2ITMA

Crystal structure of the e. coli xylulose kinase complexed with xylulose
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylulose kinase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 149
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA01
1P8ZA 1GLEG 3D2FA 1QHAA 2ZGYA 2ASOA 5AR0A 4B1VA 3IDHA 1ATNA 2P9NB 2D4WA 3I33A 3VEZA 3KZBA 3A0IX 2IVOA 2NLXA 5KQ8A 4DB3A 3HI0A 1LCUA 1RDWX 4CD3A 1BO5O 2P9KB 1Q18A 1S22A 4BRPA 4BRIA 1NGIA 3DJCA 3F9MA 3H3OB 2Q36A 3SLCA 4CZLA 2CGLA 3BF3A 3O1WA 2VWBA 2D0OA 2P9NA 3DXMB 4FWNA 1RFQA 4MO4A 2IIRA 5AQHA 2E8AA 3H1VX 2P9KA 5E84A 3JXUA 5KPTA 1D4XA 3MMVA 4EIAA 4BRGA 3U9DA 4NO7A 1YVNA 3DAWA 3H46O 1NGEA 4FWSA 3O6WA 5AQXA 3H1QA 2YCHA 4BR9A 1NGDA 2FXUA 3DXMA 3R9PA 1SZ2A 3SMPA 5LJVA 3FR0A 5BPMA 2QWLA 4BRCA 2CH6A 2KHOA 2Q0UA 3M1FA 1LOTB 1YXQA 4BRKA 1V4TA 3RSEB 3UB5A 3VESA 3GOIA 3HM8A 1KXPA 5KQDA 4J8FA 4BR4A 3FGUA 1GLLO 3H3NO 3MK6A 4IO8A 4EHTA 3CJ1A 4XH5A 1QQOA 4K41A 3A5MC 4M7XA 4GY2B 1JCFA 3D7EO 3ATUA 1HKCA 1C0GA 5BRDA 2PAVA 3ZX3A 2QWOA 4K25A 3RSEA 1HPMA 3W0LA 2QWQA 3P4IA 2QXLA 3C0BA 3WQTA 3MCPA 3GL1A 2GELA 3ID8A 1GLCG 3JS6A 4ISFA 5AQGA 4H0YB 4EAHD 4FWRA 2A41A 4H0PA 3S41A 5FPEA 2DPNA 3ZX2A 3ATVA 4BRDA 2GTDA 3FZMA 3VEOA 5AQUA 1GLFO 1C0FA 1X3MA 3O5BA 3DXKB 3DWLA 2F9TA 5AQPA 4Z94A 3CJBA 5AQOA 4FOEA 4A2BA 3U4LA 4CBXA 3G25A 2E88A 1HKGA 2Q97A 1X9JA 3A5NC 4RWTA 4B1YB 1MWMA 4BGAA 2NZTA 5BREA 4WQ4A 4XH4A 4BC5A 1R59O 4CZKA 3LDLA 3LDQA 4IWVA 5F0XA 2QWRA 3FE1A 3DXKA 3UKRA 3WEEB 4PKHA 3H6EA 4CZEA 4PKGA 2YHXA 3CIPA 5AQJA 1BOTO 3L4IA 4YDUA 1ATSA 2W41A 4FWPA 3A5LC 1MA9B 2AP1A 2HF3A 5EOYA 4BVPA 3GG4A 5AQRA 1S3XA 2ASPA 5TKYA 4IZ9A 4BREA 3CERA 3GDQA 4IJAA 1H1VA 4L3QA 4BRNA 2CGKA 3WEEA 3QICA 1XC3A 1IG8A 2ASMA 3VEXA 5AZJB 3WUHA 4CJ7A 1NGBA 3CJ9A 4QS8A 1NGFA 3AAQA 2GWKA 4AM7A 1MDUB 2V51B 1HX1A 2D1KA 3VPZA 1BU6O 3HBTA 4KBOA 3O4WA 4H0TB 3TPQA 3O1BA 3VEYA 4BRAA 2BTFA 3L6QA 3LM2A 4K42A 1KAZA 3QFUA 3WXIA 2HF4A 3WXLA 4QS7A 5JLHA 4FWKA 2QWMA 4FOIA 3R8EA 3EZWA 3GBTA 5AZJA 2E2QA 4JHDA 3EKUA 1DGKN 4H0VB 2A42A 1BWFO 3HSCA 2E2PA 2P9LB 3M6GA 4BR7A 3CJAA 5BPLA 4BC4A 1E4GT 3CHWA 1Z05A 4ISGA 2ITMA 1EQYA 3SJHA 3TU5A 3QB0A 2VYPA 3LDOA 3WQUA 1G99A 2E2NA 4MO5A 2W40A 5BN9A 4BRHA 4FWQA 3SMSA 4B9QA 3MN5A 4BGBA 3UKUB 2Q2RA 1BG3A 3FFKB 2J4RA 2P9LA 2GUPA 4WQ5C 5EY4A 3WXJA 1BDGA 2YI1A 3C7NB 1NM1A 4A61A 5BN8A 2Q1NA 3FZLA 3AY9A 4H5NA 3VGLA 3IUCA 1QZ5A 1E4FT 4MLEA 3W3DA 3ZEUB 3FZFA 1WOQA 2D0PA 2V52B 4HWIA 5AFUH 3UKUA 4JNEA 4BC2A 1YAGA 2ZWHA 4BG9A 4WQ5A 4AM6A 5JMVA 4CZMA 5ADXH 3J8AA 2QW9A 3C7NA 4XH1A 4QS9A 3UE5A 3CQXA 3BF1A 1HKBA 4CBWA 2YHYA 5KPRA 2A40A 4LC9B 5EVZA 1U2VB 2IVPA 3ZEUA 4H5RA 3HTVA 3UKRB 3CQYA 4B1XB 1HJOA 1K8KA 5LJWA 4Y0WA 4B1WB 2E1ZA 2ZF5O 1TYQB 1U6ZA 2P9SB 3AAPA 5KPZA 4B1ZA 5BR9A 5B8HA 5BPNA 4RCHA 3D2EB 3CI5A 1JCGA 2YHWA 4BR5A 2V7YA 1U2VA 3A5OC 2FSKA 4JD2B 4BQLA 5AFUA 4FPAA 1T6DA 4F9OA 4CZIA 4CZGA 2F9WA 5AQNA 3BEXA 5FPNA 4M63C 3WT0A 3B8AX 5ADXA 2CH5A 1MWKA 1ATRA 4CZJA 4FSVA 4C23A 3H45C 4BRQA 3VETA 2H3GX 1TYQA 3AARA 2P9SA 3EL2A 4FPBA 4H0XB 4FL9A 3D2EA 1X3NA 3IMXA 4CD1A 1QQNA 2P9IB 1NGCA 4BRMA 4BC3A 2HMPA 1NBWA 2IVNA 4JD2A 4CZFA 3VENA 1Y64A 4BG8A 2A3ZA 3OHRA 3QBXA 5AQYA 3U9ZA 5F1XA 4PL7A 3QDKA 5F2RA 3EN9A 1JCEA 5AQQA 2FLOA 1ZBSA 3M3ZA 4WYBA 2ZGZA 1ZC6A 4FWLA 4E1JA 3VGMA 5JLFA 1NGGA 2I7NA 4PL8A 3MN9A 2P9IA 5AQVA 4JAXA 1IJJA 5FPMA 1SQKA 3ZX0A 4IXCA 2E20A 3LM9A 4M7YA 2Q31A 4H03B 1NGJA 2GEMA 3O08A 4DHYA 1BA0A 1CZAN 5I9EB 2GWJA 3EKSA 3ULEB 4ISEA 1DKGD 2FF3B 4GNIA 1SAZA 3VOVA 2V7ZA 3VF4A 4I6MB 1V4SA 2HOEA 4CI6A 1QQMA 3IFRA 3U8XA 1NWKA 1TUYA 4DQ8A 3SK3A 2UYTA 3QMLA 1HUXA 4H5WA 1ESVA 4IJNA 2BUPA 1NGHA 3ULEA 4RTFD 5JICA 3HZ6A 1GLDG 2I7PA 1NMDA 3KVGA 4I6MA 3ENHA 5EXWA 1NGAA 4JN4A 2P9UB 1YUWA 5AQZA 3ENOA 5AQIA 2E2OA 1KAYA 1GLAG 3BUZB 5AQMA 1BA1A 1NLVA 1T6CA 1XQSC 2QM1A 3EO3A 1WUAA 2WUSA 4CZHA 2A6AA 2FF6A 4XEIA 5LY3A 1T44A 3FZHA 2YJEA 5AQLA 4BROA 3KHYA 1K8KB 1RGIA 3MN7A 3A8YA 2CGJA 2VCPA 3VEVA 2Q0RA 4FWMA 2P9UA 5AZIB 4BVOA 4BQZA 2YJFA 4O8KA 4H5VA 4PKIA 3LL3A 3MN6A 4H0OA 3O8MA 4CBUA 2E1YA 4H5TA 3FZKA 2P9PB 3WXKA 5CE3A 4EHUA 4BRLA 2FSJA 5AQTA 3QBWA 1TUUA 3L0QA 1GLJO 2FSNA 3ZETB 4A62A 5AZIA 4O5FA 4BR0A 3QFPA 4BRFA 1HLUA 4HTLA 3FLCO 1QZ6A 2P9PA 4WQ4C 3VEWA 5EX5A 3MDQA 5AQFA 3I8BA 2EWSA 4A2AA 4B1UB 3CJCA 3R6MA 4BR2A 3LDNA 3ZETA 2PBDA 4YDUC 1Z6RA 3VGKA 2NRHA 4FO0A 3GE1A 5FPDA 5BRFA 4JHDB 5E26A 2QWNA 3VERA 5ELZA 5AQSA 3D2FB 3LDPA 3O80A 2AA4A 3CETA 1GLBG 1KAXA 3BP8A 4NB4A 4MLHA 1J6ZA 3VF6A 3VF2A 2A5XA 5AQWA 2OANA 5BRHA 1XUPO 4K43A 4FWOA 1DEJA 3CJ7A 4DCHA 4EFHA 1BUPA 1ZXOA 2QWPA 5AQKA 1OKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ5A 1GLEG 3D2FA 2F4VK 2ASOA 4F2RA 3MEDA 4WFNL 2D4WA 3I33A 3VEZA 4GKJK 3A0IX 2IVOA 1DTQA 3WXMB 1SL2A 1SV5A 3HI0A 1S9EA 4DB3A 4DFJA 1Q18A 4X64K 4FXDA 3Q7CA 3QINA 1RTJA 4BDZA 4EZ6A 3F9MA 1TGOA 3SLCA 3VMFB 2CGLA 4GV6A 3PIOL 2P9NA 4CEZA 1LAWA 4LF8K 4JLHA 1RFQA 4FK0A 1IBMK 3V81A 2P9KA 5E84A 5KPTA 3IKMA 4BRGA 4N56A 1VSMA 2XY7A 4NO7A 2F7TA 4Z4IA 5TKWA 1BI4B 3DAWA 3CQ8A 1VQKN 3VQAA 1EP4A 4BR9A 4KV8A 1NGDA 3C6AA 1QVGM 1SZ2A 3SMPA 3FR0A 5C0YA 4JI2K 5GAGP 2Q0UA 4MFBA 4M42A 2F8SA 1JLGA 3M1FA 1LOTB 3IG1A 1IKVA 1B9FA 2KQ2A 3HPGA 3QNNA 1W97L 3AA2A 3PLAA 4KHYA 1YJNN 4BR4A 3VQDA 3OVNA 3THYB 4KHNA 3H3NO 4B08A 2D0AA 3MK6A 1VQ6N 1C1BA 3AVBA 4EHTA 3CJ1A 4XH5A 5H1SQ 3C95A 2IAJA 5HLFA 4M7XA 1JCFA 2O8BB 3D7EO 1HKCA 4DV1K 2HHWA 1HPMA 4YOUA 1BHLA 1FKOA 3P4IA 3WNHA 3DLBA 3LPTA 3JS6A 2RF2A 4FWRA 2A41A 3NAEA 3HOSA 1GLFO 1X3MA 2AJQA 1KD1O 2O8FB 3P38A 2E4LA 3G25A 2E88A 3ASMA 3BDPA 3L3VA 4CIGA 2HNYA 1TAQA 2NZTA 5BREA 4LD0A 4BC5A 3KK1A 1R59O 4N5SA 3ZSRA 2P51A 3DXKA 4PKHA 2YHXA 4C1NK 1CZ9A 3L4IA 1D5AA 1ATSA 3G10A 1HR0K 5KTQA 1N8RO 2AP1A 3GG4A 3DLLL 1S3XA 4B9MA 5SZTA 4W5OA 1XNQK 3AVHA 4BREA 4KI6A 3GDQA 1L3VA 4CJFA 2CGKA 2KLAA 3SBGA 3O4QA 4OLAA 4KH4A 1NGFA 5DM7L 4AM7A 3ZSZA 4B3RK 2YHAA 4I9QA 4W5RA 3LM2A 3R1XA 3PV8A 1TL1A 4IFVA 1KSPA 1Q81O 1OH8A 3GBTA 2E2QA 3KLFA 3O9SA 4F8RA 3HP9A 1T05A 3ENBA 5T7BA 3EE9A 3M6GA 4M3RA 3NH1A 5CYQA 3NFAA 2XHBA 1HNWK 4ZTJA 3QERA 1Z05A 1N34K 3VQ7A 2VYPA 1G99A 3NE6A 3VQ8A 2E2NA 4MO5A 5BN9A 4FWQA 3ZT0A 4BGBA 4F3OA 1BG3A 1HQEA 4K8ZA 1NNEA 2O4IA 3TSQA 2P9LA 3DLHA 5EY4A 2Y1IA 3RMCA 2YI1A 1NM1A 1VQ5N 3CYMA 4GW6A 3M8SA 2HHXA 3FZFA 2V52B 4HWIA 5AFUH 4JNEA 1RDBA 4AM6A 3RR7A 4CEOA 4CVNE 5ADXH 2QW9A 3NH0A 3O4NA 4XH1A 4B9UA 1S1TA 2OPRA 1REVA 4G1QA 2YHYA 4FVMA 3KLHA 4H4OA 4IBNA 2IVPA 3PUFA 3CQYA 2IC3A 4B1XB 3T1HK 1K9MO 5M1QA 2E1ZA 1KRPA 2F8TA 1TYQB 5CHIA 4NXMK 5HRNA 4B1ZA 5BR9A 3V6DA 3D2EB 2V7YA 1JLCA 4JD2B 3AVKA 5AFUA 1I3AA 1NK7A 3ZSQA 2YKNA 3BEXA 4M3UA 4M63C 4CCHA 1HMVA 3S3NA 3SUPA 5ADXA 1MWKA 1ATRA 4IOAL 4C23A 1M90O 4BDYA 5GAEP 3VETA 3QEPA 2P9SA 3N4PA 4FPBA 2UXDK 2P9IB 3U6FA 3HXMA 3VQ4A 3ZSYA 1Y64A 2OTLN 3OHRA 5AQYA 1NKCA 4KHUA 1Q86O 4PL7A 5F2RA 4JI8K 1JCEA 3OJUA 1XMQK 1XWLA 4WYBA 3CD6N 4JKCA 4FCYA 3P39A 1QSLA 4YOTA 4E1JA 1A5VA 1NGGA 3U3GA 3G71N 5C2FA 3ZSOA 3ITHA 1KVCA 2P1JA 3KLGA 3LM9A 4DTUA 3U3YA 4UY8O 1RCHA 2Q31A 4H03B 3KK2A 2GEMA 1L5UA 5I9EB 2GWJA 5E41A 4AQYK 2G8IA 3TAEA 4RW4A 4GNIA 3WNGA 3CCJN 3ZT4A 4I6MB 1ZYQA 3SAFA 2RE2A 3DLEA 4CI6A 4C1NI 1QQMA 3IFRA 3I55N 4OPKA 1W9HA 1TUYA 4ELUA 1ASVA 4H5WA 4RW9A 3OYBA 1IKWA 3J7ZO 1W0HA 4IJNA 1NGHA 3O3FA 1U47A 2DFFA 4RTFD 4AHTA 3HZ6A 2IGIA 2E6MA 4AHSA 3KD5E 2HHUA 4JN4A 4OPJA 3VA0A 3F9KA 3BUZB 1JLEA 1CXQA 3DYAA 3OBWA 5AQMA 2OCEA 1BA1A 1T6CA 2O8EB 4CZHA 4CHQA 4XEIA 3EEQA 2YJEA 2IS3A 1RGIA 1QVFM 1RBVA 3T1AA 4DR7K 2CGJA 4Z4HA 3OYNA 2Q0RA 4BVOA 4QAGA 3JAMO 4BQZA 1JLAA 5GINA 4M45A 3TI0A 4O55A 3WXKA 3FZKA 5KRTA 3NGZA 4Q5VA 4CJPA 1WB9A 1RNHA 4EHUA 4NCAA 2FSJA 4CF9A 2NRVA 2HVHA 1BQNA 3THWA 1S6PA 1LAVA 4CK3A 3R3LA 4IG3A 1T03A 4KTWA 3ZETB 4A62A 4O5FA 3AVGA 4JI5K 1IV0A 1NU0A 4BRFA 5FRNA 1HLUA 4JK7A 4HTLA 1Q82O 5CZ1A 4OKEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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