2G8WA

B. halodurans rnase h catalytic domain e188a mutant in complex with ca2+ and rna/dna hybrid
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
KEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSDSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGAIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stepwise analyses of metal ions in RNase H catalysis from substrate destabilization to product release.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 39
structure length 134
sequence length 134
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2006-03-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2g8wA00
2GV9A 3B6OA 4DTXA 3RMAA 2G8FA 3UIQA 3NBPA 3THVA 4ELTA 3MXIA 2IGIA 3G10A 3OYHA 2QXFA 1U49A 1ZBHA 2NUBA 3SV4A 1RTDA 3PY8A 3ZT1A 1TAUA 4JRPA 3VQBA 3MEGA 1EETA 4CEAA 4CIGA 1RDCA 4FK2A 3L2VA 3KLIA 3MECA 1LAWA 4CF1A 1QQCA 3TAMA 4M3TA 3U3GA 4HCBA 4PQUA 3K5OA 1QTMA 1D8YA 4B9TA 4OPJA 1U48A 3C6TA 5KGXA 2WOMA 3CQ8A 4DQQA 1NK9A 3DLHA 3OYAA 4DTNA 1VSFA 2RN2A 4C8LA 4CJPA 2HVIA 1KFSA 1BCMA 1NK6A 4DWIA 2IAJA 4CJKA 1ASWA 3QLHA 1WSEA 4KTZA 3VQQA 2VG5A 1JLEA 3WNFA 3DOLA 4QAGA 4E1MA 4E7HA 3S3OA 1U47A 4J2AA 5J2PA 3SNNA 4CEZA 1D9FA 2P1JA 1W0HA 4W5QA 3AVBA 3SYZA 4N76A 3HPGA 2G8VA 4FJ8A 3CM6A 3MXJA 3OJSA 5HRSA 3SCXA 3K2PA 3MAQA 1LWCA 3ZT4A 2F8SA 3DRPA 4E7JA 4AHUA 4KHSA 2YNHA 2FBYA 3P83D 3TAQA 3NAEA 5HP1A 4CHPA 4CJEA 4M3RA 1RTIA 4HVJA 1VSKA 3FFIA 4H8KA 4DS4A 1BI4B 3QNNA 3EZ5A 4OPKA 3M8SA 1Z26A 1LW0A 4CF0A 5J2QA 4CJSA 4RG8A 2XHBA 3K59A 4BE1A 2B5JA 5J2NA 2OZMA 4RW8A 2IOCA 1SKSA 3RWUA 2IC3A 1RDDA 3BGRA 1RBVA 3SZ2A 5I42A 1R0AA 1SL2A 3L2WA 3HK2A 1CLQA 2G8UA 5HRRA 5D3GA 4E1NA 3PO5A 3HXMA 2AJQA 3OYFA 2YHBA 4FJGA 3NGYA 4AILC 1CXQA 1KLMA 4KFBA 2XY7A 5CYMA 3ZSVA 1X9SA 2HB5A 3VQCA 4NCBA 4FLZA 3CG7A 1XHXA 4W5RA 3NH1A 1KRPA 4CK2A 1NK5A 3SQ2A 3NH2A 2I5JA 2RF2A 3HVRA 5CYQA 3NH0A 1NK8A 2ZQBA 1VSJA 4E7LA 4C8KA 4Z4IA 1KTQA 4O0JA 4B9SA 1IKXA 4F3TA 1RT1A 2VWKA 4EP5A 1LAVA 2XO7A 1IH7A 1Y97A 1T03A 4FJ7A 3KD5E 4JRQA 1ZBLA 5HBMA 4HTUA 1TAQA 4Z4CA 4WE1A 4ZHRA 1CZBA 1UAXA 4N5SA 4DU4A 4PWDA 1S9GA 3AVAA 4FJHA 3DRSA 4CEEA 4FLWA 4W5TA 2QK9A 1FKOA 1RT2A 1X9WA 5HRNA 4QCLA 3O4NA 2HHTA 1RT4A 4CHOA 4JS5A 1BI4A 1GOCA 1S1TA 4KTWA 2YNFA 2HNYA 3LPUA 3ALYA 3RMBA 5HLFA 1T7PA 1RNHA 1UA1A 1TKZA 5FDLA 4CJ3A 4FW1A 4DS5A 1J54A 1X1PA 5CY4A 3ITHA 4B9LA 3DMJA 1K6YA 2HHSA 3LZIA 2EHGA 2OPRA 4E89A 3OYKA 1N6QA 3LANA 3QEVA 1WSFA 4KRFA 1QE1A 1IO2A 4CE9A 1RBSA 2BANA 3V1OA 3S3NA 4FVMA 4FJJA 1WN7A 3SQ4A 2ZE2A 2E4LA 3V6DA 3ASMA 3I0RA 4DSEA 3LP3A 3HSTB 3ZSWA 4FCYA 3RMDA 2W42A 2PYJA 4KI6A 4OKEA 2YNGA 2D0AA 4ELUA 1TKDA 3OJUA 4I9LA 2VG7A 3OYMA 3V9XA 4FLUA 4KKOA 4AHVA 1HRHA 2JLEA 1J5OA 2KFZA 4CEDA 2KTQA 3RRGA 1TK5A 1HNIA 1KVAA 4DLGA 2A1RA 3P1GA 1BQNA 2F96A 2X6SA 4M41A 3L2QA 4B9UA 4FJXA 5DK5A 3WNGA 1RBUA 2HHQA 3AV9A 4HUEA 4DU3A 4KO0A 4DG1A 1CZ9A 3ZSXA 4DQIA 4KHUA 2YKMA 4B8AB 1S9EA 4Z4FA 1Q8IA 3C6UA 3VQPA 3KKRA 4KPYA 4IFYA 4O0IA 4DU1A 3CM5A 1YTUA 3LP2A 3V1QA 4TSXA 4CGJA 5EU7A 4I9QA 3HO1A 1C0MA 1QS4A 3BDPA 2HHVA 1SL1A 4FJMA 4GMJB 3V81A 4M45A 3ZSOA 4NCAA 4CEBA 1T8EA 1RDAA 4DQPA 1SKRA 4DMNA 4M3ZA 4Q5VA 1HNVA 3VA0A 1B9DA 3LAKA 3F73A 1U4BA 3AVJA 4CHQA 4OLBA 4DFMA 4AHRA 3IG1A 3OYJA 4NCGA 3LZJA 1UOCA 4DTOA 1QHTA 2BGGA 1KSPA 4Q0BA 1FXXA 4R5PA 1Z25A 1D5AA 3OYCA 2E6MA 3S9HA 1JL1A 1RT6A 4DLEA 3QESA 4KB1A 1RT3A 2EX3A 3SPZA 4F4KA 1JLAA 1S5JA 4KAZA 4L8RB 4FZYA 1LWFA 3KLHA 3NGZA 4OGEA 1NKCA 2KZZA 4BE2A 4DTSA 1L3UA 3L2UA 3NE6A 4FLVA 3PX4A 3H08A 4FLTA 1Q9XA 4CECA 3CFPA 3S3MA 1D9DA 2HHUA 2ETJA 4DSJA 3HJFA 3SQ1A 5JS2A 4E7IA 1JXBA 3ZCMA 3WNEA 1LWEA 4AHSA 3DLRA 4F8RA 4CIEA 1WSGA 2XY8A 3ZT2A 2B6AA 5DMRA 1QSYA 2G8KA 3M8PA 4FJ9A 1GOAA 2GBZA 3ZSZA 1WSJA 1VSIA 4EP4A 4LD0A 5KRSA 4B9NA 2KZMA 4FW2A 4O55A 5SZTA 1SKWA 2Y1JA 1J53A 1KFDA 1HQUA 1DLOA 3VQ8A 3KLGA 4N47A 4KREA 1WSHA 3LALA 5HRPA 3O4QA 4M3WA 4DSIA 3KD1E 3AVGA 4BWJA 1TGOA 1A5WA 2QKKA 3EY1A 1SL0A 2E6LA 4CEOA 4QOZB 4IG3A 4OVLA 5C42A 4DTUA 3VQ6A 1S1WA 3AA2A 3EYZA 1U45A 3AA5X 4HUFA 3NHGA 4JS4A 1ASUA 2Z1HA 2Z1JA 4IFVA 2OYQA 3VQDA 1SUQA 3AO1A 1VSMA 1JLBA 1I3AA 2FBVA 3JYTA 3OVNA 3VQ4A 3IRXA 1FK9A 5J1EA 4DQSA 1LW2A 4NYFA 1NJXA 4W5OA 4B08A 3QERA 1VSHA 4ICLA 4CHZA 4CEFA 4DTPA 3SQ0A 4FJLA 2JGUA 3C94A 3RR8A 3TAGA 4B3OA 1VSEA 3LP0A 4HUGA 3DOKA 4FLXA 3NCIA 1WLJA 3T1AA 2IS3A 4CFAA 3NGIA 1I39A 1B9FA 3DYAA 4B9MA 5C24A 3OYEA 1NKBA 4FZZA 1JLCA 3NF7A 4PA1A 3TR8A 1X9MA 4LH4A 4B9VA 5FRNA 4CERA 1NK4A 4CGIA 3K58A 1IKWA 1JLQA 3AA3A 4CGGA 3LAMA 1O1WA 5C25A 3TAFA 1JL2A 2P51A 4BWMA 3TANA 3V4IA 1WSIA 2ATQA 2OPQA 4CGFA 4Z0UA 4BDYA 1ZBUA 3AO3A 4E3SA 1ZBIA 3OYDA 1RBRA 4CF2A 2OPPA 2DY4A 1NK7A 3HYFA 4CJFA 2A1SA 3DI6A 4GVMA 4DTJA 3L2RA 4CCHA 2RKIA 3DRRA 3L3VA 3NF8A 3B6PA 4N41A 4I2PA 3K5MA 5KGWA 4EZ6A 4J2BA 5CZ2A 2ITGA 3T19A 2QKBA 3NFAA 4PY5A 3CFOA 3OS1A 1KLNA 3RMCA 1HYZA 3OYNA 4FJKA 3KKSA 3KLEA 4N56A 3SPYA 4OLAA 4LH5A 4M42A 3SV3A 4FYDA 3SUOA 4M3YA 5J2MA 1TKXA 1VRTA 1RTHA 1EP4A 1WAFA 4CEQA 3LWLA 3PUFA 3IAYA 1BGXT 2O4IA 3KK3A 4AHTA 4W5NA 2F8TA 2OZSA 3L8BA 4CHNA 2GUIA 1GOBA 1KVBA 1UWBA 4DF8A 3M8QA 1L5UA 4ZTFA 4DQRA 1KVCA 2HNZA 3MXMA 3DM2A 4K8ZA 3ZT3A 2VG6A 1HYSA 4YFUA 3A2FA 4MQ3A 1W9HA 4AH9A 3TAEA 2KW4A 4GW6A 1IKVA 4BE0A 3KK1A 1S1UA 3RTVA 3KIOA 4XIUA 3DLGA 4KB0A 4KHNA 1NJYA 1XHZA 1NK0A 1BCOA 1F21A 4RW4A 1WNSA 3KK2A 5CZ1A 1NOZA 1ITGA 2D0CA 4OKKA 3VQEA 4CGDA 2X78A 1JKHA 3CYMA 3VQ9A 3OS2A 3P5JA 4DF4A 1RDBA 4KV8A 3ZSRA 3OYIA 3QEWA 4FZXC 1A5VA 1YT3A 3VN5A 2G8WA 1YVUA 4J2EA 1TVRA 4HHTA 3HM9A 3E01A 3MEEA 3LDSA 5JS1A 5KTQA 3PO4A 3QNOA 4FK0A 3KLFA 2O4GA 1EKEA 4ID5A 1S6QA 3HPHA 3TAPA 3D0PA 3NF6A 1VSDA 1XI1A 2OA8A 4MFBA 5KRTA 3AA4A 4BDZA 4OGCA 5I3UA 3PV8A 1BISA 1XWLA 3AVLA 4NYNA 1JXEA 4Y1CA 4FXDA 4F3OA 1C0TA 1VK0A 4C8OA 3DLKA 1C0UA 4FJ5A 3HT3A 1QSLA 3LPTA 4CJWA 3HP9A 4OJRA 2G8IA 1WAJA 4DSLA 2FBTA 1C1CA 5FROA 1QSSA 3RR7A 3QO9A 1HYVA 2HHWA 3V9ZA 4CHYA 3AVMA 3U3YA 4KHWA 3HL8A 4FM0A 4IG0A 3O3HA 2HMIA 2IDOA 4O44A 2OPSA 3WNHA 4EZ9A 4IKFA 3NDKA 1RTJA 4IDKA 5E41A 3OYGA 4C8MA 1XC9A 3QEIA 2PYLA 2PZSA 3OS0A 3LWMA 3VQ7A 3V1RA 2D0BA 3K5NA 2Y1IA 3SUPA 1L3SA 4UQGA 3QIOA 4RW6A 3I8DA 4PUOA 1BHLA 2YHAA 1VSLA 4H4OA 4BACA 3QETA 4BDPA 4RW7A 2HHXA 4Y1DA 4LSNA 1RCHA 3TABA 4FM1A 1NKEA 4KI4A 1RT7A 3T3FA 1L3TA 5FRMA 1JLGA 3G0ZA 4IBNA 3AO5A 2DFHA 3AO4A 3AVCA 1ZBFA 3L3UA 4E7KA 4YNQA 4FJIA 5SWMA 3ZT0A 2G8HA 4LSLA 4M3XA 3IS9A 4Z4HA 4CESA 1C6VA 1CXUA 1TL1A 1ZYQA 2FC0A 1RBTA 4CIFA 1C1BA 3LP1A 2D5RA 4CJLA 4KHYA 3SUNA 1NJWA 2HW3A 4CFBA 2WONA 3AVFA 1LV5A 4Z4GA 2Z1IA 3HPOA 3VA3A 1S1VA 2DFFA 1YTAA 4O4GA 4CJUA 4DFKA 3SI6A 4KHQA 1A5XA 2HVHA 4JLHA 2YNIA 1C1AA 2XRIA 3K5LA 2KQ2A 4CJ4A 4DTRA 4ZTJA 5K14A 1EX4A 3K57A 2B4JA 1TK0A 4I2QA 4B8CA 4AHCA 4CFCA 5T7BA 4FM2A 1MU2A 1VRUA 4G1QA 1HPZA 1TKTA 3NF9A 5KI6A 4CK1A 3RRHA 2X6NA 1EXQA 3M8RA 1BQMA 4FK4A 1FKPA 1U04A 2FBXA 3I0SA 1KCFA 1TK8A 2X74A 3AVKA 2P5GA 3PX6A 3SUQA 4FJNA 1S6PA 4O5BA 3HVTA 3KJVA 1IG9A 4CJQA 3AVHA 4C8NA 4DSKA 3SJJA 2Q3SA 1S1XA 2BDPA 1Q9YA 3AVNA 2DFEA 3JSMA 4H4MA 4I7FA 4KTQA 3F9KA 3QEPA 4CJVA 2VWJA 4K8XA 1RILA 1REVA 3VQAA 4RW9A 4CFDA 3KTQA 3ULDA 1T05A 2YV0X 1L3VA 3MEDA 3DLEA 4CJTA 3QINA 1UA0A 4DFJA 2DTUA 2YKNA 3AO2A 4FLYA 2Z1GA 3ISNC 3V9UA 1HQEA 1SV5A 1BL3A 1TV6A 4F2RA 1BIZA 4LY7A 3HP6A 1NOYA 1HMVA 1IKYA 4HCCA 4CK3A 1NJZA 3OY9A 3OYLA 2P5OA 2BE2A 4CGHA 1DTTA 1J9AA 1DTQA 4CF8A 3TWHA 2LSNA 3D45A 3O3FA 4OKJA 3VQ5A 4CF9A 1G15A 3TARA 3U6FA 3QEXA 3C95A 4E19A 4E0DA 4CJ5A 3V9SA 4DTMA 4Z4EA 3AVIA 1ASVA 1RT5A 4DFPA 5HROA 3OYBA 2HNDA 2XY5A 3ZSQA 4F2SA 3CFRA 4ELVA 4CJRA 3O3GA 2XY6A 2RPIA 2R7YA 2ZD1A 2PY5A 4ID1A 3ZSYA 3DLBA 3QIPA 4DSFA 4M3UA 1B92A 1BIUA 1HJRA 3V9WA 3PX0A 1N5YA 2KFNA 1TL3A 1JLFA 3TI0A 4J2DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6OA 2V7YA 1V4SA 3MXIA 3OYHA 4CZMA 3SMPA 1RTDA 1XNQK 4EHTA 2O8CB 1EETA 3KLIA 1QQCA 4BRCA 3K5OA 3VTIA 1QTMA 4B9TA 1U48A 3C6TA 5KGXA 1IV0A 3OYAA 4DV0K 1NGEA 2JWKA 4QS8A 2IAJA 3VEOA 4KTZA 4LFCK 3VQQA 2VG5A 4E1MA 3WNFA 4CEZA 4W5QA 3CCMN 4CZFA 3THWB 4DR1K 3ZX2A 5LL6Z 4H0OA 3ZT4A 2F8SA 5EOYA 3FFKB 3DRPA 4B3MK 4AHUA 1ESVA 3P83D 3UKRA 2A41A 4CHPA 4CJEA 1OH8A 4FL9A 1YI2N 1VSKA 4ISEA 1BI4B 3C65A 4KH5A 4CJSA 4RG8A 1DT9A 3SJHA 3K59A 4BE1A 5M1PA 2B5JA 5AQWA 4FWQA 4RW8A 5LY3A 2O8DA 5AFUH 3W0LA 5HRRA 1TUYA 3TTDA 2AJQA 4BRFA 4FJGA 4AILC 1CXQA 4JD2B 4A57A 4JKAA 3TSUA 3WQUA 1XHXA 3NH1A 2ZGZA 2NRVA 1X3MA 3NH2A 5BRHA 5BPLA 3HRGA 3Q7BA 1NK8A 4Z4IA 1RFQA 4L3QA 1LAVA 1IH7A 1T03A 1ZBLA 4HTUA 4Z4CA 4WE1A 4H0PA 1UAXA 4N5SA 1S9GA 3AVAA 1N36K 4FLWA 2QK9A 4JI5K 1RT4A 4CHOA 3CJ1A 1S1TA 5C12A 4FSVA 3LPUA 1T7PA 1VQKN 5MLCQ 3VETA 4BR2A 4DS5A 5CY4A 3TPQA 1K6YA 2HHSA 3LZIA 2Q1NA 3LANA 3QEVA 2OTLN 2CH6A 1RBSA 2BANA 2CGKA 4FWOA 5M1KA 3Q7CA 3CQXA 4DSEA 3RMDA 4FCYA 2PYJA 4YORA 2D0AA 1YF5L 4I9LA 3OYMA 3A5NC 5M1FA 2KTQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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