The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
GSVPVILEVAGIGKYAISIGGERQEGLTEEMVTQLSRQEFDKDNNTLFLVGGAKEVPYEEVIKALNLLHLAGIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| molecule keywords |
Protein tolR
|
| total genus |
19
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JWK A; 2JWL A; 2PFU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4H0O A; 3MDQ A; 3O9R A; 1C6V A; 3FGU A; 3PSI A; 2D0A A; 1SS6 A; 2E2O A; 4CF0 A; 4CK3 A; 2OYQ A; 4FM2 A; 1XMO K; 1JLB A; 1RDC A; 3P1G A; 1S1X A; 4BWJ A; 5ADX A; 1MA9 B; 3CD6 N; 4U7B A; 1B9F A; 2ZWH A; 3TAP A; 1IV0 A; 4GVE A; 2PAV A; 2BH1 A; 3QET A; 3OHR A; 4JK8 A; 4ZTJ A; 1RDB A; 2WTU A; 4OX9 K; 2A41 A; 2Q31 A; 3FFK B; 1TYQ A; 3CCU N; 3DM2 A; 5TKY A; 1HNI A; 4QS9 A; 1VSI A; 4JLH A; 4X65 K; 1NMN A; 2HHS A; 3QB0 A; 4X62 K; 3NH0 A; 1MU2 A; 1EXQ A; 1HNV A; 1NU0 A; 1YIT N; 4M63 C; 1QQN A; 4KTQ A; 3KZB A; 2YHX A; 1MDU B; 3C6T A; 4FOI A; 5M1O A; 4W5N A; 3D0P A; 2NNW A; 4JD2 B; 4IJN A; 3HXM A; 2FC0 A; 2PY5 A; 4HTL A; 3TSQ A; 3OTO K; 2FSK A; 4E3S A; 5AJ3 K; 2AP1 A; 2XO7 A; 1WSI A; 3WEE A; 2ZD1 A; 4FJJ A; 3KLG A; 1N6Q A; 3QIC A; 1WOQ A; 4CI6 A; 2HBJ A; 2FSJ A; 5HL7 L; 1HMV A; 4CF2 A; 1KD1 O; 3TAM A; 4IO9 L; 1B9D A; 5AQS A; 2QKK A; 1S1W A; 3OYL A; 2P9U A; 5AQJ A; 4WQ4 A; 1YF5 L; 1VSJ A; 2ZJP L; 2QW9 A; 5B8H A; 1WSG A; 1X3N A; 2A6A A; 3QO9 A; 3JXU A; 4DTR A; 4KRE A; 3G25 A; 3IG1 A; 3SBG A; 4BRD A; 4WE1 A; 3WXL A; 1GLE G; 3V1R A; 1ZC6 A; 4NO7 A; 3FZM A; 3TAB A; 3W3D A; 3H46 O; 5AFU A; 3AA4 A; 3CER A; 1NWK A; 1ESV A; 2NRX A; 2GV9 A; 4PA1 A; 3VQD A; 3VGK A; 3F9M A; 5H1S Q; 2NLX A; 4DLE A; 1IBK K; 1K8K A; 3OBY A; 1TGO A; 1EKE A; 3ATV A; 5HBM A; 3CJ1 A; 4E1M A; 4YOU A; 3CIP A; 5HLF A; 3TTD A; 1UA1 A; 4ISG A; 3I0R A; 4M3Z A; 4H5V A; 3VQB A; 3MEE A; 3VES A; 4JI6 K; 2QWM A; 3TI0 A; 4CZF A; 1QSY A; 4OPH A; 3NGZ A; 3EYZ A; 4KHN A; 3O3F A; 4B1U B; 1U2V B; 1TKT A; 3MN7 A; 4OVL A; 3C6H A; 1U47 A; 5SZT A; 2YX6 A; 5KQD A; 3VEZ A; 2P9S B; 4JHD A; 1C0F A; 4FJH A; 5EXW A; 1B92 A; 2E2Q A; 2NZT A; 4EHU A; 2XY7 A; 4H5W A; 4DUY K; 2ASM A; 1XHZ A; 2UUA K; 3KWG A; 4NCB A; 3M5R A; 4AH9 A; 3VER A; 4CZJ A; 1P90 A; 2YHY A; 4CZL A; 4FVU A; 1EWQ A; 1FXX A; 4AQY K; 3LAN A; 4CD1 A; 4IEE A; 2R7Y A; 1TK5 A; 2KTQ A; 5AZI A; 3OY9 A; 1YXQ A; 2OPP A; 1JXE A; 2A42 A; 2YKN A; 3VQ7 A; 2W41 A; 3ZSV A; 2QXL A; 1S6Q A; 4BVO A; 2G8K A; 3E9P A; 2Z1H A; 1KQS M; 2IIR A; 1P8Z A; 4CJQ A; 2WC9 A; 3RMA A; 3HBT A; 4BG8 A; 3D6R A; 2Z1J A; 1K8A O; 2NRZ A; 1ZBS A; 4IKF A; 1KAZ A; 3GL1 A; 2HHQ A; 3RTV A; 5AQM A; 3V1O A; 1QZ5 A; 3ZEU A; 3G0Z A; 3F9K A; 3VF2 A; 1U4B A; 3KTQ A; 3T1H K; 2VWB A; 1NJW A; 4FOE A; 4KTW A; 1J53 A; 1YIJ N; 4C1N I; 1BDG A; 3LDS A; 2O8C A; 1IKW A; 4PKG A; 1ZBU A; 3FE1 A; 2VWJ A; 2YNI A; 3P39 A; 3D2F A; 3N4Q A; 3EEQ A; 3FLC O; 1S22 A; 3I8B A; 2VCP A; 4KHW A; 5AQL A; 3DJC A; 1WUA A; 2OTL N; 2IC3 A; 3AY9 A; 2VQE K; 3G6E N; 4PQU A; 4I6M B; 1BCO A; 3DLR A; 3V4I A; 1KRP A; 1SL2 A; 4A2B A; 4O0I A; 2DPN A; 4H0T B; 2O8D B; 4YOY A; 2Z1G A; 3HPH A; 1WBD A; 3DOL A; 4FXD A; 4YNQ A; 3KK2 A; 5AQI A; 1YJW N; 4IG3 A; 3VQE A; 4YDU C; 1BUP A; 1DLO A; 3C65 A; 3IFR A; 3ATU A; 2DFH A; 1GLJ O; 1DT9 A; 2W6K A; 5GAD P; 1T6D A; 5DK5 A; 4I9L A; 3DLH A; 4JEP A; 2YV0 X; 4HCB A; 4C8O A; 4FJ5 A; 5FRN A; 1KVC A; 1HQU A; 1RTH A; 4NYF A; 3VN5 A; 4DFJ A; 2V7Y A; 3FZL A; 1TK0 A; 3OVN A; 4KPY A; 3ID8 A; 1ATS A; 1J6Z A; 1EO1 A; 4B1V A; 3HI0 A; 3ZSY A; 4CBX A; 1RT3 A; 3EE9 A; 3Q7B A; 3OJU A; 4E7L A; 4FJX A; 5F0X A; 3ZSW A; 1T03 A; 5BN8 A; 4C8M A; 3O9T A; 5AQX A; 3OYF A; 3DMJ A; 4DR5 K; 4B1W B; 5ADX H; 1VQ8 N; 1NGH A; 4LD0 A; 1ASU A; 5GAG P; 1R0A A; 2NRV A; 2KHO A; 1CXU A; 3TR8 A; 1LWC A; 5M1N A; 2I5J A; 3CQY A; 5AQP A; 3A5M C; 3U6F A; 1X9S A; 2ZF5 O; 3ZX2 A; 3WQU A; 4RW4 A; 3AGR A; 4KAZ A; 4FSV A; 2HOE A; 4DFM A; 3C95 A; 4IFV A; 5CR4 A; 4BE0 A; 4GY2 B; 5E84 A; 1RBT A; 4XIU A; 3K5L A; 4DWI A; 2P9N A; 1JLC A; 3EO3 A; 3HO1 A; 4WCE L; 1HUX A; 1OH7 A; 3CET A; 1QSS A; 3BP8 A; 2FLO A; 1C0T A; 1NKE A; 1L3S A; 3CFR A; 5C12 A; 4I2P A; 3K58 A; 3NH1 A; 3VA0 A; 4M3Y A; 4FPA A; 4E1J A; 4BGB A; 1VQ6 N; 3VOV A; 4FJK A; 3HPG A; 3VEX A; 5I42 A; 4RW9 A; 4IJA A; 4H0V B; 4BC4 A; 2ITG A; 5AQH A; 3F73 A; 4A57 A; 3J8A A; 4H5T A; 3HK2 A; 2VGM A; 4FLY A; 3PIO L; 1QHA A; 4DV3 K; 4GMJ B; 3OYN A; 3VF6 A; 1O1W A; 2F8S A; 4IXC A; 1KLN A; 4H8K A; 1VSD A; 4Z4H A; 3MEC A; 4LF7 K; 1DTQ A; 1GOB A; 4WFN L; 5C42 A; 4A61 A; 1VQK N; 3ENH A; 4IDH A; 4J2A A; 1C1A A; 3SAF A; 4CBU A; 3LAK A; 4NCA A; 1ATN A; 3ZSZ A; 4CER A; 4PKI A; 1BA1 A; 3ITH A; 4FJG A; 2UUC K; 1GLC G; 4X64 K; 5AQR A; 4B3S K; 3NE6 A; 4ELU A; 1QQO A; 2PZS A; 3TPQ A; 2P5O A; 4CJW A; 4DV5 K; 1NJZ A; 3WEE B; 5AFU H; 2EX3 A; 1LWE A; 5BRD A; 2IOC A; 4NXM K; 1KCF A; 3VQP A; 4JYA K; 4NLB A; 5C2D A; 2Q1N A; 3O4N A; 4CHY A; 4FJ9 A; 3AA3 A; 1Q82 O; 1EP4 A; 1HQE A; 3T3F A; 2I7N A; 3HOS A; 3KKR A; 4OGE A; 3KHY A; 1SKR A; 1IG9 A; 4FJN A; 1T6C A; 2NRH A; 4CFA A; 5HRS A; 3NVK A; 4G1Q A; 4DSE A; 4Y1D A; 4Z4C A; 4F2R A; 4CK1 A; 2VG7 A; 3H08 A; 2OTJ N; 4NXN K; 2Q36 A; 4A2A A; 1DGK N; 4FZX C; 3OYD A; 1E4F T; 4V19 S; 5BRH A; 4DR3 K; 4XH5 A; 1RDW X; 4PWD A; 2FBV A; 4LC9 B; 3MN6 A; 3MED A; 2P5G A; 3O9U A; 4KB1 A; 4FZY A; 1BHL A; 4FW2 A; 4LFB K; 1UAX A; 3CG7 A; 4LH5 A; 5F2R A; 5AZJ B; 5BRE A; 3THY B; 1Q8I A; 1M90 O; 3O1W A; 3JAM O; 3J81 O; 1RNH A; 3TWH A; 1YHQ N; 1QTM A; 1C1C A; 1YAG A; 2HMI A; 3O1B A; 2KQ2 A; 3WNF A; 2OZM A; 2P9I B; 2B6A A; 4PL7 A; 2VQF K; 4B3O A; 2YJF A; 3UKU A; 3ENO A; 5AQV A; 3C94 A; 1FKO A; 3V1Q A; 1IJJ A; 2GWK A; 2OAN A; 1GLD G; 3IUC A; 2F4V K; 1G99 A; 3AVJ A; 4N76 A; 1HPZ A; 3K9J A; 4FZZ A; 3VQ6 A; 2W6L A; 3VEN A; 3AVG A; 1J9A A; 1NGA A; 1SKW A; 5KRT A; 1S1V A; 1GLF O; 3DOK A; 1N33 K; 2ETJ A; 3ULD A; 5AQU A; 1C0G A; 4MQ3 A; 3CM6 A; 2YHA A; 2X6S A; 4CZK A; 2HHT A; 1RTJ A; 3L4Q A; 3TSU A; 4LH4 A; 4J2B A; 4JI8 K; 4DCH A; 3SUN A; 2BGG A; 4FM0 A; 3ENB A; 4GVM A; 1EX4 A; 4DR7 K; 4BDP A; 4QS8 A; 3BUZ B; 1ZBI A; 1V4S A; 4UY8 O; 3O3H A; 3Q7C A; 4O4G A; 4JKH A; 3U8X A; 3THW B; 4BY9 C; 3BF3 A; 1NLV A; 3WXJ A; 2RKI A; 5HRR A; 5CZ2 A; 3FZF A; 5KI6 A; 1O13 A; 3CJC A; 3C7N A; 1WLJ A; 3TAQ A; 3VEV A; 3THV A; 1TKD A; 2GWJ A; 3SK3 A; 4CZH A; 4CFD A; 3K2P A; 4BDZ A; 4DQQ A; 2O8B A; 3NCI A; 4CJL A; 4C8K A; 3CYM A; 4WF9 L; 3SMS A; 4LF8 K; 2O8F A; 3U4L A; 3LDQ A; 3LDN A; 3KK3 A; 3I0S A; 1BI4 B; 1UA0 A; 3KD5 E; 2E2P A; 1V4T A; 1L3V A; 2V7Z A; 4C8L A; 2DFE A; 1SQK A; 3CPW M; 2HB5 A; 3M6G A; 3M8P A; 4CEC A; 4CJK A; 1NK5 A; 4Z4E A; 3SQ4 A; 4FK2 A; 2P1J A; 5MLC Q; 3ISN C; 4BRF A; 4BC5 A; 4W5T A; 4O5B A; 3F2K A; 3LP2 A; 3R8E A; 4H4M A; 3D2E A; 4NLC A; 2UYT A; 1RDU A; 4FJM A; 3S9H A; 5CYM A; 3OYH A; 4BRE A; 2GUP A; 3DLB A; 1JCG A; 1HPM A; 2Q2R A; 1TVR A; 1YI2 N; 4YOV A; 3CCE N; 2IDO A; 1IKX A; 3ULE B; 1ATR A; 2JGU A; 3NGY A; 1U48 A; 4CJE A; 5FRM A; 2IVP A; 2QXF A; 3PO4 A; 4BVP A; 3K5M A; 4FLT A; 1NKC A; 1EWR A; 3ZX0 A; 4CEB A; 3A5O C; 4ICL A; 1NMD A; 4CJF A; 3R6M A; 1JL2 A; 1NGJ A; 3OYA A; 1QE1 A; 2E20 A; 1Z25 A; 5CZ1 A; 3ZLJ A; 4KFB A; 4CF9 A; 2FF3 B; 3E9L A; 2WUS A; 4W5O A; 3NFA A; 1WAF A; 3OS0 A; 3AVM A; 3EN9 A; 4CD3 A; 4E0D A; 1RDD A; 4JKF A; 1HYZ A; 3M8S A; 4O44 A; 3S3O A; 4F4K A; 3TAE A; 3TSP A; 3VQ9 A; 4FLZ A; 1BIS A; 3OYM A; 4DR4 K; 1T3V A; 1SL0 A; 3RR8 A; 5IT9 O; 4K41 A; 4E7I A; 4YHH K; 1RBR A; 1ZBF A; 5FPE A; 3O9Q A; 5AR0 A; 1IKV A; 3AO1 A; 4CIF A; 1BCM A; 3G71 N; 1VRU A; 3DRP A; 4O0J A; 3AO3 A; 5M1P A; 5HRO A; 4Y0W A; 1NK7 A; 4J2E A; 3O5B A; 4B1Y B; 3K57 A; 3CCV N; 5AQW A; 1RT4 A; 4BRA A; 3CI5 A; 4CF1 A; 2FBX A; 3OYJ A; 2QA4 N; 1YVN A; 3N4P A; 4N47 A; 2P9K B; 3OS2 A; 2J4R A; 3V9U A; 5BPM A; 1MWK A; 1JCF A; 4DV4 K; 2Y1J A; 3IRX A; 4WQ5 C; 4HCC A; 3LZI A; 3QEI A; 2VYP A; 4ISF A; 2PYJ A; 1BO5 O; 4WYB A; 1VQ7 N; 3I33 A; 5KGW A; 3QEP A; 5D3G A; 1YJN N; 3HJF A; 3HM8 A; 3FZH A; 4RCH A; 3THX A; 4G9Z A; 3EY1 A; 3MWP A; 1WSF A; 4MO5 A; 2IGI A; 4RW8 A; 4CZE A; 3D7E O; 4DTU A; 3QEV A; 1NJY A; 1NKB A; 5HP1 A; 4EIA A; 3ZET B; 5ELZ A; 5GIO A; 3UKR B; 2YJE A; 3BY5 A; 4J2D A; 4BRK A; 3T69 A; 3K9K A; 2Q0R A; 2HBK A; 3WNG A; 3J7A P; 4DV1 K; 2VG5 A; 4B3R K; 3NGI A; 4ILJ A; 3QIP A; 4IDK A; 4IOX A; 2IAJ A; 3O4W A; 3QNO A; 1Q9Y A; 5JMV A; 2G8U A; 1BIU A; 1RT1 A; 4JKA A; 3AAQ A; 1JL1 A; 4KV8 A; 1JLG A; 2OPS A; 2JLE A; 3LP3 A; 4CEQ A; 4AHC A; 2P9P B; 1D9F A; 3VMF B; 3F5T A; 4HTU A; 5GAE P; 3DLL L; 1NOY A; 3LP1 A; 5AQG A; 2KFZ A; 3SBT A; 4JI0 K; 2FBT A; 1RT5 A; 2AA4 A; 3OYK A; 2P9L A; 4UQG A; 5CYQ A; 4JS4 A; 1DEJ A; 1NK0 A; 4CFC A; 3K59 A; 1JCE A; 4QAG A; 4KHP K; 4DU4 A; 3O6W A; 4FJ8 A; 4OO1 J; 4R79 A; 1HLU A; 1WSJ A; 3M8Q A; 3GOI A; 1K9M O; 2D0O A; 3U3Y A; 5DMR A; 5JS1 A; 4RW7 A; 2HHH K; 1Z26 A; 3EL2 A; 2WON A; 2X6N A; 3TTF A; 4DLG A; 3CCQ N; 4JKG A; 5CE3 A; 1N5Y A; 3LDO A; 3MX5 A; 3TAN A; 4EZ6 A; 4DU3 A; 2YNF A; 4DR2 K; 4JAX A; 1BWF O; 1LW2 A; 1D8Y A; 2JWL A; 4DR6 K; 1VK0 A; 3PO5 A; 1J54 A; 3AO4 A; 4H4O A; 3E66 A; 3C6U A; 4ISE A; 3R1X A; 4F2S A; 2QWP A; 3L6Q A; 3CFO A; 4Z0U A; 3ZT1 A; 5JS2 A; 5FPD A; 4H5R A; 2A5X A; 2WFB A; 5LMU K; 1REV A; 1NGC A; 3QDK A; 2O8E B; 4LF9 K; 4DHY A; 1L3U A; 4KH6 A; 4CHO A; 4F9O A; 4FL9 A; 4IFE A; 4KHQ A; 3KLF A; 3KWI A; 4A62 A; 4CJ5 A; 2P51 A; 1RTD A; 4B8C A; 1GOC A; 5EOY A; 3I55 N; 2ZM6 K; 2KZZ A; 4YY3 K; 2ZGZ A; 4K8Z A; 5C24 A; 4NCG A; 4CJ4 A; 5DM7 L; 4B9L A; 3VTH A; 4KBO A; 1EQY A; 5AQO A; 4IBN A; 3VPZ A; 3MWT A; 3L0Q A; 5KPZ A; 5JVH L; 3AVL A; 4DS4 A; 2HVI A; 4HUF A; 1LOT B; 2RPI A; 3AAR A; 2ITM A; 2OCE A; 2VG6 A; 2W42 A; 3E1Y A; 3KLI A; 4KH4 A; 5BN9 A; 4DTP A; 1W2B M; 3QFP A; 4CJS A; 5M1F A; 5LY3 A; 1FW6 A; 3LAL A; 2D0P A; 3RMD A; 4QOZ B; 5E26 A; 4ID5 A; 3DAW A; 3QIN A; 4IZ9 A; 3QBX A; 5GIN A; 1WBB A; 4FO0 A; 4BE2 A; 4KKO A; 3H1Q A; 3VQA A; 4B9M A; 4JD2 A; 3UB5 A; 3AO5 A; 4DMN A; 3OA9 A; 5BR8 K; 3E01 A; 4CIG A; 1XC9 A; 3ZSR A; 2HNZ A; 2F7T A; 2KLA A; 4IG0 A; 1KFD A; 3CJB A; 1A5V A; 4WQ5 A; 4C1N K; 4O8K A; 4AM7 A; 3DXM B; 3BEX A; 2DFF A; 3RRG A; 1C1B A; 2LSN A; 5BRF A; 1TL1 A; 5M1K A; 4B9S A; 1D4X A; 1QVG M; 1VQM N; 4OJR A; 3S41 A; 3VQ4 A; 4N41 A; 2QKB A; 1NJI O; 3L2V A; 4DTJ A; 1QHT A; 1KLM A; 2G8I A; 3DLK A; 4BR9 A; 1JLE A; 2A3Z A; 4DUZ K; 3AVK A; 1S1T A; 5K14 A; 3ZCM A; 1DTT A; 1J5E K; 3QBW A; 4KI6 A; 1LV5 A; 3ZSX A; 1LWF A; 1FKP A; 4BE1 A; 4E7J A; 4CVN E; 4DSI A; 3K0S A; 2IVN A; 3VEW A; 1WSE A; 3CPE A; 3SUO A; 3ZT0 A; 4CHQ A; 4HHT A; 1HNX K; 3MCA B; 3HSC A; 1TYQ B; 4N5S A; 2E88 A; 1RFQ A; 2GUI A; 3A5N C; 4DSJ A; 3SPZ A; 2Y1I A; 1LAV A; 1S3X A; 1VSL A; 4CHP A; 5F1X A; 3L8B A; 3IMX A; 5C25 A; 1VSH A; 4CCH A; 3LM2 A; 3M3Z A; 1L5U A; 5AQK A; 2A40 A; 4FW1 A; 3SQ2 A; 1VQ5 N; 3U9D A; 2VGN A; 1VQ4 N; 2HW3 A; 4CK2 A; 4KHY A; 4CGI A; 1T44 A; 4KHS A; 3CCR N; 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