2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
molecule keywords ROK family protein
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
4EHTA 2FSNA 3TPQA 4EIAA 3O5BA 3ZX2A 2QXLA 1Z05A 3AAPA 1D4XA 2E2QA 4AM7A 3D2EA 1NGCA 4FWMA 1ZXOA 3TU5A 2Q36A 4HTLA 1BUPA 1ATNA 3L0QA 4K25A 4RWTA 1R59O 3LDPA 4I6MA 5JLHA 1QHAA 4PKIA 3ATUA 3KVGA 4XH1A 1NGAA 1RGIA 3C0BA 3EN9A 4CBXA 2HMPA 3WXLA 3IUCA 3A5NC 1NGIA 3WEEA 4BREA 1NWKA 1Q18A 2V52B 4BRLA 3GG4A 2CGKA 4BRNA 1WUAA 3LDLA 4NO7A 2P9IA 3C7NA 3C7NB 1XQSC 1U6ZA 4Y0WA 5KQDA 5AQGA 2F9TA 2ZWHA 1X3NA 1DKGD 3VEOA 4FPAA 3H45C 4FWNA 4IWVA 5BREA 2P9LA 4IZ9A 2YHYA 1KAZA 2I7NA 3LDQA 3MCPA 4JAXA 4H5NA 4A62A 2ZGYA 4B1ZA 1NGBA 1BOTO 3U9DA 4BR9A 3I33A 3DXKA 3DXKB 1J6ZA 3FZLA 1NGJA 2FSJA 1T6DA 5AQRA 3CETA 5AQLA 4F9OA 1HKGA 4H0XB 2P9SA 2IIRA 5AQNA 5B8HA 1BG3A 4RCHA 3ENOA 3U9ZA 4O8KA 4HWIA 4FWRA 4CI6A 5KPTA 4C23A 1U2VB 2P9KB 1Z6RA 3ZX3A 1RDWX 3QFUA 1QZ5A 1K8KA 3SK3A 1LOTB 2IVPA 1NGGA 2D1KA 3MN7A 1NGFA 2YJEA 3UE5A 3QICA 4CZFA 5BN8A 3LM2A 1MDUB 3OHRA 1NGDA 4CBUA 4M7YA 4EAHD 5I9EB 4DCHA 5JMVA 3MN5A 3UKUA 3VGLA 4FPBA 5LY3A 5AQKA 2QWMA 4MLHA 3QB0A 1BA0A 3CQYA 4BRKA 3H46O 3A0IX 4MO5A 2GWJA 3BP8A 3DJCA 5AQSA 3HZ6A 1MWMA 3MN9A 3CI5A 4J8FA 3EO3A 1HJOA 5ADXA 3FLCO 4MLEA 3RSEA 5F1XA 3RSEB 2P9PA 4ISGA 3CJCA 1HKCA 3I8BA 4AM6A 1NLVA 5AQWA 1T6CA 1JCFA 4H0TB 4XH5A 4BRQA 2E2NA 4BVPA 1KAYA 2P9NA 4FWLA 4FWKA 2ASMA 2P9NB 5AQUA 5AQZA 4CD1A 3CJAA 4CD3A 4BC4A 3FFKB 2CH6A 3O1WA 2HOEA 5FPEA 5EXWA 3VERA 4IJNA 5AQMA 4B1VA 1BO5O 1HKBA 3BF1A 5AQJA 4PKHA 4EFHA 2ASPA 3D2FA 5AR0A 3QFPA 3D2FB 3ZX0A 4FWOA 2UYTA 4WYBA 2QWQA 2YJFA 3UB5A 2CGJA 3EZWA 3J8AA 4WQ5A 2GEMA 3ENHA 3HTVA 3KHYA 5KPZA 2WUSA 3DWLA 2IVOA 5BRHA 1QQMA 4FOEA 3DAWA 2YHXA 2A42A 5AQOA 5AFUA 4CZJA 5E84A 1GLLO 1KAXA 3VPZA 4A2BA 4BRAA 3G25A 3L4IA 5BPNA 4B1YB 3VF6A 4BR4A 2FXUA 3A5MC 2P9UB 1NM1A 2QWLA 3CJBA 3IDHA 3VEYA 1E4GT 4BRPA 3VOVA 2ASOA 4BVOA 4PKGA 4BC2A 2NLXA 3HBTA 4JD2B 3SLCA 3JXUA 2F9WA 1SQKA 1TUUA 2Q2RA 3DXMA 3DXMB 3H1VX 3U4LA 4JNEA 2E1YA 4GY2B 3ZETA 3ZETB 5KQ8A 1C0FA 2FSKA 4CZHA 2ITMA 4H0VB 5CE3A 2QM1A 3SMSA 3FZMA 2V51B 4CZEA 1YVNA 1RFQA 4CZLA 4IXCA 5AQIA 2AP1A 4M63C 2ZGZA 4PL8A 2Q97A 2E1ZA 4CZGA 3QDKA 3O08A 3O8MA 4YDUA 3S41A 4B1WB 2AA4A 2GELA 2J4RA 3R8EA 1GLJO 3H6EA 2GTDA 4BR2A 1GLCG 1U2VA 4BR7A 2P9KA 2FF3B 3BEXA 2YCHA 4KBOA 1V4TA 1GLDG 1GLAG 4QS8A 4BRGA 4WQ4A 5AQVA 4IO8A 4JHDB 1GLFO 3SJHA 2QWRA 2A3ZA 4CJ7A 1GLBG 5EY4A 1T44A 5F2RA 4LC9B 1ESVA 4WQ5C 1XC3A 3LM9A 1YUWA 3IFRA 3WXIA 2KHOA 1V4SA 1IG8A 4QS7A 2A41A 3MMVA 1BDGA 2A5XA 1MWKA 3CIPA 4ISEA 3BUZB 5AQPA 5ADXH 3GDQA 4GNIA 3ATVA 3GL1A 1ATRA 4H5VA 3H3NO 2FLOA 2E20A 4MO4A 3CJ1A 2A6AA 3W3DA 1HX1A 2E2PA 4H5TA 2Q1NA 4QS9A 3VEVA 3HM8A 1X3MA 2VWBA 3ULEB 1BA1A 3H1QA 1GLEG 2DPNA 2QWNA 3IMXA 3EKUA 4FOIA 3VGKA 3KZBA 5FPMA 3QMLA 1QZ6A 4FSVA 1S3XA 3JS6A 1ZC6A 2V7ZA 3H3OB 5EX5A 1LCUA 4BQZA 3FGUA 3A8YA 1X9JA 2VYPA 5E26A 5FPDA 1HPMA 4K43A 4BC3A 4BQLA 1XUPO 2BTFA 5AQXA 5JLFA 3O4WA 4FWSA 2PBDA 3UKRA 4A61A 1JCGA 3UKRB 1S22A 4YDUC 1EQYA 1WOQA 4BG9A 3F9MA 4E1JA 5BRDA 1YXQA 3GE1A 5AQQA 4BRFA 3O1BA 3HI0A 3VESA 3MDQA 3SMPA 2E2OA 2QWPA 5AFUH 2HF3A 4H0OA 2E88A 4DHYA 3VEZA 2PAVA 4WQ4C 4CZIA 3D2EB 3WXKA 2OANA 1NGHA 1SZ2A 3QBWA 4B9QA 2P9UA 4CZKA 3VENA 4I6MB 3B8AX 4BRMA 4BRHA 4BRIA 2EWSA 2YHWA 4FWPA 3MK6A 4JD2A 2QWOA 3FR0A 3LDNA 4BG8A 3AY9A 5BR9A 3CQXA 5JICA 3WEEB 5AQYA 1NMDA 5BRFA 4BR5A 4BR0A 5AQTA 2YI1A 2IVNA 1HUXA 3BF3A 3HSCA 5BPMA 2D0PA 3M3ZA 1NBWA 3FZHA 2P9IB 1MA9B 5F0XA 5LJWA 3FE1A 2VCPA 1IJJA 1YAGA 3R6MA 5BPLA 4O5FA 2BUPA 1SAZA 4K42A 1NGEA 2W41A 2GWKA 1KXPA 1QQNA 1E4FT 4B1UB 1DEJA 4BRDA 1DGKN 1H1VA 1TYQA 4CZMA 1TYQB 2P9LB 3A5LC 2Q0UA 2D4WA 3WT0A 3CERA 4H5RA 3O80A 4IJAA 4DQ8A 3FZFA 3VGMA 4JHDA 1ATSA 3U8XA 3LDOA 4Z94A 1Y64A 3VEXA 2P9SB 3LL3A 5TKYA 4BRCA 3ID8A 3WQTA 3GBTA 4B1XB 3R9PA 3AAQA 3VF4A 1G99A 1P8ZA 2W40A 3MN6A 2QW9A 5EOYA 5LJVA 2A40A 4H5WA 3CJ7A 4FWQA 1K8KB 3VF2A 3A5OC 4H03B 3EKSA 4BGAA 4JN4A 3EL2A 3GOIA 2GUPA 3L6QA 4FL9A 4K41A 3ZEUA 3ZEUB 5EVZA 3D7EO 4NB4A 3M6GA 3M1FA 3P4IA 4H0YB 5FPNA 2FF6A 4XH4A 2CH5A 4ISFA 3UKUB 4RTFD 2Q0RA 4L3QA 5AZIA 2NRHA 3FZKA 5AZIB 3ULEA 2V7YA 3O6WA 1QQOA 2H3GX 3VETA 4CBWA 3VEWA 4PL7A 1C0GA 3QBXA 1OKJA 1ZBSA 2NZTA 5BN9A 3WQUA 2D0OA 3CJ9A 1BU6O 2ZF5O 3WXJA 5AQHA 2Q31A 4M7XA 4EHUA 2P9PB 4BROA 1HLUA 4A2AA 1TUYA 1JCEA 4H0PA 5ELZA 3CHWA 4BC5A 4BGBA 1CZAN 1BWFO 4FO0A 3W0LA 3WUHA 2E8AA 5KPRA 2CGLA 2I7PA 5AQFA 5AZJA 2HF4A 4XEIA 4DB3A 5AZJB 3AARA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA0A 3RR7A 3DLRA 2E2QA 3D2EA 1RT4A 3AVNA 1K9MO 2OZSA 1BUPA 3LAMA 1ATNA 3L0QA 3G6EN 3NF8A 4RWTA 3CMAN 1R59O 4I6MA 1C0MA 1QHAA 3ATUA 1RGIA 4I2QA 2B4JA 5C15A 4OGCA 4FVMA 3C0BA 4CJPA 5J2NA 3WXLA 3IUCA 1YHQN 4B9UA 1NGIA 4JYAK 3WNGA 1Q8IA 3J7YP 4FJLA 4Z4EA 2HBMA 3LANA 4BRLA 1J5OA 4Z4IA 5C0YA 4IO9L 4DR1K 4M42A 4NO7A 2P9IA 3C7NA 3C7NB 3B6PA 4GVMA 1XQSC 3SBTA 5KQDA 3Q7CA 2F9TA 2ZWHA 5AQGA 4CEAA 1VSDA 3T1AA 1FXXA 4FPAA 4FWNA 2YKNA 5BREA 4IZ9A 3LDQA 3MCPA 4DQSA 4A62A 4O0JA 3N4QA 3NH0A 1JXBA 2YX6A 4JS4A 1NGJA 2HHVA 5AQLA 5DK5A 4F9OA 3HM9A 3KLHA 3AO3A 1SL1A 3ENOA 4O8KA 3JAMO 5M1PA 4CI6A 3I55N 4DKWA 4C23A 5LMNK 4NYNA 4DSEA 1K8KA 1LOTB 2IVPA 3P5JA 1NGGA 5BN8A 1TAQA 1MDUB 1KVCA 4DSJA 4OPKA 4DCHA 2VWKA 3QEIA 5JMVA 3AVGA 4FPBA 3QB0A 3D6RA 4BRKA 3H46O 5T7BA 3BP8A 3DJCA 3HZ6A 4IEIA 2NNWA 3OYKA 4LSNA 1MWMA 3CCLN 4I7FA 5SWMA 4PWDA 3RSEA 2BANA 4MLEA 3RSEB 4JRQA 1KQSM 3CJCA 4DFKA 3SNNA 5C24A 1T6CA 3LP2A 1RDUA 4B8CA 1JLQA 2P9NA 1N8RO 2ASMA 2P9NB 5AQZA 4CD3A 2RE2A 1A5WA 4CF1A 1N32K 3VERA 3CCRN 4IJNA 1HKBA 1NK5A 4KTWA 4CEQA 3D2FA 5AR0A 4DLEA 3D2FB 2OTJN 2UYTA 4WYBA 2YJFA 4JK8A 5KPZA 4FLYA 1BI4B 2WUSA 2BH1A 4KB1A 3S9HA 4FOEA 3MXJA 5IWAK 1VQPN 1HYSA 2A42A 3VQ5A 4CZJA 3IKMA 3HL8A 4CCHA 5BPNA 4CHNA 4CGIA 4CJ5A 5M1QA 1T05A 3F9KA 3VEYA 1RBUA 1E4GT 3TABA 1QHTA 4QAGA 2NLXA 4UQGA 3SLCA 1C1CA 4GY2B 3C6AA 1C0FA 3NCIA 1HMVA 4X65K 4DWIA 3D0PA 3THXA 4FLVA 3V1RA 3KLIA 3THXB 1XC9A 2A1RA 4M63C 4DR6K 3VQPA 2Q97A 1HPZA 3O08A 3O8MA 2J4RA 3SQ0A 1FJGK 4KHUA 1NU0A 1HNZK 2GTDA 4X64K 4Q0BA 1U2VA 2FF3B 4DSKA 3OYMA 2YCHA 3DRRA 4A57A 1GLAG 1ITGA 4A5BA 4E19A 3SBGA 4JHDB 2P51A 4F3OA 2F96A 4FW2A 1GLFO 4O55A 4ID5A 2A3ZA 1U47A 1HJRA 4CFBA 4CIEA 4IG0A 1QSYA 3RMDA 2A1SA 1CXUA 3Q7BA 3ZLJA 3THVA 1OVQA 4V19S 3SYZA 3T1YK 3OS2A 4QS7A 5FRMA 2YHAA 1VQ5N 4GNIA 3NAEA 1Q81O 3H3NO 3OJUA 4MO4A 5C2DA 3K5LA 3CJ1A 3HXMA 2RN2A 2F8TA 1J9AA 4M3WA 3H1QA 4FOIA 3EKUA 3KZBA 1QZ6A 3DLKA 4FJ5A 4JRPA 1KC8O 1S3XA 3JS6A 1ZC6A 3VQEA 1REVA 3M8PA 5EX5A 2PY5A 4BQZA 3FGUA 1D8YA 1RCHA 2IOCA 4CHPA 1VRUA 2ZJQL 1XUPO 4E7KA 4FJMA 4FWSA 1WSJA 2D0AA 1JCGA 4YDUC 1EQYA 5A2QO 4AQYK 1KVAA 1NK9A 1YXQA 3GE1A 3DI6A 3VESA 3MDQA 1VQLN 3SMPA 5JS1A 4M3XA 3AO2A 2DFHA 4H0OA 2O8FA 2O8FB 3O3FA 3G0ZA 4CZIA 4DU1A 2KFZA 1L5UA 4JLHA 1NJWA 3RR8A 3TAGA 2P9UA 2OCEA 5GAHP 3MWPA 3B8AX 5JS2A 4OGEA 3ZSZA 4KHPK 2EWSA 2YHWA 4DU4A 4ZTFA 4JD2A 4CK2A 5BR9A 3AY9A 1Q9XA 2HVIA 3TSPA 2XRIA 3HO1A 4FZYA 4BR0A 5AQTA 4OO1J 2UXBK 3HSCA 3QETA 4BDYA 1C6VA 5F0XA 1NKBA 4AHCA 4NXNK 1NJXA 3TSUA 1TV6A 2BUPA 3ID6A 1KXPA 5KGXA 1TYQA 1TYQB 4FJ9A 1LWEA 3HP9A 4OKEA 3P38A 3FZFA 1BGXT 4IBNA 4DTUA 1JLGA 5I3UA 4W5NA 4CGDA 1NK7A 3VEXA 4DV6K 3AVKA 2WC9A 3SJJA 2D0CA 4FM1A 3T3FA 4N56A 1P8ZA 3QEWA 4JI2K 2Z1HA 3VF2A 4M3RA 4JS5A 4DQIA 3HRGA 2HBLA 4JN4A 2R7YA 4FL9A 3M6GA 1XNQK 5FRNA 4DFJA 5FPNA 4DV7K 4XH4A 3QO9A 3UKUB 4YOTA 1VSHA 5AZIA 5H1SQ 3ULEA 3T1HK 3FZKA 1JLBA 5AZIB 4GKJK 4CGJA 1I3AA 1KD1O 4K8XA 1K6YA 2F7TA 2JWLA 3PX6A 2W6LA 1OKJA 5BN9A 4O44A 1BU6O 2ZF5O 4Q5VA 3VQ7A 5AQHA 4QOZB 1TKDA 4H4MA 1D5AA 3DYAA 5AJ3K 3OBWA 4N47A 1VQ6N 2WFBA 1J54A 2G8FA 1KFSA 4LF5K 1HQEA 1KLMA 1WSFA 4CJSA 4CFCA 5KPRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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