2IVPA

Structure of up1 protein
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
325
structure length
325
Chain Sequence
MLALGIEGTAHTLGIGIVSEDKVLANVFDTLTTEKGGIHPKEAAEHHARLMKPLLRKALSEAGVSLDDIDVIAFSQGPGLGPALRVVATAARALAVKYRKPIVGVNHCIAHVEITKMFGVKDPVGLYVSGGNTQVLALEGGRYRVFGETLDIGIGNAIDVFARELGLGFPGGPKVEKLAEKGEKYIELPYAVKGMDLSFSGLLTEAIRKYRSGKYRVEDLAYSFQETAFAALVEVTERAVAHTEKDEVVLVGGVAANNRLREMLRIMTEDRGIKFFVPPYDLCRDNGAMIAYTGLRMYKAGISFRLEETIVKQKFRTDEVEIVWH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An Archaeal Orthologue of the Universal Protein Kae1 is an Iron Metalloprotein which Exhibits Atypical DNA-Binding Properties and Apurinic-Endonuclease Activity in Vitro.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus abyssi
total genus 114
structure length 325
sequence length 325
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2ivpA01
3GL1A 2ZGZA 4CZFA 4EAHD 3D7EO 3AAPA 2UYTA 1NGDA 3QFPA 4FO0A 4FWSA 4PKHA 1NGEA 3EN9A 5KPRA 3U9DA 4DHYA 3DJCA 3GOIA 3MMVA 1H1VA 4BGAA 3FZMA 5BRDA 4I6MA 4YDUA 3TU5A 1TUYA 5ADXA 4FPBA 2ASMA 4O5FA 4JAXA 5E84A 2P9SB 2W40A 4FWMA 2F9WA 3GE1A 1DKGD 1SZ2A 1Q18A 3U9ZA 3P4IA 5EOYA 1X3NA 4FOIA 1P8ZA 4RCHA 5AQIA 3WXKA 4MLEA 3C7NA 1JCGA 2NRHA 4K42A 4WQ5A 3O5BA 3QBXA 5AZJB 3VF6A 4BR0A 3SJHA 5AQPA 5TKYA 2GELA 3WXIA 3I33A 3MCPA 4BRIA 3FZKA 2AA4A 4CZGA 5AQNA 2EWSA 3BF1A 1HKCA 2D4WA 4DCHA 3O4WA 1C0GA 1ZC6A 2FLOA 5AQWA 3H3NO 4CD1A 5AFUA 4CZIA 2E20A 3W0LA 4EHUA 3KZBA 4BR4A 1XUPO 1MDUB 3AAQA 5F1XA 1QZ6A 1NGBA 2E8AA 5AQFA 4FWPA 4CBUA 3O08A 3EKSA 1Y64A 3DXMA 1KXPA 3RSEA 2GWJA 1NGJA 2QWOA 3B8AX 4GY2B 4H0VB 5AQMA 4BQZA 1NGIA 3G25A 4I6MB 1JCFA 4PL7A 3L6QA 3VEOA 3ATVA 5F2RA 5AZIA 3HBTA 3O80A 2GEMA 3UKRA 3F9MA 2E1ZA 4GNIA 3JS6A 1MA9B 1ATSA 3H6EA 5EXWA 1X9JA 3C7NB 2P9UA 3M6GA 1D4XA 4LC9B 3R6MA 5FPNA 4ISGA 1SAZA 3HZ6A 5ELZA 3ZETA 3VGLA 1E4GT 1HKBA 4CZEA 4JNEA 5JICA 5AQQA 4WYBA 3VEVA 4H5VA 1BUPA 4M63C 2A5XA 2CH5A 3FGUA 3QICA 2D1KA 1ZXOA 1NGCA 3EZWA 1WOQA 2H3GX 5JMVA 2QW9A 3W3DA 4CBWA 5AQVA 5AQZA 3O6WA 3DXMB 3MDQA 1RGIA 3RSEB 1KAXA 4FWRA 3O8MA 2E2QA 3ATUA 1KAYA 4FOEA 5LJWA 2YHYA 5E26A 3A5MC 4QS8A 2E2OA 5AZIB 1GLCG 3GDQA 3UKRB 4CZHA 3MN5A 1HX1A 2YJEA 4MO4A 5JLHA 3H1VX 1CZAN 4B1YB 3CQXA 4H0OA 5CE3A 3WQTA 5AR0A 2P9UB 4AM6A 3MN6A 4FWNA 4NB4A 1U6ZA 5FPEA 3LDNA 3ZETB 3FZHA 1QQNA 1GLDG 3WQUA 3ENOA 3DXKA 3MN7A 2I7PA 2YHXA 2P9LA 2QWPA 4BRNA 2W41A 3IFRA 4MLHA 3ZEUA 3VESA 3A8YA 4L3QA 4BRQA 4A2AA 5KPZA 1KAZA 4BRAA 4M7XA 4FPAA 3R8EA 3H1QA 1NMDA 4JHDA 3D2EA 5BRFA 2YJFA 4AM7A 1U2VA 3BP8A 4H5NA 5AQLA 1EQYA 4A2BA 3A0IX 4BG8A 4K43A 3BF3A 3CJAA 3ZX2A 2BUPA 2IIRA 1BU6O 1GLJO 2P9PA 1J6ZA 3CJCA 4BRKA 3IDHA 2PAVA 1NWKA 3GG4A 3AARA 3KVGA 1NM1A 3FE1A 3QB0A 1MWMA 5AQTA 4RTFD 3AY9A 3DXKB 4EHTA 1ATRA 2P9KA 3VGKA 2P9LB 3IMXA 3OHRA 3A5OC 1GLEG 3A5NC 4A62A 1ESVA 4HTLA 3WT0A 3WEEA 3FLCO 1BA0A 3ZEUB 1YUWA 4RWTA 3ZX0A 4HWIA 4XH4A 2Q31A 2A42A 5BRHA 3CJ7A 3KHYA 5I9EB 5KQDA 3HM8A 2CGJA 5EVZA 3VEXA 3VGMA 2ASOA 1K8KA 3LDOA 1DGKN 2GTDA 4JHDB 3HI0A 2CGKA 3D2EB 3GBTA 4FSVA 4XH5A 3UE5A 4CZKA 4CZJA 1U2VB 3WUHA 1V4TA 4FWQA 1NGHA 1BOTO 2HF3A 4B9QA 1S3XA 1NGGA 5AQRA 5ADXH 1BWFO 4B1XB 2ZGYA 4ISFA 1HKGA 3O1BA 2P9PB 3IUCA 4BRFA 2A6AA 2FF3B 3FR0A 4WQ4C 4K41A 2D0PA 5LY3A 4IJAA 2VYPA 2YI1A 1QHAA 3VEZA 4IWVA 3JXUA 2NLXA 3U8XA 3VENA 4BRMA 2QWRA 3QMLA 2P9KB 4JD2A 2IVPA 1YXQA 4QS7A 3ID8A 2P9NA 3WEEB 4BREA 3VEYA 3LDQA 5BREA 5AQXA 2DPNA 1HLUA 2FXUA 2I7NA 5JLFA 2VWBA 4BROA 1TYQA 4FL9A 4H0XB 4BRCA 2F9TA 1QQOA 2QWNA 1QZ5A 5AFUH 4BRLA 1S22A 2GUPA 1GLBG 5BN8A 3LDLA 1K8KB 1BG3A 5AQOA 2WUSA 3CI5A 3WXJA 2Q97A 3LM9A 3VPZA 4ISEA 3CJBA 3CJ1A 2YCHA 2E2PA 3VEWA 3SLCA 4WQ4A 1MWKA 3R9PA 3TPQA 3H3OB 4BRPA 2E88A 4NO7A 4J8FA 1IG8A 3QFUA 2D0OA 4BC5A 1T6CA 2QWQA 3D2FA 1OKJA 4H0PA 1NLVA 3MN9A 4EIAA 2V7ZA 5BR9A 5BN9A 2A40A 1Z6RA 1YAGA 4BR7A 4KBOA 4JD2B 4Y0WA 3WXLA 4H5WA 3SMPA 2HOEA 4IO8A 3UB5A 2OANA 1QQMA 2P9NB 5FPMA 4FWKA 3CHWA 3ENHA 3S41A 2P9IA 5F0XA 1RDWX 2QWMA 1WUAA 2ASPA 4CD3A 4PKGA 1TYQB 3VF2A 3CQYA 3LDPA 1GLAG 5EY4A 3BUZB 4E1JA 1ZBSA 3A5LC 1E4FT 4H0TB 5KQ8A 4IJNA 4H0YB 4XH1A 2E2NA 1Z05A 4BRHA 2HMPA 5EX5A 3UKUA 4DB3A 4IXCA 4BC4A 2V52B 4BC3A 1RFQA 3SMSA 1DEJA 1G99A 2A3ZA 2FSNA 4BGBA 4BQLA 1XC3A 4EFHA 1IJJA 5BPNA 4BC2A 2PBDA 3CERA 4MO5A 3FZFA 1YVNA 4PKIA 5AQHA 4BG9A 3D2FB 1HUXA 3EKUA 1GLLO 3C0BA 4F9OA 2V51B 4QS9A 1LCUA 1BO5O 1JCEA 2BTFA 4H5RA 5AQUA 4CZMA 1C0FA 2FSJA 2QM1A 4FWOA 2Q36A 2A41A 4B1UB 2Q2RA 3H45C 3VETA 2P9IB 4FWLA 2Q0RA 3CJ9A 3U4LA 2FF6A 3CIPA 3ZX3A 4B1VA 3HSCA 4A61A 4IZ9A 3VOVA 2V7YA 4BVOA 1T44A 4DQ8A 2ZF5O 4K25A 3H46O 3UKUB 3ULEA 1NGAA 2GWKA 5KPTA 4XEIA 5AQKA 2QWLA 2QXLA 1GLFO 3L0QA 5AQSA 5BPMA 1ATNA 3DAWA 3VF4A 3HTVA 3QDKA 1SQKA 1T6DA 1HPMA 3VERA 2CGLA 4H03B 3LL3A 3EO3A 3EL2A 3FZLA 1NGFA 5AQYA 3SK3A 4B1WB 4CBXA 3BEXA 4BR9A 5LJVA 2Q1NA 2IVNA 3O1WA 3L4IA 2Q0UA 3M1FA 2P9SA 2YHWA 4H5TA 1BA1A 5AQJA 2E1YA 2CH6A 2AP1A 3FFKB 3J8AA 4CJ7A 2ZWHA 3LM2A 3MK6A 4YDUC 4CI6A 4PL8A 2HF4A 4Z94A 1X3MA 4CZLA 5AZJA 4M7YA 4BR5A 4C23A 1HJOA 1XQSC 1TUUA 2VCPA 5FPDA 3DWLA 2FSKA 2J4RA 3CETA 3QBWA 1NBWA 2NZTA 5B8HA 4B1ZA 4BR2A 4WQ5C 2ITMA 4BVPA 2IVOA 3I8BA 3M3ZA 4O8KA 4BRGA 5AQGA 4BRDA 2KHOA 1R59O 4JN4A 3ULEB 1BDGA 1V4SA 1LOTB 5BPLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZFA 4NXMK 1RDCA 1WSHA 3QFPA 3T1HK 4FO0A 4FWSA 4GKJK 3HJFA 5KPRA 2A1SA 4HHTA 4DHYA 2HHXA 3GOIA 2FBVA 4B08A 4CEDA 4YDUA 1TUYA 1WLJA 5HOOA 2P9SB 4X62K 2O8CB 2W40A 4FWMA 4B9NA 1G15A 1S1TA 4CEAA 1Q18A 4UQGA 3LP3A 3SQ2A 3T19A 3PX4A 5HL7L 1NKCA 3C7NA 2NRZA 1RDBA 3NF9A 1S1VA 4DV0K 2G8UA 3I33A 2P5OA 3MCPA 2EWSA 2BH1A 4DV1K 2RE2A 4IG3A 4Z0UA 4H8KA 1WAJA 3O4WA 1ZC6A 4M42A 2YHAA 3NBPA 1Q81O 3H3NO 4CD1A 4FK2A 3AVFA 2E20A 3W0LA 1MDUB 5F1XA 4IFVA 3OYLA 4GVMA 3O9RA 3EKSA 1RILA 1KXPA 3NGYA 4PA1A 2W6LA 3B8AX 4GY2B 3G25A 1RBUA 5M1NA 1UWBA 5AZIA 1RTJA 3HBTA 4DR5K 2GEMA 3F9MA 3KK1A 1BI4B 3QEIA 3LWMA 1ATSA 1TK5A 1Z26A 3M6GA 4FJ7A 3SZ2A 1XHZA 1KSPA 1HQUA 3ZSWA 3VGLA 3E1YA 4JK9A 4RG8A 4YOXA 4YFUA 4CHNA 3WXMB 5JICA 3RMDA 3E66A 4WYBA 1W0HA 4KHPK 2Q3SA 2A5XA 3L2WA 3Q7CA 1TKDA 4FM1A 1ZXOA 1M1KO 2I5JA 2Y1JA 2E6MA 2QW9A 5C10A 3CCEN 3AA2A 3LZIA 3RSEB 4FLYA 3O8MA 3V9ZA 2YHBA 2RPIA 2YHYA 3J7YP 2OA8A 1ASVA 2HBLA 3A5MC 4QS8A 3RMBA 4DTJA 4B1YB 1CZAN 3CQXA 3CFOA 3WQTA 5AR0A 4GKKK 1F21A 1KC8O 5FPEA 3K2PA 3TABA 3LDNA 3CC2N 3FZHA 3K9KA 3KD5E 1FK9A 3DXKA 3MN7A 1YITN 3ZLJA 2QWPA 3RR8A 2GV9A 3NVMA 2Y1IA 4E7IA 2UXCK 3KK7A 3A8YA 1HMVA 2KQ2A 2W42A 3AVKA 4DQIA 4CF9A 5JVGL 4CJFA 5DMRA 3H1QA 3AVCA 3OYGA 2GBZA 1XMOK 4C8OA 3KWGA 1JXBA 5AQLA 1WSEA 1FKPA 3CF5L 1EO1A 5CYQA 4A2BA 4BG8A 4HVJA 4K43A 5LMNK 3BGRA 3CJAA 3DLHA 2BANA 1YIJN 1S6PA 1BU6O 3K5OA 3IDHA 3TSUA 2XY6A 3KVGA 4DQPA 3J7AP 4RTFD 1T8EA 1BCMA 3OHRA 3A5OC 1J5EK 3MX2A 1R0AA 3AO5A 3WEEA 1HNZK 3C6AA 3ZSYA 1YUWA 3PIOL 3QNNA 1HYVA 4GMJB 2CGJA 3THYB 4GV6A 1T03A 1TL1A 1XNRK 1K8KA 1DGKN 3GBTA 3D2EB 2KZZA 2KW4A 4OX9K 1V4TA 3VQEA 3SV3A 3L2RA 1NGHA 1N36K 1S3XA 3CCMN 1D9FA 4JI2K 1BWFO 4DFMA 4FJHA 4NYNA 2VG7A 3KJVA 2RN2A 4ISFA 1WNSA 3O1BA 2P9PB 2UUBK 1C0UA 4MQ3A 2KKZA 3FR0A 4WQ4C 5J2PA 2D0PA 4W5TA 2YI1A 4OPJA 4IWVA 5GAHP 2NLXA 3F2KA 4BRMA 4DV7K 2OTLN 3QMLA 3KIOA 4JD2A 4KO0A 3SPZA 3P39A 4JK7A 1J9AA 4FZZA 3VTHA 1OH6A 1NU0A 3K9JA 5AQXA 4CJTA 3PO5A 2I7NA 1VQLN 4H0XB 2F9TA 1KLMA 1QZ5A 4BRLA 4CGDA 4F8RA 4Y1CA 4CGGA 4PQUA 5J1EA 1NKBA 1RDAA 3CJ1A 2B5JA 2YCHA 4KPYA 3VEWA 4KHSA 3M5RA 2PZSA 3AA3A 1QTMA 4J8FA 2D0OA 1T6CA 4E7KA 4H0PA 5A2QO 4IO9L 4XIUA 3TR8A 5HRNA 1YF5L 1Z25A 4EIAA 4B3SK 3OYCA 2A40A 2HHVA 4KBOA 2HMIA 2JGUA 4Y0WA 1E3MA 3WXLA 4H5WA 1QQMA 3S3NA 3LWLA 4DS5A 3HVRA 1NJYA 5F0XA 1WUAA 2ASPA 4CD3A 1KVBA 3NE6A 3EZ5A 4F3TA 3AA5X 1GLAG 3NGZA 4LF4K 4CJRA 4O44A 3A5LC 4ZTJA 4E7JA 4RW7A 2FBYA 4H0TB 5KQ8A 4IJNA 1N5YA 2G8VA 4CEQA 3OTOK 4KRFA 4BQLA 3K5NA 1WBDA 4E7LA 4BC2A 3CERA 4OLAA 4PKIA 4CVNE 4RW9A 1LW2A 4BG9A 4M3WA 4GV9A 4YOYA 3EKUA 2IOCA 1GLLO 4DR2K 4KI4A 4F9OA 3EE9A 1QSSA 3H08A 5AQUA 3AVIA 4DLGA 4FJ5A 4FWOA 3PO4A 3B6PA 2A41A 3VETA 4CJSA 2Q0RA 1VSEA 2F96A 4YORA 2FF6A 1TAQA 3CIPA 3ZX3A 2O8BA 4M3UA 5GINA 3C95A 1L3VA 2O8FA 2V7YA 4YNQA 4DSEA 1T44A 4M41A 3QETA 4K25A 1IKWA 3H46O 3IRXA 3UKUB 4X65K 4KH5A 3ISNC 1ASWA 2RHKA 4ZHRA 4DR4K 2QWLA 3L0QA 3CCUN 3VF4A 3JSMA 3HTVA 5KGXA 1HPMA 3C6UA 2CGLA 4H03B 4K8XA 4CBXA 3EL2A 5AQYA 3BEXA 1QE1A 1VQMN 3SNNA 4X64K 2ZE2A 3Q7BA 2OPPA 3UIQA 1EWRA 3NVKA 5IWAK 4H5TA 4ELUA 2ZJQL 3FFKB 3J8AA 1GOAA 2O8DB 4U67L 1YJWN 4F2RA 1DTQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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