2QKBA

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 20-mer rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-R(*GP*GP*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 152
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qkbA00
4B08A 3ISNC 3KIOA 1HQEA 3FFIA 1SKRA 3MAQA 4J2BA 1DTTA 1D8YA 3OS1A 1JLEA 1JKHA 5CYQA 5HRNA 4O44A 4CFAA 1I3AA 2D0BA 3WNGA 4CEEA 4F2SA 1NOYA 2HNYA 3QO9A 4FCYA 2HMIA 2G8KA 2X6NA 1X1PA 3BDPA 1L3SA 4E7KA 4HTUA 4I7FA 1ZBHA 1J54A 1HYZA 1NJWA 1NK5A 1N6QA 4KTQA 2DTUA 1QE1A 4Y1CA 4BWMA 3VQEA 1BHLA 4TSXA 1BIUA 3TAPA 3ZSZA 1MU2A 4O55A 1KFSA 4HHTA 3AO5A 1FXXA 4XIUA 3ZT0A 2BE2A 3DLGA 3LP2A 1KLNA 2KTQA 1NOZA 5KI6A 4CEZA 4FJLA 1QSSA 3CFOA 1VSFA 4DLEA 5FRMA 3V1QA 4OPKA 1KRPA 3ZT3A 3AVJA 4OLBA 2F8SA 2OPSA 1VSKA 2O4GA 3A2FA 4LD0A 4FLZA 1WN7A 2Z1GA 4E89A 1F21A 3O4QA 3NFAA 4AHCA 3C6TA 3C6UA 1A5XA 3CFPA 3U6FA 1R0AA 4I9LA 3OYIA 1S6QA 2VG6A 1U04A 4LH5A 3TABA 5I42A 4FK4A 4CF2A 5CY4A 4FW1A 3T3FA 3G0ZA 4KI4A 3TR8A 4PA1A 3MXMA 4B9LA 1RDCA 3AVMA 4Z4GA 4FYDA 1RBUA 1S1UA 4KHWA 5KRSA 3KLEA 1ASVA 1RT7A 1Y97A 1ZBFA 3HYFA 1VRUA 3I8DA 3EZ5A 4CE9A 3NF8A 3SQ1A 4FJMA 4M3UA 4IKFA 2AJQA 1BCMA 3LANA 3EYZA 5J2PA 1Z26A 3IRXA 2OPPA 4DSFA 3AA4A 4KB1A 1S1TA 2X6SA 2HNZA 3KLHA 3SUNA 5KTQA 2IDOA 1TAQA 1WSJA 2Z1IA 4KHQA 2DY4A 1RDDA 4OKJA 4CJVA 1L3VA 4DF8A 2D5RA 4KHUA 4IG3A 1BI4A 2YHBA 1Z25A 4LY7A 4K8XA 1RBRA 3DOKA 2P1JA 2R7YA 4KRFA 1KVBA 1WSIA 3WNEA 4KFBA 3TAQA 4IFYA 3L2VA 1FK9A 1BQMA 1KFDA 4HUFA 4DF4A 4CGFA 1RBSA 2GBZA 2HW3A 4AHUA 3QNNA 3P5JA 4OPJA 4F2RA 4B3OA 5K14A 4IFVA 3WNHA 4W5NA 5C42A 4NYNA 4Z4EA 3ASMA 4N41A 1WSGA 3L3UA 4WE1A 4F4KA 4DTJA 3OYHA 5SZTA 3SQ2A 4FM2A 2DFFA 3SYZA 2E4LA 4FLXA 4F8RA 4J2DA 2KFNA 1KVAA 4CJPA 1LV5A 3TAFA 4RW6A 4HCBA 4CFBA 2HHSA 2E6LA 3RR8A 2YNGA 1EKEA 1TGOA 3L2QA 3TAMA 4BDPA 1Q9YA 2XY7A 4QCLA 1K6YA 4FZYA 3MEDA 4CEOA 3PY8A 3AVNA 2XY5A 1RDAA 2G8FA 1HRHA 3E01A 3NH0A 4DQSA 1XI1A 1SKSA 4F3OA 1RDBA 4DTNA 4FJJA 3LWLA 2LSNA 4OGEA 3DMJA 2X78A 1C1AA 3SPZA 3CM6A 4NYFA 4BDYA 3S3MA 3KKSA 3KLFA 3LP1A 4M3ZA 2P51A 1EP4A 2F8TA 3OYGA 4DSLA 1TL3A 2F96A 3OYFA 4JRQA 1ZBUA 4O5BA 4DFMA 4CGGA 3OS0A 1GOCA 3HP9A 4IG0A 2FC0A 4RW8A 4CHPA 1BQNA 4DS5A 2VWKA 3HK2A 5JS1A 5HBMA 5KGWA 4CF8A 5T7BA 3M8QA 3SJJA 4E7IA 3S3OA 4BE2A 3AA3A 1QQCA 4FJIA 4DTXA 4DSJA 2KW4A 4N47A 1TK0A 1RBTA 2GUIA 2YKMA 3F9KA 4C8NA 3NAEA 4MFBA 5FDLA 2P5GA 3BGRA 1J53A 3SUPA 3TANA 1W9HA 4DQIA 4HCCA 1W0HA 3OYBA 4GW6A 2HHVA 3VQ9A 2G8HA 4FJXA 1LWEA 1U45A 3PX4A 2RN2A 4PWDA 1JLGA 3K5LA 1T7PA 3SV3A 4FZZA 2ATQA 1EETA 4ZTJA 3M8PA 3I0SA 4RG8A 3V4IA 3RTVA 3P1GA 3IS9A 4FXDA 3SQ0A 1I39A 4CGDA 1XC9A 4UQGA 1DLOA 2D0AA 4HVJA 3VA3A 3PO5A 3CM5A 1LAWA 4E7JA 1G15A 2OPRA 4DTRA 3ZSYA 4IDKA 3HPHA 4CJSA 1L3TA 4HUEA 2I5JA 5DK5A 5HRSA 4BACA 4M3YA 4DSEA 1TKDA 2QXFA 3H08A 1QTMA 4DSIA 3DRPA 1TKTA 3LWMA 4DTOA 3NF6A 4FJHA 3LZIA 1C1BA 4B8AB 3SUOA 4C8LA 1RTDA 3AA5X 4DFKA 4FJNA 3JYTA 2WOMA 3K5OA 1JL2A 4CJRA 3OYNA 3CQ8A 3QEWA 1ASWA 4M45A 4DFJA 1LWFA 3D45A 1S1WA 3O4NA 4CJKA 3O3HA 2W42A 5HROA 1X9WA 1TK8A 1D9DA 3KLIA 2VG7A 4E1MA 4DTUA 4DU4A 4CJEA 3T1AA 3SCXA 2G8WA 4AHRA 3OJUA 1NKBA 4CESA 4DWIA 4CHYA 3U3GA 4M3TA 4KO0A 2RPIA 1VK0A 2QKBA 1JLBA 3VN5A 1IKXA 4HUGA 4FJ5A 4DLGA 4DU1A 4DMNA 1IG9A 3V9ZA 4B9VA 1BL3A 4BWJA 3LAMA 1BISA 3VQ4A 1S6PA 4C8MA 4FLVA 3SUQA 1HMVA 4LSLA 5I3UA 4M3WA 5J2MA 3B6OA 1LW0A 3NH1A 5HP1A 4CHNA 1FKOA 4M41A 4FM1A 3OJSA 4E3SA 3WNFA 3RRHA 2HNDA 1Q8IA 3JSMA 4DS4A 4N5SA 1WLJA 3OYJA 3V6DA 5HRRA 3DRSA 4H4OA 3AA2A 3AO3A 4FLUA 3QERA 2HHTA 2EX3A 4CJTA 3VQPA 4Q0BA 4LSNA 3P83D 3ZSWA 2ZD1A 3QEIA 2Y1IA 1RBVA 4JLHA 1WSEA 4CIEA 3UIQA 1B9DA 4CFDA 1RT5A 1T05A 4YNQA 2QK9A 2FBTA 2VG5A 4N76A 1HNIA 3IAYA 3QETA 1REVA 5J2NA 1S9GA 2KZZA 1CZBA 2A1SA 4Z4FA 3AVIA 4CJ5A 1HPZA 3V9UA 5FROA 1S1VA 1X9SA 1LW2A 4JS4A 4CF9A 4FK0A 3S3NA 1JLCA 4CHZA 2BGGA 5J1EA 1U49A 3SV4A 1VSIA 3ZSXA 3LDSA 3VQ8A 2ZQBA 3SPYA 1QSYA 4FK2A 2KFZA 1QSLA 4KTWA 3TARA 4FJGA 1VSDA 1IKVA 4E7LA 4K8ZA 3OY9A 1BCOA 2HB5A 4DTMA 3PX0A 4AHVA 1U4BA 3TWHA 3VA0A 4I9QA 5HRPA 4JS5A 1CXQA 4W5RA 2YNHA 3ZT1A 1CLQA 3L2RA 3QIPA 3C95A 1B92A 2PYJA 4EZ9A 3TAEA 1RILA 2JLEA 3RRGA 2X74A 4CJ3A 2OYQA 2JGUA 1ASUA 4AILC 3NDKA 4B9MA 1HQUA 4FLWA 1S1XA 1XHZA 1BIZA 4FLTA 2Z1JA 1Q9XA 2HHQA 1O1WA 3PUFA 4N56A 3TI0A 3SNNA 3O3FA 4FJKA 4O4GA 4RW9A 3PO4A 4RW7A 1X9MA 2HHWA 1JLQA 5CZ2A 4PQUA 3HT3A 4DSKA 4YFUA 3KKRA 4EP5A 4ICLA 3KK1A 1KLMA 1VSHA 4OGCA 2G8IA 4I2PA 4CF0A 3M8RA 3AO4A 4Z4IA 1HNVA 1JL1A 1NKCA 4KREA 1IKYA 2D0CA 4KV8A 3DOLA 3V1RA 1RT6A 4OVLA 4Z4CA 5C24A 4CEFA 3ZT4A 3ITHA 1NJXA 3HO1A 4ELVA 1KTQA 4DQPA 1EX4A 1NJYA 3ZSQA 3AO2A 4CEBA 3TAGA 1N5YA 3VQDA 4CF1A 3OYAA 5J2QA 5HLFA 1YVUA 2RKIA 2XRIA 1ITGA 1T8EA 1SUQA 3HP6A 5EU7A 4CIGA 4KHYA 3K58A 3DM2A 4KI6A 3MEEA 3HPOA 5SWMA 3DRRA 1C0MA 3CYMA 4FZXC 1J9AA 1HYSA 1U47A 3DYAA 4E19A 3K5MA 4CCHA 4KHNA 3AV9A 4CJUA 4ZHRA 3QNOA 5KGXA 4L8RB 2HVIA 3EY1A 4CEQA 3HJFA 3C94A 3VQ5A 1HYVA 2FBVA 4ID5A 1VRTA 4CFCA 4CJFA 5KRTA 2Y1JA 3MECA 3K57A 1L3UA 1T03A 1LAVA 4DG1A 4CJLA 3RMCA 1NK7A 4G1QA 3KJVA 1TV6A 3L3VA 3HVTA 3D0PA 1NK8A 2OPQA 4QOZB 1CZ9A 3QEVA 3K5NA 4H4MA 1SL0A 3B6PA 3HL8A 4ID1A 4OKEA 3RMDA 4FM0A 1TL1A 1IKWA 3CG7A 4E1NA 4W5QA 1J5OA 4RW4A 4BE0A 4DQRA 2PZSA 3VQ7A 3NF9A 3RWUA 4Y1DA 1WNSA 3QIOA 3ALYA 4CEAA 1VSLA 1WSFA 2YKNA 4KB0A 4PUOA 3SI6A 4CJWA 1NKEA 3IG1A 2RF2A 2QKKA 3L8BA 1NK6A 1BI4B 5E41A 3OYLA 1RNHA 3NCIA 1GOBA 1A5VA 2YHAA 4H8KA 1HJRA 3AVLA 5CYMA 3LPUA 4CK1A 4EP4A 2VWJA 3AVFA 1RTIA 2WONA 3DI6A 1XWLA 2GV9A 4DTPA 2OA8A 3OYEA 3HSTB 1NJZA 3ZT2A 3V1OA 1ZYQA 4QAGA 1RTJA 1NK0A 1YT3A 3OYDA 4E7HA 4B8CA 4MQ3A 3U3YA 1RT3A 3I0RA 4CHOA 4CK3A 1VSEA 2YNFA 4DTSA 3G10A 2Z1HA 3S9HA 2G8VA 1YTUA 1TVRA 4O0IA 1C6VA 4OJRA 3VQAA 3ZSOA 4CK2A 4KHSA 3VQBA 4KAZA 1EXQA 5CZ1A 2XY6A 3DLBA 3OVNA 3T19A 2B4JA 3CFRA 1VSMA 4FJ8A 3VQQA 2NUBA 4M3RA 1RT1A 3DLKA 2KQ2A 1YTAA 4AHTA 4PY5A 4ZTFA 4KTZA 4CGIA 5C25A 3DLRA 4CERA 1TK5A 4OLAA 3SZ2A 2PYLA 3AVBA 4JRPA 3VQCA 3DLHA 1FKPA 3L2WA 2Q3SA 4C8OA 3QEPA 4FLYA 1BGXT 1L5UA 2ITGA 3ZSVA 1RCHA 3O3GA 1NK9A 2IGIA 5JS2A 1A5WA 3MXJA 1TKZA 3OYKA 2IS3A 4CIFA 3QESA 2XHBA 1KSPA 1TAUA 4M42A 2IAJA 1C0UA 1QS4A 4DQQA 4DU3A 4ELTA 1UOCA 1TKXA 3SQ4A 4AHSA 3THVA 1C1CA 3NHGA 3DLEA 1S9EA 4CJ4A 1SKWA 4B9TA 2KZMA 2E6MA 2XY8A 3HPGA 3NH2A 2BDPA 3AVHA 3K2PA 3KLGA 3QEXA 4CECA 4EZ6A 2OZSA 2YNIA 4BE1A 4FJ9A 4OKKA 1D9FA 3AO1A 4B9UA 1B9FA 3LP3A 2ZE2A 3AVCA 3AVGA 5D3GA 1DTQA 4CJQA 1WSHA 1WAFA 1KCFA 3V81A 2B6AA 3RMAA 4CGHA 3HXMA 1SL2A 3OYMA 4M3XA 1JXEA 3QINA 1ZBLA 4NCBA 3L2UA 2A1RA 2FBXA 4IBNA 3LZJA 4R5PA 2XO7A 2P5OA 4J2AA 2HVHA 3VQ6A 2DFHA 3AVKA 3QLHA 1SV5A 2EHGA 4C8KA 3HVRA 4LH4A 2PY5A 2YV0X 3NGIA 3V9WA 1UA1A 2FBYA 2HHXA 5DMRA 2G8UA 4O0JA 4Q5VA 3AVAA 3V9SA 1KVCA 4GMJB 3PV8A 1GOAA 1RTHA 1D5AA 1C0TA 1U48A 3KD5E 4B9NA 1ZBIA 3ULDA 1IO2A 4I2QA 3NF7A 1S5JA 2IC3A 3PX6A 1NK4A 2OZMA 1XHXA 4Z0UA 5FRNA 3LPTA 4GVMA 1RT2A 3V9XA 4CGJA 4F3TA 4J2EA 2O4IA 1RT4A 3OYCA 1UAXA 2ETJA 4W5TA 3RR7A 4ELUA 4KPYA 3NGYA 1JXBA 3OS2A 4CEDA 3KK3A 1CXUA 1JLAA 3MEGA 3RMBA 1JLFA 3NBPA 3LAKA 3M8SA 4DFPA 3F73A 3KTQA 1LWCA 3KK2A 3NE6A 1UA0A 4E0DA 1WAJA 4NCAA 4FW2A 2IOCA 3HM9A 4W5OA 1VSJA 4FVMA 1IH7A 2BANA 4KKOA 4BDZA 2HHUA 3ZCMA 1SL1A 3ZSRA 3K59A 2DFEA 3LALA 4NCGA 3LP0A 2B5JA 4CHQA 1QHTA 4B9SA 4Z4HA 3NGZA 3KD1E 4AH9A 1UWBA 4FJ7A 3MXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X64K 4B08A 3KIOA 5AQQA 3MAQA 4DV1K 4A59A 1VQ9N 1JLEA 2HBKA 4O44A 1I3AA 1TUUA 2WC9A 2Q0RA 2RE2A 3WXKA 1X1PA 4H5VA 1L3SA 2GWKA 1NJWA 3VQEA 4IO8A 4FVUA 3ZSZA 1MU2A 4XIUA 1NOZA 5AQWA 1QQNA 3V1QA 2HBMA 1VQ5N 2F8SA 4OLBA 2OPSA 1VSKA 2O4GA 3A2FA 3L6QA 1WN7A 3O4QA 1M1KO 3TSQA 3CFPA 3U6FA 4J8FA 3OYIA 1S6QA 1U04A 1KD1O 5CY4A 4FW1A 1N34K 4JYAK 2VQFK 1RT7A 3I8DA 4BRDA 4M3UA 3ENOA 3LANA 3EYZA 4XEIA 4JI5K 4WFNL 5B8HA 4AM7A 3ENBA 4DV3K 4RTFD 1VQNN 4DF8A 4KHUA 1BI4A 3VETA 4LY7A 1Q81O 4B1YB 1WSIA 5EVZA 5C2DA 1BOTO 4HUFA 1KFDA 4CGFA 1RBSA 2GBZA 3EEQA 4OPJA 1GLCG 3UB5A 1NGBA 5C42A 4N41A 3L3UA 5SZTA 3SYZA 2E4LA 4X65K 4F8RA 3HM8A 1KVAA 2YNGA 1EKEA 1TGOA 3TAMA 2FSNA 4MLHA 4FZYA 1K9MO 4LFAK 1RDAA 2G8FA 4UY8O 4DTNA 4OGEA 3TU5A 2GTDA 1HKCA 3SPZA 4NYFA 3FFKB 4O8UA 4BQZA 2F8TA 1JCGA 5LJVA 4CGGA 5GADP 3HP9A 4RW8A 4CD3A 1BQNA 4JKHA 4DS5A 5JS1A 5T7BA 4CF8A 2E88A 3S3OA 3L4IA 4A62A 2JWLA 4DTXA 3RSEB 2GUIA 3BGRA 4JI3K 3SUPA 2WUSA 3OHRA 3QFUA 3OYBA 2QXLA 2HHVA 3TSPA 3OTOK 1U45A 4GV3A 3K5LA 3THXA 2YJFA 3V4IA 4FXDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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