The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
LSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Eukaryotic class 1 translation termination factor eRF1 - the NMR structure and dynamics of the middle domain involved in triggering ribosome-dependent peptidyl-tRNA hydrolysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
|
| molecule tags |
Translation
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
24
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AF1 A; 2HST A; 1DT9 A; 3MCA B; 3OBW A; 3VMF B; 2VGN A; 2VGM A; 3AGK A; 3WXM B; 3E1Y A; 3OBY A; 2QI2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CHZ A; 2HBK A; 1J5E K; 1KLN A; 4CHN A; 2FSN A; 3QML A; 5FPD A; 4AQY K; 4FW2 A; 4RG8 A; 1RTI A; 4KH6 A; 3SBT A; 1IG9 A; 1H1V A; 3LP1 A; 5HRN A; 4Y0W A; 4I9Q A; 2YNH A; 4KV8 A; 4DTS A; 2KZZ A; 4IFV A; 3G10 A; 1YJ9 N; 2ZJR L; 5KTQ A; 4BC2 A; 4Y1D A; 4E19 A; 3BZC A; 2A5X A; 4OLB A; 3M8R A; 5KRS A; 1KQS M; 4DV6 K; 1OVY A; 3CYM A; 2QEX N; 5AQP A; 3LP3 A; 5CYM A; 3VQ8 A; 3P39 A; 2QWN A; 3P5J A; 1NGF A; 2QXF A; 3ZSQ A; 4FLZ A; 2YNF A; 2GEM A; 2JWK A; 3RSE B; 3UKU A; 4K41 A; 2D0O A; 4DTR A; 4KO0 A; 1HYZ A; 4E7H A; 1XI1 A; 4DU3 A; 4J2B A; 3TTC A; 4E7L A; 1Q9Y A; 2XY5 A; 4JI5 K; 1TAU A; 1MA9 B; 3SUQ A; 3TAN A; 2FSK A; 3KZB A; 3VQD A; 4PA1 A; 4CEB A; 4UY8 O; 1KAX A; 4M63 C; 4CFD A; 2WOM A; 4Z4G A; 1WSJ A; 1ITG A; 2E20 A; 3AVC A; 3M5R A; 1R0A A; 4DR7 K; 1U4B A; 1CZB A; 4OJR A; 2RF2 A; 2KQ2 A; 4CZM A; 3PO4 A; 5AQH A; 3NVM A; 4IOX A; 4CJV A; 4HCC A; 3T69 A; 1Z25 A; 4FWS A; 1KFS A; 4PY5 A; 2O8B B; 4DTX A; 4FWO A; 4CJF A; 4B9L A; 3O9R A; 1TKD A; 3FZL A; 4H4O A; 4C23 A; 4A57 A; 3M6G A; 5BN8 A; 3OYK A; 3BZK A; 4ELT A; 3V9S A; 1WNS A; 3EN9 A; 3H45 C; 1GLB G; 3RR7 A; 1IH7 A; 2OCE A; 3MCP A; 1NGH A; 2KHO A; 1M90 O; 4HTL A; 4FZY A; 3IRX A; 2OA8 A; 4FZX C; 5DM7 L; 4JI1 K; 1LCU A; 5CY4 A; 3ZEU A; 1YHQ N; 3C6U A; 3VEX A; 1WBB A; 3M8S A; 4JKD A; 3EZ5 A; 5AFU H; 4F2R A; 5J2Q A; 5LJW A; 4BC4 A; 5GAH P; 3V9U A; 1QZ5 A; 3MXJ A; 4RCH A; 2DPN A; 3C6A A; 2PFU A; 3DXM A; 3GG4 A; 5JMV A; 4DV1 K; 3O3G A; 4FJ9 A; 1NOY A; 3LDP A; 3ULD A; 3CG7 A; 3KKR A; 3T1H K; 3FGU A; 4CJ4 A; 3CCJ N; 3QIO A; 1VHX A; 1K8K B; 3K57 A; 5BPM A; 4IG0 A; 3K9K A; 4JKH A; 4LFC K; 3GDQ A; 1TK8 A; 5AQZ A; 1JL1 A; 4OLA A; 2V7Y A; 3VMF B; 2VGN A; 3P83 D; 2ASM A; 5C42 A; 4PKG A; 5M1N A; 2OTL N; 4DV3 K; 3MEE A; 1NM1 A; 4DSF A; 3TSQ A; 4JKG A; 4U67 L; 4KAZ A; 1U04 A; 1NGB A; 2YHX A; 4LF9 K; 2GUP A; 3TAB A; 4IJN A; 1P90 A; 1VAZ A; 2GEL A; 2D0P A; 1NK7 A; 1C0T A; 3PX0 A; 2GTD A; 3R8E A; 3CC7 N; 1RNH A; 3CJC A; 3VQ4 A; 4IOC L; 2DY4 A; 5FPE A; 3AVK A; 1NGG A; 2VG6 A; 3T7Z A; 1IKW A; 2YNG A; 3FZM A; 1BWF O; 3KK7 A; 2X74 A; 4CEQ A; 3R3L A; 1NJI O; 2JLE A; 4CJ7 A; 3VET A; 1SUQ A; 3U8X A; 2PZS A; 4GV6 A; 1BIU A; 4JI2 K; 3CM5 A; 1C1C A; 1C6V A; 3ZYY X; 4CZJ A; 1NK9 A; 1BA0 A; 4DV2 K; 3CET A; 1BA1 A; 4MO4 A; 2XY6 A; 1TGO A; 3ZSV A; 3AO3 A; 4CIE A; 1DGK N; 2P9S B; 3NF6 A; 2HHQ A; 1QSL A; 1YT3 A; 1X3M A; 4CJR A; 3PX4 A; 2QW9 A; 4Z4H A; 1RTH A; 3LDQ A; 1FJG K; 2HHV A; 3CJ1 A; 1DLO A; 1RCH A; 1G15 A; 1REV A; 3FE1 A; 2KLA A; 3E01 A; 4YOV A; 4DSK A; 3ZT2 A; 4DWI A; 4GMJ B; 4FYD A; 4CF9 A; 4BAC A; 4LC9 B; 4E1J A; 1LWE A; 1D9D A; 4IFE A; 3AO5 A; 1YUW A; 4B1Z A; 4WFN L; 3CCV N; 1WBD A; 1JCG A; 3TAM A; 3ZSR A; 3ITH A; 3IS9 A; 4EAH D; 1C0F A; 3C6H A; 3W3D A; 4CJE A; 1JXB A; 4NXM K; 2CH6 A; 4GVE A; 4FJH A; 4CJW A; 2D0C A; 5EXW A; 1JLA A; 2XY7 A; 1KAY A; 3TTF A; 4BQL A; 1S6P A; 4BQZ A; 1NNE A; 3BUZ B; 3TTD A; 3QLH A; 4YFU A; 3ZSO A; 4CZI A; 1DTQ A; 3LL3 A; 1LW2 A; 3VQA A; 4MDA A; 3RRG A; 1DKG D; 2NNW A; 3HP9 A; 3AGR A; 4FO0 A; 5M1K A; 3WXL A; 2QK9 A; 2QWM A; 4W5N A; 2PAV A; 3CXC M; 1NKC A; 3H6E A; 4FK2 A; 4EHT A; 2I5J A; 2RHK A; 3SPY A; 4CGF A; 4CJT A; 4QS8 A; 4DSE A; 1W0H A; 3DXK B; 3HXM A; 4CK3 A; 1U45 A; 4DFM A; 1CLQ A; 1OVQ A; 4K42 A; 4PHT X; 5FLX O; 2E1Z A; 3KLF A; 3VQB A; 5AZJ B; 3K0S A; 4JK9 A; 5BRD A; 1K73 O; 4C8O A; 5C12 A; 5EY4 A; 4LF8 K; 4BE2 A; 3V81 A; 4BRQ A; 1X9M A; 3IAY A; 4WQ5 C; 3ENO A; 1IKX A; 2V51 B; 4R5P A; 2CGJ A; 3DRP A; 3H1Q A; 1FW6 A; 4JYA K; 5CYQ A; 3D2E B; 4PL7 A; 2O8F A; 3EO3 A; 4DQI A; 3I56 N; 4O8U A; 3QEX A; 4CER A; 1IJJ A; 1N32 K; 2WUS A; 1T7P A; 5DM6 L; 1RDU A; 5J2M A; 4JKB A; 5HL7 L; 1IBL K; 4GVM A; 1XQS C; 1ATR A; 2IDO A; 3TPQ A; 2HOE A; 4LH5 A; 3U9Z A; 4DLG A; 4LSL A; 1VSJ A; 3NF8 A; 1BIZ A; 5KI6 A; 4FLY A; 2GWK A; 5FDL A; 4YY3 K; 4PKI A; 3TAF A; 2D4W A; 4ID1 A; 3SV4 A; 3VA0 A; 1B92 A; 3CCL N; 1Q8I A; 3ZSY A; 3O5B A; 4CJ3 A; 1HNZ K; 4WQ5 A; 1RBS A; 3NHG A; 3NGY A; 1L5U A; 1YF5 L; 2P9K B; 2A1S A; 2WON A; 2X6S A; 3K5M A; 4C1N I; 3QEW A; 2ZGY A; 1Q81 O; 1SL1 A; 4IO9 L; 4X66 K; 3K5L A; 2P9U A; 1QQO A; 3SMP A; 3AV9 A; 1YJW N; 4BVP A; 4DKW A; 4DTO A; 1XC9 A; 1BUP A; 1SS6 A; 4IKF A; 3MN7 A; 4RWT A; 1S1X A; 1S3X A; 4CBW A; 2GV9 A; 1N8R O; 3QEI A; 3THY A; 1Q9X A; 5FRO A; 4CZL A; 4O4G A; 3B6P A; 4EP4 A; 1HNW K; 3VEN A; 1RBU A; 3KTQ A; 3CMA N; 3QEP A; 4O5F A; 2QI2 A; 4O0I A; 4HWI A; 3UKR A; 2HHH K; 4M3R A; 1BO5 O; 1RT2 A; 4LFA K; 4FLU A; 1W97 L; 5JLF A; 1Q7Y O; 3I8B A; 4YOW A; 5C2D A; 3V9W A; 2KFZ A; 4JHD A; 3KK2 A; 1KC8 O; 3A5L C; 4JKF A; 5JS2 A; 4FJ5 A; 2KKZ A; 4H8K A; 1BI4 B; 1UAX A; 3L2R A; 3HOT A; 2WC9 A; 3TU5 A; 4DV4 K; 4C8L A; 4H0O A; 3I8D A; 3CJ7 A; 1ZYQ A; 4M3T A; 3K2P A; 4CI6 A; 3F73 A; 3O9U A; 1BGX T; 3NMU A; 3E66 A; 1I39 A; 3GOI A; 1VQ5 N; 1RBR A; 3H3O B; 5ELZ A; 4ZHR A; 4CGJ A; 1NMD A; 3BF1 A; 3WNH A; 1A5V A; 1YVN A; 5E84 A; 3SJH A; 4JI4 K; 3KIO A; 4BRA A; 3K58 A; 4FVU A; 3WNF A; 4Z0U A; 4KI4 A; 4E7K A; 2OPS A; 4CZG A; 2Q3S A; 1L3U A; 3EZW A; 3C7N A; 1NK4 A; 2E8A A; 4IZ9 A; 4BDY A; 3MXM A; 3ZT0 A; 1S72 N; 1JLB A; 2UYT A; 5E26 A; 4OPJ A; 2QXL A; 5E41 A; 3QFP A; 4GKJ K; 1WLJ A; 5EOY A; 3MAQ A; 1KAZ A; 3VEW A; 2ZJP L; 3J80 O; 3OYB A; 4CHY A; 3ZEU B; 2OTJ N; 1C0U A; 2WBN A; 4I2Q A; 1VQL N; 2W6K A; 1UWB A; 4XH5 A; 3OW2 M; 4WF9 L; 3MX2 A; 4J2D A; 3AY9 A; 2VQE K; 4A2B A; 2XHB A; 4NO7 A; 2E6L A; 1T05 A; 3AA3 A; 3CC4 N; 3DXM B; 3ASM A; 3DOL A; 1SL2 A; 2YHB A; 1RT5 A; 2X78 A; 1NGJ A; 3IMX A; 4N5S A; 4DR6 K; 2E4L A; 1XMO K; 2QM1 A; 4RW9 A; 1CZA N; 3WXK A; 2O8E A; 3LAM A; 3AVB A; 1IBK K; 4DR5 K; 4FOE A; 1OH7 A; 3DRR A; 5M1O A; 1BG3 A; 4J2A A; 3V9Z A; 1ZBH A; 3UE5 A; 2E2N A; 4G9Z A; 3CQX A; 1T44 A; 4B1Y B; 1NBW A; 2YCH A; 3EKU A; 1LAW A; 2FXU A; 4H5R A; 5HRP A; 2P9L A; 1ZBF A; 2OPR A; 3NF7 A; 4XH4 A; 4DFK A; 3U3G A; 4CF1 A; 4DV7 K; 3CCE N; 5LL6 Z; 4JKG B; 1FXX A; 2AP1 A; 3LP2 A; 3OYF A; 4ILH A; 4AHR A; 1YIT N; 4ILJ A; 3DMJ A; 2BUP A; 4YOT A; 4KI6 A; 4H0T B; 5EX5 A; 3CCU N; 2YHY A; 1EKE A; 1RDA A; 4CF0 A; 4KPY A; 2Z1J A; 3OYG A; 1L3V A; 3VEO A; 3A5M C; 3P38 A; 1RDC A; 4KRE A; 3DM2 A; 3QER A; 2HF3 A; 1FKO A; 4WFA L; 3C65 A; 4B9T A; 4JI6 K; 4CIG A; 1GOC A; 4CEA A; 4J2E A; 1EET A; 4FJ7 A; 1Q18 A; 4JD2 A; 5KGX A; 1WAJ A; 5B8H A; 3ZT4 A; 4AHT A; 2Y1J A; 3ZSX A; 1SL0 A; 3LPU A; 1ATS A; 3D0P A; 4B9S A; 4JI0 K; 5CE3 A; 3G0Z A; 4CJS A; 1Y97 A; 4DU1 A; 4CHP A; 3OYE A; 4QOZ B; 4H0Y B; 1HRH A; 5HBM A; 3T1Y K; 1BIS A; 3P31 A; 4K8X A; 3AVI A; 2P5O A; 4H5N A; 4M42 A; 5CZ2 A; 1ZBU A; 4KKO A; 5CZ1 A; 3D2F A; 3BDP A; 4FLV A; 3VGM A; 4LSN A; 5GIP A; 2IOC A; 4JN4 A; 4NLC A; 4EP5 A; 3NDK A; 3U9D A; 3LM2 A; 5AQM A; 4FW1 A; 3KK1 A; 5AQQ A; 5GAE P; 5CHI A; 1HJR A; 1TL1 A; 3AAR A; 5I9E B; 3KWI A; 4CK2 A; 1ZBS A; 2IIR A; 3HM8 A; 3OYJ A; 4WYB A; 4CJU A; 3H1V X; 1V4S A; 3TAQ A; 2G8W A; 3Q7C A; 1UA1 A; 4I6M A; 4JKC A; 3RMB A; 3SUN A; 4NXN K; 5F1X A; 1YJN N; 4LFB K; 1TUY A; 4CZF A; 1RTJ A; 2UXB K; 5AQL A; 4BRN A; 3IFR A; 3V1R A; 1KVC A; 1OH6 A; 5BN9 A; 1W9H A; 4BR7 A; 1WSI A; 3NH2 A; 3ZX3 A; 2FF3 B; 4MFB A; 3SLC A; 4PKH A; 3KKS A; 1QZ6 A; 2AA4 A; 2OZM A; 3TAR A; 1XNQ K; 3QO9 A; 4BRE A; 3KK3 A; 3CFP A; 2HB5 A; 1NMN A; 1GLL O; 3LDS A; 2NRR A; 2HHS A; 2CGK A; 1ZBL A; 4R79 A; 4O0J A; 1TKX A; 1ZXO A; 3HOS A; 1JXE A; 1ESV A; 3F2K A; 4CES A; 4DV0 K; 3OTO K; 1B9D A; 2Y1I A; 5AQG A; 4IG3 A; 1GLJ O; 3QFU A; 3ATU A; 2RN2 A; 5C10 A; 2HND A; 3U3Y A; 2CH5 A; 3BGR A; 5KPZ A; 2O8F B; 4WE1 A; 2VCP A; 1XHZ A; 3RMA A; 3VQ6 A; 1C0M A; 2FLO A; 3NGI A; 1QS4 A; 3AO1 A; 1WOQ A; 3MWT A; 4HCB A; 3OJS A; 2NLX A; 4DR2 K; 2P9N A; 3W0L A; 3M8P A; 1IO2 A; 4B9U A; 5AQN A; 5C2F A; 4FVM A; 1LOT B; 4X62 K; 3L6Q A; 4JI3 K; 4DB3 A; 4B3S K; 1NGD A; 2NRX A; 4ELV A; 4QCL A; 4A2A A; 1BHL A; 3R1X A; 4K25 A; 5JIC A; 4M3Z A; 4YNQ A; 4J8F A; 3MCA B; 2F9W A; 3KLI A; 2HMI A; 2O8D A; 1O1W A; 2F8S A; 3A5O C; 5J2P A; 3H3N O; 4YOY A; 3RRH A; 4BWM A; 1IG8 A; 4FWL A; 4RW7 A; 2Q0R A; 5CR4 A; 2BTF A; 5KQD A; 3CCS N; 4XEI A; 1GLE G; 4BGA A; 1T6D A; 4ILG B; 3A2F A; 2ZQB A; 2YKM A; 3OS1 A; 4FZZ A; 3NGZ A; 3S3M A; 2UUB K; 4DTP A; 4N41 A; 4LD0 A; 4CZE A; 4KB1 A; 3PV8 A; 2E5L K; 4FXD A; 3EEQ A; 4DTU A; 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4B1V A; 4DQR A; 5K14 A; 1JKH A; 1WUA A; 2UXC K; 4MDB A; 2Z1H A; 4E89 A; 1WSG A; 1VQO N; 3F9K A; 1KTQ A; 3GBT A; 4HUE A; 5I42 A; 1UA0 A; 2QKB A; 1P8Z A; 1JLE A; 3ENB A; 4QS7 A; 4BRG A; 5C0Y A; 4RW4 A; 3PUF A; 1KRP A; 1V4T A; 3LDN A; 3QB0 A; 1U49 A; 4CCH A; 3RR8 A; 1U48 A; 3WQU A; 2P9I A; 3F9M A; 4CBU A; 4EFH A; 4IFY A; 4IOA L; 3PO5 A; 2O8E B; 3QIP A; 1S6Q A; 3THX B; 2HMP A; 3WEE A; 4BE1 A; 2RE2 A; 4YDU A; 2R7Y A; 2VWJ A; 2PYL A; 3RTV A; 1Y64 A; 3THV A; 4DR4 K; 3DLK A; 1XUP O; 4YHH K; 2YI1 A; 2P9L B; 3GE1 A; 3VN5 A; 1RT7 A; 2D1K A; 3DLR A; 4M3X A; 4CGG A; 1DEJ A; 4FSV A; 4BDZ A; 4HUF A; 1K8K A; 3DLH A; 4B08 A; 1U2V B; 5AR0 A; 2IGI A; 3THW B; 2E2Q A; 1DTT A; 4I9L A; 5M1P A; 4AHS A; 4DQQ A; 2G8F A; 4FJN A; 3L0Q A; 3O9Q A; 3SUO A; 4KH5 A; 2VG5 A; 3LWL A; 4B3T K; 1YIJ N; 1W7A A; 4CGH A; 3DJC A; 1JLF A; 3VES A; 3S3N A; 3QIC A; 3N4Q A; 3AAP A; 3IDH A; 3SCX A; 2IVP A; 3P4I A; 4Z4C A; 1SKW A; 4NYN A; 3SUP A; 4K0K K; 4X65 K; 1N5Y A; 3SQ0 A; 1RGI A; 2ATQ A; 3VOV A; 4FJK A; 4KBO A; 5LMN K; 1VQ8 N; 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