2IGIA

Crystal structure of e. coli oligoribonuclease
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 64
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2igiA00
4HTUA 3HVRA 3EYZA 1RBRA 1I39A 3KJVA 1REVA 4FW2A 1EETA 3L2RA 3AO1A 1RILA 1T7PA 1RBSA 5C42A 3CFOA 2P5OA 4ELUA 1RTDA 4F8RA 4KHWA 1WSEA 3TARA 1X9SA 4EZ6A 3C95A 3ITHA 3NF8A 4O5BA 4E1NA 3ULDA 2Z1HA 1BGXT 3DI6A 3KD5E 4LY7A 4KHYA 1Z26A 4ICLA 1TKXA 3HP9A 4CJQA 3K57A 3M8PA 1HQUA 1EXQA 1ASUA 2QKBA 3LPTA 3RMCA 3D45A 2IGIA 1WN7A 1B92A 4FK2A 3QEWA 3MXMA 3DLRA 1SKSA 4KHUA 2KTQA 3NGZA 3S3MA 2YKNA 4CHOA 3RTVA 3LZIA 2WOMA 1JKHA 5HRPA 1RT3A 4AHRA 1RT2A 1S9GA 4R5PA 4OGEA 1X9MA 3LDSA 4DFKA 1BCOA 4OLBA 2F8TA 3I0SA 1VSHA 3SPYA 1T8EA 5T7BA 4JLHA 3NH2A 3KLFA 1S6PA 2WONA 2ZE2A 4CHPA 3TAGA 3SUPA 1NK5A 4CJ3A 4B9TA 1UA0A 4CJWA 4DG1A 3QIPA 1RTIA 1FKPA 1O1WA 1WSIA 4EZ9A 4FJLA 1RT7A 4I7FA 4N56A 1RTJA 4UQGA 3VA3A 2BE2A 4DSFA 1DTTA 3MECA 4I2PA 5CYQA 3LPUA 1QTMA 4E0DA 2HVIA 3SUNA 1BL3A 3T19A 1LW0A 4KKOA 3HJFA 2HNYA 4B3OA 4HVJA 3NCIA 1RBTA 4AHCA 1U4BA 1G15A 1Q9XA 2KZMA 4CF2A 3TANA 4DF8A 3ISNC 1U04A 1CXUA 4W5TA 4CCHA 1WAJA 4CJPA 2W42A 2Y1IA 4GW6A 4CEAA 2OPRA 3NF7A 2FBVA 1VSFA 3RWUA 4KTZA 3U3GA 4C8NA 3TI0A 1RNHA 2G8HA 3RR8A 4FJKA 3LP1A 1TKZA 3DOKA 3K5LA 3VQQA 4BDPA 4Z4GA 1KVBA 1CZBA 1QE1A 1SKWA 1KCFA 1NK0A 2ATQA 2X74A 1BHLA 4PUOA 5I3UA 1ZBFA 1L3SA 4HUEA 1NOZA 1Q8IA 3WNFA 4E7KA 1D9FA 3CM6A 3SI6A 4N47A 1KFDA 5DMRA 4DFMA 2PZSA 4DQIA 4CHQA 1DTQA 3AVMA 4M3XA 4Z4IA 4KI4A 1ASWA 3DYAA 3C94A 3VQEA 1T03A 4IKFA 4FK0A 1WSGA 2IOCA 4F3TA 3KLIA 3T3FA 1LWEA 1RDBA 4CGIA 1BI4A 4CF1A 3HYFA 3V9XA 4FJJA 4IG0A 2HNDA 4CEDA 3RMDA 1HNIA 3QERA 1S9EA 2P1JA 1L3TA 4HUFA 1HNVA 4DSLA 1QSYA 2IDOA 2VG7A 1LW2A 2YNFA 3LALA 5HRNA 1KVCA 3OYLA 4DQSA 3U6FA 3TR8A 4FM1A 3S9HA 4FJ5A 4H4MA 4MQ3A 4CGDA 1LWCA 3OYJA 4QOZB 4NYNA 2GV9A 2VG6A 4O0IA 4DTJA 3HXMA 2P5GA 5HBMA 4DLEA 3RR7A 3KLEA 4CJTA 4E89A 4Y1DA 3DLHA 1QQCA 2VWKA 3MEDA 4DSJA 3TABA 2A1RA 1TK5A 4NCBA 2YHBA 4CJSA 4FJGA 4CGFA 3MXIA 3CYMA 4B8CA 5FRNA 1B9FA 4IFVA 4CGGA 1TKTA 3AO4A 4CECA 3OYAA 1HYVA 1TV6A 1VSLA 4JRPA 4C8LA 3K5OA 4CESA 4K8ZA 3AA5X 3G0ZA 2HHVA 3SZ2A 4AHTA 3KK2A 4FK4A 4CEQA 1R0AA 4HCCA 4FXDA 4K8XA 4CEZA 3LZJA 4N41A 1JXEA 1SUQA 3IS9A 4CHNA 3ZSOA 3OS2A 3V6DA 1ZBUA 4FJ8A 3I0RA 1C6VA 3F73A 4KTQA 1TAUA 1D5AA 3SJJA 2GBZA 3S3NA 4KHSA 3SQ2A 1C0TA 1LAVA 4ID5A 1EX4A 2E6MA 2R7YA 3TWHA 4CJFA 2G8FA 3KLGA 1YTAA 4FLYA 1L5UA 2KFZA 5SWMA 1WAFA 4RW6A 3QNOA 3V1OA 4E1MA 4L8RB 1WLJA 4KPYA 4FVMA 3C6TA 3O3GA 4CJEA 3ZCMA 4B9LA 1RCHA 4DTMA 2FBTA 4KB0A 3G10A 4XIUA 1GOBA 3KKSA 4CK3A 4BDYA 4E7HA 3DMJA 1KSPA 4DTRA 2HHSA 1XWLA 3MXJA 3HP6A 4DLGA 2F8SA 1J54A 3AVCA 3MEGA 4OKKA 2YHAA 1NK9A 2DY4A 4M42A 4KTWA 4Y1CA 2X78A 1YTUA 4B08A 4CEFA 3VA0A 1XI1A 3IAYA 4I9LA 1ASVA 4E7IA 1EP4A 4CEBA 4BDZA 3QIOA 2G8IA 3ZT3A 1A5WA 4N76A 1S1WA 4LD0A 1RDDA 1IKXA 3LP2A 1W0HA 1HYZA 2FBYA 3T1AA 2YKMA 1SL1A 3C6UA 1I3AA 1TVRA 1YT3A 4KO0A 3P83D 1SV5A 3OS1A 3V9ZA 1XHXA 2KW4A 3OYKA 3PO5A 3KD1E 3OY9A 4RW9A 3V1RA 3VQ5A 1BCMA 5CZ1A 3ZSWA 3U3YA 1U47A 2PYJA 1Y97A 4O4GA 1XHZA 2YNGA 4JS4A 4M3YA 3AO2A 4H4OA 3OYEA 4M3RA 1S1XA 3I8DA 4KHQA 3L3VA 4TSXA 1VSIA 4B9UA 4ZHRA 4OLAA 1J5OA 3VQPA 2AJQA 1WSHA 4W5NA 3PX4A 2JGUA 3JYTA 4ELTA 4NYFA 3QEXA 2XO7A 2VG5A 4LH4A 3HPHA 1ZBHA 5CY4A 5J2NA 2GUIA 1U45A 1VK0A 1JLEA 1JLBA 3JSMA 1LWFA 2O4GA 3OYGA 3SV4A 1IKWA 3DLKA 3IG1A 3ZSYA 3KLHA 4BE1A 1ZBLA 3RMAA 4FLTA 4CF8A 3TAQA 4LSLA 1U48A 1CLQA 1C1CA 3ZSRA 1T05A 4Q5VA 3OYNA 4FZZA 1HYSA 5KGWA 3ZT1A 3HPGA 3PUFA 1SKRA 2G8WA 3KK3A 4B9NA 2Z1JA 4FYDA 3AA3A 3VQ7A 1K6YA 2XRIA 3V9SA 2HB5A 4E7LA 4EP5A 3AVIA 4DU3A 2B6AA 1HRHA 4LSNA 1L3VA 4FLUA 4CHZA 3NF6A 1BQMA 2G8UA 1L3UA 4PWDA 3ZSVA 1KLNA 1RT5A 4N5SA 3H08A 1HPZA 5FROA 1RTHA 4OPJA 1Q9YA 1NJXA 4FLXA 3SNNA 1ZYQA 2OPPA 3OYMA 2DFHA 1NKEA 5E41A 1A5VA 3M8QA 3M8SA 4HHTA 1N5YA 4DSEA 5J2PA 1XC9A 2EHGA 3HK2A 4BE0A 4CF0A 3LWLA 5I42A 2DFFA 1KLMA 4IDKA 5DK5A 1NJYA 1HQEA 1NOYA 1FK9A 2B4JA 4F2SA 4JRQA 3DM2A 3F9KA 4PY5A 1NJWA 3NF9A 1GOAA 1WSJA 4DU4A 1U49A 4CHYA 3IRXA 4FZYA 3OS0A 4CFBA 1RT4A 3L2VA 3K5MA 4DFPA 1IH7A 3LP3A 4OPKA 3BDPA 2OZMA 1Z25A 5HROA 3LWMA 3DRSA 3SPZA 4OJRA 3L8BA 2I5JA 4NCAA 4CK1A 3SQ0A 1JLAA 1VSMA 1RT1A 4BWJA 2ITGA 3WNEA 4CEEA 4JS5A 3AVLA 1C0MA 2FBXA 3TAFA 1UAXA 1SL0A 2QKKA 4B8AB 4FLWA 3V9UA 3QEPA 4F4KA 2G8KA 2O4IA 3AVGA 3AVAA 4ELVA 4M3WA 2PYLA 4CJUA 4CJ5A 3ZSZA 2ZD1A 5KI6A 4AILC 4FJHA 3K5NA 3NDKA 2XY8A 4AHSA 3SCXA 4FM2A 1NKCA 2F96A 3D0PA 1JLCA 1VSJA 4PA1A 4KHNA 4B9VA 5C25A 2D0AA 3OJUA 4HUGA 4DF4A 3L2WA 3PX0A 1IO2A 2Q3SA 2QK9A 3TAMA 2D0CA 1TKDA 1D9DA 3QO9A 1BIUA 2G8VA 1KVAA 3BGRA 5KGXA 5HP1A 1YVUA 4GVMA 5CYMA 3VQBA 4FJNA 4KREA 3WNGA 3VQCA 4CFAA 3HT3A 3OYIA 1TL3A 4G1QA 4J2DA 1C0UA 3VQ4A 5SZTA 1NK6A 3SQ1A 3PO4A 2HW3A 3NE6A 2OPQA 1GOCA 2BDPA 1MU2A 2OZSA 4KAZA 1NK4A 4M3UA 3HM9A 1NK8A 1TK0A 1S1UA 2RN2A 4WE1A 3M8RA 3DLBA 4MFBA 3OYBA 1VSDA 4YFUA 4CERA 3QNNA 3KK1A 4W5RA 4B9MA 3NGYA 4DMNA 2KZZA 4DTUA 3AO3A 3CFRA 3OYCA 1C1AA 2Z1GA 2Y1JA 1NJZA 4M3TA 3QEVA 1TAQA 4DFJA 3VQ8A 3QESA 4C8OA 4J2AA 3DRPA 5FDLA 2HVHA 1FXXA 1S5JA 1A5XA 3LAKA 4DQRA 3MEEA 4DQQA 3L2UA 4Z4FA 1JLFA 3HPOA 4RG8A 4AH9A 1SL2A 4DS4A 3RMBA 5J1EA 2BANA 3P1GA 3PY8A 3NBPA 4J2EA 1UWBA 3DOLA 3K2PA 4RW8A 1UOCA 3HSTB 5HRRA 1RDCA 3DLGA 4OKJA 3QETA 1N6QA 4E19A 4W5QA 3LANA 2VWJA 3KKRA 3VQ6A 4CFDA 3OVNA 1IKVA 4FJ9A 3CQ8A 4FCYA 1NKBA 4AHVA 2HHWA 4H8KA 4PQUA 4NCGA 5J2QA 2IAJA 4IFYA 3V4IA 3AA2A 1J53A 4IG3A 3SV3A 2DFEA 3AVFA 1B9DA 5KRSA 4CJRA 1JXBA 3TAEA 4FM0A 2D0BA 2EX3A 4DU1A 1J9AA 2XY6A 2YNHA 4CGJA 1RDAA 4FJXA 4CEOA 4E3SA 1CXQA 2XY7A 3AO5A 3O3FA 3HL8A 2ETJA 2FC0A 1ITGA 3NHGA 3RRGA 2JLEA 2IC3A 4IBNA 1QSSA 3ZSQA 4OVLA 3WNHA 2HHUA 3V9WA 1JL2A 3NH1A 2Z1IA 1RBVA 5HLFA 1IG9A 4DSIA 1F21A 1NK7A 3A2FA 4CJVA 4DSKA 1JLQA 3L3UA 4AHUA 4RW7A 4Z4CA 3EZ5A 3K59A 1S1VA 3PV8A 3DLEA 4OKEA 3HO1A 1S1TA 2HHXA 4EP4A 3V81A 2PY5A 4ID1A 4Q0BA 4KV8A 1KRPA 1VSEA 4M3ZA 3AVJA 3VQ9A 4CF9A 3E01A 3CG7A 4O0JA 3ZT0A 1TL1A 4GMJB 1BI4B 4DTXA 4J2BA 4CIEA 3O4QA 4Z4HA 5HRSA 3O3HA 3VQAA 2A1SA 1EKEA 1D8YA 1LV5A 3LP0A 4O55A 2BGGA 4FJMA 3SUOA 3ALYA 1JL1A 1ZBIA 2HMIA 2KQ2A 3ZSXA 2D5RA 3NAEA 4DTNA 5FRMA 1LAWA 3CM5A 4E7JA 1UA1A 5JS2A 1QSLA 4B9SA 3SUQA 3V1QA 4DTOA 3OYDA 4CIGA 3QLHA 3CFPA 4BE2A 4C8MA 2NUBA 5CZ2A 2E6LA 4FZXC 2HHQA 4KRFA 3TAPA 5J2MA 3ZT2A 4FLVA 1VSKA 3AA4A 4CJLA 4CK2A 3O4NA 5KRTA 3SQ4A 1KFSA 5EU7A 3KTQA 1BIZA 4CFCA 3ASMA 3AVKA 1C1BA 5KTQA 1FKOA 2X6SA 3K58A 3UIQA 5JS1A 1BQNA 1W9HA 1DLOA 2IS3A 2RPIA 4O44A 1QS4A 4FLZA 3SYZA 4FJIA 3THVA 1VRTA 3L2QA 3MAQA 3NFAA 4YNQA 4I9QA 1BISA 4CE9A 1X1PA 1TK8A 3B6PA 4HCBA 2E4LA 2OA8A 2DTUA 4ZTJA 1JLGA 3AVNA 3EY1A 1RT6A 4KFBA 4KB1A 1CZ9A 3B6OA 1RBUA 1HMVA 4OGCA 4CGHA 2HNZA 2HHTA 4W5OA 4ZTFA 2OYQA 1WNSA 4FW1A 4DWIA 2YNIA 4Z0UA 3NGIA 2KFNA 4DS5A 4CIFA 3NH0A 2X6NA 2YV0X 3PX6A 1QHTA 4DTSA 5D3GA 4C8KA 4DTPA 1IKYA 4I2QA 2P51A 3AV9A 3KIOA 3P5JA 4LH5A 1KTQA 1VRUA 2QXFA 1WSFA 4M41A 3VN5A 4CJ4A 2XHBA 4DQPA 4F2RA 4BWMA 3S3OA 3LAMA 2LSNA 1TGOA 5C24A 3QINA 4BACA 2RKIA 4KI6A 3QEIA 3OYFA 1S6QA 3HVTA 5K14A 3OJSA 2XY5A 4FJ7A 3DRRA 3OYHA 1HJRA 3RRHA 2ZQBA 4Z4EA 4CJKA 3ZT4A 1X9WA 4QCLA 2OPSA 2RF2A 4M45A 3AVBA 3AVHA 4QAGA 3VQDA 4F3OA 3FFIA 4RW4A 2B5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOUA 3EYZA 3KJVA 4UY8O 3OW2M 1T7PA 3CFOA 4F8RA 5KPTA 4EZ6A 4BR9A 4FOIA 3PSFA 1BGXT 1BUPA 2IVNA 4KHYA 1Z26A 4CJQA 1G99A 3M8PA 2UXCK 1QZ5A 1RT2A 2VWBA 3LDSA 1R59O 4OLBA 4IJAA 2F8TA 2Q97A 3IDHA 4JLHA 3NH2A 2WONA 4B9TA 4CJ3A 1UA0A 4DV6K 3QIPA 2O8FB 3WEEA 4EZ9A 5GAHP 1RT7A 4CD1A 4I7FA 3CCMN 1VHXA 1RTJA 2BE2A 3AARA 1DTTA 3MECA 5CYQA 4RWTA 3T19A 3NVMA 1LW0A 4KKOA 3TANA 3PIPL 2FLOA 4W5TA 1WAJA 2W42A 4GW6A 2OPRA 3SJHA 3LL3A 4KTZA 2G8HA 1WUAA 3THYB 1KCFA 4AM6A 3ZETB 4BRPA 1NK0A 3BEXA 5LJVA 5JICA 4E7KA 1D9FA 3DWLA 4N47A 3M1FA 2PZSA 4CHQA 1DTQA 4Z4IA 3DYAA 4FK0A 4M63C 4YOVA 3KLIA 1GLCG 1LWEA 3T3FA 1TUYA 4IG0A 2I7PA 3MWTA 4CBXA 2IDOA 1LW2A 3OYLA 3GE1A 1KVCA 4H5RA 1C0GA 3U9ZA 4H0OA 4XH5A 1NGBA 2VG6A 3CCEN 2QW9A 5HBMA 4DLEA 3KLEA 3CJ7A 4CJTA 3BZCA 1NGFA 2FF3B 1QQCA 2VWKA 5GAGP 1HNZK 3MEDA 4DSJA 2A1RA 2YHBA 3MXIA 3MN5A 4JI0K 5EY4A 1I94K 4C8LA 4CECA 3OYAA 1VSLA 4JRPA 3AA5X 4DV7K 3SZ2A 1P8ZA 4AHTA 2P9LA 3W0LA 3L6QA 1JXEA 3IS9A 4CHNA 4JD2B 3V6DA 4FJ8A 3I0RA 3VENA 4KTQA 3I33A 3SJJA 5AZIA 1VQ9N 4ID5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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