2IDO | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	175
structure length	172
Chain Sequence	TRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSLHGALLDAQILAEVYLAMTG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__77702111210682__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__77702111210682__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2IDO/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__77702111210682__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"77702111210682","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2IDO/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__77702111210682__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structure of the Escherichia coli DNA polymerase III epsilon-HOT proofreading complex. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA polymerase III epsilon subunit
total genus	59
structure length	172
sequence length	175
chains with identical sequence	C
ec nomenclature	ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2006-09-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00929	RNase_T	Exonuclease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	2idoA00

5KRTA 3C94A 4CJKA 1CLQA 4FJJA 3AV9A 1SUQA 4KHQA 2XY5A 4HVJA 4ID1A 3AVKA 3QERA 2B6AA 5FRMA 4HUGA 4DF4A 1TK8A 4BDZA 1NJYA 5HRRA 4M45A 3ZSZA 4XIUA 1L3UA 3K5LA 3DLGA 1IKWA 4KHSA 3LWLA 2HHQA 3LDSA 4I9QA 4Z4FA 1A5VA 1BI4A 1NK0A 1BL3A 3C6UA 4PA1A 1XI1A 4HCCA 4FCYA 1TAQA 3RMAA 1YT3A 4Y1DA 5HBMA 3SYZA 4FK4A 1BCMA 1VRUA 3DMJA 4CJQA 4KHYA 3NGIA 1WN7A 3PUFA 4OGEA 3LZJA 3IS9A 1KLMA 1D9FA 4W5TA 2G8IA 2VWKA 4CJPA 1C1AA 4E0DA 4CJEA 2EX3A 3OYCA 3AVHA 4TSXA 2HHVA 5JS1A 2HHWA 1O1WA 3DI6A 1LAVA 3NHGA 3A2FA 4IFYA 3AO4A 4K8XA 3KLFA 3VQ7A 4DTOA 1KRPA 3HPGA 3OYGA 3SPZA 4KHWA 4W5QA 1T8EA 1S1TA 1S1UA 1VSLA 4EP5A 1S6QA 2VG6A 3D0PA 4DFMA 3AVAA 2FBYA 4QOZB 3JYTA 4DU3A 2RF2A 4Z4CA 1TK0A 2O4IA 3PV8A 4FJGA 5HRPA 1JL2A 3ZT3A 1QSYA 5KTQA 4CF1A 3SQ2A 4BE2A 1FKOA 4AHTA 3K2PA 3O4NA 1HNIA 4AH9A 4HTUA 4IG3A 3NE6A 4FZZA 1RDDA 2G8KA 3U3YA 2XY8A 4F8RA 1T7PA 1QTMA 1TAUA 1BIZA 4FJ5A 1IKYA 1RT1A 2HNZA 2ZE2A 3NGYA 3VN5A 3NBPA 4N5SA 3NH1A 4FLVA 3O3GA 1LAWA 4CGHA 3QO9A 2JGUA 4CJWA 1LWFA 2HB5A 3NF9A 1KCFA 4FM0A 4CEDA 4B8AB 4C8KA 3SUNA 3TR8A 3SV3A 2DY4A 4OPKA 3DRRA 4Q0BA 2HHXA 4AHUA 4O44A 5C24A 5DK5A 4CESA 4BDYA 3SQ0A 1EXQA 2YKNA 4FJLA 4FK0A 4CJ5A 2Y1JA 4FJIA 4OLBA 3L2UA 3NFAA 3H08A 3AVJA 2ZQBA 4LH4A 2ITGA 3QEVA 1NJZA 4DFKA 4MFBA 3K58A 3PX4A 2RN2A 2D0AA 4CERA 1BHLA 4CHPA 2OZSA 1KFSA 1QHTA 4M3YA 3KJVA 4DQPA 3G10A 2KFNA 2YV0X 2B5JA 3VQAA 1JXEA 2ETJA 3AVFA 4CK2A 1NK8A 4B9NA 4B9TA 5FRNA 2IGIA 1GOCA 3PX6A 1ITGA 1RDAA 4OKKA 2X78A 3ASMA 3RMBA 4C8MA 1C1CA 1NOZA 3V9UA 2E6MA 4DTRA 4J2EA 1U49A 4NYFA 1J9AA 4JRQA 3AVLA 3VQ4A 3BDPA 3AO3A 3IAYA 1B9DA 1WSHA 3HVRA 1L5UA 3S3OA 2VG7A 4CF0A 1A5WA 4GW6A 3HPHA 3QINA 3DM2A 3NAEA 1CZ9A 1WSIA 4NCAA 4E7JA 4Z4HA 2BE2A 3ZT0A 1IH7A 1BGXT 3V9WA 1C6VA 3SUPA 2D0BA 3OVNA 1JKHA 3QIOA 4KKOA 4CF9A 1RT5A 4FM1A 2Z1HA 3HYFA 3SV4A 3B6PA 3SUQA 2KTQA 1ZBFA 4Z0UA 1C0UA 3MXJA 4M3RA 1CXQA 2WONA 4JRPA 4DSEA 3CQ8A 2P5GA 3LANA 3T3FA 1ZBHA 1ZBUA 1HJRA 3HP9A 3TWHA 3NGZA 5EU7A 4CFCA 3L8BA 1CXUA 3RTVA 1TKDA 4Z4IA 4AHCA 2KZMA 4CE9A 4CEFA 3LWMA 4C8LA 3TAQA 4DTJA 3ZSVA 3OJSA 3QNOA 1R0AA 2GV9A 4KPYA 4QCLA 2YHAA 4ELVA 1B92A 3T1AA 2VWJA 3OS1A 1S9GA 2IS3A 5HRSA 4DS4A 1HQEA 3P83D 4AHSA 3VQCA 3AO5A 1EKEA 1RILA 4RW8A 1NKCA 2X74A 2KZZA 1X9WA 3V9XA 1TKZA 3OYNA 3AO1A 3WNEA 1TK5A 2X6NA 4FJHA 2Z1JA 3AVNA 4ZHRA 4YFUA 4HUFA 1ZBLA 4KI6A 4H8KA 1SV5A 3TARA 2P51A 4OJRA 3HO1A 4E7LA 3RMCA 4DSIA 3S3MA 4CEAA 5CZ2A 1QQCA 1FKPA 4N76A 3HJFA 3D45A 1RDCA 1QSSA 1T05A 4F2SA 1RTIA 1RT2A 1JXBA 5C25A 4FZXC 4CEEA 3SJJA 3SCXA 3O3HA 4WE1A 2X6SA 3WNHA 4CECA 4KREA 2E6LA 1JLGA 4FLYA 3AVCA 3K57A 1HNVA 1NJXA 3VQ5A 1TL1A 5T7BA 1KFDA 4J2AA 3TABA 1RNHA 2P1JA 4BE0A 4G1QA 4N47A 4LH5A 3OJUA 4DFJA 3LP2A 4B9VA 2YNHA 5JS2A 4DS5A 4FJKA 4I2PA 1WLJA 3K5NA 1L3TA 4M3TA 3LAMA 2BDPA 2QKBA 4CHZA 3DRSA 3FFIA 3O4QA 3U6FA 3ZSQA 3QEPA 1NK9A 3KD1E 1VRTA 4CGGA 3OYJA 4DTMA 4RW9A 3AA5X 1KSPA 3SUOA 1NJWA 3QESA 1S6PA 1NKEA 3LP3A 4FW1A 3RRGA 4KTZA 4DMNA 3OYAA 4B9UA 1SL1A 4CEZA 3M8PA 3PX0A 1KTQA 2IC3A 2QXFA 3DYAA 1RBVA 2HMIA 4FJMA 1IO2A 2KW4A 3AVGA 2DFHA 4FM2A 3HVTA 3VQ8A 3OYIA 1T03A 1CZBA 4KHNA 4PWDA 1UOCA 5J2PA 2FBXA 2FBTA 1JLFA 1VSIA 4IFVA 4IG0A 4O4GA 2XRIA 1VSMA 3K59A 1U4BA 3I0RA 3V1QA 2OZMA 4FJ9A 3M8RA 2YNIA 4O0JA 3OS2A 1X1PA 4NYNA 2OPSA 3ZT4A 3L2VA 4M41A 4IKFA 4K8ZA 1J54A 1DTQA 3KKSA 3AO2A 3ZT1A 3B6OA 4OVLA 3OYBA 3MXMA 1LWCA 4O55A 4PUOA 1UAXA 1LW2A 4W5OA 3THVA 4EZ6A 4OLAA 4CEBA 1SL2A 1C1BA 1HYZA 4KFBA 4E7HA 1NK5A 4DQSA 3LAKA 3P5JA 4H4MA 3TANA 3WNGA 4M3UA 4E1MA 3ALYA 5J2MA 1DLOA 3QETA 3OYEA 4RG8A 4CJTA 3SZ2A 2B4JA 4I7FA 2XHBA 4F4KA 4KV8A 3MEDA 3MXIA 4J2BA 4FLTA 3IG1A 1VSHA 4O0IA 3KLGA 3VA0A 2HW3A 4AHRA 1W0HA 5D3GA 4KB1A 4DU1A 1ASUA 1D5AA 3V6DA 4YNQA 2OPRA 4FLZA 2YNGA 1SL0A 2ATQA 4AILC 4FJNA 2JLEA 5KGXA 4FJ7A 4DFPA 5KRSA 1RT7A 1XC9A 3M8QA 1LV5A 1W9HA 4E7KA 3ZSXA 5HP1A 1J53A 1EETA 3DLRA 1VSEA 2EHGA 3CFPA 1BISA 4DTNA 3ZSOA 5CY4A 3RWUA 4Z4EA 3WNFA 5CYQA 1RDBA 4EP4A 5KI6A 2P5OA 3LP0A 3V1OA 4CGIA 4I9LA 3F73A 3QEIA 3CG7A 4CJVA 3ITHA 5CZ1A 1RTJA 3IRXA 1ASWA 1N5YA 4B9SA 3QIPA 4CIGA 4CJ3A 1U45A 1YVUA 3O3FA 3KIOA 4AHVA 3CM5A 1K6YA 4DLGA 4DU4A 4CHYA 4CHNA 5I42A 4C8OA 2HHUA 2D0CA 2IAJA 4DLEA 2F8TA 4N41A 3QNNA 3DLKA 1RBTA 1FXXA 3NF8A 2AJQA 3L2RA 1L3VA 1S1VA 1MU2A 3VQ9A 3SI6A 3T19A 1S9EA 1TL3A 4CJFA 4UQGA 3ZT2A 3C6TA 1XWLA 3EY1A 3NDKA 4CFAA 1LWEA 1D8YA 2VG5A 1NKBA 1EX4A 4OPJA 5SWMA 4KTWA 2G8UA 4FXDA 2KFZA 1UWBA 1IKVA 2OPPA 3AVMA 4KRFA 3VQPA 3S3NA 3C95A 1WSEA 3RR8A 3OYDA 3OYLA 1I39A 5E41A 3E01A 1UA0A 1X9MA 4J2DA 4PQUA 4DSFA 3KK1A 2HHTA 4MQ3A 3ZSYA 1GOBA 1S5JA 4NCGA 4FLXA 1REVA 4E19A 3OYKA 1RTHA 4LSLA 4CJ4A 3ISNC 1JLCA 3VQBA 1Z25A 4DTSA 2Q3SA 4RW6A 3KD5E 4HHTA 4CEQA 3KK2A 1ZBIA 4BWJA 1B9FA 3VQEA 4JS5A 4GMJB 1TVRA 4M42A 1U47A 1WAJA 5FROA 3TAGA 4IBNA 1QE1A 1WSJA 2PYLA 3HK2A 1S1WA 2BANA 5C42A 3V4IA 4CCHA 1TKXA 1ASVA 4OKEA 1QS4A 3KKRA 5FDLA 1ZYQA 5J2NA 1HQUA 2G8VA 4HCBA 4FYDA 1HRHA 3AA4A 3ZSWA 4W5RA 3DRPA 3KLEA 3PY8A 4F3TA 1N6QA 2A1RA 3K5OA 1VSFA 4CFBA 2G8HA 4DSLA 1HYSA 1FK9A 5CYMA 1NK4A 1QSLA 1Q8IA 3LP1A 5DMRA 2IDOA 4L8RB 2FC0A 2Z1IA 1EP4A 2E4LA 4CGFA 4DQIA 2R7YA 4B8CA 3CYMA 3S9HA 4DQRA 1VSKA 1VSDA 1HYVA 5I3UA 1KVAA 1UA1A 1TGOA 3TAPA 2QK9A 1JL1A 4W5NA 4CJLA 1JLAA 3QLHA 4CIFA 1SKWA 4CHOA 2YHBA 4RW4A 4E1NA 3HPOA 3HM9A 4H4OA 3HXMA 3MAQA 3V9SA 3QEXA 4BWMA 1NOYA 3AA3A 3DLHA 4B9MA 1WAFA 4CEOA 3OYHA 2XO7A 4GVMA 4OKJA 3VQDA 1VSJA 1Q9XA 3I0SA 3KTQA 4KI4A 4KO0A 5SZTA 3TAFA 2A1SA 2ZD1A 3F9KA 3KLIA 3EZ5A 2OYQA 4FJXA 1A5XA 4CK1A 4Z4GA 3MEEA 3KK3A 4ZTJA 1IKXA 4B3OA 1BQNA 4CGDA 4Q5VA 4DTPA 4CJUA 4Y1CA 2HNYA 5K14A 5J2QA 1S1XA 1HPZA 1RBSA 5KGWA 2FBVA 3ZSRA 4DQQA 4BDPA 2W42A 4CGJA 1VK0A 5HROA 4FLWA 2DFFA 4B08A 2NUBA 4DSKA 3NCIA 4CF8A 3ZCMA 4CK3A 5HLFA 4KHUA 3MECA 4E3SA 1LW0A 1RBRA 1SKSA 3L3UA 3OS0A 3ULDA 2HVHA 2HVIA 1IG9A 1L3SA 1C0MA 4N56A 4EZ9A 3MEGA 2DTUA 1C0TA 4E89A 3KLHA 1KVBA 3JSMA 3CFRA 4BE1A 1J5OA 2HHSA 3HP6A 1RTDA 4I2QA 1I3AA 2D5RA 4LD0A 3CFOA 3CM6A 3SPYA 3VA3A 4DF8A 4FLUA 1RT4A 3OYMA 3VQQA 4NCBA 4DTXA 3LALA 3TAEA 3SQ1A 2F96A 3G0ZA 4M3XA 4KB0A 3DOLA 2PZSA 2OPQA 3I8DA 1WSFA 5J1EA 2RPIA 2YNFA 1KVCA 1TKTA 3DLEA 2KQ2A 2F8SA 4DTUA 2PY5A 3SQ4A 4OGCA 1NK6A 4CIEA 2Z1GA 1RBUA 3L2WA 1XHZA 4IDKA 4RW7A 1YTAA 4CJRA 4E7IA 4FZYA 4ICLA 3L3VA 2XY6A 1KLNA 2QKKA 4HUEA 4FVMA 4C8NA 1Z26A 3LPUA 2Y1IA 3OY9A 4F2RA 1U04A 4R5PA 4FJ8A 1RT6A 4LSNA 3DOKA 1JLQA 3VQ6A 3V9ZA 3HL8A 2GBZA 2G8WA 4CHQA 1RCHA 3HSTB 4CJSA 3NH0A 1Q9YA 1G15A 3EYZA 4ZTFA 1BCOA 3U3GA 1U48A 4JS4A 4QAGA 1GOAA 4LY7A 4O5BA 2PYJA 2HNDA 4M3WA 3SNNA 3L2QA 2IOCA 3QEWA 2WOMA 4KTQA 1JLEA 1Y97A 3RR7A 2OA8A 1F21A 1WSGA 3RRHA 4B9LA 3DLBA 3PO4A 3TAMA 3P1GA 3AVBA 3NH2A 4FK2A 2YKMA 2I5JA 3LZIA 3PO5A 4DWIA 1SKRA 1HMVA 1BIUA 4DG1A 2LSNA 3OYFA 3AA2A 4CF2A 3NF6A 1BI4B 4BACA 4JLHA 3HT3A 4ID5A 4ELTA 4KAZA 5HRNA 3K5MA 4F3OA 1BQMA 3UIQA 1D9DA 3M8SA 3TI0A 1YTUA 2BGGA 3NF7A 3V81A 2GUIA 1X9SA 1JLBA 1RT3A 3LPTA 4FW2A 2O4GA 2DFEA 4DSJA 4PY5A 2RKIA 1XHXA 1WNSA 2XY7A 3BGRA 3AVIA 3RMDA 4ELUA 4CFDA 1DTTA 3V1RA 2G8FA 1TV6A 4M3ZA 1NK7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2IDOA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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