2GEMA

2.1a crystal structure of salmonella tyhpimurium yeaz, a putative gram-negative rpf, form-a
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
216
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCEHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of Salmonella typhimurium YeaZ, an M22 O-Sialoglycoprotein Endopeptidase Homolog
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Putative Gram negative resuscitation promoting factor
total genus 67
structure length 216
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gemA02
5TKYA 5JICA 3O1WA 3L0QA 1TYQB 3H45C 4BRGA 5AQYA 4BRAA 4QS9A 1YVNA 3LM9A 4BC5A 4FWNA 3A5NC 4PKIA 1C0FA 2A5XA 4JHDA 3FZMA 5AZIA 2IVOA 4DB3A 3G25A 2CGLA 4CI6A 3M1FA 4BR5A 2QXLA 2CH6A 4H5NA 2CGKA 1JCGA 2V52B 1HPMA 3UKRB 3BF1A 4JN4A 2VYPA 3VEVA 1BU6O 3A5LC 2VCPA 4K43A 3I33A 4AM7A 4BRNA 5FPNA 1SZ2A 1NGCA 3MN5A 1E4GT 3SMSA 4GY2B 3HBTA 3HSCA 3LDQA 4C23A 3AY9A 4MO4A 5AQRA 4HTLA 2P9PB 2E2OA 3FZKA 4PKGA 1WOQA 3AAPA 3VEZA 3VPZA 2W40A 3CHWA 3WQTA 4BC3A 2ITMA 3O8MA 3C7NA 4B9QA 3M3ZA 3C0BA 4CZKA 2BTFA 4CZEA 4CBWA 1H1VA 5KQ8A 4BQLA 5ADXH 2I7NA 3RSEB 4RTFD 4Y0WA 3VGMA 3VEOA 1U2VB 1LOTB 4IO8A 5FPEA 3U4LA 3MN9A 1IJJA 4QS7A 3VOVA 2HF3A 4BGAA 2Q2RA 2A40A 1HJOA 2E1YA 2ZF5O 1NGBA 2FSNA 4BR4A 4BC2A 1T6CA 3D2EA 3DXKB 1DGKN 3W0LA 1E4FT 3WXKA 1KAYA 2ZGYA 1LCUA 4CZMA 4FL9A 2HMPA 3J8AA 1P8ZA 1G99A 1S3XA 3FZHA 3FGUA 4FPBA 3MN6A 3D7EO 3O1BA 4BGBA 4BROA 3SLCA 4XH1A 3CQYA 4BR2A 3AAQA 1NGEA 2V51B 3BF3A 3IDHA 5KPTA 3LDNA 4BC4A 3U9ZA 3FE1A 3WEEB 4M7YA 3DWLA 1NLVA 4IXCA 1GLDG 3FR0A 3A8YA 2AP1A 4NB4A 1Z6RA 2IVPA 3GOIA 3EN9A 4CD1A 2W41A 3TPQA 1QZ6A 3VF4A 3ZETB 5BPLA 1YXQA 4EIAA 5AQVA 1X9JA 4CBUA 3QB0A 4CZLA 2P9LB 3MN7A 1Q18A 4FWQA 3VGKA 5LJWA 1KAZA 2A6AA 2FXUA 3O5BA 3HTVA 3ATUA 2H3GX 3CJ1A 5AQHA 3H6EA 2QW9A 5EVZA 3ULEB 3A0IX 3FZLA 1GLJO 3FFKB 2ASOA 3DXMA 4H0YB 5FPMA 4DQ8A 4BQZA 4A61A 1EQYA 3VGLA 1JCEA 1QQMA 2Q97A 3TU5A 4FWPA 5BN9A 3BUZB 3WQUA 2D0PA 5BR9A 1NM1A 4AM6A 4A2BA 3DXKA 1V4TA 4BREA 4H5TA 5JMVA 2QWOA 1ZC6A 4RWTA 5AQUA 2FF3B 3UKUB 2FSKA 3CIPA 5I9EB 3VERA 3CJBA 4FPAA 1YAGA 3KVGA 5AQKA 1DEJA 4BRHA 3SK3A 2ASMA 4JD2A 3ZEUB 4KBOA 1MDUB 3QBXA 1QQOA 3ZX0A 5LJVA 3WT0A 2P9SA 2P9NB 3WEEA 4BRQA 3DJCA 2QWLA 3FZFA 2YHXA 4RCHA 2BUPA 2OANA 5AQPA 4IJAA 4PL7A 3O08A 1ATNA 1TUUA 3VF6A 3CJCA 1RGIA 4BRIA 2AA4A 3LDOA 3QFUA 4YDUC 3ZETA 2P9KB 1BWFO 1J6ZA 4CBXA 2YI1A 5AQZA 2QWPA 4H0XB 5AQLA 2P9IB 1WUAA 4FWMA 4PL8A 2CH5A 3VESA 1DKGD 1ATRA 2P9UB 4FWOA 3ULEA 1TUYA 3VEYA 2D4WA 4B1ZA 4FO0A 4IJNA 4EFHA 2A3ZA 4B1WB 4BR9A 2YHYA 4CZHA 3O6WA 5AFUH 3A5MC 5F1XA 1HX1A 3ENOA 1RDWX 4IWVA 5AQTA 4B1UB 1T6DA 2E2PA 3SMPA 3MCPA 3VETA 4O5FA 2CGJA 5F0XA 3WUHA 1TYQA 4BG9A 4F9OA 2YJEA 3BP8A 3MDQA 4MLHA 3EKUA 4BVOA 2HOEA 4EAHD 3UB5A 3UKUA 5B8HA 3U8XA 1SAZA 2GEMA 3JS6A 3L4IA 3QDKA 1K8KB 1HUXA 4BRFA 4M63C 1YUWA 2Q0UA 3MMVA 4LC9B 3ZEUA 2YJFA 4NO7A 1GLLO 4MO5A 1C0GA 1ZBSA 2P9NA 4H0PA 3UKRA 1NGHA 3ID8A 1BOTO 4K25A 4BRLA 3FLCO 4H03B 4BRKA 1MWMA 2YHWA 3VF2A 3GE1A 3AARA 1V4SA 2P9KA 2D0OA 2Q0RA 3BEXA 5KPRA 2Q31A 4ISFA 2Q36A 2P9PA 3KHYA 4J8FA 4FWRA 4L3QA 2P9IA 1NMDA 2YCHA 2P9UA 2V7YA 2E1ZA 2PBDA 2NLXA 1NWKA 1NGDA 4BR0A 4FSVA 1HKCA 4H5WA 2F9WA 3CI5A 2ZWHA 5FPDA 4BG8A 3RSEA 2UYTA 1U2VA 5ADXA 3O80A 3A5OC 1KAXA 2NZTA 3GL1A 3LL3A 1T44A 4PKHA 1BA0A 1HKBA 3VEWA 4BVPA 2FLOA 5AR0A 2HF4A 1NBWA 4H0VB 4B1YB 3WXLA 4HWIA 1JCFA 4FOIA 2Q1NA 3GDQA 4H0TB 3M6GA 1NGAA 1S22A 4WQ4C 4CZFA 4I6MB 4WQ4A 2E2QA 1GLBG 4EHTA 4A2AA 1ATSA 2QWMA 5JLHA 4BRPA 5KQDA 5KPZA 2F9TA 3R6MA 4QS8A 5AZJB 3GBTA 3I8BA 4FWKA 3EZWA 3MK6A 3W3DA 2D1KA 4IZ9A 5AQOA 1D4XA 4XEIA 3ZX3A 3D2EB 2FF6A 2E8AA 5BRHA 2GELA 3U9DA 5AQFA 4YDUA 4FOEA 1BDGA 4ISEA 3LDPA 3OHRA 1HLUA 2A41A 2P9LA 1NGJA 1NGFA 4GNIA 5EX5A 1QZ5A 3HZ6A 2FSJA 3JXUA 3VEXA 4DHYA 5ELZA 2GWJA 2EWSA 3HM8A 1ZXOA 5AQGA 3VENA 1R59O 5BRDA 1BG3A 1BO5O 1NGIA 1HKGA 4WQ5C 4WQ5A 2KHOA 5JLFA 1OKJA 1XC3A 2E20A 2I7PA 3QMLA 2J4RA 3CJ7A 3H3OB 3QICA 3CJ9A 4CD3A 3H1QA 1GLAG 1Y64A 4H5VA 3CJAA 2E2NA 2VWBA 3H3NO 4H5RA 4WYBA 4BR7A 5BPMA 5F2RA 2QM1A 5AQXA 1SQKA 4K41A 4I6MA 1XUPO 2NRHA 1U6ZA 3ENHA 3ZX2A 1X3NA 2IVNA 3DXMB 1MA9B 1RFQA 2V7ZA 4M7XA 2DPNA 5AZJA 2ZGZA 3UE5A 1IG8A 4JAXA 5AQMA 4CZGA 5AQJA 4CZIA 2A42A 3D2FB 3QFPA 4XH4A 3P4IA 4A62A 4FWSA 3R8EA 3B8AX 1GLEG 5AQNA 5AQWA 4EHUA 3IUCA 3HI0A 2ASPA 4H0OA 3QBWA 2GTDA 5AQIA 3R9PA 4BRDA 2GWKA 5EXWA 4JHDB 3WXJA 4CJ7A 1X3MA 5AZIB 4E1JA 5BREA 4B1VA 4JD2B 4MLEA 5LY3A 4JNEA 2P9SB 3IMXA 2E88A 5CE3A 5E26A 1GLFO 1CZAN 5AFUA 3S41A 2QWQA 5AQSA 3LDLA 1BUPA 3IFRA 3O4WA 5EOYA 3WXIA 4DCHA 1Z05A 4Z94A 4XH5A 1ESVA 4FWLA 3CQXA 5E84A 5EY4A 1MWKA 4ISGA 1XQSC 2PAVA 1QQNA 3SJHA 3H46O 4CZJA 4K42A 3EL2A 2IIRA 1K8KA 3ATVA 2QWRA 3F9MA 3GG4A 2WUSA 3C7NB 5BPNA 1GLCG 4B1XB 1QHAA 3KZBA 5AQQA 2QWNA 5BN8A 3CERA 4O8KA 1BA1A 5BRFA 3EO3A 3L6QA 1KXPA 3LM2A 4BRMA 3H1VX 3DAWA 3EKSA 1NGGA 3CETA 3D2FA 4BRCA 2GUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XO7A 5JICA 1VQPN 1ZBIA 4QS9A 3LM9A 4IDHA 4FWNA 4AQYK 1VQON 3T1YK 2X74A 4H4MA 2A5XA 5AZIA 4DUZK 4DB3A 3LZJA 2CGLA 3SCXA 2CH6A 3M8SA 3LP1A 2CGKA 3B6OA 1WBDA 4LH5A 1BI4A 3UKRB 3NVKA 3VQBA 3MX2A 4CFDA 3DLKA 2GBZA 2A1SA 2VCPA 4ELTA 4AHVA 3RWUA 4LF6K 2HHWA 1VSMA 4DTXA 4CEZA 3LDQA 4DTPA 3AY9A 4MO4A 4FLYA 4NCBA 1O13A 3DM2A 4PKGA 1ZYQA 2Z1IA 3AAPA 5HROA 3VEZA 5J2MA 3SBGA 1S9EA 2WC9A 2ITMA 1S1VA 3M3ZA 2BTFA 3VQ9A 3KK3A 3K5NA 4AHUA 1H1VA 4IEEA 5KQ8A 4QOZB 4BQLA 5GIPA 3VQDA 1U2VB 4HVJA 3NHGA 1IJJA 1EWQA 4YOXA 1HJOA 4ID1A 1NGBA 3BGRA 3DOLA 3DXKB 1DGKN 4W5QA 1QS4A 1KAYA 4CZMA 4HUEA 4FL9A 2HMPA 1W0HA 5C12A 3MN6A 3RR8A 1U4BA 3G0ZA 4FXDA 2ATQA 3OYAA 2DFFA 3TI0A 3AVFA 2E6MA 4CHNA 1NJZA 3LALA 5C42A 3K0SA 3RTVA 1GLDG 2Q3SA 3MX5A 2AP1A 2VQFK 1Z6RA 4B9MA 3EN9A 4PY5A 1NOZA 1ASUA 3ZETB 5BPLA 2WFBA 4O4GA 3HO1A 3VQEA 4CZLA 4FLVA 4LF7K 2P9LB 3DMJA 1KAZA 3MXMA 2RKIA 3HTVA 5AQHA 3DRRA 1FKOA 1VSLA 2UXCK 1QVFM 1GLJO 5FPMA 3SI6A 4A61A 1BHLA 4JI3K 1QQMA 2HNDA 4V19S 3THXA 4KKOA 1S1UA 5C25A 5C24A 4A2BA 4LD0A 4F2SA 1NKCA 1ZC6A 4A5AA 4RWTA 5AQUA 3EEQA 4CGHA 4UY8O 3CJBA 4FJJA 1YAGA 3G10A 4N5SA 1VQLN 4BRHA 3SK3A 3AVNA 3LP0A 3ZT3A 3HM9A 4CK2A 4KBOA 1MDUB 3D0PA 5LMUK 3ZX0A 5LJVA 1RT3A 2JGUA 2P9SA 4DF8A 1RNHA 2P9NB 3OYEA 2HBJA 2QWLA 1KQSM 1D9FA 2XRIA 2A1RA 3PSFA 1Q7YO 5J1EA 1CXUA 3O08A 5FLXO 1DLOA 4O55A 4YDUC 4CJ4A 1BWFO 3OYHA 5D3GA 5AQZA 2QWPA 3L3UA 2P9IB 1WUAA 1DKGD 4FWOA 4CF1A 1TUYA 2FC0A 4B9TA 4B1ZA 4EFHA 4W5RA 4BR9A 4DU4A 3KD1E 2KQ2A 1YJWN 1TKXA 5F1XA 3PY8A 4B1UB 4I7FA 3OYIA 4E1MA 3THWA 3SMPA 4CJPA 2R7YA 4FZXC 3CQ8A 4C8MA 4K8ZA 3QIOA 4NCAA 3U6FA 1KFSA 4I9QA 3VQPA 4F9OA 2OCEA 3BP8A 3OTOK 3DLBA 3TTCA 4JKFA 4J2BA 1D9DA 3HRGA 3JS6A 4E19A 3SUQA 4CJ5A 3THVA 4BRFA 3CM5A 4CFBA 4FJLA 4YFUA 3G71N 3KLFA 3K5OA 3NF7A 5M1OA 4LF9K 3UKRA 3ASMA 1B9FA 1JLFA 3ALYA 1TV6A 3AV9A 3AARA 3M8QA 5KGXA 2P9KA 4CEEA 4CJUA 2G8FA 2KKZA 1YITN 4AF1A 3OYFA 4ISFA 3PX6A 3HOSA 2VGMA 1YJNN 2E1ZA 3NVMA 2PBDA 4E0DA 4CK1A 3TAMA 4KREA 2OYQA 4HTUA 4NYFA 3ITHA 4H5WA 4M3RA 3N4QA 4LSNA 5FPDA 4IFVA 1U2VA 1YIJN 5T7BA 3S3OA 1KAXA 2VG6A 4ILJA 1BQNA 1BA0A 4YNQA 3K5MA 2Y1JA 4IFYA 3P31A 1NBWA 4H0VB 2B4JA 4A57A 1VSKA 3WXLA 1Q82O 4HWIA 1JCFA 4FOIA 4DLGA 1J5EK 4O5BA 2BGGA 4I6MB 4U7BA 3O3GA 4A59A 3O3FA 1GLBG 4C8OA 4BDPA 1ATSA 4ZTJA 1OH5A 4DR3K 3HJFA 5JLHA 3R6MA 4QS8A 3TAQA 3GBTA 3I8BA 4GVEA 3AVKA 4IDKA 1N5YA 3MXIA 1ZBHA 1IBLK 2YNFA 1D4XA 3D2EB 3ZSWA 1KVCA 3AVLA 2E8AA 4C1NI 4YDUA 4ISEA 3LDPA 3RMDA 2P9LA 1VQ6N 1NGJA 1Q9XA 1NGFA 2FSJA 3VEXA 1X9SA 5ELZA 4FVMA 3QETA 1N6QA 4LSLA 4CE9A 4DTOA 1BG3A 4CEOA 1JLQA 1NGIA 1RDDA 4FZZA 1TK0A 5CZ1A 5J2PA 4DG1A 4CIFA 1Z25A 4JKBA 5DM7L 1OKJA 4WCEL 1M90O 4KHQA 4DV3K 3QMLA 2J4RA 3NBPA 3RRHA 4ZHRA 2G8KA 3C95A 3S3MA 2E2NA 4CF9A 3PX4A 4LF4K 5AQXA 3AGKA 2BDPA 3J7YP 4KTWA 1SL1A 4FM2A 2NRHA 4FM0A 4N56A 1X3NA 3DXMB 1MA9B 4PA1A 1RFQA 2V7ZA 3SNNA 3L8BA 4JK9A 4KRFA 1K73O 4DTJA 2WTUA 1NK6A 4CZGA 3C6AA 3J7ZO 4LFAK 2QKBA 3AVBA 2IOCA 3QERA 4H4OA 4XH4A 3SQ0A 1SL0A 4C8KA 3H08A 1U47A 5AQWA 1VRTA 2GTDA 3R9PA 1KLNA 1NK7A 4RW6A 1NJXA 5AZIB 4IOCL 2HSTA 4JD2B 2UUAK 4OKJA 3K9KA 4JNEA 1TL1A 1IKYA 5J2QA 3O9UA 5HRNA 2FBXA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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