2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
4EP4A 3NGZA 4KB1A 2PYLA 3K5NA 3V81A 1U48A 1VRUA 3OS0A 1MU2A 3HSTB 4N41A 3KJVA 2HVHA 3MEDA 4IFVA 3ZT4A 4CE9A 4CESA 3V9WA 2PY5A 3ZSVA 3NH1A 4GMJB 2W42A 3QLHA 1EP4A 3AVLA 4B9TA 4BWMA 3QERA 4HCBA 2HHUA 3S3OA 4FZZA 4E89A 4HUFA 4OGEA 4DLGA 4KTQA 3ZSXA 4IFYA 3WNHA 5SZTA 3L3VA 4NCGA 4BE2A 1QTMA 3L8BA 3VQDA 3LDSA 4QCLA 4LY7A 4OKJA 3NFAA 4CFAA 1S6QA 4I7FA 4C8LA 5SWMA 4O55A 1JLCA 3ULDA 3DM2A 1C6VA 3PX0A 2QKBA 1HNIA 4KTZA 2HNYA 4RW7A 2IC3A 1JLGA 5DK5A 3IAYA 1RTJA 4FJ7A 1VSHA 1KVCA 3NH0A 2G8UA 1N6QA 3OYEA 3THVA 3AO2A 3V1QA 1I3AA 1RT1A 1LAVA 3DLRA 3VQAA 3OY9A 4KO0A 1IG9A 3LWLA 2OPRA 4E7IA 3K5MA 1QQCA 3H08A 2QKKA 2HHSA 1ITGA 2G8WA 4AHVA 3UIQA 1KVAA 3CYMA 3QO9A 1U45A 4M3XA 3LZJA 1KFDA 1RDBA 1WSJA 4OKEA 3EYZA 1Q8IA 3AVHA 3SV3A 3NF7A 3RMAA 1RCHA 2ITGA 2Q3SA 5HRSA 4DSJA 3KD1E 2RPIA 3OYHA 4DSFA 3VQPA 3MXIA 1TAUA 3NE6A 5J2MA 1LW0A 3I0SA 1BGXT 3F9KA 3MXJA 2AJQA 3U3YA 1ASWA 3B6PA 4CHNA 5HROA 3LWMA 4O5BA 1Q9XA 1FKPA 4Y1CA 3OYGA 2P5OA 2RN2A 4FJIA 1HPZA 4KRFA 5HRRA 2KW4A 1S5JA 3CM5A 3ALYA 4Y1DA 4DSIA 3HM9A 1B9DA 4F3TA 1QE1A 3AVFA 3HP9A 1X9WA 2Z1GA 3OS1A 4LSNA 4DG1A 1X9MA 4PA1A 2HHWA 1C1AA 1CZBA 3C6UA 4ZHRA 3K2PA 4M42A 3L2VA 3SQ0A 3CFPA 3CFOA 2XHBA 4BACA 4N47A 2X6SA 3DLEA 3KD5E 3QNNA 1U4BA 3ZT0A 3ZSZA 4CK3A 4CJ3A 1C1CA 4J2AA 1A5WA 4CGJA 3AVKA 4BDZA 3VQ8A 1LW2A 4FJMA 1TGOA 2G8HA 1C1BA 4CF2A 3OYKA 2NUBA 4DS5A 3O3GA 4DFJA 1VSEA 4DFPA 3VQ4A 1CXUA 4K8XA 1X1PA 3NH2A 1YT3A 1BIZA 3C94A 4CHYA 4NCBA 4Z4IA 3QESA 1SV5A 4O0IA 2G8VA 4FJ8A 4MFBA 4CFDA 1JL2A 1C0UA 3NBPA 1KCFA 4G1QA 3VQEA 2YV0X 3KLFA 5C25A 3RRHA 3SUQA 2A1RA 5C24A 3I0RA 2HHTA 4DMNA 1Q9YA 1ASVA 1HYVA 4B9NA 4N76A 4FLYA 1RTHA 4B9MA 1FKOA 2XY7A 4FJHA 4CGHA 3LP2A 3LALA 4DQQA 1LAWA 1JXBA 3K5LA 2KFZA 4YFUA 4HTUA 4E3SA 1ZBIA 3SUPA 1RBVA 2LSNA 3NAEA 3QETA 1RBUA 5I3UA 1ZYQA 1QSYA 4KPYA 1EX4A 3V9UA 2GUIA 2VG5A 3TAMA 1EXQA 1L3VA 4CEZA 3HK2A 4PWDA 2HNZA 1JLQA 3ASMA 4FK2A 4B08A 4DFKA 3ZCMA 1T03A 2E6LA 3K58A 1J5OA 1NOYA 1Z26A 1JLAA 1NOZA 4Z0UA 4CJPA 3DYAA 2DFFA 1SUQA 1UWBA 3VQQA 1RT5A 4JLHA 1DTTA 3KLHA 4DTUA 3SPYA 3MAQA 2KTQA 5FRMA 4B9VA 4N56A 2JGUA 4CJRA 5FDLA 2B6AA 3SYZA 5HRPA 3AVGA 1RT3A 3AVIA 1HNVA 4CEQA 2ZD1A 3LPUA 3AO4A 4HVJA 2DFEA 1ASUA 3K59A 3SPZA 2XRIA 1NK9A 1KFSA 4KHNA 2VWJA 1S1XA 4HHTA 4FK0A 4H4MA 3JSMA 3KKRA 3NGYA 3HO1A 1NK0A 2IAJA 2B4JA 4TSXA 4CF9A 1L5UA 3K57A 2YHAA 3TANA 3KLGA 4CIFA 4KAZA 4OPKA 3OYJA 1TK8A 2JLEA 3DRPA 4NYNA 4DWIA 3NF8A 4RW9A 4FJLA 4C8OA 3OYIA 1VSKA 1YVUA 5KI6A 4B8AB 4CHPA 3P5JA 1S1TA 1KTQA 4JRPA 1VSIA 1R0AA 4AH9A 4W5OA 3RR8A 4M3TA 3TAQA 5CYMA 4NCAA 2HB5A 4I2PA 3C6TA 2RKIA 4F8RA 1D9FA 5D3GA 4OKKA 4JS5A 2VWKA 4L8RB 4DTRA 3VA0A 1S1VA 5T7BA 4N5SA 3L2QA 3L2WA 3AVMA 4DTJA 3TAPA 4B3OA 3PO4A 4AHUA 3AVBA 1QHTA 4ZTJA 1VK0A 4I9LA 2P1JA 2OZMA 2WONA 3M8QA 4HUGA 4FLWA 1U04A 3P83D 1NK5A 1LWCA 1TAQA 1BQNA 1UOCA 5K14A 2OPQA 1S6PA 3ZT1A 4KI4A 5E41A 1EKEA 3KK1A 3CQ8A 4DTMA 3SJJA 4C8KA 4PUOA 3OVNA 4B8CA 4OPJA 3SQ1A 3S3NA 1TK0A 3EZ5A 5HLFA 4PY5A 4KHSA 2E6MA 1RT7A 1S9EA 2KQ2A 2DY4A 2D5RA 4BWJA 3VN5A 4FM0A 3QEPA 5JS2A 4CJQA 4FVMA 3T3FA 1C0TA 4DF8A 2IOCA 4LD0A 1TKZA 2BANA 4IBNA 4ZTFA 4XIUA 1T8EA 1J54A 4FJ9A 1HJRA 4KV8A 1SKSA 3LAKA 3TAFA 3DLBA 4FJ5A 1KLMA 4CHOA 4Z4FA 3VQ9A 3AVAA 3PUFA 4M3RA 4Q0BA 3LZIA 4J2EA 3MEGA 2YKMA 3VQ6A 4CGFA 1TV6A 4NYFA 2R7YA 3S3MA 1HYZA 4FLUA 3LP3A 1Z25A 2ZE2A 3DI6A 1O1WA 1T05A 2G8KA 3LPTA 4FYDA 2KZZA 4OLBA 4W5TA 3L2RA 4DQRA 3QEVA 1NK6A 4CGGA 2F96A 5J2PA 4I9QA 4KREA 4FLTA 2F8TA 1VSJA 5KGXA 3TWHA 2HHVA 4AHCA 1SL0A 2Z1JA 4CECA 1TKTA 1BISA 3WNFA 2Y1IA 3IRXA 1IKXA 4WE1A 1BHLA 4FCYA 1N5YA 3KK2A 4AHRA 1U47A 2FBTA 2YNGA 1XC9A 1JXEA 2D0CA 3NGIA 1F21A 4YNQA 5J2NA 1TKXA 5C42A 1TVRA 1CLQA 3TAGA 4I2QA 4DS4A 1X9SA 3HYFA 3PX4A 4CHQA 5CYQA 3MECA 3CFRA 2XY6A 1IKVA 1NJYA 4HCCA 4CF0A 3K5OA 3KLIA 4CEAA 1RTDA 3AO3A 4RG8A 1A5XA 1KVBA 4DTSA 1HMVA 1K6YA 2QXFA 1WAJA 3AA2A 2X74A 1RBRA 3SUNA 4FJGA 4H8KA 4GVMA 1BCMA 4DSLA 2QK9A 2FBYA 4M45A 3WNGA 1GOAA 5KRTA 3KKSA 4FW2A 3OYFA 3SV4A 3NHGA 4CEFA 3V9XA 3PO5A 2F8SA 4DSEA 1ZBUA 4GW6A 4LH5A 1KRPA 3RWUA 4PQUA 4CGIA 2I5JA 4EZ9A 2KFNA 3CG7A 3L3UA 4E19A 2EX3A 1JLFA 4DFMA 3NF6A 1IKWA 1LWEA 4CEDA 4HUEA 1BCOA 1RTIA 1RDDA 3DRSA 4J2BA 4W5NA 4CEOA 4CHZA 2PYJA 4KFBA 1BIUA 4CJTA 5HBMA 1RT4A 4CK1A 1WSEA 4CIEA 1D8YA 4UQGA 3U6FA 4ID5A 4OVLA 3AO1A 1RT6A 5CZ1A 3AVCA 2IDOA 2YNFA 4CJUA 3D0PA 2O4IA 4KHYA 3NF9A 4ID1A 3HP6A 3O4NA 3C95A 1CZ9A 1S9GA 1S1WA 1LWFA 2XY5A 4Z4EA 3TI0A 3OYBA 2HW3A 1L3UA 4LSLA 1UAXA 3AV9A 3IS9A 1L3SA 1L3TA 1REVA 2EHGA 3HVRA 1XWLA 3AA5X 1VSDA 3V4IA 4FJJA 3OYCA 3OYNA 1I39A 2FBXA 4Z4HA 3S9HA 1QSSA 1BI4A 2IS3A 1XHXA 4C8NA 3ZSQA 1RNHA 4KKOA 3QIOA 1G15A 3AA3A 3G10A 4C8MA 3VQ7A 3VQBA 2G8FA 4F3OA 3O3HA 4M41A 4H4OA 3HVTA 1KLNA 2VG7A 4JRQA 4LH4A 2OPPA 4CERA 1BI4B 4DTNA 1NJZA 4B9SA 3AA4A 1HQEA 4IKFA 4DTOA 3RMDA 1WN7A 1UA1A 1W9HA 3B6OA 2OYQA 5KRSA 4M3WA 3OS2A 5FROA 1LV5A 3KK3A 3DLGA 1QS4A 1Y97A 3OJUA 2ZQBA 4K8ZA 3PX6A 1VRTA 4BDYA 3HT3A 1WSHA 2Y1JA 1YTUA 4KB0A 1QSLA 2YKNA 4E0DA 3E01A 1RILA 4M3YA 3M8SA 4DU4A 2YNIA 3SI6A 2B5JA 1ZBFA 2E4LA 3DRRA 3QEWA 4B9UA 4DLEA 3QINA 4AILC 4CJ5A 4ELUA 1D9DA 3WNEA 4OJRA 1KSPA 2PZSA 2IGIA 4E7JA 4MQ3A 4FM2A 4RW6A 5CY4A 3M8PA 2ATQA 4OLAA 4R5PA 1EETA 4CJWA 4CCHA 3QIPA 2GV9A 1U49A 4E7HA 4E7LA 4Z4CA 5J2QA 5KTQA 1NK7A 1RT2A 1VSMA 3T19A 3KTQA 4CGDA 3A2FA 4JS4A 1B92A 4CJSA 3ZSYA 4CJEA 2HNDA 4CJKA 1VSFA 3V1RA 2XO7A 4FJKA 4DSKA 2ETJA 5JS1A 3MXMA 4FLVA 1NKEA 4FJNA 4FJXA 3IG1A 2OZSA 1NJWA 3LP0A 3BGRA 4O4GA 4CF8A 1J9AA 1W0HA 4AHTA 3L2UA 3SNNA 4O0JA 3V1OA 1WSFA 1VSLA 3ZSRA 3V9ZA 2G8IA 4W5RA 3HXMA 4ELVA 3TR8A 1JLBA 4DTXA 1D5AA 2Z1IA 3ISNC 1RBSA 2X78A 3ITHA 1BQMA 3DLKA 1WNSA 3DOKA 1TKDA 2HMIA 2OPSA 4KHQA 3VQCA 3QEIA 1WSIA 4CJ4A 4CJVA 1SKRA 4E1NA 2HHXA 2O4GA 4BE0A 3QNOA 3FFIA 3ZT2A 3OJSA 4DQPA 3EY1A 5I42A 1JLEA 5CZ2A 2VG6A 2FC0A 1RDAA 3OYMA 3RR7A 3HL8A 1A5VA 1HYSA 2DFHA 4DTPA 3HPHA 3CM6A 4CFBA 4DU3A 1SKWA 3LAMA 1RDCA 3RMBA 2X6NA 4ICLA 4EZ6A 3O4QA 3TABA 1NK4A 2OA8A 1J53A 4FK4A 4OGCA 4CEEA 2YNHA 1IO2A 4FW1A 5DMRA 3RMCA 4F4KA 2HHQA 3PV8A 3NDKA 3OYLA 3TARA 3AVNA 3HJFA 1IH7A 3ZSOA 4KTWA 4M3ZA 4FM1A 4KI6A 3P1GA 4W5QA 3NCIA 3RRGA 4BDPA 1NKCA 1RBTA 3KIOA 1ZBHA 3VQ5A 4J2DA 3ZT3A 2YHBA 4CK2A 1WSGA 5KGWA 4EP5A 4Z4GA 3SUOA 2HVIA 3O3FA 1YTAA 1BL3A 1JKHA 3OYAA 2A1SA 3JYTA 4FXDA 2D0AA 1C0MA 3G0ZA 1TL1A 1S1UA 3AVJA 3V9SA 4DF4A 4CIGA 1NJXA 3ZSWA 4RW4A 4KHUA 4CFCA 1NKBA 1GOBA 3BDPA 1FK9A 3AO5A 4Q5VA 1HRHA 1TK5A 3PY8A 3SQ4A 1XI1A 1IKYA 3DMJA 3HPOA 2FBVA 2Z1HA 4E1MA 1T7PA 5HRNA 3T1AA 3LP1A 4IDKA 4CF1A 1GOCA 4KHWA 1HQUA 3SQ2A 4FLXA 2KZMA 1WAFA 2D0BA 4AHSA 3HPGA 3V6DA 4ELTA 3KLEA 1ZBLA 4BE1A 2P5GA 5FRNA 3OYDA 3M8RA 3TAEA 4F2RA 1B9FA 1SL2A 1XHZA 2BE2A 1JL1A 4O44A 4CJLA 1SL1A 4CJFA 1FXXA 1TL3A 3D45A 4IG3A 2WOMA 1UA0A 3DOLA 3SZ2A 3I8DA 3LANA 3U3GA 4QOZB 2BDPA 2P51A 4FZXC 2DTUA 3SCXA 4B9LA 3MEEA 3RTVA 5HP1A 4QAGA 2GBZA 1DTQA 3DLHA 3QEXA 3VA3A 4IG0A 5EU7A 3F73A 4E7KA 4DQIA 1CXQA 4FLZA 2XY8A 4DQSA 4F2SA 5J1EA 4FZYA 1WLJA 4DU1A 4M3UA 4CEBA 4RW8A 2BGGA 1NK8A 2RF2A 1DLOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BREA 3AAPA 3K5NA 1YXQA 2W6KA 5KQDA 1YITN 3O5BA 3MEDA 4YOTA 1M1KO 2BUPA 2P9NA 3NH1A 1HJOA 4LF5K 4KTQA 3ULEA 3L3VA 4NCGA 2P9NB 4BE2A 4DR4K 5FPNA 3VQDA 5AQQA 3VEOA 4QCLA 4LY7A 4OKJA 4C8LA 4O55A 3ULEB 3PX0A 2ZM6K 3VGMA 5DK5A 1HR0K 5ADXA 1RTJA 2F4VK 2FXUA 2P9IB 2G8UA 3DLRA 1LAVA 1IG9A 4KO0A 4BG8A 4BR7A 3EKSA 1QQCA 3H08A 2QKKA 1R59O 1ITGA 5AQVA 3LZJA 1RDBA 2ZF5O 3SV3A 3RMAA 3EE8A 2Q3SA 1ATNA 4FO0A 2F7TA 2RPIA 4DSFA 3NE6A 5J2MA 1LW0A 3I0SA 3MXJA 1NGJA 2AJQA 3B6PA 3AGRA 2JWLA 1U2VA 1BO5O 1S5JA 1CZAN 3CM5A 3ALYA 1B9DA 1NLVA 4F3TA 3AVFA 3HP9A 1X9WA 3D2FA 2E1ZA 1C1AA 3L6QA 3K2PA 3SQ0A 3A5LC 2XHBA 3D2FB 4GNIA 3F9MA 1U4BA 3MX5A 5CE3A 4B3RK 3HBTA 1TGOA 2G8HA 5M1OA 1MWMA 2NUBA 1VSEA 1QVGM 4WYBA 4CW7B 3NH2A 1YT3A 3C94A 4NLBA 5EOYA 3MN5A 4O0IA 2G8VA 4B1XB 3RRHA 3CCLN 3ZX0A 5GINA 1SAZA 1ASVA 2PFUA 1FKOA 3HTVA 1LAWA 3SUPA 3NAEA 3O1WA 1QSYA 4IOXA 1EX4A 3CQXA 2VG5A 3NVMA 4FK2A 1J5OA 4KHPK 1Z26A 4CJPA 4OO1J 5BN9A 4JLHA 3KZBA 3PLAA 5FRMA 5FDLA 2V52B 3R6MA 5GIOA 2ZD1A 2YI1A 3LPUA 4YDUC 3TSQA 2A40A 3K59A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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