2RPIA

The nmr structure of the submillisecond folding intermediate of the thermus thermophilus ribonuclease h
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
MNPSPRKRVALFTDGAALGNPGPGTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The high-resolution NMR structure of the early folding intermediate of the Thermus thermophilus ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus hb8
total genus 19
structure length 106
sequence length 106
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rpiA00
3VQAA 3OY9A 3KK3A 4CERA 1UOCA 3AA4A 4B8AB 4CIEA 5T7BA 1L3UA 2F8TA 4DSIA 4KRFA 1WSHA 4CECA 3U3YA 1BL3A 4E7JA 3U6FA 3K2PA 3EY1A 5KRSA 1Q9XA 3HVTA 1IKXA 4DMNA 4YNQA 3S3OA 3NF9A 4OJRA 3T3FA 5HRPA 4ELTA 3OYDA 2BE2A 3HSTB 4O4GA 4K8ZA 4IG0A 3QEVA 4I2PA 2HB5A 3CFOA 4KAZA 1RBTA 4FW1A 4CJTA 1RT7A 2GBZA 4DF8A 3SUPA 1TKTA 2Z1GA 4B9LA 5FRMA 1EX4A 2HHWA 3HYFA 4C8MA 3V6DA 4DSJA 1F21A 4FM2A 3SQ1A 3ZSRA 4PA1A 3NHGA 4LH4A 3HXMA 4FCYA 1C6VA 3LAMA 2KFNA 3MXJA 3PX0A 3TARA 3TABA 1NJXA 3WNFA 1NK8A 4IFYA 1NJYA 1B92A 1WSJA 3HP9A 4HUGA 3PO4A 1C1CA 4KFBA 2XRIA 3AVJA 3V1QA 1RCHA 4CFDA 2OYQA 1TAUA 4CIGA 4FJJA 4DTUA 4FLYA 2KQ2A 4CF1A 4E89A 3K57A 1T8EA 3ZSYA 1W9HA 4DF4A 1NK4A 4FJLA 4FLXA 3L2UA 1BIUA 3OJSA 4KKOA 3SI6A 3ZSOA 3MXMA 1ZBHA 1RDCA 3CM5A 5KTQA 4W5RA 4C8LA 1KFDA 2X78A 4I9QA 3KD1E 3S3MA 2HNDA 1VK0A 2YHBA 3FFIA 4DG1A 1X9MA 4B3OA 4M3YA 1WN7A 1TL3A 4CCHA 4CHYA 3DYAA 4CJLA 1NK5A 2ZE2A 1BGXT 1VSEA 2IS3A 4KTZA 5HRRA 4CJSA 4M3UA 3AVBA 2PY5A 1RBVA 2HHQA 4DFKA 3ITHA 1RDBA 4CF9A 1G15A 3NCIA 1NKEA 1KRPA 2QKKA 3QIPA 1TVRA 2OZSA 5C24A 2IC3A 1LW2A 1WNSA 2WONA 1EXQA 4CGJA 3NAEA 1GOBA 3QESA 5K14A 3VA3A 3VN5A 1YVUA 3TAEA 2BDPA 1LAVA 4BDPA 5J2MA 2VG7A 1LV5A 2IOCA 4N56A 3KLFA 3SUQA 3VQPA 3ISNC 3ASMA 3IS9A 3V1OA 3OYCA 1T7PA 4RW8A 1NK6A 4CGFA 4PUOA 4F3TA 2WOMA 1IH7A 3NH1A 4BE2A 4AHSA 5J2NA 1SL0A 1FKOA 2XY7A 4DU1A 1BQMA 4CJ5A 1IKYA 4IKFA 4W5NA 2XO7A 3PX4A 1QTMA 3M8RA 3SV3A 4DSFA 2HHXA 3AA3A 3NF6A 1WAFA 2E6MA 1XWLA 1S6PA 3G0ZA 3ULDA 1RBRA 2DFEA 4AILC 3PV8A 1JKHA 4N41A 1O1WA 1NKBA 4M3ZA 4BE1A 3LZIA 1I39A 4FVMA 3DLKA 2DY4A 3AO5A 1C0MA 2DFFA 4F8RA 3RWUA 4DSLA 1Z25A 1A5WA 1DTTA 2Q3SA 3V81A 1VSLA 4CEDA 3RR8A 4J2EA 1TV6A 3TR8A 3K5NA 4DFJA 3QLHA 3KK2A 3VQBA 3QIOA 1QE1A 1RBUA 3QEWA 4DQPA 4LSNA 1NOZA 2ITGA 3MECA 4KI6A 4EZ9A 1D9FA 1WAJA 1FKPA 4FJGA 3ZT4A 3RMCA 2QXFA 4KHNA 2ZQBA 3ZT3A 4KHUA 1J53A 1NJZA 4PWDA 3RMAA 2FBYA 5DMRA 2ETJA 3DLEA 4AH9A 4ZHRA 2VWKA 4Q5VA 4EZ6A 2AJQA 3T1AA 4DLEA 4CEBA 2G8WA 1JLAA 3C6UA 4DSEA 4HCCA 2FBVA 1WSGA 2ATQA 3AO3A 3KLEA 4O55A 5FROA 1TKXA 4HHTA 2B4JA 3TANA 3CFRA 2OPQA 4CJEA 2D0AA 3CFPA 5I3UA 4DQIA 4OLAA 3C94A 3RTVA 4O44A 1U48A 1JXBA 2YKMA 3HL8A 1VSDA 1CZBA 1RT3A 4RW9A 4CJUA 3AO2A 4NCAA 3NF8A 3CQ8A 3O3FA 2HVIA 4BE0A 5HP1A 1U47A 3OYLA 3D45A 1QS4A 4R5PA 2IGIA 4JRPA 2YNHA 1D9DA 3KKRA 3TAPA 1RILA 3LP3A 3HPHA 4CJ3A 4F2RA 4CF0A 2QK9A 3OYBA 1JLBA 3SUOA 4JRQA 2F96A 4CJFA 1S1UA 1HQEA 3PX6A 4N76A 4JS4A 4HUEA 4FJMA 4CEEA 3AV9A 5E41A 2HHVA 4FK0A 1I3AA 4M42A 4Z0UA 1VSHA 1S9GA 1YTAA 2D5RA 4DS5A 5CY4A 5C25A 2HHTA 4FW2A 2YHAA 1CZ9A 3O3GA 1UA1A 2P1JA 2X6NA 4RW6A 2FBTA 3HO1A 3F9KA 3AVNA 1XHXA 4OKJA 3OYEA 4N47A 1CLQA 3M8QA 3P83D 1SKRA 4BDYA 3H08A 4N5SA 3D0PA 1U49A 3HT3A 3TAGA 3V4IA 4Z4GA 1CXQA 3KIOA 2ZD1A 1C1AA 1WSEA 4DTMA 3JSMA 1K6YA 4H4OA 1JL1A 2XY6A 3QETA 4FJ7A 4W5QA 4CK2A 4FM1A 1IG9A 3VQ7A 2HNYA 1S1TA 5C42A 3SPZA 1CXUA 2XY8A 3OYNA 4J2AA 4J2DA 4CHNA 1ASVA 1EP4A 4BWJA 4FJXA 4B9TA 3VQ9A 1L5UA 3DM2A 3PO5A 4CESA 3ZSXA 4LSLA 1YTUA 3LAKA 4E3SA 3C6TA 1J54A 4AHVA 2E6LA 3HM9A 3ZSQA 5J2QA 4E7IA 4Z4CA 4FYDA 1VRUA 1TK5A 3ALYA 2YKNA 4KTWA 4H8KA 1NK0A 4I2QA 4M3RA 4UQGA 4E7LA 2XHBA 1RBSA 3SZ2A 4DTXA 1ZYQA 4C8KA 1BCOA 2Y1IA 3SYZA 4C8OA 1X9WA 4PY5A 1SL2A 3LALA 1ASUA 2OA8A 3O4QA 1RTDA 4JLHA 1WSFA 1YT3A 4OPKA 4CF2A 1HYZA 3JYTA 4FLZA 3SV4A 4DFMA 2GUIA 4MFBA 2KZZA 4IDKA 1LWEA 3NH0A 3OYKA 3QNNA 5CZ1A 3OS0A 5D3GA 3DOLA 4CHOA 1JLQA 2VWJA 3TI0A 1R0AA 4FLTA 2R7YA 1A5VA 2A1RA 2XY5A 3AO4A 4CK3A 4BACA 2RN2A 2F8SA 4DFPA 3E01A 4OGCA 5KGWA 3MXIA 4F2SA 3L2RA 2W42A 4AHUA 2PYLA 3AVLA 4FZXC 3SNNA 2OPRA 2X74A 4WE1A 4ELUA 4H4MA 4EP5A 1IO2A 2HHUA 5HBMA 3L3VA 2O4IA 3V9UA 2HW3A 3HP6A 3VQ4A 4J2BA 2HHSA 1VSKA 2LSNA 3AVGA 1S1VA 3SUNA 4Q0BA 1U04A 3L2WA 4KTQA 3ZT0A 3U3GA 1RNHA 1SKWA 3V1RA 1KLNA 3KJVA 4ELVA 1X1PA 4CJ4A 4ID1A 1ZBIA 3SQ4A 4DU3A 1RT4A 4KV8A 4KREA 4KHSA 3WNEA 2G8KA 1SUQA 3S9HA 1U45A 1KFSA 2Z1HA 1KCFA 2EHGA 3K59A 4M3TA 1KVAA 2B5JA 3AVFA 3PY8A 4NYNA 4QOZB 3K5LA 4E7HA 4FLUA 3L2VA 1HYVA 4W5OA 3RMBA 2OZMA 2E4LA 4DTOA 4OGEA 1RT6A 3MAQA 4B8CA 3KK1A 1VRTA 2KW4A 3LANA 1TAQA 3VQCA 1KSPA 2JGUA 4CJKA 3OS1A 3A2FA 5KRTA 1TK0A 3K5MA 4FJHA 3NBPA 1L3SA 4Z4IA 5SWMA 1NK9A 3AVIA 3BDPA 1ASWA 2HMIA 3QNOA 3RRHA 1LWCA 3I0RA 3MEDA 4O5BA 2HVHA 3QERA 4NCBA 3VQDA 3V9ZA 3TAMA 4LY7A 4CEZA 3V9WA 4Z4FA 2KFZA 3NFAA 5HRSA 3P1GA 2PZSA 2G8VA 5HROA 1N6QA 4DQRA 4C8NA 3M8PA 3K58A 4GVMA 1SL1A 1L3VA 3DRRA 2HNZA 2Y1JA 1BISA 1ZBFA 3L8BA 3DRSA 2P5OA 3TAQA 3OYAA 1JL2A 1TKZA 3ZT1A 4Y1CA 4JS5A 2P5GA 2VG5A 4KB1A 1VSIA 2YNIA 1QSSA 1TKDA 4O0IA 3L3UA 4AHRA 2QKBA 4OLBA 4CJVA 1WLJA 2DFHA 1B9FA 4CJWA 4HUFA 4KHYA 4HTUA 4F3OA 3TWHA 1RT2A 3NGZA 3TAFA 4FJIA 1QSLA 1N5YA 3ZT2A 2A1SA 3NDKA 1T05A 1KVCA 4DS4A 5FRNA 3THVA 1REVA 4CJRA 1QHTA 3QEPA 4M3XA 5KI6A 5FDLA 3DLGA 4E7KA 3AA2A 2G8HA 4FJ8A 3O3HA 3HPOA 1QQCA 4GW6A 3VQQA 1WSIA 3KLHA 3V9XA 3RRGA 2IDOA 1UWBA 3G10A 4CGHA 4CHZA 5KGXA 3SQ0A 4KHQA 3QEIA 3EYZA 1NJWA 4CGGA 4OKKA 4KPYA 3HVRA 2D0CA 4KO0A 3CM6A 4GMJB 1MU2A 3ZSVA 3S3NA 3WNGA 2YV0X 1JLEA 3KKSA 3LWLA 3OYHA 1BIZA 4ZTFA 1X9SA 4M3WA 4QCLA 3LP0A 1SKSA 4B9SA 4Z4EA 1RTJA 1LWFA 1BHLA 3B6PA 3IAYA 1BCMA 3KLGA 3VA0A 1KVBA 3CG7A 3LPUA 4Y1DA 4FM0A 2RPIA 1S9EA 4LH5A 5DK5A 3OYGA 3WNHA 1C1BA 3HPGA 4MQ3A 3NGIA 4W5TA 1J5OA 1HQUA 4CF8A 5J2PA 4I7FA 2BANA 2OPSA 2OPPA 4OVLA 3VQ8A 4CK1A 4Z4HA 3AVKA 4DSKA 3UIQA 4QAGA 5HRNA 1ZBUA 4FLVA 1ITGA 4I9LA 1KTQA 1EETA 3DMJA 3M8SA 1NKCA 1RDAA 1Y97A 1C0UA 3CYMA 1U4BA 4BDZA 1DTQA 2GV9A 4CFCA 3KTQA 1Z26A 3AO1A 3OYMA 1NOYA 1JLGA 1HJRA 5JS2A 4M45A 3LP1A 1XC9A 4FZYA 1KLMA 4B9VA 4NYFA 3EZ5A 1UA0A 4ICLA 4NCGA 4RW4A 2YNFA 4DQSA 4IBNA 1RTHA 4CHPA 3LP2A 2KTQA 3QO9A 3OJUA 1NK7A 4CIFA 4FK2A 3MEEA 1TL1A 2VG6A 2I5JA 2YNGA 4DTSA 4FJ5A 3LZJA 3L2QA 1JLCA 3SJJA 1FXXA 4HCBA 4CEAA 1D8YA 1VSJA 4CGIA 4YFUA 5SZTA 4CGDA 5I42A 4IFVA 3C95A 3OVNA 4DWIA 1SV5A 1S1WA 5HLFA 4PQUA 1S5JA 4FZZA 1T03A 3SCXA 2G8IA 4CJQA 3SQ2A 3AVAA 3AVHA 3OYIA 4HVJA 3QEXA 3OYJA 1HYSA 3VQEA 1IKVA 3V9SA 4CE9A 1HRHA 1L3TA 3RR7A 3MEGA 1W0HA 4ZTJA 1XHZA 3O4NA 3I8DA 2PYJA 5CZ2A 3DI6A 4RG8A 1D5AA 1HNIA 3HJFA 4DTJA 3HK2A 4DQQA 1RTIA 3AVCA 4CEOA 2P51A 2O4GA 5J1EA 3RMDA 4B9UA 4FJNA 3LPTA 1UAXA 4XIUA 2BGGA 3IRXA 3KLIA 1VSFA 3I0SA 4FJKA 3F73A 4O0JA 3T19A 1GOCA 3PUFA 4CEQA 3NH2A 2G8UA 3DLHA 2JLEA 1S6QA 3DOKA 3OYFA 1FK9A 4CHQA 1RDDA 4EP4A 4DTNA 2RF2A 4DTRA 3NE6A 1B9DA 3IG1A 1JXEA 4LD0A 2D0BA 3DRPA 4ID5A 3QINA 4KB0A 3VQ5A 4KHWA 3ZSZA 4OPJA 5CYMA 4G1QA 2X6SA 4M41A 4E0DA 1HNVA 2NUBA 4DTPA 4DLGA 3DLRA 5JS1A 4FK4A 3LWMA 3SPYA 1TGOA 5CYQA 4AHCA 2IAJA 3AA5X 4B9MA 4F4KA 3B6OA 1HMVA 1XI1A 1RT5A 3KD5E 4CFAA 4FJ9A 1A5XA 1Q9YA 1GOAA 1Q8IA 2G8FA 3OS2A 1QSYA 1ZBLA 3P5JA 2FC0A 4RW7A 2EX3A 3LDSA 1BI4A 2FBXA 3NF7A 1LAWA 4E1NA 4AHTA 3VQ6A 4B08A 1HPZA 1IKWA 3BGRA 4TSXA 5EU7A 2KZMA 1VSMA 4DU4A 1C0TA 3K5OA 3NGYA 1JLFA 1EKEA 4CJPA 4BWMA 4CFBA 4L8RB 4K8XA 4CEFA 1TK8A 3AVMA 4E1MA 3DLBA 4B9NA 1LW0A 1S1XA 4IG3A 3ZCMA 4KI4A 3ZSWA 1BQNA 1RT1A 2Z1IA 4FXDA 1BI4B 1DLOA 2Z1JA 2DTUA 4E19A 4OKEA 2RKIA 4FLWA 2B6AA 1J9AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L3UA 4DSIA 1BL3A 3GL1A 5AQFA 1Q9XA 1IKXA 4DMNA 3S3OA 3T3FA 4BRCA 3OYDA 3HSTB 4O4GA 4IG0A 4NLBA 3QEVA 2HB5A 4I6MA 1FW6A 3SUPA 4B9LA 4CI6A 3V6DA 4RCHA 3SQ1A 4FCYA 4EFHA 2UXDK 5JLHA 3TARA 1NJXA 2VCPA 1NJYA 3CC2N 3SLCA 5JMVA 3AVJA 4RWTA 4FLYA 3GE1A 1W9HA 3LDQA 5BR8K 4KKOA 3ZSOA 3BZKA 1XQSC 4C8LA 4CJ7A 1VQ6N 3CPWM 3S3MA 1MWMA 2HNDA 3MN7A 4BR5A 3KD1E 1WN7A 4GV3A 4CCHA 3DYAA 4A62A 1SQKA 2PY5A 1RBVA 3JS6A 2HHQA 3QICA 1RDBA 2ASMA 5AZIB 1QQNA 3DXMA 1NKEA 2OZSA 3QIPA 1TVRA 4CGJA 1X3MA 5K14A 1YVUA 1TUUA 1LAVA 3THYB 2VG7A 3ULEB 1LV5A 4N56A 3JAMO 4M63C 4IEIA 1T7PA 1SL0A 5J2NA 2XY7A 4BG8A 2HHXA 3EE8A 4AILC 1XWLA 1JKHA 1NKBA 3BF1A 3ZX0A 3LZIA 3CC4N 3QB0A 2QA4N 4AM6A 2CGJA 3ZX3A 2DY4A 1BOTO 1Z25A 3V81A 1VSLA 5M1NA 3QLHA 1RBUA 4KH6A 1ZBSA 1ATNA 4GKJK 1JJ2M 4KI6A 2I7NA 3BUZB 1VQ5N 4LFAK 3ZT4A 2NZTA 3F5TA 3OBYA 4DV2K 4JEPA 3CCSN 3O6WA 1S3XA 3M3ZA 4DLEA 5LMNK 4DR2K 1TKXA 3K9JA 2B4JA 3PIPL 3TANA 2HF3A 4DV7K 4DQIA 5AQJA 3C94A 5A2QO 3RTVA 3VMFB 4B3MK 4NCAA 3NF8A 4BVOA 1Q82O 3OYLA 1K8AO 4R5PA 1D9DA 3KKRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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