2ITMA

Crystal structure of the e. coli xylulose kinase complexed with xylulose
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 149
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA01
1BWFO 4H5VA 1X9JA 2WUSA 3ZEUA 4A62A 2OANA 4CBUA 1P8ZA 4MO4A 1R59O 3ZETB 3H46O 4FL9A 4EIAA 3OHRA 2IIRA 2P9KA 2D4WA 1E4GT 1T6CA 2NRHA 4FSVA 4BRKA 4PKGA 3WXKA 2E1YA 1TYQB 5F0XA 2QWQA 3F9MA 3H1VX 1KAZA 3VGMA 2IVNA 1HPMA 1GLFO 4K43A 5EVZA 1HKBA 3LL3A 3MN7A 3W3DA 2AA4A 3AAPA 3LDOA 1MDUB 3ID8A 3VESA 3EL2A 4CZHA 4LC9B 3L0QA 4HTLA 3CJCA 1BU6O 3MN6A 5JLHA 4GY2B 3JS6A 1ZXOA 1GLCG 1BG3A 1HJOA 3MMVA 3GBTA 1Q18A 4A61A 4JAXA 3O8MA 3VEZA 2ITMA 3U9DA 4FWPA 1T6DA 4L3QA 4MLEA 2QWRA 3MN5A 1K8KA 4O8KA 1HUXA 1QQOA 5LY3A 4WYBA 2GWKA 3O08A 2P9IA 1YVNA 3FZLA 3IMXA 2GEMA 1GLAG 3ZX2A 4BR0A 1U6ZA 1NGBA 2P9UB 5BPNA 3BF1A 3EN9A 4H5WA 4H0VB 4FPAA 3HSCA 3IUCA 3A5LC 1H1VA 3HZ6A 1KAXA 1NGAA 3AARA 5BN9A 3G25A 3DXMA 3QFPA 1JCFA 3WXLA 3KVGA 4B1WB 3UKUA 3ZX0A 4FWSA 4B9QA 1KXPA 4K42A 4XH4A 2P9KB 4CI6A 3R9PA 4JD2B 4BR4A 4H5NA 3O1WA 3W0LA 1QZ5A 3H3OB 5LJVA 4CZIA 4FWQA 4BRLA 4I6MA 4CJ7A 2QWMA 3KZBA 1QQNA 5AQLA 3H6EA 3QDKA 2QWPA 4FWRA 4CD3A 4J8FA 3MDQA 2YHWA 5AQGA 2D0OA 2J4RA 3H45C 3BEXA 4H0TB 4BREA 3CHWA 4ISGA 4B1YB 2Q0UA 3VEVA 5AZIB 4FOEA 5AZJA 3A5MC 1BO5O 1MWMA 2I7PA 3LDPA 4BC2A 4F9OA 4A2BA 4K25A 4KBOA 3M1FA 3SJHA 3CJAA 1K8KB 1CZAN 5AQPA 4BG8A 2DPNA 3FZHA 3A0IX 2P9IB 3D2FA 4H0XB 2FSJA 1BA0A 2YI1A 5EXWA 4BGBA 4BRAA 1Z6RA 3DXKB 3HI0A 2FSKA 4MO5A 1G99A 4GNIA 3VENA 1E4FT 3D7EO 3J8AA 1GLLO 1DEJA 2UYTA 5E84A 1NGHA 3EKUA 3SK3A 3DXMB 2YCHA 4K41A 2F9TA 1BUPA 3UKUB 4BVPA 4BRCA 3MCPA 1JCGA 2Q36A 1NM1A 3CETA 2HOEA 4ISFA 3UKRB 5KQ8A 4CZFA 2V51B 2YHXA 3DWLA 3AAQA 3RSEB 3VGKA 4BRFA 5KQDA 4M63C 2QWLA 4IO8A 4I6MB 2E8AA 2QM1A 2Q0RA 5AFUA 1IJJA 2QWNA 3O4WA 1NLVA 4B1UB 2ASMA 4JD2A 2QXLA 1BDGA 3WQUA 1C0FA 4FO0A 4Y0WA 2CH6A 4QS8A 4JN4A 4BR7A 3R8EA 4CZGA 1BOTO 3VGLA 5FPEA 3DAWA 3FGUA 1NGGA 3ATVA 1SQKA 2FLOA 5AQWA 4AM6A 2E2QA 1QQMA 2YHYA 3FLCO 3ATUA 5AZJB 2Q1NA 5AFUH 2A40A 2PBDA 3U8XA 5EOYA 5AQMA 5AQRA 4WQ5A 1RDWX 4H0YB 4CZMA 1YUWA 4PL8A 3O80A 4PKHA 2Q97A 5AZIA 2W41A 3D2FB 2A6AA 3LM9A 5ADXA 1GLBG 1Y64A 4IXCA 1GLEG 4WQ4A 1NBWA 3IFRA 1TUYA 4EHTA 2YJFA 1XC3A 4CZJA 4BR5A 2FF6A 3L4IA 2CGJA 1NGEA 3FFKB 1S3XA 3VF4A 5BRFA 3TPQA 3CJ1A 4FWKA 4B1VA 2P9LA 3DXKA 1Z05A 4BQZA 3IDHA 4BROA 3ULEA 3CI5A 2ASOA 4H5TA 3QFUA 3HBTA 2VCPA 3I8BA 2E88A 3SLCA 3CIPA 5ADXH 3H1QA 1ATSA 4BRQA 3M3ZA 5AQUA 4IJAA 5AQKA 4EAHD 2CGKA 3JXUA 4YDUA 3UKRA 5KPRA 4RWTA 3GOIA 3RSEA 2ZGZA 3WQTA 2YJEA 1ZBSA 2D1KA 4BQLA 5FPNA 3S41A 2I7NA 2P9SB 4EHUA 3BF3A 2GTDA 5AQQA 4PKIA 4BC3A 5BRDA 3KHYA 5AQNA 2GWJA 3M6GA 1IG8A 2F9WA 2FXUA 3O6WA 5E26A 1HX1A 4B1XB 5AQYA 4E1JA 3O5BA 2KHOA 1WUAA 5JICA 5EY4A 1NGJA 4WQ5C 3CQXA 3WXIA 3UB5A 3C7NB 3MN9A 1SZ2A 1WOQA 4FOIA 2VYPA 3A8YA 1X3MA 3C0BA 5KPZA 3R6MA 4H0OA 4DB3A 3VEXA 2D0PA 2V52B 5AQOA 1SAZA 1QHAA 3P4IA 4WQ4C 4EFHA 2P9LB 4XH1A 1NMDA 3EKSA 4JNEA 3U9ZA 1HKGA 4BRPA 1C0GA 2A42A 1MA9B 3ULEB 3BUZB 3H3NO 4CZLA 3A5OC 2CGLA 1HLUA 1LOTB 4XH5A 5AQIA 4DCHA 4NB4A 4QS9A 1MWKA 4FWNA 1DKGD 1U2VA 3QB0A 1NGDA 3VEYA 3WXJA 4AM7A 1T44A 3ENHA 4BGAA 1V4SA 3CQYA 3WUHA 2IVPA 3ZX3A 4BRNA 3A5NC 2CH5A 3VOVA 3DJCA 3LM2A 4CZKA 2EWSA 4Z94A 2P9NB 4YDUC 4CBWA 3FZMA 3VF6A 5JMVA 5FPDA 3LDNA 5BRHA 4H5RA 2V7ZA 3HTVA 4RTFD 1YXQA 3BP8A 3TU5A 4RCHA 5BPMA 3WT0A 5LJWA 2P9SA 4CBXA 2V7YA 5F1XA 2E20A 1GLJO 2QWOA 2ZWHA 1J6ZA 3SMPA 3VEOA 3FR0A 1ATRA 4DHYA 3GG4A 4DQ8A 5JLFA 3CJ7A 4BRHA 2VWBA 4CZEA 4BRIA 4M7YA 3GE1A 5AR0A 3C7NA 4BRGA 1ESVA 2W40A 3SMSA 2HF4A 5AQSA 2FF3B 1D4XA 4FWMA 2GUPA 4FWLA 3U4LA 1U2VB 4BC5A 3LDQA 2FSNA 4IWVA 3VETA 5EX5A 3I33A 5FPMA 5KPTA 4PL7A 4FWOA 4ISEA 1HKCA 4A2AA 3O1BA 4QS7A 4HWIA 3B8AX 2PAVA 3AY9A 3L6QA 4BR2A 4BC4A 3FE1A 1NGFA 2BTFA 4BR9A 4IZ9A 3D2EA 3GDQA 3FZFA 4H03B 2P9NA 4O5FA 5CE3A 2P9PA 5ELZA 5AQFA 3CJ9A 3CJBA 4JHDA 3WEEA 4BVOA 5BREA 4IJNA 3ZEUB 1ATNA 4C23A 1KAYA 2IVOA 5BN8A 3UE5A 3LDLA 1GLDG 1NWKA 2A41A 1BA1A 2ASPA 1ZC6A 3QBWA 2E2PA 1RFQA 3VERA 3ZETA 4BRMA 5AQJA 3VEWA 5BPLA 2A3ZA 3EO3A 2E2OA 1XUPO 2AP1A 1TYQA 3QICA 5AQTA 3VPZA 1S22A 3GL1A 3MK6A 3EZWA 1XQSC 5AQZA 1X3NA 2E2NA 3FZKA 5B8HA 2ZGYA 2HMPA 2H3GX 2BUPA 4BRDA 2Q31A 3VF2A 5F2RA 1QZ6A 5TKYA 5AQHA 3CERA 3HM8A 1DGKN 2E1ZA 2NLXA 1V4TA 4MLHA 4NO7A 1NGIA 1EQYA 4CD1A 2A5XA 2HF3A 4FPBA 1RGIA 5BR9A 1JCEA 3D2EB 5AQVA 2QW9A 4H0PA 4B1ZA 5I9EB 4BG9A 2GELA 4M7XA 2ZF5O 4XEIA 2P9PB 3QBXA 1LCUA 4JHDB 3WEEB 3ENOA 1YAGA 5AQXA 2Q2RA 2P9UA 1OKJA 3QMLA 1NGCA 2NZTA 1TUUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6QA 3J7AP 4DTUA 4JV5K 1RDUA 3CQ8A 1JLGA 3ZEUA 2WUSA 3AO5A 3VQQA 4N56A 4CBUA 1HR0K 4N76A 3H46O 3HP9A 4M42A 3SBGA 3OS1A 2NRHA 2E1YA 2P5OA 3WNFA 4B8CA 3H1VX 3HXMA 1HPMA 4KV8A 3LAKA 3KKSA 4K43A 1SL0A 4AF1A 3LL3A 3W3DA 3DLBA 3LDOA 3OS2A 3KWGA 1MDUB 2O8CB 3MCAB 3VESA 3EL2A 2OA8A 4A57A 4F8RA 4JKHA 4LC9B 4Z4IA 3CJCA 1NKEA 1BU6O 3IAYA 4C8LA 2HHSA 4GY2B 1HJOA 1Q18A 4A61A 3B6OA 4JAXA 2HSTA 2RN2A 1D9DA 3U9DA 1T6DA 1EKEA 4FM1A 2PYJA 1S9GA 2Y1IA 1QS4A 1K8KA 4DMNA 4O8KA 3NHGA 1HUXA 4WYBA 2P9IA 1J5EK 3IMXA 3O3HA 4BDYA 4BR0A 4DSFA 1E3MA 3EN9A 4H5WA 3A5LC 4AHSA 1KAXA 1KLNA 5BN9A 3DXMA 3WXLA 1JCFA 4JI2K 4FM2A 3HJFA 1KXPA 3WNGA 1TK0A 5HBMA 3R9PA 4CGHA 3W0LA 3MXIA 5LJVA 1QSLA 4I6MA 5HRNA 2YHAA 3SV3A 5HL7L 1U47A 4UY8O 3K9JA 3H6EA 2JWLA 1J5OA 3NMUA 4CGFA 1YTAA 3AVHA 3MDQA 2J4RA 3DLRA 2Z1GA 4GMJB 4DLGA 1RDAA 4BREA 4N5SA 3CHWA 4FVMA 4ISGA 3AVNA 1JL1A 2Q0UA 1VQ5N 4FLZA 3A5MC 2I7PA 1DT9A 2HHXA 3SJHA 3OBYA 4K8XA 3ZT3A 2GV9A 3D0PA 2ZJRL 2FSJA 2OPQA 2YI1A 1Y97A 4BGBA 2G8HA 1Z6RA 3HI0A 3ULDA 4MO5A 4FLVA 2X78A 4Z0UA 3VENA 3AVKA 1FKPA 3B6PA 3KLHA 2UYTA 3EKUA 4K41A 1N6QA 4Z4EA 4JS4A 4BRCA 3MCPA 3NGYA 2O8EA 1ZBIA 3T1AA 4IOXA 4CJWA 4CZFA 3TAMA 3AAQA 4C1NI 3NCIA 4CERA 2QWLA 4IO8A 3ZCMA 3C6UA 2QM1A 4LSNA 3PX4A 4NLCA 4LH4A 2PFUA 2QXLA 1BDGA 2YHBA 3WQUA 2FBVA 2CH6A 4BR7A 1XC9A 1XHZA 1YJNN 4CZGA 2ZE2A 3CMAN 4WF9L 3KWIA 3CC4N 1REVA 5LL6Z 2PZSA 2W42A 4CEBA 3RRHA 1W2BM 2UUBK 5AQMA 3PIOL 4F4KA 5M1OA 3TARA 1WN7A 4CZMA 3EY1A 4BE1A 4PKHA 1RT7A 5J2PA 1TGOA 2KZMA 2A6AA 5ADXA 5KGXA 4WQ4A 2LSNA 3E01A 1XC3A 3SPZA 3ITHA 2FF6A 4NXMK 3NH2A 4DQPA 4DQIA 1RT5A 2P9LA 1UA1A 4BROA 3ULEA 1WBBA 4OPKA 3QEPA 3CIPA 1Z26A 3FFIA 1VSKA 4TSXA 3DOLA 4ELUA 4EZ9A 2CGKA 4FZXC 3VQAA 2G8UA 4KHSA 1LAWA 1VRTA 3E9OA 3OY9A 4DKWA 2Z1HA 1HJRA 4AHVA 2D1KA 2ZJPL 5FPNA 1DTQA 2P9SB 1C1AA 4K0KK 3SQ0A 1U4BA 2GTDA 1B9FA 3HL8A 4BC3A 5AQNA 3U3GA 2GWJA 1KD1O 4JI8K 5D3GA 2F9WA 3O4QA 5E26A 4B1XB 4JEPA 4FJXA 1WUAA 2UUCK 5JICA 3G71N 3QEVA 2HHVA 4DTSA 1NGJA 3CQXA 1UWBA 3CCSN 4CIGA 3SNNA 3R6MA 4ID5A 1N8RO 1KVAA 2X6NA 4CGDA 3P4IA 1Q8IA 3DYAA 5C15A 4M3TA 2XY6A 1S72N 1C0GA 3O9SA 1QTMA 4KI6A 2A42A 2F8SA 3H3NO 4CCHA 4CZLA 1DLOA 3K0SA 2CGLA 1HLUA 1YJ9N 2W6LA 3A2FA 1KTQA 3QB0A 1V4SA 3J80O 3WUHA 1IBMK 4DR6K 3A5NC 3VOVA 3TSPA 4C1NK 3DJCA 4E19A 1RTDA 4Z94A 5LMNK 3THXA 3OJUA 5K14A 5FPDA 3HSTB 4W5TA 2HHUA 3K5OA 3VTIA 4X65K 4RTFD 4GKJK 2BH1A 3O9RA 4OKEA 3BP8A 5BPMA 3WT0A 4CJRA 1M90O 4M3UA 2P9SA 4CBXA 4IG3A 3TAGA 2E20A 3AO2A 3SBTA 2QWOA 3KLFA 4PHTX 1VRUA 2QKBA 4LH5A 3DRPA 4FJIA 3SQ4A 2XRIA 5AR0A 4YOYA 4KREA 1IBKK 2HF4A 3ZSVA 1ILYA 3U4LA 4DV6K 2RHKA 3LPUA 3D45A 4CFDA 5EX5A 3AA4A 3I33A 4KFBA 5KPTA 3VQEA 4WE1A 4FWOA 4N47A 1QQCA 3O1BA 4CW7B 4AHRA 4HWIA 5M1PA 2PAVA 4DG1A 1F21A 4ILJA 1NGFA 2IAJA 1L3TA 3O3FA 1W7AA 4DR2K 3O9QA 4CK3A 3CJ9A 3CJBA 2G8IA 4JHDA 1SKSA 1ATNA 4C23A 1KAYA 4O55A 5BN8A 3S3OA 3UE5A 1I3AA 5KTQA 3VQ4A 1ZC6A 3DLGA 2JLEA 3VERA 3ZETA 1NKCA 3PIPL 1TL1A 3VEWA 5BPLA 4DLEA 3THWB 2A3ZA 5FDLA 1S22A 1XQSC 5AQZA 1KVBA 5B8HA 2HMPA 4BRDA 2FC0A 1VQLN 4DQQA 5F2RA 3OTOK 1R0AA 1QZ6A 3ASMA 4DTRA 3V81A 2G8WA 5IT9O 3LP2A 4CE9A 4B9MA 3AA3A 1NGIA 3ENBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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