The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tolR
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| total genus |
19
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWL A; 2PFU A; 2JWK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FRO A; 2OYQ A; 4KHU A; 4DU4 A; 5AZJ A; 1S9G A; 3OJU A; 1QSS A; 4EP5 A; 2W40 A; 3ATV A; 4PA1 A; 2UYT A; 2V52 B; 4PKH A; 4WFB L; 1EO1 A; 4BR5 A; 1RDA A; 1S3X A; 1W97 L; 3EL2 A; 3KKR A; 5BN9 A; 1ZBL A; 2IDO A; 4CED A; 5AFU H; 4BRA A; 1JJ2 M; 5C10 A; 1J5O A; 2VQF K; 1DT9 A; 3CPE A; 4DV0 K; 5D3G A; 1NWK A; 3LDO A; 3QDK A; 4M63 C; 3CJ7 A; 3VF6 A; 3MXM A; 1VSH A; 2F8S A; 4IJN A; 1L3U A; 3E66 A; 2HW3 A; 2UXD K; 1MA9 B; 1RBR A; 4OPK A; 2V7Y A; 1GLD G; 3KHY A; 5H1S Q; 2D0B A; 3E01 A; 5AQS A; 1ATS A; 1X1P A; 1Z05 A; 2HOE A; 3WXM B; 1EX4 A; 4CJW A; 5LMN K; 4NCA A; 5BR9 A; 3O9U A; 3PSF A; 1JLC A; 3RSE A; 1MWM A; 5FDL A; 2ITM A; 3VQ5 A; 1D8Y A; 3PIP L; 2P51 A; 1RNH A; 4H5V A; 4OX9 K; 3MEC A; 1E4F T; 4CHO A; 1TK8 A; 3SAF A; 3IAY A; 4YY3 K; 4YOY A; 3O3F A; 4FOE A; 3ZSV A; 5FPN A; 2E6M A; 2YCH A; 3L8B A; 4PUO A; 2E88 A; 3HTV A; 5CE3 A; 3THX A; 4AM7 A; 1BCM A; 3C95 A; 3RRG A; 2YKM A; 5KTQ A; 1ASU A; 4CBW A; 3ATU A; 4WE1 A; 2EHG A; 3WNF A; 4DV3 K; 4FVM A; 4BRI A; 4DQ8 A; 1J6Z A; 1L5U A; 3VGL A; 4ISE A; 1BA1 A; 1GLB G; 3MXI A; 3ZT2 A; 3HI0 A; 3CM5 A; 4KAZ A; 5AQF A; 1S1X A; 5CYM A; 4AHU A; 1A5X A; 4DFJ A; 4KI4 A; 2BAN A; 2G8W A; 1YTA A; 4DR5 K; 1J5E K; 2IOC A; 3QLH A; 1M1K O; 2X6N A; 5AQO A; 3O1W A; 3RSE B; 1BWF O; 4CEZ A; 3IMX A; 2HNZ A; 4JKE A; 2FSJ A; 4H0T B; 3QER A; 3KVG A; 1RT3 A; 2NRT A; 1VSM A; 3VGK A; 3CXC M; 2DFE A; 4CJR A; 1B92 A; 3AVG A; 3FFI A; 3HT3 A; 3CQX A; 3BP8 A; 4XH4 A; 2H3G X; 3PSI A; 1RTI A; 2O8F B; 1YXQ A; 1XMQ K; 4FJJ A; 5HBM A; 3THX B; 4C8O A; 1U6Z A; 1WSJ A; 4JI4 K; 1IBL K; 1ZC6 A; 1QVG M; 3HYF A; 3MED A; 5JIC A; 1I3A A; 4BRG A; 1NNE A; 1QQO A; 1L3V A; 3ZT4 A; 4E3S A; 4Z94 A; 4DV7 K; 2JWL A; 2ETJ A; 1J54 A; 2YJF A; 4H4M A; 5KQ8 A; 4B1X B; 2NRV A; 5SWM A; 2V7Z A; 1C1A A; 4OKK A; 1Z26 A; 4DV5 K; 3O08 A; 2HHH K; 4CEB A; 1K6Y A; 2BTF A; 3O1B A; 4OLB A; 4A2A A; 1C0F A; 5AQG A; 5CZ1 A; 1IKW A; 3SMS A; 5HRR A; 4FWM A; 1WUA A; 2D1K A; 5J2Q A; 2FF6 A; 5C15 A; 4UQG A; 4FK2 A; 2HVI A; 4BE2 A; 2VGN A; 4NYN A; 4CVN E; 3QEI A; 3VEV A; 1KLN A; 2CH6 A; 4K41 A; 3H46 O; 1VSI A; 4CW7 B; 2PFU A; 4CHZ A; 1MU2 A; 5JVH L; 2JLE A; 2HHQ A; 3TTF A; 2YNI A; 5AQT A; 5KRT A; 4CJE A; 4CFB A; 1HRH A; 2GBZ A; 2P5O A; 3DWL A; 4RW4 A; 3C0B A; 3HPH A; 4CJP A; 4ELU A; 5AFU A; 2UUB K; 3TWH A; 3ZEU A; 3DJC A; 2QI2 A; 1LAW A; 4CZG A; 2E20 A; 2HMI A; 1BQM A; 3Q7C A; 1Q82 O; 3NMU A; 1JL1 A; 1T6D A; 1NMD A; 4CJF A; 2IVN A; 4DQI A; 2A1S A; 4F2S A; 4WQ5 C; 4CIE A; 3R8E A; 4F9O A; 2WUS A; 3L2Q A; 3VQ7 A; 1YIJ N; 5KGX A; 2Q0U A; 4KFB A; 5LJV A; 1JL2 A; 3GL1 A; 4FCY A; 1FXX A; 2ZD1 A; 4DFM A; 2YJE A; 3EKU A; 5FPE A; 3KK2 A; 1DTT A; 3DLK A; 5BRE A; 3THY B; 5FPD A; 2ZWH A; 2PY5 A; 2PYJ A; 1N6Q A; 5AQR A; 1WBD A; 1N32 K; 5JLH A; 1J9A A; 1DEJ A; 4N5S A; 4KRE A; 1QQC A; 1RTD A; 4EAH D; 4DTJ A; 4BVP A; 2ZF5 O; 3AVN A; 2HB5 A; 4OGE A; 3H08 A; 4YHH K; 1RT5 A; 3ZSY A; 1T8E A; 3IS9 A; 2ASP A; 3O9R A; 3LL3 A; 3O4N A; 1NKB A; 3D6R A; 4CFC A; 3ZSX A; 3DOL A; 2WC9 A; 3N4P A; 4B1Y B; 3SLC A; 3VQ4 A; 4CEQ A; 1VQM N; 1QTM A; 4JK8 A; 1BA0 A; 2Q0R A; 2Q2R A; 3AVA A; 3SV3 A; 5GAE P; 3K59 A; 4BQL A; 4DQR A; 3QNN A; 3TTD A; 4JKA A; 3LWM A; 3F5T A; 2XY7 A; 3OYL A; 1WAF A; 4A62 A; 3SI6 A; 3PX4 A; 5F0X A; 1HJO A; 4W5R A; 3T1Y K; 3ZYY X; 4A2B A; 3H1V X; 2FF3 B; 4AHS A; 4M41 A; 1IKX A; 3KKS A; 5TKW A; 3CET A; 4H8K A; 1KVA A; 2KHO A; 1Q9X A; 1NGH A; 4BRQ A; 3I8D A; 4M7X A; 4B8C A; 1NGJ A; 1IBK K; 1QS4 A; 3LAK A; 3VQ9 A; 3V9Z A; 3W3D A; 1VSJ A; 4LF6 K; 3QB0 A; 4CF8 A; 4KB1 A; 4DWI A; 3KD5 E; 2PAV A; 4G1Q A; 4B3O A; 1B9D A; 3ZSQ A; 4DV6 K; 4CJ4 A; 1NJI O; 1X9W A; 2X6S A; 1S72 N; 1RCH A; 4DSK A; 1WOQ A; 4CHQ A; 2HHU A; 1HMV A; 2V51 B; 2J4R A; 4Y1C A; 1HNI A; 3SV4 A; 3WXI A; 2YV0 X; 1VQK N; 4IG0 A; 4DR1 K; 3OYB A; 1LWC A; 3V1O A; 3HOS A; 2BE2 A; 1SQK A; 2P9I B; 3IFR A; 3OW2 M; 4YOT A; 4C8N A; 3AA4 A; 2YHY A; 4C8M A; 1BI4 B; 4CJT A; 1HUX A; 4FOI A; 3MX2 A; 4IOX A; 3VQA A; 4C8L A; 4FK0 A; 4M7Y A; 3DLB A; 4QS8 A; 1C0T A; 3R1X A; 4CF9 A; 4N56 A; 1RGI A; 4M3Y A; 3AO5 A; 3L0Q A; 1VQ5 N; 4XH1 A; 4CGF A; 5DM7 L; 1TUU A; 5LMU K; 3U3Y A; 1VQO N; 1NGC A; 1VHX A; 1HQU A; 4Z4E A; 3I0R A; 5JVG L; 3SJJ A; 4FZX C; 3KK3 A; 3OYD A; 4XEI A; 4PKG A; 1L3T A; 4BWM A; 4B3S K; 4H0X B; 3ULD A; 4IOA L; 5GIP A; 4JK7 A; 3P31 A; 4E7I A; 1ITG A; 4DQS A; 3TAN A; 1VSD A; 4NYF A; 3ZT3 A; 5EX5 A; 1HPM A; 1LOT B; 3EO3 A; 3NF7 A; 5C2F A; 2QM1 A; 3TAP A; 5C42 A; 4JKB A; 2CGL A; 2Z1I A; 5E84 A; 5KQD A; 3CJB A; 1VAZ A; 3VEN A; 1YJW N; 3LP1 A; 4IXC A; 3E9L A; 1T3V A; 3ID6 A; 4JS4 A; 3A5N C; 3NGZ A; 1P8Z A; 2E1Y A; 1KAZ A; 1SL2 A; 1U47 A; 3DM2 A; 1ATN A; 4FLT A; 1IBM K; 4CZI A; 5FLX O; 4CJ5 A; 2OTL N; 2DFH A; 1VQ9 N; 3HSC A; 4KPY A; 2HHS A; 3WT0 A; 4E7H A; 3UE5 A; 2NNW A; 4BRN A; 1RT2 A; 4DS5 A; 1U49 A; 4DV4 K; 1SAZ A; 3SUO A; 1C0G A; 3ULE B; 3AVF A; 4OKJ A; 2P9K B; 3LP0 A; 1R0A A; 1HNW K; 2Z1G A; 3V1R A; 4E1J A; 3PO4 A; 3A8Y A; 3VQ8 A; 3KLG A; 3C6A A; 2VG6 A; 2I5J A; 2P9P A; 4X66 K; 3ZT0 A; 3OS2 A; 3P1G A; 3JS6 A; 1VQ7 N; 1S1W A; 4C8K A; 3KZB A; 2QWR A; 3LDP A; 4CEC A; 5GIO A; 1WSH A; 1F21 A; 2HF3 A; 1KSP A; 4FZY A; 3RVC A; 1NOZ A; 4H0Y B; 4JYA K; 2OPP A; 4DFP A; 3CPW M; 1YVU A; 3I55 N; 4NLB A; 4KHP K; 1YUW A; 1ESV A; 1H1V A; 3MWP A; 4B1U B; 4L8R B; 4M3U A; 2FSN A; 1S5J A; 1DLO A; 1NGD A; 1RDD A; 3LM2 A; 1XI1 A; 1K8A O; 4O0J A; 5EU7 A; 1LWE A; 2F9T A; 2P9L B; 3OY9 A; 4B9S A; 2ZGY A; 3ZX2 A; 3UKR A; 3MX5 A; 2A40 A; 5HRO A; 1TK5 A; 3FR0 A; 3I0S A; 3VGM A; 5BRD A; 1IH7 A; 1DTQ A; 1W9H A; 2W6L A; 4B08 A; 1N5Y A; 3AY9 A; 4O8U A; 3QML A; 1EXQ A; 4CK2 A; 4FWK A; 3M6G A; 3SPZ A; 1NKE A; 3OYA A; 2O8B A; 3OS0 A; 3GDQ A; 3ZT1 A; 1GOC A; 3V9U A; 1VRT A; 4A59 A; 2YNG A; 4WCE L; 3V9X A; 2Z1H A; 1YAG A; 1EET A; 3HP9 A; 4DR3 K; 4CD1 A; 1KRP A; 2XY6 A; 1QHT A; 1JXB A; 1BL3 A; 1EQY A; 4H5W A; 4H5T A; 4JI3 K; 4KO0 A; 4IFY A; 4OLA A; 2RF2 A; 5HRP A; 3T3F A; 3S3N A; 3SMP A; 3CJA A; 4FJG A; 2ZJR L; 4IO9 L; 3ALY A; 1OH5 A; 1RBV A; 3UKR B; 4KI6 A; 3HO1 A; 1EWR A; 4FZZ A; 4M3Z A; 4QS9 A; 4DV2 K; 1Y97 A; 3IRX A; 5JLF A; 4DMN A; 1WSI A; 4KH6 A; 3UB5 A; 1QHA A; 1DKG D; 3F73 A; 4I9Q A; 5BPN A; 4KRF A; 2NUB A; 3QET A; 1XC9 A; 3BGR A; 2O8B B; 5KPZ A; 3CCJ N; 1HKB A; 3TSQ A; 4CEF A; 3KJV A; 4JN4 A; 5DK5 A; 3K0S A; 3QIN A; 5AQU A; 1K73 O; 1P90 A; 3BUZ B; 1KQS M; 2PZS A; 3SYZ A; 1CXQ A; 4OPA A; 1N8R O; 3CCV N; 1YTU A; 3R6M A; 3VER A; 2R7Y A; 1S6P A; 2BGG A; 4CF2 A; 1ZBS A; 2XHB A; 1CZA N; 1RT7 A; 1ZYQ A; 4BRF A; 5DMR A; 4LFA K; 3PLA A; 4DF8 A; 3O3G A; 1QZ5 A; 4BC3 A; 5J1E A; 1C0U A; 3K5L A; 4NB4 A; 5BPM A; 4FM0 A; 4NO7 A; 1HR0 K; 3OBY A; 2FBT A; 4GW6 A; 3SQ1 A; 1CZB A; 1FW6 A; 4E7J A; 5AQX A; 4HTL A; 1HJR A; 1YJN N; 1IV0 A; 5AQW A; 2D0C A; 3K57 A; 3HRG A; 1XUP O; 1U04 A; 1S22 A; 1SV5 A; 4R79 A; 2GEL A; 5C12 A; 3TU5 A; 2IVO A; 4JKG B; 3OJS A; 1X3N A; 3EN9 A; 4Z4C A; 4KB0 A; 4BDY A; 4JHD B; 2A6A A; 3A5O C; 2P5G A; 3SCX A; 5JS1 A; 2YNF A; 4AM6 A; 3L3V A; 3CMA N; 4CHY A; 4QOZ B; 4CJV A; 4BQZ A; 2XY8 A; 2Q31 A; 5BRF A; 1D5A A; 4B1Z A; 5HLF A; 5CR4 A; 4HUF A; 1KAX A; 3LPU A; 2O8F A; 2DTU A; 5AQV A; 1JXE A; 5FRN A; 4JV5 K; 4J8F A; 3VQB A; 2D0P A; 5GAG P; 2GTD A; 1O1W A; 3WXJ A; 2RE2 A; 3AA2 A; 5CZ2 A; 4FVU A; 2GWK A; 3HM9 A; 1HYV A; 2KFN A; 3L6Q A; 3HPG A; 3KLF A; 2CGK A; 3DAW A; 4B8A B; 3J81 O; 4BG9 A; 3SUQ A; 4BRO A; 2VCP A; 4CEE A; 3V1Q A; 1C1B A; 4CK3 A; 3BZC A; 3HOT A; 2B5J A; 2F96 A; 1NGB A; 1NJZ A; 5J2N A; 4FLU A; 2OAN A; 5M1N A; 4FM2 A; 3L2U A; 1HX1 A; 4CD3 A; 2IIR A; 5BN8 A; 4BR9 A; 4E19 A; 4DQP A; 2OTJ N; 3AVB A; 2DFF A; 3D45 A; 4NXN K; 1REV A; 1YIT N; 3NE6 A; 4GMJ B; 4B1W B; 4LFC K; 2A41 A; 3MCA B; 2LSN A; 4FLW A; 4BRE A; 5A2Q O; 4FJX A; 1LW0 A; 1KVC A; 4CZJ A; 4GVM A; 1C0M A; 2HBJ A; 5M1P A; 3I56 N; 4CJK A; 4X62 K; 1XWL A; 4AH9 A; 2HMP A; 5EVZ A; 2YNH A; 3SZ2 A; 1NKC A; 5BRH A; 4BY9 C; 2QXL A; 4BDZ A; 2FXU A; 4EFH A; 3THW B; 4DSL A; 2NZT A; 1S6Q A; 3CG7 A; 3NGY A; 4CE9 A; 4JI1 K; 5K14 A; 2HNY A; 5AQY A; 3N4Q A; 3WUH A; 4IKF A; 2FBV A; 3PY8 A; 1XNQ K; 2ZGZ A; 2YI1 A; 3AVH A; 4IOC L; 4GKK K; 3EE9 A; 2VG5 A; 5J2M A; 2WBN A; 3C94 A; 1TKT A; 3DLR A; 2P9N B; 3MEG A; 3G10 A; 5AZI A; 3EYZ A; 2Q1N A; 4CBU A; 4O5B A; 1X9S A; 1N36 K; 4XH5 A; 4FLX A; 2E1Z A; 3F2K A; 4FLY A; 2O8E B; 5M1Q A; 1Z25 A; 3P38 A; 4AHC A; 5AQJ A; 1TGO A; 3GE1 A; 3THY A; 2NRZ A; 4PL7 A; 4DR4 K; 3THV A; 3M5R A; 4N76 A; 3J80 O; 4DR7 K; 4CHN A; 4FYD A; 3S3M A; 5KGW A; 2KQ2 A; 3U8X A; 5BPL A; 4CIF A; 4CHP A; 3VF2 A; 4QAG A; 1W2B M; 3OYF A; 3AGK A; 4MFB A; 3VPZ A; 4KTQ A; 3OA9 A; 4CGH A; 4JEP A; 2DPN A; 1IKY A; 1T6C A; 5I3U A; 1TAU A; 5C24 A; 4EHT A; 3D0P A; 4ZHR A; 4I9L A; 1I39 A; 2D5R A; 4LF5 K; 5TKY A; 4CEA A; 3AAR A; 3CER A; 4ILH A; 2O8C B; 2B6A A; 3CJ9 A; 1IG9 A; 5AQK A; 3QEX A; 2NRR A; 3WNG A; 3VN5 A; 2XO7 A; 3S41 A; 1S1T A; 1ASW A; 4LF4 K; 3AO2 A; 4JK9 A; 3K5N A; 1JCF A; 3HVT A; 3V4I A; 2BH1 A; 3FZF A; 4JKD A; 5AZI B; 1OH7 A; 1NOY A; 4NXM K; 4FLV A; 3VEX A; 3CJC A; 2WOM A; 4Y1D A; 5SZT A; 2VWK A; 2IVP A; 5FRM A; 2Z1J A; 3H6E A; 3TPQ A; 3FZK A; 4C23 A; 1SKW A; 1NK7 A; 3LDQ A; 3CC7 N; 2KLA A; 2KTQ A; 3NF8 A; 1HYZ A; 1W0H A; 1JCE A; 3AVI A; 2NLX A; 1TVR A; 1HNZ K; 1TL1 A; 4I6M A; 4DUY K; 4OO1 J; 1RBT A; 2I7P A; 4FWN A; 1ZBU A; 2QWQ A; 5AQZ A; 3CCE N; 1A5V A; 2A3Z A; 3TAG A; 3M8S A; 3LP2 A; 2VGM A; 5EOY A; 5J2P A; 5F2R A; 4W5O A; 1GLC G; 1HYS A; 3QEP A; 2AA4 A; 1WNS A; 1LWF A; 2GEM A; 1SKR A; 4YOW A; 4XIU A; 4BWJ A; 3O80 A; 4CGI A; 4DTX A; 3LDL A; 1SL0 A; 1Q8I A; 1TYQ B; 1XNR K; 4JKH A; 1NJW A; 4Z4F A; 3U9D A; 1JLG A; 4JI0 K; 4IDH A; 4KHS A; 3V9S A; 2P9I A; 4CBX A; 3LWL A; 4F2R A; 2Y1I A; 2P9S B; 4LF8 K; 2Q36 A; 3IKM A; 1BI4 A; 1RDU A; 4BR7 A; 1YI2 N; 3NAE A; 5LJW A; 1ATR A; 3C7N B; 3HZ6 A; 4FPA A; 4DSJ A; 2KW4 A; 4F8R A; 2QA4 N; 3O9Q A; 2O4G A; 2VWB A; 3DRS A; 4WFA L; 4M3T A; 4A5A A; 3TTC A; 4I6M B; 3VES A; 4DUZ K; 2UXB K; 3HPO A; 3S9H A; 3AVM A; 3D2E B; 4BRD A; 2Q97 A; 3ENH A; 4YOX A; 3TAM A; 4JLH A; 4JD2 B; 1U48 A; 1TKD A; 4DLE A; 4JI7 K; 4K0K K; 4M3R A; 1VQL N; 4U7B A; 1OVQ A; 2HHW A; 5KRS A; 3QFP A; 3WXK A; 1T05 A; 3LAL A; 3BF3 A; 4J2A A; 5JS2 A; 3ZX3 A; 3H45 C; 4BE0 A; 4JAX A; 2E2Q A; 1HNX K; 3RRH A; 5HOO A; 3D2F B; 1GLL O; 4HCB A; 1ZBF A; 2RN2 A; 3EY1 A; 3CC4 N; 2G8K A; 2OPR A; 3IG1 A; 2KZM A; 3O4W A; 3TAB A; 1UOC A; 3KTQ A; 1GOA A; 1JKH A; 4H0P A; 3DRP A; 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