2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNase H
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
1DLOA 1BCMA 4E3SA 1EKEA 3SPYA 3BDPA 4B9TA 3O3FA 1GOAA 4AHRA 4E1MA 1SKRA 2G8WA 4I7FA 2P5OA 3TAFA 4QOZB 2HHXA 5HBMA 1RTIA 2OYQA 4AHUA 3OYAA 4ELVA 4FJMA 4FZXC 2WOMA 3SPZA 4HCCA 1RT1A 2OA8A 3TI0A 5CY4A 3OYCA 1C1AA 4JS5A 1UA0A 5DMRA 1C0TA 1Q8IA 4CJLA 5HRPA 2ATQA 3O4QA 4BWJA 1J5OA 3NE6A 3V9UA 4DSFA 4Z0UA 2YKMA 4DWIA 1EX4A 1U45A 1NOZA 4KHQA 4B8CA 4FXDA 2F96A 1J53A 4M45A 3VQAA 3QIOA 2VG5A 1XC9A 3TR8A 1VSIA 1RDAA 3DLHA 2OZSA 1KLMA 4DQSA 1BI4A 3QINA 3LDSA 3VQQA 4DQIA 1U4BA 1IKVA 1TK8A 4E7HA 1JLFA 5CZ2A 1EP4A 1NK0A 3DYAA 4CEDA 3V4IA 2RPIA 2Z1JA 3VQ8A 4C8LA 3V6DA 3ZSQA 4E7JA 2BANA 4FLTA 3NBPA 4DQPA 3L3VA 4FYDA 1O1WA 3AVLA 2QK9A 4E7IA 4KAZA 5J1EA 2HHQA 1NJWA 1HNIA 4J2AA 3DMJA 4FJ9A 1NK5A 3LP0A 3P5JA 1NKCA 1NOYA 3VQEA 5CZ1A 3KLEA 1LAVA 4N76A 1ASUA 4CJ4A 4CHYA 1D9FA 1ZBUA 4AILC 1D9DA 1RT7A 5HRSA 1QSLA 4FJKA 1SL0A 1Y97A 3IAYA 2HVIA 4C8KA 2OPPA 4EZ9A 1W0HA 2FBVA 1BIUA 3CYMA 3U3GA 1VK0A 3QNNA 2YNFA 4F4KA 1YTUA 4GW6A 1BQNA 1WSIA 4CJEA 3EYZA 1L3TA 1SL1A 2RKIA 4NCBA 3RR7A 4CHOA 4ZTJA 2DTUA 4NCGA 4KI6A 3HT3A 4HHTA 3K5NA 2QKBA 1X9SA 2PYLA 5I3UA 2X6NA 2LSNA 1T05A 1Q9YA 4HUEA 3HPHA 1UOCA 3D0PA 3DOLA 4KREA 1S1XA 1Z26A 1J9AA 4OLBA 4HVJA 2B5JA 2FBXA 3L2VA 5FDLA 2E4LA 2Z1HA 4GVMA 4FLUA 2XRIA 3K57A 3KKSA 2IC3A 4CJ5A 4CGJA 1N5YA 4C8NA 5JS1A 4E0DA 4FZZA 3K59A 2Q3SA 3CFRA 3TWHA 4DSJA 4O5BA 5K14A 3V81A 1ASVA 3SQ1A 4Z4GA 3HPGA 4DMNA 3JYTA 2OPQA 3OYJA 4RW9A 2GV9A 3QEPA 4HUGA 3HP6A 3LANA 1IKYA 1F21A 4FJLA 4XIUA 4KRFA 3LP1A 1HYZA 2BE2A 3IG1A 3OJSA 3ASMA 2ZQBA 4FW1A 3L2RA 4FJNA 4Q0BA 3LZIA 3AO5A 1JLBA 1NKBA 3QEIA 4FM1A 4FZYA 2HMIA 3I0RA 4LSNA 3VN5A 4CECA 1VSEA 3AO4A 2D0BA 4UQGA 3MXMA 3AA5X 4GMJB 3VQ9A 3L2QA 4I2PA 1NJYA 4O44A 4KO0A 5KRTA 4KTWA 3L3UA 4OKJA 2G8HA 3PUFA 2EX3A 2VG7A 1WAFA 2R7YA 4FLVA 4DTPA 4FK0A 4CEBA 2YHAA 4JRQA 3RR8A 3OJUA 3KLFA 4N5SA 2VWJA 4NCAA 2E6MA 1IH7A 1VRTA 2YHBA 3KK1A 4AHTA 1VRUA 3C6UA 1IG9A 1XWLA 3MEEA 2HNDA 4FJ7A 4Z4EA 1J54A 3WNEA 1SKSA 1TL1A 1ITGA 1HPZA 4CHQA 3AVMA 3KJVA 3IRXA 4IFYA 4FLWA 1JLCA 4PA1A 3S3NA 4DTSA 4MQ3A 4DTRA 1CZ9A 3AVGA 4IDKA 4ZHRA 4HUFA 4CJKA 1RNHA 2WONA 4DTNA 1L3VA 1XI1A 1ZBIA 4DSIA 4F2SA 1SKWA 2O4GA 5CYQA 3NH2A 1LV5A 1BISA 3MEGA 3RTVA 3VQPA 4FJIA 4W5OA 1TL3A 1U47A 3M8QA 4EZ6A 3CM5A 3I8DA 4W5QA 1FK9A 3ZSRA 4IG0A 3G10A 3KIOA 3MECA 4ZTFA 3LALA 3NF7A 3LPUA 4Z4FA 5C24A 2A1SA 3LP3A 3QETA 4B9SA 4CJQA 1LWEA 3AV9A 4I9LA 2XY7A 1RTDA 4DF4A 3KD5E 4IBNA 5EU7A 2VWKA 2ZE2A 3OYIA 3ZSXA 4DQRA 1RDCA 1WSFA 1L5UA 4C8MA 1WAJA 4M3UA 5J2MA 4CERA 3WNHA 2HVHA 3SUNA 1B9FA 3P83D 2XY5A 1UWBA 3C95A 3K5LA 4DTMA 1KRPA 3PO5A 1HRHA 1A5XA 1XHXA 3ZT3A 1MU2A 2F8SA 3OYKA 3WNGA 2IGIA 4FJXA 1QHTA 3AVIA 4CJVA 3KLHA 1TVRA 4BWMA 1KFDA 3PX6A 1TAUA 2B4JA 3U6FA 3K5MA 1A5VA 3SCXA 5FRNA 4CJSA 3HP9A 4KHSA 4CCHA 3QERA 1JLAA 4Q5VA 3O3HA 3PY8A 1BIZA 3RMAA 4DU4A 2YV0X 4R5PA 3TARA 3AVFA 2XO7A 3LWLA 1T7PA 2DY4A 4DU1A 3HVRA 1GOBA 2X78A 4EP5A 5SWMA 4F3TA 2A1RA 3VQ5A 1EXQA 1R0AA 4EP4A 4PQUA 3JSMA 4M3XA 4DTXA 3SYZA 1YT3A 4M41A 1S5JA 5HRNA 3EZ5A 1JKHA 4JS4A 4L8RB 3ITHA 3NGYA 4ID5A 4ELUA 1I3AA 1LW0A 2KQ2A 2P1JA 4YFUA 3V9SA 4I9QA 4CESA 3SUOA 4DSLA 2FBYA 1RCHA 1YTAA 5HP1A 1S1TA 1TKZA 4FLXA 2FC0A 3PV8A 3PX0A 4KB0A 1QSSA 4FLYA 3T19A 2Y1JA 1A5WA 4CIFA 2HW3A 1K6YA 1I39A 2IDOA 2Z1GA 3CM6A 5HROA 1RT3A 1N6QA 3LPTA 3G0ZA 5FRMA 4FW2A 3ZSZA 4CJUA 3KK2A 4DQQA 2HHWA 4LY7A 1TGOA 3ZSWA 3NFAA 3OYHA 3AVBA 3SV3A 4KHUA 4RG8A 5I42A 2NUBA 4BE2A 4M42A 1HYVA 1C0MA 4DTUA 4ID1A 2HHUA 1IKXA 1JLEA 3S9HA 3IS9A 4OGEA 4Z4CA 3EY1A 3ZT4A 2JGUA 4KTQA 3OYBA 1S1VA 3HYFA 5HLFA 3AVJA 3F9KA 4QAGA 3LP2A 3KLGA 1RDBA 5KTQA 3ULDA 3NH0A 4F8RA 2F8TA 1FKOA 1NK9A 4H4OA 1U04A 1FKPA 3SNNA 1RBVA 4FCYA 1WSEA 3E01A 3OYNA 3HSTB 1S9EA 4E1NA 4M3YA 5KRSA 4M3TA 4FJGA 1BQMA 1C0UA 3AA4A 4DU3A 3TAMA 3AA2A 4CGIA 1LWFA 1U48A 2G8VA 3VQCA 4CK3A 3QEVA 3DLEA 3VQ7A 4CJPA 3HO1A 1S6QA 4OJRA 4DS4A 5FROA 4CEEA 3VQ6A 3NGIA 4DS5A 3KK3A 4AHCA 4DF8A 3RWUA 4CFCA 1BL3A 2D0AA 1XHZA 4RW8A 5DK5A 2KW4A 4PWDA 4DTOA 2PY5A 1KVBA 1RT4A 4CFDA 4IG3A 3OS1A 1DTQA 4AHSA 1TAQA 1NKEA 4KI4A 3WNFA 2IOCA 3SI6A 3TAQA 4BDZA 2KFNA 4M3ZA 2X6SA 3ISNC 4JRPA 4CEOA 1TK0A 1BHLA 3VQBA 3OYDA 4BE0A 5KI6A 2KZMA 1Q9XA 1RBTA 3K58A 4CEAA 3CFPA 1ZYQA 4Y1CA 1HNVA 4Z4IA 2E6LA 2JLEA 4FJ5A 1JXEA 5E41A 3HL8A 3SJJA 3THVA 1VSLA 2PYJA 1RILA 4CEQA 4KTZA 2YNGA 3NF9A 2P51A 4DFMA 1TK5A 1TKDA 1LWCA 1VSHA 3DLKA 3DI6A 3SQ0A 4B9UA 3SQ2A 4K8XA 2KZZA 4B9VA 1WN7A 1JL2A 4DSKA 1IO2A 4Y1DA 3ZSOA 1S9GA 3M8RA 4N41A 3K2PA 4C8OA 3NCIA 1CXQA 3TAEA 4CFAA 4CJWA 3KD1E 4QCLA 1CLQA 3O3GA 1D5AA 4CEZA 4CGDA 4TSXA 4B08A 4CGHA 4LH4A 1JLGA 3HJFA 3ZT1A 3TANA 3HK2A 4K8ZA 3AVNA 4NYFA 4O4GA 3T3FA 4CGFA 3VA0A 1JXBA 3OVNA 3P1GA 4CE9A 1IKWA 4W5TA 3NAEA 4DSEA 3QNOA 4FM2A 1KVAA 1VSMA 4OKKA 3VQDA 3KTQA 4B9NA 3QLHA 5SZTA 4DLEA 1RBRA 1DTTA 4CK1A 4E7KA 3ZT0A 4J2DA 1S1WA 3M8PA 3TAGA 1UA1A 2QXFA 4CIGA 3ZCMA 1BGXT 1EETA 1WSGA 4B3OA 4N56A 3ZT2A 3RRGA 2O4IA 3NF8A 5C25A 4CEFA 4CHPA 1KTQA 3NDKA 4RW7A 4OPJA 4CFBA 2VG6A 4PUOA 4FK4A 1KCFA 3AA3A 1WSHA 4FM0A 5KGXA 2OZMA 3M8SA 1B92A 3LWMA 5T7BA 2I5JA 2G8IA 4CF8A 2QKKA 3KLIA 5J2NA 1HQUA 3AVKA 3V1OA 4FK2A 4PY5A 1W9HA 3DRPA 1RBUA 1CXUA 2HHSA 3LAMA 2BGGA 1LAWA 3AVCA 2G8UA 1JL1A 4IFVA 3ZSYA 3ZSVA 4KFBA 2DFEA 4FJHA 2X74A 3MXJA 1QS4A 5C42A 2DFFA 4CF0A 2D0CA 1SUQA 1ASWA 1NK8A 1WNSA 3AO3A 3ALYA 1L3UA 2G8FA 3C6TA 3V1QA 3RMCA 4H8KA 4CJTA 1KVCA 4KB1A 3AO2A 3NGZA 1BCOA 1WSJA 3OS0A 4FVMA 4E19A 1L3SA 2HHTA 1NK6A 4NYNA 1S1UA 3FFIA 3V1RA 4CF1A 4O0IA 3L2UA 3F73A 1QSYA 1GOCA 4OLAA 1D8YA 4FJ8A 2PZSA 3HVTA 4IKFA 3SUPA 1VSFA 3QESA 3RMDA 2G8KA 1VSKA 1CZBA 2FBTA 4WE1A 2Y1IA 2YNIA 3OYMA 1X9WA 1KFSA 2XY8A 3MEDA 3V9ZA 4HCBA 5JS2A 4OKEA 3V9XA 4DFPA 4Z4HA 2Z1IA 3A2FA 1QQCA 1VSDA 3DRSA 5HRRA 3U3YA 1NJZA 2HHVA 4KHNA 3C94A 4OGCA 1C1CA 2D5RA 4CIEA 3AVAA 3S3MA 4G1QA 3CQ8A 4CGGA 2XY6A 1FXXA 4B9MA 4HTUA 3QIPA 4DLGA 3CFOA 1QE1A 4CJFA 3TABA 5J2QA 1KLNA 4BE1A 4LD0A 4DG1A 3SQ4A 2P5GA 1KSPA 4ELTA 2DFHA 4YNQA 3DM2A 1QTMA 1RT2A 4JLHA 4M3WA 2HB5A 5J2PA 4KPYA 3L8BA 4LH5A 1HJRA 5CYMA 4BACA 1SV5A 4O0JA 1RTHA 4RW4A 3KKRA 3L2WA 2KFZA 1SL2A 1TKXA 1YVUA 4CF9A 3CG7A 3K5OA 4CJ3A 3PO4A 1LW2A 4MFBA 2W42A 4KV8A 4AHVA 3O4NA 2YKNA 1Z25A 4OVLA 2GBZA 3HXMA 3DLRA 3SZ2A 3NF6A 2ETJA 2YNHA 3DLGA 3T1AA 4FLZA 4F3OA 3B6OA 3HM9A 3UIQA 1T8EA 3DOKA 3NHGA 1HYSA 1UAXA 4E7LA 1TKTA 2XHBA 4E89A 3OYGA 3B6PA 4DFJA 4J2EA 3DLBA 2ITGA 4CK2A 4W5RA 1RTJA 4RW6A 1T03A 2AJQA 2HNYA 2BDPA 3QEXA 4KHYA 4W5NA 4LSLA 2ZD1A 4B8AB 4BDPA 4ICLA 1REVA 3SV4A 4H4MA 4CHZA 4CHNA 1RT5A 1WLJA 3DRRA 2GUIA 3PX4A 4DFKA 5D3GA 3AO1A 1RDDA 1BI4B 1HQEA 1B9DA 3NH1A 3MAQA 1G15A 2KTQA 3OY9A 3I0SA 3OYLA 3LAKA 4CJRA 1TV6A 3OS2A 4AH9A 1JLQA 2IAJA 2OPSA 4I2QA 3HPOA 3S3OA 4OPKA 1RT6A 2HNZA 3D45A 3QO9A 1S6PA 1C1BA 4O55A 3VA3A 1C6VA 3QEWA 3RRHA 3RMBA 2RN2A 3MXIA 1RBSA 1NK4A 1X9MA 4CF2A 2RF2A 4M3RA 3H08A 2OPRA 1NJXA 3V9WA 4N47A 3LZJA 1U49A 1NK7A 4J2BA 2EHGA 2IS3A 3BGRA 3SUQA 4DTJA 1HMVA 1ZBLA 2B6AA 1VSJA 3VQ4A 1ZBFA 3OYFA 3OYEA 4FJJA 3AVHA 1X1PA 4BDYA 5KGWA 4KHWA 3TAPA 4F2RA 1ZBHA 4KKOA 4B9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MDQA 1IBKK 3BDPA 3VESA 4B9TA 3O3FA 1GOAA 2G8WA 2P5OA 2OYQA 1RTIA 4ELVA 4BGAA 4BG9A 4HCCA 3FZMA 3TI0A 5CY4A 3OYCA 4NLCA 3WXKA 5DMRA 1C0TA 4BWJA 4BGBA 2YKMA 1P8ZA 5KQ8A 5BR8K 1U45A 1NOZA 3BUZB 2F96A 2QWLA 1VSIA 4BRCA 3DLHA 3VQQA 1IKVA 1JLFA 5CZ2A 4CD1A 3ZX3A 4JI1K 4FWOA 2E2OA 2RPIA 2KLAA 2BANA 3HM8A 3NBPA 3L3VA 1S22A 4E7IA 4H0OA 4KAZA 5AQVA 3P5JA 1T6CA 1DEJA 3C6HA 4GNIA 4CHYA 5KPTA 1LCUA 4JK9A 4JI8K 3IAYA 2HVIA 4ILJA 4C8KA 2OPPA 4EZ9A 1NMNA 2FBVA 3CCEN 2F7TA 4FWSA 4EIAA 2W41A 4DR3K 3MK6A 2YJFA 4NCBA 1SL1A 3E9OA 4CHOA 2UXDK 4DV2K 2DTUA 1QQOA 3F5TA 3HT3A 3K5NA 4MLHA 1X9SA 2PYLA 1Q9YA 2ITMA 1OH7A 3DOLA 1S1XA 1Z26A 4B1ZA 4LF6K 3BF3A 4FLUA 2XRIA 3K57A 4RCHA 4C8NA 2HHHK 3K59A 3CFRA 3V81A 1ASVA 2PFUA 1Q86O 3BY5A 3HPGA 2OPQA 4BY9C 3E66A 1F21A 1ATNA 3CJ1A 3VEWA 4YOWA 1VAZA 4XH1A 3OA9A 4FW1A 5AQUA 4Q0BA 3OHRA 3EKUA 4LSNA 4UQGA 2AP1A 4GMJB 3VQ9A 1KAXA 4I2PA 4B1YB 1NJYA 5IT9O 4O44A 4KO0A 4PKGA 5KRTA 3DXMB 5JLFA 4UY8O 3A5NC 2VG7A 2R7YA 1Y64A 5AQQA 3VGMA 5HOOA 4FK0A 3D2FB 5AZIB 3A0IX 1IH7A 3MEEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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