2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
204060801001201400510152025303540
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (10-13)TIV2 (18-21)S2 (37-45)TVIII2 (21-24)S1 (23-34)TII1 (57-60)TIV3 (33-36)TI2 (46-49)AH4 (137-155)S3 (50-56)S4 (81-86)AH3 (107-117)TII2 (77-80)TVIII3 (120-123)AH2 (89-95)S5 (122-127)TIV1 (7-10)TIV4 (101-104)TIV5 (104-107)AH1 (62-75)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Moloney murine leukemia virus
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
4M3WA 4CECA 1UAXA 4CEOA 4ZHRA 4YNQA 1J54A 3DMJA 3SUNA 1XI1A 1TVRA 4HVJA 1XHXA 2FBYA 4M3TA 1D5AA 1KVCA 2FBXA 3OS1A 2XHBA 2VWKA 4FJKA 3NF9A 1YTAA 1YT3A 1X9WA 1JL2A 4GW6A 1VRUA 1ASVA 3RR7A 5KRTA 5JS1A 2OYQA 1QS4A 4CHPA 4IDKA 4Y1DA 3SUQA 2AJQA 1VSLA 2DFEA 3DLRA 1CXQA 4ELUA 4DWIA 4FZXC 3ZT3A 2G8IA 1W9HA 4ZTJA 1C0MA 3RR8A 1HNVA 4OKKA 3MAQA 2DFFA 1L3VA 1WSJA 2HHXA 3I8DA 4M3YA 2HB5A 3RTVA 3SQ0A 3V9WA 3AVBA 4CHOA 2YKNA 1TK5A 2D0AA 4FLVA 4DU3A 4ELVA 4C8LA 1HYSA 1LWFA 3NF7A 3V6DA 3DLBA 3WNHA 3U3YA 4OPJA 4FK4A 1RT5A 3ASMA 3QEVA 3K57A 1EETA 3PO5A 2JGUA 4CGFA 3QEXA 1U47A 4FJMA 3OYIA 3UIQA 1HMVA 4Y1CA 2Z1JA 3LAMA 3S3OA 1NK4A 3DOKA 3HK2A 1ZBHA 3LWMA 4IFYA 5SWMA 1ASWA 4CFDA 3I0RA 3ZCMA 4CHNA 3OYHA 4L8RB 2HNYA 3LAKA 1S1UA 4Z4HA 4E19A 3OYCA 5HROA 4CF9A 4FLYA 2G8WA 2PYLA 1RTJA 1EXQA 1KCFA 1NOZA 1Q8IA 5I42A 1JLAA 4DSLA 4HCCA 1I39A 1JXEA 1YTUA 3ZSQA 4F3TA 3LANA 3M8QA 1R0AA 1K6YA 1TK8A 4DF8A 3ZSWA 3KLHA 3MEDA 4KHWA 4QOZB 3ZT0A 2F96A 3V9ZA 3MXJA 4CIFA 1KFSA 1RDBA 2ZD1A 1IH7A 1RT2A 5CZ2A 4FK0A 4O0IA 3SV3A 3TAFA 3VA0A 4NCAA 2XO7A 3RMCA 3M8SA 4BWMA 3V9XA 2FBTA 1S6QA 3C6UA 3O4QA 3HVRA 4FM0A 2E6MA 3BGRA 4CGIA 3PY8A 4DQIA 2O4IA 3DOLA 3QIOA 3OY9A 4PWDA 4CE9A 3ISNC 3V1RA 4RW7A 3JSMA 4DQRA 2HHSA 4FLUA 2D5RA 3CFPA 3AVHA 3ZSVA 4LSNA 2G8KA 2EX3A 1BI4A 3KIOA 4CEQA 4CEFA 1A5VA 4MFBA 4KV8A 1DLOA 4DTPA 3QNNA 3THVA 4KB1A 1BL3A 1RDCA 4FCYA 1WNSA 4KHNA 3OYDA 2E6LA 4LSLA 2Z1GA 4RW4A 3WNGA 2P5OA 2B4JA 2XY7A 4FLTA 2OZMA 2Z1HA 1RBUA 3M8PA 4W5TA 4KFBA 5HRRA 3WNFA 4EP5A 3LZIA 1TKDA 3OYMA 4CEEA 1S9EA 5FRNA 3VQ4A 1NOYA 2X6SA 1BI4B 3B6PA 3IAYA 3RWUA 4Z4FA 4F2SA 1HQUA 3F73A 4FJIA 5DMRA 4FJNA 2BE2A 2GBZA 1VSHA 3RRHA 1SKWA 3AVJA 2KW4A 1ZBIA 3KKSA 3V81A 3QEPA 3CG7A 3L3UA 3SZ2A 2QKBA 4KHUA 2YV0X 4FZYA 1U45A 4FVMA 4B8AB 2PY5A 3TABA 3TARA 3AA4A 3O4NA 1IKWA 3TI0A 4CJQA 4CJTA 3VQQA 4J2DA 2ETJA 3SPZA 1JLQA 4ID5A 3KKRA 1S1XA 1S1TA 2P5GA 1HNIA 1WLJA 1BCOA 1S6PA 1RCHA 1LWCA 2Z1IA 4FJGA 1BCMA 4I9QA 4KPYA 4BE1A 3MXIA 3NGIA 3KLFA 2B6AA 1LW2A 4FJXA 3DLKA 2XY8A 3CQ8A 4AHUA 4CJVA 4CEAA 4N76A 4KKOA 5KGXA 3IRXA 2JLEA 4F3OA 4K8XA 3OS0A 4KAZA 4KHSA 2GV9A 4DTUA 2QKKA 3DRPA 2E4LA 4CJ3A 4FLZA 3QEIA 4DG1A 3D45A 3L2WA 1EX4A 5C42A 4JLHA 3AV9A 1TKZA 2YNGA 1TAQA 4DMNA 5HLFA 2BDPA 4DQPA 3DYAA 3KK1A 1JLCA 2OPRA 3NGZA 3SQ1A 3NF6A 3AO3A 1TKTA 4CJFA 1WSHA 4OPKA 4PY5A 4CCHA 4KREA 4E3SA 4DFMA 4CJKA 4DTXA 3O3HA 1QSSA 1Q9YA 4OGEA 3OYJA 3PO4A 3B6OA 5T7BA 4DTSA 1NKEA 1N6QA 4B9VA 3S9HA 3AA2A 4UQGA 2HHWA 4AH9A 3FFIA 1JLEA 4Z0UA 4B08A 4CGHA 3KK2A 1A5XA 4AHTA 1NK6A 3NH1A 4CEBA 1HQEA 4CGGA 2VG7A 3IG1A 2VG6A 1KRPA 4CEDA 3CYMA 4CJPA 3ALYA 1RILA 3NBPA 4Z4GA 4Q0BA 1C0TA 5CY4A 2VG5A 1RT3A 1TL3A 3QNOA 2DTUA 1VRTA 3HPGA 4E7HA 3SCXA 1RTDA 5I3UA 1BQNA 5E41A 3U3GA 1ASUA 4FW1A 3L3VA 4B9TA 4OGCA 4CHYA 4FYDA 2HMIA 3V1OA 4E1NA 2A1SA 4B9UA 4M3ZA 3T1AA 3OYEA 3ZSXA 2Y1IA 1T05A 2X6NA 4DFPA 3TR8A 4BE2A 4IG0A 1NJZA 3HPOA 2IDOA 3K5OA 4H4MA 1VSKA 4OLAA 1GOAA 4KTQA 4CHQA 4E7JA 2RF2A 3LALA 2D0BA 3TAGA 1WAJA 4E1MA 1B9FA 1VK0A 4BDPA 1T7PA 1RNHA 4OKJA 3QLHA 4KHYA 3SQ4A 3L2UA 4M45A 3AO2A 4CK2A 1JXBA 1VSEA 4CJ5A 2Q3SA 3LWLA 2G8VA 2R7YA 1T8EA 2KZZA 1S5JA 1SL2A 3DI6A 4N5SA 1S9GA 3CM5A 3VQPA 4BACA 1HRHA 1Y97A 4DLGA 1D8YA 1ITGA 1JKHA 3VN5A 3O3GA 3QESA 4CEZA 4H8KA 3NE6A 1IG9A 2G8UA 2ZE2A 4YFUA 1HYZA 1LWEA 1NK8A 4I7FA 5J2PA 3AVNA 3IS9A 3SQ2A 5FDLA 3ZSOA 4FLWA 3CM6A 3K5MA 3ZSYA 4CHZA 4HUEA 3SJJA 3KD5E 4M3XA 1J9AA 1KVBA 1JLFA 3ITHA 3EZ5A 3SI6A 4DFJA 4CJRA 2YNFA 4Z4IA 1EP4A 2IOCA 4M42A 4RW8A 4CJLA 4CIGA 1B9DA 4CK3A 1WSGA 1I3AA 2ITGA 4MQ3A 3OJSA 1TV6A 1CLQA 2G8HA 4CK1A 3K5NA 3HO1A 1NK5A 4E7KA 4CFCA 4KI4A 2HHVA 1RBTA 3ZT1A 4EP4A 3QETA 1D9DA 3S3MA 2OPQA 4ELTA 1WSIA 3VQ6A 3NF8A 1BHLA 1IKYA 3AA3A 3LP3A 1UA0A 1VSJA 4AILC 4AHRA 3RMDA 3KTQA 5C24A 3L2RA 2QK9A 3DLHA 2WONA 3NH2A 2HHTA 2EHGA 4DSKA 3LPUA 4PA1A 1QSYA 4N41A 3L2QA 1SL1A 3DM2A 4JRPA 3AVCA 5DK5A 1Q9XA 3I0SA 3HVTA 5KTQA 5HRSA 4FZZA 3SYZA 4I2QA 1EKEA 2HHUA 1VSIA 1FKPA 3PX0A 4Q5VA 4DTMA 2HW3A 4RG8A 3ZSRA 4OVLA 2KTQA 2D0CA 2XRIA 1RT1A 3AO4A 2X78A 1IKXA 2B5JA 3LP2A 5J2NA 1XHZA 3OYFA 4O44A 1VSMA 1RT6A 3ZT4A 4AHVA 2KFNA 2FBVA 1YVUA 3C95A 4HTUA 1Z25A 3TAPA 3DRSA 1DTQA 1J5OA 3E01A 4JS5A 5C25A 1NK7A 1JLBA 3LP1A 4O0JA 4HUGA 4E7IA 4DTRA 3OYGA 2IC3A 4F2RA 3L2VA 4W5RA 3TAEA 2PYJA 1RDAA 4E89A 1KFDA 4CJEA 1KLNA 3NCIA 1KVAA 4B9NA 4B3OA 4KRFA 2I5JA 3SNNA 2IS3A 1LW0A 3P5JA 4KTWA 4GMJB 4O4GA 4RW9A 2DFHA 1SL0A 1RTHA 5CYQA 3SUOA 2WOMA 5KI6A 2KFZA 4FLXA 2VWJA 3OJUA 3U6FA 1W0HA 4HHTA 3QO9A 5EU7A 1L3TA 5KGWA 3DLGA 1SV5A 3HP9A 2BGGA 1C1AA 4DFKA 3KLEA 3SUPA 4DTJA 1NJXA 3WNEA 3VQ5A 3JYTA 4FJ8A 1IKVA 4DLEA 1SKRA 3BDPA 4FJ7A 1NKCA 3ZSZA 3SPYA 4DSIA 4OKEA 5CYMA 5KRSA 4R5PA 4LH4A 3RMAA 3TAQA 3VQAA 4CIEA 3NH0A 3HPHA 3MXMA 1S1WA 1JL1A 4W5QA 1BIZA 4DS5A 3NFAA 2FC0A 1VSFA 1FK9A 4ICLA 2F8SA 1TGOA 4WE1A 2KQ2A 3P83D 4ID1A 1XC9A 3MEEA 3EYZA 4DTOA 3C6TA 2RN2A 3PX4A 2G8FA 4Z4CA 4KO0A 1TK0A 4CFAA 2HNZA 1UOCA 5J2QA 3V9UA 4FXDA 1X9SA 4DSEA 3OS2A 4C8KA 1QHTA 1ZYQA 1WSEA 1C1CA 4BWJA 2RKIA 4B8CA 1C1BA 1G15A 3KLIA 4DQQA 1T03A 2HVIA 4O55A 4FW2A 3HYFA 3V1QA 1KTQA 3AVAA 4DSFA 1N5YA 4W5NA 1L3SA 3HT3A 3VQEA 1DTTA 3KJVA 4DQSA 3NHGA 3NGYA 4BE0A 2XY5A 3OYNA 2A1RA 4F8RA 4NCGA 2YKMA 4ZTFA 3VQBA 1L3UA 5HP1A 4CF2A 4W5OA 3QERA 1IO2A 4FJLA 1MU2A 1KSPA 1ZBFA 1Z26A 1BGXT 3K59A 4HCBA 4E0DA 2HNDA 1ZBUA 3AA5X 4FM1A 3TANA 3LZJA 2O4GA 2YNIA 1NK9A 3LP0A 2XY6A 4CGDA 4FJHA 3VQ9A 1C0UA 1CZBA 4CFBA 4DF4A 4AHSA 1RBVA 4PQUA 4HUFA 2OZSA 2GUIA 1F21A 3VQ8A 2W42A 4CJUA 4DSJA 3AVLA 4J2BA 4N56A 4CGJA 4JRQA 1L5UA 5JS2A 4B9MA 3AO5A 3HJFA 3PUFA 2BANA 4IFVA 1RT4A 1A5WA 1D9FA 3LDSA 4CERA 1QTMA 3ZT2A 1U49A 3G0ZA 1WN7A 4IG3A 5J2MA 4BDYA 3PX6A 1GOBA 3K2PA 3TAMA 1RBSA 3KD1E 4NCBA 1U4BA 1BIUA 4AHCA 5SZTA 1LAVA 4B9SA 4CJWA 4DTNA 2DY4A 4C8MA 2YHAA 3V4IA 3DRRA 1RDDA 4DS4A 2KZMA 2HVHA 1REVA 5FROA 4K8ZA 3V9SA 3PV8A 3AVFA 4O5BA 1GOCA 4B9LA 1LAWA 4EZ9A 3QEWA 4KI6A 2OA8A 1NK0A 1UWBA 4FJJA 4LH5A 3KLGA 3K58A 3DLEA 4M3UA 4CF0A 2YHBA 1X9MA 3T3FA 1RT7A 5HBMA 1FKOA 2YNHA 1KLMA 3AVKA 1QQCA 3CFOA 3HSTB 4E7LA 4FJ9A 1SKSA 4IKFA 1BISA 3G10A 4XIUA 3AVIA 4NYFA 4QAGA 2OPSA 3AO1A 1S1VA 4DU4A 1NKBA 1CZ9A 4CF8A 4C8OA 3KK3A 4BDZA 3AVGA 2PZSA 3S3NA 4FJ5A 4J2AA 5K14A 1WSFA 4M3RA 3OVNA 1HJRA 1TL1A 1VSDA 2IGIA 4H4OA 4OJRA 2P51A 3EY1A 1C6VA 1O1WA 3O3FA 3RRGA 2P1JA 2LSNA 4M41A 4J2EA 4CESA 4I2PA 1SUQA 1FXXA 3MEGA 3L8BA 2ZQBA 3H08A 3QIPA 4KTZA 4FM2A 1HPZA 3F9KA 4CJSA 2HHQA 1J53A 4GVMA 1U48A 3P1GA 4FK2A 2X74A 3QINA 1TAUA 5HRPA 3K5LA 4C8NA 3CFRA 1NJYA 5J1EA 4F4KA 3OYLA 4EZ6A 2QXFA 1HYVA 1WAFA 3HL8A 4CF1A 3NDKA 5HRNA 2IAJA 1XWLA 4TSXA 1TKXA 4CJ4A 1UA1A 3C94A 2F8TA 4QCLA 3VQ7A 4PUOA 2RPIA 3ULDA 3SV4A 3VQDA 2Y1JA 3M8RA 1B92A 1QE1A 1QSLA 3TWHA 4OLBA 4KHQA 1U04A 4IBNA 1CXUA 4RW6A 3RMBA 4Z4EA 1X1PA 4LY7A 3T19A 3VA3A 1RBRA 3AVMA 1LV5A 1BQMA 2OPPA 3NAEA 1NJWA 4KB0A 3OYKA 3HXMA 4NYNA 3D0PA 4LD0A 3OYBA 3HM9A 3OYAA 1ZBLA 1JLGA 3LPTA 5FRMA 2NUBA 5D3GA 3A2FA 4G1QA 3VQCA 3HP6A 4JS4A 4I9LA 3MECA 5CZ1A 4DU1A 2ATQA 4N47A 1RTIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V4SA 4ZHRA 4JI8K 1J54A 4YDUA 3SUNA 3H46O 1D5AA 2XHBA 3A5NC 1YTAA 3RR7A 1N8RO 3LDOA 4IDKA 1VSLA 1NM1A 2DFEA 4ELUA 3ZT3A 1C0MA 3RR8A 3M3ZA 4M3YA 3WQUA 3C0BA 3RTVA 3SQ0A 4BRAA 3V9WA 1R59O 1HYSA 1LWFA 3J7AP 3WNHA 2QXLA 4BC4A 3QEVA 3K57A 1EETA 4CGFA 4B1WB 5JVGL 2UU9K 2UUBK 4Y1CA 2Z1JA 3HK2A 5LMUK 2NZTA 1ZBHA 3OYHA 4L8RB 1D4XA 4CHNA 2HNYA 2G8WA 4CF9A 4ISFA 1Q8IA 1JLAA 4DSLA 4HCCA 1I39A 1S22A 4M7YA 1H1VA 3LANA 4KHWA 3MEDA 3VEZA 4EHUA 3ZT0A 3V9ZA 1RDBA 5CZ2A 3TPQA 3TAFA 3BEXA 4JI2K 2NRVA 3V9XA 1HNWK 5FPNA 4WFBL 3PY8A 4FM0A 1S3XA 4DQIA 2O4IA 3DOLA 3V1RA 4BRCA 3JSMA 4EAHD 2ZM6K 4EIAA 1NBWA 3ZSVA 2G8KA 4AQYK 3HZ6A 4KB1A 1DLOA 4DCHA 4GVEA 1BL3A 4FCYA 3CD6N 2Z1GA 3WNGA 2P5OA 2EWSA 1NMNA 4LF9K 1GLAG 4A62A 3C7NB 4KFBA 4EP5A 4B1YB 3UKRA 3LZIA 3OYMA 4GV9A 1NGGA 3VOVA 5FRNA 3B6PA 1BI4B 4Z4FA 1HQUA 3H3NO 3F73A 4FJIA 2BE2A 1VSHA 3RRHA 3IFRA 3O1BA 4BQZA 3QEPA 2FSNA 3CG7A 3DXKB 1YI2N 1QZ6A 1JCGA 4B8AB 3D2EA 4R79A 2D0PA 3O4NA 3TI0A 4CJTA 3AGRA 4RCHA 4WCEL 1JLQA 1W97L 3KKRA 3T7ZA 1NGEA 2QWRA 4A61A 4FWLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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