The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
LSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Eukaryotic class 1 translation termination factor eRF1 - the NMR structure and dynamics of the middle domain involved in triggering ribosome-dependent peptidyl-tRNA hydrolysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
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| molecule tags |
Translation
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
24
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OBY A; 3OBW A; 3WXM B; 1DT9 A; 2QI2 A; 2HST A; 3VMF B; 4AF1 A; 2VGN A; 2VGM A; 3MCA B; 3E1Y A; 3AGK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GG4 A; 4BY9 C; 4CEE A; 3NF6 A; 3KD5 E; 3VGL A; 3CYM A; 2JWK A; 4H5T A; 2YNG A; 3SUQ A; 3W0L A; 2EHG A; 3TAF A; 4PHT X; 4MQ3 A; 1WSI A; 3V4I A; 3RRH A; 4CEA A; 1U48 A; 1GLE G; 3U8X A; 4CGJ A; 3O6W A; 4F4K A; 3EO3 A; 1U49 A; 2BE2 A; 3BY5 A; 3ZEU B; 4DFM A; 4OKK A; 2D4W A; 2KQ2 A; 1IKY A; 2QI2 A; 4JKC A; 1JL2 A; 2OTL N; 1RT6 A; 3ITH A; 3ATU A; 4CJT A; 3CI5 A; 3QML A; 3CFP A; 2E6L A; 4IFV A; 3ZET A; 3I8D A; 3H6E A; 2FBX A; 4JI4 K; 2DTU A; 4FLU A; 5CYM A; 4CZE A; 4BRQ A; 4CIE A; 1XMO K; 3T1Y K; 3TAR A; 3CCE N; 2FBY A; 4R5P A; 2HW3 A; 3PSF A; 3HXM A; 1T3V A; 2E20 A; 2G8H A; 1Z6R A; 4CGG A; 3K5M A; 3LPU A; 1B9F A; 1RBR A; 2P9U A; 4AHT A; 3B6O A; 5M1F A; 5LMU K; 1J5E K; 4NCA A; 5J2N A; 4FZX C; 3F5T A; 4FJ7 A; 2W40 A; 4FJH A; 2GEM A; 1EP4 A; 3JAM O; 4MLE A; 4B1W B; 1LWC A; 1N6Q A; 3PO5 A; 3ZSZ A; 4CFB A; 4U7B A; 4O8U A; 4CBW A; 3SUN A; 4GNI A; 1VHX A; 4NCG A; 3UIQ A; 1BU6 O; 4B9L A; 3MN5 A; 3K0S A; 4JI1 K; 3FZF A; 4CJS A; 1Q7Y O; 5M1N A; 4I7F A; 4FW2 A; 4FJN A; 4FJX A; 3UKR B; 2E4L A; 1QZ5 A; 1L5U A; 3SUP A; 4BC5 A; 3V9X A; 5T7B A; 1E3M A; 2XY6 A; 1HJR A; 3AO1 A; 4DCH A; 2E1Y A; 3VEN A; 4DKW A; 3AVN A; 3V1R A; 3DWL A; 3QER A; 4B3S K; 3VN5 A; 1KTQ A; 4XEI A; 3HO1 A; 1BHL A; 4WCE L; 1GOC A; 4CHP A; 1SKW A; 1NWK A; 1KVC A; 2VG6 A; 3NGY A; 5CR4 A; 4CFD A; 5M1K A; 3VQ7 A; 4B8A B; 5GAD P; 1ATN A; 3TTC A; 5C2D A; 1JKH A; 1K8K B; 4CW7 B; 3QES A; 2KZM A; 3HJF A; 2UU9 K; 1E4G T; 4I2P A; 4CF2 A; 4M7X A; 3AVF A; 3DRS A; 3UB5 A; 4JKG B; 1NJI O; 2BDP A; 1QVF M; 1T05 A; 5F2R A; 2D0O A; 1E4F T; 5DK5 A; 1NGB A; 5DM7 L; 2O8E B; 4RW6 A; 2ASO A; 1DTT A; 3P38 A; 4CHO A; 1BO5 O; 3ENB A; 3NMU A; 1MWK A; 1JCF A; 1YVN A; 4DTR A; 2YKN A; 4I9Q A; 4FPB A; 2G8I A; 3WNG A; 4QOZ B; 4B1U B; 1WN7 A; 3GL1 A; 3OYE A; 4NO7 A; 4GV9 A; 4CEQ A; 2A3Z A; 3AA5 X; 4KBO A; 1T6D A; 3HT3 A; 1HJO A; 1LAW A; 3VQB A; 3LM2 A; 1X9M A; 1RBT A; 2CH6 A; 4NYF A; 2KTQ A; 3C6U A; 1QSS A; 2QEX N; 3UKU B; 3M8S A; 3TAB A; 4GV3 A; 4JI6 K; 3BF1 A; 2VWB A; 1O13 A; 3O9T A; 1BQN A; 1X9J A; 5C24 A; 1P90 A; 5FRM A; 3V9Z A; 1NNE A; 4BR4 A; 1YAG A; 3CM5 A; 2XO7 A; 1ASW A; 1CLQ A; 5KPT A; 2ETJ A; 3H1Q A; 5C25 A; 2E2Q A; 1JJ2 M; 3ENO A; 4F9O A; 3LAL A; 1T6C A; 3IS9 A; 3L2W A; 4HUE A; 2P1J A; 4YOT A; 3GDQ A; 4OPA A; 3H45 C; 3OS2 A; 3KWG A; 4JI8 K; 1TK5 A; 3CM6 A; 2GEL A; 3WEE A; 5A2Q O; 1HYS A; 1UA1 A; 5LJW A; 4BC2 A; 4B9U A; 3H46 O; 4DFJ A; 1NG9 A; 3CG7 A; 4JD2 A; 4BC4 A; 4BE2 A; 3MN6 A; 3DLB A; 2O4G A; 1GLF O; 5CZ2 A; 1Z26 A; 3CCL N; 2QKK A; 2Q2R A; 3GE1 A; 1VSM A; 3LL3 A; 4ISE A; 1L3S A; 1RDC A; 5AR0 A; 5HP1 A; 3VGM A; 3DLK A; 2VG7 A; 4O5B A; 5AQH A; 3GOI A; 4HTU A; 3JXU A; 1TKZ A; 1B9D A; 2IOC A; 3QBW A; 3CCV N; 2V51 B; 2YHX A; 3L2U A; 4B3M K; 3RTV A; 1U45 A; 4LY7 A; 5EOY A; 4IBN A; 2E88 A; 4DTM A; 4FWM A; 4B3T K; 1HPM A; 4CHY A; 1VSI A; 2YKM A; 3VPZ A; 2NRZ A; 4OLB A; 4FJ9 A; 1KAY A; 3QDK A; 1QQC A; 5C10 A; 4KHY A; 3QLH A; 2G8K A; 3HYF A; 1WB9 A; 3NGI A; 4KPY A; 3RVC A; 4QCL A; 1WSJ A; 1JCE A; 5JS1 A; 4IZ9 A; 3ZEU A; 4ZTJ A; 1A5V A; 3PUF A; 1IBM K; 4CEO A; 4PQU A; 4GKK K; 2ZWH A; 4DG1 A; 4O44 A; 1BG3 A; 1EQY A; 5HRO A; 1C1B A; 3I55 N; 4E1M A; 1C0M A; 4FSV A; 5HRP A; 1IBL K; 2R7Y A; 5BRF A; 3TSQ A; 5HL7 L; 3CC2 N; 1OH5 A; 4JN4 A; 2HBJ A; 3LWL A; 1JLG A; 5JIC A; 4WE1 A; 4PKG A; 1W2B M; 3VQA A; 1T44 A; 3PX6 A; 1LAV A; 2F8S A; 3OYD A; 5GIN A; 3L4Q A; 3CHW A; 2P9N B; 4FWL A; 4DTX A; 4CVN E; 4C8L A; 2XY7 A; 3AGK A; 1RCH A; 1P8Z A; 4CIG A; 4FK0 A; 4FLZ A; 2O8C B; 3NE6 A; 3VQ9 A; 2HBK A; 5EXW A; 3VQQ A; 1VSJ A; 5KPZ A; 3HP6 A; 2VGN A; 4X65 K; 4HCC A; 4CF9 A; 2GUP A; 2WON A; 1Q9Y A; 4M3W A; 3J80 O; 3HTV A; 4H4M A; 4BWM A; 3PLA A; 2HVH A; 3AO2 A; 4KAZ A; 4FZZ A; 2BH1 A; 2ZF5 O; 3VF4 A; 3N4Q A; 3UKR A; 4YY3 K; 1EO1 A; 4GVM A; 4H0O A; 3AVI A; 4AM6 A; 3W3D A; 1SS6 A; 1MWM A; 3CCS N; 1YTU A; 3P1G A; 4EHT A; 3H08 A; 1KAX A; 4CBX A; 4FW1 A; 1VSF A; 2KHO A; 4DV7 K; 4ISF A; 5E41 A; 3J7A P; 4DS5 A; 1BIS A; 4DMN A; 1JLC A; 4CEZ A; 4A57 A; 3CET A; 4FJG A; 4FL9 A; 3BP8 A; 3ASM A; 4KH4 A; 4BR9 A; 1KC8 O; 4GMJ B; 4ILG B; 3D6R A; 1TK0 A; 3C0B A; 2W6L A; 1ESV A; 4CE9 A; 1XI1 A; 3ZET B; 3IRX A; 3IDH A; 4JKG A; 1BA1 A; 1QVG M; 1XNR K; 3TU5 A; 3TAE A; 2OPQ A; 2O8E A; 3CME N; 3DAW A; 2HNZ A; 2BUP A; 3L2R A; 2UXB K; 2HHV A; 4XH4 A; 1KSP A; 1UOC A; 4YOR A; 4JRP A; 5F0X A; 1ATR A; 1C0F A; 3OW2 M; 3AO3 A; 4I6M B; 5BRH A; 5AFU H; 1UAX A; 3A2F A; 5GIO A; 2IVP A; 4C23 A; 4M3X A; 4PA1 A; 3V1O A; 4BR0 A; 1C1A A; 5AQN A; 1S9E A; 3OYJ A; 2HBM A; 1TK8 A; 1KXP A; 3O3G A; 4E3S A; 3KLE A; 2KLA A; 4WFN L; 2RKI A; 3R1X A; 3RMD A; 4JKA A; 4DSK A; 3NVM A; 4FLV A; 3EL2 A; 3UKU A; 3KTQ A; 4DSJ A; 2I5J A; 2X6S A; 3HST B; 4BRD A; 1NK6 A; 1D8Y A; 1X1P A; 3LZI A; 3THY B; 1BIZ A; 1HNW K; 1TL3 A; 4CEF A; 3ZSY A; 5KQ8 A; 2WBN A; 1VK0 A; 5I42 A; 4K8X A; 4CZF A; 4AHC A; 1NJZ A; 3CJ7 A; 1N33 K; 2YHB A; 4LF8 K; 5AZI B; 4CZL A; 1Q18 A; 2FLO A; 3G6E N; 5FDL A; 3SAG A; 4W5Q A; 3K5O A; 3ZX3 A; 1J54 A; 4BQZ A; 3HP9 A; 3TI0 A; 2E2P A; 1I39 A; 2F9T A; 1LW0 A; 1QQM A; 3K57 A; 3DRP A; 3ZT4 A; 2AP1 A; 1YIJ N; 2EX3 A; 3AVA A; 1JXB A; 1U04 A; 3KZB A; 1I94 K; 4FJ8 A; 1K8A O; 3SJH A; 1RT3 A; 2QK9 A; 1N8R O; 4H8K A; 5LJV A; 5J1E A; 3OYL A; 4YOV A; 2X78 A; 4KTW A; 4O55 A; 1S22 A; 3ISN C; 4IFY A; 4N56 A; 3CPW M; 2YJF A; 3JYT A; 2NRV A; 3TWH A; 1NMD A; 1BDG A; 5JLF A; 3CCU N; 1DT9 A; 4DLE A; 3SMP A; 3CXC M; 2QTD A; 2IGI A; 3KK7 A; 4B8C A; 3KLI A; 3L2V A; 4DV1 K; 1K9M O; 1WOQ A; 5BRE A; 5DMR A; 4X66 K; 5AQM A; 2ZGZ A; 3ALY A; 2WTU A; 3ZLJ A; 1HNX K; 3EE9 A; 3O3H A; 3F9M A; 2NUB A; 3H3N O; 3VQP A; 3BZK A; 3O1W A; 2Y1I A; 4IO9 L; 5KTQ A; 2GUI A; 4DR2 K; 5E26 A; 4Q0B A; 4CZJ A; 4B9M A; 2HB5 A; 2WFB A; 2YHA A; 3AVC A; 4CJL A; 3O4Q A; 1HRH A; 3DRR A; 2FBT A; 3MEC A; 3A0I X; 3I8B A; 1BA0 A; 4BC3 A; 4OO1 J; 3DLH A; 1W97 L; 4DU1 A; 2J4R A; 2O8C A; 5LY3 A; 2JGU A; 3A5M C; 4HVJ A; 2HND A; 3ZSO A; 2VQE K; 1ZBH A; 3OYK A; 1BL3 A; 1HUX A; 2Z1G A; 3D2F B; 3E66 A; 3HZ6 A; 4ELV A; 3C6H A; 5TKY A; 5FPM A; 4FM0 A; 4IEE A; 1RIL A; 3AY9 A; 2E5L K; 1NU0 A; 1S6P A; 5AQZ A; 1RT2 A; 1G99 A; 3M8P A; 3K5L A; 5FLX O; 1SUQ A; 5FPD A; 4BDY A; 2FSK A; 3WQT A; 3JS6 A; 2B4J A; 3HVR A; 1HMV A; 2O8B B; 4LC9 B; 4FWP A; 2QA4 N; 1HKG A; 1DKG D; 2Q31 A; 1GOA A; 1UWB A; 5AJ3 K; 3OYF A; 5AQF A; 2IVO A; 2P9S A; 4FXD A; 2HVI A; 1NOZ A; 1VQ6 N; 3U3G A; 1ZBL A; 4CEB A; 1WSH A; 3KWI A; 3VQ6 A; 3VQC A; 3V81 A; 4E7K A; 1ZBF A; 4CJU A; 4BRI A; 3BGR A; 1X3N A; 3NH2 A; 3CFO A; 3B8A X; 1DLO A; 1TUY A; 4LD0 A; 3K59 A; 3ULE B; 4M3T A; 1NLV A; 4F2R A; 1RT1 A; 4E1J A; 4IJA A; 4WFB L; 3SJJ A; 4DR6 K; 4H0V B; 1QE1 A; 3V9S A; 1WLJ A; 3PX4 A; 4AF1 A; 2A1S A; 3KLF A; 2GBZ A; 3WXK A; 2AJQ A; 3O80 A; 5B8H A; 4CF0 A; 4WF9 L; 4WYB A; 4XH1 A; 1VQM N; 4N47 A; 3VQE A; 3ENH A; 1VSH A; 3D45 A; 1YJW N; 4I6M A; 4DTJ A; 2D5R A; 4DLG A; 2DPN A; 5CE3 A; 4L3Q A; 3P4I A; 1V4T A; 1IKV A; 3SYZ A; 1D9F A; 4KB1 A; 3L0Q A; 5EY4 A; 4CJK A; 2VG5 A; 1NK4 A; 2Q3S A; 2IIR A; 1XC9 A; 3VQD A; 4FLX A; 1KQS M; 3RR8 A; 4PWD A; 2V52 B; 5E84 A; 2KKZ A; 5C0Y A; 2VWJ A; 1KVA A; 4HWI A; 4BR5 A; 1WBD A; 4CZK A; 5J2Q A; 4K43 A; 1HKB A; 4XIU A; 3THY A; 4CFC A; 1TV6 A; 3R8E A; 4A62 A; 2EWS A; 2JLE A; 3QNO A; 4CJQ A; 4PKH A; 2PZS A; 3SPZ A; 4NLC A; 2VCP A; 1QS4 A; 3FFI A; 1X3M A; 4E7L A; 4KHS A; 3LDN A; 5AZI A; 4TSX A; 4RG8 A; 3E9O A; 1SQK A; 2GV9 A; 3IFR A; 4C8N A; 4B08 A; 1VRT A; 4FJI A; 1TYQ A; 3EKU A; 1XWL A; 4QAG A; 3TPQ A; 4J2D A; 4CK2 A; 2A41 A; 2D0A A; 2Q0R A; 4CGI A; 3QEX A; 5C15 A; 1JLA A; 3ZX2 A; 5JVG L; 4BE1 A; 1L3T A; 1ITG A; 4OPJ A; 2NRW A; 2YCH A; 4IOA L; 4IDH A; 1TGO A; 1Q9X A; 2P9L B; 1IG9 A; 4FZY A; 4FM1 A; 2HMP A; 3THV A; 4O0J A; 3CF5 L; 2QW9 A; 3G71 N; 1NBW A; 3F9K A; 1SL1 A; 3JSM A; 2FSJ A; 1RT4 A; 2I7P A; 1JLF A; 4LFA K; 3SQ0 A; 3TTD A; 3SMS A; 3T1A A; 3ZT1 A; 2A6A A; 3AVG A; 3OYN A; 2FBV A; 4DUZ K; 3VTI A; 3MX2 A; 3CCQ N; 1BOT O; 2DY4 A; 1SKS A; 3D2E B; 4HUG A; 1W9H A; 4CJ3 A; 4K8Z A; 5EX5 A; 3LZJ A; 3CJB A; 3KIO A; 1DEJ A; 4G1Q A; 2F9W A; 4FJL A; 2HHT A; 2O8F B; 4HTL A; 3HOS A; 3RMC A; 2NNW A; 1RDB A; 3KJV A; 4N41 A; 4FK4 A; 3MMV A; 4CF8 A; 2O8D A; 3C6A A; 3CC7 N; 3NF8 A; 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4DTO A; 1GLL O; 1VSK A; 1VQO N; 2P9I B; 3DM2 A; 4JI5 K; 3U3Y A; 4BDP A; 2ZJQ L; 2HHW A; 5J2P A; 1D4X A; 1XHX A; 3ZCM A; 2ASP A; 3C95 A; 1LCU A; 1TUU A; 3LDL A; 4FYD A; 2FF3 B; 5EVZ A; 3SBG A; 4FM2 A; 3DJC A; 3K9J A; 4FVU A; 4O4G A; 4RW9 A; 3MCP A; 4DU4 A; 3O3F A; 1HQE A; 5AZJ B; 1HYZ A; 4HCB A; 4DR3 K; 4FO0 A; 1R59 O; 4CZM A; 1JL1 A; 3THW B; 5AQX A; 2Q97 A; 4LSN A; 1N5Y A; 3ZT2 A; 1NK9 A; 1EWR A; 3R9P A; 4M3Z A; 2P9S B; 1XQS C; 4A5A A; 3MEE A; 3L4I A; 3FE1 A; 1HNI A; 2OZS A; 4NYN A; 3KKS A; 3M8Q A; 3ID6 A; 1LV5 A; 5GAE P; 4OGE A; 2YI1 A; 4CJR A; 2XHB A; 4C8K A; 1J53 A; 1A5W A; 3VOV A; 1WUA A; 3M5R A; 3CD6 N; 2G8F A; 3OVN A; 4JS5 A; 1IKX A; 4PKI A; 2XY5 A; 4B9S A; 3P83 D; 3T69 A; 3IG1 A; 3OYI A; 2B5J A; 3AAR A; 4RW8 A; 1QSY A; 4Z94 A; 1VRU A; 3U9D A; 1M1K O; 3AO4 A; 3VGK A; 2QWN A; 1H1V A; 3CQY A; 3MAQ A; 4FOI A; 3CJ1 A; 4EFH A; 1NJW A; 4M3Y A; 2V7Z A; 3DOL A; 4I2Q A; 1VQN N; 3SNN A; 2P9K B; 2P9L A; 4E89 A; 5AQR A; 1WAF A; 3QFP A; 2QWM A; 4H03 B; 3WNH A; 5FPN A; 3SI6 A; 3SPY A; 1HQU A; 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