2GUPA

Structural genomics, the crystal structure of a rok family protein from streptococcus pneumoniae tigr4 in complex with sucrose
Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MTIATIDIGGTGIKFASLTPDGKILDKTSISTPENLEDLLAWLDQRLSEQDYSGIAMSVPGAVNQETGVIDGFSAVPYIHGFSWYEALSSYQLPVHLENDANCVGLSELLAHPELENAACVVIGTGIGGAMIINGRLHRGRHGLGGEFGYMTTLAPAEKLNNWSQLASTGNMVRYVIEKSGHTDWDGRKIYQEAAAGNILCQEAIERMNRNLAQGLLNIQYLIDPGVISLGGSISQNPDFIQGVKKAVEDFVDAYEEYTVAPVIQACTYHADANLYGALVNWLQEEKQW

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (3-9)TI1 (9-12)S11 (264-266)S2 (12-19)EMPTYS3 (23-30)3H2 (89-91)AH1 (36-48)S6 (69-71)S5 (62-64)S7 (82-83)TI3 (64-67)3H1 (77-79)TI4 (65-68)AH2 (84-88)TI'1 (133-136)AH3 (100-111)AH6 (199-223)TI5 (112-115)S9 (127-132)TIV2 (115-118)S8 (118-123)TIV9 (165-168)3H3 (163-165)TIV3 (123-126)TVIII2 (157-160)TIV5 (132-135)AH8 (272-286)TIV6 (140-143)TII1 (144-147)TIV8 (156-159)TI6 (147-150)TIV7 (152-155)TIV10 (169-173)AH4 (173-180)TIV11 (255-258)S10 (227-231)TVIII3 (225-228)AH7 (238-254)TIV12 (269-272)TVIII1 (74-77)TI7 (168-171)AH5 (187-196)3H4 (233-236)S4 (54-58)TI2 (19-22)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title The crystal structure of a ROK family protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4 in complex with sucrose
rcsb
molecule keywords ROK family protein
total genus 92
structure length 289
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gupA01
4CZGA 1WUAA 3ZX0A 4JHDB 4A61A 3EKSA 4PKGA 1DGKN 1KAXA 2CGKA 1BG3A 4XH1A 2YHWA 3HI0A 1BUPA 4BVOA 1ATNA 5AQGA 4FWNA 4Y0WA 4ISEA 4HWIA 1U6ZA 3O80A 3L4IA 1IJJA 2E8AA 1NGEA 5BN9A 3L6QA 1QHAA 4K42A 1YAGA 3FZMA 2Q0RA 4RCHA 3U8XA 5LJWA 3EN9A 5AR0A 1IG8A 5BPMA 2P9UB 2F9WA 2VYPA 2YHXA 3CIPA 3WXKA 1HUXA 1R59O 4ISFA 3EKUA 4EIAA 5FPDA 5AQLA 2P9NA 3O08A 3VETA 4BRCA 3TU5A 1Y64A 3H46O 5AFUH 4H0OA 1TUUA 4DHYA 1Z05A 2P9IA 5KPTA 4EFHA 5EVZA 1H1VA 3EL2A 1JCEA 2Q31A 3MN7A 1NGCA 4B1VA 2EWSA 1NGAA 3DXMB 1RFQA 3VOVA 1J6ZA 4WQ4C 3WQTA 4BR9A 3ULEB 3D7EO 2YI1A 4DCHA 1BU6O 1BA0A 3JXUA 5AZIA 4FWRA 2E1ZA 5JICA 4CBXA 4NO7A 3R8EA 2ASMA 3VESA 1C0GA 3FZLA 4BRQA 1HJOA 3GE1A 3RSEB 3CJBA 4FWOA 4FWQA 4BRHA 2E2OA 3IUCA 1GLLO 5B8HA 1RGIA 5KQ8A 2E20A 3IFRA 2D0PA 2VWBA 3O4WA 1TYQA 2W40A 3FFKB 3VPZA 5JMVA 2YJFA 4FPBA 3H3OB 2VCPA 3KVGA 5KPZA 5LY3A 1V4TA 2IVNA 4QS9A 2ZGYA 2CH6A 1DEJA 4BRMA 1X3NA 1BOTO 1DKGD 1TUYA 1YUWA 1NGFA 3GG4A 3GL1A 4IXCA 4BG9A 3U4LA 4LC9B 2UYTA 1X9JA 4PKIA 3ZEUA 4CZFA 3GBTA 4FL9A 2D1KA 4L3QA 3I33A 4BRFA 5AQZA 1T6CA 3FE1A 2PAVA 3VEZA 2P9IB 3A5NC 4BC2A 2W41A 1MDUB 3A0IX 5AQTA 5E26A 4BRNA 3TPQA 4BRAA 3H6EA 5BRFA 2GWKA 3QDKA 4PL8A 1NGIA 1BDGA 2ZGZA 3MN6A 3F9MA 1YVNA 4FWKA 2AA4A 3B8AX 5AZIB 4EAHD 5F0XA 2A40A 1NGDA 4BROA 2BTFA 4HTLA 4MLHA 4NB4A 3VF2A 4BRPA 3VEOA 2F9TA 4DB3A 2E2QA 3GDQA 2QWNA 1Z6RA 3QICA 4RWTA 3SK3A 2V52B 3WXLA 1K8KB 2V51B 5F1XA 3ENHA 2NLXA 3FGUA 3MN9A 4XH5A 5ELZA 2P9LA 3OHRA 3VENA 1GLAG 2E2NA 4BC5A 2FXUA 4H0YB 1QZ5A 2J4RA 1S3XA 4QS8A 3HTVA 2IIRA 3A5LC 4FWMA 4B9QA 5ADXH 3HZ6A 3UKRB 1GLCG 2QM1A 2Q97A 1BO5O 4CZEA 1YXQA 1KXPA 3CJ1A 4BRIA 1OKJA 3MCPA 4FPAA 2WUSA 4BRDA 1SAZA 5TKYA 5ADXA 2FSKA 4A2BA 2P9KA 1JCFA 2P9SA 3S41A 3WEEB 1JCGA 3ZEUB 3H1VX 1EQYA 3D2EA 5E84A 3G25A 4MO5A 5BPLA 2IVPA 4GY2B 4BQZA 5BREA 1LOTB 4B1WB 3D2FB 4H0TB 5AFUA 1E4FT 4H5VA 3CHWA 4MO4A 3VF6A 3BUZB 3WXJA 4QS7A 4CJ7A 3SMSA 3DWLA 1MWMA 2NRHA 3CQYA 3QFPA 5AZJA 5JLFA 3O1BA 3LDNA 5AQNA 3CJ7A 1RDWX 3ZETA 5LJVA 1ZXOA 3FZHA 4FOEA 4K43A 4O5FA 4EHTA 2ASOA 3O8MA 2ITMA 2QWRA 4XEIA 4BC3A 1MWKA 1QQNA 2CGJA 4BQLA 1HKGA 3VF4A 2E2PA 2QW9A 4CZLA 4JAXA 3GOIA 2YJEA 4WQ5A 4BR7A 1XC3A 3QB0A 1ATSA 4RTFD 4JD2A 2QXLA 3AARA 2Q0UA 1NGGA 4WYBA 4O8KA 3UKUA 3JS6A 1NM1A 2ASPA 2P9PA 1GLDG 3CETA 4FWSA 2HF3A 3H3NO 2ZF5O 4H5RA 4YDUA 2FF6A 1NWKA 2HMPA 2DPNA 4H03B 3SLCA 2GELA 2D4WA 5JLHA 2BUPA 2I7NA 1P8ZA 1HLUA 3VGKA 3FLCO 4Z94A 3HBTA 2YCHA 4EHUA 3CERA 2P9NB 3CJ9A 5CE3A 2HF4A 2P9KB 2P9SB 4GNIA 4C23A 2D0OA 3D2EB 5AQVA 4JN4A 3BF3A 3FZFA 4J8FA 3ATVA 5AQFA 4BR5A 1V4SA 3A5OC 4IWVA 4BVPA 1C0FA 1NMDA 3QFUA 3KHYA 5EXWA 4FO0A 3LDQA 4K41A 3A5MC 4IO8A 4JNEA 3MN5A 4B1ZA 1SZ2A 2GUPA 3ZX3A 1KAZA 2YHYA 3M6GA 1ATRA 2Q2RA 2QWMA 2FF3B 2GEMA 3DXKA 2FLOA 3WQUA 2E88A 5AQJA 3ZETB 1ZC6A 4E1JA 4CBWA 4CZHA 3FZKA 2GTDA 4AM7A 5AQMA 4IJNA 5KPRA 3VEYA 3O1WA 3DXMA 2NZTA 3VGMA 5AQKA 4A2AA 4CZIA 1S22A 3ULEA 1ZBSA 4H5TA 2A5XA 2QWOA 5F2RA 1U2VA 5AQSA 3R6MA 3HSCA 2Q1NA 3C0BA 1G99A 1GLEG 4JD2B 3ZX2A 2KHOA 1BA1A 2QWQA 3O5BA 2V7YA 3RSEA 3LDLA 1TYQB 2A42A 2QWLA 2IVOA 3IMXA 1QQOA 3UKUB 4BGAA 1NGJA 3W3DA 2P9PB 3SJHA 4CZJA 4ISGA 3I8BA 5EY4A 3U9ZA 2E1YA 4DQ8A 5AQPA 3AAPA 1NBWA 4H5NA 3H45C 1GLBG 2Q36A 3C7NA 5FPEA 3DJCA 1LCUA 4IJAA 3LM9A 3VEWA 4B1XB 5AQXA 5AQOA 3CQXA 4FWLA 4AM6A 1T44A 3MK6A 4WQ5C 4BG8A 3VEVA 2GWJA 3H1QA 1E4GT 3R9PA 5AQYA 4CD3A 3AY9A 5BRDA 1HX1A 3WT0A 4BR4A 4M7XA 1WOQA 3U9DA 2AP1A 2H3GX 3QBWA 3IDHA 3CJAA 4YDUC 4PL7A 3M3ZA 1NGBA 3CJCA 1NLVA 5BN8A 5FPNA 4BC4A 1HKCA 3DXKB 3M1FA 4BRLA 3KZBA 4H0PA 4H0VB 3QMLA 3O6WA 4I6MA 3FR0A 3EZWA 1NGHA 4H0XB 5BR9A 2V7ZA 2I7PA 3EO3A 4XH4A 3CI5A 3DAWA 4B1YB 2FSNA 2HOEA 2P9LB 3BEXA 4MLEA 1BWFO 2QWPA 5AQWA 4JHDA 1U2VB 4M7YA 2ZWHA 5AQUA 1D4XA 4A62A 4BREA 1ESVA 1SQKA 3MMVA 4H5WA 3VGLA 3AAQA 4BRKA 4BGBA 4CI6A 5I9EB 1QZ6A 4CBUA 5EOYA 1K8KA 5EX5A 3LM2A 1CZAN 3L0QA 3ATUA 3J8AA 4K25A 3ID8A 3A8YA 3P4IA 5FPMA 2FSJA 3C7NB 5AQRA 5AQQA 3BF1A 3QBXA 3LL3A 3LDPA 5AQHA 1QQMA 2A6AA 2CH5A 5KQDA 3VEXA 1MA9B 4B1UB 4F9OA 1Q18A 1HPMA 4WQ4A 3UB5A 1GLFO 2P9UA 3UKRA 4CZKA 1KAYA 3W0LA 4FWPA 4BRGA 3LDOA 5BPNA 3UE5A 3VERA 3WEEA 1T6DA 4CD1A 5AZJB 4PKHA 2OANA 5AQIA 4BR2A 4BR0A 3SMPA 4IZ9A 3WUHA 3WXIA 3MDQA 2PBDA 1XQSC 3D2FA 2A3ZA 1XUPO 4FSVA 4KBOA 5BRHA 2A41A 3ENOA 4FOIA 1HKBA 3HM8A 1GLJO 1X3MA 4I6MB 2CGLA 3BP8A 4M63C 4CZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVMA 2HBMA 2HBJA 3G0ZA 2GBZA 1DGKN 3LPTA 4XH1A 3RMAA 3G10A 5I3UA 1UAXA 3T19A 3HPGA 5AQGA 4HWIA 3MX5A 2NRTA 4CFAA 4FM2A 1A5WA 1WBBA 2E8AA 1BHLA 1NGEA 3OYHA 4B3TK 1JLQA 4B3RK 3KKSA 4ICLA 4FJMA 1RDDA 1YAGA 5J1EA 1HR0K 4DR2K 3MWTA 3WXKA 3CPWM 3KTQA 5FRNA 5GIOA 1S1TA 3VETA 4LF8K 2F7TA 3DRRA 3DLKA 4DU3A 3DOLA 1B9DA 2P9IA 4EFHA 3OTOK 5EVZA 3CFOA 1H1VA 1BI4B 3THWA 1QSLA 4JS5A 2F96A 3VQQA 4X66K 4C8KA 1RFQA 3VOVA 5DM6L 1RT3A 4CEQA 3WNFA 1VRUA 4W5NA 2HHUA 3QETA 1VQKN 1T7PA 4OX9K 1Q8IA 4CBXA 4ID5A 3VESA 3FZLA 3P1GA 1VAZA 2E2OA 5GAHP 1TGOA 3OYKA 1L3SA 4DQRA 4Q5VA 1RT6A 3QO9A 2VWBA 1S1XA 2VQEK 3FFKB 4AHUA 3THXA 4JK8A 3AVNA 4CJWA 5JMVA 3J81O 4FPBA 1K6YA 5KPZA 1V4TA 2NNWA 3AA2A 1HNWK 1NGFA 4ILHA 2HNYA 4FJ5A 2HB5A 3P39A 3DM2A 1D8YA 3TAQA 3HOTA 1CZBA 5AQZA 3P83D 5C12A 4PQUA 1T6CA 2E4LA 3K9KA 3EYZA 2HHHK 4KPYA 5AQTA 4CJKA 5E26A 3OYLA 4BRNA 4NXMK 4FJJA 3H6EA 2ITGA 4GW6A 4PL8A 3QDKA 5BRFA 3L2QA 4GMJB 4DR3K 3F9MA 3VQ8A 3B8AX 5F0XA 4O44A 1NGDA 3CCEN 4NB4A 4AILC 4BRPA 2YNFA 3QICA 4O4GA 3M8RA 4OO1J 1ILYA 4EZ9A 3OYFA 3C65A 5ELZA 1UA1A 4Z0UA 2EHGA 3SQ1A 3AVAA 1VSEA 4KI4A 4F3TA 1VQ5N 4ELTA 1KTQA 4E7HA 1P90A 1KC8O 1OH6A 3A5LC 4FWMA 4C8OA 4FYDA 4J2EA 3NH2A 2Q97A 4BRIA 4DLGA 4DF8A 1SAZA 3CC2N 4CGGA 4GKKK 4GV6A 4B8CA 3WEEB 3ZEUB 4CFDA 5A2QO 1JLGA 3G25A 2IVPA 3CCVN 4DSKA 4Y1DA 2HHXA 3CHWA 4EZ6A 4KHSA 2KFNA 1S1UA 1JLEA 3VF6A 3BUZB 3LWMA 4QS7A 2O8FB 3HYFA 4CJ7A 3C6TA 3DWLA 4CEOA 3CQYA 5AZJA 3LDNA 4C8NA 1TL3A 3I56N 3TABA 4FK0A 3WNGA 3AVFA 4FOEA 4J2BA 4EP5A 4JKCA 1EP4A 3VQ9A 3OYNA 1LWCA 4CGIA 2ASOA 4IG0A 1HQEA 2QWRA 2P5OA 4BQLA 1QQNA 1KVAA 4DR1K 5HBMA 4F3OA 4BR7A 4WQ5A 2XHBA 4NCAA 3AARA 4O8KA 1UWBA 3LPUA 1NJWA 4Z4GA 1GLDG 4FWSA 3WXMB 4KKOA 4YDUA 1QS4A 4CVNE 2QTDA 4O0JA 5M1KA 4JRPA 4FW1A 4H03B 3J7AP 2HBLA 3BGRA 4B3OA 4IOXA 1P8ZA 1HLUA 4CIFA 3QINA 4Z94A 4F2RA 3CERA 3NGZA 3RR7A 3S3OA 3HXMA 2IDOA 1LAVA 3DLGA 4CF2A 1HNXK 3D2EB 4JN4A 1HYVA 3BF3A 3I8DA 1V4SA 4BDZA 1C0FA 4OPJA 4C1NK 3QEPA 1G15A 3QEIA 5KI6A 3NH0A 3MN5A 5FDLA 4B1ZA 3ASMA 3E66A 1ATRA 3M8QA 1NNEA 3E1YA 4JKDA 5AQJA 1ZC6A 1N8RO 3LDSA 3TAGA 1ZBHA 3RRGA 1O1WA 2Z1IA 4YOXA 1L3VA 3VGMA 4A2AA 4CZIA 3DLRA 3J7ZO 3ULEA 3TTFA 3SUPA 2FBVA 2A5XA 2QWOA 4WE1A 2XY7A 3R6MA 4JS4A 2G8IA 3PO5A 4JKGB 1RT4A 2Q1NA 4ZTJA 2KHOA 4DR4K 4CJTA 3HM9A 4A59A 3IAYA 3IMXA 3QEWA 3UKUB 3CD6N 1HPZA 1TL1A 5FRMA 5EY4A 2GV9A 4HCCA 1NBWA 5J2PA 5C0YA 4H5NA 3C7NA 4CJSA 3S3MA 1IBLK 4OLBA 1WSJA 1K9MO 2OZMA 2B6AA 4DV6K 3LM9A 4B1XB 5AQXA 1N6QA 2B5JA 1T44A 4BG8A 2VQFK 1SKWA 2OZSA 4JEPA 1JL2A 1RT7A 4DTRA 3K59A 1HX1A 3WT0A 4BR4A 1WOQA 3L8BA 2AP1A 3I0RA 2NRVA 3QIPA 4DUZK 5EU7A 3IDHA 2HNDA 3VQDA 3M3ZA 2BANA 1HRHA 3SUQA 5BN8A 3DXKB 5DM7L 4H0PA 2A1RA 4H8KA 1JL1A 4E1MA 2O8BA 4FLWA 4H0XB 4M41A 5BR9A 1YJ9N 2VGMA 3L2VA 2FSNA 2QWPA 4JHDA 1U2VB 4BREA 2HHTA 1SKSA 3MMVA 4CESA 5JVHL 3L2WA 3VGLA 3AAQA 4JKAA 2F8TA 3ZCMA 3OJSA 4BGBA 2F8SA 4CI6A 5I9EB 2VWKA 4JI3K 1QZ6A 3U3GA 1DT9A 4ILGB 3ZT3A 1K8KA 2PZSA 3LM2A 1CZAN 3ATUA 4K25A 3ID8A 2Q3SA 1EXQA 2KKZA 5FPMA 2DY4A 2G8HA 2QA4N 4B9LA 4DSIA 4C8LA 5HLFA 3BF1A 3QBXA 3LL3A 5AQHA 1QQMA 4KHUA 2YKMA 1MA9B 2VG7A 4RW6A 4PUOA 1QQCA 3Q7CA 3NGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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