2IS3A

Crystal structure of escherichia coli rnase t
Total Genus 53
2040608010012014016018001020304050
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (92-110)TIV1 (12-15)S2 (36-43)TI'1 (14-17)S1 (17-26)TI2 (31-34)EMPTYS3 (56-61)TI3 (47-50)AH6 (183-204)AH1 (72-78)AH3 (122-136)TI5 (81-84)TIV3 (119-122)TI6 (138-141)TIV5 (176-179)TI7 (177-180)3H1 (10-12)TI1 (30-33)TIV2 (84-87)S4 (114-116)TIV4 (144-147)TIV6 (179-182)AH4 (151-159)AH5 (164-171)TI4 (65-68)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 53
structure length 203
sequence length 203
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2is3A00
1C0TA 3AO3A 1L3TA 4DFPA 1HQEA 3ISNC 3U3GA 2VG6A 4KREA 1QHTA 3OS1A 2WOMA 4KV8A 3MAQA 5K14A 4DF4A 1X9SA 2DTUA 4CHPA 4KHYA 2HNZA 4Z4GA 3KLIA 1WNSA 2VG7A 1WSJA 4FLWA 1ZBLA 1T05A 2P5OA 1VSJA 2D5RA 4RW9A 4DS5A 3HPHA 3VQQA 2XHBA 1UA1A 5J2PA 1DLOA 1F21A 4OLAA 4N76A 1GOAA 4NYNA 3RMDA 1NK7A 4W5TA 1IH7A 4QCLA 4J2AA 3L3UA 3ZT3A 2D0BA 3G0ZA 4E7IA 2HW3A 3ZCMA 4E7KA 3ASMA 2ETJA 4IG0A 1N6QA 1D8YA 1D9DA 2HHXA 3U6FA 3CM6A 1C6VA 4RW7A 3PO4A 1KCFA 4BE2A 3RMAA 3DLHA 1X9MA 3HPOA 1WSGA 3NH1A 5CY4A 4JRPA 1NOZA 3SUNA 1JLFA 4CJKA 3V9UA 2G8WA 3NCIA 3RRGA 3K59A 4FJXA 1G15A 4CJUA 3OYAA 4I2QA 3ZT0A 4DSJA 3S9HA 3OYDA 5I42A 3AVJA 3HP6A 3S3OA 3QEXA 3CFOA 3VQDA 4CJVA 3SYZA 5J2NA 4HUGA 3AVBA 1IKYA 1WN7A 3RMBA 1U45A 5JS2A 3O4NA 3IAYA 2IOCA 1EETA 3K2PA 3TAEA 3OVNA 1VK0A 5D3GA 3VQ6A 4FZYA 1KTQA 3L2RA 4B9MA 3QEWA 3HVTA 4CEEA 3F73A 1UOCA 5CYQA 4E7LA 4M45A 1TKZA 3SQ4A 4C8OA 3OS2A 3DLBA 4TSXA 2PY5A 4OPKA 3ZSRA 4O4GA 2PZSA 1NKBA 1IG9A 3HM9A 3ZSZA 2P1JA 3LPTA 3OYKA 3RR8A 4UQGA 1Q8IA 3G10A 2EHGA 5CYMA 4KHWA 1WAFA 1Z25A 4ZHRA 1HJRA 2RN2A 3B6PA 4DG1A 1Q9XA 2OPPA 4Z4EA 1RT5A 2HB5A 2I5JA 4CGGA 1B92A 1S6QA 4M3ZA 3WNHA 4I2PA 1ZBUA 3QO9A 4CGJA 4RG8A 4CHYA 4O44A 4B9UA 4N41A 3DRSA 1IKXA 3OYLA 4RW6A 1TK0A 3VQCA 1SL2A 4FLZA 2B6AA 4CGDA 3DYAA 1D5AA 2AJQA 1LV5A 3SI6A 1WSEA 3LWLA 4IG3A 1U49A 1TAQA 3K5NA 4EZ6A 3VQBA 3HSTB 3L3VA 1RNHA 4FJ5A 4MQ3A 2D0CA 4CJTA 4CEBA 1DTTA 3KLFA 1JLAA 2FBTA 4ZTFA 3LPUA 3MXJA 4O5BA 4CESA 4M3YA 3NF7A 4NYFA 2KZZA 1VSEA 2PYJA 4DSLA 3K57A 3DLRA 2XRIA 1JLCA 3DRPA 3JSMA 1WSFA 3HT3A 4FK4A 5CZ1A 4H4OA 3VA3A 4CCHA 1YVUA 4H4MA 3KK2A 4KKOA 4AHRA 1HYZA 3OYCA 1RT1A 4CF1A 4BDYA 4FJMA 3OYMA 3B6OA 3OYGA 2BE2A 4AHCA 3OYHA 2W42A 4DQIA 4FK2A 3KKSA 3LP3A 4CIGA 5J2QA 2DY4A 1TKXA 2NUBA 4CGHA 2VWKA 4O0IA 3AVMA 1L3VA 3NHGA 1A5WA 3AVKA 4CF8A 1U4BA 2YNFA 4YFUA 3D0PA 3OYNA 4FJGA 5E41A 1VRTA 1RT3A 2X78A 4CJSA 4KHQA 4IFVA 3VQEA 4PY5A 3OYBA 4FJ9A 1TKTA 3VQ9A 5SWMA 2OZMA 4CK2A 4J2EA 3ZT4A 1C0MA 4FM2A 1A5XA 3V1QA 4E19A 2Q3SA 4FM1A 3KK3A 3S3MA 1EKEA 4LSLA 2O4GA 3T1AA 1L3UA 1BQNA 1JLQA 4B3OA 1NKEA 4CGIA 2IGIA 2Z1GA 3AVLA 1LW0A 4DSKA 1Y97A 1C0UA 4N56A 3ZSWA 4FJLA 3NF9A 3I0RA 3ZSXA 1RILA 2G8FA 4CHQA 1LW2A 4DQPA 3WNGA 1SUQA 5HRNA 3AO5A 3VQ7A 5CZ2A 1RBVA 4DMNA 2JGUA 4DFMA 5DK5A 1ZYQA 3LZIA 3ZSVA 3QEVA 4IFYA 3M8RA 4Z4IA 1LAVA 2YNIA 1MU2A 3C94A 4FLVA 1LWCA 2P51A 5KGXA 1KVCA 4E7JA 4FYDA 1XC9A 3A2FA 2R7YA 3H08A 3SUPA 3LP0A 3U3YA 3SPZA 1VSKA 2ZD1A 4M3XA 4B9NA 3TARA 4CE9A 1S1TA 1R0AA 1TV6A 5HRPA 3V9SA 1NK6A 2HNDA 3NF8A 3WNEA 4CK3A 1FKOA 3CQ8A 4ELVA 4M41A 4CFAA 3OJSA 3ITHA 5T7BA 4E1MA 4CEZA 3LZJA 3TAGA 4MFBA 3KLHA 1HYSA 3JYTA 4OLBA 4GVMA 2WONA 1RDDA 2O4IA 4CF9A 3LP2A 4FZZA 2G8UA 3AVAA 3KLGA 4NCGA 2IAJA 3SZ2A 3UIQA 4ZTJA 4CJPA 1KLMA 3V6DA 3TR8A 1VRUA 4F2RA 4N47A 4Z0UA 1O1WA 2A1SA 2LSNA 4FJNA 1CXUA 4B08A 4DTPA 2HHQA 2HHVA 3AO2A 1B9DA 3DLGA 3V1OA 4CFCA 4CJEA 2YHAA 1EP4A 3OYEA 2BDPA 3V81A 3SNNA 4EP4A 3WNFA 1VSLA 4XIUA 4HUFA 3SCXA 1YT3A 3QINA 4BE1A 1QQCA 2Y1JA 4CJ4A 1BGXT 4DTRA 3NBPA 1J9AA 2FBVA 5C25A 1RTHA 3P5JA 2FC0A 1S1VA 4I9LA 1KVAA 1HRHA 4E7HA 1WSHA 4CEDA 3EZ5A 2HVIA 3VQ5A 4CF0A 5EU7A 1S1WA 3DM2A 1BCOA 1RDCA 3RTVA 3ZSQA 3HL8A 4B8CA 3PX4A 1BCMA 3HYFA 3MEEA 3TABA 4C8MA 4FJIA 4CFBA 1JL2A 1K6YA 2FBYA 2ZQBA 2QXFA 4WE1A 1S5JA 4BWMA 2VWJA 4O55A 4FJ8A 3QLHA 1BI4A 5DMRA 3NF6A 5KRTA 3MXMA 3IS9A 2X6NA 2QK9A 4C8NA 3QIPA 3RMCA 5FRMA 3QNNA 1SKSA 2Z1IA 1XHXA 3ZSOA 2D0AA 4FLTA 4FK0A 3VQ4A 3QETA 1BHLA 4BDPA 3V9WA 1KSPA 4LH5A 1C1AA 3I8DA 3DI6A 4R5PA 1VSDA 4DFJA 1QSLA 3ZT2A 2OZSA 4F2SA 2ITGA 3HJFA 4ID5A 3AO4A 3K5OA 1RT4A 4DSFA 4M3UA 2Z1JA 3ZSYA 3KIOA 1KFSA 3BDPA 1N5YA 1FKPA 4KO0A 1HNVA 4DSEA 1S9EA 2YV0X 3SQ0A 4CHOA 4KB0A 1CLQA 3CFRA 1L5UA 4I7FA 3V1RA 4M42A 2HHTA 3HVRA 4DU4A 3D45A 3LAKA 4KTZA 1YTAA 3O3GA 1W0HA 5J2MA 5HP1A 4C8KA 3CM5A 4Z4CA 2G8HA 1RTDA 2F96A 4KB1A 3TI0A 4DLGA 2HHUA 4FJJA 1W9HA 4ICLA 4OVLA 1BIUA 4FJ7A 4FJHA 1RDAA 3NE6A 1NK9A 4Y1DA 3OYIA 3NGYA 1JXEA 3OY9A 3E01A 4JRQA 3ULDA 1RDBA 5HROA 1REVA 4LY7A 2GUIA 1QSSA 3T19A 2XY8A 4Y1CA 1JXBA 1NK8A 3NFAA 4KHSA 1IKWA 2IC3A 1BIZA 3OYJA 1J5OA 3AVGA 2KQ2A 4CJRA 4GW6A 2XY7A 5I3UA 4ELUA 3RWUA 2E4LA 2YKMA 3K5LA 4F3TA 4KHNA 3SV3A 4FM0A 1HPZA 2KW4A 4FLYA 4E1NA 4KAZA 3F9KA 4DQQA 2GV9A 3O3FA 1UA0A 4HVJA 1J53A 5KTQA 4DS4A 4B9TA 1B9FA 1S6PA 1SKRA 2G8IA 4KHUA 4M3WA 2BGGA 4W5NA 1RT6A 1ASVA 3DRRA 3AVIA 5J1EA 2F8SA 3AA2A 4G1QA 3VN5A 2HNYA 3BGRA 3KJVA 1TK8A 4J2DA 4FLXA 4L8RB 4K8XA 2Y1IA 4ELTA 3DOKA 4N5SA 1NJWA 3OS0A 2YNHA 3OYFA 3IG1A 3TAFA 4E0DA 1L3SA 5FRNA 3V9XA 2E6LA 4CEFA 4DQRA 1NJYA 4FLUA 1CZ9A 1VSMA 4IKFA 1KFDA 3M8QA 1BISA 4FXDA 1QS4A 3MEGA 2PYLA 1RCHA 1T8EA 3AA5X 1NKCA 1RBTA 2G8KA 3DMJA 1RTIA 1VSFA 2GBZA 4F3OA 1Q9YA 4W5QA 2KFNA 5SZTA 4JS4A 3C6UA 3KK1A 2P5GA 2DFHA 4OKKA 4W5RA 3L2VA 1TL1A 4CEAA 3NDKA 4HTUA 4BDZA 1KVBA 4KTWA 1RT2A 4H8KA 1NK4A 4PUOA 3THVA 4EP5A 2KFZA 1UWBA 1ITGA 4CHNA 3SQ2A 4CJQA 4KTQA 1LWEA 4JS5A 1NJZA 3L2UA 2XO7A 2HMIA 5C42A 4LD0A 4DTNA 4KPYA 4CERA 1HMVA 3MXIA 1HNIA 4CEQA 4DWIA 4DTSA 1D9FA 1BI4B 4NCBA 2RPIA 1Z26A 1VSHA 4E89A 1VSIA 2G8VA 4DTOA 4HUEA 3QIOA 1C1CA 4IDKA 4Z4FA 2KZMA 1XHZA 3PO5A 4HCBA 4HCCA 3CYMA 4AHSA 3M8SA 1SL1A 3DLKA 4B9SA 4RW4A 3DLEA 4DTUA 2FBXA 3FFIA 4F8RA 1NOYA 2B4JA 4BWJA 3QNOA 2QKBA 1T03A 3TWHA 1TVRA 3TAMA 3NGIA 1IKVA 1TK5A 2HHWA 3NAEA 1SL0A 1LAWA 2DFFA 3M8PA 1GOBA 1S1UA 4FW1A 4QOZB 3QESA 4E3SA 2X74A 3AVFA 3MECA 4OPJA 3AA4A 4GMJB 4BE0A 3KD1E 2IDOA 2XY6A 1C1BA 3AVCA 4QAGA 4CK1A 4F4KA 4CJWA 3NH0A 4DQSA 1KRPA 1SKWA 4C8LA 4AHUA 3EY1A 2BANA 1ASUA 1I39A 4OGCA 4CJFA 5C24A 1RTJA 1LWFA 4AHTA 4KI6A 4OKJA 4FCYA 1SV5A 3SV4A 1JLEA 3LP1A 1NK5A 3L2WA 5FROA 4EZ9A 1NK0A 3NH2A 4PWDA 1ZBIA 2HVHA 1HYVA 1U04A 3I0SA 1XI1A 3QEPA 2EX3A 1RT7A 1DTQA 1WLJA 1ZBFA 3O3HA 4CIEA 3HPGA 5HRRA 3AVNA 4DU3A 3VA0A 3S3NA 3QERA 3VQ8A 1KLNA 1T7PA 4IBNA 3TAQA 4CEOA 1WAJA 4LH4A 3LALA 3VQAA 3LANA 4DTJA 1WSIA 4OKEA 4CJ3A 2XY5A 2ATQA 3IRXA 2DFEA 4B8AB 4CJ5A 1FXXA 1RBUA 2YHBA 3L2QA 1JKHA 1BL3A 3ALYA 1EX4A 3AA3A 3OJUA 3HP9A 3LAMA 2YKNA 4B9VA 1XWLA 2Z1HA 4JLHA 1JLBA 1EXQA 2B5JA 1S1XA 4BACA 1FK9A 1UAXA 2E6MA 3C95A 1RBRA 3K5MA 3SQ1A 4PA1A 1S9GA 2JLEA 3MEDA 4FJKA 3AV9A 3VQPA 3L8BA 4ID1A 1U48A 3CG7A 1A5VA 5KGWA 4CECA 3LWMA 4M3TA 2HHSA 3KLEA 1CZBA 4DTXA 4CJLA 4CF2A 2OA8A 4Z4HA 2A1RA 4FVMA 3V9ZA 3PY8A 3AVHA 4O0JA 2QKKA 1J54A 2IS3A 4HHTA 3RR7A 4K8ZA 1BQMA 4I9QA 3KD5E 3RRHA 2RKIA 3TANA 4NCAA 5KI6A 1TGOA 4CIFA 1TKDA 3LDSA 1IO2A 3KTQA 3SUQA 4KRFA 4OGEA 2F8TA 1TAUA 3V4IA 3PV8A 4PQUA 5HBMA 1RBSA 5FDLA 4YNQA 4Q5VA 2OPRA 3C6TA 3SJJA 1X9WA 5HLFA 4CGFA 3K58A 4DLEA 4CFDA 2OYQA 4KFBA 4J2BA 4DSIA 3TAPA 1TL3A 3HK2A 1JLGA 4Q0BA 4CHZA 1HQUA 2KTQA 5HRSA 2RF2A 3T3FA 2OPSA 3KKRA 3ZT1A 4DFKA 4DU1A 3PX6A 2ZE2A 1QTMA 4KI4A 4LSNA 3HO1A 3P83D 4FZXC 1QSYA 1I3AA 2YNGA 4M3RA 5JS1A 3PUFA 1YTUA 3O4QA 1NJXA 2OPQA 3EYZA 4FW2A 3AO1A 3NGZA 4RW8A 4AH9A 4DF8A 3PX0A 3DOLA 4AHVA 1JL1A 3SPYA 3SUOA 1QE1A 2VG5A 3CFPA 4W5OA 1X1PA 2X6SA 4B9LA 1ZBHA 1GOCA 3P1GA 3QEIA 4AILC 4OJRA 1CXQA 5KRSA 1U47A 3HXMA 4DTMA 1ASWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L3TA 3K9KA 3U3GA 1N32K 3OS1A 1QQNA 4KV8A 2DTUA 4CHPA 5KPZA 3N4PA 1WNSA 2VG7A 3VEZA 1WSJA 3UKRB 3P38A 4RW9A 2P9SA 4DS5A 3HPHA 1EO1A 5J2PA 2EWSA 3ATVA 4KBOA 4X64K 4GV9A 4FWPA 1IH7A 3W0LA 2D0BA 3ZCMA 5MLCQ 3ASMA 4E7KA 2HHXA 4DV6K 3U6FA 1KC8O 1KXPA 3DLHA 5F2RA 1HNWK 3K9JA 3NVMA 2G8WA 2D0PA 2O8FA 1G15A 2QWPA 4FWQA 1NGBA 3C6HA 5LL6Z 5AQHA 5JLHA 3VQDA 5LMNK 1IKYA 1EQYA 3O4NA 4L3QA 2Q0UA 3K2PA 3VQ6A 4B9MA 3C7NA 3GL1A 4CEEA 5AQWA 1TKZA 3SQ4A 3OS2A 4DV5K 4TSXA 3DLBA 3QBXA 1SAZA 4IEEA 1YI2N 1S3XA 3HM9A 2AA4A 3LPTA 1Q8IA 3G10A 2EHGA 4GV3A 2RN2A 2BUPA 4BRQA 3W3DA 2HB5A 4CGGA 2I5JA 5BPLA 5JMVA 4Z4EA 1XNRK 1S6QA 4CGJA 2W6LA 4JKGA 3DRSA 1IKXA 4FVUA 4GKJK 3VQCA 3DYAA 1D5AA 1WSEA 1RFQA 3LWLA 4EZ6A 3HSTB 4CBWA 3KLFA 4BRNA 3EKUA 3SK3A 3U8XA 2E2QA 2V51B 3ZX3A 2FBTA 4ZTFA 4O5BA 3MXJA 4M3YA 2ZJPL 4DSLA 3SMSA 3JSMA 1K8KA 5AZJB 4JHDB 2ZGYA 2ZF5O 4KKOA 1HYZA 4WFAL 4BDYA 2W42A 3B6OA 4FK2A 5M1PA 4OO1J 4BGAA 3AVKA 2E2PA 4OX9K 3VQEA 4PY5A 3OYBA 3H45C 2OZMA 3GOIA 3DXMB 1SZ2A 2HOEA 5BR8K 3S3MA 1L3UA 4LSLA 1JLQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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