The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
19
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| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWK A; 2PFU A; 2JWL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QWR A; 3PX0 A; 2E6M A; 1GLE G; 2HHX A; 4JI2 K; 4CF1 A; 4M3T A; 3R9P A; 1CZB A; 4BRO A; 2G8H A; 4EHT A; 4DTX A; 4PWD A; 1XC9 A; 3U9Z A; 1JLE A; 5C2D A; 3WT0 A; 2Z1G A; 4FJM A; 1BI4 B; 1GLJ O; 4ZHR A; 3CCR N; 4FJ9 A; 1IKY A; 3CD6 N; 3AAR A; 4LC9 B; 1WNS A; 4BG9 A; 4CD1 A; 1BHL A; 2FSJ A; 4FLW A; 1FXX A; 2ASM A; 4JN4 A; 5M1K A; 3OYI A; 2P9I A; 4FJ5 A; 1ILY A; 2OA8 A; 3ZSV A; 1VSK A; 3VF6 A; 3IMX A; 3R8E A; 5AZI A; 1Q82 O; 4DLE A; 4CIE A; 2B4J A; 2DFE A; 1KVB A; 4Y1D A; 1EXQ A; 3MCP A; 3MAQ A; 1NGB A; 1VSI A; 5J2N A; 3JS6 A; 1WAF A; 1U49 A; 3K9K A; 4B8A B; 3EO3 A; 3CM6 A; 4BRN A; 1KFS A; 1C0F A; 4JKG B; 4OGE A; 3NAE A; 4H5T A; 4QS9 A; 3SAG A; 4KTZ A; 4B9N A; 1QSL A; 4FWP A; 4CIF A; 3CCQ N; 1JXB A; 4CHN A; 4NCG A; 3TAB A; 1S5J A; 3ENH A; 3L0Q A; 2I7N A; 5AQF A; 3SK3 A; 3CCJ N; 4AHT A; 3PIO L; 4FCY A; 4K0K K; 2HMI A; 1O1W A; 4O5F A; 1YVU A; 2OAN A; 4FW1 A; 5C25 A; 3MXJ A; 2XY7 A; 1WN7 A; 1W0H A; 3R3L A; 3FZF A; 1D9D A; 4C8M A; 4O0I A; 2Q0R A; 3M8S A; 1WOQ A; 5F2R A; 3VTH A; 1D4X A; 4CJS A; 1RCH A; 3MN9 A; 4JI7 K; 4CF2 A; 3RMC A; 3M6G A; 4FJL A; 4FLZ A; 2QK9 A; 4DR1 K; 3GOI A; 3WUH A; 4CZI A; 1LW0 A; 5FDL A; 4KH6 A; 4DV3 K; 5KQ8 A; 2A5X A; 2E2P A; 2QXF A; 3VET A; 2BAN A; 4BC5 A; 3OA9 A; 1VSD A; 5BRF A; 5AZJ B; 4H5V A; 4CHP A; 1TUY A; 4DFJ A; 4CJ5 A; 3GL1 A; 4BRH A; 2PYJ A; 1K73 O; 3K5O A; 3TAR A; 3A8Y A; 2P9L B; 1RT3 A; 4FJN A; 3SUO A; 1UWB A; 5C15 A; 4H4M A; 1OKJ A; 3F9K A; 2JWL A; 5EX5 A; 4CJW A; 2AJQ A; 2D5R A; 1F21 A; 3RMB A; 2WFB A; 2E5L K; 3NCI A; 2YHB A; 4E1M A; 4C23 A; 1A5X A; 2P9K B; 5E26 A; 4CBU A; 4LF7 K; 2DPN A; 1BA0 A; 1GLA G; 2CH5 A; 4IOC L; 3CCM N; 5SWM A; 1YIJ N; 4BRK A; 1T05 A; 1XMO K; 1DLO A; 4FOE A; 4I2Q A; 5AQL A; 3VGK A; 4JD2 B; 1JKH A; 4MO4 A; 1Y97 A; 3CC2 N; 3O3G A; 2Q3S A; 1NK5 A; 3A5O C; 1XMQ K; 2X6N A; 1ATS A; 5IT9 O; 4JAX A; 2HBJ A; 1TK0 A; 3FFI A; 4N56 A; 5I42 A; 2ZF5 O; 4LFA K; 4FSV A; 3CQ8 A; 3MEG A; 4BRF A; 4GNI A; 3WQT A; 2P9N B; 1VQO N; 3DLL L; 4EZ9 A; 2BDP A; 1LV5 A; 1LWF A; 3ZT2 A; 4EHU A; 3AVL A; 4DMN A; 4DS4 A; 2EWS A; 3G0Z A; 4Z94 A; 3I0S A; 4CGJ A; 1VHX A; 5AQZ A; 4GVM A; 4YOV A; 4FLY A; 3SJJ A; 4LFB K; 2KTQ A; 4CF8 A; 4DR7 K; 3O8M A; 2GWJ A; 5C2F A; 3QO9 A; 1KC8 O; 4H0Y B; 4CJ7 A; 2G8I A; 4B9V A; 3B8A X; 5IWA K; 3KJV A; 3NHG A; 3CPE A; 3THX B; 1SZ2 A; 1J5E K; 4CEO A; 4DQQ A; 4O44 A; 3PV8 A; 3NVM A; 3VQP A; 3NGY A; 4CHZ A; 3ZCM A; 5ELZ A; 5AQJ A; 2FF3 B; 4X62 K; 3THV A; 4BRG A; 3AA2 A; 2GEL A; 3LWM A; 4KO0 A; 3VQQ A; 5HBM A; 4Z4H A; 4ZTJ A; 1OH5 A; 3PSI A; 3H45 C; 4YOY A; 2HF3 A; 4KTW A; 3VES A; 3ID8 A; 3QEV A; 4CEF A; 4W5O A; 3T1Y K; 5FPM A; 3CET A; 2O4G A; 5EXW A; 1XHX A; 3CG7 A; 3ZSX A; 4DG1 A; 3U3Y A; 2QTD A; 3KVG A; 1ZBU A; 3ZSW A; 4WQ5 A; 4DV4 K; 3VEY A; 1RT4 A; 1V4T A; 4CZH A; 4XH5 A; 4KHS A; 4E7I A; 3ZT0 A; 1VQ6 N; 2DTU A; 3QIC A; 3KD1 E; 4B9M A; 2FLO A; 3K58 A; 4CIG A; 2QKB A; 4IFY A; 4CJF A; 1HYZ A; 1E4F T; 2NZT A; 2UXC K; 3P39 A; 1NNE A; 3ZSZ A; 2B5J A; 3CJ7 A; 3AGR A; 1RT6 A; 4F2S A; 1TK8 A; 2E8A A; 4HUF A; 1K8A O; 3LAN A; 4PUO A; 1WSG A; 3V4I A; 2P9S B; 4JI6 K; 4CJR A; 1NJI O; 2KZM A; 2HHW A; 4CZG A; 4ILJ A; 1RT2 A; 1TKT A; 3SLC A; 3ALY A; 4DV0 K; 2W42 A; 3I8D A; 4JYA K; 4OJR A; 2IOC A; 4H0V B; 3MWP A; 2IC3 A; 1ASW A; 4DU1 A; 4DU4 A; 5SZT A; 1RT1 A; 4CZF A; 1BQM A; 3SV3 A; 4Y0W A; 2OCE A; 2EHG A; 2HHH K; 4FW2 A; 4DTP A; 3QBX A; 1CXQ A; 3MN7 A; 4X64 K; 3V6D A; 3DRP A; 3C6A A; 1XC3 A; 3HP9 A; 3OYK A; 1T03 A; 1KVC A; 2FBY A; 5AQS A; 5CZ1 A; 2QWO A; 2W40 A; 1YAG A; 4JKH A; 1KQS M; 1QSS A; 1RNH A; 4JKC A; 4R79 A; 3C6H A; 3D6R A; 4B3O A; 4DFM A; 1RBU A; 5CE3 A; 3OYF A; 1NKB A; 3GBT A; 4YDU C; 4C8L A; 2D0A A; 1NJY A; 1BCO A; 2A1R A; 3R1X A; 4JKD A; 5AQX A; 2E1Z A; 3UKU A; 4Q0B A; 3ZT3 A; 4HUE A; 5E84 A; 5EVZ A; 5AQM A; 2B6A A; 1EKE A; 4CD3 A; 3L2W A; 4F2R A; 4LF5 K; 4BRD A; 3BF1 A; 1NU0 A; 4KV8 A; 2UU9 K; 4KRE A; 1ZBF A; 4DHY A; 4DTJ A; 5KGX A; 2EX3 A; 3DLK A; 4LFC K; 4CCH A; 3Q7C A; 1QTM A; 4IFE A; 1M90 O; 3C6U A; 5FRM A; 4AHS A; 4Z4C A; 3QEI A; 2QWM A; 4JI0 K; 3D2E B; 2QWN A; 1T7P A; 3U8X A; 2VCP A; 4FZZ A; 2RPI A; 2HNY A; 2F8S A; 3QML A; 2HOE A; 3SI6 A; 4F3T A; 3ZEU B; 3KWI A; 1K6Y A; 1HUX A; 1RT5 A; 2W6L A; 4E0D A; 5BN9 A; 4BRL A; 3NH1 A; 2Q0U A; 3WNE A; 1K8K B; 1P8Z A; 3NF6 A; 3NF9 A; 1JLA A; 4KPY A; 2G8K A; 1HQU A; 3HL8 A; 1BUP A; 1NLV A; 4RW4 A; 3MK6 A; 4DQR A; 2YNG A; 2GBZ A; 4AHC A; 3MXI A; 4BGA A; 4CGD A; 1VSH A; 1XQS C; 1KSP A; 4B9Q A; 4NB4 A; 4FK2 A; 1E3M A; 4B3R K; 1C0T A; 1LOT B; 4NCA A; 1Z6R A; 3M5R A; 4BWM A; 3RSE A; 1ZC6 A; 4X66 K; 4PA1 A; 3AO4 A; 3PX4 A; 4FXD A; 3BP8 A; 3QET A; 4IDH A; 4FJ8 A; 1CLQ A; 3VQ7 A; 4CZK A; 1VRU A; 4AHR A; 4LH5 A; 3LDP A; 1RFQ A; 3O9T A; 1Q81 O; 2OPP A; 4C8O A; 1R0A A; 2VG6 A; 5J2M A; 3C65 A; 4BR9 A; 3G71 N; 4HHT A; 3IUC A; 4HWI A; 1WB9 A; 4BR4 A; 3M8R A; 4B9S A; 1SL0 A; 3U3G A; 2HHS A; 4YOX A; 1YJW N; 2X6S A; 3HI0 A; 1X9J A; 4FWK A; 4FOI A; 3HSC A; 1HNI A; 2ASO A; 4G9Z A; 1VQ8 N; 4PQU A; 1VQ4 N; 4LH4 A; 3S3N A; 1V4S A; 3CIP A; 1DEJ A; 3OYD A; 3SAH A; 1HYS A; 4H5R A; 1C1A A; 4Q5V A; 4DU3 A; 1EO1 A; 4BRA A; 4CHO A; 3SBG A; 4UY8 O; 3C94 A; 2FSN A; 3O80 A; 1RTH A; 3ULE A; 4LY7 A; 1W7A A; 2KKZ A; 1HPZ A; 4YHH K; 4Z4E A; 4FM1 A; 3V1Q A; 3HK2 A; 3QER A; 4FPA A; 1TAQ A; 4WFA L; 3AVJ A; 1NOZ A; 4GVE A; 4Z4F A; 1U47 A; 3CME N; 1J53 A; 3WEE A; 4A5A A; 5AQW A; 4FK4 A; 2GV9 A; 3J81 O; 1VK0 A; 3VF4 A; 4MLE A; 3LZI A; 2VG5 A; 1NJW A; 4FWN A; 3TU5 A; 2UUC K; 2ZM6 K; 1VAZ A; 3HBT A; 4JV5 K; 3OBY A; 3F5T A; 4JNE A; 2P9U A; 2IS3 A; 3OS0 A; 1LAW A; 5J2P A; 4JKF A; 2BGG A; 2NRR A; 2P9I B; 3OBW A; 2P5O A; 5JS1 A; 2WOM A; 4DSL A; 4BR2 A; 5KGW A; 1A5W A; 1IO2 A; 2VWB A; 5EY4 A; 3LAK A; 3DLG A; 4C8N A; 3AVA A; 1KAY A; 2NRX A; 2RF2 A; 3LPT A; 3DRR A; 1N34 K; 4KTQ A; 3QFU A; 5K14 A; 2GWK A; 4WFB L; 4KFB A; 1I94 K; 3FZK A; 4BC2 A; 4BDZ A; 5AQT A; 1JLQ A; 3WNF A; 4LD0 A; 3FLC O; 4IOA L; 3N4P A; 5HRP A; 3AVB A; 1BGX T; 3CER A; 3ZX0 A; 2UUA K; 3CI5 A; 1B9F A; 3KWG A; 1HLU A; 3AO5 A; 1NGC A; 4DUY K; 3G10 A; 4HCC A; 4OLA A; 1RIL A; 2RN2 A; 4FLV A; 5LL6 Z; 1EX4 A; 3WNG A; 3MED A; 4AF1 A; 4E89 A; 4BQL A; 1TL3 A; 3ZET A; 3ZSY A; 1N32 K; 4AM7 A; 1BIU A; 3V1R A; 2VQE K; 2X78 A; 4JKB A; 3TAM A; 1SUQ A; 3D2F B; 4DR3 K; 3F73 A; 2X74 A; 4DSE A; 3LAL A; 3SV4 A; 2UUB K; 2O4I A; 3HZ6 A; 4OKK A; 3WXL A; 3CCV N; 1NK9 A; 2IVN A; 1Z26 A; 3CJ1 A; 4AQY K; 3EKS A; 4GV6 A; 1VSJ A; 3OYE A; 1TAU A; 4I2P A; 5AQU A; 5KPR A; 4NLB A; 3QEW A; 4IG3 A; 3BGR A; 3P83 D; 3RR8 A; 3VQ4 A; 5HRO A; 3J7Y P; 4M63 C; 2JGU A; 2O8B A; 4FO0 A; 2V7Y A; 5AQO A; 4A61 A; 4JEP A; 3CJ9 A; 1JCG A; 4KB0 A; 4KH4 A; 3VA3 A; 3IG1 A; 1HX1 A; 2ZJQ L; 2BH1 A; 3BZK A; 3MMV A; 4CGG A; 4IO9 L; 4IOX A; 4ILG B; 4DQI A; 5DMR A; 4NYN A; 1BCM A; 4EIA A; 2YX6 A; 2O8C A; 2ZJR L; 1NKC A; 2OTL N; 3OVN A; 3VQA A; 3NBP A; 4CK2 A; 4BY9 C; 2D0O A; 1ASU A; 3OJS A; 4DTS A; 1D5A A; 3EE9 A; 1N6Q A; 3ENO A; 3NF7 A; 3CF5 L; 5JVG L; 2ZGY A; 1S72 N; 5JLH A; 3UKR B; 1FW6 A; 4YOW A; 2E6L A; 4OPJ A; 4F8R A; 2HVI A; 1J54 A; 4IZ9 A; 3CPW M; 3DMJ A; 2XRI A; 3JYT A; 3C7N A; 4MDA A; 4BR5 A; 1HNW K; 4RTF D; 4XIU A; 1QZ5 A; 1M1K O; 2Y1I A; 4DWI A; 4C1N I; 2P9P A; 1Q9Y A; 4OPH A; 3ATV A; 1JLC A; 3TWH A; 3LPU A; 2FF6 A; 3NF8 A; 1FK9 A; 2ITM A; 5LJV A; 2HHT A; 4GMJ B; 3THY A; 2Z1I A; 4B9T A; 4N5S A; 3BZC A; 1J9A A; 3WNH A; 1J6Z A; 1ZBL A; 4DSJ A; 2FBV A; 4F3O A; 4CZJ A; 2F9W A; 3A2F A; 3SAF A; 3NE6 A; 2HB5 A; 4CBX A; 3TAP A; 3LP2 A; 1NK8 A; 4BVO A; 4CJQ A; 4E7L A; 1TYQ A; 3LDL A; 1WSE A; 1IV0 A; 3AO1 A; 3NMU A; 3LM2 A; 4CHY A; 1RT7 A; 4FM2 A; 4AIL C; 3G4S N; 3J7A P; 5E41 A; 4A57 A; 1JCE A; 4PY5 A; 4K8X A; 4ID5 A; 1S1X A; 3IKM A; 5C24 A; 3OYM A; 5H1S Q; 3SQ1 A; 1ZYQ A; 4WYB A; 5JLF A; 4LF6 K; 5M1F A; 4H03 B; 1GLB G; 3PX6 A; 3VN5 A; 1YT3 A; 4A2B A; 1SKR A; 4CJE A; 5EOY A; 1L5U A; 1XI1 A; 1YTA A; 3SQ0 A; 1RBV A; 4A2A A; 1UAX A; 3I8B A; 4KH5 A; 1ATR A; 4W5T A; 4FVU A; 4PKG A; 5I3U A; 3FZL A; 1IG8 A; 3AVC A; 4DR6 K; 3H46 O; 2E88 A; 4JI3 K; 2WBN A; 1XNR K; 4C1N K; 5B8H A; 4E7K A; 3CQY A; 3AVG A; 2XHB A; 4FK0 A; 4M7Y A; 4NYF A; 5CYM A; 2FXU A; 2KQ2 A; 3CXC M; 3FE1 A; 3MCA B; 3L6Q A; 5DM6 L; 4KI6 A; 2ATQ A; 1W9H A; 4CJP A; 3VEO A; 4IG0 A; 4EZ6 A; 2YNI A; 3V9S A; 2WON A; 5AJ3 K; 4KB1 A; 4MFB A; 1EWQ A; 5AZJ A; 4B9U A; 1Q18 A; 3KHY A; 4WCE L; 1WSF A; 1Y64 A; 4LSN A; 1WBB A; 4K41 A; 4I9L A; 3KLE A; 1YTU A; 4JS5 A; 4E3S A; 3VF2 A; 2QW9 A; 5JMV A; 3J80 O; 3G6E N; 4BGB A; 2YNF A; 2Q97 A; 1IKX A; 2QM1 A; 3LZJ A; 1L3S A; 4CEC A; 4JKA A; 2KFZ A; 1VQ5 N; 3VQD A; 1NMD A; 5M1Q A; 5F0X A; 5AQH A; 3HST B; 3LL3 A; 2IAJ A; 5HRN A; 1HNZ K; 1NK6 A; 4K25 A; 2PFU A; 3MXM A; 4B1X B; 4DQ8 A; 4G1Q A; 1S22 A; 4M7X A; 4PKH A; 3S3O A; 3OYN A; 3KZB A; 2YHX A; 4J2B A; 1OH8 A; 3H3N O; 1BWF O; 5ADX A; 5LMU K; 3BF3 A; 1ITG A; 1Z05 A; 2G8W A; 3IS9 A; 3TSU A; 4BRC A; 2HBK A; 1NK7 A; 1CZ9 A; 5CHI A; 1KLM A; 3E01 A; 4CFD A; 1MWK A; 4DSI A; 5C42 A; 3EN9 A; 3OYL A; 4JD2 A; 1NOY A; 2QWL A; 1K9M O; 4FLT A; 3CJB A; 3UKU B; 3RVC A; 4OKE A; 3HT3 A; 4I6M B; 4H5N A; 3ZYY X; 4XEI A; 3KD5 E; 2HND A; 4J2D A; 3M8Q A; 1DGK N; 3C6T A; 3AV9 A; 3ZSO A; 3A5M C; 4IWV A; 3P38 A; 1W97 L; 1RDB A; 3RMD A; 4DTU A; 4AHU A; 4N76 A; 3GG4 A; 2D0B A; 3H3O B; 1KCF A; 5EU7 A; 2WC9 A; 5LMN K; 1U45 A; 1IH7 A; 3DAW A; 2QA4 N; 2A41 A; 3EEQ A; 1LWC A; 5KI6 A; 2CH6 A; 4RW8 A; 2O8E A; 1RBR A; 3ZT1 A; 3AGK A; 1OVQ A; 3SCX A; 3EYZ A; 4CGF A; 1Q7Y O; 4XH4 A; 3ASM A; 2D4W A; 3RTV A; 3C0B A; 1CXU A; 3DYA A; 3O1B A; 4E1J A; 3AO2 A; 4XH1 A; 3HO1 A; 1OVY A; 3CCU N; 4CZE A; 3RRG A; 2VWK A; 5M1P A; 4LF8 K; 1WBD A; 1YIT N; 3EZ5 A; 2FBT A; 5BRH A; 1ATN A; 2XY8 A; 2E2N A; 4M3W A; 3ZSQ A; 4NCB A; 1VRT A; 4CGH A; 4CK3 A; 4W5Q A; 1QVG M; 1KTQ A; 2E2Q A; 4BC4 A; 1FKO A; 2YV0 X; 3ISN C; 3HRG A; 4YOU A; 1OH7 A; 4AH9 A; 4Y1C A; 3CM5 A; 4CEA A; 3B6O A; 2H3G X; 4WFN L; 3J8A A; 3DOL A; 4U67 L; 3RSE B; 4DSF A; 4KRF A; 5C0Y A; 1BG3 A; 3L4I A; 1S1W A; 4QCL A; 1P90 A; 2F7T A; 3EY1 A; 2DFH A; 4E7J A; 4DQP A; 4PL7 A; 4M3Y A; 4YOR A; 4HCB A; 3DOK A; 1REV A; 4ISF A; 4H0T B; 2PBD A; 4DS5 A; 2NNW A; 3DI6 A; 3SYZ A; 2GEM A; 1N5Y A; 1WAJ A; 2HHU A; 1YF5 L; 1NJZ A; 1Q8I A; 3E9P A; 4AHV A; 1NGH A; 3IRX A; 2PZS A; 1N36 K; 1U2V A; 3C95 A; 3HTV A; 3F2K A; 4CEZ A; 2GTD A; 1IG9 A; 3VGM A; 4JK7 A; 2O8F A; 2P9S A; 4KBO A; 4KHU A; 1KLN A; 4A5B A; 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