2OA8A

Crystal structure of mtrex1 with ssdna
Total Genus 68

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
231
structure length
220
Chain Sequence
TLPHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYGT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH7 (197-209)TIV1 (6-9)S1 (13-21)S3 (64-70)AH8 (212-222)EMPTY3H1 (25-27)TVIII1 (61-64)S2 (31-40)AH2 (89-95)AH1 (79-85)AH4 (130-140)AH3 (102-114)TI2 (145-148)S4 (119-123)TII1 (123-126)3H3 (126-128)TVIII2 (209-212)TI3 (147-150)3H2 (41-43)S5 (151-154)TII2 (193-196)AH5 (155-166)AH6 (179-187)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Mus musculus
publication title The Crystal Structure of TREX1 Explains the 3' Nucleotide Specificity and Reveals a Polyproline II Helix for Protein Partnering.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
total genus 68
structure length 220
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2oa8A01
4DTUA 3DM2A 2Z1JA 3ZT4A 2IAJA 3V9XA 3EZ5A 4M42A 1CXQA 1RTIA 1VSFA 3C95A 1RTHA 4GW6A 3CFOA 4OKEA 3QEVA 4DTMA 1RTDA 1FK9A 1KLMA 4FW1A 1TGOA 4DU3A 5HBMA 4OJRA 3OYMA 4R5PA 1WN7A 3RWUA 1ZBIA 4IBNA 4JRPA 2HNDA 1TVRA 4O4GA 3VQ6A 4AHTA 3OYNA 4DLGA 4KHWA 4XIUA 2D0BA 5DK5A 2O4IA 5HRSA 3SQ0A 2G8IA 5FRNA 2YKNA 3OYKA 3KK1A 3O3FA 3SV4A 1NK0A 4M3UA 3K2PA 4YNQA 4BE2A 1L3VA 5JS2A 1T03A 2HHTA 2LSNA 1WSEA 3KTQA 3NF6A 2Y1IA 3AVFA 4KV8A 1TK8A 1O1WA 1T7PA 2WOMA 4ZTFA 4OLAA 4LSLA 4IG0A 1HPZA 4OKJA 4KREA 3V6DA 3CM6A 4FJGA 3OYGA 4CECA 4FYDA 4FW2A 5KI6A 1NK7A 3OS2A 3KKSA 1IKYA 2DTUA 4CEQA 4AILC 3AA4A 4FK2A 1WLJA 3T1AA 1C1CA 1KCFA 1LWEA 4CJQA 3OYAA 1X9SA 1NKCA 4CHOA 1BCOA 3NGYA 2X74A 3C94A 3HP9A 1UA0A 2P5OA 2XO7A 5HRRA 2KZZA 1ASUA 4DTJA 4DF8A 3V9UA 3HYFA 3SUPA 1EX4A 2G8KA 3AVMA 4CE9A 1Q8IA 1IH7A 1QSYA 2GV9A 3AVNA 3OS1A 4KHNA 1SL0A 2P5GA 2DY4A 4Z0UA 5I3UA 2YNGA 3TR8A 2P1JA 3V9WA 4DFKA 2E6MA 2HHUA 4KHYA 3MEGA 3HVRA 4B8CA 1IKVA 2FC0A 4KHQA 1UAXA 3SCXA 3UIQA 2FBTA 1TL1A 3TI0A 3TABA 1FKOA 3VQCA 1HQEA 2HVIA 3K5MA 3VQEA 1QS4A 4CJEA 3EYZA 4KTWA 2XHBA 1TKXA 4CJPA 5CY4A 1XHXA 3OS0A 4C8MA 3O3GA 1TV6A 3OJSA 1TKTA 4EZ6A 3ZT2A 4CEAA 3ZSOA 1B92A 4DFPA 1RTJA 3V1RA 3VQ4A 3QINA 4CHZA 4F2RA 1JXEA 1KVCA 4C8NA 3O4QA 3D45A 4DG1A 3DLBA 2VG5A 4FLYA 4PA1A 4GMJB 3NE6A 1RBRA 4CK2A 3OYFA 4KAZA 4ELUA 4NCAA 3WNHA 2KTQA 5CZ2A 5J1EA 2G8FA 2HHVA 3LWLA 1BHLA 3RMBA 1I3AA 5J2PA 1N5YA 4FM2A 1DTTA 4CGJA 3WNFA 4M45A 4KHUA 4CGHA 2HHSA 2RKIA 1S1VA 1F21A 4H4MA 1EXQA 1BI4A 1RBSA 4DWIA 2VG7A 4BACA 3LPUA 4DFMA 1BGXT 3NF7A 4CJTA 5SWMA 4DQIA 4LH5A 4BWJA 4AHRA 2RN2A 2IDOA 2B4JA 1DTQA 2PZSA 1G15A 1JLAA 1S9GA 3HPGA 4E7LA 1X9WA 4CEBA 1XI1A 4QOZB 4NYFA 3O3HA 1U47A 2G8HA 3K5NA 1KVBA 4F4KA 4G1QA 2D0CA 4F8RA 2PYLA 3V9ZA 3QIPA 1SKWA 4I9LA 4CJ3A 4KRFA 1SKSA 1C1AA 2YV0X 4J2AA 4E7IA 1RT6A 2BE2A 2QXFA 3AVJA 4CK3A 5KGXA 4O0IA 4DTRA 2KFNA 3ISNC 2XY7A 4H4OA 1ASWA 3K5LA 3TARA 3A2FA 3MXIA 3RRGA 1QQCA 1S9EA 4FM1A 3OJUA 3S3MA 1T8EA 1HMVA 4MFBA 3NCIA 4LD0A 4DS4A 1L3TA 3KK2A 2QKBA 3KLGA 1RCHA 3V4IA 3VQPA 3RRHA 4KHSA 3ZSVA 3RMCA 1RDAA 2W42A 2G8WA 5J2QA 3QEIA 4Y1DA 1KRPA 2RPIA 3PO5A 1A5WA 4CJSA 3V1OA 3WNGA 1QSLA 2BDPA 3LAMA 4PQUA 3LP2A 1NOZA 4GVMA 4OGEA 4OVLA 4E3SA 4CJFA 1RDCA 4B9LA 2OPQA 3SUQA 1NKBA 4DSKA 3KJVA 2BGGA 3M8PA 3VQ5A 1FKPA 3DLGA 2HNZA 4O44A 4E7HA 3NGZA 1IG9A 4KFBA 5SZTA 5FRMA 3CYMA 2IS3A 3FFIA 4IFYA 1U04A 3QO9A 3M8SA 3AO4A 3AVCA 4BDZA 1RDBA 3P1GA 4BE1A 3VN5A 4AHVA 1UA1A 3L2QA 4CJWA 2YNIA 4CGGA 3EY1A 3ZT1A 4HUFA 1QSSA 3SQ4A 4CJKA 1RNHA 4EZ9A 1YVUA 2JGUA 2ZQBA 1YT3A 2G8VA 3DRRA 3DLEA 4KI4A 5HP1A 4M3WA 3AO2A 1BQNA 2JLEA 4M41A 3M8RA 1NK8A 3BDPA 3DOKA 4IG3A 3L2VA 4B3OA 4DTXA 3TANA 1XC9A 4DTPA 2PY5A 4CEOA 1EETA 1Z26A 3LANA 1S1XA 3OYIA 4FVMA 2VG6A 4OKKA 4FK0A 3SYZA 3LZJA 2Y1JA 1D5AA 3HJFA 1D9DA 2KFZA 1VSLA 3I0SA 5JS1A 3LZIA 3VA3A 3T3FA 1VSHA 1KLNA 2OZMA 1REVA 1TAQA 4JS5A 3VQ9A 1VSIA 1MU2A 3OYCA 3LPTA 1Q9XA 3E01A 4N47A 4M3ZA 2FBYA 4CIFA 2YNFA 2P51A 4CF1A 4FJLA 4K8ZA 3U3YA 1WSGA 3CG7A 4AHUA 3OYEA 1C0UA 4CGFA 4DU1A 5HROA 1LWCA 1J5OA 3SI6A 3IG1A 1HYZA 3HXMA 1S1UA 1WNSA 4LY7A 1UWBA 1RT1A 3AA2A 1L5UA 3MEDA 2YHAA 4DTSA 2PYJA 4KPYA 3QEXA 3L8BA 3F73A 1J53A 4FJHA 3HT3A 2GBZA 1L3UA 3HM9A 4RW8A 4FJ9A 1RBTA 3B6PA 4H8KA 1SUQA 3VA0A 2HHWA 3TAEA 3CQ8A 1QHTA 4CFCA 4LH4A 4CFDA 1RDDA 4HCBA 1JLGA 4C8KA 1VSMA 4FJJA 4ID5A 4E0DA 1JLBA 3HL8A 4CEEA 4CJUA 4PY5A 4LSNA 1ZBUA 3P5JA 4KB1A 2BANA 2KW4A 2ITGA 2F8TA 4HCCA 3TWHA 1HNVA 3PX4A 3SZ2A 4DSLA 4DTNA 2B5JA 5EU7A 4N5SA 3ALYA 4M3YA 4CEDA 5DMRA 4RW9A 4CJ4A 3LDSA 3KLEA 2E6LA 3AVKA 3F9KA 3KK3A 1TK0A 4B9VA 4N76A 4FJ7A 4CF0A 4Z4CA 3AO5A 4CF9A 4J2DA 3ZSZA 3K58A 1VRUA 1BIUA 3K5OA 4NCGA 4Q0BA 4QAGA 3S3OA 3NFAA 3U3GA 1IKXA 3AA5X 5KTQA 1NJZA 4FK4A 3DRSA 3MAQA 4C8OA 1VRTA 1S1TA 1ZBFA 3L3UA 4MQ3A 1TK5A 1SKRA 2HHQA 2DFEA 2KQ2A 4E7KA 3KD5E 4E7JA 1W9HA 3HSTB 4FLWA 4RW4A 4YFUA 4DQSA 4B9SA 3BGRA 1J54A 2D0AA 2GUIA 3PX6A 2EHGA 4UQGA 3AVIA 4CJLA 5J2MA 4FZXC 3NH2A 4IFVA 3VQ7A 2F96A 3ZCMA 1BQMA 3K57A 1KFSA 4OPKA 2OYQA 3VQDA 1LAWA 4OGCA 3ZT3A 1YTAA 4WE1A 4E89A 3OYBA 3ULDA 4ICLA 1NJWA 3ZSRA 3L2WA 3AO3A 3G0ZA 4B8AB 4FJXA 1TAUA 4Z4GA 3NHGA 1U49A 4B9TA 3SV3A 4CGIA 3DLKA 3KLIA 3QEPA 4BDPA 5FROA 1A5XA 3JSMA 4KI6A 1A5VA 2DFHA 2HNYA 4O5BA 3VQAA 5I42A 1EKEA 3L3VA 2IGIA 3AVHA 1VSKA 1CXUA 1CZ9A 3ZSYA 3KD1E 3RTVA 1VSDA 1SV5A 2HMIA 3OVNA 5FDLA 4O0JA 4M3RA 2B6AA 1WSIA 2HB5A 3C6UA 4E1MA 4RG8A 3VQ8A 2OA8A 3AA3A 4I9QA 1SL1A 4J2EA 1DLOA 1HJRA 1XWLA 4I2PA 4KKOA 4L8RB 4B9MA 3MXJA 3P83D 1FXXA 1C0MA 5E41A 1RT5A 3LALA 3RR8A 3HPOA 3QIOA 1XHZA 4CHYA 3SQ2A 3TAGA 4DU4A 1LW2A 1WSHA 4Q5VA 3SUNA 4FJNA 4NCBA 5KRTA 4CERA 5HRPA 2HW3A 2X6NA 3B6OA 3KKRA 1LV5A 3DMJA 3NDKA 4BWMA 1NOYA 1IO2A 3ZSQA 3V9SA 4CF2A 1HYSA 4W5OA 3TAFA 3PO4A 4CCHA 1S6QA 4EP5A 2WONA 4PUOA 1D8YA 3ZSWA 3M8QA 3DRPA 2VWJA 3IRXA 4CEFA 3LAKA 1BCMA 3LP3A 4E19A 3NF9A 3G10A 4RW7A 3VQQA 4NYNA 1WSFA 1L3SA 2I5JA 1JLEA 1VSJA 1CZBA 1LAVA 3HK2A 4ID1A 5K14A 2DFFA 4DSFA 3OYHA 4CIGA 4DSEA 1R0AA 3PY8A 1JLQA 4W5TA 1HQUA 2FBVA 2IC3A 3ASMA 3HO1A 4E1NA 4FLVA 1NJYA 4JRQA 3DLRA 4DMNA 3D0PA 1ZBLA 4JLHA 4DSIA 5C42A 4DQPA 4KTQA 4Y1CA 3QEWA 1J9AA 3DYAA 3NGIA 1RBVA 1HYVA 3C6TA 3O4NA 1T05A 1SL2A 1ASVA 4B08A 2OPSA 4CIEA 1U4BA 4CFAA 2X78A 2XY6A 3SNNA 1ZYQA 4J2BA 4M3TA 4DTOA 3CFRA 2E4LA 2KZMA 1W0HA 3I0RA 1NK5A 4I2QA 1JL1A 1I39A 4FCYA 4AHSA 3CFPA 3AO1A 1RT3A 3DOLA 3H08A 4KB0A 1BL3A 4FJMA 4FZZA 4Z4IA 1ITGA 1NJXA 3U6FA 2FBXA 3RR7A 3T19A 3AVAA 3L2RA 5HLFA 5CYMA 1WAJA 4W5RA 3HP6A 4HUGA 3L2UA 4DFJA 4FJ5A 1B9FA 3MEEA 5CZ1A 3LWMA 1S1WA 4N41A 3NH1A 1RT7A 3QLHA 4CK1A 3QESA 2XY8A 4CJ5A 2ETJA 3AVGA 5C25A 4HTUA 4CHPA 4HVJA 4DLEA 4HHTA 1KSPA 3VQBA 1JLCA 4DF4A 1LWFA 3QNNA 4FZYA 1IKWA 3K59A 3TAQA 2A1RA 3KLHA 4FLTA 2ZD1A 1QTMA 1TKZA 4CEZA 3MXMA 1C6VA 3QERA 3SUOA 1JKHA 1C0TA 3OY9A 4ZTJA 4ELVA 3KLFA 4N56A 3ZSXA 1NK6A 3AVLA 2OZSA 2QK9A 1Z25A 2IOCA 3OYLA 4PWDA 2YKMA 2D5RA 1YTUA 1C1BA 2A1SA 1GOBA 3NAEA 1RBUA 3SQ1A 5D3GA 1QE1A 2HHXA 3KIOA 3SPYA 1U45A 4QCLA 4IKFA 4IDKA 2OPPA 3PX0A 4CHNA 1BIZA 3V81A 1NK4A 1KTQA 1GOAA 4F3OA 3SJJA 3AVBA 1X1PA 1KVAA 4KTZA 2OPRA 3PUFA 4AHCA 4CF8A 2YHBA 1UOCA 5T7BA 1ZBHA 3AV9A 3ITHA 3NF8A 4C8LA 3V1QA 3TAPA 4FM0A 4W5QA 1JXBA 4W5NA 2O4GA 1JL2A 3HPHA 3MECA 5J2NA 5KRSA 4DQQA 3S3NA 1D9FA 4Z4EA 2ATQA 1K6YA 1TL3A 2RF2A 4HUEA 4DQRA 4DS5A 4FXDA 1WSJA 3OYDA 4CHQA 1NK9A 3IS9A 4JS4A 4CJRA 1TKDA 5CYQA 3HVTA 5KGWA 2YNHA 3ZT0A 4FJKA 4Z4HA 3RMDA 1S5JA 1X9MA 4M3XA 3WNEA 4Z4FA 2Z1IA 3NBPA 1S6PA 4ZHRA 2VWKA 1WAFA 2Q3SA 3RMAA 1Q9YA 4CJVA 1EP4A 2XRIA 2AJQA 4EP4A 3QNOA 4O55A 2HVHA 3LP1A 1U48A 1N6QA 4F2SA 4BDYA 2NUBA 1GOCA 4FLUA 2G8UA 2ZE2A 1Y97A 4OLBA 1RT4A 1KFDA 4CESA 3SPZA 1LW0A 2Z1GA 3OYJA 4B9UA 4B9NA 4DSJA 2F8SA 1VK0A 4BE0A 1RT2A 3TAMA 1JLFA 4AH9A 3CM5A 3NH0A 4FLZA 1VSEA 3I8DA 4KO0A 3DLHA 4TSXA 2QKKA 3DI6A 4CFBA 3JYTA 4RW6A 2EX3A 3LP0A 1RILA 2Z1HA 3S9HA 1NKEA 5C24A 3IAYA 4ELTA 3QETA 4K8XA 1CLQA 4FJIA 4OPJA 2R7YA 1BI4B 4CGDA 4F3TA 1B9DA 4FLXA 3PV8A 3THVA 4FJ8A 1HNIA 1HRHA 2X6SA 2XY5A 5HRNA 4I7FA 1BISA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTUA 3DM2A 3R1XA 4M42A 2YI1A 4DTMA 4DUYK 3F9MA 3VF6A 1XMOK 3C7NB 1NNEA 5M1QA 1K9MO 2ZWHA 4O4GA 3VQ6A 4KHWA 1YI2N 3ULEA 2A3ZA 1VQ8N 5HRSA 3SQ0A 1M1KO 1NK0A 3SV4A 3O3FA 4M3UA 1NM1A 3K2PA 5JS2A 3VETA 3MCAB 4BRPA 2HHTA 1WSEA 2PAVA 4ZTFA 4LSLA 4BRCA 1HPZA 4OKJA 2UXCK 3V6DA 1KAZA 4H0OA 4CECA 3KKSA 1IKYA 3CERA 3AA4A 3T1AA 1C1CA 1LWEA 4CHOA 3NGYA 3I55N 3C94A 3HP9A 2P5OA 2XO7A 4PKIA 1ASUA 4DF8A 5LY3A 3SUPA 1Q8IA 4JAXA 3OS1A 3NVMA 3HBTA 2YNGA 2P1JA 3V9WA 2HHUA 4B8CA 3SCXA 4QS7A 4PL8A 1VQ7N 1YJNN 3K5MA 3VQEA 3EYZA 2O8CB 4B3MK 2YJFA 1SS6A 4YOUA 3O3GA 3OJSA 4EZ6A 4CEAA 4H0VB 4DFPA 3QINA 3CJCA 4C8NA 2YHWA 1RBRA 3OYFA 4H0YB 1Q18A 3MK6A 2E2QA 5BR8K 2NRHA 3OA9A 1YF5L 1DTTA 4DUZK 3ZX0A 4CGHA 1NGHA 2RKIA 1S1VA 3J80O 4H4MA 1BI4A 2QWMA 3H45C 5CE3A 1BGXT 4BWJA 1T44A 3HPGA 3K9JA 4CEBA 1QQMA 4KBOA 1XI1A 4NYFA 1GLLO 2E1ZA 3O3HA 3THXA 1KVBA 4E1JA 1U47A 4F4KA 4F8RA 1DGKN 3V9ZA 1WUAA 4I9LA 4CJ3A 1SKSA 4J2AA 4E7IA 4CZMA 4A2AA 5KGXA 3WT0A 4DTRA 2QA4N 1ASWA 1C0FA 3MXIA 3BF1A 1S9EA 3S3MA 3OJUA 1HMVA 3KK2A 4JKEA 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3ZSRA 3O9QA 4Z4GA 4B9TA 2QWNA 3PSFA 1MDUB 2YCHA 3JXUA 5DM6L 1TYQA 3LM9A 3TTCA 5FROA 4GVEA 5AFUA 3WXKA 2DFHA 3VQAA 5I42A 3SBTA 3ATVA 3RTVA 3HOTA 1VQ4N 3OVNA 3FZMA 4E1MA 2HB5A 4KKOA 5CR4A 3DXMB 5B8HA 1X3MA 5E41A 1RT5A 3QIOA 1DT9A 3TSPA 4CHYA 1XHZA 3A8YA 3OHRA 4BQLA 3TAGA 4LFAK 2GELA 4Q5VA 3SUNA 4GY2B 2GWKA 3CCJN 5HRPA 1U2VB 2X6NA 1LV5A 3DMJA 1BDGA 3M1FA 4CF2A 3PO4A 4EP5A 2WONA 4NB4A 4PUOA 3M8QA 3LAKA 3LP3A 3G10A 4RW7A 4YDUC 1WSFA 3G6EN 2UUCK 4DSFA 1JLQA 1E4FT 3I56N 3ENBA 3VEYA 4BRLA 4Y1CA 3THYB 2F7TA 4BC3A 1T05A 5IWAK 5JVHL 4B1XB 3SNNA 1ZYQA 4J2BA 4DTOA 4ISFA 3I0RA 1NK5A 4I2QA 1K73O 1VQ9N 2QWLA 3H08A 2GTDA 3P39A 3AVAA 3L2RA 1NGEA 4NXNK 1WAJA 4W5RA 3TTFA 1B9FA 3MEEA 5CZ1A 3U9ZA 3QDKA 4CJ5A 4HTUA 4CHPA 5C0YA 4HVJA 1DEJA 3FZKA 3QNNA 4DF4A 3WEEB 2A1RA 4FLTA 2ZD1A 2QM1A 4CEZA 3SUOA 3AY9A 2QK9A 3AVLA 2D5RA 3EN9A 3SQ1A 3SPYA 4QCLA 4B1VA 4IDKA 2OPPA 3M6GA 3VTIA 3MWPA 3U8XA 3SJJA 1T3VA 2OPRA 2UUAK 1UOCA 4DQ8A 5T7BA 3T1YK 4DV3K 4IOCL 3GDQA 3V1QA 3VOVA 4M7XA 3KWIA 3GBTA 5J2NA 1D9FA 5KRSA 4DS5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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