2GTDA

Crystal structure of a type iii pantothenate kinase: insight into the catalysis of an essential coenzyme a biosynthetic enzyme universally distributed in bacteria
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
MDPMYLLVDVGNTHSVFSITEDGKTFRRWRLSTGVFQTEDELFSHLHPLLGDAMREIKGIGVASVVPTQNTVIERFSQKYFHISPIWVKAKNGCVKWNVKNPSEVGADRVANVVAFVKEYGKNGIIIDMGTATTVDLVVNGSYEGGAILPGFFMMVHSLFRGTAKLPLVEVKPADFVVGKDTEENIRLGVVNGSVYALEGIIGRIKEVYGDLPVVLTGGQSKIVKDMIKHEIFDEDLTIKGVYHFCFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Thermotoga maritima
publication title Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight into the Mechanism of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type III Pantothenate Kinase
total genus 78
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2006-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03309 Pan_kinase Type III pantothenate kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA01
3.30.420.490 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gtdA02
4O8KA 3FR0A 3FZMA 3U9ZA 3ENOA 3MCPA 1U6ZA 2QWMA 3EZWA 3SK3A 3KHYA 2QWLA 5AQPA 3O4WA 2FLOA 3H1QA 2BUPA 3CJ9A 4XH5A 2ASPA 2AP1A 5BPMA 3LDNA 3LL3A 4BQLA 3H6EA 4BR7A 5EY4A 5E84A 3H3OB 4F9OA 2VYPA 5F2RA 2HF4A 3UKRB 4BROA 5KPZA 1Z6RA 4BG8A 3O80A 5BN8A 1TYQB 1DKGD 1BOTO 3MN5A 3O5BA 4GNIA 5JICA 5AQQA 5AQZA 2QWQA 2YHWA 3G25A 4B1ZA 5FPEA 3QB0A 4K25A 1V4TA 3EKSA 1XC3A 4EHUA 3HZ6A 4H03B 4DQ8A 2P9SB 4A61A 1T6CA 3SMSA 1U2VB 5TKYA 4IJAA 1QHAA 1SAZA 1ZC6A 3VESA 2YJFA 4FL9A 3UKRA 1DEJA 4WQ4A 4BR2A 4CBUA 1BO5O 1HX1A 1RGIA 2ZF5O 3AAQA 3AARA 2FXUA 4FWOA 3L0QA 3A5LC 4H0OA 1TUUA 3C0BA 3EL2A 3A5MC 3BP8A 1BA0A 3QBXA 5JMVA 1Z05A 2P9SA 1T6DA 2P9NA 2E1YA 2IVPA 3ZEUB 5BREA 2P9UB 4CZJA 1HKCA 4O5FA 3QDKA 4FPAA 3ULEB 4BRNA 5ADXH 1HKGA 3C7NB 3L4IA 4PKHA 2IVNA 3ZX2A 2ZGZA 3VEOA 1KXPA 4B1YB 3U4LA 4BC4A 2FF3B 1GLBG 2Q0RA 3DJCA 4JNEA 3ZEUA 1H1VA 2P9UA 3M1FA 4YDUC 1NGEA 2F9WA 2WUSA 3ZETB 3VGMA 1EQYA 1LCUA 3LDQA 4BRLA 3ULEA 1GLAG 3IMXA 3QMLA 2D4WA 1NGIA 2QM1A 4M7XA 2YCHA 3W3DA 2HF3A 3SLCA 4AM7A 3KVGA 5BRDA 4M7YA 3A5OC 3VF4A 5BN9A 1HLUA 3IDHA 3M6GA 4H5RA 3BUZB 4B1XB 4BVOA 5AQOA 3D2EB 2FF6A 4FWRA 3CQYA 3ZETA 5AQFA 1X3MA 2P9KB 3WXKA 4H0PA 2YHYA 4QS7A 2PBDA 5B8HA 3QICA 1XQSC 2GELA 1KAXA 3EKUA 3WQUA 4H5NA 1S3XA 2A5XA 1NWKA 1NGBA 2ASOA 1D4XA 2E88A 4ISEA 5AQYA 3H1VX 2QWNA 3J8AA 4CZGA 3JS6A 5AQMA 1NLVA 4ISFA 5AQSA 4XH4A 5ELZA 3WQTA 3D2EA 3ATUA 4PKIA 2P9KA 5EVZA 3O1BA 2D0OA 4BVPA 4I6MB 3LDLA 1K8KB 4MLHA 5FPNA 4MO5A 4KBOA 3CJ7A 5AQVA 3I33A 4BRKA 3CI5A 4BQZA 4K42A 4E1JA 4FWNA 3WXIA 4FWQA 2P9IB 3SJHA 3QBWA 2V7YA 4NB4A 3UB5A 5AQNA 5LJVA 4BC5A 4I6MA 1YXQA 5BRFA 1K8KA 3LDPA 5KPTA 4CZHA 4QS8A 1NM1A 3EO3A 3CJBA 2A3ZA 3ZX0A 1R59O 4BR5A 3FE1A 3U8XA 1IJJA 3FGUA 4CD1A 2OANA 2A41A 3LM2A 3UE5A 4PKGA 3AAPA 3LDOA 2UYTA 2P9NB 2ZGYA 4RTFD 1GLFO 5AQUA 4FWMA 4IWVA 4CBWA 2P9IA 1GLEG 2VCPA 5E26A 3MDQA 4WYBA 5LY3A 4JHDB 3WT0A 2EWSA 3GDQA 3FZHA 2IVOA 3AY9A 3HI0A 3CJ1A 3JXUA 3O08A 4QS9A 5EXWA 3U9DA 1QQNA 1BG3A 3A8YA 4FWKA 4DCHA 1NGCA 1LOTB 3R9PA 3S41A 3B8AX 1HPMA 1QQMA 4XH1A 2HMPA 1JCEA 1QZ6A 1ZBSA 3MN7A 3VERA 4EAHD 1IG8A 2CGJA 1ESVA 5BRHA 2D1KA 1SZ2A 4JHDA 1GLDG 3CHWA 2E1ZA 1BA1A 2GTDA 2HOEA 1HKBA 2Q0UA 2YI1A 3QFPA 3BF3A 5F0XA 1QQOA 1G99A 1NGDA 1JCFA 1J6ZA 3RSEB 2E8AA 4BGBA 4NO7A 3FLCO 1TUYA 4CZFA 3VEVA 2J4RA 2I7PA 1NMDA 4BG9A 4BRMA 3DXKB 4BREA 4JAXA 2CGLA 1C0GA 5ADXA 1BWFO 4A2BA 2QXLA 4EIAA 5BPNA 3ID8A 5AFUH 4BRQA 4BRHA 3HSCA 4BC3A 4XEIA 2KHOA 4YDUA 3RSEA 3D2FB 4BRIA 2D0PA 2Q1NA 1CZAN 3KZBA 4EFHA 4BRCA 4Z94A 3CIPA 3A0IX 1MWMA 4CZEA 2ITMA 3HBTA 3DXKA 1NBWA 2FSJA 4FO0A 1JCGA 3FZFA 4RCHA 3SMPA 3A5NC 3WEEB 4BRPA 2P9PB 3WXJA 2E2OA 3H45C 1QZ5A 4BR9A 5KQDA 1MA9B 1HUXA 3D2FA 4BR4A 3FZKA 4A2AA 4IJNA 5JLFA 3UKUB 3HM8A 4JN4A 4FOIA 4L3QA 1ATNA 2W40A 4BRAA 2NRHA 3GG4A 5LJWA 3DAWA 1Y64A 5AQGA 3VPZA 2A42A 5AZJA 4ISGA 2Q36A 3WEEA 2YJEA 3GE1A 5F1XA 2I7NA 4EHTA 2P9PA 4CD3A 3VGKA 2VWBA 4RWTA 4CI6A 2DPNA 5FPMA 3W0LA 4B9QA 4DHYA 1KAYA 3GL1A 3O1WA 5KQ8A 2W41A 4FOEA 4CZMA 4HTLA 3O8MA 3MN6A 4H5TA 5AQTA 3ZX3A 4FPBA 5AQIA 3UKUA 4MO4A 3VEWA 3VGLA 4CBXA 3MK6A 3GBTA 2GUPA 3FZLA 1WUAA 1GLCG 1ZXOA 2GWKA 3CETA 4Y0WA 4LC9B 1NGAA 1YAGA 4J8FA 1SQKA 1YUWA 4K41A 1E4FT 3VEXA 1ATRA 1X9JA 2BTFA 2E2NA 3DXMB 1XUPO 2CH6A 3R6MA 1MWKA 1NGHA 5AQHA 1RDWX 1X3NA 2V7ZA 4M63C 1KAZA 3QFUA 4CZKA 2V52B 1BDGA 4BR0A 5BPLA 4BRGA 4A62A 4WQ4C 3OHRA 2NLXA 4AM6A 2A40A 4H0VB 4CJ7A 4FWPA 5AQRA 5KPRA 5EOYA 3L6QA 3M3ZA 4BRFA 2Q2RA 3TU5A 2YHXA 3DXMA 2H3GX 1RFQA 3MMVA 4H0YB 4WQ5C 1Q18A 4H0XB 1HJOA 2QW9A 1TYQA 3LM9A 2ASMA 2FSKA 2QWRA 4BRDA 3VENA 3H3NO 2Q97A 3P4IA 4K43A 3VOVA 1C0FA 1V4SA 3VETA 2ZWHA 3HTVA 3ATVA 1ATSA 4CZLA 2CH5A 1U2VA 4WQ5A 5I9EB 1WOQA 3VEZA 4B1VA 2GEMA 4MLEA 2GWJA 3GOIA 4CZIA 1S22A 5FPDA 5AQLA 1NGFA 3ENHA 1OKJA 5AQJA 5BR9A 4FSVA 3R8EA 1BUPA 1GLJO 3FFKB 5AQXA 2AA4A 3WXLA 4IZ9A 3I8BA 5EX5A 3IUCA 3TPQA 3BF1A 5AZIB 3WUHA 1NGJA 3CJCA 3O6WA 5AQKA 2P9LB 1DGKN 2PAVA 3D7EO 3VF2A 1MDUB 4IXCA 4H5VA 3CERA 1YVNA 4B1UB 4C23A 3BEXA 4H0TB 2IIRA 3DWLA 1GLLO 3C7NA 3IFRA 3H46O 1NGGA 1E4GT 5AZJB 4BC2A 2Q31A 4FWLA 3EN9A 4B1WB 2CGKA 4PL8A 2QWOA 4IO8A 2E20A 3VEYA 4JD2B 5AZIA 5AFUA 2P9LA 5AQWA 2E2PA 3CQXA 1BU6O 4PL7A 4HWIA 2A6AA 4DB3A 2FSNA 2NZTA 3MN9A 5AR0A 4FWSA 3F9MA 2QWPA 1P8ZA 4GY2B 4BGAA 3CJAA 5CE3A 2E2QA 3VF6A 2F9TA 5JLHA 1T44A 2V51B 4JD2A 4H5WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FR0A 2FBVA 1N33K 1GOAA 1BIUA 3OYDA 3U9ZA 3ENOA 4IEEA 1NJIO 2HHWA 3MCPA 2QWMA 5K14A 4H4OA 3HT3A 3NH1A 1VQON 2ETJA 4OKJA 4MFBA 2FLOA 3CPWM 2DFHA 4JKGB 2Z1GA 2ASPA 2AP1A 3SUPA 4B3TK 4PWDA 2HF4A 5KPZA 1Z6RA 4ILHA 1NK6A 3O80A 4GV9A 1BOTO 3T1HK 3ZSWA 5AQQA 5AQZA 4FJMA 2QWQA 3G25A 3MX5A 4B1ZA 1YTAA 3TTDA 4E19A 3CFOA 1T6CA 3SMSA 4BDZA 3E9OA 1YJWN 3F2KA 1FXXA 1QHAA 3NDKA 3S3MA 4DS4A 5T7BA 2OZMA 3VESA 1HRHA 2YJFA 3G0ZA 1B9FA 2OPPA 4CEOA 4KTWA 4WQ4A 4BR2A 4FJLA 4EZ6A 1BO5O 1RGIA 3D45A 3KK7A 5M1FA 3A5LC 4A57A 1RT5A 4B3RK 3EL2A 3A5MC 1SKRA 5JMVA 2RPIA 2B5JA 1T05A 3SAHA 2IGIA 2P9NA 3TTFA 2YX6A 5DMRA 2IVPA 2OPSA 1TVRA 3NGIA 2ZJPL 1TK5A 5J2PA 3VQAA 3SQ4A 4BRNA 1HKGA 5HL7L 5M1PA 4PKHA 2IVNA 5HRSA 2F7TA 3OYJA 4B1YB 4W5RA 4KI6A 1KFDA 2Q0RA 3CM6A 1H1VA 3M1FA 4YDUC 3ZETB 2VG6A 2QKKA 5HRRA 5C12A 2QK9A 1RDDA 1IKYA 1HQUA 2KLAA 2D0BA 2Q3SA 3SUOA 2HF3A 2BH1A 1KFSA 2FBYA 4QAGA 5AJ3K 3KVGA 5BRDA 3A5OC 1FJGK 1RT7A 3IDHA 4CHOA 1T03A 4BVOA 3E01A 3RTVA 1K9MO 4IOCL 3OYLA 1WAFA 3PSIA 5IWAK 3SQ2A 3HVTA 1LV5A 1BGXT 2IOCA 4QS7A 3KLGA 3L2UA 4YNQA 2KTQA 1KAXA 5HOOA 3CCVN 3WQUA 3V1RA 1RDUA 2A5XA 3WNHA 1HJRA 1NGBA 2ASOA 1L3UA 3EYZA 2O8BA 4ELTA 3JAMO 2HHUA 3G4SN 4OX9K 3I55N 2D0OA 5I42A 1K8KB 4KHYA 1OH8A 1X9SA 4Z0UA 2YKMA 1HR0K 5AQVA 4CIGA 4Y1DA 4CVNE 4BRKA 5KRTA 4JI0K 3WXIA 4CJTA 3SQ0A 2P9IB 3CG7A 2O8CA 3PUFA 4BC5A 1LWCA 5BRFA 3ASMA 1W7AA 3ZX0A 1NOZA 4BDPA 3FE1A 4CEZA 4OGEA 3K5LA 4IFYA 1WSIA 5SWMA 2OANA 3TAFA 2G8IA 3UE5A 4PKGA 4CW7B 3P39A 4F4KA 3U6FA 5M1QA 5J2NA 2LSNA 4FWMA 1GLEG 5E26A 3VTHA 4WYBA 3UIQA 4A5BA 4HHTA 2EWSA 4DTMA 3FZHA 3HI0A 4O0JA 3OYKA 3O9SA 1BG3A 4FWKA 4DCHA 3C6AA 1D9FA 1HPMA 2O8DB 3MCAB 1QZ6A 1XC9A 4WFNL 3P1GA 3TI0A 4OO1J 4FYDA 5GAGP 4FM0A 4XIUA 4JHDA 4HUGA 1GLDG 3HP9A 1Q8IA 3DMJA 2GTDA 1ZBHA 2Q0UA 1SL1A 3QFPA 4YOXA 3V9UA 3J81O 3NGZA 4FZXC 3KWGA 2NRRA 2UXCK 4FLVA 2E8AA 3KK2A 3IS9A 4ID5A 4E7KA 3LWLA 4CZFA 3SV3A 1EP4A 2J4RA 1WN7A 4BRMA 4M3RA 1C0GA 4DTSA 1BWFO 4CF0A 2HHQA 1L3SA 4BY9C 1BL3A 4AH9A 3HSCA 2QEXN 3DOKA 4XEIA 2KHOA 1BIZA 1L3TA 4YDUA 1K73O 3SZ2A 2DY4A 4EFHA 1RDBA 1MWMA 1S5JA 4CEFA 1T3VA 3HBTA 4JEPA 5CHIA 4NLCA 3C65A 3LALA 1EWRA 4BRPA 1U48A 4HUEA 2P1JA 4LSLA 4FK0A 1F21A 4GKJK 1I3AA 3HP6A 4A2AA 3DOLA 1KVAA 3QETA 2XY6A 4LFBK 2W40A 3AA3A 2NRHA 2YNHA 5LJWA 1QS4A 3I0SA 3VQ4A 2YNGA 2YJEA 4CD3A 4DV0K 1FKOA 5IT9O 4DSEA 4DS5A 4CFCA 3DRSA 4FOEA 3LP2A 4CGJA 3O8MA 4CK3A 1YIJN 4H5TA 3QERA 5D3GA 5AQTA 1UA0A 4FPBA 4CK2A 4KRFA 5AQIA 1Q81O 3ZT1A 4KI4A 3MK6A 1S9EA 2GUPA 5CR4A 2GWKA 3CETA 3LP1A 3O9UA 3J7ZO 3THWB 3AGRA 4LC9B 1NKCA 4K41A 4J8FA 1YUWA 4E3SA 1C1BA 3HRGA 4OPAA 2OYQA 2E2NA 4W5NA 2CH6A 3NF8A 4KHWA 1KAZA 4FLXA 1ILYA 2WONA 3V9ZA 1D5AA 4IKFA 4BR0A 5BPLA 1RBVA 4FZZA 3L4QA 3OHRA 1NK5A 3VA3A 2R7YA 4DU4A 4CEBA 3ZT4A 1EWQA 5KPRA 4DR2K 4CJEA 3VA0A 4DQIA 3TU5A 3DXMA 3M5RA 1EX4A 3E66A 4H0YB 1WAJA 1TKXA 1LW2A 1YT3A 2QW9A 4I2QA 3H3NO 3P4IA 4K43A 3F9KA 3OBWA 1JXBA 1V4SA 4NYNA 2NRVA 4WFBL 1JXEA 4CZLA 1IBMK 3QO9A 3ISNC 3D0PA 4WQ5A 5LL6Z 1QSSA 5I9EB 3VEZA 3VQ6A 3KK3A 4IO9L 1S22A 4CFAA 5FPDA 4N76A 1OKJA 3DLKA 1VQPN 1WSEA 5AQJA 5BR9A 3KLHA 1S1VA 1UWBA 1KD1O 3FFKB 2AA4A 3WXLA 1VQ7N 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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