The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
19
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWL A; 2JWK A; 2PFU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3R9P A; 1U6Z A; 3VTH A; 1T3V A; 1BQN A; 4ICL A; 5M1F A; 3CF5 L; 4AH9 A; 4CEC A; 4E19 A; 3SQ2 A; 2IAJ A; 4RW8 A; 1G15 A; 3I0R A; 4Y1C A; 3OY9 A; 2W40 A; 2BH1 A; 4H5W A; 2NRX A; 3DMJ A; 1IJJ A; 3RSE A; 1ASW A; 3VMF B; 2QEX N; 3OW2 M; 5AQP A; 2P9N B; 4EZ6 A; 4BRD A; 3RR7 A; 4ILJ A; 2GEL A; 2YHX A; 2YNG A; 3U9D A; 1FJG K; 2HHV A; 4JI8 K; 3WT0 A; 4B8C A; 1V4S A; 2P9I B; 3EE9 A; 1S72 N; 3HI0 A; 5ADX H; 4DTS A; 4JD2 A; 3VEN A; 2XO7 A; 1HYV A; 4TSX A; 3NVK A; 3TTF A; 3C0B A; 4A5A A; 1QSL A; 3M8Q A; 1NBW A; 4BE0 A; 4AIL C; 4BRE A; 4A2B A; 3LL3 A; 4KI6 A; 4W5T A; 4BRA A; 3BZK A; 1GLF O; 1QHA A; 3LDQ A; 4BWJ A; 1ILY A; 4JHD A; 3VEY A; 3TAG A; 1RGI A; 1WSG A; 4L3Q A; 4FLX A; 1CLQ A; 2YHB A; 1NGA A; 1IH7 A; 5E26 A; 5C2D A; 4DV1 K; 3O3F A; 2ZQB A; 4DTR A; 5AR0 A; 4CEO A; 1NGH A; 4Z94 A; 3IS9 A; 3Q7B A; 1OH8 A; 5E41 A; 4CHP A; 3PY8 A; 3VQA A; 1VRU A; 1KAX A; 4BC2 A; 3W3D A; 2UUB K; 4YDU C; 3VGK A; 1YJW N; 3EL2 A; 3M1F A; 3R1X A; 4X65 K; 4BGB A; 3C95 A; 3V81 A; 4RCH A; 1KCF A; 4CD3 A; 4Z4E A; 1RCH A; 4K42 A; 2RHK A; 3HBT A; 4LF6 K; 2NRR A; 1VHX A; 3I33 A; 4C8O A; 1WSJ A; 3SAF A; 4UY8 O; 4BR2 A; 2OAN A; 4IOX A; 5CZ2 A; 2O8D B; 5HRS A; 5E84 A; 4H8K A; 1YVU A; 3K58 A; 3CMA N; 4I2P A; 3R8E A; 3ZX3 A; 3CXC M; 4DTP A; 3KVG A; 4DSI A; 4E1J A; 5FLX O; 1NKE A; 4MLE A; 2E2Q A; 4IOC L; 3QEP A; 3WEE A; 1ATR A; 2W6K A; 5D3G A; 3VEV A; 5GAE P; 1SV5 A; 1VQ9 N; 4CHZ A; 3K59 A; 2Q0U A; 3GBT A; 1VK0 A; 4DTJ A; 1JCF A; 4WYB A; 1D8Y A; 3RR8 A; 2P9N A; 4DUZ K; 1YAG A; 3OYK A; 3SMS A; 3O1B A; 5C2F A; 2O8C A; 3LP3 A; 2J4R A; 2W6L A; 3I55 N; 5SZT A; 2HBJ A; 4H0T B; 1NK5 A; 1T8E A; 1XI1 A; 2GBZ A; 4M3T A; 2HVH A; 4FZY A; 5CE3 A; 1WBD A; 4KKO A; 2NRT A; 3VF6 A; 1NK0 A; 4GV9 A; 2E2N A; 2ZJP L; 1NGC A; 3BF1 A; 4G1Q A; 3HYF A; 1L3T A; 1JXB A; 3ENO A; 4RWT A; 2FF6 A; 4BDZ A; 3O1W A; 1KRP A; 3OBW A; 2HHT A; 5AQU A; 3TAQ A; 4DQQ A; 1SS6 A; 3NBP A; 4DSE A; 4LH4 A; 5HRN A; 3CCU N; 3AVI A; 4JI1 K; 4FXD A; 4DUY K; 1U2V B; 3L6Q A; 4C1N I; 4M7X A; 2X6N A; 4M7Y A; 1JKH A; 3CCL N; 4FJK A; 4ISF A; 4JI6 K; 2WON A; 4DF8 A; 2KW4 A; 3HZ6 A; 4FWQ A; 3LWL A; 2KQ2 A; 4LF9 K; 4CER A; 2Z1J A; 4B9L A; 4DFJ A; 5B8H A; 3QIP A; 1QQC A; 3L2W A; 3FE1 A; 5K14 A; 1IBK K; 2UUA K; 1XHZ A; 3DXK A; 1BQM A; 5FPE A; 2P9P B; 5AQO A; 3ALY A; 5GAD P; 2XY7 A; 2YKN A; 4JV5 K; 3AO5 A; 3HRG A; 3UKR B; 2E88 A; 2A3Z A; 5HBM A; 3NGI A; 4FWL A; 3QEW A; 3SZ2 A; 1TV6 A; 1BWF O; 4YOU A; 5KPZ A; 1KSP A; 3AVH A; 3P5J A; 1IBL K; 1HRH A; 3U3G A; 4Z4F A; 3QBX A; 1S1V A; 3NGZ A; 3O3H A; 1RBV A; 4ELT A; 3G71 N; 3NFA A; 4OPH A; 3PO5 A; 2XY6 A; 1HKC A; 1K9M O; 1KAZ A; 4CBX A; 5A2Q O; 4YOT A; 5AQT A; 3VQ4 A; 5BRE A; 1T6D A; 1XQS C; 3JS6 A; 4CZE A; 3LDP A; 1VQ8 N; 3L0Q A; 5AQQ A; 3DAW A; 2QWR A; 4HUF A; 2E5L K; 4KHN A; 3P4I A; 3K5O A; 5EX5 A; 3J81 O; 2ASP A; 3T3F A; 1ZXO A; 2GTD A; 2QWM A; 2IS3 A; 1TUU A; 4OPA A; 4QS8 A; 1DKG D; 4JRP A; 2UXB K; 2NRV A; 1C6V A; 3ZSX A; 3V9U A; 4NXN K; 3UIQ A; 4IO8 A; 5F2R A; 5JVG L; 1J54 A; 2BUP A; 4Y0W A; 1W97 L; 3OYH A; 4BR5 A; 1C1C A; 1VQ6 N; 4X64 K; 5AQN A; 4BC5 A; 1S9G A; 3MWT A; 3OYL A; 1JLB A; 1ATN A; 2I7P A; 4CJS A; 4KTZ A; 3LDN A; 3L2R A; 1TAQ A; 2QI2 A; 3PIO L; 2Y1J A; 4C1N K; 3KD1 E; 1EWQ A; 1WOQ A; 1A5W A; 4FOI A; 4JK8 A; 2HMI A; 4BC3 A; 3OYC A; 1LWE A; 3K57 A; 4BY9 C; 2X6S A; 2QTD A; 4CFB A; 2KFZ A; 4KI4 A; 3EEQ A; 1NK7 A; 1U49 A; 1NGD A; 3DYA A; 3VF4 A; 3WNF A; 5I9E B; 2JWK A; 1N33 K; 3HTV A; 3ZEU B; 4BWM A; 4DF4 A; 4CJ3 A; 3OS0 A; 3OJU A; 1RNH A; 1FKO A; 4NXM K; 1L5U A; 1WAF A; 2VG6 A; 2G8U A; 3MN7 A; 3T1Y K; 3SUO A; 2Q1N A; 4I7F A; 1BA0 A; 1JJ2 M; 1HX1 A; 2YX6 A; 3SJH A; 4DSF A; 4MFB A; 4FLT A; 2Q31 A; 3EYZ A; 2P9U A; 2NLX A; 3O4N A; 4J2D A; 1Q9Y A; 2D4W A; 3KTQ A; 2OPQ A; 4IO9 L; 3QML A; 1VQO N; 4NYF A; 1BU6 O; 3OYF A; 4DFK A; 3D6R A; 4CHN A; 2A1S A; 1NKC A; 3HPO A; 3THW A; 4CJ7 A; 4M3U A; 1QSY A; 4H0P A; 4BR4 A; 1HKB A; 4DTX A; 2E6L A; 4BVP A; 1J9A A; 2G8I A; 2QXL A; 3IKM A; 3QLH A; 3LWM A; 4M3Z A; 1S1W A; 4FM1 A; 3SBG A; 2GWK A; 3E9L A; 4J2B A; 1IV0 A; 3ENH A; 3J7A P; 3H3N O; 2Y1I A; 4CZG A; 1TYQ A; 3L3U A; 3VER A; 3AAR A; 1TKT A; 1NGB A; 4AHV A; 4M41 A; 3NH1 A; 4BR7 A; 2NNW A; 4CJF A; 5AJ3 K; 2P5G A; 2VG7 A; 4O4G A; 5AQI A; 3U8X A; 3SJJ A; 1QVG M; 1RTI A; 4U67 L; 1YXQ A; 3G6E N; 2Q0R A; 3QB0 A; 1TK5 A; 2OPS A; 3LPT A; 1CZB A; 2EX3 A; 3CQ8 A; 2JGU A; 2VGM A; 3C94 A; 2E6M A; 2P9K B; 3SLC A; 3IFR A; 1N6Q A; 3HK2 A; 3CC2 N; 3V9S A; 4IFE A; 4DFM A; 4FJ5 A; 5T7B A; 4FJH A; 4CF9 A; 4CZK A; 3ZCM A; 3C7N A; 4EP4 A; 4B1V A; 2W42 A; 1VSK A; 2H3G X; 4DKW A; 1BIZ A; 1S1T A; 2ZE2 A; 5HRO A; 2VGN A; 4W5O A; 3TAN A; 2ATQ A; 4CJV A; 3S9H A; 3NDK A; 3AVJ A; 4H0Y B; 4DQ8 A; 3VGM A; 4X66 K; 1BIS A; 1C0T A; 1RDD A; 3MK6 A; 4B3S K; 4BRC A; 1TKD A; 4NO7 A; 1NGF A; 1JLQ A; 3AO2 A; 1UWB A; 1I3A A; 2AJQ A; 2QK9 A; 3O8M A; 2UYT A; 3P83 D; 4K8X A; 3KD5 E; 1DEJ A; 3DLR A; 5TKW A; 4BRM A; 1QHT A; 2F7T A; 4CE9 A; 2QKK A; 3CPE A; 1BDG A; 2CH6 A; 4K8Z A; 4W5R A; 1X9M A; 4DU4 A; 1L3V A; 4FLW A; 5EU7 A; 5GAG P; 4B1U B; 4LSL A; 4N47 A; 1J5O A; 3VPZ A; 5M1K A; 1Y64 A; 3RSE B; 4IJA A; 1T05 A; 4CK3 A; 1TL1 A; 3FZH A; 2YNI A; 4F2R A; 3WNG A; 1X9W A; 4K41 A; 4PUO A; 2A1R A; 3SMP A; 4CZF A; 4OLB A; 1KLM A; 4OKJ A; 4PHT X; 4JI3 K; 3T19 A; 3LP2 A; 1FXX A; 3A2F A; 4JD2 B; 3MMV A; 4FWN A; 4DG1 A; 1SL0 A; 4M42 A; 4FWS A; 1JXE A; 3S3N A; 1K8A O; 1RT6 A; 3SBT A; 2ZJQ L; 1M90 O; 4CJ4 A; 1VQM N; 3HSC A; 2QW9 A; 3WXJ A; 1KFS A; 1TL3 A; 2IDO A; 5HLF A; 3L4Q A; 5JLH A; 4GV6 A; 1LW0 A; 1V4T A; 2QWL A; 3IMX A; 1HNV A; 4AF1 A; 1RDB A; 1B92 A; 1S22 A; 2KZZ A; 4F9O A; 2A5X A; 1HR0 K; 4CJL A; 4IDH A; 5AFU H; 1OKJ A; 3MDQ A; 4KHU A; 1HMV A; 3DM2 A; 3TAR A; 4PY5 A; 3VTI A; 3NF6 A; 4YDU A; 4FWO A; 4NB4 A; 3QEI A; 4MO4 A; 1D4X A; 5C42 A; 1BCM A; 4CGH A; 4JKA A; 4F2S A; 1EX4 A; 4M3W A; 4YOY A; 4CK1 A; 4G9Z A; 3H1V X; 3SNN A; 2AA4 A; 3WXI A; 4FWK A; 3MCA B; 5KGX A; 3DOL A; 2DPN A; 1QZ5 A; 4K43 A; 4C8N A; 4IZ9 A; 3O9R A; 4B3O A; 3DRP A; 2FBT A; 2EWS A; 4JKB A; 1XWL A; 1ZBS A; 3VN5 A; 2BTF A; 2VYP A; 3ZSV A; 3CCR N; 3SUN A; 3CC7 N; 4CBW A; 4ID5 A; 1GOC A; 2V52 B; 5HRP A; 2YHA A; 1X9J A; 5JMV A; 3CFO A; 4FLV A; 4CVN E; 1VQN N; 4PKG A; 4ILG B; 4C8M A; 3WEE B; 2HST A; 3H46 O; 3KK7 A; 3MN5 A; 2D0O A; 4CJR A; 4DMN A; 3WNH A; 1MWM A; 1YHQ N; 1BHL A; 1WSI A; 1D5A A; 3FR0 A; 4YNQ A; 4H5T A; 4JK9 A; 4DR4 K; 4FJN A; 2O8F A; 2O8C B; 4LFA K; 2O4I A; 2D0P A; 1Q9X A; 4ELV A; 2F96 A; 4OPK A; 4DQP A; 3C6T A; 2Z1I A; 4Z4H A; 3DOK A; 4DU1 A; 4BR9 A; 3U6F A; 4OGC A; 2ZJR L; 2OZM A; 1HUX A; 3DLK A; 3RVC A; 4H5V A; 1MDU B; 3K2P A; 4KH4 A; 4BRP A; 3J8A A; 4IFV A; 5DK5 A; 4WCE L; 3OTO K; 4E7H A; 1IKW A; 1NM1 A; 3JYT A; 3B6P A; 3ULE A; 3LP0 A; 4Z0U A; 2ZF5 O; 1NMD A; 3MXJ A; 2XY5 A; 4FL9 A; 4O8U A; 3VEW A; 3KIO A; 2RPI A; 3RRH A; 5LMN K; 4FLY A; 2HF4 A; 2E2O A; 1G99 A; 2G8F A; 2F4V K; 3LDO A; 3B6O A; 1ITG A; 4HHT A; 4DTU A; 2QA4 N; 5EXW A; 2HHH K; 3A5O C; 1N8R O; 3HM8 A; 3ZT4 A; 4I2Q A; 3QBW A; 3ZT3 A; 3SUP A; 4IFY A; 3W0L A; 4MDB A; 1YJN N; 1RIL A; 1TKZ A; 1HPM A; 4JAX A; 3PLA A; 5AZI B; 4CGI A; 4BC4 A; 5BPM A; 4AHU A; 3PX4 A; 3CJ7 A; 4HVJ A; 3ENB A; 5FPN A; 2R7Y A; 4BRO A; 5CYM A; 1NK6 A; 3AA4 A; 1NG9 A; 4A61 A; 1K8K A; 2QM1 A; 4AHC A; 2ZM6 K; 3DXK B; 3S3O A; 4KHP K; 1NJZ A; 1XUP O; 1X9S A; 4XIU A; 4Q5V A; 4AHT A; 3CME N; 2PAV A; 4O44 A; 5BR8 K; 5M1O A; 5KRT A; 4JLH A; 4LY7 A; 1RDC A; 3M8S A; 2P9S A; 3IRX A; 4DLG A; 3BF3 A; 2E4L A; 3IDH A; 2HBM A; 4O8K A; 4OJR A; 4KFB A; 5KGW A; 4B3R K; 1TVR A; 1S1X A; 4EHU A; 3NVM A; 3KJV A; 1T03 A; 3KZB A; 3WXK A; 1WSH A; 4DTN A; 4DHY A; 4Z4I A; 3ZSO A; 5FRM A; 2D1K A; 1C0G A; 4FK0 A; 5AQY A; 4IXC A; 4FLU A; 1WSE A; 1ZC6 A; 1J5E K; 1EKE A; 3FFK B; 4CZH A; 4GVE A; 2YHY A; 2QKB A; 3SQ1 A; 2G8V A; 2E20 A; 3NF9 A; 3D45 A; 3KLE A; 4JK7 A; 1NJW A; 3M8P A; 4XEI A; 4Z4G A; 3BZC A; 1EET A; 3CM5 A; 4QAG A; 4RTF D; 2FF3 B; 3AVK A; 3HPG A; 4CI6 A; 4A57 A; 3RTV A; 5JVH L; 3CQY A; 4FJM A; 2A41 A; 1YF5 L; 3QIO A; 1BA1 A; 1BO5 O; 2HBL A; 5FPM A; 3ZX2 A; 5FPD A; 3ID6 A; 1ZBH A; 5AQZ A; 4B08 A; 4KPY A; 4CF0 A; 4CED A; 4E7K A; 3CQX A; 5J2Q A; 1X3M A; 3AVF A; 3CIP A; 4HTL A; 1QQN A; 4JKG A; 2UU9 K; 3TPQ A; 5LMU K; 2OCE A; 3HPH A; 3AVC A; 3UB5 A; 4FZX C; 4CHQ A; 4BRI A; 5M1P A; 4CF8 A; 1K73 O; 1TGO A; 1N36 K; 4B9T A; 1ZBU A; 1HJR A; 1RBS A; 1Z26 A; 5AZI A; 4DQI A; 4QCL A; 3ZT1 A; 1OH6 A; 1NOY A; 3AAP A; 4JI7 K; 3M5R A; 4MQ3 A; 1LWF A; 4FJL A; 4DV2 K; 4GVM A; 1VSH A; 1VQ5 N; 1GLE G; 2VQE K; 1RTJ A; 5AZJ A; 4B3T K; 3MN9 A; 4CZM A; 1GLD G; 1MU2 A; 2UXD K; 1VRT A; 1SZ2 A; 2Q36 A; 1DLO A; 4BE2 A; 4DSK A; 5DM7 L; 1R59 O; 3NE6 A; 5AQH A; 4WQ5 C; 4BRN A; 5JS2 A; 1FW6 A; 3LP1 A; 2EHG A; 5IT9 O; 1N5Y A; 3THY B; 2P9U B; 3I8D A; 5C10 A; 3G0Z A; 1S5J A; 3HM9 A; 1CXQ A; 4BRG A; 3RMB A; 1TK0 A; 4FJJ A; 4CHY A; 4FLZ A; 4B1X B; 3THW B; 2YKM A; 4C8K A; 1RDW X; 4I6M A; 5AQR A; 4AHR A; 3Q7C A; 3PIP L; 5BN9 A; 4ZHR A; 5LJW A; 4FPB A; 1D9F A; 1LW2 A; 4L8R B; 2QWP A; 3VA0 A; 2V7Y A; 2IC3 A; 3T69 A; 5EOY A; 3SK3 A; 3M3Z A; 4LD0 A; 3VQQ A; 4OKK A; 1UAX A; 1E4G T; 2KHO A; 2WFB A; 1M1K O; 2QWN A; 3LDL A; 4FK4 A; 3EO3 A; 3VEO A; 5GAH P; 1TYQ B; 2IIR A; 3ASM A; 3BY5 A; 5J1E A; 1ATS A; 1RT3 A; 3F9M A; 5LL6 Z; 4F3T A; 2ZD1 A; 2I7N A; 3ZLJ A; 1ZBF A; 1HQU A; 4DQS A; 3PSF A; 1W7A A; 3FZF A; 5KQ8 A; 3DLG A; 4J2E A; 3AVM A; 3AA2 A; 1KLN A; 3LAN A; 1W0H A; 3VQD A; 4BVO A; 4C23 A; 5F1X A; 3D2F A; 4HUG A; 3O9T A; 4CZL A; 3J7Z O; 3K9J A; 2B4J A; 4H0V B; 3C7N B; 1E4F T; 4FWP A; 4KB0 A; 3LZI A; 2GUP A; 1VQK N; 2HW3 A; 1B9F A; 5AQL A; 4CGD A; 4GKJ K; 1J53 A; 1C0U A; 3H6E A; 4Z4C A; 3SQ0 A; 3WXL A; 5CYQ A; 2F9W A; 2VG5 A; 3AV9 A; 3AVG A; 4LC9 B; 5HL7 L; 2LSN A; 1GLL O; 5BPL A; 1XMQ K; 4B9N A; 3L2Q A; 4CEQ A; 4KH5 A; 1X3N A; 3VQ8 A; 4CGJ A; 2G8H A; 1I39 A; 3CJ1 A; 5KI6 A; 3V1O A; 4F8R A; 4X62 K; 1S1U A; 3THY A; 2DTU A; 1W9H A; 3EY1 A; 1BG3 A; 4CFA A; 3GOI A; 3ISN C; 5ELZ A; 3CC4 N; 2PZS A; 1RT1 A; 3ZT2 A; 4DV5 K; 1DTT A; 1NWK A; 1WBB A; 3E1Y A; 3M6G A; 1QQM A; 5JIC A; 1BIU A; 3ULD A; 1XC3 A; 4BRQ A; 4NCG A; 4FPA A; 3LAK A; 3SPY A; 3MEE A; 1OH5 A; 4BE1 A; 3N4P A; 4B1W B; 4FM2 A; 5C15 A; 2RE2 A; 4OKE A; 4IWV A; 4BRF A; 3R3L A; 4I9L A; 3THV A; 4GNI A; 4B1Y B; 3MXI A; 1MWK A; 2QWO A; 4JI2 K; 1TAU A; 1RTH A; 2HVI A; 3CCM N; 1JCG A; 1RT5 A; 1EO1 A; 1LV5 A; 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