2QEXN

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qexN00
5DM7L 3CCRN 3CCEN 4IO9L 1YJNN 1VQ8N 4WFBL 3CC2N 1VQ5N 3CXCM 3J7ZO 4IOAL 3CC4N 4U67L 1QVGM 5JVHL 3CCQN 3CCSN 4WFAL 3G4SN 1M1KO 5GAHP 1VQPN 5HL7L 1M90O 3CCMN 2OTLN 3I55N 5GAGP 1VQKN 1K73O 1W2BM 1VQMN 1K8AO 3PIOL 1K9MO 2ZJRL 1YIJN 4UY8O 1JJ2M 3G6EN 4WF9L 3G71N 1VQ9N 3CCJN 3OW2M 1YHQN 4WCEL 1KD1O 2QEXN 4WFNL 5JVGL 5H1SQ 1YJWN 3I56N 1OVYA 1VQON 3CD6N 1YI2N 3CCUN 1KQSM 2ZJQL 4IOCL 1N8RO 1Q81O 1Q7YO 2OTJN 3CPWM 3CF5L 1S72N 1YITN 1KC8O 1QVFM 1VQNN 1VQ7N 1Q82O 3CCLN 2QA4N 1VQLN 1NJIO 5GADP 1YJ9N 5GAEP 3DLLL 1VQ6N 1ILYA 3CC7N 2ZJPL 3CMAN 5MLCQ 3CCVN 1Q86O 3CMEN 3PIPL 1VQ4N 5DM6L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEFA 4O0IA 2IVNA 4B9VA 1NOZA 1DLOA 4BR7A 5M1QA 3L2UA 2D5RA 2O4IA 4PKIA 3IMXA 4JRPA 3DI6A 3MDQA 4PKGA 3H1VX 4IZ9A 3DXKB 1HQUA 3GDQA 4BE0A 4K8XA 5TKYA 2W42A 4M42A 3HM8A 4JLHA 1U49A 4FVUA 4YFUA 1T03A 4IG3A 4OO1J 4H0PA 1WN7A 4OPJA 1Z05A 2V52B 3A5LC 2BGGA 1N32K 3QICA 3RVCA 2OPQA 1NJZA 4KHWA 2RPIA 5FPEA 3V9SA 1SAZA 2E4LA 1S3XA 3A5MC 4B9QA 4FWMA 3RSEA 5AQXA 4FLUA 3WNGA 3J8AA 4FLYA 3AVLA 3O9RA 3ITHA 5AZIA 3L4IA 5KGWA 3VMFB 2AJQA 1WAJA 2V7ZA 4H0XB 3NF6A 3OJSA 3AAQA 5BR8K 3O4NA 3KTQA 3CYMA 3VQ5A 4DTJA 4KHYA 4BGAA 5C25A 3CCJN 2UXCK 1C0UA 2WBNA 3HO1A 2KZMA 4DV6K 4MDAA 2JWLA 4DUYK 4DLEA 4A2BA 4BRPA 3DM2A 3P1GA 3ZSZA 4CK3A 5AQHA 3THYA 3B6OA 4B1ZA 2G8KA 4BRNA 3O4WA 4M3ZA 2YNFA 2OANA 1Q82O 1W9HA 4CBWA 2XHBA 1NJIO 1MA9B 1HQEA 3K58A 3VQBA 2CGLA 3MEDA 3UKRB 3CC7N 2YHWA 4Z4EA 3LDLA 3NH0A 4LFAK 1WSJA 3CMAN 3MEEA 1ITGA 4B9UA 3EEQA 3MX5A 3C6AA 2BE2A 3DYAA 4CZHA 5HLFA 4ELTA 3VN5A 4DR2K 3ZEUA 3O80A 4GVMA 1HNZK 1F21A 5AQWA 1YVNA 3HOTA 3QFPA 3MX2A 2IS3A 1L3SA 3C6TA 1NBWA 2UU9K 3SZ2A 3TI0A 5KPTA 1HUXA 3WQUA 2GWKA 1MU2A 5BR9A 4DR1K 3ZSRA 3DXKA 4DF8A 1QSSA 1NGEA 3JS6A 4JKCA 3CCSN 4DSLA 1WSHA 1S1WA 3BP8A 4ID1A 2HHVA 3B8AX 3FZFA 1KCFA 4DFMA 1NGBA 3WXLA 3NHGA 4FWSA 2RF2A 3T1HK 4OLBA 4CBXA 2G8IA 5TKWA 3PIOL 1RDCA 2YJFA 1R0AA 3NH2A 4BRHA 4CJFA 3V9UA 2D0BA 1HLUA 4EAHD 1RDBA 3FZMA 3EL2A 5C42A 1TYQB 4CJEA 2VWJA 3KK1A 4CZLA 1J6ZA 5BN8A 4DU3A 2E5LK 3HPHA 4FPAA 5AQZA 3SQ4A 1KTQA 5M1FA 3AAPA 2XY6A 5ADXA 2A41A 4JD2B 5C2FA 3QESA 2D0AA 4B1VA 1KC8O 4PHTX 1RT1A 1VQ7N 1ZBSA 4Z4IA 5KRTA 2CH6A 3L3UA 4B3TK 3E9LA 1YVUA 1E4FT 4RW4A 3SQ1A 2ETJA 2PYLA 3DLLL 1ILYA 1TK0A 1C1AA 3VTIA 4N76A 4OPAA 1S1XA 3Q7BA 4BRCA 5AQQA 4DV4K 3UKRA 3PIPL 3LDNA 5M1NA 2D4WA 3CJAA 3PX6A 2O8DB 4LY7A 4OGEA 3H6EA 2IVPA 4KFBA 3ENHA 1S1UA 4AHUA 4Q5VA 1JXBA 4IOAL 2HVIA 4KHNA 2FBXA 4FVMA 1B92A 4CK2A 2YHYA 4BROA 4CHOA 5C2DA 4KV8A 4WFAL 2GX9A 3G4SN 2P9UA 3RR7A 1WUAA 4QS7A 4I9QA 5BPNA 4CERA 4B3MK 4FPBA 1ZBFA 2HNDA 3D45A 5C15A 4CEQA 1TV6A 4HCBA 2B5JA 4B9MA 4NYFA 4YNQA 4B8AB 4QS8A 4ZHRA 2ASMA 4Z4HA 5GINA 2XO7A 4FLZA 3M8QA 5JICA 3BF1A 3LAMA 2O8FB 3QMLA 4FK2A 1GOBA 4AILC 4Z4GA 1WSIA 2PY5A 4ELUA 3A5NC 3KLHA 1TYQA 1TAUA 3SK3A 4DUZK 2UXDK 3C7NB 4CBUA 3IRXA 2KFNA 4JI6K 5SZTA 3CD6N 3SUQA 4I2PA 1DT9A 4C8NA 1QSYA 3A2FA 4B9NA 1DTTA 3TTDA 1FXXA 4CE9A 4FJXA 3LPTA 1OH8A 3K5MA 2YHAA 3GE1A 1NMDA 1QSLA 3PUFA 3E9OA 2HBJA 5EXWA 3VTHA 4CHYA 3SI6A 4X62K 4IKFA 4FJNA 4JK9A 3AO3A 4NYNA 1RDUA 1Q86O 3BDPA 1YXQA 5FDLA 4XEIA 4LF4K 2W6LA 4KHSA 1KVBA 3KLIA 4PKHA 4B3OA 3K0SA 1FK9A 3HJFA 1J54A 4BG8A 5LMUK 1WSFA 4YY3K 2HHSA 4J8FA 1E4GT 1ZBIA 3J7ZO 2O8DA 5JS2A 4M3YA 3VQ8A 3V9XA 3VQ9A 2OZMA 1HYVA 3BF3A 1QVGM 4A61A 1BIZA 4M63C 3VQ4A 4DS4A 2HMPA 3U9DA 3PSIA 3ZSWA 2F4VK 4GV3A 5KPRA 3ZX2A 1NGHA 4B1XB 2F9TA 4N47A 3BZKA 5I42A 3AGKA 3LP2A 2D0OA 5EX5A 2VWBA 3TWHA 1Z25A 5B8HA 1S9GA 2QWOA 4K42A 5GAGP 1K73O 5AQIA 3EYZA 3H1QA 1S5JA 1K9MO 3DLGA 4L3QA 4JK8A 1ZXOA 1N5YA 4DQSA 4FXDA 4CHQA 1G15A 4AHRA 3V9WA 1XC3A 3U3YA 3KHYA 5EVZA 1UA1A 4Y1DA 4WCEL 2JGUA 2OPPA 1T6CA 2G8VA 2O8FA 4F9OA 4ILHA 1JLCA 2VWKA 4AM7A 3F2KA 1YJWN 1EXQA 3K9JA 3I56N 3VQ6A 1VQON 4HTLA 4JEPA 4IDKA 1P90A 3CPEA 2DFHA 4IOCL 3TAPA 1ZYQA 4E7KA 3OYMA 4B08A 4PUOA 3C7NA 5JLFA 1QTMA 3CF5L 1TUYA 4W5OA 3OVNA 3G0ZA 4MFBA 4BWMA 1VQLN 2P9IB 1NKCA 3F5TA 2WOMA 3I33A 1NK7A 4HTUA 3AY9A 1HNVA 4H5VA 4JRQA 3RMDA 4CCHA 1BCOA 4M3XA 1EO1A 1VSHA 4FW1A 1KLMA 1T6DA 3THXA 4KRFA 3GBTA 3DJCA 3CMEN 4JI2K 1VQ4N 4NO7A 5T7BA 3I0SA 5E84A 4DTOA 3CCEN 1JCEA 3L0QA 4FYDA 4MO5A 1VQ8N 2RKIA 2V51B 1JLQA 5HP1A 1BG3A 5EOYA 3JSMA 2ZF5O 1CLQA 1NM1A 3QNOA 3UKUB 3IFRA 1XMQK 4BACA 4EHTA 2JLEA 4C8KA 4FJKA 1SV5A 4DR3K 2HBKA 1N6QA 3ZT0A 5LJWA 5BRFA 3DXMB 1LAVA 1XHZA 1HRHA 2Q36A 2IAJA 1WBDA 3VGKA 1WOQA 5GAHP 4DU1A 3QDKA 2Y1IA 1Q9XA 3AVJA 3WNEA 3SNNA 4FM1A 1CZAN 4QAGA 3CG7A 4M7XA 4MLEA 4B1UB 4XH4A 4WF9L 3G6EN 1VQ9N 2VG5A 3TARA 2FSKA 4DLGA 3KKRA 4B9SA 3PO4A 1C6VA 2HSTA 4F3TA 5LL6Z 3ULEB 2FXUA 3WXMB 1JLGA 1YUWA 2FSNA 3MCPA 2VGMA 1OVYA 4X65K 4HWIA 3OYHA 4BVPA 1IKXA 3FLCO 1N36K 4QS9A 4BR5A 3KLFA 2PBDA 3PX4A 3HM9A 4FLXA 3U9ZA 1KLNA 1J9AA 1HX1A 2BUPA 2IGIA 4OPHA 4FJ5A 3SQ2A 1UA0A 1XNQK 3KWGA 4C1NK 4F2RA 3ZSXA 4DSFA 5IWAK 5AJ3K 1I94K 1J5EK 1GOAA 2CGJA 4MQ3A 1QE1A 4FZYA 2ZGZA 1WSGA 4B1YB 5GADP 1YJ9N 3AO2A 4CJVA 3THVA 4CJTA 1I39A 4KREA 1BUPA 4C23A 3VEVA 2P9IA 1YT3A 4KTZA 4EP5A 1VSEA 3FFIA 1KAYA 1LWEA 1VSKA 4LSNA 5LY3A 3S3OA 1WSEA 3O08A 2P51A 3LDPA 5HRNA 3KIOA 1RCHA 3A0IX 4W5NA 1CXUA 5AQSA 4DCHA 3D0PA 4IEEA 1QQNA 3OYDA 2DTUA 4LD0A 3NVKA 2GV9A 4BWJA 2UYTA 3IDHA 1EQYA 2W6KA 4DQQA 2I7PA 4BRDA 4JKHA 3SBGA 4RCHA 2YNIA 2V7YA 4Z94A 3KD1E 5AR0A 4CHZA 1MWKA 2WUSA 4HUEA 4CEDA 5EU7A 1KAXA 2FBTA 5AQRA 5AFUH 1OH6A 3U3GA 5HRPA 3H08A 4FL9A 3DXMA 3RTVA 2OPSA 4K41A 4CW7B 4FJGA 1VRUA 1REVA 2P5OA 1BDGA 4KI4A 5CY4A 1EP4A 1NWKA 4NLBA 1DGKN 1RT7A 4FW2A 1QQCA 5E26A 1HNWK 3OYEA 2QEXN 5HRRA 3CFRA 4WFNL 1T44A 1BI4B 4W5RA 3NGZA 1JLBA 3ULEA 3TSUA 5ELZA 3M8SA 4E7LA 3RRHA 4OPKA 1Q8IA 2Z1GA 2HHHK 2QKKA 3LDQA 3VEOA 3GL1A 4FJIA 4FWPA 5C0YA 5FPMA 4WQ4A 3AO5A 4GVEA 3M8RA 2X6SA 3ZT3A 2ITGA 3CM6A 4JKBA 2JWKA 3IAYA 1SL2A 5AQKA 3MN5A 1JLAA 3S9HA 1JL2A 3HBTA 1BGXT 1LOTB 2HF4A 5AQUA 4FWKA 4BC5A 4CZGA 4CJ5A 3CIPA 3WUHA 1NKBA 3EY1A 5DM6L 3K5OA 1VHXA 1JXEA 4JS4A 1EWRA 5CE3A 3AGRA 2KFZA 3WXJA 3V81A 3O8MA 2P9SB 1RT4A 3T1AA 4CVNE 4CGGA 2DFEA 1V4SA 3AA5X 3KJVA 1KAZA 3CQ8A 4DB3A 1G99A 1YTUA 1NGFA 3KK3A 5FPNA 4NXMK 2NRWA 4KO0A 4ILJA 4RTFD 1NGDA 4CHNA 1BISA 4N56A 4IJNA 2YCHA 2YHBA 1BL3A 2PZSA 1W0HA 3C6UA 3CQYA 3NF7A 1HJOA 3H3NO 4CK1A 3SMPA 3I55N 1VQKN 1J53A 1IG8A 4IDHA 1CZ9A 2X74A 1K8AO 3K2PA 1FKPA 4HVJA 1LAWA 3F9MA 3NAEA 1JLEA 2P9UB 4DMNA 5D3GA 2XRIA 5BRHA 3HVTA 3QFUA 3SV4A 2AP1A 3R9PA 3V1OA 5E41A 4OKEA 3P38A 1YHQN 3O4QA 4YOWA 3LM9A 2Z1HA 1L3UA 3MN7A 4CF9A 3L8BA 2IC3A 3LWMA 3LANA 5J2NA 1WBBA 3VQQA 4R79A 4KAZA 4FSVA 1BI4A 1NNEA 3AA4A 4XH1A 2G8WA 3C6HA 3H3OB 3SMSA 5C12A 3RMBA 3OHRA 1QVFM 1BOTO 4CJWA 1Q9YA 4LFBK 3ZCMA 2E2PA 1NK9A 4R5PA 4HHTA 4FZXC 4W5TA 4H0VB 4DSJA 1FJGK 1NJXA 1DTQA 3D7EO 4WQ4C 1RT2A 3QLHA 3LDSA 1LV5A 4FM2A 2QXFA 5BPLA 3HP6A 5MLCQ 3NF8A 1A5VA 5J1EA 2P9LB 3L2WA 4WE1A 3MEGA 2FF3B 4DV2K 4FO0A 4DF4A 2VQFK 2UUBK 4TSXA 3HPGA 2RN2A 3ATUA 3RRGA 1X9SA 4PY5A 5AQNA 2HF3A 3V1QA 4KPYA 4BRLA 4M3UA 4PL8A 1IBLK 1GOCA 2P9KB 4F3OA 3J81O 2P9SA 4CGHA 4U67L 3VOVA 2EWSA 3P83D 1BA1A 4FJHA 1KVCA 2Q0UA 1ZC6A 2HOEA 2OYQA 2E2QA 4CIEA 4I6MB 4LH5A 1ESVA 4CHPA 1M1KO 3W3DA 2YI1A 5BREA 3LAKA 2UUAK 1M90O 4DHYA 1VQMN 3TSQA 3C94A 5SWMA 2ASOA 1VSFA 1CZBA 2ZJRL 2KZZA 3W0LA 1X9JA 3G25A 3SPYA 2YKNA 4BR0A 1NGIA 1RTHA 3HSCA 3K59A 4JI4K 3OYLA 4FK0A 2A1SA 3MAQA 4M41A 3AV9A 4DSEA 2O8EA 1NK6A 3CJBA 4DTXA 4IJAA 3C0BA 3O3GA 4FOEA 4V19S 4Z4CA 1P8ZA 2ZD1A 3EN9A 5JLHA 3QETA 4GMJB 3VPZA 3F73A 5FRNA 2D1KA 2NRTA 4AH9A 4BDZA 1HPMA 3QERA 3TAFA 4LF8K 4KH5A 4QCLA 2X6NA 2I7NA 3PLAA 1BQNA 2P9NA 2QWNA 3H45C 3CCLN 2G8HA 1QHAA 2HMIA 1HJRA 3SUPA 5AQTA 4OLAA 4JKDA 5GAEP 5JMVA 3AVNA 3LP3A 4DTNA 2QWQA 2G8UA 4FZZA 2UXBK 3M3ZA 2A3ZA 4OKKA 4PWDA 3U8XA 4CZEA 5GIOA 4DG1A 3O9SA 1TK8A 2VQEK 4FM0A 1BQMA 5DM7L 4CEEA 5M1PA 4OX9K 3CM5A 4O8KA 2KQ2A 1LWFA 2P9LA 3MECA 1Z26A 3ZT1A 4E1NA 3A8YA 1TKTA 3E01A 3EKUA 3THXB 3R8EA 3KWIA 3ULDA 3MMVA 5I9EB 4KH6A 1YAGA 1SKRA 2WONA 3P4IA 1WNSA 2P9KA 5AFUA 4M3RA 4KKOA 4O55A 1GLJO 3LM2A 3AVBA 2BDPA 3LALA 4AHCA 2ZQBA 4CFDA 4XIUA 1VQPN 5KRSA 4CGIA 3JYTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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