2IDOA

Structure of the e. coli pol iii epsilon-hot proofreading complex
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
175
structure length
172
Chain Sequence
TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase III epsilon subunit
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 59
structure length 172
sequence length 175
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2idoA00
5SZTA 4FLWA 3OYNA 4DLEA 3SUPA 4CEEA 3NGZA 2HMIA 4O55A 4IKFA 3NF9A 3QNOA 1HQUA 1LWEA 4F2RA 4FW1A 4RW9A 4DU3A 1SUQA 3DM2A 3QO9A 4O0IA 5J2MA 1A5WA 3ULDA 4CEOA 3I0SA 1XI1A 4CGGA 4FJ5A 1TKXA 1S1TA 5KI6A 4DF8A 3ZSYA 4YFUA 3S9HA 4HTUA 4DTNA 3OVNA 3LZIA 2ITGA 3V6DA 2EX3A 4E89A 3HP9A 3RR7A 1RDCA 1T03A 1RTDA 3NFAA 3KD1E 1C1BA 1RDAA 3HJFA 4W5OA 1Q8IA 4KTZA 1VSEA 2XY6A 2DY4A 3PX0A 3NH2A 2F96A 2YNIA 4KTQA 4B3OA 3VQ5A 4CJRA 3M8RA 1U45A 5KTQA 3D0PA 4DQRA 4W5QA 3NBPA 3VQAA 2Z1GA 1S9GA 3THVA 1SKWA 4E1NA 3UIQA 4DLGA 3K5MA 3VQ6A 1MU2A 3SQ2A 4PUOA 4DTRA 3CM6A 1ZBLA 4N41A 5FRNA 4FJXA 2G8VA 1TAUA 4CIFA 1X9SA 4CK1A 3AA5X 4CEZA 2A1RA 2P51A 4GVMA 3OYGA 3BDPA 4CJ3A 3VA0A 1I39A 4PY5A 3RMDA 4ELVA 4IFVA 4LSLA 1Q9YA 3SV4A 4DQIA 3V9UA 4ZHRA 1RT2A 1NK6A 2G8WA 3HSTB 1JLAA 2O4GA 1C0TA 3M8SA 4FM2A 3QEPA 3QEIA 2PYJA 4DSJA 4FK4A 4CGDA 3QEVA 1XHZA 2GBZA 4B08A 4CHPA 4E19A 3V9SA 2F8TA 3LAKA 3P83D 4CGHA 1ZYQA 2D5RA 4FJNA 1HJRA 3L8BA 3AVMA 4FLTA 3PO5A 4H4MA 3AVGA 4KB0A 5HRPA 4LSNA 4DS4A 2WONA 3OYHA 3SYZA 3AVLA 4F3TA 4R5PA 2QKKA 1ASUA 1GOBA 2ZQBA 1I3AA 3KK3A 3AVKA 2EHGA 3OS1A 1QSYA 4FK2A 4KI6A 1Z26A 3VA3A 4DU1A 3LALA 4F4KA 4QCLA 3PX6A 1D8YA 1A5VA 1HNIA 1WNSA 1ZBFA 4NCBA 2RKIA 3O3HA 4Q0BA 1BQNA 1G15A 3DOKA 1D9DA 2QXFA 2VWJA 4BACA 5D3GA 3DRSA 3KLIA 1B9DA 4H4OA 1RTHA 3SUQA 2BGGA 4CE9A 3C94A 4CJ5A 2HVIA 1DLOA 4FLYA 1BI4B 3KK1A 2Z1HA 4FJKA 1J5OA 2FBXA 1IKWA 1SV5A 4OPJA 3DRRA 4FZYA 4M42A 4HCCA 2X6NA 3ZT3A 3K5OA 3IRXA 1KRPA 4DSKA 4AH9A 1T7PA 1IKXA 1C0MA 1YT3A 1WSIA 2VWKA 4CHYA 3S3OA 4KV8A 3S3MA 4B9NA 2QK9A 3NF7A 4W5NA 5HLFA 4OKEA 2ZE2A 1BISA 3KLEA 4O44A 1CXQA 1QS4A 3TAPA 1YTAA 2D0CA 3VN5A 3BGRA 4LH5A 3QESA 4CJWA 3F9KA 4BDZA 3ZSVA 2ATQA 3SJJA 1W0HA 3I0RA 1X9MA 5FRMA 4NYFA 4B9UA 3C6TA 4M41A 3OS2A 4KRFA 2OPRA 3LP3A 1JLEA 4OJRA 2IDOA 1RDDA 4DTUA 2DFHA 3LPUA 4CHZA 3AVAA 4BWMA 5KRSA 1NK5A 1N6QA 4ID1A 1RBVA 1IKYA 3DLHA 4C8KA 4FJ9A 1SL1A 4Z4EA 3ZT0A 3RR8A 1EXQA 1JL1A 3ZSRA 4OPKA 1R0AA 3DRPA 3U3YA 4GMJB 3DLEA 1C1CA 4F2SA 4AHRA 4DFJA 3OYIA 4HUEA 2KFNA 4AHVA 1WSHA 2HNZA 4KO0A 4FJMA 4AHCA 5J2NA 3HM9A 4OGEA 3G10A 3ZSXA 1EETA 3OYCA 2HHXA 2Y1JA 1K6YA 4KHYA 2B4JA 3QERA 3JSMA 1A5XA 1D9FA 4M3TA 4CGFA 4BWJA 4O4GA 3ZT1A 4M3WA 4FM0A 3ZSOA 2HHUA 5CYMA 1QTMA 2F8SA 2XY7A 3LAMA 2YNGA 4DTSA 1UA1A 1NK8A 1TVRA 5I42A 2HHTA 2HHWA 1JLCA 1IG9A 4FJIA 3LP0A 3EYZA 2O4IA 1JXBA 3K57A 4JS5A 1RBUA 3AO1A 3LWLA 5FDLA 3U6FA 3HO1A 2QKBA 3VQDA 1KTQA 4CIEA 2RPIA 2G8KA 4B9LA 4DTXA 2NUBA 1NKEA 3NH1A 3LPTA 3VQBA 4E7KA 1T8EA 3L2RA 3MXJA 3IAYA 3DI6A 5EU7A 1U49A 1BGXT 1CXUA 1LWFA 3QIOA 2BANA 4E7JA 1TV6A 3B6PA 2X74A 3DYAA 4PA1A 1NK9A 4FJ8A 2W42A 2G8HA 3TWHA 1BCOA 2XHBA 1NK4A 3SUNA 1JL2A 1JLBA 4C8OA 5JS2A 3WNFA 1XHXA 4NCGA 4JRPA 2OZSA 1L3TA 3AV9A 2FBYA 3KK2A 5I3UA 3WNEA 1VSMA 1QSSA 2RN2A 4WE1A 4E1MA 1NK7A 3HPGA 3NF8A 5SWMA 1TKZA 3C95A 4I9LA 4CEDA 2KTQA 4CF0A 1BI4A 4OGCA 3CYMA 1WAFA 4PQUA 4Z4FA 1LW2A 3M8PA 3SQ4A 4CFAA 3HP6A 3V81A 1T05A 3IS9A 4DTMA 4CF2A 2D0AA 4N5SA 4IDKA 3EY1A 4QOZB 3KLFA 4Y1DA 3K5NA 3V1OA 2GUIA 1S9EA 1RBTA 2HW3A 2G8FA 4IFYA 4Z4HA 1NKCA 4CFDA 4IBNA 4HUFA 3RRGA 4HUGA 4Z4IA 3RTVA 3OYJA 4E3SA 4XIUA 4FJJA 3OYMA 2VG5A 3V1QA 1JLFA 4CJFA 1S1XA 3KIOA 4GW6A 2YNHA 1BHLA 1NKBA 3AA2A 3O3GA 3OYEA 1VSIA 3RMBA 4CGIA 3ISNC 1HNVA 4IG3A 3SZ2A 1U48A 2Q3SA 4CF9A 3CQ8A 4BE0A 3B6OA 3CG7A 3DOLA 5J2PA 3O4QA 4M3XA 4RW7A 4E7HA 3LANA 2KQ2A 4EZ6A 1KVAA 3HVRA 2XY8A 3AO5A 4RW4A 3TAMA 3NE6A 3LDSA 4FJGA 1RT1A 4MFBA 3NF6A 3AO4A 3QEWA 3TABA 4CCHA 4FJ7A 3MAQA 1DTTA 3NGIA 1HYSA 4NYNA 3SCXA 4M3YA 1KLMA 4AILC 3PO4A 3AVFA 3KLGA 1LWCA 2ETJA 4KFBA 3MEDA 3AVBA 2IS3A 3CFPA 3T3FA 3S3NA 3HL8A 2P1JA 1TK0A 2P5OA 2HHQA 5KGXA 4CERA 1L3UA 5T7BA 4DF4A 3NHGA 1BIUA 1VSHA 4B8CA 3K58A 1KFSA 3KD5E 3RWUA 4I9QA 2IGIA 4FXDA 1TK8A 1W9HA 3V1RA 3NCIA 3TAFA 4HVJA 3AVJA 1UOCA 4CFBA 4OLBA 1ZBHA 2YKNA 4LD0A 3LP2A 1HYZA 2E4LA 3AVHA 3TI0A 3AVNA 1NOYA 1WSJA 4B9TA 4N56A 3TANA 4L8RB 3FFIA 4KTWA 5HRSA 3V4IA 1UWBA 4F3OA 1L5UA 1Y97A 4CK3A 3P1GA 4DTPA 5K14A 3RMCA 3NH0A 2BDPA 1C0UA 2PZSA 3LP1A 1Z25A 2YV0X 1WAJA 3T19A 4EP4A 1WSGA 4O5BA 2VG7A 1QHTA 2WOMA 3JYTA 3OJUA 4DS5A 1TAQA 4Z4GA 1S1VA 1RTJA 4FM1A 3OS0A 1CZ9A 1B9FA 1J54A 4M3RA 4I2QA 4YNQA 4CHQA 3LWMA 3TARA 4QAGA 4Z0UA 4K8ZA 3EZ5A 4E7LA 3VQCA 3KKSA 1JLGA 4DFMA 1WSEA 1VSDA 4G1QA 1NK0A 3WNHA 2G8IA 2Z1JA 3M8QA 3OYBA 4W5TA 1ASVA 1RT3A 4CJEA 4N47A 1ZBUA 3CFRA 1KCFA 4W5RA 4CJQA 4CHNA 1CLQA 4B9SA 3SQ1A 3PUFA 4HHTA 2KZMA 4J2AA 1BCMA 1RBSA 4DU4A 4M3UA 3AA3A 4E0DA 2KW4A 1IKVA 4RG8A 3TAGA 2HHVA 2KZZA 3D45A 1VSKA 2YHBA 2ZD1A 3P5JA 4AHUA 4H8KA 4FLUA 3ALYA 1LAWA 3TAQA 2P5GA 1GOCA 3ASMA 1HPZA 1DTQA 4ELUA 3MEEA 4E7IA 4DSLA 4DQQA 1S6PA 4I2PA 4JRQA 4BE1A 3I8DA 3ZCMA 3HXMA 1ITGA 3C6UA 3HPHA 2G8UA 2PYLA 2Z1IA 3QINA 1TL3A 4FYDA 1RT6A 3V9ZA 5HROA 2JLEA 2X78A 1SKSA 3K5LA 3QLHA 3SI6A 1L3VA 1GOAA 4CHOA 1XWLA 3CM5A 3RMAA 3DLKA 3HVTA 3HYFA 3KKRA 4DFPA 2PY5A 4DSFA 1S5JA 2OZMA 4Y1CA 3ZT2A 3NGYA 4K8XA 1RNHA 3QETA 2HNDA 2OPQA 3LZJA 1TGOA 3V9XA 1QSLA 1QE1A 4FZXC 1CZBA 3MXIA 4CJKA 1LV5A 2XRIA 5DK5A 3ZSZA 2BE2A 3TAEA 2GV9A 4Q5VA 4M3ZA 3KLHA 4KHQA 4OLAA 4FJLA 1KLNA 4KHNA 4BE2A 4OKJA 1X9WA 2IAJA 3SQ0A 4CJTA 4DQSA 4ZTJA 3DLGA 2AJQA 3HK2A 3VQ9A 2B6AA 2DFEA 3HPOA 4BDYA 4JLHA 1FKPA 1VK0A 3SPYA 1NJYA 3OYAA 3L2UA 4KPYA 2XO7A 3DLRA 2E6MA 5C42A 1J9AA 3F73A 1FKOA 1S6QA 3MXMA 4ID5A 2FC0A 1ASWA 1U4BA 1O1WA 1VSFA 2I5JA 4AHTA 4KB1A 4JS4A 2YNFA 5C24A 4KHWA 4LH4A 1S1WA 3AA4A 1HMVA 1FXXA 1RBRA 4KHUA 1WLJA 3H08A 3SPZA 1LW0A 1NJWA 3WNGA 5CZ2A 3DLBA 1KFDA 4DG1A 1YVUA 4CK2A 1VSJA 5CYQA 2Y1IA 1TL1A 3V9WA 4KAZA 4CEBA 2LSNA 4MQ3A 3KJVA 1REVA 3OJSA 4RW6A 5CY4A 4B9VA 1HRHA 3QIPA 3L3UA 5J1EA 1TKDA 4PWDA 5HRRA 3DMJA 4KI4A 1WSFA 4CGJA 1NOZA 4DFKA 1JLQA 1SKRA 3OY9A 1RT5A 2R7YA 2IOCA 4IG0A 1QQCA 4J2BA 2DTUA 3AO2A 1C6VA 2E6LA 2HHSA 4C8MA 1TK5A 3L2VA 4CJSA 2HB5A 3U3GA 3MECA 3OYFA 1TKTA 1KVBA 4FLZA 4TSXA 1LAVA 4CEAA 5J2QA 2OYQA 4B9MA 4EP5A 3VQ7A 4OVLA 4CF1A 3L2QA 1EKEA 1EX4A 1J53A 3VQPA 1JKHA 3IG1A 5KGWA 4CIGA 5E41A 4C8LA 4Z4CA 1L3SA 1C1AA 2RF2A 4DWIA 1ZBIA 2JGUA 3CFOA 3K59A 1KSPA 1B92A 4AHSA 5KRTA 1SL2A 2OA8A 4EZ9A 2X6SA 4HCBA 4FVMA 4ZTFA 3T1AA 4FCYA 2VG6A 1BIZA 3L3VA 1U04A 1XC9A 1VRUA 4KKOA 3ITHA 2HVHA 4FJHA 1RTIA 3VQ8A 3KTQA 3PX4A 1NJZA 4DSIA 1KVCA 1RT4A 1VRTA 1WN7A 1Q9XA 3K2PA 1HQEA 4DTOA 4OKKA 4DTJA 1NJXA 4FLVA 3OYLA 4DQPA 1RILA 2A1SA 2YHAA 4FK0A 1IO2A 2FBVA 5FROA 4CESA 3SNNA 2KFZA 1D5AA 3PV8A 4J2EA 1IH7A 3OYKA 1RCHA 4FLXA 3L2WA 4CJPA 1N5YA 1UA0A 4N76A 4LY7A 2D0BA 3TR8A 1FK9A 1BL3A 1S1UA 3AVCA 1HYVA 4CJLA 1F21A 4BDPA 4DSEA 5CZ1A 5HP1A 4NCAA 4CEFA 3AO3A 5HRNA 4F8RA 4I7FA 3VQQA 3ZT4A 2YKMA 4CJVA 3O3FA 4ELTA 3ZSWA 4RW8A 3VQ4A 2OPSA 3MEGA 1YTUA 2IC3A 3QNNA 4UQGA 5C25A 1RT7A 4M45A 3ZSQA 1JXEA 5JS1A 2OPPA 4KHSA 3G0ZA 3NAEA 4KREA 4FW2A 1BQMA 4CJ4A 1X1PA 2FBTA 4O0JA 2B5JA 2HNYA 3OYDA 1UAXA 4CFCA 4DMNA 3RRHA 4B8AB 1VSLA 3VQEA 1SL0A 4ICLA 4CJUA 3HT3A 2XY5A 4C8NA 4CEQA 1U47A 4J2DA 1RDBA 2DFFA 1EP4A 5DMRA 3O4NA 4FZZA 3SUOA 3E01A 4CF8A 3A2FA 4CECA 3SV3A 3NDKA 3AVIA 3PY8A 3QEXA 5HBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DLEA 3NGZA 1E4GT 3NF9A 3ENHA 3QNOA 3J80O 4F2RA 3ZETA 4LC9B 4NLCA 3QO9A 2E1ZA 1S1TA 4DF8A 1NG9A 3LZIA 4PKGA 4CW7B 2VGNA 1FJGK 2NRZA 3RR7A 1RDCA 1T03A 2E2OA 3NFAA 2JWKA 3HJFA 2DY4A 2A42A 2F96A 2YNIA 3KZBA 4B3OA 2ZJRL 2ZGZA 3VQ5A 3M8RA 3GL1A 1U45A 3D0PA 5FPDA 4LF4K 2NZTA 3UKUA 2ZM6K 4E1NA 5AQXA 3UIQA 3JS6A 1MU2A 4DTRA 2YJFA 3CM6A 3A8YA 1BDGA 5JVHL 3IMXA 1GLCG 4OX9K 1X9SA 1ZXOA 4FWLA 4CEZA 4GVMA 3CI5A 4BRIA 4CJ3A 3H45C 1XNQK 4ELVA 4LSLA 4H0TB 4DQIA 1KXPA 3QEPA 1NGHA 2O4GA 4M3TA 3M8SA 2HHUA 1T6CA 2F9WA 3QEVA 1YF5L 5AQOA 4FLTA 3KHYA 4H4MA 3AVGA 3WQUA 2WONA 4R5PA 3KK3A 2EHGA 1QSYA 2AP1A 1Z26A 4IOAL 1ZBFA 3L4IA 1JJ2M 1WUAA 4Q0BA 3OHRA 2VWJA 4BACA 3DRSA 4H4OA 2ASMA 1RTHA 3SUQA 4CJ5A 1BI4B 2VQFK 3VESA 4FJKA 1J5OA 1BWFO 3DRRA 4HCCA 5AZJA 1Q18A 1YHQN 5HL7L 4AH9A 3VEWA 2DPNA 1C0MA 1WSIA 5BR8K 4KV8A 4JV5K 2QK9A 2D0CA 3VN5A 3QESA 4H0YB 2ATQA 5FRMA 1W0HA 1HR0K 4RTFD 4B9UA 3CCEN 2OPRA 2IDOA 1RDDA 2DFHA 2O8CA 3ZEUA 4JI4K 1EXQA 1JL1A 4GMJB 3DLEA 1Q7YO 4YDUC 3OYIA 4AHVA 3AY9A 4KO0A 3LDNA 4AHCA 1GLBG 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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