The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
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| total genus |
17
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PFU A; 2JWL A; 2JWK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M7X A; 1M1K O; 1U2V B; 1T8E A; 4MDA A; 4B8C A; 3L2R A; 2O8C B; 3FZM A; 3VEY A; 4ID1 A; 5AQU A; 3HP6 A; 3KLI A; 2GEM A; 2OPP A; 2JWK A; 3OY9 A; 2G8K A; 4CFC A; 1K8A O; 3H6E A; 3K5O A; 3VGL A; 2P9I A; 1TK8 A; 2JLE A; 3CFR A; 4HUF A; 2A40 A; 4JK9 A; 2ZE2 A; 3SLC A; 4WQ5 C; 2FC0 A; 1V4T A; 4OGE A; 3R9P A; 3SPZ A; 3QBW A; 4JKG B; 3OVN A; 2HNY A; 1X9M A; 2P9K B; 4CIG A; 4JKA A; 3MN9 A; 2F8S A; 2OAN A; 3HL8 A; 2Z1H A; 3IFR A; 2W6K A; 2UUB K; 2I7N A; 1Y64 A; 1J5O A; 5DMR A; 4YOW A; 4B1X B; 2R7Y A; 1A5X A; 2BUP A; 5KRT A; 4AHV A; 4DV0 K; 1RT4 A; 3AAQ A; 5KTQ A; 4DV1 K; 4FM2 A; 4LFA K; 2HHT A; 4JYA K; 4N41 A; 3E66 A; 4B9M A; 3L4I A; 3K0S A; 4IOX A; 3OYL A; 3NF7 A; 2WON A; 3DWL A; 4AH9 A; 2QA4 N; 1SL1 A; 5M1F A; 1RBR A; 2YNI A; 3H1Q A; 4BRK A; 1HKG A; 2ZD1 A; 4K43 A; 1RTD A; 5CZ1 A; 3VQ9 A; 4E1M A; 4YOU A; 5DM7 L; 3BF3 A; 3HP9 A; 5E84 A; 4OKE A; 4E7K A; 3CQ8 A; 1WOQ A; 3VQP A; 4BRA A; 4BE2 A; 1TKZ A; 3FZH A; 3KHY A; 3DI6 A; 4CZH A; 4DCH A; 2KKZ A; 4B1Y B; 1KAZ A; 4O55 A; 2PBD A; 4FLU A; 3LM9 A; 1D4X A; 3PUF A; 1C1C A; 2QK9 A; 5EX5 A; 3H3O B; 5BRE A; 4J2A A; 1JL2 A; 4BR9 A; 3T1Y K; 3SQ1 A; 1CZ9 A; 3RTV A; 4PA1 A; 3OS0 A; 2BE2 A; 3SAH A; 1YIJ N; 2E2P A; 3NFA A; 2YHB A; 5M1N A; 3H45 C; 3RSE A; 2NLX A; 1QZ5 A; 4RW7 A; 2ZGY A; 3KD5 E; 1KQS M; 1IG8 A; 1N32 K; 4O0I A; 3OYI A; 4GY2 B; 2YJE A; 3C7N A; 2UU9 K; 2NZT A; 3VEW A; 5SZT A; 3DXK A; 1L5U A; 3VET A; 2RN2 A; 5J2N A; 3JAM O; 1KFS A; 3P38 A; 3GOI A; 4I2Q A; 1HX1 A; 3CFO A; 3AVM A; 1FKO A; 3OYK A; 5F1X A; 1RTI A; 3DLL L; 5TKW A; 5C24 A; 3SJH A; 3ZSV A; 3ID6 A; 4H0P A; 4TSX A; 5DM6 L; 4WCE L; 1K9M O; 4ILG B; 3E9O A; 4CJS A; 4DSL A; 1GOA A; 2O8D A; 3SQ0 A; 4AHT A; 4IDK A; 3A5M C; 3OYE A; 3O3H A; 4EHT A; 3O9T A; 1IH7 A; 4DHY A; 3DLE A; 4CEB A; 4N5S A; 3Q7C A; 4WFA L; 1NJZ A; 4Z4I A; 2PYL A; 1VQN N; 3HT3 A; 3CJ9 A; 5FLX O; 1NBW A; 5HOO A; 3JSM A; 2XRI A; 3THW A; 1JKH A; 1WAF A; 1VSM A; 4NB4 A; 4OPJ A; 2UXD K; 3L6Q A; 1G15 A; 3M6G A; 4M41 A; 2YNF A; 4DR6 K; 5ADX A; 3K5N A; 3WXJ A; 5FPN A; 3S3N A; 1SL0 A; 4CJL A; 4DTS A; 3MMV A; 3TSU A; 5IWA K; 2CGK A; 4I6M A; 3AVA A; 1RBU A; 1TYQ A; 5HP1 A; 2ZM6 K; 3QNN A; 1BIS A; 3ZET A; 4HTU A; 1DLO A; 2A1S A; 4CZJ A; 4O4G A; 3GE1 A; 2WBN A; 2GX9 A; 3WEE B; 4AHU A; 3J80 O; 4CGI A; 3V9Z A; 1IJJ A; 4O0J A; 3SYZ A; 3WXL A; 2W6L A; 3NF8 A; 2KW4 A; 3IRX A; 4M3Y A; 4DTM A; 3ALY A; 1XI1 A; 1FW6 A; 2E88 A; 4C8K A; 4DR5 K; 1ZBS A; 3TAP A; 4EAH D; 3KK7 A; 2QXL A; 3OJS A; 3EO3 A; 2E4L A; 4PQU A; 3MX5 A; 3ZT4 A; 2O8E A; 4FLT A; 5BPL A; 3F2K A; 3I8B A; 3RSE B; 5I9E B; 4DTP A; 4FM0 A; 4CJV A; 4E7J A; 3OYA A; 4RW6 A; 1QTM A; 2P51 A; 2P9L A; 3QIO A; 3V4I A; 3DXM A; 3WXI A; 1I39 A; 4LFC K; 3C7N B; 3KKR A; 4KH4 A; 4FVU A; 4AF1 A; 4JN4 A; 1XUP O; 3DXK B; 1JLA A; 4BGA A; 4DB3 A; 3G4S N; 1IKV A; 5EVZ A; 4BVO A; 3AGK A; 5A2Q O; 2P9U A; 2NRH A; 3TU5 A; 4K8X A; 2V51 B; 4IWV A; 4C8N A; 1RNH A; 4A57 A; 1GLD G; 5BR9 A; 4CHO A; 4DTX A; 2X6N A; 1GOB A; 5LMU K; 3CIP A; 3K9K A; 3V9W A; 4F2S A; 4DV2 K; 2O8D B; 4PHT X; 4FWL A; 3CG7 A; 4FO0 A; 3O4W A; 5JLH A; 4ZTF A; 4H0V B; 1TAQ A; 4CW7 B; 4ELT A; 5AQN A; 3VQ6 A; 3A5O C; 1FJG K; 3K58 A; 1ITG A; 1KLM A; 5FPD A; 1YIT N; 3AV9 A; 4X65 K; 4CZI A; 1C6V A; 2D4W A; 1HJO A; 4CGD A; 3QES A; 1ESV A; 1LW0 A; 2IDO A; 3E9L A; 3AO2 A; 4LF8 K; 3U8X A; 1C0G A; 4FJK A; 3GDQ A; 4CJK A; 3OJU A; 3WXK A; 4AM7 A; 3THW B; 3CJ7 A; 3BEX A; 3QEX A; 3RMD A; 4FLV A; 4L3Q A; 5AJ3 K; 5M1K A; 1K8K A; 3VGK A; 4Z94 A; 4DUY K; 1JLG A; 2OYQ A; 2FBV A; 2HHS A; 4PKI A; 4KKO A; 2YX6 A; 3V1Q A; 3VQC A; 2NRX A; 4I6M B; 2FXU A; 1TYQ B; 2ETJ A; 3AVH A; 4YFU A; 1L3U A; 4PWD A; 3CXC M; 3ZET B; 2X74 A; 2P5G A; 1K6Y A; 4CGJ A; 1LAV A; 3P4I A; 3O9U A; 3ZT0 A; 4CED A; 4PKG A; 5H1S Q; 4BRH A; 3NMU A; 1CLQ A; 5JVH L; 5AQM A; 2Q0U A; 1BA1 A; 5TKY A; 1D8Y A; 4C23 A; 1U4B A; 1S5J A; 1OH6 A; 1VAZ A; 1XNR K; 1VSJ A; 4JRP A; 1MA9 B; 3CF5 L; 1M90 O; 4W5Q A; 4JS5 A; 4C8L A; 2F4V K; 2QW9 A; 3EZW A; 4LF6 K; 1ATR A; 1CZB A; 3KKS A; 1Z05 A; 3ZSX A; 5AQJ A; 2ZJQ L; 4A2A A; 4EZ6 A; 2E5L K; 4FYD A; 4B3S K; 4F3T A; 3I56 N; 3T1H K; 5C42 A; 2O8E B; 3PIP L; 5AFU A; 1BOT O; 1NU0 A; 1B9D A; 1HMV A; 2F7T A; 3CC2 N; 3FFI A; 4WQ4 C; 2QWL A; 2FBY A; 2P9L B; 1MDU B; 1Q81 O; 1BUP A; 2V52 B; 3DXM B; 4YY3 K; 4H0X B; 4IO8 A; 3CMA N; 3A5L C; 2BTF A; 5CHI A; 3O8M A; 3OHR A; 3IKM A; 4F4K A; 3VEO A; 3DRR A; 2Z1J A; 1YF5 L; 4DQQ A; 3RR7 A; 1GLC G; 3LWL A; 2Q3S A; 3AAP A; 4BAC A; 2G8I A; 2DFH A; 3DYA A; 1WUA A; 4EFH A; 2P9U B; 1JXB A; 4ISG A; 4NLC A; 3NH0 A; 3TAN A; 2XHB A; 3MN7 A; 2RPI A; 4M3Z A; 1IKY A; 3SUO A; 1GOC A; 1SS6 A; 4KH5 A; 2D0O A; 5BRF A; 1XMQ K; 1VSI A; 1DGK N; 3NCI A; 3O1W A; 3ATU A; 3AVB A; 3HTV A; 4FLX A; 3PX0 A; 1JLC A; 1RDB A; 2FF6 A; 5CYQ A; 4BC5 A; 4K41 A; 2ASO A; 3RWU A; 1BA0 A; 1N36 K; 3E01 A; 4OLA A; 1D9D A; 1VQP N; 1P8Z A; 4J2D A; 2OPQ A; 4FJX A; 2HHW A; 4WFN L; 4JI2 K; 4IKF A; 4IBN A; 1NK7 A; 1X9S A; 2KFZ A; 3VQ4 A; 4CGF A; 2Y1J A; 2X6S A; 3AVI A; 3LPT A; 3KD1 E; 2QEX N; 2F9T A; 4MDB A; 3KK1 A; 1VQ8 N; 1KSP A; 1RTJ A; 3LP0 A; 1NGG A; 3E9P A; 3G0Z A; 1K8K B; 1F21 A; 3HRG A; 1XNQ K; 3P31 A; 4IG3 A; 4FLY A; 3U3G A; 4JV5 K; 1S9E A; 3THX A; 3OYM A; 5GAG P; 3B6O A; 3ZYY X; 2QWR A; 5KPZ A; 2FBT A; 4B9Q A; 5I42 A; 4B3O A; 4NYF A; 2P9K A; 2UYT A; 3KWI A; 3KWG A; 3UKU A; 2IIR A; 3L0Q A; 4CBU A; 2W40 A; 2D5R A; 3PV8 A; 1ZBU A; 1JXE A; 3TR8 A; 4M45 A; 1T6C A; 2GBZ A; 3E1Y A; 3AVC A; 2P5O A; 4CGG A; 2IVO A; 5AFU H; 5HRS A; 1JJ2 M; 1RDW X; 1WSE A; 2D0A A; 4KBO A; 1Q8I A; 1VQL N; 3K2P A; 4WYB A; 4DF4 A; 4DSE A; 3JS6 A; 4R5P A; 1WSI A; 4E3S A; 1WB9 A; 1SQK A; 4I7F A; 3VQD A; 1VQO N; 4KTQ A; 2YNH A; 4QS8 A; 5AQR A; 4CK1 A; 4KB0 A; 3HPG A; 2B6A A; 3U4L A; 4EIA A; 1WSJ A; 3F5T A; 3HVT A; 3TPQ A; 4CJQ A; 3LDS A; 1RBS A; 3CCL N; 4DV4 K; 5AQL A; 4Z4H A; 4CBX A; 4DS4 A; 1NJW A; 3RRH A; 4DU4 A; 5K14 A; 4Z0U A; 1OVQ A; 3ZSR A; 3QLH A; 1T05 A; 4BRI A; 1T44 A; 4MO5 A; 4A5A A; 1NJX A; 5BR8 K; 4KV8 A; 1ASW A; 3IS9 A; 1EO1 A; 4JKH A; 4KHU A; 1NGD A; 5EOY A; 2Q31 A; 3MEG A; 2KLA A; 3AVN A; 3KZB A; 3NVK A; 2GWJ A; 2YHW A; 2YNG A; 1VRU A; 1KC8 O; 4NXN K; 4DSK A; 1QSS A; 2UUC K; 4FL9 A; 1QSL A; 5KGX A; 4FM1 A; 3SNN A; 5MLC Q; 2F8T A; 3D7E O; 1RDU A; 3EEQ A; 5KQ8 A; 4FJI A; 3SMP A; 2HHV A; 1KXP A; 2NNW A; 3HJF A; 2A1R A; 1EXQ A; 2QKK A; 1YTA A; 3ZSO A; 4AHS A; 1UA1 A; 4KO0 A; 2VG5 A; 3AVF A; 3I33 A; 3THX B; 3F9M A; 5GAE P; 3FR0 A; 3C6T A; 1Q7Y O; 2QXF A; 3VQQ A; 2GUI A; 4H0T B; 2OCE A; 1S72 N; 4LF7 K; 1G99 A; 4KFB A; 2VWK A; 4E7H A; 4A62 A; 4FJ8 A; 2PYJ A; 4JLH A; 3NHG A; 4BR0 A; 3ZSW A; 3O9S A; 3O3G A; 3LZJ A; 1Z26 A; 2Q36 A; 3CJB A; 1NGJ A; 2YI1 A; 3ISN C; 1NK5 A; 4JI6 K; 3UKU B; 4CHQ A; 3CCV N; 4U67 L; 3V81 A; 2I5J A; 4BRF A; 1KVB A; 4W5R A; 5KRS A; 4HVJ A; 5AQV A; 4ISE A; 3FGU A; 3NBP A; 4DU1 A; 3W3D A; 4DV6 K; 3LDQ A; 3ENH A; 4B3M K; 4M3W A; 4F9O A; 2HMP A; 1YUW A; 4FOI A; 4JK7 A; 3EKU A; 4DKW A; 4FJ5 A; 2AP1 A; 3L2V A; 2E20 A; 4CEO A; 4ZHR A; 2QWP A; 4KI4 A; 1W97 L; 4KRE A; 4QS9 A; 3VF4 A; 3C95 A; 3MWT A; 3VEV A; 2E6M A; 4NCB A; 1S22 A; 2QKB A; 3G10 A; 4NXM K; 3O9R A; 4BG8 A; 4DR3 K; 3WEE A; 1VSH A; 3BZK A; 1NK6 A; 1RIL A; 1Q82 O; 4DTR A; 1RBV A; 4RW4 A; 4B9V A; 2VWB A; 4O8U A; 4JK8 A; 3U9Z A; 4LSL A; 1IBM K; 3ULE A; 1N8R O; 4G9Z A; 2W41 A; 3SPY A; 5EXW A; 3SUN A; 1P90 A; 1L3S A; 1S9G A; 3CC7 N; 1DTT A; 2KTQ A; 3KLE A; 3MAQ A; 1WSF A; 4OLB A; 1XC9 A; 2NRW A; 3KLF A; 1TKT A; 4N76 A; 2ZJR L; 1EQY A; 1KTQ A; 3ID8 A; 3FLC O; 3EZ5 A; 3PLA A; 3EN9 A; 3THV A; 3D2F A; 3WQU A; 3KTQ A; 3VOV A; 2E2N A; 3PO4 A; 1XQS C; 1VSL A; 3IDH A; 1QHT A; 4DQS A; 1VRT A; 4M7Y A; 3AA2 A; 2V7Y A; 3AVK A; 1YJN N; 3M8R A; 1NGF A; 1S1X A; 1OH8 A; 3P5J A; 4DSJ A; 1JCE A; 2DY4 A; 3CET A; 4KHW A; 1NOZ A; 3AA3 A; 4H4M A; 5AR0 A; 1U45 A; 5JS1 A; 2O4I A; 1L3V A; 2E1Y A; 2DFF A; 2H3G X; 4CFA A; 4CEC A; 4CD3 A; 4GVE A; 2G8F A; 1O13 A; 3ZT3 A; 1ZBH A; 2HNZ A; 3KIO A; 4XH1 A; 4JS4 A; 4CZG A; 1CZA N; 3VA0 A; 4M3T A; 4JI1 K; 4JD2 A; 5AQS A; 4JI7 K; 1D5A A; 4ID5 A; 4I9L A; 4M42 A; 4MFB A; 3G6E N; 4C8O A; 3F73 A; 2GWK A; 3LM2 A; 4HUG A; 4O8K A; 2IC3 A; 3IUC A; 4GKK K; 1NKC A; 4FWP A; 2ITG A; 3QEV A; 4PL7 A; 3TAB A; 4GW6 A; 2FF3 B; 1NWK A; 3JYT A; 2ASM A; 3MN5 A; 4IO9 L; 1FKP A; 3AO4 A; 3OTO K; 4DS5 A; 4GKJ K; 2XO7 A; 3QO9 A; 2NRR A; 1LWF A; 4GNI A; 4C1N K; 4DR4 K; 4LSN A; 3QNO A; 3MXI A; 3O9Q A; 5AQH A; 4DMN A; 3HXM A; 2GTD A; 4DR1 K; 1YAG A; 1BCM A; 3K9J A; 4DQ8 A; 3NH1 A; 1RT7 A; 1WN7 A; 5SWM A; 1ASV A; 2BAN A; 2ZQB A; 1NGE A; 3LP3 A; 4WF9 L; 4JI3 K; 1IKX A; 4FPA A; 2G8V A; 4B08 A; 4DTN A; 4OPA A; 3ULE B; 1RFQ A; 4BY9 C; 3PY8 A; 1RT6 A; 3VQA A; 1BWF O; 2IOC A; 3VER A; 2HBK A; 5T7B A; 3O4Q A; 1QE1 A; 5F0X A; 5BRH A; 1QVF M; 4O5F A; 4AHR A; 1J54 A; 1BQM A; 1S1W A; 2HHU A; 4I9Q A; 2NUB A; 1C0U A; 3HM8 A; 3TTF A; 1HKB A; 5HL7 L; 1X1P A; 5J1E A; 5CY4 A; 4OKJ A; 4IFV A; 4JKF A; 4OJR A; 2KHO A; 4ZTJ A; 3ZSZ A; 4IG0 A; 3C6A A; 3SBG A; 3ZEU A; 4E7L A; 2HF3 A; 3KLH A; 1BQN A; 4DQP A; 1Q86 O; 1HQU A; 3VF2 A; 3D2F B; 1N34 K; 5AQZ A; 5FPE A; 2XY8 A; 4KPY A; 1NJY A; 2QWM A; 4YDU A; 2HBM A; 4BDP A; 2HW3 A; 3OYC A; 3AVL A; 5E41 A; 4IJA A; 2FSJ A; 4GMJ B; 3M8S A; 4ELV A; 4FJJ A; 2CGL A; 1X9W A; 3O1B A; 5LJW A; 1S1V A; 3VQ5 A; 2PFU A; 4BRQ A; 3VQE A; 3D6R A; 3WNG A; 3GBT A; 4Z4C A; 2EWS A; 3IAY A; 4KRF A; 4DLE A; 3CME N; 3ASM A; 4CBW A; 4DTO A; 4JD2 B; 4BR7 A; 2XY6 A; 2GUP A; 1SKR A; 4CJ5 A; 4CF0 A; 3VQB A; 1SKS A; 4CVN E; 1XMO K; 3ZSQ A; 3D0P A; 2HF4 A; 4EZ9 A; 4IXC A; 1HNV A; 3WQT A; 4KAZ A; 5M1Q A; 4CEQ A; 3FZL A; 1HYS A; 3WNE A; 1MWM A; 3JXU A; 1OH7 A; 3T3F A; 1RT5 A; 1LCU A; 1J5E K; 2V7Z A; 4F8R A; 3LDN A; 3CFP A; 1ZBI A; 3P83 D; 4BVP A; 3RVC A; 3UB5 A; 4BC2 A; 1HNI A; 4DU3 A; 3L2W A; 3O80 A; 2HVI A; 1U47 A; 4KTZ A; 3MXM A; 3T19 A; 5GAD P; 3OYJ A; 2GV9 A; 3HI0 A; 1MWK A; 1NMD A; 4FWK A; 3UKR A; 1NKB A; 3RMC A; 4JKB A; 1C1B A; 1XWL A; 1TAU A; 3M1F A; 2O8B A; 3HPO A; 1GLA G; 1WNS A; 4FW2 A; 3ENB A; 2XY7 A; 4DTU A; 3DJC A; 2YHX A; 4BQL A; 1QQC A; 1O1W A; 4DR2 K; 5M1O A; 4LH5 A; 4FLZ A; 4BR5 A; 1K73 O; 2QWO A; 4G1Q A; 4CFB A; 3QFU A; 1YT3 A; 2XY5 A; 2BGG A; 1GLE G; 4CZE A; 4FWS A; 4Z4F A; 1TV6 A; 5ELZ A; 3OYH A; 2CGJ A; 2VQE K; 2P9N A; 2ZF5 O; 1S3X A; 1Q9Y A; 3H08 A; 1QS4 A; 2YHY A; 4H5R A; 3ZEU B; 2YHA A; 4LF9 K; 3VA3 A; 4FWN A; 2ITM A; 3ZCM A; 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