2J4RA

Structural study of the aquifex aeolicus ppx-gppa enzyme
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSNSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the Ppx/Gppa Phosphatase from Aquifex Aeolicus in Complex with the Alarmone Ppgpp
pubmed doi rcsb
molecule keywords EXOPOLYPHOSPHATASE
molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 97
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2j4rA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 2j4rA02
1NLVA 2CH6A 4I6MB 1TYQA 5AQUA 4CBUA 5AFUH 4H03B 4JHDA 3WT0A 2A6AA 4EIAA 5E26A 2YI1A 1U6ZA 2F9WA 4FWSA 4PL7A 3O08A 1QQNA 3RSEA 2ZGZA 5B8HA 3OHRA 3FZMA 5FPDA 2P9NA 3JXUA 5BN8A 1YAGA 1Z6RA 3TPQA 1YXQA 1KAYA 5ELZA 1JCEA 3O4WA 3FFKB 2H3GX 1H1VA 3C7NB 3UKUA 3ID8A 3MMVA 2CGLA 5BRDA 4GY2B 5EVZA 4CZMA 1DGKN 4JNEA 4RTFD 2D0OA 1K8KA 3MN7A 3O6WA 5AQGA 2NZTA 1E4FT 3R8EA 1HJOA 4IWVA 5AQSA 3GE1A 1RGIA 3AARA 4BR0A 2BTFA 3VESA 5AZJB 1BOTO 1YUWA 1X3NA 2P9IB 2P9SA 1IJJA 1BA0A 2YCHA 4FWLA 1J6ZA 3VGLA 2YHXA 4WYBA 3QDKA 5EX5A 1NGAA 3CQYA 4FOEA 2IVNA 3R9PA 5AQTA 2V52B 1GLLO 2GELA 4IO8A 1MA9B 5AR0A 3C0BA 3L4IA 4PKGA 5TKYA 4H0PA 4A62A 4LC9B 5JMVA 4CZGA 1ATRA 4FSVA 3C7NA 3GBTA 4IJNA 1D4XA 4ISFA 2AP1A 3QFPA 2GUPA 2YJEA 2D0PA 4Y0WA 4RCHA 3D7EO 3VF6A 3MCPA 3I33A 1S3XA 1BA1A 1LCUA 1BWFO 1NMDA 3CIPA 3WXJA 4RWTA 1NGFA 2I7PA 3DWLA 4FWNA 5EXWA 3I8BA 4FWQA 5ADXA 3ZETA 1XUPO 2D4WA 4MLEA 4EFHA 1E4GT 4BC2A 3VEOA 2QWRA 1JCFA 5FPMA 3HBTA 3IDHA 4CZFA 1HKGA 4PL8A 1GLFO 3KZBA 3VENA 5AQNA 1GLEG 5AQRA 4BQZA 1TYQB 3CETA 1GLDG 2P9PA 2ZWHA 4FWRA 1EQYA 4JHDB 2YHYA 4BROA 3B8AX 3HI0A 3U8XA 4JD2A 2GWJA 5AQZA 4BG9A 2FSNA 3EO3A 2A3ZA 4CZEA 2QW9A 1C0GA 2P9NB 4BRAA 3U4LA 1KAXA 3MN6A 5AQFA 4B1WB 1JCGA 3W3DA 4C23A 2HF3A 2Q1NA 2E2PA 1BUPA 3M1FA 2A42A 1QZ5A 2CGKA 5BN9A 5AQPA 3UKUB 3ATVA 2KHOA 3W0LA 4Z94A 3QFUA 5EOYA 2VCPA 3EN9A 3H3NO 1GLBG 1IG8A 3LDOA 1NGCA 4B9QA 3LDNA 4BRLA 2A5XA 4WQ5C 2P9SB 3A5LC 5AQYA 4BR5A 3ZEUB 1Y64A 2IVOA 3GL1A 5FPNA 2WUSA 1HKCA 3VF2A 5JLFA 4B1ZA 4BRPA 2V7YA 1MDUB 3VEYA 4HTLA 4K43A 4F9OA 4BVPA 1SQKA 4IJAA 4BRHA 2FF6A 3ENHA 4CZKA 2QWMA 2PAVA 5ADXH 3QMLA 2I7NA 5AQOA 3S41A 4BR9A 5KQ8A 3FLCO 4A2AA 3FZFA 1C0FA 3U9ZA 2V7ZA 3L6QA 1T6CA 4NB4A 3VEXA 5CE3A 2GEMA 1Q18A 3UB5A 2P9KA 3GG4A 4B1VA 3ZX2A 1ATSA 2W40A 5BRFA 1NM1A 3LDPA 4H0VB 2V51B 2E1YA 4CD3A 1NBWA 3ZETB 3ZX0A 2BUPA 2CGJA 4CZHA 4M63C 4CD1A 3ZEUA 3LM2A 4K41A 2FXUA 3A0IX 1QQMA 4BREA 2P9LA 2P9UA 3D2EA 1U2VA 3O5BA 3IUCA 4AM7A 3ZX3A 3ENOA 3A5MC 1TUUA 4JAXA 3G25A 3A5OC 2P9PB 3O80A 3WEEA 3BF1A 3AAPA 2Q97A 3CJBA 1GLJO 4H5VA 4BG8A 2YJFA 4YDUA 3KVGA 4JD2B 1NWKA 4BRNA 4BRFA 1NGDA 3H1QA 3UE5A 1SAZA 1NGBA 1P8ZA 3F9MA 3ULEA 3AAQA 4H5RA 4CI6A 3QB0A 3UKRA 3MN9A 1T44A 3QICA 1KAZA 2QWPA 4H0XB 4FWOA 3EKUA 1MWMA 1GLAG 3BF3A 2UYTA 5AQJA 3LM9A 3IFRA 5AFUA 2W41A 3WXIA 4BRCA 3QBWA 4FOIA 4JN4A 5EY4A 1SZ2A 2A41A 1T6DA 2E1ZA 3A8YA 4L3QA 4E1JA 3LDLA 4BR2A 5JICA 3VGMA 4BRIA 1HPMA 3HTVA 4FPAA 4QS8A 3MDQA 4B1UB 2E8AA 4IXCA 3SJHA 4H0TB 2D1KA 4MLHA 2A40A 5E84A 3JS6A 4XH4A 5KPTA 1Z05A 2FLOA 4J8FA 4DHYA 1X9JA 3ATUA 2F9TA 3FGUA 5LJVA 2QWQA 2E2OA 2IVPA 4FWMA 2VWBA 2IIRA 4DCHA 3FE1A 4O5FA 4BC4A 4CZLA 5KPZA 5AQMA 2ITMA 2EWSA 3VOVA 3L0QA 3H3OB 1S22A 4B1YB 3EL2A 2CH5A 1KXPA 4PKHA 4BC5A 1DKGD 2P9KB 2VYPA 4BVOA 1WOQA 4H0YB 2ZF5O 1TUYA 5AQLA 3WQTA 3HM8A 3DXMB 4K42A 1CZAN 4FPBA 1NGJA 3VGKA 3WXKA 3O8MA 3VERA 3U9DA 4AM6A 5AQHA 2DPNA 4MO5A 2P9LB 2P9UB 3D2EB 1U2VB 4KBOA 2NRHA 3QBXA 4XH5A 2QWOA 3FZHA 1V4SA 2QXLA 4EHTA 4WQ4A 3CJ7A 3DXKA 4BC3A 3H6EA 5F1XA 3GOIA 4BRKA 3WEEB 4XEIA 3H45C 5BR9A 3SMPA 5AZIA 1HLUA 4ISGA 4HWIA 1QZ6A 3MK6A 1ATNA 4BGBA 3H46O 3LL3A 4FWPA 5AQXA 3O1WA 3M6GA 1ZBSA 5KQDA 4CZJA 1X3MA 4GNIA 3EZWA 4CZIA 2AA4A 3ULEB 2PBDA 3SMSA 3UKRB 4M7YA 1QQOA 3FR0A 4A61A 4BRGA 2ASMA 1XQSC 4WQ4C 3CERA 4BR4A 4K25A 4BRQA 4CBXA 3DXMA 5F0XA 2J4RA 3VEWA 3O1BA 4IZ9A 5AQKA 4A2BA 4BRMA 2Q36A 5BPLA 5AQIA 1R59O 2E20A 5BPMA 4O8KA 3SK3A 3D2FA 1BU6O 1HUXA 2FSKA 2FSJA 5JLHA 4I6MA 2GTDA 5FPEA 3FZKA 3CJ1A 3VETA 2FF3B 1NGGA 1WUAA 5BREA 5BPNA 2E2QA 5LY3A 3CQXA 4BGAA 4NO7A 1NGEA 3HZ6A 4EHUA 5KPRA 2QWLA 2GWKA 2Q2RA 4BQLA 3IMXA 1G99A 4H5NA 4BRDA 3SLCA 4CBWA 5LJWA 2NLXA 3BP8A 2QWNA 3CJAA 4YDUC 3CI5A 5AQVA 2E88A 4XH1A 1MWKA 3VEVA 2ASOA 4QS7A 1GLCG 4FL9A 2ASPA 2HMPA 1XC3A 3CJCA 4QS9A 5F2RA 3CHWA 1BDGA 4BR7A 4H5TA 1LOTB 5AZJA 2QM1A 2P9IA 5AQWA 4CJ7A 2Q31A 3EKSA 3MN5A 3CJ9A 1HX1A 5AQQA 1V4TA 3DXKB 3WQUA 2HF4A 3BEXA 4ISEA 3FZLA 5AZIB 4M7XA 3LDQA 3DJCA 3WXLA 1HKBA 4FWKA 1BO5O 5I9EB 1QHAA 4DB3A 3M3ZA 3TU5A 1RFQA 3H1VX 4PKIA 1ZXOA 2Q0UA 3VEZA 1ZC6A 3BUZB 3RSEB 1DEJA 1YVNA 3HSCA 3GDQA 4WQ5A 2OANA 4MO4A 1RDWX 4H5WA 4EAHD 4FO0A 1NGHA 3WUHA 2E2NA 1OKJA 2ZGYA 3P4IA 4H0OA 4B1XB 3DAWA 4DQ8A 3J8AA 2Q0RA 1ESVA 3VF4A 2YHWA 3KHYA 5BRHA 3VPZA 1NGIA 2HOEA 1BG3A 3A5NC 3R6MA 3AY9A 1K8KB 3D2FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ3A 4I6MB 1RTJA 5AQUA 1U04A 1WSJA 3V1OA 2WC9A 2P5GA 4I2PA 4EIAA 3QLHA 2YI1A 2F9WA 3QEPA 1J9AA 3NF8A 5B8HA 3VMFB 3HVTA 4DF8A 3JXUA 5BN8A 2OPPA 1VSEA 4Z4FA 3J81O 5GAGP 4JS5A 1VQ9N 1JCEA 4HUFA 5J1EA 4DQRA 3RMAA 4KHWA 3O4WA 4X66K 3WXMB 5CYQA 1H1VA 4DU4A 1VQ5N 3MMVA 5BRDA 4FK4A 5EVZA 1DGKN 4CGFA 1QS4A 3O6WA 5LMNK 1E4FT 3R8EA 3GE1A 2BTFA 1X3NA 1LAVA 4CK2A 1RDBA 4JI2K 2YHXA 4WYBA 5EX5A 4BE2A 3I55N 3R9PA 5AQTA 1XMQK 4FW2A 2GELA 3CYMA 1NK7A 5AR0A 3F9KA 4FJIA 3L4IA 1NJIO 4LC9B 4KHQA 4YY3K 4LFAK 3C7NA 1YI2N 3GBTA 4ISFA 4KI6A 4JK8A 4LF6K 2GUPA 1U48A 4LH5A 3IRXA 3MCPA 2UUBK 4DG1A 3QNNA 3CIPA 1BWFO 1Q7YO 4DSLA 1NGFA 3DWLA 4FWNA 2G8IA 1CZ9A 2D4WA 4MLEA 4EFHA 4XIUA 3O9QA 2ZE2A 5J2PA 5FPMA 3VQ5A 3HBTA 4GKKK 1NK4A 4CZFA 1HKGA 4PL8A 3L2WA 1JKHA 1GLFO 1NJWA 3TWHA 5AQNA 2XY5A 4FZYA 3AVKA 1XNRK 4LD0A 2ZWHA 4FWRA 2FBTA 1VSMA 4DF4A 4ELVA 2GWJA 3F73A 4E3SA 3CMEN 3OYDA 3DLEA 3LWMA 4DR1K 4KHPK 4B1WB 1JCGA 4JI4K 5EU7A 4YOXA 1BUPA 1JLFA 4CK1A 3SNNA 4BDPA 2A42A 1QZ5A 2CGKA 4C8NA 4C8KA 2KHOA 3W0LA 1VQ6N 2DFEA 3OYGA 1GLBG 1IH7A 1HNZK 4GVEA 5KRTA 4B9QA 3TTCA 2A5XA 5GAEP 5HRPA 2OTLN 3ZEUB 3QETA 4PQUA 5FPNA 5DMRA 4CJUA 3PX4A 1B9FA 4F9OA 1S1WA 4KAZA 1SQKA 3ENHA 5AQOA 2I7NA 4AF1A 1TVRA 3HJFA 3O4NA 3QINA 1U45A 1C0FA 3U9ZA 3J80O 4Q5VA 5HRNA 4FJJA 5CE3A 1NK0A 1DTQA 4WE1A 3HT3A 1RT3A 3EZ5A 1QHTA 2KTQA 2PYJA 2E1YA 1NBWA 2HW3A 3ZX0A 3LZIA 1MU2A 4BE1A 1KVBA 1NJZA 4CCHA 1K8AO 4OLBA 3IUCA 1TGOA 3LP3A 1TUUA 2ZJRL 4JAXA 2B6AA 3A5OC 1N8RO 1GLJO 1FW6A 3RR7A 1QVFM 1VK0A 3SQ1A 4KH4A 3SUNA 4RW4A 4E7HA 4Z4HA 3E1YA 3TABA 4H5RA 1P90A 3QB0A 2VGNA 1RNHA 3MN9A 3OYLA 3AA2A 4H0XB 4B9LA 4J2AA 3LAKA 4EZ6A 2O4GA 4FWOA 3WNFA 4KHSA 2UYTA 3VQPA 1N6QA 4CEQA 3IFRA 1Q9XA 3V1QA 2KZZA 2KFZA 4DV5K 3WXIA 3JSMA 3PY8A 4TSXA 2IAJA 2F96A 3VTIA 4HCCA 4E1JA 1RT4A 1EWRA 1RTDA 1WSIA 3MDQA 3O3HA 4LFBK 5I42A 4PA1A 3Q7BA 4CJEA 3VA3A 4H0TB 2D1KA 4F8RA 3RR8A 2FLOA 4J8FA 3NDKA 3CCVN 1NJYA 1X9JA 3ATUA 4DU3A 3A2FA 5LJVA 2QWQA 5C15A 4FK0A 3SAFA 4BC4A 4PWDA 1HMVA 2ITMA 2KW4A 3TAGA 4AH9A 3VOVA 3OS0A 4Z4CA 2CH5A 4M3UA 3V9XA 1E3MA 1KXPA 3EE8A 4PKHA 4E7KA 2G8VA 5C2DA 1DLOA 3ZSWA 1S9GA 3R1XA 4DWIA 1FKPA 3DXMB 1CZAN 4K42A 3VGKA 3SI6A 3WXKA 4CJPA 3U9DA 3OYJA 4J2DA 1XHXA 4E7IA 5LL6Z 1VQNN 3KD1E 4WQ4A 5C25A 1NKCA 3GOIA 3KLGA 4CHPA 3RVCA 4IEIA 4DR6K 1QTMA 3MK6A 3P31A 1S72N 1YF5L 3O1WA 3M6GA 1JXEA 3KWIA 4DFPA 1KFSA 3M8SA 1I39A 4GNIA 5GIPA 2IOCA 4M7YA 4NLCA 3BGRA 3FR0A 1X9SA 2IGIA 1OH8A 4AHTA 3JAMO 4BRQA 3TAEA 3DI6A 5C0YA 4MDAA 3SUOA 5I3UA 3PIPL 4CEFA 3O1BA 3THXA 4A2BA 5AQKA 3O3FA 4CFCA 4DV0K 4MDBA 5GAHP 3E66A 3NFAA 5BPMA 3SPZA 4O8KA 5JS1A 3CF5L 3CCRN 2DTUA 2E6LA 1BU6O 2FSJA 3THYB 1SKRA 1RDCA 1NOYA 4HVJA 4O8UA 5FPEA 3FZKA 3VETA 3AVNA 5AJ3K 4O4GA 1K9MO 4BGAA 4NO7A 3IAYA 4N56A 3THVA 2ZJPL 4JKGA 2GWKA 3V9UA 3PX6A 4DR7K 3KIOA 1TL1A 3SBGA 3IMXA 4CERA 4CF0A 1BL3A 4CJVA 3VQAA 4BRDA 3SLCA 5HL7L 4HHTA 4NLBA 4YOWA 3S3OA 3CJAA 3HO1A 1RT5A 2HBMA 3O9UA 3VQ6A 4GV3A 2Q3SA 3AVMA 4DSJA 3DLRA 3CJCA 4QAGA 2KKZA 4QS9A 4K8ZA 3RMDA 2E5LK 4B9VA 3K5NA 2P9IA 4A59A 3NH0A 4CGJA 4EP5A 3OBYA 3ZT1A 3JYTA 3KLHA 3WQUA 4IO9L 4ISEA 1S1VA 4FJNA 1FXXA 4DLGA 4M7XA 3WXLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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