2IS3A

Crystal structure of escherichia coli rnase t
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
total genus 53
structure length 203
sequence length 203
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2is3A00
3ZSXA 2YNIA 4DFPA 1C6VA 3K2PA 3MEDA 3S9HA 1NK8A 3AVJA 3M8PA 1SL2A 3OJUA 2ZQBA 4OGCA 2D0BA 3SJJA 3NE6A 3QNNA 4IFYA 2OZSA 1NKBA 3OS1A 4E7JA 2YHAA 3DMJA 4OKEA 4AHUA 2G8WA 1EP4A 2VG6A 4H8KA 3QEXA 4LD0A 4CHYA 1NK5A 1NJZA 3OYNA 3IG1A 1WNSA 3OYJA 3QETA 3DLKA 3D0PA 1DLOA 4DQSA 3MEGA 3OYHA 3C6TA 4O0IA 3L8BA 2QKKA 4FJ5A 5KGWA 4CF8A 2X74A 4OKJA 2B5JA 4IKFA 2D5RA 3I0SA 5J2MA 3KKSA 3V9SA 4HCCA 4KI4A 1ZYQA 2P5OA 4DLEA 3CM5A 4MQ3A 1W0HA 3OS0A 1VRTA 1A5VA 3L3UA 3AO3A 5E41A 4M45A 4CHQA 3PX6A 3K57A 2YNFA 3TAQA 3OYFA 1RTJA 1VSFA 2PYLA 2QK9A 4IDKA 1LV5A 3AVKA 1O1WA 4FJNA 4DSKA 1U4BA 2JGUA 3KLHA 4CEQA 3L2RA 3PV8A 2AJQA 4CJLA 3QERA 3IS9A 4KV8A 1KLNA 4FK4A 4WE1A 1S6PA 2RF2A 4CJRA 3CFRA 1L3UA 4ELTA 2VG5A 2IC3A 4CFAA 3QIOA 1J53A 3DOKA 3DYAA 3KJVA 4CEAA 4E7HA 1Q9XA 4EP4A 1RT1A 2DFHA 4LH5A 5J2QA 3K5NA 1BCOA 3V6DA 1JLGA 3D45A 1D9FA 3SUQA 4DSEA 1CZBA 3HL8A 4NCGA 2X6SA 3KLEA 1HQUA 3VN5A 3HP6A 4I2PA 4CJQA 3LPTA 1L3TA 2KW4A 5HP1A 4DG1A 4DSIA 3NGYA 3VQCA 4J2AA 5SZTA 1KVAA 4CJEA 5KI6A 4DTXA 3C6UA 5I42A 3HSTB 2Z1IA 3L2QA 5HBMA 4JRQA 1ASVA 3P1GA 1C1CA 1JLEA 2YV0X 4EZ6A 2F8SA 1FKOA 1Y97A 1R0AA 5KRTA 2DFFA 3KD1E 4KTWA 4KTQA 1KFDA 1RILA 2RPIA 4ZHRA 4B9NA 2X6NA 4JS4A 3DLEA 4FJ8A 2KFZA 3QEPA 4BE1A 3VQ6A 2HHQA 3LAKA 1NK6A 3ZT1A 3LP2A 4Y1CA 2IS3A 1JXEA 1HNIA 2ITGA 4CK2A 3LALA 1UA0A 4BDYA 4DTOA 2O4IA 1BIZA 1RBVA 2DFEA 4DQQA 2XY7A 3AVFA 4KAZA 3L2UA 1RTHA 4FJ9A 1IKWA 4ZTFA 1SKRA 4FM0A 4FJKA 4PQUA 4CEFA 1TGOA 3AA4A 4JRPA 1NKEA 2QKBA 3VA3A 5FRNA 4KB0A 2FBVA 2KQ2A 3VQ4A 4QCLA 4C8OA 2HW3A 3O4QA 1LW0A 4B9VA 1WSHA 2FBTA 3ZSQA 5T7BA 4E7IA 2YKMA 3AA3A 4KI6A 2G8IA 2HNYA 1TK0A 5J2PA 1RCHA 5J2NA 5JS2A 2F8TA 2HHXA 5CYQA 4M3ZA 1L5UA 1RT5A 2KFNA 4CIEA 1ZBLA 4K8XA 4HCBA 3V1RA 3VQ7A 4CJVA 4M3WA 3HK2A 3JSMA 3TI0A 1YTAA 3ZT3A 1LWEA 2EX3A 4H4OA 3ZSRA 3TAFA 1S1VA 4KB1A 1I39A 4EP5A 4CJ3A 5HLFA 1EETA 3OYGA 1LWFA 5CY4A 2D0CA 4CGDA 3SNNA 1X9WA 3FFIA 1UAXA 4CGHA 4AH9A 2BANA 3PX0A 4ELUA 4DF4A 1TK5A 1ZBUA 1WAJA 1JLBA 3MXMA 3SZ2A 1KSPA 1YTUA 1TV6A 3NAEA 3HJFA 1KTQA 5C42A 4FLVA 1KLMA 3OJSA 3AO1A 4FM2A 3V9ZA 1D5AA 2OYQA 4M3TA 3TARA 3VQ5A 1TVRA 4KHQA 5J1EA 1VSDA 1WSFA 3TAGA 3VQDA 4M42A 1ZBHA 1BI4A 3KKRA 2HHVA 4F2RA 2X78A 4FLWA 1C1BA 4CE9A 4N47A 4XIUA 3ZSWA 4DQRA 3KK3A 1U49A 3WNEA 3HYFA 1RBTA 3ZT0A 3BGRA 4DS4A 3CFOA 3AV9A 2GUIA 3SPZA 2G8VA 2FC0A 2YNGA 4CJKA 2BE2A 2E6MA 2PYJA 3RRGA 2VG7A 4PUOA 1NOYA 3PX4A 4DQIA 4Z4EA 1TKZA 5HRSA 3RR8A 2OPQA 4CF0A 4JS5A 1A5XA 3PO5A 4E0DA 3U3YA 1VSJA 4M3XA 3F9KA 3NFAA 5DK5A 1CLQA 1VSMA 3ALYA 1BHLA 4C8NA 3VQBA 3K5MA 3L2WA 3T19A 3OYDA 4CFDA 3QESA 4DF8A 3B6PA 4CEOA 3HT3A 3V1QA 4Z0UA 3DLRA 3PUFA 4E3SA 5FROA 3ISNC 3RMBA 1RT3A 4FLYA 2HVHA 1DTTA 3IRXA 4E7KA 3OYEA 4LSNA 1D8YA 1U48A 1B92A 2YKNA 1MU2A 2E6LA 4CFCA 2G8KA 1BCMA 4AHSA 3AO4A 4N56A 4I9LA 3V9UA 1VSHA 5KTQA 4I2QA 2BDPA 3SYZA 3V1OA 4UQGA 2A1RA 1RT6A 1LW2A 3RRHA 1Q8IA 2OPSA 4G1QA 1VSEA 4CJSA 4M3YA 1REVA 1RTIA 2NUBA 1N5YA 4O44A 1ZBIA 3ZCMA 3S3NA 3BDPA 2HHUA 3K59A 3U6FA 4KFBA 3OYMA 1T8EA 4B9TA 3IAYA 1XHXA 2XY5A 3LZIA 4FZZA 4CGIA 1HYVA 1S1WA 4K8ZA 1JL1A 1K6YA 2OPRA 2FBXA 4C8MA 4DLGA 4RW6A 1C0UA 3HVRA 3ZT4A 1JLQA 2Z1HA 3CFPA 3TABA 3M8RA 1NJYA 3AA5X 5HROA 4KPYA 2JLEA 3HO1A 3A2FA 4LY7A 4IBNA 2E4LA 2VWJA 4CERA 5HRNA 2Z1JA 4J2DA 5FRMA 3L2VA 1KVCA 4DFKA 4F3TA 3SPYA 4TSXA 3K5LA 4KHUA 4NYFA 4CJFA 1N6QA 1WAFA 3DRSA 1U45A 3UIQA 4F4KA 1BIUA 4AHTA 1QSSA 3G10A 4Y1DA 1UA1A 4FJLA 1EX4A 4M41A 2BGGA 4GW6A 4IFVA 4E89A 4J2EA 5SWMA 4MFBA 1U47A 2G8FA 2P5GA 1G15A 2HHSA 3AO2A 4FJGA 4FZYA 3OY9A 3RMDA 4DMNA 1GOBA 4CESA 3AO5A 4AHVA 3RWUA 3DI6A 2W42A 3QEVA 1QSYA 1EKEA 2P51A 1NK7A 1IO2A 4R5PA 1TAUA 4F8RA 4OLAA 3SQ1A 1RBUA 1L3VA 4KTZA 3SI6A 3NH0A 1QSLA 1HPZA 3F73A 2DTUA 1GOAA 1SKSA 1L3SA 4B9MA 4OKKA 4DSJA 3LANA 2GV9A 3ITHA 1RDBA 3V9XA 4FJIA 1BQNA 3VQPA 4FLZA 3AVHA 3KLFA 4OPKA 4IG3A 4O0JA 3SQ4A 1CXQA 1QQCA 2I5JA 3KLGA 4E7LA 3DRRA 4FW1A 4ID1A 1NOZA 4CJPA 4KHSA 3PY8A 3CQ8A 1SL0A 1WN7A 4ID5A 4DU4A 3G0ZA 1FK9A 1JKHA 1WSEA 3PO4A 2IOCA 3KIOA 1W9HA 1VSKA 2HNZA 4RW8A 4CJ4A 2XY8A 3M8SA 5CZ2A 1TKTA 2YNHA 4OPJA 4DTSA 3TAEA 3SUNA 1NJXA 4EZ9A 3LZJA 1RT2A 1UWBA 2WONA 4FK0A 1VRUA 1HJRA 1DTQA 1RBRA 1NKCA 3ASMA 2XO7A 2G8HA 2HB5A 1YT3A 3AVLA 3C94A 3AVIA 4PA1A 5C24A 4FVMA 4B08A 3I8DA 4FW2A 1SL1A 1IG9A 3DOLA 3MXJA 4DWIA 2OZMA 2ETJA 4KHNA 1RDDA 1LAWA 1XWLA 4RW7A 3T1AA 4CF2A 3DLHA 3QIPA 4CJTA 1Z26A 4ELVA 4FCYA 1T05A 3C95A 4KKOA 3KK1A 4HHTA 4CHPA 1TAQA 1RT7A 3AA2A 2XRIA 2ATQA 3AVCA 4E1NA 1ASUA 3KD5E 4DTNA 3RR7A 4QOZB 3KTQA 1TL1A 1JLFA 2HNDA 4CEDA 5KRSA 1XI1A 2HHWA 2Q3SA 2F96A 3P83D 3RMCA 3K58A 4FJHA 3DM2A 1WSIA 3LAMA 4CK1A 3OYBA 1T7PA 1IKVA 1ZBFA 1LAVA 2RN2A 4GVMA 1T03A 1HYZA 4H4MA 1BGXT 1F21A 5D3GA 4HUGA 4W5QA 1EXQA 1SV5A 3AVGA 3AVMA 4FK2A 2ZD1A 4KHWA 3LP0A 3SCXA 3ZSVA 3LPUA 4B9UA 3MAQA 1B9DA 1JL2A 1CXUA 3O4NA 4M3UA 2LSNA 4BACA 1C0TA 1J54A 3EY1A 5HRRA 1S1XA 1HMVA 4NCAA 2GBZA 4CJUA 4DSLA 4N76A 4Z4GA 2XY6A 1BISA 1VSIA 2G8UA 1C1AA 3V9WA 4F2SA 4FZXC 2O4GA 4OGEA 1I3AA 4W5RA 4BDZA 1S5JA 2A1SA 4BE2A 3QNOA 4J2BA 3ZSZA 4B8CA 3QEWA 4DQPA 4DU3A 1BI4B 1Z25A 4RG8A 3OYIA 4CCHA 3U3GA 4AILC 4PWDA 3SQ0A 1NK9A 2KZZA 4CHOA 3QLHA 1S1UA 3TAMA 3HM9A 1X9SA 3HPHA 2RKIA 3VQAA 3VQEA 3WNFA 1WSGA 1HNVA 4N41A 4W5NA 3NF8A 2Y1IA 2R7YA 4RW9A 1RBSA 1YVUA 5K14A 3VA0A 5KGXA 3MXIA 1ITGA 2FBYA 3QINA 4O55A 4NCBA 4DS5A 1X1PA 3L3VA 3I0RA 1Q9YA 5C25A 1VK0A 1RT4A 2IAJA 3NHGA 4Q0BA 3EYZA 3VQQA 3AVBA 3WNHA 5CYMA 4OLBA 4HUFA 2OA8A 1HQEA 4CIFA 3O3HA 4OVLA 3TR8A 4DTJA 3V81A 1FKPA 3K5OA 1KCFA 4CECA 2QXFA 3OYAA 3NF7A 1VSLA 3NH2A 1RDAA 3VQ9A 1A5WA 3O3FA 1S6QA 3OS2A 3T3FA 2Y1JA 1BL3A 2P1JA 4CJWA 2HMIA 4YFUA 4B3OA 4CIGA 1RTDA 4F3OA 3NGZA 3ZSYA 4CGFA 3HXMA 1X9MA 1WLJA 1IKYA 3SQ2A 3LWMA 4NYNA 1S9GA 3DLGA 3HPOA 1XC9A 1HYSA 1C0MA 4FJ7A 4DTRA 2WOMA 4DFMA 1QTMA 3LP3A 3DLBA 3THVA 3ULDA 4KO0A 4E19A 4BE0A 1KRPA 4GMJB 5FDLA 3TWHA 4W5TA 1XHZA 5I3UA 4CGGA 4FLTA 2IDOA 3P5JA 1IKXA 3QEIA 3TANA 4DFJA 3RTVA 2XHBA 1TKXA 4FLUA 4I9QA 1BQMA 5DMRA 3SUPA 1J5OA 1UOCA 3AVAA 4N5SA 1D9DA 1TL3A 3NDKA 1NK4A 3KLIA 4O4GA 2OPPA 2VWKA 1RNHA 3HPGA 2DY4A 1SKWA 2KZMA 1KVBA 3QO9A 3CYMA 3LDSA 1JLAA 2HHTA 1JLCA 3OVNA 4C8KA 3LP1A 3KK2A 4BWMA 1TK8A 4Z4HA 4PY5A 1HRHA 2HVIA 3NF6A 4JLHA 1SUQA 3MEEA 4FJJA 3TAPA 1QE1A 4ICLA 1LWCA 4LH4A 3VQ8A 3NF9A 1JXBA 4CEZA 1NK0A 4I7FA 4CK3A 4YNQA 4FM1A 4BDPA 4BWJA 2EHGA 4DU1A 4KREA 2ZE2A 4HTUA 4CHNA 3O3GA 3NH1A 4FLXA 4ZTJA 1S9EA 4W5OA 3SV3A 1J9AA 4DTUA 1FXXA 1QS4A 1RDCA 1KFSA 4M3RA 4B9SA 4FJXA 2Z1GA 4HVJA 3OYKA 2B6AA 3NCIA 1TKDA 3M8QA 1S1TA 5EU7A 3WNGA 3RMAA 2D0AA 1U04A 4Z4CA 3HVTA 4CHZA 4CFBA 2KTQA 3DRPA 3NBPA 3E01A 3LWLA 3B6OA 4CGJA 4O5BA 4FJMA 2YHBA 4Z4IA 4B8AB 1NJWA 4HUEA 1ASWA 3HP9A 4FYDA 3SUOA 2PZSA 4Q5VA 4DTPA 3V4IA 4AHRA 2B4JA 1B9FA 4FXDA 5CZ1A 4DTMA 4RW4A 3CM6A 3S3MA 4L8RB 4QAGA 4AHCA 5HRPA 4C8LA 1CZ9A 1IH7A 4DSFA 3OYCA 4LSLA 3ZSOA 3EZ5A 4E1MA 4CEBA 1WSJA 3JYTA 5JS1A 1GOCA 4CF9A 2IGIA 3NGIA 3ZT2A 3S3OA 3CG7A 1QHTA 4B9LA 3AVNA 4IG0A 4CF1A 4KHYA 3OYLA 4Z4FA 3H08A 4CEEA 4CJ5A 2PY5A 3SV4A 4OJRA 4KRFA 3MECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HOEA 1DEJA 4HWIA 3P4IA 4OGCA 3SJJA 3QNNA 4OKEA 3SJHA 2P9KA 2VG6A 4H0YB 4BRQA 1NK5A 3D2EB 4A2AA 3EO3A 3MMVA 5CR4A 4DQSA 2QKKA 3C6TA 1U2VA 4RTFD 4DR1K 4AM6A 4K0KK 4KBOA 4IKFA 2D5RA 1YXQA 3C7NB 4KI4A 2P5OA 3CM5A 4MQ3A 1W0HA 4YDUC 3L3UA 4H5VA 3AO3A 4M45A 2YNFA 4DV6K 1K73O 2ASPA 3CCVN 2QK9A 3LDOA 3VTHA 4DR4K 3A5NC 3D6RA 2PBDA 4KV8A 4FK4A 1L3UA 4E7HA 4BRIA 4JEPA 2NRVA 2DFHA 4LFBK 1OVQA 1TYQB 3HTVA 5E84A 1D9FA 3DXMB 3THWA 3T1HK 4NCGA 2X6SA 4BRGA 1VQPN 1L3TA 3LPTA 4FL9A 3MN6A 5KI6A 2KHOA 1OH5A 3L2QA 3WEEB 3P1GA 4K43A 4IFEA 1HNXK 2QWNA 2NLXA 4ZHRA 4JS4A 3DLEA 4FJ8A 2PAVA 3VQ6A 3ZT1A 4BR9A 1HPMA 2VQFK 4LF9K 2IS3A 4B1VA 1UA0A 1YF5L 4ZTFA 4FJKA 4CBWA 4JRPA 4A62A 5AZJA 4LFAK 2FBVA 4YOYA 1LW0A 5GAHP 1WSHA 2FBTA 4QS7A 3K9KA 4O5FA 4E7IA 2YKMA 3AA3A 4IOAL 2A6AA 1RCHA 5M1PA 1NG9A 5CYQA 4M3ZA 4LC9B 1YI2N 4WQ5A 3CCMN 1LWEA 3WXJA 1S1VA 4A57A 4KB1A 2UU9K 3EE9A 4YHHK 3WUHA 3CMAN 3THXA 1I39A 4CJ3A 5AQJA 3ULEA 3VTIA 3FFIA 3PX0A 3WXIA 2O8FB 1WAJA 5BN9A 5LJVA 3M6GA 2ZWHA 1YTUA 3HJFA 1KTQA 4FLVA 2FLOA 1WBBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HOE A;  1DEJ A;  4HWI A;  3P4I A;  4OGC A;  3SJJ A;  3QNN A;  4OKE A;  3SJH A;  2P9K A;  2VG6 A;  4H0Y B;  4BRQ A;  1NK5 A;  3D2E B;  4A2A A;  3EO3 A;  3MMV A;  5CR4 A;  4DQS A;  2QKK A;  3C6T A;  1U2V A;  4RTF D;  4DR1 K;  4AM6 A;  4K0K K;  4KBO A;  4IKF A;  2D5R A;  1YXQ A;  3C7N B;  4KI4 A;  2P5O A;  3CM5 A;  4MQ3 A;  1W0H A;  4YDU C;  3L3U A;  4H5V A;  3AO3 A;  4M45 A;  2YNF A;  4DV6 K;  1K73 O;  2ASP A;  3CCV N;  2QK9 A;  3LDO A;  3VTH A;  4DR4 K;  3A5N C;  3D6R A;  2PBD A;  4KV8 A;  4FK4 A;  1L3U A;  4E7H A;  4BRI A;  4JEP A;  2NRV A;  2DFH A;  4LFB K;  1OVQ A;  1TYQ B;  3HTV A;  5E84 A;  1D9F A;  3DXM B;  3THW A;  3T1H K;  4NCG A;  2X6S A;  4BRG A;  1VQP N;  1L3T A;  3LPT A;  4FL9 A;  3MN6 A;  5KI6 A;  2KHO A;  1OH5 A;  3L2Q A;  3WEE B;  3P1G A;  4K43 A;  4IFE A;  1HNX K;  2QWN A;  2NLX A;  4ZHR A;  4JS4 A;  3DLE A;  4FJ8 A;  2PAV A;  3VQ6 A;  3ZT1 A;  4BR9 A;  1HPM A;  2VQF K;  4LF9 K;  2IS3 A;  4B1V A;  1UA0 A;  1YF5 L;  4ZTF A;  4FJK A;  4CBW A;  4JRP A;  4A62 A;  5AZJ A;  4LFA K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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