2IVNA

Structure of up1 protein
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus abyssi
total genus 115
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA01
1ZBSA 3ZEUB 4BVOA 5BN8A 4BR7A 5AQJA 2CGJA 4BQLA 4BC5A 4CJ7A 1NM1A 4BR2A 1TUYA 3LDLA 5AZJA 2A6AA 3WEEB 2VCPA 2CGKA 3QB0A 3B8AX 3MCPA 4A61A 3A8YA 3QBXA 5AQWA 5B8HA 3GBTA 4ISGA 3VEXA 1NLVA 2CH5A 4BRKA 1XQSC 1HUXA 3FE1A 4JNEA 1HPMA 4WQ5A 5BPNA 2P9KB 4WQ4A 3UE5A 2J4RA 3AAPA 1K8KB 4CZFA 3O4WA 4H03B 4EAHD 4BQZA 2IVPA 1WOQA 2V7YA 3WEEA 1S22A 3IDHA 3ENHA 2D0OA 4B1YB 3HM8A 2CGLA 3FGUA 1XC3A 3D7EO 5F2RA 3UKRB 3A5NC 4DHYA 1YVNA 2P9IB 5BRFA 3CJ1A 3BF1A 1CZAN 1HKGA 3CJBA 3GE1A 3O80A 4EFHA 2ITMA 3FZLA 4XEIA 4BRLA 3JXUA 2V51B 5JLHA 4M7XA 3H1QA 3F9MA 1BWFO 2A5XA 4Y0WA 3ZX0A 5KPTA 4XH5A 5AQLA 3LDPA 1G99A 2GTDA 2ZF5O 2I7PA 3AARA 3R8EA 4WQ5C 3U9ZA 3I8BA 2P9IA 4BVPA 4NO7A 3HSCA 3D2EB 3DXMB 5F0XA 1X9JA 5AQZA 2F9TA 4BGBA 4C23A 2ASMA 4BRPA 2EWSA 2GWKA 3AY9A 2NLXA 2OANA 3BEXA 1TYQA 4BC4A 4WYBA 1BG3A 1MWKA 1Q18A 5AQGA 3P4IA 3WQUA 2WUSA 3CETA 3QFPA 4FOEA 4QS8A 3EKSA 3O1WA 2Q0UA 3EO3A 3HTVA 3QBWA 5LJWA 1NGAA 3D2EA 2QWLA 3U4LA 4IZ9A 2PBDA 4HWIA 5AQNA 4H0PA 5AQPA 3CJ9A 4AM7A 1NGBA 4FO0A 2YHWA 3O1BA 3S41A 4IWVA 2W41A 2ZWHA 3WXKA 3OHRA 1NBWA 3QFUA 1WUAA 5F1XA 1BDGA 4B1WB 3ZETA 4J8FA 1Z05A 4BRQA 2YCHA 4CBUA 4RTFD 4H0OA 4QS7A 2PAVA 3TPQA 5AZIB 3HI0A 4K43A 2ASPA 3I33A 5AQQA 1R59O 1IG8A 4K42A 1V4TA 1T44A 4DB3A 3SJHA 4K25A 4BRCA 3A5LC 3CIPA 1C0GA 2YI1A 3GDQA 1JCFA 4HTLA 5AQTA 3VOVA 4CZIA 1TUUA 5EOYA 2AA4A 1BU6O 4B9QA 1ATNA 1MA9B 3M6GA 4JHDB 3L0QA 3R9PA 3LDQA 3LM2A 5AZIA 3ATUA 4FWPA 4CZGA 1QQOA 2F9WA 3H6EA 1GLJO 1S3XA 3FZHA 3ULEA 3VF4A 4JD2A 1BA0A 5AFUA 2ZGYA 4L3QA 1Z6RA 1E4FT 4DCHA 5JLFA 2YJFA 4MLEA 1E4GT 2HMPA 3BUZB 2QWOA 3W0LA 1EQYA 3VGMA 4CZMA 2FXUA 3WXLA 2FSNA 3A5MC 3VERA 5BR9A 1V4SA 3O5BA 3A5OC 3VEWA 2A41A 4JHDA 2P9NB 4A62A 2P9SB 3GOIA 2GUPA 4CD3A 1NMDA 3SLCA 5FPDA 1QQNA 3VEOA 5EX5A 4CBXA 2GEMA 4B1VA 4B1UB 1HJOA 4KBOA 3ID8A 1GLAG 3FZFA 3MN7A 2NZTA 5KPZA 2HF3A 4H5TA 5KQDA 4EIAA 4A2AA 1KAZA 3J8AA 1SQKA 2FLOA 4FWNA 3MN6A 1QZ6A 4CZEA 4XH1A 1JCGA 2E2PA 3H3NO 2P9NA 2QWMA 4BG9A 2P9SA 1U6ZA 5AQIA 1X3MA 1HLUA 1TYQB 2FSKA 1U2VA 4BR9A 1DGKN 1GLBG 1ATSA 3GG4A 1GLFO 3L4IA 4MO5A 1JCEA 5KPRA 5E26A 3A0IX 1ZC6A 4BRNA 1LCUA 5KQ8A 3H45C 5LY3A 4CZKA 1DKGD 4I6MA 3M3ZA 1OKJA 1RGIA 3BP8A 3QMLA 2QWNA 3EN9A 3M1FA 2E2QA 3VEZA 3KZBA 5BPLA 1NGGA 1GLLO 1P8ZA 2HOEA 5CE3A 3ZETB 4H0TB 4H0XB 4H0VB 4BRFA 5AQYA 3RSEB 2CH6A 2A40A 1GLCG 1NGDA 4IJAA 4GNIA 3IUCA 4PKHA 4H5VA 1T6CA 4BR4A 3O08A 4O5FA 4FWOA 1RDWX 3UB5A 4B1ZA 3CHWA 3L6QA 3SK3A 5ADXH 1MWMA 4FWRA 5JMVA 4XH4A 5E84A 1HKCA 1X3NA 3VPZA 5LJVA 4Z94A 3RSEA 1SAZA 1LOTB 2VWBA 4GY2B 2P9PB 3DWLA 2E1YA 1KAXA 1NGEA 4DQ8A 2QWQA 2YHYA 3O8MA 5AQXA 4JAXA 4BRHA 3ULEB 4CZLA 2QXLA 4RCHA 4JD2B 2E2NA 5AQUA 5FPNA 2E88A 2E2OA 4BG8A 3EZWA 1BOTO 4M7YA 3R6MA 4FSVA 2QM1A 4MO4A 2D1KA 3ZX3A 4BR5A 5JICA 3EL2A 1D4XA 1BA1A 2P9PA 3WXIA 3FFKB 3CJCA 4B1XB 2BUPA 2YHXA 3DJCA 2IIRA 1SZ2A 2UYTA 1J6ZA 3SMSA 4MLHA 3C0BA 3VF2A 3DXKA 1ZXOA 3EKUA 4CZJA 2HF4A 3QICA 1QHAA 5AQOA 3VESA 3LM9A 4M63C 4CZHA 3BF3A 2D4WA 4QS9A 4YDUC 4BGAA 1XUPO 1YAGA 3C7NA 5BN9A 2P9UB 4FL9A 4PKIA 2ZGZA 3W3DA 2Q97A 4FPAA 4BC3A 3ENOA 3CERA 2QW9A 2AP1A 2IVNA 1U2VB 4ISEA 4PL8A 2I7NA 1NGHA 4IJNA 4H5WA 5TKYA 3WUHA 3H46O 4H5NA 3MN5A 2H3GX 3FLCO 3ZEUA 4CD1A 2P9UA 1NGFA 3H3OB 4BR0A 1Y64A 3IMXA 5AQVA 2Q2RA 2YJEA 4I6MB 1YUWA 3KHYA 2GELA 3LDNA 4BREA 4FOIA 4FWKA 4O8KA 1NGCA 2D0PA 3TU5A 1C0FA 2A3ZA 2KHOA 4FWQA 5EY4A 3AAQA 5BPMA 2FSJA 3QDKA 3UKUB 2Q36A 5AQRA 3LDOA 3H1VX 3WXJA 4BRMA 2V7ZA 1DEJA 1H1VA 2ASOA 3GL1A 4BRDA 1QZ5A 3O6WA 3U8XA 2P9KA 1NGJA 3D2FB 3MN9A 4FWSA 4FWMA 3VEYA 1YXQA 1K8KA 2FF6A 5FPEA 3IFRA 1BO5O 4BROA 3MDQA 4K41A 3HZ6A 4RWTA 5AQHA 5BREA 1NGIA 1ESVA 2NRHA 3DAWA 1HX1A 4ISFA 2GWJA 2V52B 2Q1NA 3UKUA 2A42A 3UKRA 4E1JA 4EHTA 3VENA 3MMVA 3CI5A 3VEVA 4BRGA 4EHUA 3CQYA 3G25A 4WQ4C 1T6DA 2P9LB 4CBWA 2VYPA 1QQMA 1ATRA 3D2FA 4BRAA 4IO8A 5BRDA 5AQSA 3U9DA 4PL7A 4A2BA 2IVOA 3VF6A 5FPMA 3VGKA 3FR0A 3KVGA 5BRHA 3FZMA 4CI6A 5I9EB 4H5RA 4JN4A 4YDUA 4AM6A 3CJ7A 3WT0A 1BUPA 5EXWA 3VGLA 3LL3A 2BTFA 4IXCA 4NB4A 3CQXA 2P9LA 3DXMA 2QWPA 2Q0RA 3FZKA 4LC9B 2E20A 1IJJA 1GLEG 3HBTA 1KAYA 3ZX2A 4H0YB 3DXKB 4F9OA 3MK6A 2E1ZA 5ADXA 3VETA 2QWRA 1KXPA 1NWKA 3C7NB 2W40A 4PKGA 2FF3B 4BC2A 2E8AA 4FWLA 1RFQA 3JS6A 5AZJB 1HKBA 5ELZA 5AQMA 3WQTA 3SMPA 3CJAA 4BRIA 2DPNA 5AR0A 1MDUB 4FPBA 3ATVA 5AQFA 5AQKA 1GLDG 5AFUH 5EVZA 2Q31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZEUB 5KGXA 4LF9K 4BR7A 5AQJA 2CGJA 4CFBA 3DRPA 4HCBA 3OS2A 1FJGK 3PO5A 2A6AA 2VCPA 3NCIA 4FXDA 1QS4A 4DV7K 5J2NA 3PIOL 3CCLN 4KRFA 3QEPA 5AQWA 1VSMA 3THVA 4ELUA 3NF9A 4M41A 2G8FA 3OYBA 4JNEA 1JL1A 4WQ4A 3VMFB 3V1RA 2VG6A 4BQZA 3LAMA 1L3TA 1BCOA 3AVGA 3WEEA 4W5QA 3VTIA 4FCYA 4HVJA 3S3NA 4FVMA 4DV0K 3D7EO 3C6AA 3NDKA 3KIOA 4EZ6A 4CHYA 3AV9A 1ZBLA 4B3RK 2HBMA 4CCHA 3BF1A 1CZAN 5HROA 2ITMA 5J1EA 2W6KA 3FZLA 2O8DA 3JXUA 3NF6A 3P38A 3H1QA 4MDBA 3KWIA 3ZT3A 3ZX0A 4JK7A 5AQLA 3LDPA 4KFBA 3SZ2A 1HQEA 1OH7A 1QSLA 4WQ5C 1LW2A 1VRTA 4BVPA 3ASMA 4FJHA 3OS0A 2NRRA 4F3OA 5HBMA 5AQZA 4BGBA 1EKEA 3K9JA 2XY7A 1KCFA 2EWSA 2GWKA 4O0JA 2OANA 2OPRA 2VWKA 1TYQA 4BC4A 5AQGA 3P4IA 2WUSA 3BZKA 4QS8A 4YOYA 4CECA 1J5EK 3OYFA 4CGDA 3F2KA 1S6QA 3J7YP 1Q7YO 4DTUA 3U4LA 4IZ9A 5LMNK 2PBDA 5AQNA 4NLCA 4DUYK 1REVA 3VA3A 2EX3A 3Q7CA 1D9DA 4IWVA 4FK2A 3V81A 3OHRA 1NBWA 2XY8A 4DR5K 4KI4A 1BDGA 5CZ2A 2B4JA 4ILHA 1KQSM 4J8FA 2G8KA 3G4SN 4CBUA 1ASUA 2PAVA 3VQDA 5AZIB 5AJ3K 4GV6A 2ASPA 4EP4A 4CJKA 1UA0A 1R59O 1RDDA 3DRRA 1IG8A 2B6AA 4K42A 1V4TA 4BACA 1L3UA 4JKGB 1ZBHA 3I55N 3OBWA 1KLMA 4BRCA 3A5LC 3SYZA 2OCEA 4FLZA 2FBYA 4HTLA 2X78A 3IAYA 1LAWA 3QINA 1KFDA 3VOVA 1VQ5N 3AO3A 5EOYA 4KHQA 2AA4A 3HP9A 1NK8A 4Z4EA 4B9QA 3M6GA 1RTIA 3MWPA 2VGNA 3R9PA 2KFNA 2BH1A 5HLFA 4DV1K 2HBLA 1GLJO 1TKXA 3AVCA 2HHXA 4MLEA 4DQSA 3PSIA 3CFRA 4FJ9A 3VGMA 3VQPA 2FSNA 1NJYA 3TTCA 5BR9A 4CJSA 2P9NB 4A62A 3GOIA 2GUPA 2W6LA 4CD3A 5KTQA 5CYMA 1C1AA 4HUEA 5EX5A 2GEMA 4FJKA 5JVGL 2HW3A 1M1KO 4KBOA 3ID8A 1GLAG 3MN7A 4B9SA 5KQDA 5T7BA 5I42A 4EIAA 4DF4A 4FLUA 4OO1J 4JKEA 1NOYA 2FLOA 4FWNA 1QZ6A 4CZEA 3ZT1A 3HO1A 1JCGA 1BQNA 2E2PA 3OW2M 1BISA 3NH1A 1WSIA 1X3MA 3TTFA 2KFZA 2DTUA 1HMVA 4BR9A 4JKBA 1DGKN 3TAEA 4IFVA 1B92A 3LP3A 3GG4A 3DLRA 1BIZA 1JCEA 5KPRA 1WAJA 3A0IX 4BRNA 3H45C 5LY3A 4N47A 1FW6A 1ZBIA 2R7YA 3KKRA 3MAQA 3DLHA 3SV4A 4HCCA 2RPIA 4JKFA 3VEZA 1NGGA 2F96A 1Q9YA 1P8ZA 1WSJA 4U67L 5GAGP 3CC4N 5CE3A 3K5NA 3SUOA 3LPTA 2FBXA 4RW8A 4DSEA 5AQYA 2A40A 3TSUA 1NGDA 4DU3A 3IUCA 1KSPA 4E1NA 1HYZA 4JLHA 1XC9A 3HVRA 1RDUA 4E7JA 1T6CA 4C8MA 3ZT4A 4A5AA 3KD5E 1ILYA 3WNGA 3UB5A 2OPQA 5LL6Z 3CCJN 1EX4A 5E84A 1HKCA 3ULDA 3VPZA 1RT5A 3KLEA 3RSEA 4GY2B 3R3LA 4ICLA 1T7PA 4DQ8A 3I0RA 1I94K 3ZT0A 3LP1A 4JAXA 3O9QA 4FJIA 2YNFA 4CESA 4CZLA 2QXLA 3HP6A 4OPHA 5FPNA 1U49A 3VQ8A 4KB1A 3EZWA 2WTUA 4O5BA 4MO4A 3S9HA 4A59A 3PY8A 3LWMA 3V4IA 2RKIA 4C8OA 1RBSA 2OZMA 3WXIA 3FFKB 3J81O 4K0KK 2YHXA 3AA5X 2UYTA 3KLFA 3TAQA 4LY7A 4MLHA 1BI4A 3VF2A 4LH5A 4EP5A 3U6FA 3VQ9A 3BF3A 3LALA 4CIEA 2ZJRL 4DV6K 1XUPO 4AH9A 4LFAK 2P9UB 4K8ZA 2ZGZA 3SUNA 1U48A 5IWAK 1G15A 1U4BA 4M3ZA 3ZCMA 2IVNA 4ISEA 4O8UA 4PL8A 2I7NA 3TAPA 4ZTFA 1EETA 3H46O 2IGIA 4DUZK 3QNOA 2HHSA 3KK7A 3OTOK 3JSMA 4JEPA 3FLCO 1C0TA 1QVGM 1VSKA 3H3OB 4DR1K 1Y64A 4MQ3A 5SWMA 2YJEA 4I6MB 4CJPA 1YUWA 3KHYA 3OYLA 3D6RA 1X9SA 2D0PA 2ETJA 1C0FA 2KHOA 5EY4A 2E6MA 4WF9L 3AAQA 5BPMA 2FSJA 4CEQA 1DT9A 4IO9L 1DEJA 4W5RA 4V19S 3U8XA 4FWMA 3D2FB 3MN9A 3AVAA 5FPEA 3OVNA 4BROA 3QEIA 1ASVA 4KHNA 2KLAA 3J80O 3CXCM 3V9WA 1N6QA 3KWGA 1IV0A 3SBGA 3L8BA 3DAWA 4CIGA 2GWJA 4JI1K 2A42A 3UKRA 4B3SK 3CYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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