2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
3AVAA 4FVMA 3LP2A 1VSLA 1S1WA 2IDOA 2D0BA 1RILA 1C1BA 4RW6A 4E7IA 4L8RB 4Z4FA 3VQ5A 2HHUA 4O0JA 3OYKA 4CEQA 3OJUA 3QNOA 1WNSA 3HM9A 2YKMA 3V81A 4J2AA 1RTHA 4CGGA 3HPHA 4AILC 4M3XA 1BHLA 1RDCA 1NOYA 4YFUA 1T03A 3SZ2A 4PUOA 4M3UA 4PY5A 3V9SA 3PX4A 4J2EA 4UQGA 1NJZA 3VQDA 1BQMA 4FM2A 3KK2A 1J5OA 2G8WA 3S3MA 2FBYA 2OPQA 4CGDA 3K5OA 1HMVA 3V9UA 3ZSYA 4I9QA 3IRXA 2KTQA 3G10A 3NH1A 3CM6A 1NK8A 4B9LA 3LP3A 3SCXA 2YV0X 3ZT3A 2Y1IA 3LWMA 1NOZA 2HHWA 1IKWA 4G1QA 1U04A 2DFEA 2EHGA 4CF8A 3LZJA 2YNHA 4PQUA 3CFRA 1EXQA 3K5MA 2BDPA 4M45A 2XO7A 4IKFA 1SL2A 1RTJA 3NH0A 4Z4GA 4QCLA 1S5JA 3LANA 2GBZA 4TSXA 3VQ8A 3AO5A 1TL1A 4GVMA 2HMIA 1BQNA 3RTVA 2ZE2A 4KB1A 3LAKA 2QK9A 1QQCA 1RT5A 4DTUA 4KI6A 3CQ8A 2G8KA 4O4GA 4M3YA 2I5JA 4CJKA 1FKPA 5I3UA 4CHZA 1Q9YA 1KLNA 1QSLA 2HVHA 3DLRA 1C1CA 3ZSRA 2RF2A 5E41A 3O4NA 1WSIA 2X6SA 4CEZA 3O4QA 3NAEA 1SV5A 1ASWA 3SQ1A 3E01A 1XC9A 5CYMA 3LPTA 4M42A 3EZ5A 5JS2A 2OZMA 2HHTA 2X6NA 4CJEA 4BACA 4BE0A 3UIQA 3KKSA 4B3OA 1RTDA 2KW4A 4RW7A 2WONA 4C8OA 3HO1A 2X74A 3QINA 4FYDA 5J2PA 1WAFA 4E1NA 4OKEA 4DTOA 4DTRA 3OYBA 4M3TA 3V9ZA 2A1RA 4DU1A 4FJNA 1HQUA 3VQEA 1KLMA 3V4IA 4DF8A 5JS1A 1RT2A 1BISA 4CF0A 4M41A 3QERA 1Q8IA 3U3YA 3RMAA 3D0PA 1ZBHA 2IOCA 1Z25A 3F9KA 3DRRA 3ZT1A 3C6UA 5KRSA 4IBNA 4FK0A 4ID1A 1L3SA 2KFZA 1Q9XA 1CZ9A 1TAQA 4KKOA 4BWMA 4KV8A 3FFIA 1HYSA 4CHNA 1T8EA 4AHCA 5KRTA 3MXIA 5CZ1A 3RRGA 4KHSA 1JLAA 1KCFA 4F4KA 3MEGA 1ZBIA 4FM1A 3DLHA 1S1VA 3VQQA 4FZYA 4H4OA 1SUQA 3OYGA 3LP0A 1JXEA 2D0CA 3S3OA 4GW6A 3KLHA 1I39A 1UA1A 1REVA 1S1UA 4LD0A 4CCHA 4KI4A 1D8YA 3WNFA 1YT3A 3CG7A 4PWDA 3NH2A 1B9DA 2PYJA 3SV3A 4DFMA 2XY5A 1TAUA 4Z4CA 1RCHA 3DI6A 4I9LA 4DFPA 1Y97A 2F96A 4CJTA 1IO2A 3SJJA 3V1RA 3VQ4A 1S1TA 2P51A 1QTMA 1UWBA 2JLEA 3OS0A 4CIFA 4HUFA 4O55A 3AA2A 2P1JA 1A5XA 1ZBUA 4QAGA 4BDZA 1TK8A 4EZ6A 4CJ3A 3TAFA 4NCBA 4CHYA 4CJQA 1TKZA 1G15A 2ZQBA 3C94A 1RNHA 4E89A 4DFKA 4DQPA 1VSEA 2IGIA 2OPPA 4C8LA 4ELUA 2WOMA 4CHPA 4CF9A 2YNGA 3HSTB 2G8VA 4KHNA 4E7HA 1BIZA 1FK9A 4Z0UA 2OZSA 3AVIA 4FCYA 1A5VA 1O1WA 3HP6A 3RMCA 1JLFA 4DWIA 3OYHA 1TL3A 2YNFA 4KTZA 1D9DA 2G8UA 2HHQA 3P5JA 3B6PA 2R7YA 4DSFA 3RWUA 4IG0A 1J53A 3A2FA 1ASVA 5CYQA 3K57A 1NK6A 4FJKA 4DSEA 3SUOA 3MAQA 4AHSA 4E7JA 4AHTA 3L8BA 2Z1HA 1BIUA 5C42A 1C6VA 5FRMA 3PO4A 4CHQA 3HVTA 3AA4A 3K2PA 4CEBA 3QIPA 4DQIA 3SYZA 4ICLA 4CJRA 3I0RA 4E1MA 3V9WA 3M8PA 3WNGA 1T7PA 3DM2A 4CJVA 1JKHA 4K8XA 1J9AA 4PA1A 1NKBA 3LDSA 1VRUA 4RW8A 2DY4A 4FLUA 2GV9A 3AA3A 4CGFA 3K58A 3HYFA 2HNDA 4C8MA 1IG9A 1RBRA 3NDKA 1KSPA 3NHGA 1NKEA 4FK2A 4E3SA 1GOAA 3OYAA 2A1SA 1X1PA 1BI4A 3TAGA 1JLCA 2HNZA 4W5TA 4CE9A 4B9NA 1NK7A 4HHTA 1SKWA 3IG1A 1LV5A 1YTUA 4OPKA 3OYLA 4DQRA 3O3GA 4BE2A 1ITGA 5C25A 3TWHA 4ELTA 1MU2A 4FLTA 2F8TA 3SUQA 1VSDA 2OA8A 5DK5A 2D5RA 1TKTA 3AVGA 2W42A 4FLVA 3PX0A 1NJWA 5FDLA 1RT6A 4CECA 5HROA 2VWJA 3VA3A 2PY5A 1EP4A 3AO4A 3LAMA 3KKRA 2HW3A 4B8CA 3AO3A 4CJFA 2P5OA 4HVJA 3SPZA 3P83D 3AVHA 4CFAA 3QEWA 5FRNA 3DLBA 2PYLA 1RDDA 3ZT0A 1VSFA 1BCMA 1S9EA 4HCBA 1VSKA 4DTMA 2BE2A 3JSMA 3PX6A 4FJIA 3H08A 4OVLA 5HRPA 3TAEA 5KTQA 1IH7A 3PO5A 1XHXA 4OGCA 4JRQA 2AJQA 3AA5X 1JLGA 4N41A 3CFPA 3HPGA 2HHXA 2X78A 3RRHA 4DSJA 4FLXA 1JLEA 3QO9A 4CEEA 4FLYA 5D3GA 2KQ2A 4C8NA 4OPJA 4JS4A 1IKYA 4CGJA 1DLOA 4DS5A 4OGEA 5FROA 1GOCA 1BL3A 5HLFA 3DYAA 3VQ9A 3QIOA 4CIEA 4W5NA 1QS4A 1B92A 4ZTJA 3KD5E 3K5NA 3SQ0A 4N76A 1RBVA 1F21A 1RT4A 2BGGA 4W5QA 4CGHA 4B8AB 4KHUA 2DFHA 3KJVA 4CFBA 1U45A 3AVJA 2IS3A 4NCGA 4N56A 2XY6A 3RR8A 5J1EA 4HTUA 1C0MA 3NF6A 4K8ZA 3LP1A 4FW2A 1X9SA 1L3UA 4Z4IA 1HYZA 4CERA 4CJLA 1QSYA 2HVIA 4O0IA 3ZT4A 1LAWA 3HL8A 2Q3SA 4DFJA 4KB0A 4CJ5A 2XY7A 4AH9A 4KFBA 3NFAA 1DTTA 3O3HA 1GOBA 4AHRA 1JL1A 4KRFA 1RT1A 2IC3A 4KHYA 4W5OA 3NGZA 3ISNC 2G8HA 2OPRA 1J54A 1RT7A 4B08A 5HRNA 2IAJA 5SWMA 2YNIA 3AO2A 4O44A 3MXMA 1N5YA 4EP4A 1WSEA 1WSFA 3D45A 3I8DA 3U6FA 4CJPA 1HQEA 1LW0A 2DFFA 2GUIA 3C6TA 4LH4A 4CF2A 4XIUA 1TKDA 2KFNA 4CHOA 3KLIA 1B9FA 4Y1DA 2YHBA 3ALYA 4CIGA 4YNQA 3VA0A 1SKSA 4FJ7A 1CLQA 1JXBA 3TARA 1D9FA 3C95A 4NYNA 4RW9A 2OYQA 4N5SA 5J2QA 3V6DA 1RDBA 4OLAA 3TR8A 3OVNA 3VQCA 4DTPA 1ASUA 2NUBA 4CEAA 3DLKA 2HB5A 4JS5A 4CJWA 1W0HA 4LSNA 3AVBA 3T3FA 4CGIA 4R5PA 2VG5A 1EETA 3AO1A 2RKIA 4DQQA 3WNHA 1TV6A 5HP1A 1S6QA 1KVAA 2QXFA 3NF9A 4HUGA 4CFDA 3ITHA 2EX3A 3CFOA 4I2QA 3HJFA 1VSIA 3DOLA 1WAJA 3PUFA 2Z1IA 1EKEA 3L3VA 5C24A 1RT3A 5KGWA 4Q0BA 2DTUA 3NE6A 4BDYA 4FJLA 1CXUA 3ZSWA 3THVA 1JLBA 3AVKA 3HPOA 1NK0A 1KFSA 1R0AA 1W9HA 4W5RA 2ZD1A 4FM0A 3HK2A 1SL1A 4B9VA 3EY1A 4IFYA 1C1AA 5T7BA 1DTQA 1HNIA 4DSKA 3HXMA 3OS1A 3QEPA 2B6AA 1N6QA 4H8KA 3L2VA 4Q5VA 3ZSVA 3RMBA 3NGIA 4B9SA 4F8RA 1WSJA 1T05A 3QLHA 4MFBA 1TK5A 4E0DA 4I2PA 4Z4HA 3DRSA 3SUPA 4BDPA 1QSSA 1JLQA 5HRRA 1XI1A 4O5BA 4E7KA 1U48A 2XRIA 3M8QA 4JRPA 4KHWA 4J2BA 2Z1JA 1TVRA 3V1QA 4FJHA 2O4GA 3SQ4A 1S9GA 3DMJA 1U4BA 3QEIA 4M3RA 4KPYA 3SUNA 1NK5A 1YVUA 4ZHRA 1HJRA 1RTIA 3CM5A 5HRSA 1X9MA 2JGUA 4HCCA 3OYMA 3NCIA 3VQAA 3SI6A 2ETJA 5KGXA 3AVCA 3ASMA 1KVBA 1VSMA 3V1OA 4Y1CA 1UOCA 3VQBA 3OS2A 3JYTA 3I0SA 4IFVA 3TI0A 3O3FA 4DTXA 4EP5A 3K59A 3TABA 1VSJA 4EZ9A 3SV4A 4FLWA 1D5AA 4I7FA 4FJXA 3TANA 4B9UA 2FBTA 4OLBA 3OJSA 1RDAA 4KREA 2KZMA 1NK4A 1QE1A 4CJSA 3ULDA 3AVMA 4JLHA 3S9HA 1TGOA 2BANA 3TAPA 1XHZA 3F73A 3B6OA 4FJMA 4H4MA 3TAQA 4DTNA 3S3NA 3P1GA 4FZXC 4FJ5A 1HYVA 3KLFA 5DMRA 4M3WA 3KK1A 1KVCA 3EYZA 2HHSA 2FC0A 3L3UA 1U47A 3KLGA 1LWFA 4LSLA 1ZYQA 3T1AA 4CFCA 4DQSA 4DTJA 2VG6A 3TAMA 4DLEA 1C0TA 3IS9A 4FZZA 1K6YA 1ZBFA 4E7LA 2FBXA 2RN2A 3QEVA 3RMDA 1X9WA 2PZSA 1U49A 1QHTA 1WSHA 3BGRA 3HT3A 3ZSZA 4RW4A 3QEXA 4FXDA 3VN5A 4NYFA 2YKNA 4BWJA 4CF1A 3OYCA 3IAYA 1LWEA 3AVFA 4FJGA 3KK3A 1IKXA 1S1XA 1JL2A 1HNVA 1UAXA 3ZSXA 3HVRA 1CZBA 5HBMA 4F2RA 2VWKA 4DLGA 1C0UA 3AV9A 3T19A 1RBSA 3ZT2A 4OJRA 3L2WA 4DS4A 3RR7A 3ZCMA 4QOZB 2KZZA 1RBUA 3V9XA 1SKRA 4CEDA 1FXXA 3HP9A 4OKJA 2Y1JA 1VK0A 1UA0A 1BGXT 3VQ7A 1KTQA 3PV8A 3NF7A 4CEOA 4FJ8A 3KIOA 4DMNA 2B5JA 3L2UA 3MEEA 3ZSQA 4ELVA 5J2NA 3KD1E 3NF8A 3ZSOA 3AVLA 1VRTA 2XY8A 5EU7A 4ZTFA 3OYDA 4F3TA 5I42A 3U3GA 1NJXA 4HUEA 2D0AA 4KO0A 3LZIA 3NGYA 1BI4B 4KTWA 2QKKA 3SQ2A 5SZTA 4CJUA 1KFDA 1LAVA 3LALA 1LW2A 3OYIA 1TK0A 1KRPA 4CESA 1S6PA 4DSIA 2VG7A 4KTQA 5CY4A 2P5GA 1IKVA 4IDKA 3WNEA 2OPSA 3QNNA 4F3OA 4NCAA 3DLGA 3PY8A 1EX4A 1HRHA 1FKOA 4CK2A 3MXJA 5J2MA 3VQ6A 1WSGA 4WE1A 5KI6A 3DOKA 3OYNA 3VQPA 1LWCA 4B9MA 3OYJA 1RBTA 3BDPA 3M8SA 3SPYA 3DLEA 4F2SA 4AHVA 1XWLA 4Z4EA 2B4JA 1NKCA 1L3TA 3LPUA 4RG8A 4N47A 3OY9A 3LWLA 4CEFA 4CK1A 3L2QA 3G0ZA 5CZ2A 4FJJA 4B9TA 1CXQA 3M8RA 2G8FA 3OYEA 1YTAA 2FBVA 2E6LA 2LSNA 3NBPA 1A5WA 2RPIA 2Z1GA 4FJ9A 2F8SA 4M3ZA 4KHQA 2QKBA 4KAZA 4J2DA 2E6MA 4MQ3A 3L2RA 1HPZA 3DRPA 4LY7A 3MEDA 1TKXA 2E4LA 3OYFA 4DTSA 3QESA 4GMJB 2YHAA 4ID5A 3K5LA 4FK4A 3CYMA 2XHBA 3QETA 3SNNA 4E19A 2HNYA 3AVNA 4CJ4A 1L5UA 1Z26A 3KTQA 4LH5A 1VSHA 4DSLA 1L3VA 1BCOA 4IG3A 4OKKA 4DF4A 4BE1A 1I3AA 3KLEA 4CK3A 5K14A 3MECA 2HHVA 1ZBLA 4AHUA 4DG1A 2ATQA 1WN7A 4FLZA 1SL0A 2G8IA 2O4IA 1NJYA 4DU3A 4DU4A 4C8KA 4FW1A 2ITGA 1NK9A 1WLJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZX0A 4FVMA 1T6CA 4Z4FA 4E7IA 1C1BA 4L8RB 3VQ5A 3CD6N 3OYKA 4CEQA 3OJUA 3TTCA 4ISFA 3ULEA 1RTHA 4CGGA 3HPHA 3PIOL 4CZMA 3SZ2A 2CH5A 5HOOA 3VQDA 3KK2A 1SS6A 2W6LA 4RCHA 4XH4A 4B1YB 3IRXA 4I6MA 3G10A 3BF3A 4GKJK 3DXMB 3CM6A 1O13A 5BRFA 4B9LA 3M3ZA 3LP3A 2UXBK 3ZT3A 2HHWA 4G1QA 1VQ4N 2ZM6K 2EHGA 1KAYA 4CF8A 4IO9L 2VQFK 1EXQA 2FF3B 4QCLA 2XO7A 3NH0A 3ZX2A 1VQLN 3GL1A 3VQ8A 2CH6A 4C23A 4GVMA 2HBLA 2QK9A 3CJAA 3LAKA 2E1YA 2O8EB 3P31A 4O4GA 4WYBA 4M3YA 3GG4A 4CZKA 3TTFA 5E41A 2WFBA 1WSIA 4CEZA 4DKWA 1IBLK 1NGEA 2X6NA 4BACA 4JN4A 3HO1A 2X74A 4JEPA 3W0LA 4FYDA 5EVZA 1EWRA 3ID8A 3OYBA 5B8HA 4IOCL 4M41A 3QERA 3RMAA 5KRSA 2D0PA 3VEVA 2GUPA 4DR6K 1U2VA 4KV8A 3FFIA 4CHNA 1T8EA 1HJOA 3MN7A 4BGBA 5BPNA 3RRGA 2NNWA 1X3NA 3MEGA 1ZBIA 4JI6K 2I7PA 4NB4A 4FZYA 2FXUA 3OYGA 1JXEA 2D0CA 1RFQA 4GW6A 4IZ9A 4LD0A 2E20A 1VQMN 2D0OA 3WNFA 4JI5K 2QWMA 3HM8A 3SV3A 4DFMA 1RCHA 4JI3K 4JAXA 3V1RA 1UWBA 1TUUA 2P1JA 4BDZA 4QAGA 3ENHA 3I56N 1TKZA 1G15A 1YVNA 1VSEA 2IGIA 4C8LA 4CHPA 4AM7A 1HNXK 4KHNA 2F7TA 4IFEA 4BRCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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