2QEXN

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qexN00
5DM7L 3CMEN 4U67L 4IO9L 3G71N 2QEXN 3CCVN 4UY8O 4WF9L 3CMAN 1VQNN 5H1SQ 1VQKN 1M90O 3G6EN 5GAHP 2QA4N 2ZJQL 3CCEN 1W2BM 2ZJPL 1VQLN 3CCSN 1KQSM 3PIOL 5GAGP 1NJIO 1YITN 1Q81O 3DLLL 1S72N 1YIJN 2OTJN 3CCRN 2OTLN 1K9MO 3I56N 1Q7YO 1JJ2M 1VQ5N 5GAEP 3CCMN 3CCQN 3CPWM 1VQ6N 1VQ9N 3OW2M 3CC4N 5JVGL 1YHQN 1VQ7N 3CCJN 3CCLN 3CD6N 1QVGM 3CXCM 1ILYA 4WCEL 1YI2N 1QVFM 2ZJRL 1K73O 4IOCL 1YJ9N 5DM6L 3G4SN 1VQON 1Q86O 5HL7L 3CC7N 3CF5L 1YJWN 4WFNL 4IOAL 1VQ8N 1OVYA 5JVHL 1YJNN 5GADP 3CC2N 5MLCQ 3J7ZO 3CCUN 1VQMN 3I55N 1KD1O 1VQPN 1M1KO 1KC8O 1N8RO 1VQ4N 4WFAL 4WFBL 3PIPL 1Q82O 1K8AO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IJAA 2ZF5O 4DTNA 1RDUA 3MEGA 3HPOA 3BZKA 3IG1A 3K5MA 4LF7K 4OKKA 3CM5A 1QSLA 1C1AA 1K8KB 3IUCA 1OH7A 1MA9B 5ADXH 4AHTA 3M3ZA 4I9QA 2UXCK 2YKNA 1IH7A 3JS6A 3LDNA 3SZ2A 3TABA 3KK7A 1WBDA 2HHUA 3SYZA 3IRXA 2Q3SA 5JLFA 2VG6A 4MDBA 1HX1A 1N34K 4OGCA 3SMPA 1YVNA 4GY2B 5ADXA 2HMIA 3MAQA 4CEFA 3E1YA 5EY4A 3ZT0A 3RR8A 4GNIA 4NO7A 1BUPA 4HVJA 2YNGA 4TSXA 2OTJN 3SQ4A 4AH9A 2E2PA 2PAVA 1JL1A 1WSJA 3HOSA 4HCBA 1OH6A 4LH4A 4F3TA 3SLCA 3TU5A 3SV3A 3UB5A 2HF3A 3HPGA 1K8KA 1NMNA 2QW9A 5FRMA 1VQ6N 1XQSC 4ICLA 2DTUA 2HHQA 1RBUA 1LOTB 3OYKA 4ISEA 2A40A 3L0QA 1LV5A 3VN5A 4DS5A 4DKWA 4WCEL 3O5BA 2X6SA 4QS9A 3C6HA 4C8MA 2P9NA 3U8XA 4AM7A 4CJ5A 4DR5K 3O80A 5DM6L 1NOYA 2ZM6K 1BI4B 1XC3A 3OYMA 2GBZA 4WFNL 4CJWA 5AFUA 4KH5A 3UKUA 4ELUA 3LP2A 4FJ5A 1LCUA 3UKRB 5GADP 4KTQA 3KLFA 1NLVA 4GW6A 1M1KO 4ISFA 3VEVA 4KHSA 4JV5K 3I8DA 1TKXA 4N47A 1JLFA 1K8AO 3DXMB 4PUOA 1IJJA 5EVZA 3S3OA 1MDUB 1KLNA 4ELVA 3HXMA 3HM9A 1Q9YA 1DT9A 4I9LA 2ZQBA 4AHVA 3OS1A 2HVIA 3K5NA 3OTOK 4WF9L 3QEPA 3THYA 4K25A 3W3DA 1XUPO 1CZAN 2W6LA 3NF6A 4DV1K 5E84A 1ZBFA 1J53A 4DV3K 1WB9A 4DF8A 4FM1A 3OYIA 1VRTA 1NWKA 3AGRA 3M8RA 2KTQA 3UKRA 3ITHA 1SKSA 1FW6A 2XY6A 4M3RA 3CPEA 4BRFA 1NMDA 3VEWA 4JI7K 3DLLL 1YIJN 4ILHA 2UUAK 1K9MO 4E3SA 3DXMA 4EAHD 1WSFA 3FGUA 4KPYA 3O8MA 3MXJA 2OZMA 4FJIA 4RW9A 4E7IA 1NK6A 1WUAA 1ATRA 1VSIA 4LFCK 4H0XB 4DFJA 4CHPA 3I0SA 3VERA 3SUOA 1SS6A 3ZSZA 4M41A 1XI1A 2P5GA 4B1XB 3VA0A 4N5SA 3AVHA 1VSKA 1IBMK 1ASVA 3EZ5A 3IDHA 1TV6A 2E2QA 5J2QA 1YJ9N 4FK0A 3DYAA 1RBTA 4BDYA 1T6DA 4NLBA 4F3OA 4DFMA 2HVHA 1W7AA 3TAFA 1QQMA 2E2OA 1NGIA 3HP6A 2P9SA 3Q7CA 3CERA 3HP9A 1HUXA 4BWJA 5HBMA 4CVNE 4FJLA 1N33K 1WLJA 3BEXA 4ZHRA 4LFAK 3K59A 5DM7L 2RF2A 3ZSWA 4JKGA 3N4QA 3OS0A 3U9ZA 3QNNA 2FF6A 3Q7BA 3GOIA 1RT5A 4Z4IA 4B3OA 4HWIA 1KLMA 2O8EA 2UU9K 4DQPA 1U2VB 5GAHP 4KB1A 4DSFA 4B8CA 4CIFA 4FWRA 3CYMA 4CJUA 1S5JA 2IAJA 3CIPA 2ZE2A 3QEXA 5FPNA 2D0OA 1NJIO 4FK4A 3GE1A 1X9SA 2X74A 2VG5A 4CCHA 4DG1A 3V9WA 4DV2K 1VAZA 3WXLA 1NGFA 4E7KA 3ASMA 3VQQA 2F8SA 3ZX0A 4KREA 1U47A 3PV8A 4H5TA 1JLGA 3W0LA 5BPMA 5C2FA 4QS7A 5LJWA 2I7PA 1S6QA 4B9QA 4EHTA 4IFEA 4W5OA 1MWMA 4Y1CA 4Q0BA 3OYCA 2FSKA 4IWVA 5KRTA 1U2VA 3V6DA 1QE1A 1JCGA 4CERA 3T1HK 1GLFO 4IDKA 3HT3A 4CZJA 5M1QA 3RMBA 3L4QA 5A2QO 4DU4A 1TYQA 1QQCA 5KPTA 3MN5A 2KLAA 4H5RA 2HHWA 3S9HA 4DV0K 3T3FA 4H5WA 3V9SA 1HKCA 1RT6A 2IS3A 2P1JA 4LF4K 2YJFA 1BHLA 1QZ5A 4IJNA 4FJXA 3VQ4A 3LL3A 5AQMA 3CCUN 2P9UB 3KHYA 3T69A 2NRHA 4O5FA 4DR7K 5M1NA 4CBXA 1QHTA 1S22A 1G15A 3LP3A 4PY5A 5TKWA 1O1WA 1FXXA 4AHSA 2FSNA 2YNFA 1CLQA 1EWRA 4FJ7A 4M45A 5C0YA 4YDUA 4YHHK 2D1KA 4DSJA 4JI6K 4B1ZA 5C10A 1HNWK 2QEXN 2ZD1A 3VF6A 4I7FA 2UUBK 1HNZK 2FSJA 3LPTA 4BREA 3WNEA 2QWNA 2WC9A 2AJQA 5E41A 2HHSA 4BR4A 4YFUA 3MN9A 4CZGA 3EO3A 1VQKN 2BDPA 5BPNA 4Z0UA 4DV4K 3AO2A 4HUGA 1ATNA 3D7EO 4FW2A 1XC9A 2G8WA 4WQ5A 2KZMA 1X3MA 3VQAA 5BN9A 1KQSM 1QSSA 3HVTA 4BRKA 1J5OA 1K6YA 2I5JA 4J2AA 4Z4CA 4DQRA 3ZSQA 1I3AA 3J7YP 5HP1A 4B3SK 4K43A 2VCPA 4XH5A 3OBYA 1Q8IA 3NMUA 4KI6A 4KHYA 2KFNA 1DTTA 4BE2A 3MEEA 4E7LA 4H0YB 1BQMA 4YDUC 4W5QA 3CC4N 3CQ8A 4OKEA 3UE5A 4FJKA 3RTVA 2PFUA 1VQ7N 3ZSYA 2G8UA 2XY7A 3E01A 4FLTA 4BRGA 1B9DA 2D4WA 3A5MC 3DOLA 3K58A 2A1SA 4B1UB 4BRQA 2A3ZA 3VESA 3QBXA 1S1TA 4NYFA 5FROA 3SK3A 3KLIA 2E8AA 1NGGA 4LF9K 3VEOA 4OO1J 2GV9A 3RMDA 3FZMA 3MMVA 4FM2A 1S6PA 5KGWA 1D8YA 2J4RA 1ZYQA 3K5LA 1A5XA 2Z1HA 3SI6A 1X9WA 4KHPK 3O9QA 4WFBL 1Q82O 4DTUA 3WXIA 3L2UA 2QWRA 1VSHA 2AP1A 4PQUA 3VGMA 2QXFA 3A5LC 3HL8A 1XHZA 3DJCA 1JLBA 1H1VA 4FW1A 4M3UA 4ILJA 1NGCA 2E6LA 1TKDA 1NGDA 2YCHA 3EZWA 3V1RA 4CEAA 1M90O 2QKKA 1JLCA 4PWDA 3EN9A 3KVGA 1Q18A 1XNRK 3AVJA 3T1YK 4OVLA 4CEBA 2D0PA 1RDWX 4CGFA 5GIOA 5EX5A 1TL1A 2P51A 3LDPA 1BIZA 1RDCA 3ENBA 4KO0A 4B9NA 5AQRA 3DLGA 1D5AA 1L3TA 3TANA 4HUEA 4EZ9A 1NK9A 2Q36A 3WT0A 1HRHA 3OYFA 4CHNA 4JK9A 1J54A 3CPWM 4BG9A 2HB5A 2NRTA 2OPSA 4GVEA 3VOVA 4FWMA 4DHYA 4BRPA 4E1JA 3AA5X 3WQUA 4CK2A 1NK8A 2RHKA 3MXIA 3A0IX 5M1OA 4CECA 1Y64A 3KTQA 2A41A 1NJXA 1VRUA 2CH6A 4CEDA 4BROA 4BQLA 1BCMA 3VA3A 3LAMA 3U4LA 3MK6A 3ZSOA 3VQCA 4X66K 1QQOA 1BU6O 4J8FA 5DK5A 3WNHA 4JI3K 5SWMA 4BDPA 3TI0A 4WYBA 3AVKA 1YJWN 4KTWA 3FLCO 3SPZA 1KVBA 3THXB 1T05A 2ETJA 1NGHA 4FJ8A 3OYEA 3I55N 3GG4A 4BR9A 1HQEA 2P9KA 3HRGA 3ID6A 3SV4A 4OKJA 3ZSRA 4BRMA 3OJSA 3L6QA 3ULEB 3JSMA 1LAWA 1BQNA 3ZEUA 3C7NB 3VETA 2O8CB 2OZSA 2CGJA 5KPZA 5AQNA 4JKDA 1BIUA 2VWKA 3SQ0A 3DWLA 5GIPA 1W97L 5AJ3K 1LWFA 2OPRA 3CCVN 4UY8O 4CEEA 5KQ8A 4NLCA 5F0XA 4FJMA 2EX3A 4E19A 1SQKA 3TTCA 3HVRA 4FCYA 4DLEA 1D9FA 1X9MA 2G8FA 2CH5A 4JHDB 3FZKA 4WQ4C 3KD5E 3IS9A 2VG7A 4R5PA 2Z1IA 2O4IA 1HJOA 3DLBA 3FZHA 4Z4FA 3SAFA 4FWPA 3S41A 4GV9A 3PLAA 1NM1A 3VEYA 3BZCA 4JKAA 3ULEA 3LANA 3JAMO 3C7NA 3RMAA 3ID8A 2O8CA 5GAEP 3DAWA 3CCMN 5CR4A 4JI2K 3P83D 4FWQA 4N56A 3QIOA 3M8PA 1BG3A 2IOCA 4PKGA 4C8LA 3OYDA 4AHCA 4M3ZA 4GV6A 3J7AP 1JXBA 5KTQA 2B5JA 1ESVA 2NZTA 4BRLA 5C24A 4CF8A 4JD2A 2PY5A 4BY9C 1FJGK 1TGOA 1E4FT 5AQJA 4JHDA 2QM1A 1HNXK 2I7NA 1ILYA 1R59O 2VGNA 3R1XA 3BF3A 5J2PA 3IKMA 4JN4A 5BPLA 3G4SN 2OPPA 3H45C 4CZKA 2OANA 3RMCA 3V1OA 3EY1A 2D0CA 4CF1A 3NAEA 3QFPA 3MWTA 1WSIA 4LF8K 3DXKB 3CQXA 2D5RA 4V19S 3QEWA 3NF9A 3V9ZA 1GLLO 2XY5A 3O1BA 4BVOA 5EOYA 4X64K 5AQSA 1U49A 3OVNA 5FLXO 2NRWA 2NNWA 3AA2A 3LDSA 1IG9A 1GLAG 4FM0A 4IO9L 2HHHK 1OKJA 3LP1A 3ZX3A 4RW4A 4BDZA 4DF4A 1WAJA 2FBYA 3NF7A 2QWOA 3I33A 1RCHA 4L3QA 1Y97A 2YHWA 2NRRA 3R8EA 4B08A 3OYNA 4M42A 4CFDA 2GELA 3DRSA 2HHTA 1OH8A 1TK5A 3SNNA 3O9TA 4A5AA 2ZJPL 4MFBA 1RFQA 3DXKA 2HHXA 3L2RA 3QB0A 4JRPA 4XIUA 3TAQA 2QWPA 1BL3A 3JXUA 4KI4A 1YITN 4FYDA 1LAVA 3BUZB 1WSEA 3ZT3A 1Q81O 3CCRN 3P31A 2OTLN 3DLKA 1VSLA 2YKMA 1Z6RA 3ZLJA 3PX6A 5AQFA 4BC4A 4HCCA 4R79A 1BI4A 4DTPA 5AZIB 4BRAA 4B3MK 3O4QA 2O8FB 4J2EA 3EYZA 3AY9A 1SV5A 3A5OC 1NK0A 1ASWA 2LSNA 1J9AA 1TAQA 4KH6A 5JMVA 4B1WB 2Q1NA 3CCJN 4DSLA 4I2QA 4OPHA 5T7BA 2W42A 4FOEA 2VQEK 3V4IA 5BRDA 1HPZA 3OS2A 1U6ZA 1JKHA 4H5VA 4ID5A 3O3HA 4JKCA 4H0PA 4IKFA 4QAGA 4BWMA 1IKXA 3HI0A 4PL7A 4DSEA 4DR2K 4IG3A 4FJHA 3RRHA 1NGAA 5TKYA 3T7ZA 4F4KA 3TSUA 3VQ5A 3C0BA 1XWLA 4KB0A 3VTIA 5M1FA 4BC5A 3TAGA 3F2KA 5AZIA 2YX6A 5FDLA 4GV3A 1VQMN 2O8FA 4CIGA 5JLHA 1CXUA 3T19A 4B1YB 3BF1A 1N8RO 3RVCA 4M3WA 2NUBA 3R3LA 3V1QA 4JK8A 2PBDA 1MWKA 3AAQA 4B9MA 3C6AA 4RCHA 4NCBA 3VMFB 2A5XA 4CHYA 4PA1A 3MCAB 3LZIA 3AVMA 1SUQA 4Q5VA 4JI8K 1IKWA 5FPEA 3LDLA 4RG8A 4BRHA 1S9GA 4EHUA 5F1XA 1LW2A 2FC0A 2HNYA 4NCGA 2RKIA 1VSMA 4CK1A 3NVKA 4PKHA 3CCEN 4O55A 3DRRA 3L3VA 3LZJA 1HKGA 5GAGP 1HJRA 3NH1A 4BRDA 4KHWA 4RW8A 3J80O 1SKWA 2IC3A 4MO4A 4FSVA 4K0KK 2P5OA 3PSFA 1L3SA 5CHIA 1RBRA 3H46O 2EWSA 3QMLA 4L8RB 1VSDA 3R9PA 2OA8A 3KJVA 1SL0A 3HJFA 4KRFA 1RT1A 1T7PA 5E26A 3DMJA 1KAYA 3QBWA 3ISNC 1BISA 1LWEA 5AQYA 3AO3A 5EU7A 5J2MA 4FOIA 4LFBK 2IVOA 2PYJA 4DTJA 2UXDK 5M1PA 2D0AA 5AQHA 2PZSA 1DEJA 3I8BA 4BQZA 4LY7A 4H8KA 3WNGA 1A5WA 1JL2A 4FLZA 4FL9A 1CZ9A 4CBWA 2JWKA 1RDAA 5AQLA 3ZT4A 5MLCQ 5AQGA 3AVFA 1HPMA 3OHRA 4JI4K 3TAMA 4A57A 5KQDA 1KC8O 4CGDA 4CGHA 4B1VA 1ZBSA 5C25A 4WFAL 3ZYYX 2Q2RA 5HRSA 1IBKK 3OYAA 1WSHA 1YVUA 4JS5A 1JXEA 3P5JA 3AA4A 3AGKA 3PSIA 1S9EA 3ZETB 1S1XA 4A62A 1BA0A 3O9UA 4CFCA 4DQ8A 3M6GA 4O44A 1IO2A 4CZIA 5I3UA 3CMAN 3N4PA 4QS8A 1KXPA 2YI1A 1QSYA 4FJGA 3HSTB 5H1SQ 3TAEA 4B9VA 1TUUA 4H03B 4RW6A 2IGIA 4B3RK 3VQ6A 1HMVA 1RDDA 1B9FA 3FZFA 1BGXT 3E66A 4DQQA 4LF6K 4DR6K 3SJJA 4Y0WA 2HF4A 2B6AA 4CHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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