2LSNA

Solution structure of pfv rnase h domain
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GAMGQYEGVFYTDGSAIKSPDPTKSNNAGMGIVHATYKPEYQVLNQWSIPLGNHTAQMAEIAAVEFACKKALKIPGPVLVITDSFYVAESANKELPYWKSNGFVNNKKKPLKHISKWKSIAECLSMKPDITIQHEKGHQPTNTSIHTEGNALADKLATQGSYVVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The solution structure of the prototype foamy virus RNase H domain indicates an important role of the basic loop in substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNase H
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
total genus 41
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2lsnA00
3LDSA 5SZTA 4UQGA 3AA2A 1FKPA 3ASMA 4OKJA 4N41A 2KZZA 4F4KA 3O4NA 2EX3A 4JRPA 2KFNA 3VN5A 4JS4A 1IH7A 3KK2A 3MXIA 1Q8IA 1J9AA 2BANA 5J2MA 3L2QA 3QO9A 3SJJA 3RR7A 4DTPA 3QEWA 1C1AA 4FLWA 1JLFA 1NKCA 4CEZA 5KGXA 1MU2A 1RT2A 4EP5A 1YVUA 4FJLA 1VRUA 3MXMA 3OYJA 1TVRA 1KFDA 3OS1A 4CJTA 1S9EA 4H8KA 1NK4A 5CZ1A 4DTUA 1TAUA 1BCOA 2HNZA 3K2PA 1C0UA 3D45A 2D0AA 4LY7A 1TV6A 3SQ4A 4G1QA 4OKEA 2KZMA 4EZ6A 4FJIA 3C6TA 1SL2A 4ZTFA 1NOYA 4M3ZA 3AVCA 4OLBA 2G8KA 1Q9XA 4RG8A 5EU7A 3L2WA 1RBRA 1YTUA 4RW9A 1L3UA 4CEEA 1HPZA 3QETA 3L3VA 3H08A 1BISA 2XRIA 4FJ9A 1TKXA 4KHYA 3QINA 3QNOA 4DS5A 4W5OA 4CECA 4IFVA 4OPJA 1ZBFA 3AVGA 1EXQA 1HNVA 4CJ3A 2G8VA 1F21A 3QNNA 2YHAA 4B9MA 3CQ8A 4CF9A 2O4GA 4BDYA 4CHNA 4DG1A 5KTQA 1B92A 1UA1A 4OGCA 1DTTA 4QOZB 3KKSA 4DTMA 1NK5A 4CHQA 3TAFA 2DFFA 3CYMA 4FLZA 1X1PA 3OYAA 3KLGA 1VSEA 5FDLA 2XY5A 4B08A 3RMDA 1T05A 4DWIA 1EETA 2DTUA 3ULDA 4HCBA 2WONA 4CGJA 2XHBA 2RF2A 1RDCA 2DFHA 3HVRA 2QKBA 1EKEA 4E7IA 4MQ3A 4LH4A 1ZBUA 4Z0UA 1IKWA 4DSFA 3S3NA 4CJEA 3WNFA 3SCXA 1HYZA 1S1WA 1BQNA 3NH0A 3KD1E 5KRTA 3KD5E 1KCFA 3ZCMA 4FJMA 3VA0A 4CGFA 1ASUA 3MXJA 4HUEA 3LWMA 2RPIA 3SV3A 4C8KA 2I5JA 2IAJA 3HPOA 4FLUA 1U4BA 4KB0A 1JLAA 4DU1A 4B3OA 3AVNA 1WSEA 1HQEA 3MAQA 1K6YA 1X9SA 1HRHA 2ITGA 4HUFA 2XY7A 2PZSA 4CJ5A 4C8LA 4E1MA 1RBUA 1LW0A 1KVCA 2DFEA 1QS4A 3LP2A 3UIQA 4KB1A 3ZSOA 3ZT3A 4AHUA 2NUBA 2HMIA 3VQ6A 2E6MA 4DSIA 4PY5A 1LWCA 1TKZA 4CHZA 3OYGA 3HYFA 1BHLA 4FJ5A 4ZTJA 4DTRA 3TR8A 1U48A 2A1SA 3AVAA 1YT3A 1QTMA 3B6PA 3SUPA 4W5NA 3PUFA 4CGHA 4RW6A 2E6LA 1C6VA 2ETJA 3OYNA 1RBSA 1RT1A 4FZXC 1VK0A 3ZT2A 3VQPA 3I0SA 4CK1A 1S6QA 3M8PA 2Z1HA 4F2SA 5HP1A 4F2RA 4M42A 4FJKA 1I39A 5C25A 1KLMA 1JXBA 3NH2A 4LSNA 3K58A 1SUQA 4HTUA 3V9SA 4KHQA 1CZBA 1JLEA 4K8ZA 4N76A 4CE9A 4KREA 4LD0A 4F8RA 4M3YA 1LW2A 3NBPA 2G8FA 1SKSA 3ISNC 1G15A 3HT3A 3QIPA 4PQUA 1RDBA 1HJRA 1JXEA 2B5JA 4J2BA 4E1NA 1SKRA 3DLEA 4M3UA 1T7PA 2X6NA 4GVMA 3HXMA 3VA3A 3V1RA 4DMNA 4O55A 3WNEA 1L3TA 2KFZA 1J53A 4FM1A 1RT7A 1X9WA 4LH5A 4HVJA 3EZ5A 5HRSA 3AVKA 3TAMA 2BE2A 1U49A 3OJUA 2X74A 3DLGA 4H4MA 1X9MA 4CHPA 1EX4A 2VG6A 4IG3A 1SV5A 1UAXA 3V1OA 1T03A 4DTSA 1FKOA 1CXQA 1RDAA 4AHSA 4Q5VA 4W5QA 3O3HA 4FW1A 3KJVA 4I9QA 4LSLA 3NGIA 1LWFA 2PYJA 4NYFA 2F96A 3M8SA 1NK8A 1WSHA 4FCYA 2BDPA 3LP0A 1RT4A 4DU4A 3DRPA 1S6PA 3C94A 4OGEA 5SWMA 1J5OA 1TAQA 4FLYA 2D0CA 3OYMA 2Y1JA 1BI4B 3VQDA 3U6FA 4E0DA 5T7BA 1CXUA 1ASVA 2G8UA 1QHTA 2HB5A 1DLOA 1WSJA 4ICLA 1WN7A 1S5JA 4O5BA 4AH9A 3V6DA 4QCLA 4M3TA 1L3SA 3NCIA 4Z4GA 2X78A 4KKOA 3OYEA 3TWHA 1JLBA 4ELUA 4DSKA 2KTQA 4J2AA 2LSNA 5CYQA 5E41A 1XC9A 1NOZA 1IG9A 4CF2A 5CZ2A 1WSGA 5DMRA 4I2PA 4IFYA 4DQSA 3ZT1A 2VWKA 1RT5A 3NFAA 4FVMA 4BWMA 4B9VA 4FJJA 3RTVA 4H4OA 1R0AA 3LAMA 3DRSA 4DFJA 3CM6A 1JLCA 1WSFA 1BL3A 3SUOA 4Y1CA 1HQUA 4CJVA 4N5SA 4OPKA 4JRQA 3DLHA 3HK2A 3QEXA 1HYVA 1O1WA 3RRHA 4CJLA 4M3WA 3AVLA 4GMJB 1VSFA 4E7HA 1SL1A 5FRNA 2ZD1A 2ATQA 1KVAA 2P5GA 2IGIA 1TKTA 3P1GA 4JLHA 2YHBA 4OJRA 1RCHA 5CY4A 4FK0A 4DFPA 3AO1A 2Z1JA 2G8HA 4CF0A 4F3OA 1VSHA 2QKKA 2FBXA 2F8TA 1VSIA 1S9GA 1EP4A 4CGIA 3RR8A 4CK3A 4N56A 1N6QA 2O4IA 4CF8A 3ZSYA 3SPYA 3ZSZA 1Z26A 1REVA 3OS2A 3L2UA 4Q0BA 4CFDA 3SZ2A 1GOAA 4O0JA 3HP6A 3TARA 2A1RA 1RT6A 3AVFA 3QLHA 1QSLA 4DSLA 3QERA 4CF1A 4KFBA 1TL3A 1C0MA 1RTIA 4FJHA 4OVLA 3KLIA 5D3GA 3K5OA 4KHUA 3IS9A 5FRMA 3K5LA 3OYKA 3NE6A 4Z4FA 3NGZA 1XI1A 2YNHA 1WAFA 2IOCA 5C24A 2XY8A 4FW2A 4HHTA 4FM2A 4AHTA 3OYCA 3WNHA 1KSPA 2OYQA 4B9LA 2WOMA 1XWLA 3LZIA 4YNQA 1QSYA 3FFIA 1Y97A 3HJFA 3HVTA 4IDKA 4DF8A 1NKEA 2D5RA 1KLNA 1ASWA 2VG5A 3VQ5A 5J2NA 2HHVA 4DSEA 4DLEA 1HYSA 3DRRA 2KQ2A 3RMAA 3G10A 4CEAA 2AJQA 4DFKA 3MEEA 4YFUA 1FK9A 3EY1A 1RBVA 3AVMA 1VSKA 4L8RB 4CIEA 2FBTA 4DSJA 3S3OA 1U47A 2IDOA 2YNFA 3OYBA 3TAQA 1W9HA 4QAGA 3DMJA 4E19A 3OYDA 4BE0A 3TI0A 1LV5A 2GBZA 1D9FA 4B9UA 1S1TA 3KLFA 3K57A 3SI6A 2G8IA 3K59A 2F8SA 1C0TA 4CERA 3B6OA 1WNSA 4ID5A 2RN2A 3LZJA 5HLFA 2QK9A 3AVJA 4B9TA 4DFMA 2JGUA 3AA5X 4I9LA 2B4JA 1NKBA 4CJPA 3OY9A 2OZMA 4FJ8A 2HHWA 1Z25A 3O3FA 4EZ9A 4BACA 4KTQA 4CJKA 1ITGA 4I2QA 4FLVA 4ELTA 4Y1DA 1JLGA 3NHGA 4J2EA 3HPHA 2OPPA 4KI4A 1B9DA 2ZE2A 3E01A 3M8QA 4JS5A 3ZSVA 2XO7A 5KGWA 4Z4IA 2OPSA 4ELVA 1GOCA 1RTJA 5J2PA 4J2DA 1VRTA 2P51A 3NF8A 4FYDA 2XY6A 3AO5A 4B9NA 4ID1A 4CJWA 3JSMA 3A2FA 4MFBA 4CEDA 3S3MA 3OS0A 4CIFA 4NCGA 3TAPA 4M45A 2FC0A 3QEIA 4E7JA 1NJZA 1DTQA 3HP9A 2E4LA 4AHCA 2KW4A 3BGRA 1BCMA 4OLAA 3AVIA 4OKKA 2VG7A 4KI6A 3LP3A 4DLGA 2HHTA 1RILA 4CJQA 2YV0X 1VSJA 3ZT0A 4O44A 1BQMA 4DQRA 4AHVA 4B8CA 3TAGA 3DOKA 1NJXA 3VQBA 1UA0A 3SYZA 1YTAA 3DLRA 2EHGA 4AILC 2BGGA 3QIOA 3ZT4A 2OPQA 2G8WA 4HUGA 3KK3A 1LAWA 3AO4A 4NCBA 4B9SA 3SQ0A 1IKVA 4CJSA 2HNYA 1NK9A 1QSSA 4CGGA 2Z1GA 4BDPA 2HNDA 4FK4A 3OVNA 4CEBA 1UWBA 1NJYA 1WSIA 2P5OA 4KTWA 4DQPA 3VQQA 4CFBA 1CZ9A 3AV9A 4IBNA 3KKRA 4XIUA 5JS2A 2ZQBA 3L8BA 4DTOA 2HHSA 1NK0A 4BE1A 4BWJA 4C8OA 1ZBLA 4TSXA 3U3YA 3DI6A 3QESA 2HHUA 3VQ4A 1HMVA 1RT3A 3CG7A 3VQAA 1BIUA 4RW7A 4M41A 1RNHA 4C8MA 4E89A 4KO0A 2FBYA 1RTHA 1SL0A 4O0IA 1VSDA 1XHXA 3QEPA 4CHYA 1KRPA 3RMCA 1Q9YA 3NF9A 3V9ZA 4DTXA 1ZBHA 4FJXA 4F3TA 3HPGA 4FLXA 4KV8A 4FZZA 2X6SA 3C95A 1BI4A 3RMBA 5J2QA 3ALYA 4DQIA 3PV8A 1NK7A 4HCCA 3OJSA 3THVA 3PX4A 2DY4A 4Z4CA 3NGYA 2W42A 3O4QA 3PY8A 1JL1A 1D5AA 2Q3SA 4IG0A 1RBTA 3NAEA 4BE2A 3KLHA 3L2RA 2YNIA 3P5JA 4E7LA 3IRXA 2VWJA 2YKNA 1TGOA 2IC3A 1FXXA 3QEVA 4PWDA 2R7YA 3V9XA 3BDPA 4RW8A 3ZSXA 4KHWA 1A5WA 1S1VA 4KHNA 1WAJA 3AO3A 1QE1A 5DK5A 1RDDA 4NYNA 4R5PA 3KK1A 5HROA 3SV4A 3SUQA 1S1UA 4FK2A 4CIGA 3C6UA 4W5RA 3L2VA 3PX0A 4E7KA 4WE1A 4DQQA 1LWEA 3AVHA 1KVBA 4DTNA 5HBMA 3MEDA 3LPUA 3SQ2A 3SUNA 3K5NA 1W0HA 2YKMA 3T1AA 4CJFA 4FXDA 4M3RA 4Z4HA 3OYIA 2HHXA 3IG1A 4KAZA 3HSTB 4RW4A 5HRRA 3AA3A 3V81A 3PX6A 1SKWA 3OYHA 4DTJA 3PO5A 2OPRA 4CFCA 3RWUA 4M3XA 4E3SA 3LAKA 4C8NA 3VQCA 3CFRA 2Y1IA 1D9DA 4KRFA 4CEOA 1L3VA 5I3UA 3L3UA 3VQ7A 3CFPA 1JLQA 3T19A 5I42A 1N5YA 4FZYA 3I0RA 4PA1A 3SQ1A 2PY5A 1BGXT 3F9KA 4EP4A 3TANA 4IKFA 3OYLA 3S9HA 1RTDA 1B9FA 1C1BA 2D0BA 5J1EA 1J54A 3EYZA 2HVIA 1A5XA 1ZBIA 2HVHA 1IKYA 3DYAA 3VQEA 3PO4A 1TL1A 3O3GA 3D0PA 3OYFA 1C1CA 4K8XA 5KRSA 4O4GA 1D8YA 5CYMA 3DLBA 1ZYQA 3ITHA 4KPYA 3V1QA 3AO2A 4FJNA 2GUIA 5HRNA 4BDZA 3V9WA 1TK8A 3HM9A 3NDKA 3NF7A 4N47A 3U3GA 3AA4A 3LALA 2HW3A 3ZSWA 4FJGA 4KHSA 3JYTA 1TK0A 3LWLA 1QQCA 4B8AB 4CJ4A 3P83D 3VQ8A 4PUOA 2B6AA 1KFSA 1CLQA 1A5VA 3CFOA 1I3AA 2Z1IA 4GW6A 1IO2A 1T8EA 1UOCA 2P1JA 3KLEA 4CJRA 3T3FA 1U45A 1JL2A 2IS3A 1L5UA 4AHRA 4CESA 4CJUA 5HRPA 5K14A 1KTQA 3LP1A 3V9UA 3IAYA 3TAEA 3DM2A 1LAVA 3AVBA 3CM5A 4DU3A 3V4IA 3HO1A 3ZSQA 4ZHRA 4CCHA 4CEQA 3LANA 1TKDA 3KTQA 3MECA 3DOLA 1GOBA 3F73A 3DLKA 3I8DA 3LPTA 1NJWA 3HL8A 2FBVA 3K5MA 1IKXA 1XHZA 4CGDA 4NCAA 3ZSRA 2JLEA 5KI6A 3WNGA 1VSLA 2YNGA 1S1XA 4W5TA 3TABA 3SPZA 4DF4A 5FROA 1HNIA 4FJ7A 2RKIA 3G0ZA 3VQ9A 2HHQA 1U04A 2QXFA 3NF6A 2OZSA 3KIOA 4KTZA 3SNNA 4I7FA 4CFAA 1WLJA 1BIZA 2GV9A 1JKHA 3M8RA 4Z4EA 1VSMA 4FLTA 4CHOA 3RRGA 1TK5A 4CEFA 4FM0A 4DS4A 1NK6A 3MEGA 4CK2A 5C42A 2OA8A 5JS1A 3NH1A 2PYLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FSVA 3ASMA 3VF6A 4N41A 2P9LB 3R8EA 1IH7A 3MXIA 4MO5A 2GUPA 4FPBA 2CGKA 5AQVA 1J9AA 4ISGA 3L2QA 1HNZK 5BRDA 3RR7A 3QEWA 3VF2A 4OX9K 1JLFA 1NKCA 5KGXA 1RGIA 4JNEA 3KK7A 1TAUA 1BCOA 2HNZA 4BRNA 3FE1A 2D0AA 4LY7A 1TV6A 3VEWA 1S3XA 4FJIA 4BQLA 4ZTFA 3MWTA 4BRHA 4LFBK 5EU7A 2HSTA 3D2EA 4CEEA 1NGBA 4MLHA 4FJ9A 5AJ3K 5C15A 2O8DB 3AVGA 1HNVA 3HZ6A 3QNNA 4XH4A 2O8FB 2ASOA 4DTMA 3KLGA 5FDLA 1GLCG 4B08A 4FO0A 3WXMB 1EETA 1KQSM 4DWIA 3ULDA 2E1YA 2QKBA 2F4VK 4E7IA 2IIRA 4LH4A 4MQ3A 1KD1O 2FSKA 4DSFA 1HYZA 4FWPA 4CZHA 4CZFA 3NH0A 1ASUA 3TPQA 3LWMA 2RPIA 2I5JA 3HPOA 4FLUA 1HKBA 4DU1A 1WSEA 1Z6RA 3JAMO 4HUFA 2PZSA 4JI3K 1KVCA 4FPAA 4BC3A 4AHUA 1V4SA 5BR8K 4PY5A 3OYGA 3HYFA 4ZTJA 4DTRA 1P8ZA 2WTUA 1YT3A 2UXDK 3LM2A 4M7XA 4RW6A 3OYNA 4BRLA 1RBSA 2CH6A 1RT1A 3BZCA 5AQUA 3I0SA 1S6QA 2Z1HA 1ATSA 5C25A 3K58A 3NH2A 4HTUA 3V9SA 3HJFA 4KHQA 1CZBA 1JLEA 3EO3A 4CE9A 4RWTA 3A5MC 3UB5A 4KREA 4F8RA 2G8FA 1SKSA 3ISNC 3CHWA 3HT3A 4L3QA 3D6RA 4E1NA 3A5NC 4CI6A 4IWVA 3HXMA 4CBUA 3V1RA 3VA3A 1L3TA 3EE8A 4JKFA 3WUHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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