYBA 1U48A 4L8RB 4CESA 3KLFA 4O4GA 4AHUA 4YFUA 4F2SA 1RBUA 3L2VA 3V4IA 4KB0A 3HSTB 1TKZA 2VG6A 2E4LA 3ZSOA 4K8ZA 3L2QA 3TAPA 1S9GA 4CEDA 3KK3A 3AVAA 4CGGA 1U04A 2RF2A 4CF8A 3MXMA 1I3AA 2HNYA 1IG9A 1KFSA 1HJRA 3ZT2A 4Q0BA 3KLGA 1HMVA 3ZSRA 4NCAA 4OKKA 4DU1A 1VRTA 4JS5A 4DTSA 3TAEA 3QEPA 3HXMA 5C42A 3V1OA 3HPOA 1D9DA 5D3GA 2HHQA 1NK6A 1SL0A 3NCIA 1TK0A 4CEEA 3PO4A 4FJKA 5FRNA 4PQUA 1GOBA 1NJWA 3VQAA 3K58A 2XY7A 4KHYA 3KKSA 3VQEA 3P83D 1IO2A 4FLTA 1R0AA 4EZ6A 4NYFA 3NH1A 3SJJA 4PUOA 3RRHA 2OPRA 1WSFA 1BI4B 2B5JA 2HMIA 4FZXC 4N41A 2OZSA 4DS4A 4LSLA 4CCHA 1KRPA 1JXEA 3VQBA 3AV9A 4FYDA 2X6SA 4DTRA 2KQ2A 4OGCA 3KLEA 4CK2A 4CK1A 4ELTA 4DWIA 2JGUA 3ASMA 4O44A 3V1RA 2HHVA 1BI4A 4E0DA 2ZQBA 3NDKA 2G8VA 3E01A 4G1QA 4PWDA 1CLQA 4KAZA 2DTUA 2VG7A 1RT5A 4DSKA 1QQCA 3C94A 4H8KA 3F9KA 4J2DA 4I7FA 4W5TA 4CHNA 1ZYQA 3LAKA 3TAFA 2PY5A 2IS3A 1QE1A 1VK0A 2HB5A 3AA5X 3CFRA 3PX4A 2YKMA 1ASWA 3M8SA 4FJJA 2G8HA 3ZT3A 3NGZA 4CEOA 3ULDA 3HYFA 3JSMA 3VN5A 1Q8IA 2IC3A 4CHPA 3ISNC 1VSMA 2B4JA 4JRPA 2PYJA 1JLCA 1ZBFA 4N76A 4N47A 1ITGA 1LW0A 3VQ8A 5CYQA 4IBNA 4KTZA 1YTUA 1TVRA 4ZHRA 3OJUA 1K6YA 2HVHA 4HCBA 3D45A 2VG5A 3O3FA 4FK4A 4B9LA 3WNGA 3SQ2A 3AO5A 4F3OA 4F3TA 3AA4A 3DI6A 2YNGA 3K57A 4CF2A 5T7BA 1SL1A 1G15A 1LAWA 2P5GA 3HJFA 2XY8A 2OPSA 1GOAA 4O0IA 4M3ZA 1L3UA 4RG8A 3T19A 5EU7A 3HL8A 4CHOA 1VSLA 3HT3A 1T05A 2HNDA 3S3OA 1JLFA 4FZYA 4FJNA 3MXIA 3DLKA 5SZTA 4F4KA 4OLAA 2RN2A 4CJPA 1ZBUA 2ATQA 3G0ZA 4W5RA 4CJSA 3MEDA 3OS0A 4RW7A 3VQ6A 1VSEA 5J2MA 1KLNA 3VQPA 3RMAA 2ETJA 4CIEA 5KRSA 2FBVA 4PA1A 1RDAA 2F8SA 4B9UA 4W5QA 3QERA 3SQ1A 2ZE2A 3ZSZA 4DQIA 3JYTA 4M45A 2D0BA 4FJ8A 2ZD1A 3K2PA 3AVNA 5E41A 3AA2A 5FRMA 1D9FA 3HK2A 5JS1A 3NH0A 3NF6A 4DTUA 5HLFA 2KTQA 2IDOA 3HP6A 2E6MA 1U49A 3SUOA 1ASVA 1VSDA 4KTWA 4E1MA 1U45A 1SUQA 2P5OA 4LH5A 4Z4FA 2Z1HA 2OYQA 1RDCA 5HRPA 4C8KA 3OS2A 3C6UA 2HVIA 3AVBA 1I39A 1BQNA 4CHZA 1C0TA 2O4GA 2EHGA 5HROA 3LDSA 3CFOA 3LZJA 3OS1A 3DLEA 3DMJA 1TL3A 4N5SA 4FLXA 1KVAA 1TV6A 5CYMA 4FZZA 4OKJA 2Q3SA 3ZT1A 3KIOA 4QAGA 3K59A 4AHTA 3RR8A 3AO2A 1RTJA 1FXXA 1X1PA 4KB1A 2YHAA 4B8CA 1WLJA 1MU2A 3PUFA 1NK0A 1JLQA 4O55A 3DRSA 3SCXA 4CE9A 4XIUA 1NJXA 1Z26A 3SUQA 4M3UA 3SV3A 3KTQA 1TKDA 4LSNA 2OZMA 3B6PA 5C25A 1U4BA 3VQQA 1NK9A 4FJ7A 1D8YA 1HRHA 4B9TA 2DFFA 1UWBA 2I5JA 3AVJA 3NF9A 4CGHA 3OYMA 3S9HA 2E6LA 3PO5A 1BCOA 2XO7A 2RPIA 3QEXA 4B3OA 2XHBA 3V1QA 3OYAA 1Q9XA 3RTVA 2YKNA 1YVUA 3AVFA 1NK4A 3NF8A 3SNNA 1X9SA 1SKRA 2G8IA 4YNQA 4DU3A 4DLEA 1S1TA 5KI6A 3IG1A 4Y1CA 1REVA 4DTNA 4Z4EA 1T7PA 4CERA 1BHLA 2D5RA 4E7KA 1LAVA 4KTQA 1CZBA 1D5AA 3HP9A 4GW6A 1WSIA 1WNSA 4BE1A 4FLUA 3HPHA 4DFPA 1KLMA 4KV8A 4E89A 4FM1A 2KW4A 4E1NA 1W9HA 1L3TA 3TAGA 4ELUA 4K8XA 1VSIA 3CYMA 4DTPA 2YV0X 2QKKA 4JLHA 4E7LA 4W5OA 4F2RA 3AVHA 1BGXT 1RT7A 3LZIA 3IAYA 1TAUA 4CEFA 3DOKA 1FK9A 4DTXA 1RT6A 1XC9A 1UA1A 3RMCA 4FLWA 1C1AA 4FK0A 2D0CA 2HHSA 3DLRA 5C24A 5FROA 3K5MA 4BE2A 1T8EA 1TKXA 3LP0A 1S1VA 3VA0A 1HNIA 4B9NA 3KK1A 4FM0A 4IFYA 5CY4A 3OJSA 4EZ9A 4FJIA 5J2NA 4J2EA 1SL2A 1RCHA 2P51A 5HP1A 3ZSXA 4CIFA 4CGIA 2QK9A 3M8RA 1HPZA 4RW4A 4DU4A 3K5NA 4KKOA 4CJKA 3V9XA 3RR7A 5CZ2A 3S3MA 3KKRA 2BANA 1YTAA 3WNHA 4FJGA 1ZBIA 5CZ1A 1QSLA 3V6DA 3DRRA 2XRIA 3C95A 4OPJA 1WAFA 2WOMA 4CFAA 4ZTJA 3OYHA 2G8WA 2WONA 2YNHA 2Z1JA 3ITHA 4RW8A 4Z4HA 4M3RA 4CJRA 3L2WA 2Z1IA 1S1WA 1WSGA 3SZ2A 4CEBA 1XHZA 1ZBLA 4B9SA 1CXUA 1EXQA 2AJQA 3BDPA 2KZMA 4Z4GA 4ELVA 4HUEA 2RKIA 3SQ0A 4TSXA 3MEGA 4KFBA 4AHRA 4QOZB 2GBZA 4ID5A 2IOCA 2IAJA 3B6OA 4LY7A 4CEAA 4H4MA 4IKFA 3QEIA 3NHGA 4OPKA 1S1XA 4CIGA 2DFEA 4M41A 1XHXA 1Z25A 1LWEA 2X6NA 4AHSA 1TK5A 2JLEA 4RW6A 4QCLA 4CJWA 1BISA 1UAXA 5FDLA 3SYZA 1GOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEZA 3DAWA 3NE6A 3SI6A 3TAMA 4FK2A 1WBDA 5JS2A 1JLGA 3THVA 1IH7A 1Y97A 2NRRA 4B1UB 3HVTA 2UUBK 5DMRA 5AQHA 4MLHA 1C1CA 3VMFB 5LMUK 4CJ5A 2BGGA 4AILC 1NJIO 3G10A 1VQON 3I8DA 3QNNA 3CJ1A 4FVMA 1RDDA 4GMJB 1BO5O 3NBPA 4CJLA 3AGKA 4HUFA 2VGNA 4BACA 3JS6A 4DV5K 1NK7A 2O8DA 5I3UA 2QTDA 2B6AA 3IFRA 4DV6K 5AQNA 3TABA 2YI1A 5HBMA 4E3SA 3DYAA 4LFCK 1TL1A 4QS8A 4J2BA 4A2AA 1J6ZA 3A5LC 4CHQA 4U7BA 2YNFA 3WEEA 3NFAA 3TI0A 1NKCA 1RFQA 4BGAA 3A5NC 1TK8A 4KI6A 2QXLA 4AHVA 4BE0A 4DS5A 1V4TA 3ZX3A 4CJ3A 2VQFK 1IKVA 2ZWHA 4I9LA 3G6EN 4FW2A 3QNOA 3SBTA 1RILA 2QWLA 4BR9A 3SPYA 2FBYA 3LAMA 3ZSWA 1BWFO 4JKHA 4DTOA 5LJWA 1S6QA 3U9DA 4KHWA 1ATNA 3R8EA 3C7NA 1HUXA 3BUZB 5C2FA 4DQ8A 5AJ3K 1HYZA 1SV5A 4WQ4C 1C6VA 3AA3A 1JJ2M 2HHXA 3TSUA 1BIZA 3QIOA 3MECA 2X78A 1A5WA 2WUSA 1TYQA 3EY1A 3SUNA 3TAQA 4FJLA 4IOAL 4B08A 2Q97A 3WQUA 3VQCA 4FSVA 3I0RA 3NAEA 2P9IB 1QVFM 3CM5A 4LD0A 1W97L 2P9UB 4BR7A 1M1KO 1YHQN 1YJWN 4IG0A 3ENBA 3MWTA 3RSEA 2E5LK 3WXKA 2PZSA 4BRQA 5C12A 3H3OB 2D0AA 4BVPA 5EOYA 4OJRA 4AH9A 3ZEUA 3CG7A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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