2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
molecule keywords ROK family protein
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
3KVGA 2GTDA 3LL3A 1C0FA 3HSCA 1R59O 2W41A 4CBUA 2P9LA 1NGEA 3CJCA 2Q36A 3MN5A 1SQKA 1ESVA 3QFPA 4BVOA 2QWMA 3FR0A 3CJ7A 3MCPA 4BGBA 5AQIA 5BN8A 3UKUA 4K42A 3VGLA 2FF6A 5EVZA 5AZIB 4JAXA 1MDUB 2AA4A 3U8XA 3A0IX 2A6AA 3J8AA 3O8MA 5AZJA 5BPNA 1ATNA 1TUYA 1X3NA 3MMVA 2DPNA 3SMSA 4B9QA 3LDPA 2P9PA 3OHRA 4H0OA 4A2BA 4B1WB 4A61A 3D2EB 4FWRA 3L0QA 3DXKB 3UB5A 3O4WA 3S41A 3VEZA 2Q1NA 5ADXH 4E1JA 5AQVA 3G25A 4IJNA 1HKGA 2D0PA 4FSVA 5AFUH 1SAZA 1JCFA 3U9DA 4DB3A 5KQDA 3FZFA 4H5NA 1U2VA 2FSNA 3ZX2A 3H6EA 1T44A 5AQOA 4XH4A 4M7XA 4A62A 5BRFA 3FGUA 4FWPA 3KHYA 3LM9A 3ZX0A 4B1YB 4BREA 3C7NB 3O6WA 2ASOA 3CI5A 3FZKA 3RSEB 2HF3A 3CJ9A 2GWKA 4JHDB 4FPBA 4FWSA 2IVNA 4AM7A 2FSKA 3LDQA 4JD2B 5AQKA 5AQSA 1NGIA 5EXWA 5AQQA 4NB4A 3BP8A 4FL9A 3VEVA 4I6MB 4BRNA 1D4XA 1T6CA 3EKUA 4BR9A 3CJ1A 4MLEA 3VERA 4RWTA 3H1QA 4PL7A 2Q0RA 5AQGA 3WXJA 4B1ZA 3VEWA 4K41A 2A3ZA 4BC3A 1DGKN 1YXQA 2A42A 3A5NC 3QICA 4H5WA 5AQNA 1ZC6A 2E2OA 3IUCA 3VOVA 4BG9A 4BVPA 4CZLA 4H0VB 3DXMA 2I7NA 1XC3A 2P9LB 2W40A 2NLXA 3P4IA 3WT0A 3CERA 3R8EA 3H1VX 1ZXOA 2P9KA 4H03B 4PKIA 4BRPA 4FO0A 1E4FT 4F9OA 2E88A 4O5FA 3UKUB 2YCHA 1BWFO 2FXUA 2P9SA 2IVOA 3VEYA 5F0XA 3H46O 3WXLA 3MN7A 3SJHA 4PL8A 1T6DA 5AZJB 4DQ8A 1HX1A 5F2RA 5B8HA 1RGIA 2IIRA 3DJCA 2HOEA 3HBTA 4WQ5C 1NBWA 2P9PB 4CJ7A 1K8KA 1Z6RA 3LM2A 5KPRA 4FWOA 5JLHA 1BU6O 3FFKB 5AQJA 1HKCA 4BQLA 3HM8A 4BRHA 4BRGA 1NMDA 3BF3A 5ELZA 3L4IA 5LY3A 4QS8A 1NM1A 2J4RA 4CZGA 3IFRA 2F9WA 5FPMA 4MO4A 3M1FA 1KAYA 5BPMA 1Q18A 1WOQA 4XH1A 1BDGA 1U2VB 5E26A 2IVPA 3VF2A 3EKSA 5BN9A 5LJVA 1WUAA 3ZX3A 3AAPA 4PKGA 2A40A 3FZLA 1HJOA 4AM6A 3L6QA 4H0PA 1GLEG 4BROA 4GNIA 3MN6A 2FSJA 1NGJA 3A5OC 4NO7A 4RTFD 2V51B 4KBOA 4BR0A 5CE3A 2I7PA 1QZ6A 2P9IA 1NGAA 5AQXA 1U6ZA 2ZGZA 1X9JA 2QWQA 4FOEA 4J8FA 4FWLA 5E84A 3BF1A 4B1UB 4CZIA 3VGMA 2P9NA 2CGJA 3ENHA 3WXKA 3U4LA 5AQHA 4CZJA 1DEJA 4CBXA 1OKJA 3ZEUA 3AAQA 3O1WA 3A8YA 3DXMB 1BOTO 2AP1A 3ZETA 2V52B 4WQ4C 4BG8A 4XEIA 3WUHA 3KZBA 4ISGA 4Z94A 2VCPA 5JMVA 2YHWA 3CJAA 1X3MA 4BRQA 5JICA 4QS7A 1RDWX 2P9KB 3IDHA 5AQYA 4EHTA 3VGKA 4FPAA 1ATRA 1IG8A 1NGBA 2P9SB 4EAHD 3H3NO 3W3DA 2YJFA 5EX5A 4K43A 2YI1A 3I8BA 1IJJA 4BR2A 1HLUA 4YDUC 1ZBSA 2HMPA 3GDQA 2ZF5O 5EOYA 5AQRA 3BUZB 1GLFO 1K8KB 1NGHA 1S22A 1QQMA 2E2QA 2KHOA 2ZWHA 3I33A 3DAWA 1NGCA 4CD1A 3QFUA 4EIAA 3M6GA 5AQFA 2D4WA 3FE1A 5KPZA 4BRIA 4EHUA 2P9UA 1V4TA 3VF6A 3CHWA 4FWKA 4CZKA 2CH5A 2E2PA 4CBWA 1GLDG 4H5VA 4ISFA 3A5LC 1QQOA 3LDLA 2V7YA 2Q31A 1CZAN 1J6ZA 5BREA 2ZGYA 3GOIA 5BPLA 5F1XA 2NZTA 2E2NA 2QWRA 3FZHA 3R6MA 3WEEA 3MDQA 5LJWA 3VEXA 3ULEA 1SZ2A 3QDKA 4JNEA 2VYPA 3TU5A 4FOIA 3GE1A 2H3GX 1MWMA 1P8ZA 5AQLA 5KPTA 4H5RA 2PAVA 3SK3A 2GUPA 2YHXA 4BR5A 3QBWA 1G99A 1KAXA 3D2FA 1TUUA 1QQNA 3UKRA 1KAZA 1NGFA 4BR7A 4XH5A 2BTFA 5EY4A 4L3QA 3MK6A 1GLJO 2CH6A 2UYTA 1EQYA 4WQ5A 4IXCA 1NWKA 4FWMA 4BC5A 3O5BA 4IWVA 1BA1A 4O8KA 2P9NB 3EZWA 2D0OA 1HKBA 3QMLA 5AQUA 3CQXA 4CZHA 4LC9B 3ZEUB 2QM1A 1XQSC 4ISEA 1BO5O 4WYBA 1C0GA 4K25A 3ZETB 2E1ZA 3M3ZA 4BR4A 1GLBG 4HTLA 3JS6A 4FWNA 4HWIA 3CIPA 4H0YB 3ATUA 2A5XA 2OANA 1JCGA 4BQZA 1TYQA 3JXUA 4IO8A 1YAGA 1LCUA 2WUSA 3H3OB 1GLLO 3VENA 4BRDA 3SLCA 4BC2A 1Z05A 2GEMA 2QWLA 5AR0A 1RFQA 2EWSA 5JLFA 4B1XB 2F9TA 2FF3B 5BRHA 5FPEA 4CZFA 2D1KA 4BRLA 1S3XA 2GWJA 3UE5A 3LDOA 3D7EO 2ASMA 1H1VA 4MLHA 1QHAA 1QZ5A 3TPQA 3O08A 3O1BA 3FZMA 1E4GT 4BRCA 4IZ9A 3ATVA 1GLAG 2NRHA 4M7YA 5KQ8A 3GL1A 2P9UB 3GBTA 1NLVA 4RCHA 4GY2B 4M63C 4Y0WA 4C23A 1GLCG 1KXPA 3FLCO 3W0LA 4WQ4A 3WEEB 2CGKA 4BRMA 3ULEB 4H5TA 2E20A 4BRKA 2Q97A 4MO5A 3CQYA 4IJAA 2QWNA 2HF4A 1MWKA 3AY9A 4FWQA 2FLOA 3D2FB 5AZIA 3HTVA 3VF4A 3CJBA 4DCHA 5FPDA 2QW9A 4BGAA 3UKRB 1MA9B 4CZEA 5TKYA 2V7ZA 4YDUA 3VESA 3VPZA 1ATSA 3EO3A 3ENOA 2VWBA 1BA0A 3A5MC 1NGGA 5BRDA 3BEXA 1Y64A 3D2EA 4H0TB 3DXKA 4DHYA 1BUPA 4A2AA 4CD3A 3HZ6A 4CI6A 4BRAA 5ADXA 4PKHA 2E1YA 2A41A 2QXLA 4BRFA 4JN4A 3AARA 2YJEA 5AFUA 3R9PA 1JCEA 3WQTA 3WQUA 4QS9A 1HUXA 2QWPA 1YVNA 5AQZA 3ID8A 1XUPO 1NGDA 2CGLA 5AQPA 1TYQB 3U9ZA 3QB0A 3C7NA 3RSEA 3IMXA 3EN9A 2GELA 4JHDA 3HI0A 3MN9A 2Q2RA 3GG4A 2P9IB 3DWLA 5AQTA 2E8AA 2QWOA 4JD2A 3LDNA 3VEOA 1BG3A 3SMPA 2Q0UA 5AQWA 4I6MA 5BR9A 1LOTB 1V4SA 2YHYA 5I9EB 4EFHA 5AQMA 3O80A 1DKGD 4H0XB 4CZMA 3WXIA 3F9MA 4BC4A 3H45C 3QBXA 1HPMA 3VETA 4B1VA 2ITMA 2PBDA 3CETA 2ASPA 2BUPA 3EL2A 1YUWA 5FPNA 3C0BA 3B8AX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HSCA 4LF4K 3F73A 4CBUA 1W2BM 1NGEA 3PX4A 4RG8A 4LF6K 1JXBA 4JI0K 3F5TA 3CJ7A 4PWDA 1U04A 3LALA 5CY4A 4BGBA 1T03A 2FF6A 3KLHA 3C95A 2QK9A 2IAJA 5AZJA 4KHPK 1ATNA 1TUYA 3MMVA 3AVCA 2BANA 2W6LA 3V1OA 4B9QA 5MLCQ 5HRSA 4H0OA 1X9MA 1JL1A 3D2EB 2RPIA 4CHZA 4WFBL 3DXKB 3O4WA 1VQ6N 4FJ5A 3DYAA 4C8MA 2F7TA 4CFDA 4FSVA 4LH5A 5AFUH 3RMAA 4DTXA 1HNIA 1SAZA 3U9DA 3PIOL 3P39A 3FZFA 1UWBA 3LP2A 4CJEA 1U2VA 4GKKK 2FSNA 4NLBA 4CK3A 1VQMN 1YIJN 1RNHA 4M7XA 4A62A 1IBMK 3TAFA 4AHVA 3KHYA 3LM9A 4KH6A 3O6WA 2GUIA 1GOAA 1T05A 4FPBA 5CZ2A 4FWSA 3C65A 4AM7A 4BWMA 1W0HA 4UY8O 3CCEN 2E6LA 2QEXN 2PZSA 1SL1A 4E7LA 4WF9L 5AQQA 2IS3A 3BP8A 4FL9A 4F3OA 4I6MB 4BRNA 1D4XA 4CFCA 3AO4A 2OCEA 1T6CA 3CJ1A 4MLEA 4DV6K 5E41A 3H1QA 3KLGA 4B1ZA 1ITGA 5KGXA 4FJHA 1U4BA 2Q3SA 1WSEA 1TK8A 5AQNA 1ZC6A 2E2OA 3DLKA 3IUCA 2KFNA 1CZ9A 2P1JA 4CJPA 4Y1CA 1HNVA 3K58A 4CZLA 1QS4A 4EP4A 3AVHA 5M1KA 3DXMA 3NGIA 4JI3K 1SKWA 1LW2A 3D45A 2HBLA 3DRSA 3K5MA 4JKBA 4CHOA 1VRUA 3HVTA 3H1VX 4H03B 3M8QA 1E4FT 1WNSA 2KTQA 1T3VA 1O13A 1T6DA 4DQ8A 5F2RA 1BCMA 4B9VA 3HO1A 2IIRA 3DJCA 2HOEA 4CGGA 3KJVA 2P9PB 4CJ7A 4DV0K 4EZ9A 3OYHA 5KRSA 1BU6O 4CJ3A 1BL3A 1TV6A 3DOLA 3HM8A 1D9DA 1NM1A 2J4RA 2O8CA 1REVA 1CXQA 4OPHA 5BPMA 4LFCK 2NRTA 4XH1A 1BDGA 4Y1DA 5E26A 3C94A 4B9LA 3EKSA 3PSIA 3VA0A 3K5NA 1FKOA 3CCQN 5JVHL 3ID6A 4M3ZA 1WUAA 3AAPA 5M1PA 3M8RA 3CXCM 4PKGA 4FLYA 1OH8A 2A40A 4DV4K 2NUBA 1C0UA 3BZKA 3FZLA 4DU1A 1LW0A 4AM6A 1TVRA 3THYA 4H0PA 4BROA 3I55N 4GNIA 1EWRA 2Z1IA 4OO1J 3A5OC 4RTFD 4JYAK 3T1AA 4NCAA 4KHUA 4B08A 4FOEA 1X9JA 4J8FA 4FWLA 3CMAN 4B1UB 4CZIA 1QE1A 2GBZA 2CGJA 4FVMA 3ENHA 4KB1A 3E1YA 4CIEA 2ZJPL 1OKJA 1C6VA 2HBMA 3OYIA 3SZ2A 2AP1A 4DSFA 4JI7K 2V52B 4N41A 1KLMA 3HPGA 5C24A 4BG8A 1LWCA 3PSFA 4JKAA 4ZTJA 4Z94A 3CCLN 2VCPA 2VWKA 3O9RA 5JMVA 4HTUA 3CJAA 3TAMA 4DTPA 4BRQA 1NK8A 4QS7A 4DQSA 4ID5A 4N76A 3VGKA 3M5RA 1U45A 1ATRA 1VSLA 1IG8A 3H3NO 3DLHA 3DRRA 2OPRA 2YJFA 5EX5A 4K43A 3ZSZA 2YI1A 1HLUA 4HCCA 4DQRA 3I8DA 1ZBSA 3TANA 1KC8O 2HMPA 4HUEA 3GDQA 5EOYA 3U6FA 4O0IA 4CHQA 1S22A 5GAGP 4FM1A 3MEEA 4CJQA 1VQON 5EU7A 2ZWHA 3DAWA 3SAHA 4J2BA 4CD1A 3CCJN 1XMOK 2HHHK 4NYNA 3M6GA 3VTHA 5CHIA 3KWGA 3QEVA 2BH1A 4CZKA 4DF8A 3LZJA 1HNZK 3OA9A 3HOTA 1S1UA 4CJTA 4H5VA 4ISFA 3A5LC 4E7HA 1BIUA 3KLEA 4RW8A 2NZTA 3EEQA 2G8HA 4CHYA 5HOOA 4JNEA 5C25A 4FOIA 2H3GX 4CEZA 4DU3A 3AO3A 4DS4A 1MWMA 4FJNA 4I2QA 1S5JA 4MDBA 1FJGK 4H5RA 2PAVA 4R5PA 3T3FA 5IT9O 4C1NI 3MXJA 1KFSA 3UKRA 1KAZA 3AO1A 1HRHA 4BR7A 4FK4A 3AVMA 1WBDA 3CFPA 5KTQA 2CH6A 3NCIA 2D0BA 2ZM6K 1DTQA 1K8AO 4DTSA 4O8KA 4R79A 4C8KA 3AVBA 3TTCA 2D0OA 4IDHA 3HOSA 3OS0A 1QQCA 4O0JA 1HYSA 2QM1A 1NKBA 3MWPA 4K25A 2E1ZA 3M3ZA 3OYKA 2Z1JA 3CIPA 3ATUA 4LF5K 1YVUA 2EHGA 1JCGA 1NKCA 3J7AP 1TYQA 4CF9A 4KV8A 3L8BA 1GLLO 2UU9K 3SLCA 4CVNE 1Z05A 2ZQBA 3NF6A 4JI5K 1RFQA 2O8BB 1L3VA 4X66K 4QAGA 5HRNA 3TR8A 2HHWA 4MLHA 1CZBA 1QHAA 3TPQA 4FVUA 5C12A 1VQ4N 5FROA 2EX3A 2Y1IA 3C6HA 1KD1O 2G8KA 4GV9A 2OZSA 1TL3A 3S3MA 1Q81O 4A57A 3FLCO 1BCOA 3ZSQA 3SQ4A 2GX9A 3HVRA 1SL2A 4JKGB 3CQYA 2DFHA 2NRRA 4KHSA 1S9GA 1MWKA 2PFUA 2XY7A 4FWQA 3HTVA 3CJBA 4JKDA 2QW9A 1MA9B 1WLJA 3DLLL 3AVGA 2V7ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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