2ITMA

Crystal structure of the e. coli xylulose kinase complexed with xylulose
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 149
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2itmA01
4FWKA 4AM7A 1QQMA 4BRDA 3LDQA 1YAGA 1E4FT 3BUZB 1BU6O 3C7NA 4RCHA 3IDHA 4ISFA 4BG8A 1IG8A 1XQSC 2P9PA 4EIAA 3WUHA 1NGCA 1QQOA 4BRNA 4FPAA 2YJEA 4BQLA 3M1FA 3VOVA 1LOTB 4I6MA 3VESA 1U6ZA 4NO7A 2V51B 2BTFA 2P9NB 1CZAN 3QICA 5BN8A 1H1VA 5AQHA 5EY4A 4B9QA 3UKUA 5BPLA 2QWLA 4BRGA 3EN9A 2P9KA 4Y0WA 5AQYA 5F0XA 1HKGA 2YI1A 1WOQA 2QWMA 2P9SA 2E2OA 3WXLA 2CH6A 4H5WA 3ENHA 1QZ6A 3FE1A 1NGDA 4H0TB 3EZWA 2IIRA 3DWLA 4H5NA 4GNIA 3JXUA 4CZFA 4B1UB 3WXJA 3L0QA 3WXIA 4PKHA 4BC5A 3C7NB 3ULEA 4BR4A 2A41A 3MN9A 3CIPA 3SMPA 2V7YA 4BRLA 2V7ZA 4H0YB 4CBXA 2W41A 1GLCG 4JN4A 2FSNA 4FO0A 4QS7A 2Q0RA 2E1YA 3O80A 4A2BA 2QXLA 1S3XA 3CQXA 4JHDA 5AQQA 2IVNA 4PL7A 1U2VB 3EO3A 3AAPA 1DGKN 1BA1A 1SAZA 2D0OA 3WEEA 5BREA 2V52B 3TPQA 1HJOA 3LDOA 4C23A 5BRFA 2P9KB 3IMXA 4WYBA 5AQJA 3SJHA 2PBDA 2P9SB 3UE5A 1HLUA 2A42A 2D0PA 4DQ8A 5CE3A 3AARA 1Z6RA 5B8HA 4BVPA 5AQUA 3WQUA 3CJ7A 3VGKA 3QMLA 3DAWA 1BG3A 3U4LA 2P9UA 2HMPA 1GLFO 5KPRA 3D7EO 3MN7A 3ULEB 1QQNA 4FWPA 4BGAA 3CQYA 1V4SA 1JCFA 2ASPA 4ISEA 1JCEA 3A8YA 3MMVA 4BRAA 1EQYA 5FPEA 3O8MA 2FF3B 4BC4A 4FWNA 4MLHA 4JHDB 4BRQA 1QHAA 3CJBA 3DXMA 5AZJA 3FGUA 4A62A 1T44A 1ZBSA 2ZGZA 3QFUA 4IJAA 2CH5A 1NBWA 2WUSA 3I33A 3MDQA 4FWLA 1T6DA 3SK3A 4CBUA 3GG4A 4EAHD 1NGIA 5BN9A 2D1KA 1KAZA 2D4WA 2QWPA 3FZKA 5EVZA 3KHYA 3IFRA 1NMDA 4IWVA 1HX1A 3BEXA 4K41A 4HWIA 2NZTA 3W0LA 2AP1A 3D2EA 4FPBA 3C0BA 4FWOA 1KXPA 3H1VX 1K8KA 3HTVA 3I8BA 2P9IA 1X3NA 4WQ5A 5AQFA 3GE1A 4FWMA 1QZ5A 3DJCA 2H3GX 2W40A 4FOEA 4IJNA 5KQ8A 4M7XA 4BC2A 3CHWA 2YHYA 4WQ5C 3QBXA 3DXMB 3H46O 1YUWA 4CZGA 5FPDA 1OKJA 3ID8A 1TUUA 2GWKA 4H5TA 2Q97A 1MWMA 3MN6A 5ADXH 2HF4A 1GLAG 4O8KA 3CI5A 5AZIA 3WQTA 2NRHA 3LDNA 4BRHA 3SLCA 1RDWX 4BVOA 4XH1A 2E2PA 2E20A 5AQSA 1ATNA 2E2QA 4J8FA 4CI6A 2UYTA 4IXCA 3R9PA 2FSKA 5JMVA 1E4GT 3D2EB 1GLLO 2P9LA 2HF3A 4JD2A 3WT0A 4BR0A 2E88A 3O6WA 4QS8A 5KPZA 2P9PB 3U9ZA 3U8XA 1BO5O 1RFQA 3QFPA 3LL3A 1NGJA 2HOEA 3BF3A 4H0OA 3S41A 4A2AA 4FOIA 1C0GA 4JAXA 3VEOA 3P4IA 4BRKA 5BPNA 3FFKB 4I6MB 2ZF5O 4K43A 3O08A 4CZLA 1SZ2A 3VEWA 3VPZA 3H3OB 2NLXA 5LJWA 3BP8A 1DKGD 3LM2A 3VGMA 5AQWA 2PAVA 1NGGA 3FLCO 3UKUB 4H0VB 4CZEA 3H45C 3VEXA 2Q0UA 5AZIB 1WUAA 4WQ4A 4QS9A 5EXWA 3DXKA 1NGAA 4ISGA 2QWRA 3BF1A 3L6QA 1NM1A 2GELA 1G99A 2OANA 1LCUA 2AA4A 2CGJA 1MA9B 2Q1NA 1GLBG 4FWSA 4K25A 4DB3A 2J4RA 3J8AA 2YJFA 3ZX3A 4A61A 3U9DA 2YHXA 2P9LB 4RWTA 5FPNA 4JD2B 5AFUA 3O1WA 1R59O 1YXQA 1JCGA 3O1BA 2CGKA 3A0IX 4LC9B 4BRPA 3CJAA 4BRCA 3FR0A 3KZBA 1NGBA 3HZ6A 3QBWA 3LM9A 4DCHA 4MO4A 1BA0A 3GDQA 3VERA 1TUYA 2GUPA 3M6GA 3ENOA 3GL1A 4F9OA 5BRDA 3WEEB 1X3MA 2FXUA 1KAXA 2FLOA 4B1WB 3ATVA 4H0XB 1ESVA 3DXKB 2QW9A 3D2FA 3ZEUA 3ZETA 1Z05A 5KQDA 4CZJA 2IVOA 2ASOA 2E2NA 4BR5A 2P9UB 2QWQA 4EHTA 1Y64A 2P9NA 1V4TA 2F9WA 1XC3A 4FSVA 3EKSA 3CETA 3L4IA 4H0PA 4PKGA 5AQXA 5FPMA 4B1ZA 3A5MC 2FF6A 4HTLA 4JNEA 2EWSA 1BDGA 3M3ZA 3CJ9A 5ADXA 5AQZA 5JLFA 5AQKA 5AQIA 4IZ9A 4H5RA 2ITMA 2DPNA 1ATSA 4YDUA 5AZJB 1BUPA 4NB4A 3RSEA 4L3QA 2BUPA 4CD3A 4Z94A 2QWNA 3H1QA 3HI0A 4H03B 1NWKA 5AQTA 5TKYA 3VF2A 4CJ7A 3LDLA 3JS6A 5AR0A 3GOIA 4CBWA 1MWKA 5LY3A 5EOYA 4MLEA 1S22A 4YDUC 4EHUA 4K42A 4E1JA 3VETA 2A3ZA 4BREA 4B1YB 2YCHA 3EL2A 3D2FB 3FZFA 4XEIA 3VEZA 3ZEUB 3ZETB 5EX5A 3ZX0A 5JICA 5ELZA 1D4XA 3W3DA 4BRIA 2CGLA 1BWFO 2FSJA 3OHRA 1ATRA 4FWQA 4FL9A 4BRFA 4EFHA 1NLVA 3LDPA 3O5BA 1ZXOA 4B1XB 1U2VA 1K8KB 3ATUA 3KVGA 2P9IB 3UKRA 1T6CA 2VCPA 4BGBA 2ASMA 1GLDG 4BR7A 1IJJA 2GTDA 5AQVA 4GY2B 1KAYA 3QB0A 3TU5A 5F2RA 4M7YA 1HKCA 3RSEB 3VF4A 3FZLA 1XUPO 1C0FA 4PL8A 3FZMA 2KHOA 2GWJA 4BRMA 3AAQA 3IUCA 5BPMA 1SQKA 4CZKA 3QDKA 1BOTO 3G25A 5AQGA 5F1XA 5AQLA 5I9EB 5AQMA 1RGIA 3CERA 5JLHA 3MK6A 1NGFA 5LJVA 3MN5A 2ZWHA 4H5VA 3VF6A 1ZC6A 2GEMA 4KBOA 5E26A 1J6ZA 4WQ4C 4M63C 1HKBA 4BQZA 2I7NA 4CD1A 2A6AA 3UB5A 3UKRB 3WXKA 3CJCA 4O5FA 1HUXA 2VWBA 3EKUA 1TYQA 2I7PA 4CZHA 1Q18A 2A40A 4RTFD 3VEYA 4CZIA 3H3NO 2QM1A 3A5NC 4IO8A 5E84A 2E8AA 3HM8A 4FWRA 2E1ZA 4CZMA 2VYPA 4B1VA 1P8ZA 2Q31A 3VGLA 4BC3A 2F9TA 4BROA 1DEJA 3A5LC 1NGHA 2YHWA 1YVNA 3VENA 2ZGYA 1NGEA 4PKIA 4BR9A 1X9JA 1MDUB 3HBTA 4DHYA 3VEVA 5AQRA 3SMSA 2IVPA 4AM6A 2Q36A 5AFUH 4XH5A 3HSCA 5AQNA 1GLJO 4BG9A 1HPMA 5AQOA 4BR2A 2QWOA 3A5OC 2Q2RA 3MCPA 3ZX2A 3GBTA 5KPTA 1TYQB 4XH4A 2A5XA 5AQPA 3B8AX 1GLEG 3FZHA 3F9MA 3H6EA 3R8EA 5BRHA 3AY9A 4MO5A 3R6MA 5BR9A 3CJ1A 3O4WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWKA 1WSIA 3AA4A 3MX2A 1YAGA 2DTUA 4DFJA 3RR7A 4ZHRA 3L8BA 4EIAA 4N47A 1S1WA 3THWA 5DM6L 2P1JA 4FJJA 4J2EA 3VOVA 1WSFA 1LOTB 3MWTA 4KI4A 3O9UA 1XI1A 2BH1A 3CCQN 2P9NB 3THXB 3QICA 3ZSOA 4GV6A 4B9NA 1TK8A 4J2AA 3E1YA 1S1VA 3UKUA 5BPLA 2OA8A 3L3UA 3FFIA 5AQYA 5F0XA 1IKXA 1WOQA 2QWMA 2P9SA 3PUFA 1JKHA 4H5WA 1W9HA 4CVNE 4CHNA 3IKMA 5TKWA 4Z4EA 2IIRA 3DWLA 1UA0A 3JXUA 3OYCA 4JI7K 4FJXA 1LWEA 4RG8A 1C0MA 4DR3K 3ID6A 3K9JA 1IKYA 3AVBA 5KRSA 3VA0A 3MN9A 4WF9L 3SMPA 3THWB 3CFPA 4DQQA 4V19S 3P1GA 1GLCG 1NU0A 3AO5A 4FO0A 4QS7A 2HHUA 4A2BA 4CJUA 1KVAA 3M8QA 3TAPA 4DF4A 2HW3A 1DGKN 1L5UA 5FROA 5BREA 3ZT2A 1HJOA 4PWDA 4I2QA 2PBDA 3A2FA 4ILJA 2P9SB 2BDPA 1HLUA 2BGGA 4DQ8A 2UUAK 2VQFK 2ITGA 3VQ7A 3SJJA 3CPEA 3THYA 3QMLA 3O3GA 2P9UA 3D0PA 1SKRA 3L2UA 4FJMA 5KPRA 3MN7A 1QQNA 3OYAA 3WNHA 4UY8O 1YTUA 1JCFA 3E66A 1JCEA 3A8YA 2HBLA 2QA4N 5FPEA 4TSXA 1SL1A 2FF3B 3VQ8A 4CJVA 4JEPA 3C95A 1NK9A 4OLAA 4FLZA 4JKBA 1T44A 1HNIA 3EE9A 4L8RB 5C12A 4EAHD 3OYKA 3CPWM 2D4WA 3FZKA 4Z4CA 3KHYA 1RDBA 4JI6K 1HX1A 5JVHL 3THYB 4EP4A 2AP1A 3D2EA 3CC2N 5CZ2A 4FWOA 3H1VX 3CFOA 1TL3A 2HHSA 4LF6K 1QE1A 2DFEA 1DT9A 2KTQA 1KVBA 3T1AA 1C0TA 3CXCM 3O4QA 3VQAA 4BC2A 3CHWA 3HM9A 1VSEA 4WQ5C 4DTSA 3VQDA 2VQEK 3H46O 4NCGA 5J2PA 3VQBA 4M41A 1HNVA 3BZCA 4DR7K 4CF9A 1TUUA 2GWKA 3J80O 1LW2A 1MWMA 4LF9K 1YITN 1B9DA 1WSEA 4O8KA 3ZT1A 3L2WA 3RWUA 2IGIA 4FJGA 3OYGA 5HL7L 3SLCA 2Z1GA 3T19A 5C24A 2UYTA 3K5NA 2R7YA 1E4GT 3DLGA 3D2EB 1NK5A 2KZZA 1RTIA 5CR4A 2HF3A 4IOCL 3Q7CA 4JD2A 2HHTA 2E88A 4QS8A 3U9ZA 3U8XA 2F8TA 3QFPA 3EEQA 3N4PA 4DV5K 4N5SA 2HHHK 4BRKA 1N8RO 4I6MB 2XY6A 1I3AA 2NLXA 1W97L 3VQ6A 4WFBL 1VQNN 1LWFA 4AHSA 3O3HA 3HPOA 4ILHA 1VAZA 2PAVA 3HPHA 3TSPA 3VEXA 3I56N 5HROA 2I5JA 4WQ4A 4AHUA 5EXWA 1EXQA 4B8AB 3BF1A 3OW2M 1T03A 1RT1A 4CJPA 1S6QA 2J4RA 4BWJA 5C25A 2YJFA 4ELTA 4KHUA 3RTVA 1N32K 5C0YA 4RWTA 4JD2B 1XMQK 4XIUA 3NH0A 1IBMK 1JCGA 2X6NA 3O1BA 4LC9B 4E1MA 4X62K 4BRPA 3SYZA 4BRCA 3AO2A 4CJ5A 1XC9A 4BE0A 1JLGA 3LM9A 4DCHA 5M1QA 4FXDA 3QINA 4DS4A 1L3SA 2O8FA 3DMJA 4JRQA 4OKEA 2GUPA 4DG1A 5A2QO 2ZJQL 1Q8IA 4B1WB 3L2VA 3AO4A 2HHWA 1NK7A 4FK4A 4I7FA 3MXIA 4H0XB 4DV4K 1RT3A 1ESVA 1Y97A 2DY4A 4F8RA 3RRHA 3K5LA 4CEZA 3CYMA 5SZTA 1RDCA 3V4IA 1YJNN 1Q9YA 3OY9A 4LFBK 3LWLA 1Y64A 4RW9A 1V4TA 1XC3A 4FSVA 4DV3K 3EKSA 4CF8A 3DYAA 5AQXA 2KQ2A 3A5MC 1WSGA 1T8EA 1BDGA 3M3ZA 5ADXA 1KSPA 5AQZA 1HNXK 5AQKA 5AQIA 1WNSA 5KTQA 1BCMA 4DS5A 2YNGA 1X9WA 3LPTA 3RSEA 4E7IA 4L3QA 2O8DB 2WBNA 2QWNA 3H1QA 4H03B 5AQTA 1NWKA 3VQEA 3JS6A 1RCHA 1BI4A 3P39A 2FBYA 3GOIA 1TAQA 4CBWA 1MWKA 5EOYA 4ELVA 3V9SA 3VETA 2A3ZA 3LP3A 2YCHA 1LW0A 2G8VA 4A5BA 2HMIA 1WBDA 1ATRA 3V9WA 4FL9A 2RHKA 1ZXOA 3AVIA 1U2VA 3QETA 2XY5A 2AJQA 3O9RA 4KHWA 4BDYA 1HQUA 4FW2A 2P9IB 3PX0A 5K14A 3UKRA 4B3OA 1T6CA 2WONA 4CERA 3AVFA 3QEIA 4BGBA 3J7AP 5C15A 1GLDG 3TSQA 1U48A 2GTDA 4G1QA 2VGMA 1EKEA 1YF5L 4FJNA 1Z25A 1JLQA 4M7YA 2PY5A 3RSEB 4ICLA 4PL8A 4DSLA 3FZMA 1T7PA 3Q7BA 1K6YA 1BI4B 4BRMA 4JI2K 4CK2A 3TANA 3QDKA 1GOBA 3VQCA 1RTDA 3SPYA 5GAGP 2PFUA 4Z0UA 3OBYA 5I9EB 5AQMA 1TKXA 2KLAA 5JLHA 3MK6A 1M90O 1VQ5N 4RW6A 4H5VA 1ZC6A 4O5BA 4M63C 1ASVA 1CXUA 2A6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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