2ITMA

Crystal structure of the e. coli xylulose kinase complexed with xylulose
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylulose kinase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 149
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA01
1C0GA 2P9KA 2Q97A 5AFUA 2FLOA 3LDOA 2QWMA 5BN8A 1WUAA 3UKRB 3MN6A 2D1KA 3VEOA 5JMVA 4DQ8A 1HLUA 4AM6A 1NGHA 3O8MA 4WYBA 1GLCG 2E2QA 1HKBA 4YDUC 1D4XA 1CZAN 3M3ZA 5BREA 4MLHA 1KXPA 5KQ8A 1NGIA 2P9SA 1LCUA 3D7EO 4GNIA 4A2BA 4BQZA 3FZHA 2GWJA 1K8KA 4JHDB 4PKIA 1NGAA 4IJAA 5CE3A 4BRMA 1JCEA 3A5OC 4E1JA 3A0IX 3EZWA 3VEXA 5LY3A 5JLHA 2YJFA 4I6MA 1T6DA 4B1VA 2DPNA 4RWTA 3EL2A 2A40A 3AARA 3F9MA 2CGLA 4Z94A 4BGAA 4M63C 1T44A 3CJ1A 4QS7A 1TYQA 1GLAG 5AQFA 1XQSC 5AQPA 2QWNA 3LDLA 3AY9A 1TUYA 3HI0A 1GLBG 3CQXA 2ASMA 4PKHA 3CI5A 4B1YB 3CHWA 2FSKA 3VERA 2QWRA 2P9NA 4B1ZA 4CD3A 4BR4A 1H1VA 4JAXA 3DXMB 3C7NA 5AR0A 2QWPA 1WOQA 5AQUA 5AZJA 4PKGA 5AQVA 1NGJA 3U8XA 3MDQA 5AQYA 3VGMA 3TPQA 1Z6RA 3H1QA 5BRFA 2UYTA 4M7XA 4BG8A 4MO4A 5AQRA 3JS6A 4BGBA 3ATVA 5KPZA 1ATNA 4EHTA 4CZMA 4FOEA 4CBXA 4DB3A 4DCHA 2GELA 4MO5A 3WEEB 4EFHA 4JD2B 3FFKB 3SMPA 1YAGA 4BRIA 4BRCA 2QWQA 3VEVA 3VGLA 1GLFO 2E1ZA 3ULEB 1ATSA 3AAQA 5LJVA 2I7PA 3MK6A 4CI6A 4BR2A 5ADXH 3CQYA 5EVZA 5FPNA 3WT0A 4HWIA 4IZ9A 3R8EA 1NMDA 3UE5A 5F1XA 1QZ6A 3AAPA 5B8HA 2A3ZA 1BO5O 1DGKN 4PL8A 1BU6O 2Q31A 3IUCA 4BR5A 3BF3A 5BRHA 1R59O 3CJCA 3H1VX 2NZTA 2FSJA 3O80A 3HTVA 1U2VB 2OANA 1HPMA 3EO3A 4CZFA 3DXKA 4BVPA 5AQQA 5I9EB 2YI1A 5AQIA 2Q0UA 3ZEUA 1NM1A 3RSEA 1NGCA 1NWKA 3DWLA 4CZIA 2D0OA 3QDKA 4JN4A 1BA1A 1BOTO 1GLEG 1U6ZA 2ZF5O 2E1YA 3FR0A 4FWNA 2NLXA 5AQWA 1YUWA 2E2OA 4CBUA 3D2EA 5JICA 2QM1A 3VPZA 4CJ7A 3FZFA 1NLVA 2P9SB 3KZBA 5AZIA 5BPMA 2VWBA 4B1UB 4CZHA 1K8KB 2ZWHA 4H0VB 3LM9A 1DKGD 4BR9A 3O1WA 3ID8A 2HOEA 4RCHA 1RGIA 2QWOA 2F9WA 3IDHA 3JXUA 2FF3B 2PAVA 2IVPA 4BVOA 4EIAA 5FPDA 3QMLA 5F2RA 2P9IA 4BRPA 3EKUA 5AQZA 1GLJO 3VF6A 1GLLO 3DAWA 2H3GX 5E26A 3U4LA 1V4TA 3CJBA 5FPEA 1TYQB 3EKSA 2P9UA 4H03B 2VCPA 4O5FA 4BC2A 1SZ2A 3UKUB 4RTFD 1IJJA 1V4SA 2CH5A 3MCPA 3MN5A 4LC9B 2P9NB 2Q0RA 5E84A 3J8AA 3LM2A 5LJWA 3VENA 4PL7A 2EWSA 3LDPA 4JNEA 4IXCA 4K41A 3ATUA 3C7NB 2BTFA 4BRHA 1JCFA 3IMXA 1ATRA 2J4RA 3WXJA 2ASPA 1OKJA 1E4FT 4BR7A 4CZGA 2IVNA 2QXLA 4JHDA 5AFUH 3C0BA 1QHAA 1HUXA 2YCHA 3WUHA 4C23A 1ESVA 2A6AA 5EXWA 3VETA 4ISGA 4BRLA 2Q1NA 3EN9A 3VF2A 2E20A 3GG4A 3KHYA 4H5VA 4H0TB 5AQTA 3UB5A 4XH1A 3ENOA 3M6GA 5AQSA 4FWPA 3QBXA 3FLCO 1SQKA 3W3DA 5AQNA 3H46O 2HF4A 2P9LA 4WQ4C 1BUPA 5TKYA 4YDUA 3WQUA 1YXQA 4BQLA 3A5LC 2E8AA 3HSCA 3H3OB 1QQNA 1KAXA 3ZX2A 4H5NA 2Q2RA 4BRQA 4BRAA 1T6CA 4FWQA 5AQXA 4FL9A 2YHYA 4H0OA 3LDNA 2IVOA 2A42A 1Q18A 3L6QA 3DXMA 3VEYA 4K42A 4IO8A 4CZKA 1X9JA 1BWFO 2E2PA 3MN7A 4H0PA 3GDQA 3SJHA 2YHWA 2D0PA 2E88A 3ZEUB 4AM7A 4QS9A 2PBDA 3ZETB 3RSEB 4HTLA 1ZBSA 2GUPA 4B1WB 2AA4A 3WQTA 2FF6A 1P8ZA 2CGKA 2P9KB 2ZGYA 3L0QA 2HF3A 4A62A 4EHUA 1XC3A 3DJCA 3D2EB 1HX1A 5AQGA 3HBTA 5AQOA 2WUSA 2YHXA 3BF1A 3O6WA 4O8KA 3ULEA 4WQ5C 4BREA 2CH6A 4CD1A 4BC5A 3O1BA 2ASOA 3WXKA 2GWKA 3D2FA 4BROA 3CJ7A 2ITMA 2V52B 2BUPA 2NRHA 5BPLA 4XH5A 1GLDG 4M7YA 1HJOA 3IFRA 3O08A 3A5NC 3G25A 5KPTA 4FWOA 4K43A 3QICA 1BG3A 4NO7A 3BEXA 4EAHD 1S22A 1NGDA 3FZMA 3CIPA 2AP1A 3B8AX 5BRDA 1U2VA 1QZ5A 3KVGA 2CGJA 4I6MB 3LL3A 2E2NA 3ZX0A 1EQYA 5F0XA 2D4WA 3SMSA 2W41A 2HMPA 3BUZB 3WXLA 4NB4A 3GOIA 1KAZA 4FPBA 4H0YB 2P9PA 1MA9B 3A8YA 3U9ZA 3CJ9A 5AQLA 3O4WA 4XH4A 3UKRA 5EOYA 3GL1A 4XEIA 4CBWA 4FWMA 1RFQA 3HM8A 3ENHA 4H5TA 1BDGA 2KHOA 4KBOA 2Q36A 1XUPO 1X3MA 5AQMA 5BN9A 1ZC6A 2GEMA 1HKCA 1LOTB 1ZXOA 4BRDA 2V7YA 1JCGA 5AZJB 4FPAA 4H5WA 3SLCA 1NGFA 1NGEA 3QFUA 5ADXA 1TUUA 1NGBA 1MDUB 2FSNA 4IWVA 1G99A 3R9PA 3GE1A 1S3XA 4WQ5A 3CJAA 1DEJA 2I7NA 1Z05A 3A5MC 4BRNA 4ISFA 1SAZA 4L3QA 1IG8A 1YVNA 3VF4A 2ZGZA 4GY2B 3FGUA 2P9LB 4CZJA 4BC3A 3MN9A 4ISEA 3VGKA 3UKUA 3H45C 3VEWA 3VEZA 4BC4A 4J8FA 2GTDA 3O5BA 4IJNA 5EY4A 3ZX3A 3S41A 4F9OA 3BP8A 4FOIA 3U9DA 1BA0A 1Y64A 3TU5A 3VESA 3L4IA 4Y0WA 4BRGA 3P4IA 4BG9A 3OHRA 5AQHA 4FSVA 5ELZA 4H5RA 4CZEA 4BRKA 2QWLA 3CERA 1RDWX 2F9TA 4BR0A 5JLFA 3H3NO 1E4GT 4FWSA 5EX5A 3QB0A 4FWRA 2YJEA 4A61A 3GBTA 2W40A 1MWKA 1X3NA 2VYPA 4BRFA 3DXKB 3HZ6A 4B9QA 5BPNA 4FWKA 5AQKA 2A5XA 4DHYA 3FZLA 5AQJA 1NBWA 3WXIA 3I33A 3H6EA 3I8BA 4FO0A 4MLEA 3D2FB 3WEEA 3R6MA 4H0XB 4A2AA 3QBWA 4JD2A 1KAYA 1MWMA 5AZIB 3M1FA 1HKGA 4K25A 3LDQA 2QW9A 3FE1A 3FZKA 3MMVA 1C0FA 5KQDA 3VOVA 3W0LA 1QQOA 5KPRA 2FXUA 1J6ZA 5FPMA 1NGGA 3SK3A 4FWLA 3CETA 5BR9A 2V51B 2P9IB 3ZETA 2V7ZA 2A41A 4CZLA 4QS8A 2P9PB 3QFPA 4B1XB 4WQ4A 2IIRA 1QQMA 2P9UB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9KA 3VA3A 5AFUA 5BN8A 4B9UA 4CIEA 2F8SA 4IOCL 3OYBA 4DSIA 1Q8IA 2EX3A 4DQ8A 5HRNA 1L3SA 1FKPA 4AM6A 3BDPA 1QTMA 1NG9A 1NGHA 1SUQA 1HKBA 3BZCA 1D4XA 3P31A 1TL1A 2KQ2A 4YOUA 3CFRA 2P9SA 1WSEA 4E7JA 1LW2A 4CHOA 4IOXA 3FZHA 3KD5E 1K8KA 1X9WA 1TK0A 3FFIA 4IJAA 5CE3A 4BRMA 4E1JA 1W7AA 4FJ9A 1KTQA 3EZWA 1BCMA 3HSTB 3AVBA 3J81O 4B1VA 2OPSA 3OYMA 4RWTA 3EL2A 3F9MA 1CXQA 1A5VA 1X1PA 4C8OA 1T44A 1K73O 3DLRA 4QS7A 4K8XA 5FRMA 1TYQA 2QWNA 1HRHA 3SI6A 1RT1A 3HI0A 4M3YA 3MEGA 4CFAA 3QIOA 1H1VA 4DKWA 3J7ZO 1VSHA 1JLAA 3C7NA 1RBTA 2QWPA 3KLGA 3KIOA 3SUOA 4B9LA 2G8UA 1NGJA 1VSDA 2HMIA 3CCRN 1NK9A 5AQYA 1Z6RA 1L3UA 4BG8A 1CZ9A 4M3WA 4W5TA 3JS6A 1TKDA 4JK8A 3TANA 5GAGP 4WF9L 2RN2A 4DB3A 1BI4B 2GELA 2UXBK 1LWFA 3SMPA 4CJRA 3T3FA 3VEVA 1VQMN 3RMDA 2HHUA 3RVCA 3LAMA 5SZTA 3F2KA 5KRTA 4KI6A 1HYZA 4B9NA 4CJPA 4HWIA 1RBRA 4N5SA 4IZ9A 3UE5A 4CJUA 1JXEA 1JLBA 5M1OA 4FZXC 4IKFA 2QA4N 3NVKA 2DTUA 3BF3A 1VSMA 4CHZA 4B3SK 2NZTA 2FSJA 3O80A 4ZTJA 2BE2A 4HUGA 2QKKA 4EZ9A 4KREA 2WOMA 4JKDA 4BVPA 1HNZK 4AHCA 3DRSA 5I9EB 3KK1A 1J54A 2HBJA 2Q0UA 2ZE2A 1NM1A 3QNNA 1A5XA 4C8KA 3RSEA 4FJGA 3L4QA 3DOKA 2D0OA 4JN4A 1BA1A 1U6ZA 2ZF5O 4AHSA 3AVJA 4FWNA 1FJGK 3VPZA 2FC0A 2X78A 4C1NI 3KZBA 4E1MA 3AVIA 5AZIA 3EY1A 3DLEA 4H0VB 1UA0A 4BWJA 3ID8A 1S6PA 1RGIA 4MQ3A 3IDHA 3NBPA 1T05A 3QEVA 4EIAA 3QMLA 2P9IA 1GLJO 2H3GX 4JI6K 5FPEA 3TSUA 3S9HA 2Y1IA 3K58A 4RTFD 1V4SA 2CH5A 5E84A 4KHWA 2OPQA 3LM2A 5LJWA 3L2QA 4JNEA 3CCVN 4IXCA 5IWAK 2YNIA 4DFPA 2PYLA 3LP0A 1KLMA 1KLNA 3LZIA 3PIPL 1ATRA 3C6TA 4FLZA 5T7BA 3T19A 3ZYYX 2DY4A 5GIPA 3PY8A 4GKKK 4BR7A 3TSQA 4YFUA 3C0BA 1HUXA 1KC8O 2VQFK 3WUHA 1ESVA 4CJEA 3VETA 3EN9A 1LAVA 4YNQA 3DLHA 1RT4A 4GV6A 3BY5A 3ENOA 1EWQA 3QNOA 2IGIA 4FWPA 4DV7K 3QBXA 4BACA 4J2DA 3FLCO 2P9LA 1NKEA 5TKYA 5CHIA 4Q0BA 3ITHA 3A5LC 3AA4A 3N4QA 3HSCA 4U67L 4KFBA 1KAXA 3CQ8A 1T03A 2OYQA 3OBWA 4JLHA 4KKOA 4FWQA 2VG6A 4FL9A 3NE6A 1FKOA 2IVOA 2A42A 1SKWA 3S3MA 1J5OA 3AGKA 1WSIA 1S9GA 4FLXA 4CZKA 1M90O 1YIJN 3MN7A 4H0PA 4DF4A 1S1UA 2YHWA 3DMJA 3O3GA 1W0HA 2PBDA 3ZETB 3AVAA 2VGNA 2Z1JA 1HMVA 2GUPA 1JLFA 1KFSA 2FF6A 2HF3A 3DJCA 1VSFA 1WAJA 1YJNN 2YHXA 4DU3A 3HVTA 4O8KA 4WQ5C 4MDAA 4JI1K 4LH4A 2GWKA 2ZD1A 4H4OA 5GAEP 3AVLA 3IG1A 4M7YA 2O8EA 3G25A 5KPTA 4DTJA 4FLTA 4FWOA 4EP5A 3QICA 4NO7A 4DU4A 3FZMA 2KZZA 1P90A 1BIUA 2AP1A 1IKWA 4HVJA 3U3GA 3ZSWA 3SQ4A 3AVMA 3Q7CA 1U47A 1ZBFA 3VQQA 1EQYA 2D4WA 2OTJN 5JVGL 3BUZB 1OVYA 3GOIA 4YOYA 4CF0A 4H0YB 4KPYA 4AQYK 3DM2A 5AQLA 3UKRA 3QO9A 4FWMA 3ZSRA 4H5TA 2KHOA 1X3MA 3CCUN 5C24A 1ZXOA 3EZ5A 4H4MA 3K57A 3IRXA 1YJWN 3SLCA 4LSNA 4DMNA 4CGJA 4FM2A 4JS4A 5JVHL 4DS4A 4IWVA 4WQ5A 1U45A 2I7NA 4BRNA 1SAZA 2I5JA 4E3SA 4FK0A 3ISNC 4CZJA 4PWDA 1Q7YO 3NGYA 2VQEK 4F3TA 3LAKA 3THXA 3ZLJA 1W2BM 4J8FA 4E1NA 4UY8O 3O5BA 2NRTA 4IJNA 4DSFA 3ZX3A 4AHVA 3S41A 4JKCA 4RW4A 4JRPA 3AO2A 5ELZA 2LSNA 5CY4A 1RDWX 4BR0A 3HPHA 5C0YA 1QVGM 3Q7BA 1ZBIA 2PYJA 2O8CA 5JS1A 3MXJA 3CFOA 4DF8A 4OVLA 4DR2K 3L8BA 1U04A 4WE1A 4DSJA 5BPNA 2A5XA 5EU7A 4BDYA 4FW2A 4DR4K 3CG7A 3M8QA 3TTCA 4OX9K 4MLEA 3D2FB 2B6AA 1SL0A 4H0XB 2D0AA 1RBVA 3KKRA 1KAYA 4I2QA 2XY7A 1LAWA 2G8IA 1UAXA 4LSLA 3LDQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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