2GX9A

X-ray strucutre of influenza virus ns1 effector domain
Total Genus 32

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
MTMASVPASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEWNDNTVRVSETLQRFAWRS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (80-83)TI1 (94-97)TIV2 (96-100)TIV1 (95-99)TII'1 (112-115)S3 (115-118)S1 (88-91)S2 (110-112)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription, virus/viral protein
source organism Unidentified influenza virus
publication title X-ray structure of influenza virus NS1 effector domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NS1 Effector Domain
total genus 32
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2gx9A00
4OPAA 3O9SA 3F5TA 3O9UA 3L4QA 4OPHA 3KWIA 3RVCA 3OA9A 3D6RA 3O9RA 3P38A 3O9QA 3M5RA 2GX9A 3O9TA 2KKZA 3KWGA 3P39A 3EE9A 3EE8A 3P31A 2RHKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KV8A 1S1TA 3NGYA 1OVQA 1YHQN 2BGGA 4KTWA 3ZX3A 3OS0A 1VQ7N 1C6VA 2BE2A 2F4VK 3SQ4A 3AVKA 4DV3K 3O9RA 3ENOA 1BWFO 1XI1A 3G25A 5BRDA 4CJQA 4JKCA 2ATQA 4AH9A 3U3GA 3SUOA 1RBTA 5LJWA 2XHBA 1Q81O 3CERA 3VENA 2VWBA 1HNZK 4FWNA 2PYLA 4EZ9A 4M3XA 2CGJA 3MEGA 1J53A 4BR2A 4KHNA 4HTUA 3LWMA 1KAXA 1KVBA 2QWPA 3HSTB 3PO4A 5AQQA 1QQCA 4A59A 1Y97A 1CZBA 1TKXA 4XH5A 1B92A 2KTQA 1YTUA 1RT5A 3MCPA 3VQQA 4JI4K 3RMDA 5C10A 3ULDA 1E4FT 1S6PA 4B8CA 1JL1A 5CZ2A 3O9UA 3WNHA 3CFPA 4CEEA 4O4GA 3E9PA 5AQLA 4DF4A 2Q0RA 2FLOA 5AZJA 1T03A 4JKHA 2G8FA 3SCXA 2B6AA 4CF0A 3FZFA 1GOCA 4DV0K 3OYAA 3O9TA 4KKOA 5H1SQ 4E1JA 5TKYA 4BRCA 1GLDG 2E20A 1VQ8N 1XMQK 4ISGA 3O3FA 2NRTA 3K5MA 3OYMA 4CJ3A 4BDZA 3SZ2A 2X6NA 3V4IA 1QHAA 1NNEA 3DLGA 2KFNA 2V7YA 5ELZA 4LSLA 4B9NA 3NH0A 2HHXA 4JN4A 3T1HK 2CH5A 3NHGA 2UUAK 4YOTA 2B4JA 4CEFA 4DF8A 1KRPA 4ICLA 4KHYA 4YFUA 3IAYA 4I6MB 1JLBA 1WB9A 1O13A 3ITHA 3DI6A 3OY9A 1ATNA 4WQ5A 4RWTA 2FBXA 3KKRA 5AQKA 3IRXA 1HMVA 3HPGA 2QW9A 3V1RA 2QI2A 4YDUA 3K2PA 4F2RA 2YKNA 3VQEA 4FM2A 4FOIA 4OKJA 4CERA 3VEYA 2HVIA 3THVA 2QWQA 1DTTA 3KLGA 4EIAA 3KIOA 4E19A 4OGCA 3K5NA 4H0PA 4CK1A 1ESVA 1E4GT 3P31A 2WTUA 1HPZA 5DM6L 1WOQA 1HNXK 5M1FA 2BDPA 5M1NA 1LW2A 4OX9K 1BA0A 1CZ9A 5HRSA 3OTOK 2RN2A 5KPZA 4DR6K 2NRRA 4FZZA 1YAGA 3DOLA 4H0YB 3SUNA 2VQFK 5AQIA 4CF8A 1YJNN 4A62A 1SKWA 3LDQA 3LDPA 3TAMA 5BRFA 4MLEA 3A0IX 1EX4A 3GOIA 1ZBLA 3NCIA 4OKEA 1DTQA 3KWGA 3CM5A 4HVJA 3CJCA 1BI4A 4IWVA 3UB5A 4YOUA 1NGGA 1WSIA 3BZKA 4ZTJA 5I9EB 3MWTA 2E2PA 3Q7CA 4MQ3A 3SV4A 2FBTA 1NK6A 4GMJB 2XY5A 4PY5A 4WQ4C 2YNIA 1T6CA 4FJHA 4LY7A 3GG4A 1TAUA 3EKSA 5AR0A 3HOSA 1JCGA 4CHPA 1Z05A 4DFPA 1NMNA 3VQ5A 3J7YP 1CXUA 2RPIA 3VGKA 4YOWA 1SV5A 2A6AA 2HF4A 4M41A 4CGIA 3MX2A 5EX5A 2IAJA 1IBMK 3JAMO 3H1QA 5BPNA 4DV1K 4DR7K 3DOKA 3V6DA 1TGOA 3VEVA 4AHCA 5M1PA 1XHZA 3OYJA 3ZLJA 2ZM6K 3LZIA 2E8AA 2ZGZA 3BF3A 2VCPA 1BOTO 2Q31A 4ELTA 1VSIA 3TAFA 3LZJA 4CESA 3O6WA 2UYTA 2F9TA 3WEEB 4ID1A 4ZTFA 1YJ9N 3CCUN 1SL1A 3VA0A 4A61A 2E6LA 4H5NA 3RMCA 5AQZA 1TYQB 2GELA 1QSLA 3MEEA 2D5RA 1VQ5N 4LF5K 3L2QA 3CCEN 3F2KA 2YCHA 4DR1K 5FLXO 3WNGA 3BDPA 3SUQA 1VRUA 3WT0A 2QXLA 2G8VA 4JI8K 4N5SA 5FRNA 1A5VA 3VEXA 1N8RO 4Z4EA 4JHDA 1TUYA 5LJVA 4FWPA 3VEWA 1ZBHA 1IKVA 3AV9A 3WNEA 4FJ8A 2ZJPL 4FVMA 3HJFA 3E66A 3T1YK 5AQJA 1LWCA 3VGLA 4RW7A 4C23A 3VTHA 3SPZA 3BY5A 1S72N 3PO5A 5C0YA 3VEOA 3IKMA 3F5TA 3NDKA 4N41A 1KAYA 1YTAA 4B3MK 3LP0A 2UXCK 1NOZA 4DQRA 1N6QA 3KVGA 4DB3A 3O4NA 1BIUA 3I55N 1UAXA 4DFMA 3OYGA 1JKHA 3PSFA 3DWLA 5M1OA 3D0PA 2HNDA 2E88A 4CGHA 4H5TA 4M3ZA 4JYAK 1YITN 1RFQA 3KLHA 3PSIA 5C24A 3AVFA 2VYPA 3VQ6A 2HOEA 4KHUA 4OLAA 2O4IA 4FXDA 2XY7A 4FLUA 5I42A 4DTNA 2HMIA 3KLIA 1NJZA 3C6UA 5EXWA 2P5OA 5J2PA 1L3TA 4MLHA 3LDLA 3QEPA 4B1ZA 3EKUA 3G71N 1DT9A 2P9IB 1NGHA 3DXMB 2HMPA 2P9LB 4K8ZA 3L3UA 4H0OA 4DTUA 3H6EA 3DMJA 3S41A 3RR7A 4R79A 3OBWA 1C0UA 4F3OA 5CHIA 4LH5A 4M63C 3TTDA 2PYJA 2DTUA 1I94K 1YF5L 2KHOA 1G99A 1IV0A 3NF6A 1K8KB 2DFEA 4H0TB 4JI3K 3JXUA 3HP9A 2F96A 3AARA 3V81A 1W9HA 1RTHA 3TARA 4JK8A 1X9JA 3LDNA 5TKWA 3CC2N 4PA1A 2Q3SA 4JKEA 4CK2A 3SPYA 1OH8A 4A2AA 3S9HA 3TU5A 3HZ6A 3LP2A 4E89A 1IKWA 2Y1IA 2P1JA 3R3LA 1U4BA 2W40A 3AO1A 4F9OA 4O5FA 3HRGA 1IKXA 1RDBA 5HRRA 3QINA 3WXKA 4IJNA 1NM1A 2OPRA 3L4QA 3D2EA 4OPHA 5AQXA 4FWOA 3A5MC 3CFRA 4B9SA 2UXDK 1YT3A 3HT3A 1RTIA 2B5JA 3ZSWA 3MMVA 1RT1A 3N4PA 3K0SA 3ID8A 4C8KA 3OHRA 2P51A 2Z1IA 5BN8A 1S3XA 1CXQA 3QFUA 3KLFA 1FW6A 3THWA 4Z94A 3CI5A 4M7XA 3SMPA 2O8CB 3OVNA 4F2SA 3ZT3A 3EY1A 3UKUA 4C8LA 1J6ZA 2KZZA 3VESA 3EEQA 1RBSA 3OYDA 4CZJA 3RSEA 3NE6A 1N34K 3W0LA 3SV3A 1TK8A 1HKBA 3KK3A 1U2VB 3TAGA 3DLRA 4CD3A 3ZT4A 5AQPA 4CJEA 4WFAL 4DS5A 3L2VA 3CETA 4B1YB 4LF6K 1VQNN 4DU4A 3AVMA 5C2DA 1ZBUA 4WQ4A 4PWDA 1JXBA 4CIEA 4YHHK 4FCYA 2KW4A 1SAZA 4JKFA 3VQ9A 3L4IA 2DFFA 4M42A 3KTQA 2VGNA 4C8OA 4WFBL 1ILYA 3AY9A 4CE9A 1G15A 4DLGA 5HLFA 4DMNA 2E1ZA 4JRPA 3PY8A 2R7YA 2X78A 2HBKA 1S1WA 2W41A 4DTMA 3KZBA 5E41A 5LY3A 2FF6A 4CHYA 3A5LC 1SKRA 1Q9XA 3R8EA 4IXCA 5D3GA 3ZEUB 3JS6A 3VA3A 4CF9A 1N33K 2BTFA 2O8EA 5JS1A 1J54A 1SS6A 3FFIA 2P9UB 4NCBA 2HVHA 4EHTA 3QEXA 1ATRA 4FYDA 3CYMA 3CQXA 2OTJN 3M5RA 3ZSZA 4X62K 1VSLA 3KKSA 4WF9L 3J7ZO 5GIPA 3FZLA 3VF6A 2CGLA 4O0IA 3VQDA 5BR9A 2RKIA 4K8XA 3VPZA 3C7NA 1IG8A 3FZHA 2A41A 4L3QA 4WFNL 3ASMA 2HHWA 3HM8A 4FJ5A 3WXIA 2WUSA 3KD1E 2KZMA 1ASUA 3J8AA 3NGIA 4DV6K 3KD5E 4Y1DA 2QKKA 2VWJA 1GLBG 3ZT1A 1DKGD 5C15A 3O8MA 1RDDA 2QWMA 3NH2A 1C0TA 2QWNA 4F8RA 3U6FA 3QEWA 3D2FA 3SI6A 4BRDA 4BC4A 3CJ9A 3LANA 2UUCK 2D0BA 2I7PA 3OYEA 2YHAA 1XUPO 3TAQA 2EHGA 3CJBA 4NYFA 1HQUA 1QVGM 3UKRB 2VGMA 3E01A 5F2RA 1KFSA 4DSFA 1WSJA 1IBKK 4EP4A 3KHYA 4EAHD 2P9PA 2D0AA 3IDHA 4JKGA 1C1AA 4NB4A 4K42A 5JVGL 1NGFA 3BP8A 4FPBA 5E26A 1T8EA 1D4XA 2FF3B 3DYAA 1S1VA 4CFBA 3G4SN 1WAFA 3EZ5A 5KGWA 4Y0WA 3S3OA 1OKJA 1ZBSA 3SQ1A 1Z6RA 4FJLA 4BQZA 5AQGA 2F9WA 2QWOA 1T7PA 5CE3A 3NAEA 5T7BA 5J2NA 3C6TA 4F4KA 3CMEN 2QWRA 3NVMA 3A5OC 1LWEA 4KHPK 4O55A 1YVNA 2O8DB 2NRWA 3DLHA 4BACA 3HTVA 1Q9YA 3LALA 4DFKA 3CIPA 4CF2A 2HBMA 3OBYA 4IDKA 2WOMA 4E7IA 3M8PA 1SUQA 3AA4A 3S3NA 1HNIA 4FJ9A 1TUUA 3LDOA 1TKTA 3O4WA 3PX0A 4DTOA 1NK4A 3ULEB 1E3MA 3U9ZA 3MN7A 4CZLA 3DRRA 4DTJA 4OO1J 1NJXA 4J2DA 3HPHA 4U67L 3OYHA 4CIFA 2KFZA 3FFKB 5BN9A 3WXMB 3TSPA 1TL1A 3IFRA 4NLBA 4IG0A 4NLCA 3ZETB 3P5JA 3U4LA 2QEXN 4DTSA 3HBTA 3V1QA 2FBVA 2V52B 1RGIA 3P1GA 4FWQA 3I56N 4FJ7A 3AVAA 1L3UA 2WFBA 3MN5A 5KI6A 4IO9L 3M3ZA 4W5QA 1T05A 2ITMA 3PLAA 3OS1A 4B08A 2Q2RA 4M7YA 2YHXA 1V4TA 4J8FA 4RG8A 1FXXA 4DSJA 5AFUH 4CZKA 4FLYA 4BQLA 1C1BA 1EP4A 4M3RA 2E1YA 4BY9C 2GV9A 4FLTA 4B3RK 4CZHA 3RVCA 3DLLL 3BUZB 4FWLA 4W5OA 3LP3A 3P4IA 3FZKA 4FK2A 4DQSA 1HX1A 1NGDA 4B8AB 4KH4A 4CGDA 2YHYA 5DMRA 1GLCG 4KRFA 3QBWA 3QB0A 3HP6A 1MA9B 3MX5A 2XO7A 4DTXA 3TTCA 1RT6A 1HRHA 3NH1A 2QXFA 2HNYA 4BRLA 1W7AA 2GUIA 1B9FA 5EOYA 3EZWA 3MK6A 3VQBA 3QMLA 4FWMA 3LDSA 4KPYA 5GADP 3M8QA 4CGFA 1RBRA 4CJPA 2BH1A 1Q82O 4FZXC 1CLQA 1WBBA 2I7NA 4I7FA 1YI2N 1EKEA 4AM6A 3QEVA 1BCOA 4CHNA 4CHZA 1JLCA 4CJFA 3VQ4A 4L8RB 4CGGA 3AVGA 1LOTB 5C25A 4CJ5A 2W6LA 1W97L 3ZSXA 1ZBIA 3SAFA 4GVMA 1NGEA 4PQUA 1X3NA 3LPUA 4FJMA 3WEEA 1TK0A 1UA0A 3ZSRA 2FXUA 4HCBA 2LSNA 3U9DA 3MDQA 3WQUA 1W2BM 2E4LA 4CIGA 1TYQA 4W5TA 2J4RA 3NGZA 2P9SB 1D9DA 1DEJA 4E7LA 4XH1A 3I8DA 2FSNA 3BZCA 3N4QA 4PUOA 3CG7A 1X9SA 2E5LK 3J81O 4DU3A 3L8BA 4M3WA 1ZBFA 1J5EK 4N56A 3EL2A 5FDLA 3GE1A 4CHOA 4JLHA 1VK0A 3K57A 4FLZA 1RT4A 2RF2A 1D8YA 3O9QA 1BISA 2UUBK 3MXMA 4OJRA 1X9MA 4DU1A 4IZ9A 1RDUA 2ETJA 1XQSC 3LWLA 4KHWA 3ZT0A 3VMFB 1KCFA 1GOBA 3FR0A 4MO4A 5AQNA 5KGXA 4Y1CA 1ASWA 3VF2A 1HJOA 4CGJA 1KTQA 3IUCA 2NNWA 1NGBA 3AVIA 4JRQA 4JI2K 2O8FB 3CCMN 1QZ5A 1XC3A 4PL8A 3HVRA 1M1KO 1KC8O 1NJIO 4BGBA 1ZYQA 3OYLA 4YY3K 4TSXA 3JYTA 4KREA 1R59O 3Q7BA 3IS9A 5BPLA 5ADXH 2YX6A 2OZMA 3VN5A 4BRQA 2AJQA 5M1QA 1YXQA 3OYKA 3PV8A 4DSIA 1I3AA 4CZFA 5DM7L 1R0AA 4DQIA 1GLFO 4OVLA 3HOTA 3S3MA 3ZX2A 2BUPA 5JLHA 1NK9A 5AQSA 1NGIA 5C42A 3VGMA 1NGCA 4IDHA 3VOVA 3HL8A 3QBXA 2OPPA 1QSSA 1HJRA 3ENHA 1JCFA 4BRIA 4N47A 3D45A 4JV5K 3A8YA 3MXJA 3NF9A 1QHTA 4IBNA 2KQ2A 3TR8A 4FWKA 3KJVA 5CYMA 3E9OA 3DJCA 4BC2A 1HR0K 4PKHA 3O08A 3I33A 2H3GX 2ZE2A 3C0BA 1WNSA 2F8SA 3J7AP 3BF1A 1QQMA 1BG3A 5B8HA 1U04A 3FZMA 4FWRA 5J2MA 3P39A 4I9QA 1BU6O 4JI6K 4JHDB 4FJNA 1ZC6A 4YNQA 3RRHA 1C0FA 3NFAA 2Q0UA 4WCEL 4BR5A 5KQ8A 1S5JA 3GDQA 4LD0A 4A5AA 3LM2A 2JWKA 3IMXA 4BRNA 2NRXA 3O5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OPA A;  3O9S A;  3F5T A;  3O9U A;  3L4Q A;  4OPH A;  3KWI A;  3RVC A;  3OA9 A;  3D6R A;  3O9R A;  3P38 A;  3O9Q A;  3M5R A;  2GX9 A;  3O9T A;  2KKZ A;  3KWG A;  3P39 A;  3EE9 A;  3EE8 A;  3P31 A;  2RHK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KV8 A;  1S1T A;  3NGY A;  1OVQ A;  1YHQ N;  2BGG A;  4KTW A;  3ZX3 A;  3OS0 A;  1VQ7 N;  1C6V A;  2BE2 A;  2F4V K;  3SQ4 A;  3AVK A;  4DV3 K;  3O9R A;  3ENO A;  1BWF O;  1XI1 A;  3G25 A;  5BRD A;  4CJQ A;  4JKC A;  2ATQ A;  4AH9 A;  3U3G A;  3SUO A;  1RBT A;  5LJW A;  2XHB A;  1Q81 O;  3CER A;  3VEN A;  2VWB A;  1HNZ K;  4FWN A;  2PYL A;  4EZ9 A;  4M3X A;  2CGJ A;  3MEG A;  1J53 A;  4BR2 A;  4KHN A;  4HTU A;  3LWM A;  1KAX A;  1KVB A;  2QWP A;  3HST B;  3PO4 A;  5AQQ A;  1QQC A;  4A59 A;  1Y97 A;  1CZB A;  1TKX A;  4XH5 A;  1B92 A;  2KTQ A;  1YTU A;  1RT5 A;  3MCP A;  3VQQ A;  4JI4 K;  3RMD A;  5C10 A;  3ULD A;  1E4F T;  1S6P A;  4B8C A;  1JL1 A;  5CZ2 A;  3O9U A;  3WNH A;  3CFP A;  4CEE A;  4O4G A;  3E9P A;  5AQL A;  4DF4 A;  2Q0R A;  2FLO A;  5AZJ A;  1T03 A;  4JKH A;  2G8F A;  3SCX A;  2B6A A;  4CF0 A;  3FZF A;  1GOC A;  4DV0 K;  3OYA A;  3O9T A;  4KKO A;  5H1S Q;  4E1J A;  5TKY A;  4BRC A;  1GLD G;  2E20 A;  1VQ8 N;  1XMQ K;  4ISG A;  3O3F A;  2NRT A;  3K5M A;  3OYM A;  4CJ3 A;  4BDZ A; 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 3KWG A;  3CM5 A;  4HVJ A;  3CJC A;  1BI4 A;  4IWV A;  3UB5 A;  4YOU A;  1NGG A;  1WSI A;  3BZK A;  4ZTJ A;  5I9E B;  3MWT A;  2E2P A;  3Q7C A;  4MQ3 A;  3SV4 A;  2FBT A;  1NK6 A;  4GMJ B;  2XY5 A;  4PY5 A;  4WQ4 C;  2YNI A;  1T6C A;  4FJH A;  4LY7 A;  3GG4 A;  1TAU A;  3EKS A;  5AR0 A;  3HOS A;  1JCG A;  4CHP A;  1Z05 A;  4DFP A;  1NMN A;  3VQ5 A;  3J7Y P;  1CXU A;  2RPI A;  3VGK A;  4YOW A;  1SV5 A;  2A6A A;  2HF4 A;  4M41 A;  4CGI A;  3MX2 A;  5EX5 A;  2IAJ A;  1IBM K;  3JAM O;  3H1Q A;  5BPN A;  4DV1 K;  4DR7 K;  3DOK A;  3V6D A;  1TGO A;  3VEV A;  4AHC A;  5M1P A;  1XHZ A;  3OYJ A;  3ZLJ A;  2ZM6 K;  3LZI A;  2E8A A;  2ZGZ A;  3BF3 A;  2VCP A;  1BOT O;  2Q31 A;  4ELT A;  1VSI A;  3TAF A;  3LZJ A;  4CES A;  3O6W A;  2UYT A;  2F9T A;  3WEE B;  4ID1 A;  4ZTF A;  1YJ9 N;  3CCU N;  1SL1 A;  3VA0 A;  4A61 A;  2E6L A;  4H5N A;  3RMC A;  5AQZ A;  1TYQ B;  2GEL A;  1QSL A;  3MEE A;  2D5R A;  1VQ5 N;  4LF5 K;  3L2Q A;  3CCE N;  3F2K A;  2YCH A;  4DR1 K;  5FLX O;  3WNG A;  3BDP A;  3SUQ A;  1VRU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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