2OA8A

Crystal structure of mtrex1 with ssdna
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
231
structure length
220
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
total genus 68
structure length 220
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2oa8A01
3SCXA 4CF2A 1J5OA 3VQ8A 4KRFA 1WSHA 3V9SA 1YTAA 3DRPA 4DFPA 1TKXA 1B9FA 1FKOA 3AVCA 4BDZA 1U04A 1VSKA 3V9XA 4FYDA 3HP9A 2BANA 4NCGA 3OYEA 1NOZA 1A5XA 3DLGA 3ITHA 1TKTA 3LPUA 3PX4A 3L8BA 4DSEA 3V9WA 4KI6A 3HL8A 4MQ3A 1TL3A 5HBMA 3OYMA 3L2UA 1WSJA 2PZSA 2Z1IA 3LAKA 3I0RA 3OS2A 1BCOA 1RT2A 4DQPA 3IS9A 3K59A 1TK5A 3MXIA 4CFBA 4OPJA 3EY1A 3VA0A 4E0DA 3T3FA 2DFHA 3SUOA 1GOBA 3KLIA 5HLFA 1WSIA 3ALYA 4DWIA 4EZ9A 3PO5A 1JL1A 5DK5A 1HPZA 3ISNC 4BWJA 4HVJA 4B9NA 3OYIA 3QETA 3AVGA 2OA8A 4KHWA 2HHWA 3NGYA 4DTOA 4E19A 3ZSRA 4IFYA 1Q9YA 5K14A 2YNFA 3ZSOA 3HSTB 3VQDA 4C8OA 3HVRA 3ZSWA 3AO1A 1XWLA 3CFOA 2KFNA 1S1VA 1RT6A 4RW7A 2FC0A 4ICLA 1VSEA 3U6FA 3AO3A 4FK4A 2O4GA 1UAXA 2IDOA 4JS4A 4NCAA 1ITGA 1TV6A 2ZQBA 1NJWA 2PYLA 4M3ZA 4HTUA 3VQ7A 1RTDA 4I9QA 3ZT1A 4DMNA 3AO4A 3NBPA 4AHRA 2HHUA 1TAUA 3O3HA 4FJ5A 1R0AA 2G8FA 4CJLA 5CZ1A 1CZBA 2IAJA 1RDCA 3V4IA 1QTMA 2KFZA 5I42A 1S6QA 3M8QA 4FM1A 3LPTA 5SWMA 4EZ6A 4Z4GA 1EKEA 3ZSXA 3OYDA 4J2BA 3TR8A 4CEAA 3QINA 4M45A 3OYLA 4DSLA 3HPOA 1JXEA 4E7HA 3MEGA 4O55A 3VN5A 4CEQA 2OZMA 2EHGA 4PUOA 3SQ0A 4LSNA 4E7JA 2DFEA 4CE9A 1KLNA 3OS0A 2F96A 3CFRA 1NK6A 3JSMA 2XHBA 1IKYA 5CYQA 4F3OA 3G0ZA 2OZSA 3OS1A 4OGCA 2OPSA 1J54A 3CFPA 1Q9XA 1RDBA 4H8KA 4B9SA 2P5GA 3VQEA 4FK0A 1S1UA 1NKEA 4DTSA 2HNDA 4HCBA 4KHNA 1ZBIA 4CIEA 3SQ4A 1HYZA 1U49A 4FM0A 1SL0A 2Z1JA 4KHSA 1FXXA 4O4GA 4CESA 4M3XA 1HQEA 4OVLA 1N5YA 1LWFA 1NK8A 3HYFA 4DSKA 2DTUA 1BHLA 4QCLA 1HYSA 1S5JA 4HUFA 1NK7A 4BDPA 4W5OA 1HNVA 1UWBA 4CIGA 3M8RA 3SPYA 4KREA 1L3TA 4Y1DA 1UOCA 4W5RA 3OYCA 3KKSA 5FDLA 1I39A 1VRTA 2B5JA 4CJ5A 2G8KA 2BDPA 3WNGA 3QNNA 1BISA 1NK4A 1KFSA 4OLBA 1YT3A 2IC3A 3KIOA 4Z0UA 1KTQA 4DTMA 1RILA 4DFJA 1I3AA 3O3GA 3VQ6A 4DF8A 1C1CA 1L3UA 3OJUA 3OYAA 4HUEA 1JLEA 4MFBA 4CF8A 3TARA 3S3OA 3M8SA 3K5MA 3DM2A 1TL1A 1JKHA 1ASUA 4CJVA 3S9HA 3KTQA 3DRSA 1RTJA 2D0AA 4DTPA 1A5VA 4C8NA 4FJKA 2XO7A 3BDPA 1WAFA 2P51A 4I2QA 4AH9A 3KK2A 1S9GA 1UA1A 4JRPA 1CXUA 4QAGA 4CF1A 1QSLA 2BE2A 3QEXA 1L3VA 4PQUA 3NF7A 4AHUA 3RMDA 3C6TA 2JGUA 4CHNA 1RCHA 3C95A 4KAZA 4CFAA 3WNEA 4E7LA 1KVAA 2ITGA 1BQNA 3ZCMA 3VQPA 5JS2A 1YTUA 3L2QA 1BIZA 2YV0X 3K5OA 2R7YA 2QK9A 3DMJA 4Y1CA 4FW1A 1KVCA 3SV3A 4N76A 3M8PA 1LAVA 4UQGA 3DOKA 4KTQA 4DU3A 1HQUA 4KI4A 3IRXA 4W5QA 1T05A 3DLHA 3EYZA 4DSJA 2Q3SA 1U48A 2GV9A 4CJUA 4GW6A 2HVHA 1UA0A 1EXQA 3RMAA 3K58A 1LW2A 3F9KA 4FLYA 1IG9A 1DTQA 1F21A 1W0HA 3AA3A 5KGXA 1RTIA 3KK1A 1ZBLA 4F8RA 4FJGA 2HHQA 3TAEA 1NJZA 4N5SA 4PA1A 2Z1HA 3HXMA 4RW9A 4M41A 3SI6A 1RBRA 3AVKA 1L3SA 4C8MA 4CGHA 2F8TA 2HW3A 1JL2A 3C94A 4O0JA 2YHBA 3VQ5A 3LZIA 2YNGA 4CJFA 3QEWA 4FJNA 5FRNA 4KHUA 3ZSQA 1IH7A 1FKPA 3ZSYA 3DRRA 4DTJA 1QQCA 1Z25A 3OYGA 3SQ1A 1S1XA 1ZBFA 1TGOA 2VG7A 1D5AA 3V6DA 1ZBHA 1RT5A 3AA5X 3LALA 3MXJA 1U45A 1NOYA 3AVBA 3OY9A 3T1AA 4AHVA 1RT1A 4OKEA 3V9UA 3TAMA 3D0PA 3G10A 3OYJA 4BACA 2OYQA 4M3YA 1U47A 2HB5A 3KJVA 3K2PA 1WAJA 3VQAA 4BE2A 4B9UA 4FZXC 2XRIA 4AHSA 4CJ4A 2F8SA 4KKOA 1SKRA 1KRPA 2QKKA 1D9DA 4QOZB 1HRHA 4HHTA 5J2PA 4Z4EA 4N56A 4F4KA 4H4OA 4M3WA 2X74A 1NK9A 1IKVA 4CJQA 2X6NA 4CK3A 2XY8A 1REVA 2D0BA 4K8ZA 4FJ8A 3AVHA 1LAWA 4RW8A 3VQ9A 3RRHA 2E6MA 3RR7A 5J2QA 4DS4A 1B9DA 1TVRA 4CJKA 1WLJA 5SZTA 4FLWA 2G8UA 1SUQA 2G8IA 2KZZA 1LW0A 2I5JA 3AVJA 4FJXA 3NH0A 4LSLA 3AVFA 1A5WA 2HNYA 3MEEA 4KFBA 3ZT3A 4Q5VA 4DQIA 1WSFA 4CJ3A 4AHTA 2HVIA 1KFDA 1VSJA 3MAQA 4KPYA 3V9ZA 3KD1E 3KK3A 3SPZA 4DQSA 1L5UA 2X78A 1XI1A 3CM6A 3AVIA 3NF8A 4GMJB 4DSIA 5JS1A 1Z26A 3NGZA 1C1BA 2PY5A 1NKBA 2YKNA 2ATQA 4DQQA 1X9MA 3I8DA 4IG3A 4CGIA 4CCHA 4CEOA 4B9LA 2QXFA 1CLQA 2YKMA 3SNNA 3P83D 1HJRA 1IKWA 3NGIA 2OPQA 3AO2A 2P5OA 1QE1A 1VSDA 1JLFA 3CQ8A 4DSFA 3K5NA 2RPIA 1FK9A 3LZJA 5D3GA 1W9HA 3OJSA 3RTVA 3PV8A 4CEEA 4BWMA 3SUQA 2FBXA 4E7IA 2HNZA 3HO1A 2YNIA 3TAGA 4B9TA 2ETJA 4KB1A 3HM9A 4N47A 2PYJA 2NUBA 4GVMA 4CF0A 4FLTA 5KTQA 1QS4A 5J2NA 1VSFA 5T7BA 2KW4A 4CEDA 3ZSZA 4RG8A 4FZYA 4ELVA 1HMVA 2FBVA 5I3UA 4J2AA 1EP4A 3LP1A 3DYAA 4B9VA 4B3OA 4CFDA 3LWLA 1Y97A 5CY4A 3HPGA 3SV4A 1SKWA 5C25A 1J9AA 1TK8A 2YNHA 3QIPA 3WNHA 3NFAA 4DLGA 3RWUA 1YVUA 4FJ9A 3RR8A 4KHYA 1TKZA 1S6PA 3HK2A 1ASVA 4CJWA 4XIUA 2FBTA 4RW6A 2E4LA 3NF9A 4CHQA 2D5RA 2GUIA 4I9LA 1JLCA 4CIFA 4DTRA 2XY6A 1XHZA 3HJFA 4OKKA 4E3SA 3KLEA 4DS5A 3CYMA 1B92A 1SL1A 3NDKA 3PUFA 4FM2A 4Z4IA 4CJTA 1SL2A 4DG1A 3ULDA 3V81A 5HRPA 3VQ4A 1U4BA 2HHVA 3I0SA 4KTZA 4IG0A 4BE0A 4DU4A 4E1MA 3RRGA 4KTWA 4C8LA 4FJLA 1TKDA 3H08A 2KZMA 4FW2A 4F2SA 1C6VA 3SZ2A 4EP5A 4NYFA 1NK5A 2HHXA 4OPKA 1RBTA 3OYHA 2XY7A 4L8RB 3NAEA 1JLAA 4NCBA 3SQ2A 1JXBA 1BL3A 4ID1A 3RMCA 3RMBA 4EP4A 1XC9A 3NCIA 3UIQA 3LDSA 1KVBA 4KV8A 3P5JA 4W5TA 1NKCA 5KI6A 2JLEA 1VRUA 1NK0A 2A1RA 2WONA 3ZT4A 4FJIA 3QERA 1RNHA 4CJSA 4RW4A 4FK2A 3C6UA 3TABA 3BGRA 3ASMA 4KHQA 3V1RA 5C42A 2GBZA 2G8HA 1EX4A 4J2DA 2E6LA 3AA2A 1DLOA 1NJYA 5C24A 3QEIA 1WSGA 3O3FA 1BQMA 1EETA 4E7KA 4IDKA 1J53A 1SV5A 1IKXA 3D45A 1RTHA 1NJXA 4CHYA 5E41A 3WNFA 3U3GA 4IBNA 4YFUA 3AVAA 3JYTA 3QESA 3DLBA 2DY4A 4ID5A 4B8CA 4CF9A 4F2RA 3LP3A 4J2EA 4B8AB 3VA3A 1Q8IA 2Y1IA 4OKJA 1SKSA 2FBYA 3OYKA 3OYNA 1RBSA 2EX3A 4FLUA 2VG6A 3AVLA 3TANA 3KD5E 1N6QA 2W42A 3VQQA 4AILC 3EZ5A 2ZD1A 4Z4FA 5FRMA 3MXMA 1BI4B 3NHGA 1QSSA 2IOCA 3ZT2A 1QHTA 3PO4A 1T03A 4Q0BA 3QNOA 2XY5A 3FFIA 4BDYA 3TI0A 3SUPA 1HYVA 1RT3A 1JLQA 2VWKA 3HP6A 1LV5A 4AHCA 4ZHRA 3LAMA 4FJHA 4FJMA 1BGXT 1C0TA 4TSXA 4Z4HA 4FLXA 1ASWA 2B4JA 4IFVA 4CK2A 4E1NA 3MEDA 2G8WA 1LWCA 3LWMA 3QLHA 4OLAA 3L2WA 3K57A 5CZ2A 2IGIA 5KRTA 4CJPA 3QEVA 3O4QA 4C8KA 1C1AA 2B6AA 4CHPA 4FCYA 5J2MA 4DLEA 1CXQA 1RDDA 2HHTA 3VQBA 1VSLA 4JRQA 5DMRA 4CERA 2P1JA 4CGGA 1RBUA 2HMIA 4CEZA 3E01A 3B6PA 1KSPA 3IAYA 3V1QA 4R5PA 1RDAA 3L3VA 5HP1A 4M3UA 4CEBA 4ELUA 2OPRA 3LP0A 3L2RA 3TAPA 4JS5A 3QO9A 1X9WA 4B9MA 4DFMA 2A1SA 1LWEA 3NE6A 3NF6A 4ZTJA 1T7PA 3OYBA 1RBVA 4ZTFA 2X6SA 3B6OA 3KKRA 1D9FA 4PY5A 3TWHA 1RT4A 4CGDA 5CYMA 1G15A 5HROA 3QEPA 4KO0A 4CGJA 1QSYA 3KLFA 3P1GA 2RN2A 4Z4CA 1X1PA 4DFKA 4DTNA 3HVTA 2KTQA 1TK0A 4NYNA 3CG7A 3K5LA 3DOLA 1S1TA 3DLKA 3SUNA 4N41A 2WOMA 3SYZA 3KLGA 2AJQA 3IG1A 4FLVA 3PY8A 2DFFA 3AA4A 1WSEA 4LH5A 1RT7A 4HCCA 4LD0A 2Y1JA 4JLHA 1S1WA 4I2PA 3HPHA 1X9SA 4IKFA 3DLRA 4M42A 1ZBUA 3QIOA 3AVNA 1BIUA 3AVMA 4CJEA 2QKBA 2OPPA 1CZ9A 1WN7A 5KGWA 4CEFA 1KCFA 3T19A 5J1EA 3TAFA 3THVA 1DTTA 1JLGA 3NH1A 2LSNA 2VG5A 3PX6A 1IO2A 4H4MA 4E89A 4PWDA 3LANA 1JLBA 1GOAA 2D0CA 3VQCA 1MU2A 4HUGA 4B08A 1GOCA 3NH2A 3ZT0A 4BE1A 5FROA 4CGFA 1HNIA 4O44A 3U3YA 3OVNA 1VSIA 4CECA 3L2VA 3MECA 1ZYQA 3AO5A 4FJJA 2HHSA 4W5NA 4FJ7A 3S3MA 2G8VA 3SJJA 2ZE2A 1BCMA 4G1QA 4DQRA 4FZZA 3A2FA 2Z1GA 3HT3A 4YNQA 4DTXA 4O5BA 1C0MA 3S3NA 1KLMA 4O0IA 1VSHA 4LY7A 4DU1A 2BGGA 3PX0A 4ELTA 4CHZA 3KLHA 5KRSA 1K6YA 1XHXA 1S9EA 1VK0A 5EU7A 4FVMA 5HRRA 4CJRA 4FXDA 3DLEA 4LH4A 1D8YA 4OGEA 2IS3A 4CK1A 2VWJA 4F3TA 1C0UA 1WNSA 3LP2A 1VSMA 4I7FA 4K8XA 2YHAA 1T8EA 3V1OA 3F73A 3ZSVA 4M3TA 5HRNA 3L3UA 4DTUA 2KQ2A 2O4IA 4OJRA 3CM5A 1TAQA 3OYFA 4DF4A 4KB0A 2RKIA 1O1WA 3DI6A 4FLZA 3O4NA 4M3RA 3TAQA 4WE1A 4CHOA 2RF2A 1BI4A 5HRSA 4CFCA 3AV9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0YB 1WSHA 3DRPA 1FKOA 2H3GX 2BUPA 1VSKA 2BANA 5AQKA 3ITHA 2Q1NA 3LPUA 3L8BA 2PZSA 1OH8A 3LAKA 4FOIA 4DQPA 3IS9A 2FLOA 4CFBA 3EY1A 4EZ9A 2A40A 3EO3A 4BWJA 5ADXH 2HOEA 2YJFA 2QWMA 1N33K 2HBLA 5AQUA 3HSTB 4C8OA 3CJ9A 3CFOA 4RW7A 2FC0A 3PSFA 1NGCA 1TV6A 2YCHA 1NJWA 5KPZA 4HTUA 4JKCA 4DMNA 3OA9A 2HHUA 3ZYYX 4H03B 4DHYA 2IAJA 2YJEA 5I42A 1S6QA 2P9KB 4FM1A 4ILJA 4Z4GA 4CI6A 3ZSXA 4CEAA 3S41A 4GV9A 4DSLA 3HPOA 3SLCA 3MEGA 4O55A 4CEQA 2EHGA 3SQ0A 2DFEA 1KLNA 1NK6A 3JSMA 2XHBA 3LDOA 2OZSA 2IIRA 3CFPA 1MDUB 1RDBA 3VQEA 4KHNA 4XH1A 3SQ4A 1HYZA 3TU5A 1N32K 4FM0A 4KHSA 4M3XA 4CESA 4OVLA 1LWFA 4DSKA 2DTUA 2O8FA 3QFPA 1VQ5N 1LCUA 1UWBA 2Q97A 3M8RA 4KREA 4Y1DA 2ITMA 4BR4A 3KD5E 3KKSA 4CJ5A 2G8KA 1YIJN 1YT3A 3KIOA 4DTMA 3HI0A 1I3AA 4JI5K 1TYQB 1XMOK 3ZEUA 5AZJB 1JKHA 3S9HA 4IFEA 3KTQA 1R59O 1RTJA 3DRSA 1P8ZA 1IV0A 1NMDA 2CH5A 5KQ8A 3KK2A 1UA1A 1CXUA 4QAGA 4CF1A 1QSLA 2F9TA 5E84A 2ASPA 3RMDA 4PQUA 4JN4A 3C6TA 3WNEA 3FZLA 1KVAA 2ITGA 3ZCMA 2GUPA 3K5OA 4B1VA 1JCEA 3D2EA 3DMJA 1KVCA 4Y0WA 5AQRA 1QQNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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