2RPIA

The nmr structure of the submillisecond folding intermediate of the thermus thermophilus ribonuclease h
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
MNPSPRKRVALFTDGAALGNPGPGTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The high-resolution NMR structure of the early folding intermediate of the Thermus thermophilus ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus hb8
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 19
structure length 106
sequence length 106
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rpiA00
3B6OA 3LPUA 4CJVA 2IAJA 1ZYQA 2YKNA 4NCAA 4E3SA 4B9VA 4XIUA 5KRTA 3HL8A 3K5OA 4KKOA 3NF8A 2XHBA 4E7HA 4B9TA 1SV5A 2YV0X 4CEZA 2OA8A 4BDPA 4F3TA 1RT7A 1Z25A 3LP0A 2XY6A 1S1UA 2FC0A 4FJNA 1BIUA 4CGIA 4R5PA 4HCCA 2NUBA 1VSEA 4DFKA 3S3OA 4M42A 2OPQA 4CJWA 4FJ7A 3L2RA 3H08A 5HRRA 1NK9A 4FLUA 3O3GA 1Q9YA 2DFHA 3OYCA 2GUIA 4FJJA 4RW4A 1JL1A 1GOAA 2XO7A 1XI1A 2VWJA 3SJJA 4E19A 3F73A 4RW7A 3TABA 1VSJA 4B9NA 1JLGA 3PUFA 2EX3A 3ISNC 4CJUA 4O55A 4CJTA 4CGFA 4Z4CA 3KD5E 5FDLA 2ZE2A 4C8MA 3LP1A 3ZT1A 2HHSA 1ASVA 4IDKA 4NYNA 3TAFA 3V9XA 1T05A 1HYVA 1S5JA 1FK9A 1T8EA 1BGXT 5KGWA 3OYJA 1U47A 1RBSA 1LAWA 4ICLA 4QCLA 4J2BA 3MXMA 2YNHA 3SV4A 1BCOA 1XC9A 1TK5A 3PX4A 3LZIA 4ELTA 4FK0A 2VWKA 2YHBA 5J2QA 1IG9A 4DLGA 3DYAA 4CE9A 3D0PA 3QNNA 3PX6A 5C24A 4CEOA 1B9FA 3L3VA 4FJ8A 4KO0A 1BQMA 4HHTA 1IKYA 3SQ1A 4CHQA 4C8OA 4IG3A 1C0UA 1VRUA 2RF2A 1IKVA 4B08A 1REVA 1S9EA 1WAJA 3HPOA 3KKSA 4JRPA 3M8PA 4Q5VA 3KLHA 1IKWA 4CJPA 3L2QA 1NK7A 2B5JA 1SKSA 3QIOA 3DI6A 1J5OA 3RRGA 4F3OA 1IKXA 4G1QA 4KAZA 1ZBUA 2VG5A 1RT5A 4KHQA 3IS9A 1JLQA 3V9ZA 5JS1A 3OYGA 3WNGA 5KRSA 1CXQA 4CEQA 1VRTA 3QETA 1UWBA 1GOCA 4KV8A 2FBYA 1NKEA 2KQ2A 3CG7A 4DWIA 1FXXA 5I3UA 3G10A 3DLBA 5KI6A 4CGJA 4H4MA 3OYNA 4FCYA 4NCGA 1LW2A 2OPRA 4CESA 1B92A 2G8FA 4FVMA 4JS4A 3DRSA 4E7IA 1XHXA 3MAQA 3G0ZA 2HB5A 4H4OA 4MQ3A 5FRNA 1NJWA 4N47A 1NOYA 4Z4EA 1YVUA 3QEPA 4ELVA 4OLBA 3LP3A 3AVAA 3LP2A 3HK2A 1YTAA 1RTDA 2P5OA 1RT3A 1QHTA 1NOZA 3ZT0A 3AVMA 1WLJA 3LDSA 3RMCA 3S3NA 4Z0UA 3KD1E 4F2RA 5HROA 1RTJA 1C1CA 4OGEA 1BHLA 1RDDA 1W9HA 2WOMA 3RRHA 3RMDA 4CK1A 3VQAA 1CZ9A 3DMJA 5CYQA 4CIEA 3V4IA 2YKMA 3T19A 3S9HA 3QEVA 4M3RA 4BDZA 2KW4A 1NK0A 4FJKA 3ZSXA 1A5WA 1Z26A 4PWDA 1C0TA 1WSIA 3AVLA 4QAGA 1WSJA 1LWEA 1KRPA 4FM1A 3SPYA 3RR8A 5EU7A 3V9SA 3SQ4A 3E01A 4CGHA 2BE2A 1SKWA 1L3SA 4N41A 4EZ9A 1HJRA 5J1EA 2HHUA 1TAUA 4HUEA 3SQ2A 1TKTA 1U04A 4J2DA 4AILC 3RTVA 3OS1A 3NHGA 1UA0A 4BE2A 2QKBA 4DLEA 2XY5A 2KZMA 3VQ5A 1KLNA 4CJRA 3CFRA 4PUOA 2XY7A 3JSMA 3ZSOA 4GW6A 3DM2A 1KCFA 3LAKA 4Q0BA 3CYMA 1HRHA 4DFPA 2AJQA 1RT4A 3AVHA 4FLZA 1NKBA 3KK2A 4DFMA 3M8RA 2ZD1A 4KB0A 4FZYA 4KHYA 3VQ8A 4CJLA 1SL2A 2OPPA 5J2PA 1ASUA 1KSPA 2P5GA 1TKZA 4M3UA 1SUQA 3HSTB 2OPSA 1VK0A 3FFIA 3KK3A 2F8SA 4B3OA 1S9GA 1DTTA 3CFOA 2X78A 4O5BA 4W5RA 4OKJA 2R7YA 4I9QA 3KLIA 4E7LA 4LSLA 1J9AA 2F96A 3VQ6A 1JLEA 4CIGA 1KFDA 4Z4FA 3T3FA 1S6QA 1S1XA 3L2UA 3TAQA 1TK0A 4C8NA 3K57A 4CHNA 3JYTA 1EKEA 3M8QA 3ZSYA 4BE0A 3D45A 1BI4B 1FKPA 2FBTA 3ALYA 2DFEA 3VQ9A 3SQ0A 1U49A 1X1PA 1YTUA 2DTUA 2Z1JA 1LWCA 2OZMA 1TV6A 2LSNA 4MFBA 4Y1CA 4HVJA 3QNOA 1L3TA 1C6VA 1RT2A 1BIZA 1NK5A 1WN7A 3AA5X 3WNEA 2YHAA 4DSJA 3ZT4A 3NF9A 5HRNA 3LANA 3TWHA 4EP4A 3SV3A 4DFJA 3LWLA 1TK8A 2JLEA 2RN2A 4FW2A 3S3MA 2X6NA 3SI6A 1EX4A 1RNHA 4B8AB 4CJEA 4DSLA 4DSFA 1BI4A 2D0AA 1TKDA 2D0BA 3KK1A 1BL3A 1RTIA 4LY7A 2O4GA 4CEBA 3ZSQA 1Q8IA 3SUNA 4CGDA 3K5LA 2G8HA 4RW6A 4IFYA 4F8RA 4PY5A 3PX0A 5D3GA 4KHWA 3NF7A 4J2AA 3HYFA 4GVMA 2X6SA 4CFAA 1D9DA 2KTQA 4E1MA 3AVJA 3KKRA 1EETA 2KFZA 4OGCA 3QESA 1TAQA 2ETJA 4KTZA 4ID5A 3VQ7A 1X9MA 1S1TA 3TAGA 4CHYA 3KJVA 1WNSA 1KVBA 1QTMA 1ITGA 1G15A 1L3VA 1NJZA 3OYIA 1VSHA 3U3GA 1ASWA 1BQNA 1VSMA 4CFCA 5T7BA 2G8UA 1RBRA 4K8ZA 1W0HA 4O4GA 3AVGA 4CEAA 3CQ8A 4OKKA 4PQUA 4FJHA 4KI4A 2HHTA 4C8LA 4AHVA 3AVFA 4FJGA 3SPZA 3PO5A 2P51A 1UOCA 3DOLA 3DRRA 4CHPA 2D5RA 3HP9A 5HP1A 4RW8A 4I9LA 3NH2A 2PYJA 1S1VA 4NYFA 3TARA 3SNNA 4W5QA 5FRMA 1RDAA 3EZ5A 1WSGA 3ZT3A 2YNGA 3ZSRA 4GMJB 3HM9A 3AVBA 4HUFA 4JLHA 3NCIA 4BWJA 5I42A 3HVRA 2DY4A 2QKKA 1JLAA 1TL3A 4Z4IA 1KTQA 3B6PA 4DSIA 3PV8A 4B9SA 2A1SA 4OPKA 1CXUA 4OVLA 1RT1A 1S6PA 1HQEA 4CEDA 4KRFA 3C94A 1RDBA 1RILA 5C42A 1ZBFA 4I2PA 4DTUA 2BDPA 4AHSA 1WSFA 2XY8A 2Q3SA 2G8KA 4WE1A 1QQCA 1RTHA 3AO5A 3DLRA 3AVKA 1VSIA 3AO1A 1HYZA 4KHNA 1I3AA 1JXEA 3VQCA 3RWUA 3V81A 1D8YA 1ZBLA 1VSLA 2HNDA 4I7FA 1VSFA 3VQ4A 1X9SA 1D9FA 3OVNA 3WNHA 5HLFA 4KI6A 2RPIA 1C1BA 4I2QA 1HNIA 3DLEA 4FXDA 4FJXA 1JLCA 2PYLA 4FJ5A 4DQPA 1BCMA 3KLFA 1QSLA 3SUPA 3HPGA 1LAVA 4RW9A 4CJ3A 5C25A 4BDYA 2Y1JA 4QOZB 4DF8A 2GV9A 5FROA 4E0DA 1WAFA 2BGGA 1R0AA 1RDCA 4CF9A 3NE6A 2HVHA 4KREA 1GOBA 3PO4A 3IG1A 4AHTA 3O3HA 3EY1A 3SUOA 4B9UA 3ZCMA 3DLGA 3NBPA 4UQGA 4E7KA 1TGOA 4DQIA 2P1JA 1HYSA 4FJMA 4FK4A 3UIQA 4NCBA 4IBNA 3LWMA 1EXQA 4L8RB 1U45A 2HHVA 2QXFA 1XHZA 4OJRA 2I5JA 4DQRA 3OYDA 4FLWA 3AVIA 1HNVA 3V6DA 3C6TA 4CF1A 4HUGA 3QERA 2A1RA 2KZZA 2EHGA 1CLQA 4FLVA 3LALA 1D5AA 1EP4A 4DMNA 2Z1HA 3HP6A 3I0RA 3OJUA 2GBZA 3TR8A 4CF8A 4DF4A 1IO2A 4OLAA 1HPZA 3TANA 3KTQA 5DK5A 4J2EA 3L2VA 1CZBA 4DQSA 3V1QA 5J2NA 2G8IA 4E1NA 3NGYA 5JS2A 3AA2A 4OPJA 5CYMA 3OYAA 4FLXA 3ITHA 3SYZA 1XWLA 2HMIA 4KTWA 4ZTJA 1HQUA 3OJSA 5CZ2A 1X9WA 3NGZA 2DFFA 1NK4A 3OYKA 4DTSA 1SL0A 3EYZA 3TI0A 3VQDA 3LZJA 4N56A 1C0MA 4KB1A 1DLOA 3QINA 4AHCA 2E6MA 1BISA 3ASMA 4CJFA 4Z4HA 4O0IA 4HTUA 3QEWA 1Y97A 1F21A 5KTQA 2PY5A 1L3UA 3RR7A 3MEGA 4N76A 2B6AA 1Q9XA 2O4IA 3AA4A 1HMVA 4IG0A 1RBUA 4M45A 4CJ4A 3MECA 4KFBA 3NDKA 3ULDA 3ZSZA 4JRQA 3LPTA 4LD0A 2YNIA 4CJ5A 3V1RA 3MEDA 1A5VA 3V9WA 3AA3A 2YNFA 3A2FA 3DLHA 4KPYA 3HO1A 4DQQA 1LW0A 1TKXA 1DTQA 4ELUA 4B9MA 2Y1IA 3QIPA 1KFSA 2BANA 2HNYA 3WNFA 4CK2A 3HXMA 4BE1A 3CFPA 3RMBA 1KVCA 5SZTA 1QSSA 1TL1A 2VG7A 1N6QA 3TAMA 4O0JA 4FLTA 2IOCA 3O3FA 1LV5A 5DMRA 4EP5A 3SCXA 1IH7A 2E6LA 3VA3A 4M3YA 4K8XA 1U48A 4DTMA 5HBMA 1J53A 3AO2A 3DRPA 3I0SA 3VQEA 4F4KA 4KTQA 1ZBIA 1T7PA 1RBVA 3NFAA 4F2SA 1ZBHA 3O4QA 5SWMA 4CFDA 2X74A 3P5JA 4FJLA 3KIOA 3MXJA 1S1WA 3TAEA 3HJFA 2RKIA 3L2WA 4FYDA 3VQBA 2ITGA 5KGXA 2G8VA 1UAXA 2JGUA 3I8DA 3HPHA 5CY4A 1JXBA 4E7JA 1L5UA 2ZQBA 2FBXA 3AVCA 3QLHA 4LH5A 4CJSA 4DG1A 4DS5A 4CEEA 4ZTFA 1U4BA 3KLEA 3NF6A 1K6YA 3K5MA 1T03A 4B9LA 4FM2A 3L8BA 4CERA 4M3ZA 2IS3A 1N5YA 2WONA 4AHUA 3SUQA 2KFNA 4Z4GA 2HNZA 3DLKA 4CFBA 4AH9A 1SKRA 4DU1A 4FJIA 2HHWA 4DTRA 4TSXA 2ATQA 3OY9A 3IRXA 1B9DA 4N5SA 3NH0A 3KLGA 4FLYA 3PY8A 4O44A 4YFUA 4W5OA 3OYLA 3ZSVA 3NAEA 3IAYA 3THVA 4LSNA 4W5TA 4CJKA 3P1GA 3ZT2A 3OYEA 4FW1A 1NKCA 1RBTA 3C6UA 4YNQA 1KVAA 4PA1A 4BWMA 1SL1A 2XRIA 3TAPA 2PZSA 3OS2A 4M41A 3AO4A 2OZSA 5HRSA 4CECA 4IFVA 3HVTA 1I39A 4CHZA 3C95A 3NH1A 4CF0A 3OYMA 3V9UA 2HVIA 3V1OA 1YT3A 4KHUA 2E4LA 5E41A 3QO9A 4DTXA 1UA1A 3NGIA 3RMAA 3VQPA 3T1AA 4FZZA 1NJXA 4H8KA 1MU2A 4DTOA 1TVRA 4CF2A 3L3UA 4CK3A 4FJ9A 3VQQA 4E89A 1WSHA 3M8SA 3SZ2A 4CCHA 3OYBA 1KLMA 5J2MA 4CHOA 1A5XA 2G8WA 4DTJA 3AVNA 3HT3A 4KHSA 1VSDA 4Y1DA 3K59A 1RT6A 5K14A 3ZSWA 4CEFA 3BDPA 4IKFA 3K5NA 4RG8A 4DU3A 3U6FA 4B8CA 1JL2A 1JKHA 3MEEA 3VN5A 4DU4A 4M3XA 4CJQA 4W5NA 5CZ1A 3CM6A 3K2PA 1C1AA 1FKOA 4ID1A 4M3WA 2B4JA 3OYHA 3VA0A 1QS4A 4C8KA 2IDOA 1RCHA 2Z1IA 3AV9A 1JLFA 2QK9A 2VG6A 4DSEA 2Z1GA 3AO3A 4M3TA 4DTPA 1WSEA 1O1WA 3O4NA 3U3YA 1NK8A 4FM0A 2IGIA 4JS5A 1NK6A 4FZXC 4FK2A 2HW3A 2IC3A 5HRPA 4DS4A 3QEIA 4EZ6A 4ZHRA 4BACA 4DTNA 3LAMA 1VSKA 2W42A 1QSYA 1NJYA 2D0CA 1JLBA 2FBVA 4OKEA 2F8TA 1QE1A 4CGGA 3BGRA 4LH4A 3OYFA 3K58A 2OYQA 4DSKA 3QEXA 1LWFA 3DOKA 3F9KA 3P83D 4AHRA 3OS0A 3CM5A 4CIFA 4HCBA 2HHQA 1J54A 3MXIA 2HHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E3SA 4XIUA 1C0FA 3K5OA 4IEIA 2YV0X 4CEZA 4FWNA 1Z25A 3LP0A 3VERA 4CGIA 4JD2A 5GAHP 1VSEA 4DFKA 3S3OA 1LOTB 2D4WA 5F2RA 3J80O 4FJJA 4RW4A 3SJJA 4BC2A 1VSJA 1JLGA 1DGKN 4CZFA 3ISNC 3PSIA 1NGGA 4CZEA 4Z4CA 1T05A 3V9XA 1FK9A 2BUPA 4QCLA 4J2BA 4JKEA 2VWKA 1KQSM 5AQXA 1XMOK 1BO5O 3OBWA 3PX6A 1B9FA 4FJ8A 4JKFA 4KO0A 1IKYA 3VTHA 3R6MA 5EX5A 2OTLN 5M1QA 3THXA 2O8EA 1QHAA 4KHQA 4JI6K 2W6LA 4WF9L 3MK6A 1YAGA 2ZM6K 1GOCA 2FBYA 1NKEA 3CG7A 5HOOA 1FXXA 4WFBL 3DLBA 3O9UA 3M3ZA 1LW2A 3IKMA 5BPNA 3PLAA 3DRSA 5JLFA 2HB5A 4MQ3A 1GLDG 1K8AO 5FRNA 4C23A 4JEPA 2HBKA 4FOIA 3HK2A 3VEXA 2P5OA 1NOZA 3ZT0A 3TTFA 4ILHA 1RTJA 3QICA 4DHYA 2Q2RA 1OH6A 2F4VK 1TUYA 3RRHA 3MMVA 4CK1A 3DMJA 4CIEA 2KHOA 3LDLA 4Z94A 3QEVA 4M3RA 3HM8A 5AR0A 3ZSXA 1HR0K 3SPYA 4YOUA 2PAVA 3L6QA 3WXJA 4EZ9A 1HJRA 3R3LA 1TAUA 1OVQA 3WEEA 4HUEA 4J2DA 5C10A 3J7AP 3VQ5A 1KLNA 3SAFA 3ZETA 2YHXA 4ILJA 3ZLJA 3NVMA 3LAKA 4A62A 3CYMA 3O9RA 1RT4A 3AVHA 3C65A 2ZD1A 3CIPA 5AQZA 1K8KA 4FZYA 1SL2A 1ASUA 3LM9A 4FWMA 4JKGA 2OPSA 1VK0A 4LF8K 3PSFA 4PKHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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