2GELA

2.05a crystal structure of salmonella typhimurium yeaz, form b
Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (18-21)S2 (12-19)TIV2 (30-33)3H3 (191-193)S4 (58-62)AH7 (194-204)S5 (89-92)AH3 (94-106)S8 (135-136)S11 (180-186)S7 (121-129)TIV3 (108-111)S6 (110-117)TIV4 (117-120)3H2 (138-140)AH4 (146-154)TI1 (130-133)AH6 (171-176)S10 (159-163)AH5 (165-169)S1 (2-7)3H1 (53-55)S9 (142-144)3H4 (210-212)AH1 (34-49)S3 (22-29)AH2 (68-84)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Chaperone
source organism Salmonella typhimurium
publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 66
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence G
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gelA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gelA02
5LY3A 1T6CA 4BRHA 4BC5A 3DXMA 3HTVA 3JS6A 3CETA 3R9PA 5EOYA 2P9SB 5E26A 4BGAA 3HSCA 3D7EO 1BU6O 5FPDA 1IG8A 3ZETB 2FSNA 5F2RA 3AAQA 4EIAA 5AQTA 1QQNA 4JAXA 3U4LA 2E8AA 2H3GX 5KPRA 1ZXOA 1BDGA 3CJ7A 4QS7A 1T6DA 3U9ZA 4BC4A 3QDKA 4BQLA 3ID8A 3D2FB 1LOTB 1NGCA 2E2QA 2VWBA 3O1WA 3HM8A 1JCEA 2P9UA 3W3DA 3AAPA 4MLEA 4FWQA 5AFUA 1HX1A 5AQZA 4PKIA 1E4GT 2QWQA 1BOTO 4WYBA 4QS8A 1TYQA 1ATNA 3I8BA 5AQLA 5FPMA 2GELA 4BRKA 2YI1A 2P9NB 4H0TB 4CZFA 2E88A 5JLFA 1NGHA 4F9OA 1K8KB 4H0OA 2GUPA 3O80A 4CZMA 1T44A 2KHOA 2P9PB 5AQGA 2FSJA 4HWIA 4CZJA 3TPQA 4BRGA 3EN9A 4QS9A 3VEWA 1X9JA 1DGKN 4IZ9A 4CD3A 5AR0A 3FZHA 1SAZA 3LM9A 4H5RA 5AQHA 4FPBA 1NGJA 2FXUA 2GWKA 3MN7A 3WT0A 4BRCA 3WQUA 2D0PA 3QBXA 4FWNA 2P9LA 4XEIA 5AQQA 1BA1A 1HKGA 2GTDA 5AQMA 3WEEA 3C7NA 1JCFA 3FGUA 4XH1A 4MO5A 3GDQA 1CZAN 4WQ5A 2A40A 1C0FA 1WOQA 1KAZA 4YDUA 2V51B 1KAYA 4FWLA 4JHDA 4DHYA 5JLHA 2W40A 3WXJA 5AZIA 2PAVA 1H1VA 2NLXA 4CJ7A 1RFQA 4BRAA 3CJBA 4Y0WA 3ZEUB 1YVNA 3MN9A 4A62A 4H03B 4CZKA 4JNEA 4A2AA 1ESVA 1G99A 3U9DA 3ENOA 4E1JA 4BRDA 4RWTA 5AQRA 5BRFA 4IJAA 3A5LC 1V4TA 3IMXA 3LM2A 3VGKA 5BRHA 1MDUB 1U6ZA 1WUAA 5AZJB 3IUCA 4WQ4C 4JD2B 5AQUA 3RSEA 4XH5A 2J4RA 4O8KA 4DQ8A 4DB3A 5EY4A 3A8YA 3CI5A 2A3ZA 2E1ZA 1Q18A 4BRQA 5AQIA 3LDQA 1XUPO 5BPLA 4K42A 1EQYA 3FZFA 5BN9A 2QWNA 3M3ZA 2P9SA 2IIRA 3M6GA 3R6MA 3F9MA 1U2VB 5TKYA 3GG4A 4XH4A 4KBOA 3QICA 3SK3A 3VETA 4NO7A 4ISFA 4LC9B 3UKUA 2YHYA 1KXPA 3A0IX 1NGFA 5AQJA 4IWVA 3D2FA 5JMVA 1BG3A 3FZLA 3GBTA 2E2PA 5FPEA 1GLEG 1HJOA 5AQVA 2FLOA 4BRPA 4FOIA 2F9TA 2ZGZA 1MWKA 4FWMA 4H0XB 2ASMA 1R59O 3BUZB 4RTFD 2IVNA 3EL2A 3KHYA 3LDNA 4PL7A 3GL1A 2P9NA 3CQYA 3MMVA 3VF4A 4CZLA 5BRDA 5F1XA 3MN6A 5EVZA 3VF6A 5I9EB 1K8KA 2D1KA 2Q0UA 4GY2B 4BR9A 3VENA 2P9PA 3BEXA 3QBWA 1E4FT 2P9KB 2YJEA 1GLCG 1NWKA 3HBTA 4CZIA 1JCGA 3IFRA 2ASOA 3CIPA 4IO8A 4L3QA 4FWRA 4RCHA 4K25A 3VEXA 2P9IB 3JXUA 2HMPA 3VPZA 3GOIA 2IVPA 4PL8A 1KAXA 3R8EA 1ZC6A 3VEYA 2QWPA 4B1YB 4BRNA 2IVOA 1NGAA 2I7PA 4BG9A 2Q1NA 2VYPA 4ISGA 4EAHD 4EHTA 1GLLO 1NGIA 1C0GA 5KQ8A 2FF6A 3ZX0A 1GLDG 3DXKB 2BUPA 3ZEUA 4BR5A 1NGDA 3SLCA 1J6ZA 3MDQA 2CGLA 2QWOA 4BRIA 2F9WA 5BR9A 1LCUA 3AARA 4CZHA 2FSKA 3HI0A 3S41A 2Q36A 3H46O 3MK6A 2QXLA 3J8AA 2CH6A 4M7XA 2E20A 2QM1A 3VGLA 4JN4A 1TYQB 1Z05A 5AFUH 4BR4A 4WQ5C 1D4XA 3CERA 3LDLA 4YDUC 5AZJA 3A5NC 3CHWA 3ATVA 3DJCA 4H5TA 4JD2A 3UB5A 5AQFA 2ZGYA 4BR0A 3H45C 3U8XA 1X3NA 3LL3A 3VEOA 3D2EB 2UYTA 3VESA 4H0VB 3FZKA 1GLBG 3O5BA 1GLAG 4CBWA 3QMLA 2ZWHA 1DEJA 3KVGA 3WXKA 1BA0A 3EKUA 5KPTA 4BR7A 5ADXH 1U2VA 4FWOA 4AM6A 1RDWX 3H6EA 4H0PA 2HOEA 1YAGA 2YHXA 3FLCO 1ZBSA 4A61A 4CBXA 4BVOA 2EWSA 2GWJA 5CE3A 1YXQA 2NZTA 5E84A 5AZIB 2V7YA 3C0BA 1HKCA 4H5NA 1NGEA 2Q97A 4PKHA 3ZETA 1BO5O 5AQPA 2QW9A 3VEVA 4H5WA 4BROA 3M1FA 2CGKA 3L0QA 1S3XA 4FOEA 4K43A 2D4WA 4I6MB 2ITMA 1ATSA 3QFPA 3UKRB 5AQYA 3H1VX 2AA4A 3P4IA 2QWLA 4IJNA 4GNIA 4BC2A 4BR2A 2P9KA 3WUHA 3EZWA 3O1BA 3OHRA 3VEZA 2ASPA 3GE1A 2YCHA 4B1ZA 2A6AA 2E2NA 3LDOA 1QQOA 3IDHA 4A2BA 2P9IA 1MA9B 3AY9A 2I7NA 4BGBA 1QQMA 2V52B 4B1UB 3ULEB 3A5MC 5BPNA 3O4WA 1TUYA 4FWPA 4IXCA 3SMPA 3L4IA 3UKUB 5ELZA 3DXMB 5JICA 2BTFA 4EHUA 1HLUA 4CBUA 5BPMA 4FWKA 2E1YA 3DAWA 5B8HA 1XC3A 4FO0A 4Z94A 3H1QA 5KQDA 3FFKB 2WUSA 2HF4A 2NRHA 3DXKA 2E2OA 2CH5A 1BUPA 4PKGA 4NB4A 4ISEA 3W0LA 3O08A 4FSVA 2DPNA 3SMSA 3ATUA 3H3NO 1NBWA 2V7ZA 4B1WB 1QZ6A 1ATRA 1BWFO 1NGBA 4BC3A 5EXWA 3VGMA 2HF3A 1Y64A 3CJ1A 4O5FA 3MCPA 3UE5A 2QWMA 5AQNA 4BQZA 1HPMA 3EO3A 5LJWA 3LDPA 1OKJA 2VCPA 3L6QA 1S22A 2P9UB 1HKBA 2CGJA 3BP8A 3VOVA 3O8MA 4HTLA 1HUXA 3O6WA 3D2EA 1Z6RA 4BRFA 4CZEA 5FPNA 1RGIA 1GLFO 2D0OA 4K41A 3CQXA 5EX5A 1MWMA 5F0XA 5ADXA 2W41A 2PBDA 4EFHA 4CZGA 3TU5A 3CJ9A 4BG8A 3ENHA 5AQXA 5AQKA 4B1VA 3QFUA 1X3MA 3MN5A 3WQTA 1DKGD 5KPZA 1NMDA 4M7YA 2ZF5O 3WXLA 1YUWA 4H0YB 3ZX2A 2OANA 5AQOA 2AP1A 3FR0A 2P9LB 4H5VA 4FL9A 3WEEB 3C7NB 3EKSA 3I33A 4J8FA 2QWRA 4BRLA 4MLHA 4FPAA 4CD1A 3CJAA 3B8AX 2YHWA 3ZX3A 2Q0RA 2YJFA 3G25A 4JHDB 5BREA 4I6MA 4WQ4A 3WXIA 1QZ5A 3UKRA 2A41A 1NLVA 5BN8A 2GEMA 4BRMA 1GLJO 1NM1A 4DCHA 5LJVA 3H3OB 2A42A 1V4SA 5AQWA 3KZBA 3A5OC 5AQSA 3SJHA 1SQKA 3VF2A 1QHAA 4MO4A 3FZMA 3BF1A 3HZ6A 3CJCA 3BF3A 1SZ2A 1XQSC 4C23A 1P8ZA 2A5XA 4BVPA 4B1XB 4BREA 2FF3B 3DWLA 3RSEB 1TUUA 4B9QA 3VERA 4CI6A 2Q31A 3ULEA 2Q2RA 3FE1A 3QB0A 4AM7A 4M63C 4FWSA 1IJJA 1NGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XO7A 1T6CA 3AVMA 3DM2A 1XC9A 4FK2A 2BE2A 3JS6A 3CETA 5J2MA 4BGAA 3D7EO 1BU6O 1IG8A 3AA3A 2FSNA 4JS5A 5AQTA 1RDDA 3M5RA 5C0YA 4JAXA 1YHQN 4LF5K 2H3GX 3PSFA 3M8SA 4JKEA 1BDGA 3CC7N 4DR1K 4ILHA 3V9XA 1BIZA 1IKYA 1VQ7N 1T05A 1LOTB 3O9QA 1O1WA 4B8CA 3V9WA 2DFFA 1FJGK 3LDSA 4CEOA 3S3NA 2G8WA 3Q7BA 3ZT4A 3LPUA 5AFUA 5C12A 1VSMA 4IFYA 1BOTO 4QS8A 5C24A 4BDZA 3I8BA 3OJSA 2GELA 2RF2A 4Q5VA 2ETJA 1E3MA 1RDUA 2E6LA 4CZFA 1GOBA 1NGHA 4HUGA 5CHIA 4JI8K 2G8HA 1EO1A 3OVNA 2GUPA 1T8EA 4GV6A 4HWIA 3CPEA 3RR8A 3AA2A 4QS9A 4C8NA 2O8BB 4JKCA 4CD3A 1UAXA 1TKDA 3FZHA 3LM9A 3NE6A 5AQHA 5HP1A 3TAFA 3AVGA 2GWKA 3WT0A 4EZ6A 4DV4K 3CCEN 4M3XA 5AQQA 1BA1A 1X9MA 4CCHA 2NRTA 1WB9A 3I0SA 4XIUA 2VWJA 3FGUA 4XH1A 4MO5A 3GDQA 1WOQA 1KAZA 4HCBA 2V51B 1KAYA 5JLHA 2W40A 3KK1A 3WXJA 5AZIA 4I2QA 4DSEA 2XRIA 1H1VA 3CJBA 4RW4A 4Y0WA 3ZEUB 2A1SA 1KFSA 1JLBA 4A62A 2VG6A 2B4JA 2KLAA 4H03B 1Z25A 2HHTA 4CZKA 4JNEA 1U49A 1VSDA 1G99A 3Q7CA 4BRDA 3RMDA 4BWMA 3ZSWA 3IMXA 1VQLN 1WUAA 1YT3A 5AZJB 4WQ4C 1HNIA 5AQUA 3RSEA 3SJJA 4O8KA 4R79A 3PIPL 1OH8A 4DB3A 2UUBK 3A8YA 1Q18A 4DTXA 5AQIA 4JKHA 5DK5A 5BN9A 2DFEA 4CERA 2IIRA 4DTMA 4U67L 3R6MA 3F9MA 5GADP 1A5XA 1M1KO 1MU2A 3SK3A 5C2FA 4OLBA 3LPTA 1S9EA 3OS1A 1S1XA 1HR0K 4L8RB 4LC9B 4KHQA 3L3UA 4I7FA 3A0IX 4CJSA 1NGFA 4X64K 3OYEA 3ID6A 4IWVA 3D2FA 1NK0A 4QOZB 1BG3A 5LL6Z 2ZD1A 4UY8O 5FPEA 2E2PA 4O0IA 1GLEG 1TK0A 3QERA 4BRPA 4WFAL 2HHVA 4FOIA 2OZSA 2ZGZA 1N34K 4FWMA 4C8LA 3CD6N 3MEGA 1NJYA 2VWKA 3SBTA 4E0DA 1WNSA 3KHYA 3LALA 2P9NA 3QIOA 5IT9O 3CQYA 3MMVA 4GKKK 4OKEA 3EZ5A 4OO1J 2OYQA 5M1PA 2D1KA 2EHGA 2OPPA 2Q0UA 4GY2B 4O44A 4BR9A 4DFJA 3VENA 3HK2A 1E4FT 3V1OA 4GVEA 3IFRA 3HM9A 4L3QA 4FWRA 4IEEA 3ZSZA 1HQUA 3MAQA 4DKWA 1SKWA 4M3UA 4DU3A 4W5TA 3DLHA 3VEYA 4IBNA 3V9ZA 1YTAA 5M1KA 2X6SA 4O0JA 4B1YB 4BRNA 2IVOA 2I7PA 2HBJA 1N33K 3M8QA 4E1MA 5M1OA 1W0HA 4EAHD 4ICLA 4TSXA 4CHNA 1VQ9N 1GLDG 4EZ9A 4BR5A 1NGDA 3SLCA 3MDQA 2QWOA 4LY7A 4BRIA 3KLEA 2HVHA 2HHQA 4DR7K 4NLBA 2E20A 3VGLA 5J1EA 2D0CA 4BR4A 2WTUA 4WQ5C 4X66K 1D4XA 3CERA 2HBMA 4YDUC 3SAGA 4H5TA 3UB5A 3VQQA 3TSUA 3H45C 3LL3A 4AH9A 4DQSA 2HHWA 2W6LA 1X1PA 5GIPA 3O5BA 4CBWA 4CHQA 1VHXA 4NYFA 1WSEA 3KVGA 1J54A 1BA0A 1JLAA 4BR7A 4Q0BA 4AM6A 4DS5A 1RDWX 1RT4A 2IAJA 4B9UA 3KK2A 2YHXA 4JRQA 4C1NK 4DV5K 3DLGA 4ID5A 2GWJA 1KLMA 5KI6A 5CE3A 1YJ9N 4KH4A 1YXQA 5AZIB 2V7YA 3CF5L 4IO9L 1VRUA 3CYMA 3THXA 3HJFA 1BO5O 3OYNA 2QW9A 3O9RA 3AVCA 3C94A 1QVFM 1RTHA 1N36K 2ZJPL 1WBDA 1S6PA 4I6MB 2ITMA 4CGJA 3F73A 4FZZA 5AQYA 3KLIA 1ZBUA 5LMNK 2AA4A 4JKAA 4GNIA 3JAMO 4WF9L 5FLXO 3C6HA 1SL2A 2PY5A 4J2BA 4YOXA 4E3SA 4C8OA 5M1NA 3P1GA 3PY8A 4YOTA 2KZZA 2ASPA 4B1ZA 3QO9A 5J2QA 3DRPA 4HTUA 3LDOA 2P5OA 1JXEA 1SUQA 3IDHA 4A2BA 4CHZA 2P9IA 3CCJN 1MA9B 3OW2M 4KH6A 3AY9A 3DRRA 4BGBA 1QQMA 1TK8A 2YV0X 3K9JA 2FBYA 5BPNA 3O4WA 4A5AA 4FYDA 2PYLA 3CFOA 1XWLA 4DSLA 3K5OA 5JICA 2FBXA 1VSIA 2WONA 3DAWA 5B8HA 4Z94A 1WSGA 1RCHA 5CR4A 2WUSA 3O9TA 4DS4A 2CH5A 4M3WA 3SMSA 4DSIA 2V7ZA 3BY5A 5GIOA 1IO2A 3OS0A 4JRPA 1ATRA 3THWA 1VQON 4GVMA 2YKNA 3OYIA 3CM5A 3OYMA 4JK8A 4O5FA 5CZ2A 3CCQN 3K5NA 3EO3A 2KTQA 1OKJA 4KI6A 2VCPA 3L6QA 1S22A 1WAJA 2HMIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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