2IGIA

Crystal structure of e. coli oligoribonuclease
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 64
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2igiA00
4R5PA 4ZTFA 4ZTJA 1U47A 4LY7A 4CHYA 3HXMA 4WE1A 2KTQA 3NH0A 1JLGA 3AO2A 1WSGA 3E01A 4CJLA 1IKXA 3DOKA 3PX4A 1BI4B 2HNYA 2XO7A 2PYLA 3SPZA 3VQPA 4TSXA 1KTQA 3PY8A 1VSJA 1IKVA 1YT3A 3K5NA 4KHUA 1TKZA 4GW6A 2HMIA 4I2PA 4FJJA 4KPYA 1LAWA 4CEQA 5J2QA 3TAMA 3WNHA 3VQCA 1XHZA 4DQPA 4QCLA 1RBTA 1TVRA 3D45A 1S1UA 4ICLA 1QE1A 3L2QA 3AVCA 4CJSA 1NOYA 1GOCA 1WSHA 2GV9A 3AA2A 4B9MA 5FRMA 1HYZA 3AA5X 4CK2A 1L3TA 4OLBA 1HNIA 2D0AA 3CM5A 3NFAA 3U3GA 3HO1A 3KTQA 3AVIA 1QTMA 4FLVA 4W5TA 2VWJA 2XHBA 1FXXA 3AVJA 1JLQA 4I9LA 3PX0A 1LWCA 4O5BA 3SV3A 2X78A 1YTAA 3V9SA 1TKXA 4CJVA 4F3OA 5FRNA 3ZSOA 3HT3A 3C95A 4BDYA 4DS4A 3D0PA 1G15A 1K6YA 4B9SA 4K8ZA 4M3TA 2B5JA 3DLGA 3IG1A 1Y97A 3NH1A 1RDBA 3V9XA 4HVJA 1LV5A 1KFDA 4NCAA 1SL0A 4EP4A 3NF6A 2HNDA 4IDKA 2OPPA 3SUPA 1RBVA 1W0HA 4OGEA 3RMBA 1SKSA 3RRHA 5KTQA 1VK0A 1RBUA 4Z4GA 2BANA 3MECA 2HVIA 4CJEA 1C6VA 4O0IA 1SKRA 2G8FA 1T8EA 1UOCA 4NCGA 4DSEA 4MQ3A 2NUBA 3IRXA 1ASUA 1B9FA 3NDKA 2E6LA 4LH4A 3VQAA 5KGXA 2QK9A 1LWEA 3DI6A 4CJRA 4AHUA 1NJYA 1Q9XA 5JS1A 1HPZA 4CGFA 4OVLA 1HYSA 1TL1A 4KV8A 3LZIA 2G8VA 2QXFA 4HCCA 2OA8A 3DLHA 3NHGA 4FM2A 1NJXA 3LZJA 3QNNA 2QKKA 4CEBA 2YNIA 4CIFA 1D9FA 2D5RA 4FJHA 4KKOA 1S1VA 3WNFA 3QEVA 3QINA 3WNEA 4FYDA 1UAXA 4NYNA 3LDSA 1WAJA 1KSPA 4M41A 3OYCA 4DSJA 3HVTA 1QS4A 2X74A 3AO5A 4F3TA 2HHVA 1ZBUA 3H08A 1S1XA 4I2QA 3OS2A 1NK6A 2A1SA 2DFEA 3OYGA 2G8UA 4KTQA 3QETA 2HHXA 2EHGA 3V9ZA 4E7LA 4DTUA 3QESA 2WONA 5J2MA 3OS1A 3RMCA 1IG9A 4QOZB 4CIEA 4FJ5A 4C8MA 4FZZA 3DM2A 4B08A 3HVRA 4L8RB 2X6SA 1C1CA 3AVMA 5FROA 1NK9A 2HHSA 3VQ7A 4AH9A 1N5YA 1Q8IA 1L3UA 3KD5E 4CJ5A 4UQGA 1RDAA 2HHQA 1WSJA 3V1OA 1HYVA 2HVHA 3HP6A 4FXDA 2JLEA 1QSYA 1S5JA 3OYBA 4Q0BA 3MAQA 3KIOA 5HRNA 3OYJA 4LD0A 1RT5A 2E6MA 2KQ2A 1JLCA 3AVHA 3VQDA 4NYFA 3OYEA 3KLFA 4OPJA 2KW4A 2FBVA 1CXUA 1SKWA 1VRTA 3SUQA 1T03A 1RILA 3QLHA 3I0SA 3V6DA 1TL3A 2G8IA 1ZBFA 4E7JA 1LWFA 1KCFA 2F96A 4Z4HA 2IS3A 4IG0A 5EU7A 4DTJA 4KFBA 1MU2A 3JSMA 3LP3A 2B6AA 3AVFA 1O1WA 1S9EA 2OPSA 3G0ZA 1XC9A 3ISNC 3F73A 3LAMA 3SZ2A 3UIQA 5KGWA 4QAGA 3TR8A 2IAJA 5HP1A 1NJZA 3V9WA 4KHNA 3K5MA 4KHYA 1IKYA 1HQUA 3QIOA 4DQQA 5J2PA 4CGDA 5HRRA 1TK5A 2PZSA 2DFHA 4F4KA 2YKMA 1NK5A 1T05A 3LWMA 4FJGA 1D5AA 4Z4EA 2G8KA 1RT2A 5CZ2A 2YV0X 1GOBA 4CF9A 3NGIA 2Q3SA 3HSTB 4E1MA 3ZSQA 3DRRA 1RT4A 2PYJA 4PUOA 3BDPA 4M3ZA 4KTZA 3L8BA 3U3YA 1TV6A 1J9AA 4FLWA 4IFYA 1X9SA 1I3AA 3MEEA 1N6QA 4J2AA 3O3HA 1R0AA 3ZSWA 1XWLA 3LP2A 1JKHA 1DLOA 4AILC 1U48A 4RW7A 1YVUA 3AVKA 1GOAA 3OYKA 2XY5A 3RR8A 3OYHA 4BE0A 4DTMA 1BHLA 2DY4A 1BL3A 4DSFA 4OJRA 4BDZA 5HROA 3AA3A 3ASMA 1WSIA 4FM1A 1SL2A 2YNGA 3L2UA 3DLEA 3ZT1A 2X6NA 2IGIA 1J54A 3OS0A 1ZBLA 1NKBA 2E4LA 1WNSA 4GVMA 3SI6A 4FJIA 2DFFA 2KFNA 4W5QA 1UA1A 4FJNA 4ID5A 3SQ2A 3RTVA 3M8QA 4F2SA 4DU1A 2KZMA 4JS5A 4DQRA 3TAEA 3HK2A 4CIGA 3O4NA 4HCBA 3SJJA 5CY4A 2OPQA 3VA3A 4B9LA 1A5XA 4CHOA 4FK4A 4HUEA 4CEZA 1FKOA 2B4JA 5HLFA 4KI6A 3LP0A 3K57A 3OJSA 1LAVA 1NJWA 1JLBA 3A2FA 3QEIA 3DYAA 5SWMA 2ETJA 3SUOA 4DQSA 3NE6A 1VSKA 4Z4CA 1QSLA 1JLEA 3C6UA 1RT7A 5D3GA 3I0RA 4CFDA 1TK0A 4Q5VA 5DK5A 1LW0A 4FVMA 1BIUA 3L2RA 4PWDA 5J1EA 3O3GA 1SV5A 3SQ0A 4B9TA 2Z1JA 3AVLA 4FLYA 2F8SA 1X9MA 4CEEA 1EETA 4CJPA 4RW8A 1REVA 1DTQA 4O4GA 5HRPA 4KTWA 3S9HA 4M3YA 2R7YA 3QIPA 4O55A 1KVCA 3PO5A 1W9HA 3MEDA 2Z1GA 4YNQA 3VN5A 2EX3A 4PY5A 4KB0A 3L2VA 2YNHA 5C25A 4ELUA 3MXMA 4CGHA 4CJWA 1Q9YA 1TAUA 2FBYA 1HNVA 4BWJA 5E41A 2VG7A 3LAKA 4DLGA 4CGIA 2YKNA 4KREA 4DFJA 1BI4A 2WOMA 3VQ4A 4B9UA 1ITGA 1HQEA 1EXQA 3QEWA 1C1AA 1KVAA 3HYFA 3F9KA 1QHTA 2VWKA 3HP9A 3U6FA 1RCHA 4J2DA 1TKTA 1LW2A 4CECA 4OPKA 1U04A 3EZ5A 1NK7A 4CJUA 4DQIA 1U49A 1X1PA 1CZBA 2A1RA 3OYIA 4JLHA 4AHRA 1RT6A 3OYMA 3LPUA 4AHVA 4DF8A 4FZYA 4IKFA 3IAYA 3OY9A 3HPGA 2BE2A 4CHQA 3NF8A 4OLAA 1ASWA 3K5OA 4M3UA 3AO1A 4CE9A 4O44A 1KFSA 3DLKA 4GMJB 4N76A 3RWUA 3T3FA 3EYZA 4CJTA 2F8TA 3S3NA 4C8KA 3WNGA 1VSHA 1JXEA 3TAQA 4DTRA 3O4QA 1RTIA 4JRPA 3SUNA 5CYMA 4E1NA 3VQ8A 4DU3A 2RPIA 2Y1JA 3M8RA 4ELVA 4CJ3A 4DG1A 3RMDA 4DWIA 4M3XA 1TK8A 3LWLA 1X9WA 1VSLA 3KLIA 1XI1A 4FLZA 3NCIA 3AVGA 1D9DA 4IFVA 3P1GA 2YHAA 3OJUA 4FLUA 1L3SA 4KAZA 4KHSA 4M45A 1KLMA 1C0MA 4DFMA 1T7PA 2FBXA 3SPYA 3QNOA 3ZSXA 4FJ7A 4LSNA 4E3SA 3PV8A 1VSEA 5I3UA 1NK0A 4J2EA 5CZ1A 1EKEA 2OZMA 4BACA 1A5VA 1EP4A 3CM6A 3TAGA 2PY5A 1BQMA 3ZT0A 1KLNA 1VSDA 4CGJA 3SCXA 4I7FA 5I42A 3T1AA 3VA0A 4CEAA 4RW9A 3ZSRA 4E19A 3RMAA 5HBMA 4CFBA 3SQ1A 1ZBHA 3THVA 1S6QA 4FJXA 1VSIA 4DTNA 3V1QA 3O3FA 3K5LA 3V4IA 1RBRA 2GUIA 2HHWA 3NF9A 1L5UA 4CEDA 2HNZA 4Z4IA 4KO0A 3TANA 4E7KA 3HPHA 2I5JA 4F8RA 4H8KA 3KLEA 2G8WA 4C8OA 2Z1HA 1BCMA 1B9DA 3CYMA 2RN2A 3T19A 4KHQA 2KFZA 3LPTA 1VSMA 3VQ9A 3K58A 2ZQBA 4DMNA 3FFIA 4CF0A 3NGZA 3KLHA 1SUQA 3K59A 2D0CA 3TWHA 4B9NA 1QQCA 1ZBIA 2IDOA 3PUFA 1CZ9A 4H4OA 1KVBA 4Z0UA 4XIUA 3OYNA 1I39A 4E7IA 3KK1A 4ID1A 4JS4A 1KRPA 4FZXC 3DRPA 3NBPA 3L3UA 1IH7A 5CYQA 5SZTA 4CF1A 4LH5A 4Y1DA 4J2BA 2D0BA 4CEOA 3MXJA 2OYQA 1QSSA 4AHCA 2HW3A 2IC3A 1WAFA 3VQQA 3QO9A 3ALYA 4B9VA 3C94A 3ZSVA 4RW4A 4FLTA 4BDPA 1RDCA 4E0DA 5JS2A 4CHNA 4CGGA 1JLAA 3MXIA 4DLEA 1EX4A 3HL8A 4M42A 4CHPA 3AVNA 5C42A 3KK2A 4B8CA 4FCYA 1IKWA 1C0TA 1NOZA 1TKDA 3OYAA 3EY1A 4DFKA 3ZCMA 4EP5A 2P5GA 1FKPA 3P83D 4FW1A 1RTDA 4FJKA 3KLGA 3NGYA 3KJVA 3AVAA 3ZSZA 1DTTA 3CG7A 4RW6A 4CFAA 3QEPA 4FJ8A 4M3RA 4HUFA 4DF4A 3AVBA 4CCHA 5K14A 4DFPA 2HHUA 3CFPA 2FBTA 3V81A 4BE1A 3SQ4A 3DLRA 5DMRA 3NAEA 2XY8A 4FK2A 1IO2A 1Z26A 4CJKA 1YTUA 3AA4A 3DOLA 4BWMA 1HJRA 4DTSA 1RTJA 3LANA 2XRIA 3C6TA 4CESA 3HPOA 4DSKA 1UWBA 3G10A 4YFUA 4KHWA 1NK8A 2O4IA 1BISA 1HRHA 4CHZA 3KK3A 4F2RA 4KB1A 5J2NA 4E7HA 3VQ5A 2QKBA 3QEXA 3AO3A 4IG3A 2JGUA 4DSIA 3MEGA 3NF7A 4DS5A 3M8SA 2GBZA 1CLQA 1NKCA 2VG5A 4FK0A 5T7BA 1J53A 4K8XA 4IBNA 2P1JA 3CFRA 3OYLA 3ZT3A 3ZT4A 4CJ4A 3PO4A 1JL1A 4EZ6A 4DTXA 4W5NA 5C24A 2P5OA 2BDPA 2ZE2A 1WSFA 4CK1A 3JYTA 1RNHA 2P51A 3AV9A 3DRSA 3KKRA 3S3MA 3RRGA 4W5OA 4B3OA 2RF2A 3RR7A 1JLFA 1RTHA 1VSFA 1BIZA 1CXQA 3ZT2A 4JRQA 4DU4A 3ITHA 2RKIA 2O4GA 2ATQA 3OYFA 2XY7A 3KD1E 4FJ9A 4FJMA 1S1TA 4PA1A 3KKSA 1L3VA 3ZSYA 1WN7A 3OVNA 2HB5A 4O0JA 3NH2A 2HHTA 4N5SA 1ZYQA 3OYDA 1RBSA 2YNFA 3K2PA 1SL1A 4CF2A 1RT3A 4OKJA 1FK9A 1JL2A 1D8YA 2OPRA 1C0UA 3SNNA 1JXBA 4B8AB 4CERA 3S3OA 3AO4A 1NKEA 1B92A 3P5JA 3VQBA 4I9QA 3L3VA 3CFOA 4C8NA 1TAQA 4H4MA 4HHTA 1VRUA 4FLXA 4FM0A 3SV4A 4DTOA 3TAPA 3LP1A 4N41A 4M3WA 3VQ6A 1NK4A 5HRSA 2W42A 2LSNA 1Z25A 4RG8A 1ASVA 3TI0A 1C1BA 3I8DA 4CJQA 1RT1A 4HUGA 4E89A 4NCBA 4DSLA 4KRFA 4Y1CA 5KRTA 2FC0A 1S1WA 4LSLA 1J5OA 3HJFA 4BE2A 4OKEA 4CFCA 4DTPA 1RDDA 2AJQA 3PX6A 2Z1IA 4ELTA 2BGGA 4OKKA 3DLBA 3IS9A 4MFBA 1WLJA 3TAFA 4C8LA 2Y1IA 3ULDA 1U45A 2DTUA 4CEFA 4CK3A 4KI4A 4FW2A 4G1QA 2OZSA 3L2WA 3SYZA 5FDLA 1BCOA 1HMVA 3M8PA 4AHTA 4PQUA 2YHBA 1BGXT 4HTUA 1S9GA 3LALA 2ITGA 3CQ8A 3HM9A 3B6PA 5KI6A 4FJLA 4N56A 3B6OA 3V1RA 1S6PA 3BGRA 2KZZA 4OGCA 4Z4FA 1WSEA 1XHXA 2VG6A 5KRSA 3QERA 1U4BA 3TARA 1BQNA 4W5RA 4CJFA 3VQEA 4ZHRA 1UA0A 3TABA 4AHSA 4N47A 1TGOA 4CF8A 1A5WA 2IOCA 2G8HA 3V9UA 3DMJA 2XY6A 4EZ9A 1F21A 2ZD1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KTQA 1WBBA 4IJNA 1QZ6A 3DOKA 3PX4A 2PYLA 3VQPA 1ATRA 4TSXA 3PY8A 1IKVA 1YT3A 4KPYA 4DQPA 5J2QA 3VQCA 2Q1NA 3D45A 1S1UA 3L2QA 4DV4K 1OH5A 3UE5A 1WSHA 2YX6A 3GOIA 3VESA 5FRMA 3QDKA 3AA5X 3NFAA 3CM5A 3DXMB 3C0BA 1FXXA 3AVJA 5GINA 3PX0A 1LWCA 1DEJA 1WOQA 4CJVA 4F3OA 4DCHA 3HT3A 4K8ZA 1WBDA 4CI6A 3V9XA 2VQEK 1KFDA 2F9TA 3CJ9A 1RBVA 1W0HA 4OGEA 4X65K 3RRHA 3ZYYX 4O0IA 1C6VA 1T8EA 5C15A 5GIPA 4DSEA 3QMLA 3IRXA 1ASUA 3ZEUB 2E6LA 4CBWA 4FWRA 2G8VA 4BRHA 2OA8A 3F2KA 4CIFA 2VQFK 4FJHA 2O8FB 4KBOA 4BRPA 4KKOA 3QEVA 4FYDA 1M1KO 4NYNA 1J6ZA 1QS4A 4DR6K 1OKJA 3H08A 1S1XA 3OS2A 1RDWX 2A1SA 3OYGA 3C65A 2YJEA 1Q7YO 3THWB 3V9ZA 5C0YA 5J2MA 5LJWA 3L0QA 4CZGA 3P38A 3DM2A 3HVRA 4BC3A 3AVMA 5FROA 2HHSA 1VQON 3KD5E 2PBDA 3WXJA 3V1OA 1HYVA 3D7EO 3HP6A 4KHPK 2HVHA 5KPZA 3CPWM 1QSYA 5CHIA 1VQ5N 3NVMA 5HRNA 4I6MB 2KQ2A 5E26A 3AVHA 4NYFA 1VQPN 3AY9A 3KLFA 3P39A 1CXUA 2FBVA 3ENHA 3DXKB 1TL3A 1U2VA 3HOTA 4E7JA 4CZJA 1KCFA 5EU7A 5JLHA 4RWTA 3MWTA 3LP3A 4BG9A 1KXPA 3G0ZA 1XC9A 5KPTA 3SMSA 3SZ2A 3TR8A 3V9WA 3QIOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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