2P51A

Crystal structure of the s. pombe pop2p deadenylation subunit
Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
SQISPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (29-40)TIV3 (155-158)TIV2 (100-103)AH6 (168-180)S2 (46-52)AH2 (67-81)TIV1 (99-102)TI2 (93-96)TII1 (233-236)AH3 (120-129)S3 (86-92)EMPTYS4 (104-108)TI3 (112-115)AH9 (219-226)TI4 (113-116)AH4 (133-139)AH5 (143-152)S5 (162-165)AH10 (237-256)AH7 (188-198)TVIII2 (199-202)S6 (202-204)TVIII1 (20-23)S1 (22-25)3H1 (41-43)TI5 (158-161)TI1 (26-29)AH8 (205-212)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Schizosaccharomyces pombe
publication title The 1.4-A crystal structure of the S. pombe Pop2p deadenylase subunit unveils the configuration of an active enzyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords SPCC18.06c protein
total genus 89
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2007-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2p51A00
3K5OA 1Z26A 4FLZA 1T05A 4RW9A 3NF7A 1QSYA 3RR8A 4KV8A 2XHBA 4KB0A 1RBVA 3IAYA 3SQ0A 1S1WA 2ZQBA 4CJKA 4AILC 4FK2A 3MXIA 2XY7A 3S3MA 4PQUA 4NYNA 5J2MA 2QK9A 4CJQA 1A5VA 3V9WA 1RBTA 1L3UA 3VA3A 4LH5A 3QERA 4FJXA 2HW3A 1RDCA 4CEZA 2GBZA 3K58A 5C42A 4FLVA 3VN5A 5CZ1A 4FM2A 2OPQA 1SKWA 4M3WA 2DFEA 4OKJA 4CE9A 4PUOA 3ZCMA 4QCLA 4CF1A 3OS1A 3TR8A 3OJSA 3TAEA 4I2PA 3CYMA 3OYMA 1EX4A 2O4IA 3V1OA 1TGOA 3WNFA 4Z4FA 4B9UA 2HHVA 4CEFA 1TL3A 1J54A 4CFBA 3VQAA 4B9MA 3K5MA 3TWHA 3HYFA 3V1QA 4ELVA 1VSHA 4E7HA 5J2PA 3AO5A 2AJQA 3L3VA 4DLEA 2Z1IA 3SUQA 3AVIA 4OVLA 1SL0A 3BGRA 4DTSA 4LD0A 4DTJA 1JLAA 3ITHA 4CK3A 3OS2A 3WNHA 4B8AB 2P1JA 3DLGA 5D3GA 2RN2A 2KQ2A 1HYSA 1I3AA 4CFAA 3HPGA 2OZSA 1KRPA 4ZTFA 4N41A 1BI4A 3V1RA 3P83D 3WNEA 4HVJA 2RPIA 5HP1A 2EX3A 2R7YA 1G15A 5SWMA 3KK2A 2ZE2A 4HUFA 4KREA 4B9NA 1UWBA 5E41A 1BIZA 3OYDA 3KKRA 4DTPA 1WLJA 3HJFA 1C1BA 4DQIA 3CFPA 1JL1A 5CY4A 2PYLA 4FJIA 1N6QA 4J2EA 1VSEA 4F3TA 1BQMA 2B6AA 4CEBA 3SQ4A 2ITGA 1RBSA 1S5JA 3DLKA 4KFBA 1JLQA 3KJVA 1NK5A 4NYFA 1NKBA 3O3GA 1KFDA 4DQRA 2XY8A 4BE2A 4Z4GA 1UAXA 3OYGA 3M8QA 3C6UA 2QKKA 4B9LA 4M3ZA 5JS2A 2G8KA 4JS5A 1BCOA 4AHUA 3V6DA 3RR7A 1HYVA 3LDSA 4F2SA 2KFNA 3HL8A 2KFZA 4QAGA 2B4JA 4MQ3A 1K6YA 2LSNA 4E7JA 3S3NA 3SUNA 1L3SA 2G8WA 4DQPA 3PO4A 4KB1A 3SUPA 1C0UA 1KLMA 4F4KA 1RT5A 3NF9A 4J2AA 5HRPA 4CHPA 3OYFA 3OYKA 3DOLA 1NK4A 2PZSA 1NK0A 4M3TA 1WSGA 2YHBA 3QESA 1CZ9A 1KTQA 3THVA 2HNYA 4E7IA 4E1MA 1Y97A 3PX4A 3IS9A 4M3XA 4AH9A 1TAQA 4FCYA 1TK8A 2XY6A 1RCHA 1GOBA 3I0RA 4HTUA 4BE0A 3RMBA 2BE2A 2D0AA 4KHNA 4KHUA 4BWJA 1S1TA 3L3UA 4CK2A 4Z0UA 1WSJA 3LZIA 3FFIA 1A5XA 2I5JA 3B6OA 3QIPA 3VQDA 1JL2A 3F9KA 3AVLA 1GOCA 3O3HA 3HP6A 1RT1A 3HPHA 3KLEA 1X9SA 5I3UA 4E0DA 3AVGA 1VSDA 2KTQA 3DRRA 2KW4A 3ZSOA 4DS4A 4KAZA 3OYBA 3P1GA 1X9MA 3DRSA 5EU7A 3F73A 3ISNC 4O55A 4FJJA 1B92A 3HT3A 2VWJA 5KGWA 4M3UA 2BGGA 1LW2A 2P51A 4CJWA 1JLEA 1VRUA 1C6VA 4B3OA 4FJ7A 5J1EA 4DU4A 4CEAA 3TARA 4B9TA 1JXEA 4FW1A 4Z4IA 4FM0A 4OKEA 5KTQA 2JLEA 3QETA 3AVAA 3MECA 2E6MA 1VK0A 1C1CA 5HLFA 4FZYA 5CYQA 1MU2A 1WSEA 3HP9A 5SZTA 3MXJA 4PWDA 1TAUA 4RW8A 4FZXC 4DTMA 1U47A 4KPYA 3VQ9A 2Y1JA 1ZBUA 2IAJA 2QXFA 4DG1A 2IGIA 1NK8A 1TKDA 2VWKA 3U3GA 1UOCA 3CG7A 1ITGA 3OYHA 4CHQA 4BE1A 2BDPA 3OYNA 3AO2A 4CERA 2YHAA 1TV6A 4CJLA 1T03A 1X9WA 1Q9YA 3ALYA 3RMAA 3SNNA 1SKRA 3KTQA 3PO5A 2RKIA 4FLYA 5HRRA 3ULDA 1HYZA 3LAMA 3LZJA 4WE1A 4CGFA 3QNOA 3SCXA 1HQEA 3S3OA 1QQCA 2O4GA 1TL1A 1XHZA 4F8RA 2FC0A 3L8BA 4KHYA 1S1XA 4CHOA 3QO9A 1RDAA 3SJJA 1U48A 2B5JA 4FJKA 4W5OA 3ZT3A 2ATQA 1VSMA 1Q8IA 3DLEA 1ZBFA 4DF4A 5FRMA 4DS5A 4KRFA 3RTVA 3QEIA 2KZMA 1B9FA 4CJEA 3K2PA 3SQ2A 3AVNA 4FJ8A 1EP4A 2G8FA 3ZSYA 4CK1A 4CEOA 4AHTA 2YNIA 3RMCA 4W5RA 4DSIA 1XHXA 2OPSA 3AA2A 3U6FA 1R0AA 4F2RA 3OS0A 5J2NA 3V9UA 2HHWA 4CHZA 1WAFA 1GOAA 3AVBA 1BL3A 4E3SA 4CJ5A 2F8TA 1FXXA 1KFSA 3VQ8A 2Z1JA 4BWMA 3MEDA 1RBUA 4DU1A 3IRXA 4CEEA 3EYZA 3NDKA 1YTUA 4FJMA 3I8DA 3AA4A 1KVBA 2GV9A 1JLCA 3V9SA 4FK4A 2P5OA 2DTUA 3OYLA 1L3VA 3OYEA 4IFVA 3OVNA 4KI4A 3L2QA 3M8RA 4DSFA 4KHSA 5K14A 5KRSA 1NJZA 4BACA 4M41A 3AO3A 3NF6A 1WSHA 3HPOA 4KTQA 4Y1DA 4C8LA 2FBYA 3PUFA 3KK3A 1NJYA 1NK7A 1YT3A 3ZSQA 4B9VA 1S9EA 1VSIA 3T3FA 2X78A 4YNQA 4FJGA 3K59A 1DLOA 4DSKA 4AHSA 1TK5A 1VSJA 4XIUA 3NGZA 3TAFA 4E89A 3LPUA 1N5YA 3QEXA 1SL1A 1HJRA 3HVRA 3B6PA 3L2WA 3PV8A 4FJNA 1C0TA 4EZ6A 3AO4A 4CFCA 4FZZA 3ZT2A 3DLBA 3M8PA 3QIOA 1WNSA 4CF2A 1LV5A 1RTDA 3TAMA 3G0ZA 4ZTJA 4DFJA 2W42A 1A5WA 3CFRA 2OA8A 3VQQA 3ZSRA 1YVUA 4CGHA 3QEWA 3HO1A 3DRPA 4CCHA 1HQUA 4FXDA 4GVMA 3NH2A 1D5AA 1EETA 1KVAA 3V9XA 2HVIA 3VQCA 1D8YA 5KGXA 5KRTA 3DYAA 4C8NA 1BI4B 4EP5A 3AVCA 4K8XA 3S9HA 4CJVA 4KHWA 4Q5VA 1HRHA 3ZT0A 4R5PA 4PY5A 1IKWA 4UQGA 4GW6A 4DTXA 1L5UA 1QSSA 1XC9A 3EZ5A 4FW2A 2YNHA 2FBTA 4JS4A 4OLBA 4CECA 3AVMA 3T1AA 4CGJA 4TSXA 2YNGA 1FK9A 3SV3A 2BANA 3TI0A 3HM9A 1NKCA 4Q0BA 2HHXA 3HXMA 1U04A 5JS1A 2IOCA 3DLRA 4M42A 4CESA 3KKSA 1CLQA 3NAEA 4FLWA 3SPYA 3PX0A 3ASMA 4B8CA 1SKSA 1IKYA 4ICLA 4CEQA 3LWMA 3VQ7A 4B9SA 4JRPA 3PY8A 2OZMA 3TAGA 3V4IA 1CXUA 4CJ3A 2Z1GA 4DSLA 1IKVA 4KTWA 3PX6A 3VQ6A 1RTJA 1JXBA 1LW0A 3MAQA 4DFKA 1WSIA 3LP2A 3CM5A 2GUIA 3LANA 4C8OA 4HCBA 4DFMA 3TAPA 4IFYA 1EXQA 1NKEA 3OY9A 2OYQA 3V9ZA 2FBXA 4N47A 4W5QA 3KLIA 4O5BA 4CJSA 2HHUA 5FROA 3NBPA 4CJUA 5HROA 3MXMA 1ZYQA 4QOZB 4CJ4A 4DLGA 2OPPA 4FLUA 4KO0A 4CF8A 2XRIA 4J2BA 2HMIA 2DFHA 3QLHA 4IG3A 4CF0A 4I9QA 2YV0X 4W5NA 1RDDA 3L2UA 1C1AA 4YFUA 3KK1A 3T19A 3SZ2A 3UIQA 5FRNA 3K57A 2HHSA 2X6NA 4L8RB 4CJFA 1BCMA 3ZSXA 1ZBHA 1WSFA 3AA5X 3HVTA 5CYMA 3VQ4A 4I7FA 4KI6A 3H08A 4FJLA 1UA0A 2D5RA 4LY7A 3CQ8A 3AO1A 5T7BA 4DSEA 2KZZA 1VRTA 2WOMA 3M8SA 4FYDA 1VSLA 2VG7A 1HNVA 3LP3A 4I9LA 2IC3A 4OGEA 4M3RA 4OPKA 1JLFA 3NGYA 3OYAA 2QKBA 1JKHA 3NCIA 1QE1A 4DTUA 4DQQA 1WAJA 4OGCA 2A1SA 2WONA 3KIOA 3ZSZA 3BDPA 3U3YA 3NE6A 1KSPA 1I39A 2YNFA 4ELUA 3DMJA 1QSLA 4FM1A 3LAKA 1KVCA 4IG0A 1DTQA 2PY5A 4OLAA 3VA0A 3SYZA 1JLGA 4DMNA 3ZSVA 1RNHA 3A2FA 2VG6A 4LSLA 4DFPA 4IKFA 4RW6A 2D0BA 5C25A 4G1QA 3VQBA 1RTHA 5CZ2A 1KLNA 3L2RA 2XO7A 3DLHA 1XWLA 1U45A 3JSMA 1J5OA 4CIFA 1REVA 1RTIA 3VQPA 3I0SA 1QS4A 4ELTA 1FKPA 3D45A 1T8EA 4O0IA 3NH0A 4FJ9A 1RBRA 1LWFA 2VG5A 4EP4A 5HRNA 4Z4CA 3VQ5A 2DY4A 4CGIA 3NGIA 4NCBA 2ZD1A 3ZSWA 2IDOA 1BGXT 3OYIA 1KCFA 4CJPA 3LALA 4OKKA 3D0PA 3OJUA 4HHTA 1RDBA 2HNDA 1S1VA 2X6SA 2E4LA 4I2QA 3RWUA 1S6QA 1RT3A 4Z4EA 1IG9A 3P5JA 1DTTA 3CFOA 1TVRA 1W9HA 4CIEA 1QHTA 1J9AA 3V81A 1HPZA 2PYJA 2HB5A 1F21A 3AVFA 4IDKA 4AHVA 4HUEA 4RG8A 2HVHA 4CF9A 4O4GA 1O1WA 4CHYA 3QEPA 1QTMA 3K5NA 2IS3A 4H8KA 4BDPA 4EZ9A 3LP1A 5HRSA 1LWCA 1J53A 3TANA 1HMVA 4RW7A 4DU3A 4BDZA 2G8VA 3LP0A 4NCGA 2X74A 4CIGA 4FLTA 5J2QA 3OYJA 3C6TA 4MFBA 1NK9A 1U4BA 3NFAA 3C95A 3VQEA 2D0CA 4DSJA 5C24A 3K5LA 4M3YA 3DOKA 4FJHA 2A1RA 4J2DA 3DI6A 4M45A 4K8ZA 1SL2A 4GMJB 3NHGA 2ETJA 2OPRA 3KD5E 2DFFA 3SV4A 4BDYA 1RT6A 2P5GA 4HCCA 3NH1A 1L3TA 4Z4HA 1NOZA 3C94A 1T7PA 2HHTA 3ZT1A 4FLXA 1IO2A 1BISA 1VSFA 5DK5A 4KHQA 4ZHRA 1ASWA 3CM6A 4KKOA 1B9DA 2Y1IA 1UA1A 4PA1A 2YKMA 4DTNA 2RF2A 3SUOA 1TKZA 3AV9A 4LH4A 3SQ1A 4H4OA 1EKEA 1RILA 1NJWA 3TABA 4C8MA 4F3OA 2Z1HA 3KD1E 3QINA 4OJRA 3AVHA 3JYTA 4FK0A 4LSNA 4N5SA 3MEGA 2G8UA 2G8HA 1RT7A 4OPJA 2F8SA 4E19A 1D9DA 5KI6A 3LWLA 4DWIA 1FKOA 2HHQA 1CXQA 4CEDA 4JRQA 4AHRA 3QEVA 1HNIA 1C0MA 4H4MA 3ZT4A 4E7KA 3RRHA 3AVKA 3TAQA 2EHGA 3QNNA 4DTRA 2HNZA 1LAWA 3NF8A 3SI6A 1NJXA 1S6PA 1JLBA 1S1UA 1X1PA 2F96A 2Q3SA 4C8KA 1BHLA 4DQSA 3MEEA 4HUGA 1Q9XA 5HBMA 3O4QA 4N76A 5FDLA 1ZBIA 4RW4A 3L2VA 1BQNA 3EY1A 3RMDA 1XI1A 4W5TA 4CGDA 1ZBLA 1LAVA 3LPTA 4KTZA 4ID5A 4JLHA 1VSKA 4Y1CA 4E1NA 3KLFA 1TKTA 4NCAA 4CJTA 4IBNA 4O0JA 3KLGA 3E01A 2E6LA 3DM2A 1TK0A 5I42A 1NOYA 1D9FA 1WN7A 2NUBA 4CGGA 1U49A 4CHNA 1TKXA 1ASVA 1SUQA 3O4NA 5DMRA 4AHCA 1ASUA 4CFDA 4FJ5A 3G10A 3SPZA 3AVJA 1RT4A 4FVMA 3RRGA 1NK6A 4ID1A 1BIUA 3AA3A 4E7LA 2XY5A 1IH7A 3KLHA 2G8IA 1CZBA 2YKNA 1LWEA 1Z25A 3IG1A 4O44A 4B08A 1S9GA 4N56A 2FBVA 3HSTB 3OYCA 3WNGA 4CJRA 1W0HA 1IKXA 1SV5A 4DTOA 1RT2A 3O3FA 1YTAA 2JGUA 4DF8A 3HK2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T05A 1NGBA 4KB0A 5BN9A 3IAYA 3VGKA 1S1WA 3MXIA 3KWIA 1L3UA 1HNWK 4C23A 1RDCA 3K58A 1OVYA 4JK7A 4EHUA 3FZHA 3ZCMA 3CHWA 1YXQA 3UKUA 3OJSA 4I2PA 1EX4A 3V1OA 1TGOA 3WNFA 4Z4FA 4JI3K 3CC2N 3R3LA 2FF6A 3KVGA 4BG8A 2E2PA 3V1QA 3L3VA 4DLEA 3SUQA 3BGRA 5KQDA 2QWQA 4CK3A 3FZKA 1K8AO 3DLGA 2RN2A 1QHAA 1ATSA 4CFAA 2OZSA 3TSUA 4DB3A 3CCRN 3P83D 3F2KA 3WNEA 4HVJA 3CETA 5JMVA 5AQXA 3JAMO 4HUFA 4KREA 1UWBA 5E41A 3KKRA 1Z05A 4H5RA 1DEJA 5AQKA 2VGNA 2PYLA 1N6QA 1VSEA 4YDUC 1WOQA 2QI2A 4CEBA 3SQ4A 2GWJA 1NK5A 3DLKA 4KHPK 4DV6K 3A5OC 2QW9A 2QTDA 1QZ5A 2XY8A 4Z4GA 5BPMA 1UAXA 3OYGA 3M8QA 5AQMA 2ZM6K 4B9LA 3L4IA 2G8KA 4AHUA 3LDSA 3HOSA 4O5FA 2LSNA 3SUNA 5EVZA 4KB1A 5BPLA 3SUPA 1C0UA 4X64K 3EKUA 4J2AA 2RHKA 3CJCA 5JLFA 1NK0A 2IVNA 2O8FB 1CZ9A 3IDHA 2HSTA 4FWOA 4E1MA 3PX4A 4M3XA 3O5BA 2O8DA 3A5MC 2D0AA 4LF5K 1WSJA 1E4FT 3D2FA 4DQ8A 3B6OA 3VQDA 3F9KA 5AQIA 2ZGZA 3O3HA 3HP6A 1RT1A 2E1ZA 1DT9A 3DRRA 4KAZA 4FJJA 2QWLA 1W2BM 2NRZA 3HT3A 3THYB 4K25A 4CJWA 1JLEA 4GVEA 1Q7YO 3PIOL 4RTFD 3G6EN 4DU4A 3MCPA 2ZWHA 3MN7A 2JLEA 3AVAA 1VK0A 5I9EB 5CYQA 4PWDA 3MXJA 4FZXC 4IDHA 1U47A 3DXMA 3VQ9A 1ZBUA 2IGIA 4CVNE 3U3GA 1UOCA 3CG7A 1ITGA 2BDPA 5CHIA 1SQKA 1TV6A 3RMAA 1JJ2M 5M1OA 4CZIA 4FLYA 5HRRA 1LOTB 4M63C 3LAMA 3T1YK 1OKJA 4H0TB 1WB9A 2A6AA 3MX2A 4CGFA 3H6EA 3S3OA 2ZGYA 4F8RA 1TL1A 2FC0A 4JN4A 3QO9A 3ENHA 1OH7A 4CJEA 4FJ8A 1EP4A 5AZJB 4DSIA 3AA2A 2HMPA 5J2NA 1GLCG 3FE1A 3VOVA 1WAFA 1GOAA 4BRGA 1ZBSA 1BL3A 4E3SA 1FXXA 1TYQB 3MN5A 5FPEA 3CC7N 3WXIA 4DU1A 4CEEA 1SS6A 1LCUA 4BRDA 3V9SA 5FPMA 4FK4A 3FGUA 2P5OA 2QWPA 1NG9A 4LFCK 4IFVA 3OVNA 2P9PA 4BRKA 3L2QA 3M8RA 1NJZA 4BACA 3AO3A 2ASOA 3MCAB 4KTQA 3SJHA 3K9JA 3K9KA 3KK3A 1YT3A 1VSIA 2OTLN 3T3FA 2X78A 3K59A 3GE1A 1VSJA 5A2QO 2GELA 1GLFO 4E89A 1N5YA 3WXKA 2I7NA 2BTFA 1IG8A 3T7ZA 1C0TA 4JKDA 4EZ6A 4BQLA 4FZZA 3DLBA 3M8PA 4WFNL 3G71N 4ZTJA 4CGHA 3QEWA 3VEVA 4FXDA 4GVMA 1J6ZA 2A41A 3GL1A 3V9XA 4IEIA 1D8YA 4WFAL 3DYAA 4C8NA 5BR8K 3MWTA 4PKIA 1HKCA 4UQGA 1N8RO 4MO5A 4FW2A 2FBTA 4JS4A 1HPMA 4CGJA 3SV3A 1NKCA 4FWSA 3MWPA 4O8UA 1JCEA 3ASMA 1XMOK 2I7PA 4K42A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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