2O4GA

Structure of trex1 in complex with a nucleotide
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
226
structure length
217
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQAKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 70
structure length 217
sequence length 226
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4gA01
1U45A 4OJRA 1TAQA 3DLKA 4DTXA 2ETJA 3QINA 3MXMA 3AA3A 4WE1A 3NE6A 3CM5A 4CEBA 5HLFA 4AHVA 5C25A 1JXEA 1YVUA 3L2VA 3A2FA 1KFSA 4DLGA 4FLTA 3PO4A 1RCHA 3C6TA 4DG1A 4W5RA 1HJRA 4DSLA 5HRNA 4AILC 1TK0A 1HRHA 1XWLA 1EKEA 1T05A 4F2RA 4FJJA 4B3OA 3MAQA 4GMJB 3KJVA 4CJQA 2RKIA 4OKJA 2G8KA 1S9EA 2RN2A 3V9SA 4M3XA 3SJJA 1EETA 1S1XA 2KQ2A 1DLOA 3B6OA 3DOLA 3RMCA 4N41A 1SV5A 4OGEA 1IH7A 4M42A 4DQPA 5FROA 4CK1A 4H4OA 2PY5A 3ZT2A 1JLAA 3SZ2A 3QEIA 4RW4A 1NK7A 1B9FA 1TL3A 1F21A 3SQ0A 1UOCA 1EX4A 3LAKA 4CF2A 3OYMA 1QSYA 3RR7A 1NOZA 3NH0A 1KFDA 3G10A 4IG0A 1RDCA 3LANA 3SUNA 1Z26A 1U48A 1X9MA 4Z0UA 3K5NA 4FW2A 5DMRA 2XHBA 4FM2A 4DFKA 3TAFA 3S3NA 4LSLA 5EU7A 3T1AA 4PY5A 3NH2A 5CZ2A 3ZSOA 4JS4A 4DF8A 3AVNA 4CEDA 4CEZA 5J2QA 4NCAA 3VQ5A 3KLFA 4FZXC 3NF8A 3ZCMA 1C1CA 1L3UA 2WOMA 4CECA 4K8ZA 4HCCA 3HVTA 4FK2A 4KHUA 4YFUA 4LD0A 4E1MA 1CZ9A 4RW8A 3ZSZA 1RT4A 1RBTA 1RTHA 5SWMA 3TARA 3DMJA 1SL1A 4CGFA 3DLRA 3HSTB 3I8DA 4AHTA 2P1JA 4E0DA 3K58A 4FJ8A 4W5TA 1TAUA 3VQDA 1GOBA 4NYNA 1C6VA 3MEGA 3QEWA 3QEPA 2PYJA 4YNQA 3SUPA 4FJGA 4FJXA 4JLHA 3MEEA 3V1OA 4CIEA 1C0MA 3OJSA 3KLEA 3KK3A 4FK4A 4CJ4A 4CJKA 4CJUA 1C1AA 3HPGA 4CGJA 4BE0A 3VQQA 4C8NA 1RILA 2PZSA 4KHYA 2DY4A 4FM0A 4PQUA 1G15A 4FLWA 3AVIA 4DU4A 4B9UA 3SUQA 4CIFA 3V9XA 1QQCA 4BWMA 1L5UA 1ZBIA 3ALYA 2VWJA 3HJFA 4KREA 3HP6A 2X78A 3M8PA 2OZMA 3C95A 2OYQA 4CF9A 1QSLA 3L2QA 5CY4A 3ZSQA 1NK8A 1ASUA 3OYKA 3CM6A 1D8YA 3TAMA 4MQ3A 3SPYA 1RBVA 3NCIA 4QCLA 3O4NA 4CJFA 1BIUA 4HUFA 1I39A 1NJYA 2AJQA 4CJ5A 2XRIA 4CK3A 3VQ9A 1S9GA 1LWFA 2D0CA 2F8TA 3NBPA 3BDPA 4C8MA 2B5JA 1DTTA 2DFEA 1LWCA 3OJUA 4N5SA 1WSJA 1L3VA 1MU2A 3KKSA 4DQQA 1SL0A 4CJTA 1GOCA 3FFIA 4AHUA 4FLZA 3QETA 3KTQA 4EP4A 4KB0A 4OLAA 2P51A 2QKKA 3TWHA 4E7JA 2HNYA 3UIQA 3S3MA 4E7IA 3THVA 1BIZA 2FC0A 3IG1A 4E7LA 4CHOA 1JLGA 5CYQA 2HW3A 1HYSA 3PV8A 1KVBA 4DQRA 1SKRA 2KZMA 2EX3A 4F8RA 4FJIA 4IFYA 4J2DA 1W0HA 2IDOA 4CGHA 3DOKA 3VQ8A 5SZTA 3AA2A 4XIUA 2P5OA 1X1PA 2KFZA 5J1EA 1J54A 3OYDA 1NOYA 2Y1JA 3LP1A 3AO5A 4DSJA 1KTQA 1RTJA 1RT7A 2IGIA 4KO0A 3V4IA 3TANA 3IAYA 2XY6A 4FJHA 3LZJA 5CYMA 3K5OA 4Z4CA 3EZ5A 1RDAA 4TSXA 4CFBA 3LP2A 3S3OA 1D9DA 3BGRA 4CJVA 4FLUA 4G1QA 2F96A 1S1WA 4CF1A 4O0IA 2HHWA 1BQMA 2F8SA 4M41A 4CGIA 4ELVA 3ISNC 3IS9A 4KTZA 3V9UA 3DYAA 4GW6A 4PUOA 3M8QA 4KHQA 3KIOA 1TKDA 2G8IA 3V1RA 3ZSYA 4DQSA 2YHBA 1RNHA 3M8RA 3NAEA 3CQ8A 4FW1A 4NYFA 4M3ZA 1IKWA 4O4GA 1J53A 1S5JA 4HUGA 4DTRA 4O5BA 4JS5A 1JLEA 3NHGA 4DF4A 2YHAA 3AVLA 5I3UA 4KKOA 1LW0A 3SPZA 1TVRA 4M3UA 4F3OA 4B8CA 4C8OA 1BCOA 3OYNA 1C0TA 2O4GA 5J2MA 5J2NA 3SV4A 1JXBA 1O1WA 4FVMA 4LY7A 5I42A 3LPTA 3SQ2A 1KLMA 3VA3A 4FK0A 4DTSA 1SKWA 4CEFA 3AVBA 5KRSA 1RDBA 2OPQA 1XC9A 3L2RA 3DRSA 2YV0X 4EZ6A 5JS1A 3L2WA 2ZQBA 4IBNA 3ZSVA 4BE2A 3TAGA 3TI0A 2YNFA 1NK5A 3OS1A 4N47A 2OZSA 1NKEA 3LALA 1QE1A 4ID1A 1HNVA 2IS3A 2PYLA 3ITHA 4RW6A 4O55A 4CERA 4KB1A 1VSEA 3TABA 4DS5A 2KFNA 4FM1A 3S9HA 2HHSA 1JLBA 1J5OA 3DLGA 2VG5A 3D45A 4I9LA 1T7PA 2IAJA 3ZT4A 3HP9A 1A5XA 3L3VA 3NGYA 4BDYA 2XY7A 3KD5E 3DI6A 3O3HA 3KLIA 2JGUA 4CIGA 4JRQA 4IDKA 1KLNA 1KCFA 3MXJA 1FKPA 3OYHA 3U6FA 1UA1A 3L8BA 4B8AB 4ELUA 1VSDA 1JL1A 1Q9YA 2D0BA 3RRHA 4FJMA 4CEAA 3RMBA 2YNGA 1CLQA 2E6MA 4CJSA 1CZBA 1CXUA 3SV3A 3QEXA 3SQ4A 2HHUA 2YKNA 3VQEA 3LDSA 1VSJA 3SQ1A 2Z1JA 3CG7A 5HBMA 4OKEA 3K5MA 4KRFA 4CFCA 1X9WA 1NK6A 2G8FA 4FLXA 1D9FA 1BI4A 3V9ZA 1IKXA 2IOCA 4CESA 1FK9A 4DSFA 3WNEA 2ITGA 4PA1A 4Y1CA 4R5PA 2HNZA 3DM2A 3ZSWA 1IKVA 3WNHA 2YKMA 4E19A 1L3SA 4ZTFA 1CXQA 5KRTA 4CFDA 3NF7A 1RT6A 4CJRA 4DTNA 3QESA 5E41A 1U47A 2XY8A 2VG6A 4AHCA 1TK5A 2R7YA 2BE2A 3LP3A 4E7KA 1TKXA 3V6DA 4HVJA 4KI4A 1S1VA 3L2UA 3LWMA 1QHTA 4CEOA 4J2BA 1YTAA 1ZBUA 3G0ZA 1KSPA 1A5VA 3LZIA 4Z4IA 2Q3SA 4FXDA 4Z4EA 5HRSA 1B92A 1U4BA 5C24A 1HQEA 1IO2A 1KVAA 3K2PA 3T3FA 2I5JA 1HNIA 4BDPA 4IKFA 3QIPA 2RF2A 2ZD1A 3F73A 1JLCA 2NUBA 4KV8A 4B08A 3JYTA 4RW9A 1C0UA 1WN7A 1EXQA 5C42A 1WLJA 1RTDA 4M3WA 3H08A 3M8SA 1N5YA 2G8VA 3K5LA 4E3SA 1VRUA 3AO3A 1RTIA 4KHSA 4QOZB 4FYDA 4BE1A 3SI6A 4W5OA 3OYIA 4CE9A 3RR8A 4KTQA 1WAJA 2YNHA 4H8KA 1NKBA 4CEQA 4BDZA 2DFFA 3HL8A 1RDDA 4I2QA 1VSMA 3E01A 4JRPA 1LAWA 2JLEA 4BACA 4OKKA 4DFJA 3V81A 4CEEA 2G8HA 1DTQA 1BISA 2BANA 2X6NA 3QO9A 4HCBA 2FBYA 4KI6A 3OYFA 2X74A 4CHZA 1QTMA 4GVMA 4N76A 1U04A 3LWLA 3NDKA 4K8XA 1T03A 5T7BA 3AVKA 3U3YA 5KI6A 4L8RB 3QNNA 1VSFA 1SUQA 3VQ7A 4CHNA 3KK2A 4KFBA 1T8EA 2DFHA 4DSEA 1NJXA 2WONA 1NJWA 1WNSA 3SCXA 4FJ5A 1KVCA 4C8KA 3MECA 3HO1A 3EYZA 3RWUA 5DK5A 3QIOA 4HUEA 4CCHA 3O4QA 3U3GA 3V1QA 1TL1A 1UA0A 3AVCA 3TAPA 4W5QA 3VQAA 4NCBA 3DLEA 4I2PA 4W5NA 4F3TA 4H4MA 1KRPA 4Z4GA 2FBTA 3L3UA 4KAZA 1SL2A 1ASWA 4EZ9A 1IG9A 3EY1A 2FBXA 4FJNA 3NGZA 2ATQA 4CJPA 4CGDA 1XHXA 3OYJA 3DRPA 4OPJA 2A1RA 2KZZA 2OPRA 1HYVA 1S1UA 1TV6A 4QAGA 3SYZA 4HHTA 1R0AA 2OPSA 1RT1A 4CHPA 4HTUA 3OYLA 3RMAA 1Z25A 2ZE2A 2D0AA 4KTWA 4LH4A 1UWBA 4PWDA 2A1SA 4FZYA 4FJ9A 3NGIA 2D5RA 2VG7A 3TAEA 1WSGA 1RBRA 1BQNA 4M3RA 4Z4FA 4B9SA 2BGGA 4DMNA 1VSHA 1NKCA 4B9TA 4DSIA 2Z1HA 3ZT3A 1HYZA 5KGWA 4MFBA 4Q5VA 1RT3A 3HPOA 4C8LA 4DS4A 1D5AA 4E1NA 1BCMA 3JSMA 1VSKA 4FCYA 3P5JA 5FDLA 3MEDA 4CJ3A 3HT3A 2W42A 4DLEA 3OS0A 2OPPA 1JLFA 3OYEA 2G8WA 4DTMA 2GUIA 1K6YA 3PO5A 3P1GA 3QERA 3DLHA 4KHWA 4ICLA 4CJLA 4UQGA 1NK9A 2HHTA 2X6SA 2IC3A 1XHZA 1XI1A 3KLHA 1C1BA 3NF6A 5HROA 3ASMA 4CF0A 4CJEA 3AVAA 3AV9A 3PX4A 2XY5A 4F4KA 2VWKA 1BHLA 4AHRA 4DTUA 1ZBFA 3C94A 3B6PA 3P83D 4ELTA 1ITGA 3PY8A 1JL2A 3ZSXA 3HM9A 5FRNA 3ZSRA 3OVNA 3HK2A 4EP5A 3MXIA 4LSNA 5HRPA 3AVMA 4OPKA 4J2AA 2O4IA 4I9QA 4B9VA 2GBZA 3AVJA 4NCGA 3OYAA 4E7HA 4F2SA 2KTQA 3I0RA 3HXMA 4O44A 1VRTA 3OY9A 3AO1A 3C6UA 1LW2A 4O0JA 3KD1E 4DQIA 4CHYA 4LH5A 3TR8A 4FJ7A 3SNNA 1TGOA 2HHQA 3AVHA 3LP0A 4KPYA 4N56A 3HPHA 4ZTJA 4OVLA 4M45A 3OYBA 1YT3A 4DU3A 4M3TA 3AO2A 1Q8IA 1RT2A 2KW4A 1JLQA 5KGXA 3AO4A 4ZHRA 3K59A 3V9WA 3PX6A 2Z1GA 3RMDA 1RBUA 1NK0A 3AA4A 3VQ4A 3AVGA 3LPUA 5HP1A 2QKBA 1JKHA 1A5WA 3WNFA 3T19A 1SKSA 3OYCA 3KLGA 2OA8A 1WAFA 4Y1DA 2EHGA 1GOAA 2GV9A 5K14A 4DFPA 3QEVA 1QSSA 4OLBA 3OYGA 1WSEA 2LSNA 5D3GA 2G8UA 2E6LA 3VN5A 1LV5A 3NF9A 3DLBA 1YTUA 5FRMA 2HVHA 4IG3A 4DFMA 1ZBLA 3KKRA 1X9SA 1S6PA 3HYFA 1S6QA 1ZBHA 1QS4A 5J2PA 1Q9XA 3AVFA 4CK2A 4FJLA 1BI4B 1WSIA 1WSFA 5CZ1A 4FZZA 1W9HA 4AH9A 2XO7A 3HVRA 3I0SA 3CYMA 3F9KA 1LAVA 1EP4A 1REVA 3K57A 1IKYA 3CFRA 1J9AA 1I3AA 3O3FA 4E89A 3QLHA 1VK0A 1TK8A 4DTJA 3SUOA 2HMIA 4J2EA 4CF8A 3KK1A 3IRXA 4CGGA 3NH1A 4FLYA 1BGXT 3OS2A 2B4JA 2E4LA 4DTPA 4DU1A 1NJZA 4B9MA 4DSKA 2HVIA 3VA0A 3AA5X 4B9NA 2BDPA 1RT5A 3PX0A 3DRRA 4RW7A 4ID5A 3VQ6A 1S1TA 3ULDA 4FJKA 4I7FA 2FBVA 3PUFA 1HMVA 1HPZA 2QXFA 4Q0BA 1RBSA 4CFAA 2Y1IA 4AHSA 1FXXA 1WSHA 1UAXA 1N6QA 4DTOA 2Z1IA 3O3GA 4CJWA 3RTVA 1Y97A 2HB5A 4Z4HA 1U49A 3ZT1A 5JS2A 3ZT0A 4CHQA 1HQUA 2HNDA 3VQPA 1TKZA 4BWJA 1BL3A 3RRGA 3CFPA 1L3TA 1VSIA 4RG8A 4B9LA 1B9DA 4M3YA 3QNOA 1TKTA 5KTQA 3NFAA 2P5GA 3VQBA 1NK4A 2RPIA 2HHVA 3WNGA 2DTUA 3CFOA 1VSLA 5HRRA 2QK9A 3D0PA 4FLVA 3VQCA 1LWEA 2YNIA 4DWIA 2B6AA 1ASVA 3TAQA 3LAMA 1ZYQA 4OGCA 1FKOA 4KHNA 2HHXA 4IFVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OJRA 3DLKA 4AQYK 3MXMA 4JV5K 2FSNA 4WE1A 5HLFA 4AHVA 5C25A 1BWFO 3L2VA 3A2FA 4IOAL 1KFSA 1RCHA 4H03B 3MK6A 3CERA 3ZEUB 3VTHA 4JHDB 1I94K 1XWLA 4F2RA 3KJVA 5LMNK 3K9JA 2P9UB 2G8KA 1S9EA 4M3XA 4IOCL 2D0PA 3WXLA 4N41A 1ESVA 3MX2A 4CK1A 3QEIA 3SZ2A 1F21A 3UKUB 5B8HA 1QSYA 3RR7A 3LANA 3SUNA 4Z0UA 3K5NA 4FW2A 3TAFA 3J81O 5BPNA 3AVNA 4CEZA 2Q31A 3O5BA 3TTDA 2WOMA 4FK2A 4KHUA 4HCCA 1KQSM 1CZ9A 4CW7B 1YJWN 4OPHA 3SAGA 1VQ5N 4OX9K 5KPZA 1TAUA 2QWMA 4NYNA 1NWKA 4XH1A 2GWKA 4FJGA 4ISFA 4JK9A 3V1OA 1N8RO 2Q97A 4CJUA 1YXQA 2DY4A 4PL8A 4PQUA 3SUQA 1EWRA 3WEEB 3V9XA 2D1KA 3HJFA 3M8PA 3JAMO 2OZMA 1NGBA 3L2QA 5AR0A 4M7XA 4MQ3A 1RBVA 3NCIA 3O4NA 4HUFA 2YHYA 2AJQA 2XRIA 3VQ9A 3BDPA 1OVYA 1NGDA 3J7ZO 1L3VA 3KKSA 4CJTA 2V51B 4EP4A 2QKKA 5KQDA 4WFAL 3EKSA 4FSVA 3EL2A 3IG1A 1OVQA 4EHTA 2KZMA 2EX3A 5I9EB 4BRIA 1WBDA 2IDOA 3DOKA 3AA2A 4XIUA 5J1EA 3AO5A 4OPAA 1RT7A 4DV5K 3F2KA 1MDUB 2ZWHA 5AQHA 1RDAA 2W41A 4BRMA 4CFBA 1J6ZA 3LP2A 3S3OA 3O9SA 3H1QA 1S3XA 1E4GT 3TU5A 3CJ1A 1TYQA 3BUZB 1HPMA 1BQMA 4M41A 3ISNC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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