2GUIA

Structure and function of cyclized versions of the proofreading exonuclease subunit of e. coli dna polymerase iii
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
ITRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure and Function of Cyclized Versions of the Proofreading Exonuclease Subunit E. coli DNA Polymerase III
rcsb
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 58
structure length 176
sequence length 176
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2guiA00
3SYZA 1W9HA 1S1XA 3VQAA 4IBNA 3HPOA 4N41A 2X6NA 5FRNA 3NFAA 2YNFA 4FM2A 2VG5A 5EU7A 3QEXA 2BDPA 3MEEA 4CEAA 3OYBA 4B9NA 3O4QA 4DMNA 4GW6A 4QCLA 3AVHA 1LW2A 5J2QA 4ELVA 2G8IA 3ZSXA 4LD0A 4DFMA 4CGGA 1Z25A 4FJNA 3SUPA 5HP1A 3SJJA 3G0ZA 3WNFA 3ITHA 3JSMA 1D9FA 4LY7A 3K2PA 3PV8A 4CJPA 1RDCA 2KW4A 4CEQA 2YHBA 1KLMA 4EZ9A 3D45A 4CE9A 2P51A 3DLRA 3K5MA 2HNZA 1XI1A 4Q5VA 1EX4A 3DLKA 2B5JA 3C95A 3VQPA 1RBUA 3S3NA 4BWMA 1KVCA 4N76A 3JYTA 3RMDA 5FRMA 3MEGA 1WSEA 4DU4A 3QESA 3OYEA 1NJYA 4Q0BA 4CESA 4HCBA 4JRPA 1DTQA 2FBYA 2G8KA 4CF2A 1VSIA 4DFKA 2QKKA 1IKVA 4CIGA 3ZT0A 3AO1A 3NGIA 2HW3A 2WOMA 2E6MA 3LAKA 3NBPA 4BE2A 3RR7A 1KFSA 1Q9YA 2YNIA 4KFBA 4CJQA 1JKHA 3TI0A 4ZTJA 1U4BA 4GVMA 3SQ2A 4CEEA 4EZ6A 2HHWA 2DFEA 3PO5A 1KTQA 3KLIA 4M3YA 4MFBA 4I7FA 4W5NA 4CGDA 1G15A 2JLEA 4CF0A 4KHNA 1IO2A 4JS5A 2ZE2A 3TAFA 4C8OA 3V1OA 4DQSA 3SQ4A 1MU2A 1X1PA 2WONA 4KAZA 3C94A 4FLUA 1IH7A 4F3TA 4FZYA 2ZD1A 3ZSZA 4CIEA 3OYNA 1NK8A 4PUOA 2HHXA 1LWCA 1HYVA 1BQMA 3ZSWA 1RT3A 3NGYA 1JL1A 4CGJA 1KVAA 1RDBA 3TWHA 1RILA 1XHXA 4O44A 4F2RA 1HQEA 1JLCA 1IKWA 2I5JA 4LSLA 2P5GA 4RW9A 1TK5A 1L3UA 4OPJA 3OS1A 1WNSA 2G8FA 4J2EA 3HJFA 1NOYA 3KTQA 4RW6A 3TARA 4KI6A 3PO4A 5FDLA 2FBVA 4F2SA 4OKEA 3IG1A 3KK3A 3SV3A 3LP0A 3U6FA 4E7KA 3IAYA 1S1VA 4M3RA 3L2VA 2PY5A 4FLTA 4HUEA 3I0SA 3SUOA 1TKXA 3DLGA 3DRRA 1JL2A 5I3UA 3OVNA 4DSEA 2PZSA 4K8ZA 2EHGA 3O3HA 4DSKA 4FJHA 5FROA 4B9TA 4PY5A 4Z0UA 4DQIA 1B92A 3T19A 5J2NA 4AHSA 3F9KA 3V1RA 2XY6A 1A5WA 5I42A 1I3AA 4Z4GA 1UOCA 4LH5A 1N5YA 3P5JA 5CY4A 4HUFA 4KHUA 1RT1A 3LAMA 3SNNA 4AHVA 3VN5A 3OY9A 3TANA 1KSPA 4B3OA 1TKTA 3RRGA 4C8NA 4KHYA 4I2QA 4DFJA 4CGIA 1LW0A 4NCBA 1UWBA 3DI6A 5J1EA 5D3GA 3VQQA 4KB1A 1J5OA 3SQ1A 1HYSA 1EKEA 3L2WA 2W42A 3O3FA 4BDYA 3TAMA 4G1QA 4BE0A 1C0UA 1RBVA 3V1QA 1N6QA 1F21A 3M8SA 4FZXC 4OLBA 1VSKA 1HNVA 3DMJA 4CHYA 2HMIA 1UA0A 4AILC 2KFNA 2DFHA 1ASVA 2IS3A 1NOZA 3E01A 4E1MA 3SV4A 4HCCA 4KHWA 3T1AA 3KLFA 3K5NA 4FCYA 1J53A 1TL1A 1HPZA 4IFVA 4H4OA 5KRTA 4CGFA 4W5TA 4Z4IA 4KREA 4PQUA 2PYLA 1SL0A 3S3OA 3U3YA 5CYMA 2FC0A 1A5VA 4N47A 1HNIA 3CFRA 3C6UA 3LP2A 4CFBA 3AO4A 1RT5A 4Z4CA 1LAWA 5J2MA 1D9DA 3SQ0A 3G10A 3HSTB 3HP6A 4AHCA 1JLGA 3ZT2A 4CHPA 1TL3A 3KK1A 1Q9XA 1RCHA 3V9ZA 1NK5A 1NJXA 3L2RA 1NKCA 2YKMA 1FK9A 5DK5A 5K14A 1KRPA 4BE1A 3PX0A 1I39A 3K57A 3H08A 3M8RA 1TK8A 1J9AA 4CFAA 4FLXA 1YTAA 2XY7A 1NJZA 1SL1A 4CJ3A 4FJIA 4FXDA 3VQBA 4CF1A 2OA8A 2Z1IA 4NYNA 5T7BA 4ELTA 3KLGA 5C24A 3UIQA 1RTDA 4DF4A 2D5RA 4I9QA 4QOZB 4CJTA 4BACA 1LAVA 1WSFA 4PWDA 1U47A 1BL3A 1JLEA 1XWLA 4KO0A 1RTJA 2RKIA 4CGHA 3U3GA 3ALYA 3SCXA 3AVFA 1VSMA 1RT4A 1GOCA 4KTQA 3MECA 2E6LA 3K58A 3OYMA 3QINA 4F8RA 1CZ9A 4DTPA 2QKBA 3NE6A 3HYFA 1FXXA 1VSJA 4TSXA 4CEFA 4B9UA 3HO1A 2NUBA 4DTOA 2VG7A 4HTUA 4CF9A 3OYGA 3A2FA 3BGRA 3P83D 3OYHA 3NCIA 3AA5X 4KKOA 4DU3A 1VSDA 3MEDA 4Z4HA 2HHTA 2Z1GA 3AVJA 1S1UA 4AH9A 4M42A 4NYFA 4F3OA 3OYIA 3V9XA 5KRSA 2Y1JA 4E7JA 2Y1IA 1BCMA 4Y1CA 1S6QA 1WSHA 4ZHRA 1SKWA 3QNNA 4CF8A 2O4IA 3OYDA 4ID5A 1JLQA 4KTWA 1L3SA 1W0HA 5HRSA 5KI6A 4CEZA 3VQDA 4J2DA 3I0RA 1C1BA 1K6YA 2Z1HA 3NH0A 3AVMA 4CJSA 5KTQA 3ZSYA 3AA2A 4BWJA 1SL2A 4FJGA 4ID1A 3HPHA 2YV0X 1XC9A 2DY4A 1VRUA 1RBTA 3HXMA 1IKYA 2RN2A 4DLGA 1YT3A 3V9UA 3HVRA 1RDDA 3NF9A 3OYKA 3VA0A 3LPUA 1VRTA 2FBTA 3OYLA 2HB5A 4NCGA 2HVIA 4O0JA 1S1WA 1BHLA 4O0IA 3OS2A 3NGZA 2HVHA 3KLEA 1ASWA 1BI4A 3DRPA 3DOLA 4RW7A 5DMRA 1RBSA 3VQ9A 1TK0A 2P5OA 4M3ZA 3HL8A 1T7PA 3PX6A 4H4MA 1S5JA 4C8KA 2IC3A 4B9MA 4CJEA 1EETA 3IRXA 3EZ5A 1CLQA 1JLFA 3CG7A 4H8KA 4DTRA 1TGOA 3L3UA 3OYCA 3DRSA 4C8MA 2FBXA 3MXIA 4Y1DA 4QAGA 3SUQA 2HNDA 4DS5A 3PY8A 1VSHA 3HK2A 3DM2A 1TKDA 4M45A 1CXUA 1GOBA 1TV6A 2B4JA 2VWKA 4MQ3A 1DTTA 5HRRA 3EYZA 4CHOA 3L3VA 4M3TA 3AVNA 3VQCA 1LV5A 3KKRA 4FZZA 1Z26A 3L8BA 4IDKA 1RDAA 2Z1JA 2BANA 4OJRA 5HLFA 3B6OA 4IG3A 4FW1A 4NCAA 4FJ9A 1IG9A 4CFCA 2GBZA 4B9VA 5KGXA 3BDPA 2OZMA 4DTSA 2YHAA 4FW2A 1NKBA 3HVTA 3NF7A 4EP4A 1D8YA 4WE1A 3QNOA 1GOAA 4E19A 4J2AA 1KVBA 1WAJA 3LZIA 3WNEA 4CJVA 1UAXA 4DQRA 1HQUA 3KKSA 1L3TA 1R0AA 3CM6A 2OPPA 1X9SA 5SZTA 1NK0A 4CK2A 3CQ8A 3MXMA 3KD1E 1CXQA 3RWUA 1JXEA 4FVMA 2G8WA 1C1CA 3ZSOA 2XO7A 3LZJA 3PX4A 2KQ2A 2BGGA 5E41A 4W5QA 1C0MA 2BE2A 2ITGA 3TAGA 1T03A 1BQNA 2KFZA 4AHUA 3NHGA 4J2BA 3NH1A 3TAPA 1T05A 4B9SA 4DSIA 3SI6A 2F8SA 1C6VA 1FKPA 3QLHA 4CJ4A 2YNGA 4M3WA 3AVBA 1KFDA 3ULDA 1QQCA 4CECA 4K8XA 1VK0A 4FJKA 4CJLA 3OJUA 2IOCA 3PUFA 4AHRA 3V9SA 1BISA 4DFPA 3EY1A 2XRIA 3DLHA 4O55A 1D5AA 3RRHA 1ITGA 1EP4A 2IGIA 3CM5A 3QEIA 3IS9A 1B9DA 4I9LA 5HRPA 3HT3A 4CK3A 2YNHA 4E7IA 3RMCA 3SUNA 2XHBA 3AVCA 1NK9A 2IDOA 2JGUA 3VQ5A 3V81A 1ZYQA 5C42A 2R7YA 1NJWA 4DQPA 4FLWA 5HROA 1QSYA 2ETJA 3AO3A 4RG8A 1WLJA 3TAEA 4B8CA 1QTMA 2D0CA 3DOKA 4FYDA 1U49A 1QHTA 1SKSA 3ASMA 1C1AA 3QIPA 4O4GA 4HVJA 3KD5E 5JS1A 1JLAA 4HUGA 5HRNA 4FM1A 3FFIA 3NH2A 3RTVA 1L5UA 4M3XA 3VQ8A 4DTUA 1YTUA 3DLEA 3QEVA 4CJWA 4CJRA 4OPKA 2ATQA 4IFYA 1WN7A 4CERA 4DTMA 3V6DA 1X9MA 1WSIA 1FKOA 1C0TA 3ZSRA 3OYJA 4FJMA 1EXQA 3VQ4A 2GV9A 1WSGA 1XHZA 3TR8A 4FLZA 2KZMA 3ZCMA 2X6SA 3SPYA 3OYFA 1SKRA 4B9LA 4DSJA 4N56A 1QS4A 4FJXA 2EX3A 1VSLA 3M8PA 2F96A 2HHUA 1TAQA 5HBMA 1NK7A 4KB0A 3CFPA 1O1WA 3B6PA 2RF2A 4YFUA 4B8AB 3K5OA 1KCFA 3QIOA 5CZ2A 2OPQA 3OJSA 3ZSQA 3KK2A 3MAQA 4DS4A 1SV5A 2OYQA 1ZBLA 3QETA 3O4NA 1L3VA 2E4LA 2X74A 4DSFA 1WAFA 4FLYA 4L8RB 1JXBA 4CEDA 2OPSA 2HHSA 3WNHA 1S9EA 4IG0A 1T8EA 4DLEA 5SWMA 2RPIA 3I8DA 4CIFA 1NKEA 4ICLA 3L2QA 2GUIA 1HMVA 4CEOA 4W5RA 2A1SA 2YKNA 1RTHA 1JLBA 2P1JA 4E7LA 4DWIA 2HHVA 4E1NA 4BDZA 3T3FA 1X9WA 4DQQA 4JLHA 3O3GA 4YNQA 3LALA 2G8VA 1REVA 2G8HA 1VSFA 1U04A 3QEPA 2O4GA 4E0DA 1U45A 1RT2A 4PA1A 3K5LA 1ZBHA 5J2PA 3ZT3A 3KLHA 4EP5A 4CHNA 4OGCA 4XIUA 3S3MA 4DSLA 4CJUA 4W5OA 2LSNA 1RTIA 1QSLA 3AVIA 1BCOA 3TAQA 4FJ8A 4E89A 4DU1A 4R5PA 4Z4FA 3LP1A 3LWLA 4FJ5A 2ZQBA 4N5SA 4E3SA 1ZBIA 3P1GA 4ZTFA 2D0BA 1SUQA 4GMJB 4UQGA 4KI4A 2AJQA 3VQ7A 4OLAA 1ZBUA 1RT7A 4KPYA 1BIUA 3ZSVA 3WNGA 1QSSA 3AO2A 4LSNA 1HRHA 4B08A 1VSEA 1BIZA 1UA1A 5KGWA 4OKJA 5JS2A 1ASUA 4CHQA 3LANA 1IKXA 2KTQA 3THVA 1RT6A 3QERA 4FK4A 1TAUA 3LP3A 4DTJA 1HYZA 3D0PA 4OGEA 3DLBA 2X78A 4CEBA 4CFDA 1BGXT 1WSJA 1Y97A 1YVUA 3AVGA 3M8QA 4I2PA 2A1RA 4OVLA 2QXFA 4JS4A 3ZT4A 3L2UA 2B6AA 3VQ6A 3F73A 2PYJA 4KHSA 4CJFA 3AO5A 1S9GA 3C6TA 2VWJA 5CZ1A 4CJKA 1KLNA 1CZBA 4FLVA 3V4IA 4HHTA 3CFOA 1DLOA 3RMBA 4DTNA 3DYAA 4JRQA 2HNYA 1B9FA 1NK6A 3QO9A 1RNHA 3NAEA 3HM9A 4DF8A 3ISNC 1HJRA 4RW4A 1Q8IA 4M3UA 3HP9A 1S1TA 3NF8A 3LDSA 1QE1A 1LWFA 1U48A 3AV9A 4M41A 3KJVA 2HHQA 4OKKA 3K59A 1BI4B 1RBRA 4C8LA 4CK1A 3LWMA 4ELUA 2XY8A 4AHTA 4O5BA 3ZT1A 2OPRA 3NDKA 2DTUA 3OS0A 2QK9A 2F8TA 3LPTA 4KV8A 4F4KA 3RMAA 4CHZA 2Q3SA 3SPZA 3QEWA 3AA3A 5C25A 2VG6A 4FM0A 4CJ5A 3OYAA 2G8UA 3AA4A 4BDPA 3TABA 1S6PA 3V9WA 1NK4A 4FJ7A 4FK2A 3MXJA 5CYQA 4KHQA 1A5XA 1ZBFA 3SZ2A 3S9HA 4IKFA 4LH4A 4KRFA 3RR8A 4DTXA 2XY5A 3VA3A 4DG1A 4CCHA 4FJLA 1J54A 4E7HA 4KTZA 3AVLA 1TVRA 2OZSA 2DFFA 2KZZA 4FJJA 2IAJA 3VQEA 4RW8A 3HPGA 3NF6A 4Z4EA 1TKZA 2D0AA 3AVAA 1LWEA 3AVKA 4FK0A 3KIOA 3CYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQAA 2GTDA 2X6NA 2H3GX 2VG5A 1H1VA 3MEEA 3OYBA 4DMNA 3CETA 4BRPA 4DR3K 1C0GA 5J2QA 2G8IA 3ZSXA 4DFMA 1VQON 2Q97A 1S72N 1TUYA 3G0ZA 3ITHA 4LY7A 3K2PA 4X66K 3D45A 2HNZA 1XI1A 4KH5A 1I94K 1EX4A 3C95A 4YOWA 3S3NA 1KVCA 5FRMA 5AQKA 2E20A 2O8EB 4DU4A 4Q0BA 1NJYA 5AQHA 2FBYA 3P39A 4CF2A 3SBTA 3WQTA 1GLEG 4IEIA 3M1FA 3NGIA 3T1HK 5BR9A 3LAKA 2FSNA 1U4BA 4X64K 4CEEA 3PO5A 4M3YA 4MFBA 3O08A 2JLEA 4IDHA 2HOEA 3V1OA 1X1PA 4IJNA 4JHDA 4CIEA 1NK8A 4WCEL 1E3MA 2E2QA 2AA4A 1RDBA 1RILA 5DM7L 1HQEA 2A6AA 4NXNK 3SMSA 3ID8A 3ZETB 3OS1A 5AFUH 1XQSC 3KTQA 3KK3A 1HKBA 3MX5A 3I0SA 2HBKA 1JL2A 2PZSA 4K8ZA 4O8KA 4FJHA 5FROA 3C7NA 3ZX2A 4B9TA 4B1WB 1T44A 3T19A 2XY6A 1I3AA 1UOCA 3P5JA 4HUFA 4AHVA 1ATRA 3TANA 1KSPA 2FXUA 3T69A 4XH4A 4BRGA 4CGIA 4DFJA 4NCBA 1HYSA 4KB1A 1J5OA 4BRHA 5AFUA 4JD2B 4A59A 4IZ9A 3L2WA 3TAMA 4M7YA 2W42A 4FL9A 1OKJA 1QZ6A 4NLBA 2NRXA 5C2DA 4CHYA 4JK7A 2CGLA 1G99A 3E01A 3TU5A 3UKRB 4WQ4A 2E8AA 3KLFA 3WEEB 4FCYA 4H4OA 4CD3A 4NO7A 1SL0A 1T6DA 1YUWA 4GV9A 1A5VA 1HNIA 3CFRA 3F9MA 3MN9A 3LP2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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