2G8VA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with mg2+ and rna/dna hybrid (reaction product)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8vA00
1CZ9A 3QIPA 1U4BA 3QEXA 4FM2A 4DWIA 2HHSA 5HROA 3RRGA 4DU4A 1C1AA 1HRHA 4PUOA 1VK0A 3T3FA 3DRPA 2QXFA 2YKMA 3DLGA 4N76A 2PYJA 4M3WA 4OKKA 1EKEA 1VRTA 3LP2A 1HNVA 3NAEA 5KTQA 4B3OA 1KLMA 4I2QA 3MECA 2Y1IA 1RDAA 3OJUA 4OJRA 1NJZA 4I9QA 4N47A 3S3OA 1KFSA 3OYNA 4FZYA 4DSKA 4CE9A 3PX6A 1IO2A 1J9AA 4E3SA 1XWLA 3FFIA 3HP9A 3M8SA 3QO9A 3VQBA 3OYLA 3D0PA 3HPOA 2GV9A 4KPYA 3V9XA 4EZ9A 1ZBIA 3V9UA 2G8HA 4M3UA 3ALYA 2XY5A 3C6TA 1WSFA 1T05A 2OPPA 3VA3A 1NKCA 5HRPA 4F3OA 4DQQA 1VSIA 2B5JA 4HCBA 4ID5A 3SCXA 2IC3A 2HNZA 4DTXA 3QNOA 1IKWA 1LW2A 1TK0A 3B6PA 1ZBLA 1S1UA 4E0DA 3VQ7A 4JS5A 3F9KA 1D9FA 2P1JA 4OKJA 2VG6A 2IOCA 3OYJA 4I9LA 1A5XA 4HVJA 3OYDA 3OYKA 4FLWA 3RMCA 3H08A 1NK5A 3HO1A 1SL2A 1QSSA 3T19A 3NCIA 1NOZA 4DQPA 4M3TA 2Q3SA 1TKXA 3KIOA 4CGJA 4CJUA 1QSYA 3AA5X 4LD0A 4M3RA 3VQPA 3KK3A 1HYZA 1ITGA 3MEGA 3NH1A 4CF2A 3ZT0A 3VQDA 4BWMA 1RT2A 3AVKA 3DYAA 3CQ8A 4DSLA 3DI6A 4M3XA 1RDDA 1X1PA 1WSIA 4Q0BA 2DY4A 1VSDA 3AVFA 3LDSA 2HNYA 1IH7A 4CK3A 3AVIA 4B08A 1ZBFA 4DSIA 4F2SA 3I0RA 4OPKA 1B9FA 1Q9YA 3O3GA 4FJIA 3HPGA 4IBNA 4O55A 5FROA 3DLEA 4KFBA 1ASVA 3S9HA 4E1NA 1C1CA 4DTSA 1GOBA 2OZMA 4DS4A 2YV0X 3HVRA 4DS5A 1NJXA 1SKWA 1Z25A 4JS4A 4KI4A 2XRIA 3BDPA 3TAPA 3VQ4A 2BANA 3P83D 4KHUA 1RDCA 1K6YA 3DLKA 4MQ3A 2YNGA 2ZQBA 4GMJB 3CM6A 2ETJA 4N5SA 4W5TA 3JSMA 3TABA 3EZ5A 3THVA 3L2RA 3NH0A 4ZTJA 5J2QA 4JLHA 4CHQA 4AHRA 1L3UA 4DTRA 1X9SA 1TK5A 3NE6A 3EYZA 3AO3A 1YVUA 3VQ5A 4QCLA 4O0IA 3OYFA 1IKVA 1GOAA 3TAGA 4FLXA 3TARA 2KQ2A 3K59A 3C6UA 4RW9A 2YHBA 2XO7A 4E7LA 2B4JA 3SYZA 3V4IA 3SQ1A 3S3NA 1L3TA 4E7HA 1Z26A 1HQEA 1RT4A 5CZ2A 5CYQA 3L2QA 4H4MA 3M8RA 4KREA 4M3YA 1WN7A 1VRUA 1RCHA 3AO1A 3SV4A 1LWCA 4DU1A 2RKIA 3TANA 4KHQA 1EP4A 1JLQA 3NF7A 3HK2A 1DTQA 3D45A 3LALA 4OPJA 4J2AA 1KTQA 5SWMA 1RTDA 4B9SA 1KVCA 3IG1A 4FLVA 4FLZA 4YNQA 1WSHA 3BGRA 2PY5A 4FJNA 1CLQA 3LWLA 1Q9XA 3HSTB 4DTUA 3DOKA 3V9SA 3U3YA 1WSEA 1X9WA 3RR7A 4OVLA 1TV6A 3HVTA 5JS2A 1IKYA 4DFPA 4AHCA 1U49A 4FJHA 4H8KA 4LH5A 1JLBA 4EP4A 1A5VA 4DF8A 4RW4A 4ELUA 2VG7A 3ZCMA 2FBXA 4F3TA 2FBYA 2XHBA 3NGYA 4R5PA 4CEBA 3AVGA 3NBPA 1NJWA 1LWEA 2VWJA 2HMIA 4J2EA 2P5GA 4GW6A 2D0AA 3SQ4A 1CXQA 3MXIA 4CGHA 1CXUA 4CF9A 3OYAA 4FJXA 1BI4A 1VSJA 3OYCA 1U47A 4OLBA 3JYTA 4CJPA 1BISA 3QEVA 1FXXA 1RBTA 2KTQA 3ZSOA 4HCCA 3WNFA 4CGGA 3QINA 5J2PA 4FJLA 4KB1A 3PY8A 4CEZA 2Z1JA 3NGZA 3OYBA 2FBVA 4CF0A 4CIGA 4QOZB 2F96A 4I7FA 3OYMA 2LSNA 3SUOA 3OS1A 1KSPA 1ZBHA 3MAQA 1LAVA 4F2RA 1JXBA 1B92A 4IG3A 4LSNA 2E6MA 1RT1A 4O0JA 4B9MA 2DFEA 3ASMA 4CJ5A 4CEEA 5SZTA 1IKXA 4KAZA 4K8ZA 4FJ8A 3VQAA 3AVCA 4DTMA 3MXMA 3O3FA 1L5UA 2IDOA 4M45A 3AO2A 1MU2A 4Y1CA 5FRMA 5I3UA 5FDLA 2X78A 4I2PA 4CEFA 3VQEA 2YHAA 3QLHA 1QE1A 4CEQA 3SI6A 1O1WA 3LP0A 5CY4A 4AHSA 4C8KA 1RBUA 1TGOA 4E1MA 3HT3A 2OPRA 4PQUA 5JS1A 4BE2A 1FKPA 4KRFA 1RBRA 4BDYA 1RT7A 5CYMA 4CJEA 3LZIA 4HUEA 3SUQA 3SQ2A 3L3VA 4PY5A 1RT5A 4AHVA 2P5OA 2QKKA 5K14A 4NCBA 1HQUA 4LY7A 4LSLA 1UA0A 3ZSWA 4F8RA 1HMVA 1RNHA 2G8WA 4KTQA 2R7YA 4DFMA 2O4IA 3ZSQA 3LWMA 3DLHA 5KGWA 4RG8A 4ZHRA 1D8YA 2YNHA 4B8CA 3ZSXA 3K58A 2WONA 4DTOA 3SNNA 2E6LA 3KTQA 4KHWA 1QQCA 4HUFA 4IKFA 3VQQA 3K5LA 3ZT4A 3KK1A 4FW1A 4O5BA 4CHPA 2RPIA 4CGDA 4H4OA 3MEEA 4W5OA 1L3VA 3AVJA 3WNEA 4DQIA 3ZT1A 4J2BA 4CHZA 2XY6A 3I8DA 3WNHA 3PV8A 2X74A 3K57A 3HP6A 3QETA 2RN2A 4MFBA 1KCFA 2VWKA 4C8MA 2G8FA 4BE0A 5CZ1A 4KO0A 3AV9A 1BQNA 1BI4B 5KRSA 4ELVA 4KHYA 1C6VA 4Z4GA 2HHTA 3P5JA 3HPHA 5E41A 4FZZA 4FJ7A 3CM5A 2B6AA 4CJSA 2Y1JA 2GBZA 4OKEA 3PO4A 4DSJA 3UIQA 3HL8A 4QAGA 3ZSZA 3U6FA 4BDPA 1S1TA 3U3GA 4DFKA 2X6SA 1SKSA 1KLNA 3TAFA 2OA8A 3V1RA 3O3HA 5KI6A 1ASWA 4DMNA 1L3SA 3TAQA 4NYNA 5KGXA 4FK4A 4E19A 4FLTA 4FJ9A 3PX0A 2X6NA 3HYFA 1N6QA 4RW6A 3KLGA 1TK8A 3E01A 4J2DA 3DLRA 2BGGA 3TWHA 2KZMA 3LAKA 1UOCA 3MEDA 3LANA 1C0UA 2IAJA 2OPQA 3PUFA 4IFVA 4DLEA 1WSJA 1UWBA 1Y97A 3DLBA 5FRNA 3KLIA 1N5YA 4CJKA 4ID1A 3HXMA 1SKRA 3V9ZA 2DFFA 1C0TA 1TL1A 3SUNA 1XC9A 1TKZA 3NDKA 3AO5A 1RTIA 3VQ8A 1R0AA 5D3GA 1S1XA 4EP5A 4Z4HA 2XY7A 3CYMA 4LH4A 5HP1A 3LPTA 3MXJA 3ZT3A 4TSXA 1W0HA 4YFUA 4W5NA 3AA3A 2BE2A 3VN5A 3AVBA 1KFDA 4B9UA 4FK0A 1D9DA 5C25A 5EU7A 4CGFA 1BCOA 5HRRA 5J2NA 4FJ5A 2HHVA 3T1AA 4DSFA 1NOYA 1JXEA 4CJTA 1SL1A 2HVIA 4DTNA 1A5WA 4XIUA 4CIEA 4DTJA 1XHZA 4CJLA 1YTAA 1BCMA 3V1QA 1TL3A 1NJYA 4CFCA 1QTMA 4JRQA 4KHSA 3PX4A 1TKDA 1RTJA 4DQRA 4DQSA 1ASUA 1CZBA 1LWFA 1NK4A 1NK8A 4N56A 4M42A 4M3ZA 2AJQA 4E89A 2HB5A 1S9EA 4C8NA 3NGIA 4CGIA 3OS0A 4FXDA 1KVBA 3M8PA 2HNDA 4CF1A 3RMBA 1QSLA 4B9TA 3KLEA 3NF6A 4HTUA 4KKOA 3NFAA 4CFDA 1RDBA 1WAFA 2ITGA 3TR8A 4W5RA 1TVRA 3LZJA 3AVHA 3SV3A 4DF4A 4CK2A 3VQ6A 2Z1IA 3K5NA 3DM2A 3SUPA 1JL1A 1C1BA 3KD5E 2D5RA 2HW3A 3RTVA 4CEAA 1BHLA 3WNGA 2PZSA 1VSKA 4B9NA 3ISNC 1VSFA 4IFYA 2P51A 1I39A 1RBSA 1RILA 4B8AB 2FC0A 3S3MA 3DOLA 4C8LA 4W5QA 1DTTA 4JRPA 4K8XA 3AA4A 3V9WA 1KRPA 4FYDA 4DTPA 3ZT2A 4BE1A 1SL0A 4AHUA 2PYLA 4Y1DA 1NK0A 2E4LA 3K2PA 3C95A 1S6PA 3VQ9A 4FM1A 4PA1A 3RMDA 3G0ZA 2Z1HA 3KJVA 3O4QA 3OYIA 4C8OA 4Z0UA 3IRXA 2WOMA 4CJWA 4O4GA 1B9DA 4NCAA 3OJSA 4HUGA 5I42A 3K5OA 2W42A 4DSEA 1S5JA 4KTZA 3G10A 2HHWA 4CK1A 3L2VA 1S1VA 1S6QA 1SUQA 3TAEA 1X9MA 4Z4FA 3HJFA 2EHGA 4N41A 3AA2A 4Q5VA 3C94A 3AO4A 4IDKA 3EY1A 3AVNA 2DTUA 2ATQA 1BIUA 5J1EA 3K5MA 1KVAA 2G8IA 4OGCA 4RW8A 3IAYA 4ZTFA 3QNNA 3ZSVA 5HBMA 2KFNA 1U04A 4HHTA 3AVLA 1RT6A 1JLCA 2HHUA 3DMJA 3KD1E 2OYQA 4CHYA 4FM0A 3SZ2A 4OGEA 4CJVA 3KK2A 4BDZA 4E7JA 5HLFA 4PWDA 2IS3A 1GOCA 2RF2A 3ITHA 2A1RA 1EX4A 3CFOA 4AH9A 1WSGA 1SV5A 2O4GA 3TAMA 2D0BA 4CEOA 1RT3A 2EX3A 5HRSA 2KW4A 1FKOA 1JKHA 5T7BA 4FLYA 4E7KA 4DG1A 4CIFA 1VSEA 2KFZA 1T7PA 2KZZA 3AVAA 1EXQA 4CHOA 4CHNA 4E7IA 4Z4EA 1JLAA 3NF8A 2Z1GA 5J2MA 3ZSRA 3LPUA 4CECA 1REVA 3LAMA 1UA1A 3QEIA 3ULDA 1LAWA 3L2UA 5C24A 4IG0A 3CFPA 4L8RB 3QESA 3L8BA 2XY8A 4B9VA 1JLEA 4GVMA 4KV8A 3RRHA 4NCGA 3O4NA 3L2WA 4AILC 1YT3A 3AVMA 4FW2A 2VG5A 1NKEA 2IGIA 3RMAA 4CFAA 3RR8A 1WLJA 4BWJA 1DLOA 3LP1A 3NH2A 1HYVA 4CJ3A 1ZBUA 4UQGA 1IG9A 1F21A 2BDPA 3OYHA 1TKTA 3KKSA 4FCYA 1NK7A 2DFHA 3PO5A 1HNIA 1XHXA 2OZSA 1WNSA 1BGXT 1D5AA 2JGUA 2ZD1A 3DRRA 4CJFA 1BQMA 3A2FA 4FVMA 3RWUA 4Z4IA 4M41A 4DFJA 1LV5A 2YKNA 2G8VA 2HHXA 3HM9A 4DU3A 4CEDA 2YNIA 2F8TA 5KRTA 1BL3A 1JLGA 1RTHA 2OPSA 4CF8A 3TI0A 1W9HA 3OY9A 2G8KA 4KI6A 2I5JA 3P1GA 3QEPA 3SQ0A 1VSHA 4FJJA 4F4KA 1WAJA 3QEWA 1Q8IA 4RW7A 4DLGA 3L3UA 5C42A 4KTWA 3SPZA 4FK2A 3LP3A 2GUIA 1NK9A 1VSLA 3IS9A 5HRNA 3F73A 4ELTA 3B6OA 4O44A 3M8QA 3VQCA 1HPZA 1JL2A 3OS2A 1UAXA 4G1QA 4CESA 1TAUA 2QKBA 2QK9A 3CFRA 3CG7A 4CJQA 3NHGA 1T8EA 1NK6A 4FJGA 1BIZA 2FBTA 4CCHA 4FJMA 3NF9A 1HYSA 1XI1A 3I0SA 2HHQA 1U48A 3KKRA 4BACA 2HVHA 4CJ4A 1LW0A 3OYGA 2F8SA 4Z4CA 4KB0A 1J53A 3V1OA 4B9LA 3OYEA 1QHTA 1TAQA 3DRSA 1RBVA 3KLHA 1U45A 1EETA 4CFBA 1G15A 1HJRA 1QS4A 3ZSYA 3KLFA 4FLUA 1I3AA 1YTUA 1J54A 2JLEA 2D0CA 3SJJA 2NUBA 4NYFA 1T03A 2G8UA 1S1WA 3OVNA 4KHNA 1C0MA 2ZE2A 1J5OA 1ZYQA 5DMRA 4CERA 1S9GA 3VA0A 3SPYA 4EZ6A 1JLFA 3QIOA 4AHTA 3V6DA 1NKBA 4CJRA 4ICLA 4FZXC 1VSMA 5DK5A 3QERA 1FK9A 2YNFA 4FJKA 4OLAA 3V81A 4WE1A 2A1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PSIA 4BRNA 1U4BA 2ZJPL 1KD1O 2HHSA 5HROA 4DB3A 4DU4A 1TYQB 3T3FA 3CMAN 2Q2RA 1VRTA 3NAEA 1HNVA 1E4GT 5KTQA 4B3OA 3DJCA 2Y1IA 2D1KA 3OJUA 1NBWA 1BG3A 4LF8K 1KFSA 4DSKA 3PX6A 3FFIA 3HP9A 4JKEA 1BO5O 2IVNA 3OYLA 3D0PA 4KPYA 1WB9A 1ZBIA 4H0TB 3V9UA 4K42A 2G8HA 4M3UA 3C6TA 4NB4A 4FWMA 2NRZA 3CJAA 2OTJN 1VSIA 2QWMA 1IKWA 5LJVA 1ZBLA 3EE9A 4JS5A 3F9KA 2IOCA 4BR0A 4I9LA 4FLWA 4IXCA 1JCFA 3HOTA 5AR0A 5KQ8A 3O5BA 1TKXA 5KPTA 3AA5X 4BRIA 1VQ7N 4PKIA 3MX5A 3MEGA 3L0QA 4CZIA 3NH1A 1I94K 3ZT0A 1J6ZA 3DYAA 1EQYA 1RDDA 5AZIB 4PHTX 2HNYA 4K41A 4DHYA 1IH7A 4DSIA 4F2SA 4BC3A 3HPGA 4KFBA 3S9HA 1C1CA 3OA9A 2OZMA 4DS4A 2YV0X 3H1VX 3HVRA 4A59A 4JS4A 3JXUA 2XRIA 5GAEP 2BANA 3UKUA 3P83D 4CZJA 1K6YA 3DLKA 4MQ3A 4W5TA 4DTMA 2ETJA 1TUUA 5AQWA 3TABA 4ZTJA 3VEWA 3MK6A 4BQZA 4CHQA 3CCLN 3EYZA 3AO3A 3VQ5A 4WCEL 3OYFA 5GAHP 1IKVA 1GOAA 3TAGA 4ILHA 2HHHK 4RW9A 4E7LA 2B4JA 4JAXA 2VYPA 4E7HA 1HQEA 3L2QA 2F4VK 4M3YA 4DV6K 4DU1A 1YITN 2RKIA 2V7ZA 4H0PA 1JLQA 3D45A 2A40A 4OPJA 5SWMA 4FLVA 1WSHA 3LWLA 4DTUA 2FSJA 3SBGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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