2QKBA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 20-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*
total genus 45
structure length 152
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkbA00
3RR8A 1VSFA 2G8KA 4DSLA 4CIFA 3AVMA 2KFZA 3IG1A 2YNHA 3KK3A 2A1RA 1J54A 4CJ4A 1L3SA 1KTQA 4RW8A 1JL2A 4C8NA 1ZBFA 4AHVA 4DF8A 1TAQA 4DLGA 4DQIA 4DSKA 3QLHA 3SQ0A 4M3XA 2G8WA 3WNFA 3M8PA 3RRGA 3I0SA 4FJ8A 2GBZA 1KLMA 1S1WA 4UQGA 1IKXA 3LAMA 3OYKA 3RTVA 1KRPA 4M3YA 1JXEA 3QIPA 1Y97A 2DY4A 1XWLA 3HK2A 4R5PA 4FLXA 4CEZA 4IFYA 1CZ9A 3DRPA 4CECA 4HVJA 1WSEA 3SUPA 5C25A 3DYAA 4CGIA 4Z4IA 4BE0A 2VG6A 3QERA 4ZTFA 2X78A 1NOZA 1HYVA 3HM9A 1S1VA 3V9WA 3QINA 3RRHA 4RW4A 1TKDA 5I42A 4IKFA 4HCBA 1BISA 4FYDA 4KFBA 3NGZA 2IAJA 3ZSZA 1KFSA 2ETJA 3VA3A 5DMRA 3ZSWA 3AVAA 4OGEA 4BWMA 1LW0A 1ASWA 3AVFA 2R7YA 3TANA 4C8MA 3LWLA 4KHSA 2G8UA 3SNNA 3G0ZA 4FW2A 4WE1A 3KIOA 4OPKA 4QAGA 2Z1HA 3ALYA 3CQ8A 4FVMA 4N56A 1ASVA 1RBUA 5HP1A 1WLJA 4NCAA 1SKSA 4FZZA 4Z4EA 4DFKA 3OYNA 3IAYA 4CK3A 2D5RA 3DLEA 4CF0A 3EZ5A 1NK4A 4RW7A 1TAUA 1K6YA 1UA0A 3S9HA 2JGUA 4Q0BA 4ZTJA 4CEAA 4OKJA 1RT2A 2HHVA 2G8VA 4DTRA 3TARA 4O44A 5C24A 3CM5A 1S5JA 4J2EA 1NJWA 3UIQA 4N41A 4IDKA 4CHOA 4B9SA 3K5MA 4FJ5A 2B4JA 2HMIA 4F8RA 1YTUA 2IOCA 3ZT3A 4JRQA 4C8OA 3V1QA 4CFAA 3OYMA 4OVLA 4FJNA 3AO5A 5C42A 1VSMA 4KTZA 1C0MA 4KREA 3G10A 4MFBA 3PX4A 3MXMA 1VSLA 4LSNA 3ZCMA 4TSXA 3ZSQA 4CHQA 1C1CA 4E1MA 3K59A 4FJJA 4DS4A 4E7LA 2KZZA 5T7BA 3F73A 1D9DA 4CJUA 3ASMA 3NGYA 1NK6A 2EX3A 2P5GA 2YNFA 3DLRA 4LD0A 4ICLA 3HPGA 4FJ9A 3LZIA 4JS4A 1KLNA 4ELVA 4HCCA 4AH9A 1I3AA 3TWHA 3CFRA 4KTWA 3TR8A 4FK4A 4DTJA 1XC9A 2FBTA 4FLVA 4KB0A 4FZXC 4YFUA 3OYEA 1NK5A 1RBSA 3QNNA 5JS1A 4IFVA 2HHSA 3P1GA 1TK5A 4CJFA 1RTDA 3M8QA 1MU2A 3LPUA 4MQ3A 3DLHA 3RWUA 1ZBIA 3NF9A 2BE2A 4CEQA 3ZSYA 1LW2A 1ZBLA 1RNHA 2F8SA 4B8CA 4EP4A 1VRTA 3M8SA 3T1AA 3MXJA 1XHXA 1HNIA 1KVBA 4ID1A 4OPJA 3QO9A 4CE9A 4DSFA 3V9SA 4NCBA 1BI4A 3LP3A 4DTUA 3OS2A 3OYGA 4E7IA 3LP1A 1WSFA 4DLEA 3KD1E 4FJGA 3L3VA 3QEPA 1T7PA 3PX0A 1SL1A 1X1PA 1KCFA 1BQMA 1JL1A 2FBXA 4G1QA 3WNGA 4FM2A 1U45A 4DTMA 4IBNA 4DTOA 4CEBA 3AO4A 2KW4A 4EZ9A 3C6UA 2BANA 2KTQA 1BCMA 3NH0A 3NF7A 3KJVA 3KLIA 3QNOA 1EXQA 3AVCA 5E41A 1Q8IA 2VG7A 4N47A 3TABA 1VSEA 4LSLA 1G15A 3MECA 3VQ7A 1TK0A 5FRNA 4EZ6A 3VQ4A 1QS4A 3TAMA 4GW6A 1NK7A 1RDBA 1LWFA 1IKWA 3NBPA 3O3GA 4NYFA 4ZHRA 4N5SA 4CJTA 4DTNA 3CM6A 5HLFA 1B92A 4W5NA 2D0AA 1FK9A 2XY7A 4Z4GA 3SPYA 4FW1A 5CY4A 4CEOA 3E01A 4CJ3A 4B9LA 3T19A 3LDSA 4CCHA 2Z1GA 3OYIA 1RBVA 3HT3A 4DFJA 3NH2A 4HUEA 3CFOA 1U49A 2P5OA 3O3HA 4O0IA 3ZSVA 4FLYA 4KHUA 3P83D 4B9TA 4CHYA 1DTQA 1X9WA 2HHWA 1JLGA 1CZBA 3HL8A 4B3OA 4KPYA 3ZT0A 3SUQA 3SQ2A 3HP6A 4KV8A 3TAEA 3HSTB 3AVNA 4I2QA 4E89A 4CGFA 4BE1A 4HTUA 3QEIA 3KLGA 4DFMA 3S3NA 3AO3A 4OJRA 5FDLA 3AVHA 4E7KA 1LWEA 2G8HA 3C94A 2QKKA 1IH7A 4DMNA 4HUFA 5KGWA 1EETA 4KHWA 5J2QA 4JLHA 3AVGA 1NJYA 1R0AA 2PY5A 3OYDA 4KI4A 1SKWA 4E19A 1U4BA 2PYLA 3HVTA 1RT7A 2GV9A 4XIUA 1FKPA 4IG0A 3QEVA 1UA1A 3SYZA 4CF8A 3D45A 2XY5A 1J9AA 4CFBA 5D3GA 4M41A 2AJQA 3C6TA 1TK8A 2IDOA 3FFIA 1QSSA 2W42A 2KZMA 3SV3A 4AHTA 3KKRA 4LH5A 4CHNA 1JLQA 1QHTA 1F21A 1D5AA 2YKNA 5J2NA 3U6FA 4OLBA 3AO2A 3HJFA 2O4GA 1HRHA 3OYAA 3QESA 3EY1A 1JLFA 4CK1A 1EP4A 2F96A 4JRPA 5KRSA 3MEEA 3LWMA 2IC3A 4DSIA 2ITGA 4I9QA 3VQDA 4AHRA 1SUQA 2OZMA 1X9MA 3OJUA 4DQRA 1T03A 1NK0A 3VQEA 2YNGA 1I39A 5KGXA 4BDZA 3VA0A 2Y1IA 4CJPA 4DU3A 1Q9XA 4FJLA 4CERA 5HRPA 3PY8A 3KK2A 4I9LA 4JS5A 2KFNA 4B08A 4CHPA 3PO4A 4BDPA 4CFDA 1QTMA 1NKCA 4ID5A 1Q9YA 2DTUA 3OY9A 3MEGA 4W5RA 4CK2A 2E6LA 3AVLA 4CJRA 4DWIA 4OKEA 1XHZA 4PUOA 4I2PA 1BGXT 1C1BA 1S1XA 3ULDA 4DF4A 2O4IA 1JKHA 3B6OA 1GOBA 5KRTA 3OYCA 3THVA 1L3TA 5FRMA 4KI6A 4DTSA 2OPPA 4O55A 2ATQA 1UWBA 2P51A 4AHSA 2HNYA 3MAQA 4CGGA 3M8RA 4B8AB 3K5NA 3V9UA 2HVHA 1S9EA 1WN7A 3VQAA 3L2UA 3NGIA 4C8LA 1SV5A 2ZE2A 3ISNC 3VQ5A 1RDAA 1BI4B 1Z26A 4FM1A 1U47A 1REVA 4Z4CA 2HHUA 2NUBA 4DS5A 4AHCA 1IKVA 4GVMA 4Y1DA 1RT4A 3C95A 4B9MA 1RDCA 1U48A 3K57A 1WSIA 1KVAA 3DLGA 3LALA 3U3GA 3OS0A 3OJSA 1TV6A 2DFEA 2OPQA 3F9KA 3K2PA 5CZ2A 3ZSOA 1T8EA 4CFCA 5FROA 1NKBA 2RF2A 4H4MA 4M3WA 2D0CA 4O5BA 4ELUA 2HNZA 2HB5A 3HP9A 2OPSA 5DK5A 4F2SA 4B9VA 1RBTA 3VQ6A 4DSEA 4CJSA 1NOYA 2G8FA 4F3OA 4NCGA 1YVUA 3TAGA 4QOZB 2D0BA 2XO7A 3SPZA 2X6SA 3SCXA 1B9FA 4CJEA 4CESA 4FXDA 3SI6A 1A5XA 2QXFA 4FM0A 4E0DA 1TKXA 1NJZA 3ZSXA 4CF1A 2XY8A 3AVIA 4FK2A 1ITGA 2DFFA 1HPZA 2VG5A 3LAKA 4FLUA 3TAPA 2OZSA 4FJMA 3QEXA 1QSYA 2OA8A 2FBVA 3KLEA 4BWJA 3DLBA 4PQUA 2A1SA 2QK9A 3OYFA 1VSHA 3OS1A 3KLHA 4E7JA 5CZ1A 1IG9A 3O4NA 2B5JA 3PO5A 2QKBA 4O4GA 4CF9A 4KHQA 3K5OA 4EP5A 1S9GA 4HHTA 2RN2A 4HUGA 3A2FA 4O0JA 5SZTA 3RMBA 1JXBA 2JLEA 3RMDA 4J2DA 4QCLA 3K58A 3WNEA 4KHYA 4DTXA 2YKMA 1GOAA 1TVRA 3LZJA 4E3SA 4N76A 1RTHA 1HQEA 1ZBHA 1L5UA 3SQ1A 1N6QA 1WSHA 1RCHA 2OYQA 1TKZA 3DOKA 2E4LA 1JLBA 3NFAA 3ZT4A 4CEFA 4BACA 1J5OA 1QQCA 1CLQA 1BCOA 3KK1A 3L2RA 4BDYA 2G8IA 5KTQA 1FXXA 2FC0A 2IGIA 1CXUA 3AA4A 2Q3SA 4KO0A 1SL0A 1HNVA 3OVNA 3TAQA 4F2RA 4KTQA 4I7FA 2FBYA 1X9SA 5J2PA 2Z1JA 1BL3A 3IS9A 1VK0A 2EHGA 3AA3A 3V9XA 3V81A 1L3VA 3BDPA 1TL3A 4CJ5A 1HQUA 2RPIA 3OYLA 3V1RA 3L2QA 1ASUA 4GMJB 3VN5A 4KRFA 1BQNA 1S6QA 3KTQA 5HRRA 3LPTA 4OGCA 3LP0A 1RTJA 3P5JA 3PUFA 5KI6A 3CFPA 4Z4HA 4RW9A 3VQ9A 1DTTA 1RILA 1RT1A 4M3RA 4PA1A 3WNHA 5CYMA 1BIZA 3HYFA 5J2MA 3JSMA 4CGHA 3ITHA 1VSIA 1A5WA 1HMVA 5JS2A 1LWCA 1HYSA 1L3UA 2RKIA 3L3UA 1YTAA 3DRSA 3V4IA 4DSJA 4J2AA 1KVCA 2XHBA 4F3TA 1RDDA 1Z25A 3DRRA 2E6MA 2HHQA 1RT5A 2DFHA 3DMJA 4CF2A 3O4QA 5K14A 3D0PA 4CJLA 2HW3A 1SL2A 3K5LA 3AVBA 1S1TA 4H8KA 1HYZA 1QSLA 5EU7A 4K8XA 3B6PA 4E1NA 1W0HA 1EKEA 4CGJA 3SJJA 4M3TA 4RG8A 3EYZA 4FLZA 4DQPA 3I0RA 1RT3A 1C1AA 4PWDA 4B9UA 4CIEA 2X6NA 3AA5X 4AHUA 2F8TA 1DLOA 4IG3A 1U04A 4W5TA 4NYNA 4FLWA 1WNSA 4E7HA 3QETA 4KKOA 1VSKA 5HBMA 3SZ2A 4DQSA 3TAFA 1NKEA 4L8RB 2WOMA 3ZSRA 3ZT1A 3OYBA 3OYJA 4W5QA 1C0UA 1S6PA 3AVJA 2ZD1A 4ELTA 1IKYA 1LV5A 4DU4A 2YHAA 4Z0UA 3AO1A 4J2BA 3NF8A 4CJWA 3L2WA 3O3FA 1KFDA 2LSNA 4LH4A 4Y1CA 5CYQA 4BE2A 3SQ4A 3HPOA 3PV8A 3MEDA 1XI1A 3NH1A 4H4OA 4KB1A 4FJ7A 4M42A 3I8DA 3RMAA 3HPHA 1W9HA 5HROA 3KD5E 1ZBUA 1A5VA 4DG1A 5HRSA 4AILC 1FKOA 4K8ZA 3TI0A 4YNQA 2HHTA 2VWKA 3HO1A 1WAJA 2OPRA 3DM2A 4RW6A 3QIOA 4KHNA 1JLCA 2GUIA 3DI6A 3RR7A 5J1EA 3MXIA 4CIGA 3U3YA 1WSGA 1VSDA 3AA2A 3LP2A 4Q5VA 3SV4A 1VRUA 1J53A 2IS3A 2Y1JA 2P1JA 1LAVA 1QE1A 4M45A 3NCIA 4DFPA 4FJKA 1WSJA 1WAFA 1D9FA 3L2VA 2WONA 3AVKA 3DOLA 2YV0X 1EX4A 1RBRA 1JLEA 3L8BA 2XRIA 3DLKA 2BDPA 2PZSA 1JLAA 4PY5A 1B9DA 1CXQA 4M3ZA 3NAEA 1NK8A 3QEWA 3CYMA 5SWMA 2HVIA 1D8YA 3CG7A 3VQBA 3NE6A 1O1WA 1TKTA 5I3UA 2PYJA 5HRNA 4C8KA 2BGGA 2X74A 4F4KA 4DTPA 2HNDA 2B6AA 4CEEA 3VQ8A 3OYHA 4KAZA 4OLAA 3T3FA 1NJXA 3VQPA 1VSJA 3SUOA 3V6DA 2Z1IA 4FCYA 3RMCA 4B9NA 1NK9A 3VQQA 3PX6A 3JYTA 3VQCA 1UOCA 3HXMA 4DU1A 1S1UA 1HJRA 2I5JA 1SKRA 1N5YA 3NHGA 1UAXA 4FK0A 3BGRA 3NF6A 2YNIA 3KKSA 2KQ2A 4Z4FA 2VWJA 1KSPA 1C6VA 1BHLA 4CGDA 4FJXA 1RT6A 3LANA 2XY6A 3S3OA 3IRXA 1C0TA 4CJVA 3NDKA 4W5OA 1TL1A 3HVRA 4CJKA 1IO2A 1GOCA 4LY7A 3ZT2A 1T05A 3V1OA 4FJIA 4FJHA 4M3UA 1BIUA 4CEDA 4FZYA 3SUNA 3H08A 4DQQA 1LAWA 1YT3A 2YHBA 3AV9A 4CJQA 3S3MA 3KLFA 4CHZA 2HHXA 2ZQBA 4OKKA 3V9ZA 4FLTA 1ZYQA 1RTIA 1TGOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGAA 4DV4K 4DSLA 3IG1A 2ZWHA 1J54A 4JKHA 4CJ4A 4BY9C 4AHVA 3E9LA 3RSEA 3SQ0A 4DR6K 3RRGA 3I0SA 2W6KA 2GBZA 5AQPA 3VEVA 3RTVA 4BRAA 3GL1A 4CEZA 5AQXA 4BQLA 1WSEA 4IEEA 3DYAA 2VG6A 4ZTFA 2X78A 3FLCO 3ID6A 1TKDA 1OH8A 3HBTA 5I42A 3NGZA 1P8ZA 5DMRA 4BWMA 4BROA 1ASWA 3TANA 2G8UA 3K9KA 4WE1A 4OPKA 2A5XA 3HOSA 3PLAA 3PSIA 4FVMA 4O8KA 3J7AP 4GV6A 3IMXA 2JGUA 4YOVA 4Q0BA 1T6CA 4CEAA 1HLUA 4JN4A 4FWSA 3TARA 4BG9A 4J2EA 1NJWA 3UIQA 4JI6K 4IDKA 3K5MA 5AZJB 1YTUA 3V1QA 4CFAA 4KTZA 1C0MA 3G10A 4H0PA 4JD2A 5BR9A 1VSLA 3MXMA 4TSXA 4E1MA 2KZZA 5T7BA 1D9DA 5JMVA 4FPBA 4CJUA 3NGYA 2QWQA 2ZM6K 4JI5K 2YNFA 3DLRA 1S22A 4ELVA 3BY5A 3TWHA 3G71N 4KTWA 3CFRA 4DTJA 1XC9A 4BC2A 4A5AA 4FZXC 1YI2N 4IOAL 3R3LA 3LPUA 1T6DA 1ZBLA 2ZGYA 3BP8A 3MXJA 4OPJA 3QFUA 3V9SA 1GLCG 4DTUA 3OS2A 3OYGA 4E7IA 3C6AA 3LP1A 1WSFA 4DLEA 1SL1A 2FBXA 4FXDA 4G1QA 1U45A 4FM2A 4DTMA 4IBNA 4IXCA 3AO4A 3CCJN 3BF1A 3CMEN 4OPAA 3KLIA 3AVCA 2VG7A 3TABA 2KLAA 1OH6A 3CPEA 5FRNA 4EZ6A 3VQ4A 1QS4A 4GW6A 3CMAN 1NK7A 1RDBA 4DR5K 1BO5O 2NRTA 4NYFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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