2NLXA

Crystal structure of the apo e. coli xylulose kinase
Total Genus 147
50100150200250300350400450020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
50100150200250300350400450400300200100
050100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (65-68)S1 (2-7)TI4 (95-98)TIV1 (8-11)S2 (11-18)S23 (413-417)TI1 (18-21)TII1 (37-40)TIV2 (35-38)AH1 (45-62)AH8 (214-220)S15 (231-232)S5 (70-75)AH9 (233-241)O1 (77-79)TIV3 (172-175)S6 (80-84)S7 (88-94)AH4 (128-145)AH2 (101-111)TI5 (124-127)AH3 (114-119)TI9 (269-272)TI6 (178-181)AH7 (186-192)AH5 (152-161)AH6 (168-172)S14 (226-228)S12 (201-203)TIV4 (174-177)S10 (177-178)S11 (183-184)S18 (275-278)S19 (285-290)TI7 (179-182)TI8 (204-207)TII3 (281-284)3H1 (196-198)S16 (248-253)TII2 (245-248)S17 (257-263)AH12 (358-382)TIV5 (253-256)TVIII2 (387-390)TII4 (293-296)TIV6 (263-266)AH11 (310-317)TI10 (317-320)TI11 (321-324)AH15 (459-479)S20 (328-333)TIV7 (333-344)S22 (389-393)TI12 (353-356)TI14 (442-445)3H2 (395-397)TIV13 (444-447)AH13 (400-410)TI15 (443-446)TIV10 (419-422)TIV11 (420-423)AH14 (424-436)TI13 (437-440)S24 (451-455)S3 (22-30)S4 (42-43)S8 (148-150)TI3 (84-87)S9 (165-167)S13 (208-211)AH10 (296-304)S21 (345-350)TIV9 (382-385)TIV12 (441-444)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 147
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA01
3GOIA 3LM9A 2QWLA 1NGCA 3WEEA 4H03B 1NGIA 5BRHA 3R9PA 4BGAA 2YI1A 4CZIA 4BRIA 1JCFA 1NGAA 2CGKA 3QBWA 3VETA 4FWOA 2FF6A 5BPLA 2PAVA 2P9UB 4H0PA 2I7NA 3SJHA 3ZETA 2YCHA 3DJCA 4Z94A 2PBDA 2VYPA 1Y64A 4RCHA 5BRFA 5KPTA 3R8EA 3VERA 4K41A 5TKYA 2E2PA 1TUUA 3A0IX 1QQNA 3WEEB 5KQDA 3IDHA 4CZLA 2Q1NA 4XEIA 2E2NA 1HJOA 4HTLA 5EX5A 2QWOA 1BA0A 1WUAA 2A5XA 1C0GA 2A42A 4FL9A 3FLCO 5AQRA 1QQMA 2HMPA 4H5VA 4BC3A 1BUPA 3ZETB 3GL1A 3QMLA 1D4XA 1ATSA 3D7EO 5KPZA 4DQ8A 4PKIA 1BG3A 3VEZA 1NMDA 1P8ZA 5JMVA 3BF3A 4L3QA 2P9SA 1LCUA 4FWNA 2J4RA 3DWLA 4A2BA 3H3NO 2QWMA 2FF3B 4BR5A 3H1QA 2FLOA 2E1YA 3A5MC 5BPNA 2IVOA 4CD1A 4IWVA 4EHUA 2Q36A 3H46O 3W0LA 1S3XA 2BTFA 5FPMA 3CERA 3FZKA 3VF2A 3D2FA 5KQ8A 4B1ZA 5BRDA 3EN9A 4FO0A 4EAHD 4YDUC 2ASOA 2Q2RA 4BRKA 3M3ZA 1TYQA 1HUXA 2D0OA 3O6WA 1GLAG 3VENA 2P9SB 4Y0WA 3A8YA 4BR7A 3WT0A 1QQOA 4FOIA 3D2EA 1NBWA 1NLVA 2D0PA 4HWIA 3ATUA 3CJAA 3O8MA 3JS6A 3ENOA 5AZJA 3EO3A 3VGLA 3EL2A 1BWFO 3UKRA 3TPQA 3VOVA 4MO5A 2NRHA 3CQYA 3CETA 1NGJA 3D2FB 1ZBSA 2BUPA 4LC9B 2F9WA 4H5NA 4CI6A 3DXKA 1TYQB 3MN5A 3H1VX 5EXWA 4O5FA 3U9ZA 1HX1A 3VESA 1JCGA 4O8KA 4FOEA 3UKUA 3ULEA 4BVOA 1BDGA 5AQFA 3D2EB 4FWKA 3A5LC 4K43A 3DAWA 2QWNA 2YJFA 1G99A 3O08A 5ADXH 1HKCA 5AZJB 3IFRA 5BPMA 2QM1A 3UKRB 3KHYA 3VGKA 1DEJA 2ZWHA 3CI5A 4FSVA 1YAGA 2P9LA 1GLCG 1KXPA 5E84A 3DXKB 2CGLA 5FPDA 3L4IA 3HSCA 5LJWA 3AARA 1YXQA 1YUWA 3FGUA 5EY4A 3CJ7A 1U2VA 2FSKA 4H5RA 3UKUB 2NLXA 3ULEB 5ELZA 2AA4A 4CZHA 1BOTO 5JLFA 3VPZA 4CBXA 4WQ5A 4CZGA 3MDQA 4DCHA 3O1WA 3ZX2A 1RDWX 2E2OA 5AQKA 2P9LB 4BRQA 4MLEA 3WQTA 3CQXA 1S22A 3LDNA 2ITMA 3AY9A 4BREA 2QWPA 1ZXOA 3M1FA 1K8KA 2GEMA 1U2VB 3AAPA 2UYTA 4WYBA 5AZIA 4BRDA 4H0TB 1GLJO 1TUYA 4H0XB 4I6MA 4WQ4A 3FR0A 4B1WB 4BROA 2QWRA 1CZAN 3FZFA 1RFQA 2CH5A 5AQZA 4FWMA 3ATVA 3L6QA 1SQKA 2V51B 3QBXA 3VEYA 3U4LA 4BRPA 5AFUH 3VEXA 3LDLA 1K8KB 1H1VA 3VF6A 5AZIB 4GY2B 3KZBA 4B1VA 4E1JA 5JLHA 4FWSA 3CJBA 4IXCA 1QZ6A 3GE1A 4H0OA 5AQQA 4I6MB 4A61A 1GLFO 4BRHA 3ZEUA 5AQVA 2P9NA 2YHXA 4B1UB 3KVGA 4JD2A 4K25A 4EHTA 3VEVA 3QFPA 5AQGA 2GTDA 2QXLA 3OHRA 3W3DA 3SMPA 4EIAA 5ADXA 2W40A 4IJAA 5AQTA 2VCPA 3EKUA 4BRLA 1HLUA 2A40A 1KAZA 2WUSA 2ZF5O 2P9PA 3UB5A 5EOYA 2V52B 4BC2A 5BR9A 1NGHA 3SMSA 3EKSA 3MMVA 4ISGA 1IG8A 2E8AA 3ZEUB 2P9NB 4NB4A 1MWKA 3BP8A 3VGMA 1KAXA 4BG8A 3QB0A 2KHOA 5JICA 5I9EB 3HZ6A 4JD2B 5AQHA 3M6GA 4ISFA 4B1YB 1DGKN 2ASMA 1IJJA 2OANA 2IIRA 4PKHA 1HKGA 1RGIA 2E88A 1ESVA 1V4TA 3F9MA 3TU5A 1MWMA 2V7YA 3LM2A 4DHYA 4JAXA 3S41A 2A6AA 4KBOA 4GNIA 2HF4A 2P9PB 4B1XB 3BEXA 4IO8A 5AQIA 3LDQA 5F2RA 3FZLA 1QZ5A 1LOTB 4YDUA 5AQMA 4BRNA 4JN4A 5CE3A 2H3GX 3O5BA 4CZMA 3ZX3A 5AQPA 3VF4A 3I33A 3L0QA 4CBWA 3WXKA 4XH5A 5AQXA 1T44A 4A62A 2D1KA 1JCEA 3JXUA 1GLLO 1GLDG 3DXMA 3O80A 5BN8A 1BU6O 4AM6A 3LDOA 5AQOA 4BQZA 4BR2A 3ID8A 1NWKA 5AQUA 3HM8A 3WQUA 1QHAA 1X9JA 3FZHA 4XH4A 2ZGYA 4QS8A 1ATNA 2Q0RA 5F1XA 5AQLA 3WUHA 2I7PA 3C7NA 5AQYA 4M63C 2FSNA 3WXJA 2P9KA 1GLEG 1HPMA 1NGFA 2E1ZA 3DXMB 3QICA 4BRGA 4H0VB 2FSJA 3CHWA 1R59O 2GUPA 4MO4A 2CH6A 4NO7A 2NZTA 3MCPA 3C0BA 4CJ7A 1X3NA 2A41A 2FXUA 4FWPA 4BGBA 4J8FA 3AAQA 2AP1A 3CJ9A 3WXLA 4FWQA 4DB3A 3MN7A 4BVPA 1BA1A 2IVPA 4EFHA 2D4WA 4BC5A 3C7NB 1V4SA 4ISEA 4FWRA 5AQWA 1U6ZA 2P9KB 2QWQA 2YHWA 3GBTA 4H0YB 1SZ2A 2E20A 2HOEA 3MK6A 3U8XA 2E2QA 3VEOA 3GG4A 3H3OB 1T6DA 1MA9B 1E4FT 2F9TA 3LDPA 5FPNA 2P9IA 3RSEA 3MN6A 3WXIA 4BR4A 1J6ZA 2VWBA 2W41A 3H45C 1ATRA 1MDUB 1BO5O 3I8BA 5EVZA 2EWSA 3ZX0A 4QS7A 2Q0UA 4M7XA 4JNEA 4H5TA 2GWKA 1ZC6A 3A5NC 4BC4A 3O4WA 1NGGA 1GLBG 3ENHA 4PL8A 5F0XA 3QFUA 1NGDA 1OKJA 4CBUA 2DPNA 1SAZA 3U9DA 5BREA 2Q31A 5AQSA 4BRAA 4QS9A 3B8AX 2P9IB 3RSEB 3VEWA 4K42A 3UE5A 1WOQA 1NGBA 1Z6RA 3IMXA 4BQLA 3HI0A 4H5WA 3QDKA 3J8AA 4BG9A 4C23A 2YHYA 4F9OA 4PL7A 3BUZB 3A5OC 4XH1A 4BRCA 3BF1A 3CJCA 3GDQA 5BN9A 4FPBA 1Z05A 4JHDA 5FPEA 4AM7A 1XUPO 3FFKB 4MLHA 2YJEA 3CJ1A 1X3MA 3IUCA 4B9QA 4FPAA 1T6CA 2Q97A 4IJNA 4RWTA 2A3ZA 4M7YA 5LJVA 4BRMA 1EQYA 1E4GT 3CIPA 1KAYA 1DKGD 2GELA 4CZJA 4BRFA 3LL3A 3SLCA 4WQ5C 2HF3A 3R6MA 4A2AA 4JHDB 3P4IA 4PKGA 1Q18A 2ASPA 4BR9A 3O1BA 3MN9A 2V7ZA 5B8HA 2GWJA 3H6EA 4RTFD 2IVNA 2CGJA 2ZGZA 3FZMA 5E26A 5AQJA 4CZEA 1XC3A 5LY3A 1NM1A 1XQSC 5AQNA 3HBTA 5AFUA 4IZ9A 3FE1A 4FWLA 1C0FA 4CZFA 4CD3A 4CZKA 3EZWA 3SK3A 2QW9A 3HTVA 1YVNA 1NGEA 2P9UA 4WQ4C 4BR0A 5AR0A 3G25A 1HKBA 5KPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GOIA 4YOVA 4CESA 1HPZA 3LM9A 3V6DA 1NGCA 4KHPK 2YI1A 2HHWA 1JCFA 2CGKA 3J7YP 1M90O 3QBWA 3WNHA 3VETA 1RDDA 4JKGB 4F4KA 1IH7A 1Q86O 1VSDA 5AJ3K 1KVCA 3ZETA 3DJCA 4Z94A 5CHIA 2PBDA 5BRFA 1Y64A 3T7ZA 5A2QO 1W2BM 3DLGA 1HNXK 4K41A 3KWGA 2E2PA 5KQDA 4O44A 3CFOA 3T69A 4XEIA 2E2NA 4OPAA 5EX5A 3KD1E 3OYHA 1BA0A 4E19A 5DK5A 1C0GA 4OKJA 3I56N 3HOSA 2A42A 2RHKA 4FK2A 1QQMA 3AVKA 5C10A 3QMLA 3D7EO 4LF9K 4DQ8A 1RDUA 3VEZA 3QNNA 5M1OA 1CXUA 3QERA 4WCEL 3DLKA 4A2BA 3TAPA 5HL7L 4BACA 3NF7A 1S1XA 3SPYA 4FLWA 3MX5A 4CF2A 1OVYA 3PLAA 1XI1A 3V1RA 2Q36A 4GMJB 4I2PA 4EAHD 4NXNK 4B9TA 3PUFA 1L5UA 1HJRA 4CEEA 4FLVA 2UXBK 1GLAG 4B8AB 3V9WA 5HOOA 3JSMA 3CMEN 4BR7A 3WT0A 4CEOA 4DQPA 3UIQA 3ATUA 3JS6A 3ENOA 4CJ5A 3K5MA 2ZJRL 1HNIA 1BWFO 2AJQA 2Q3SA 4DTUA 3D2FB 1WLJA 3AV9A 4IOCL 2F9WA 4H5NA 3V81A 1NK0A 5C25A 1W97L 3VESA 4OLBA 3V9SA 4O8KA 4FOEA 3UKUA 3NGIA 3MWPA 4ILGB 1BDGA 3T1YK 3DAWA 2BANA 2YJFA 2XHBA 3O08A 5AZJB 3IFRA 5BPMA 4CFBA 3UKRB 1S6PA 3ITHA 1YJ9N 2XY7A 1YF5L 2CGLA 3R1XA 1X9WA 4HTUA 1T05A 4YORA 3ZT3A 4B8CA 2WBNA 3AARA 2YX6A 1WBBA 1YUWA 1BCOA 3FGUA 3MXJA 3KK3A 1I3AA 4C8MA 4DR6K 3BY5A 1KC8O 5CZ1A 4FLXA 3E66A 3O1WA 2F8SA 2E2OA 1UOCA 2OTLN 4FJMA 4EP5A 3NCIA 3OTOK 4BRQA 4PHTX 3N4PA 1VQ9N 3WQTA 3SZ2A 3OW2M 4IDKA 3LDNA 2ITMA 1A5WA 3DLBA 4XIUA 4LFBK 1HYVA 1ZBFA 4WYBA 5AZIA 3KD5E 3K9JA 4KHYA 3LWLA 3TANA 3SI6A 4WQ4A 4DLEA 3FR0A 2FBXA 3C6UA 4B1WB 3I55N 3MECA 5FRNA 1VQLN 4BDZA 3O3FA 4DTPA 1QQCA 4QAGA 3VQBA 1EP4A 2V51B 3VQ4A 3VEYA 1OH7A 2BH1A 3LDLA 3CYMA 3PO5A 1H1VA 2O8FA 3S9HA 5JLHA 3CG7A 4AHSA 4B3OA 3VA0A 3OBWA 3BZKA 2X6NA 5AQVA 4BE0A 3PIPL 5EU7A 1VK0A 4JD2A 5KRSA 5HROA 1VQPN 3VEVA 3TR8A 3P31A 3MEGA 1F21A 1FW6A 4DR3K 4O8UA 2OA8A 5C24A 2O4GA 2W40A 3EY1A 2VCPA 4LF6K 1HLUA 4OPKA 2ZF5O 1NNEA 1EX4A 3UB5A 3O3GA 3SMSA 2NRTA 3EKSA 4ISGA 3DLRA 3TWHA 3ZEUB 2P9NB 1O1WA 4BG8A 3THWA 5JICA 5I9EB 3HZ6A 5GAGP 4GV6A 2X78A 2ASMA 3KKSA 3SAFA 1J54A 4KTZA 3KWIA 4M3UA 1HKGA 1LAVA 3HPOA 3QEXA 3F9MA 3LM2A 4YOXA 3LAKA 3HVTA 2OPPA 2P9PB 2YHBA 2G8FA 3BEXA 4IO8A 4CF9A 2FBTA 2F8TA 3IKMA 2O8EB 2E4LA 1QZ5A 4K0KK 2W6KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GOI A;  4YOV A;  4CES A;  1HPZ A;  3LM9 A;  3V6D A;  1NGC A;  4KHP K;  2YI1 A;  2HHW A;  1JCF A;  2CGK A;  3J7Y P;  1M90 O;  3QBW A;  3WNH A;  3VET A;  1RDD A;  4JKG B;  4F4K A;  1IH7 A;  1Q86 O;  1VSD A;  5AJ3 K;  1KVC A;  3ZET A;  3DJC A;  4Z94 A;  5CHI A;  2PBD A;  5BRF A;  1Y64 A;  3T7Z A;  5A2Q O;  1W2B M;  3DLG A;  1HNX K;  4K41 A;  3KWG A;  2E2P A;  5KQD A;  4O44 A;  3CFO A;  3T69 A;  4XEI A;  2E2N A;  4OPA A;  5EX5 A;  3KD1 E;  3OYH A;  1BA0 A;  4E19 A;  5DK5 A;  1C0G A;  4OKJ A;  3I56 N;  3HOS A;  2A42 A;  2RHK A;  4FK2 A;  1QQM A;  3AVK A;  5C10 A;  3QML A;  3D7E O;  4LF9 K;  4DQ8 A;  1RDU A;  3VEZ A;  3QNN A;  5M1O A;  1CXU A;  3QER A;  4WCE L;  3DLK A;  4A2B A;  3TAP A;  5HL7 L;  4BAC A;  3NF7 A;  1S1X A;  3SPY A;  4FLW A;  3MX5 A;  4CF2 A;  1OVY A;  3PLA A;  1XI1 A;  3V1R A;  2Q36 A;  4GMJ B;  4I2P A;  4EAH D;  4NXN K;  4B9T A;  3PUF A;  1L5U A;  1HJR A;  4CEE A;  4FLV A;  2UXB K;  1GLA G;  4B8A B;  3V9W A;  5HOO A;  3JSM A;  3CME N;  4BR7 A;  3WT0 A;  4CEO A;  4DQP A;  3UIQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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