2GELA

2.05a crystal structure of salmonella typhimurium yeaz, form b
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Chaperone
source organism Salmonella typhimurium
publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 66
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence G
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gelA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gelA02
3QDKA 4FWKA 3IUCA 3KHYA 2ZGZA 3HTVA 4FL9A 2YJEA 3IDHA 4BC4A 5AQZA 3O8MA 4BVOA 1NMDA 3AAQA 2V52B 3FZKA 4CZFA 3MN5A 3BP8A 3BEXA 4EHUA 3IMXA 3IFRA 4JAXA 3UB5A 2HF3A 4FSVA 5CE3A 2P9LA 1T6CA 3O4WA 2YJFA 4H0YB 4BC3A 2Q0RA 3FE1A 5BPNA 3AAPA 5ELZA 3CETA 4MLHA 2PAVA 3S41A 1NBWA 3R8EA 2IVPA 3VPZA 5AQTA 3L0QA 2E88A 3GG4A 4H5NA 4FOIA 1ESVA 3HSCA 1T44A 3O5BA 2Q2RA 4PKGA 3HM8A 4BRHA 4BRQA 2EWSA 1NGBA 2P9UB 1NGFA 4C23A 2P9IB 2W40A 3FZLA 1X9JA 3WXLA 5BREA 3D7EO 5JICA 3ATVA 1Q18A 1BU6O 1K8KA 3GDQA 4IO8A 2QWLA 1MWMA 1HLUA 2D0OA 3A8YA 3M3ZA 4JNEA 4BRMA 4BR4A 4H5RA 1KAZA 3VETA 5AQVA 4CZLA 2Q36A 5BRDA 3CQXA 4B9QA 1D4XA 5AQGA 5AQSA 1ZC6A 3CIPA 4GY2B 4RWTA 4RCHA 5KPZA 4CD1A 1GLDG 3WT0A 1MDUB 5I9EB 1XC3A 3QBXA 4IXCA 3U8XA 4IZ9A 3WXKA 4AM7A 4FPAA 2AA4A 3O1BA 1Z05A 3BF1A 2GUPA 4XH5A 5BPLA 1XQSC 3R6MA 1ATRA 2FLOA 4EFHA 4BRGA 4CZKA 3ULEB 3QMLA 2FSJA 4K42A 3SLCA 5AQRA 2NLXA 3DXKB 3GL1A 5AQWA 4EAHD 1ATNA 4WQ4A 5LJVA 4IWVA 4FPBA 3O6WA 3MDQA 3VF4A 3D2FB 1U2VB 1GLBG 1HJOA 2CGJA 2H3GX 3ENOA 4BRKA 4B1XB 2J4RA 3I33A 3VEWA 4H0XB 4O5FA 3ZETB 3F9MA 5LJWA 4EIAA 4BRLA 4WQ5C 4BC5A 2A6AA 4ISFA 1JCGA 1H1VA 4M63C 5JMVA 2NZTA 3I8BA 4RTFD 4NB4A 3ENHA 3KVGA 3FLCO 3EO3A 1QQOA 3MK6A 1BA0A 1QZ6A 2FF6A 3CJBA 3EZWA 2P9NB 5AZIA 4BR5A 3CJAA 4HTLA 3TU5A 4B1UB 2P9KA 4GNIA 3WXIA 3DXMA 4Y0WA 3VF2A 3O1WA 3CJ7A 4BRPA 2D1KA 2HOEA 3LM2A 3QB0A 1S22A 2YCHA 5KQDA 4H5WA 4CBUA 4JD2A 4BRNA 4A2BA 3RSEA 1R59O 3MCPA 3WQTA 4B1ZA 1LCUA 1NGIA 1X3NA 4QS8A 4CZJA 2IVNA 1NGCA 2ZF5O 4F9OA 1MA9B 3ID8A 5AQQA 4A62A 4MO4A 4BG8A 5LY3A 2YHWA 4FO0A 2A40A 3L4IA 4BRIA 3UKUB 4JN4A 1X3MA 4PL7A 4J8FA 2QXLA 3FZFA 5AR0A 2A42A 3UKRB 2A41A 1GLAG 4FWOA 1NGHA 4JHDA 2VWBA 5EOYA 4YDUA 4H5TA 3C7NB 3DAWA 3ATUA 4BQLA 1HKGA 4O8KA 1E4FT 1NGDA 3FZMA 2GELA 1YAGA 4L3QA 5AQNA 1WOQA 2V7YA 3WXJA 2CH6A 3M6GA 4IJNA 5JLFA 2Q31A 5AZJA 1RFQA 1QHAA 3W3DA 5ADXH 3VGLA 4FOEA 4CBWA 2FSKA 3ZEUA 2ZWHA 4PKHA 1DGKN 2D0PA 1HKCA 2QWQA 3JXUA 1OKJA 3QFUA 5B8HA 1TYQA 3P4IA 4BGBA 4PKIA 3H1QA 4BRAA 5KPTA 4CZGA 4CI6A 2P9LB 2V7ZA 2ZGYA 4FWMA 3WEEA 2QWRA 3TPQA 4BGAA 3WUHA 1ATSA 3GBTA 3VGKA 1C0GA 5FPEA 3U4LA 2CH5A 2FSNA 5BN8A 1T6DA 4K43A 5AFUH 3AARA 4B1WB 2VCPA 4ISEA 3H46O 3U9DA 1YUWA 2YI1A 1BA1A 5EVZA 2P9SA 3CJCA 1Z6RA 4H0PA 4I6MA 4FWSA 2ASOA 3VF6A 1YXQA 5BPMA 1CZAN 3CERA 5KPRA 1BUPA 3ZX0A 1V4TA 2P9PA 4HWIA 2YHYA 1K8KB 3BUZB 4DCHA 2QWMA 1EQYA 3D2EA 3A0IX 1SAZA 2QM1A 1U6ZA 3H45C 1P8ZA 4XH1A 2NRHA 3QICA 5F1XA 1NGAA 1ZXOA 3G25A 3WQUA 3ZX3A 4LC9B 3VEXA 3LDPA 1NM1A 2CGKA 2E2PA 4WQ4C 1KAXA 4CD3A 3H3NO 4BR7A 1G99A 1KXPA 3LDLA 3OHRA 1IG8A 2HMPA 3SK3A 3W0LA 3UE5A 3O08A 4Z94A 1ZBSA 1C0FA 2WUSA 4BQZA 4FWNA 1GLJO 2E20A 5E84A 5F2RA 3CJ9A 2IVOA 5AQKA 3DJCA 5EY4A 3H1VX 1IJJA 5JLHA 3O80A 3A5OC 3GE1A 4DQ8A 2Q97A 4A61A 2E2NA 1SQKA 2V51B 4ISGA 5FPNA 1SZ2A 1E4GT 1JCFA 4CZMA 1WUAA 5EXWA 4H03B 2P9UA 2P9IA 1TUUA 2ITMA 5AQLA 1DEJA 1HUXA 1QQMA 1YVNA 2DPNA 3CI5A 4PL8A 3FFKB 3AY9A 1GLFO 4H0TB 5BR9A 5AQXA 3LM9A 2FF3B 5AQHA 5EX5A 4DHYA 5AZIB 1Y64A 1TUYA 3QBWA 2FXUA 3H3OB 2P9KB 3FR0A 3DXMB 4H0VB 3LDQA 5BN9A 4XEIA 3VEVA 2I7NA 4BRCA 3MN9A 3CQYA 3LDOA 2Q1NA 1NWKA 1BWFO 4IJAA 5FPDA 4DB3A 4BG9A 4JD2B 2A3ZA 3JS6A 3RSEB 4E1JA 4A2AA 4NO7A 5AQUA 3ULEA 4YDUC 1DKGD 1V4SA 2OANA 3J8AA 3VEYA 2KHOA 3L6QA 4K41A 3VESA 5FPMA 3DWLA 3VEZA 2GTDA 3CHWA 3KZBA 2A5XA 3SMSA 1S3XA 3DXKA 4BROA 5AQFA 1QQNA 1NGEA 1HPMA 3MN6A 3M1FA 3C0BA 1HX1A 3A5NC 4WYBA 3D2FA 5AQYA 1U2VA 2ASPA 1NLVA 1LOTB 4BR0A 2F9TA 3H6EA 2E2OA 3ZETA 1MWKA 3LL3A 5AQMA 1JCEA 1GLCG 2GEMA 4K25A 4B1YB 4BVPA 2E2QA 4JHDB 4CBXA 2HF4A 3A5MC 3BF3A 3LDNA 3ZX2A 3SMPA 1NGJA 3HBTA 3VERA 5AZJB 2E1YA 5E26A 4BR9A 3SJHA 4CZIA 5ADXA 2CGLA 5BRFA 4EHTA 2I7PA 4B1VA 2P9NA 3A5LC 3HI0A 5AQJA 4QS7A 3ZEUB 2D4WA 3EL2A 3EKUA 4WQ5A 2VYPA 2GWKA 2QWOA 3U9ZA 1TYQB 3MN7A 4BC2A 1KAYA 1XUPO 5AQPA 2IIRA 4H5VA 1BO5O 4XH4A 2AP1A 3WEEB 2BUPA 1BG3A 1HKBA 3B8AX 4FWRA 3VENA 5TKYA 2E8AA 3FZHA 5AFUA 2QW9A 2GWJA 1BOTO 5AQIA 2YHXA 1NGGA 3GOIA 2E1ZA 2F9WA 4M7XA 3R9PA 1GLEG 5KQ8A 4FWLA 4CJ7A 3MMVA 4BREA 2Q0UA 4FWPA 2P9SB 5BRHA 2UYTA 4AM6A 1BDGA 1RGIA 3UKUA 4BRFA 4CZHA 3EN9A 4FWQA 4I6MB 4KBOA 3UKRA 4CZEA 2BTFA 3CJ1A 1QZ5A 2W41A 3HZ6A 3C7NA 4BR2A 2P9PB 1J6ZA 5F0XA 3EKSA 3QFPA 4QS9A 3FGUA 4MO5A 3VOVA 4BRDA 4M7YA 2PBDA 3D2EB 3VGMA 5AQOA 4MLEA 2QWNA 1GLLO 4H0OA 1RDWX 2QWPA 2ASMA 3VEOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEDA 3ULDA 3QDKA 4QAGA 4OPKA 4FL9A 3LANA 4ID5A 4DV7K 3TWHA 2G8UA 3IDHA 3AVJA 1BI4A 2F8TA 1L3TA 4KPYA 5AQZA 4WCEL 1RDUA 2X78A 3FZKA 3MX5A 1U48A 3BP8A 3BEXA 3ITHA 3T1AA 2HF3A 1VQ6N 4FSVA 4O55A 4BC3A 3CXCM 3G10A 1VQ5N 5J2MA 1LWFA 2PAVA 4HUFA 3O9TA 5AQTA 4M3ZA 1IKXA 1KVAA 4MDBA 3OYAA 1MU2A 1RTJA 2QI2A 3NFAA 3SAGA 4FOIA 4IFEA 2HHSA 4HUGA 3J7AP 2B6AA 2EWSA 2P9UB 2P9IB 3FFIA 3FZLA 3WXLA 4DS5A 4CEZA 1NOZA 5HRRA 5JICA 4JV5K 1M90O 4IO8A 2X6NA 2D0OA 3A8YA 3DI6A 1QHTA 4CZLA 1U49A 4B9SA 4IG0A 3LZJA 5AQGA 5AQSA 5FRNA 4GY2B 3HO1A 5KPZA 4DTMA 2PYJA 4CD1A 1LWEA 1GLDG 3WT0A 5I9EB 2NRWA 2E6MA 4CJFA 3P38A 2AA4A 3O1BA 4KHPK 3BF1A 5DM7L 3THXB 4DQRA 4JKAA 1W0HA 4M3RA 2F4VK 4CZKA 3OY9A 4LH4A 4PHTX 3OYDA 4DR7K 4J2DA 1B9DA 4DFMA 4CERA 4HCCA 4CF8A 5AQRA 2XY6A 2NLXA 3DXKB 2WBNA 3N4QA 3LP2A 3PUFA 3O6WA 2CGJA 1HJOA 1J5EK 3ENOA 3VEWA 3PX6A 4O5FA 3ZETB 4WQ5C 3Q7BA 3D0PA 4JYAK 2D5RA 4DR5K 3VQ8A 1N6QA 3RRGA 2B5JA 5KGWA 1LW0A 1JCGA 2NRVA 3PY8A 4W5NA 3ALYA 2NZTA 4DF4A 3DOLA 3E9PA 3ENHA 3CCLN 4CHOA 3NVKA 1NK6A 3MK6A 3OYNA 3PSFA 2P9NB 4JI4K 4AHTA 3SAFA 4JI1K 3CMEN 5AZIA 4BR5A 4B3MK 2UXCK 3TU5A 4Y0WA 3ZCMA 1UAXA 2YNGA 4RG8A 4BRPA 4CJTA 4N56A 2D1KA 4YY3K 1LAWA 1O13A 1TAUA 4A2BA 3RSEA 4B1ZA 1HQEA 4KH6A 3AGRA 1LCUA 1NGIA 1X3NA 1IBKK 3J7ZO 2UU9K 2O8DB 3E01A 4EP5A 4C8NA 4BWMA 1MA9B 5AQQA 4YOTA 4BG8A 3NHGA 4CJLA 3DLBA 3TABA 3T1YK 1B92A 1ITGA 4BRIA 3UKUB 3TI0A 1EXQA 3CCEN 3CG7A 2A42A 4BE2A 2VWJA 4FJLA 4FWOA 1NGHA 3V1OA 5GIOA 4DU3A 4YDUA 4H5TA 3HSTB 3C7NB 4BQLA 1CZ9A 4KI6A 2WOMA 1NK4A 4DU1A 2CH6A 4RW6A 3HXMA 1RFQA 1Q9YA 1QHAA 2HVHA 2W6LA 1VSFA 4FOEA 4CBWA 1C1CA 2D0PA 3QFUA 3LP0A 2UUCK 4RW9A 3OS1A 1HYZA 4GVMA 1S9EA 4FW2A 4Z4CA 3HP6A 3AGKA 5I42A 1Q81O 1ZBHA 2CH5A 1EKEA 3L4QA 5AFUH 2E5LK 4B1WB 1TKZA 1DTQA 2VCPA 4ISEA 4LF9K 3DOKA 2YI1A 4KKOA 1N33K 3CJCA 3VQ5A 1CXUA 4FK0A 4CK1A 4I6MA 4FWSA 2ASOA 5KPRA 4DR6K 3D2EA 2HVIA 3CCVN 3TAPA 3RR8A 1U6ZA 2WTUA 3AV9A 1P8ZA 1EWQA 3DRRA 5J1EA 1LWCA 4ILHA 4GV9A 1NJZA 1KAXA 3H3NO 1CLQA 4NLBA 2QTDA 1L5UA 3KIOA 1RT7A 4X64K 1JLEA 1ZBSA 4FJJA 1C0FA 4CHPA 2DFFA 1GLJO 2YHAA 1WSGA 5M1QA 5AQKA 1HNWK 3I0SA 1HPZA 3H1VX 3TTCA 3GE1A 4DQ8A 4JI0K 1KFDA 2E2NA 3THYB 5FPNA 4FLZA 5EXWA 2P9UA 2P9IA 2O8EB 1KVCA 1Q9XA 3AY9A 1TAQA 5LL6Z 4R79A 4E89A 1N36K 1KTQA 4BE1A 2F96A 3P39A 1IO2A 5AQHA 3D6RA 1U45A 4NYFA 1TUYA 4FM0A 3QBWA 2FXUA 3DXMB 4FCYA 3KWGA 1ZYQA 3VEVA 4YNQA 4FVMA 1VRTA 3MN9A 4C8KA 4CEOA 1NWKA 1BWFO 5FPDA 3THXA 4B3RK 3QNNA 2A3ZA 3JS6A 4E1JA 2ZJPL 1SKRA 1C0TA 4JI7K 3I0RA 2KHOA 5FPMA 3PIPL 4CGDA 3VEZA 1U4BA 3OYLA 4V19S 3SMSA 3DXKA 5AQFA 5CZ1A 1QQNA 1NGEA 4DG1A 4FLXA 3C6TA 2HBMA 2ASPA 1LOTB 2F9TA 1D9DA 3ZETA 1MWKA 3LL3A 4B1YB 5HP1A 1RILA 4CBXA 3A5MC 2A1SA 1NGJA 2IOCA 5E26A 5ADXA 3VQDA 4EHTA 2RN2A 2P9NA 2PFUA 2OPQA 2RF2A 3BZCA 4JKBA 1QSLA 2GWKA 2QWOA 3U9ZA 4BC2A 3CF5L 3K5MA 4N41A 1RBUA 3HPOA 1UOCA 3ZSXA 5MLCQ 4YHHK 3CM5A 1NJIO 4FWRA 3HOTA 1ZBUA 3DRSA 5TKYA 1S6QA 1X9MA 4YOUA 1BHLA 1DLOA 2YHXA 4I9QA 1TKDA 3TAEA 3R1XA 1YI2N 3GOIA 2E1ZA 1VQNN 3R9PA 4FLTA 1WSHA 3L3UA 3TTDA 3MMVA 5J2QA 2P9SB 2FBVA 4A5BA 1BDGA 4KO0A 3UKUA 4N47A 4F2SA 4E7HA 5DMRA 4FWQA 1W2BM 3L2WA 3K5LA 3CCQN 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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