2G8KA

B. halodurans rnase h catalytic domain d192n mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid (non-p nick at the active site)
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
136
structure length
136
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKANYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 42
structure length 136
sequence length 136
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8kA00
3DRRA 3C95A 3V1QA 2JGUA 3PO5A 1NOZA 2IS3A 3S9HA 4W5NA 2ZQBA 4PQUA 5J1EA 3OYNA 2WOMA 3LAKA 4CJ5A 4CJSA 1BIUA 3OVNA 3L2VA 4DSKA 2LSNA 4CF0A 1NJZA 2HHVA 4FZZA 4CGFA 2YNFA 4RW7A 4H8KA 1NJYA 4DFJA 4ID5A 2HNDA 4I9LA 4CK3A 1L5UA 3UIQA 1CZBA 4M3WA 1S1UA 3T1AA 4CJLA 4CEZA 4E19A 3L2WA 4E7KA 4DTRA 1LAVA 1U4BA 1NKBA 4N41A 1JLGA 3PX6A 3IS9A 3QEVA 1A5XA 2JLEA 2Z1JA 4QAGA 1TKDA 4I9QA 1TL1A 1HQUA 3KLIA 4KREA 3ZSOA 1W9HA 1C0TA 3NHGA 4Z4FA 4HUEA 1J53A 3AVLA 4KPYA 1NJXA 1BCOA 4FVMA 1C1AA 2EX3A 1UA1A 4Q5VA 3OYFA 1JLEA 3G10A 1U47A 4AHSA 2G8VA 4HCCA 2PYJA 4KHQA 3OYMA 4B9UA 2G8IA 2O4IA 2DFFA 3HSTB 3TAQA 1NKEA 1FKOA 3KLEA 4FW1A 3AA5X 4K8ZA 1CXUA 1KCFA 1ZBHA 1VSIA 3M8QA 1XWLA 4CF2A 3RMCA 2HW3A 4DLGA 2ZD1A 4CHNA 3MXIA 1C0UA 4CHOA 1RBVA 4OKKA 5CYMA 3AVGA 4DSLA 3DRSA 4O0IA 4ELVA 4EZ6A 4KB0A 4CHQA 4KB1A 1BL3A 1HNVA 4IG0A 2P5GA 4EP5A 3SJJA 3TAFA 4KTQA 1BQMA 3NDKA 2OZMA 3ASMA 1D5AA 4O0JA 4IFYA 3SZ2A 4HUFA 4DU1A 1TGOA 4RG8A 1KVCA 1X9WA 4CGGA 3NF8A 1CXQA 3KK3A 4B9SA 1A5WA 4FM2A 4E89A 4ICLA 2R7YA 2WONA 4YFUA 3L2UA 1HYSA 3IG1A 1YT3A 2XHBA 4HUGA 4DTOA 1SKSA 5SZTA 2FBXA 1QTMA 1D8YA 3OJUA 4DS5A 1RBRA 1KRPA 1A5VA 4OPKA 1G15A 4DTUA 4EP4A 3SQ2A 1ZBFA 3ITHA 4CECA 4OLBA 2YNHA 3KJVA 2XY5A 3V1OA 5I42A 1KFSA 4NCAA 5E41A 4JS4A 1TKXA 3SQ1A 4LH5A 3RMBA 2G8KA 1VSLA 3O3HA 1S6PA 3DRPA 3I8DA 3I0RA 4FLUA 1KTQA 3HXMA 3SUQA 3SCXA 4JS5A 4B9TA 5T7BA 4KHYA 3ISNC 4CF9A 4OKEA 4BDYA 4CGIA 1Q9XA 3L3VA 3CFRA 1RBSA 4O44A 5KGWA 1LWCA 4CJKA 3O4QA 3AO4A 1S6QA 4EZ9A 3NH0A 3ALYA 3QIOA 3O3GA 4DLEA 2RN2A 2XRIA 3AO2A 4M41A 3QIPA 3VQ6A 2XY8A 3SV4A 3IAYA 3P1GA 1JLAA 3C94A 1QSSA 1ASVA 4CJQA 4DU4A 3U6FA 2HVHA 3PX0A 4AILC 1EETA 4ZHRA 5DK5A 3RMDA 2OPSA 4FXDA 1WSGA 1B9FA 2KFNA 4W5TA 5K14A 2DTUA 2YHAA 1HPZA 4F2SA 4CF8A 1N6QA 5HP1A 5C24A 1IG9A 1CLQA 2OPQA 5C42A 3NAEA 4KTWA 1LWFA 1K6YA 3RRGA 1Q8IA 4M3ZA 3WNEA 1BIZA 5FROA 2W42A 3NFAA 4ELTA 1FXXA 4DFKA 4FJLA 3QEWA 4CIGA 3EY1A 2HVIA 4FM1A 3TR8A 1XHZA 1XI1A 3VQ5A 3LP3A 5D3GA 2D0AA 2OPPA 3AO1A 3MXJA 5EU7A 3M8PA 1RDAA 3K57A 1NJWA 2ETJA 3DOKA 4CJ3A 4DF4A 1REVA 1NK5A 4DQIA 2BGGA 3PO4A 4DSFA 1VSFA 4FLTA 1F21A 4DTPA 3TAPA 4B9VA 1X1PA 4I2PA 1SL1A 1TK0A 1VSMA 1Z25A 2Y1IA 2A1SA 1S5JA 4CFDA 1UOCA 4OKJA 1T05A 1RT4A 2E6MA 1BISA 2KTQA 3AVHA 5CYQA 5DMRA 4Z4CA 3EYZA 3AVAA 3ULDA 5KRSA 3VA0A 2HHSA 2Z1GA 4KHSA 1ZYQA 2RPIA 3OYGA 3OS1A 1TV6A 3FFIA 3KKSA 1VSHA 4N5SA 2YKNA 4OGEA 5KGXA 3MXMA 2NUBA 3VQ4A 3QLHA 4RW6A 3VQ9A 4CFAA 4DQRA 1S1XA 1WAFA 3C6UA 1HNIA 4OJRA 4N56A 3S3NA 2GV9A 3V9XA 2G8UA 4CGHA 3TAEA 1WSIA 3RR8A 4F8RA 3KD1E 4M42A 1VSJA 4DQSA 3AVJA 3OS0A 4BACA 4M3TA 3HYFA 4CGJA 5J2NA 1GOAA 1VK0A 3SUNA 4PA1A 2QKKA 4DU3A 4KTZA 2HHWA 2VWKA 5FRMA 4F3TA 2D5RA 1HYVA 3THVA 1JKHA 4LSNA 3V1RA 4CJFA 3OYEA 3SNNA 3LP1A 2BDPA 3HPGA 1JXBA 4FK0A 1JLCA 3DI6A 4DFPA 2A1RA 2HHQA 1BCMA 3DLRA 3CM5A 4MFBA 1TK8A 3AVBA 4N76A 1L3TA 4AHVA 1HYZA 3DOLA 3HT3A 1RT3A 3O4NA 3V9WA 1WSJA 1S9GA 3CFOA 2F96A 3NF7A 4CEOA 3M8SA 4E1MA 3V9SA 4FK2A 1TL3A 3AO3A 3RTVA 4C8KA 2FC0A 3HP9A 4M45A 3NF6A 1NK8A 3OS2A 3IRXA 3OYIA 4FLWA 4KI6A 2VG5A 3E01A 4CEFA 3AO5A 3CYMA 2IGIA 3VQAA 4CJEA 3LZJA 3K59A 1IKVA 1NK0A 2QK9A 4HVJA 1IO2A 4C8MA 1NK7A 4DMNA 4J2EA 1QS4A 4RW4A 1VSKA 3S3OA 4K8XA 1JLBA 1TAQA 3DLGA 1XHXA 4DSIA 3LAMA 1NOYA 3ZSZA 2B5JA 4CEEA 4CJRA 3TAGA 2P5OA 4KHUA 1EKEA 4DTSA 2E4LA 1WSEA 1JLFA 3HK2A 1LW0A 4B3OA 4KHWA 3PUFA 2BANA 3L8BA 3SI6A 4OVLA 1RTDA 4FJ7A 4XIUA 4W5OA 3BDPA 1RT6A 3KLHA 4FW2A 4E7JA 2QKBA 1ASWA 3NCIA 3OYLA 3QESA 4HCBA 4FJ9A 1MU2A 2VG7A 1FK9A 2KW4A 1WNSA 4O55A 4C8NA 4CEDA 3OYCA 1EXQA 3OYBA 4E7IA 4FJXA 2P51A 4AHUA 3VN5A 4R5PA 1WSFA 3OY9A 4E3SA 4NCBA 4ELUA 1TKTA 5HRRA 1RT5A 2O4GA 3K58A 4FJMA 4KI4A 3QINA 1LWEA 3WNFA 1EP4A 3VQ7A 4CGDA 3O3FA 1TK5A 1HMVA 1RTHA 4J2DA 3DYAA 3VQ8A 1VRUA 3ZSWA 1T03A 3G0ZA 1W0HA 4B8CA 3BGRA 2XY7A 3KLGA 5J2PA 4BE1A 3DLKA 3RMAA 4FJHA 2KZZA 2KQ2A 4OPJA 3K5MA 4FM0A 3NF9A 5CZ1A 4FLZA 4JLHA 1XC9A 3KTQA 1C6VA 2ZE2A 4G1QA 1BI4A 3NGYA 4FJNA 2E6LA 1DLOA 4HTUA 1RBUA 4KFBA 1JL1A 4MQ3A 3OYKA 1UA0A 2OZSA 4FZYA 4DG1A 3H08A 3TWHA 2KZMA 4B9MA 3TI0A 4RW9A 1RT2A 3SPYA 3HPOA 2DFHA 2YKMA 4I2QA 5HRNA 4B9LA 1S9EA 1HQEA 1ITGA 3VQBA 3MAQA 4CFCA 3LWMA 2GBZA 4PY5A 3WNHA 3LZIA 1LV5A 4QOZB 4IG3A 3V81A 3MEDA 3TARA 3AVCA 2OPRA 4Z4IA 3QNNA 3KKRA 5HROA 4DSJA 1YTAA 4E7LA 2F8SA 4CCHA 3PY8A 1RILA 3LWLA 1BGXT 3AV9A 1U04A 2FBYA 3L3UA 3NGIA 4Z0UA 4F4KA 5JS2A 5J2MA 2G8WA 5JS1A 4DTNA 3QEIA 3ZSVA 3VA3A 4JRPA 5FRNA 3KIOA 3NBPA 1TVRA 3ZSRA 3V9UA 4Z4HA 4CEAA 4ID1A 4HHTA 3LPUA 4GW6A 4YNQA 4C8OA 2XO7A 4OLAA 1EX4A 1LAWA 3NGZA 3L2QA 3V9ZA 4E1NA 5SWMA 3RWUA 1IKWA 1C1BA 2QXFA 2YV0X 4KV8A 4Q0BA 3VQDA 5J2QA 3LP0A 4DSEA 3LANA 4UQGA 3TABA 4DWIA 4FLXA 1VRTA 2OA8A 4CIFA 2YHBA 4JRQA 2EHGA 2F8TA 3QERA 1J54A 2HHUA 1SUQA 3MECA 3CM6A 4B8AB 1YTUA 4KO0A 1VSDA 2D0BA 1WN7A 4PUOA 4AHRA 3TANA 4CK2A 1KVAA 2OYQA 4DTJA 3VQEA 4TSXA 1RTJA 3K5LA 4DF8A 2BE2A 3U3YA 1O1WA 1ZBIA 1Q9YA 4CF1A 4BDPA 2PZSA 4CJUA 3VQCA 3AA3A 4IFVA 1SKWA 3KK1A 1L3UA 4LSLA 3P83D 4GVMA 1T7PA 1WSHA 1C0MA 4BWJA 3AVNA 4E0DA 3QO9A 2X74A 2ITGA 4NYNA 3AA4A 4KKOA 4CHZA 4FLYA 3U3GA 4BE0A 1RDCA 1SL2A 3KD5E 1YVUA 4CERA 3A2FA 5HRSA 3JYTA 2KFZA 3AVMA 1QSLA 4NYFA 3NE6A 1CZ9A 2RF2A 1DTTA 3JSMA 3B6PA 3T19A 3ZT2A 3S3MA 1D9FA 2PYLA 5HRPA 3ZSXA 2YNGA 3RRHA 1ZBLA 2FBVA 3HL8A 1S1WA 2VG6A 3KK2A 4ZTFA 4AH9A 3NH2A 3V4IA 1QE1A 3M8RA 1L3VA 4F2RA 5CY4A 1T8EA 3T3FA 4C8LA 3LP2A 4FJ5A 3D0PA 4N47A 3AVKA 4DFMA 4FYDA 1IH7A 3L2RA 2HMIA 3PV8A 1C1CA 4L8RB 1S1VA 3VQQA 1KFDA 3HVRA 1RDBA 3C6TA 4DTXA 1HJRA 2DFEA 4LD0A 2YNIA 1IKYA 1J9AA 4FCYA 1X9SA 1JLQA 3ZT0A 3V6DA 2Y1JA 1UWBA 2ATQA 3CG7A 4CJPA 1RBTA 3ZCMA 2X6NA 4Z4GA 1I39A 3P5JA 3DLBA 4W5QA 2IDOA 4M3RA 3OJSA 4J2BA 3K5OA 4CJTA 3ZSQA 4FJJA 4OGCA 4BE2A 4I7FA 1X9MA 4CE9A 1SL0A 4QCLA 1R0AA 1NKCA 4CJ4A 3TAMA 1ZBUA 2X78A 3D45A 4DS4A 1FKPA 4KRFA 2B6AA 1BHLA 1WAJA 1U48A 1LW2A 1WLJA 3K2PA 4GMJB 5CZ2A 2HHXA 3K5NA 3VQPA 1GOCA 2X6SA 3OYDA 1RTIA 3MEGA 4AHCA 4KHNA 3HVTA 4FJIA 2XY6A 2HHTA 3SQ0A 4CIEA 2HNZA 3LPTA 4CFBA 1B92A 3DLEA 4CHYA 3AA2A 1RNHA 4H4MA 3F9KA 4BWMA 2PY5A 1BQNA 3SUPA 5KI6A 1SKRA 2B4JA 3LDSA 4B08A 4FK4A 1L3SA 3DMJA 1BI4B 1JL2A 2IC3A 1NK6A 5HBMA 3ZT4A 3DLHA 2VWJA 4PWDA 3WNGA 4CESA 3ZSYA 4CEBA 4KAZA 2AJQA 3ZT3A 2GUIA 4CHPA 3NH1A 1I3AA 4F3OA 2Z1IA 5KTQA 1GOBA 2I5JA 3QEXA 1U49A 3HM9A 3HPHA 3SQ4A 3SUOA 1KVBA 1RCHA 3HP6A 1B9DA 1JXEA 1Y97A 3I0SA 3KLFA 3HJFA 3HO1A 4IBNA 5HLFA 4M3UA 4B9NA 4O4GA 3OYAA 4NCGA 1HRHA 3ZT1A 5KRTA 4O5BA 2HB5A 4AHTA 4CK1A 3RR7A 1KLMA 1ASUA 4FJGA 4LY7A 4M3XA 1RDDA 4WE1A 2RKIA 3OYJA 2Q3SA 3PX4A 4LH4A 4DQPA 4FJKA 4M3YA 3F73A 5I3UA 4BDZA 4IDKA 1Z26A 3QEPA 1IKXA 1KSPA 2DY4A 2D0CA 1QHTA 4FJ8A 3OYHA 2G8HA 4CJVA 4CJWA 3LALA 2HNYA 3QETA 4CEQA 1SV5A 4H4OA 1D9DA 1TAUA 4E7HA 5C25A 1J5OA 4DTMA 1QQCA 1RT7A 1RT1A 3SPZA 4RW8A 5FDLA 2IOCA 3AVIA 1NK4A 4J2AA 1N5YA 3CQ8A 1QSYA 4W5RA 3B6OA 3SV3A 2P1JA 4FLVA 2G8FA 3AVFA 3MEEA 1VSEA 4ZTJA 2FBTA 4DQQA 1TKZA 2Z1HA 3QNOA 4IKFA 1U45A 4Z4EA 1DTQA 3SYZA 1S1TA 1KLNA 4FZXC 1UAXA 2IAJA 3DM2A 1NK9A 4Y1DA 3CFPA 4Y1CA 3EZ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U2VB 3CMAN 2A3ZA 4W5NA 2UXCK 2YHXA 3U9DA 2P9PA 1BIUA 3H1QA 3OVNA 3TPQA 4JI8K 2HHVA 5BR8K 1L5UA 2O8EB 3T1AA 4CEZA 2ASMA 1LAVA 1JLGA 4YOYA 3WXLA 4I9QA 1A5XA 1TL1A 1HQUA 4WQ4A 3ZSOA 4BROA 5C10A 1W9HA 4WFBL 4XH5A 3VF6A 1NJXA 2W41A 4FVMA 3R8EA 4MLEA 1U47A 1DKGD 1FKOA 4FW1A 3AA5X 2QWPA 5E84A 4JI1K 2A41A 4A62A 2HW3A 1W2BM 5C2FA 4JYAK 2P9LA 1RBVA 2V7ZA 1ZC6A 3AVGA 1BL3A 3BZKA 4IG0A 2P5GA 4EP5A 4KTQA 1BQMA 2OZMA 3ASMA 4BRFA 3VOVA 3SZ2A 5GADP 1E3MA 1BA0A 2NNWA 4ICLA 2VGMA 3MCPA 1YT3A 4JK7A 2HBMA 2FBXA 5SZTA 4DS5A 3ZX2A 3FR0A 4EP4A 4IOCL 4CECA 3KJVA 1NGCA 4NCAA 3FGUA 3EKUA 2D4WA 3RMBA 1VSLA 3O3HA 3DRPA 4AF1A 3I0RA 4FLUA 3SUQA 3D2EB 4OKEA 3JXUA 1RBSA 4IEIA 5KGWA 1LWCA 5ELZA 2WTUA 2A6AA 4CJKA 3C7NB 3O4QA 1VQKN 4EZ9A 3QIOA 2RN2A 3MN9A 4M41A 4BR7A 3VQ6A 2P9KA 2A5XA 3C94A 4CJQA 4DU4A 3U6FA 2HVHA 2E2QA 1WSGA 1B9FA 2W40A 4BVOA 2DTUA 1XMQK 1NU0A 4CF8A 1IG9A 5HP1A 1CLQA 5C42A 3I56N 3FZFA 1LWFA 3RSEA 4M3ZA 3WNEA 2F9WA 4WFNL 1VQ5N 3NFAA 1FXXA 4FJLA 3JAMO 4CIGA 3EY1A 2ZJQL 4FM1A 1SZ2A 4A2AA 3VQ5A 3DXKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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