2RHKA

Crystal structure of influenza a ns1a protein in complex with f2f3 fragment of human cellular factor cpsf30, northeast structural genomics targets or8c and hr6309a
Total Genus 38

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
119
structure length
119
Chain Sequence
PASRYITDMTIEELSRDWFMLMPKQKVEGPLCIRIDQAIMDKNIMLKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSFPGHTIEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSKTLQRFAW

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTII'1 (112-115)S3 (115-120)AH1 (95-99)S1 (88-91)S2 (107-112)TVIII1 (104-107)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein/nuclear protein
source organism Influenza a virus
publication title Structural basis for suppression of a host antiviral response by influenza A virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Non-structural protein 1
total genus 38
structure length 119
sequence length 119
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-10-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2rhkA00
3EE9A 3O9QA 3P31A 2KKZA 3OA9A 3KWGA 4OPHA 3RVCA 3EE8A 3L4QA 3P39A 4OPAA 2RHKA 3KWIA 3O9UA 2GX9A 3O9TA 3O9RA 3M5RA 3D6RA 3O9SA 3F5TA 3P38A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BZKA 2E2QA 3DXMB 3G25A 4I7FA 3H46O 4PUOA 3OYBA 3CCEN 2Q97A 3H3OB 4Z4IA 2RN2A 4DLEA 3NCIA 1RBUA 5HP1A 4L3QA 1V4TA 4O5BA 2FSJA 4CK3A 3LDLA 1T44A 3K9JA 5AQVA 3HP9A 3AAPA 5EX5A 4K8XA 5F1XA 3E9LA 3SQ2A 3VF4A 4JEPA 4EHTA 3DXKA 3WEEB 1Z26A 5K14A 4FLXA 2I7PA 1JL2A 4FYDA 1OH7A 1NJWA 3HSTB 4F2RA 4BG8A 3Q7BA 1KTQA 3AVKA 5KPZA 1JLQA 2HBMA 3SUOA 4IDKA 3ZX2A 4BR0A 3OYCA 3VERA 1WSGA 2B5JA 5KQ8A 5BRDA 5GIPA 1NGBA 3AA4A 3BF3A 3K57A 1WSIA 1LWCA 2H3GX 3BGRA 3LZIA 4AQYK 1JL1A 1VRTA 4CHQA 3RRGA 1I94K 3OS2A 1HUXA 4M3UA 4FJNA 4B9UA 3PIOL 1Q8IA 4A2BA 3NH2A 1R0AA 2V51B 3DXKB 2P9NA 4FOIA 3TR8A 4C8NA 2YJEA 2XO7A 1NJYA 4CJUA 3SBGA 3FZKA 5IWAK 2YCHA 5LJVA 4BE2A 2HVIA 1C6VA 2QWOA 3CC4N 2X78A 1SL1A 3CPWM 4Y1CA 3C65A 1HYVA 3HXMA 1OVQA 2O8CA 1WOQA 3ZSXA 4CEFA 4BG9A 4FW2A 4BDPA 3I56N 4K42A 3HPOA 2YNGA 1EXQA 1IG9A 3CG7A 2ZJRL 1QHAA 3O1BA 2VG7A 2DY4A 2VG6A 1J5EK 1XHZA 2W40A 4FWRA 4ISFA 5GADP 4FZZA 3ISNC 2X74A 4QCLA 4FZXC 3GOIA 3W0LA 4B9QA 3DOLA 1J6ZA 4DB3A 4PHTX 2YHWA 4DU3A 1HKBA 5C2FA 1P8ZA 4EP5A 2P9NB 4W5OA 5BREA 3VESA 3VQ7A 1ZBFA 4F9OA 1DEJA 3I8BA 3K5MA 1WBDA 3PY8A 1U4BA 3O9TA 5AQRA 4E7KA 3H1VX 1EX4A 3KZBA 3I0SA 2JGUA 4FJGA 3NFAA 3DM2A 2KFZA 3SPZA 3CMEN 3KLHA 3CJBA 4CERA 2FSKA 3Q7CA 3THWA 1IKVA 1RTDA 1RTIA 4FLUA 4CJ4A 2NNWA 3HT3A 4GNIA 4FPAA 4FK2A 3DLEA 2V52B 2XY5A 2WONA 2P1JA 3KK7A 3MN9A 3VGKA 2P9KB 1HYSA 2ZJQL 1NGAA 4JLHA 2QI2A 4N41A 1ESVA 3JYTA 1SL2A 4H5RA 3O3GA 1IH7A 1YF5L 4E1NA 4EAHD 4BRNA 3HYFA 4CFBA 3LANA 5KI6A 3CF5L 5BN8A 3TARA 3ZT2A 4OKJA 3M8RA 5C24A 5BN9A 3THWB 1TVRA 1GLAG 2Z1HA 3RMBA 5IT9O 2D4WA 2QXFA 4LD0A 2Z1JA 1VQ6N 3DRRA 4DV4K 4KTWA 1RGIA 1C0UA 2OZSA 1NJZA 3HBTA 4YNQA 4NCAA 4OVLA 1Z05A 2E2NA 1SV5A 2JWLA 3WNFA 2ZGZA 4CZHA 4IG3A 2P9SA 3LDNA 3N4PA 4GV9A 5GAEP 2HF3A 4DV7K 4M41A 4LSLA 3FZMA 1Q18A 3AVAA 3H1QA 1KAZA 4CJ3A 3VA0A 4DQRA 4W5NA 2VQEK 4ZTJA 3OTOK 4FK0A 4YHHK 4CZKA 1QQNA 5AQTA 1RBRA 4RTFD 3K5LA 4ILGB 4N47A 4WQ4A 2PFUA 2F8TA 4CW7B 4DQIA 2DFFA 3E9PA 2P9PA 2HBJA 3QEXA 1JXBA 1BCMA 1NMNA 3VQAA 1IKYA 1WAFA 2FSNA 4BREA 4FM2A 4DFPA 1VRUA 2IVNA 5DMRA 3SJJA 2E4LA 3QICA 4RW7A 3MCAB 4OPJA 4IO8A 3CHWA 1C1AA 1SAZA 4XH4A 5CZ2A 4IKFA 4YOTA 3CCQN 1HR0K 3EZWA 4F3TA 4EZ6A 1XQSC 3MECA 1N34K 2XRIA 3A5LC 4CGJA 3K59A 3QLHA 1NK4A 1JLGA 1FKPA 3AVMA 3SNNA 4Z4GA 1SS6A 2P9UB 4Q5VA 1J9AA 2A1RA 3VQDA 1SKWA 4JKCA 2HBLA 2P9PB 4FXDA 4GKKK 3EZ5A 3OYMA 1N5YA 4CZFA 5GIOA 3UKUA 1S72N 1Q81O 4B1XB 1IBLK 3R1XA 1BIZA 4U67L 1ZC6A 3QO9A 4B3MK 3RR8A 3VA3A 2XY8A 1KFSA 1K9MO 1NKCA 1KVCA 2YHBA 5AQKA 3MWTA 1RDDA 5D3GA 2X6SA 1RT4A 4BQLA 2YNIA 2FBXA 3O4WA 1S9EA 1XC3A 4RCHA 3NE6A 4O44A 3TAGA 1QZ5A 5AQUA 1QSLA 1WAJA 1NGDA 1TAQA 1EO1A 4DTXA 4C8OA 1MDUB 3QDKA 3CC7N 5KTQA 4DV2K 1ASUA 4B9NA 3A5OC 4YORA 2G8IA 4CD3A 3OYIA 4B8AB 2YHYA 3CCLN 3QERA 3QNNA 4DMNA 3CCJN 3AO1A 2CH5A 2O8DA 5BPLA 1RCHA 5AQYA 3S9HA 3LZJA 3KIOA 4DUZK 1JCEA 1IG8A 3QEWA 2OPQA 3K9KA 4J2DA 1N33K 2WBNA 3HRGA 1X9MA 4JI8K 3PO5A 3EL2A 1MWKA 2QA4N 3VEOA 4JI5K 2QWPA 1RDBA 3E01A 4A5BA 4B3TK 4M3TA 4BRFA 3PLAA 4JKHA 1DTTA 3ENOA 1NJIO 1ATSA 1S6PA 4G1QA 1BIUA 2PZSA 1BUPA 3KLFA 4O8KA 4KRFA 4C1NK 1VQ9N 2A1SA 1K73O 3K2PA 4CEOA 4H4OA 5HOOA 4B9SA 4LFAK 4M63C 2HHWA 4BC5A 1ZBIA 3TTFA 4CGFA 4FOEA 4J2EA 1K6YA 3L2VA 4FLZA 3OVNA 4FJIA 3QESA 1W0HA 4OLAA 3V9UA 1RT2A 3MN5A 1A5WA 1RT6A 3AA3A 4KHNA 4AHTA 3CCMN 3T69A 3V4IA 4OO1J 2FBVA 1T6DA 1RBSA 4GW6A 3H3NO 4X62K 3DI6A 1RT1A 5BPMA 1NNEA 1B9DA 1JLFA 3CERA 3O9QA 4FWPA 2OPPA 4IFEA 3IFRA 2YV0X 3QFUA 4O0JA 1UA1A 2G8WA 2JWKA 1QQOA 2RPIA 3NVKA 4ELVA 1E3MA 2FF6A 4FO0A 4KV8A 1QSSA 3CJCA 4RW9A 3KLEA 3ZT0A 3TAPA 5KGXA 1J53A 2W6KA 3L2QA 4JKFA 3V9WA 3T19A 3LDQA 1VQPN 1BISA 5HRPA 4WF9L 1N8RO 2E8AA 5HRRA 4JI3K 4K43A 3TWHA 2QM1A 4YY3K 5AQXA 4DTNA 3DJCA 2ZQBA 3VF2A 3H08A 4CFAA 3BUZB 4KH5A 3GG4A 3U3YA 3M3ZA 4LF4K 5CYMA 4HHTA 2V7ZA 5T7BA 2UUCK 4JD2A 3AVHA 3SAFA 3LDPA 1U49A 2GELA 3VN5A 2Z1GA 1VSLA 1GOCA 3ZX3A 4BGAA 1GLJO 4DFKA 4H0OA 2P51A 3HVRA 1YI2N 1BQNA 3QINA 4C8LA 5J1EA 4RW4A 3QEVA 2WOMA 4HUFA 2O8BB 2FF3B 1VQ8N 2AA4A 4E0DA 4H0TB 2NRHA 3KD1E 3T3FA 4DR3K 4CECA 5AQLA 1HKGA 3CQYA 5J2MA 4OLBA 1EP4A 1NGHA 2Q0RA 1WNSA 4JN4A 2WUSA 1L3TA 3OJSA 3A0IX 3VEXA 3ZX0A 1VSKA 1OKJA 4I6MA 1XC9A 1KSPA 1BI4B 2HW3A 3MK6A 4WFNL 3OYDA 4B1ZA 3J7AP 2BGGA 1NK9A 4KTZA 3K58A 4GVEA 3CM6A 2EWSA 4DQPA 4IJAA 3V9ZA 1C0MA 2DTUA 4IBNA 4C23A 4CF1A 4BGBA 3DXMA 3LDOA 3G10A 4HCCA 1FKOA 3R8EA 1EKEA 3TAMA 5M1NA 2HNYA 4OKKA 2A42A 3AVFA 2HHVA 2E6LA 3EE9A 5JLHA 1DKGD 3GBTA 4H03B 3H45C 1SL0A 2Q2RA 3DLHA 4W5RA 3VEZA 3RRHA 1ZYQA 2G8HA 3O6WA 1HQEA 2CH6A 4Y1DA 1D9FA 4KO0A 4BRIA 5CHIA 4FWKA 5C25A 1XNRK 4FLWA 4M7XA 4PKIA 3HZ6A 2GWJA 1CZBA 1N6QA 5AQGA 4HUEA 5CE3A 4DV0K 4LFCK 3N4QA 4LY7A 4FJ5A 3KKRA 3KWGA 2YI1A 4HTUA 3D7EO 5KGWA 1YT3A 4JV5K 1NGFA 4NCGA 1KRPA 1LW2A 5J2NA 1Q82O 3VTIA 4CFCA 2W41A 3QETA 3NGZA 2RKIA 3NH1A 2VYPA 4WCEL 1ZBUA 1NK6A 3MXIA 4DFJA 1VSEA 2HHQA 2J4RA 1SKRA 2RE2A 2E2OA 2AP1A 1C0TA 3M6GA 4BRGA 3H6EA 3IDHA 1HKCA 3OYGA 4CEBA 2HBKA 3C6HA 3VETA 3DRSA 4ID5A 1BDGA 2DPNA 4DR7K 1KVBA 2ASPA 4YDUA 1NGIA 5M1FA 4C8MA 5HLFA 4AHCA 3I55N 1CZ9A 1HNIA 4GVMA 4FJHA 1VQ7N 1XHXA 2D0OA 4UQGA 1HMVA 2ZD1A 3HSCA 3ZSOA 1YIJN 5C42A 1L3SA 5C10A 1BA1A 2HHXA 2NZTA 3L4QA 3DLBA 5FRNA 1IJJA 3VF6A 4F3OA 4KI4A 3TPQA 1S3XA 3AA2A 2QTDA 2IVOA 2YHAA 3GDQA 4FZYA 2NRTA 1S9GA 3SQ1A 1D4XA 2Q3SA 3I33A 2UUBK 1NKBA 3LAMA 1LW0A 4LC9B 3V1QA 2QWNA 4H5VA 5M1KA 3KHYA 1VQKN 5C12A 3KLIA 5BR9A 1HLUA 1XNQK 2F8SA 4I2QA 1U47A 2D1KA 3WUHA 3UIQA 4BR9A 3WQUA 1U48A 2HHHK 1T8EA 3ZSYA 4KKOA 4LH4A 2Y1JA 2F96A 4LF9K 3P83D 1TKDA 4CJFA 4H0XB 3VQBA 4B8CA 3TAEA 3QMLA 3ULEB 3AV9A 2Q36A 2VWJA 2P9KA 4CHPA 1ZXOA 2VGNA 4B1VA 3L3VA 5EU7A 3OS1A 1HRHA 1W2BM 4CZMA 3ZCMA 3PSFA 3LAKA 1KAXA 4H5TA 5JLFA 4XH1A 2KTQA 3KLGA 3AVIA 3IRXA 3P31A 1X9JA 1D8YA 3U4LA 5KRSA 2IIRA 3CIPA 3HM8A 1KVAA 3SPYA 1YVUA 3SBTA 4FVUA 3JSMA 3CCRN 3D2FB 1EETA 1VSJA 4JI6K 4AHUA 3SK3A 4GV3A 2FBTA 4FWSA 4I2PA 4OGEA 4MFBA 4CF2A 4HTLA 3F2KA 3OS0A 4IJNA 2ZJPL 4AM7A 3DLLL 3FE1A 1NOYA 3AY9A 1VHXA 3SLCA 3RVCA 3C95A 4CIEA 3QFPA 4Z4FA 2RHKA 3D45A 5HL7L 5E84A 2JLEA 1RTHA 2HB5A 2D5RA 2ETJA 4Z4HA 4IFVA 3MN6A 3CCSN 4J2AA 3AO5A 3LDSA 3P38A 3B6OA 1KAYA 3BP8A 4NYFA 4JI2K 4CJEA 3QBWA 4CI6A 4XH5A 3W3DA 3ID8A 4FW1A 4BRPA 4FJLA 3OYHA 2HVHA 1RFQA 2NRZA 1W9HA 3VQ6A 1HPMA 4PL7A 3SUQA 3VQ5A 1Q7YO 4X65K 3AVCA 2KFNA 1IKWA 3VQ4A 3PUFA 1NGEA 3NBPA 4A61A 1JJ2M 3TABA 4RWTA 1VSHA 3O9RA 4CD1A 1TGOA 4CHOA 1YTAA 2IGIA 4EFHA 5MLCQ 3O8MA 4CK2A 1IBKK 1F21A 4DSLA 4DTSA 2NUBA 4CEDA 4CE9A 1HYZA 4TSXA 2WTUA 1B9FA 2E2PA 2P9UA 4JI7K 1HNZK 3MXJA 4KB0A 3OYNA 4GY2B 3NF9A 1L3VA 3LPTA 4JK8A 3J8AA 3PSIA 4QS9A 4DQ8A 5I42A 3DAWA 4JI0K 4M45A 2BE2A 1NM1A 4E1MA 5AQJA 1GOBA 4JYAK 1SZ2A 4H8KA 4YOVA 5EVZA 2X6NA 3QIPA 4B1WB 1ZBLA 2HMPA 3CCUN 4LF5K 3EN9A 5LL6Z 4B3SK 3HL8A 4O55A 1BQMA 3AGKA 3CC2N 4JKDA 4DQQA 1HQUA 4NLCA 3J7ZO 3NDKA 4R5PA 4U7BA 1TKZA 3T7ZA 3VGLA 1UWBA 3MEDA 2D0BA 2BUPA 1GLEG 4DR2K 2FBYA 5AZIB 4DR5K 1T3VA 3AO2A 4DLGA 1VQ5N 4JS4A 5E41A 1WSFA 1NGJA 4CEZA 1VSIA 4BC2A 4JI1K 3EE8A 4PWDA 4FJ9A 1VSDA 3WNEA 2DFEA 4OJRA 1C0FA 2Z1IA 3M8PA 4CVNE 4FM1A 2QWQA 5M1QA 3OYFA 2NRWA 4YDUC 5M1OA 5JVGL 4BRKA 4F8RA 3C6AA 1B92A 1FW6A 1LWEA 3L2UA 5JS1A 3HPHA 2ZF5O 1EWRA 2I7NA 2WC9A 4JNEA 4ICLA 1NLVA 2YX6A 3SAHA 2ASOA 3SV3A 1TYQB 3CJ7A 1TL3A 1OH5A 4WFAL 1TK5A 4AH9A 3AGRA 3NGIA 4NYNA 3SMPA 3UKRB 4CEEA 5E26A 4B9MA 4GV6A 4DHYA 1FJGK 1KLNA 4H0YB 1NKEA 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1BI4A 3FZLA 3SAGA 2OCEA 3CYMA 4DTPA 3P39A 5SZTA 2GWKA 2ZGYA 3ZEUB 5BR8K 4DTOA 4BACA 2XHBA 5AQNA 2CGJA 1ILYA 3QBXA 2UYTA 3MEEA 5LJWA 1S1WA 3D6RA 4FWOA 2G8UA 4O4GA 3LP3A 4EP4A 1VSMA 3NVMA 1VSFA 2OTLN 2OA8A 3FR0A 1ITGA 1Y97A 5LY3A 3HVTA 3QEPA 1NK8A 4LF8K 4YOXA 4DG1A 3VQ9A 2HSTA 4DCHA 4W5TA 4JKBA 4KBOA 4DV3K 2QXLA 5HBMA 4KTQA 3O4NA 4M3XA 5I9EB 1CZAN 3ZT4A 4CF8A 5KRTA 4KHPK 3OW2M 2DFHA 2O8EB 3LWMA 1N36K 3MMVA 2YNHA 1NK7A 1W7AA 3D2EA 1L5UA 1QTMA 2HNZA 4JK9A 3F73A 1N32K 3TSPA 3K5OA 1XMOK 5DM6L 3LP2A 5FPMA 3OBWA 1JXEA 1XI1A 1WSHA 3U8XA 3WNHA 4NCBA 3C7NA 3TI0A 1QZ6A 3ZLJA 4K8ZA 3A5NC 5AQQA 3LPUA 1YHQN 1J5OA 2Q0UA 5FROA 3VQCA 3THXB 4KAZA 4CJLA 3FLCO 3JAMO 1IV0A 4DS5A 4YFUA 1BU6O 3OJUA 4CESA 1SUQA 1ASWA 1YJWN 4E89A 1EQYA 5AQSA 1UA0A 4DU1A 1K8KB 3AVBA 4JI4K 5KQDA 5AQIA 3RSEA 4OX9K 2A3ZA 5AQHA 4IZ9A 2OANA 3D2EB 3V9XA 4PY5A 1YJ9N 1NU0A 3L4IA 5AQOA 4BR7A 3G4SN 3C7NB 3AO3A 4W5QA 2O8FA 3SI6A 3RWUA 2HHTA 4DF8A 4FWLA 3VENA 3PV8A 4H0PA 3VEWA 2D0CA 4PKGA 3HPGA 2QKKA 2A41A 4MDAA 4BRLA 3TTCA 4CJ5A 5DK5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EE9 A;  3O9Q A;  3P31 A;  2KKZ A;  3OA9 A;  3KWG A;  4OPH A;  3RVC A;  3EE8 A;  3L4Q A;  3P39 A;  4OPA A;  2RHK A;  3KWI A;  3O9U A;  2GX9 A;  3O9T A;  3O9R A;  3M5R A;  3D6R A;  3O9S A;  3F5T A;  3P38 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3BZK A;  2E2Q A;  3DXM B;  3G25 A;  4I7F A;  3H46 O;  4PUO A;  3OYB A;  3CCE N;  2Q97 A;  3H3O B;  4Z4I A;  2RN2 A;  4DLE A;  3NCI A;  1RBU A;  5HP1 A;  4L3Q A;  1V4T A;  4O5B A;  2FSJ A;  4CK3 A;  3LDL A;  1T44 A;  3K9J A;  5AQV A;  3HP9 A;  3AAP A;  5EX5 A;  4K8X A;  5F1X A;  3E9L A;  3SQ2 A;  3VF4 A;  4JEP A;  4EHT A;  3DXK A;  3WEE B;  1Z26 A;  5K14 A;  4FLX A;  2I7P A;  1JL2 A;  4FYD A;  1OH7 A;  1NJW A;  3HST B;  4F2R A;  4BG8 A;  3Q7B A;  1KTQ A;  3AVK A;  5KPZ A;  1JLQ A;  2HBM A;  3SUO A;  4IDK A;  3ZX2 A;  4BR0 A;  3OYC A;  3VER A;  1WSG A;  2B5J A;  5KQ8 A;  5BRD A;  5GIP A;  1NGB A;  3AA4 A;  3BF3 A;  3K57 A;  1WSI A;  1LWC A;  2H3G X;  3BGR A;  3LZI A;  4AQY K;  1JL1 A;  1VRT A;  4CHQ A;  3RRG A;  1I94 K;  3OS2 A;  1HUX A;  4M3U A;  4FJN A;  4B9U A;  3PIO L;  1Q8I A;  4A2B A;  3NH2 A;  1R0A A;  2V51 B;  3DXK B;  2P9N A;  4FOI A;  3TR8 A;  4C8N A;  2YJE A;  2XO7 A;  1NJY A;  4CJU A;  3SBG A;  3FZK A;  5IWA K;  2YCH A;  5LJV A;  4BE2 A;  2HVI A;  1C6V A;  2QWO A;  3CC4 N;  2X78 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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