2IVNA

Structure of up1 protein
Total Genus 115

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (19-22)S1 (2-7)TIV1 (8-11)AH3 (107-113)S4 (71-77)AH1 (40-62)AH9 (287-300)3H3 (280-282)S3 (23-30)TI2 (33-36)3H4 (306-308)TI7 (312-315)S5 (102-106)S7 (133-139)S8 (142-148)3H2 (114-118)TIV2 (120-123)S6 (124-128)TI3 (129-132)TI4 (252-255)TIV4 (149-152)AH4 (154-165)TI8 (316-319)AH7 (217-243)O1 (321-323)TIV3 (138-141)S10 (196-197)AH5 (171-181)AH6 (199-212)AH8 (258-271)S9 (192-193)TIV6 (192-195)S12 (274-276)TI6 (254-257)S2 (12-19)S11 (247-251)TIV5 (168-171)3H1 (66-68)AH2 (81-98)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus abyssi
publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
total genus 115
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivnA01
3LDLA 3IFRA 5JMVA 3MN6A 2WUSA 5AQWA 1NGCA 1GLCG 2D4WA 2FSJA 1QQNA 3O80A 3VERA 4B1UB 1CZAN 3VEOA 3MK6A 3S41A 3EO3A 3VEZA 4AM7A 2ASMA 4DB3A 3ATUA 2A6AA 1ZC6A 3CJ9A 4O8KA 5B8HA 1S3XA 2P9SB 3U9DA 1LOTB 3VGKA 2FLOA 5AQZA 5FPNA 5BRFA 2YHWA 4H5RA 1SAZA 2HMPA 5BREA 3DJCA 1E4FT 3I8BA 1XUPO 3HI0A 2ASPA 3VEWA 3GOIA 2KHOA 4JD2A 1MA9B 3MN9A 3SK3A 3P4IA 1BA0A 4H0OA 5AQVA 1D4XA 2Q31A 1GLDG 3WXLA 3H3OB 3H45C 4EHUA 4YDUA 4AM6A 3WT0A 2I7NA 1NBWA 4IO8A 3R6MA 3AY9A 4IJNA 3O6WA 5BN8A 1TUYA 3FZKA 4ISFA 2IVNA 2V51B 1HKGA 3GDQA 3R8EA 3UKRB 4HTLA 1Z05A 1GLEG 3VGMA 3WQTA 3D2FB 4BR0A 2P9UB 3BF1A 3ENHA 4QS8A 3G25A 2VCPA 3VF4A 3W3DA 3M6GA 1H1VA 1RFQA 4H0PA 3WQUA 3SJHA 2P9PB 4I6MB 4IZ9A 4YDUC 4BRFA 3IDHA 4FWKA 4BR2A 4WQ4A 4PL8A 2IVOA 2P9PA 2FF6A 5F1XA 4FWMA 5AQTA 3CJ7A 2FXUA 3ZX2A 4CBXA 2QW9A 1IJJA 2P9KB 5AQXA 3CJCA 4BROA 1GLJO 4FL9A 1X3NA 3DXMB 2P9NB 4BRIA 4BVOA 1KXPA 4LC9B 3H46O 2W40A 3DXMA 4M7XA 4BVPA 2P9NA 5BPMA 1Z6RA 3BP8A 4EAHD 4FWSA 4CBWA 2VWBA 4FWLA 1QZ6A 4K25A 2CGKA 1YVNA 1ESVA 4H5NA 4GY2B 1GLFO 4WQ4C 4BRHA 3VEXA 1TYQB 3CQXA 1C0GA 4PKIA 3VEVA 4BRQA 4XEIA 4A61A 1GLBG 1ZBSA 4CZIA 2J4RA 3RSEA 4BRPA 2NZTA 3HM8A 4FWNA 3CERA 4B1ZA 3GG4A 3UE5A 3FGUA 4B1XB 1NGDA 3D7EO 4MO5A 2QXLA 2GTDA 3M3ZA 3ULEA 1NGFA 3DXKB 4H0VB 4DQ8A 3JS6A 2F9TA 3A8YA 3U9ZA 3GE1A 1EQYA 3DXKA 5LY3A 2ZGZA 3FFKB 4A2BA 5BPNA 1DEJA 1NM1A 4E1JA 1DGKN 4BRGA 4K42A 1BUPA 5EXWA 3GL1A 4Z94A 3DAWA 5EY4A 4CD3A 1G99A 1K8KA 3QICA 1HPMA 5TKYA 3MN7A 2QWOA 4M63C 2GELA 4H0YB 3ZETB 3CIPA 3CJAA 4L3QA 4ISEA 2A40A 4BG8A 4XH4A 3EN9A 4CZLA 3ZETA 3O8MA 3KVGA 2ZF5O 4FWOA 2F9WA 2YHYA 1WOQA 3O5BA 2QWQA 3ZEUB 1NWKA 4JD2B 2VYPA 3EL2A 1HX1A 3O1BA 3ZEUA 3ZX3A 3A0IX 3QMLA 3C7NA 1MWMA 2IVPA 5KPTA 1XQSC 3VPZA 5BR9A 2E20A 3EKUA 1QQMA 2E1YA 1YXQA 3VF6A 1OKJA 3J8AA 2D1KA 1IG8A 4ISGA 1J6ZA 4EIAA 3B8AX 3EKSA 3HSCA 3CJ1A 1Y64A 2P9LA 1U2VB 3L6QA 4H5WA 5BRHA 1BO5O 2CGLA 1U2VA 4JHDA 5KQ8A 3ID8A 3ENOA 4CZMA 4H0XB 3O08A 3CI5A 4H5TA 4BR5A 1T6DA 2IIRA 3VEYA 1T6CA 3M1FA 3QBXA 5FPDA 2Q0RA 4B1WB 3IUCA 4MO4A 5E84A 4BR7A 3A5LC 5LJWA 5I9EB 2E2PA 2FF3B 2ZWHA 2A5XA 2YCHA 1NMDA 3QFUA 1Q18A 3D2EA 4FOEA 4BG9A 3AARA 1NGAA 5AQUA 5BPLA 1P8ZA 4HWIA 1JCEA 1TUUA 4BC4A 4QS7A 4BRAA 3CJBA 2QWPA 3GBTA 3H3NO 5AQGA 1BDGA 3I33A 4BR9A 5AQIA 1JCFA 3L0QA 1LCUA 2AA4A 5AQQA 4BGBA 4M7YA 1RGIA 4DHYA 5AZIA 5AQYA 1V4SA 1QQOA 2E2QA 5BN9A 1ATNA 3KHYA 1HUXA 2A42A 2GWJA 3MCPA 1BOTO 3RSEB 4CZKA 1HLUA 3HTVA 1BU6O 3FZLA 3WXIA 3VESA 4BRCA 5AR0A 2EWSA 3BF3A 3FR0A 2P9IA 3BUZB 2V7YA 4WQ5A 3ULEB 2QM1A 1GLLO 3LM9A 5CE3A 3SMSA 3WUHA 4NO7A 2GUPA 3R9PA 2UYTA 4BQZA 4BREA 2Q36A 2E2OA 2YI1A 3FLCO 2CH5A 2QWMA 5AQFA 2FSKA 4WYBA 5AZJA 4JN4A 1K8KB 4CZHA 3A5OC 5AQRA 5KQDA 1SQKA 4B1YB 2PAVA 3ZX0A 1GLAG 2NRHA 4WQ5C 5ADXA 1BG3A 4Y0WA 2BTFA 4CBUA 2Q0UA 4BRDA 4JAXA 4BRKA 4RWTA 3A5NC 3SMPA 4FPBA 4IWVA 1U6ZA 1KAZA 5AQOA 4BRMA 4FO0A 3MN5A 3O1WA 4CD1A 4DCHA 5EOYA 4GNIA 3HBTA 1RDWX 2FSNA 3TPQA 4BGAA 5AFUA 5KPRA 4BC2A 5AQPA 1NGIA 4H0TB 3C7NB 4H03B 5AQJA 2Q1NA 2AP1A 3VF2A 2V7ZA 1HKCA 1C0FA 3HZ6A 4BR4A 4KBOA 4MLEA 3H1VX 5EX5A 4BRLA 4FWRA 2P9SA 2P9LB 1QHAA 4H5VA 3U8XA 3LDPA 3TU5A 4JHDB 2BUPA 1YAGA 3LDNA 2V52B 4EHTA 3AAQA 4FOIA 2OANA 1HKBA 4CI6A 3IMXA 1WUAA 1JCGA 4FSVA 3VETA 5LJVA 3QFPA 3BEXA 2DPNA 4BRNA 1ATRA 4FWPA 4IJAA 4RCHA 3UKUB 2CH6A 2D0PA 3EZWA 4A62A 1T44A 2E8AA 3FE1A 4EFHA 1NGEA 4BC5A 2A41A 3UKUA 1SZ2A 3D2EB 5AQSA 3U4LA 4PKHA 5JLFA 4CZEA 2HF4A 4CZFA 3FZMA 4B9QA 3SLCA 1KAXA 2ITMA 3ATVA 4C23A 4B1VA 4J8FA 1NGHA 2H3GX 3L4IA 3O4WA 2Q2RA 3UKRA 1S22A 1ZXOA 3VOVA 3D2FA 3CHWA 2P9UA 2NLXA 5AZIB 3MDQA 1KAYA 2HOEA 3UB5A 2QWLA 2QWNA 1DKGD 3W0LA 3A5MC 5JLHA 5AQKA 3QB0A 3CQYA 1BA1A 4I6MA 1NGGA 3OHRA 3VENA 3WEEB 5ELZA 5ADXH 1QZ5A 1X3MA 1MDUB 1NGJA 5AQHA 4XH5A 3WEEA 2P9KA 4XH1A 4K43A 5FPMA 2ASOA 5EVZA 3JXUA 4RTFD 2P9IB 4FPAA 4K41A 4BQLA 4CJ7A 3FZHA 1X9JA 2A3ZA 3FZFA 4QS9A 5AQMA 4PL7A 2E1ZA 2GWKA 1R59O 5AFUH 2Q97A 2HF3A 3CETA 1ATSA 3AAPA 2GEMA 3H6EA 5F0XA 1E4GT 4IXCA 4A2AA 4CZJA 1MWKA 3KZBA 5JICA 1TYQA 5AZJB 5BRDA 4JNEA 2PBDA 4CZGA 4BC3A 5E26A 1YUWA 1BWFO 1V4TA 3LDQA 1HJOA 2E88A 5F2RA 4MLHA 2E2NA 2W41A 3QBWA 2YJEA 5FPEA 3LDOA 4NB4A 3LL3A 2ZGYA 3LM2A 5AQNA 1NLVA 3WXJA 4PKGA 3MMVA 2YHXA 5KPZA 3C0BA 4FWQA 4O5FA 5AQLA 3WXKA 2CGJA 3DWLA 3VGLA 2QWRA 2D0OA 2I7PA 3H1QA 1XC3A 4F9OA 1NGBA 3F9MA 3QDKA 2YJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GOBA 3LDLA 3IFRA 2VG7A 2WC9A 4KB1A 3OBYA 3NAEA 2D4WA 1FJGK 3VERA 4DU1A 4JRPA 3S41A 4JEPA 1T3VA 4AM7A 2ASMA 4DB3A 4U7BA 2A6AA 3CJ9A 5B8HA 3EZ5A 1Z26A 1LOTB 2E6LA 3VGKA 2D5RA 5JS2A 1NOYA 4QOZB 5FPNA 5BRFA 4H5RA 3QEPA 1BHLA 4I9QA 1IKWA 2UUCK 3VQ5A 3TTCA 4FJLA 3J7AP 2ASPA 4DTXA 2HHTA 4RG8A 3VQQA 5GAHP 1MA9B 2HB5A 1JL2A 3BY5A 4TSXA 5AQVA 5M1OA 5KRTA 4HUFA 1GLDG 4JI3K 3H3OB 4EHUA 5FRNA 4WE1A 4YDUA 4AM6A 2ZJQL 2I7NA 1NBWA 4IO8A 1UAXA 4KHSA 3HXMA 4E7KA 2Z1GA 2W6KA 4I9LA 3R8EA 5CYQA 3UKRB 4E7IA 1Z05A 5C2FA 4BR0A 3BGRA 3BZKA 2G8IA 1RTHA 1JJ2M 3VF4A 1WAFA 3P31A 1NKCA 1ZBIA 4W5OA 2P9PB 4YDUC 4BRFA 1TK8A 3NE6A 3V9SA 4PL8A 1S6QA 2BGGA 4N5SA 2UUAK 1TL1A 4JK9A 3DXMB 5JVHL 3DLEA 3IS9A 2W40A 2P9NA 1VQ9N 4CEEA 3BP8A 2VWBA 3LZJA 3AGKA 4K25A 3LALA 3CG7A 4M3WA 2P5GA 1QTMA 4C8LA 1EWQA 4DV4K 3QO9A 1WSGA 5JVGL 3OYDA 3AA2A 4BRQA 3KWGA 3L3UA 2HHWA 5I3UA 1VQ5N 1KVAA 3OY9A 4J2AA 1VHXA 3O9TA 3DLHA 4FWNA 3CERA 2BH1A 4B1ZA 3FGUA 1VRTA 3M3ZA 4DTNA 1TV6A 1WSHA 1L3VA 2F9TA 4KKOA 4FVUA 3GE1A 4FJMA 5CYMA 4DQQA 2ZGZA 3V6DA 4A2BA 1DGKN 4BRGA 3TAEA 2QKBA 4ZTJA 3P5JA 1BCOA 3BDPA 3GL1A 3PO5A 4FM0A 2W42A 1K8KA 3OS2A 1HPMA 5TKYA 3E01A 1BIZA 2QWOA 2GELA 4M63C 4H0YB 3ZETB 4L3QA 4GV9A 1LWFA 2G8KA 1QSYA 4XH4A 3O8MA 3KVGA 1ASWA 1S1UA 2NUBA 2F9WA 1W97L 2D0CA 3ITHA 3NVKA 3THYB 5J2NA 3VTHA 1NWKA 4JD2B 1J5OA 2VYPA 3OYNA 2A1SA 3ZEUA 3QMLA 3SCXA 1XQSC 3O9UA 2F96A 4HCBA 1WBBA 4DG1A 1QSLA 2E20A 1QQMA 2E1YA 1VAZA 3G6EN 4JKCA 3J8AA 1S9GA 2HNYA 4RW6A 2NRVA 4G9ZA 3B8AX 2IOCA 4X62K 2X74A 5BRHA 1SV5A 2JLEA 1BI4A 4JHDA 5KQ8A 3SQ4A 3ENOA 3TTFA 4H4MA 3O08A 3ALYA 2HHVA 4BR5A 2IC3A 2IIRA 4DLGA 3NVMA 2Q0RA 4FVMA 3OJUA 5E84A 4NXNK 2GX9A 1KSPA 1NKEA 4BR7A 5LJWA 4KFBA 3VQ9A 4DF4A 2FF3B 2ZWHA 1GOAA 4CFBA 4JKAA 1IBKK 3VQEA 1RDDA 1RDBA 4C1NK 4FOEA 3MXMA 1NGAA 1P8ZA 2PFUA 1TKTA 1TUUA 4QS7A 4CJ5A 4A59A 3L2UA 4DTJA 4M42A 4B9TA 4CEQA 1CZBA 4DHYA 1HMVA 2JWLA 4KPYA 1VSIA 2VGNA 1V4SA 4W5NA 5DMRA 1NK0A 1ATNA 3KHYA 1NK7A 2GWJA 4F8RA 1BOTO 1HLUA 4FK0A 4FK4A 2F8TA 1EKEA 4LF7K 3WXIA 4BRCA 5AR0A 1WB9A 4WQ5A 4DU4A 4C1NI 2QM1A 3SMSA 3WUHA 4NO7A 4E7HA 3EEQA 3S3MA 1KRPA 2UYTA 4BREA 3BZCA 2HNDA 4DQRA 1RBTA 2QWMA 5AQFA 4BDPA 5AZJA 4EP5A 2KZZA 3LPTA 4JN4A 3M8RA 3PY8A 5KQDA 4B1YB 1M1KO 3CMAN 3IAYA 1KTQA 4DTSA 4WQ5C 5DK5A 4FLVA 1YVUA 4JAXA 4GV3A 4R79A 3SMPA 4IWVA 1U6ZA 5AQOA 4BRMA 3MN5A 2EX3A 2NRWA 2RHKA 4DCHA 2YKMA 1IBMK 4B08A 3HBTA 3L3VA 4H0TB 3WXMB 3N4PA 1C1BA 3WNEA 1Q86O 1QSSA 2QEXN 4AHCA 3F73A 1C0FA 3ASMA 3HZ6A 4JKEA 1CXUA 4BR4A 4X64K 4CF9A 3M8PA 1N6QA 1QHAA 4V19S 3U8XA 2ZQBA 4IOAL 4LH4A 1D5AA 4Z0UA 4E7JA 3TAGA 4CJFA 2WFBA 1Q82O 1CZ9A 2FC0A 2V52B 3AAQA 3MCAB 2P1JA 4LY7A 4MDBA 1WUAA 4O4GA 3VETA 3KWIA 4FLXA 4DV1K 1ATRA 2CH6A 2D0PA 3FE1A 2E8AA 3QESA 4B3OA 3TI0A 3PX0A 3D2EB 3SQ0A 4CESA 2KZMA 4CZEA 3HM9A 4CIGA 1KAXA 2ITMA 4ICLA 4J8FA 4R5PA 1S22A 1M90O 1JLEA 3VOVA 1C6VA 3MAQA 2P9UA 4ILHA 4CJPA 1KAYA 3UB5A 1YJNN 2FBVA 2QWNA 4N47A 1HNXK 3LPUA 3CQYA 3DLKA 5HROA 3SV3A 4NCGA 3ZSZA 3NF8A 5ADXH 1EETA 1X3MA 2UXBK 1L3TA 2VQFK 3AVNA 2ASOA 2X6SA 1YI2N 5D3GA 2DFHA 4CJ7A 4M3RA 1I3AA 2HVIA 4IFYA 3ZSWA 4PL7A 2GWKA 5AFUH 2Q97A 3CETA 1HNWK 1K9MO 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4CJRA 3OA9A 1RT3A 3KJVA 4LC9B 3WNFA 3H46O 1NJWA 4JI0K 1WNSA 4M7XA 4BVPA 2OPPA 5BPMA 4YOWA 4EAHD 2ZJPL 4FWLA 4M3ZA 4BE1A 3CPWM 3V9UA 1ESVA 4NYFA 2VGMA 4KO0A 1GLFO 4JKDA 4Q0BA 4WQ4C 3VEXA 4CIEA 1OH8A 4JI4K 1X9SA 1C0GA 3F9KA 3HL8A 3MX2A 1GLBG 3OYBA 5GADP 4ID5A 2J4RA 1IO2A 2Y1JA 3TSUA 3H08A 3CM6A 3GG4A 3UE5A 3RR7A 3O3HA 4B1XB 3D7EO 3NBPA 3AVCA 4J2EA 3OYFA 3ULEA 4AHSA 5AJ3K 1NGFA 4H0VB 3IRXA 1F21A 3JS6A 3SBGA 1JLAA 3A8YA 3DXKA 3FFKB 1KVCA 4E1JA 4LFBK 5T7BA 2OA8A 4ELTA 5EXWA 1A5WA 5M1KA 3DAWA 4C8OA 5EY4A 3KTQA 4FYDA 3OYMA 4FJGA 4BG8A 2A40A 3OBWA 4DSJA 4DUZK 2ZF5O 4CK1A 1S1XA 1N32K 1OVQA 4DSEA 1JLGA 2WBNA 1EP4A 4JI1K 4JLHA 3SUPA 2O8EA 4WFAL 1VSKA 2QWQA 3QEVA 3ZEUB 3EL2A 1HX1A 4FZYA 3A0IX 3C7NA 1MWMA 2IVPA 5KPTA 2DFFA 1BGXT 3KK2A 4GMJB 4B3TK 1YXQA 1OKJA 4DFPA 1E3MA 3RMAA 3G71N 3THXB 1J6ZA 4EIAA 2HHUA 2A1RA 1NU0A 1RTDA 1BI4B 3L6QA 1SKRA 4RW4A 4Z4FA 2KFNA 4E7LA 3ZSRA 1U2VA 3DM2A 1EXQA 4CF0A 4H0XB 2YNIA 3CI5A 3SZ2A 1T6DA 4JKBA 3M1FA 3VQ6A 1RDAA 5M1PA 3EYZA 1RTJA 3DLRA 4MO4A 5SZTA 2F4VK 4F3TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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