2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
1NGEA 3MN7A 1ATNA 4JD2B 1GLCG 5FPMA 5F1XA 4CZEA 2ITMA 4GY2B 3DWLA 1ZBSA 4IJNA 2CGLA 5BRHA 3ATVA 1U2VA 5EX5A 1T6DA 4CZJA 4FWOA 2E1ZA 3BUZB 3UKRA 5AQTA 4FSVA 5AZJA 4M7YA 4BGAA 3SMPA 4L3QA 4BROA 3HM8A 5F2RA 5AQXA 4CZKA 3L6QA 4H5WA 4BRDA 2D0PA 1C0FA 1S22A 1NGGA 3C7NB 1LCUA 1NMDA 2E2QA 4NO7A 4FWLA 4KBOA 3DXMA 4PKGA 1BUPA 3FZKA 4M7XA 3QDKA 3ID8A 1KAZA 4E1JA 4RWTA 4EFHA 2BTFA 1TUYA 3MMVA 4BRFA 1NM1A 4BRNA 4H0YB 3CJAA 3O8MA 2YJFA 3O4WA 3WXLA 3LDNA 3WQUA 3I8BA 1V4TA 4AM6A 2QXLA 3LDPA 5ADXH 2IVPA 1IG8A 3LDLA 4CZHA 3VGMA 4FWMA 3FLCO 4H03B 2HMPA 2QWQA 5BREA 3LM9A 2CH5A 2YI1A 4CBWA 2HF4A 4H0TB 1BO5O 3H1VX 4BRAA 4BRKA 3WQTA 3FR0A 1QZ6A 1BA1A 1GLDG 2FSNA 4BREA 3GE1A 4IXCA 5AQPA 5BR9A 3G25A 4FWKA 3M3ZA 2E2PA 4PL7A 2P9NA 3H45C 4FL9A 1NGHA 3A5OC 4EHUA 2H3GX 1XC3A 3H46O 4H0PA 2QWMA 1IJJA 1U2VB 4CZGA 4A2BA 5BPMA 3WXKA 3O1BA 4K42A 4BC4A 1H1VA 4JHDA 2VYPA 3UKRB 2AA4A 4B9QA 3O80A 5AZJB 1NGJA 3UE5A 4FWNA 3A5MC 3U8XA 4K41A 1HPMA 2GEMA 2P9IA 2HF3A 1SZ2A 2V52B 4WQ5A 5FPEA 3UKUA 3SK3A 2A3ZA 3DXMB 4H0OA 1QHAA 4QS9A 5AQZA 3BP8A 5BRFA 2NRHA 1DGKN 1MWMA 1RGIA 3W3DA 2IIRA 2P9LA 5AQSA 3VESA 3CHWA 4BR2A 4BC5A 1Z6RA 2CH6A 4WQ5C 3VETA 4QS7A 3SMSA 4EIAA 5FPDA 2ASPA 5E84A 4FWSA 3VGLA 2QWNA 4CZMA 4HWIA 4F9OA 1ESVA 2P9UA 5EXWA 2CGKA 3WEEA 5B8HA 2GWKA 1YAGA 3MN9A 3EKUA 3EZWA 5AR0A 4BRPA 5AQQA 3VF4A 1RFQA 3ZX0A 2FSJA 4BRLA 3BEXA 4XH4A 4BRGA 3QMLA 4LC9B 2Q31A 2V7ZA 3VERA 4BQLA 3MN6A 3MCPA 1QZ5A 2F9WA 5FPNA 1NGFA 2VCPA 1E4FT 2D1KA 3VEYA 3FZLA 1ATRA 5AQLA 2P9NB 5AQWA 2ZGYA 5AFUH 1V4SA 3ZETA 3WT0A 2GUPA 3BF1A 4DHYA 2VWBA 4A2AA 3O1WA 4H5NA 1GLEG 4BR0A 2E8AA 1GLAG 1R59O 5AQRA 3W0LA 4JHDB 4BQZA 5BRDA 4BR5A 3M6GA 5AQYA 1X9JA 3C0BA 3D2FA 3CERA 1HKGA 1JCGA 2Q36A 3GBTA 1BG3A 4H0XB 1Z05A 2P9IB 3D7EO 5AQNA 3EKSA 2Q97A 3H3NO 2W40A 3TU5A 3OHRA 3UKUB 3LDQA 4BRHA 2Q1NA 2GTDA 3CJCA 3AY9A 3CJ7A 3CI5A 2UYTA 3IUCA 4Y0WA 3VEOA 5I9EB 1BDGA 4CI6A 2P9LB 3ENHA 5BN9A 4FWQA 3HSCA 4PL8A 3VENA 3QB0A 1G99A 1TUUA 4CBUA 1TYQA 3R8EA 2P9UB 3DXKA 1T44A 2V7YA 4H5TA 3A8YA 3WEEB 5AQFA 3FZMA 1ZXOA 5ELZA 2NZTA 4JAXA 1NGIA 1MDUB 1YXQA 4BG9A 3D2EA 1BWFO 3VEWA 4A61A 4BVPA 5KPRA 4H0VB 1DKGD 5AZIA 3J8AA 3KZBA 1KAXA 5EY4A 1BOTO 2QWOA 2P9KA 4O5FA 3O6WA 2J4RA 2QWPA 3HBTA 3CQXA 2E2OA 3LDOA 4I6MA 4B1XB 3GOIA 4CZLA 3RSEA 4PKHA 5AQOA 4FPAA 1GLBG 5BPLA 1BU6O 4XH5A 1D4XA 1GLLO 2NLXA 2P9PA 3ZETB 3GDQA 4J8FA 4WYBA 2ASMA 3QICA 3ZEUA 5AQHA 5AQKA 3R9PA 4MO4A 1QQMA 3CJ1A 4EHTA 5BN8A 4K43A 1MA9B 4BC2A 3GG4A 4ISGA 1HJOA 3D2FB 2DPNA 4H5VA 3ULEA 4BVOA 3HI0A 4FWPA 4CJ7A 4CD3A 3LL3A 5EOYA 1KAYA 3QFUA 5JLHA 5AQMA 1JCFA 5LJVA 2YCHA 2QWRA 3KVGA 2CGJA 1GLFO 3H1QA 3QFPA 4IO8A 3WXJA 3VGKA 3H6EA 3VF6A 1NGCA 2A40A 3VOVA 4DB3A 5CE3A 4B1WB 4B1VA 1HKBA 2A41A 2W41A 4CZIA 5E26A 5JMVA 2FF3B 2I7PA 3HTVA 1JCEA 1X3MA 4BR4A 1TYQB 4BR7A 3DXKB 1HKCA 1MWKA 2E20A 4FPBA 4GNIA 4JNEA 1NBWA 1QQOA 3MN5A 4FOIA 3KHYA 1P8ZA 4B1ZA 3D2EB 4BRMA 4FOEA 2QM1A 5AQIA 1DEJA 1EQYA 1HX1A 1XQSC 5AZIB 4K25A 2E2NA 2ASOA 4B1UB 2P9KB 5KPTA 2YHXA 1K8KA 3EL2A 4A62A 5ADXA 3EN9A 2E1YA 2YJEA 4H5RA 2OANA 4I6MB 3FE1A 5JLFA 2F9TA 3B8AX 4JN4A 2KHOA 3RSEB 5KPZA 3MDQA 3ZX3A 1E4GT 3IDHA 2Q0UA 4XH1A 2P9PB 2GWJA 2P9SA 3GL1A 4XEIA 1U6ZA 1CZAN 4FWRA 3I33A 4FO0A 1RDWX 3ZEUB 4C23A 5KQ8A 3A0IX 4WQ4A 3L0QA 3CIPA 1BA0A 5F0XA 3SLCA 3BF3A 3CJBA 3EO3A 3DAWA 3ULEB 3UB5A 3ATUA 3DJCA 3AAQA 3WXIA 3AARA 3ZX2A 1KXPA 4WQ4C 3FFKB 3VEVA 1NGAA 1WOQA 5AQJA 1SAZA 3CETA 4BR9A 5EVZA 3MK6A 2ZF5O 4BRIA 3F9MA 3FGUA 2QW9A 4ISEA 5TKYA 1C0GA 1LOTB 5LJWA 4IJAA 3HZ6A 4O8KA 2PBDA 4BRQA 4M63C 4NB4A 3QBXA 3A5NC 4MLEA 4RCHA 3O08A 1NWKA 3M1FA 4Z94A 2YHYA 5AQGA 2FF6A 4PKIA 1HLUA 2A42A 1S3XA 3FZHA 5AQVA 1K8KB 2ZGZA 2WUSA 1WUAA 2FXUA 2V51B 2I7NA 1ZC6A 4JD2A 4RTFD 3U9DA 4CZFA 1SQKA 1QQNA 2PAVA 4DQ8A 3CQYA 2A5XA 4BGBA 2P9SB 2AP1A 3U4LA 3R6MA 3P4IA 4MLHA 1J6ZA 3JXUA 3AAPA 3IFRA 3JS6A 4QS8A 3LM2A 3L4IA 4HTLA 5AFUA 2IVNA 2D0OA 3C7NA 3A5LC 3O5BA 2D4WA 2Q2RA 4DCHA 1NGBA 3SJHA 5KQDA 2BUPA 3VPZA 3H3OB 1YVNA 5LY3A 3ENOA 4AM7A 4EAHD 1NGDA 4ISFA 1GLJO 3WUHA 1NLVA 2ZWHA 4MO5A 3QBWA 3VEXA 1ATSA 2A6AA 3S41A 4IZ9A 2GELA 3VEZA 1Y64A 2EWSA 1T6CA 3U9ZA 1YUWA 4BRCA 2FSKA 3FZFA 1OKJA 5JICA 2YHWA 2FLOA 2IVOA 4YDUA 2HOEA 4CBXA 1XUPO 4IWVA 3TPQA 1HUXA 5AQUA 5BPNA 1X3NA 3CJ9A 3IMXA 4BG8A 4BC3A 2QWLA 1Q18A 4CD1A 2E88A 3VF2A 2Q0RA 4YDUC 4B1YB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DM7L 1BCOA 4F3OA 2HHVA 2XY8A 4CJPA 2OPQA 3LPUA 1S5JA 5M1QA 5EX5A 5HRSA 3O3FA 1Q82O 2E1ZA 5AQTA 5AZJA 4BGAA 5IT9O 4KAZA 4L3QA 5F2RA 1XC9A 1CXQA 4KHNA 2HBKA 5CZ2A 4BRDA 2D0PA 1C0FA 4E19A 2HBMA 1LAVA 3TARA 4KBOA 5HOOA 4C8LA 4PKGA 1BUPA 4M7XA 3SBGA 4ELUA 4RW7A 1YTAA 3L2UA 2O8EA 1TUYA 1OH8A 1LW0A 3B6PA 3O8MA 3TABA 1VSLA 1V4TA 4HCCA 3Q7BA 3AVNA 1KFDA 2E4LA 3IRXA 2IVPA 1GOCA 3V9WA 4FWMA 3KKRA 3FLCO 1LAWA 4H03B 3NVKA 1S1WA 3CFPA 4CEZA 1NJXA 4BRKA 4BRAA 3WQTA 3E9PA 2JGUA 1QZ6A 3LDSA 3QO9A 1KQSM 5C2DA 3RMDA 4FJXA 1BIUA 3G25A 4FWKA 4C8NA 4CF9A 4DV5K 4E7KA 2Z1HA 4FJJA 3NE6A 3BZKA 4LY7A 1XC3A 1UWBA 2UU9K 1U2VB 4A2BA 3O1BA 1W2BM 1B9DA 3UKRB 2AA4A 3O80A 3VTHA 1NGJA 4KREA 5I42A 1HNZK 3HOTA 2KZMA 4CJLA 3MX2A 4AHVA 2D0BA 2RN2A 1SZ2A 4WQ5A 4CHPA 3G0ZA 3SK3A 4ZHRA 3AV9A 3BP8A 1RGIA 4DSKA 2IIRA 4NYNA 1QSSA 3CHWA 4BC5A 2CH6A 3KIOA 4WQ5C 4Y1DA 5KGXA 1RDDA 4IFVA 4QS7A 1NMNA 1VSKA 1T8EA 4GV6A 1ESVA 3WEEA 1WAFA 3ZSVA 2GWKA 1YAGA 4LF5K 4J2EA 5AR0A 3M8RA 3OYIA 5C12A 2FSJA 3ZSRA 2HSTA 4HVJA 4FM2A 3VN5A 4CHOA 2V7ZA 2KKZA 3VERA 3PSFA 3MN6A 3MCPA 5FPNA 1F21A 3CCUN 3QERA 4JRPA 5JS1A 3M8PA 1J5OA 1QTMA 4BDYA 2W6KA 4DV0K 2G8WA 3O3HA 3T3FA 5KRTA 1WB9A 3ALYA 2X6NA 1A5XA 4H5NA 1GLEG 4BR0A 3W0LA 4DTSA 4JK7A 5AQRA 4JLHA 5BRDA 1QSLA 3M6GA 2HHXA 4GVMA 3AVCA 4IFYA 3L2WA 2P5GA 3D2FA 3CERA 3OS1A 3N4PA 1J5EK 1K9MO 4N56A 3P1GA 2YX6A 2P9IB 4YNQA 3EKSA 1U49A 3H3NO 2W40A 4IOAL 4FJNA 3LDQA 1RBSA 2YNGA 1I3AA 4FK4A 2GTDA 3K9JA 3CI5A 4Y0WA 3VEOA 1VK0A 4FVUA 4YOUA 4E0DA 3TTDA 2P9LB 1S1VA 4DTPA 3ENHA 3OYLA 1KCFA 1VQON 4PL8A 3SNNA 3C6UA 3SV4A 4DSJA 1WSEA 3AVBA 2ZE2A 3PUFA 1HMVA 1SKWA 3UIQA 3FZMA 5ELZA 4C1NK 4DSEA 4YORA 1NK7A 3D2EA 4B9NA 3VEWA 4A61A 3CCEN 5KPRA 1XWLA 1WSJA 3J8AA 1KAXA 2VQEK 3SYZA 3DLKA 1CLQA 2GV9A 3O6WA 2J4RA 3HBTA 3LDOA 4CEOA 4FJ5A 3CXCM 3GOIA 4CZLA 3HJFA 4CHZA 3NVMA 4CJQA 2F7TA 4FPAA 4X65K 3NBPA 3TSUA 4KKOA 2OCEA 1ZBFA 3AVIA 2ASMA 3K9KA 3R9PA 3AA2A 2DFEA 4JS5A 3BGRA 5BN8A 2HHWA 4BC2A 3VQ5A 4ISGA 4RW8A 2DPNA 1KTQA 3ZCMA 2KW4A 4CEFA 1NJZA 4FWPA 1DTTA 3I0SA 4DFPA 3E01A 4CD3A 3HM9A 5EOYA 3OBYA 3NDKA 1L3VA 1XNRK 3BZCA 2CGJA 4IO8A 3SQ2A 1FW6A 3DLHA 4CESA 4DB3A 5CE3A 2OTLN 2LSNA 1HKBA 3S9HA 3V4IA 2FF3B 3VQ7A 4BR4A 1TYQB 3KLIA 3DXKB 1RT2A 1BQMA 2VGNA 1MWKA 1X9MA 4JNEA 3D0PA 4B1ZA 1QQOA 5EU7A 4JI1K 4KB1A 4BRMA 2XY5A 2QM1A 3LWMA 3CD6N 1W97L 3EE8A 3V9XA 3NF7A 3E66A 2WFBA 5T7BA 1VQPN 2YHXA 3THWB 2OANA 1A5WA 3B8AX 4F2RA 4F8RA 1E4GT 3VQPA 3AGKA 3QEXA 4DTJA 4FWRA 1RDWX 4C23A 3AVJA 3T19A 3A0IX 4EZ9A 4AILC 5F0XA 3SLCA 3C6TA 3BF3A 1J9AA 3CJBA 3EO3A 4A59A 1JXEA 4AQYK 3J80O 3ATUA 3AA4A 2UXDK 4NXMK 4F2SA 3VEVA 1NGAA 1JLBA 1SAZA 1RDBA 1C1CA 1RT4A 3CETA 1WSFA 4U7BA 4AHUA 4BRIA 1VQMN 1SS6A 1JLAA 3S3OA 4ISEA 1YVUA 1IO2A 3SPZA 1S1UA 2AJQA 4IJAA 4DTRA 4MFBA 2PBDA 4M63C 4NB4A 2BH1A 4IG3A 1WLJA 3KK7A 3NH1A 4WE1A 5MLCQ 4DTOA 1KVAA 4LH5A 3SUQA 4J2BA 3QEWA 1LWCA 5GADP 5AQVA 3IAYA 3SAHA 3NF9A 2I5JA 4DMNA 4DSFA 2FXUA 2I7NA 4FJ7A 2D0AA 3K5LA 4CZFA 3CCLN 2BANA 4HUFA 5GAEP 4JKHA 1KVCA 1K6YA 3SQ0A 4FJ9A 4CEEA 4U67L 1UA0A 1RT6A 3CF5L 3AAPA 1NK6A 3H08A 3F2KA 4PA1A 5AFUA 4B08A 5GAGP 4NLBA 2D0OA 3HYFA 3HL8A 3CCSN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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