2OTJN

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otjN00
3PIPL 1VQLN 5GAEP 5MLCQ 4IOCL 3CC2N 1KD1O 3CCVN 1KC8O 4IO9L 3CCSN 1W2BM 4U67L 3CCQN 1QVFM 1QVGM 1VQON 3DLLL 3I56N 1VQMN 3CF5L 1VQPN 3G4SN 3OW2M 3G6EN 1VQKN 1YJWN 1Q82O 2OTLN 1N8RO 5HL7L 1M90O 1YJ9N 1Q86O 1NJIO 2QEXN 5H1SQ 1YHQN 4WCEL 3CD6N 4WFAL 1YIJN 4WFBL 5DM7L 1ILYA 5GADP 3CPWM 3G71N 3CMEN 4WF9L 1VQ4N 4IOAL 5DM6L 1VQNN 5GAHP 1K73O 3CCJN 5JVHL 3CC4N 1VQ9N 1YI2N 1KQSM 1JJ2M 1M1KO 3CCLN 3CCRN 1K9MO 1K8AO 3J7ZO 3CCEN 3PIOL 1YITN 1VQ6N 1VQ5N 1VQ7N 2ZJRL 3CCUN 3CCMN 3CXCM 1YJNN 1Q81O 2ZJQL 5JVGL 4UY8O 3CC7N 1Q7YO 2QA4N 1S72N 2OTJN 3I55N 3CMAN 1OVYA 1VQ8N 2ZJPL 5GAGP 4WFNL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H1VX 3QB0A 3RSEA 2GELA 4IOXA 4QS8A 3FZHA 3I33A 2A3ZA 3VQ6A 4JS4A 5M1FA 3SUQA 1N6QA 1HYVA 4DWIA 2UXBK 3LDLA 5JLHA 1QHAA 1QZ6A 3A2FA 4Z94A 2GBZA 1HR0K 1ASWA 3B8AX 1HX1A 4JEPA 4OJRA 1DGKN 1S5JA 2YJEA 4KB1A 4H5WA 4R5PA 3CHWA 3OBYA 2UUBK 3VQPA 3WQUA 4DTMA 3GOIA 3VGKA 3A5NC 1NK5A 4CJFA 3O1WA 3U3YA 1IKVA 5FPNA 4FOIA 1FJGK 4I6MA 2OTLN 3ZSYA 4A57A 3QETA 3E66A 2QEXN 5H1SQ 2FSNA 4B9TA 2GUPA 3L2RA 3K9KA 4FJKA 3DXMA 3M3ZA 3ZSZA 5AQKA 1BGXT 3ZSWA 1L3SA 4LF6K 3W3DA 3L0QA 3WXJA 3C6UA 4X64K 2GWJA 1RFQA 3CCJN 2D0OA 3M8PA 4E1MA 1XHXA 3QMLA 3CC4N 1TAUA 3OYHA 4CCHA 3TAQA 3CCRN 2VGNA 1SKWA 1DLOA 1XC9A 2KQ2A 4HTLA 2FBTA 4N41A 3NMUA 2QWOA 4DU1A 4CZHA 3FE1A 1Q8IA 3VEOA 3QEVA 4QCLA 4IG0A 4A2AA 3DLKA 3HVRA 4LF7K 2X78A 3WUHA 3ZT0A 3WXLA 2YI1A 5FROA 4CJLA 3KIOA 3J80O 4AF1A 4C8KA 3L3VA 1ASUA 3RMBA 1BHLA 3VQDA 5FPDA 4J2BA 4BROA 2Q0UA 1OH6A 2ZJPL 4WQ4C 3OVNA 4JV5K 1LCUA 5KTQA 4FWOA 4M7YA 3LM2A 4CHYA 2W6LA 2OPPA 1VSMA 4FK0A 3CI5A 4IXCA 1IKWA 3OYFA 3VENA 3S9HA 3L2VA 1DTTA 1B92A 3O9QA 4ELUA 1JL1A 4JKGB 4BVPA 4DHYA 2OA8A 1YTAA 2Q2RA 1SAZA 3RVCA 3AAPA 2O8BA 3N4QA 4H5RA 3I56N 4HCCA 1WNSA 2W40A 2QWPA 1Y64A 1TKZA 5AFUA 3OW2M 2CH5A 1WSJA 3S3NA 4CJWA 4B9UA 1QSLA 2GEMA 2D1KA 4J2EA 4JI7K 1JLEA 3OJUA 2I5JA 1REVA 2KZZA 1ZBUA 4ISFA 2RF2A 2VWJA 3SPYA 1DKGD 4FLXA 4PY5A 1BA1A 4BGAA 2KLAA 3KD5E 3UB5A 1U49A 4CJQA 5AQGA 2OCEA 4FWRA 3WEEA 4CGGA 3VA3A 3G0ZA 3U3GA 3F73A 1VQNN 2X6NA 2OZSA 4JKFA 1C6VA 4CIEA 5C12A 4KHSA 1BQMA 3BEXA 4BRPA 1KVCA 3A0IX 1RTJA 3MCPA 3JSMA 3AO2A 2P9IB 2PYJA 3J7ZO 3DRSA 1EO1A 3VQ7A 4CJRA 3VQ5A 4KO0A 3MEDA 3MECA 3LP3A 2ZJQL 4LSLA 4CHQA 2E2PA 2NUBA 3V1RA 4GVMA 2NRVA 2O4IA 1P8ZA 4CHNA 4CJ4A 1S6QA 4YHHK 4Z0UA 3JYTA 4KHPK 3N4PA 1NGFA 4IEIA 4BWMA 3I8DA 4EZ9A 3SUNA 4YOUA 1VSIA 3HPHA 4KFBA 3TSUA 3NH1A 1XNQK 3SBGA 1ITGA 4M3RA 1S1VA 3NGZA 2YNHA 1LAVA 3SBTA 1C1CA 1E4FT 3WNGA 1H1VA 4IO9L 1IBMK 4OO1J 3DXKA 4E1JA 1TK0A 1ZBFA 4U67L 3HZ6A 5CR4A 4FLVA 2XY6A 4A61A 2P9KB 3G25A 2ZF5O 4B9SA 1E4GT 4BRHA 5KRSA 1VQPN 4GMJB 3FFIA 5CZ1A 1T44A 2FF6A 3PX6A 2X6SA 4FVUA 2QWNA 3DAWA 4B9NA 5EVZA 3O3FA 3TARA 1JCGA 4JI4K 4JYAK 1EWRA 2QKBA 5TKWA 3R1XA 4H0VB 3ALYA 1D9DA 4DR2K 1D5AA 2JLEA 5AFUH 5JMVA 3D7EO 4IEEA 4CF9A 3L2UA 4JI3K 3T1YK 1RT3A 1TL3A 2CH6A 4DTSA 3VQCA 3OYKA 3MX5A 3A5MC 1VQ4N 2PBDA 1IG8A 4BR9A 5AQSA 1N33K 2HNDA 4K43A 4ID5A 4DF8A 1QTMA 3CM6A 4GKJK 3GBTA 4DR3K 3CERA 1KQSM 3RRHA 3KLGA 2ASOA 3M8QA 1P90A 1BCOA 1BI4A 2E4LA 3U9DA 1VQ6N 3FZKA 2WONA 4CEEA 2E1ZA 3TAGA 3T7ZA 4BC3A 1NJZA 4AM6A 3WQTA 2HMPA 4BRKA 5K14A 5A2QO 4AH9A 4NYFA 3MMVA 2HB5A 1NK9A 1NGIA 1T05A 1GOCA 3D2EB 4GVEA 2VYPA 2F8SA 4DV4K 4CJSA 3ZSRA 1U47A 4H5TA 1JCFA 1BQNA 1U2VB 1VQ8N 2IIRA 4AHTA 4FWPA 4Z4IA 4WFNL 3WXMB 4CHPA 2HHXA 3AVIA 3IG1A 3LANA 2RHKA 4J2DA 4ILGB 4IZ9A 5CHIA 1NLVA 2HBLA 2DY4A 4BRAA 3O3HA 1GOBA 3CCSN 2P9IA 5LMNK 4FM1A 2FC0A 5AZJB 1DT9A 2RKIA 1QVFM 5AQTA 3THWA 1JLFA 1QVGM 1VQON 4FLZA 3NHGA 5BPLA 1NGJA 4LF4K 2I7NA 4FWLA 4BR4A 3KWGA 3Q7CA 4MO5A 4FJHA 4B1ZA 4LY7A 3NF8A 3CD6N 1XMOK 1QE1A 1T6CA 5C2FA 3LDPA 3W0LA 3WNHA 4PUOA 3VEZA 3AVCA 4C1NI 4KV8A 5LL6Z 3IRXA 3PX4A 2BGGA 2VQEK 2P9NB 5GADP 4NLCA 2HNYA 3CPWM 2D0BA 4WQ4A 3SNNA 4DTNA 4WF9L 4BE1A 1C1BA 4BG9A 1QQNA 4JD2A 1J54A 1NMDA 1TK8A 4E1NA 1W0HA 1XC3A 3PUFA 3V1OA 1JLQA 4DF4A 5C24A 3OS1A 5AZIA 1GLBG 1J53A 4FJ7A 4BQLA 4FLUA 4O55A 3SAHA 5J1EA 1YJNN 3ITHA 3KLFA 2IGIA 3AA5X 1CXQA 4OKJA 3AVMA 3THYB 1X3NA 3RR7A 4EFHA 5SZTA 3MN7A 2UUAK 3A8YA 3BGRA 4CBWA 3AGKA 3FZLA 4KAZA 1HQUA 2QW9A 4PKGA 2RPIA 1KXPA 4HHTA 1BCMA 4B3OA 2QTDA 3D2FB 2NRTA 1VQLN 4BGBA 2YNGA 3B6OA 1KCFA 2HVHA 1X9MA 1SZ2A 4MLHA 2QI2A 2YJFA 1IBKK 3SQ0A 4FZYA 4FYDA 3HOTA 1ZBIA 3WNEA 3DLBA 3QEIA 4CGJA 5BN9A 1QSSA 4LFCK 4JI1K 2A1SA 4Z4CA 5KPRA 1KAYA 3LAKA 4M42A 3UKUA 4CZLA 4N76A 2HHUA 1TYQA 3RMAA 4JNEA 4BRIA 2E2NA 4JKDA 1HNWK 3EZ5A 1EWQA 4ISGA 4E7HA 2O4GA 1NK4A 1JKHA 4QAGA 2XO7A 3L4IA 2HOEA 3OY9A 4A59A 3THXB 4Z4EA 4KBOA 2YNFA 1EXQA 3GDQA 3QERA 2BUPA 4Q0BA 3KK7A 5BRFA 3NBPA 1XWLA 3PX0A 3F2KA 4FSVA 3L4QA 3G71N 3ATVA 1EQYA 2PAVA 3H08A 3QICA 3SV3A 4BDPA 3PSIA 1RBTA 4F3OA 3DRPA 4DFJA 4N47A 5C10A 4B3SK 1BIZA 4RW4A 4GV3A 3CFOA 3LDOA 4DU3A 4HVJA 4AHSA 3PIOL 4XH4A 3EKUA 3BZKA 4FWMA 5AQUA 4CJKA 3VGMA 1YT3A 5LMUK 2OANA 1RBVA 1RCHA 4H0YB 4C23A 1KSPA 3C7NB 3VETA 2KTQA 4CIGA 1Q81O 2HBMA 3IMXA 4KI6A 3AO4A 5JVGL 4I2QA 1S1WA 4LD0A 1U4BA 4IDKA 2EWSA 1UAXA 3ULDA 3MN9A 3V9SA 3M6GA 4JKHA 4TSXA 4JKBA 3ZEUB 4X66K 4KH5A 4FO0A 2BH1A 3HT3A 4PKIA 1CZBA 5AQLA 2WOMA 4E7JA 4DV5K 2G8FA 3NE6A 3UIQA 4BE0A 4CZEA 1IG9A 1QQCA 5HBMA 5C15A 1LW2A 3M8RA 1I39A 1ZBLA 1N5YA 3MK6A 4W5QA 2Y1JA 4OVLA 3EYZA 2E6LA 5HOOA 2E8AA 1CZ9A 5KI6A 4YOTA 3Q7BA 2E6MA 1BOTO 3QEXA 1NGBA 3V9XA 4DQSA 3S3MA 4K41A 4M63C 2FLOA 1NJXA 3EY1A 5BR8K 3UKRB 2HHHK 2JWLA 3S3OA 4FPAA 1LWCA 3AARA 3CQ8A 4DTPA 4KPYA 1X9JA 1CLQA 3ISNC 5JS1A 1EETA 4F8RA 3I0SA 4CK1A 5KPTA 4FXDA 2O8DA 1IH7A 4J2AA 4KTZA 3K59A 1VSHA 3PO5A 4ZHRA 1MDUB 3CFPA 2OPQA 4KI4A 1D4XA 3V9ZA 1HKGA 2VG7A 1V4TA 1OVQA 3NH0A 3VTHA 1GLEG 3R8EA 4BE2A 1FXXA 2QWLA 3TSQA 2EX3A 3DRRA 3QDKA 2XHBA 2WBNA 1ATNA 3C6TA 4DV6K 3TANA 4RW6A 1NNEA 4FL9A 1W7AA 2NRXA 2Z1JA 3J7AP 1YVNA 1XQSC 2Q31A 2RN2A 3CCUN 3HJFA 2O8EB 2B5JA 4EHTA 4IKFA 4QS9A 4H0OA 1RDBA 2KZMA 1WSGA 2V51B 4ZTJA 2ATQA 3A5OC 3SV4A 2DFFA 4JI6K 4YOVA 1CZAN 5SWMA 4DFKA 4G1QA 3MN6A 3K5LA 5HRSA 1HMVA 3CC7N 1NWKA 2QA4N 4CF8A 3VEYA 1XHZA 3O8MA 1ZBHA 1IV0A 4OPJA 3K5OA 1TUYA 4KKOA 4B8AB 3GL1A 3ZT3A 1HPMA 4DQPA 3LP1A 3OYMA 2DFHA 4NO7A 2PFUA 3P38A 4ID1A 1O1WA 4E7LA 4FWQA 3C6AA 3JAMO 1GOAA 1NK7A 1SKSA 3OYNA 3EL2A 1RT5A 4E19A 5LY3A 1JL2A 3KKRA 5KQDA 3P39A 3LM9A 4JAXA 2LSNA 1VQMN 3IFRA 1Q9XA 3CJAA 5DK5A 2AJQA 1XUPO 1WLJA 3QO9A 2V52B 3LALA 4FLTA 4M3YA 3LDSA 3AVKA 4M45A 1I94K 5AQYA 1Q9YA 5CYMA 1EP4A 3P31A 3SZ2A 4DTRA 3MWTA 1T8EA 4CD3A 5J2MA 3TAMA 1UA1A 1TAQA 4OKEA 4F2RA 1S6PA 3GG4A 4IDHA 1D8YA 5DM6L 5GINA 1NJWA 4C8LA 1K73O 2F4VK 2HSTA 3P83D 2PZSA 4FLWA 3CCLN 4H4MA 3IKMA 4F2SA 2R7YA 4A62A 3J8AA 5B8HA 2P5GA 3HL8A 2HMIA 2KFZA 2ASPA 4CD1A 3UKRA 3HXMA 2BANA 3F5TA 3MAQA 4N5SA 3VF2A 5F0XA 3C0BA 4ILJA 5FRNA 5ELZA 2WFBA 1WAJA 1YUWA 3RRGA 1RDAA 4BR2A 3MN5A 3TWHA 3ZT2A 1KLNA 2ZD1A 3E1YA 3F9MA 4FZZA 3PLAA 3DOKA 5KRTA 5HRNA 2F8TA 4DSFA 2VQFK 2DPNA 1VSKA 2Z1IA 1Y97A 4CF1A 4YY3K 4H4OA 4R79A 4DB3A 2QWQA 3ENBA 4Z4GA 5KQ8A 5F2RA 2VCPA 1BA0A 3OYJA 3DLRA 4A2BA 1JCEA 4AHRA 1RNHA 4Z4HA 3V1QA 3QESA 4CW7B 2QKKA 1NMNA 3VTIA 4BY9C 1ZXOA 3SJJA 3ZCMA 4CGFA 5KGXA 2BDPA 3QIOA 1NJIO 5BR9A 3H3NO 4M3WA 1RDWX 2W41A 4OGCA 4ICLA 3BUZB 1NGGA 4IG3A 3AGRA 2G8HA 5D3GA 1NGDA 4LF9K 4CZMA 4BG8A 2GX9A 4F4KA 4PL7A 1JXBA 4O0IA 4E7IA 5E26A 4CI6A 1IKXA 3CETA 4FK2A 4Y1CA 1HYSA 1WN7A 5AQRA 1KRPA 4UQGA 1J9AA 5JVHL 1U04A 1J6ZA 3LWLA 1VQ9N 5JLFA 4DR5K 1WSFA 1K8KB 4DMNA 4DTUA 3LPUA 4DV7K 4JK8A 4DTOA 1OH7A 4DUYK 4K8XA 1HYZA 2FF3B 1L3UA 3THVA 1J5EK 1UWBA 3IAYA 1GLLO 3C94A 4CEZA 3AA2A 3P4IA 3WXIA 3PY8A 4JKGA 2QXLA 4V19S 1NM1A 1BUPA 3O9RA 3TAEA 3E01A 4CJ3A 2A40A 3CQXA 1NGHA 3KWIA 2UUCK 1NU0A 5GAEP 5MLCQ 4M41A 3U4LA 4G9ZA 3CPEA 4JKCA 1HJOA 1SV5A 3HM8A 3M8SA 5HLFA 3OYGA 1XMQK 3P5JA 4MLEA 3M1FA 2ITMA 3MXIA 1WBBA 2H3GX 3O1BA 3VQ8A 2GV9A 3U9ZA 1KLMA 1NBWA 3BDPA 4H03B 1BWFO 5KGWA 5BPMA 1RTDA 3DYAA 1Q18A 4FVMA 1YJWN 4BR7A 3VA0A 3SLCA 1S1TA 3ZSVA 1M90O 4DTJA 1SS6A 1Q86O 2UU9K 4EHUA 1RDUA 4WYBA 3ASMA 2D0AA 2Z1GA 1ZC6A 3AVBA 4DS5A 1HNVA 1NGCA 3CJCA 5EU7A 4XIUA 4BR5A 4DV1K 4MFBA 1BL3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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