2HB5A

Crystal structure of the moloney murine leukemia virus rnase h domain
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
155
structure length
150
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQEGQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHLTSEGKEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCGHSAEARGNRMADQAARKAAITETPDTS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Moloney murine leukemia virus
publication title Crystal Structure of the Moloney Murine Leukemia Virus RNase H Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 38
structure length 150
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2hb5A00
1IH7A 1BL3A 2KZZA 1VSEA 2YHBA 4F4KA 4NCAA 1RT6A 3CYMA 3DM2A 4B8AB 4GVMA 3M8SA 3QEIA 2F96A 3K5OA 1C1CA 1RT1A 4BE1A 2LSNA 3SPZA 1TKXA 3CM6A 3SQ4A 4CESA 4OGEA 1N6QA 3PX0A 3PX4A 1A5WA 2A1SA 4M3UA 4Y1DA 2W42A 2ZD1A 4HCBA 3VQAA 4FJ9A 4W5OA 2FBYA 1TK5A 1YT3A 1VSFA 1D8YA 3ZSXA 4O0JA 3C6TA 4F2SA 1IKYA 3AVAA 2HHWA 3DLHA 1NKBA 2EX3A 5CZ1A 3MEEA 1CLQA 4DTUA 1ITGA 2OA8A 3NF6A 4Y1CA 1BCMA 2VG5A 4CJPA 4Z4GA 1Z25A 1NK4A 3F73A 2BANA 4OKJA 4KV8A 1ASWA 4FM1A 2WONA 1SL2A 5E41A 1IKVA 2ITGA 3AVGA 3LZJA 2OZSA 1Z26A 3TABA 4CK1A 4FZYA 4KFBA 3I8DA 3CQ8A 4GMJB 4DQQA 5HBMA 2XY6A 2QXFA 2BDPA 3TWHA 1W9HA 3VQ8A 3OYCA 3CFOA 3HT3A 1J54A 3C6UA 3S9HA 2PZSA 1HQEA 1UOCA 3DLGA 3K2PA 4C8MA 2QKKA 3TAFA 3SQ1A 2Z1HA 3S3MA 4FJLA 1NJYA 2G8IA 3U3YA 4HUFA 5SWMA 4O0IA 3QEXA 1HYVA 5I3UA 3AV9A 2YNIA 1ZBUA 3V9UA 1S1VA 3QETA 1VSHA 2DY4A 4N76A 1Y97A 1O1WA 4OLAA 1EETA 4JS4A 1NOYA 1SV5A 3AVJA 1BIZA 1TKTA 4ID1A 5JS1A 4DTPA 2VG7A 1BISA 1TL3A 3CFRA 4HCCA 1TL1A 5C24A 2NUBA 4IG0A 2HHXA 1D9FA 4M42A 3QEVA 3SUQA 5SZTA 3HP6A 2DFEA 1SKSA 1T05A 1X1PA 2RN2A 1L5UA 3VQDA 3TAQA 1J53A 1C0MA 2VWKA 4H8KA 3HPGA 2A1RA 1Q9XA 3NH1A 1S9EA 2G8UA 1LW2A 4HHTA 3ZSVA 4B9SA 5K14A 3L2VA 4C8OA 4RW7A 3VA0A 4CJUA 4I7FA 1HJRA 2XY7A 1FXXA 1KFDA 1NK7A 1JLFA 1RT5A 2QK9A 1YTAA 3HO1A 3NFAA 3WNEA 1QQCA 2HNYA 2OPRA 3LP0A 1B92A 4OLBA 3PY8A 1JLQA 3DLRA 4RW8A 1JLGA 3WNGA 4KHUA 1VSKA 3BGRA 4G1QA 4CECA 4DSEA 3LWLA 2QKBA 2GV9A 1TAQA 3OYIA 3LPUA 3B6OA 2HHQA 4PQUA 2IGIA 3RTVA 2YKMA 4F8RA 4QAGA 3NDKA 3G10A 3T19A 1WN7A 1A5VA 1RDCA 1VSJA 4JRQA 4OGCA 3PX6A 1QS4A 1U4BA 2P51A 4E7LA 1WSIA 4PA1A 2G8VA 2I5JA 3TANA 3ZT4A 1XHZA 3RMCA 4FLWA 4FLVA 4FLYA 4CE9A 1S1WA 1WSFA 4BE0A 2ZQBA 4CFAA 4AHRA 2DFHA 4DSJA 4KHWA 3NBPA 4CF1A 2XO7A 3EZ5A 4JS5A 2G8FA 4KHNA 2Q3SA 2HVHA 3QLHA 4DTMA 4DTRA 1IG9A 1RT2A 3DRRA 4KTZA 4M3TA 3ITHA 3L2RA 5J1EA 1S6QA 4CHZA 4CF9A 4I9LA 1WSGA 1LW0A 1NK9A 3HK2A 1BI4A 3MEGA 1C0TA 2DTUA 1LWCA 4FVMA 3SUOA 2X6NA 2IOCA 2F8SA 4PUOA 3NCIA 4RW4A 3THVA 3LWMA 3AO2A 4O44A 1KVBA 3OY9A 2HHTA 3WNHA 3QEWA 4DQSA 3RMAA 3MXIA 1HYZA 4CJTA 4DQRA 2RKIA 5J2MA 3AVBA 4CHOA 1J9AA 3M8RA 4B9TA 3HL8A 5FROA 3WNFA 3OS2A 4KI6A 1TK0A 3RRGA 4E7JA 2VWJA 3LZIA 4KRFA 1TK8A 1UA1A 1VK0A 3VQ4A 4FK2A 3HYFA 5T7BA 2X6SA 4CCHA 3K5NA 1RT4A 3CFPA 4W5RA 1F21A 3HXMA 2B4JA 1C6VA 3O4NA 3F9KA 4CJVA 3QEPA 1KCFA 2PYLA 4ZTFA 4O5BA 4CIEA 3A2FA 4IFVA 4AHCA 1EXQA 3KJVA 3VQ7A 2HB5A 4CHNA 3K59A 1L3SA 3JSMA 3EYZA 1HQUA 1T8EA 4KPYA 4CK2A 4F2RA 2RPIA 3LALA 4NYFA 5KTQA 4QCLA 3VQ9A 4DFKA 4OJRA 4E3SA 4FJXA 1KSPA 4FLUA 4CJFA 3AA4A 4EZ6A 4FJMA 4KHQA 2KFNA 3PO4A 1U04A 4C8KA 4KB0A 4DU1A 5KRSA 2JLEA 4RW6A 4CJ5A 4H4OA 4LH4A 4E19A 2OZMA 4YNQA 1QSLA 4ELUA 4CJSA 1WAFA 4AHVA 3K5LA 4FJKA 4CEOA 1NJZA 4CIGA 4FLXA 1KLMA 4OPJA 5JS2A 4DSKA 3NGZA 4BWMA 2IAJA 1QE1A 3KKSA 4E7HA 1GOBA 1SKWA 3V1OA 2ATQA 4DSLA 4M3ZA 1JKHA 1RBUA 4KHSA 1YTUA 1S1TA 3RR8A 3QO9A 2XY5A 3TARA 2OPPA 3KLHA 2KTQA 5CYMA 4AHSA 4CJEA 4DU4A 2X78A 3TAPA 3OJUA 3HPOA 4CEEA 4OVLA 3P83D 4FK4A 1RILA 2ZE2A 5HRPA 2E4LA 4BE2A 3LP1A 3L2WA 2E6MA 2FC0A 2O4GA 3HM9A 4DFJA 2Z1GA 4DS5A 1RTIA 1QHTA 2WOMA 3I0SA 3DI6A 3U3GA 4E1MA 3SJJA 3DLKA 1N5YA 3NH0A 1D9DA 3OYBA 4LD0A 4W5QA 2AJQA 5KI6A 5HP1A 3ZSZA 1KLNA 3CG7A 3AVIA 4F3TA 4CF0A 4FJJA 4WE1A 3ZSWA 4NCBA 2F8TA 2XRIA 3KD1E 3DMJA 4DLEA 3SPYA 4Z4IA 3C94A 4C8NA 3TAGA 1FK9A 3DLBA 3HJFA 3K5MA 4B9VA 1TAUA 1REVA 2YNHA 4BACA 3I0RA 4E7KA 3AVFA 3LPTA 1NK5A 4DTXA 3PO5A 4OKEA 1U45A 3ASMA 2XY8A 1ZBLA 5C25A 1XC9A 4DF4A 5CZ2A 3KTQA 4CEDA 1DTTA 3VQ6A 1EKEA 2E6LA 1RDDA 1HPZA 3TR8A 4N5SA 4DF8A 1U48A 1SKRA 2P5OA 5KRTA 4DSFA 4F3OA 1S1UA 4CEQA 4M3RA 5FRNA 1XHXA 3ZT0A 1I39A 4DSIA 2P5GA 3OYGA 4TSXA 4ID5A 3KLEA 3AO4A 1LWEA 1RT3A 3H08A 4K8ZA 2G8WA 4FJHA 1BQMA 4KTWA 4KAZA 1FKPA 1WSEA 4LY7A 4FLTA 4NYNA 1ASUA 3OYEA 4FZXC 1VSMA 2YNFA 2YKNA 1BIUA 1LAVA 3ISNC 1KVCA 4CJ3A 1B9FA 2GUIA 4CHQA 3OYAA 4DTJA 1U47A 1ZBIA 4BDYA 3L3VA 1QTMA 1JXBA 1U49A 3M8PA 2KZMA 4KI4A 4B3OA 4FW2A 1UAXA 1BGXT 3AA3A 3NGYA 3ZSRA 4R5PA 4QOZB 3PV8A 3PUFA 4AILC 1TKZA 3P1GA 3SUPA 1A5XA 1WNSA 1VSLA 4BWJA 3IRXA 4ELTA 4CHPA 5I42A 4E7IA 4GW6A 1VSDA 2EHGA 4CGGA 3S3NA 2D5RA 3OYFA 1NK0A 3V9ZA 1BCOA 4ICLA 4KTQA 2PY5A 3VN5A 3EY1A 4AH9A 1J5OA 1EX4A 3V4IA 4CJQA 3VQBA 3TAEA 1UWBA 4DQIA 4DQPA 3V9XA 1W0HA 1LV5A 1CZBA 4FM0A 2FBVA 3AA2A 4CGIA 3CM5A 4RG8A 1IKXA 1LAWA 4M3WA 3KKRA 3JYTA 1L3UA 4HVJA 3V9WA 3HP9A 3HVTA 2B6AA 2VG6A 4PWDA 2OPQA 4MFBA 2G8HA 2YNGA 3AVHA 4KB1A 3NGIA 4FW1A 4H4MA 5FDLA 1Q9YA 1DLOA 3SV4A 3RR7A 4CHYA 2FBXA 4L8RB 3KLGA 2OPSA 1KTQA 3TAMA 3VA3A 1NKEA 5CY4A 3QESA 1HMVA 3NF9A 1JL2A 4B8CA 4DMNA 5FRMA 4O4GA 3KLIA 3QINA 2YV0X 3OVNA 3LP2A 3O3FA 2FBTA 3G0ZA 4M41A 1G15A 1SUQA 4FJ5A 3VQ5A 1IKWA 4OKKA 2HW3A 5J2NA 1WLJA 3S3OA 3AO3A 3HSTB 3LP3A 4FM2A 4C8LA 1CXUA 4B9UA 2DFFA 1JLEA 2HNZA 1JXEA 2P1JA 2KFZA 1ZBFA 4O55A 3RMDA 3OYMA 4IG3A 4DTOA 4DTNA 1NOZA 3E01A 4Z0UA 1L3VA 3HPHA 3V9SA 4IDKA 3ZT3A 4K8XA 3MXJA 4MQ3A 1CZ9A 3NF7A 4HUGA 4E89A 4BDZA 4HTUA 2KW4A 3KK1A 3SZ2A 3SQ0A 2HHSA 1UA0A 4DWIA 4CF8A 1LWFA 2XHBA 1WAJA 1L3TA 4IBNA 3VQEA 4EP5A 3OS1A 4FK0A 1C1AA 4CIFA 4CEZA 1KVAA 4B9NA 4DTSA 3NE6A 3D45A 5DMRA 1S9GA 3RWUA 1X9WA 4IKFA 3NF8A 1ZBHA 2BGGA 3ALYA 4HUEA 3AO5A 1I3AA 5HRRA 1NJXA 1VRUA 4CEAA 5HLFA 3ZSQA 1BQNA 1X9SA 2Z1JA 1TKDA 4FJIA 4CEFA 3SYZA 2D0AA 3MEDA 5C42A 4Z4EA 3AVLA 4AHUA 5HRSA 1RBRA 3ZSOA 4JRPA 1IO2A 3SCXA 2KQ2A 4M3XA 4DU3A 1VSIA 3KIOA 3OYJA 2Y1JA 1R0AA 4J2AA 3QIPA 2B5JA 3OYKA 3DYAA 4E0DA 4CFCA 4FJ8A 2O4IA 3K57A 4B9LA 3T1AA 4FYDA 1JLBA 1GOAA 4ELVA 4Z4HA 3SUNA 2PYJA 2ETJA 3KK2A 1D5AA 4CJKA 1KFSA 4Q0BA 4AHTA 1BI4B 2D0BA 1HYSA 4J2BA 1S1XA 3M8QA 3SNNA 3DOLA 4N41A 2X74A 3C95A 4I2QA 4CERA 1K6YA 4FXDA 4I9QA 4I2PA 3L2UA 1SL0A 3UIQA 1HRHA 2BE2A 4LH5A 4J2DA 4RW9A 4CJRA 4IFYA 3OYDA 1DTQA 1EP4A 3B6PA 1SL1A 1JL1A 4DG1A 1RTHA 2GBZA 3NAEA 1KRPA 4Z4FA 1BHLA 1XWLA 3IG1A 5KGWA 1B9DA 4CEBA 4ZTJA 3O3GA 4Z4CA 4DS4A 3QNNA 3NH2A 3U6FA 3T3FA 3MXMA 3D0PA 1RBVA 3MAQA 1GOCA 1TGOA 3KLFA 4FJNA 3MECA 4CGHA 1ASVA 1C0UA 3AVCA 3ULDA 3SV3A 2OYQA 3OYLA 4M45A 3FFIA 1RT7A 3AA5X 4CF2A 3V81A 3LAMA 4KKOA 2IS3A 2HMIA 4CGDA 3V6DA 3O4QA 3QNOA 2JGUA 1X9MA 4FJ7A 4KO0A 1YVUA 3HVRA 4NCGA 1MU2A 3VQPA 1RBSA 5CYQA 4CFBA 4KHYA 1RDAA 3RRHA 3P5JA 4CJLA 1NJWA 1FKOA 1T7PA 4PY5A 5D3GA 1C1BA 3KK3A 4FZZA 1JLAA 1S6PA 4CGJA 1HNIA 4FJGA 2IDOA 2Y1IA 3ZCMA 4CK3A 3SI6A 3SQ2A 5HRNA 3DRSA 2YHAA 4BDPA 3AVMA 3DRPA 1RDBA 2R7YA 4W5NA 5J2QA 4FLZA 3LANA 3V1RA 4B08A 4W5TA 1RTJA 4J2EA 2RF2A 1RCHA 4DFPA 3QIOA 4N56A 1TV6A 3VQQA 3VQCA 1Q8IA 3QERA 1S5JA 4CJ4A 4B9MA 2HVIA 3BDPA 2HHVA 3TI0A 1NK8A 3O3HA 3AVNA 1NK6A 2G8KA 3OYHA 2D0CA 3ZT2A 3AO1A 1CXQA 3OYNA 4KREA 4M3YA 4EP4A 5J2PA 3L2QA 1WSHA 1ZYQA 3LDSA 3L8BA 4EZ9A 3NHGA 4FCYA 4UQGA 3KD5E 3V1QA 3OJSA 3RMBA 4OPKA 4E1NA 4ZHRA 4DLGA 1RTDA 1QSYA 3K58A 2HHUA 1XI1A 5EU7A 3ZT1A 4CFDA 1WSJA 5KGXA 4CGFA 1JLCA 2Z1IA 1VRTA 4Q5VA 3OS0A 1T03A 4CJWA 1QSSA 1RNHA 3LAKA 5DK5A 3IAYA 3AVKA 4LSLA 4JLHA 1HNVA 2IC3A 4YFUA 5HROA 3IS9A 3L3UA 1NKCA 4LSNA 2HNDA 4DFMA 3DLEA 3DOKA 3ZSYA 1RBTA 4N47A 1TVRA 4XIUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9IB 2YHBA 3CYMA 4GVMA 2F96A 1C1CA 1RT1A 3CCVN 2LSNA 3PX0A 1BDGA 2A1SA 2W42A 2O8DB 3UKRA 3THWB 2FBYA 1TK5A 4FWSA 1D8YA 1RGIA 4O0JA 3C6TA 1IKYA 2P9PB 2WFBA 1HR0K 2VG5A 4CJPA 2GX9A 3F73A 4OKJA 4KV8A 2YI1A 1ASWA 5E41A 4FZYA 3LZJA 3I8DA 2QXFA 1W9HA 3VQ8A 4GKKK 3S9HA 2PZSA 1HQEA 1UOCA 4C8MA 4J8FA 3IMXA 2QKKA 3TAFA 2Z1HA 4FJLA 3P4IA 1NGHA 4H03B 4YDUC 4N76A 1O1WA 3J81O 3O9SA 4JS4A 1SV5A 2UXBK 1BIZA 1K8KB 1TKTA 4ID1A 4B1YB 4LF4K 3CIPA 4DTPA 2P9KA 3ULEA 4YDUA 1TL1A 5B8HA 3VETA 1T05A 2DFEA 1GLDG 2VWKA 4HTLA 5GIOA 3HPGA 4DKWA 2A1RA 2ASOA 2G8UA 3THXA 3R1XA 4B9SA 3E9PA 4C8OA 3FLCO 4CJUA 1HJRA 1VQLN 3HO1A 5TKYA 3THYA 1QQCA 2HNYA 1VAZA 2OPRA 3AY9A 1B92A 3DLRA 4CW7B 3M6GA 4CZLA 4G1QA 4RCHA 4H0YB 5GINA 3D7EO 3VOVA 3T19A 4JRQA 3JS6A 2P51A 1BG3A 3DXMA 5HL7L 3ZT4A 1KAZA 4MO5A 4FLVA 4BE0A 2ZQBA 1N32K 4FPAA 3NBPA 3EZ5A 5BRHA 4JS5A 2O8FA 4DTMA 1IG9A 1RT2A 4CI6A 4M3TA 1S6QA 1NK9A 3R3LA 1C0TA 2DTUA 1YVNA 4NO7A 3CQYA 1VQ4N 1Y64A 3A0IX 3LWMA 1YF5L 2HBLA 1KVBA 3WNHA 3QEWA 5AFUA 4X66K 1HNWK 4DR1K 1HNXK 2WBNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2P9I B;  2YHB A;  3CYM A;  4GVM A;  2F96 A;  1C1C A;  1RT1 A;  3CCV N;  2LSN A;  3PX0 A;  1BDG A;  2A1S A;  2W42 A;  2O8D B;  3UKR A;  3THW B;  2FBY A;  1TK5 A;  4FWS A;  1D8Y A;  1RGI A;  4O0J A;  3C6T A;  1IKY A;  2P9P B;  2WFB A;  1HR0 K;  2VG5 A;  4CJP A;  2GX9 A;  3F73 A;  4OKJ A;  4KV8 A;  2YI1 A;  1ASW A;  5E41 A;  4FZY A;  3LZJ A;  3I8D A;  2QXF A;  1W9H A;  3VQ8 A;  4GKK K;  3S9H A;  2PZS A;  1HQE A;  1UOC A;  4C8M A;  4J8F A;  3IMX A;  2QKK A;  3TAF A;  2Z1H A;  4FJL A;  3P4I A;  1NGH A;  4H03 B;  4YDU C;  4N76 A;  1O1W A;  3J81 O;  3O9S A;  4JS4 A;  1SV5 A;  2UXB K;  1BIZ A;  1K8K B;  1TKT A;  4ID1 A;  4B1Y B;  4LF4 K;  3CIP A;  4DTP A;  2P9K A;  3ULE A;  4YDU A;  1TL1 A;  5B8H A;  3VET A;  1T05 A;  2DFE A;  1GLD G;  2VWK A;  4HTL A;  5GIO A;  3HPG A;  4DKW A;  2A1R A;  2ASO A;  2G8U A;  3THX A;  3R1X A;  4B9S A;  3E9P A;  4C8O A;  3FLC O;  4CJU A;  1HJR A;  1VQL N;  3HO1 A;  5TKY A;  3THY A;  1QQC A;  2HNY A;  1VAZ A;  2OPR A;  3AY9 A;  1B92 A;  3DLR A;  4CW7 B;  3M6G A;  4CZL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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