2J4RA

Structural study of the aquifex aeolicus ppx-gppa enzyme
Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSNSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (17-20)AH2 (57-77)S1 (9-16)S3 (33-42)TIV2 (28-31)AH4 (116-131)S2 (20-28)AH1 (49-52)TI1 (44-47)TII1 (46-49)TIV4 (87-90)AH3 (94-107)S4 (82-86)TI4 (90-93)TI2 (88-91)TI3 (89-92)S7 (147-153)TIV6 (223-226)AH6 (182-198)TI5 (143-146)S6 (136-142)S9 (205-209)TII'1 (153-156)AH10 (270-285)S8 (156-163)AH5 (167-174)TIV5 (177-180)AH8 (238-250)AH7 (211-221)S10 (234-237)TIV7 (227-230)TIV9 (229-232)TII2 (231-234)TI6 (260-263)AH9 (253-259)TIV10 (267-270)3H1 (265-267)AH11 (297-303)S5 (112-113)TIV8 (228-231)O1 (164-166)S11 (289-292)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
pubmed doi rcsb
molecule keywords EXOPOLYPHOSPHATASE
total genus 97
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2j4rA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 2j4rA02
4WYBA 4M7YA 2HF4A 5FPMA 4QS9A 4CJ7A 2P9LB 1JCEA 3QFPA 4I6MB 3VEOA 3F9MA 4FWKA 1RGIA 2NZTA 3A5NC 2WUSA 4EAHD 3ZEUA 1ATNA 4RCHA 5EX5A 4XEIA 3CJ9A 2W40A 5AQLA 2FSKA 3WQUA 3ZX3A 3ID8A 4BRQA 1GLJO 3A8YA 3QICA 3VERA 4EHTA 4B9QA 4FWLA 1SQKA 4CZIA 4DQ8A 4BRMA 2FF3B 2NLXA 4CZFA 4CZMA 5AQTA 5BRFA 1SZ2A 5I9EB 2E88A 3ENHA 5F2RA 4BC2A 1TYQA 3M3ZA 4A2BA 4BG9A 3M6GA 1NLVA 3CI5A 1C0GA 1NWKA 4H5WA 4BQLA 1QQOA 3U8XA 3SK3A 4JNEA 4FL9A 3EKSA 3C7NA 3MMVA 5AZJA 4CBWA 3SMPA 2V51B 3SMSA 4CZGA 3VENA 1OKJA 2QWQA 1GLFO 3HSCA 4GNIA 3L4IA 1IJJA 3UKUA 4XH4A 1J6ZA 4YDUC 3U9DA 2Q0UA 3MN9A 2A42A 1Z05A 4H0VB 1NGGA 1LOTB 3ATUA 4BRDA 3LL3A 1T44A 3ATVA 1S22A 1Z6RA 4MO5A 4PL7A 3CETA 2YHXA 2YCHA 5AQVA 4K25A 2QXLA 3EZWA 2E2QA 1XUPO 4AM6A 3IMXA 2E1YA 4JN4A 3QBWA 1NMDA 5LY3A 2VCPA 2QWNA 5AQJA 4A61A 2PBDA 1BU6O 4O5FA 1YAGA 2QWPA 5EXWA 1JCGA 3B8AX 2ASPA 3IUCA 3U4LA 3UB5A 5EVZA 3G25A 1YUWA 3LM9A 3FZLA 3ZEUB 5AQGA 4ISEA 2Q36A 5B8HA 2Q1NA 2V52B 4Z94A 3FZMA 4B1UB 1HPMA 3VETA 1QQNA 4B1XB 5KPTA 5AQXA 4M63C 2ASOA 3GG4A 5AQPA 3MDQA 4BR4A 4WQ4A 4MLHA 4BR5A 3P4IA 2GTDA 1TYQB 3SJHA 2AP1A 5LJVA 2YHYA 1D4XA 1HKGA 5BPMA 3KZBA 3AAPA 4NB4A 5BR9A 1P8ZA 2J4RA 1T6DA 2YHWA 3GDQA 4H0XB 2CGLA 2IVOA 3C7NB 3OHRA 5AQOA 5AZJB 4BG8A 4L3QA 3O5BA 4IZ9A 4BRAA 1S3XA 3ENOA 5JLHA 2A40A 4BC4A 1NBWA 3QMLA 3UKUB 5AQFA 4HTLA 3H45C 1ZC6A 4PL8A 3VEXA 4FO0A 3UE5A 1HKCA 4IJAA 3CJ7A 1QQMA 3LDOA 3LM2A 2P9UA 2A6AA 4H5TA 2CH6A 1T6CA 4FWSA 4BRPA 2ZGYA 4BVOA 1MWMA 4CZEA 4QS8A 5ADXA 2H3GX 2VYPA 3VGLA 2FXUA 2E2OA 1NGEA 3H1QA 1GLCG 2E8AA 1GLLO 1X9JA 3D2EA 1Q18A 4BRKA 3ZX0A 1K8KB 3J8AA 4FWRA 4A2AA 3QBXA 4H5VA 1BG3A 4FWOA 3VPZA 5BN9A 3O8MA 3DWLA 3L0QA 2V7ZA 3FLCO 4CZLA 3HM8A 4GY2B 4BVPA 1ZBSA 4E1JA 4MLEA 2GEMA 2Q31A 3I8BA 3R8EA 4EHUA 4NO7A 3BF1A 2FSJA 5BREA 4IWVA 4H5NA 3CJCA 1NGBA 3DAWA 4M7XA 4IO8A 3H46O 3D2FA 4BGBA 3CQXA 3IDHA 1HLUA 4BRFA 4BR2A 2F9TA 4A62A 4B1ZA 1NGJA 4K41A 4B1VA 1CZAN 5AQIA 4FWMA 2ZWHA 4FPBA 5CE3A 4H0PA 2P9NA 4FOEA 5AQNA 5ELZA 5AQSA 1MA9B 4CZHA 2I7PA 4ISFA 1U2VA 5FPNA 2E20A 3LDPA 1QZ6A 1MWKA 3ULEA 4WQ4C 3MN7A 1X3MA 4CD3A 2P9IA 3A5LC 5AQZA 1NGFA 3MK6A 4JHDA 4CZKA 3O08A 4WQ5A 3ZETA 4EFHA 3A5OC 1E4GT 3VF4A 2Q97A 3W3DA 1R59O 2QWRA 2P9LA 2YJEA 4CBUA 3GE1A 2GWKA 3D2EB 4F9OA 1ATRA 1H1VA 3HTVA 1GLEG 1HX1A 2Q2RA 4CBXA 3QFUA 1JCFA 2FF6A 1NGIA 1V4SA 2Q0RA 3MN6A 1KAXA 3I33A 4B1WB 1X3NA 2IIRA 1WOQA 1E4FT 4FPAA 4FWQA 5FPDA 1NGCA 4J8FA 4BREA 3MN5A 3R9PA 3VF6A 3WXLA 3CQYA 3VEZA 5BRDA 4PKIA 5AQWA 1DGKN 3R6MA 1MDUB 1IG8A 3A0IX 5AQKA 4PKGA 5EY4A 4FWNA 1HKBA 4BROA 1Y64A 3D2FB 3DXKA 2QWOA 3LDQA 4FWPA 4XH1A 2D0PA 3FE1A 3JXUA 4BC3A 5AQQA 3CJ1A 5AQRA 3QDKA 2CGKA 2FSNA 3RSEA 3O80A 3IFRA 2P9NB 2QM1A 2D4WA 5JLFA 5TKYA 2KHOA 1NGAA 3MCPA 1XQSC 2VWBA 1TUUA 3FR0A 2A5XA 2AA4A 2IVPA 1U2VB 1YVNA 5AZIA 4DHYA 1RDWX 2ITMA 3ULEB 2E1ZA 3SLCA 2CGJA 3GOIA 2QWLA 4BRGA 2UYTA 1YXQA 4CI6A 2I7NA 1QHAA 3GL1A 2W41A 3VGMA 2P9IB 1TUYA 1DKGD 2CH5A 4JHDB 3TPQA 4B1YB 3ZETB 2OANA 3S41A 3AAQA 3VOVA 1ZXOA 4JD2A 5AQYA 1KAZA 4Y0WA 5AR0A 2P9SA 4KBOA 5AFUH 1HJOA 3DXMA 1XC3A 3LDNA 1GLDG 4BR7A 4C23A 4DCHA 3D7EO 4XH5A 2PAVA 1NGDA 3JS6A 5F0XA 4K42A 5AQHA 1RFQA 4CD1A 2HF3A 1BOTO 2GELA 2P9KA 3WEEA 3WXJA 1GLAG 3EN9A 3VGKA 3FZKA 4WQ5C 5AFUA 3CERA 3CJAA 2P9PA 4BR9A 3M1FA 5F1XA 1WUAA 3HZ6A 3FGUA 3O6WA 5JICA 3EKUA 1BUPA 2YJFA 1BA1A 2ASMA 3AARA 3DXKB 3VF2A 5E26A 2HMPA 3TU5A 5LJWA 2ZF5O 1LCUA 3LDLA 3CHWA 3VEWA 1G99A 1KAYA 5KQDA 5BN8A 1DEJA 3UKRA 1NM1A 2GUPA 4QS7A 3RSEB 3VEYA 5BPNA 2P9UB 3ZX2A 4JAXA 5KQ8A 1EQYA 2QWMA 4I6MA 3VESA 4H0TB 2QW9A 5AZIB 1BDGA 4IJNA 3CJBA 5BRHA 3W0LA 4H0YB 3WXKA 4RTFD 1BA0A 2D0OA 1K8KA 1KXPA 3BUZB 4K43A 4MO4A 4CZJA 3H6EA 4AM7A 2YI1A 3WUHA 2GWJA 4FOIA 4JD2B 4YDUA 4BRNA 3VEVA 1HUXA 3H3NO 3A5MC 3KVGA 4IXCA 2P9SB 4H0OA 4BGAA 3DXMB 1BWFO 3O1BA 1SAZA 4BRLA 2E2PA 2F9WA 4PKHA 3EO3A 4BRHA 5AQUA 2BTFA 3AY9A 5EOYA 4BRIA 2EWSA 3KHYA 1C0FA 2HOEA 4H5RA 4RWTA 2D1KA 2IVNA 2ZGZA 1ESVA 3BEXA 4O8KA 3FFKB 3BP8A 2P9KB 3C0BA 3QB0A 4LC9B 3DJCA 3WEEB 3WXIA 3O1WA 5FPEA 5E84A 1NGHA 3EL2A 2P9PB 2BUPA 3HI0A 3H1VX 4EIAA 5JMVA 4BQZA 5KPZA 3CIPA 5KPRA 3O4WA 3L6QA 1U6ZA 2A41A 5BPLA 2FLOA 2A3ZA 4ISGA 1ATSA 4HWIA 2NRHA 3H3OB 3FZFA 3WT0A 4BRCA 3U9ZA 3HBTA 1QZ5A 5ADXH 3FZHA 2V7YA 5AQMA 1BO5O 4DB3A 4BC5A 2DPNA 2E2NA 4BR0A 3UKRB 4H03B 1GLBG 3BF3A 3GBTA 1V4TA 3WQTA 4FSVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGXA 4CHOA 2P9LB 1XNQK 3ZEUA 1ATNA 1EO1A 4RCHA 1NK6A 4DTSA 4XEIA 4CEDA 1BISA 3RMCA 3WQUA 1SV5A 3ID8A 1GLJO 3QICA 3VERA 4Q5VA 1SQKA 3KWIA 1VQNN 1Q8IA 3ISNC 3V4IA 5C10A 1SKRA 5AQTA 4FLWA 3NVKA 1U48A 2E88A 3CCSN 4CHYA 3KJVA 1W97L 4DQQA 2O4IA 4KHNA 1NLVA 4H5WA 1A5WA 4BQLA 1CXUA 1VRTA 1RDUA 3SK3A 3OY9A 3EKSA 4GMJB 3THWB 3QIOA 3EE8A 1VQ9N 3AVAA 3ZT2A 4GNIA 4LSNA 3L4IA 1IJJA 4DF4A 4KFBA 1QS4A 3QETA 2UXDK 4DWIA 1JL1A 1LWCA 5LL6Z 4IG3A 3O3FA 4DU1A 3OW2M 4DSJA 4H0VB 1NGGA 1WB9A 3ATUA 3NMUA 5IWAK 4PL7A 4DFMA 4B3SK 2P51A 4K25A 1ASUA 1XUPO 4IOCL 4CJQA 1SL0A 2YV0X 3AVNA 3AVLA 1QVFM 4FJ5A 4BE1A 4BE0A 3OYGA 2VCPA 4FLUA 2ATQA 1S1WA 5H1SQ 1TAQA 2OPSA 1QTMA 4LH5A 3K5OA 2O8EB 2BH1A 4WE1A 3G25A 2HHWA 1YUWA 3VTHA 3HPOA 1A5VA 5B8HA 2JWKA 3C6TA 1B9DA 2NRWA 3G10A 4L8RB 4Q0BA 5FRNA 1TKZA 5AQXA 4DV4K 3GG4A 4KI6A 3TTDA 3P4IA 4LF5K 3SJHA 4B9NA 3KLHA 4F8RA 1HKGA 2IGIA 4DSIA 3AAPA 2J4RA 2YHWA 3GDQA 4C8OA 1IKVA 3KLEA 3C7NB 5AZJB 4DV1K 4BDPA 4L3QA 4BRAA 3ENOA 1JLAA 5JLHA 4CGJA 2OZMA 4CJLA 4A5AA 3HK2A 4HTLA 4ZTJA 4AHVA 1ASWA 4IJAA 3VQ4A 3VQ7A 3CJ7A 1QQMA 4X62K 2HVHA 1QSYA 1T6CA 1G15A 5ADXA 4KAZA 1LW2A 3HVTA 3LP2A 2E2OA 2P5GA 1GLCG 2E8AA 4J2EA 2B5JA 1RDDA 3AVCA 3O4NA 4FWRA 3QBXA 3Q7CA 3CXCM 3VPZA 2OPQA 4A59A 5IT9O 2FBTA 2ZM6K 4IFVA 3FLCO 4GY2B 3SI6A 1WLJA 4J2BA 3TSPA 1KC8O 2WBNA 4JEPA 3K9JA 3MX2A 4MLEA 5BREA 1HMVA 3BF1A 4IDHA 2O8DA 2WOMA 4JRQA 3M5RA 3HXMA 3VTIA 1XMQK 4W5RA 3CQXA 3IDHA 1HLUA 2JWLA 3KK1A 4CEFA 2UUCK 1CZAN 4FWMA 4FLZA 4B9MA 4IEIA 3VQ6A 1BI4A 4DTRA 4OGCA 5ELZA 5AQSA 3VQBA 1FW6A 4CZHA 1SUQA 3DRRA 3MXIA 4ISFA 1K8AO 1QZ6A 4WQ4C 1GOAA 3IRXA 3THYB 4FLTA 3QLHA 3HOSA 3SNNA 1O1WA 4KH5A 3MK6A 4CF1A 3AGKA 1E4GT 2Q97A 2QWRA 1NKCA 4C8LA 3THXA 1OH5A 2GWKA 1D9FA 4KTZA 5HRRA 4DTMA 3PX0A 4O0JA 3QFUA 3OYKA 3OVNA 3OYMA 3NGIA 2O4GA 3SBGA 1KAXA 4DSLA 4HUEA 4CJEA 1X3NA 3NF7A 4LSLA 1ZBFA 3AGRA 2RHKA 3MX5A 3KK3A 4J8FA 2HHXA 4CJWA 3R9PA 3J80O 4C8NA 5BRDA 3VEZA 2OTLN 4CF8A 3NHGA 1TAUA 1NOYA 3R6MA 1MDUB 4FJ8A 4N76A 3P39A 4FWNA 3NBPA 1HYSA 1Y64A 3D2FB 1L3TA 3LDQA 4XH1A 1YITN 3JXUA 4BC3A 5AQRA 1VRUA 3VQPA 2FSNA 1Y97A 3V81A 2QM1A 5M1QA 3VQ5A 1RDCA 4CESA 3ULDA 3TARA 1KD1O 3MCPA 1XQSC 2KZZA 2YKNA 3FR0A 3M8RA 3Q7BA 4KB0A 1RDWX 3ULEB 3MWPA 3C6HA 2CGJA 4BRGA 4DSKA 2W41A 4OKKA 3ZT0A 2P9IB 1DKGD 2CH5A 3ASMA 4JHDB 3TPQA 4FZXC 1T3VA 1TKTA 3TR8A 1JLQA 3QNNA 2PYJA 3VOVA 4OLAA 4ILGB 3HPHA 3L8BA 1HNIA 5GAGP 4J2DA 1NK9A 1WSJA 3DXMA 1XC3A 1GLDG 3D7EO 2HHSA 4B8CA 2QTDA 5F0XA 5AQHA 4I2QA 4CD1A 2HF3A 1WNSA 4CERA 1T8EA 4WQ5C 5AFUA 3CJAA 3V1OA 5HRNA 3WNFA 4DMNA 3M1FA 4FZYA 1NK7A 4N41A 3R1XA 4RW4A 5JICA 4NXNK 3RMBA 1HPZA 1RCHA 4M3RA 3T1HK 1S1TA 3D45A 4DTNA 4V19S 3TU5A 5LJWA 1SKWA 2HBMA 5M1PA 3QERA 4JK8A 1DEJA 5E41A 4KTQA 2PY5A 4DV0K 5BPNA 2P9UB 4M3UA 3EZ5A 4B3TK 3CCUN 4PQUA 4E1NA 2QWMA 4E1MA 4I6MA 4G1QA 4CIFA 3AVMA 4CF0A 3I0RA 4H0TB 5J2PA 2ZE2A 4ICLA 4DQPA 4LF8K 3RMAA 1Q82O 1KXPA 4CEZA 4K43A 4MO4A 5C2FA 1TKDA 1YI2N 1UA1A 4GV9A 3VEVA 1U47A 3H3NO 3S9HA 3DLHA 3KVGA 4IXCA 3LWMA 5M1FA 2P9SB 3MEDA 3QIPA 4JS4A 4WFAL 5AQUA 2PZSA 3AY9A 4BRIA 2EWSA 4H5RA 3KIOA 2D1KA 2ZGZA 3BEXA 1IH7A 3IAYA 3P1GA 3C0BA 4LC9B 2Q3SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4LF4 K;  5HRO A;  1L5U A;  3DYA A;  3VES A;  3SPZ A;  2B4J A;  3E9P A;  2QW9 A;  4DFJ A;  5AZI B;  2OYQ A;  5HOO A;  1BDG A;  2G8U A;  3B6P A;  4RTF D;  1UA0 A;  2D0O A;  1K8K A;  3KD1 E;  4CZJ A;  1W2B M;  3ZSY A;  3ZT1 A;  1VQ5 N;  1T03 A;  4W5O A;  4OX9 K;  3TAE A;  4AM7 A;  2I5J A;  4OPA A;  2YI1 A;  1YT3 A;  4YDU A;  4BRN A;  3WNE A;  3RR7 A;  4H0O A;  1KTQ A;  3AA2 A;  1BIU A;  3OA9 A;  5CHI A;  4BRL A;  1SAZ A;  2XY7 A;  2E2P A;  2F9W A;  4PKH A;  3B6O A;  4BRH A;  4AQY K;  4DS5 A;  2YNH A;  3CC7 N;  2Z1G A;  3FFK B;  1NNE A;  3DJC A;  1XMO K;  1BGX T;  4DSF A;  3EL2 A;  4KHP K;  1ILY A;  2P9P B;  4JKD A;  3QEW A;  3O4W A;  3L6Q A;  1RT6 A;  3DRS A;  2DTU A;  4Z4I A;  3NH2 A;  3U3G A;  5C42 A;  3FZF A;  3HBT A;  3FZH A;  3LP0 A;  4RW6 A;  4Z4H A;  2GUI A;  2VG7 A;  2E2N A;  3UKR B;  4H03 B;  3V6D A;  3TAF A;  4R79 A;  5GAD P;  3O9R A;  4FSV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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