2IS3A

Crystal structure of escherichia coli rnase t
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 53
structure length 203
sequence length 203
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2is3A00
2EX3A 2X78A 1RBSA 3HP9A 4EP4A 5KGWA 4BWJA 1O1WA 3SNNA 2B5JA 3ZT4A 4PQUA 5JS1A 3LP1A 3LP3A 3D0PA 1RT5A 4Z4HA 3MXIA 1NK9A 4LH5A 4E7HA 2G8UA 3PY8A 4LSLA 3K58A 3CFRA 2XY7A 4DFMA 2P5OA 1KLMA 5C24A 2OYQA 4DMNA 4CHZA 1FK9A 1RILA 4ICLA 1MU2A 3LZIA 2Z1IA 2XO7A 3VQEA 4O4GA 2BGGA 1HYSA 2ZQBA 3S3MA 4C8NA 4Z4FA 3NGZA 3K5NA 4FVMA 3K5OA 1TKDA 2DFEA 3SUPA 3TABA 1WSGA 2KFNA 1D8YA 3CYMA 3AA5X 2YKMA 1YVUA 1QSYA 4ZTJA 4F3TA 4NYFA 3O3GA 4AILC 1NK7A 1LV5A 4DSKA 2I5JA 1KRPA 2OPPA 1VSLA 4DS4A 1VSIA 4CJQA 4C8KA 3KLFA 2A1SA 3T19A 1SUQA 1WSJA 4W5QA 3DLGA 4DTPA 1EKEA 1VSMA 3OYEA 4CFCA 5I3UA 4KTQA 4M41A 1EX4A 3OS2A 4DS5A 1NJXA 1SKRA 1GOBA 4XIUA 3OYKA 3HVRA 3PX4A 3DLHA 1B9DA 3AA4A 1RT1A 2F8TA 4E1NA 1I3AA 1NK4A 1VRTA 3LZJA 4FK4A 1KCFA 4E3SA 3VQDA 4J2AA 1YTUA 4DTXA 4QAGA 2PYJA 1LW2A 4FW2A 1D9DA 2O4GA 2HHWA 1KFSA 3V9SA 3C6TA 1NKBA 4CF0A 1JLCA 2Z1HA 3MXJA 3QIOA 3L8BA 3SUNA 5CY4A 3HPGA 4CHQA 3SJJA 3KKSA 4E0DA 2YNIA 3OYFA 4C8MA 4N5SA 1S1VA 5HROA 1WLJA 3AO1A 4M3UA 3K57A 4FLZA 2G8KA 1VSEA 1HYVA 1JXBA 1S9EA 2KQ2A 3L3UA 1C1CA 1QHTA 3AVCA 2ZE2A 3O4QA 3K59A 3L2RA 3SV3A 4Z4IA 3ZSRA 4IKFA 4ID5A 1HQUA 4CJ5A 3NAEA 4IG0A 4M3XA 4KHYA 1ZBFA 1VRUA 4CJFA 3NH2A 3P5JA 1J5OA 1YT3A 4AHSA 4M42A 1S1XA 1XI1A 1BQNA 4CHPA 1FKPA 5J2QA 4J2EA 1S1TA 1L3SA 2KTQA 3SQ4A 3SI6A 3NGIA 3QNOA 1X9SA 4B3OA 3AA2A 4BACA 3RMBA 4CJPA 1S1UA 4FJLA 3HJFA 1S9GA 4CEQA 3NH0A 3HSTB 4W5OA 3AVAA 2HVIA 1REVA 4ID1A 4K8XA 5FROA 2FBTA 4PA1A 3E01A 4HVJA 2PY5A 4F2SA 2IDOA 4QOZB 3O3HA 1JL1A 2XY5A 1L5UA 4CK1A 2E6MA 3M8RA 4B9TA 4FK2A 3QESA 4I9QA 3C94A 3L2WA 4CCHA 3NH1A 2KZMA 2JGUA 1GOAA 4M3RA 2GBZA 3SPZA 4ELTA 1HRHA 3I8DA 1KVBA 1X9MA 1ZBHA 3DMJA 4DFKA 3AO5A 4HCBA 4BE0A 1NK0A 5HRRA 1TVRA 1SV5A 4KHUA 3DM2A 3ALYA 2FBYA 2ITGA 4W5TA 4FM2A 1QE1A 5HBMA 3CG7A 4B8AB 2Z1JA 4J2DA 2OPRA 4DLEA 4BDZA 3HM9A 5CYQA 3V1QA 4OKKA 5CZ2A 2IS3A 3TAQA 1ZBLA 2HHSA 4IBNA 3OYCA 1JLBA 1G15A 4FLVA 4DU1A 4KB0A 3THVA 3OYGA 1EP4A 3QLHA 3RMAA 3BGRA 3S9HA 4CFDA 1U48A 4M3WA 3RWUA 4PWDA 1BCMA 3TAPA 1CLQA 5C25A 1WAJA 3K2PA 4FJIA 3KKRA 4OVLA 5CZ1A 3V4IA 4F3OA 2HHQA 4CFAA 3QEIA 1Q8IA 3RMDA 1Z26A 3JSMA 1TL3A 4E19A 2IOCA 3OS0A 4FJHA 5D3GA 1UAXA 1B92A 1WSHA 5J2PA 3RR7A 3RRHA 4DSIA 2Z1GA 4CGHA 3RMCA 2A1RA 4DWIA 4W5NA 3OYJA 4DQIA 1KVAA 4OKJA 4CF1A 4CERA 3RTVA 3SZ2A 2XY6A 4RW4A 4JRQA 3DYAA 3M8PA 3PO5A 1JLAA 1IO2A 3EY1A 4IG3A 5SZTA 1VSFA 1KFDA 1TK8A 4KAZA 3OJSA 3OYHA 1JKHA 3WNEA 3ZSYA 4CGDA 1LWEA 4CJKA 4FZZA 4FM1A 3DLKA 4HCCA 3ZSXA 4RW7A 4HUFA 1D9FA 1BL3A 5E41A 2JLEA 3PO4A 4OJRA 3ISNC 4CJLA 4B9NA 3RR8A 3NCIA 3VQ9A 3TI0A 1LW0A 2YNGA 4GW6A 3EYZA 4Q5VA 4JS4A 3L2VA 2X6NA 3IAYA 1S6PA 3OYBA 3QEXA 4Z4EA 1EETA 3O4NA 2DY4A 3L2QA 4RW8A 1UOCA 3AVIA 4ZHRA 2OPQA 4I9LA 4KRFA 4CESA 4CEOA 4KFBA 3MAQA 4CEDA 3QEWA 4CIFA 5FRMA 1EXQA 2HHVA 3CFPA 1VSDA 4LY7A 4OGEA 2B6AA 4OPJA 5KGXA 4FM0A 4B08A 1JLGA 4ELVA 4JRPA 4NCGA 3LP0A 2QKKA 4OLAA 2OZMA 1RT4A 2RKIA 1UWBA 4CF2A 4DTJA 4B9VA 4R5PA 5FRNA 4QCLA 3PX6A 1C1BA 4CGJA 1KTQA 1U4BA 1QQCA 3NE6A 3TAMA 3LAKA 1WSIA 1DLOA 1D5AA 1TKXA 3NF9A 2DTUA 3O3FA 4FJMA 3HO1A 1CZBA 1A5VA 4DTUA 1RBUA 4CGFA 2GUIA 4AHRA 2PYLA 2P5GA 2YKNA 3DOKA 3DLRA 1BCOA 1T8EA 4FJJA 2XY8A 4DQPA 3OS1A 4C8OA 2RN2A 2HW3A 3RRGA 3NF8A 4CGGA 4CJSA 3SQ2A 4NYNA 3U6FA 4N76A 1IH7A 4H4OA 1RT6A 3AO3A 1U49A 3U3YA 4FXDA 1TGOA 3HXMA 4NCBA 2YNFA 2IC3A 3U3GA 3VQ5A 1RTHA 4FJ7A 4O44A 3HPOA 3QERA 2E4LA 1HNVA 4CIGA 3SV4A 3HL8A 1WSEA 1FXXA 4BE1A 5K14A 4DSJA 2IAJA 1XHXA 1DTQA 4Z4GA 1JLQA 2HNYA 3DRRA 4F4KA 4NCAA 4IDKA 1IKVA 3VQ8A 1SKWA 4JLHA 4E7LA 4B9UA 4AH9A 3L2UA 4DFPA 4DQRA 4B8CA 3OYAA 3ZSQA 4CEFA 2GV9A 4E7JA 3AV9A 3NGYA 1Y97A 1JXEA 3M8QA 4CJUA 3F9KA 3L3VA 4RW6A 4F8RA 2HB5A 5JS2A 4FLXA 3M8SA 4DFJA 1HQEA 4DSLA 2HHTA 3KLHA 3TAEA 3KLGA 1UA0A 5HRPA 3S3NA 4CJEA 4KTWA 2HHUA 4FJNA 3IS9A 5I42A 3KK1A 4RW9A 1XC9A 3B6PA 3T1AA 2XRIA 3BDPA 4IFYA 1ITGA 3UIQA 3ZCMA 4H4MA 2R7YA 3QO9A 4CEBA 3OJUA 1ZBIA 3LDSA 3NF6A 1ASVA 3AVLA 4Z0UA 4DSEA 1IKXA 2VG5A 1NK5A 3DLEA 1J9AA 1KVCA 3MECA 1IG9A 4AHTA 3HVTA 4I2PA 1R0AA 5HP1A 2BDPA 4FYDA 1ZYQA 1NKCA 2HVHA 2OPSA 2YNHA 4FLYA 4DTSA 1WAFA 4CJTA 4FLWA 1S5JA 1BI4B 1DTTA 3H08A 5CYMA 3AVNA 1FKOA 1SL2A 2D0AA 5KRTA 4EZ6A 4O55A 1T7PA 2KFZA 2YHAA 1RDDA 4E7KA 1VK0A 2G8HA 4PY5A 4DU4A 3I0RA 2Y1JA 1BIZA 3QEPA 4OLBA 3VQ7A 3F73A 3OYIA 1TK5A 3QINA 3OYNA 3T3FA 3DI6A 3IRXA 4CF8A 3TANA 2Q3SA 1LAWA 3I0SA 5KI6A 4CE9A 4CFBA 4YNQA 4DLGA 1NK6A 2X74A 4K8ZA 4J2BA 4M45A 1RDCA 1TK0A 3ZT3A 3MEDA 4CHNA 1RTJA 1NK8A 2YHBA 4CEZA 2F96A 2HHXA 1RCHA 1WNSA 3NF7A 4YFUA 1YTAA 1ASUA 1ZBUA 4HHTA 2PZSA 4HUEA 1QSLA 4FJGA 3V6DA 1LWFA 1RT2A 3VQ4A 4CJVA 4M3YA 4KV8A 1CZ9A 4MQ3A 1RTDA 3HK2A 4BWMA 1ASWA 2AJQA 2OA8A 3SPYA 5T7BA 4FJ5A 1CXQA 4E1MA 1LAVA 1VSHA 1F21A 3ZSVA 4TSXA 1RDAA 3WNFA 3KTQA 1BGXT 4KI6A 4OGCA 3LPTA 4BDYA 3ZT0A 1IKYA 2FC0A 3ZSZA 1X1PA 2DFHA 4GMJB 3AVHA 4CJWA 3MEEA 1RBTA 4DTNA 1N5YA 1W9HA 1VSJA 3LAMA 3NHGA 3D45A 4O0JA 1NJWA 2RF2A 2G8FA 1I39A 2YV0X 3NFAA 3VQQA 2HNZA 3ZSOA 1A5XA 1JLEA 4CK2A 4DTOA 5SWMA 5J2NA 3OY9A 3EZ5A 1Q9XA 1TV6A 2HMIA 4CHOA 4KI4A 3ULDA 2W42A 1RNHA 2KW4A 1TKZA 2ETJA 4I7FA 2P51A 3V9WA 1HYZA 3AVBA 4AHVA 3NBPA 1RTIA 4DF4A 1NOYA 4CF9A 4KTZA 4KPYA 5C42A 2E6LA 1HMVA 3CQ8A 3SUQA 1BQMA 4N56A 2NUBA 4M3ZA 1BI4A 3WNHA 4FZXC 3AVGA 1VSKA 3VQBA 3HP6A 1QTMA 4W5RA 3MEGA 3SUOA 2RPIA 4AHUA 4CEEA 2Y1IA 2ZD1A 1HNIA 4KHSA 1KSPA 1C0UA 3PUFA 4KB1A 5DMRA 5KTQA 4O0IA 1T03A 1T05A 2G8IA 3QNNA 3QETA 3V9XA 1QSSA 2OZSA 3LP2A 4DQSA 3V1RA 2HNDA 1RT3A 1GOCA 4LD0A 2QK9A 3KK2A 5DK5A 3V9UA 1C0TA 4L8RB 2QXFA 3KD1E 5J1EA 3OVNA 4OKEA 3AVFA 3TARA 4M3TA 2FBVA 4G1QA 4CHYA 2DFFA 3K5MA 4H8KA 4BE2A 1SKSA 1SL0A 3PX0A 4CK3A 3SYZA 4C8LA 2F8SA 4B9MA 3KLIA 3CFOA 2VG7A 1TL1A 4WE1A 1NJYA 2VWKA 1JLFA 1WN7A 5J2MA 4CIEA 4KREA 1W0HA 3LPUA 3ZT1A 3FFIA 1NJZA 1RBRA 4FJXA 3VQAA 4DU3A 3G10A 4DQQA 3AO4A 1RT7A 1SL1A 2X6SA 4DF8A 1Z25A 2G8VA 3SQ1A 4DTMA 4O5BA 4KO0A 4Y1CA 3LANA 2VWJA 3QEVA 3AVMA 3MXMA 4B9SA 2IGIA 3KD5E 4CGIA 3DRSA 3DRPA 1L3TA 3HT3A 3TR8A 1RBVA 1X9WA 2D0CA 3S3OA 2WONA 4UQGA 4FLUA 4EP5A 3B6OA 2XHBA 3SCXA 4OPKA 5HLFA 4FZYA 2D5RA 1BHLA 3CM6A 2FBXA 4Y1DA 3LWMA 3TWHA 3P1GA 4RG8A 1TKTA 1N6QA 4DSFA 1HPZA 4HTUA 3WNGA 3ZT2A 1U45A 1NOZA 4IFVA 3AVJA 4JS5A 4BDPA 1TAUA 3TAFA 4FLTA 2LSNA 1K6YA 3C6UA 2ATQA 4EZ9A 4CECA 4E7IA 4ZTFA 1XHZA 4F2RA 4FW1A 3ITHA 4LH4A 1JL2A 1C6VA 4KHNA 1L3VA 3AO2A 4MFBA 3VN5A 3ZSWA 1HJRA 4LSNA 3OYMA 1BIUA 4DTRA 4KHWA 4DG1A 1XWLA 4B9LA 4FJKA 3KK3A 3P83D 5HRSA 2BE2A 3LALA 4CJRA 2BANA 1U47A 2EHGA 4GVMA 2P1JA 3KJVA 3NDKA 3TAGA 3SQ0A 3DLBA 2QKBA 2G8WA 4PUOA 2B4JA 2D0BA 3QIPA 3A2FA 4I2QA 3V1OA 4N41A 3VQCA 3AVKA 4FCYA 1J54A 1S6QA 5HRNA 3LWLA 1S1WA 1LWCA 3JYTA 1QS4A 4FJ9A 1U04A 4CJ4A 4CJ3A 3ASMA 3CM5A 3AA3A 2O4IA 4N47A 3C95A 4Z4CA 1L3UA 4ELUA 1KLNA 3VQPA 4E89A 3OYLA 5KRSA 1J53A 3VQ6A 3KLEA 1A5WA 3IG1A 3K5LA 2WOMA 4FK0A 4FJ8A 4KKOA 4HUGA 1TAQA 4KHQA 1C1AA 4Q0BA 3V9ZA 1RDBA 1C0MA 3PV8A 5FDLA 3VA3A 3G0ZA 3VA0A 3HPHA 3DOLA 1NKEA 3HYFA 1CXUA 4CEAA 3V81A 1IKWA 3OYDA 4AHCA 1UA1A 3KIOA 1Q9YA 2KZZA 1B9FA 5EU7A 2VG6A 1WSFA 1BISA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGBA 3HP9A 4YDUA 3VTIA 3L4IA 1O1WA 3GG4A 3SNNA 3CJ1A 1GLCG 4KH4A 2E20A 5MLCQ 3IMXA 3D0PA 3MXIA 3PY8A 4OPAA 3CFRA 5FPNA 4DFMA 2W6KA 5C24A 4H0VB 4DMNA 4BRHA 4PL7A 1FK9A 4JKGA 1N33K 4O4GA 1HYSA 3O1WA 4H03B 1GLBG 4JV5K 2DFEA 3SUPA 3A5MC 1HUXA 1LV5A 4DSKA 2OPPA 1VSIA 4C8KA 1SUQA 5EOYA 3G4SN 1EX4A 3OS2A 1DKGD 1B9DA 1OVQA 2F8TA 1RT1A 2V52B 4J2AA 4DTXA 3VERA 1K8KA 3O9TA 5GINA 1D9DA 3V9SA 1NKBA 3CCMN 3QIOA 3M1FA 3MXJA 4H0YB 5CHIA 5IWAK 5CY4A 3SJJA 5C2FA 4E0DA 4C8MA 4N5SA 5HROA 1WLJA 4M3UA 3SMPA 2KQ2A 1QHTA 1HPMA 3K59A 4WFBL 4Z4IA 3ZSRA 4M3XA 4CZFA 4WCEL 3NH2A 3C6AA 1J5OA 4AHSA 4YHHK 2IVNA 1S1TA 1X9SA 4B3OA 4GV6A 4FJLA 1NGJA 4YOTA 4BG8A 1S9GA 4CEQA 3HJFA 4NXNK 5IT9O 3HSTB 3AVAA 4K8XA 3QFUA 4HVJA 4F2SA 2IDOA 4QOZB 3O3HA 2E6MA 4B9TA 2QW9A 2JGUA 5AZIA 3SPZA 1GLLO 4HCBA 4BE0A 2D1KA 4AM7A 5HRRA 1TVRA 2AA4A 3DM2A 4W5TA 4FM2A 1QE1A 1HNWK 3FZMA 4BRIA 2OPRA 4BDZA 2IS3A 3TAQA 4IBNA 3OYCA 4FLVA 5ELZA 4IEIA 3OYGA 1EP4A 3QLHA 4M3WA 3W3DA 1D4XA 4ILHA 4JI0K 1CLQA 2O8FA 3KKRA 5KPRA 3DLLL 3RMDA 1Z26A 4WFNL 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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