2P51A

Crystal structure of the s. pombe pop2p deadenylation subunit
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
SQISPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The 1.4-A crystal structure of the S. pombe Pop2p deadenylase subunit unveils the configuration of an active enzyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords SPCC18.06c protein
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 89
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2007-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2p51A00
3ZSYA 3SUNA 3RRHA 4O5BA 1HYSA 1HJRA 2GUIA 4FLTA 3SZ2A 4FYDA 3LZJA 1D9DA 4AHRA 3F73A 3CQ8A 4GVMA 4LSLA 2PYJA 4IBNA 4CF0A 3CM5A 3ITHA 3RR7A 3U3GA 4ICLA 4IG0A 2VG5A 4AHCA 3QEVA 4NCBA 1KCFA 4LD0A 3LWLA 1RT5A 1VSEA 3L2WA 4B9UA 1U04A 3K2PA 4Y1DA 5DK5A 4CJRA 3OYKA 4EZ6A 4M42A 3QIPA 3D45A 4O4GA 5J2NA 2P5GA 4CFAA 4M3YA 2OA8A 3AVHA 2XY8A 4M3TA 2KZZA 3AVIA 3ASMA 2A1RA 3RR8A 4Y1CA 2YV0X 1EETA 3OJSA 1KFSA 1GOCA 3LDSA 4HUFA 3V9SA 2EX3A 4EZ9A 2YHBA 2VG6A 5DMRA 3OYDA 4N56A 1KVBA 2OYQA 3IAYA 4KB0A 2G8IA 4CEBA 2P5OA 1YTAA 5CY4A 3BDPA 4B3OA 4CJUA 4FZZA 1RDBA 4KB1A 5EU7A 4EP4A 2BDPA 1N6QA 1NJYA 1NK7A 3C94A 1TK0A 4W5TA 3OY9A 3WNFA 2G8FA 4DU4A 4DWIA 4B8AB 1WSFA 5J2MA 5JS2A 1RT4A 4CHYA 3O4QA 3ISNC 3AVMA 3MXMA 4KO0A 4ID1A 2DFHA 2DY4A 2PZSA 1RDDA 4K8XA 1HQUA 1HNIA 1WSIA 4RW9A 4CJ3A 1Y97A 3V1QA 3HJFA 3OYAA 4FW2A 3VQCA 4B9SA 4AHVA 4ELVA 4I2QA 3QLHA 3QIOA 5KGXA 4Q5VA 5HRRA 3AVKA 4GMJB 4HUGA 3S3NA 3ZT3A 2A1SA 4RW6A 1NK8A 4J2AA 3VQPA 3ZT0A 1JL1A 3KK3A 4FJIA 3L3UA 2ATQA 2XHBA 3HT3A 4Z4HA 1SKWA 4IFYA 2FBYA 4B9MA 3T19A 4E19A 1XHZA 1TK8A 3SPZA 3NHGA 4DQIA 1BI4A 4FJXA 5CYQA 3D0PA 4F4KA 3V1RA 1GOBA 1ASWA 1CXUA 3B6OA 5CZ2A 4DSKA 3VQ7A 4CJQA 3OYGA 3MEGA 3SI6A 4KRFA 1LW2A 1U48A 4CJ4A 4Q0BA 1S9GA 1C0UA 1U4BA 4FLVA 1QTMA 4K8ZA 2OPSA 1C1BA 1VRTA 2ETJA 4KKOA 3VQQA 5FDLA 1JLCA 3KK1A 3KLGA 2DFEA 4CGDA 3RMDA 2QKBA 3QEPA 1Q9XA 4KI6A 2YNGA 4CEQA 1BQMA 4L8RB 2YNHA 2PYLA 3ZSWA 1C1AA 3H08A 1WNSA 4EP5A 4CHQA 4FJ5A 1NOZA 1JKHA 4CIGA 1YVUA 4DSJA 4B8CA 1J54A 3QESA 2D0AA 2OPQA 3MEEA 1J53A 1LWCA 4CECA 5J2QA 2D0BA 1S6QA 4KHNA 4IFVA 3SJJA 3PUFA 4I2PA 1NK5A 4E0DA 1SKSA 4FJHA 4KHQA 4CHNA 2HHWA 2JGUA 5HLFA 1A5XA 1RT3A 2OZMA 2RKIA 4CF1A 4FLWA 3OYJA 4H8KA 4YFUA 1VSMA 3NH1A 4FVMA 1UWBA 1WN7A 3K5NA 1VK0A 3OYMA 2HNZA 1KVAA 2Z1IA 3DYAA 4OPKA 2Z1GA 3NFAA 5HBMA 1REVA 3G0ZA 4DTPA 4MQ3A 4CFCA 4FK2A 1LWEA 3F9KA 4PA1A 4CGJA 4B9NA 3DMJA 4FLUA 4FZXC 3M8RA 1EKEA 3O3FA 1JLBA 2YHAA 1NKCA 3ZSQA 4E7IA 1WAFA 4QAGA 1SL0A 1D5AA 4CJWA 1KLMA 1Q8IA 1RT2A 4J2DA 1TKTA 4NYFA 4E7HA 1TVRA 2HMIA 1TAUA 4JRPA 3AO5A 4CEAA 1NOYA 3WNEA 3RMAA 1NKEA 4KHSA 1F21A 3PY8A 4J2EA 3WNGA 4N5SA 4FLXA 3OYHA 1BIUA 1JXBA 3ZSXA 4E7JA 1O1WA 3MAQA 3NBPA 3KKSA 1X9WA 4G1QA 2P51A 1L5UA 4PUOA 2G8VA 1S1TA 1J5OA 3AO3A 1CLQA 3OYNA 3PO4A 4HHTA 3DRRA 4CGFA 3CFPA 1S6PA 3SPYA 1QSYA 2QKKA 3QEWA 3V1OA 4DFPA 5FROA 4H4MA 1CZBA 3HVTA 4Z4FA 4DSIA 3V9ZA 4DTMA 2G8WA 3DLHA 1ASVA 3I0SA 3SCXA 3AA5X 2G8KA 4IKFA 1XWLA 4OGEA 5FRMA 4R5PA 3K5MA 1WAJA 3ZSOA 3CM6A 4CHPA 3AA2A 4KTQA 3KTQA 4OGCA 4CJVA 1QE1A 1ZBUA 5KGWA 1IO2A 3LALA 1W9HA 3O4NA 3QO9A 4DMNA 4DSFA 3KLFA 4M45A 3DLGA 1IKVA 4HCBA 3QETA 2RPIA 4LH4A 1FXXA 1RNHA 3LPTA 4CJKA 2X74A 4DU1A 3THVA 1QSLA 4OKEA 1I3AA 4M3ZA 1BGXT 2RN2A 3SUQA 4DTUA 4LH5A 1FK9A 5K14A 1DTQA 1B9DA 3S9HA 1RTDA 2HHXA 2WONA 3LAMA 2HHQA 3MEDA 1CZ9A 3OYFA 4PQUA 4O55A 4DSLA 4OJRA 4OLBA 3TAFA 4CGIA 1TV6A 1LWFA 4Z0UA 2BGGA 2XY5A 2HNYA 3DLBA 4BDYA 5HRNA 3RWUA 1Z25A 5I3UA 2P1JA 3QNNA 1RDAA 3KLHA 4DS5A 3TARA 2G8UA 4CFDA 3KLEA 3L8BA 1SV5A 3ULDA 4W5OA 4E3SA 4HCCA 1FKOA 3LP1A 4FZYA 3HYFA 3V9XA 1S1UA 3NGZA 1VSLA 5CZ1A 2KQ2A 2XY6A 4BE1A 4FM0A 4F2SA 4KHWA 1TKZA 3HP9A 3OYBA 1JLEA 3DM2A 3QINA 1NK6A 3CG7A 1KTQA 4FLZA 2HHTA 3K5OA 3L2QA 1JLQA 3P83D 4FJGA 5C25A 3AVJA 4J2BA 4Z4CA 3HXMA 1RBRA 2KZMA 2E6LA 3ZSVA 1NK9A 5KRTA 3EZ5A 4DS4A 1A5VA 1C0MA 1TGOA 2IOCA 3LP0A 3NF6A 4I9LA 3ZSZA 5C42A 4BE0A 3C95A 4DU3A 2F8SA 4OKKA 4I9QA 2VWJA 4ELTA 5HRSA 1BISA 2LSNA 5C24A 1HQEA 4FJLA 3VQDA 4C8OA 3JYTA 3K57A 3L2RA 2B6AA 3K5LA 4TSXA 1RTHA 4OPJA 1NJXA 3NGIA 5SWMA 4O0JA 3LANA 4AH9A 3NAEA 2KFZA 1WSHA 2B4JA 1RILA 3AVCA 4IDKA 4F8RA 3CFRA 4OVLA 2F96A 4ZHRA 1S1WA 5I42A 2G8HA 2OZSA 4CJSA 4FJKA 2F8TA 1RT6A 3EY1A 3LWMA 1RBSA 4B9VA 3I0RA 3OYLA 3V6DA 3SV3A 4Z4IA 3DLKA 3HK2A 4KREA 1L3SA 4FJMA 1LAVA 1W0HA 4CEEA 1UOCA 3OJUA 1U47A 1FKPA 2RF2A 3MXIA 3DRPA 4LSNA 3LZIA 4ZTFA 3AO4A 1VRUA 3MXJA 3TR8A 3AO2A 1DTTA 1ITGA 3DLEA 4RW7A 4BDPA 1BQNA 1TL3A 2IGIA 4JS5A 1Z26A 4AHTA 4CK2A 3VQEA 1GOAA 3SUOA 1JLGA 2VWKA 1D8YA 4BWJA 3VA0A 3HM9A 2YNIA 4DQPA 3VQ5A 1RBTA 2HHVA 4JLHA 1B92A 1RT7A 3DI6A 4DFMA 1HYVA 4DFJA 3HPGA 2BE2A 4C8NA 3ZSRA 3SNNA 1NJWA 2HVIA 2AJQA 3TAEA 1T03A 4CK1A 3IS9A 1L3UA 1ZBIA 1VSKA 1X9SA 4DTSA 2HW3A 4CGHA 3SV4A 3PV8A 4QOZB 1IKXA 1K6YA 1RT1A 2Z1JA 3AVNA 3KJVA 2IAJA 4AILC 4W5RA 4C8LA 4KHYA 3TANA 1NJZA 1TKDA 1EP4A 2IC3A 4CHZA 3HO1A 5T7BA 3V81A 4WE1A 4DG1A 1WSGA 2O4GA 1JL2A 3OYCA 3PO5A 4N76A 3K58A 3OYIA 2DFFA 1WSEA 2XY7A 3SYZA 3C6TA 3P1GA 2IS3A 2X6NA 3AA4A 1A5WA 4DTXA 3SQ4A 4B08A 4HTUA 2HHUA 3QERA 3TWHA 1QS4A 2D5RA 4CJ5A 4YNQA 4C8MA 1QQCA 3IRXA 3QNOA 4CF9A 3EYZA 4LY7A 2PY5A 4RG8A 1XHXA 2Y1IA 4KFBA 4C8KA 4F3OA 3ZT2A 4DTJA 2KTQA 4DTRA 4FJJA 1R0AA 1NK0A 1HPZA 3NF9A 4N47A 4I7FA 3NDKA 1EX4A 1KVCA 1LAWA 1RDCA 3G10A 3QEIA 2KFNA 1SUQA 4B9TA 3VQAA 4M3WA 1SL1A 4B9LA 1C1CA 4M3RA 3O3GA 2O4IA 4N41A 3NF8A 2FBVA 4AHUA 3VQ8A 4CE9A 4HUEA 4FLYA 4RW8A 3KLIA 4CEDA 4DTOA 3RMCA 3AVAA 2HNDA 2GV9A 5D3GA 2XO7A 3ZT4A 3KIOA 4DF8A 3KKRA 1JLFA 3TABA 3I8DA 4MFBA 1BHLA 1KFDA 4NCGA 4DQQA 4CFBA 1N5YA 1BCMA 4FJ9A 4CJLA 1S9EA 1S5JA 3T1AA 3V9WA 4E1NA 4E7LA 4KI4A 5HP1A 4AHSA 4E7KA 4F3TA 1T7PA 1YTUA 1VSHA 1C0TA 3JSMA 1HRHA 3LP2A 4BE2A 3TAGA 4ELUA 3DRSA 1HYZA 3LP3A 4FW1A 1XI1A 1ZYQA 1CXQA 1QHTA 2XRIA 3LPUA 3HVRA 3VQBA 3AO1A 3NH2A 1T8EA 2HHSA 1JLAA 2YNFA 4Z4GA 4BWMA 4JRQA 1S1XA 1LW0A 1VSJA 2B5JA 3K59A 2YKMA 4KV8A 3OS0A 4QCLA 3TAMA 4CCHA 4CIEA 4DFKA 5KTQA 4FXDA 4RW4A 4M3XA 3UIQA 1UAXA 1QSSA 1IG9A 3WNHA 5E41A 3NCIA 3SQ2A 1IH7A 2QXFA 3P5JA 2I5JA 2W42A 1TK5A 2X6SA 2Y1JA 2D0CA 1U45A 4XIUA 1ASUA 1HMVA 2FBXA 4FM2A 2BANA 4CESA 4CHOA 4DSEA 4FJ8A 1RTJA 3AVBA 4GW6A 4E1MA 4DQSA 3U3YA 3SQ1A 1IKYA 4O0IA 5HROA 5JS1A 2ZD1A 1C6VA 4OLAA 5KI6A 3O3HA 1YT3A 1KLNA 3L2VA 1L3TA 1LV5A 4IG3A 4CEFA 4DLGA 4W5QA 3OS2A 4DTNA 1VSFA 3ALYA 4H4OA 4CJEA 3DOKA 3KK2A 3L2UA 3RTVA 1U49A 4FJ7A 4W5NA 1ZBHA 1WSJA 4KHUA 3NE6A 4CIFA 3LAKA 4CGGA 3ZT1A 1T05A 4CERA 1VSIA 3A2FA 4ZTJA 2ITGA 1KSPA 3V9UA 4NYNA 1BCOA 2HB5A 3VQ4A 4M41A 3OS1A 3NH0A 1X9MA 1RBUA 2DTUA 3RRGA 3NGYA 3HPOA 2FC0A 5J2PA 4CJPA 3PX4A 4KPYA 3VQ6A 3S3MA 3OVNA 3PX0A 3BGRA 4FK4A 4FJNA 1TKXA 4CF8A 3MECA 3SQ0A 1BI4B 4OKJA 4PY5A 3TI0A 1J9AA 3M8QA 1NK4A 2NUBA 1WLJA 3M8PA 2Z1HA 4CEZA 3AVLA 3E01A 4UQGA 1SL2A 3OYEA 2FBTA 4CEOA 3IG1A 3AV9A 4BACA 1D9FA 2YKNA 2OPRA 2E6MA 3CFOA 4E89A 2E4LA 5HRPA 4DLEA 5KRSA 3HSTB 4KTZA 2X78A 4CK3A 3U6FA 2QK9A 5FRNA 4KTWA 3DOLA 1TAQA 2OPPA 3DLRA 3PX6A 1RBVA 1L3VA 5CYMA 3L3VA 1ZBLA 4F2RA 1KRPA 3NF7A 3HP6A 2GBZA 2ZQBA 3HL8A 3B6PA 3KD1E 4JS4A 3FFIA 5J1EA 1UA0A 2R7YA 4ID5A 3VQ9A 1Q9YA 2JLEA 5SZTA 4BDZA 3QEXA 1DLOA 3V4IA 1SKRA 3S3OA 4CJTA 3M8SA 2IDOA 1B9FA 3T3FA 4M3UA 1HNVA 3ZCMA 2HVHA 3HPHA 4DQRA 2VG7A 3AVGA 4PWDA 1MU2A 1VSDA 1TL1A 3SUPA 4FCYA 4DF4A 1BL3A 1BIZA 2KW4A 2ZE2A 1RCHA 2WOMA 3AA3A 1EXQA 4CJFA 4Z4EA 1G15A 3RMBA 1IKWA 4FK0A 4CF2A 4HVJA 3CYMA 2Q3SA 1RTIA 4O44A 3TAPA 3KD5E 3C6UA 1XC9A 3AVFA 4KAZA 4FM1A 1I39A 1UA1A 1NKBA 4NCAA 1S1VA 1ZBFA 2EHGA 3VN5A 3VA3A 1JXEA 3TAQA 1X1PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSYA 5GADP 3SUNA 3CCEN 3VGLA 4FYDA 5GAEP 2Q36A 3HOSA 3CM5A 1ZBSA 4IG0A 4NCBA 3LWLA 3L2WA 3ATUA 3CJ9A 3QIPA 3D45A 2P5GA 4M3YA 3O9RA 2RHKA 1GLLO 2YV0X 4OPHA 4HUFA 4UY8O 1GLCG 2VG6A 3EKUA 1KVBA 2OYQA 5CY4A 2VCPA 1TK0A 4MO4A 1BOTO 4BRCA 3GOIA 1NGJA 2P9SA 4BQZA 4DWIA 5JS2A 1RT4A 4KO0A 5M1QA 4CJ3A 1OVYA 4V19S 3ENHA 4ELVA 1SS6A 2J4RA 4I2QA 3QIOA 3P39A 4Q5VA 4HUGA 4X66K 1NK8A 2IVPA 3K0SA 1NGEA 1JCEA 2PFUA 4IFYA 1Z05A 1Q7YO 3AAQA 2NNWA 1BI4A 4FJXA 1NMDA 2P9PB 3B6OA 4DV4K 4NLBA 5CZ2A 1BDGA 4CJQA 1U48A 1YJWN 3EZWA 4CJ4A 5KQDA 4JYAK 1U4BA 5JLFA 1QTMA 4K8ZA 1WOQA 1VQ4N 1VRTA 3VMFB 4DV0K 1MA9B 2ETJA 2UUAK 3VERA 4IFEA 3QBWA 4B3MK 3MWTA 3QEPA 1S72N 1Q9XA 4KI6A 2E20A 4L8RB 2YNHA 4EP5A 3MX2A 5AQZA 4CIGA 4B8CA 3QESA 2OPQA 1J53A 2QEXN 2D0BA 1W2BM 4I2PA 1SKSA 1HR0K 5LMNK 2OZMA 3OYJA 3CJAA 4CBWA 1VSMA 3BZCA 4YOYA 1QQOA 2I7NA 3K5NA 1VK0A 1OH8A 3DYAA 4OPKA 4HTLA 3NFAA 4H5WA 1REVA 1DEJA 1LWEA 5C2DA 5FPEA 4BREA 1EKEA 3O3FA 2HMPA 3ZSQA 4E7IA 3O9TA 1YJ9N 5F0XA 4OO1J 3FZHA 4CJWA 1ILYA 3N4PA 1Z6RA 3THWB 4DR2K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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