2KW4A

Solution nmr structure of the holo form of a ribonuclease h domain from d.hafniense, northeast structural genomics consortium target dhr1a
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
MDDRTEYDVYTDGSYVNGQYAWAYAFVKDGKVHYEDADVGKNPAAATMRNVAGEIAAALYAVKKASQLGVKIRILHDYAGIAFWATGEWKAKNEFTQAYAKLMNQYRGIYSFEKVKAHSGNEFNDYVDMKAKSALGIRDLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Northeast Structural Genomics Consortium Target DhR1A
rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Desulfitobacterium hafniense
total genus 23
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2kw4A00
1KLMA 2VG6A 4CGIA 1J53A 2IC3A 3SJJA 4B9TA 3VQEA 1NK0A 3A2FA 1JLQA 3DLGA 3E01A 1XHZA 1TK0A 2G8HA 1S1VA 1S9GA 2G8FA 4Q5VA 2F8TA 1S6PA 1TKZA 4IFYA 5JS2A 2ATQA 3RTVA 1QTMA 1U45A 4CJ5A 4M42A 3AO3A 4HUGA 1RDAA 1JXEA 3OYCA 2EHGA 2D5RA 1QSLA 1VRUA 2RN2A 3LP1A 3DM2A 1LAVA 2WOMA 3V1QA 1RT5A 1NK4A 4B9UA 1VSJA 3DRRA 3KLEA 1KVAA 3CQ8A 3QNNA 4DTXA 1LW0A 1O1WA 3DLRA 3NF6A 4DQIA 1A5XA 4W5QA 4M3YA 1ZBLA 1J5OA 2IAJA 4CF8A 1RT2A 3IG1A 4FZYA 4RW6A 4F2RA 1LWCA 2X78A 1C1AA 4AH9A 4OPKA 3O3GA 3SQ1A 1SKRA 4CHOA 4WE1A 2X6NA 3SUPA 1HMVA 3NDKA 4O55A 1TK8A 4KI6A 1D9DA 1SUQA 3RRGA 4DLEA 4DSEA 2XY6A 1BGXT 1BCMA 4CEDA 4AHVA 1TL1A 1BIZA 4AHCA 3MEGA 4FJJA 3AVNA 4YNQA 3KD1E 3DOLA 4EZ6A 3L2WA 1VSIA 4FLVA 2NUBA 1RBRA 1B92A 1HNVA 1U04A 2YKMA 4DTMA 1IKVA 1NOYA 1TKXA 4FCYA 4K8ZA 1GOBA 4FZZA 4JS5A 1ASUA 2FBVA 1C6VA 4CGDA 1NOZA 3LZIA 5I3UA 4IG3A 4C8MA 1L5UA 3KLGA 3TAMA 4LD0A 4LSNA 4ICLA 4E19A 3HVTA 5KRSA 4NYNA 1T7PA 1QSSA 3SYZA 4NCGA 4E7LA 3V1OA 4CEFA 1WLJA 3DMJA 5SZTA 3TARA 4KB1A 1TKDA 4FXDA 3CFOA 1U47A 1FK9A 4DSKA 1ITGA 1FXXA 4Z4GA 1EKEA 4HUFA 3O4QA 1SKSA 4HCBA 1F21A 4J2AA 3WNFA 1J54A 4DFJA 4RG8A 2DY4A 1QHTA 3ITHA 3KKRA 3HPOA 3IAYA 1DLOA 5FRMA 1RBTA 3OYLA 3DLHA 2KZZA 3OJUA 5J2MA 1L3UA 1YTUA 4H8KA 4CCHA 1KFDA 3OYKA 4E3SA 2AJQA 3SZ2A 3QEWA 3ZSVA 1N6QA 3T1AA 4B9NA 1QS4A 4CFBA 1KSPA 1RBUA 2X74A 4KB0A 3KLIA 3LWLA 2HHVA 4Z4IA 2HNYA 3QEXA 3QIOA 3P5JA 4DMNA 2KW4A 3S3NA 4LSLA 2XRIA 5HP1A 3AVJA 4HHTA 1TVRA 1VRTA 1NK8A 4IDKA 1HPZA 4QCLA 1TGOA 2YHAA 3AVMA 2GBZA 1Y97A 5FDLA 3ZT1A 4DLGA 1L3SA 4NCAA 5KRTA 3PO5A 4FLXA 1EP4A 4CHQA 4FLYA 1JLCA 3VA3A 5K14A 1JKHA 3AVFA 4I9QA 3K58A 3HJFA 2Y1JA 1BQMA 2FC0A 3D45A 4E7HA 4CEZA 5KTQA 4E7KA 3DOKA 1ZBIA 4W5OA 3KTQA 3AVBA 2HHQA 4CIEA 1LWFA 3ZSQA 4KAZA 2O4IA 3L2QA 3B6OA 1BHLA 3AO4A 5EU7A 1HRHA 1HYZA 3LALA 3KJVA 1NJYA 1SL1A 2G8KA 4IBNA 4O4GA 4M3XA 1LWEA 2I5JA 1S6QA 3MEEA 1U4BA 4OJRA 2OZMA 3DRSA 2RPIA 3L3VA 2HHUA 4M3RA 3MXMA 1KVCA 4DSJA 4FJLA 3HP9A 3AVLA 3HXMA 2FBXA 4DSFA 4ELTA 5CYMA 4OKEA 1GOCA 4CE9A 4F8RA 4JLHA 3AO2A 3OJSA 1X1PA 1ZBUA 1VSKA 3KIOA 3QNOA 4Z0UA 1WSFA 3VQPA 4AHSA 4MFBA 1TV6A 3L3UA 4FVMA 1I39A 1S9EA 4PUOA 4AHUA 4I2PA 4M3WA 4B3OA 5KI6A 1NJXA 3O3HA 1X9MA 3JSMA 3DLEA 3QETA 4B9SA 1VK0A 4FJ8A 3K2PA 4ID1A 5DK5A 2P1JA 2A1SA 4ELUA 2EX3A 4CF0A 1UWBA 3P83D 1KTQA 3F73A 1BL3A 3WNGA 4DSIA 4MQ3A 4KI4A 4CGGA 1D8YA 1RTHA 1ZBHA 3HPHA 3QLHA 1A5WA 2FBYA 4CHYA 1W9HA 2E6MA 2PZSA 3V81A 3LANA 3NH0A 3AA4A 3ZSYA 1TAQA 3NBPA 4FW2A 3AVKA 3V6DA 1LW2A 4JRPA 4KREA 1RDCA 4CJKA 2JGUA 5E41A 4DQSA 2W42A 4DTNA 1S1UA 1RT3A 1Z26A 1NJWA 3NE6A 3HT3A 4F2SA 1JL1A 2VG7A 3SCXA 4HVJA 3TAFA 2YV0X 3SNNA 2ZQBA 5SWMA 2GUIA 4PA1A 3VQCA 3SUNA 4NYFA 3SI6A 5T7BA 1WAFA 3C95A 3KKSA 3M8QA 4DS5A 1EXQA 2KZMA 2D0CA 1G15A 1Q8IA 3AA2A 1TK5A 5J2NA 4O44A 3ZSOA 3U6FA 4O0IA 5C24A 3NH1A 3OYFA 2QKBA 3QESA 1IO2A 4M41A 2R7YA 1RNHA 3I8DA 5C42A 4I9LA 1S1WA 3SQ4A 3S3OA 4C8LA 4BDYA 1U48A 2X6SA 2G8WA 4C8KA 1BQNA 4OGEA 4QAGA 1SKWA 1WSJA 3EYZA 3RMAA 3T19A 3KK1A 4IKFA 4B08A 2RF2A 4FJKA 5FRNA 3TABA 4CGFA 4Z4HA 3K5OA 3SUQA 3NAEA 2A1RA 3OYIA 1T05A 2DFHA 4KRFA 2QK9A 4B9LA 4CESA 1T03A 3SPZA 4TSXA 3K59A 3WNEA 2P51A 3V9SA 3OY9A 4DU3A 4CEAA 3MAQA 3V9WA 1XHXA 3LAKA 3O3FA 3RMDA 1B9FA 3VA0A 1RDDA 2D0BA 3NFAA 4RW7A 3LAMA 4IFVA 1C0UA 4ELVA 3VQ9A 3ASMA 4G1QA 1JL2A 4KPYA 4FLTA 4CEEA 4QOZB 3VQAA 3QERA 3M8SA 4FK0A 1BISA 4DTRA 4FM2A 4M3UA 2B6AA 3LDSA 2DFEA 4HUEA 3QEPA 3CYMA 5FROA 3EZ5A 1NK9A 3OYEA 3TWHA 3ALYA 1JLFA 1WNSA 4E0DA 3OYGA 4E1MA 4DSLA 4F4KA 2VWJA 4KTZA 1CLQA 4EZ9A 4L8RB 1ASVA 1RTJA 4CFAA 3L8BA 2HMIA 5CZ1A 2YNHA 2Z1GA 1Q9XA 3HO1A 2HNDA 4XIUA 1Z25A 4GW6A 4H4MA 4CJSA 3G10A 3OVNA 5I42A 5C25A 1VSLA 4ZTFA 2OPSA 3NF7A 3K57A 1VSMA 1QQCA 1C0TA 1WSGA 3S9HA 1T8EA 2HHXA 4CJEA 2XY7A 2RKIA 3G0ZA 5HRRA 4CHNA 1WSEA 1NK6A 1KFSA 4LY7A 3MEDA 1RDBA 2O4GA 2F96A 2IGIA 3VQ7A 3LZJA 3L2VA 3NGIA 3V9UA 4B8AB 4KV8A 3NCIA 2PYJA 4IG0A 1RTDA 1X9WA 2BDPA 3VQ5A 3PX6A 1A5VA 3FFIA 3SQ2A 4CF9A 1GOAA 3AO5A 3TAGA 2OYQA 4OKJA 2F8SA 2D0AA 2XY8A 4OVLA 3ZSRA 4W5RA 3K5LA 2KQ2A 3RR8A 3HM9A 4ID5A 3T3FA 2P5GA 4CIFA 1TAUA 4EP4A 3RRHA 1JLGA 3KD5E 5D3GA 4DTJA 1HJRA 3VQ6A 4FZXC 4DG1A 4KTQA 1FKOA 1VSHA 2ZD1A 3KLHA 4DU4A 3ULDA 2WONA 3P1GA 1QE1A 4E7IA 1FKPA 4CEBA 5CYQA 2YNFA 2Q3SA 3AA5X 4HTUA 1NKCA 4FJXA 1BI4A 1K6YA 3AV9A 1N5YA 2OPPA 3V1RA 4CJQA 4O5BA 3BDPA 1KCFA 4KHSA 3OYJA 3AVCA 1C1CA 5CZ2A 2YKNA 1C1BA 1WAJA 3ZT2A 4BE0A 1MU2A 4YFUA 4FK4A 4FYDA 2HVIA 2E6LA 4PY5A 2B5JA 4OLAA 1NJZA 1BI4B 4RW9A 3MECA 5DMRA 3SUOA 3CFRA 3DLKA 3QO9A 3S3MA 4Q0BA 4CK1A 3OYNA 2B4JA 2Z1IA 3VN5A 1RCHA 3NF9A 3QEIA 1SV5A 1UOCA 3PUFA 4KTWA 4AHTA 4Z4CA 1CZBA 3V9XA 2BANA 1IH7A 4I7FA 3AVIA 2OPQA 2VWKA 3SV3A 3KLFA 2G8VA 4KHYA 3THVA 1YVUA 5CY4A 3NGYA 3HVRA 4LH5A 4DFKA 1LV5A 3RR7A 3UIQA 4DTPA 3LP2A 1RBVA 2Z1HA 5JS1A 1J9AA 3O4NA 5J2QA 4B8CA 2XY5A 4FJGA 3MXJA 1VSDA 5J2PA 4O0JA 3BGRA 4DU1A 4E7JA 4E1NA 3OS2A 2OZSA 5HROA 2FBTA 2QKKA 1TL3A 1W0HA 3DYAA 4ZHRA 3B6PA 3M8PA 4I2QA 1RT7A 4GVMA 1VSEA 4DQRA 4FJ7A 4CJTA 3RMBA 5J1EA 3PX0A 2GV9A 3CG7A 4CJVA 2Y1IA 2IOCA 1XC9A 4FJNA 4N41A 1UA1A 2IDOA 4N5SA 3VQDA 1EX4A 4BACA 4KHNA 4DFMA 1YTAA 2BE2A 2VG5A 3OYDA 1DTQA 4FK2A 1LAWA 1IKXA 4CFDA 1S1TA 3L2UA 4DTOA 1HNIA 3JYTA 4M45A 3M8RA 4W5NA 1JLEA 3WNHA 4CERA 4PWDA 3HPGA 3ZT3A 4CJWA 2YHBA 3ZT0A 1X9SA 4CJ4A 4E89A 3HYFA 4BE1A 2DTUA 4CGJA 3QIPA 4BDZA 4AILC 3QINA 4CGHA 4UQGA 2HVHA 3ZT4A 3F9KA 4CECA 4KO0A 4CIGA 3LP0A 3TANA 3KK2A 1C0MA 2IS3A 4KHUA 2OA8A 1JLBA 4ZTJA 4FW1A 4DFPA 1RT1A 1BIUA 1REVA 1XWLA 4H4OA 3V4IA 3AVAA 2QXFA 1CZ9A 3ZSZA 1R0AA 3IS9A 1JXBA 3ISNC 1D9FA 4FJMA 1HQEA 5HRPA 1SL2A 1CXQA 3AVGA 1VSFA 1Q9YA 2P5OA 2ZE2A 3EY1A 1WN7A 4CFCA 2HW3A 4JS4A 4DF8A 4FM0A 3PV8A 4BWMA 1WSIA 4C8NA 4FJ9A 2DFFA 3H08A 3V9ZA 3LPTA 2KTQA 4J2EA 3LPUA 1B9DA 4CJFA 4BDPA 4CEQA 2ETJA 4DQQA 4CEOA 3C6UA 2JLEA 4PQUA 3HSTB 4RW4A 3TAQA 4DTSA 3I0RA 1L3TA 3DI6A 2XHBA 2ITGA 4FLWA 4CF1A 3IRXA 3AA3A 4B9VA 3OS1A 3OYHA 1XI1A 3NHGA 1HYSA 1U49A 3CM5A 3C94A 1I3AA 1NK5A 5HLFA 1BCOA 4KKOA 3VQQA 3C6TA 3CFPA 3I0SA 3AO1A 4BWJA 4NCBA 5KGXA 4J2BA 3LWMA 3PX4A 2KFNA 4DWIA 4N47A 1RT6A 1ZYQA 4OKKA 4FJIA 4CJUA 4CHPA 3RMCA 1RILA 4EP5A 1ZBFA 3SV4A 3DLBA 3LP3A 1SL0A 2LSNA 4CHZA 4FLZA 3K5MA 1JLAA 3TR8A 1ASWA 4W5TA 1EETA 4KHWA 4CF2A 2YNGA 1TKTA 4FJ5A 3OS0A 3TAPA 2G8UA 2HHTA 4Y1CA 1DTTA 1IKYA 3ZSWA 1NKBA 5HBMA 1RT4A 3HL8A 3VQBA 4AHRA 4CJ3A 3QEVA 3L2RA 3NH2A 3SPYA 3MXIA 4OPJA 4GMJB 1L3VA 4JRQA 1KLNA 1WSHA 3NGZA 5HRNA 1NKEA 4DS4A 4DQPA 4M3ZA 3HK2A 4KHQA 3VQ8A 4RW8A 3OYAA 3RWUA 3KK3A 3DRPA 5HRSA 2KFZA 1IKWA 3VQ4A 4M3TA 4OLBA 4DF4A 1D5AA 4R5PA 1QSYA 2PY5A 3TI0A 2YNIA 1UA0A 2BGGA 3U3YA 4CJLA 4CK2A 4BE2A 4OGCA 4CJPA 1S1XA 3HP6A 3PY8A 4FM1A 2HHSA 2HHWA 4B9MA 4C8OA 4J2DA 5KGWA 4Z4EA 3AVHA 4CK3A 2XO7A 4CJRA 1S5JA 4KFBA 3K5NA 2G8IA 1NK7A 1RTIA 3D0PA 4DTUA 1CXUA 4HCCA 4LH4A 3PO4A 4K8XA 4N76A 4F3TA 2PYLA 2OPRA 4FLUA 1KRPA 2E4LA 1HQUA 4N56A 2Z1JA 3TAEA 1HYVA 4FJHA 3ZCMA 1IG9A 1KVBA 3CM6A 3OYBA 3ZSXA 4Y1DA 3NF8A 3SQ0A 3U3GA 1UAXA 2HB5A 1RBSA 3OYMA 1YT3A 4Z4FA 2HNZA 4F3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VG6A 4PL8A 3VOVA 1J53A 3VQEA 4WYBA 3E01A 1Q81O 1X3NA 2CGLA 1S9GA 2QWOA 3UE5A 2QWQA 1GLJO 2YHWA 4EFHA 1QVGM 4M42A 1RDAA 3T1HK 3C0BA 4BQZA 4O5FA 4B9UA 3B8AX 1YXQA 3DRRA 3KLEA 1KVAA 3CQ8A 1K9MO 3H45C 4DTXA 4DKWA 3DLRA 1A5XA 2GEMA 4H5WA 5F0XA 2IAJA 4CF8A 4H5RA 2O8CA 1NGJA 1LWCA 3SQ1A 4WQ5C 4AH9A 3HOSA 3NDKA 1TK8A 4DLEA 1BGXT 1BCMA 5FLXO 3N4QA 4AHVA 1TL1A 1BIZA 1WBBA 4B1XB 5AZJA 4OPAA 4EZ6A 2A40A 2NZTA 1B92A 1KAZA 1U04A 2YKMA 1NOYA 3CMAN 4K8ZA 4JS5A 1NOZA 5GIOA 5AQQA 2W6LA 5KPZA 5GAHP 4FL9A 3HVTA 4CD3A 5KRSA 4LF4K 4CEFA 3DMJA 3TARA 1DGKN 5M1KA 1VQKN 1FXXA 1ZXOA 5E26A 3O4QA 4B1WB 1F21A 3SBTA 1XC3A 3WNFA 4A61A 4DFJA 2DY4A 3EEQA 3ITHA 3W3DA 1J6ZA 3IAYA 1DLOA 3OJUA 1L3UA 1YTUA 3RVCA 1LCUA 4A5AA 4JEPA 1T6CA 3TTCA 4CFBA 2X74A 2A41A 3LWLA 3P5JA 4DMNA 1VQ9N 4H0YB 1W7AA 1BOTO 2VYPA 1IBMK 3NMUA 1NK8A 4IDKA 3L6QA 2GBZA 1Y97A 4DLGA 4NCAA 4IO9L 3BF1A 3THXB 3VEZA 3HJFA 3PLAA 4IJAA 3SAGA 4E7HA 1ZBIA 4YOXA 2D1KA 2HHQA 4KAZA 4DCHA 3AO4A 1HNZK 2I5JA 3WUHA 2RPIA 4A2BA 4M3RA 4ISFA 4CBXA 3K0SA 3GDQA 4JK8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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