2RPIA

The nmr structure of the submillisecond folding intermediate of the thermus thermophilus ribonuclease h
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
MNPSPRKRVALFTDGAALGNPGPGTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus hb8
publication title The high-resolution NMR structure of the early folding intermediate of the Thermus thermophilus ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 19
structure length 106
sequence length 106
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rpiA00
1WSJA 4IDKA 4KB1A 1RT5A 4IG3A 3QEIA 4KB0A 4W5RA 1QSLA 4FJJA 4FJ9A 1JLFA 3LPUA 4O5BA 3OYLA 3OYAA 1BI4B 4CJLA 4KHYA 3NF9A 1C1CA 5C42A 4FM1A 4C8NA 1BISA 3TARA 2HB5A 4F2RA 4IKFA 3DYAA 3LAMA 1WSHA 2KFNA 1JLQA 2FBVA 3M8QA 3T1AA 4AHVA 1EETA 1I3AA 2G8FA 3CFOA 1N6QA 1B92A 3V4IA 2YNFA 5DMRA 4CEZA 4OPKA 3MXMA 3SI6A 2IOCA 2ITGA 2YV0X 1L3UA 4KI6A 2P5GA 4Z4IA 3IG1A 4GVMA 4CF8A 1L3SA 4CFDA 3SNNA 2G8IA 1ZBLA 3KK1A 4KRFA 4KHQA 4B8AB 4FW1A 2QK9A 1NOZA 3B6OA 1CXQA 3VQEA 4CJ3A 4CJUA 1LW2A 2HHVA 3V1QA 4CK2A 4M3WA 3EZ5A 2E6LA 3OYKA 2HHWA 4UQGA 3DI6A 1DTQA 4FJ7A 1J9AA 3ALYA 4Q0BA 1KLMA 3HK2A 4F3OA 2AJQA 1VK0A 4B9MA 3ZSRA 1SL0A 2HMIA 1X1PA 5T7BA 4BDZA 4FZYA 1RCHA 4E7LA 4KI4A 4KHWA 3KD1E 2XY6A 3LWMA 1GOAA 3ZSQA 3MEDA 4CFAA 3SQ2A 3DM2A 3SQ4A 4CJKA 4ZTFA 4AILC 3SJJA 3TWHA 1TKTA 1IKXA 5KRSA 4Q5VA 3KLEA 1HQUA 1A5VA 3LALA 3P5JA 3ZT3A 3IAYA 4JS5A 1RDCA 3H08A 3O4QA 3L2RA 4EZ9A 1XHXA 4CEEA 3OYGA 4AHRA 3PO4A 1R0AA 1NK0A 4O55A 4B8CA 1XI1A 2ZD1A 1NK9A 2YNIA 1S9EA 2XHBA 1F21A 2E6MA 5CY4A 4DQPA 3QEPA 2IGIA 4DQRA 4CJTA 3QNOA 3OS2A 4F8RA 4QOZB 3KKSA 4CEAA 4CK3A 2QKBA 3OS1A 3BDPA 3MEGA 4NCGA 4CHOA 3S3NA 1BCOA 2RN2A 4RG8A 3T19A 1Q9YA 4HUGA 4I9QA 1NKBA 4CE9A 2XO7A 3ZT1A 2VG6A 4CJ4A 2LSNA 4E19A 4FLXA 1BIUA 1EP4A 4FLYA 3AO4A 1C0UA 2HHSA 3TAFA 1QTMA 3S3MA 3AO3A 3NF6A 5J2MA 4FCYA 4CGDA 1HJRA 1NK5A 1BI4A 4QCLA 4N47A 4CJPA 3RMCA 1XWLA 2PZSA 1WAJA 4DFPA 2X74A 1QE1A 3AVFA 3VQBA 1NKCA 2IS3A 4JLHA 4FK0A 4CFBA 3CYMA 3SV4A 4F4KA 1QQCA 2XY5A 3VQQA 2O4GA 5KGXA 3K57A 3LAKA 3DLKA 1K6YA 3ZCMA 3LDSA 4O44A 3G0ZA 3NAEA 2R7YA 1NJYA 1T05A 3QINA 4KFBA 3O3GA 4HCBA 2Y1IA 4KHNA 1BHLA 1TV6A 2BANA 3K5OA 3M8RA 5SZTA 4Z4FA 1S1XA 2HW3A 2E4LA 2HNYA 1IG9A 1S9GA 3V9UA 5HRNA 3V9ZA 1HNVA 4CGHA 3SPYA 2VWKA 4B3OA 1TK0A 2KW4A 4LY7A 2HHUA 3QEWA 4N56A 4HTUA 4FLUA 4JRQA 2VG5A 1UA1A 3TI0A 3AA2A 4B9SA 4C8LA 4FJLA 3MAQA 3PV8A 4DSJA 1JLBA 1RTHA 4E7IA 1RBTA 3VQAA 3WNGA 4CGFA 4CGJA 2OPQA 4M3TA 4CEBA 4DF8A 4C8KA 3RMAA 4AHUA 4L8RB 3OYFA 3NBPA 3DRPA 4CIFA 1DLOA 3VQDA 3KK3A 3D45A 3LWLA 4KTZA 4FJXA 3VQ6A 4RW8A 1S1TA 4DSFA 1GOCA 1TL1A 4CJ5A 4HVJA 3QERA 3RMBA 4FYDA 3C95A 3WNFA 1VSFA 3V9WA 3DRRA 4BACA 1BCMA 1KCFA 2RF2A 4QAGA 3LPTA 3TR8A 3HT3A 1YT3A 1KTQA 2FBTA 1UOCA 1NK4A 1D8YA 4O0IA 2ETJA 2FBYA 1UA0A 4FJKA 3CM5A 1A5XA 4Z4GA 3K5NA 3AA5X 4OLAA 4FJ8A 2KFZA 2RKIA 1U45A 5HRSA 1B9DA 3DLBA 4DWIA 1WNSA 4LSLA 2GUIA 5HROA 5EU7A 5HRRA 3HVRA 4R5PA 4BDYA 4E89A 2VG7A 4AHSA 5C24A 5KTQA 3VQ9A 1C1AA 3S9HA 3DLEA 3OYIA 4PWDA 5FRMA 2Z1IA 2F8TA 3OVNA 1RBVA 1TKXA 2HNDA 3L3UA 1YTAA 3SZ2A 3L3VA 3DLHA 4DTRA 2BDPA 3NH2A 1JXEA 1NKEA 4W5NA 2OZMA 3AA4A 2P5OA 5CYMA 3LP0A 4DLGA 4DTNA 1IKYA 1TKDA 1JLGA 3P1GA 3K5MA 4FM2A 4E0DA 3AVHA 5HRPA 1KFSA 4DSIA 3AVNA 5FRNA 2FBXA 4E7KA 3NGZA 4GMJB 3AVMA 4DSKA 2Z1HA 1G15A 4C8MA 4OPJA 1JL2A 3QLHA 3L2UA 1XC9A 4OGEA 4KTQA 2DY4A 1JLCA 2OYQA 1TGOA 2YNGA 4CESA 3KKRA 4DTSA 3ASMA 1VSIA 2GV9A 5K14A 1FK9A 1S1UA 3CG7A 3LZJA 4F3TA 1ASUA 4DQSA 4FLTA 3DRSA 4DFJA 4CHYA 1WAFA 4BWMA 1NK7A 1KRPA 3VQCA 1RTDA 5KGWA 2OPPA 2X6SA 4RW6A 3KLFA 1LAVA 1NJXA 4CECA 3M8SA 3PX6A 3SYZA 5SWMA 4W5OA 3AVCA 2KZZA 1LAWA 1KVCA 1UWBA 3G10A 3IRXA 3SQ0A 3KIOA 4EP4A 4H4MA 4B9VA 3O4NA 4FXDA 4MQ3A 3PY8A 4I9LA 2I5JA 1TVRA 3OYMA 4BE1A 2F8SA 1ASWA 1BQMA 4KHSA 3V6DA 3AVIA 1FXXA 4H4OA 3OYDA 1ZBHA 5JS1A 4HHTA 1Y97A 4DS5A 4DSLA 1KVBA 1VSDA 4JS4A 3I0RA 1RT7A 3V1OA 3BGRA 2P51A 4LH4A 4CHZA 4C8OA 1SKWA 4YNQA 4I7FA 3PUFA 4CF9A 3ZSOA 4CJFA 4FJMA 2B5JA 3VQ5A 1RT6A 3KLGA 1DTTA 1WN7A 3E01A 4MFBA 3OYJA 1RDAA 3THVA 2HHXA 4N5SA 4IFYA 1RDBA 4FJHA 2HHQA 4EZ6A 4ID1A 1C0TA 4DTUA 4OLBA 4M41A 3RRGA 1W0HA 4M3RA 4DLEA 4CGGA 1RBSA 2OPRA 3P83D 1TK5A 4FK4A 1I39A 3TAMA 4CEQA 3SUPA 4DSEA 4B08A 1HYVA 3DOLA 3VQ4A 1S1WA 3HP6A 4B9LA 4DTXA 1RTJA 4KO0A 2XY8A 3QIOA 1ZBUA 3SV3A 3OYBA 3KLHA 4NYFA 1SL2A 3I8DA 3CM6A 4GW6A 1Q9XA 4FW2A 4FLZA 1SL1A 2Z1JA 2W42A 3L2VA 3CFPA 5E41A 1CXUA 2G8UA 4CFCA 4DQIA 4FJ5A 1HYSA 2B4JA 5J2QA 2DFEA 2EHGA 3AV9A 3HL8A 3NGYA 3ITHA 2HNZA 3MEEA 4KREA 3VQ7A 2G8VA 1YVUA 1LV5A 4OKJA 3NE6A 1SKRA 1BIZA 2IDOA 3VN5A 3S3OA 5HBMA 3IS9A 2X6NA 1L3TA 1BL3A 3F9KA 1D5AA 3MECA 1BGXT 2X78A 4WE1A 4BWJA 3ZT2A 4CIGA 4CF2A 4FVMA 3VQ8A 3NDKA 4HUFA 3QNNA 1JLEA 2G8HA 3WNEA 3HSTB 3DOKA 1KLNA 1ZYQA 3VA0A 1C6VA 4Y1CA 3ZSWA 4E1MA 3NH1A 3NGIA 4IG0A 1WLJA 4W5QA 1TAQA 3V81A 2RPIA 2O4IA 1EXQA 1J53A 4HUEA 1QSYA 1WSFA 4B9TA 4FK2A 2OPSA 4DU1A 1HYZA 1VSEA 2BGGA 4Z4HA 4RW4A 3L8BA 4N76A 2OA8A 4DF4A 4NCAA 4EP5A 3L2WA 3K2PA 1RBRA 3TANA 4LD0A 4Z4CA 1N5YA 4PY5A 3CQ8A 3B6PA 1U49A 1QS4A 5J1EA 3ZT0A 4CJRA 1U47A 4M42A 1SKSA 1BQNA 1EKEA 1RILA 4ELTA 3AVAA 1YTUA 3AVJA 4K8XA 5CYQA 2DFHA 1HNIA 1WSGA 1IH7A 1NJZA 3KK2A 4CF1A 1L5UA 2YKNA 4DG1A 1LWCA 1NK8A 3HXMA 4KV8A 4FZXC 4PA1A 1VSJA 4CEOA 1JKHA 1T03A 3AVGA 4YFUA 1JXBA 4FLVA 2EX3A 2XRIA 2Y1JA 1ITGA 2GBZA 3V9XA 3QESA 1JLAA 3QO9A 1SUQA 3QETA 3PO5A 3LANA 2PYJA 1ASVA 2WOMA 4I2PA 1WSEA 3AO5A 4KTWA 4CERA 3D0PA 3KLIA 1CLQA 2D0BA 2P1JA 3ZSYA 2DFFA 1UAXA 3NF7A 3QEVA 4FJIA 3NFAA 5KI6A 4DFKA 2ZQBA 4DU3A 3OYEA 5DK5A 3VQPA 3KTQA 3WNHA 1NJWA 3OS0A 3SUNA 3OYHA 4BE0A 3ZSVA 4CHQA 3HM9A 2Z1GA 3M8PA 3HPHA 3HO1A 4LSNA 3U3GA 4CF0A 4ZTJA 2YHAA 1JL1A 3K59A 3HPGA 4NCBA 3RR8A 3ZT4A 4OGCA 1VSLA 4HCCA 4N41A 4CHPA 1D9FA 3U3YA 3HP9A 1FKPA 1U48A 3PX0A 1HRHA 4DMNA 1Z25A 3DLRA 2ZE2A 2A1RA 1XHZA 4ZHRA 4CK1A 1VRUA 3ZSZA 1GOBA 2B6AA 4O0JA 3RTVA 4LH5A 4BDPA 2OZSA 5J2NA 3EYZA 4DU4A 1HPZA 4XIUA 1LW0A 4M3YA 1T8EA 1LWEA 1RT1A 3KJVA 3TAEA 5FROA 3ISNC 4PQUA 1W9HA 1RT4A 1X9SA 3V9SA 2YKMA 1TKZA 3LP1A 1X9MA 3RRHA 3HJFA 2VWJA 1RTIA 4PUOA 4M45A 3LP3A 3HPOA 3NHGA 4ELUA 1NK6A 3TAPA 2JGUA 3SUQA 4M3ZA 3K58A 2PY5A 1Q8IA 4E7JA 4J2BA 4RW9A 4FJNA 2D0AA 4DTMA 1VSHA 3AA3A 4FZZA 1EX4A 1MU2A 4NYNA 2WONA 1IO2A 1QSSA 1U04A 3TAGA 4J2EA 1RNHA 4G1QA 4IBNA 5D3GA 4IFVA 2G8KA 5CZ2A 4F2SA 2ATQA 1RT3A 4AH9A 4OKEA 3I0SA 1A5WA 2FC0A 3K5LA 3AO2A 4CJVA 1J5OA 1LWFA 4CHNA 1TL3A 1Z26A 1KFDA 4FJGA 1KSPA 2KQ2A 2XY7A 2KTQA 1S6QA 3LP2A 3AO1A 3V1RA 3EY1A 4DTJA 1IKVA 2D5RA 5KRTA 2JLEA 3O3FA 5HP1A 1U4BA 3DLGA 4J2AA 1X9WA 3MXJA 4CEFA 3OYNA 3AVKA 4M3UA 3CFRA 1IKWA 1J54A 2YHBA 1TK8A 4CGIA 3VA3A 3HVTA 3MXIA 4B9NA 3RMDA 3SQ1A 1ZBFA 1CZBA 3QIPA 1NOYA 1REVA 4KAZA 4CEDA 4CJEA 1O1WA 4ICLA 4CJQA 1TAUA 3C94A 4DTOA 2HVIA 2A1SA 1S6PA 3O3HA 5I3UA 4W5TA 3A2FA 2G8WA 2NUBA 3HYFA 3NF8A 4CIEA 3NH0A 4FLWA 4J2DA 4M3XA 2PYLA 2QKKA 1FKOA 4DTPA 4Y1DA 1KVAA 1RBUA 4DS4A 4FM0A 3FFIA 3RR7A 4KPYA 4CJWA 5FDLA 3OJSA 5I42A 1QHTA 3JYTA 3UIQA 2F96A 3AVBA 1RDDA 1ZBIA 3TAQA 3L2QA 4CJSA 2BE2A 3C6UA 4AHTA 1C0MA 3RWUA 4RW7A 3T3FA 4E7HA 3C6TA 3JSMA 2IAJA 3KD5E 4ID5A 1S1VA 4TSXA 3QEXA 3OY9A 2IC3A 3ULDA 3SUOA 4BE2A 4KKOA 4E3SA 4K8ZA 4E1NA 5JS2A 3F73A 4O4GA 3TABA 4B9UA 3ZSXA 2HVHA 1VSKA 2QXFA 3SPZA 1L3VA 2KZMA 2DTUA 1VRTA 1VSMA 1CZ9A 1WSIA 3U6FA 1D9DA 1HMVA 1T7PA 2HHTA 1C1BA 1SV5A 1RT2A 4AHCA 5J2PA 4CCHA 2Q3SA 4OVLA 3AVLA 5CZ1A 1S5JA 4ELVA 4Z4EA 3OYCA 4DQQA 4JRPA 2YNHA 4Z0UA 5HLFA 4KHUA 2D0CA 4I2QA 1B9FA 5C25A 4OKKA 3OJUA 3NCIA 3DMJA 3LZIA 3PX4A 3SCXA 1HQEA 4DFMA 4H8KA 4OJRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSJA 3FZKA 3RSEB 3THYA 3LPUA 1XQSC 3OYLA 4KHYA 3NF9A 1C1CA 4MLEA 4B1XB 2A6AA 1U2VB 2HB5A 2NRZA 2KFNA 1WSHA 3WUHA 4AHVA 1EETA 1I3AA 1RDUA 3HOTA 3TTCA 4GV6A 5LY3A 2QA4N 2YV0X 3WXKA 2G8IA 2HBJA 4B8AB 1NOZA 4PL7A 1TUYA 1CXQA 4CJ3A 4XH5A 5AQOA 3F2KA 1LW2A 5KQDA 2GUPA 4J8FA 1DTQA 1J9AA 3GDQA 4B9MA 3H3OB 4BRIA 5T7BA 1KD1O 2A3ZA 1VQNN 4CFAA 3SQ2A 3DM2A 2H3GX 2VCPA 3SQ4A 4YOYA 4GVEA 5AZIA 4CVNE 4MLHA 3AAPA 1TKTA 4AILC 4XH1A 1A5VA 3ZT3A 4DR3K 3JS6A 4EZ9A 3PO4A 1BDGA 1NK0A 4JKDA 1NGBA 3AAQA 2F7TA 2IGIA 3UKUA 4CJTA 4DQRA 3QNOA 1WBDA 1YITN 2RE2A 4CHOA 1Q9YA 4HUGA 1NKBA 2XO7A 2HHSA 5AQRA 3EEQA 3CJ1A 1C0UA 1ESVA 3TAFA 1GLEG 4GV9A 4BG9A 4Y0WA 4CGDA 3ULEB 4BQZA 1DT9A 1XWLA 2PZSA 4WF9L 1XMOK 3AVFA 4IOCL 4CZEA 3SV4A 1QQCA 3CJAA 2O4GA 5KGXA 4DV0K 1K6YA 3ZCMA 4U7BA 2R7YA 4QOZB 2V7YA 5LMNK 3WEEA 4QS9A 1S1XA 5AQNA 3FZFA 2UYTA 3VGLA 2CH5A 3SPYA 1QVGM 5AQLA 4U67L 2HHUA 1NG9A 1S3XA 2P9KB 2VG5A 3MAQA 3PV8A 1JLBA 1VQLN 4M3TA 4ISGA 4CEBA 2FSNA 4AHUA 3OYFA 4KTZA 1NBWA 3QERA 5AQMA 4FYDA 4QAGA 4O0IA 1UA0A 1Y64A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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