The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
LSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Eukaryotic class 1 translation termination factor eRF1 - the NMR structure and dynamics of the middle domain involved in triggering ribosome-dependent peptidyl-tRNA hydrolysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
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| molecule tags |
Translation
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
24
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OBW A; 4AF1 A; 2VGN A; 2HST A; 3WXM B; 3OBY A; 2QI2 A; 3E1Y A; 3VMF B; 1DT9 A; 2VGM A; 3AGK A; 3MCA B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JNE A; 3FZF A; 1E4G T; 4CEZ A; 3QFP A; 4LSN A; 1TAQ A; 4Z94 A; 1SUQ A; 4DTJ A; 1KQS M; 4B8C A; 3O08 A; 4I2P A; 4JS5 A; 4M3Z A; 1V4T A; 4DS5 A; 1IV0 A; 4BQL A; 3DXM B; 2I7P A; 4DTS A; 3O80 A; 4DV4 K; 1YJW N; 3CET A; 1VRU A; 1REV A; 4KHU A; 2D0P A; 2FBY A; 5KGX A; 3AVC A; 4I6M B; 4EAH D; 3CMA N; 1NGD A; 4NCA A; 5ADX H; 1DTT A; 3P1G A; 4K42 A; 5AZI A; 1B9D A; 3KKS A; 3VN5 A; 1E3M A; 4K43 A; 4CJU A; 4WFN L; 4JI1 K; 3OHR A; 4QAG A; 3VGM A; 1NGI A; 4FLX A; 4AHT A; 4CF1 A; 4PKG A; 2F7T A; 2VGM A; 5FPM A; 4JHD A; 4DQQ A; 3HI0 A; 3ITH A; 1VSL A; 4B3O A; 4E7H A; 4CJP A; 1VSH A; 3LDO A; 3DLR A; 4E1N A; 3NCI A; 3MN9 A; 3KLG A; 4DF4 A; 2E2Q A; 2YHY A; 4CJ7 A; 4N5S A; 3B8A X; 4CK3 A; 3KK1 A; 2WTU A; 3AGK A; 2W42 A; 1S1U A; 4KHN A; 4LH5 A; 4JKE A; 4IDH A; 1RT4 A; 3K5M A; 5AQW A; 4Z4G A; 5I42 A; 3DJC A; 1Z26 A; 3VF6 A; 4YOV A; 4OLB A; 5CE3 A; 4CEC A; 1HNV A; 4FK2 A; 3KLH A; 2PBD A; 4J2B A; 2IVO A; 4B9Q A; 4DV2 K; 3TU5 A; 4JKG A; 2BTF A; 3CM6 A; 4MO4 A; 1L3T A; 3L3U A; 1S72 N; 4FJM A; 4HUE A; 2ZD1 A; 4KH4 A; 4OPK A; 2P9N B; 1VQO N; 1IH7 A; 1XNR K; 2XY5 A; 1Q86 O; 1BA1 A; 3TPQ A; 3GOI A; 1NGA A; 2P9U B; 2WC9 A; 2VWK A; 4JI0 K; 4J2E A; 2EX3 A; 3M8R A; 3NAE A; 1MU2 A; 2W41 A; 4CGD A; 3NH1 A; 1NOY A; 3E66 A; 3CER A; 3VF2 A; 4CHN A; 1Q82 O; 1SL0 A; 4YY3 K; 1U6Z A; 1RIL A; 1KSP A; 4LFA K; 1CLQ A; 2P1J A; 4DV6 K; 2DFH A; 2RKI A; 1BIZ A; 3KJV A; 4FZX C; 4K25 A; 2Z1H A; 2OZS A; 3EKU A; 5CZ2 A; 1T8E A; 4B1U B; 4EHT A; 3ID6 A; 5BPM A; 1HUX A; 4CGH A; 4FJK A; 4MQ3 A; 2YNG A; 1BHL A; 1WSI A; 4M3T A; 5C42 A; 3S3M A; 3B6P A; 2ZJR L; 4I2Q A; 3WQT A; 4KH5 A; 1JXE A; 2WOM A; 1SKS A; 3ID8 A; 1HNW K; 3VOV A; 3R8E A; 4ISE A; 3CM5 A; 4DU1 A; 1J5O A; 4E3S A; 3S3O A; 2D0A A; 2UUB K; 2O8B A; 1JKH A; 1ASW A; 5HOO A; 3VTH A; 3U6F A; 2D5R A; 3T3F A; 5CYQ A; 1EP4 A; 5B8H A; 1Z25 A; 1YTA A; 4DKW A; 2KTQ A; 1W7A A; 5FPE A; 4NXN K; 2XY6 A; 2BH1 A; 1WSE A; 2G8I A; 2QW9 A; 3OBW A; 4DR4 K; 2QKB A; 4GV6 A; 3DLK A; 4CBU A; 2HVI A; 4OKE A; 2UXB K; 3J7Y P; 4HCC A; 3QEP A; 3A5N C; 3HOT A; 1HYS A; 4C1N I; 1JLF A; 5AZJ B; 4ISG A; 1D9F A; 1KTQ A; 3K58 A; 1ATN A; 4H4O A; 4NLB A; 5D3G A; 2PFU A; 1T05 A; 4PKI A; 4JK7 A; 2Z1I A; 3WXL A; 4CJW A; 4EP5 A; 1U2V B; 1WAF A; 3C95 A; 4BQZ A; 4CES A; 1K73 O; 1L3U A; 3M6G A; 1YI2 N; 1NGE A; 1IO2 A; 3CJA A; 1GLF O; 4XEI A; 2HHW A; 3AO1 A; 4DQP A; 2I7N A; 4LF5 K; 4JN4 A; 1SL2 A; 2NLX A; 2YJE A; 1VSI A; 1U4B A; 3KHY A; 4MLE A; 4OKJ A; 3DRR A; 3Q7C A; 4K8X A; 4BR0 A; 4FLY A; 1XNQ K; 4JI4 K; 1Q81 O; 1HX1 A; 4YNQ A; 1VSD A; 2ITM A; 4E89 A; 3VQ9 A; 3NH0 A; 4ZHR A; 4C8N A; 1X9W A; 4CZF A; 4B9V A; 5GIP A; 2G8U A; 4C8M A; 5KPR A; 4CJ4 A; 3THW B; 5EOY A; 4CF8 A; 3T1Y K; 4E7K A; 4CW7 B; 3HST B; 4DR5 K; 3OYH A; 3IKM A; 1BQM A; 5J1E A; 3HO1 A; 4FJJ A; 5TKW A; 4M3W A; 3NGZ A; 4DUZ K; 4DF8 A; 4OPH A; 2G8V A; 4CFD A; 3KIO A; 4GVE A; 3C6U A; 4DR2 K; 1OKJ A; 3MCA B; 2ZWH A; 3AO4 A; 3K9K A; 1QS4 A; 2VG5 A; 2O8D B; 3ULE B; 4DCH A; 5EXW A; 1K8K B; 2F9T A; 5M1O A; 4CIF A; 4LY7 A; 2A5X A; 2UYT A; 1BI4 B; 1I94 K; 3WEE A; 1O1W A; 3CHW A; 3TAP A; 3OS0 A; 4XH4 A; 1UAX A; 3OYK A; 5EU7 A; 4BRH A; 1N33 K; 3ZEU A; 4CD3 A; 2QXF A; 1RBV A; 4NLC A; 1NOZ A; 3QBX A; 4PA1 A; 3VEO A; 3SLC A; 1X3N A; 2CGJ A; 1FJG K; 4FWM A; 4M3Y A; 3AVM A; 3OW2 M; 4DUY K; 2QTD A; 3ZT3 A; 4U67 L; 4JLH A; 4ELU A; 4FXD A; 4B3T K; 3H1Q A; 3V4I A; 4CZK A; 2ZF5 O; 5KRT A; 3K57 A; 1S22 A; 1TVR A; 5JLH A; 4CCH A; 2HHT A; 1RDC A; 2YHA A; 3D2F A; 4A2B A; 4C8K A; 1G15 A; 4IEI A; 3TAR A; 3KKR A; 1ITG A; 3H3N O; 4DFP A; 1N5Y A; 5AQJ A; 1I3A A; 4MFB A; 3ATU A; 2GUP A; 4YOW A; 4YOT A; 5LJW A; 3W0L A; 3DMJ A; 3VQ7 A; 1JL1 A; 4HTL A; 2QK9 A; 2WFB A; 4ELT A; 2Y1I A; 3K59 A; 3MX2 A; 1YXQ A; 5IWA K; 5M1F A; 3E9P A; 3UKU A; 1W9H A; 3DXK B; 3C65 A; 3LPT A; 5BRD A; 4CJT A; 4CBW A; 5FRN A; 4CEF A; 2E88 A; 1HKG A; 4BRE A; 4PY5 A; 4M3R A; 2E4L A; 2YV0 X; 2O4G A; 1NG9 A; 1LV5 A; 1GLB G; 3SBT A; 4E19 A; 2F4V K; 4BC3 A; 3TAM A; 3KLE A; 3MAQ A; 3KK7 A; 5FRO A; 4BRI A; 5T7B A; 2Q2R A; 4BAC A; 3CCJ N; 4H8K A; 2ZJQ L; 5A2Q O; 4AQY K; 4BVO A; 1XWL A; 3KK3 A; 2HST A; 4YFU A; 4JI8 K; 3NHG A; 1OVQ A; 3SUN A; 1EX4 A; 1JLA A; 2NRW A; 3P5J A; 4RW6 A; 2VQF K; 1U04 A; 2JWL A; 1TV6 A; 3S3N A; 2O8F B; 3WNG A; 3E1Y A; 5HL7 L; 4JD2 B; 2IVP A; 1RBR A; 4FM1 A; 3BDP A; 5AFU H; 4H5V A; 3RSE B; 1V4S A; 4HUG A; 4B1V A; 3DM2 A; 3R9P A; 3UE5 A; 2A42 A; 3O3H A; 1YJN N; 1MWK A; 3VA0 A; 1DT9 A; 3SQ2 A; 3VEV A; 4IG3 A; 1VQP N; 4JK8 A; 3O9U A; 4DQS A; 1VQM N; 4GVM A; 4CF9 A; 1Z05 A; 1NGF A; 2ZGZ A; 2WUS A; 1HMV A; 3KWG A; 4H0Y B; 1VAZ A; 1XMQ K; 1KAZ A; 4Z4E A; 4YOX A; 5F2R A; 2Q97 A; 4M7Y A; 1CZ9 A; 1NK4 A; 1KLM A; 2NRV A; 3CFP A; 1TYQ A; 2QWP A; 3ISN C; 3BGR A; 3O9R A; 5CY4 A; 1NK9 A; 4CGJ A; 5JS2 A; 4CJF A; 1TKT A; 4B9T A; 2YNI A; 4FWR A; 4KH6 A; 4FZZ A; 3MMV A; 4AHS A; 1EWR A; 1RGI A; 3F2K A; 3CCM N; 3PO5 A; 4DSL A; 4FM2 A; 3KLF A; 2HNY A; 2E2P A; 3M1F A; 3OYM A; 1Q9Y A; 4RW8 A; 3IAY A; 3ZX0 A; 3TAG A; 4CIE A; 2HMP A; 4BRL A; 2RPI A; 4DTO A; 3PSI A; 3DRS A; 4H03 B; 4BC2 A; 4Y0W A; 1KAX A; 2D0B A; 4BRK A; 4BRQ A; 3VES A; 4QS7 A; 2IAJ A; 4CEQ A; 4H4M A; 4BWM A; 1S9E A; 3M3Z A; 4DTR A; 2QWN A; 4B1Y B; 2A40 A; 4XIU A; 3LM2 A; 3L2R A; 1JXB A; 3OS2 A; 1L5U A; 3DI6 A; 3KLI A; 1HNZ K; 3HK2 A; 4DV0 K; 3CCS N; 3HVR A; 3AVL A; 1QE1 A; 1HQE A; 4CZJ A; 4DV1 K; 4F2S A; 3SBG A; 3T7Z A; 3CJ1 A; 3D0P A; 2FSK A; 4B1W B; 1HQU A; 4FJH A; 3O4N A; 5C0Y A; 3THY B; 3P38 A; 1S6Q A; 3OYN A; 1N34 K; 1GOB A; 4IZ9 A; 1RT2 A; 1S1V A; 1TK8 A; 4H5W A; 3BF1 A; 3O9S A; 4CED A; 2O8C A; 4DSJ A; 3MWT A; 1RTI A; 1J54 A; 4KPY A; 5SWM A; 2QKK A; 2PYL A; 1YTU A; 2QWO A; 1IKX A; 4BR2 A; 3C6A A; 2A3Z A; 4FLT A; 3MEG A; 1VSF A; 3LAM A; 4FJ9 A; 3H46 O; 1YVU A; 5C24 A; 3NH2 A; 4BRN A; 3H6E A; 3CCV N; 1WLJ A; 5GAH P; 1DLO A; 1M90 O; 1S1W A; 4B3S K; 4FSV A; 4U7B A; 1NM1 A; 3H3O B; 1NNE A; 3HPO A; 1U47 A; 4YOR A; 3SI6 A; 3THX A; 3SUP A; 2O8B B; 1EKE A; 2GEL A; 2YHW A; 3QBW A; 3RVC A; 3OYG A; 3OYA A; 2P9L A; 4CGF A; 3G6E N; 1U48 A; 4YDU A; 2A6A A; 4M7X A; 4OPJ A; 1QTM A; 4A5B A; 4DR7 K; 4X66 K; 3UKR A; 3AVI A; 3C0B A; 5C2D A; 3MED A; 1QQM A; 1BO5 O; 3HL8 A; 1Q18 A; 4WYB A; 4JKH A; 3VQA A; 3IUC A; 2HHQ A; 3LZJ A; 4DTP A; 4LH4 A; 2ASO A; 3BUZ B; 4FK4 A; 3ALY A; 3L2V A; 5JLF A; 3NFA A; 1S1T A; 1Q8I A; 2F96 A; 2EHG A; 1IKV A; 1XC3 A; 3VTI A; 4JI7 K; 3L2U A; 3SAG A; 2R7Y A; 5AQG A; 2DY4 A; 1XQS C; 5AQS A; 5AQU A; 3I0S A; 4IFE A; 3D45 A; 1B9F A; 3AAR A; 3GE1 A; 1W2B M; 1BL3 A; 5EX5 A; 1XI1 A; 4N76 A; 2ATQ A; 2Y1J A; 4KRF A; 2QI2 A; 1LW2 A; 2HF3 A; 3P39 A; 4KV8 A; 3L4Q A; 1J5E K; 4EIA A; 5C12 A; 4CGI A; 1Q7Y O; 5AFU A; 3TI0 A; 2RF2 A; 4RW4 A; 3R1X A; 3V6D A; 2HVH A; 3ZLJ A; 4FO0 A; 3H45 C; 3CFR A; 2E6L A; 3O6W A; 1GLE G; 1KD1 O; 3CYM A; 4BR7 A; 1GOC A; 3K0S A; 1QSL A; 4FVM A; 3TTD A; 2OZM A; 3VA3 A; 2XO7 A; 3ZSX A; 3UB5 A; 1C1B A; 2P9K B; 5J2Q A; 4Z4I A; 3J81 O; 2VG7 A; 1Z6R A; 4FWO A; 3HP6 A; 3SCX A; 3HPH A; 2J4R A; 4DFJ A; 4C8O A; 1BOT O; 1ZBU A; 2FXU A; 3L4I A; 4IG0 A; 4N41 A; 2ETJ A; 1KAY A; 1WBB A; 4CHQ A; 3LDL A; 4GY2 B; 3CC7 N; 1MDU B; 1KLN A; 4BWJ A; 3L2Q A; 4HTU A; 2V7Z A; 3DLH A; 2IC3 A; 4FJ7 A; 1WNS A; 2G8F A; 4YHH K; 4UQG A; 4FOI A; 1NGB A; 5HRN A; 2HHH K; 2KQ2 A; 5AQZ A; 3HRG A; 4IDK A; 3RTV A; 4LFB K; 2HNZ A; 5BRH A; 4F2R A; 4RWT A; 3AA4 A; 4FWP A; 3OJS A; 1RT6 A; 3CJB A; 3V9X A; 1N6Q A; 4OJR A; 3V1Q A; 1BIU A; 3CCR N; 2P9S A; 2V51 B; 2KW4 A; 4CIG A; 5JMV A; 3ZX3 A; 4JKA A; 3C6H A; 1BUP A; 4IXC A; 3JAM O; 3KZB A; 1ZBS A; 2VWB A; 4BG9 A; 3TTF A; 3AY9 A; 1ZXO A; 3JYT A; 1UOC A; 1OH7 A; 1D5A A; 4J2D A; 1UA1 A; 1WSG A; 3OS1 A; 5BN9 A; 3RR7 A; 4QOZ B; 4JI3 K; 2GTD A; 1RTH A; 3S41 A; 1GLA G; 4PL7 A; 4FZY A; 4A5A A; 1T03 A; 2LSN A; 4KAZ A; 1RBU A; 1FK9 A; 1OH8 A; 4KI4 A; 3OY9 A; 3ZCM A; 3LWL A; 1XC9 A; 3MEE A; 4Z0U A; 3UKU B; 4PWD A; 3VQE A; 2NUB A; 1TGO A; 3EKS A; 3RRG A; 1QQO A; 2XY7 A; 4I7F A; 4EFH A; 4OVL A; 3VEZ A; 3VQQ A; 3FFK B; 1RDD A; 1TKX A; 4CHZ A; 4CVN E; 3U9D A; 4UY8 O; 2V52 B; 2QWR A; 2B4J A; 4KKO A; 1HNI A; 1S1X A; 3ASM A; 1C0G A; 4WQ4 C; 3BP8 A; 4FWK A; 1NJI O; 2HBM A; 3TR8 A; 3MX5 A; 4RTF D; 4OX9 K; 4JI6 K; 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4ID1 A; 3GDQ A; 1TL1 A; 2KZM A; 5AQQ A; 1BU6 O; 4CZL A; 2CH5 A; 3ZYY X; 3AA2 A; 3NF8 A; 3G25 A; 3TSU A; 1Y64 A; 2HW3 A; 1ILY A; 3DAW A; 3LP0 A; 2W6L A; 3AO2 A; 3CPE A; 4I9Q A; 4CJR A; 1NGC A; 4OKK A; 4I9L A; 2HHV A; 1BA0 A; 3IG1 A; 3LWM A; 1VQL N; 5DM7 L; 1JLE A; 5AQI A; 3A0I X; 3BEX A; 4IWV A; 4GW6 A; 1NJW A; 2QWQ A; 4BR5 A; 1NGH A; 1LOT B; 4CJS A; 4WFB L; 5LJV A; 4FVU A; 3ENO A; 4B1X B; 2RN2 A; 3NE6 A; 1DGK N; 5M1Q A; 4DG1 A; 3CQ8 A; 4LF6 K; 4AHV A; 3MCP A; 5F0X A; 1GOA A; 3DRP A; 3C7N A; 2VG6 A; 1RTJ A; 3CPW M; 4DLE A; 3FGU A; 2E1Z A; 3SQ1 A; 2HBJ A; 1C1C A; 4WQ5 C; 4B9S A; 2OTL N; 4O8U A; 3MN6 A; 4E0D A; 2O8C B; 2X6S A; 1DEJ A; 3RMB A; 3JS6 A; 4PKH A; 4CZE A; 4MDA A; 1CZB A; 3F73 A; 5AQL A; 2CGL A; 1HPZ A; 1KVC A; 5BN8 A; 2QWM A; 4DV5 K; 4KTQ A; 4B9M A; 4HCB A; 3VEY A; 2V7Y A; 2KLA A; 3HP9 A; 1K9M O; 1BCM A; 3SZ2 A; 4CI6 A; 2YNH A; 2BDP A; 1BG3 A; 1U2V A; 2HMI A; 5AQR A; 3KD1 E; 4JI5 K; 3ZSW A; 3AGR A; 5J2P A; 3QB0 A; 3TAQ A; 2Q36 A; 4H5R A; 1R59 O; 1YT3 A; 4F3T A; 1C0T A; 2YKN A; 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